ENZYMOLOGIE

Pr Layachi CHABRAOUI
Pr Wafae KABBAJ

Cours1ère Année Médecine Rabat 2011-2012

 ENZYMOLOGIE?

L'enzymologie est la partie de la biochimie qui étudie les

propriétés structurales et fonctionnelles des enzymes.

Elle s’intéresse aussi à décrire la vitesse des réactions

catalysées par les enzymes (cinétique enzymatique).

 Introduction

Les organismes vivants sont le siège d’innombrables

réactions biochimiques. Ces réactions constituent le
métabolisme c’est à dire la biosynthèse et le catabolisme
d’un grand nombre de molécules biologiques.
Ces réactions se déroulent dans des conditions
physiologiques (pH:7,4 et température :37oC) grâce à la
présence des enzymes

Sans la présence des enzymes, la vie serait impossible

Les enzymes ont donc un rôle vital

 Contenu du cours

● Structure et propriétés des enzymes

● Cinétique enzymatique

● Mécanisme de la réaction enzymatique

 Chapitre 1
Structure des enzymes
Objectifs: à l’issu de l’enseignement l’étudiant
doit être en mesure de:

Expliquer les différents types de classifications des

enzymes et dresser les différents groupes
Décrire la structure des enzymes et des coenzymes

Expliquer le mode d’action des enzymes

Citer les facteurs qui influencent la cinétique enzymatique

Expliquer le mode d’action des différents facteurs

influençant la cinétique enzymatique
1- Définitions
1.1- Les enzymes
Des protéines spécialisées dans la catalyse de réactions.

⇒Catalyseurs biologiques très puissants

Elles augmentent la vitesse des réactions
chimiques, sans en modifier l’équilibre.

A + B C +D

Les protéines enzymatiques sont synthétisées par des êtres

vivants. Cette synthèse est déterminée génétiquement.

Chaque enzyme est le produit d’expression d’un gène

Parfois 2 gènes
1.2- Un substrat (S):est la molécule qui est transformée sous l’action
de l’activité de l’enzyme
1.3- Un produit (P): est la molécule qui apparaît au cours d’une
réaction catalysée par l’enzyme
P
Site actif S
S

Enzyme
Enzyme Enzyme

S + E ES P + E

substrat produit

1.4- Le site actif : la partie de l’enzyme qui fixe le substrat.

2- Historique
1730: La digestion est un phénomène plus chimique que
mécanique
1850: Pasteur démontra que la fermentation du sucre en
alcool par la levure est catalysée par une substance
qui existe dans la levure

En zyme

dans levure

1897: Buchner a extrait de la levure les premières enzymes

1929: La 1ère enzyme purifiée et cristallisée est l’uréase

Uréase
Urée CO2 + 2NH3
Depuis, plus de 3000 enzymes sont décrites
3- PROPRIETÉS ET CARACTÉRISTIQUES DES ENZYMES

3.1- Agissent en très faible quantité:

une molécule de catalase peut hydrolyser 5 millions de
molécules d’H2O2 en une min dans des conditions de pH et
de température physiologiques
3.2- Ne sont pas consommées au cours de la réaction:

comme les catalyseurs chimiques, elles se retrouvent

intactes à la fin de la réaction

3.3- Sont spécifiques:

Une enzyme transforme un S donné (spécificité de substrat)

grâce à une réaction donnée (spécificité de réaction)
Spécificité liée à la réaction : Spécificité étroite
Exemple:
décarboxylation
R CH COOH oxydase oxydation
NH2
désamination
AA (S)
Spécificité vis à vis du substrat: HK et GK
Spécificité étroite
Certaines E peuvent distinguer entre la forme D et L
ou entre la forme α et β = stéréospécificité
Spécificité large HK, PAL
Phosphatase
R-P R+ P
alcaline
3.4- Mode d’action des enzymes
S P
énergie
état de transition

sans catalyseur

Energie catalyseur
d’activation

enzyme
état initial
état final
déroulement
Les enzymes abaissent de la réaction
l’énergie d’activation
exemple
H2O2 ½ O 2 + H2O
Sans catalyseur : 18 kcal/mole d’H2O2
Catalyseur chimique (le platine) : 11,7 kcal/mole d’H2O2

Enzyme (catalase) : 2 Kcal/mole d’H2O2

Les enzymes abaissent l’énergie d’activation
Elles ne modifient pas l’équilibre
Elles augmentent la vitesse de réaction

3.5- Les enzymes sont régulables

L’activité catalytique de nombreuses enzymes varie
en réponse à des signaux métaboliques (inhibiteurs,
activateurs)
 4- Structure des enzymes
ex:
- Enzymes entièrement protéiques
Chymotrypsine
=
holoprotéines
totalité
cofacteur
- Enzymes formées de deux parties
hétéroprotéines apoenzyme
Une partie protéique: apoenzyme
Une partie non protéique: cofacteur
- ion métallique
- coenzyme, groupement
prosthétique

Apoenzyme: intervient dans la spécificité, thermolabile

Cofacteur: effectue la réaction chimique, thermostable
4.1- Les enzymes holoprotéiques:

Les enzymes sont des protéines globulaires.

Elles peuvent être formées:
- d’une seule chaîne polypeptidique
Exemple: le lysozyme

- de plusieurs chaînes identiques ou différentes

Exemples: Isoenzymes (LDH, CPK)

enzymes allostériques
 4.1.1- Le site actif
- Définition: = enzymatique:
4-1 La protéine acides aminés qui entrent en contact avec le S
- le site de fixation qui se combine au substrat
site actif - le site catalytique qui agit sur le substrat
pour lui faire subir la réaction chimique.

- Constitution: serine, cystéine, histidine, tyrosine S

- Mise en évidence des AA du site actif:

a- Utilisation des composés qui se fixent spécifiquement à
un AA
Diisopropylfluorophosphate (DFP): Serine
Parachloromercuribenzoate: Cystéine
Dérivés arsenicaux: Cystéine
b- Méthodes de génie génétique
 4.1.2- Relation entre la structure spatiale et la fonction catalytique

Exemple: : la trypsine: enzyme pancréatique

Zymogène
His
Trypsinogène Nt
Val-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys 49
His S
(inactif) 29

Ser
183 S

S S

entérokinase : E intestinale
Val-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys + Site actif

S
Trypsine His His
29 49
(active) Ser
183
S
S S

Le départ de l’hexapeptide, fortement chargé (-) par les 4 Asp, modifie la

conformation de la protéine, en favorisant la formation d’hélice α.
 4.1.3- forme du site actif

1890: Fischer a proposé que la forme du substrat est complémentaire

de la forme du site actif de l’enzyme

= modèle de la clé et de la serrure

1958: Koshland a proposé que l’enzyme et le substrat adaptent

mutuellement leurs formes respectives

Une molécule d’enzyme n’est pas rigide mais flexible

= modèle de l’ajustement induit

(comme la main et le gant)
4-2 Enzymes hétéroprotéiques: à Cofacteurs
- de nature inorganique: les ions métalliques,
- de nature organique: les coenzymes
Lorsque le coenzyme se lie à la protéine enzymatique par une
liaison covalente, on parle de groupement prosthétique

Lorsque la liaison est faible on parle de cofacteur

cosubstrat
apoenzyme

4-2-1 Ions métalliques

Mg2+, Mn2+, Cu2+, Zn2+, Fe2+…

Exemples: Fer: les cytochromes

Zn2+ dans l’alcool déshydogénase forme un pont entre

l’enzyme et son substrat
 4-2-2 Coenzyme
Molécule indispensable à la réaction enzymatique. La réaction se produit
avec le coenzyme et non avec la protéine (coenzyme = site catalytique)
L’apoenzyme intervient dans la spécificité (site de fixation)
Mode d’action des coenzymes

A-X + Co A + Co-X
Co-X + B B-X + Co
A-X + B A + B-X
déshydrogénase
Exemple: AH2 + FAD A + FADH2
hydrogénase
FADH2 + B BH2 + FAD
Le coenzyme n’est pas spécifique: plusieurs enzymes différentes
peuvent avoir le même coenzyme
certaines enzymes ont besoin d’un ion métallique et d’un groupement
prosthétique: cas des cytochromes: noyau porphyrique + Fe2+
5- NOMENCLATURE ET CLASSIFICATION DES ENZYMES
Avant 1961 : les enzymes ont été dénommées selon le nom du S sur
lequel elles agissent en ajoutant le suffixe "ase"

Exemple: Substrat Enzyme

amidon amylase
urée uréase

E1 Décarboxylase
Acide aminé E2 Aminotransférase
E3 Oxydase

1961: l’union internationale de biochimie (UIB) : nouvelle classification

des enzymes selon le type de réaction catalysée

6 classes d’enzymes
 5.1- Les oxydoréductases
nécessitent un coenzyme (NAD, NADP, FAD ou FMN)

Aox + Bred Ared + Box

• Hydroxylases: (=monooxygénases) catalysent la fixation d’un
atome d’oxygène
-CH3 -CH2OH
-CH2- -CHOH-
• Déshydrogénases:
lactate déshydrogénase
CH3- CHOH-COOH + NAD+ CH3-CO-COOH + NADH + H+
ac. lactique ac. pyruvique

• Cytochromes: ont un coenzyme héminique avec un ion, qui présente 2

états d’oxydation, ce qui en fait un transporteur
d’électrons.
Fe2+ Fe3+ + 1e-
réduit oxydé
 5.2- Les transférases catalysent le transfert de groupement autre
que l’hydrogène entre deux substrats
nécessitent un coenzyme
E
A-X + B A + B-X

• les transaminases: transfèrent les radicaux aminés -NH2 d’un AA à un

acide cétonique accepteur. Le coenzyme est le
phosphate de pyridoxal.

• les phosphokinases ou kinases: transfèrent un P sur une molécule

d’ADP. L’ion Mg++ est indispensable.

ATP + glucose ADP + glucose 6P

• Les transacétylases: transfèrent les radicaux acétyles(-CH2COOH), le

coenzyme est CoA

• Les transméthylases: transfèrent les radicaux méhyles (-CH3), d’une

molécule à une autre, le coenzyme est l’acide
tetrahydrofolique.
 5.3- Les hydrolases
Catalysent la rupture d’une liaison avec fixation des éléments
d’une molécule d’eau.
A-B + H2O A-H + B-OH
• Les estérases: hydrolysent les esters en acides gras et en alcool

RCOO-CH2-R’ + H2O RCOOH + R’CH2OH

• Les lipases : hydrolysent les glycérides en glycérol et en acides gras

• Les osidases: hydrolysent les osides

glucosidase, galactosidase

• Les enzymes protéolytiques: hydrolysent les liaisons peptidiques

R-CO-NH-R’ + H2O RCOOH + NH2-R’

 5.4- Les lyases
catalysent la rupture des liaisons C-C, C-N, C-O, C-S

- décarboxylase d’acide cétonique: le coenzyme est la thiamine

pyrophosphate (TPP)

R-CO-COOH R-CHO + CO2

- décarboxylase d’acides aminés: le coenzyme est le phosphate de

pyridoxal

R CH COOH R-CH2-NH2 + CO2

NH2

Cas de la pyruvate déshydrogénase: 5 coenzymes

TPP, NAD+, FAD, Coenzyme A et Lipoate
 5.5- Les isomérases
catalysent le déplacement de groupes à l’intérieur d’une molécule
sans que la formule brute varie

Epimérases: provoquent des interconversions d’oses

galactose glucose
Mutases: catalysent le transfert d’un radical d’une partie d’une
molécule à une autre
CH3 CH2 COOH
H C COOH CH2
CO CO
CoA CoA
Methyl malonyl CoA Succinyl CoA

5.6- Les ligases: catalysent la condensation de 2 molécules.

A+B A-B

ATP AMP + P-O-P

6- PRINCIPAUX COENZYMES
Origine des coenzymes
1- métabolisme (ATP, S adénosyl méthionine)

2- Vitamine (= amine vitale)

Un certain nombre de coenzymes dérivent de vitamines, notamment

de vitamines hyrosolubles et en particulier les vitamines du groupe B

- Coenzymes intervenant dans les réactions d’oxydoréduction

(4 coenzymes)

- Coenzymes intervenant dans le transfert de groupement

(6 coenzymes)
6.1- Coenzymes intervenant dans les réactions d’oxydoréduction
6.1.1- Nicotinamide adénine dinucléotide (NAD+) et NADP+

● Structure NAD+

CO- NH2
Nicotinamide
O (Vit B3ou Vit PP)
nucléotide N+
HO P O O
H H
H H
OH OH

O NH2

N
N
Adénine
nucléotide N N
HO P O O
H H
O
H H
OH OH
 centre actif
CO- NH2

O N+
HO P O O
H H
H H
OH OH

O NH2 NAD+
NADP+ N
N

N N
HO P O O
H H
O
H H
OH O

HO P OH

O
● Mécanisme réactionnel
AH2 + NAD+ A + NADH + H+
(ou NADP+) (ou NADPH)
Substrat Substrat
réduit oxydé
H H H

CO- NH2 CO- NH2 + H+

AH2 +
N+ N

B + NADH + H+ BH2 + NAD+ +

(ou NADPH) (ou NADP )
Substrat Substrat
oxydé réduit

Ce sont des coenzymes de

type Cosubstrats
● Spectre d’absorption
Mesure de la densité optique en
fonction de λ
DO NAD+
(forme oxydée)

NADH
(forme réduite)

Longueur d’onde
260 350
(nm)

dosage des enzymes à NAD+ ou à NADP+

Exemple: LDH
 ● Spécificité
NAD+ Localisation mitochondriale
Coenzyme d’oxydation

NADP+ Localisation cytoplasmique

Coenzyme d’hydrogénation, de biosynthèse

[NAD+] > [NADP+]

La plupart des enzymes sont spécifiques soit du NAD+ soit du

NADP+ sauf qq exceptions comme la glutamate déshydrogénase

● Origine
Le NAD+ et le NADP+ s’apparentent à la vitamine B3 ou
PP (pellagre preventive)

L’avitaminose PP entraîne une maladie appelée pellagre

6.1.2- Flavine mononucléotides (FMN) et Flavine adénine dinucléotide
(FAD)
● Structure
Flavine mononucléotides: FMN

ribitol
O

CH2 (CHOH)3 CH2 O P OH

OH
CH3 N N O

NH
CH3 N
O

Noyau isoalloxazine = flavine

= vit B2
Flavine Adénine Dinucléotide: FAD

FMN

CH2 (CHOH)3 CH2 O

OH P O
CH3 N N O

OH P O
NH
CH3 N O
O

NH2

N Ac
N
adenylique
N N
CH2
O
H H
H H
OH OH
 ● Mécanisme réactionnel

N N
E
AH2 + A +
N N

FAD ou FADH2 ou
FMN FMNH2
jaunes incolores

Les FMN et FAD sont appelés ferments jaunes

FMN et FAD sont liés à l’enzyme: groupements prosthétiques

● Origine

Le FAD et le FMN dérivent de la flavine ou vitamine B2

Les déshydrogénases à FAD les plus importantes sont les NADH

déshydrogénases qui permettent la réoxydation du NADH

Déshydrogénase à FAD
NADH + H+ NAD+

FAD FADH2
 6.1.3- Les ferroporphyrines: Coenzymes associés aux cytochromes
grpt prosthétique + Fe
● Structure
CH3

CH2-CH2 S

CH3 N CH3
N Fe N
N CH2-CH2 S
Cyt C
CH2
CH2
CH2

COOH CH2 CH3

CH2

COOH
● Rôle
Jouent un rôle important dans le transfert d’électron
Fe2+ Fe3+ + 1e-
réduit oxydé
 6.1.4- Acide lipoïque
● Structure
Ce coenzyme a la structure d’un Acide gras saturé à 8 C avec un pont
disulfure entre C6-C8.
7
CH2
1 2 3 4 5 6 8
COOH CH2 CH2 CH2 CH2 CH CH2

S S

+ 2H
S S SH SH

● Rôle: Transporteur d’H2

L’acide lipoïque est attaché par covalence à l’enzyme par son

carboxyle à un reste lysine de l’enzyme : groupement prosthétique
 6.2- Coenzymes intervenant dans le transfert de groupement
6.2.1- Thiamine pyrophosphate (TPP)
● Structure: dérivé de la vitamine B1 ou thiamine
NH2 H centre actif
C S
N CH2 N+ OH OH
CH2 CH2 O P O P OH
CH3 N CH3 O O

Cycle pyrimidique Cycle thiazole

Thiamine = vitamine B1
● Rôle: Transporteur d’acétaldéhyde dans les réactions de
décarboxylation COOH O

Ex: Pyruvate DH C=O CO2 + CH3 C

H
CH3
Acétaldéhyde
Ac. pyruvique
La carence en vitamine B1 entraîne une maladie : le Béri-béri
 NH2
● Structure N
N 6.2.2- Coenzyme A (CoA-SH) ou
O CH2
O
N N Coenzyme d’Acylation
H H
H H
O OH
O P OH
Dérive d’une vit amine du
OH groupe B: ac pantothénique
O P OH
O
O
O P OH
● Rôle
O Transporteur d’acétyle et
CH2 d’acide gras
CH3 C CH3
Acide
H C OH
C O pantothénique
NH CoA-SH + CH3COOH CH3CO-SCoA
CH2
acétyle CoA
CH2

C O
CoA-SH + R-COOH RCO-SCoA
NH
acyl CoA
CH2
Thioéthylamine ou
CH2 mercaptoethylamine
SH
 6.2.3- Acide tetrahydrofolique (FH4)

● Structure: dérive de la vitamine B9: acide folique

OH
N
N 4 5 6 CH2 NH CO NH CH CH2 CH2 COOH
Acide folique 2 9 10
1 8 7
NH2 N COOH

Ac. Para amino Glu

N. pteridine
benzoïque
H
OH
N
FH4 N H CH2 NH CO NH CH CH2 CH2 COOH
H
NH2 N COOH
H

● Rôle : transporteur d’unités à un C (CH3)

CH2
Sur N5
Sur N10 N
5 CH2 N
entre N5 et N10 10
 6.2.4- S adénosyl méthionine
COOH

● Structure: NH2 CH
NH2
CH2
Met N
N
CH2
N N
adénosine
CH3 S+ CH3
O
H H
H H
OH OH

● Rôle: transporteur de radicaux méthyles (donneur)

 6.2.5- Adénosine 5’ triphosphate
NH2

● Structure: N
N adénine

O O O N N

HO P O P O P O
O
OH O-
OH OH H H
H H
OH OH

AMP
ADP
ATP
● Rôle: transfert de groupements
ATP ADP + P

ATP AMP + P-P

ATP adénosyl + P + P-P

 6.2.6- Phosphate de pyridoxal dérive de la vit B6
● Structure:
= vit B6
CH2OH CHO CH2-NH2

CH2OH CH2OH CH2OH

OH OH OH

CH3 CH3 CH3

N N N

pyridoxine pyridoxal pyridoxamine

● Rôle: Transport de groupement aminé: NH2

Pyridoxal = vit B6

O CH2-NH2
O CHO
NH3 HO P O CH3
HO P O CH3
OH
OH OH
OH CH3
CH3
N
N
Phosphate de pyridoxamine
Phosphate de pyridoxal
Phosphate de Pyridoxal
Transamination
Décarboxylation
Chapitre 2: La cinétique enzymatique

Objectifs:

Reconnaître la cinétique d’une enzyme

Définir la vitesse maximale (Vmax) et la constante de Michaelis (KM)

Représenter graphiquement la cinétique d’une enzyme en fonction

des différentes variables
1- RAPPEL DE L’ORDRE D’UNE REACTION
A P

A- réaction d’ordre 0

[A] V
-d[A]
V= =k
dt

t [A]
B- réaction d’ordre 1
[A]
V
-d[A]
V= = k[A]
dt

t [A]
 Rappel de calcul de la vitesse d’une réaction

K1
A P

d[ A] d[P ]
V = V de disparition de A (d’apparition de P): V=− = = K 1 [ A]
dt dt

K1
A P
K2

d[ A] d[P] = K [ A]
V de l’allée = V de disparition de A (apparition de P):V = − = 1
dt dt

d[P ] d[ A]
V de retour = V d’apparition de A (disparition de P): V = − = = K 2 [P]
dt dt

K1 [P ]
équilibre K1[A] = K2[P] Keq = =
K 2 [A ]
 K1
A+B P
K2

V de l’allée= V de disparition de A et B (apparition de P ): V = K1[A][B]

V de retour= V d’apparition de A et B (disparition de P): V = K2[P]
K1 [P]
équilibre K1[A][B] = K2[P] Keq= =
K 2 [ A ][B]

K1
A +B C+ D
K2
V de l’allée= V de disparition de A et B (apparition de C et D): V=K1[A][B]
V de retour= V d’apparition de A et B (disparition de C et D): V=K2[C][D]

K1 [C][ D]
K1[A][B] = K2[C][D] Keq= =
K 2 [ A ][B ]
2- CINETIQUE DES REACTIONS ENZYMATIQUES

Ce qui est fondamental dans les réactions enzymatiques, c’est la

combinaison E-S.

Après formation du complexe, le substrat est transformé en produit et

l’enzyme retrouve sa structure initiale.

K1 K3
S +E ES P +E
K2 K4

La V de la réaction enzymatique est influencée par:

[S], [E], température, pH, effecteurs.
 2.1- V de la réaction en fonction de [S]
L’étude de la cinétique enzymatique a été réalisée essentiellement par
Michaelis et Menten en 1913.
2.1.1 Courbe de Michaelis-Menten
[E] fixe et faible
V
V=Vmax [E] =[ES]
Saturation de l’enzyme
Vmax
Ordre 0

Courbe de Michaelis-Menten

Ordre 1

S S S S
S S S S [S]
S
S S S S S S
S S
 Interprétation de la courbe de MM

- Aux faibles conc de substrat, la vitesse de la réaction est

proportionnelle à celle du substrat (réaction d’ordre 1)

- Lorsque la conc de S augmente, la vitesse ne s’accroît plus dans les

mêmes proportions (réaction d’ordre mixte)

- Aux fortes conc de S la vitesse devient constante, indépendante de

cette concentration (réaction d’ordre 0): l’enzyme est saturée par son
substrat. Ce phénomène est particulier à la cinétique enzymatique.
 1.1.2- Détermination de l’équation de Michaelis-Menten V= f([S]) ?
K1 K3 Conditions initiales
S+ E ES P +E
K2 K4
[E] = concentration totale de l’enzyme
K1
S +E ES (rapide) [ES] = concentration du complexe Enz-Sub
K2 [E]L = concentration de l’enzyme libre
K3
ES P + E (lente) [E] = [E]L+ [ES] [E]L= [E] - [ES]

V= K3[ES]

d[ES]
Vitesse de formation de [ES] = = K1[E]L[S] = K1([E]-[ES])[S]
dt
- d[ES]
Vitesse de disparition de [ES] = = K2[ES] + K3[ES] = [ES] (K2+K3)
dt
Etat stationnaire: V de formation de [ES] = V de disparition de [ES]

K1([E]-[ES])[S] = [ES] (K2+ K3)

 K1([E]-[ES])[S] = [ES] (K2+ K3)

([E]-[ES])[S] (K2+K3)
= = KM [E][S] - [ES][S] = [ES] KM
[ES] K1

[E] [S]
[ES](KM+[S]) = [E][S] [ES] =
KM+[S]

Or, V = K3[ES] [E] [S] V=Vmax [E]=[ES]

V = K3
KM+[S]
Vmax = K3 [E]

Vmax [S]
V= Equation de M-M
KM+[S]
 Vmax [S]
V=
KM+[S]

Cas particulier

Vmax
Si V=
2
Vmax = Vmax [S]
2[S]= KM +[S] KM = [S]
2 KM+[S]
 V
Vmax

Vmax
2

KM [S]
1.1.3- Signification de Vmax et de KM
Vmax est atteinte lorsque toute l’enzyme est saturée par le substrat
KM est la valeur de S pour laquelle la vitesse de la réaction est Vmax/2
KM est une grandeur expérimentale qui peut varier avec la structure du
S, le pH, la température. Chaque enzyme a un KM caractéristique pour un S

KM indique l’affinité de l’enzyme pour le S KM affinité

 1.1.4- Représentation de Linweaver et Burk Vmax [S]
V=
KM+[S]
1 = KM +[S] = KM
+
[S]
V Vmax [S] Vmax [S] Vmax [S]

1 KM 1 + 1
=
1 V Vmax [S] Vmax
V Y = a x + b

KM/Vmax

1/Vmax

1
-1/KM [S]
Cette représentation offre l’avantage de permettre la détermination plus
précise de KM et Vmax. De plus, étant une droite, elle nécessite moins de
points expérimentaux.
 1.2- Influence de la concentration en enzyme

V
E3 V

E2
E1

[S] [E]
La vitesse d’une réaction est
proportionnelle à la quantité
d’enzyme
1.3- Influence de la température

V to optimale

Mouvement
Dénaturation
des molécules
de la protéine

température
20 30 40 50 60
1.4- Influence du pH

V
cholinestérase
pepsine

La plupart des
enzymes

2 4 6 8 10 12 pH

Le pH agit: Conformation de la protéine

Association E-S
Action catalytique de l’enzyme
1.5- Effet des effecteurs

Rôle des effecteurs:

Physiologique: Régulation du métabolisme cellulaire

Biochimique: Permettre de mieux comprendre le mode d’action des

enzymes
compétitive
réversibles non compétitive
inhibiteurs incompétitive
irréversibles
activateurs

effecteurs allostériques
 1.5.1- Inhibiteurs
1.5.1.1- Inhibition réversible
1.5.1.1.1- Inhibition compétitive
Exercée par un composé dont la structure ressemble à celle du S

E + P S i
E + S ES
K1
E + I EI (Inactif)
K2

[E] [I] [E] [I]

KI = [EI] =
[EI] KI

[E] = [E]L + [ES] + [EI]

Vmax [S]
V =
KM(1+[I]/KI) + [S] K’M= KM(1+[I]/KI)
K’M
 Vmax [S] 1 KM [I] 1 1
V = = (1+ ) +
V Vmax KI [S] Vmax
KM(1+[I]/KI) + [S]

V
1/ V [I]
Vmax Sans I
[I]

Vmax/2

1/Vmax

[S] -1/KM -1/K’M -1/K’’M 1/[S]

KM K’M K’’M

KM affinité
Quand [S] augmente , l’effet de l’inhibiteur disparaît:
L’inhibition compétitive est levée par un excès de substrat
Vmax n’est pas modifiée
Exemples:
La succinate déshydrogénase

COOH COOH
Succinate déshydrogénase
CH2 CH

CH2 CH
FAD FADH2
COOH
COOH
succinate Fumarate

COOH
COOH
CH2
CH2 Inhibiteurs compétitifs de la
CO succinate déshydrogénase
COOH
COOH
malonate
oxaloacétate
Inhibition par le produit de la réaction

Glucose 6 phosphatase
Glucose 6P + H 2O glucose + H3PO4

Les amines quaternaires

sont des inhibiteurs compétitifs de la cholinestérase

CH3 acétylcholinestérase
CH3 N+ CH2 CH2 O CO CH3 Choline + ac. acétique
CH3
acétylcholine

R1
R2 N+ R4 Amines quaternaires
R3
Antimétaboliques
En s’introduisant dans l’organisme, ils donnent naissance à des
composés anormaux et ralentissent certains métabolismes.

fluorouracile Action anti-cancéreuse

2-amino adénine

La sulfamide NH2
NH2
bactérie
N-ptéridine +Ac. para
amino-benzoïque + Glu
E
COOH SO2-NH2

Ac. para amino- sulfamide

Ac. folique benzoïque Action anti-
bactérienne
X des bactéries
 1.5.1.1.2- Inhibition non compétitive
S
E + S ES E + P
E + I EI
inactifs i
ES + I ESI
[E]= [E]L+ [ES] + [EI]+ [ESI] Cu2+, Ag2+…
V’max
Vmax
[S] KM 1
1+ [I]/KI 1 1
V= = (1+[I]/KI) + (1+[I]/KI)
Vmax [S] Vmax
KM + [S] V

V 1/V [i]
Vmax sans i
V’max a
V’’max b

1/V’’max
1/V’max
1/Vmax
1/[S]
[S] -1/KM
Ce type d’inhibition n’est pas levé par un excès de substrat

KM est inchangé, l’affinité de E pour S n’est pas affectée

Vmax est diminuée par l’inhibiteur

Le type le plus courant de cette inhibition se produit avec des réactifs

capables de se combiner réversiblement avec les groupement SH des
radicaux Cys indispensables à l’activité enzymatique comme les métaux
lourds (Cu2+, Ag2+, Hg2+…..)

Certaines enzymes par contre, ont besoin de certains ions comme Mg2+,
cet ion peut être chélaté par EDTA (éthylène diamine tétra acétique).
 1.5.1.1.3- Inhibition incompétitive l'inhibiteur ne se lie que sur ES
S
E + S ES E +P i
+
I

ESI Vmax
[S]
1+[I]/KI 1 = KM 1
+
1
(1+[I]/KI)
[E]= [E]L+ [ES] + [ESI] V=
KM V Vmax [S] Vmax
+ [S]
1+[I]/KI
V 1/V
Vmax sans I
V’max i

1/V’ max
1/Vmax

1/[S]
[S] -1/KM’ -1/KM
Cet inhibiteur déplace l’eq, abaisse KM. Une partie de ES reste bloquée
sous forme ESI, donc Vmax est diminuée
 Tableau récapitulatif des inhibitions réversibles

KM Vmax Pente
Compétitive

Non compétitive

Incompétitive
 1.5.1.2- Inhibition irréversible: inactivation totale de l’enzyme
1er exemple:
E-SH + ICH2CONH2 E-S-CH2-CONH2 + HI
E à Cys l’iodoacétamide Complexe inactif
réaction irréversible

2ème exemple: Diisopropyl fluorophosphate (DFP) : arme biologique

E - CH2

F O
CH3 CH3 CH3 CH3
E-CH2OH + CH O P O CH CH O P O CH + HF
CH3 CH3 CH3
CH3
O O
E à Ser réaction irréversible
Complexe inactif
DFP
Ex. enzyme à sérine: acétylcholinestérase

3ème exemple: Acide cyanhydrique (HCN): Poison respiratoire

Forme un complexe stable avec le fer des cytochromes (enzymes
respiratoires cellulaires) et provoque leur inhibition
1.5.2- Activateurs

1.5.2.1- Activation par protection de l’enzyme

Des composés qui protègent les enzymes contre les oxydations

dans les enzymes à Cys se comportent comme des activateurs

E-SH + SH-G E-S ------ SG + H2

E à Cys Glutathion

1.5.2.2- Activation par les ions

Concerne les enzymes qui nécessitent des ions pour leur activité

Exemple: Mg2+ est un activateur des kinases

 1.5.2.3- Activation par action sur les subunités enzymatiques

Protéine kinase
protéine + ATP Protéine-P + ADP

Les protéines kinases sont activées par l’AMPc

Site actif Site de fixation de l’activateur

+ AMPc C R AMPc
C R +

E inactive S Subunité
catalytique active
3- ENZYMES ET EFFECTEURS ALLOSTERIQUES

3.1- Cinétique des E allostériques

3.1.1- V en fonction de [S]
Interprétation de la courbe des E allostériques
V E michaelienne
- Les petites quantités de substrat
sont transformées lentement

- La vitesse augmente à partir d’un seuil

E allostérique
- Effet coopératif

[S]

Contrairement aux enzymes michaeliennes, les enzymes allostériques

n’exercent leur action qu’à des concentrations en substrat élevées
ont une structure quaternaire, formées d’un nombre pair de sous unités.

i
La fixation de S au 1er site entraîne un changement
A
de conformation des autres sites, ce qui modifie
l’affinité pour le S. On dit qu’il y a un effet coopératif.

En plus du site actif où se fixe le substrat, l’enzyme possède un ou

plusieurs sites allostériques où peuvent se fixer des effecteurs
allostériques (activateurs ou inhibiteurs).
Ces effecteurs n’ont aucune analogie structurale avec le substrat.
 2.2- Action des effecteurs allostériques
Ce sont des substances qui agissent comme activateurs ou inhibiteurs en
modifiant la conformation des sites de liaison au substrat, ce qui change
l’affinité pour le substrat
Activateurs allostériques
Augmentent l’affinité de l’enzyme pour le substrat, lui permettant
d’agir à de faible concentration en substrat

inhibiteurs allostériques
V
Activateur
Comme les inhibiteurs non compétitifs
diminuent l’affinité de l’enzyme pour le
substrat
Inhibiteur
Vmax
2

KM(a)KM KM(I) [S]

 2.3- Model des E allostériques Model de Monod Wyman et
S Changeux (MWC)
S
1- possèdent 2 sites: site actif et
i des sites régulateurs (activateur
A et inhibiteur)
2- formées de plusieurs sous
unités identiques (= protomères)

3- existent sous 2 états en

équilibre: état catalytique R et
état inhibé T
A ou S
R T Allostérie
Relâché i Tendu Autre forme
(actif) (inactif)
transition allostérique

4- effet coopératif:du à la présence de plusieurs sous unités (protomères)

la fixation d’une molécule de S sur un protomère
déplace l’équilibre vers la forme active
 2.4- Importance des enzymes allostériques

Ont un rôle de régulation très important dans la cellule:

Permettent l’adaptation du métabolisme au besoin de la cellule
En général l’enzyme allostérique catalyse la 1ère réaction, limitante
d’une voie métabolique
Son activité peut être contrôlée par des activateurs ou inhibiteurs
appartenant à cette voie métabolique

E1 E2 E3 E
A B C D X
E allostérique X= inhibiteur
Inhibition feed back allostérique
ou retroinhibition

Les effecteurs allostériques ont une action spécifique sur les

enzymes allostérique, en se fixant sur leur sites allostériques
 MECANISME DE LA REACTION ENZYMATIQUE

1- Chymotrypsine:
hydrolyse les peptides au niveau de la Tyr et de Phe

R-CO-NH-R’ + H2O RCOOH + NH2-R’

Le site actif :

His 57, Asp 102 et Ser 195

1ère étape: acylation

peptide
H

H O R' N H
O O
R' N C R
C O H C O- H
O

N N H N N C R
(Asp102) O- (Asp102) O

CH2 CH2
(His 57) (His 57)
(Ser 195) (Ser 195)

Enzyme Enzyme

acylchymotrypsine
2ème étape: désacylation

H O
O O OH
O C R
-
C O H H C O H
O

N N C R N N H
(Asp102) O (Asp102) O-

CH2 CH2
(His 57) (His 57)
(Ser 195) (Ser 195)

Enzyme Enzyme

acylchymotrypsine
 2- Acétylcholinestérase
enzyme

Site anionique His NH Site estérasique

CH2
CH3 N O
OH CH2
acétylcholine CH3 N+
CH2 CH2 O C Ser
CH3
CH3

un déplacement d’électron va
HO
fragiliser la liaison ester et Tyr
provoquer sa rupture
H 2O
CH3
O

CH3 N+ CH2 CH2 OH HO C

+
CH3
CH3

choline Ac. acétique

3- Transaminases

Permettent le transfert réversible du groupement

amine d’un AA à un acide α cétonique.

Le coenzyme des transaminases est le phosphate de

pyridoxal
Site actif d’une transaminase
OH CH3 OH CH3

HOOC HOOC
CH NH2C HO N CH N N

R CH2
H 2O R CH2
O O
P P

Base de schiff

COOH
OH CH3 R OH CH3
C
HOOC + H 2O +
C N N O
NH2 N
R CH2
O CH2
P O
Ac. α cétonique P

Phosphate de pyridoxamine
 DOSAGE DES ENZYMES
La quantité d’enzyme peut être mesurée par son activité enzymatique
A + B E C
Pour déterminer l’activité enzymatique, il faut connaître:
1- la stœchiométrie de la réaction
2- les besoins de l’enzyme en cofacteurs
3- KM
4- le pH optimum de l’enzyme
5- la gamme de température oùl’enzyme est stable
6- une méthode analytique permettant la détermination de la
concentration du substrat qui disparaît ou du produit obtenu

1- Unité de l’activité enzymatique

Unité internationale (UI) = la quantité d’enzyme qui produit la transformation

d’une micromole (µ mole) de S par min à 25oC
Le katal (kat) = la quantité d’enzyme transformant une mole de substrat
par sec

Activité spécifique = le nombre d’UI par mg de la protéine enzymatique

DO NAD+ DO = ε [C] l
(forme oxydée)

NADH
(forme réduite)

Longueur d’onde
260 350
(nm)

AH2 + NAD+ E A + NADH + H+

 2- Intérêt de dosage des enzymes
Le fonctionnement normal de l’organisme est le résultat de l’action
harmonieuse de tous les systèmes enzymatiques

Dosage des enzymes dans les liquides biologiques et les tissus

révèle des anomalies pathologiques:

Phosphatase acide dans le sérum Cancer de la prostate

La présence de certaines enzymes dans le sérum est le signe d’une

nécrose tissulaire

Mais dans certains cas la même activité enzymatique peut être due a
les enzymes différentes selon leur origine tissulaires.
C’est le cas des isoenzymes

L’électrophorèse des isoenzymes permet de localiser l’origine de la

nécrose
3- Les isoenzymes
Ce sont des enzymes qui ont la même propriété catalytique mais qui
différent par leur propriétés physicochimique. Les isoenzymes peuvent
différer d’un tissu à un autre.
LDH
Ex.: Lactate déshydrogénase (LDH): Ac. lactique Ac. pyruvique
LDH: 4 sous unités de 2 types, H et M

Forme H (coeur)
Forme M (muscle et foie)

1 2 3 4 5

- +
1 2 3 4 5
dépôts
Coeur Muscle
et foie
 En plus de ces anomalies, il existe des déficits
héréditaires de certaines enzymes qui sont à
l’origine de maladies métaboliques graves:
Ex: maladie Enzyme altérée
Albinisme: Tyrosine hydroxylase
Phénylcétonurie: Phénylalanine hydroxylase

Homocystinurie: Cystathionine β synthétase