Introduction généralé

Comme il existe un domaine de la chimie moléculaire qui caractérisé par des liaison covalente et les
interaction intramoléculaire entre les atomes ,il existe un autre domaine d’association qui implique a
des molécule pour donner des assemblage et creation des nouveau entités ,ce domaine appelle la
chimie supramoléculaire ,qui se situe aux interface de la chimie ,de la physique et de la biologie ,s’est
beaucoup développée au cours de la seconde moitie de 19eme siécle ,elle est implique des liaison
dite faible (non covalente) entre les molécule .cette branche de la chimie dont le domaine s’étend
au-delà de la molécule ,son objet est la construction et l’étude des supramolécule ,qui sont des
association entre deux ou plusieur molécule dont l’une joue le role d’un récepteur et l’autre le
substrat .cette discipline de la chimie à depuis permis l’émergence de nombreuse découvertes dons
des application on été nombreuse dans des domaines tel que la chimie du solide, la chimie verte , la
médecine …
DEFINITION ,CONCEPT ET ORIGINE :
1-défintion :
elle a été définie par un de ses fondateurs, le Pr. Jean-Marie Lehn, comme la chimie des édifices
moléculaires et des liaisons intermoléculaires. Elle peut être simplement exprimée comme étant la
«chimie au-delà de la molécule» d’une part et la chimie des assemblages moléculaires et liaisons
intermoléculaires d’autre part(1)
il traite des systèmes comportant deuxou plusieurs entités moléculaires organisées et maintenues e
nsemble par des interactions intermoléculaires non covalentes(2).

2-origine et concept :
Le terme de la chimie supramoléculaire on était introduit en 1978 par jean-marie jehn comme la
chimie des assemblage moléculaire ,les racine de cette chimie prennent naissance dans les traveaux
de » paul ehrlich a la fin de 19eme siècle .en 1894 fischer propose un modèle pour décrire les
interaction « enzyme-substrat »,il allustre ainsi le fait que certaine substrat interagissent avec
l’enzyme et d’autre pas ,ce qui conduit à un phénoméne s’appelle la reconnaissance entre les
molécule ,après ces idées rejoignent d’ailleurs le concept de coordination introduit par alfred werner
l’année précédent lors de ces traveaux sur l’étude des structure des composés de coordination
contenant des ions complexe ,et il fait la distinction entre deux type de liaison qu’il nomme liaison a
longue distance ou valence primaire et liaison a courte distance ou valence secondaire (coordinance
d’un atome centrale(3).

Alors les trois concept de la chimie supramoléculaire sont :fixation ,reconnaissance et coordination.

Partie 1 :
DE LA CHIMIE MOLECULAIRE A LA CHIMIE SUPRAMOLECULAIRE
1-comparaison :
La chimie supramoléculaire se différencie de la chimie moléculaire par le fait qu’elle traite des
interactions entre molécules (interactions faibles) et non des liaisons covalentes (interactions
fortes).Le tableau suivant comparent la chimie moléculaire à la chimie supramoléculaire(4) :
 Chimie Moléculaire Supramoléculaire

Interaction Intramoléculaire (entre atomes) Intermoléculaire (entre molécules)

Liaison chimique Covalente Non covalente

Produit de préparation Molécule Supermolécule (complexe)

Processus de préparation Synthèse Complexation

2-composants moléculaire et supramoléculaire

les composants moléculaire peut etre définis comme des systemes chimique possédant une
organisation structurelle et une intégration fonctionnelle assemblé en architecture supramoléculaire.

INTERACTION ET RECONNAISSANCE
1-la boite à outils de la chimie supramoléculaire

la chimie supramoléculaire s’attache à concevoire des entités poly-moléculaire basés sur des
interaction non covalent pour atteindre ce but le chimiste détient une large gamme d’outils lui
permettant de controler le contactes entre les molécules à travers les différents types d’interactions
non covalente (image-1)
 Image-1 : différente type d’interaction supramoléculaire et leurs énergie respectives par
rapport à celle d’un liaison covalente(7)

2-mode d’interaction et de complixation :

Dans cette partie, nous allons voir les interactions les plus rencontrées qui peuvent exister entre
deux molécules :

2-1-interaction de van der waals :

Ce sont des interactrion de nature electrostatique de faible intensité et de courte distance qui
s’établissent entre les atomes ou les molécule.

Ces interaction résulte de trois type de force :

2-1-1-FORCE DE KEESOM

Les force de keesom résulte de l’interaction intermoléculaire entre deux dipole permanents ,il
représentent en général la composante la plus important .

2-1-2FORCE DE DEBEY

Les forces de debey sont des force intermoléculaire résultant des interaction entre un depole
permanent e un dipole induit.

2-1-3-FORCE DE LONDON :

les forces de london sont dues à la répartition de la densité électronique dans un atome ou molécule
qui peut engendrer un dipole instantané qui induit celui d’un autre ,orienté à ce que l’interaction
entre les deux soit attractive .
ces trois force constituent donc les force de van der waals . (image-2-1)

2-2-la liaison hydrogène :

La liaison hydrogène est une interaction électrostatique de type dipole-dipole et d’énergie supérieur
à celle de van der waals ,il s’établit entre un atome d’hydrogène porté par un élément
électronégative à une distance d'interaction d'un autre atome possédant un doublet libre .(image2-2)

2-3-les interaction hydrophobes :

Les interaction hydrophobes font référence à l’auto–association de composés non polaire dans un
environnement aqueux.

2-4-les autre interactions :

D’autre type d’interaction peuvent etre rencontrés comme les interaction ionique ou les liaison de
coordination avec le métal ,tout fois leur appartenance aux interaction faible fait encore débat car les
énergie de liaison ,suivant le type d’atome ou de fonction rencontré peuvent égaler les valeurs d’une
liaison covalente .

3-reconaissance et information moléculaire

On définit la reconnaissance moléculaire comme l’énergie et l’information résulte d'une
association entre un récepteur et un substrat conduisant à un complexe moléculaire, ,ou
supermolécule ,caractérisé par sa stabilité et sa sélectivité, c’est-à-dire par la quantité d’énergie
et d’information mise en œuvre dans l’opération.(8)
Cette association se fait par des processus réversibles qui conduisent à un équilibre chimique
entre le récepteur et le substrat libres et le complexe.(7),il est basées sur des interactions non
covalentes multiples et simultanées entre plusieurs sites de ces molécules. Il est également
possible que ces interactions soient en fait une combinaison d’interactions non covalentes telles
que cation / anion, liaisons hydrogène interaction de van der waals
… (9), (image3-1)

Donc l’information est une notion clé de la chimie supramoléculaire :c’est en fait la notion la plus
important et la plus fondamentale, c’est-à-dire qu’on peut considérer la chimie supramoléculaire
comme la science de l’information chimique , qui traite du stockage moléculaire ,de la lecture et
du traitement supramoléculaires de l’information au moyen des propriétés structurales et
temporelles des molécules et des supramolécule .ces caractéristiques conduisent à la notion de
systèmes supramoléculaires programmés(8)
AUTO-ASSEMBLAGE MOLECULAIRE :
1-DEFINITION
L‘auto-assemblage, c’est l’association spontanée et réversible de deux ou plusieurs composés pour
former un complexe ou agrégat plus large associé par liaisons intermoléculaire non-covalentes. Il est
considérer comme la conséquence directe de la reconnaissance moléculaire, C’est une notion
restrictive de l’auto-organisation.(10)
2-auto-assemblage de polymères supramoléculaire
Un polymére est définit comme un systéme formé de macromolécules ,un macromolécule étant un
molécule de masse moléculaire élevée constituée de la répétition d’unités dérivée de composée de
faible masse moléculair(11),etL’auto-assemblage des polymères est une discipline de la chimie
supramoléculaire qui consiste à former des structures organisées à partir de
macromolécules en utilisant des interactions non-covalentes

Cette assemblage conséquence de plusieurs interaction telles que les liaison hydrogéne par
l’association des monomére s’effectue par reconnaissance moléculaire d’unité
complémentaire ,et l’effet hydrophobe. Qui est à l’origine de l’association spontanée des molécules
qui ont peu d’affinité avec l’eau, et les interaction électrostatique.
des chercheurs mis en évidence comment les forces électrostatiques et l’effet hydrophobe pouvaient
être utilisés sélectivement pour assembler des structures moléculaires inédites. Le processus se
déroule en deux étapes. Dans un premier temps, l’effet hydrophobe est considérablement affaibli
par ajout de solvant organique dans le milieu. Les interactions électrostatiques sont alors
exclusivement utilisées pour greffer une première couche de molécules polymères à la surface de
nanoparticules d’ARN. Dans un second temps, l’effet hydrophobe est réactivé par addition d’eau
dans le milieu. Cette opération simple permet alors l’auto-assemblage spontané d’une seconde
couche de polymère autour des particules d’ARN(12)

3-auto-assemblage par liaisons hydrogènes

Le nombre, la séquence et la disposition de sites donneur ou accepteurs de liaisons hydrogène
définissent les processus de reconnaissance moléculaire. Leur mise en œuvre permet en principe la
génération d’architectures supramoléculaires déterminées. Ci-après quelques synthons
supramoléculaires à base de liaisons hydrogène(13)

Des ligands porteurs de deux groupements carboxyle sont également été utilisés pour obtenir de
nouveaux types de réseaux ,le groupement carboxyle de chaque ligand est engagé dans une paire
de liaisons hydrogène avec un autre groupement carboxyle. Il en résulte la formation
d’assemblages ou chaînes polymériques(14),
L’augmentation du nombre de groupements donneur/accepteur de liaison hydrogène fournit un
atout supplémentaire pour diriger la structure

4-Auto-assemblage dans la nature :

L’auto-assemblage est un phénomène naturel omniprésent, de manière presque tautologique : de
nombreuses structures naturelles émergent parce que leurs composants se sont associes a la faveur
d’interactions locales. La nature de ces interactions locales dicte la forme finale de la structure(15).

Parmi ces structure on a le repliement des chaine polypeptidique pour former une molécule de
protiéne et la formation de la double hélice de l’ADN(16) ,

(1)
https://savoirs.usherbrooke.ca/bitstream/handle/11143/6049/Soumare_Sadia_PhD_2015.pdf?sequ
ence=5
(2) http://www.le-dictionnaire.com/definition.php?mot=supramol%C3%A9culaire
(3) http://www.theses.fr/2010ARTO0406

(4) https://fr.wikipedia.org/wiki/Chimie_supramol%C3%A9culaire
(7) : http://lcco.u-strasbg.fr/wp-content/uploads/2011/09/Cours-Supramol-copie.pdf
(8) http
s://books.google.co.ma/books?id=cc7Y8ZNw5T0C&printsec=frontcover&dq=chimie+supramol%C3%
A9culaire&hl=fr&sa=X&ved=0ahUKEwiKg6uQ27TaAhVH1RQKHTCgATkQ6AEIJDAA#v=onepage&q=chi
mie%20supramol%C3%A9culaire&f=false
(9) http://scd-theses.u-strasbg.fr/1069/01/PhdFG.pdf
(10) http://docnum.univ-lorraine.fr/public/DDOC_T_2014_0243_KENFACK_TSOBNANG.pdf
(11) https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00764047/document
(12) http://www.cnrs.fr/inc/communication/direct_labos/schatz.htm

(14) https://tel.archives-ouvertes.fr/file/index/docid/525295/filename/barres.pdf
(15) https://www.univ-orleans.fr/lifo/Members/Florent.Becker/these.pdf
(16) https://books.google.co.ma/books?id=ne2ZDgAAQBAJ&pg=PA673&lpg=PA673&dq=auto-
assemblage+dans+la+nature&source=bl&ots=Zz2Ys4Y-
TL&sig=Kh247m0PVTft2Fei89TaVqYbIrY&hl=fr&sa=X&ved=0ahUKEwj3vs2UxtjaAhWN6aQKHRAKCBE4
FBDoAQgpMAE#v=onepage&q=auto-assemblage%20dans%20la%20nature&f=false