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THESE
Présentée par
Mademoiselle Meriem ABDI
en vue de l’obtention du
DIPLOME DE DOCTORAT LMD
Thème
REMERCIEMENTS i
LISTE DES ABREVIATIONS ii
LISTE DES FIGURES iii
LISTE DES TABLEAUX iiii
INTRODUCTION GENERALE…………………………………………………………….. 1
REVUE BIBLIOGRAPHIQUE……………………………………………………………... 4
I. Vaisseau sanguin et hémostase……………………………………………………………. 5
1. Vaisseau sanguin………………………………………………………………………….. 5
2. Hémostase…………………………………………………………………………………. 6
2.1. Hémostase primaire………………………………………………………………….. 6
2.2. Hémostase secondaire………………………………………………………………... 7
2.3. Fibrinolyse……………………………………………………………………………. 8
II. Cascade de coagulation…………………………………………………………………... 9
1. La cascade de coagulation classique……………………………………………………... 9
1.1. Voie intrinsèque et voie extrinsèque…………………………………………………….. 9
1.2. Voie commune finale……………………………………………………………………. 11
2. Concept actuel de coagulation: modèle cellulaire……………………………………….. 11
2.1. Etapes de la coagulation………………………………………………………………….. 11
2.1.1. Phase d’initiation…………………………………………………………………….. 11
2.1.2. Phase d’amplification………………………………………………………………… 13
2.1.3. Phase de propagation………………………………………………………………… 13
2.2. Régulation de la coagulation…………………………………………………………….. 15
2.2.1. Régulation positive…………………………………………………………………... 15
2.2.2. Régulation négative………………………………………………………………….. 16
3. Rôle du FVIII dans la coagulation……………………………………………………….. 18
III. Hémophilie A…………………………………………………………………………….. 20
1. Définition et épidémiologie……………………………………………………………... 20
2. Historique de la maladie………………………………………………………………… 20
3. Mode de transmission…………………………………………………………………… 21
4. Aspect clinique………………………………………………………………………….. 23
4.1. Classification…………………………………………………………………………... 23
4.2. Manifestations cliniques d’HA………………………………………………………….. 24
4.3. Diagnostic d’HA………………………………………………………………………… 25
4.4. Traitement……………………………………………………………………………… 25
IV. Aspect moléculaire de l’hémophilie A………………………………………………. 27
1. Description du gène F8…………………………………………………………………... 27
2. Les régions homologues des séquences localisées au niveau du gène F8……………….. 29
2.1. Les régions homologues Int22h…………………………………………………………. 29
2.2. Les régions homologues Int1h…………………………………………………………... 30
3. Protéine FVIII……………………………………………………………………………. 30
3.1. Biosynthèse du FVIII……………………………………………………………………. 30
3.2. Activation du FVIII……………………………………………………………………… 33
3.3. Inactivation du FVIII……………………………………………………………………. 34
3.4. Clairance du FVIII………………………………………………………………………. 36
4. Structure tridimensionnelle du FVIII…………………………………………………….. 37
4.1. Les domaines A………………………………………………………………………….. 39
4.2. Les domaines C………………………………………………………………………….. 41
4.3. Le domaine B……………………………………………………………………………. 42
5. Les interactions moléculaires du FVIII…………………………………………………... 42
5.1. Interaction du FVIII avec le VwF……………………………………………………. 42
5.2. Interaction du FVIII avec les phospholipides………………………………………... 44
5.3. Interaction du FVIIIa avec le FIXa au sein du complexe tenase…………………….. 47
5.4. Interaction avec le substrat FX……………………………………………………….. 48
5.5. Interactions du FVIII avec les LRP dans son catabolisme…………………………… 48
V. Anomalies génétiques responsable d’HA……………………………………………. 49
1. La micro inversion de l’intron 22………………………………………………………... 52
2. La micro inversion de l’intron 1…………………………………………………………. 54
3. Les mutations ponctuelles………………………………………………………………... 55
4. Les mutations de type décalage de cadre de lecture……………………………………... 57
5. Les délétions/insertions…………………………………………………………………... 57
5.1.1. Les délétions…………………………………………………………………………. 58
5.1.2. Les insertions………………………………………………………………………… 59
6. Les duplications………………………………………………………………………….. 59
VI. Développement des anticorps anti-FVIII…………………………………………….. 60
1. Caractéristiques des anticorps anti-FVIII………………………………………………... 60
2. Mécanisme d’action des anticorps anti-FVIII……………………………………………. 61
3. Détection des anticorps anti-FVIII……………………………………………………….. 62
4. Mécanisme immunitaire responsable du développement des inhibiteurs anti-FVIII……. 63
5. Les facteurs de risques associés au développement des inhibiteurs…………….………... 64
5.1.Les facteurs de risque génétiques………………………………………………………… 64
5.1.1. Le type de mutation au niveau du gène F8…………………………………………... 64
5.1.2. Origine ethnique et polymorphismes du gène du FVIII……………………………... 65
5.1.3. Antécédents familiaux……………………………………………………………….. 67
5.1.4. Les gènes de classes I et II du système Human Leucocyte Antigène (HLA)………... 67
5.1.5. Polymorphismes du gène TNFA, IL10 et CTLA4…………………………………… 68
5.1.5.1.Polymorphismes du gène d’IL10…………………………...………………………... 68
5.1.5.2.Polymorphismes du gène TNFA……………………………………………………... 69
5.1.5.3.Polymorphismes du gène CTLA4……………………………………………………. 69
5.2.Facteurs de risque dépendant au traitement……………………………………………… 70
OBJECTIFS DU TRAVAIL DE THESE……………………………………………………. 71
POPULATION D’ETUDE & METHODES………………………………………………… 74
I. Population d’étude……………………………………………………………………….. 75
II. Méthodes…………………………………………………………………………………. 74
1. Stratégie d’études moléculaire du gène F8……………………………………………… 74
2. Extraction et dosage de l’ADN………………………………………………………….. 75
3. Amplification des ADN par Réaction d’Amplification en chaîne « PCR »…………….. 75
3.1.Principe…………………………………………………………………………………… 75
4. Détection de la micro-inversion d’intron 22 par PCR Long Range……………………... 77
4.1. Principe…………………………………………………………………………………... 77
4.2. Choix des amorces………………………………………………………………………. 79
4.3. Protocole expérimentale………………………………………………………………..... 79
4.3.1. Amplification de l’intron 22 avec les amorces PBQ…………………………………... 79
4.3.2. Amplification de l’intron 22 avec les amorces ABQ………………………………….. 79
4.3.3. Programme d’amplification……………………………………………………………. 79
4.3.4. Conditions d’électrophorèse…………………………………………………………… 80
5. Détection de la micro-inversion d’intron 1………………………………………………... 80
5.1. Principe…………………………………………………………………………………... 80
5.2. Choix des amorces………………………………………………………………………. 82
5.3. Protocole expérimentale…………………………………………………………………. 82
5.3.1. Amplification de l’intron l’intron 1 avec le Mix C……………………………………. 82
5.3.2. Amplification de l’intron l’intron 1 avec le Mix T……………………………………. 82
5.3.3. Programme d’amplification……………………………………………………………. 82
5.3.4. Conditions d’électrophorèse…………………………………………………………… 83
6. Détection des mutations du gène F8 par séquençage……………………………………… 83
6.1. Principe…………………………………………………………………………………... 83
6.2. Choix des amorces.……………………………………………………………………… 84
6.3. Etapes d’identification de mutations par séquençage…………………………………… 85
6.3.1. Amplification par PCR………………………………………………………………… 85
6.3.2. Purification des produits d’amplification……………………………………………… 85
6.3.3. Réaction de séquence………………………………………………………………….. 86
6.3.4. Purification du produit de réaction de séquence………………………………………. 86
6.3.5. Electrophorèse capillaire………………………………………………………………. 87
6.3.6. Analyse bioinformatique………………………………………………………………. 87
6.4. Nomenclature des variations de séquence……………………………………………….. 87
6.5. Mutation causale/polymorphisme……………………………………………………….. 88
7. Multiplex ligation Probe Amplification (MLPA)…………………………………………. 88
7.1. Principe…………………………………………………………………………………... 88
7.2. Protocole expérimentale…………………………………………………………………. 90
8. Détection des inhibiteurs…………………………………………………………………... 90
9. Analyse statistique…………………………………………………………………………. 90
10. Prédiction d’épitope……………………………………………………………………… 91
11. Etude in silico des effets délétères des mutations………………………………………... 92
11.1. Effets des mutations intronique sur le processus d’épissage…………………………… 92
11.2. Effets sur la structure/fonction de la protéine………………………………………….. 93
11.2.1. Prédiction d’effet de mutation sur la stabilité de la protéine par le logiciel I-Mutant
2.0…………………………………………………………………………………….. 93
11.2.2. Prédiction d’effet de mutation par Sorting Intolerant From Tolerant (SIFT)………... 93
11.2.3. Prédiction d’effet de mutation par Polymorphism Phenotyping-2 (PolyPhen-2)……. 94
11.2.4. Prédiction d’effet de mutation par Align Grantham Variation Grantham Deviation
(Align GVGD)………………………………………………………………………... 94
11.2.5. Modélisation de la protéine mutée en 3D par le logiciel Swiss-Pdb Viewer………... 95
RESULTATS…………………………………………………………………………………. 96
I. Caractérisation génétique des anomalies moléculaires responsables d’HA dans la
population de l’Ouest Algérien : identification de deux nouvelles mutations………………... 98
1. Introduction……………………………………………………………………………….. 98
2. Résultats…………………………………………………………………………………... 99
2.1. Les micro-inversions de l’intron 22 et 1………………………………………………… 99
2.2. Les mutations ponctuelles………………………………………………………………... 100
2.2.1. Les mutations non-sens………………………………………………………………… 100
2.2.2. Les mutations au niveau d’un site d’épissage…………………………………………. 100
2.2.3. Les variations de séquence…………………………………………………………….. 100
2.2.3.1. Les mutations faux-sens……………………………………………………………... 101
2.2.3.2. Le polymorphisme…………………………………………………………………… 101
2.3. Détermination du statut des mutations détectées………………………………………… 102
2.4. Absence d’identification de mutation responsable de l’HA……………………………... 102
3. Article 1……………………………………………………………………………………. 103
II. Mutations du gène F8 et développement d’inhibiteur chez les patients hémophiles A
originaires de l’Ouest Algérien………………………………………………………………. 113
1. Introduction………………………………………………………………………………. 113
2. Résultats…………………………………………………………………………………... 114
3. Article 2………………………………………………………………………………….. 116
III. Prédiction in silico des effets délétères des mutations responsables d’HA dans la
population Algérienne………………………………………………………………………... 120
1. Introduction……………………………………………………………………………….. 120
2. Résultats…………………………………………………………………………………... 120
2.1.Analyse de la mutation c.5219+1G>T par HSF………………………………………….. 120
2.2.Analyse de la mutation c.5219+1 G>T par ESE Finder………………………………….. 121
2.3.Résultats obtenus par le logiciel I-Mutant 2.0…………………………………………… 121
2.4.Résultats obtenus par le logiciel SIFT……………………………………………………. 123
2.5.Résultats obtenus par le logiciel POLYPHEN-2…………………………………………. 124
2.6.Résultats obtenus par le logiciel Align GVGD…………………………………………… 125
2.7.Construction des structures 3D par le logiciel Swiss PDB Viewer………………………. 126
2.7.1. Paramètres analysés pour la prédiction des effets délétères des mutations faux sens... 126
2.7.1.1.Localisation des résidus substitués au niveau de la structure 3D du FVIII…………... 126
2.7.1.2.Comparaison des changements structuraux de la protéine FVIII….…………………. 127
2.7.1.3.Comparaison des propriétés physicochimiques entre les résidus normaux et mutés… 128
2.7.1.4.Comparaison de taille et orientation de chaine latérale des résidus normaux et mutés 131
DISCUSSION GENERALE………………………………………………………………….. 134
I. Caractérisation génétique des anomalies moléculaires responsables de l’HA dans la
population Algérienne : identification de deux nouvelles mutations………………… 134
II. Mutations du gène F8 et le développement des inhibiteurs chez les patients
hémophiles A Algériens……………………………………………………………… 143
III. Prédiction in silico des effets délétères des mutations responsables de l’HA dans la
population Algérienne………………………………………………………………... 146
CONCLUSIONS ET PERSPECTIVES……………………………………………………… 150
ANNEXES……………………………………………………………………………………. 154
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES……………………………………………………... 163
RESUME
Mot-clés : Hémophilie A, F8, FVIII, anomalies moléculaires, PCR Long Rang, PCR triplex,
Séquençage, MLPA, inhibiteurs, étude in silico.
ABSTRACT
This thesis represents a contribution to the molecular analysis of hemophilia A in the Algerian
population. The aim of the first part of the study was to detect the F8 gene alterations in 27
patients belonging to 21 Algerian families using several biomolecular methods (PCR LR,
triplex PCR, DNA sequencing and MLPA). Molecular analysis of the F8 gene led to the
identification of molecular abnormalities responsible for hemophilia A in 18 families. These
mutations include intron 22 inversion, intron 1 inversion, two nonsense mutations (c.322A>T,
c.5953C>T), one splice site mutation (c.5219+1G>T), and three missense mutations
(c.200A>C, c.2189G>A, c.6545G>A). Except for intron 22 inversion that is recurrent
(57.89%), the other identified mutations are specific to each family. Two novel mutations
(c.5219 +1 G> T, c.2189G > A) were reported in this study. Both mutations have never been
described in other populations; they seem to be specific to the Algerian population. In the
second part of this study, we aimed to analyze the relationship between F8 gene mutation
types and inhibitor development. We showed that there was any association between F8 gene
mutations and the inhibitor development in our study-group. However, these findings should
be confirmed in a larger group of patients. Furthermore, deleterious effects of mutations on
FVIII protein were assayed using in silico tools and 3D molecular modeling. Thus, the
deleterious effects of novel mutations identified in the first part of this study and the mutation
c.200 A>C (just cited in databases but not studied) were predicted. The donor splice site
mutation (c.5219+1G>T) was predicted to be responsible of exon 14 skipping. Moreover, the
novel missense mutation (c.2189G>A) was predicted to be responsible of the breakdown of a
disulfide bridge (Cys630-Cys711). Disruption of this disulfide bridge leads to an inactivation
of the FVIII by destabilization of the A2 domain. The mutation c.200A > C was predicted to
be deleterious to the FVIII structure and function. Differences in physicochemical properties
between the two aa are responsible for the loss of molecular interactions within the FVIII
protein. These overall results, placing patients with hemophilia A in the center of this area of
research, can help in the medium term to install a genetic counseling program for affected
families and to improve a better medical care of hemophiliac patient. In the long term, these
results will contribute to a better understanding of the molecular causes of this disease and to
fostering newer therapeutic strategies.
Keywords: Heamophilia A, F8, FVIII, mutations, PCR Long Rang, triplex PCR, DNA
Sequencing, MLPA, inhibitor, in silico.
ملخص
ان هذه األطروحة يه عبارة عن مساهمة يف دراسة وراثية جزيئية ملرض اهليموفيليا (أ) يف اجلزائر .كأول هدف هلذه األطروحة
تمثل يف توصيف التشوهات اجلزيئية يف اجلني F8املسؤولة عن اهليموفيليا (أ) يف عينة تتكون من 72مريض ينتمون ل72
أرسة عن طريق استخدام خمتلف تقنيات ابليولوجيا اجلزيئية (PCR Long Rang, PCR triplex,Séquençage et
) .MLPAلقد سمح اتلحليل اجلزييئ بتحديد مخسة أنواع من الطفرات املسؤولة عن اهليموفيليا (أ) يف 21أرسة انقالب
جزيئ يف اإلنرتون ،77انقالب جزيئ يف إنرتون ،2طفرتان هرائيتان ) , (c.322A>T, c.5953C>Tطفرة يف املوقع املانح
للربط ) (c.5219 + 1G> Tوثالثة طفرات مغلطة ) (c.200A>C, c.2189G>A, c.6545G>Aباستثناء طفرة
انقالب جزيئ يف اإلنرتون 77كثرية االنتشار ( )٪92.15فالطفرات األخرى يه حمددة للك أرسة .يف هذه ادلراسة لقد تم
اكتشاف طفرتني جديدتني ) (c.5219+1G>T, c.2189G>Aلم يسبق وصفهما يف الشعوب األخرى و باتلايل فهما
ختصان الشعب اجلزائري .يف اجلزء اثلاين هلذه ادلراسة ،انصب اهتمامنا ىلع دراسة االستعداد الورايث النتاج املثبطات,
وكذااالرتباط بني حالة االنتاج و نوع الطفرة اجلينية. F8انلتائج أسفرت عن عدم وجود أي ارتباط بني نوع الطفرات و
انتاج املثبطات .يف اجلزء اثلالث و األخري هلذه ادلراسة سعينا لفهم األيلات اجلزيئية اليت تسبب العجز يف الربوتني
.FVIIIذللك تم دراسة اآلثار الضارة للطفرتني اجلديدتني و طفرة( C.200 A> Cمقتبسة من قاعدة ابليانات و غري
مدروسة) عن طريق استخدام برجميات لدلراسة يف السيليكون و انلمذجة اجلزيئية ثالثية األبعاد .ان الطفرة
c.5219+1G>Tمسؤولة عن ختطي اكسون 21يف حني أن الطفرة c.2189G>Aمسؤولة عن غياب جرس كربييت يف
الربوتني املسؤول عن احنالل امليدان A2مما يؤدي اىل زعزعة استقرارالربوتني . FVIIIالطفرة c.200A>Cأظهرت أتار
سلبية ىلع بنية و وظيفة الربوتني FVIIIحبيث االختالفات يف اخلصائص الفزييائية والكيميائية للحمضني االمينني (لزيين و
ثريونني) تؤدي اىل فقدان روابط جزيئية ىلع مستوى الربوتني .FVIIIانلتائج املتحصل عليها يف هذا ابلحث تساعد ىلع ىلع
املدى املتوسط بوضع برنامج "االستشارة الوراثية" لألرس املعرضة للخطر و حتسني راعية املرىض .أما ىلع املدى الطويل فهذه
انلتائج ستساهم يف فهم أفضل لآليلات اجلزيئية األصلية هلذا املرض مما يسمح بوضع اسرتاتيجيات عالجية جديدة.
كلمات البحث
J’adresse mes vifs remerciements à Mme le professeur MESLI Farida qui a accepté avec une
très grande amabilité d’examiner ce travail. Sensible à l’intérêt que vous avez bien voulu
porter à ce travail, je vous prie de croire en mon éternel respect et ma sincère gratitude
Cette thèse a été réalisée sous la direction du docteur ZEMANI-FODIL Faouzia au sein de
l’équipe «Immunogénétique et pharmacogénétique humaine » dirigée par le professeur
BOUDJEMA Abdallah au niveau du Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire
(LGMC, USTO-MB) dirigé par Madame le professeur SAIDI-MEHTAR Nadhira.
Pour cela je tiens à ré-exprimer mes remerciement à :
Ma directrice de thèse pour toute la confiance qu’elle m’a accordée.
Monsieur le Professeur BOUDJEMA Abdallah pour m’avoir intégrée au sein de son équipe.
Madame le professeur SAIDI-MEHTAR Nadhira pour m’avoir accueillie dans son
laboratoire.
Mes remerciements les plus sincères vont également aux membres du Laboratoire de
Génétique Moléculaire et Cellulaire (LGMC, USTO-MB). Je remercie également Monsieur
BENAISSA Abdenour pour son aide précieuse.
Les travaux de cette thèse ont été réalisés au laboratoire de Génétique Moléculaire et
Cellulaire (LGMC, USTO-MB) et soutenus par l’Agence Thématique de Recherche en
Sciences de la Santé (ATRSS ex Agence National pour le Développement de la Recherche en
Santé « ANDRS ») et par la Commission Nationale d’Evaluation des Projets de Recherche
Universitaire (CNEPRU).
A tous ceux qui de prés ou de loin ont contribué à la réalisation de ce travail, qu’ils trouvent
l’expression de mes vifs remerciements.
LISTE DES ABREVIATIONS
Figure 13: Localisation des régions homologues des deux séquences Int22h-1 et Int1h-1 du
gène F8, d’après (Oldenburg & Pavlova, 2006).
Figure 24 : Localisation des ions métalliques de la protéine FVIII, d’après (Ngo et al, 2008).
Figure 29 : Principaux sites d’interaction du FVIIIa avec le FIXa, d’après (Ngo et al, 2008).
Les sites de liaison du FVIII (molécule de gauche) impliqués dans l’interaction avec le FIXa
(molécule de droite) sont représentés en bleu (558-565), violet (712) et rose (1811-1818).
Figure 30: Distribution des nouvelles mutations responsable d’HA déclaré par la CHAMP par
année de publication, d’après (Payne et al, 2013).
Figure 31 : Structure des chromosomes sexuels mâles humains et la localisation des deux
régions PAR1 et PAR2, d’après (Flaquer et al, 2008).
Figure 34: Distribution des mutations ponctuelles sur les différents domaines du FVIII,
d’après (Payne et al, 2013).
Figure 36: Représentation schématique des épitopes reconnus par les inhibiteurs anti-FVIII.
Figure 38: Représentation schématique des SNP identifiés au niveau du gène F8,
d’après (Viel et al, 2009).
Figure 39: Représentation schématique des six haplotypes F8, d’après (Viel et al, 2009).
Figure 55: Structures 3D des deux protéines FVIII normale (A) et mutée (B).
Figure 56: Structures 3D des deux protéines FVIII normale (A) et mutée (B).
Figure 60: Capture superposée des deux structures 3D du FVIII sauvage et mutée (vue sur
deux ongles différents à gauche et à droite). La protéine FVIII est représentée sous forme
ribbon de couleur grise. La chaîne latérale de l’aa cystéine est représentée en vert tandis que
celle de la tyrosine est représentée en rouge.
Tableau 2 : Liste des mutations responsable d’HA répertoriées dans la CHAMP database
dernière mise à jour Mars 2013 http://www.cdc.gov/ncbddd/hemophilia/champs.html.
Tableau 3 : Séquences des amorces utilisées dans l’amplification par PCR LR.
Tableau 5: Séquences des amorces utilisées dans l’amplification par PCR triplex.
Tableau 7: Tableau résumant les résultats obtenus par le logiciel Mutation Taster.
Tableau 10: Les différentes propriétés physico-chimiques correspondant aux couleurs des aa
obtenus par SIFT.
Tableau 11 : Les résultats obtenus par le logiciel SIFT.
Tableau 16: Tableau résumant les fréquences des micro-inversions de l’intron 22 et 1 rapportée
dans différentes population.
Tableau 17: Liste de publications rapportant la mutation c.6545G>A responsable de l’HA
(un exemple de chaque population).
Tableau 18 : Tableau résumant les fréquences de développement des inhibiteurs chez les
patients présentant la micro-inversion de l’intron 22.
INTRODUCTION GENERALE
La survenue d’une plaie vasculaire entraîne un mécanisme de défense qui lutte contre
l’issue du sang hors du système vasculaire appelé hémostase. L’hémostase est le processus
physiologique regroupant les différents mécanismes qui assurent la prévention des
saignements spontanés par la formation d’un thrombus plaquettaire qui sera par la suite
consolidé par un réseau de fibrines. Ce processus comprend trois phases très intriquées :
l’hémostase primaire, l’hémostase secondaire et la fibrinolyse.
L’HA est une maladie hémorragique rare transmise selon le mode récessif lié au
chromosome X, consécutive à l’absence du Facteur VIII (FVIII). Cette pathologie est associée
à une forte morbidité comprenant les hémorragies, les arthropathies et un risque de mortalité
très élevé. Plusieurs anomalies moléculaires au niveau du gène Facteur 8 (F8) sont à l’origine
du déficit qualitatif ou quantitatif en FVIII.
Au cours de ce travail de thèse, trois principaux axes de recherches ont été développés.
Dans le premier axe, nous avons caractérisé les mutations du gène F8 responsables de l’HA
dans un échantillon de patients de la population Algérienne. A la suite des résultats obtenus
dans le premier axe, deux autres axes de recherche ont été développés.
Dans le deuxième axe de recherche, nous avons recherché l’existence d’une éventuelle
association entre le type de mutation du gène F8 et le développement des inhibiteurs
anti-FVIII. Dans le troisième axe, nous avons prédit les effets délétères des mutations du gène
F8 identifiées en utilisant différents logiciels d’étude in silico et de modélisation moléculaire
en 3 Dimensions (3D).
Cette thèse est divisée en cinq parties; une étude bibliographique où nous décrivons en
six chapitres : la structure du vaisseau sanguin et l’hémostase, la cascade de coagulation,
l’hémophilie A, l’aspect moléculaire de l’hémophilie A, les anomalies génétiques
responsables de l’hémophilie A et le développement d’anticorps anti-FVIII.
Les méthodes utilisées dans cette étude sont détaillées dans la partie population d’étude et
méthodes.
Les résultats obtenus lors de cette étude sont présentés sous forme de deux
publications complétées par des résultats non publiés. Une introduction au contexte de l’étude
et un résumé des principaux résultats obtenus précèdent chaque article. Une discussion
générale des résultats obtenus suit la partie résultats. Cette thèse est terminée par une
conclusion générale et des perspectives.
REVUE BIBLIOGRAPHIQUE
I. Vaisseau sanguin et hémostase
1. Vaisseau sanguin
Chez l’humain, les vaisseaux sanguins sont des structures faisant partie d’un système
circulatoire clos. La fonction de ce système est d’assurer la circulation du sang afin de
permettre les échanges gazeux et le transport des nutriments nécessaires au bon
fonctionnement de chaque organe.
Selon le type de vaisseau, l’importance des trois tuniques varie, pouvant aller de la
simple monocouche de cellules endothéliales (micro-vascularisation) à des vaisseaux très
épais (artères). L’adventice, couche externe de la paroi vasculaire, est constituée
principalement de collagènes et de fibroblastes. Cette tunique contient également des nerfs
du système nerveux autonome permettant l’innervation du muscle lisse de la média.
La média contient exclusivement des cellules musculaires lisses vasculaires et des
constituants matriciels tels que l’élastine ou le collagène. L’intima ou l’endothélium est
constituée d’une monocouche de cellules endothéliales imbriquées les unes aux autres
directement en contact avec le sang et d’une lame basale formée de collagène et de fibres
élastiques. Les cellules endothéliales sont impliquées dans la régulation de la plupart des
fonctions physiologiques vasculaires tels que l’hémostase, la réponse immunitaire et
inflammatoire, le tonus vasomoteur, la réparation tissulaire ainsi que l’angiogenèse
(Puissant et al, 2014).
2. Hémostase
2.3. Fibrinolyse
Ces deux voies de cascade de coagulation ont été décrites comme étant soit
dépendantes du contact entre le plasma et une surface chargée négativement (la voie
intrinsèque) soit associées à l’introduction d’éléments, dont l’origine est externe au sang, dans
le plasma (la voie extrinsèque) (Adams & Bird, 2009).
La voie intrinsèque est initiée par le contact entre la circulation sanguine et des
surfaces exposées lors d’une lésion de la paroi vasculaire (Figure 4). Elle requiert donc
uniquement des substances présentes dans le sang et fait intervenir quatre facteurs de
coagulation : Facteur XII (FXII), Facteur XI (FXI), Facteur IX (FIX), et FVIII. La surface
électronégative active le FXII qui active à son tour le FXI. Sous l’action du FXIa, le FIX
devient actif. Le FIXa, fixé aux phospholipides (PLs) en présence d’ions calcium (Ca2+) et de
son cofacteur activé (FVIIIa), va former un complexe activateur du Facteur X (FX) également
appelé complexe tenase intrinsèque.
Figure 4: Représentation schématique de la cascade de coagulation classique, adaptée d’après
(Sherwood et al, 2006).
Cependant, la cascade extrinsèque est ainsi initiée lors d’une lésion tissulaire qui mène
à l’exposition du FT, une glycoprotéine située à la surface des cellules sous endothéliales
(Figure 4). Cette voie implique le FT et le Facteur VII (FVII) (Broze, 1995). Ensemble, ils
forment le complexe tenase extrinsèque (Butenas & Mann, 2002), qui une fois activé exerce
son activité catalytique vis-à-vis du FX, le menant à une forme active (FXa) (Marlar et al,
1982).
1.2. Voie commune finale
Les deux voies convergent ainsi vers l’activation du FX. Le FXa, via le complexe
prothrombinase (FXa/Facteur Va (FVa)/PLs/Ca2+), hydrolyse et active la prothrombine en
thrombine (Figure 4). Finalement, la thrombine transforme le fibrinogène en fibrine et active
le Facteur XIII (FXIII) en FXIIIa (aussi appelé transglutaminase). Le FXIIIa va lier de
manière covalente les rangées de polymères de fibrine solidifiant le caillot et formant ainsi un
réseau de fibrine stable (Naski et al, 1991).
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*. activé
*. Activé
C’est ce pic de thrombine générée appelé « thrombin burst » qui permet une
transformation massive de fibrinogène en monomère de fibrine. Les monomères de fibrine
polymérisent pour former un réseau de fibrine (Figure 8). Parallèlement, la thrombine active
le FXIII en FXIIIa, responsable de la stabilisation du réseau de fibrine (Perez-Gomez &
Bover, 2007).
Figure 8: Représentation schématique de la transformation de fibrinogène en monomère de
fibrine, adaptée d’après (Turpie & Esmon, 2011).
La rapidité de la réponse à une lésion vasculaire est assurée par des phénomènes
d’activation rétroactive qui permettent à la cascade de la coagulation de s’auto-amplifier. Le
fait que ces réactions se déroulent à la surface des membranes cellulaires (plaquettes activées,
cellules endothéliales stimulées), permet de restreindre la localisation de la coagulation au site
même de la brèche vasculaire et ainsi de limiter le risque d’obstruction du vaisseau sanguin.
Toutefois, la coagulation est également soumise à une régulation permettant un maintien de la
fluidité du sang. Il est très important pour l’organisme que les enzymes formées lors de
l’activation de la coagulation ne circulent pas dans le plasma car ils risqueraient d’entraîner
une activation diffuse de la coagulation responsable de processus pathologiques graves.
Le FVIII est une glycoprotéine dont le principale rôle physiologique est celui de
cofacteur du FIXa au sein du complexe tenase. L’activation du FVIII en FVIIIa, sur le site du
thrombus, va lui permettre de se lier au FIXa à la surface des PLs plaquettaire. Sur une
surface phospholipidique, le FVIIIa permet une augmentation de l’activité du FX par le FIX
d’un facteur de 105 (Rawala-Sheikh et al, 1990; van Dieijen et al, 1981). L’activation massive
du FXa est responsable de la génération d’une grande quantité de thrombine, essentielle à la
formation et la protection du caillot contre la fibrinolyse (Von dem Borne et al, 1997).
Lorsque le FVIII fait défaut, qualitativement ou quantitativement, une pathologie
hémorragique survient : il s’agit de l’HA.
1. Définition et épidémiologie
L’HA (Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) #306700) est une maladie
hémorragique grave dont la prévalence est de l’ordre de 1 pour 10000 personnes de sexe
masculin (Skinner, 2012). C’est une maladie héréditaire à transmission récessive liée au
chromosome X, caractérisée par un déficit qualitatif (défauts de fonctionnalité) et/ou
quantitatif (défauts de production) en FVIII pro-coagulant (Hoyer, 1994). Ces déficits sont
causés par différentes mutations siégeant sur le gène F8. Dans les formes sévères de la
pathologie, ces déficits sont associés à des hémorragies spontanées en particulier au niveau
articulaire et musculaire à l’origine d’arthropathies fortement invalidantes conduisant à une
morbidité élevée.
2. Historique de la maladie
L’HA n’a été acceptée comme entité clinique qu’à partir du XIXe siècle. Cependant, la
description historique de l’hémophilie, qui n’avait pas encore de nom à l’époque, remonte à
l’Antiquité (Ingram & Norris, 1976). En effet, c’est dans les écrits hébraïques du Talmud de
Babylone, un recueil de discussions rabbiniques du IIe siècle, que l’on trouve la première
trace écrite de la pathologie (Rosner, 1969). Dans cet ouvrage, il est rapporté que plusieurs
sages dispensent la circoncision des petits garçons dont au moins deux frères aînés sont
décédés d’hémorragie après circoncision, expliquant que certaines familles ont le sang très
fluide alors que d’autres ont le sang fermement retenu (Rosner, 1969). C’est en XIIe siècle,
qu’un médecin arabe, Albucasis, a décrit une famille dont les sujets de sexe masculin étaient
décédés suites d'hémorragies consécutives à des blessures mineures (Rosner, 1969).
Toutefois, ce n’est réellement qu’en 1911 que W. Bulloch et P. Fildes, revoyant les
données souvent confuses accumulées sur l’hémophilie, en définissent les principaux critères:
tendance au saignement excessif depuis l’enfance, allongement du temps de coagulation,
existence d’autres cas identiques dans une même famille et transmission par des femmes
apparemment normales (Ingram & Norris, 1976). L’insuffisance des connaissances sur le
mécanisme de l’hémostase a pendant longtemps conduit à confondre sous le nom
«d’hémophilie » toute diathèse hémorragique caractérisée par un trouble de la coagulation in
vitro.
La cause de ces hémorragies incontrôlées a été mise à jour en 1937 lorsque Patek et
Taylor identifient chez les individus sains, la présence d’un facteur plasmatique capable de
corriger les troubles de la coagulation des hémophiles (Patek & Taylor, 1937). Ils baptisent ce
composé « globuline anti-hémophilique », qu’une nouvelle nomenclature renommera par la
suite « FVIII », l’HA est ainsi caractérisée.
3. Mode de transmission
L’HA est une maladie rare qui touche une naissance sur 10000 enfants de sexe
masculin. Dans les formes « familiales » qui correspondent à 70 % des cas, la transmission de
la maladie se réalise selon un mode récessif lié au chromosome X
(Jayandharan & Srivastava, 2011). Dans les 30% restant, l’HA apparaît de façon
« sporadique » soit à cause d’une mutation dite de novo dans un gamète grand-parental ou par
transmission d’une mutation sur plusieurs générations de femmes conductrices
asymptomatiques (Leuer et al, 2001). Après cette première mutation, la transmission de la
maladie se fait de manière identique aux formes familiales.
De rares cas d’HA féminine ont été décrits et qui sont causés soit par l’inactivation
aléatoire du chromosome X, par la présence de deux copies du gène F8 portant la mutation ou
chez les filles atteintes d’un syndrome de Turner (Bicocchi et al, 2005; Pavlova et al, 2009a).
Comme pour toutes les maladies à transmission récessive liée à l’X, un hémophile
donne naissance à des garçons indemnes et à des filles qui sont des conductrices obligatoires
(Figure 11.A) (Jayandharan & Srivastava, 2012; Peake et al, 1993). Dans 50 % des cas, une
conductrice peut donner naissance à un garçon ou à une fille normale dont la descendance
sera indemne. Dans 25 % des cas, une conductrice donnera naissance à un garçon hémophile
et à une fille conductrice (Figure 11.B) (Jayandharan & Srivastava, 2012).
Figure 11: Mode de transmission de l’HA. A. Descendance d’un homme hémophile,
B. Descendance d’une femme conductrice.
4. Aspect clinique
4.1. Classification
A coté de cette forme sévère, les formes modérées et mineures d’HA sont
principalement dues aux accidents hémorragiques provoqués à l’occasion d’une intervention
chirurgicale ou avulsion dentaire (Jayandharan & Srivastava, 2011). De ce fait, ces formes
peuvent être longtemps silencieuses et ne se révèlent qu’à un âge avancé.
4.3. Traitement
D’autres traitements sont également utilisés pour traiter les hémorragies des patients
atteints d’HA, en particulier le FVIIa recombinant et un complexe pro-thrombotique, le Factor
Eight Inhibitor Bypassing Activity (FEIBA) contenant plusieurs facteurs de la coagulation
(Mehta et al, 2006). Ces deux préparations sont utilisées chez des patients hémophiles en
échec de traitement avec le FVIII thérapeutique.
VII. Aspect moléculaire de l’hémophilie A
1. Description du gène F8
Le gène codant le FVIII, appelé gène F8, a été cloné en 1984 par l’équipe de Gitschier
(Gitschier et al, 1984). Il est localisé sur l’extrémité distale du bras long du chromosome X (q)
en Xq28 (Figure 12.A) et s’étend sur 186 kilobases (kb), ce qui représente près de 0,1% de la
totalité du chromosome (Figure 12.B) (Poustka et al, 1991). Ce gène est constitué de 26 exons
et 25 introns avec une séquence codante de 7053 nucléotides (Figure 12.C)
(Oldenburg & Pavlova, 2006).
La taille des introns varie de 207 pb (intron 17) à 32,4 kb (intron 22). Six introns sont
distinguables des autres par leur très grande taille qui dépasse 14 kb : il s’agit des introns 1, 6,
13, 14, 22 et 25 parmi lesquels l’intron 22 est le plus long.
L’orientation de lecture de transcription 5’-3’ du gène F8, se fait dans le sens télomère
vers centromère. Ce gène comprend un promoteur de longueur estimée à 1,2 kb, une région
codante de 183 kb faite de 26 exons, 25 introns et une région 3’UTR de 1,8 kb
(Gitschier et al, 1984). La transcription du gène F8 commence au niveau du 170 ème nucléotide
du gène qui se trouve en amant du codon d’initiation de la traduction (ATG)
(Gitschier et al, 1984). Le codon ATG est précédé en 30 nucléotides en amant d’une séquence
GATAAA similaire à la boite TATAAA, indispensable à l’initiation de la transcription par
l’ARN polymérase II. Cette séquence est suivie d’un cadre de lecture ouvert continue
aboutissant à un polypeptide de 2351 acides aminés (aa) (Truett et al, 1985). La région
codante est ensuite suivie d’une autre région non traduite contenant 1805 nucléotides riche en
signaux de polyadénylation de type répétitions AATAAA et CATTG et d’une queue poly A
d’environ 1 kb de longueur (White & Shoemaker, 1989).
Le gène F8 est inhabituel dans le sens où il existe au sein de l’intron 22 un ilot CpG
associé à deux gènes additionnels F8A et F8B, comme cela est représenté sur la Figure 12.D.
Le gène F8A (OMIM#305423) s’étend sur 2 kb et il est transcrit dans le sens inverse du gène
F8 (Levinson et al, 1990). Deux copies homologues de ce gène F8A ont été retrouvées à une
distance d’approximativement 400 et 600kb de la région télomérique du F8
(Naylor et al, 1995). Le F8A code pour une protéine de 40 Kilo Dalton (kDa) appelée protéine
associée à l’huntingtine (HAP40) (Peters & Ross, 2001). L’HAP40 est impliquée dans le
transport et l’endocytose de l’huntingtine, une protéine qui lorsqu’elle est mutée cause la
maladie d’Huntington.
Le gène F8B (OMIM#305424) de 2,7 kb est transcrit dans le même sens que le gène
F8 (Levinson et al, 1992). Le gène F8B utilise pour sa transcription les quatre derniers exons
du gène F8. Ce gène code donc une protéine contenant le domaine C2 de la protéine FVIII.
Toutefois, la fonction biologique de cette protéine reste obscure. En effet, les patients
présentant une délétion de l’exon 23 à 26 ne souffrent d’aucune maladie autre que l’HA
(Casana et al, 2008).
La séquence Int22h-1 est une région de 9,5 kb très riche en nucléotides GC localisée
dans l’intron 22 du gène F8 (Figure 13). Cette séquence est dupliquée en deux endroits
différents (- 500 et - 600 kb) hors du gène F8 vers le télomère du chromosome X formant les
séquences homologues extra-géniques Int22h-2 (d’orientation identique à Int22h-1)
et Int22h-3 (d’orientation inverse) (Ross et al, 2005). Grâce aux données du séquençage
complet du chromosome X (NC_000023.9, URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/), De Brasi CD
et Bowen DJ ont pu démontrer avec précision que les trois séquences (Int22h-1, Int22h-2 et
Int22h-3) étaient remarquablement similaires (De Brasi & Bowen, 2008). Ainsi, les séquences
Int22h-2 et Int22h-3 montrent 99,93% de similarité, et présentent respectivement 99,18% et
99,24% de similarité avec Int22h-1. Ces séquences homologues sont à l’origine d’un
mécanisme de recombinaison intra-chromosomique responsable de la micro-inversion de
l’intron 22.
Figure 13: Localisation des régions homologues des deux séquences Int22h-1 et Int1h-1 du
gène F8, d’après (Oldenburg & Pavlova, 2006).
2.2.Les régions homologues Int1h
3. Protéine FVIII
3.1. Biosynthèse du FVIII
Le FVIII est synthétisé en une seule chaîne polypeptidique de 2351 aa. La sécrétion de
cette protéine suit un trajet à travers la cellule avant d’être libérée dans le plasma en passant
par le réticulum endoplasmique (RE) puis le compartiment intermédiaire entre RE-Golgi
(ERGIC), et finalement par l’appareil de Golgi (Figure 14).
Figure 14: Représentation schématique expliquant les étapes de synthèse et sécrétion du
FVIII.
Un système de contrôle de qualité est mis en place afin de vérifier l’intégrité des
protéines nouvellement synthétisées. Ce système utilise les structures glycanniques portées
par la protéine afin de la diriger vers le système de mise en conformation ou de dégradation
(Figure 15) (Lenting et al, 2010; Pipe et al, 1998). Les protéines FVIII mal repliées seront
fixées à des protéines du RE puis dégradées. Tandis que les protéines correctement repliées
quitteront le RE dans des vésicules couvertes pour transiter vers l’appareil de Golgi (Dorner et
al, 1987).
3.3.Inactivation du FVIII
L’un des moyens pour inactiver le complexe tenase est d’inactiver le FVIIIa.
A ce jour, plusieurs pistes expliquant le mécanisme d’inactivation du FVIII ont été identifiées.
Le FVIII peut être désactivé soit par dissociation spontanée du domaine A2 ou par
dégradation protéolytique (Figure 18). En ce qui concerne le premier mécanisme,
l’hétérotrimére FVIIIa est naturellement instable en raison de la faible affinité du domaine A2
pour le reste de la protéine A1/A3-C1-C2 (Fay & Smudzin, 1992; Wakabayashi & Fay, 2008;
Wakabayashi et al, 2008).
Figure 18 : Représentation schématique des mécanismes d’inactivation de la protéine FVIII.
En absence de données cristallographiques aux rayons X dans les années 90, une étude
par microscopie électronique a permis de caractériser le FVIII humain comme une protéine
possédant une tête globulaire d’environ 14 nm de diamètre, avec des appendices satellites
d’environ 50 nm de longueur (Fowler et al, 1990).
Des études basées sur la modélisation par homologie ont été réalisées afin de mieux
comprendre la structure du FVIII. Ces études ont permis de déterminer la structure du
domaine A (Pan et al, 1995; Pemberton et al, 1997) ainsi que celle du domaine C (Pellequer et
al, 1998). Cependant, depuis une dizaine d’années, la cristallisation du domaine C2 du FVIII a
pu révéler à haute résolution atomique la structure de ce domaine (Pratt et al, 1999).
Ce n’est qu’en 2008, que la structure cristallographique du FVIII dépourvu du domaine B
a été rapportée par deux équipes de recherche (Ngo et al, 2008; Shen et al, 2008). Ces deux
études ont permis d’identifier avec une résolution élevée la structure 3D ainsi que
l’organisation en domaines de la protéine FVIII. Ces deux structures sont presque identiques
avec comme seule différence un site de liaison à un ion divalent identifié par Shen et al
(Shen et al, 2008). Ces structure 3D sont répertoriées dans la Protein Data Bank (PDB) sous
les références 3CDZ et 2R7E et sont présentées dans la figure 21.
Ces études ont non seulement contribué à déterminer les structures 3D du FVIII mais
aussi à mieux comprendre ses interactions moléculaires. En effet, le FVIII joue un rôle central
dans la formation du complexe tenase (FVIIIa/FIXa) responsable de la conversion du FX en
FXa. Pour maintenir l’équilibre hémostatique, ce complexe ne doit être assemblé qu’en cas de
déclenchement de la cascade de coagulation. Dès lors, le FVIII est soumis à une régulation où
le FvW joue un rôle crucial. L’activation du FVIII n’est possible qu’après clivage de la
protéine permettant la dissociation du complexe FVIII/FvW et l’exposition des sites de liaison
aux PLs et aux FIXa. Le FVIII va donc interagir avec ces différents acteurs : FvW, PLs, FX,
FXa et FIXa, en impliquant différents sites de liaison qui se trouvent dispersés sur les
différents domaines de la protéine. Rappelons que le FVIII est composé de trois domaines A
(A1, A2, A3), d’un domaine de liaison B et de deux domaines C (C1, C2). Nous allons par la
suite décrire l’organisation ainsi que les sites d’interactions des différents domaines.
Les domaines A du FVIII (Figure 22.A) ont pu être modélisés en référence aux
structures de la nitrite réductase et de la céruloplasmine avec lesquelles ils partagent de fortes
homologies de structures (Figure 22.B). Ces domaines présentent également des homologies
structurales avec le FV (Figure 22.C) (Church et al, 1984; Koschinsky et al, 1986; Pemberton
et al, 1997).
Des études de structure 3D du FVIII entier ont permis d’identifier de manière précise
l’organisation des différents domaines A. Chaque domaine possède deux sous-domaines
composés de feuillets β repliés en tonneau β, typique d’une structure dite « cupredoxine-like »
(Figure 23.A) (Parker & Lollar, 2007). Les trois domaines A du FVIII sont arrangés en un
hétérotrimère triangulaire autour de trois pseudo-axes symétriques où les domaines A1 et A3
servent de base (Figure 23.B). Cette base va permettre l’interaction avec les domaines C2 et
C1 (Ngo et al, 2008). Des résidus dans les domaines Al et A3 interagissent par des forces
hydrophobes afin de stabiliser le FVIII hétéro-dimérique (Fay, 1988; Sudhakar & Fay, 1998).
Figure 23 : Modèles moléculaires des domaines A. A. Composition des sous-domaines A,
d’après (Parker & Lollar, 2007). B. Les domaines A1, A2 et A3 forment un hétérotrimère
triangulaire autour d’une symétrie centrale en 3 axes, d’après (Ngo et al, 2008).
Les ions métalliques jouent un rôle important dans l’activité et la structure du FVIII.
Quatre ions métalliques ont été identifiés comportant deux ions Ca2+ et deux ions cuivre
(Cu2+). Ces ions sont tous situés au niveau des domaines A du FVIII (Fay, 1988; Ngo et al,
2008; Shen et al, 2008; Tagliavacca et al, 1997; Wakabayashi et al, 2004). Le premier Ca2+
est positionné entre quatre résidus du domaine A1 (Glu110-Asp116-Asp125-Asp126)
(Figure 24.A) (Wakabayashi et al, 2004), tandis que le second qui n’a été observé que par
Shen et al. se situe entre les résidus Asn538 et Asp542 du domaine A2 (Shen et al, 2008). Les
deux ions Cu2+ ont été observés dans les domaines A1 (entre les résidus His267, His315 et
Cys310) (Figure 24.B) et A3 (entre les résidus His1954, His2005 et Cys2000) (Figure 24.C)
(Shen et al, 2008).
4.2.Les domaines C
4.3. Le domaine B
Le domaine B est codé par un seul exon : l’exon 14. Ce domaine B ne possède aucune
homologie de séquence avec d’autres protéines connues (Pipe, 2009). Il contient 19 des 25
sites potentiels de glycosylation. Le rôle du domaine B et sa structure restent encore mal
définis. Même s’il n’est pas directement nécessaire pour l’activité pro-coagulante du FVIII, il
semble jouer un rôle majeur dans la transformation/modification et le trafic cellulaire du
FVIII (Pipe, 2009).
D’autre part, le domaine B fortement glycosylé va permettre des interactions avec les
récepteurs reconnaissant les sucres impliqués dans la clairance du FVIII. En effet, les
récepteurs ASGPR reconnaissent les résidus N-glycosylés du domaine B. Ceci favorise la
liaison du FVIII à ces récepteurs lors de la clairance du FVIII (Bovenschen et al, 2005b).
Le FvW est une glycoprotéine multimérique qui assure un double rôle dans
l’hémostase. D’une part, le FvW favorise l’adhésion des plaquettes au niveau des sites de
lésions vasculaires. D’autre part et immédiatement après la libération du FVIII dans la
circulation sanguine, le FvW joue un rôle de transporteur du FVIII hétéro-dimérique
jusqu’aux sites lésés.
Une première région d’interaction au FvW a été initialement identifiée entre les
résidus 1670 et 1689 de la région a3 du FVIII. En effet, plusieurs équipes ont montré que des
anticorps monoclonaux, dont les épitopes se situaient au niveau des régions 1670-1684
(Foster et al, 1988) et 1673-1689 (Leyte et al, 1989) étaient capables d’inhiber la liaison du
FVIII au FvW. De plus, la délétion de la région a3 (1649-1689) aboutit à la formation d’un
FVIII mutant incapable de se lier au FvW (Pittman & Kaufman, 1989). Par ailleurs, la
sulfatation de la Tyr1680 semble être particulièrement importante pour la liaison au FvW
puisque son absence diminue la capacité de la liaison FVIII-FvW (Leyte et al, 1991; Saenko
& Scandella, 1997).
Un autre groupe d’aa dans le domaine C1 semble également jouer un rôle dans cette
interaction. Il s’agit de trois résidus : Ser 2119, Arg 2116 et Tyr 2105. En effet, il a été
constaté qu’un anticorps dirigé contre un épitope du domaine C1 inhibe l’interaction du FVIII
avec le FvW. De plus, une mutation de la Ser2119 en Tyr diminue l’affinité de 80 fois de
cette liaison au FvW (Jacquemin et al, 2000). Récemment, Lu et al. ont pu démontrer par
mutagénèse dirigée du domaine C1 que les résidus Gln 2042 et Tyr 2043 participaient
également à cette liaison (Lu et al, 2011).
De plus, d’autres mutations de type faux-sens ont été identifiées dans les domaines C1
et C2 chez des patients hémophiles présentant une capacité réduite de liaison du FVIII au
FvW (Figure 26) (Terraube et al, 2010). Ces résultats confirment le rôle essentiel des deux
domaines C1 et C2 pour la formation d’un complexe FVIII-FvW stable.
Figure 26 : Localisation des substitutions des aa situées au niveau des domaines C empêchant
la liaison au FvW, d’après (Terraube et al, 2010). Les sphères vertes indiquent les aa dont la
mutation entraine une diminution de la liaison du FvW.
Le FVIII se fixe aux PLs membranaires par l’intermédiaire du domaine C2. En effet,
les études de Foster et al. ont montré l’implication des résidus 2303 à 2332 de ce domaine
dans la liaison aux PLs (Foster et al, 1990a). De plus, des études cristallographiques et de
mutagenèse dirigée ont mis en évidence la présence de deux boucles hydrophobes (Met
2199/Phe 2200 et Leu 2251/Leu 2252) qui pénètrent la bicouche lipidique et s’associent avec
les chaînes d’acides gras (Figure 27) (Barrow et al, 2000; Pratt et al, 1999).
Deux autres boucles ont également été proposées dans des modèles 3D, impliquant les
résidus Gln 2222-Lys 2227 et Trp 2313-His 2315 où notamment la fixation d’un anticorps
inhibiteur à la surface du FVIII donne une importance particulière au segment Trp 2313-His
2315 dans la fixation du FVIII aux PLs (Liu et al, 2010; Stoilova-McPhie et al, 2002). Schatz
et al. ont étudié le rôle du Trp 2313 qui est exposé à la surface du domaine C2 en utilisant un
mutant Trp 2313 Ala. Les résultats obtenus ont montré que cette mutation induit une
augmentation de la constante de dissociation de 28 fois dans un test de liaison à la membrane
phospholipidique synthétique (Schatz et al, 2004). Il semble donc que ce résidu ait un rôle
critique dans l’association du FVIII aux PLs.
Le domaine C1 a également été identifié comme jouant un rôle dans l’affinité du FVIII
aux PLs. En effet, Hsu et al. ont montré que plus de 90 % des plaquettes activées se lient à
une molécule recombinante C1-C2 alors que 50 % environ se lient au domaine recombinant
C2 seul (Hsu et al, 2008). De plus, sept mutations localisées dans le domaine C1, au niveau
des résidus Arg 2090/Gln 2091, Lys 2092/Phe 2093, Gln 2042/Tyr 2043 et Arg 2159
semblent affecter l’interaction entre le FVIII et la surface membranaire (Figure 28) (Liu et al,
2010; Meems et al, 2009). L’Arg2159 et les aa adjacents Gln 2042/Tyr 2043 constituent des
zones chevauchantes d’interaction FVIII-PLs/ FVIII-FvW (Liu et al, 2000). Récemment,
Bloem et al. ont confirmé que les deux régions 2092-2093 et 2158-2159 sont impliquées dans
l’interaction aux PLs (Bloem et al, 2013b).
Plusieurs sites de liaisons sont impliquées dans l’interaction entre le FIXa et le FVIIIa.
Ces sites se situent sur les domaines A2, A3 et C2 du FVIIIa (Figure 29). Le domaine A2
regroupe la majorité des sites de liaisons avec le FIXa. Les différents résidus impliqués dans
cette interaction sont : Arg 484-Ile 508, Ser 558-Gln 565, Arg 698-Ser 710 et 712 (Bajaj et al,
2001; Fay et al, 1994; Fay et al, 2001; Fay & Scandella, 1999; Jagannathan et al, 2009).
Le site d’interaction au niveau des résidus 558 à 565 est impliqué dans la modulation de
l’activité du FIXa et interagit avec le domaine serine protéase du FIXa (Bajaj et al, 2001;
Jenkins et al, 2002). Ce site d’interaction semble s’étendre aux résidus 511-530, avec un rôle
déterminant de l’Arg 527 (Celie et al, 1999).
Figure 29 : Principaux sites d’interaction du FVIIIa avec le FIXa, d’après (Ngo et al, 2008).
Les sites de liaison du FVIII (molécule de gauche) impliqués dans l’interaction avec le FIXa
(molécule de droite) sont représentés en bleu (558-565), violet (712) et rose (1811-1818).
D’autre part, Nogami et al. ont démontré qu’une séquence connue comme contenant
l’épitope de l’anticorps monoclonal murin ESH8 (2253-2270) était capable d’inhiber la
liaison du domaine C2 au FXa (Nogami et al, 1999).
Le FVIII peut se lier à la LRP1 par quatre sites de liaison : la région Arg484- Phe509
(domaine A2) (Saenko et al, 1999; Sarafanov et al, 2006), la région Glu 1811-Lys 1818
(domaine A3) (Bovenschen et al, 2003), la région Ser2173-Tyr2332 (domaine C2) (Lenting et
al, 1999) et dans le domaine C1 au niveau des deux résidus Lys2092 et Phe2093
(Meems et al, 2011).
Le site Arg484-Phe509 est enfoui dans le FVIII et n’est exposé en surface que lorsque
le FVIII est activé. Il ne permet donc la liaison à la LRP1 qu’avec le FVIIIa. La région
Glu 1811-Lys 1818 est par contre exposée à la surface du FVIII, mais elle est masquée par le
VWF qui empêche ainsi la liaison à la LRP1 du FVIII complexé au VWF.
VIII. Anomalies génétiques responsables de l’HA
Délétions 155 6%
Micro-délétions 121 4,7%
Grande délétions 34 0,13%
Insertions 13 0,05%
Petites insertions 7 0,03%
grandes insertions 6 0,02%
Duplications 26 0,1%
Petites duplications 5 0,01%
Grandes duplications 21 0,09%
Figure 31 : Structure des chromosomes sexuels mâles humains et la localisation des deux
régions PAR1 et PAR2, d’après (Flaquer et al, 2008).
2. La micro-inversion de l’intron 1
Le gène F8 se trouve divisé en deux parties dans des orientations opposées. En effet,
l’exon 1 est déplacé dans la direction opposée à celle des exons 2 à 26. Cette micro-inversion
crée deux transcrits hybrides : l’un sous le contrôle du promoteur du F8 et ne comprend que
l’exon 1 du F8; l’autre sous le contrôle du promoteur du gène BRCC3 et comprend tous les
exons sauf le dernier de BRCC3 et les exons de 2 à 26 du gène F8 (Brinke et al, 1996).
Figure 33: Représentation schématique du mécanisme responsable de la micro-inversion de
l’intron 1, adaptée à partir de (Graw et al, 2005).
En plus des micro-inversions décrites ci-dessus, l’HA est causée par d’autres types de
mutations qui peuvent être divisées en quatre grandes catégories : les mutations ponctuelles,
les mutations de type décalage de cadre de lecture, les délétions/insertions et les duplications
(Payne et al, 2013).
La majorité des cas d’HA (environ 67%) a pour origine une mutation ponctuelle dans
le gène F8 (Tableau 2). Ces mutations ponctuelles regroupent les mutations faux-sens, les
mutations non-sens et les mutations au niveau des sites d’épissage. La distribution de ces
mutations est indiquée dans le tableau 2. La majorité des mutations ponctuelles sont des
mutations faux-sens (48,7%), suivis par les mutations non-sens (11,3%) et enfin les mutations
au niveau des sites d’épissage (7,7%) (Tableau 2).
La distribution de ces mutations tout au long des exons du gène F8 codant les
différents domaines de la protéine est représentée dans la figure 34. Les mutations nonsenses
et au niveau des sites d’épissage sont réparties sur l’ensemble des domaines FVIII.
Cependant, les mutations faux-sens sont dispersées tout au long des domaines à l’exception
du domaine B où elles sont relativement rares (Payne et al, 2013).
Figure 34: Distribution des mutations ponctuelles sur les différents domaines du FVIII,
d’après (Payne et al, 2013).
Parmi les mutations faux sens les plus particulières, les substitutions de type C>T
et G>A au niveau des dinucléotides CpG ont été décrites chez des patients atteints d’HA.
Ces mutations sont provoquées par la désamination spontanée induite par la méthylation de la
5-méthylcytosine (El-Maarri et al, 1998; Youssoufian et al, 1988). Les points chauds pour ce
type de mutation sont les codons : 1689, 1941, 1966, 2147, 2150, 2159, et 2163.
Les mutations de type décalage de cadre de lecture sont responsable de 23,3% d’HA
(Tableau 2). Ces mutations sont causées par des petites délétions, des insertions ou des
duplications différentes d’un multiple de trois situées dans des régions codantes du gène du
F8. Ces mutations sont responsables d’un décalage du cadre de lecture lors de la traduction de
l’ARNm en protéine, ce qui aboutit le plus souvent à l’apparition d’un codon stop prématuré.
Ce type de mutation est ainsi associé à la forme sévère d’HA (Payne et al, 2013).
5. Les délétions/insertions
Les délétions du gène F8 sont responsables de 6% d’HA (Tableau 2). Elles peuvent
être de deux types : les grandes délétions (4,7%) ou les micro-délétions (1,3%) (Tableau 2).
Les grandes délétions regroupent les délétions partielles ou totales du gène qui peuvent
atteindre une région de 210 kb (Figure 35). Au niveau protéique, ces délétions peuvent induire
la disparition de la fonction du FVIII, la suppression d’une partie importante de la protéine
ou introduire un changement du cadre de lecture. Ainsi, ce type de modification est
généralement associé à une forme sévère de l’HA (CHAMP mutations).
Les micro-délétions sont des petites délétions d’un à plusieurs paires de bases
(< 50 pb). Ces micro-délétions peuvent avoir comme conséquence soit un décalage du cadre
de lecture ou l’apparition d’un codon stop à la séquence protéique (CHAMP mutations).
6. Les duplications
Un autre type de mutation responsable de l’HA est les duplications du gène F8.
Ces mutations sont responsables d’environ 0,1% des cas d’HA (Tableau 2). Les duplications
peuvent avoir comme effet soit un décalage du cadre de lecture ou de gros réarrangements de
gène de type duplication d’un exon individuel comme cela a été rapporté pour l’exon 24
(Rafati et al, 2011) ou bien d’une région contenant plusieurs exons tels que les duplications
des exons 1 à 5 et des exons 7 à 22 (Rost et al, 2008; Zimmermann et al, 2010).
IX. Développement des inhibiteurs anti-FVIII
L’apparition d’un anticorps anti-FVIII est précoce dans la vie d’un patient hémophile,
généralement dès les premières injections de FVIII thérapeutique. Ces anticorps apparaissent
souvent au cours des 10 à 50 premiers jours cumulés en présence de l’antigène (JCPA)
(Hay, 2006; Wight & Paisley, 2003). Si aucun anticorps n’apparaît au cours des 50 premiers
JCPAs, sa probabilité de survenue devient faible voire impossible.
Parmi les anticorps générés lors de la réponse immunitaire anti-FVIII, un seul type est
responsable de la mise en échec du traitement. En effet, seuls sont impliqués les anticorps
capables d’inhiber le rôle pro-coagulant du FVIII thérapeutique, attribut qui leur a valu
l’appellation d’anticorps « inhibiteurs ».
Les inhibiteurs constituent une population d’immunoglobulines G polyclonale (IgG)
dirigées contre les différents domaines du FVIII thérapeutique. Ces IgG ont été initialement
caractérisés comme appartenant à des sous-classes IgG1 et IgG4 (Fulcher et al, 1987;
Kavanagh et al, 1981). Bien que ces derniers sont les plus abondants chez les patients
développant des inhibiteurs, d’autres études ont montré que le développement des inhibiteurs
implique également des sous-classes IgG2 (Fulcher et al, 1987; Gilles et al, 1993; Reding et
al, 2002; Whelan et al, 2013). Cependant, la prédominance des IgG4 pourrait s’expliquer par
l’administration répétée du produit thérapeutique. En effet, les IgG4 sont une sous-classe
impliquée dans les réactions atopiques déclenchées par une exposition prolongée à certains
allergènes comme le pollen, la poussière ou les acariens (Aalberse et al, 1983).
Les inhibiteurs présentent des sites de liaison tout au long du FVIII thérapeutique
empêchant les interactions entre le FVIII et ses partenaires au cours de la cascade de
coagulation: FvW, PLs, FIX et FX (cf.IV.5) (Figure 36) (Lavigne-Lissalde et al, 2009).
D’autres inhibiteurs interférant avec les activateurs du FVIII (par la thrombine ou FXa) ont
été caractérisés (Meeks et al, 2007; Meeks et al, 2008). Bien que les inhibiteurs de FVIII
reconnaissent les épitopes dans tous les domaines, le domaine A2 et la chaîne légère
(C2, C1 et A3) apparaissent les plus immunogènes (Chaves et al, 2008; Meeks et al, 2007;
Meeks et al, 2008; Scandella et al, 2001).
Figure 36: Représentation schématique des épitopes reconnus par les inhibiteurs anti-FVIII.
Les inhibiteurs anti-FVIII peuvent neutraliser le FVIII par trois grands mécanismes :
par encombrement stérique (Dimitrov et al, 2010; Lavigne-Lissalde et al, 2009; Zhang et al,
2009), par hydrolyse catalytique (Lacroix-Desmazes et al, 2002; Lacroix-Desmazes et al,
1999) ou en formant des complexes immuns qui accroissent la clairance du FVIII
(Kazatchkine et al, 1980). Compte tenu du caractère polyclonal des anticorps, les différents
mécanismes peuvent être impliqués.
Un autre mécanisme d’inactivation du FVIII par ces inhibiteurs a également été décrit.
Il s’agit de l’hydrolyse du FVIII par des anticorps possédant une activité enzymatique propre
(Lacroix-Desmazes et al, 1999). Ces anticorps « catalytiques » ont été retrouvés chez 50 %
des patients hémophiles A sévères (Lacroix-Desmazes et al, 2002).
Dans une première étape, l’antigène FVIII injecté est reconnu et intériorisé par des
cellules présentatrices d’antigènes (CPA). Différents types de CPA peuvent être impliqués
dans l’absorption du FVIII thérapeutique : les cellules dendritiques (CD), les macrophages et
les lymphocytes B (LB) (Figure 37) (Andre et al, 2009; Astermark, 2010). Dans les
endosomes de ces cellules, l’antigène est dégradé en peptides qui sont ensuite associés à des
molécules du système Human Leucocyte Antigène de classe II (HLA II). A la surface des
CPA, le complexe peptide/HLA II est présenté aux LT environnants (Andre et al, 2009; White
et al, 2005).
Après stimulation antigénique, les CPA activent les LT CD4+ naïfs spécifiques de
l’antigène. Ces cellules peuvent se différencier en deux types cellulaires (Th1 ou Th2) dont le
rôle et le type de cytokines sécrétées sont différents (Ghosh & Shetty, 2009; Romagnani et al,
1997). Les cellules Th1 sécrètent des cytokines pro-inflammatoires, telles que l’Interleukine 2
(IL2) et l’interféron-gamma (INF-γ), et peuvent être directement cytotoxiques. Tandis que les
cellules Th2 produisent des cytokines anti-inflammatoires telles que l’IL4 et l’IL10, qui
inhibent la prolifération et la fonction des cellules Th1 et des CPA.
Ces deux types de LT vont ainsi induire l’activation des LB spécifiques de l’antigène.
Ces derniers se différencient en plasmocytes, sécrétant des anticorps anti-FVIII et en cellules
B mémoire. Les cytokines de type Th1 stimulent le développement des IgG1 et IgG2, alors
que les cellules Th2 stimulent le développement des IgG4. Une nouvelle injection de FVIII
provoque une réponse immunitaire plus rapide et plus intense du fait de l’activation directe
des LB mémoires en cellules sécrétrices d’anticorps anti-FVIII (Cayzac et al, 2010).
La survenue des inhibiteurs anti-FVIII est régie par des facteurs de risque propres aux
patients (génétiques) et d’autres dépendant au traitement (environnemental).
Figure 39: Représentation schématique des six haplotypes F8, d’après (Viel et al, 2009).
Figure 40: Représentation schématique des deux FVIII thérapeutique Kogenate®
et Recombinate®, d’après (Viel et al, 2009).
Le risque d’apparition des inhibiteurs augmente de façon significative chez les patients
ayant des antécédents familiaux. En effet, le risque de développement des inhibiteurs chez les
patients présentant des antécédents familiaux était de 48%, tandis que le risque chez les
patients sans antécédents familiaux était de 15% (Astermark et al, 2001).
Plusieurs études suggèrent que certains allèles HLA pourraient être associés à un
risque élevé d’apparition des inhibiteurs tandis que d’autres seraient protecteurs (Hay, 2006;
Oldenburg et al, 1997).
Des études portant sur le rôle des gènes HLA de classe II dans le développement des
inhibiteurs ont suggéré une faible association. En effet, les premières études restaient peu
concluantes, voire contradictoires (Aly et al, 1990; Frommel et al, 1981; Lippert et al, 1990;
Mayr et al, 1984; Papasteriades et al, 1986). Aly et al, avaient montré une légère sous
représentation des allèles HLA-A3 (6,2 % vs 32,1 %) et HLA-B7 (6,2 % vs 35,7 %) chez les
patients hémophiles A avec inhibiteurs par rapport aux patients sans inhibiteurs
(Aly et al, 1990).
Une étude menée au Royaume-Uni chez 176 hémophiles, a noté une fréquence
significativement élevée de l’allèle DQA1*0102 chez les patients développant des inhibiteurs
porteurs de la micro-inversion de l’intron 22 (Hay et al, 1997). Une autre étude allemande,
portant sur 71 patients atteints d’HA sévère porteurs de la micro-inversion de l’intron 22, a
montré que les allèles (HLA-A*03, HLA-B*07, HLA-C*07, HLA-DQA*0102, HLA-
DQB*0602, et HLA-DRB1*15) étaient plus fréquents chez les cas ayant développé des
inhibiteurs par rapport à ceux ne développant pas des inhibiteurs (Oldenburg et al, 1997).
Oldenburg et al. ont déterminé deux types d’allèles ; les allèles dits « à risque » : allèles HLA-
A*03, HLA-B*07, HLA-C*07, HLA-DQA*0102, HLA-DQB*0602, et HLA-DRB1*15 et les
allèles dits « protecteurs » (DQA0103, DQB0603, DR13).
Certains polymorphismes notamment des régions promotrices des gènes codant pour
la cytokine pro-inflammatoire Tumor Necrosis Factor α (TNFα) et la cytokine
anti-inflammatoire IL10 ont été associés au développement des inhibiteurs anti-FVIII
(Astermark et al, 2006c; Pavlova et al, 2009b).
Dans l’HA, ces deux polymorphismes ont été identifiés comme facteurs de risque
génétiques au développement des inhibiteurs (Astermark et al, 2006c; Chaves et al, 2010;
Pavlova et al, 2009b).
5.1.5.2. Le polymorphismes du gène TNFA
Le TNFα est une cytokine assurant un large spectre de fonction. En effet, le TNFα
intervient dans l’inflammation, dans les réponses immunitaires innée et acquise, le sepsis et le
développement des cancers avec des activités paradoxales d’induction de la mort ou
de prolifération cellulaire (Balkwill, 2009).
Le gène TNFA (OMIM#191160) codant cette cytokine est situé au niveau du bras
court du chromosome 6 en 6p21.33. Parmi les polymorphismes les plus étudiés du gène
TNFA, le TNFA-308(c.-308C>A) est un polymorphisme de type SNP localisé dans le
promoteur (Wilson et al, 1993). L’allèle TNFA-308 a été retrouvé associé à une augmentation
de la synthèse de TNFα (Bouma et al, 1996). Une association entre le génotype TNF-308A/A
et le développement des inhibiteurs a été mise en évidence par plusieurs études (Astermark et
al, 2006b; Pavlova et al, 2009b; Zhang et al, 2011). Un autre polymorphisme localisé au
niveau du promoteur du gène TNFA (TNFA-857) a également été associé au développement
des inhibiteurs chez les patients hémophiles (Pinto et al, 2012).
Santagostino et al. ont suggéré l’existence d’une relation inverse entre l’âge à la
première exposition du FVIII et le risque de développer un inhibiteur
(Santagostino et al, 2005). Goudemand et al. ont trouvé un risque plus élevé chez les patients
plus âgés à la première exposition par rapport aux plus jeunes (Goudemand et al, 2006).
La Concerted Action on Neutralizing Antibodies in severe hemophilia A Study
(CANAL study) a également montré une association hautement significative entre l’âge au
début de la première exposition et un risque accru de développer des inhibiteurs
(Gouw et al, 2007b).
La population Algérienne est une population caucasienne qui présente des influences
importantes venant des populations voisines : africaines et européenne. L’étude moléculaire
de l’HA n’a jamais été réalisée dans la population Algérienne. La présente étude a été
entreprise pour mettre en évidence toutes les spécificités de l’HA dans cette population.
Dans le cadre de cette étude, trois axes de recherches ont été développés.
Dans le premier axe « Caractérisation génétique des anomalies moléculaires responsables de
l’HA dans la population Algérienne », nous avons eu comme objectif de déterminer les
fréquences des micro-inversions des introns 1 et 22 dans notre population. Nous avons ensuite
recherché les autres types d’anomalies génétiques responsables de l’HA afin de déterminer les
particularités du spectre mutationnel du gène F8 dans la population Algérienne.
Le troisième axe de recherche « Prédiction in silico des effets délétères des mutations
responsables de l’HA dans la population Algérienne » a porté sur l’étude in silico des
fonctionnalités des mutations mises en évidence dans l’axe 1 au niveau protéique par
l’utilisation de différents logiciels de prédiction et de modélisation moléculaire en 3D. Nous
avons eu comme objectif de mettre en place un protocole bioinformatique permettant
d’évaluer in silico l’impact des mutations sur l’épissage, la structure et/ou la fonction de la
protéine FVIII.
POPULATION D’ETUDE & METHODES
I. Population d’étude
Ce travail a porté sur l’étude moléculaire de l’HA de 27 patients hémophiles âgés entre
5 et 47 ans et appartenant à 21 familles non apparentés (19 sévère et 2 avec la forme
modérée).
Après recueil du consentement éclairé en accord avec la déclaration d’Helsinki des cas
index et de leurs parents (annexe 1), un volume de 5 ml de sang a été prélevé par patient sur
une solution d’Ethylène Diamine Tétra Acétique (EDTA). Ces prélèvements sanguins nous
ont été fournis par les services d’hématologie des Centres Hospitalo-Universitaires (CHU)
d’Oran, de Tlemcen, de Sidi-Bel-Abbès et de Mascara dirigés respectivement par Pr Touhami,
Pr Mesli, Dr Belazaar et Dr Mehalhal.
D’autre part, dix échantillons d’ADN de témoins sains Algériens nous ont été fourni par
le Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire (LGMC, USTO-MB).
II. Méthodes
L’approche initiale chez les patients hémophiles sévères était de rechercher la présence
de la micro-inversion de l’intron 22 en utilisant la Polymerase Chain Reaction Longue Range
(PCR LR). En cas de négativité, la micro-inversion de l’intron 1 était recherchée par PCR
triplex. En absence de ces deux micro-inversions, un séquençage des 26 exons du gène F8 et
de leurs régions flanquantes, suivi dans le cas échéant d’un séquençage du promoteur et de la
région 3’UTR, est réalisé.
Concernant les patients hémophiles atteints d’une forme modérée, nous avons procédé
directement à l’analyse complète du gène F8 suivie le cas échéant d’un séquençage du
promoteur et de la région 3’UTR.
L’extraction par kit stratagene repose sur une modification du protocole d’extraction
par « Salting Out » qui consiste à traiter les lysats cellulaires par des solutions salines afin
d’éliminer les protéines associées à l’ADN (Miller et al, 1988). L’extraction se déroule en
trois étapes : la première consiste à une lyse des protéines cellulaires. Cette étape est suivie
d’une élimination des protéines par le sel. La dernière étape consiste en une précipitation de
l’ADN à l’éthanol suivie d’une remise en suspension des méduses dans un tampon de choix.
Les différentes concentrations des ADN extraits ont été mesurées à l’aide d’un
spectrophotomètre mesurant l’absorbance à 260 nm. Les concentrations des différents
prélèvements d’ADN ont ensuite été ajustées par dilution entre 100 et 200 ng/µl.
3.1. Principe
Figure 41: Représentation schématique des étapes de la PCR classique, d’après (Read et al,
2008).
4. Détection de la micro-inversion d’intron 22 par PCR Long Range
4.1. Principe
Tableau 3 : Séquences des amorces utilisées dans l’amplification par PCR LR.
5' int22h1 P GCC CTG CCT GTC CAT TAC ACT GAT GAC ATT ATG CTG AC
3' int22h1 Q GGC CCT ACA ACC ATT CTG CCT TTC ACT TTC AGT GCA ATA
5' int22h2/3 A CAC AAG GGG GAA GAG TGT GAG GGT GTG GGA TAA GAA
3' int22h2/3 B CCC CAA ACT ATA ACC AGC ACC TTG AAC TTC CCC TCT CAT A
T° 94°C 94°C 60°C 65°C 60°C 65°C 94°C 60°C 65°C 60°C 65°C 72°C 4°C
Temps 3min 12sec 2min 3min 3 min 5 min 12sec 2min 3min 3 min 5 min * 7min ∞
Cycles 1 10 20 1
5.1. Principe
Les amorces du mix C s’hybrident avec la région de 1,5 kb dans le cas normal et avec
la région de 1 kb dans le cas d’une micro-inversion. Les résultats attendus sur le gel
électrophorétique seront donc des bandes de 1 et 1,5 kb correspondant à ces deux régions
respectivement (Figure 45). Les résultats d’électrophorèse obtenus par l’amplification avec le
mix T est l’inverse de celui obtenus par l’amplification avec le mix C. Les conductrices
présentent un pattern additif des deux profils électrophorétiques.
Tableau 5: Séquences des amorces utilisées dans l’amplification par PCR triplex.
L’ADN génomique (concentré à 100 ng/μl) est amplifié dans un mélange réactionnel
d’un volume final de 50 μl contenant 48 μl de Mix C. Le Mix C est composé de tampon 1X
(Perkin-Elmer, Warrington, Royaume-Uni), 1,5 mM MgSO4, 0,5 mM de chaque dNTP, 5% du
DMSO et 2,5U de Taq polymérase (Perkin-Elmer, Warrington, Royaume-Uni).
Les concentrations des amorces Int1h-2F, 9F et 9cR sont de 200 pM /µl (Sigma Aldrich,
France).
L’ADN génomique (concentré à 100 ng/μl) est amplifié dans un mélange réactionnel
d’un volume final de 50 μl contenant 48 μl de Mix T. Le Mix T est composé de tampon 1X
(Perkin-Elmer, Warrington, Royaume-Uni), 1,5 mM MgSO4, 0,5 mM de chaque dNTP, 5% du
DMSO et 2,5U de Taq polymérase (Perkin-Elmer, Warrington, Royaume-Uni). Les
concentrations des amorces Int1h-2F, 9F et Int1h-2R sont de 200 pmol/µl (Sigma Aldrich,
France).
6.1. Principe
Les fragments sont séparés en fonction de leurs tailles, les plus petits migrant plus
rapidement. Quand ces fragments passent devant la cellule de détection, un faisceau laser
excite leur fluorescence. La fluorescence ainsi émise par chaque ddNTP est collectée par une
caméra CCD et restituée sous forme de chromatogrammes.
Figure 46 : Représentation schématique du principe de séquençage, d’après (Read et al,
2008).
Une série de trente deux couples d’amorces ont été utilisées dont 7 pour l’exon 14 afin
d’amplifier les 26 exons du gène F8 (annexe 4). Chaque exon est amplifié par un couple
d’amorces comprenant une vingtaine de nucléotides en amont et en aval afin d’analyser les
sites d’épissage. Tandis que huit autres couples d’amorces ont été utilisés pour l’amplification
du promoteur et de la région 3’UTR du gène F8 (annexe 4).
Les séquences des amorces ont été sélectionnées par Catherine Costa et collaborateurs
(laboratoire de biochimie et de génétique à l’hôpital Henri MONDOR, France) à partir de la
séquence du gène F8. Ces amorces sont tous pourvues d’une queue identique (Common
tailing primers). En effet, les amorces sens ont tous une queue (tail) commune. Les amorces
reverse présente également une autre queue commune. La présence de ces séquences permet
d’utiliser qu’un primer de séquence sens unique (5’U) et reverse (3’U) lors de l’étape de
réaction de séquence.
Au cours de cette étape chaque région (exons, promoteur ou 3’UTR) est amplifiée en
utilisant les amorces spécifiques. L’ADN génomique (concentré à 50 ng/µl) est amplifié dans
un mélange réactionnel contenant du tampon d’amplification 1X (Applied Biosystem, Foster
City, Etats-Unis), 2,5 mM de MgCl2, 200 µM de dNTP, 10 pM de chaque couple d’amorces
(Sigma Aldrich, France) et 1U de Taq polymérase Gold (Applied Biosystem, Foster City,
Etats-Unis).
Cette étape a pour objectif l’élimination des amorces et des dNTPs en excès dans les
produits d’amplification avant séquençage par l’action d’une phosphatase alcaline et d’une
exonucléase. Cette purification a été réalisée en utilisant le kit ExoSAP-IT (Affymetrix, Paris,
France). Un volume de 1μl d’ExoSAP-IT est ajouté à l’amplimère. Ce mélange est ensuite
incubé pendant 15 min à 37°C puis pendant 15 min à 80°C.
6.3.3. Réaction de séquence
Les réactions de séquences ont été effectuées suivant le protocole recommandé par
Applied Biosystems pour le kit de séquençage BigDye®Terminator v3.1. Un volume de
0,5 μl d’amplimère purifié est utilisé pour la réaction de séquence, avec 0,125X du réactif
BigDye Terminator (Applied Biosystem, Foster City, Etats-Unis), 0,75X de tampon du
BigDye Terminator (Applied Biosystem, Foster City, Etats-Unis), 0,2 pM/μl d’amorces
universelles de séquençage, complété par de l’eau à 10 μl. Cette étape est effectuée une fois
avec l’amorce universelle sens et une autre fois avec la reverse.
Les différents échantillons préparés ont été chargés sur les séquenceurs
ABI PRISM 310 et ABI PRISM 3130XL (Applied Biosystem, Foster City, Etats-Unis) pour
réaliser l’électrophorèse capillaire. Les fragments d’ADN injectés vont migrer le long du
capillaire contenant le POP-6 (Applied Biosystem, Foster City, Etats-Unis) à une vitesse qui
dépendra de leurs tailles.
Les séquences nucléotidiques obtenues à l’aide de chaque couple d’amorces, soit une
séquence avec l’amorce sens et avec l’amorce reverse, ont été utilisées pour comparaison par
le logiciel MultAlin (http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html). Les séquences
reverses ont préalablement été inversées en utilisant le logiciel en ligne Reverse Complement
(http://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html). Toutes les séquences nucléotidiques
obtenues ont été alignées entre elles, et comparées à celles de la séquence de référence
(GenBank, NM_000132.3) et des dix ADN témoins de la même origine. De cet alignement
multiple, nous avons pu déterminer toutes les variations de séquence du gène F8 chez les
patients hémophiles étudiés.
Une mutation peut être décrite par référence à l’ADNc ou à la protéine codée par cet
ADN. La description commence par le préfixe c. ou p. respectivement selon le référentiel
utilisé. Pour l’ADNc, le symbole > signifie substitué en. Les nucléotides sont numérotés à
partir d’un point de départ fixé par consensus et répertorié dans les banques de données.
Tandis que la nomenclature des variations de séquence au niveau protéique a été basée
à la fois sur la nomenclature approuvée par l’HGVS et la nomenclature d’HAMTeRS. La
nomenclature HGVS diffère de celle d’HAMTeRS en 19 premiers aa correspondant au
peptide signal. Pour ces deux nomenclatures, nous avons utilisé les codes des aa de trois
lettres (annexe 5). Un codon stop est respectivement symbolisé par la lettre * et X en utilisant
les nomenclatures HGVS et HAMTeRS. Afin d’éviter toute confusion dans ce manuscrit, la
position des aa suivant la nomenclature HAMSTeRS est indiquée entre parenthèses.
Ce logiciel emploie la classification de Bayes afin de prévoir quel est le potentiel pour
qu’une altération soit causale. Cette classification est constituée d’une base de donnés de tous
les tests et les caractéristiques des altérations et calcule les probabilités afin de déterminer si la
variation de séquence correspond à une mutation responsable de la maladie (disease causing)
ou bien à un polymorphisme sans conséquence sur la protéine (polymorphism).
7.1.Principe
1. Etape d’hybridation: l’ADNg dénaturé est mis en présence des couples de sondes. Ces
sondes vont s’hybrider de façon spécifique à leurs séquences cibles.
2. Etape de ligation: chaque couple de sonde va se lier pour former une séquence unique.
3. Etape d’amplification: la dernière étape consiste en une amplification par PCR
multiplex en utilisant un couple d’amorces commun à tous les fragments.
L’utilisation d’un seul couple d’amorces permet d’avoir des conditions d’amplification
identiques pour chaque fragment.
Une migration des produits d’amplification obtenus est réalisée par électrophorèse sur
séquenceur afin de séparer les fragments en fonction de leur tailles et de les quantifier.
Chaque fragment peut donc être visualisé sous forme d’un pic qui, selon son amplitude par
rapport au témoin, permet la détection du nombre de copies au niveau du locus.
La méthode MLPA a été réalisée en utilisant le kit F8-P178 (MRC-Holland) selon les
instructions du fournisseur. Cette méthode a été réalisée au niveau du laboratoire de biochimie
et de génétique à l’hôpital Henri MONDOR, France.
Pour chaque réaction, 250 ng d’ADN ont été dénaturés et hybridés avec le mélange de
sondes spécifiques des exons du gène F8. Après migration des produits de PCR sur le
séquenceur ABI 3130XL, les données ont été visualisées par le logiciel GeneMapper®
et analysées par le logiciel Coffalyser™ (MRC-Holland). Les résultats obtenus ont été
comparés au résultat d’un échantillon témoin. La différence des hauteurs de pic par rapport au
témoin indique un changement du nombre de copies de l’exon cible.
La recherche et le titrage des inhibiteurs anti-FVIII ont été réalisés par la méthode
Bethesda préalablement décrite par Verbruggen et al (Verbruggen et al, 1995). Ce test était
systématiquement réalisé une fois tous les 3 mois au niveau du laboratoire d’hémobiologie
du CHU d’Oran. Un titre d’inhibiteur positif a été défini comme étant égal ou supérieure à
0,6 UB/ml. Les patients présentant une valeur supérieure à 5 UB/ml ont été classés comme
fort répondeurs. Inversement, un titre d’inhibiteur inferieur à 5 UB /ml classait les patients
comme faibles répondeurs.
9. Analyse statistique
L’OR est une mesure statistique qui permet d’apprécier l’intensité de cette association.
Un marqueur protecteur se traduit par un OR compris entre 0 et 1. Tandis que pour un
marqueur prédisposant, la valeur de l’OR est supérieure à 1. Cette association est jugée
statistiquement significative lorsque l’IC à 95 % de l’OR ne comporte pas la valeur 1.
La grande majorité des épitopes reconnus par les LB sont de deux types : continus et
discontinus. Un épitope continu est un épitope constitué d’aa successifs dans la séquence
primaire de la protéine FVIII. Un épitope discontinu (conformationnel) est constitué de
segments non contigus de la séquence d’aa. Le repliement de la protéine FVIII permet le
rapprochement de certains résidus éloignés dans la séquence primaire.
Afin de prédire les effets des mutations faux-sens sur l’apparition de ces épitopes
reconnu par les LB, deux logiciels bioinformatiques ont été utilisés: l’Immune Epitope
Database (IEDB) (http://tools.immuneepitope.org/tools/bcell/iedb_input) et le BEPIPRED
(http://www.cbs.dtu.dk/services/BepiPred).
11. Etude in silico des effets délétères des mutations
Les variations de bases au niveau des gènes sont, le plus souvent, responsables de
troubles fonctionnels des protéines concernées menant à l’apparition de plusieurs maladies.
Ces variations peuvent se produire au niveau d’une région codante (exon) ou au niveau des
introns et peuvent donc avoir des effets sur le processus d’épissage et/ou sur la
structure/fonction de la protéine. Plusieurs logiciels destinés à prédire les différents effets
délétères des mutations ont été développés.
Le logiciel ESE Finder, également accessible en ligne, facilite l’analyse rapide des
séquences régulatrices activatrices d’épissage (ESE) (Cartegni et al, 2003). Ces séquences
représentent les sites de fixation de différentes protéines riches en sérine impliquées dans le
processus d’épissage (SR : Alternative Splicing Factor/Splicing Factor 2 (ASF/SF2),
Spliceosomal Component 35(SC35), SR protein 40 (SRp 40) et SR protein 55 (SRp55)).
ESE Finder prédit l’effet des mutations par recherche de séquences potentielles de fixation de
ces quatre protéines SR.
11.2. Effets des mutations exonique sur la structure/fonction de la protéine
11.2.1. Prédiction d’effet de mutation sur la stabilité de la protéine par le logiciel I-
Mutant 2.0
11.2.2. Prédiction des effets des mutations par Sorting Intolerant From Tolerant (SIFT)
1. Les informations pour les substitutions connues à une position donnée, contenant les
annotations de séquences.
2. L’alignement multiple.
3. Les informations structurales provenant de banque de données de structure PDB.
11.2.4. Prédiction des effets des mutations par Align Grantham Variation Grantham
Deviation (Align GVGD)
Align Grantham Variation Grantham Deviation (Align GVGD) est un logiciel gratuit
(http://agvgd.iarc.fr/) qui combine l’alignement multiple de séquence protéique ainsi que les
caractéristiques biophysiques des aa afin de prédire l’effet d’une substitution sur la fonction
protéique (Tavtigian et al, 2008).
La modélisation par homologie est une méthode prédictive basée sur l’élaboration
d’une structure 3D dont la séquence en aa est connue. Les structure 3D des protéines FVIII
natives et mutées ont été construite par le logiciel Swiss Pdb Viewer (http://spdbv.vital-it.ch/)
à partir des données cristallographiques publiées dans la PDB sous le code : (PDB ID: 3CDZ).
Les modèles 3D renfermant les mutations à analyser sont comparés avec celui construit à
partir de la séquence normale.
Pour chaque mutation, plusieurs paramètres ont été étudiés et comparés à partir des
deux structures 3D construites et superposées. Les substitutions d’aa ont été analysées en
fonction de la localisation des résidus substitués au niveau de la structure 3D du FVIII, des
changements structuraux de la protéine FVIII, des propriétés physicochimiques des aa et de la
taille et l’orientation des chaines latérale des résidus normaux et mutés.
RESULTATS
La partie résultats de cette thèse est présentée en trois parties. La première partie
correspond aux résultats issus de la caractérisation génétique des anomalies moléculaires
responsables de l’HA dans la population Algérienne. Ces derniers sont présentés sous forme
d’un article original publié en 2013 dans le journal « Clinical and Applied
Thrombosis/Hemostasis ».
Enfin, la troisième partie est intitulée prédiction in silico des effets délétères des
mutations responsables d’HA dans la population Algérienne. Certains résultats de cette partie
sont publiés dans le premier article.
I. Caractérisation génétique des anomalies moléculaires
responsables de l’HA dans la population Algérienne :
identification de deux nouvelles mutations
1. Introduction
En dehors des mutations récurrentes représentées par les micro-inversions des introns
1 et 22 (cf. chapitre V), la grande majorité des mutations décrites sont spécifiques à chaque
famille. De plus, ces mutations peuvent être localisées tout au long du gène F8 ce qui oblige
fréquemment les laboratoires de biologie moléculaire à analyser la totalité du gène F8. Toutes
ces caractéristiques compliquent l’identification des mutations responsable de l’HA.
Plusieurs études ont été réalisées afin de caractériser les mutations responsables de
l’HA dans plusieurs populations. Cependant, aucune étude du genre n’a été réalisée dans la
population Algérienne. Dans cet axe de recherche, nous rapporterons les fréquences des
micro-inversions des introns 1 et 22 du gène F8 retrouvées dans notre échantillon. Dans un
second temps nous décrirons les différentes mutations responsables de l’HA dans notre
échantillon tout en recherchant les particularités de notre population.
2. Résultats
D’autre part, la micro-inversion de l’intron 1 a été recherchée par deux PCR triplex.
Cette micro-inversion a été détectée uniquement chez un patient atteint d’une forme sévère de
l’HA (Article 1, tableau 2), ce qui représente une fréquence égale à 5,26% dans cet
échantillon.
Comme ces deux micro-inversions sont bien établies comme des mutations causales
de la forme sévère de la maladie, aucune autre enquête n’a été réalisée pour rechercher
d’autres types de mutations du gène F8 chez ces patients.
2.2. Les mutations ponctuelles
D’autre part le séquençage de l’exon 23 a permis d’identifier chez le patient HA25 une
substitution de type transversion G>A en position 6545 de l’exon 23 (c.6545G > A).
Cette mutation entraîne un changement de la seconde base du codon CGT à CAT responsable
de la substitution d’une arginine par une histidine en position 2182 (2163) (p.Arg2182His,
Arg2163His).
2.2.3.2. Le polymorphisme
Pour le patient HA23, la seule variation de séquence détectée est une substitution de
type transversion en position 3780 de l’exon 14 (c.3780 C>G). Cette substitution provoque un
changement dans la troisième base du codon GAC (Acide aspartique) à GAG (Acide
glutamique) en position 1260 (1241) dans le domaine B (p.Asp1260Glu, Asp1241Glu).
2.3. Détermination du statut des mutations détectées
Une recherche bibliographique ainsi qu’au niveau des bases de données de l’HA
disponibles a été réalisée afin de déterminer si les mutations identifiées ont été préalablement
rapportées dans d’autres populations. Les résultats de cette recherche sont représentés dans le
tableau 8.
Mutation Rapporté dans les bases Rapporté dans des Statut des
identifiée de données d’HA articles mutations
c.322A>T HAMSTerS / Rapportée
c.5953C>T HAMSTerS / Rapportée
c.5219+1G>T / / Nouvelle
c.200A>C HAMSTerS / Rapportée
c.2189G>A / / Nouvelle
c.6545G > A HAMSTerS Rapporté dans plusieurs Rapportée
CHAMP articles
Ainsi, quatre mutations ont été préalablement décrites dans la base de données
HAMSTerS. Il s’agit des mutations : c.322A>T, c.5953C>T, c.200A>C et c.6545G>A.
Tandis que les deux mutations (c.5219+1G>T et c.2189G>A) n’ont jamais été citées
dans les bases de données ou rapportées dans des articles. Ces mutations sont des nouvelles
mutations identifiées dans la population Algérienne et qui semblent être spécifique à cette
population.
Pour trois cas index présentant les critères diagnostiques de l’HA : deux cas avec la
forme sévère et un cas avec la forme modérée, la recherche de mutation au niveau du gène F8
est restée négative. Aucune mutation n’a été retrouvée au niveau du gène F8 des patients
HA23, HA24 et HA26. En effet, le séquençage de la région codante, du promoteur et de la
région 3’UTR du gène F8 a permis de confirmer l’absence de mutations ponctuelles au niveau
de ces régions. D’autre part, la recherche par MLPA de gros réarrangements du gène F8 de
type délétion ou duplication est également restée négative chez ces trois patients.
II. Mutations du gène F8 et le développement des inhibiteurs
chez les patients hémophiles A Algériens
1. Introduction
2. Résultats
Dans ce deuxième volet, nous avons dans un premier temps déterminé les fréquences
des mutations du gène F8 dans le groupe de patients développant des inhibiteurs. Dans un
second temps, nous avons recherché l’existence d’une éventuelle association entre les
mutations identifiées et le développement des inhibiteurs chez 24 patients hémophiles.
L’article 2 est inclus dans le manuscrit pages : 117-120.
L’analyse statistique de distribution des mutations du gène F8 dans les deux groupes
de patients hémophiles avec et sans inhibiteurs est représentée dans le tableau 2 (Article 2).
Après comparaison des distributions de chaque type de mutation du gène F8 testées entre les
deux groupes de patients avec et sans inhibiteur, il ressort qu’il n’existe aucune différence
statistiquement significative dans la distribution des fréquences de ces mutations entre les
deux groupes de patients (p>0,05) (tableau 2, article 2).
D’autre part, et afin de prédire les effets des mutations faux-sens préalablement
identifiées sur l’apparition des épitopes reconnus par les LB, deux logiciels de prédiction in
silico des épitopes ont été utilisés. Les résultats obtenus par les logiciels IEDB et BEPIPRED
ont permis d’exclure l’implication des mutations faux-sens identifiées dans cette étude dans
l’apparition des épitopes reconnu par les LB.
III. Prédiction in silico des effets délétères des mutations
responsables d’HA dans la population Algérienne
1. Introduction
Ces logiciels permettent de prédire les effets des mutations en fonction de leurs types
et de leurs localisations au niveau des séquences nucléotidiques. Ainsi, l’impact de la
mutation intronique c.5219+1G>T sur le processus d’épissage a été étudié par les deux
logiciels HSF et ESE Finder. Tandis que les effets délétères des deux mutations exoniques
(c.2189G>A, c.200A>C) sur la structure/fonction de la protéine FVIII ont été prédits en
utilisant les logiciels I-Mutant 2.0, SIFT, Polyphen-2 et Align GVGD. Par la suite,
les structures 3D des protéines contenant ces dernières mutations ont été construites par
modélisation moléculaire en utilisant le logiciel Swiss Pdb Viewer.
2. Résultats
2.1. Analyse de la mutation c.5219+1G>T par HSF
L’analyse des effets des mutations faux-sens sur la stabilité de la protéine FVIII a été
prédite par le logiciel I-Mutant 2.0. Un exemple de résultat obtenu par ce logiciel est
représenté sur la figure 50.
Figure 50 : Exemple de résultat obtenu par le logiciel I-Mutant 2.0.
Les résultats obtenus pour les deux mutations (c.200A>C, c.2189G>A) sont résumés
dans le tableau 9. I-Mutant 2.0 a permis de calculer la différence d’énergie (DDG) entre la
protéine normale et mutée. Les valeurs DDG calculées pour les deux mutations (c.200A>C,
c.2189G>A) sont respectivement égale à -1,26 et -0,49. Etant donné que ces deux valeurs sont
négatives, les deux mutations testées ont été considérées comme déstabilisante pour la
structure du FVIII.
Un exemple de résultat obtenu par le logiciel SIFT est représenté sur la figure 51. Ce
résultat est présenté sous forme de deux colonnes. La colonne de gauche regroupe les aa qui
sont prédits intolérants pour une position donnée. A l’inverse, celle de droite regroupe les aa
qui sont prédits tolérants. Les aa sont colorés en fonction de leurs propriétés physico-
chimiques (Tableau 10).
Tableau 10: Les différentes propriétés physico-chimiques correspondant aux couleurs des aa
obtenus par SIFT.
Rouge Basique
Bleu Acide
Les résultats obtenus pour les deux mutations (c.200A>C, c.2189G>A) sont résumés
dans le tableau 11. Les deux mutations (c.200A>C, c.2189G>A), conduisant respectivement à
la substitution d’une lysine par une thréonine et d’une cystéine par une tyrosine, sont prédites
comme intolérantes. Ce résultat signifie que ces deux substitutions ont un impact entrainant
une perte partielle ou totale de la fonction protéique.
Le logiciel Align GVGD a également été utilisé afin de prédire les effets des mutations
testées sur la protéine FVIII. Un exemple de résultat obtenu par ce logiciel est présenté sur la
figure 53.
Le résultat de l’analyse des deux mutations par ce logiciel a permis de prédire que ces
dernières correspondent à la classe C65 : ces deux mutations sont prédites comme
interférentes avec la fonction du FVIII.
Les structures 3D des protéines FVIII normales et mutées ont été construites pour
chacune des mutations faux-sens en utilisant le logiciel Swiss PDB Viewer. La structure
cristallographique de la protéine FVIII a été extraite à partir de la base de données PDB sous
le code 3CDZ.
2.7.1. Paramètres analysés pour la prédiction des effets délétères des mutations faux
sens
2.7.1.1. Localisation des résidus substitués au niveau de la structure 3D du FVIII
Un autre critère qui doit être pris en considération dans les études de prédiction est le
changement structural de la protéine après introduction de la mutation. Ainsi et pour chaque
mutation, les deux structures 3D ont été comparées afin de déterminer tout changement
structural de la protéine.
c.200A>C, Lys48Thr
A. B.
Figure 55: Structures 3D des deux protéines FVIII normale (A) et mutée (B).
c.2189G>A, Cys711Tyr
Figure 56: Structures 3D des deux protéines FVIII normale (A) et mutée (B).
c.200A>C, Lys48Thr
Pour rappel, la mutation c.200A>C est responsable de la substitution de l’aa lysine par
une thréonine. Les structures de ces deux aa sont représentées dans la figure 57. Tandis que
les propriétés physicochimiques de chaque résidu sont résumées dans le tableau 14.
Les différences entre ces deux aa résident dans leurs tailles ainsi que leurs charges
(tableau 14). Ces différences peuvent entraîner un changement de conformation de la protéine
ainsi qu’une perte d’interaction avec d’autres molécules ou résidus au sein du FVIII.
c.2189G>A, Cys711Tyr
Pour chaque mutation, les deux structures 3D ont été superposées afin de déterminer
toutes différences de taille et d’orientation des chaînes latérales.
c.200A>C, Lys48Thr
Figure 59: Capture superposée des deux structures 3D du FVIII sauvage et mutée
(vue sur deux ongles différents à gauche et à droite). La protéine FVIII est représentée sous
forme ribbon de couleur grise. La chaîne latérale de l’aa lysine est représentée en vert
tandis que celle de l’aa thréonine est représentée en rouge.
c.2189G>A, Cys711Tyr
La comparaison des deux chaînes latérales de la cystéine représentée en vert avec celle
de la tyrosine représentée en rouge montre clairement la rupture du pont disulfure.
La tyrosine étant libre à cet endroit pourrait s’engager à plusieurs interactions moléculaires au
sein de la protéine FVIII.
Figure 60: Capture superposée des deux structures 3D du FVIII sauvage et mutée
(vue sur deux ongles différents à gauche et à droite). La protéine FVIII est représentée sous
forme ribbon de couleur grise. La chaîne latérale de l’aa cystéine est représentée en vert tandis
que celle de la tyrosine est représentée en rouge.
DISCUSSION GENERALE
I. Caractérisation génétique des anomalies moléculaires responsables
de l’HA dans la population Algérienne : identification de deux
nouvelles mutations
La stratégie d’identification des mutations est similaire à celles utilisées par plusieurs
laboratoires de biologie moléculaire. Il existe cependant quelques différences mineures
reposant sur le choix des méthodes de criblage des mutations ponctuelles. Dans ce dernier cas,
le diagnostic est établi par une première méthode moléculaire de dépistage tels que la
méthode Conformation Sensitive Gel Electrophoresis (CSGE) (Ganguly et al, 1993; Williams
et al, 1998), La denaturing High Performance Liquid Chromatography (dHPLC)
(Fackenthal et al, 2005; Oldenburg et al, 2001), la High Resolution Melting Analysis (HRM)
(Lin et al, 2008) et la Chemical Cleavage of Mismatch (CCM) (Waseem et al, 1999).
Toutefois, toutes ces méthodes nécessitent une confirmation par séquençage de la région
portant le mésappariement.
En ce qui concerne les pays Arabes les études publiées se limitent à la Jordanie, la
Tunisie, le Liban, l’Egypte et l’Arabie Saoudite qui présentent respectivement les fréquences
suivantes : 52% (Awidi et al, 2010), 22,72% (Elmahmoudi et al, 2012), 29%
(Djambas Khayat et al, 2008), 23,3% (Abou-Elew et al, 2011) et 50% (Owaidah et al, 2009).
D’autre part, la micro-inversion de l’intron 1 a été détectée chez un seul patient parmi
les 19 familles présentant une forme sévère de la maladie. Ce qui représente une fréquence de
cette micro-inversion égale à 5,26% dans notre échantillon. Cette fréquence est dans
l’intervalle indiqué par plusieurs études (0,3-11%) (Tableau 16).
Tableau 16: Tableau résumant les fréquences des micro-inversions de l’intron 22 et 1 rapportée
dans différentes populations.
Population Fréquence de la Fréquence de la Références
étudiée micro-inversion de micro-inversion de
l’intron 22 l’intron 1
Asie
Chine 51,3% 2,7% (Xue et al, 2010)
Inde 50,5% 2% (Jayandharan et al, 2005)
Iran 39% 2,4% (Boekhorst et al, 2008)
Corée 39,5% 2,6% (Hwang et al, 2009)
Taiwan 27,8% 5,2% (Chen et al, 2010)
Jordanie 52% 1 cas (Awidi et al, 2010)
Arabie Saoudite 50% 0% (Owaidah et al, 2009)
Liban 29% 2 frères (Djambas Khayat et al, 2008)
Amérique
Etats-Unis 32,2% 1,5% (Miller et al, 2012)
Venezuela 41% 0% (Albanez et al, 2011)
Costa Rica 45% 0% (Salazar-Sanchez et al, 2010)
Mexique (Mantilla-Capacho et al, 2007)
Lorsque nous avons comparé nos résultats avec les données antérieures issues des pays
arabes, la micro-inversion de l’intron 1 est plus élevée dans notre échantillon. Aucun patient
présentant cette micro-inversion n’a été détecté dans les populations Tunisienne et
Saoudienne. Toutefois, un cas présentant cette micro-inversion a été décrit dans la population
Jordanienne (Awidi et al, 2010) tandis que deux patients de la même famille ont été rapportés
dans la population Libanaise (Djambas Khayat et al, 2008).
Ces deux mutations entraînent l’arrêt prématuré de la traduction donnant ainsi des
protéines courtes altérées fonctionnellement suite à l’absence des domaines importants requis
pour la structure du FVIII. Cependant, ces protéines tronquées ne sont jamais synthétisées ou
sécrétées dans la circulation grâce à l’implication du système Nonsense Mediated mRNA
Decay (NMD) (Byers, 2002; Khajavi et al, 2006).
Différents critères peuvent être définis pour différencier entre une mutation délétère
responsable de la maladie et un simple polymorphisme (Cotton & Scriver, 1998). Ces critères
sont basés sur le degré de conservation de l’aa, la nature du changement de l’aa, la prévalence
de la variation de séquence dans la population générale, la ségrégation de la mutation avec la
pathologie dans la famille et son analyse fonctionnelle. L’utilisation du logiciel Mutation
Taster regroupant les trois premiers critères, nous a permis de classer les variations de
séquence identifiées en 3 mutations faux-sens causales et un polymorphisme.
Ainsi, les trois variations (c.200A>C, c.2189G>A et c.6545G>A) ont été prédites par
Mutation Taster comme mutation causales, tandis que la variation (c.3780G>C) a été
considérée comme un polymorphisme.
Les fonctionnalités des deux dernières mutations (c.200A>C, c.2189G>A) ont été
étudiées et seront également discutées dans la troisième partie de cette discussion.
Cette dernière semble être récurrente ; elle a été identifiée comme responsable de la
forme sévère d’HA chez plusieurs patients hémophiles appartenant à différentes populations
(Tableau 17). L’effet délétère de cette mutation revient essentiellement aux différences entre
les propriétés physico-chimiques des deux aa.
Nous avons par ailleurs rapporté l’absence d’identification de mutations causales chez
trois cas index présentant les critères diagnostiques de l’HA (14,28%). En effet, aucune
mutation n’a été détectée au niveau du gène F8 des patients HA23, HA24 et HA26 après
séquençage des 26 exons, du promoteur et de la région 3’UTR et recherche de grands
réarrangements de type délétion ou duplication par MLPA.
En effet, la première hypothèse stipule qu’il existerait une possibilité que les mutations
responsables de l’HA soient situées dans les régions non analysées du gène F8. Ces mutations
sont très probablement localisées dans des régions introniques ne flanquant pas les exons, càd
en dehors des séquences explorées habituellement. L’implication des variations introniques
dans l’HA est maintenant évident (Castaman et al, 2011; Inaba et al, 2013; Pezeshkpoor et al,
2013). Ces variations peuvent avoir des effets délétères sur l’épissage par l’activation des sites
cryptiques donneurs et accepteurs d’épissage générant des transcrits aberrants (Anczukow et
al, 2012; Castaman et al, 2010; Dehainault et al, 2007; Zimmermann et al, 2013a).
La deuxième hypothèse serait que les mutations responsables de l’HA chez ces
patients sont probablement situées au niveau somatique. En effet, une mutation ponctuelle au
niveau du gène F8 peut être présente uniquement dans les cellules hépatiques. Bien que des
mutations causant l’HA surgissent généralement dans les cellules germinales, une mutation de
novo peut également se produire au cours de l’embryogenèse précoce (Higuchi et al, 1988;
Leuer et al, 2001; Oldenburg et al, 2000). Compte tenu du trait familial de la maladie chez nos
patients, cette hypothèse a été éliminée.
Un autre mécanisme plus général serait que le déficit en FVIII retrouvé chez ces
patients est probablement du à des mutations au niveau des gènes codants des protéines non
encore identifiées (Pezeshkpoor et al, 2014). Ces protéines peuvent être impliquées dans des
modifications post-transcriptionnelles ou traductionnelles, dans la synthèse, la sécrétion ou la
clairance du FVIII.
II. Mutations du gène F8 et le développement des inhibiteurs chez les
patients hémophiles A Algériens
Dans cette deuxième partie de thèse, nous avons dans un premier temps déterminé les
fréquences du développement des inhibiteurs dans notre échantillon. La recherche de ces
inhibiteurs en utilisant la technique Bethesda, nous a permis d’attester la présence des
inhibiteurs chez 7 patients hémophiles dont 6 (85,71%) atteints de forme sévère de la maladie.
D’autre part, nous avons étudié la corrélation entre le génotype des patients et le statut
de développement des inhibiteurs. Nous avons remarqué une hétérogénéité significative dans
la distribution des mutations dans le groupe de patients développant des inhibiteurs, avec une
fréquence élevée de la micro-inversion de l’intron 22 (4/7).
Nous avons également rapporté une fréquence très élevée (71,42%) des mutations
délétères dans le groupe de patients développant des inhibiteurs. Ces mutations délétères sont
représentées par quatre micro-inversion de l’intron 22 et une mutation non-sens (c.322A> T,
p.Lys108*). Ce résultat a été préalablement rapporté et expliqué par Astermark et al
(Astermark, 2006b). En effet, les mutations fortement délétères conduisent à une rupture de
tolérance pour les antigènes du FVIII chez ces patients. Cette dernière sera responsable de
l’installation d’une réponse immunitaire contre le FVIII thérapeutique une fois administré à
ces patients.
Par ailleurs, nous avons recherché l’existence d’une éventuelle association entre le
type de mutation du gène F8 et le développement des inhibiteurs chez 24 patients hémophiles.
Les résultats que nous avons obtenus montrent l’absence d’association entre le type de
mutation du gène F8 et le développement des inhibiteurs dans notre échantillon.
L’absence d’association retrouvée dans cette étude n’est pas en corrélation avec les
résultats obtenus par une étude réalisée sur la population Allemande (Oldenburg et al, 2002)
et une méta-analyse (Gouw et al, 2012). Ces deux études ont confirmé l’implication des
mutations fortement délétères du gène F8 dans le développement des inhibiteurs (Gouw et al,
2012; Oldenburg et al, 2002).
L’absence d’association retrouvée dans cette étude pourrait, d’une part, s’expliquer par
le faible effectif des patients; d’autre part, par la différence du mode et du régime
d’administration par les concentrées du FVIII thérapeutiques entre ces derniers.
Ces résultats nécessitent donc d’être confirmés sur un échantillon de patients plus importants.
Toutefois, les sept patients rapportés dans cette étude sont les seuls développant des
inhibiteurs recensés au niveau des CHU de la région Ouest d’Algérie. Il serait donc
intéressant d’élargir l’étude sur toute la population Algérienne.
Tableau 18 : Tableau résumant les fréquences de développement des inhibiteurs chez les
patients présentant la micro-inversion de l’intron 22.
C’est la raison pour laquelle les effets délétères des deux nouvelles mutations
rapportées dans cette étude (c.5219G+1>T, c.2189G>A) et celle uniquement citée dans la
base de données HAMSTerS (c.200A>C) ont été prédits par différents logiciels
bioinformatiques.
D’autre part, le caractère pathogène des mutations faux sens a été évalué par différents
logiciels de prédiction in silico. Ainsi, Les effets délétères des mutations faux-sens sur la
stabilité ont été évalués par I mutant 2.0. Tandis que les effets de ces dernières sur la fonction
protéique ont été prédits par trois logiciels différents (SIFT, Polyphen et Align GVGD).
La stabilité d’une protéine est évaluée par le calcul d’énergie ; plus le champ de force
de l’aa est grand, moins la protéine est stable. D’autre part, les logiciels de prédiction des
effets de mutations sur la fonction protéique reposent sur trois approches de prédiction
(le calcul du score matriciel de Grantham, les différences des propriétés physico-chimiques et
l’analyse de l’état de conservation inter-espèces du résidu étudié). Les résultats obtenus par le
logiciel I Mutant 2.0 sont en faveur d’un effet déstabilisant des deux mutations sur la protéine
FVIII. De même, les logiciels (SIFT, Polyphen2 et AGVGD) ont prédit des effets délétères
des deux mutations sur la fonction de la protéine FVIII.
Toutefois, ces différents résultats obtenus sont généraux et ne spécifient pas les effets
exacts des deux mutations. C’est pour cette raison qu’une modélisation moléculaire en 3D par
le logiciel Swiss PDB Viewer a été réalisée.
D’autre part, la mutation c.200A>C a également été analysée par Swiss Pdb Viewer.
Les résultats obtenus ont montré que l’effet délétère associé à cette mutation réside
essentiellement aux changements des propriétés physico-chimiques des deux aa.
Ces changements sont responsables de perte des interactions moléculaires ayant des effets
déstabilisants au niveau de la structure de la protéine FVIII.
La combinaison de ces logiciels est très informative pour la prédiction in silico des
caractères délétères des nouvelles mutations. Les études structurales in silico permettent
d’évaluer le retentissement des mutations sur la structure ainsi que la fonction de la protéine;
il est intéressant d’en confronter les résultats d’étude in silico avec ceux des études
fonctionnelles afin d’évaluer les fonctionnalités des nouvelles mutations. Toutefois, cette
dernière approche est rarement utilisée en pratique de diagnostic génétique car elle est très
lente, coûteuse et nécessite une équipe spécialisée.
CONCLUSION ET PERSPECTIVES
Au terme de ce projet de recherche, les anomalies moléculaires responsables de l’HA
dans l’échantillon constitué de 23 patients hémophiles appartenant à 18 familles ont pu être
caractérisées. Ces mutations regroupent la micro-inversion de l’intron 22, la micro-inversion
de l’intron 1 et six mutations ponctuelles. Aucune délétion, insertion ou tout autre
réarrangement du gène F8 n’a été détecté dans cet échantillon de patients. Toutes les
mutations identifiées dans cette étude sont spécifiques à chaque famille à l’exception de la
micro-inversion de l’intron 22 du gène F8 qui est la plus fréquente (57,89%). Deux nouvelles
mutations ont été détectées dans cette étude. Ces mutations n’ont jamais été décrites
auparavant et semblent être spécifiques à la population Algérienne.
Cette étude confirme que la grande majorité des mutations responsables de l’HA sont
des mutations spécifiques à chaque famille. C’est probablement la raison pour laquelle, de
nouvelles mutations sont encore dépistées malgré le séquençage extensif du gène F8 par de
nombreuses équipes depuis plus de 20 ans.
La suite logique de ce travail serait de proposer à toutes les femmes appartenant aux
familles à risque un test de détection du statut conductrice. La connaissance de ce statut
pourra, d’une part, rassurer les femmes non conductrices et d’assurer, d’autre part, une
meilleure prise en charge de la mère conductrice et de son enfant lors de l’accouchement.
Ce qui pourrait prévenir le risque de mortalité causé principalement par les hématomes et les
hémorragies intracrâniennes chez les nouveau-nés.
Les résultats obtenus dans la première partie d’étude confirment d’une part l’absence
de sites privilégiés de mutations au niveau du gène F8 et témoignent la complexité des
anomalies responsables de cette pathologie.
Les travaux réalisés lors de la deuxième partie de cette thèse ont permis de déterminer
les fréquences de développement des inhibiteurs dans notre échantillon. Ainsi, nous avons
rapporté l’absence d’association entre le type de mutation du gène F8 et le développement des
inhibiteurs dans cet échantillon. Toutefois, les résultats retrouvés restent à confirmer sur un
plus large échantillon.
Des études de grande envergure portant sur l’implication d’autres gènes du système
immunitaire (HLA, TNFA, IL10 et CTLA4) dans le développement des inhibiteurs seront
également envisageables. Ceci serait un apport à la compréhension des mécanismes
physiopathologiques à l’origine de cette complication dans notre population. Les résultats
de cette étude fourniront des informations précieuses pour les hématologues sur les risques
spécifiques du développement des inhibiteurs chez les hémophiles Algériens.
Une connaissance approfondie de la nature des facteurs de risque majeurs de cette
complication permettrait la définition d’une stratégie de prévention adaptée aux spécificités de
la population Algérienne.
Dans la troisième partie de cette étude, nous avons contribué à la compréhension des
mécanises moléculaires à l’origine du déficit de la protéine FVIII. Ainsi, les effets délétères,
des nouvelles mutations identifiées dans la première partie de cette étude
(c.5219+1G>T et c.2189G>A) et celle uniquement citée c.200A>C, ont été prédits en utilisant
une combinaison de logiciels d’étude in silico et de modélisation moléculaire en 3D.
La mutation c.5219+1G>T a été prédite comme responsable d’un saut de l’exon 14 qui
se traduit au niveau protéique par la délétion du domaine B. D’autre part, la mutation
c.2189G>A est responsable de la rupture d’un pont disulfure ayant comme effet la
dissociation du domaine A2 responsable d’une déstabilisation du FVIII. La mutation
c.200A>C a été prédite comme délétère au niveau de la structure ainsi que la fonction du
FVIII à cause des changements des propriétés physico-chimiques entre les deux aa. Ceci est
responsable de la perte des interactions moléculaires au sein du FVIII.
Prescripteur :
Nom et prénom :
Intuition :
Date : Signature :
ANNEXE 2
Jour 1
Décongeler les prélèvements à température ambiante du laboratoire
Compléter avec la Solution de Lyse des Rouges (SLR) 1X jusqu’à 30 ml
Mélanger par retournements
Agitation 10 mn sur le Rotamix, de 20 trs/mn, ou agiter très violemment
Mettre dans la glace pendant 15min
Centrifuger 6 mn à 4°C, 3000 trs/min
Vider le surnageant
Recommencer 1 ou 2 fois le lavage (mettre dans la glace à chaque fois ; le temps que
la centrifugation d’une série d’échantillons soit terminée)
vider le surnageant
Laver les culots avec la 15 ml de la solution suivante (une fois) :
* 2.5 ml de la solution 1 du kit
* 5 ml d'eau
* 7.5 ml de SLR 1X
Agitation sur le rotamix pendant 10 mn, ou agiter très violemment
Centrifuger 6 mn à 4°C, à vitesse maximale entre 5300 trs/min et 6000 trs/min
Refaire un lavage si nécessaire
Vider les surnageants (au maximun, si le culot ne se détache pas retourner le falcon
sur papier)
Reprendre les culots avec 1,5 ml de solution 2
Ajouter 4 µl de pronase (protéinase K 225ng/µl)
Remise en suspension des culots avec une pipette Pasteur stérile
Incuber une nuit à 37°C, au bain-marie
Jour 2
Laisser les tubes 15 min à température ambiante
Mettre les tubes 10mn dans la glace
Ajouter 500µl de solution 3 dans chaque Falcon
Agiter et bien homogénéiser, laissez dans la glace pendant environ 30 min
Répartir 1.5 ml / eppendorf
Centrifuger 15 mn à 4°C, 10000 trs/min
Mettre 2 µl de Rnase (à –20°C) dans falcon 15ml
Transférer les surnageants dans les falcons contenant la Rnase et agiter
Incuber 15 mn à 37°C, au B.M
Ajouter 4 ml d'éthanol absolu à –20°C
Agiter doucement par retournements
Laver les méduses à l'aide d'une pipette pasteur dans deux bains d'éthanol à 70°
puis un bain d'éthanol absolu
Déposer la méduse dans un eppendorf
Sécher pendant 30 mn
Réhydrater par du TE 1X (entre 100 et 400 µl, selon la taille de la méduse. Tapoter
l'eppendorf pour agiter).
Laisser se réhydrater à 4°C
ANNEXE 4
Da : Dalton
ANNEXE 6
Tableau résumant les caractères hydrophobes des aa
(http://www.sigmaaldrich.com/life-science/metabolomics/learning-center/amino-acid-
reference-chart.html).
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