Les bases de données biologiques

 Elles contiennent des informations biologiques et

des données de séquences largement diffusées par le
réseau internet. Elles sont généralement reliées
entres elles par des liens, en anglais on dit
« Links », ou des « cross-references ».
 Selon leurs tailles et leurs contenus en distingue les
Portails ou Centres de ressources, très riches
en information, nucléotidiques, protéiques,
publications, logiciels, structure 3D… et des
Banques généralistes ou spécialisées.
 Les bases de données biologiques

EXEMPLES DE BASES DE DONNEES BIOLOGIQUES 1/2

 Les bases de données biologiques

EXEMPLES DE BASES DE DONNEES BIOLOGIQUES 2/2

 Portails ou Centres de Ressources

 National Center for Biotechnology Information (NCBI)

 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
 Portails ou Centres de Ressources

 European Bioinformatics Institute (EBI)

 http://www.ebi.ac.uk/
 National Institute of Genetics
 http://www.nig.ac.jp/nig/ja
http://www.nig.ac.jp/nig/ja/
Portails ou Centres de Ressources
 Banques/bases de données majeures en biologie

 https://nar.oxfordjournals.org/content/44/D1.toc

Chaque année la revue

NAR publie plusieurs
articles qui recense
l’actualité des bases de
données. Nouvelles bases,
mise à jour et ferméture.
Banques des données généralistes spécialisées

 Banques de données généralistes

 –Données primaires (expérimentales)
 –Données globales (pas de focus sur une application ou organisme
particulier)
 –Données les plus exhaustives possibles =>informations hétérogènes

 Banque ou base de données spécialistes :

 –Données plus homogènes autour d’une thématique
 –Une valeur ajoutée à partir d’une technique particulière ou d’un intérêt
suscité par un groupe d’individus
 Banques généralistes de séquences nucléotidiques

 EMBL (European Molecular Biology Laboratory) : – Création 1980 par

l’European Molecular Biology Organisation – Diffusée par European
Bioinformatics Institute (EBI)

 Genbank – Création 1982 par IntelliGenetics – Diffusée par National

Center for Biotechnology Information (NCBI)

 DDBJ (DNA Databank of Japan) – Création 1986 par National Institute of

Genetics (NIG) – Diffusée par National Institute of Genetics (NIG)

Ces trois banques échangent systématiquement leur contenu depuis 1987 et

ont adopté un système de conventions communes « The
DDBJ/EMBL/Genbank Feature Table Definition »

Donc 3 centres de ressource indépendants qui échangent des données

pour éviter tout blocage par un des gouvernement pour l’intérêt de la
communauté scientifique.
Croissance des banques (EMBL et GenBank)
EMBL Genbank
300 Gb (décembre 2010) 286 Gb (août 2010)
http://www.ebi.ac.uk/embl/Services/DBStats/ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genbankstats.html
Organismes les plus représentés