4.3.

Bibliographie des données naturalistes

Objectif :

Connaitre et utiliser les outils de connaissance de la biodiversité en ligne

Utiliser les bases de données afin de réaliser sa bibliographie dans le cadre de la
construction d'une expertise naturaliste

Les données naturalistes sont la base de toutes réflexions et analyses au sein d'une étude
naturaliste, d'un inventaire ou d'un suivi.

Que cela concerne les zonages ou les espèces, il est primordiale de connaitre et savoir
utiliser toutes les informations disponibles non seulement durant, mais surtout en amont,
lors de la construction d'une expertise naturaliste.

1. Données naturalistes, quésaco ?

Définition :

Donnée naturaliste : ensemble d’informations permettant de décrire une

observation concernant la flore, la faune ou un habitat naturel

Pour être exploitable dans le cadre d'une problématique, une donnée naturaliste se doit
d'être structurée et pertinente, et doit être récoltée avec une importante rigueur scientifique.

Pour cela, une donnée naturaliste doit contenir 4 informations essentielles :

 Qui (qui observe / qui récolte) ?

Qui sont les observateurs qui vont récolter les données ? Cette question est primordiale afin
de retracer l'observation, répondre à des questions, pour évaluer le biais observateur ou
encore coordonner des études à larges échelles. Cela concerne divers niveaux : la personne
qui observe, la personne qui détermine/identifie, la personne qui confirme/valide.

 Quand (à quel moment) ?

Afin de retracer une donnée, il est nécessaire de connaître la date et l'heure de l'observation,
afin d'identifier le passage réalisé, d'évaluer les différents biais présents durant l'observation
(météo, perturbations...), etc. Par exemple, si une espèce n'est contactée que sur une
certaine durée du passage, cela peut mettre en évidence la présence d'un effet "horaire" sur
la détection ou l'activité de cette espèce.

 Quoi (quelle espèce) ?

C'est le coeur de la donnée. C'est l'information principale qui permettra de répondre à notre
problématique. Il peut s'agir d'informations à des niveaux très différents : le nom d'une
espèce dans le cadre d'un inventaire, celui d'une famille dans le cadre d'un inventaire plus
simplifié, le nom d'un habitat, etc. Cette information est composée de plusieurs "champs"
comme le nom de l'espèce, le nombre d'individus, le sexe, l'age, le comportement, en
fonction de la problématique et du degré de précision attendu. Toute espèce est renseignée
avec son nom scientifique (Exemple : Bellis perennis). Elle doit être nommée suivant la
taxonomie à jour (en général en France : TAXREF).

https://naturagis.fr/outils-donnees-naturalistes/taxref-referentiel-taxonomique-national-
especes/

 Où (quel endroit) ?

Toute donnée doit être localisable. A des fins de cartographie et de suivi, mais aussi pour
être confirmé, vérifié par la suite, et servir à d'autre acteurs. La donnée doit donc être
géoréférencée.

Une autre question est aussi souvent nécessaire, notamment dans le cadre de la
transmission des données à une base de données publiques par la suite : Comment ?

Cela permet de connaître le contexte, dans le cadre de quelle étude, avec quel protocole et
quels outils ont été récoltées les données.

2. La gestion des données naturalistes en France

2.1. Généralités
La publication et le partage de données en ligne se base généralement sur un caractère
volontaire. Une donnée réalisée dans le cadre d'une étude est généralement privée, sa
publication et sa diffusion dépend de diverses modalités. Aujourd'hui encore, de
nombreuses données récoltées ne sont pas diffusées.

Toutefois, depuis la directive européenne INSPIRE et la Convention d’Aarhus (approuvée en

France par la loi n°2002-285 du 28 février 2002 puis annexée au décret de publication du 12
septembre 2002), l'Europe demandent aux États de l’Union de bâtir une infrastructure
maillée de diffusion de l’information environnementale publique au sein du réseau de
producteurs de données.

En France, cela s'est traduit par la création de l'INPN (Inventaire national du patrimoine
naturel) géré par le Muséum national d'histoire naturelle. Cet "inventaire" gére, maintien et
diffuse les connaissances et informations sur le patrimoine naturel récoltées par une
multitude d'organismes.

De façon active, c'est le SINP (Système d’Information Nature et Paysages) qui permet
la mutualisation des ressources, des méthodes et des données. Ce dispositif permet une
collaboration générale entre les acteurs chargés de la production, la gestion, le traitement, la
valorisation et la diffusion des données.

Présentation du SINP

https://naturefrance.fr/systeme-information-biodiversite
https://inpn.mnhn.fr/programme/donnees-observations-especes/presentation

Charte du SINP national

http://www.naturefrance.fr/sites/default/files/fichiers/ressources/pdf/
protocole_du_sinp.pdf

A des fins de diffusions et de valorisation pour le grand public, l'ONB (Observatoire national
de la biodiversité) assure la mise à disposition et la valorisation des informations sur
l'environnement (publications et rapports de synthése, mises à jour d'indicateurs
environnementaux, développement de stratégies nationales pour la biodiversité (SNB)).
https://naturefrance.fr/observatoire-national-de-la-biodiversite

A des fins de connaissance, voici le portail contenant les différents annuaires et

regroupement des SINP régionaux, des observatoires de biodiversité et des initiatives
internationales
https://naturefrance.fr/ressources-accessibles

2.2. Les bases de données de science participative

Définition :

«  Les sciences participatives sont des programmes de collecte d’informations

impliquant une participation du public dans le cadre d’une démarche scientifique.
L’application de ces  sciences participatives au domaine de la biodiversité se
décline en 3 objectifs :
 Acquérir des données sur la nature et la biodiversité pour étudier son état
de santé
 Produire des outils de sensibilisation et d'éducation à l'environnement / la
biodiversité
Le premier programme a vu le jour en 1989 avec le Suivi Temporel des Oiseaux
Communs (programme STOC) et on dénombre aujourd'hui prés de 200 initiatives de ce
genre. Ce sont d'excellents moyens d'initier le grand public à la protection de
l'environnement, de formidable outils de mobilisation citoyenne qui permettent une
"appropriation" de l'environnement du citoyen.

Le portail principal de ces efforts : OPEN (Observatoire participatif des espèces et de la

nature)
https://www.open-sciences-participatives.org/home/

Vigie nature représente le programme de sciences participatives le plus ouvert et le plus

utilisé, du fait entre autre de la diversité des protocoles et observatoires qu'il contient.
http://www.vigienature.fr/

2.3. DepoBio
La loi pour la reconquête de la biodiversité du 8 aout 2016 a rendu obligatoire le dépot des
données brutes de biodiversité pour les porteurs de projet. Avant cette loi, les données
naturalistes réalisées dans le cadre d'une étude d'impacts par exemple étaient privées et
conservées par le maître d'ouvrage. Aujourd'hui, ces données doivent être rendues
accessibles et cela permet d'enrichir grandement les connaissances naturalistes de notre
territoire.

Pourquoi cette démarche ?

En application de la loi du 8 août 2016 (article L411-1A du Code de l’environnement) les
maîtres d’ouvrage, publics ou privés, doivent contribuer à l’inventaire du patrimoine naturel
par la saisie ou, à défaut, par le versement de données brutes de biodiversité. L’objectif de
ce dispositif est l’enrichissement de la connaissance en vue d’une meilleure protection du
patrimoine naturel de la France

Qui est concerné par la mise en place de cette démarche ?

Toute personne physique ou morale porteuse d’un projet conduisant au recueil de données :

 Collectivités
 Entreprises
 Personnes physiques

A quels types de projets s’applique ce dispositif ?

Ce dispositif s’applique :

 aux études d’impact (évaluation préalable et suivi) réalisées dans le cadre de

l’élaboration des plans, schémas, programmes et autres documents de planification
mentionnés dans l’article L. 122-4.
 aux projets d’aménagement soumis à l’approbation de l’autorité administrative.

Ces données sont ensuite déposées au sein de l'INPN et donc accessibles au grand public.
https://depot-legal-biodiversite.naturefrance.fr/

3. Les bases de données en France

http://www.naturefrance.fr/portails
https://inpn.mnhn.fr/programme/donnees-observations-especes/presentation
http://indicateurs-biodiversite.naturefrance.fr/fr
https://naturagis.fr/outils-donnees-naturalistes/taxref-referentiel-taxonomique-national-
especes/
Les bases de données à accès libre sont une source très précieuse d'informations
naturalistes dans le cadre de la mise en place d'une expertise naturaliste, et notamment de
la partie "bibliographie naturaliste". Elles permettent de connaître, à différentes échelles
(parfois à l'échelle communale, parfois à l'échelle du lieu-dit ou encore à travers les
coordonnées GPS précises de la donnée) les données naturalistes présentes sur un
territoire.

Il existe une multitude de bases de données. Les données ne sont pas toujours accessibles
de la même manière et le degré d'informations disponibles est variable (bases de données
internes à une structure, bases de données publiques, bases de données de sciences
participatives, bases de données de saisie, bases de données de consultation et de
valorisation, etc.).

Dans la partie suivante, sont présentés plusieurs exemples de bases de données dont
l'accès est libre, mais il est important de comprendre qu'à toutes les échelles, il existe des
bases de données privées dont l'accés est limité pour de diverses raisons (sécurité des
données, conservation de la vie privée, sensibilité des informations, etc.). Chaque structure
qui produit des données naturalistes possède généralement sa propre base de données
privée au sein de laquelle elle exporte les informations obligatoires à transmettre ou à
diffuser par la suite. En France, les données naturalistes ne sont encore pas toujours
facilement accessibles, les nombreuses bases de données sont le reflet de la multitude
d'organismes travaillant dans le domaine de l'environnement, et d'avis divergents quant à la
politique de diffusion à adopter et la propriété intellectuelle des données.

 Echelle internationale (quelques exemples)

iNaturalist, d'origine américaine, est centré sur les contributions de milliers de scientifiques
à travers le monde.
Ces données servent à crée un réseau internatinal de production de données scientifique de
qualité.
https://www.inaturalist.org/

Observation.org (Observado), d'origine européenne, permet le partage et la consultation libre

de donnée faune/flore pour la communauté naturaliste mondiale, à travers la participation
de milliers de volontaires mais aussi à travers la collaboration avec les institutions
scientifique et les organisme de protection de l'environnement.
https://observation.org/

 Echelle nationale (quelques exemples)

En premier lieu, on retrouve l'INPN (Inventaire national du patrimoine naturel)

Il recense non seulement les espèces et espaces connus en France (statuts, répartitions,
cartographies des données connues, listes des efforts de conservation) mais aussi les
inventaires nationaux, les programmes scientifiques, et bien d'autres sources de données
potentielles.
https://inpn.mnhn.fr/accueil/donnees-referentiels

Il est possible, à travers une demande officielle au SINP, d'obtenir les données naturalistes
précises d'un territoire donné déposées sur la plateforme. L'information est souvent, par
défaut, accessible à l'échelle communale au sein du SINP et nécessite une demande
manuelle si on souhaite des informations plus précises. A travers le SINP Occitanie par
exemple, il est possible de générer automatiquement une synthèse des données
communales issues du SINP.
Exemple: https://www.picto-occitanie.fr/DOC/NATURE_PAYSAGE_BIODIVERSITE/
SYNCOM/34230_sc.pdf

Largement utilisé en France, le réseau des sites "Faune" créé par Biolovision en partenariat
avec diverses associations et centralisé sur le site Faune-France est un outil de saisie et de
consultation des données naturalistes incontournables. Il sert de base de données de
sciences participaves, de saisie pour les professionnels (associations locales généralement)
et de consultation des données.
https://www.faune-france.org 

Les différents sites régionaux ou départements Faune (exemple : Faune-Occitanie) sont

simplement une image miroir du site global "Faune-France". Toutes ces bases de données
n'en forment en fait qu'une seule et une donnée intégrée à Faune-Occitanie remontera
directement sur Faune-France. Lorsque vous créez un compte sur un site départemental par
exemple, votre compte est valide sur l'ensemble des sites locaux et le site national. Pour
saisir des données sur cette base, il suffit de se connecter à son compte sur le site local
correspondant, ou encore d'utiliser l'application "NaturaList" (à ne pas confondre avec
iNaturalist).

Flora Data est une base de données ouverte à tous sur une base participative. Créé par
l'associaton Tela Botanica, elle permet de renseigner et consulter les informations sur la
flore.
https://www.tela-botanica.org/thematiques/flora-data/#comment-utiliser-flora-data-pour-
mon-projet

 Exemple de données nationales à accès limité

    PNA (Plan Nationaux d'Actions) espèces sensibles :

Données sensibles dont le partage et la précision peut faire l'objet de limitation.
https://inpn.mnhn.fr/telechargement/documentation/plans-nationaux-d-actions

 Echelle régionale (quelques exemples)

Principale base de données de la Flore en France méditerranéenne, SILENE (Système

d’Information et de Localisation des Espèces Natives et Envahissantes) est un outil précis
comprenant des données fiables et vérifiées, renseignées par des botanistes experimentés
pour la plus grande partie.

http://flore.silene.eu

Le Cettia à été créé à l’échelle de Île-de-France en octobre 2014 par l’Agence Régionale de la

Biodiversité afin de fournir un site ouvert de saisie de données permettant d'ameliorer les
connaissances des espèces et des populations ainsi que de réaliser des bilans et suivis
cartographiques.
Site de saisie des données :

https://cettia-idf.fr/presentation-de-cettia-ile-de-france
Site de consultation

https://atlasbiodiversite.arb-idf.fr/accueil

Créé par la DREAL et la Région Nord-Pas-de-Calais, le SIRF (Système d'Information Régional

sur la Faune) a pour objet de recueillir et de diffuser les données et connaissances de la
biodiversité régionale grace à un réseau d'observateurs et d'acteurs du suivi de
l'environnement. Il est issu du réseau des acteurs de l'information naturaliste (RAIN), la
déclinaison régionale du SINP

https://www.sirf.eu

Geonat’Occitanie est outil de saisie dévelopé et géré par l'association Nature en Occitanie. Il
est ouvert à tous mais demande un compte pour l'accès.

https://geonature.biodiv-occitanie.fr/
Toutes ces données sont reversées à Biodiv'Occitanie géré par OC'Nat (l'Union des
associations naturalistes d’Occitanie). Cette dernière base de données combinent des
données issues d'une multitude de sources différentes.
https://biodiv-occitanie.fr/

Toujours en Occitanie, on trouve cette fois un site dédié aux papillons et aux odonates :
l'atlas des papillons de jour et des libellules du Languedoc-Roussillons. Ouvert en avril 2012,
cet atlas interactif cherche à recenser la connaissance actuelle et historique sur la région
Languedoc-Roussillon de deux groupes d'espèces d'insectes, aux nombreux enjeux
régionaux : les papillons de jour et les libellules. La plupart des espèces de ces deux groupes
sont identifiables sur le terrain et peuvent être saisies ensuite facilement sur ce site. Projet
participatif, l'atlas repose sur les collectes régulières de ses contributeurs et s'enrichit de
toutes les participations, du naturaliste acharné quotidiennement sur le terrain, à
l'observateur régulier ou plus occasionnel !

Il comporte notamment des fiches synthèses pour chaque espèce.

https://atlas.libellules-et-papillons-lr.org/atlas/

Voir PDF : https://naturefrance.fr/sites/default/files/fichiers/ressources/pdf/

protocole_du_sinp.pdf

https://www.picto-occitanie.fr/DOC/NATURE_PAYSAGE_BIODIVERSITE/SYNCOM/
34230_sc.pdf

Questionnaire :