5.5.

Expertise amphibiens I
Objectif :

Connaître les protocoles et techniques d'inventaire employés pour l'étude des

amphibiens

1. Introduction
Les chiffres de l’UICN sont édifiants : les amphibiens constituent le groupe vivant le plus
menacé sur terre.

En France, les amphibiens (grenouilles, crapauds, salamandres, tritons) sont des espèces
menacées par la disparition et la fragmentation de leurs habitats depuis plusieurs siècles,
ainsi que par la pollution, le changement climatique et l'expansion des pathologies liées à
des espèces exotiques.

Le drainage des zones humides et l'artificialisation des sols ont considérablement réduits
les sites favorables à ces espèces. Selon l'IUCN et ses listes rouges construites avec le
Muséum nationale d'histoire naturelle, la France compte 35 espèces d'amphibiens
endémiques en métropole. Huit espèces d'amphibiens sont considérées comme menacées
d'extinction (soit 23%) et 12 considérées comme "quasi-menacées". Toutes les espèces
d'amphibiens indigènes présentes en France font l'objet d'une protection nationale.

Les amphibiens sont des bio-indicateurs. En dépendant des milieux humides à un stade ou
l’autre de leur vie, ils sont très sensibles à l’altération de la qualité de l’eau et sont donc
particulièrement intéressant à étudier dans le cadre de diagnostics écologiques. Ils
possèdent un cycle biologique original qui rend l'étude de ce groupe taxonomique très
spécifique. Les protocoles employés fréquemment en France sont présentés ci-dessous.

2. Outils de détermination
Atlas des amphibiens et reptiles de France. LESCURE J., DE MASSARY J.-C.
Editions Biotope, 2013. 272p.

Les reptiles de France, Luxembourg et Suisse. VACHER J.-P., GENIEZ M.

Editions Biotope / Parthénope, 2010 544 p.

Identifier les œufs et les larves des Amphibiens de France. MIAUD (C.) & MURATET (J.).
INRA Editions, 2004. 200 p.
3. Habitats et périodes favorables à l'étude des
amphibiens
Le choix de la période d’échantillonnage est crucial. Il est nécessaire de l’adapter aux
périodes de reproduction de chaque espèce, souvent très restreintes et qui dépendent des
conditions hydrologiques et climatiques. En effet, la météo influe grandement sur les
déplacements terrestres des amphibiens, qui apprécient un taux élevé d’hygrométrie, et
sortent peu lors de froids vifs, de périodes ventées ou de sécheresse.

De façon générale, les soirées douces et humides sont favorables à l’activité de la plupart
des espèces. Une prospection nocturne est souvent nécessaire, beaucoup d’espèces étant
strictement nocturnes ou plus actives après le coucher du soleil. Une prospection préalable
de jour à des fins de repérage est souvent souhaitable.
3. Stratégies de recherche des amphibiens
Il existe plusieurs méthodes afin de rechercher les amphibiens, elles sont dépendantes des
espèces recherchées, de la période du cycle biologique au moment des prospections, des
milieux inventoriés, et des compétences des chargés de terrain.

Trois stades différents sont observables sur le terrain, en fonction des périodes de
prospection et des espèces :

 Les pontes/oeufs
 Les larves/tétards
 Les adultes

La recherche des œufs et des pontes dans les milieux aquatiques est une méthode souvent
fructueuse pour révéler la présence de différentes espèces. Les caractéristiques de
l’oviposition (site et technique de ponte) des différentes espèces doivent être mises à profit
pour trouver leurs œufs. Les Tritons pondent ainsi leurs œufs dans les plantes aquatiques
(ou autres supports). Les Grenouilles brunes pondent dans des profondeurs faibles que l’on
trouve le plus souvent près des berges. Les Rainettes, Sonneurs et Pélodytes accrochent
leur ponte à des supports. Les Crapauds déposent sous la forme de filaments leurs oeufs à
de faibles profondeurs.

Un avantage majeur de la recherche des pontes et des larves est qu'elles sont présentes en
plus grand nombre que les individus adultes. En effet, les anoures notamment pondent de
grandes quantités d'oeufs, et aux premiers stades, un grand nombre de tétards sont
présents dans le milieu aquatique. De ce fait, il est très facile de les détecter et d'identifier la
présence avérée de reproduction sur le site. L'identification des tétards n'est pas toujours
aisée et nécessite l'utilisation d'une clé de détermination.

Ci-dessous une ponte, des tétards et un adulte de Crapaud calamite.

3.1. Recherche visuelle passive

La méthode la plus simple et la plus évidente est la recherche visuelle des individus. Cette
recherche peut être réalisée en période diurne pour certaines espèces et repérer les pontes,
ou encore nocturne afin d'observer les adultes et les larves qui sont souvent beaucoup plus
actives. Cette recherche se fait alors à l'aide d'une lampe frontale aux abords des milieux
humides favorables.
3.2. Recherche active
Pour certaines espèces, il peut être nécessaire de réaliser une recherche active à l'aide
d'épuisette appelée "Filet troubleau". Cette technique n'est utilisée qu'en cas d'impossibilité
de détecter les espèces par observation à distance, ou pour les espèces difficilement
identifiables (cas du complexe des grenouilles vertes par exemple). C'est une méthode
perturbante pour le milieu et les individus capturés. De plus, les amphibiens indigènes étant
tous protégés en France, elle nécessite une autorisation de capture d'un point de vue
réglementaire. Cette méthode est notamment efficace pour les grands tritons qui apprécient
le fond des mares (Triton marbré par exemple).
3.3. Ecoute des chants nuptiaux
La troisième méthode est la moins invasive puisqu'elle évite d'éclairer les amphibiens ou de
les manipuler. A la différence des urodèles (tritons et salamandres), les Anoures (grenouilles
et crapauds) ont la particuralité d'émettre des vocalises particulièrement sonores lors de la
période de reproduction. Les mâles entonnent des chants qui peuvent être puissants et
s'entendre parfois à plusieurs kilomètres suivant le vent et la densité d'individus. Lorsque
plusieurs mâles chantent simultanément, on parle de "chorus". Pour réaliser des écoutes
nocturnes d'anoures, il suffit donc de repérer les habitats favorables au préalable, puis de
réaliser des points d'écoute à proximité de chaque secteur identifié. On peut par exemple
réaliser 20 minutes à environ 20 mètres du site de reproduction afin de déterminer les
espèces et les effectifs. Cela implique de maîtriser les chants d'amphibiens, comme le ferait
un ornithologue avec les chants d'oiseaux. Cette technique d'inventaire omet néanmoins
l'inventaire des urodèles qui ne chantent pas.

Voir vidéo : https://youtu.be/jQn6nE8rLQs

4. Règles sanitaires à respecter

A l’échelle mondiale, les amphibiens subissent d’importants déclins de populations dûs à la
Chytridiomycose, une maladie émergente provoquée par le champignon Batrachochytrium
dendrobatidis. Des déclins catastrophiques ont été observés en Australie, Amérique du
Nord, Amérique centrale, Amérique du Sud et dans les Caraïbes. En Europe, des mortalités
massives associées à Batrachochytrium dendrobatidis  ont été observées en Espagne et en
France, mais nos connaissances sur la prévalence de Batrachochytrium dendrobatidis en
Europe ne sont encore que fragmentaires.

Les causes exactes de l’émergence récente de la Chytridiomycose sont encore mal

connues. Néanmoins, les scientifiques s’accordent aujourd’hui à penser que ce champignon
aurait été récemment disséminé à travers le monde par l’intermédiaire de matériel ayant été
au contact avec Batrachochytrium dendrobatidis, d’eau contenant des zoospores ou
d’amphibiens infectés (notamment lors de l’introduction d’espèces exotiques).

Les activités humaines, dans ou à proximité de sites aquatiques, participent donc fortement
à la dissémination du champignon et représentent un risque majeur pour les populations
d’amphibiens. Si un individu infecté peut être efficacement traité avec un fongicide, le
champignon ne peut pas être contrôlé, à ce jour, dans le milieu naturel.

Néanmoins, quelques procédures simples de désinfection permettent de décontaminer les

équipements, ce qui réduit notablement le risque que le champignon soit passivement
transféré lors des déplacements. L’objectif de ce document est de fournir aux personnes
travaillant sur les amphibiens, ou plus largement en milieu aquatique, un ensemble de
mesures de précaution à mettre en oeuvre lors de leurs campagnes de terrain. Bien que
ciblées sur la Chytridiomycose, ces précautions permettront également de limiter la
dissémination d’autres maladies ou d’espèces végétales ou animales envahissantes.

Voir PDF : Protocole d'hygiène

5. Liste rouge et espèces protégées
Liste rouge des reptiles et amphibiens de France métropolitaine

https://inpn.mnhn.fr/docs/LR_FCE/UICN-LR-Reptile-Fascicule-m5-1.pdf

Arrêté du 8 janvier 2021 fixant la liste des amphibiens et des reptiles représentés sur le
territoire métropolitain protégés sur l'ensemble du territoire national et les modalités de
leur protection
https://www.legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTEXT000043113964

Questionnaire :