3.2.

Le réseau Natura 2000

Objectif :

Comprendre le fonctionnement du réseau Natura 2000, son rôle dans la

protection de la biodiversité en France et son lien avec l'expertise naturaliste

Définition :

Les périmètres de protection : ensemble de périmètres présents sur le territoire

impliquant une protection totale ou partielle d’une étendue géographique. La
portée réglementaire de ces périmètres peut, suivant les dispositifs employés,
provenir d’une initiative locale, départementale, régionale, nationale ou encore
européenne (dans ce dernier cas, la protection est alors traduite dans le droit
français).

Les périmètres d’inventaire : ensemble de périmètres présents sur le territoire

mettant en exergue, suivant les dispositifs employés, différents éléments
remarquables vis-à-vis de la biodiversité (espèces, milieux, structure, etc.). Ces
périmètres n’apportent aucune protection mais jouent un rôle d’alerte essentiel
pour les politiques publiques. Ces périmètres sont issus d’initiatives variables,
pouvant aller jusqu’au traité international.
I. Le réseau Natura 2000
(Voir vidéo YouTube) : https://www.youtube.com/watch?v=HP-N2pkxrRQ
Équilibre : nous avons besoin d'équilibre !

Equilibre entre conservation et exploitation, entre zones ou la nature peut s'épanouir et espace
dédié à l'activité humaine. Afin d'atteindre cet équilibre délicat, l'Union européenne a créé Natura
2000 qui a pour mission de protéger les espèces et habitats menacés et d'encourager le respect dans
le tourisme, la sylviculture ainsi que l'agriculture et la pêche durable dans toute l'Europe ; Parce qu'il
n'y a pas d'avenir sans une nature saine.

Aujourd'hui Natura 2000 est le plus grand réseau de zones protégées dans le monde.

18 % du territoire de l’Union européenne

26 000 sites terrestres et marins
Plus de 1000 espèces menacées protégées
I.1. Présentation
La réglementation européenne en France repose essentiellement sur le réseau
Natura 2000 qui regroupe deux directives européennes majeures transposées
dans le droit français. Initiée en 1992, le réseau Natura 2000 est une politique
de l’Union européenne qui vise à assurer la survie à long terme des espèces et
des habitats particulièrement menacés en Europe. Il est constitué d’un
ensemble de sites naturels, terrestres et marins, identifiés pour la rareté ou
la fragilité des espèces (faune et flore) et des milieux naturels qu’ils abritent.
La Directive Oiseaux (1979) désigne un certain nombre d’espèces dont la
conservation est jugée prioritaire au plan européen (annexe I de la directive).
Au niveau français, cette directive se traduit par la création de Zones de
Protection Spéciale (ZPS) à l’intérieur desquelles sont contenues les unités
fonctionnelles écologiques nécessaires au développement harmonieux des
populations des espèces d’oiseaux d’intérêt communautaire.
La Directive Habitats (1992) concerne le reste de la faune et de la flore. Elle
repose sur une prise en compte non seulement d’espèces mais également de
milieux naturels dont une liste figure en annexe de la Directive (annexe I
Habitats, annexe II espèces). Sur le territoire national, cette directive se traduit
par la désignation de Zones Spéciales de Conservation (ZSC).
Objectif :

- La conservation de la biodiversité et du patrimoine naturel : s’appuie sur

l’amélioration des connaissances et la mise en place de mesures de gestion

- La prise en compte des exigences économiques, sociales et culturelles, ainsi

que des particularités régionales : les projets d’aménagements ou les activités
humaines ne sont pas exclus dans les sites Natura 2000, sous réserve qu’ils
soient compatibles avec les objectifs de conservation

En Europe, le réseau représente 27 522 sites et couvre 18 % des terres et 6

% de la zone économique exclusive marine.
En France, ce réseau représente : 1 776 sites, dont 212 sites marins : 402
zones de protection spéciales pour les oiseaux (ZPS) et 1 374 zones spéciales
de conservation (ZSC) pour un total de 7 millions d’hectares en milieu
terrestre et 12 millions d’hectares en milieu marin (ZEE). 130 habitats
naturels d’intérêt communautaire (57 % des habitats naturels européens), 132
espèces d’oiseaux identifiées à l’annexe I de la directive Oiseaux (67 % des
espèces annexe I), 94 espèces animales identifiées à l’annexe II de la directive
Habitats faune flore (18 % des espèces annexe II) et enfin 63 espèces
végétales identifiées à l’annexe II de la directive Habitats faune flore (10 % des
espèces annexe II) sont représentés en France.
I.2. Historique de la création du réseau Natura 2000 en France
Sur la base d’inventaires et d’études scientifiques, l’Union européenne a
identifié sur son territoire les espèces animales et végétales ainsi que les
habitats (milieux) « en danger de disparition », « vulnérables », « rares » ou «
endémiques ». Définis comme étant d’intérêt communautaire, ces espèces et
habitats bénéficient de mesures de conservation au titre de Natura 2000 et
font l’objet de listes exhaustives annexées aux directives européennes.
La désignation des zones spéciales de conservation découle des zones
naturelles d’intérêt écologique, faunistique et floristique (ZNIEFF, périmètres
d’inventaire). Les ZNIEFF sont issues d’un travail de recensement et de
compilation de données entre acteurs de l’environnement depuis 1979
(Muséum d’histoire naturelle nationale, Office national des forêts, Office
national de la chasse et de la fauve sauvage, Office national de l’eau et des
milieux aquatiques, le réseau des Réserves naturelles de France, les
conservatoires des espaces naturels, les associations de protection de la
nature, etc.).
Concernant la directive Oiseaux et la désignation des zones de protection
spéciale (ZPS), la France s’est appuyée sur un travail de la Ligue pour la
protection des oiseaux (LPO) qui a listé, pour le compte du ministère chargé
de l’environnement, les zones d’importance pour la conservation des
oiseaux (ZICO, périmètres d'inventaire).
À l’issue de consultations multiples (locales et ministérielles) :

 les zones de protection spéciale (ZPS) sont d’abord désignées en droit

national par arrêté ministériel puis notifié à la Commission européenne
 les zones spéciales de conservation (ZSC) font au préalable l’objet de
propositions de sites d’importance communautaire (pSIC) soumises à la
validation de la Commission européenne. À l’issue de l’évaluation, les
propositions retenues sont inscrites en tant que sites d’importance
communautaire (SIC) par la commission européenne. Les États
membres doivent alors désigner les sites d’intérêt communautaire (SIC)
en droit national, sous le statut de ZSC.

I.3. Fonctionnement des sites Natura 2000

I.3.1. Comité de pilotage et documents d'objectifs
Le comité de pilotage (COPIL) est un organe officiel de concertation et de
débat constitué au moment de la création du site Natura 2000. Il a en charge
l’élaboration du document d’objectifs (DOCOB) servant à la gestion du site. A
chaque site correspond un COPIL et un DOCOB. Les éléments principaux du
site Natura 2000 sont résumés dans un document appelé « Formulaire
standard de données » (FSD). Le COPIL est constitué de membres pouvant
être différents au regard des spécificités de chaque site. Une collectivité
territoriale ou un groupement de collectivités territoriales est désigné au sein
du COPIL (exemple : syndicat mixte, communauté de communes) pour assurer
le suivi des tâches administratives, techniques et financières nécessaires à
l’élaboration et à la mise en œuvre du DOCOB. Cette collectivité territoriale
peut réaliser ces tâches en régie ou faire appel à un organisme tiers alors
appelé opérateur.
Le contenu du DOCOB est défini par le code de l’environnement. On y trouve
les éléments suivants :

 l’état initial de conservation du site

 les objectifs de développement durable du site
 les propositions de mesures permettant de les atteindre
 les procédures de suivi et d’évaluation de ces mesures

Le document d’objectifs pourra ensuite être révisé, notamment à la suite

d’une évaluation de l’état de conservation des espèces et des habitats menée
périodiquement.
La mise en œuvre effective du document d’objectifs d’un site Natura 2000 est
assurée par un animateur de site. Cet intervenant peut être un employé de
l’organisme chargé du suivi de la mise en œuvre du document d’objectifs
(structure porteuse) ou un prestataire qui agit pour son compte.
Le rôle de l’animateur consiste à faire vivre le site, à assurer une veille
environnementale, à accompagner les porteurs de projets durables, en
utilisant les outils propres à Natura 2000 (contrats, charte) et en informant et
sensibilisant les socio-professionnels sur la manière d’atteindre les objectifs
définis dans le document d’objectifs.
I.3.2. Les contrats Natura 2000

 Les contrats Natura 2000 ni agricoles ni forestiers

 Les contrats forestiers

Les contrats "ni agricoles ni forestiers" et "forestiers" permettent de réaliser

des travaux d’entretien et de gestion écologique dans une logique non
productive sur des parcelles incluses dans le périmètre d’un site Natura 2000.
Ils sont financés par l’état et des fonds européens (FEADER et FEDER) et
dépendent du cahier des charges défini dans le DOCOB du site Natura 2000.

 Les mesures agroenvironnementales (MAE)

Les MAE permettent aux exploitants d’utiliser des pratiques jugées plus
favorables pour l’environnement en échange d’une rémunération sur la base
des surcoûts et pertes de revenus générés par ses engagements. Elles sont
liées à la Politique Agricole Commune (PAC) et sont gérées par les régions. Ce
sont des contrats d'une durée de 5 ans.
  Les contrats marins

Les contrats marins sont destinés aux professionnels de la mer et visent la

conservation des habitats et des espèces marines.
Exemple :

Mesures agroenvironnementales en faveur de l'Outarde canepetière : création de

couvert végétal, création de prairie avec retard de fauche, création de zones
refuge

I.3.3. Evaluation des incidences Natura 2000

La démarche Natura 2000 n’exclut pas la mise en œuvre de projets
d’aménagements ou la réalisation d’activités humaines dans les sites Natura
2000, sous réserve qu’ils soient compatibles avec les objectifs de
conservation des habitats et des espèces qui ont justifié la désignation des
sites.
L’évaluation des incidences a pour but de déterminer si le projet peut avoir un
impact significatif sur les habitats, les espèces végétales et les espèces
animales qui justifient la désignation du site Natura 2000. Si l’évaluation met
en exergue des impacts significatifs, l’autorité décisionnaire peut s’opposer au
projet (sauf projet d’intérêt public majeur).
L’évaluation des incidences Natura 2000 est une étude d’impacts simplifiées
étudiant exclusivement les espèces et habitats d’intérêt communautaire
ayant justifié la désignation du site Natura 2000.
Formulaire d'évaluation simplifiée des incidences Natura 2000
http://www.occitanie.developpement-durable.gouv.fr/IMG/pdf/
Formulaire_simplifie_cle7faebd.pdf

I.3.4. La charte Natura 2000

La Charte Natura 2000, établie pour chaque site, contient des engagements de
gestion courante et durable des territoires et espaces et renvoie à des
pratiques sportives ou de loisirs respectueux des habitats naturels et des
espèces d’intérêt communautaire. Elle permet à chaque usager, élu ou
propriétaire de s’engager, sur la base du volontariat, dans la conservation du
patrimoine naturel de sa région en adhérant aux objectifs de préservation du
site et en favorisant les bonnes pratiques écologiques. Il existe différents
types d'engagements :
  généraux (pour l'ensemble du site)
 par type de milieux (permettant, en contre-partie de l'engagement du
signataire, une exonération de la Taxe foncière sur le non-bâti (TFNB),
voir code des impôts)
 par type d'activité (permettant, en contre-partie de l'engagement du
signataire, d'être dispensé d'évaluations d'incidences)

Chaque charte peut également prévoir des recommandations générales. Les

engagements spécifiques à une activité sont destinés à dispenser les
signataires d’évaluation d'incidences Natura 2000. Ces engagements
définissent, par type d’activité (gestion forestière par exemple), les conditions
dans lesquelles l’activité ou le projet habituellement soumis à évaluation des
incidences Natura 2000 ne porteront pas atteinte de manière significative aux
sites Natura 2000. Cette exonération ne dispense cependant pas des
formalités administratives auxquelles le projet est soumis (demande
d’autorisation, dépôt de déclaration).

I.3.5. L'intervention de l'expert naturaliste au sein du réseau

Natura 2000

 En tant qu’animateur Natura 2000 (nécessite des compétences

complémentaires en gestion de projet, de bonnes capacités
relationnelles et de concertation, une bonne connaissance des
politiques publiques)
 En tant que prestataire de la structure porteuse (associations, bureaux
d’études, indépendants) pour la mise à jour des connaissances d’un site
Natura 2000 (inventaire de terrain afin de mettre à jour les données du
DOCOB concernant les espèces ayant justifié la création du site) ou la
réalisation d'animations de sensibilisation
 En tant que prestataire d’un porteur de projet, afin de l’accompagner
dans la réalisation de l’évaluation des incidences Natura 2000
(inventaire de terrain et évaluation des impacts du projet)

I.4. Conclusion
Définition :

Le réseau Natura 2000 est un dispositif complexe qui joue un rôle essentiel dans
la protection de l'environnement en France. Représentant une part non négligeable
du territoire, l'écologue est amené à travailler étroitement avec ce dispositif, il doit
donc maîtriser son fonctionnement et les enjeux de conservation qui y sont
associés. Les données récoltées au sein des sites Natura 2000 en font également
un outil bibliographique important dans le cadre d'expertises naturalistes
parallèles. Pour résumer, le réseau Natura 2000 est un outil hybride mêlant
concertation, sensibilisation, protection partielle, inventaire et amélioration des
I.5. Sources et documents complémentaires
http://www.natura2000.fr/sites/default/files/fiche-metier-animateur-dun-
site-natura-2000.pdf
Sources
Réseau européen Natura 2000
https://www.ecologie.gouv.fr/reseau-europeen-natura-2000-1
Carte du réseau Natura 2000 en France
http://www.natura2000.fr/carte-natura-2000
Directive Oiseaux
https://inpn.mnhn.fr/docs/natura2000/Directive_oiseaux_version_2009.pdf
Directive Habitats
https://inpn.mnhn.fr/docs/natura2000/Directive_habitats_version_consolidee_2007.pdf
Liste des sites Natura 2000 français et FSD associés
https://inpn.mnhn.fr/site/natura2000/listeSites

Cahiers d'habitats Natura 2000

http://www.natura2000.fr/outils-et-m%C3%A9thodes/guides-ouvrages/cahiers-habitats
Guide milieu marin
http://www.natura2000.fr/outils-et-m%C3%A9thodes/guides-ouvrages/guides-milieu-
marin
"Les directives Oiseaux et Habitats"
http://www.natura2000.fr/sites/default/files/references_bibliographiques/
rapport_ce_2019_fr.pdf

Pour approfondir
Fiche métier Animateur Natura 2000
http://www.natura2000.fr/sites/default/files/fiche-metier-animateur-dun-site-natura-
2000.pdf
Évaluation de l'efficacité de l'évaluation des incidences Natura 2000 en France
http://www.natura2000.fr/sites/default/files/references_bibliographiques/
espinosa_2019_evaluation_de_levaluation_des_incidences_natura_2000_en_france_ums
_patrinat_va.pdf
Analyse des MAEC dans les sites Natura 2000
http://www.natura2000.fr/sites/default/files/references_bibliographiques/
analyse_maec_n2000-1.pdf

Questionnaire :