Marielle Dumestre

Jeanne de Mazières
Relecture Claire Bissery
Document de travail- Version 1
Mai 2018

Bilan de l’existant pour le développement d’une base de connaissances

sur les espèces récifales

Table des matières

1. Contexte .......................................................................................................................... 2
2. Bases de données et de connaissances en relation avec les espèces récifales ................. 2
2.1. Référentiels taxonomiques et systèmes d’information biogéographique .................... 4
2.2. Bases de données sur la conservation et gestion ......................................................... 4
2.3. Bases de connaissances et systèmes d’information de la biodiversité ........................ 5
3. Qualité et accès aux données ........................................................................................... 7
4. Estimation de la disponibilité des traits......................................................................... 12
4.1. Traits de vie pour les poissons .................................................................................. 12
4.2. Traits de vie pour les coraux ..................................................................................... 15
5. Eléments techniques et actions à mener ........................................................................ 19
Bibliographie ........................................................................................................................ 20
Annexe 1. ............................................................................................................................. 20
Annexe 2. ............................................................................................................................. 27
Annexe 3. ............................................................................................................................. 29

1
 1. Contexte
Dans le cadre de la phase IV de l’IFRECOR, le sous thème Réseau Récifs prévoit de poursuivre
les actions pour la bancarisation et la valorisation des données de l’état de santé des écosystèmes
récifaux. Lors de la phase III, le TIT Réseaux d’observations (RESOBS) a permis de mettre en
place un outil national de bancarisation des données des récifs coralliens, la BD-Récif, avec un
déploiement dans l’Océan indien dans un premier temps puis aux Antilles. Cet outil permet
d’assurer la bancarisation des données de différents protocoles de suivi de l’état de santé des
récifs coralliens.
Le plan d’action du Réseau Récifs prévoit de développer des outils d’analyse et de rapportage
pour faciliter le processus de valorisation de ces données comme le calcul d’indicateurs à
l’échelle nationale. Cette valorisation des données collectées doit s’appuyer sur l’utilisation de
base de données sur les traits biologiques et écologiques des espèces récifales dans la mesure
où ces outils doivent assurer la cohérence des résultats d’analyse à l’échelle nationale.
Ce projet s’inscrit notamment dans un effort de l’UMS 2006 Patrimoine Naturel du Muséum
national d’Histoire naturelle de développer une base de connaissances sur les traits de vie des
espèces de la faune et la flore de France. Afin de délimiter le périmètre de la base de
connaissances, un premier travail bibliographique a été réalisé par l’UMS Patrinat pour
répertorier les connaissances et bases de données disponibles sur les différents paramètres de
caractérisation (traits) des espèces.
Cette note présente la synthèse de ce travail, ciblant plus particulièrement les informations
relatives aux poissons récifaux et aux coraux.

2. Bases de données et de connaissances en relation avec les espèces récifales

Les connaissances naturalistes rassemblant entre autres, la systématique, l’écologie et la
répartition géographique des espèces se sont multipliées au cours du dernier siècle, créant de
nouvelles problématiques de diffusion et de valorisation (Parr et al. 2012, La Salle et al. 2016,
Pauly 2017). Un certain nombre d’outils et de référentiels a été créé, pour agréger ces
informations et permettre d’analyser les "big data" en relation avec les traits de vie des espèces
(Bingham et al. 2017). Les traits d’histoire de vie correspondent aux informations qualitatives
ou quantitatives des organismes, en relation avec leur biologie ou leur écologie (Archaimbault
et al. 2010). Les traits de vie ont été redéfini à différentes échelles et peuvent notamment inclure
leur importance pour les humains, soit par leur statut de protection ou d’exploitation (Violle et
al., 2007 ; voir Annexe 1).
Différents types de bases de données ou de connaissances regroupent des informations, en lien
avec la taxonomie des organismes, les traits de vie, les efforts de conservation (Tableau 1). Pour
les espèces récifales (poissons, coraux et invertébrés), le réseau des bases d’intérêts a été
compilé et classifié en fonction de leurs spécificités (Fig. 1). Ces bases ont été sélectionnées
pour leur légitimité car s’appuyant sur des schémas de validation des données, de transparence
des sources ou des expertises (Costello and Wieczorek 2014).

2
Fig. 1. Paysage des bases de données d’intérêt pour la création d’une base de connaissances sur les
espèces récifales. Les différentes spécificités sont indiquées (échelle géographique, taxonomique,
stade de développement de l’outil) ainsi que les connections existantes entre chaque base. CoL :
Catalogue of Life, EOL : Encyclopedia of life, GBIF : Global Biodiversity Information Facility, INPN :
Inventaire National du Patrimoine Naturel, OBIS : Ocean Biogeographic Information System, WoRMS :
World Register of Marine Species.

3
2.1. Référentiels taxonomiques et systèmes d’information biogéographique
A la base de toute information sur la biodiversité, la taxonomie représente la clé d’identification
des espèces et, se basant historiquement sur la morphologie, évolue avec les nouvelles études
de phylogénétique moléculaire (Petersen and Seberg 1998). Le Catalog of Fishes et AlgaeBase
sont des sites de référence pour la taxonomie des poissons et des algues, et s’appuyant entre
autres sur ces sources, WoRMS est un référentiel taxonomique spécifique qui a pour but de
fournir une liste compréhensive de noms pour les organismes marins, incluant les synonymes
et leur classification taxonomique (Costello et al. 2013). TAXREF est le référentiel national
français présentant noms scientifiques et synonymes des taxons présents sur les territoires
français, ainsi que leur répartition par territoire indiquée par un statut biogéographique
(Gargominy et al. 2017). Des bases de connaissances sont aussi reconnues comme des
référentiels taxonomiques de qualité, ce qui est notamment le cas de FishBase.
Pour les coraux scléractiniaires, la taxonomie de nombreuses espèces reste encore incertaine
(e.g Terraneo et al. 2017) et différentes classifications coexistent selon qu’elles soient basées
sur la morphologie ou la phylogénétique (Veron 2013, Pichon 2014). Le nouveau portail
"Corals of the world" (Veron et al. 2017) présente une réévaluation des informations contenues
dans les trois volumes Corals of the World (Veron 2000). La taxonomie utilisée et discutée
prend en compte les dernières études phylogénétiques moléculaires (e.g. Gittenberger et al.
2011, Arrigoni et al. 2012, Benzoni et al. 2012, Budd et al. 2012, Huang et al. 2014) mais valide
majoritairement une systématique basée sur la morphologie en attente d’études futures (Veron
2013, 2015). Pour chaque espèce valide, la répartition biogéographique est indiquée (Veron et
al. 2015) ainsi que des descriptions de leur écologie et morphologie.
La base de connaissances Coral Trait Database se base en majorité sur la récente systématique
des coraux, notamment en s’appuyant sur WoRMS (Madin et al. 2016a). Il est à noter qu’une
base de connaissances IKBS/Xper existe pour les coraux des Mascareignes (IREMIA 2008),
regroupant une aide à l’identification taxonomique des espèces locales classées selon une
taxonomie non actualisée (Grosser et al. 2003). Plus spécifiquement, pour les zooxanthelles
symbiotiques Symbiodinium des coraux, les études des différents clades sont compilées dans
une base de données mondiale GeoSymbio, disponible sur demande, où les trois quart des
données (n=4833 données) concernent des hôtes coraux (Franklin et al. 2012).
En dehors des référentiels taxonomiques, de plus en plus de base de données s’intéressent aux
données biogéographiques des espèces, dont les plus connues sont le GBIF/ Global Biodiversity
Information Facility pour tous taxons confondus, OBIS / Ocean Biogeographic Information
System pour les organismes marins. Utilisant les données d’OBIS/GBIF, Aquamaps modélise
la niche écologique des taxons présents dans les bases de connaissances SeaLifeBase et
FishBase, en fonction de différents scénarios (actuel/sous conditions climatiques futures). Ces
modélisations de niche s’appuie sur l’estimation des habitats adaptés aux espèces en fonction
de leur préférences environnementales (Kaschner et al. 2007).

2.2. Bases de données sur la conservation et gestion

Pour les aspects de protection, l’établissement d’évaluation de listes rouges permet de classifier
les espèces (voire les écosystèmes) dans des catégories de risque d’extinction et des milliers
d’espèces ont déjà été évaluées (Rodrigues et al. 2006). Suivant une méthodologie universelle,
les catégories de la liste rouge sont souvent utilisées pour caractériser l’état de conservation

4
mondial (voire régionale) des espèces végétales et animales et ce statut est rapporté dans de
nombreuses autres bases de données comme l’INPN (Fig. 1). Pour les poissons récifaux
(Actinoperygii et Chondrichthyes), 8,3% des espèces étaient listées comme menacées, avec les
familles de labres (Labridae) et de mérous (Epinephelinae) étant particulièrement vulnérable
(Sadovy de Mitcheson et al. 2013, Dulvy et al. 2014, McClenachan 2015). Un tiers des espèces
de coraux constructeurs a aussi été évalué comme menacé selon l’évaluation globale UICN
(Carpenter et al. 2008).
Pour les espèces exploitées, le portail de CITES Checklist permet d’obtenir les espèces incluses
dans les annexes de la Convention sur le commerce international des espèces de faune et de
flore sauvages menacées d'extinction, certaines espèces de tortues, poissons et coraux sont
concernées (Vincent et al. 2014). Ce portail précise dans quelles annexes (I, II ou III) et pour
quels pays sont listées les espèces, ainsi que l’évolution temporelle du listing.
De même, couvrant 2237 espèces marines exploitées, le portail Sea Around Us regroupe les
estimations d’évolution de capture par zone économique exclusive sur les cinquante dernières
années (Pauly and Zeller 2014). Pour chaque territoire français (e.g. ZEE Iles Eparses, Mayotte
ou La Réunion), l’évolution des captures d’espèces marines est disponible et téléchargeable,
ainsi que les méthodes et résultats publiés dans des publications spécifiques du projet Sea
Around Us (Doherty et al. 2015, Le Manach and Pauly 2015, Le Manach et al. 2015). Un onglet
biodiversité reprend des paramètres biologiques essentiels de FishBase ou SeaLifeBase et
présente un index d’association avec les habitats qui indique la diversité des habitats fréquentés
par un taxon (Palomares et al. 2015).
ReefBase se voulait un outil qui regroupe les informations disponibles sur les récifs coralliens,
qu’il s’agisse d’évaluer l’état de santé des récifs ou d’améliorer leur gouvernance. Bien que les
dernières données actualisées datent de 2010, ce portail permet toujours l’accès à des
informations (rapports & données) en rapport au récifs coralliens. C’est en partie basée sur des
données de blanchissement de ReefBase qu’une base de données mondiale sur le
blanchissement a été créée et actualisée jusqu’en 2011 (Donner et al. 2017). Parallèlement, des
évènements de blanchissement de 1980 à 2016 sur une centaine de sites suivis ont été
récemment compilés dans une publication récente de Science (Hughes et al. 2018).

2.3. Bases de connaissances et systèmes d’information de la biodiversité

Les bases de connaissances identifiées à ce jour, sont soit globales (EoL /Encyclopedia of Life,
INPN / Inventaire National du Patrimoine Naturel) ou spécialisées sur un groupe de taxons, e.g.
coraux scléractiniaires (Coral Trait database), poissons (Fishbase), organismes marins
(SeaLifeBase).

Systèmes d’information de biodiversité

L’Encyclopedia of Life a pour objectif de compiler pour une audience large et variée, la
documentation disponible sur toutes les espèces vivantes (Parr et al. 2014). Pour toutes
informations d’un taxon, toutes les sources de données sont indiquées avec les licences
appliquées (domaine publique, Creative Commons licences). TraitBank est la base de données
dépositoire des différents traits d’organismes présentés dans l’EOL, qu’il s’agisse de mesures
ou de faits, plus de 330 attributs y sont annotés (Parr et al. 2016). TraitBank mobilise les
données de différentes bases de données spécifiques (e.g. GBIF, SeaLifeBase, Dryad) basée sur

5
une recherche de terminologie et un ajout automatique d’attributs reliés à un vocabulaire
contrôlé (Parr et al. 2016).
L’INPN est un système spécialisé pour la biodiversité française et regroupe les différents
programmes nationaux en lien avec les espèces présentes sur les territoires français. En
complément de ce portail, une base de connaissances sur les organismes est en cours de
développement.

Bases de connaissances
Avec la refonte de son portail, le référentiel taxonomique WoRMS fournit désormais une base
de connaissances avec l’addition récente de traits en relation avec la taxonomie et l’écologie
(Costello et al. 2015). Les dix "traits" ajoutés à WORMS ont été sélectionnés pour leur ubiquité
au sein des organismes marins et pour leur disponibilité (Costello et al. 2015) :
-Taxonomie : groupe opérationnel,
-Environnement (catégories) : marin, saumâtre, dulcicole, terrestre, pélagique, benthique
-Géographie : occurrence,
-Profondeur : intertidal, subtidal, profond,
-Taille : avec précision des unités,
-Substrats : meuble (sédiment), dur, biologique,
-Mobilité (pour différents stades de vie) :
-Squelette : fait de calcaire, de chitine, de silice, concernant un exosquelette, un endosquelette,
la paroi d’une plante,
-Régime alimentaire (catégorie) : carnivore, herbivore, parasite, détritivore, phototrophe,
chemautrophe
-Reproduction (catégorie) : sexuée, asexuée.
Dans le but de créer une base de connaissances intégrale sur les organismes marins, un nouvel
outil est en cours de développement pour permettre l’inclusion de plus nombreux traits de vie
(Vandepitte et al. 2017). Ce portail Marine Species Traits se base sur une typologie (en cours
de développement) qui hiérarchise les traits ; classes et concepts décrits dans un Coastal Wiki
Marine Species 1. Certains traits sont quantitatifs et associés aux méthodes et unités de mesures
(e.g. body size : fork length in cm), cependant comme ils sont fastidieux à renseigner, des traits
qualitatifs complémentaires ont été définis (body size : micro, meio, macro, mega) (Vandepitte
et al. 2017). L’utilisation de descripteurs qualitatifs par catégories a pour but de faciliter la mise
en place de cette base de connaissances en permettant notamment une approche top-down. En
effet, il est alors possible de compléter des traits de vie pour des unités taxonomiques
supérieures à l’espèce et de noter les exceptions si nécessaires au niveau de l’espèce. Cela
permet, par exemple, de noter l’ordre des coraux scléractiniaires comme "colonial" et de
seulement préciser les exceptions d’espèces qui sont "solitaires" (Vandepitte et al. 2017). Une
quarantaine d’experts sont en charge de la qualité des données recueillies par groupe
taxonomique.
Pour les poissons 2 récifaux, FishBase (Froese and Pauly 2017) a historiquement, une bonne
couverture géographique et taxonomique (Froese 1996, Pauly 2016). FishBase a été
initialement créé pour regrouper les informations sur les poissons dans le but d’aider les

1
http://www.marinespecies.org/traits/wiki/
2
Poissons fait référence dans cette note au groupe paraphylétique regroupant les Actinopterygii et Chondrichthyes.

6
pêcheries et leur gestion, ce projet a été complémenté par la base de connaissances SeaLifeBase
qui regroupe la documentation pour d’autres organismes marins (invertébrés, mammifères
marins, reptiles et oiseaux) (Pauly 2016). Ces bases de connaissances regroupent non seulement
un certain nombre de paramètres de traits d’histoire de vie extraits de la littérature mais aussi
complémente ces paramètres par des estimations basées sur des modèles comme la position
trophique, la température préférée, la relation taille-poids issue d’analyse bayésienne, etc…(e.g.
Pauly 1997, Froese et al. 2014).
Pour les chondrichthyens, un portail spécifique Shark - Reference regroupe toute la
bibliographie relative et transmet les informations présentes dans FishBase.
Pour les coraux scléractiniaires, une nouvelle base de connaissances, Coral Trait Database, a
récemment été créée et rend publique les données extraites de la littérature scientifique. 151
traits/attributs répartis dans 10 classes ont été sélectionnés spécifiquement pour ce groupe
taxonomique (Madin et al. 2016a, 2016b). Pour la version v1.1.1 (datant de Janvier 2016), la
présence ou non de symbiontes (zooxanthelles) est le seul attribut indiqué pour tous les taxons
de coraux de la base (n=1547). En effet, seulement 18 attributs sont renseignés au moins une
fois pour plus de la moitié de tous les taxons (analyse réalisée sur la version v1.1.1). Sur plus
de 1547 taxons renseignés, il existe un biais évident avec beaucoup plus d’informations
disponibles sur les taxons zooxanthellés (Madin et al. 2016a).

Compte tenu du paysage des bases de données relatives aux espèces récifales (Fig. 1),
FishBase et Coral Trait Database sont les bases de données les plus complètes pour les
poissons et pour les coraux respectivement.

3. Qualité et accès aux données

Bien que la majorité de ces bases de données suive un système de contrôle et d’expertise, un
certain nombre d’erreurs a pu être détecté et des méthodes corrections automatiques sont en
cours de développement (Belbin et al. 2013, Vandepitte et al. 2015). Par exemple, un tiers des
données d’occurrence issues de FishBase et d’OBIS a été reporté comme erroné pour les
espèces marines des Caraïbes (Robertson 2008). Certains attributs ont été critiqués, e.g.
coefficients a et b de la relation taille-poids pour quelques poissons d’eau douce (Cole-Fletcher
et al. 2011). Les données d’occurrence des portails internationaux sont en effet à traiter avec
vigilance, pour le reste, si la traçabilité des données est conservée, il est toujours possible
d’avoir accès aux données sources. De plus, ces portails de biodiversité reflètent quasiment
toujours un biais géographique et taxonomique avec certaines régions ou groupe d’espèces plus
étudiés que d’autres (Troudet et al. 2017).
L’avantage d’utiliser les bases de données telles que FishBase et Coral Trait database pour
collecter et valider les informations sur les taxons pour la base de connaissances, c’est la
traçabilité de l’information dans ces bases. En effet toute information est associée à une
référence de la source primaire (publications scientifiques ou rapports). Comme pour l’addition
de noms de taxons dans le référentiel taxonomique (TAXREF), trois sources doivent être
privilégiées pour alimenter cette base de connaissances : des bases de données dont la qualité
de l’information a été authentifiée (définies avec les experts du taxon), des publications
scientifiques et des données de groupes d’experts (Gargominy et al. 2017). Les portails de ces
bases de connaissances possèdent des interfaces utiles pour obtenir des informations espèce par

7
espèce. Cependant pour agréger ces informations pour une liste d’espèces, ces interfaces ne
suffisent plus. Pour permettre une meilleure extraction des données en amont de l’interface
(Boettiger et al. 2012, Parr et al. 2016), de plus en plus de systèmes d’information développent
des passerelles s’appuyant sur l’environnement du logiciel R et la création d’appels avec
l’interface de programmation applicative («API») (Banbury and O’Meara 2014) en utilisant de
nouveaux packages tels que reol, rfishbase v2.1.2, rsealifebase, seaaroundus et trait. Ces
packages permettent notamment de récupérer les données et paramètres pour une liste d’espèces
et ont été utilisés ici pour estimer la complétude de certains traits extraits de FishBase pour une
liste de poissons français (voir ci-dessous).

8
Tableau 1. Bases de données et leurs spécificités, en gris sont indiqués d’autres portails d’importance mineure non représentés dans la Fig. 1. Les liens vers les
différents portails sont disponibles en cliquant sur leurs noms. Abréviations : attributs (att) et indisponible (NA) quand pertinent sinon signalé par " -".

Portail Périmètre Nombre Précision Remarque

Taxonomique Géographique spp. traits
Encyclopedia of Life (EoL) Tous organismes Global 1,7 .106 - L’Encyclopedia of Life a pour objectif
Système d’information de la biodiversité et bases de connaissance

de compiler pour une audience large

et variée, la documentation
disponible sur toutes les espèces
vivantes
Inventaire National du Tous organismes France 178 000 - Ce portail est le portail référents des Pour les espèces, leur statut
Patrimoine Naturel données de biodiversité française, taxonomique, biogéographique, de
(INPN) en coordination avec les protection et de réglementation est
programmes nationaux inventorié
TraitBank Tous organismes Global NA 331 att Base de connaissances regroupant
les attributs de caractérisation des
espèces
Marine Species Traits Espèces marines Global 242 323 NA En plus des données que WoRMS 4 catégories de traits: Biologiques,
validées présente dans sa nouvelle interface environnementaux, écologiques et
(Costello et al., 2015), Marine importance pour la société
Species Traits est un répertoire qui
s'intéresse à d'autres traits
SeaLifeBase Organismes marins Global 74 700 NA SeaLifeBase et FishBase regroupe un De nombreux paramètres de traits
maximum d'informations extraits de d'histoire de vie ont été extraits de la
FishBase Poissons Global 33 700 NA la littérature scientifique ou grise littérature et sont à la base d'autres
paramètres estimés selon des modèles,
comme la position trophique, la
température préférée, la relation taille-
poids, etc,
Coral Trait Database Coraux sléractiniaires Global 1 547 151 att Base de connaissances regroupant Pour chaque observation correspondant
les traits de vie des coraux dans un à un trait, des champs complémentaires
effort de regrouper ces informations permettent de fournir les informations
sur une seule base, consultable et relatives à la méthodologie utilisée et
d'accès publique tant que sont l'unité de mesures
reportées les références primaires et
secondaires
Shark Reference Condrichthyens Global Base de connaissances regroupant la Les paramètres de certains traits de vie
littérature sur les condrichthyens sont aussi répertoriés
 Portail Statut Nombre Précision Remarque
Taxonomique Géographique spp. traits
Catalogue of Life (CoL) Tous organismes Global ± 1,7 .106 - -
Référentiels taxonomiques et autres

Catalog of Fishes Poissons Global ± 60 000 - Et informations biogéographiques

AlgaeBase Algues Global ± 150 000 - Et informations biogéographiques

World Register of Marine Organismes marins Global ± 488 000 10 Et informations biogéographiques
Species (WoRMS) et sur 10 traits de vie (Costello et al.
2015)
TAXREF Tous organismes France ± 178 000 - Et informations biogéographiques

Corals of the World Coraux scléractiniaires Global 831 - Et informations biogéographiques, Ce portail valide majoritairement une
écologiques et morphologiques systématique basée sur la morphologie en
attente d’études futures (Veron 2013,
2015)
Base de connaissances Coraux scléractiniaires Régional 189 - Aide à l'identification d'espèce
sur les coraux de
Mascareignes
GeoSymbio Zooxanthelle Global - - Biogéographie des différents Trois quart des données (n=4833)
symbiotique clades, extraits de références proviennent d'hôtes coraux (Franklin et
Symbiodinium scientifiques al., 2012)
Global Biodiversity Tous organismes Global ± 1,5 .106 - Biogéographie basée sur des
Information Facility données d'occurrence rapportées
géographique
Systèmes d’information

(GBIF)
Ocean Biogeographic Organismes marins Global - Biogéographie basée sur des
Information System données d'occurrence rapportées
± 120 000
(OBIS)
Aquamaps Organismes marins Global ± 25 000 - Carte de distribution modélisée Niche écologique modélisée en
(actuel/sous conditions climatiques s’appuyant sur l’estimation des habitats
futures) pour certaines espèces de adaptés aux espèces en fonction de leur
SeaLifeBase et FishBase préférences environnementales (Kaschner
et al. 2007)
 Portail Statut Nombre Précision Remarque
Taxonomique Géographique spp. traits
Listes rouges de l'Union Tous organismes Global 91 000 - L’établissement d’évaluation de
Conservation et gestion

internationale pour la listes rouges permet de classifier les

conservation de la nature espèces (voire les écosystèmes)
(IUCN Red List) dans des catégories de risque
d’extinction (Rodrigues et al. 2006)
CITES Checklist Espèces exploitées Global 35 800 - Ce portail permet d’obtenir les Certaines espèces de tortues, poissons et
espèces incluses dans les annexes coraux sont concernées
de la Convention sur le commerce
international des espèces de faune
et de flore sauvages menacées
d'extinction
Sea Around Us Espèces marines 2 237 - Estimation d'évolution de capture Un onglet biodiversité reprend des
exploitées par zone économique exclusive sur paramètres biologiques essentiels de
les cinquante dernières années FishBase ou SeaLifeBase et présente un
index d’association avec les habitats
préférés des organismes (Palomares et al.
2015)
ReefBase Espèces récifales Récifs - - Outil qui regroupe les informations Bien que les dernières données
coralliens disponibles sur les récifs coralliens, actualisées datent de 2010, ce portail
qu’il s’agisse d’évaluer l’état de permet toujours l’accès à des
santé des récifs ou d’améliorer leur informations en rapport au récifs
gouvernance coralliens

Coral bleaching database
- Récifs
coralliens
- - Regroupant les événements de
blanchissement et leur intensité
jusqu'en 2011
Récemment, une nouvelle base de
données sur le blanchissement a été
publiée, en reprenant les différents
évènements de blanchissement de 1980 à
2016 sur une centaine de sites suivis
(Hughes et al. 2018)
 4. Estimation de la disponibilité des traits
De nombreux traits de vie sont donc regroupés pour et par différentes initiatives dans différentes
bases de données. Certains peuvent être plus ou moins intéressants pour les acteurs du "réseau
Récifs". Il est également nécessaire d’étudier la faisabilité de récupération des données sur ces
traits de vie en termes de disponibilité scientifique et technique.
A titre indicatif, une estimation du pourcentage de complétude/disponibilité a été réalisée pour
certains traits de vie pour une liste d’espèces récifales (poissons 3 et coraux scléractiniaires
zooxanthellés) des territoires français. Cela permettra de mieux appréhender les traits de vie
d’intérêts et la complétude de certains traits afin d’estimer le degré d’effort nécessaire pour
renseigner la base de connaissances (Tableau 2 et 5).

Pour les variables en relation avec la conservation, il est important de noter que ces informations
sont déjà disponibles sur l’INPN, en liaison avec TAXREF (voir Annexe 2). En effet, les statuts
de protections juridiques internationaux ou nationaux ainsi que les évaluations des Listes
Rouges ou encore les statuts biologiques ZNIEFF sont indiqués pour toutes les espèces
françaises concernées (Gargominy and Demonet 2013, Annexe 2). Les statuts
biogéographiques sont renseignés dans TAXREF pour chaque taxon dans chaque territoire où
il a été répertorié, avec les indications d’endémisme ou d’espèce envahissante si disponibles.
L’endémisme est indiqué à l’échelle du territoire. Dans le cas du subendémisme, le statut
d'endémisme du taxon est considéré à l'échelle d’une zone géographique plus large dans
laquelle le territoire français où est présent le taxon ne constitue qu'une partie. Pour le moment,
il n’est pas possible de différencier des endémicités à d’autres échelles que celles mentionnées
dans l’Annexe 2 de cette note pour les subendémicités, que ce soit à des échelles plus grandes
(e.g. Océan indien) ou moindres (e.g. Europa) (Annexe 2). Alors que pour les "endémicités"
régionale à échelles plus grandes, il serait possible de se baser sur les aires de distributions des
espèces (disponible dans FishBase ou Coral Trait Database) ; pour les échelles plus petites, une
recherche bibliographique plus approfondie sera nécessaire.

4.1. Traits de vie pour les poissons

Les traits renseignés dans FishBase pour quasiment toutes les espèces de poissons présents dans
les territoires français sont la taille maximale, la forme du corps, le régime alimentaire et le
niveau trophique (Tableau 2 et 3).
Pour les poissons, la taille maximale est mesurée selon différentes méthodes (Annexe 3) et la
forme du corps peut être un indicateur de la fécondité, avec une relative fécondité plus faible
pour formes compressées par rapport aux formes plus rondes (Sadovy 1996). La relation taille–
poids W=aLb (W= Poids, L= Longueur, a= constante et b= coefficient d’allométrie) est
principalement utilisée pour l’estimation de la biomasse des espèces à partir de méthodes de
recensement visuel en plongée et permet aussi de déterminer des indicateurs de conditions
nutritionnelles d’organismes au sein d’un échantillon en calculant les facteurs de conditions
relatifs 4 (Froese 2006). Alors que pour chaque espèce de Fishbase existe une relation taille-

3
La liste d’espèces des « poissons » récifaux présents dans les territoires français inclut les espèces de poissons
répertoriées comme présentes dans les territoires français où se trouvent des récifs coralliens (liste extraite de
TAXREF, n= 3889) et dont l’habitat « récif corallien » est renseigné dans FishBase. Il ne s’agit pas d’une liste
exhaustive mais d’une liste conservatrice comprenant au final 1540 espèces.
4
Relative condition factor Krel= W/(aLb) est utilisé pour estimer l’état de santé d’un individu par rapport à un
poids moyen pour une longueur donnée (Froese, 2006).

12
poids estimée selon une méthodologie bayésienne (Froese et al. 2014), ces coefficients estimés
ne sont pas disponibles pour des listes d’espèces en utilisant le package rfishbase. Seuls les
coefficients estimés dans des études scientifiques peuvent être extraits pour une liste d’espèces
(Boettiger et al. 2012). Les coefficients ont été reportés pour plus de la moitié (53%) des espèces
récifales des territoires français (n=1540), et 47% d’entre eux ont été calculés à partir de
données de Nouvelle-Calédonie (Kulbicki et al. 1993, 2005), de la Réunion (Letourneur 1998),
ou de Guadeloupe et Martinique (Bouchon‐Navaro et al. 2006).
Il semble que peu d’informations soient présentes dans FishBase pour définir la maturité
sexuelle des poissons récifaux, seulement 14% des tailles sont indiquées, nécessitant une
recherche plus spécifique de la littérature (e.g. Mellin et al. 2007). En terme de reproduction,
les comportements d’agrégation de pontes sont des traits de vie importants pour certaines
espèces récifales, notamment en relation avec la vulnérabilité de ces espèces, et ont été
confirmés pour un peu moins de cent espèces (Sadovy de Mitcheson et al. 2008, Choat 2012).
Cette information peut facilement être reportée dans la base de connaissances (Sadovy de
Mitcheson and Colin 2012).
Renseigné pour tous les taxons, le niveau trophique est calculé dans FishBase à partir du régime
alimentaire des espèces ou de leur position trophique, et si ces informations ne sont pas
disponibles, le niveau trophique se base alors sur des espèces similaires. Le niveau trophique a
été jugé pertinent en comparaison d’études trophiques basées sur des analyses isotopiques
(Mancinelli et al. 2013). Le régime alimentaire sous forme de catégorie de consommateur
primaire et secondaire est aussi indiqué dans FishBase (Tableau 3). Cependant ces informations
sont disponibles pour les poissons récifaux dans d’autres publications (Bozec 2006, Kulbicki et
al. 2011, Pinault et al. 2013, Mouillot et al. 2014).
Certains articles (Kulbicki et al. 2010, Guillemot et al. 2011, D’agata et al. 2016) s’appuient
sur des bases de données individuelles comme l’ancienne base « FISHEYE » de l’IRD et qui
regroupe des traits fonctionnels pour les espèces récifales tels que :
- le régime alimentaire, la taille, le domaine vital (home range), le temps d’activité, la formation
de bancs, la position dans la colonne d’eau, la profondeur habitée (Kulbicki et al. 2011, Mouillot
et al. 2014) ou la couleur, l’inquisivité, la vitesse de nage, le coloris et le comportement
cryptique (Labrosse et al. 1999).
Cependant, ces données ne sont pas accessibles publiquement, et une nouvelle base de données
sur les poissons des récifs coralliens et récifs rocheux tropicaux (limite de 17°C de température
moyenne d’eau de mer) a été créée lors du programme GASPAR coordonné par M. Kulbicki,
qui regroupe six traits : taille (avec 6 classes de taille), la mobilité (sédentaire, mobile au sein
du récif & mobile entre récifs), la période d’activité (diurne, nocturne, ou les deux), la formation
de bancs, le régime alimentaire et la position dans la colonne d’eau (Parravicini et al. 2014).

13
 Tableau 2. Estimation de la complétude de traits de vie dans FishBase pour les poissons récifaux
présents dans les territoires français3. La complétude correspond au pourcentage de poissons récifaux
français (N=1540) pour lesquelles des informations de traits de vie sont disponibles dans FishBase. Une
barre complète correspond à 100% de complétude, vert (>75%) ; jaune (>50%,≤75%) ; orange (>25%,
≤50%) ; rouge (≤25%), les numéros à coté indiquent le pourcentage exact. Voir Tableau 3 pour
l’information sur les variables catégorielles.

Classes de Traits Variable Unité Complétude Disponible dans

traits (%, N = 1540)
Biologique Morphologie Forme du corps Catégorie 90

Taille maximale & type de taille 100

Longueur commune / common & type de taille 68

length

Relation taille-poids Coefficient a and b 53 2

Maturité sexuelle Taille de maturité sexuelle 12
Age à maturité sexuelle 4

Traits de vie Longévité dans la nature 7

Stratégie démographique (r/K) NA NA

Coefficient de croissance K von Bertalanffy 4

Type de reproduction Catégorie 77
Mode de fertilisation Catégorie 76
Régime trophique Catégorie 81 1
Niveau trophique Numérique 80
Ecologique Habitat Récifs coralliens Catégorie 64*
Importance Importance Catégorie 58
pour la société
1 : (Mouillot et al. 2014), 2 : (Kulbicki et al. 2011).
*Ce pourcentage a été calculé en fonction du nombre d’espèces de la liste des espèces récifales valides dans
FishBase (n= 3868) pour lesquels la case « récifs coralliens » a été renseignée.

Tableau 3. Catégorie de traits extraits de FishBase.

Paramètres Niveau initial Niveau supplémentaire

Forme du corps fusiform/normal Angular
Elongated circular
eel-like compressed
short and/or deep flattened
Others oval
Reproduction Dioecism
Protandry
Protoginy
true hermaphrodism
Mode de fertilisation External
Internal
in brood pouch or similar structure
Régime trophique browsing on substrate  Detritivore
filtering plankton Planctophage
grazing on aquatic plants  Herbivore
hunting macrofauna (predator) Omnivore
Other
picking parasites off a host (cleaner)
Omnivore
selective plankton feedingPlanctophage
Importance of no interest
of potential interest

14
 subsistence fisheries
minor commercial
Commercial
highly commercial

4.2. Traits de vie pour les coraux

Pour les espèces de scléractiniaires zooxanthellés présents dans les territoires français 5, les traits
renseignés pour la quasi-totalité des espèces sont associés principalement à la géographie, à
l’écologie et à la morphologie (Tableau 4). La majorité de ces attributs correspond à des
estimations globales, notamment issus de monographies spécialisées (Veron 2000, Wallace et
al. 2012). La complétude des traits extraits de Coral Trait Database n’atteint jamais 100% pour
la liste d’espèces des coraux français car certaines espèces incluses dans TAXREF (reconnue
par M. Pichon) ne sont pas présentes dans Coral Trait Database, e.g. Acropora disticha ou
Montipora tenuissima qui sont classées "nomen dubious" dans WoRMS, i.e dont la
nomenclature n’est pas clarifiée.
La distribution à l’échelle mondiale des coraux français5 est bien renseignée, avec notamment
l’aire de répartition (en km²) calculée à partir des écorégions où l’occurrence des espèces est
indiquée (Veron 2000) ou calculée en fonction des distributions estimées dans Hughes et al.
(2013). La distribution géographique mondiale est aussi bien renseignée à l’échelle des bassins
océaniques, des régions océaniques et/ou des provinces (voir Tableau 5). Les limites de
distribution au nord, au sud, à l’ouest et/ou à l’est ont aussi été extraites de l’étude de Keith et
al. (2003) pour la quasi-totalité des espèces. Ces informations de distribution géographique
pourront permettre l’extrapolation d’endémicité à des échelles plus grande que les territoires
français mais pas à des échelles plus précises.
De même, les traits d’écologie sont renseignés pour la quasi-totalité des espèces pour
l’abondance mondiale, la profondeur (maximale et minimale) ainsi que les préférences de clarté
d’eau et d’hydrodynamisme (Tableau 4 et 5).
La stratégie démographique est ici disponible pour 138 espèces de coraux5 et ne correspond pas
aux stratégies classiques r/K, mais à celles définies récemment par Darling et al. (2012). En
effet, en se basant sur des traits de vie caractéristiques d’espèces coralliennes, Darling et al.
(2012) ont différencié quatre stratégies d’histoire de vie :
1) les espèces "compétitives" qui correspondent aux espèces qui dominent les récifs en absence
de perturbations et de stress (e.g. Acropore branchu) ;
2) les espèces "tolérantes" et résistantes aux stress associés aux récifs coralliens, qui se
reproduisent par ponte en masse et possèdent une croissance lente et une morphologie
généralement massive comme les espèces massives de Porites.
3) les espèces "rudérales" qui sont de petites tailles et peuvent se reproduire par une fécondation
interne qui leur permet d’être aptes à recoloniser un milieu perturbé, e.g. les espèces branchues
de Porites.
4) les espèces "généralistes", qui sont une combinaison d’espèces résistantes exhibant des
formes laminaires comme certaines espèces de Montipora.

5
La liste des "coraux" présents dans les territoires français inclut toutes les espèces de l’ordre des scléractiniaires
reportées comme présentes dans les territoires français (liste extraite de TAXREF, n=618) et dont le statut était
indiqué comme zooxanthellées dans la Coral Trait Database (N= 473).

15
Bien que récents, ces types de stratégie démographique (surtout les trois premières) sont de plus
en plus utilisés pour caractériser les coraux (e.g. Darling et al. 2013, Zinke et al. 2018), et bien
que toutes les espèces n’aient été investiguées, ces stratégies démographiques s’accordent aussi
à l’échelle des genres (avec quelques exceptions pour certaines morphologies) (Zinke et al.
2018).
Pour la morphologie, alors que les informations sur les formes dominantes (Tableau 5) et autres
formes exhibées par les espèces proviennent de la monographie de Veron (2000), un travail
s’appuyant sur les données de suivi des récifs coralliens sera nécessaire pour valider les
morphologies prépondérantes en fonction des disparités régionales ou hydrodynamiques
spécifiques aux territoires français.
Les informations quant à la largeur des corallites ne sont pas seulement utiles pour
l’identification au niveau des espèces mais ont aussi été utilisées comme un indicateur de
réserve d’énergie du polype, supposant que les espèces ayant de plus gros corallites sont plus à
même d’emmagasiner de l’énergie et donc plus résistantes aux conditions défavorables (Darling
et al. 2012, van Woesik et al. 2012).
Quant à la taille maximale des colonies, elle n’est reportée que pour 41% des espèces5, et
provient surtout de monographies plutôt que de données de terrain. Les informations de forme
solitaire ou coloniale sont quelque peu redondantes aux informations d’attachement au substrat
(Tableau 5).
Pour la partie physiologie, le peu de données de calcification et de croissance doit être considéré
avec précaution, étant donné que certaines de ces mesures ont été obtenues dans des conditions
expérimentales particulières.
L’identification des zooxanthelles au niveau des clades et sous-clades est d’un intérêt particulier
pour les coraux dans un contexte de changement climatique, car la dominance d’un clade (i.e.
D) peut augmenter significativement la tolérance thermique des hôtes (Berkelmans and van
Oppen 2006). Cependant aucune donnée de clade ne provient de territoires français, même si
les clades de zooxanthelles de certaines espèces ont été déterminés localement dans des études
scientifiques (e.g. Hoenner 2008, LaJeunesse et al. 2010, McClanahan et al. 2011, Japaud 2017,
Rouzé et al. 2017).
De même, bien que la susceptibilité au blanchissement n’a pas encore été renseignée dans la
version 1.1.1. de Coral Trait Database, cette information peut facilement être extraite de
Carpenter et al . (2008), voire adaptée régionalement si trop de disparités existent (McClanahan
et al. 2007).
Pour ce qui concerne la reproduction des coraux (Tableau 5), alors que ce trait de vie différencie
les stratégies démographiques des coraux (Darling et al. 2012), un peu plus de la moitié des
coraux5 est renseignée dans Coral Trait Database, et cela pourrait être complété jusqu’à 75%
au moins en intégrant les données issues de l'étude de Keith et al. (2013).
Finalement, Coral Trait Database est plus ou moins renseignée pour les traits des coraux, et
peut facilement être complétée grâce à d’autres monographies. Cependant, les questions de
régionalisation devront être évaluées en fonction de l’importance de disparités mais il semble
qu’une telle distinction demandera un peu plus de temps à être complétée.

16
Tableau 4. Estimation de la complétude de traits de vie dans Coral Trait Database pour les coraux
zooxanthellés présents dans les territoires français. La complétude correspond au pourcentage de
coraux zooxanthellés (N=473) pour lesquels des informations de traits de vie sont disponibles dans
Coral Trait Database. Une barre complète correspond à 100% de complétude, vert (>75%) ; jaune
(>50%,≤75%) ; orange (>25%, ≤50%) ; rouge (≤25%), les numéros à coté indiquent le pourcentage
exact. Voir Tableau 5 pour l’information sur les variables catégorielles.

Classes de traits Variable Unité Complétude

(%, N = 473)
Géographie Aire de distribution en km² 96

Distribution dans bassin océanique Catégorie 98

Distribution géographique Catégorie 98

Distribution dans les provinces de l'Indo- Catégorie 85

Pacifique
Extrémité nord/sud et est/ouest de 86
distribution
Ecologie Abondance mondiale Catégorie 97

Stratégie démographique Catégorie 29

Profondeur minimale Estimation globale 81

Profondeur maximale Estimation globale 80

Préférence de clarté de l'eau Catégorie 97

Préférence d'exposition hydrodynamique Catégorie 97

Morphologie Forme solitaire ou coloniale Catégorie 95

Forme morphologique dominante extrait de Veron (2000) 95

Formes morphologiques possibles extrait de Veron (2000) 95

Taille maximale de la colonie 41

Largeur maximale des corallites 93

Largeur minimale des corallites 87

Physiologie Taux de calcification 6

Taux de croissance 23

Clade & Sub-clade de Symbiodinium Catégorie 58

Susceptibilité au blanchissement NA

Reproduction Mode de reproduction Catégorie 55

Système sexuel Catégorie 54

Bioméchanique Attachement au substrat Catégorie 95

17
Tableau 5. Catégorie de traits extraits de Coral Trait Database. Les principales monographies d’où sont
extraits les valeurs des attributs sont indiquées entre parenthèses.
Traits class and name Category
Ocean basin atlantic Traits class and name Category
Coloniality both
Geographical

(Cairns 1999, Baird et al. 2009) pacific

Morphological
colonial
Geographical region Eastern Atlantic
(Cairns 1999, Baird et al. 2009) solitary
Eastern Pacific
Growth form columnar
Indian Ocean
massive
Western & Central
massive and columnar
Pacific
plate
Western Atlantic
Growth form typical branching_closed
Indo-Pacific faunal provinces Africa-India
(Veron 2000) branching_open
(Keith et al. 2013) Andaman-Nicobar columnar
Islands corymbose
Australian digitate
Fiji-Caroline Islands encrusting
Hawaii-Line Islands encrusting_long_uprights
Indonesian hispidose
Japan-Vietnam laminar
Persian Gulf massive
Polynesia submassive
Red Sea tables_or_plates
Tonga-Samoa Substrate attachment attached
Abundance world common Biomechanical both
Ecological

(Veron 2000, Carpenter et al. 2008) rare unattached

uncommon
Life history strategy competitive
(Darling et al. 2012) generalist
stress-tolerant Symbiodinium clade A
Physioogical

weedy B
Water clarity preference both C
(Veron 2000, Díaz and Madin 2011) clear D
turbid F
Wave exposure preference broad G
(Veron 2000, Díaz and Madin 2011) exposed Bleaching low
protected susceptibility moderate
variable
high
Mode of larval brooder
Reproductive

development spawner
Sexual system gonochore
hermaphrodite

18
 5. Eléments techniques et actions à mener
Une base de connaissances sur les traits biologiques de la faune et la flore française est en cours
de conception à l’UMS PatriNat, et sera intégrée au système d’information national INPN.
L’objectif est d’utiliser la même structure pour la base de connaissances sur les espèces
récifales, cependant les traits inclus pour les espèces récifales doivent d’abord être sélectionnés
sur la base des éléments présentés ici.
Il va falloir choisir comment lancer la consultation (atelier, sondage internet) basée sur une note
(ce document synthétisé : Fig.1, Tableau 1, 2 & 4) afin de définir le périmètre des besoins.
Le projet de développement de la base de connaissances se fait donc en partenariat avec la
cellule TAXREF-BDC de l’équipe « Connaissance espèces » de l’UMS PatriNat. Il est
envisagé d’utiliser le logiciel Xper3 pour la création de cette base de connaissances globale. En
effet, ce logiciel gratuit et open-access développé par le Laboratoire d'Informatique et
Systématique de l'Université Pierre et Marie Curie (Paris 6) faisant partie de l'UMR 7205
(CNRS, MNHN, UPMC, EPHE) est une plateforme web dédiée à l’édition collaborative de
données descriptives et à l’identification en ligne de specimens 6. Cet outil pourra donc être
utilisé avantageusement pour créer la hiérarchisation de la base de connaissances de traits de
vie.

Alors que ce bilan de l’existant propose deux bases de connaissances (FishBase et Coral Trait
Database) pour compléter les traits de vie des espèces récifales (en premier pour les poissons et
coraux), de futur partenariats/conventions avec ces bases de connaissances sont à privilégier.
De même pour l’accessibilité de traits de vie de poissons récifaux recensés dans des publications
mais pas disponibles dans les annexes, il va falloir déterminer s’il est possible de récupérer ces
informations, en cas d’intérêts avérés des traits de vie concernés (Kulbicki et al. 2011, Mouillot
et al. 2014).
La question de régionalisation de la base de connaissances est aussi primordiale pour savoir si
les traits de vie à échelle globale correspondent à ceux prévalant à l’échelle régionale. Comme
dans Coral Trait Database, si disponible, le lieu de l’observation ou de l’estimation de
paramètres (e.g. coefficients de la taille poids-taille) devrait être utilisé comme proxy de
régionalisation. Ceci devra être discuté lors du processus de définition de la hiérarchisation de
la base de connaissances, mais aussi en consultation avec les experts du "réseau Récifs".

Dans le futur, différentes actions sont à mener :

En concertation avec le "réseau Récifs" :
1) S’accorder sur la notion d’espèce récifale (poissons habitant les récifs coralliens).
2) Définir les traits de vie d’intérêt à privilégier soit en consultation par sondage internet
ou par atelier, en se basant sur une version allégée de ce bilan de l’existant.
3) Evaluer les pistes d’utilisation de bases de connaissances personnelles ou d’autres bases
de connaissances non identifiées ici pour compléter les traits d’intérêts.
Au sein de l’UMS PatriNat 2006 :
4) Créer le groupe opérationnel "espèces récifales de l’outre-mer", notamment les poissons
récifaux selon la base de connaissance GASPAR.

6
http://www.xper3.fr/

19
 5) Identifier les modes d’acquisition de données en termes techniques et organisationnels
(partenariats) avec les bases de connaissances existantes qui peuvent être utilisées
comme sources de données.
6) Définir une structuration de la base de connaissances et la méthodologie de remplissage
à partir des bases existantes.
7) Etablir une classification hiérarchique des traits de vie spécifiques aux poissons et
coraux, interopérationnelle avec la base de connaissances nationale.
8) Valoriser le rapportage et l’extraction de citation pour les références à l’origine de la
donnée.

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25
Annexe 1.

Fig. A1. Echelles d’organisation et définition de certains traits extraits de la littérature et leur
différentes spécificités (Figure extraite de Violle et al. 2007).

26
Annexe 2.
Tableau A. Informations complémentaires associées au référentiel taxonomique TAXREF, modifié de Gargominy et al. 2017.
Informations Description Définition
Noms vernaculaires Dans différentes langues et dialectes
Statuts biogéographiques Défini par territoires administratifs de la France
P - Présent (Indigène ou Taxon présent au sens large dans la zone géographique considérée, c'est-à-dire taxon indigène ou taxon dont
indéterminé) on ne sait pas s’il appartient à l'une des autres catégories. Le défaut de connaissance profite donc à l’indigénat.
Sont regroupés sous ce statut tous les taxons catégorisés « natif » ou « autochtone ».
E -Endémique Taxon naturellement restreint à la zone géographique considérée.
S - Subendémique Taxon naturellement restreint à une zone un peu plus grande que la zone géographique considérée mais dont
les principales populations se situent dans la zone géographique considérée.
Pour l’Outre-mer, on applique ce statut à l’endémisme régional :
- pour la Guyane française = endémique du plateau des Guyanes,
- pour les Antilles françaises = endémique des petites Antilles,
- pour Mayotte = endémique de l’archipel des Comores,
- pour la Réunion = endémique des Mascareignes,
- pour les îles subantarctiques = endémique de la South Indian Ocean Province.
C - Cryptogène Taxon dont l’aire d’origine est inconnue et dont on ne peut donc pas dire s’il est indigène ou introduit.
I - Introduit Taxon introduit (établi ou possiblement établi) dans la zone géographique considérée.
J - Introduit envahissant Taxon introduit dans la zone géographique considérée, qui produit des descendants fertiles souvent en grand
nombre, et qui a le potentiel pour s’étendre de façon exponentielle sur une grande aire, augmentant ainsi
rapidement son aire de répartition. Cela induit souvent des conséquences écologiques, économiques ou
sanitaires négatives (IUCN, 2000).
M - Introduit non établi Taxon introduit qui peut occasionnellement se reproduire en dehors de son aire de culture ou de captivité, mais
(dont domestique) qui ne peut se maintenir à l’état sauvage car ne pouvant former de populations viables sans intervention
humaine, et qui dépend donc d’introductions répétées pour se maintenir dans la nature.
B - Occasionnel Taxon occasionnel, accidentel dans la zone géographique considérée (par exemple migrateur de passage).
D - Douteux Taxon dont la présence dans la zone géographique considérée n’est pas avérée (en attente de confirmation).
A- Absent Taxon non présent dans la zone géographique considérée.
W - Disparu Taxon qui n’est plus présent à l’état sauvage dans la zone géographique considérée mais qui n’est pas
globalement éteint.
X - Eteint Taxon globalement éteint.
Z - Endémique éteint Taxon introduit par le passé mais aujourd’hui disparu de la zone géographique considérée (W) ou éteint (X).
Y - Endémique éteint Taxon endémique et aujourd’hui disparu, donc globalement éteint (X).
Q - Mentionné par erreur Taxon mentionné par erreur comme présent sur le territoire considéré.
Tableau A (suite). Informations complémentaires associées au référentiel taxonomique TAXREF, modifié de Gargominy et al. 2017.
Autres informations Description Définition
Habitats Marin Espèces effectuant l’intégralité de leur cycle de vie en milieu marin. Les espèces vivant en mer mais
pouvant occasionnellement supporter les eaux douces entrent dans cette catégorie (ex: sardine).
Eau douce Espèces effectuant l’intégralité de leur cycle de vie en eau douce. Les espèces vivant en eau douce mais
pouvant occasionnellement supporter les eaux saumâtres entrent dans cette catégorie.
Terrestre Espèces vivant uniquement en milieu terrestre.
Marin & eau douce Espèces pouvant être présentes en eau douce et en mer de par leur cycle de vie diadrome pour les
organismes amphihalins, ou par tolérance aux fortes variations de salinités pour les organismes euryhalins.

Marin & terrestre Espèces effectuant une partie de leur cycle de vie en mer et l’autre partie à terre (cas des pinnipèdes, des
tortues et des oiseaux marins par exemple).
Eau saumâtre Espèces vivant exclusivement en eau saumâtre.
Continental (terrestre et/ouEspèces continentales (non marines) dont on ne sait pas si elles sont terrestres et/ou d’eau douce (taxons
eau douce) provenant de Fauna Europaea).
Continental (terrestre et Espèces terrestres effectuant une partie de leur cycle en eau douce (odonates par exemple), ou fortement
eau douce) liées au milieu aquatique (loutre par exemple).
Statuts de protection 154 textes juridiques disponible sous réserve de créer un compte au lien suivant:
https://inpn.mnhn.fr/telechargement/referentielEspece/reglementation
Conventions internationales voir Gargominy et al. 2013
ratifiées par la France

Convention CITES pour le commerce international des espèces

Directives européennes voir Gargominy et al. 2013
Arrêtés nationaux et voir Gargominy et al. 2013
départementaux
Listes rouges de l'UICN Statuts des espèces évaluées au niveau mondial, européen et/ou national
ZNIEFF Espèces déterminantes des Zones Naturelles d’Intérêt Ecologique, Faunistique et Floristique
PNA Espèces ciblées par les Plans d’Actions Nationaux
Annexe 3.

Fig. A2. Différents types de taille utilisé pour les poissons et définis dans FishBase (Froese and Pauly
2017).