Proposition de sujet de thèse 2022

(A remplir par les équipes d'accueil et à retourner à Isabelle HAMMAD : hammad@cerege.fr

*à renseigner obligatoirement pour la validation du sujet, (1) : A remplir lors de la campagne d'attribution des
allocations, à l'issue de la session de juin des Masters  

Sujet de doctorat proposé *: Biodiversité et évolution de la bioluminescence marine :

de la génomique environnementale aux validations expérimentales

Encadrant(s), Timsit Youri, youri.timsit@mio.osupytheas.fr

Laboratoire *: Institut Méditerranéen d’Océanologie (M I O)

Tableau récapitulatif du sujet

Candidat(e)(1)
Nom - Prénom :
Date de naissance :
Licence (origine, années, mention) :
Mention et classement au Master 1 année (Xème sur Y)  

Mention et classement au S3 du Master 2 (Xème sur Y)

Mention et classement au S4 du Master 2 (Xème sur Y)
Mention et classement au M2 (année) (Xème sur Y)
MASTER (nom, université)
Sujet de doctorat proposé*
Encadrants (2 max, indiquer si HDR ou pas)*
Laboratoire*
Programme finançant la recherche (indiqué si obtenu ou
envisagé) (1)
Biodiversité et évolution de la bioluminescence marine : de
la génomique environnementale aux validations
expérimentales
TIMSIT Youri (HDR), Magali Lescot
MIO
- (AAP MITI Lumière et Vie, en attente de résultat)

Sujet de doctorat proposé*

Intitulé* : Biodiversité et évolution de la bioluminescence marine : de la génomique environnementale aux
validations expérimentales

Descriptif *:

Introduction. La bioluminescence est l’un des phénomènes les plus spectaculaires et fascinants du
Vivant. Près de 80 % des espèces bioluminescentes sont des espèces marines qui se répartissent dans toutes les
mers et latitudes du globe 1,2. Cependant, les enzymes qui catalysent l’émission de photons - les luciférases,
n’ont pu être identifiées que dans une infime partie des organismes luminescents. Ces lacunes rendent difficiles
la compréhension de la bioluminescence marine tant sur le plan moléculaire, évolutif et qu’écologique.
Ce projet de thèse s’attachera donc d’une part, à explorer systématiquement les gènes de luciférases
d’organismes planctoniques dans les banques de métagénomique environnementales, pour établir une
biogéographie de la bioluminescence marine à l’échelle planétaire. D’autre part, il produira et testera les
activités des nouvelles enzymes en laboratoire, en collaboration avec Deborah Byrne de l’IMM (Marseille)
avec qui nous testons actuellement l’activité de nouvelles luciférases que avons découvertes récemment
L’ensemble de ces données sera intégré pour mieux comprendre les mécanismes, l’évolution et l’écologie des
systèmes bioluminescents marins. Ce projet se basera sur nos travaux récents et sur le caractère intrinsèquement
inter-disciplinaire du M I O qui réunit des expertises en génomique environnementale (M. Lescot), biologie
structurale (Y. Timsit) et en océanographie (P. Cuny, C. Tamburini, G. Gregori, S. Martini). Il s’appuiera
également sur nos collaborations avec des experts en bioluminescence des radiolaires (F. Not, station
océanographique de Roscoff) et des dinoflagellées (M. Valiadi, FORTH, Heraklion - Crète).
 Contexte. Les luciférases qui ont été identifiées et étudiées biochimiquement, telles la luciférase de
luciole, de dinoflagellés ou de bactéries ont toutes évolué indépendamment à partir d’enzymes non
luminescentes impliquées dans divers métabolismes cellulaires3. Bien qu’elles catalysent une réaction
équivalente – l’émission de photons à partir de l’oxydation de substrats divers, elles ne présentent aucune
homologie de séquence et de structure. Ainsi, l’évolution de ces enzymes par convergence constitue un trait
universel chez les espèces bioluminescentes. Chez les bactéries bioluminescentes, les gènes impliqués dans
l’émission de lumière luxC, D, A, B, E et G sont organisés en opéron lux. Depuis plus d’un demi-siècle4,5 , ces
opérons sont observé immuablement sous une forme canonique dans une trentaine d’espèces de bactéries
bioluminescentes, toutes regroupées chez les Vibrionacées (γ-protéobacteries)6. L’acteur moléculaire principal,
la luciférase bactérienne, un hétérodimère αβ formé par l’association des produits des gènes luxA et B, aurait
évolué à partir d’une enzyme non luminescente, une monooxygénase à FMNH2 dont la structure adopte un
repliement de type « TIM-barrel »7. Certains aspects de son mécanisme d’action, et en particulier les
déterminants moléculaires de son site actif qui la distinguent de son ancêtre non-luminescent, restent cependant
à identifier. Comment le site actif des luciférases, très semblable à celui de son ancêtre, a-t-il été façonné par
l’évolution pour catalyser l’émission de photons ? Sur le plan fonctionnel, la bioluminescence bactérienne se
révèle également très mystérieuse. Il a été proposé que l’émission de lumière procure un avantage sélectif pour
les espèces bactériennes luminescentes : préférentiellement détectées et ingérées par les prédateurs. Elles
pourraient ainsi rejoindre un habitat plus favorable, l’intestin ou les organes lumineux des poissons, où elles
auraient développé un mode de vie parasitique ou symbiotique 8,1-2. D’autres hypothèses cependant proposent
un rôle de la bioluminescence dans la réparation de l’ADN bactérien. Ainsi, dans les abysses, la
bioluminescence compenserait l’absence de lumière nécessaire à l’activation de certaines enzymes de
réparation de l’ADN 9. Par ailleurs, les études biogéographiques de la luminescence bactérienne sont limitées à
la trentaine d’espèces de bactéries bioluminescentes libres ou symbiotiques répertoriées à ce jour 6, espèces qui
ont été essentiellement collectées de manière contingente dans les environnements côtiers. La biogéographie
des bactéries bioluminescentes n’a, à notre connaissance, encore jamais été l’objet d’une étude systématique à
l’échelle planétaire et d’autres taxons bactériens pourraient contenir des espèces luminescentes dans des
écosystèmes marins encore inexplorés. Nous venons d’établir pour la première fois, une cartographie des
espèces bactériennes bioluminescentes à l’échelle planétaire, de découvrir de nouvelles organisations de
l’opéron lux et de mettre en évidence de nouvelles espèces potentiellement bioluminescentes10. Ces travaux
permettent d’établir les grandes étapes qui retracent l’évolution congruente des protéines lux et de
l’organisation de leur opéron, par descendance verticale et transfert latéral dans l’arbre des espèces bactériennes
(fig. 1). Par ailleurs, en établissant un lien fonctionnel et écologique entre la bioluminescence et la
photoréception chez les unicellulaires, nous venons de montrer l’importance d’appréhender ces phénomènes
dans leur « dialectique » écologique, un nouveau paradigme qui ouvre de nouvelles perspectives tant
méthodologiques que conceptuelles en océanologie (Timsit et al., 2021).

Figure 1 : Congruence entre la phylogénie de lux A et l’organisation des opérons lux (ref 10)
 Projet
En explorant systématiquement la biogéographie, la diversité et en testant en laboratoire l’activité des
luciférases « potentielles » découvertes dans les données environnementales de Tara Océan, il sera possible
d’éclaircir le paysage de la bioluminescence marine tant sur le point écologique, évolutif que moléculaire.
Ainsi, nous proposons de réaliser dans un premier temps, une étude systématique de la distribution des gènes
potentiellement impliqués dans la bioluminescence marine dans les données de génomiques (métagénomiques
et méta-transcriptomiques) environnementales disponibles. Nous avons acquis une expertise basée sur le
couplage des données de métagénomiques et structurales qui permet d’identifier de manière efficace et
spécifique les gènes de luciférases10. Nous appliquerons systématiquement ces méthodes pour chercher à
grande échelle l’ensemble des gènes de luciférases à l’échelle planétaire. En collaboration avec D. Byrne (IMM
Marseille) avec qui nous avons déjà obtenu des résultats prometteurs, l’activité des protéines potentiellement
bioluminescentes sera ensuite testée en laboratoire par le clonage des séquences candidates synthétisées et leur
expression dans E. coli. Par ailleurs, une meilleure connaissance de la biogéographie des espèces
luminescentes, marqueurs de choix dans l’étude des océans, pourrait, en retour, contribuer à affiner les modèles
physiques en océanographie. Cette étude devrait permettre de répondre à de nombreuses questions, à la croisée
de plusieurs disciplines telles que la biologie environnementale, l’écologie marine, la microbiologie, la biologie
structurale, la biologie de l’évolution et l’océanographie en éclairant précisément l’ensemble de ces points :
-Distribution des espèces bioluminescentes et le lien entre leurs distributions et les propriétés physico-
chimiques des écosystèmes marins (T°, salinité, pression…)
-Nature et biodiversité des espèces bioluminescentes dans les écosystèmes marins à l’échelle planétaire
-Panorama des structures moléculaires impliquées dans la bioluminescence marine
-Evolution de l’organisation des opérons impliqués dans la luminescence ; histoire évolutive des luciférases par
l’analyse de leur phylogénie et de leurs structures
-Etude de l’activité (intensité lumineuse, longueur d’onde, régulation) des luciférases environnementales
-Explorations des applications biotechnologiques et biomédicales des nouvelles luciférases

Références
1. Widder, E.A. Science 328, 704 (2010)
2. Haddock, S.H.D., Moline, M.A. & Case, J.F. Annu. Rev. Mar. Sci. 2, 443 (2010)
3. Waldenmaier, H.E., Oliveira, A.G. & Stevani, C.V. Int. J. Astrobiology doi :10.1017/S1473550412000146 (2012)
4. Meighen, E.A. Micr. Rev. 55, 123 (1991)
5. Baldwin, T.O et al. Curr. Opin. Struct. Biol. 5, 798 (1995)
6. Dunlap, P. in Bioluminescence : Fundamentals and Applications in Biotechnology Vol. 1, 144, DOI : 10.1007/978-3-662-
43385-0-2 (2014)
7. Brodl, E., Winkler, A. & Macheroux, P. Comp. Struct. Biotech. J. 16, 551 (2018)
8. Zarubin, M. et al. PNAS, 109, 853 (2012)
9. Czyz, A, Plata, K. & Wegrzyn, G. Luminescence 18, 140 (2003)
10. Vannier T., Hingamp, P., Turrel, F., Tanet, L., Lescot, M. and Timsit, Y. (2020) 2, doi: 10.1093/nargab/lqaa018.
11. Timsit, Y., Lescot, M., Valiadi, M., & Not, F. (2021). International Journal of Molecular Sciences, 22(21), 11311.

Détail du Programme finançant la recherche* : aide demandée au programme MITI lumière et Vie pour le
financement des expériences en laboratoire : en attente des résultats
Directeur HDR proposé* : TIMSIT – Youri, DR CNRS, M I O, youri.timsit@mio.osupytheas.fr
Post-doc encadré ou co-encadrées au cours des quatre dernières années* : Thomas Vannier

Publications
Timsit, Y. & Bennequin, D. Nervous-Like Circuits in the Ribosome Facts, Hypotheses and Perspectives (2019) Int. J. Mol. Sci., 20, 2911; doi:10.3390/ijms20122911.

Vannier T., Hingamp, P., Turrel, F., Tanet, L., Lescot, M. and Timsit, Y. Diversity and evolution of bacterial bioluminescence genes in the global ocean. NAR
Genomics and Bioinformatics (2020) 2, doi: 10.1093/nargab/lqaa018.

Timsit, Y., Lescot, M., Valiadi, M. and Not. F. Bioluminescence and photorecption in the unicellular organisms:light-signalling in a bio-communication perspective.
Int. J. Mol. Sci. (2021), 22(21), 11311; https://doi.org/10.3390/ijms222111311.

Timsit. Y., Sergeant-Perthuis, G. Towards the idea of molecular brains. Int. J. Mol. Sci. (2021), 22(21), 11868; https://doi.org/10.3390/ijms222111868.

Timsit, Y., Sergeant-Perthuis, G. & Bennequin, D. Evolution of ribosomal protein network architectures (2021) Scientific Reports www.nature.com/articles/s41598-
020-80194-4.