Comparaison du fonctionnement des écosystèmes benthiques arctiques et tempérés dans

un contexte de changement global : Groenland et St Pierre et Miquelon

Proposition de sujet de thèse – Ecole Doctorale des Sciences de la Mer et du Littoral

Nom de l’école doctorale : Ecole Doctorale des Sciences de la Mer et du Littoral

Unité de recherche : Laboratoire des sciences de l’environnement marin (LEMAR

UMR6539 CNRS /UBO / IRD / Ifremer), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM),
rue Dumont d’Urville, 29280 Plouzané

Equipe de recherche : Equipe DISCOVERY (Diversité, structure et dynamique des

populations et des communautés) – LEMAR

Directeur de thèse :

Dr. Laurent Chauvaud, directeur de recherches CNRS (HDR)

Email : laurent.chauvaud@univ-brest.fr

Co-directeurs de thèse :

Dr. Jacques Grall, Ingénieur de Recherche UBO

Email : jacques.Gralll@univ-brest.fr@univ-brest.fr

Dr Frederic Olivier, professeru Museum d’Histoires Naturelles de Paris

E mail : folivier@mnhn.fr

- Résumé du projet

Le projet CEBATH se veut une approche résolument multidisciplinaire alliant description de

la biodiversité et compréhension du fonctionnement trophique d’écosystèmes sous fortes
contraintes physiques. Il a pour objectif de comprendre les réponses d’écosystèmes
benthiques contrastés arctique et tempéré soumis à de fortes variations de l’environnement.
Les sites ateliers sont i) le fjord du Young Sound dans le Nord Est du Groenland, soumis à un
couvert de glace 8 mois dans l’année et à de forts apports d’eau douce pendant la débâcle
estivale mais avec une très grande stabilité thermique des eaux de fond et ii) le plateau
continental de Saint Pierre et Miquelon, soumis à d’extrêmes variations de températures à
l’échelle de quelques heures par effet d’ondes internes venant frapper le plateau sans
variations de salinité. Les écosystèmes benthiques de ces deux zones sont très mal connus à ce
jour et peuvent pourtant présenter potentiellement de très fortes originalités du fait de leur
environnement particulier. L’objectif premier est ainsi de décrire et comprendre la structure et
la diversité des assemblages benthiques des fonds rencontrés. En parallèle, il s’agira de
spatialiser et de quantifier les influences terrestres d’une part, et la contribution relative des
processus benthiques vs pélagiques d’autre part sur le carbone entrant l’écosystème
benthique. Ces contributions seront mesurées via une double approche par analyses
isotopique et lipidique des tissus de différents consommateurs primaires depuis les zones
côtières jusqu’au plateau continental, ainsi que celle des différentes sources rencontrées
(benthiques et pélagiques). Le projet réunit des équipes qui ont prouvé leur compétence sur le
sujet (Gaillard et al. sous presse, de Cesare et al. sous presse) et correspond à une approche
résolument nouvelle des contraintes physiques sur le fonctionnement des eaux côtières de
l’arctique et des zones tempérées. En identifiant les sources de la matière organique
disponible pour la macrofaune et en étudiant leurs interactions avec la variabilité des
mécanismes écologiques et la nature des réseaux trophiques, le projet devrait permettre de
mieux comprendre les dérives et variations spatiales observées de la structure et du
fonctionnement des écosystèmes côtiers.

Contexte scientifique:

Le projet de thèse s’insère directement dans le Laboratoire International Associé BeBEST

ayant pour objectif de diagnostiquer des changements d'états et d’évolution des écosystèmes
marins (dégradation notamment), mais en replaçant ces descripteurs dans un cadre
écosystémique explicite. Le défi est de comprendre les réponses écosystémiques à l’échelle
individuelle pour mieux appréhender la variabilité de la réponse à l’échelle des populations,
des biocénoses et des écosystèmes.

BeBEST se focalise en premier lieu sur les espèces benthiques qui sont en général au stade
adulte peu mobiles, voir sessile, car les individus sont des sentinelles de la qualité de
l'environnement dans lequel ils se développent. En effet, les réponses écophysiologiques, et
par conséquent, la valeur adaptative (‘fitness’) et le maintien des populations qu'ils
représentent sont dépendantes de leur tolérance aux facteurs abiotiques et biotiques qui les
contraignent. De ce fait, les populations benthiques intègrent dans leur structure et leur
dynamique, les effets des changements temporels de leur biotope. La composante abiotique de
ces biotopes (i.e. les habitats benthiques) est modifiée non seulement par des facteurs naturels,
mais aussi par un nombre croissant d'activités humaines, directes (eutrophisation, dragage,
extraction de matière) ou indirecte (changements globaux et hydroclimatique).
L'eutrophisation est d'ailleurs une source de dysfonctionnement qui se généralise (Rachor
1990, Frid et al 1999, Birchenough et al 2006, Rees et al 2006, Foden et al 2009, Birchenough
et al 2010), mais elle dépend de plusieurs causes, et revêt plusieurs aspects (par ex : création
de zone hypoxique) qui sont difficilement généralisables. Ce n'est pas non plus la seule source
de dysfonctionnement, et les effets cumulés ou non des différentes sources sont parfois
difficiles à discerner. A cette composante abiotique s'ajoute la composante biotique,
représentée par les interactions inter et intra-spécifiques, qui contribuent à former un paysage
adaptatif se modifiant par les processus de sélection. Composantes abiotique et biotique sont
intimement liées, et les changements des premières se reflètent à court-terme sur les secondes.

Notre perception de la « variabilité » des écosystèmes benthiques, et de la contribution de

chacune composantes du changement d'origine anthropique qu'ils subissent, évolue
rapidement. La nécessité d'évaluer et de surveiller les peuplements benthiques soumis à un
large éventail de facteurs de stress a conditionnée la recherche à recueillir de l'information sur
de longues échelles temporelles (Beukema, 1992 ; Rees et al, 2002 ; Alcock, 2003, Henderson
et al, 2006 ; Diaz et al, 2008 ; Beukema et al, 2009 ; Seitz et al, 2009). Néanmoins, les
méthodes destinées à déconvoluer les différents signaux observés changent d’autant plus
rapidement que nous sommes maintenant capables d’acquérir de nouvelles séries
d’observations sur de longues périodes et à haute fréquence, et que sont développées,
simultanément les approches d’analyse et de modélisation qui leur sont associées (Legendre et
Gauthier 2014).

Questions posées & Objectifs du projet

Les recherches récentes en écologie marine ont mis en évidence le rôle majeur que pouvaient
tenir les organismes benthiques par leur capacité à orienter et à réguler les flux de matière en
milieu côtier (Cloern, 1982 ; Chauvaud et al., 2000 ; Grall et Chauvaud, 2002). Le benthos
joue un rôle clé à la fois en tant que régulateur mais aussi en tant que témoin des variations
environnementales et des impacts anthropiques. La progression des connaissances sur les
relations consommateurs / sources trophiques autorisée par le développement des outils
isotopiques a permis d’entrevoir l’animal consommateur comme un indicateur de
fonctionnement de l’écosystème. Fry en 1999, à travers un effort de conceptualisation
avancée valide définitivement l’approche qui consiste à utiliser les consommateurs primaires
dans les études d’écologie fonctionnelle des systèmes côtiers.

En effet, la dynamique physique et, d’une manière plus générale, l’ensemble des attributs des
écosystèmes, ont un impact majeur sur la structuration spatiale de ces influences, d’où la
nécessité d’aborder la question de manière comparative en développant des actions sur des
écosystèmes fortement contrastés.

Une des originalités de la thèse réside dans l’analyse couplée des patrons spatiaux de la
biodiversité et de l’environnement trophique sous contraintes physiques qui implique des
compétences taxonomiques (identification morphologique de la macrofaune benthique) et de
multi-marqueurs trophiques (isotopes, acides gras marqueurs et isotopes sur acides gras…).

Les questions auxquelles se propose de répondre le travail de thèse sont les suivantes :

(1) Quels sont les impacts des fortes contraintes environnementales physiques (température
salinité) sur la biodiversité spécifique et fonctionnelle des peuplements benthiques ?

(2) Quelle est la structure et la dynamique des réseaux trophiques benthiques dans ces
écosystèmes sous contrainte physique ?
(3) Quelles sont les voies de transfert du carbone et de leur adaptation dans ces conditions
changeantes ?

(4) Dans un contexte de réchauffement des eaux, est-il possible de prédire l’évolution du
fonctionnement des écosystèmes étudiés sur le moyen terme?

Approche méthodologique et technique envisagée

Pour répondre à ces questions, des missions d’échantillonnage seront réalisées dans les
écosystèmes cibles (Groenland pour l’arctique et St pierre et Miquelon pour le tempéré). Les
recherches porteront à la fois sur la structure et la dynamique des communautés benthiques à
travers des échantillonnages quantitatifs saisonniers (minimum 2 saisons/ an). Les analyses de
la biodiversité seront menées au Lemar en étroite collaboration avec les chercheurs de
l’UQAR (C Nozais et R. Tremblay) et Université Laval (P Archambault ) au Quebec ainsi que
de l’université de Aarhusau Danemark (, M Sej & P B Christensen). Le cas échéant les
techniques moléculaires seront employées (bar-coding, métagénomique, …) seront employées
et les experts internationaux des taxons rencontrés qui poseraient problème seront sollicités
pour apporter leur aide. En parallèle, les producteurs primaires benthiques et pélagiques,
matière organique sédimentée et les tissus de consommateurs primaires le long d’un gradient
côte large seront échantillonnés pour analyses isotopiques et lipidiques. Ces analyses seront
menées au Lemar pour les isotopes et au MNHN pour les acides gras (collaboration T
Meziane).

Les analyses statistiques feront appel aux plus récentes techniques d’analyses multivarié etaux
approches bayésiennes, via des collaborations avec les biostatisticiens du Lemar (O Gauthier)
et de l’UQAM (P Legendre).

Partenariat international

Ce projet fait partie intégrante du Laboratoire International Associé BeBEST (Benthic

Biodiversity Ecology Sciences and Technologies ; https://www.liabebest.org) créé en 2016
pour une durée initiale de 5 ans entre le CNRS (INEE – PI : Dr. L. Chauvaud) et l’Université
du Québec à Rimouski (UQAR-ISMER, Canada – PI :, Dr Christian Nozais, Dr Rejean
Tremblay). Prof. P. Archambault Ce laboratoire sans murs regroupe actuellement une
vingtaine de chercheurs et enseignant-chercheurs français et canadiens autour du
développement de nouveaux concepts et outils d’analyse permettant de diagnostiquer des
changements d’états et d’évolution des écosystèmes marins côtiers (notamment leurs
dégradations). Pour la partie Arctique, le projet bénéficiera égalemant de l’appui de
chercheurs de l’auniversité danoise de Aarhus (Dr M Sej et Dr P B Christensen)

Financement :

Les missions et analyses seront assurées par l’auniveristé d’Aarhus (50 k€), sur le budget
propre de l’observatoire série habityats betnhiques de l’IUEM (40 k€). En outre, une demande
est en cours pour le financement de la partie Stint Pierre et Miquelon.