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Biodiversit

Des sciences pour les humains et la nature


Numro 13

AGROPOLIS
Agropolis International associe les institutions de recherche et denseignement suprieur de Montpellier et du Languedoc-Roussillon, en partenariat avec les collectivits territoriales, avec des socits et entreprises rgionales, et en liaison avec des institutions internationales. Agropolis International constitue un espace international ouvert tous les acteurs du dveloppement conomique et social dans les domaines lis lagriculture, lalimentation, la biodiversit, lenvironnement et aux socits rurales.

INTERNATIONAL
agriculture alimentation biodiversit environnement
Agropolis International est un campus ddi aux sciences vertes . Il reprsente un potentiel de comptences scientifiques et techniques exceptionnel : plus de 2 200 cadres scientifiques rpartis dans plus de 100 units de recherche Montpellier et en Languedoc-Roussillon, dont 300 scientifiques travaillant dans 60 pays. La communaut scientifique Agropolis International est structure en grands domaines thmatiques correspondant aux grands enjeux scientifiques, technologiques et conomiques du dveloppement : Agronomie et filires de productions agricoles mditerranennes et tropicales ; Biotechnologie et technologie agroalimentaire ; Biodiversit, ressources naturelles et cosystmes ; Eau, environnement et dveloppement durable ; Socits et dveloppement durable ; Gnomique et biologie intgrative vgtale et animale ; Alimentation et sant ; Qualit et scurit alimentaire. Lieu de capitalisation et de valorisation des savoirs, espace de formation et de transfert technologique, plateforme daccueil et dchanges internationaux, la communaut scientifique Agropolis International dveloppe des actions dexpertise collective et contribue
Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

fournir des lments scientifiques et techniques qui permettent dlaborer et de mettre place des politiques de dveloppement.

Comptences de recherche de Montpellier et du LanguedocRoussillon dans le domaine de la biodiversit


Le terme biodiversit est dfini comme tant la diversit du vivant toutes ses chelles dorganisation des gnes, des populations et communauts, des cosystmes, et en y incluant les humains du fait de leurs interactions avec toutes les composantes de la biodiversit*. La communaut de Montpellier implique dans cette thmatique, et plus largement si on y associe la Tour du Valat, Banyuls et Perpignan, constitue un ensemble exceptionnel avec 31 units de recherche regroupant plus de 1200 scientifiques et 400 doctorants. Les recherches menes en cologie, volution et sciences sociales, couvrent lensemble des domaines des sciences de la biodiversit avec un fort intrt pour les environnements mditerranens et tropicaux, quils soient terrestres ou marins. La prsence de trs grands quipements denvergure internationale, comme lEcotron, de dispositifs exprimentaux terrestres et marins et dobservatoires, facilite les liens entre des recherches fondamentales et dautres qui souhaitent rpondre aux grandes interrogations de nos socits sur les impacts des changements plantaires en cours, lexploitation durable des ressources vivantes, la sant et les maladies infectieuses, la conservation de la biodiversit, ou encore le bien-tre humain. La prsence dune forte communaut en sciences socialesconomie, anthropologie, gestion des ressources vivantes et de la biodiversitest aussi une des originalits de Montpellier. La communaut scientifique de Montpellier est unique par ses comptences concernant les pays mditerranens et tropicaux et par la prsence de nombreux organismes de recherche et dtablissements suprieurs denseignement proposant une importante offre de formation en master et doctorat. Cette communaut a fait le choix de sorganiser dabord dans un Institut Fdratif de Recherche puis, maintenant, dans la Structure Fdrative de Recherche Montpellier Environnement Biodiversit qui regroupe 17 units de recherche**. Une autre originalit de Montpellier concerne les liens troits entre la cit, les citoyens et les scientifiques de la biodiversit, avec le monde associatif, les parcs naturels, les jardins, et les divers projets collaboratifs sciences-citoyens.
* Convention sur la diversit biologie : www.cbd.int ** Montpellier Biodiversit : www.biodiversite-montpellier.org

Biodiversit
Des sciences pour les humains et la nature
Avant-propos : enjeux, approches et perspectives pour la recherche sur la biodiversit Origine et volution de la biodiversit
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Biodiversit fonctionnelle

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Socits et biodiversit

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Modliser, scnariser la biodiversit

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La biodiversit, une science citoyenne

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Thmatiques couvertes par les quipes de recherche Les formations Agropolis International Liste des acronymes et des abrviations

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En couverture Photo principale : Trois tritons marbrs adultes, Fort de Rambouillet P. Zagatti Fondation pour la Recherche sur la Biodiversit Vignettes (de haut en bas) : Travail au rucher du laboratoire "Abeilles et environnement" de lInra Inra Dbarquement de la pche artisanale, Sngal P. Chavance IRD Culture de pommiers dans le Haut Atlas P. Jouve Ilot de sternes sur les salins de salins de Giraud D.Cohez Tour du Valat Fonds coralligne Dclic Bleu Mditerrane Ananas bois dans la fort Parc national de la Guadeloupe Gypate barbu en vol P. Arsan Parc national du Mercantour Couple d'Anopheles gambiae, moustiques africains vecteurs du paludisme, femelle gauche, mle droite N. Rahola IRD Macracanthus (11 mm) . Baras IRD

Les informations contenues dans ce dossier sont valides au 01/10/2010.

Avant-propos

Enjeux, approches et perspectives pour la recherche sur la biodiversit

es changements plantaires en cours (changement climatique, changement dutilisation des terres, invasions biologiques.) questionnent scientifiques et socits sur lvolution future de la biodiversit : Est-elle en crise ? Quelles sont/ seraient les consquences dune rosion forte de la biodiversit sur les services rendus par les cosystmes et sur le bien-tre humain ? Le dveloppement conomique des socits est-il antinomique de la prservation de la biodiversit ? Le devenir de la biodiversit figure ainsi lagenda des grandes runions internationales (Sommet de la Terre, Objectifs du Millnaire pour le Dveloppement), des agences et organisations internationales (Union mondiale pour la nature, Organisation des Nations Unies pour lalimentation et lagriculture, Banque Mondiale) et de grandes ONG (Conservation International, Organisation mondiale de protection de lenvironnement, World Conservation Society). Cependant, sadapter aux changements affectant la biodiversit ncessite de comprendre les mcanismes de sa gense, de son fonctionnement et de ses interactions avec les socits humaines qui tirent avantage de ses nombreux services cologiques mais aussi culturels et socioconomiques.

La communaut de recherche fdre par Agropolis International, implique dans cette thmatique, est lune des plus importantes au niveau national, et probablement au niveau europen, par le nombre de ses chercheurs, les domaines scientifiques couverts, tant gnriques (gnomique, biologie intgrative, cologie volutive et fonctionnelle, conomie, anthropologie) que finaliss (gestion des ressources vivantes, aquaculture, pche, foresterie, agronomie, conservation, sant, politiques publiques), ainsi que par la diversit des environnements tudis (tropical et mditerranen, terrestres et marins) et des dispositifs exprimentaux (volution exprimentale, Ecotron, observatoires). De nombreux chercheurs et quipes sont fortement impliqus dans les programmes et rseaux internationaux comme le programme Diversitas*, la plateforme europenne pour la stratgie sur la recherche en biodiversit (European Platform for Biodiversity Research Strategy)* ou encore la rcente plateforme intergouvernementale sur les services cosystmiques et la biodiversit (Intergovernmental Science-Policy Platform on Biodiversity and Ecosystem Services)*.

Fortement intgre dans les rseaux nationaux, cette communaut scientifique entretient en premier lieu des relations fortes avec la Fondation pour la Recherche en Biodiversit*. Montpellier hberge la deuxime plus grande collection musologique de France avec ses herbiers et collections (palontologiques, entomologiques, etc.), et, de ce fait, entretient des liens historiques avec le Musum National dHistoire Naturelle de Paris. Un dossier Collections et ressources taxonomiques en cours de ralisation et en supplment de ce dossier, exposera cette richesse et diversit. Le prsent dossier illustre les recherches en biodiversit menes par la communaut scientifique de Montpellier et de sa rgion et contribue ainsi la visibilit internationale de ce ple de recherche unique en France. Ces recherches sont dcrites dans quatre chapitres, auxquels sajoute un dernier chapitre dcrivant celles associant citoyens et scientifiques : Origine et volution de la biodiversit : les sciences de lvolution ont pour objet de dcrire et de comprendre les mcanismes de la diversification du vivant. Alliant descriptions, thories et exprimentations,

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S. Morand UMR ISEM

March au Cambodge.

ces domaines de recherche sappuient sur de nombreuses plateformes techniques (squenage molculaire, microtomographie, cytognomique, cologie chimique). Biodiversit fonctionnelle : la comprhension du fonctionnement des cosystmes permet dapprhender les liens entre biodiversit et services rendus par les cosystmes (pollinisation, productivit biologique et ressources, fertilit des sols, rgulation des grands cycles bio-go-chimique et du climat). La grande exprimentation est une originalit de Montpellier avec de trs grands quipements et/ou de grands dispositifs de terrain (Ecotron, Medimeer, stations exprimentales terrestres). Il faut noter aussi limportance du dveloppement de lvolution exprimentale ncessitant des infrastructures adaptes et reposant sur une grande technicit (insectarium scuris, bactriologie, conservatoire de la souris). Socits et biodiversit : usages, perception et politiques publiques sont les trois grands thmes des

recherches en sciences sociales concernant la biodiversit. Ces recherches fortement impliques pour la gestion des ressources vivantes et des cosystmes sappuient sur des dispositifs dobservatoires dimportance internationale, localiss partout dans le monde (comme lEcoscope du Centre de Recherches Halieutiques de Ste pour les cosystmes marins) et en rgion Mditerranenne pour lOSU OREME plus centre sur les observations long terme, lorganisation et la gestion des bases de donnes. Modliser, scnariser la biodiversit : les besoins de modlisation sont de plus en plus importants pour faire face tant lacquisition des donnesdepuis la gnomique haut dbit jusquaux donnes environnementales dont celles issues de la tldtectionquaux analyses et simulations ncessaires pour les exprimentations ainsi qu llaboration de scnarios dvolution et de gestion de la biodiversit. La modlisation ncessite de dvelopper des outils informatiques et des plateformes spcifiques et de les

mettre la disposition du plus grand nombre. Sciences citoyennes et biodiversit : il convient de montrer la place de la biodiversit (jardins et parcs naturels) dans notre espace sociogographique et la place des citoyens dans les recherches par le biais des sciences citoyennes. La biodiversit nest pas quune affaire de scientifiques : ceux-ci ont besoin des citoyens pour recueillir des donnes et doivent, en retour, faire effort de pdagogie sur les recherches menes et leurs enjeux.
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Serge Morand (UMR ISEM), Marie-Laure Navas (UMR CEFE), Jean-Dominique Lebreton (UMR CEFE) & Nicole Pasteur (UMR ISEM)
* Pour en savoir plus sur : - le programme Diversitas : www.diversitas-international.org - la plateforme europenne pour la stratgie sur la recherche en biodiversit : www.epbrs.org - la plateforme intergouvernementale sur les services cosystmiques et la biodiversit : www.ipbes.net - la Fondation pour la Recherche en Biodiversit : www.fondationbiodiversite.fr

P. Zagatti Fondation pour la Recherche sur la Biodiversit

Ammonites sur la plaque de Digne. Diversit de Thiaridae. De gauche droite : Diversit de dattes, de coloptres.

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P. Jarne UMR CEFE

Origine et volution de la biodiversit

S. Ivorra UMR CBAE

M. Martinez UMR CBGP

a biodiversit, des gnes aux paysages, est le produit dune longue volution. Cest donc la thorie de lvolution qui fournit larchitecture conceptuelle pour en comprendre lmergence et la structuration. Les thories de lcologie fournissent, quant elles, une trame gnrale pour comprendre les rgles dinteraction entre les units de biodiversit (individus, populations par ex.) et leur environnement. Dans un contexte de modifications anthropiques sans prcdent, il est ainsi important danalyser lvolution de la biodiversit dans une double perspective volutive et cologique. Dune manire un peu schmatique, on peut rassembler les activits relevant de ce thme en trois groupes, savoir la description des patrons de biodiversit, lanalyse des forces agissant sur la biodiversit, ainsi que linteraction avec lhomme et les changements quil induit. Dcrire la biodiversit rpond une double ncessit. La premire relve de la classification du vivant tous les niveaux de perception, des gnomes aux communauts. On couvre, en particulier, le champ de la systmatique. La seconde est la caractrisation des patrons de distribution de biodiversit de faon pouvoir infrer les forces qui les font voluer. La prise en compte de lenvironnement est alors fondamentale en raison dune interaction forte entre units de biodiversit et environnement. Les thories volutives et cologiques fournissent une trame dinterprtation de cette biodiversit et des forces lmentaires qui la modifient. On peut citer la slection naturelle et la comptition entre espces comme forces dterministes, et les drives gntique et cologique comme forces stochastiques. Ce volet est port par des champs disciplinaires tels que la gntique des populations, la gntique quantitative ou lcologie des communauts. Les activits humaines influencent peu ou prou, directement ou indirectement, tous les cosystmes, et doivent donc tre prises en compte dans toute recherche sur la biodiversit. On peut considrer un gradient danthropisation, allant dagrosystmes quasiment hors-sol des cosystmes peu impacts dans certaines forts quatoriales. Les thmes scientifiques portent par exemple sur les rsistances aux pesticides, lintroduction de nouvelles espces ou

les interactions entre espces sauvages et apparentes cultives. Les champs de recherche vont de la biologie et lcologie aux sciences humaines et sociales (SHS) telles que lconomie, la gographie ou lethnobiologie, dans une dmarche fermement interdisciplinaire. Lhomme, acteur de lvolution de la biodiversit, peut aussi devenir objet dtude, champ classique des SHS. Sy ajoutent Montpellier des tudes originales dvolution et dcologie humaine. La description de la biodiversit et la comprhension de son volution constituent depuis plusieurs dcennies un champ de recherche extrmement actif mobilisant un nombre croissant de chercheurs et dunits de recherche Montpellier et sa rgion, en faisant un site de rfrence au niveau international. Les travaux sont mens sur du matriel vivant et fossile, et des niveaux de perception allant des gnes aux cosystmes. La palette dchelles spatiales et temporelles de perception est donc extrmement large, dautant que, mme si lemphase porte sur les cosystmes mditerranens et tropicaux, lensemble des cosystmes de la plante est pris en compte. Les organismes tudis ne sont pas moins varis, puisque toute la gamme du vivant est couverte (bactries, eucaryotes unicellulaires et multicellulaires incluant plantes, champignons et animaux), et quil peut sagir dorganismes manipuls par lhomme (par ex. plantes cultives), ou non. Un trait saillant des recherches est laspect multidisciplinaire et intgratif, mobilisant des disciplines des champs biologiques traditionnels des sciences cologiques et volutives (par ex. la palontologie, la gntique des populations, lcophysiologie), mais aussi des sciences mathmatiques, de la bioinformatique, de la chimie et des SHS. Ces recherches se caractrisent par un quilibre entre approches acadmiques et finalises, et entre aspects thoriques et empiriques. Ces dernires peuvent relever de lobservation ou de lexprimentation, et on notera le dveloppement rcent dapproches dcologie et volution exprimentales. Un aspect marquant est le nombre et limportance des programmes de terrain long terme, certains fonctionnant depuis prs de 40 ans. Jean-Christophe Auffray (UMR ISEM), Philippe Jarne (UMR CEFE), Jean-Franois Molino (UMR AMAP) & Flavie Vanlerberghe-Masutti (UMR CBGP)

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Origine et volution de la biodiversit


Les quipes principales
UMR BETM Biologie et cologie tropicale et mditerranenne (CNRS, UPVD) 19 scientiques Directeur : Andr Thron, theron@univ-perp.fr
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Origine, dynamique et volution de la biodiversit actuelle et passe


Depuis plus de 30 ans, lInstitut des Sciences de lvolution de Montpellier (ISEM, CNRS, IRD, UM2) dveloppe des recherches qui portent sur lorigine et la dynamique de la biodiversit, sur les modalits et les mcanismes de son volution. Ses recherches concernent tout autant la biodiversit actuelle que passe, portent sur un large ventail dorganismes et de milieux et allient approches de terrain, approches exprimentales et thoriques. Si les questions fondamentales de la biologie volutive (mcanismes dadaptation, de spciation, etc.) gardent tout leur sens pour la comprhension des mcanismes lorigine de la biodiversit, de sa structuration et de son fonctionnement, les recherches menes par lISEM intgrent (i) lacclration des moyens de production de donnes et de la capacit apprhender les diffrentes dimensions structurelles et fonctionnelles du vivant (du gne lcosystme) qui doit conduire vers une chelle globale dapprhension des mcanismes de lvolution lorigine de la biodiversit, et (ii) le questionnement scientifique et social portant sur les capacits de rponses de la biodiversit (organismes et/ ou communauts) vis--vis des changements plantaires, qui induit un dplacement du champ des recherches volutives vers des aspects plus appliqus et/ou prdictifs. Le dpartement Gnome rpond la monte en puissance de la gnomique dans lapproche de lISEM de lvolution et de la biodiversit. Les recherches qui y sont menes tirent profit de laccs linformation gntique pour dcrypter les processus volutifs, notamment ceux impliqus dans lvolution molculaire et la phylognie, les mcanismes de ladaptation et de la spciation.

UMR BGPI Biologie et Gntique des Interactions Plantes-Parasites (Cirad, Inra, Montpellier SupAgro) 36 scientiques Directeur : Jean-Loup Notteghem, notteghe@supagro.inra.fr http://umr-bgpi.cirad.fr
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Le dpartement Diversit rpond la ncessit de lier les processus volutifs et cologiques (cologie volutive) pour une meilleure apprhension des mcanismes qui sous-tendent la dynamique de la biodiversit. Ce dpartement sinvestit dans la comprhension des effets des changements plantaires sur les organismes, les populations et les communauts. Le dveloppement de modles thoriques y est tout aussi fondamental que celui de lvolution exprimentale. Le dpartement Forme sattache une meilleure comprhension des mcanismes par lesquels la dynamique du dveloppement affecte la variation et lvolution phnotypiques, mcanismes essentiels dans lmergence de la biodiversit. Lapproche propose ici associe ltude des mcanismes fins lorigine de lmergence et de la variabilit des formes. La vision palontologique de cette volution, cest--dire la prise en compte de la palobiodiversit, sont parties intgrantes de ce dpartement. Le dpartement Conservation et domestication incarne lactivit de lunit sur le terrain de lvolution applique et de la valorisation de la biodiversit. On y documente et valorise les connaissances fondamentales sur la diversit ichtyologique, le potentiel adaptatif et la structuration des populations pour se doter des moyens ncessaires au dveloppement de mthodes de conservation, gestion, domestication (production aquacole). Le dpartement Environnement traite de deux thmatiques majeures : les reconstitutions des changements climatiques et de la dynamique des cosystmes passs. Ces deux thmatiques se fondent sur lacquisition de nouvelles donnes (proxies environnementaux) et la modlisation pour une meilleure comprhension des processus actuels et futurs. Lun des buts de cette recherche est la gestion de la biodiversit au niveau spcifique et cosystmique dans le cadre des changements globaux.

UMR BIOM Biologie Intgrative des Organismes Marins (CNRS, UPMC) 18 scientiques Directeur : Herv Moreau, herve.moreau@obs-banyuls.fr http://biom.ent.upmc.fr
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UMR CBGP Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (Cirad, Inra, IRD, Montpellier SupAgro) 35 scientiques Directrice : FlavieVanlerberghe, Flavie.Vanlerberghe@supagro.inra.fr www.montpellier.inra.fr/CBGP
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UMR CMAEE Contrle des maladies Animales Exotiques et Emergentes (Cirad, Inra) 36 scientiques Directeur : Dominique Martinez, dominique.martinez@cirad.fr
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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

UMR DGIMI Diversit, Gnomes & Interactions Microorganismes Insectes (Inra, UM2) 16 scientiques Directeur : Patrick Tailliez, tailliez@univ-montp2.fr
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UMR Interactions Htes-vecteursparasites dans les Trypanosomoses (Cirad, IRD) 25 scientiques Directeur : Grard Cuny, gerard.cuny@mpl.ird.fr www.sleeping-sickness.ird.fr
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Un tilapia (Sarotherodon melanotheron) g de sept mois, lev dans le Systme aquacole Recyclage Intgral (SARI). Prototype SARI mis en place au Sngal.

S. Gilles IRD

LISEM et les Sciences de lvolution au service dune aquaculture durable


Lvolution influence profondment tous les aspects de la biologie et ses outils et concepts sont de plus en plus employs pour rpondre des questions conomiques ou sociales. Cest le cas particulirement en aquaculture. Au vue de la stagnation, voire de la rgression, des captures de la pche et de laccroissement dmographique de la population humaine, il devient indispensable de caractriser la diversit ichtyologique afin de se doter des moyens ncessaires sa protection ou sa gestion durable. Pour cela, lacquisition de bases scientifiques solides est indispensable en particulier pour le dveloppement dune aquaculture respectueuse de lenvironnement. LISEM a donc pour ambition de participer la fois lacquisition du savoir fondamental ncessaire la comprhension des processus volutifs mais aussi lutilisation de ce savoir pour rpondre des questions pratiques. Les chercheurs du Dpartement Conservation et Domestication sont fortement impliqus dans le dveloppement des aspects finaliss qui peuvent dcouler des tudes sur lvolution. Certains dentre eux sont en poste dans des pays en dveloppement, comme lIndonsie et le Prou, et travaillent spcifiquement sur des problmatiques et des espces tropicales (Pangasius, Colosoma, etc.). Les espces europennes font galement lobjet dtudes attentives comme, par exemple, la truite, le loup de Mditerrane ou lesturgeon. Les travaux entrepris concernent des recherches trs thoriques

comme la dtermination des espces et des populations, leurs origines et leurs interactions avec lenvironnement, jusqu des recherches trs appliques sur les techniques dlevage pour une aquaculture durable. Toutes ces recherches complmentaires se font de manire fortement intgre et coordonne ; ce qui constitue galement un aspect novateur que lISEM entend promouvoir. Contacts : Marc Legendre, marc.legendre@ird.fr & Jean-Franois Agnse, jean-francois.agnese@ird.fr

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S. Gilles IRD

Origine et volution de la biodiversit

Diversit spcifique des peuplements darbres en fort guyanaise


Dans les forts tropicales humides, les tudes dcologie des communauts sont dun abord difficile, en raison de lextrme diversit biologique et structurale, ainsi que de la relative mconnaissance de la flore. En Guyane, on compte en moyenne 150 170 espces diffrentes darbres sur un seul hectare de fort, tandis que le dpartement en abrite 1 600 et que de nouvelles sont dcrites chaque anne. En outre, cette composition floristique varie considrablement, aussi bien courte qu moyenne ou grande distance. Dcrire et analyser ces variations de composition et de diversit spcifique est un enjeu essentiel, tant en termes de connaissance fondamentale que pour permettre une gestion raisonne des ressources D. S abati er UMR AMAP naturelles. Ce thme est abord par lUMR AMAP grce un rseau de parcelles permanentes sur lesquelles la diversit spcifique locale des communauts darbres est mesure par des inventaires botaniques dtaills. Complts par des informations de tldtection, des relevs pdologiques, gologiques, des analyses gntiques et des donnes archologiques, ces dispositifs de terrain permettent dlaborer des modles et de tester des hypothses sur les causes des variations de la diversit spcifique. Cest ainsi qua pu tre dmontre, lchelle locale et rgionale, linfluence de facteurs environnementaux actuels (climat, sols, perturbations naturelles) sur cette diversit. De plus, ces parcelles permanentes guyanaises font partie dun vaste rseau international de mme nature, dont les donnes ont permis de mettre en vidence de grands gradients de composition et de diversit floristique travers tout le massif guyano-amazonien, et de les relier des gradients de fertilit des sols ou de dure de la saison sche. Contacts : Daniel Sabatier, daniel.sabatier@ird.fr & Jean-Franois Molino, jean-francois.molino@ird.fr
En fort tropicale humide (ici, en Guyane franaise), deux arbres voisins appartiennent le plus souvent des espces diffrentes.

Les quipes principales


UMR ISEM Institut des Sciences de lvolution de Montpellier (CNRS, IRD, UM2) 117 scientiques Directeur : Jean-Christophe Auffray, jean-christophe.auffray@univ-montp2.fr www.isem.cnrs.fr
Prsentation page 8

Systmatique, gntique, cologie et volution des populations dorganismes dintrt


Le Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP, Cirad, Inra, IRD, Montpellier SupAgro) dveloppe des recherches en systmatique, gntique, cologie et volution des populations et des communauts dorganismes dintrt en agronomie, sant humaine et biodiversit, dans le contexte des changements globaux. Ces recherches visent laborer les lments conceptuels, thoriques et techniques qui sont ncessaires lidentification, au suivi et la gestion de ces organismes et communauts en interaction. Divers modles biologiques sont tudis : arthropodes, nmatodes et rongeurs, ainsi que les communauts dorganismes qui peuvent leur tre associes. Le CBGP sattache caractriser la biodiversit selon une approche multidisciplinaire qui consiste,

Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

UMR MIVEGEC Maladies infectieuses et vecteurs : cologie, gntique, volution et contrle (CNRS, IRD, UM1) 84 scientiques Directeur : Didier Fontenille, didier.fontenille@ird.fr www.mivegec.ird.fr
(ouverture du site en 2011)

en premier lieu, identifier et dterminer les entits biologiques et en apprcier la diversit grce au dveloppement doutils de biologie molculaire et dinformatique au service de la taxonomie et de la systmatique. Le CBGP possde une expertise en systmatique et entretient des collections importantes (plus dun million de spcimens) et des bases de donnes en entomologie, acarologie, nmatologie et mammalogie. Ces bases de donnes compilent des informations taxonomiques, biologiques et de gorfrencement. Lactivit du CBGP sinscrit dans les projets internationaux qui ont pour objectif le dveloppement dun code-barres du vivant comme outil standard pour la taxonomie (voir The Consortium for the Barcode Of Life). Le CBGP a galement pour ambition de dterminer lorigine, lhistoire et la distribution spatiotemporelle de cette diversit. Pour cela, il tudie (i) la diversit diverses chelles gographiques de ces organismes, (ii) les facteurs affectant la distribution gographique des entits tudies, et (iii) les relations

www.mpl.ird.fr/ur016 et http://gemi.mpl.ird.fr (jusquen 2011)


Prsentation page 13

USDA-ARS-EBCL Laboratoire Europen de Lutte Biologique 9 scientiques Directeur : Kim Hoelmer, khoelmer@ars-ebcl.org www.ars-ebcl.org
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phylogntiques entre les diffrentes entits. travers le dveloppement de bases de donnes spatialises, il devient possible dexpliquer la distribution de certains taxons en fonction de facteurs tels que le climat ou les ressources disponibles et donc de comprendre les rgles dassemblage des communauts dorganismes. Ces diffrentes approches sont de premire importance pour caractriser les taxons tudis et mieux tracer leur volution notamment dans le cas (i) despces invasives, (ii) de rservoirs de pathognes et (iii) de ravageurs des cultures et des denres stockes. Le CBGP a tiss un important rseau de collaborations et de partenariats scientifiques. Dans le contexte montpellirain, il collabore troitement avec dautres units mixtes de recherche dveloppant des recherches en biologie volutive et cologie, lISEM, le CEFE, AMAP et le Laboratoire de Gntique et

volution des Maladies Infectieuses (GEMI). Le CBGP est membre de la Structure Fdrative de Recherche Montpellier, Environnement, Biodiversit . Enfin, le CBGP a mis en place un partenariat diversifi au niveau national et international (pays du Nord et du Sud) formalis par des projets de lAgence Nationale de la Recherche (ANR) ainsi que des projets europens et internationaux.

htes que les parasites exploitent en relation avec le milieu dans lequel ils se transmettent. Des approches multi-chelles et intgratives (des populations aux molcules) permettent lUMR danalyser les mcanismes gntiques et pigntiques gnrateurs de diversit / plasticit phnotypique et donc dadaptabilit face aux variations environnementales auxquelles ces espces sont soumises. Un des modles-cls du laboratoire est le parasite mtazoaire Schistosoma mansoni (schistosome) responsable dune maladie parasitaire (la bilharziose) affectant plus de 200 millions de personnes dans 74 pays de la zone intertropicale. Ce parasite utilise diverses espces de mollusques deau douce comme htes intermdiaires et chez lesquels les larves infectantes pour lhomme sont produites par multiplication asexue.

La biodiversit molculaire au cur des interactions hteparasite


Les activits scientifiques de lunit mixte de recherche (UMR) Biologie et cologie tropicale et mditerranenne (BETM, CNRS, UPVD) sont centres sur lanalyse de la diversit des interactions entre les parasites et leur environnement immdiat. Ce dernier est constitu par des espces

EDEN et EDENext : comprendre les maladies mergentes pour mieux les prvenir et les contrler
Lanc en 2005 par la Commission Europenne (6me Programme Cadre de Recherche et de Dveloppement Technologique), le projet EDEN (Emerging Diseases in a changing European eNvironment) vient de se terminer par une confrence internationale organise Montpellier en mai 2010. Ce grand projet (49 partenaires dans 24 pays dEurope, du Moyen-Orient et dAfrique) visait valuer leffet des changements environnementaux sur les risques dmergence de maladies humaines, et de caractriser les cosystmes les plus exposs. Les maladies transmises par des vecteurs (tiques, insectes) et des rongeurs ont t choisies car elles sont trs sensibles ces changements. Les rsultats montrent que les facteurs sociaux, conomiques et comportementaux sont souvent plus importants que les changements climatiques pour expliquer les mergences. Cependant, chaque systme pidmiologique est un cas particulier et il est important de disposer de donnes de terrain et de sant publique dexcellente qualit pour pouvoir conclure.
Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature 11 N. Ponon IRD N. Rahola IRD

I. Rudolf Institute of Vertebrate Biology

gauche. Culex Pipiens. droite. Ixodes ricinus. En bas. Phlebotome piquant L.

B. Pesson Universit Louis Pasteur

En haut. Chevaux de Camargue.

Au-del de ces rsultats, le projet a permis la ralisation dune soixantaine de thses duniversit et la constitution dun rseau de recherche reconnu en tant que tel par la Communaut europenne (CE) et les agences de sant publique. La CE vient dailleurs de lancer le projet EDENext, de taille semblable EDEN, et qui peut tre considr comme une suite abordant galement la sant animale. EDENext se focalise dune part sur la comprhension des risques dintroduction, dinstallation et de diffusion des maladies vectorielles, et, dautre part, sur une valuation systmatique des mthodes de contrle des populations de vecteurs. La dimension sociale et conomique est prise en compte, avec des travaux sur la perception et la gestion du risque par les parties prenantes. Tout comme son prdcesseur, EDENext est coordonn par le Cirad, porteur dans ce projet de la dimension Sud avec lIRD. Contact : Renaud Lancelot, renaud.lancelot@cirad.fr
Pour plus dinformations : www.eden-fp6project.net

Origine et volution de la biodiversit

Dimension volutive dans ltude de la biodiversit :


apports des approches phylogntiques et phylogographiques
La phylognie et la phylogographie (cf. fig. ci-contre ) sont des disciplines qui permettent de dcrire et de comprendre les relations volutives entre des groupes dorganismes, soit entre des populations dune mme espce (phylogographie), soit entre des espces ou mme des genres diffrents (phylognie). Dans lUMR CBGP, ces approches sont dveloppes pour favoriser (1) la comprhension des patrons de diversification de groupes donns (approches phylogntiques dans un cadre temporel), (2) lanalyse des patrons spatiaux de distribution de la diversit au niveau infraspcifique (phylogographie) et supraspcifique (approches de biogographie historique en phylognie), (3) lestimation de paramtres populationnels (temps de divergence, fluctuations temporelles de taille de populations) et la reconstruction dvnements de colonisation, (4) la dlimitation despces et lidentification de priorits de conservation et (5) la comprhension des modalits de lvolution de certains caractres (traits de vie, caractres adaptatifs, organisation des gnomes, etc.). La phylognie compare des partenaires dune interaction donne (par ex. mutualiste ou parasite) permet de mieux comprendre lvolution des traits impliqus dans cette interaction et leur influence dans les phnomnes de spciation. Par ailleurs, retracer lhistoire biogographique des espces permet de mieux apprhender linfluence des cycles bioclimatiques passs et prsents sur la diversit des espces et sur leur rpartition actuelle. Elle permet didentifier dventuelles rgions refuges o les espces ont pu survivre durant les dernires variations paloclimatiques. Cet aspect est crucial en biologie de la conservation car les populations refuges sont souvent gntiquement plus diversifies. Or, une plus grande diversit gntique donnera plus de chance aux espces de survivre des modifications profondes de leur environnement comme celles qui sont engendres par les changements globaux en cours. Contacts : Emmanuelle Jousselin, emmanuelle.jousselin@supagro.inra.fr & Gal Kergoat, gael.kergoat@supagro.inra.fr
Figure illustrant lintrt des approches de phylognie et de phylogographie au niveau supra- ou infra-spcifique.
Sur la gauche sont illustres quelques applications dtudes de phylognie : dlimitations despces (ex. Barcoding molculaire) / description de la biodiversit ; tudes sur lvolution de traits de vie ; tudes de biogographie historique. Sur la droite sont illustres quelques applications dtudes de phylogographie : biologie de la conservation (ex. identification de populations menace par les changements globaux); distribution de la biodiversit (tudes de gntique des populations) et biologie de linvasion (historique des invasions).

Autres quipes concernes par ce thme


UMR LECOB Laboratoire dEcogochimie des Environnements Benthiques (CNRS, UPMC) 16 scientiques Directrice : Nadine Le Bris, lebris@obs-banyuls.fr http://lecob.obs-banyuls.fr
Prsentation page 41

UMR LSTM Laboratoire des Symbioses Tropicales et Mditerranennes (Cirad, Inra, IRD, Montpellier SupAgro, UM2) 42 scientiques Directeur : Michel Lebrun, lebrun@univ-montp2.fr www.mpl.ird.fr/lstm
Prsentation page 30

Un des axes actuels de recherche consiste comprendre la variabilit spatiale et temporelle des niveaux de compatibilit observs entre diffrentes populations de schistosome et leurs mollusques htes. ce stade de linteraction hte-parasite, la variabilit phnotypique va sexprimer fortement parmi les molcules-cls impliques dans les mcanismes de dfense des htes et linfectivit des parasites. Dans ce contexte, lUMR dveloppe conjointement : des approches fonctionnelles de gnomique et protomique visant caractriser ces dterminants molculaires ; ltude des processus gnrateurs de diversit jouant sur ces dterminants quils soient de nature gnotypique et/ou pignotypique ; les approches populationnelles permettant de suivre ces marqueurs en temps rel dans leur dynamique co-volutive. Lhte vertbr des schistosomes est, quant lui, le sige de la formation des couples entre parasites mles et femelles et donc de la reproduction sexue gnratrice de diversit gntique. ce niveau, lUMR dveloppe des recherches sur linfluence des systmes et stratgies

de reproduction (recrutement gnotype dpendant, choix des partenaires, taux de divorce) sur la diversit phnotypique de la descendance parasitaire. Parmi les principaux programmes en cours appuys par des projets de lAgence Nationale de la Recherche, citons BIOMGENIM pour ltude de lvolution de limmunit inne chez les mollusques, SCHISTOPHEPIGEN pour les mcanismes gntiques et pigntiques sous-jacents la plasticit phnotypique, MONOGAMIX pour les systmes dappariement ou encore SCHISTOMED pour la recherche de molcules anti-schistosome. Centre collaborateur de lOrganisation Mondiale de la Sant pour les schistosomoses, le laboratoire entretient exprimentalement les cycles biologiques complets de plusieurs espces et souches de Schistosoma. Ce savoir-faire est mis profit pour dvelopper, en partenariat avec des laboratoires de chimie et pharmacochimie du secteur public et priv, un nouvel axe plus appliqu, visant tester lefficacit anti-schistosome de nouvelles molcules hybrides.

Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

UMR AMAP botAnique et bioinforMatique de lArchitecture des Plantes (Cirad, CNRS, Inra, IRD, UM2) 44 scientiques Directeur : Daniel Barthlmy, daniel.barthelemy@cirad.fr http://amap.cirad.fr/
Prsentation page 58

UMR CEFE Centre dcologie Fonctionnelle et volutive (Cirad, CNRS, EPHE, IRD, Montpellier SupAgro, UM1, UM2, UM3) 125 scientiques Directeur : Philippe Jarne, philippe.jarne@cefe.cnrs.fr www.cefe.cnrs.fr
Prsentation page 24

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... suite page 16

Adaptation et volution des complexes htespathognes


Les maladies infectieuses demeurent, en Europe comme dans les pays du Sud, un problme majeur de sant publique. Par ailleurs, notre plante subit depuis ces dernires dcennies des volutions environnementales, climatiques, dmographiques et conomiques, qui peuvent favoriser le dveloppement, lmergence ou lextension gographique de maladies pidmiques ou endmiques, voire de pandmies. La mission de lUMR Maladies infectieuses et vecteurs : cologie, gntique, volution et contrle (MIVEGEC, CNRS, IRD, UM1) est de comprendre, travers des recherches intgratives, les processus de rplication et de transmission des agents infectieux et leurs dynamiques de transmission, dtudier leurs ventuels vecteurs, et danalyser les stratgies et mcanismes, en particulier gntiques, dadaptation et dvolution des complexes htes-pathognes. Loriginalit de MIVEGEC est dintgrer tous les niveaux dtude de ces complexes : de lagent pathogne lenvironnement, en passant par lhte vertbr et le vecteur. Ces travaux conduisent au dveloppement de nouvelles stratgies de contrle des maladies.

Les recherches sont conduites sur diffrents modles, sur diffrents continents, diffrentes chelles : cosystmes, populations dhtes et dagents pathognes, individus (via des tudes de gntique et de biologie cellulaire), en intgrant les relations entre les diffrentes composantes. La diversit des modles tudis (Leishmania / phlbotomes, Plasmodium / Anopheles, Trypanosoma / Triatoma, Arboviruses / Aedes, Borrelia, Babesia / Ixodidae, insectes pathognes, ulcre de Buruli, Toxoplasmose, Mycobacterium et tuberculose, Cholera, virus Influenza A, interactions virusplantes) est une richesse importante de lUMR. Dix quipes composent MIVEGEC : BEES : Biologie, cologie et volution des systmes vectoriels ; DySMI : Dynamique des systmes Maladies infectieuses ; ETE : volution thorique et exprimentale ; GAP : Gntique et adaptation des Plasmodium ; GeneSys : Gntique et biodiversit des systmes infectieux; IAP : Interactions parasitaires et adaptations ; INCHA : pidmiologie intgrative de la maladie de Chagas ; MeBFEA : Mcanismes biologiques fondamentaux des eucaryotes ancestraux ; SAT : Stratgies et adaptation de la transmission ;

VECOPS : Stratgies de lutte et prvention du contact homme vecteurs. Les recherches sont conduites en Bolivie, au Bnin, au Burkina Faso, au Cameroun, au Gabon, au Maroc, en Thalande, au Vietnam, en France (y compris Guyane, Martinique, Mayotte et Runion), et en collaboration avec de nombreux autres pays du Sud. LUMR MIVEGEC est membre de deux coles doctorales, Systmes Intgrs en Biologie, Agronomie, Gosciences, Hydrosciences, Environnement et Sciences Chimiques et Biologiques pour la Sant des universits de Montpellier. Lunit est un centre collaborateur de lOrganisation Mondiale de la Sant (OMS) pour les Leishmania et pour lutilisation des insecticides en sant publique. Elle hberge le Centre National de Rfrence pour les Leishmania et le Centre National de Rfrence associ pour la toxoplasmose. Certaines quipes sont certifies Iso 9001, version 2000. Lunit participe une trentaine de programmes de recherche ayant des financements varis (Union europenne, Agence Nationale de la Recherche, ministres de la Sant et de lEnvironnement, National Institute of Health, OMS, industrie, etc.) et publie plus de 150 articles rfrencs par an.

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Origine et volution de la biodiversit

cologie de la sant et biodiversit : les virus influenza aviaires en Camargue

M. Gauthier-Clerc Tour du Valat

Les problmatiques de sant ont longtemps t limites des approches symptomatiques et immdiates sans intgrer les mcanismes cologiques et volutifs permettant de comprendre le rle des interactions complexes entre les organismes et leur environnement ou danticiper les consquences des actions de lutte contre les pathognes. Dans un monde en mutation sous leffet des changements globaux (altration des habitats, usages massifs de molcules de lutte, pesticides ou antibiotiques, surexploitation, mondialisation des changes, introduction despces exotiques, levage intensif, changements climatiques), nombre de ces interactions sont actuellement profondment modifies, et, en particulier, celles avec les parasites et pathognes. Des consquences sont lmergence de nouvelles maladies ou la perte de services rendus par la biodiversit la sant.
M. Gauthier-Clerc Tour du Valat

Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Une mergence rcente est celle du virus influenza aviaire H5N1 hautement pathogne et sa dispersion de lAsie lEurope et lAfrique, altrant la perception positive des migrations des oiseaux sauvages, bien que leur rle semble sans commune mesure avec celui des changes commerciaux. Contrairement aux oiseaux domestiques, les oiseaux sauvages sont rarement concerns par des infections lies aux formes hautement pathognes des virus influenza aviaires. Situe la croise de plusieurs voies migratoires des oiseaux du Palarctique, la Camargue est considre comme une zone privilgie dchanges de pathognes. Les recherches menes en Camargue par la Tour du Valat, le Laboratoire de Gntique et volution des Maladies Infectieuses et lInstitut Pasteur concernent en particulier les espces sauvages rservoirs des virus influenza aviaires, les relations phylogntiques, les modes de contamination et la dispersion des virus influenza aviaires. Les rsultats montrent, par exemple, le rle prpondrant des canards, des golands et des mouettes dans la circulation des formes faiblement pathognes. Les taux dinfection chez les canards peuvent tre trs diffrents dune anne lautre, mais le mme pattern mensuel est observ avec une dcroissance des taux dinfection de septembre janvier. Contact : Michel Gauthier-Clerc, gauthier-clerc@tourduvalat.org
Sarcelles dhiver en hiver en Camargue. Vignette - Cygnes de Bewick et canards sauvages en hiver en Camargue.

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Mobilit des animaux et mergence de maladies dans le btail


Le buffle africain (Syncerus caffer), espce emblmatique de la grande faune africaine, prsente dans les principales aires protges dAfrique, partage avec le btail et avec lhomme un panel important de pathognes tels que ceux responsables de la fivre aphteuse, de la brucellose, de la tuberculose, etc. Le modle buffle-btail est tudi par lUPR AGIRs (Cirad) pour la comprhension des interactions pidmiologiques entre les animaux domestiques et sauvages. Plusieurs tudes sont menes depuis 2007 par des membres de lquipe dans et autour despaces protgs, en Afrique de lOuest (Parc rgional du W) et en Afrique australe (Parc transfrontalier du Limpopo). Les risques dinteractions entre la faune, le btail et lhomme sont en effet particulirement importants en priphrie des espaces protgs de plus en plus contraints par llevage et lagriculture. partir de contacts entre bovins infects et buffle en 1960, la tuberculose bovine sest, par exemple, rpandue dans le Parc National Kruger (Afrique du Sud) pour atteindre rcemment le Zimbabwe. Pour comprendre ces dynamiques de transmission de maladies entre troupeaux sauvages et domestiques par contacts directs ou indirects, lUPR AGIRs sintresse la mobilit des animaux et aux facteurs cologiques ou lis lhomme qui conditionnent le partage des mmes ressources et des mmes espaces. Des buffles et des bovins ont t quips de colliers GPS qui enregistrent leurs localisations en continu sur des cycles annuels. Ces donnes permettent de caractriser les dplacements, les domaines vitaux mais aussi le potentiel de contacts entre troupeaux. Elles sont analyses en regard de variables explicatives telles que vgtation, eau, saison, prsences D. Cornlis Cirad humaines, etc. Ces travaux contribuent valuer et, ensuite, mieux contrler les risques sanitaires mais plus gnralement les risques de conflits entre les enjeux de conservation et de dveloppement. Contact : Marie-Noel De Visscher, visscher@cirad.fr
Pose dun collier GPS et collecte dchantillon sur un buffle du parc national de Gonarezhou au Zimbabwe.

Trypanosomes : identification, variabilit gntique, interactions htes-parasites


Malgr les efforts consacrs la lutte contre les trypanosomoses, ces maladies parasitaires reprsentent encore des problmes proccupants de sant publique et de dveloppement. Larrt du dpistage de masse, le manque de surveillance mdicale des populations risque, la confrontation accrue des contacts glossineshommes btail lie entre autres facteurs des changements climatiqueet dmographiques, ainsi que de nombreuses lacunes et inconnues sur les traits de vie des parasites dont leur transmission, font encore de la Trypanosomose Humaine Africaine (THA, maladie du sommeil) une endmie perue comme r-mergente , et une priorit de sant publique pour lOMS. Les trypanosomoses animales (nagana) constituent galement un obstacle majeur au dveloppement de llevage en Afrique sub-saharienne ainsi quen Amrique latine et en Asie. Ce constat, renforc par la raret des travaux consacrs une tude globale de ces maladies transmission vectorielle , a conduit lUMR Interactions Htes-vecteursparasites dans les Trypanosomoses (Cirad, IRD) proposer des recherches sur les interactions que les parasites tablissent chez

les deux htes dont dpend leur prennit : un insecte htevecteur hmatophageet un mammifre htesource de sang de linsecte afin damliorer les moyens de contrle et de lutte contre ces maladies. Les recherches menes en parallle par lIRD sur les maladies naturelles humaines et par le Cirad sur les maladies animales, ont montr que de nombreuses questions sont communes ces deux types de maladie en matire dpidmiologie et de lutte, dautant que la transmission des parasites est assure par le mme vecteur (glossine ou mouche ts-ts). Le regroupement au sein dune UMR de comptences complmentaires et synergiques permet le dveloppement dune approche pluridisciplinaire commune dcline autour de trois objectifs de recherche : diagnostiquer et identifier les trypanosomes (chez lhte et le vecteur), leur variabilit gntique, les facteurs de virulence et/ ou pathognicit des souches parasitaires en fonction de leur origine gographique ; tudier les interactions htesparasites par lidentification des marqueurs impliqus dans la tolrance/susceptibilit linfection, dans le dveloppement de la maladie ; clarifier les modalits de la transmission vectorielle pour un meilleur ciblage de la lutte.

Pour rpondre ces objectifs, lUMR bnficie dquipes implantes dans plusieurs pays o sont diagnostiques ces maladies et o sont prsentes les ressources humaines et financires permettant (i) dassurer le dpistage, (ii) de dtecter et de caractriser les parasites chez les vecteurs et les htes, (iii) dapporter un appui au suivi thrapeutique et au traitement, (iv) de dterminer la structuration gntique des populations de glossines, les lments-cls de leur comptence vectorielle, (v) dtudier les relations des trois acteurs de ces cosystmes parasitaires dans leur environnement, (vi) de raliser des infections exprimentales (bovins) avec des populations parasitaires diffrant par des critres biologiquement pertinents. Ce dispositif au Sud est complt au Nord par le laboratoire commun IRD-Cirad, implant sur le campus de Montferrier-Baillarguet (France). Ce dernier dispose dinfrastructures oprationnelles pour des explorations aux chelles molculaire et cellulaire des facteurs prdisposant au dveloppementou nondes processus pathognes ainsi que dun insectarium o sont maintenues en levage cinq espces et sous-espces de glossine dimportance mdicale et vtrinaire permettant de dterminer les diffrents lments-cls qui se traduiront par le dveloppement abortif ou, au contraire, optimal des trypanosomes transmissibles lhte mammifre.

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Origine et volution de la biodiversit

Symptme caus par le Plum pox virus sur nectarine. Le Plum pox virus est
S. Dallot

l'agent pathogne responsable de la maladie de la Sharka, qui touche les Prunus (pcher, prunier, abricotier).

Microscopie lectronique du Plum pox virus (x 48.000).

Diversit des interactions et des mcanismes adaptatifs des agents pathognes


Les interactions entre plantes et agents pathognes sont le rsultat d'une covolution qui a t le moteur d'une biodiversit observe aujourd'hui dans les milieux les moins anthropiss. L'agriculture a profondment modifi ces interactions en rduisant la biodiversit des espces cultives et en slectionnant des gnotypes rsistants qui exercent une pression de slection leve sur les agents

pathognes. La domestication des plantes cultives a ncessit la slection de plantes suffisamment rsistantes aux agents pathognes. Par ailleurs, les introductions de nouvelles espces cultives dans toutes les rgions du monde a t l'origine de l'introduction involontaire d'agents pathognes dans des rgions o ils taient absents jusqualors. Cest ainsi quont eu lieu des confrontations entre des espces cultives et des agents pathognes avec lesquels elles n'avaient pas co-volu. Les grandes surfaces en culture monospcifique ou monovaritale ont offert aux agents pathognes les conditions cologiques favorables des sauts d'htes et des pidmies dvastatrices. La situation actuelle rsulte de changements qui ont commenc au dbut de l'agriculture, mais qui ont t amplifis par l'acclration des changes de matriel vgtal. Si l'agriculture moderne a pu se construire sur de nombreux succs dans la limitation des pidmies, beaucoup dchecs ont t observs dans l'utilisation des rsistances varitales ou dans le dveloppement de produits phytosanitaires. La comprhension de la biodiversit des pathosystmes culturaux et des mcanismes d'adaptation des agents pathognes est donc importante pour valuer la durabilit des agrosystmes et pour

proposer les mthodes les plus sres de limitation des pertes. Les recherches conduites l'UMR Biologie et Gntique des Interactions Plantes-Parasites (BGPI, Cirad, Inra, Montpellier SupAgro) visent mieux connatre la diversit des interactions et des mcanismes adaptatifs des agents pathognes. Les travaux concernent les virus et leurs vecteurs, les bactries et les champignons. Les recherches sont conduites diffrentes chelles, par des tudes de biologie des populations menes en confrontant la structure observe des populations d'agents pathognes aux modles thoriques de la gntique des populations, mais galement par des approches d'pidmiologie, d'volution exprimentale et de modlisation. L'analyse de la biodiversit globale des virus prsents dans des agrosystmes et dans des cosystmes proches est conduite par des analyses de mtagnomique. Les virus dont le gnome est intgr celui de la plante hte posent des questions spcifiques sur les rles de l'volution des squences virales intgres et de celle des gnomes viraux l'origine des pidmies de Caulimoviridae (Banana streak viruses, Cacao swollen shoot virus). L'tude de l'volution de ces virus permet de mieux comprendre les pidmies actuelles.

Autres quipes concernes par ce thme


Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

UR Biens et Services des cosystmes Forestiers Tropicaux : intgrer les enjeux lis aux changements globaux (Cirad) 36 scientiques Directeur : Alain Billand, alain.billand@cirad.fr www.cirad.fr/ur/bsef
Prsentation page 49

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UR COREUS Biocomplexit des cosystmes coralliens de lIndo-Pacique (IRD, UPMC) 21 scientiques Directeur : Claude Payri, claude.payri@ird.fr www.coreus.ird.fr
Prsentation page 40

D. Gargani & J.-. Pichaut

Les insectes vecteurs sont la cause de goulots d'tranglements qui ont un effet majeur sur l'volution des populations virales. La vection fait ainsi l'objet de travaux de BGPI (Cauliflower mosaic virus, CaMV, et Geminiviridae). La recombinaison est un mcanisme majeur dans l'volution de certaines familles virales. Son impact sur la virulence et la valeur slective des virus font lobjet d'tudes (Geminiviridae). Ces travaux permettent destimer le potentiel dmergence de ces virus recombinants. Lvolution exprimentale est utilise dans le cas du CaMV pour tester des modles thoriques dvolution. L'volution des virus au cours d'pidmies naturelles est utilise pour approfondir les analyses spatiotemporelles de maladies transmises par vecteur. L'tude de la biologie des populations de vecteurs et d'agents pathognes, champignons

(Magnaporthe grisea, Mycosphaerella fijensis) et bactries (European stone fruit yellows), soumis diffrentes pressions de slection, espce hte, gnotype rsistant, fongicides, permet de mieux apprhender les mcanismes pidmiologiques et volutifs et d'essayer d'en valuer les limites, dans le but d'aboutir l'identification d'agrosystmes durables.

dynamique des maladies animales et zoonotiques dimportance conomique et sanitaire pour les pays du Sud, dont certaines menacent les pays du Nord. En effet, les rgions tropicales qui constituent le champ daction de lunit sont la fois des hot-spots de ces mergences de maladies infectieuses et des zones o les systmes de surveillance et dalerte sont trs peu efficients. Les modles tudis sont bactriens ou viraux, transmission directe ou par des vecteurs arthropodes (tiques, culicodes, glossines ou moustiques). Les recherches reposent sur une approche intgre dtude des interactions entre les microorganismes pathognes, les htes cibles (domestiques et sauvages) et les vecteurs lorsquils existent en prenant en compte les interactions avec lenvironnement agrocologique.

Plasticit des gnomes microbiens et vecteurs en interaction avec les agents pathognes
Dans un contexte dacclration des mergences sanitaires dorigine infectieuse et parasitaire ces 20 dernires annes, lUMR Contrle des maladies Animales Exotiques et mergentes (CMAEE, Cirad, Inra) dveloppe des recherches sur la

Bases gntiques de ladaptation des vecteurs africains du paludisme au milieu


Les vecteurs majeurs de Plasmodium africains sont capables de coloniser des environnements extrmement diffrents en Afrique subsaharienne, des savanes arides en bordure du Sahara jusqu'au cur de la fort quatoriale, dans les zones rurales, les primtres agricoles, les villages et les villes. LUMR MIVEGEC sintresse particulirement aux mcanismes gntiques adaptatifs slectionns par les espces du complexe Anopheles gambiae (inversions chromosomiques, polymorphisme alllique, niveau dexpression de gnes), en rponse aux variables climatiques, aux types de gtes larvaires coloniss et la pression anthropique (agriculture, insecticides, dforestation, urbanisation), et permettant leur survie et leur dveloppement dans les diffrents biotopes. Lanalyse des interactions gnesenvironnement chez An. gambiae passe par ltude du polymorphisme chromosomique et de la distribution des inversions paracentriques au sein des populations naturelles de vecteurs. Dimportantes campagnes de terrain ont t ralises au Cameroun et au Burkina Faso, et la niche cologique des principales espces du complexe An. gambiae a pu tre modlise lchelle des deux pays sur la base danalyses statistiques des corrlations entre les points de prsence de lespce et une gamme de facteurs environnementaux rpertoris dans un systme dinformation gographique. Lanalyse comparative des niches cologiques des diffrentes espces du complexe a permis didentifier des variables environnementales discriminantes. Les techniques les plus rcentes de la biologie molculaire et de la gnomique sont utilises en complment de la cytogntique traditionnelle pour la mise en vidence de polymorphismes gntiques associs aux variations phnotypiques rvles par ces analyses cologiques. Ces tudes ont permis de dcrypter le polymorphisme molculaire de certaines inversions chromosomiques chez An. gambiae, ainsi que den prciser le rle et le fonctionnement comme rservoir de variabilit gntique adaptative chez ce vecteur. Contacts : Frdric Simard, frederic.simard@ird.fr & Carlo Costantini, carlo.costantini@ird.fr

D. Fontenille IRD

N. Rahola IRD

Gites de dveloppement de larves d'Anopheles funestus, moustique vecteur du paludisme, Lagdo, Cameroun. Vignette - Couple d'Anopheles gambiae, moustiques africains vecteurs du paludisme. femelle gauche, mle droite.

Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature 17

Adultes de Varroa (Varroa destructor), acarien parasite d'abeilles, tus par Beauveria bassiana.

Origine et volution de la biodiversit

G. Mercadier EBCL/USDA

Elles visent caractriser les dterminants de lmergence des agents pathognes, de leur transmission et de leur diffusion dans une approche multi-chelles o la modlisation pidmiologique prend une importante croissante. Parmi les quatre axes qui structurent le projet scientifique de lunit, deux intgrent fortement les tudes de diversit : Ltude de la plasticit des gnomes microbiens (bactries et virus) vise dcrire la diversit gntique et les forces volutives auxquels sont soumis les micro-organismes. Les technologies haut dbit permettent de caractriser cette diversit au niveau des gnomes entiers et de lanalyser lchelle des populations qui seule permet daborder la complexit de lcologie microbienne. Les vecteurs en interaction avec les agents pathognes, les htes et dans lenvironnement. La complexit des systmes vectoriels est aborde aussi bien en termes de diversit des espces impliques dans la transmission dun agent pathogne que de la variabilit de leur comptence et capacit vectorielle vis--vis de ces pathognes qui prsentent eux mmes une diversit gntique et phnotypique. Elle intgre la diversit gntique des espces permettant de caractriser la structure des populations et son volution. Lobjectif finalis est de contribuer lvaluation des risques sanitaires et de proposer des stratgies de

lutte intgre associant les outils dvelopps en recherche (diagnostic, vaccins, thrapeutiques) et les mthodes bases sur la connaissance de lcologie des vecteurs, des processus pidmiologiques et de leur modlisation. Pour dlivrer ses produits de recherche de faon optimale pour le dveloppement des pays du Sud et construire leur capacit, lunit a fait le choix de simpliquer en ingnierie des rseaux de sant publique vtrinaire en contribuant au dveloppement et/ ou au fonctionnement de rseaux lchelle rgionale (rseau CaribVET dans les Carabes, AnimalRisk dans lOcan Indien, Remesa en Mditerrane) essentiellement partir de ses quipes dployes Outremer. Lunit entretient un rseau de nombreux partenariats internationaux dans les pays du Nord comme du Sud, au travers des rseaux de sant et de recherche (europens, internationaux). Lunit dtient cinq titres nationaux et six mondiaux (Organisation des Nations Unies pour lalimentation et lagriculture et Organisation mondiale de la sant animale) de laboratoire de rfrence. Au niveau de Montpellier, lunit intgre son dispositif de laboratoires confins (L3), danimaleries et dinsectarium gr sous assurance qualit selon la norme ISO 17025, au rseau sur les vecteurs et les maladies mergentes dont elle est membre fondateur avec des UMR de lIRD, de luniversit et lEntente interdpartementale pour la dmoustication.

Biodiversit des pathognes dinsectes ravageurs des cultures


Les projets de recherche de lUMR Diversit, Gnomes & Interactions MicroorganismesInsectes (DGIMI, Inra, UM2) portent sur la caractrisation dorganismes entomopathognes et ltude de leurs interactions avec les insectes. Dans le contexte actuel de rduction de lutilisation des pesticides chimiques et du dveloppement durable, ces travaux contribuent au dveloppement de nouvelles stratgies de lutte contre les insectes ravageurs de culture et les insectes vecteurs. Les principaux entomopathognes tudis sont : les densovirus (famille des parvovirus), petits virus animaux ADN et pathognes dinsectes aux stades larvaires (quipe Dynamique des interactions densovirus-insectes) ; les nmatodes entomopathognes (genres Heterorhabditis et Steinernema) associs leurs bactries symbiotiques entomopathognes Photorhabdus et Xenorhabdus (Enterobacteriaceae) indispensables au cycle parasitaire de leurs htes (quipe Ressources biologiques & gntiques des bactries et nmatodes entomopathognes) ; les hymnoptres endoparasitodes (Ichneumonide Hyposoter didymator) associs un symbiote indispensable la russite parasitaire appartenant la

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Capricornes asiatiques et biodiversit


Anoplophora glabripennis et A. chinensis (Coleoptera, Cerambycidae) sont des espces invasives originaires dExtrme-Orient. Leurs larves creusent des galeries dans le bois de nombreuses essences feuilles caduques. Directement et indirectement, les Anoplophora affectent la biodiversit, et la biodiversit affecte les populations dAnoplophora. Leffet direct des Anoplophora sur la biodiversit est li leur grande polyphagie. Les essences feuillues attaques sont notamment les rables, peupliers, saules, marronniers, aulnes, charmes, ormes, noisetiers, pommiers, agrumes (pour ce qui concerne A. chinensis), etc. Les parcs et jardins des zones urbaines, les ppinires, les vergers et les forts de feuillus sont menacs. Les r-infestations successives des plantes-htes entranent leur mort, ce qui conduit lanantissement ou le dplacement des biocnoses indignes normalement infodes ces essences. Leffet indirect des Anoplophora sur la biodiversit est observ dans les bouleversements des cosystmes lis aux efforts d'radication du ravageur dans les paysages urbains, agricoles et forestiers. La destruction de certaines zones forestires entrane aussi la disparition des strates arbustive et herbace et le dplacement des populations d'insectes, de petits mammifres et d'oiseaux qui peuplaient ces zones boises. En retour, la biodiversit affecte les populations d'Anoplophora car certains insectes parasitodes locaux, notamment des hymnoptres ennemis naturels dinsectes xylophages, acceptent les Anoplophora comme htes de substitution. Dans le nord de l'Italie, le Laboratoire Europen de Lutte Biologique a montr que huit espces dinsectes parasitodes de la faune europenne, appartenant cinq familles (Braconidae, Eurytomidae, Eupelmidae, Bethylidae, Pteromalidae), attaquent les jeunes larves d'A. glabripennis et A. chinensis sous corce. Une plus grande biodiversit exerce une action antagoniste plus forte sur le ravageur et ses populations sont mieux contenues. Contact : Franck Hrard, fherard@ars-ebcl.org famille des Polydnavirus (Hyposoter didymator IchnoVirus) (quipe Biologie intgrative des interactions hte-parasitodes). Les densovirus, dcouverts dans les principaux groupes dinsectes dimportance agronomique, mdicale ou vtrinaire, sont des candidats en lutte biologique. Afin dvaluer leur potentiel et les risques lis leur utilisation, lUMR sintresse aux mcanismes de linfection en utilisant comme modles dinteraction des lpidoptres ravageurs de culture et les densovirus (DNV) : tude des mcanismes molculaires dentre et de spcificit du densovirus de Junonia coenia (JcDNV) en utilisant des cellules dinsectes en culture, permissives ou non ; tude du spectre dhte et des dterminants de spcificit des densovirus, en comparant un densovirus gnraliste , pathogne pour plusieurs htes, et un densovirus spcialiste , pathogne pour un seul hte, afin de comprendre les mcanismes qui dterminent la spcificit dhte ; tude des mcanismes de transmission et de lvolution virale (collaboration avec le BGPI). Concernant les nmatodes parasites dinsectes (genres Heterorhabditis et Steinernema) et leurs bactries symbiotiques intestinales entomopathognes, les travaux de classification de ces deux genres bactriens ont fond la rputation internationale du laboratoire depuis la fin des annes 80. Entre 2005 et 2009, 11 nouvelles espces de Xenorhabdus et quatre nouvelles sous-espces de Photorhabdus ont t dcrites. Ces travaux sont raliss partir dune collection unique au monde de bactries isoles de nmatodes entomopathognes collects sur tous les continents laide de piges ou partir dinsectes parasits rcolts directement dans la nature. Les thmes abords sont : la classification et la gnalogie des espces bactriennes dans ces deux genres ; lidentification des modes dvolution de ces associations en comparant les gnalogies des deux partenaires nmatodes et bactries ; les spectres dhtes pour identifier les couples nmatodes-bactries pathognes pour un grand nombre dordres dinsectes et ceux qui sont plus infods un groupe dinsectes particuliers ; le criblage et la valorisation de nmatodes, de molcules insecticides et antimicrobiennes en collaboration avec des partenaires professionnels. Le laboratoire est galement un acteur central dans la constitution de ressources gnomiques chez les genres Photorhabdus et Xenorhabdus, pour lesquels sont actuellement ou bientt disponibles deux gnomes de Photorhabdus et cinq gnomes de Xenorhabdus (collaboration Gnoscope, Universit du WisconsinMadison, Monsanto). Les hymnoptres parasitodes constituent un groupe extrmement diversifi qui joue un rle important dans les quilibres des populations au niveau des cosystmes naturels et des agrosystmes. DGIMI sintresse la diversit des stratgies de dveloppement et des facteurs de virulence de ces agents de contrle des populations darthropodes. Le principal modle dtude est lichneumonide Hyposoter didymator, associ un virus symbionte de la famille des Polydnavirus et parasite de noctuelles (Chrysodeixes chalcites, Helicoverpa armigera ou Spodoptera littoralis) sur le continent europen. En collaboration avec, entre autres, le CBGP sont tudies les interactions , entre un braconide polyembryonnaire Macrocentrus cingulum et les lpidoptres du genre Ostrinia. Les thmes abords sont : les convergences et divergences des facteurs de virulence chez les hymnoptres parasitodes ; lorigine et lvolution des associations hymnoptres ichneumonides polydnavirus ; le rle des facteurs de virulence et de leur variabilit dans le spectre dhte des hymnoptres parasitodes. Ces thmes sont dvelopps au sein dun rseau incluant plusieurs laboratoires franais (universits de Tours, dAmiens et de Toulouse, Inra Sophia-Antipolis, CBGP etc.) , et internationaux (Laval University, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz , etc.).

Femelle Anoplophora chinensis.

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Origine et volution de la biodiversit

F. Hrard

Anoplophora chinensis.

Biodiversit et lutte biologique contre les bio-invasions


Situ sur le campus de MontferrierBaillarguet au Nord de Montpellier, lEuropean Biological Control Laboratory (EBCL) ou Laboratoire Europen de Lutte Biologique, est le plus important laboratoire de recherche bas outre-mer, du Service de Recherche en Agriculture (ARS) du Dpartement amricain de lAgriculture (USDA). Aux tats-Unis, de nombreux bioagresseurs introduits sans leurs ennemis naturels sont dorigine eurasienne ou africaine, ce qui a conduit ds 1919 limplantation du premier laboratoire USDA en France Auch. Depuis sa cration, ses activits sont orientes vers la lutte biologique classique contre les bio-invasions sur le territoire nord-amricain, en tudiant particulirement la biodiversit dans laire dorigine des espces cibles. Ltude de cette biodiversit fait alors appel plusieurs disciplines naturalistes telles que lentomologie, la botanique, lacarologie et aborde galement lcologie des communauts, la pathologie des insectes et des plantes, la phylogographie ainsi que la caractrisation gntique des organismes cibles et de leur cortge parasitaire.

Les axes dtude de lEBCL portent sur la dcouverte travers le monde des ennemis naturels en association avec les bioagresseurs cibles, leur caractrisation morphologique et gntique, ltude de leur biologie, et s'intressent diffrentes composantes qui sous-tendent les bioinvasions. Les units plantes invasives et insectes ravageurs au sein de ce laboratoire multinational et pluridisciplinaire sont paules par une quipe commune de gntique molculaire. Voici cinq exemples dtudes en cours concernant la biodiversit : Les domptes-venin (Vincetoxicum spp.) sont des plantes dorigine eurasiatique et invasives dans le nord-est des tats-Unis et au Canada. La premire phase du programme de lutte biologique (2006-2008) a conduit valuer la phylogographie de ces plantes dans laire native et dintroduction en rapport avec la biodiversit entomologique in situ : 16 insectes phytophages et une rouille phytopathogne rcolts en Europe. La seconde phase (2009-2012) consiste slectionner les meilleurs candidats au travers de tests de spcificits, en vue dimportations futures en Amrique du Nord. Une chrysomle, un noctuide et une mouche tphritide sont actuellement valus.

L'euphorbe sule (Euphorbia esula) est une plante envahissante en Val de Sane malgr son origine eurasiatique. Afin dtudier la faisabilit dune lutte biologique par augmentation et conservation, son cortge d'insectes et d'agents pathognes est chantillonn : 15 espces ont dj t captures dans les prairies inondables du Val de Sane. Lherbe de Guine (Urochloa maxima), originaire dAfrique tropicale, est hautement invasive dans le sud des tats-Unis, o elle menace la culture des agrumes et de la canne sucre. Des explorations au Cameroun en 2009 ont permis didentifier 27 herbivores, reprsents au sein de 10 familles de coloptres, mais aussi trois espces de punaises et quatre de lpidoptres. Les punaises Lygus sont invasives sur les ctes Est et Ouest des tats-Unis dans des cultures de luzerne et cultures maraichres ; le cortge parasitaire a t recherch en Eurasie, particulirement en Espagne et au Maroc. Trois parasites nymphaux du genre Peristenus ont t rcolts, levs et envoys aux tats-Unis pour tre relchs. Le parasitisme observ en Europe est de 10 60 % alors quil est de 60 90 % dans les zones dintroduction o les auxiliaires sont en voie dacclimatation.

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Les longicornes asiatiques (Anoplophora glabripennis, A. chinensis) sont deux crambycides menaant gravement larboriculture fruitire, les forts et les plantes dornement nord-amricaines et europennes. Des explorations en Lombardie (Italie) ont permis didentifier huit parasites larvaires de la faune europenne comme candidats potentiels pour la lutte biologique. Un parasitode oophage dorigine asiatique, spcifique A. chinensis mais import fortuitement avec son hte, est maintenant largement rparti et efficace en Lombardie. Dautres programmes sintressent la biodiversit comme celui sur la mouche de lolive et celui sur la canne de Provence (Arundo donax), pour lesquels divers auxiliaires eurasiatiques ont dj t envoys aux tats-Unis en vue dtre lchs.

des organismes travers une approche volutive. Cet objectif est extrmement gnral et la spcificit du projet consiste en lutilisation dorganismes modles marins non conventionnels permettant des tudes originales complmentaires celles ralises sur des modles plus traditionnels. Ce type dapproche a souvent abouti des avances significatives dans divers domaines de la biologie en permettant de rpondre certaines questions biologiques fondamentales. Ceci utilise la fois les particularits issues de la diversit des organismes tudis, et, en mme temps la profonde unit du vivant qui permet des comparaisons entre des organismes parfois trs loigns phylogntiquement. Ce projet dUMR se dveloppe autour de quatre thmes de recherche correspondants quatre quipes de recherche actuellement fonctionnelles : Facteurs du milieu et mcanismes adaptatifs volution et dveloppement des chords Rgulation des mcanismes cellulaires au cours du dveloppement Gnomique environnementale et adaptation du phytoplancton Les principaux organismes modles utiliss sont soit des mtazoaires marins tels que des

chinodermes (oursin toile de mer), des cphalochords (Amphioxus), des poissons (loup de Mditerrane) ainsi que des microalgues eucaryotes (prasinophytes, diatomes, dinoflagells). Lunit est localise lobservatoire ocanologique de Banyuls-sur-Mer et lensemble de lunit regroupe 30 personnes dont 10 chercheurs et enseignants-chercheurs titulaires. Les quipements disponibles incluent les moyens la mer de la station, aussi bien humains que matriels, ainsi que des quipements scientifiques varis. Les moyens la mer sont essentiellement constitus dun chalutier de 14 mtres avec son quipage spcialis pour lexprimentation, des plongeurs scientifiques, des aquariums dtude et des moyens de stabulation/ levage/culture dorganismes marins. Les quipements scientifiques sont des laboratoires quips pour lexprimentation en biologie cellulaire et molculaire ou lcologie, avec une plateforme de microscopie/ cytomtrie. Les financements de lunit proviennent essentiellement de ses deux tutelles (CNRS, UPMC) ainsi que de contrats de recherche de lAgence Nationale de la Recherche ou bien europens.

Organismes marins : mcanismes de dveloppement et dadaptation


Le projet de lUMR Biologie Intgrative des Organismes Marins (BIOM, CNRS, UPMC) a pour objectif principal dtudier les mcanismes de dveloppement et dadaptation

Biodiversit et environnements extrmes en grande profondeur


Lexploration des fonds marins a mis en Dans ce cadre, le LECOB (Laboratoire vidence des communauts profondes dEcogochimie des Environnements riches et abondantes, lies des Benthiques CNRS, UPMC) mobilise ses ressources localises et phmres. comptences pour mieux comprendre la Ces communauts, dabord dcrites dynamique combine des processus de autour des sources hydrothermales, colonisation, de dgradation de la matire sont aujourdhui connues pour une organique et de chimiosynthse en milieu grande varit dhabitats : des sdiments profond, impliquant consortiums microbiens, riches en hydrocarbures aux carcasses assemblages faunistiques et environnement de baleine, en passant par les canyons physico-chimique. Le LECOB dveloppe cette sous-marins et les bois couls. Tmoignant fin un large ventail doutils (mtagnomique, dune longue histoire volutive, les espces capteurs, analyses de biomolcules, traceurs quelles abritent refltent par leurs adaptations gochimiques) qui permettront la mise en place les forts couplages entre stress et nergie dapproches exprimentales in situ encore peu WHOI/S. Sievert disponible dans ces milieux marins extrmes. Alors que dveloppes en grande profondeur, compltant le dispositif la pression anthropique se fait plus forte sur ces hauts lieux dobservation du canyon sous-marin Lacaze-Duthiers de de biodiversit profonde , les bases fondamentales manquent lObservatoire ocanologique. Ces recherches sont combines un encore pour prdire leur sensibilit aux perturbations directes enseignement ddi aux cosystmes profonds et environnements et indirectes, telles que lacidification ou le rchauffement marins extrmes, inscrit dans la spcialit Ocanographie et des eaux profondes. Avec le soutien de la Fondation Total, Environnement Marins du master de lUPMC. lUniversit Pierre et Marie Curie (UPMC) sinvestit dans des Contact : Nadine Le Bris, lebris@obs-banyuls.fr recherches ddies ces hot-spots de biodiversit profonde au travers de la chaire Environnement extrme, biodiversit et Mesures lectrochimiques in situ sur des communauts changement global . hydrothermales profondes partir du sous-marin Alvin .

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S. Httenschwiler UMR CEFE

Pari d'un cosystme forestier mditerranen associant microcosmes non-permanents et organismes dcomposeurs (dtritivores). Msocosmes plagiques de la plate-forme MEDIMEER.
M. Trousselier UMR Ecosym

Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Biodiversit fonctionnelle

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a Terre abrite une extraordinaire diversit biologique ou biodiversit qui comprend des millions despces diffrentes. La biodiversit spcifique se dcline en de multiples facettes dont celles de leurs gnes, de leurs molcules, de leurs physiologies et de leurs comportements, de leurs multiples interactions cologiques avec leur environnement, ainsi que la varit des cosystmes complexes quelles forment. La survie de la Terre et de lhumanit est base sur lextraordinaire diversit des formes de vie, notamment dans sa composante fonctionnelle, qui permet de fournir des services cosystmiques. Un des enjeux scientifiques majeurs est de pouvoir comprendre, prserver, voire amliorer, les services rendus par les cosystmes : ralisation des cycles biogochimiques, production primaire, pollinisation, lutte contre les ravageurs agricoles, purification de lair et de leau, dpollution et traitement des dchets, dveloppement et conservation de la diversit biologique, source de nouveaux mdicaments et de nouvelles varits de cultures. Sil est difficile de leur attribuer une valeur conomique, il apparait clairement que ces services, mme sils sont affects par les activits humaines, prsentent une grande valeur pour lhumanit. Dans un cosystme, des milliers despces se ctoient et des interactions extrmement complexes sont la base de son fonctionnement gnral qui se caractrise par une dynamique de sa biodiversit fonctionnelle. On peut distinguer deux composantes de la biodiversit, lune dite remarquable correspondant des entits (gnes, espces, habitats) que la socit a identifies comme prsentant un intrt particulier (dimension patrimoniale, emblmatique ou valeur dusage), et lautre dite ordinaire nayant pas de valeur intrinsque identifie mais indispensable au fonctionnement des cosystmes. Les interactions entre des entits ordinaires plus ou moins abondantes, contribuent potentiellement la production de services cosystmiques considrables. Cependant, les liens entre la dynamique de la biodiversit fonctionnelle et les services rendus sont trs difficiles valuer car ils sont plus lis lapparition de nouvelles interactions entre espces qu la richesse spcifique ou labondance. Quelle que soit notre perception de la biodiversit, un de ses rles majeurs dans le contexte actuel des changements climatiques est doffrir des alternatives biologiques permettant de faire face linstabilit de lenvironnement. Lexemple des espces vgtales ou animales introduites mrite notre attention sachant que ces espces transportent souvent des agents pathognes qui trouvent alors, via les espces indignes, de nouveaux territoires conqurir. Cependant, les bio-invasions peuvent aussi crer des conditions de pression de slection sur les espces indignes mais aussi en retour sur les espces introduites. Les cultures sont ainsi confrontes de nombreuses attaques dorganismes nuisibles et la prservation de la biodiversit passe ncessairement par une meilleure connaissance des stratgies de prvention et de mthodes de lutte

pour grer au mieux le risque de bio-invasions li en particulier la mondialisation des changes, au changement dusage des terres et des paysages, et au rchauffement climatique. Lune des actions de lutte contre les ravageurs sera galement de maitriser le dveloppement des agents pathognes et de leurs htes, et de construire des rsistances durables chez les plantes cibles. Dans le cas de transmission de maladies communes aux animaux sauvages et domestiques (voire lhomme), des actions sont portes sur la connaissance du rle jou par la biodiversit fonctionnelle des populations animales et des pathognes transmis, avec un regard particulier sur le systme multi-espces (homme-btail-micro-organismes). Enfin, la prise de conscience des risques lis aux invasions biologiques dans les systmes aquatiques est relativement rcente, le trafic maritime li la mondialisation tant responsable de certaines rosions de la biodiversit, comme larrive des espces lessepsiennes de la mer Rouge vers la Mditerrane via le canal de Suez. Quel que soit lcosystme considr, les microorganismes dominent la biodiversit (dun point de vue structurel et fonctionnel) et jouent un rle majeur dans la production de biomasse et les flux de matire et dnergie (production, prdation, recyclage des nutriments), lensemble de ces processus tant en interaction avec latmosphre et le climat. Lexemple des symbioses microbiennes dans les sols met en exergue la biodiversit fonctionnelle de certaines associations avec le monde vgtal permettant damliorer durablement les services cosystmiques rendus que sont les productions agricoles et forestires tout en restaurant certains environnements menacs. Lensemble des activits biologiques dans les sols lies la biodiversit fonctionnelle de la microfaune (p. ex. nmatodes) et des macroorganismes que sont les ingnieurs du sol (p. ex. vers de terre ou termites) permet de comprendre les processus de rgulation de la dynamique des nutriments et de leur disponibilit, et de la squestration du carbone, et ceci dans un contexte damlioration des services cosystmiques rendus par les sols. Si les tudes de terrain sont indispensables la comprhension du fonctionnement des cosystmes, ltude du rle de la biodiversit dans ce fonctionnement ncessite galement des analyses en exprimentation (Ecotron Europen de Montpellier, MEDIMEER de Ste). Ces tudes vont de la comprhension des aspects fondamentaux du rle de la biodiversit dans les fonctions de lcosystme des aspects appliqus dutilisation de la biodiversit des fins dingnierie cologique. Dans le contexte actuel des modifications anthropogniques acclres, de lchelle molculaire celle du paysage, lapproche intgrative de gestion des espces apparait comme prometteuse en tenant compte des relations interspcifiques et des processus volutifs assurant la prennit des processus adaptatifs des systmes naturels mditerranens et tropicaux. Marc Bouvy (UMR ECOSYM), ric Blanchart (UMR Eco&Sols) & Alain Brauman (UMR Eco&Sols)

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Biodiversit fonctionnelle

Les quipes principales


UMR CBAE Centre de Bio-Archologie et dcologie (CNRS, EPHE, Inrap, UM2) Une vingtaine de scientiques Jean-Frdric Terral, terral@univ-montp2.fr www.umr5059.univ-montp2.fr
Prsentation page 28

De la biologie volutive des populations aux cycles de matire et dnergie dans les cosystmes
Le Centre dcologie Fonctionnelle et volutive (CEFE, Cirad, CNRS, EPHE, IRD, Montpellier SupAgro, UM1, UM2, UM3) dveloppe des recherches allant de la biologie volutive des populations ltude des cycles de matire et dnergie dans les cosystmes. Sappuyant sur une tradition ancienne dcologie vgtale*, lunit sest diversifie en termes de problmatiques et de modles biologiques ds le dbut des annes 80. Une culture commune caractrise par un quilibre entre approches empiriques et naturalistes, dune part, et fondements thoriques dautre part, a merg et constitue actuellement une caractristique du CEFE. Dans un dispositif de recherche sur lenvironnement et la biodiversit riche et divers, le CEFE est devenu le point focal des recherches en cologie Montpellier. Ses recherches mettent en avant une vision intgrative de lcologie, rassemblant sur des questions de recherche fondamentale des approches diverses et complmentaires, en les reformulant dans le contexte de lcologie : approches empiriques, marqueurs molculaires, exprimentations, constructions pluridisciplinaires alliant sciences de lhomme et de la socit, les biomathmatiques, la modlisation ou encore lcologie chimique. Les activits du CEFE couplent des recherches en cologie volutive et fonctionnelle avec un effort transversal de recherche en cologie de lanthropisation. Limpact de

UMR CEFE Centre dcologie Fonctionnelle et volutive (Cirad, CNRS, EPHE, IRD, Montpellier SupAgro, UM1, UM2, UM3) 125 scientiques Directeur : Philippe Jarne, philippe.jarne@cefe.cnrs.fr www.cefe.cnrs.fr
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lhomme sur les systmes cologiques est, en effet, multiple, omniprsent et complexe. Il comprend le changement climatique et les changements dusages : usages des terres, transports... Limpact anthropique rsulte aussi des interactions entre ces deux types de changement et concerne tous les niveaux dorganisation cologiques. Le CEFE est divis en trois dpartements : Le dpartement Biologie des populations centre son activit sur le rle de ladaptation et des contraintes dans la dynamique de la biodiversit. Il regroupe des quipes de renom international en dynamique et gntique des populations, biologie volutive, et covolution. Au cours des dernires annes, la constitution dune masse critique en cologie comportementale a conduit des avances significatives, par exemple en ce qui concerne la signalisation visuelle et olfactive. Une large part des activits est consacre aux interactions, quil sagisse de relations hte-parasite, de pollinisation, ou dautres mutualismes. Ltude des impacts anthropiques sur la biodiversit concerne la biologie de la conservation de vertbrs, aborde notamment travers la dynamique des populations, mais aussi le rle de lhomme dans la gnration de biodiversit par domestication, au sein dune quipe regroupant des personnels du Cirad, CNRS, IRD et UM2. Le dpartement Dynamique des systmes cologiques regroupe des quipes travaillant sur plusieurs niveaux dorganisation, de la population aux communauts et aux paysages. Un des principaux objectifs est de comprendre les mcanismes qui gouvernent la dynamique des communauts et des paysages.

UMR Eco&Sols cologie fonctionnelle et Biogochimie des Sols & Agro-cosystmes (Cirad, Inra, IRD, Montpellier SupAgro) 63 scientiques Directeur : Jean-Luc Chotte, jean-luc.chotte@ird.fr www.montpellier.inra.fr/ecosols
Prsentation page 29

UMR ECOSYM cologie des systmes marins ctiers (CNRS, IRD, UM2) 82 permanents Directeur : Marc Troussellier, marc.troussellier@univ-montp2.fr www.ecolag.univ-montp2.fr
Prsentation page 37

Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

UMR EME cosystmes Marins Exploits (Ifremer, IRD, UM2) 56 scientiques Directeur : Philippe Cury, philippe.cury@ird.fr www.crh-sete.org
Prsentation page 38

UMR LECOB Laboratoire dEcogochimie des Environnements Benthiques (CNRS, UPMC) 16 scientiques Directrice : Nadine Le Bris, lebris@obs-banyuls.fr http://lecob.obs-banyuls.fr
Prsentation page 41

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... suite page 26

M. Razafindrakoto IRD

Les ingnieurs du sol : diversit et fonctions


Les sols constituent lun des habitats les plus diversifis sur terre : lune des trois frontires biotiques des cologistes, avec la canope des forts tropicales et les grands fonds marins. Les organismes du sol prsentent une extraordinaire diversit taxonomique : environ un quart des espces vivantes actuellement dcrites. Ces espces se regroupent au sein des microorganismes (bactries, arches, champignons, protozoaires), de la microfaune (nmatodes), de la msofaune (acariens, collemboles), de la macrofaune (annlides, macro-arthropodes). Au sein de cette diversit, les macro-invertbrs (vers de terre, mille-pattes, insectes) jouent un rle-cl dans le fonctionnement des sols. Ils dcomposent la litire et lincorporent au sol, protgent les plantes contre les maladies et les pathognes, construisent et maintiennent la structure du sol en creusant des galeries et en modifiant lagrgation du sol. Ces macro-invertbrs sont considrs comme des ingnieurs du sol car les modifications de lenvironnement sol via leurs activits de construction (turricules, galeries, nids) affectent significativement la diversit et les activits microbiennes. Pourtant le rle bnfique de ces organismes dans le fonctionnement des sols et la fourniture de services cosystmiques est encore mal connu et peu utilis par les gestionnaires du sol (agriculteurs, etc.). Ils sont pourtant des indicateurs de la qualit des sols et doivent tre considrs comme une ressource permettant damliorer la fourniture de services fournis par les agro-cosystmes. LUMR Eco&Sols tudie la diversit et les fonctions de ces organismes dans le cadre de diffrents projets : diversit taxonomique des ingnieurs du sol dans les sols de Madagascar (programme Faune-M financ par lInstitut Franais de la Biodiversit), diversit et rle sur la dynamique du carbone en agriculture de conservation (programme Ppites financ par lAgence Nationale de la Recherche/Systerra), rgulation de la diversit et de lactivit microbiennes par les ingnieurs du sol [programme Endemic financ par CNRS-EC2CO (Ecosphre Continentale et Ctire)]. Contacts : ric Blanchart, eric.blanchart@ird.fr & Alain Brauman, alain.brauman@ird.fr
Ver de terre de Madagascar (famille Megascolecidae).

ct de sujets fondamentaux comme les systmes de reproduction et les mcanismes de dispersion et colonisation, ou les relations entre traits fonctionnels et successions vgtales, le dpartement consacre une large part de son activit aux consquences cologiques des activits humaines, et notamment leffet des transformations dusage des terres, par elles-mmes ou en interaction avec le changement climatique. Ces transformations sont galement analyses par des recherches interdisciplinaires en

sciences de la conservation et en sciences humaines et sociales. Le dpartement Fonctionnement des cosystmes regroupe deux quipes dcologie fonctionnelle. Laccent sur les flux de matire et dnergie tablit un lien dune part avec les aspects paysages par des approches spatialises par exemple au niveau de bassins versants, dautre part, avec les aspects traits dhistoire de vie travers lanalyse des mcanismes en cologie fonctionnelle. Une large part des efforts est tourne

vers lanalyse des consquences cologiques des changements globaux, quil sagisse des changements climatiques et des aspects lis au cycle du carbone, ou des effets de lrosion de la biodiversit, travers ltude des relations biodiversit-fonctionnement. Ce dpartement a abrit le projet Ecotron Europen de Montpellier , dsormais devenu une unit propre de service (UPS) du CNRS.
* Le Centre dEtudes Phytosociologiques et cologiques, cr au dbut des annes 1960, est devenu le CEFE en 1989.

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Biodiversit fonctionnelle

Ecotron - vue du Sud


J.Roy UPS Ecotron

Les quipes principales


UMR LOMIC Laboratoire dOcanographie Microbienne (CNRS, UPMC) 18 scientiques Directeur : Stphane Blain, stephane.blain@obs-banyuls.fr http://lomic.obs-banyuls.fr
Prsentation page 40

LEcotron Europen de Montpellier pour analyser le rle de la biodiversit dans le fonctionnement des cosystmes et sa rponse aux variations climatiques
Les organismes vivants rgulent les cycles biogochimiques (carbone, azote, phosphore, eau) dans les cosystmes et la dynamique de leur diversit, sous leffet de variations environnementales, dtermine le devenir des services que rendent ces cosystmes la socit. LEcotron Europen de Montpellier, une des trs grandes infrastructures de recherche du CNRS, permet dtudier ces relations entre diversit diffrents niveaux trophiques et les flux de matire et dnergie dans les cosystmes et comment ces relations sont modifies par des changements environnementaux. LEcotron est un maillon important entre lanalyse de fonctions lmentaires en conditions trs simplifies et ltude dcosystmes in situ. En confinant des cosystmes dans des enceintes, il permet la simulation dune large gamme de conditions environnementales (temprature, conditions hydriques, CO2, polluants) en croisant les niveaux de plusieurs facteurs, et la mesure prcise des principaux flux gnrs par lcosystme et

ltablissement de bilans. Des capacits de mesures importantes caractrisent lEcotron Europen de Montpellier, notamment les mesures en ligne de photosynthse, respiration, transpiration, dgagement de mthane et doxyde nitreux, des rapports isotopiques 13 C/12C et 18O/16O du CO2. Lapproche isotopique comprend aussi un marquage 13C de la matire organique nouvellement forme. Ces mesures sont compltes ponctuellement par des mesures non invasives (rflectance spectrale) ou sur prlvements de sol ou de plante. Les questions pouvant tre abordes dans lEcotron concernent aussi bien des aspects fondamentaux du rle de la complexit biologique dans les fonctions de lcosystme (par exemple interactions entre les diversits diffrents niveaux trophiques) que des aspects appliqus dutilisation de la biodiversit des fins dingnierie cologique (par exemple optimisation de lefficience de lutilisation de leau dans les climats du futur). Laspect conditionnement environnemental de lEcotron permet de manipuler les variables de forage qui vont agir sur la dynamique de la biodiversit et peut conduire une analyse fonctionnelle de cette dynamique. Laspect mesure du fonctionnement appliqu au niveau de lcosystme complet ou de ses composantes permet dtablir le lien entre diversit et fonctionnement et den rechercher les bases mcanistes.

UMR LSTM Laboratoire des Symbioses Tropicales et Mditerranennes (Cirad, Inra, IRD, Montpellier SupAgro, UM2) 42 scientiques Directeur : Michel Lebrun, lebrun@univ-montp2.fr www.mpl.ird.fr/lstm
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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

UMS 2348 OOB Laboratoire ARAGO Observatoire Ocanologique de Banyuls-sur-Mer (CNRS, IRD, UPMC) 140 scientiques Directeur : Philippe Lebaron, lebaron@obs-banyuls.fr www.obs-banyuls.fr
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UPR Acridologie cologie et matrise des populations dacridiens (Cirad) 11 scientiques Directeur : Michel Lecoq, lecoq@cirad.fr www.cirad.fr/ur/acridologie http://locust.cirad.fr
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DFG Forschergruppe 456

Rle fonctionnel de la biodiversit : complmentarit des recherches ralises in situ et lEcotron


La premire exprience dans le plateau msocosmes de lEcotron Europen de Montpellier est associe limportante tude sur le rle de la diversit vgtale dans le fonctionnement de lcosystme mene au champ depuis 10 ans par lUniversit de Jena en Allemagne. Les mesures ralises in situ pendant cette priode dmontrent un rle majeur du nombre et du type despces dans les principaux cycles biogochimiques (carbone, azote et eau). Lanalyse globale des rsultats indique que la complmentarit des espces pour lutilisation des ressources est lorigine de cet effet, mais les mcanismes de cette complmentarit peuvent difficilement tre mis en vidence au champ. Des chantillons dcosystmes (2 m3) seront prlevs dans 24 parcelles de diffrentes diversits et insrs dans des lysimtres puis transports lEcotron. Chaque lysimtre sera entour d'un systme de rgulation thermique du sol et sera coiff dune enceinte permettant de contrler latmosphre. Pendant une saison de vgtation, le climat de Jena sera recr et le fonctionnement de lcosystme mesur. Par exemple, linsertion, diffrentes profondeur du sol et diffrentes priodes de lanne, de molcules marques avec diffrents isotopes Implant sur le campus de Baillarguet au Nord de Montpellier, lEcotron est constitu de 3 plateaux exprimentaux allant de ltude de dcosystmes complexes ralistes celles dcosystmes simplifis en conditions artificialises. Les macrocosmes (12 units de 35 m3) peuvent accueillir, en condition de lumire naturelle, des chantillons dcosystmes de 1 8 tonnes. Les msocomes (24 units de 2 3 m3) peuvent accueillir des chantillons dcosystmes de 0,2 1 tonne, et en particulier les lysimtres permettra de dterminer quelle espce prlve quelle ressource et quand. Nous testerons ainsi lhypothse selon laquelle une augmentation de la diversit saccompagne dune diminution de la niche individuelle des espces et dune augmentation de la niche globale de la communaut. Les mesures en continu des processus physiologiques de la canope et du sol permettront aussi de montrer quelles priodes et chelles de temps leffet biodiversit est le plus marqu et pour quelles conditions de milieu. Ceci pourra suggrer des mcanismes supplmentaires au travers desquels la biodiversit joue un rle. Les trois plateaux exprimentaux de lEcotron (macro, mso et microcosmes) vont permettre une large gamme dtudes appliques ou thoriques, concernant des cosystmes intacts complexes ou simplifis, et soumis des conditions environnementales ralistes ou artificielles spcifiques. La relation biodiversit-fonctionnement sera au cur de lensemble de ces tudes. Contact : Jacques Roy, jacques.roy@ecotron.cnrs.fr
Vue d'ensemble des 24 parcelles de diffrentes diversits, avant insertion dans les lysimtres (vignette) et tudes l'Ecotron (p.26).

UMS GmbH

standard actuellement en service en Europe. Le plateau microcosmes, en laboratoire avec niveau de confinement L2, accueillera dans des volumes de 1 200 dm3 des microcosystmes (de 24 400 units suivant leurs natures), permettant danalyser individuellement les composantes de lcosystme (physiologie des organismes, biologie du sol, interactions biotiques simplifies). Les tudes sont principalement comparatives entre conditions environnementales, types dcosystmes, complexits

des communauts, ou encore entre espces ou gnotypes diffrents. LEcotron est ouvert, par appel doffre, la communaut scientifique internationale. Son comit scientifique europen slectionne les projets de consortiums dquipes les plus novateurs permis par la trs forte instrumentation de linfrastructure. Que les projets soient orients physiologie de lcosystme ou biologie des communauts ou des organismes, le rle et la rponse de la biodiversit sont au cur de la plupart dentre eux.

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Biodiversit fonctionnelle

Quand lvolution tend maximiser la diversit et le fonctionnement des systmes cologiques


P. Venail UMR ISEM

Des chercheurs du CNRS bass lUM2 (UMR ISEM, UMR ECOSYM) ont montr que lvolution peut conduire plus de diversit biologique et, surtout, un meilleur fonctionnement des systmes cologiques. Dans le contexte actuel de lrosion de la biodiversit, ces rsultats publis dans la revue Nature* soulignent limportance de lvolution comme force structurante des systmes cologiques.

des niveaux bien dfinis. Au terme de lexprience, les chercheurs ont montr que les dispersions intermdiaires ont permis dvoluer vers une plus grande diversit bactrienne et une productivit cologique accrue. L'rosion actuelle de la diversit biologique oblige tout la fois de proposer une approche conceptuelle de l'organisation de la biodiversit, de comprendre ses relations avec le fonctionnement des cosystmes et de prdire les ventuelles consquences de son dclin. Dune manire gnrale, les travaux de ces chercheurs suggrent que l'volution peut conduire une forte complexification des systmes cologiques dbouchant sur un meilleur fonctionnement. Ce processus est maximis lorsque les ressources disponibles sont htrognes et les systmes biologiques convenablement connects ; des conditions qui ne correspondent pas la tendance actuelle d'homognisation des cosystmes par les activits humaines. plus long terme, ces rsultats suggrent que cette homognisation risque de rduire la capacit future de diversification du vivant. Contact : Nicolas Mouquet, nmouquet@univ-montp2.fr
* Venail P.A., MacLean R.C., Bouvier T., Brockhurst M.A., Hochberg M.E., Mouquet N. 2008. Functional Diversity and Productivity Peak at Intermediate Levels of Dispersal in Evolving Metacommunities. Nature.

Lexprience sest droule en laboratoire. Aprs avoir cr des microcosmes, constitus de plusieurs sources de carbone pour gnrer des environnements htrognes, les chercheurs ont suivi la diversification volutive de la bactrie Pseudomonas fluorescens. Un clone unique de cette bactrie a t inocul dans chaque microcosme (microplaque dont chaque puits contient une source de carbone diffrente), puis les bactries ont t libres dvoluer pendant plus de 500 gnrations. Les chercheurs ont aussi manipul les dplacements des bactries dun puits lautre dune mme microplaque selon

Les quipes principales


UPR AGIRs Animal et Gestion Intgre des Risques (Cirad) 22 scientiques dont 10 cologues Directeur : Franois Roger, franois.roger@cirad.fr www.cirad.fr/ur/agirs
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Changement des environnements anciens et dynamique de la biodiversit


Les activits du Centre de BioArchologie et dcologie (UMR CBAE, CNRS, EPHE, Inrap, UM2) visent (i) comprendre comment les environnements anciens ont chang au cours des derniers sicles ou millnaires et (ii) dterminer les liens unissant les changements globaux et la dynamique de la biodiversit, le fonctionnement des cosystmes, lorganisation des communauts et la rpartition gographique des espces. Les changements environnementaux passs sont soumis aux modifications dusage du sol (agriculture, exploitation des ressources) mais aussi des modifications climatiques ou orographiques. Les recherches du CBAE concernent les rgions du pourtour mditerranen y compris le Moyen-Orient, mais aussi les rgions tropicales (Afrique, Amrique du Sud) et enfin les rgions borales (Canada, Scandinavie).

UPR Matrise des bioagresseurs des cultures prennes (Cirad) 12 scientiques Directeur : Christian Cilas, christian.cilas@cirad.fr www.cirad.fr/nos-recherches/unites-derecherche/maitrise-des-bioagresseursdes-cultures-perennes
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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

UR COREUS Biocomplexit des cosystmes coralliens de lIndo-Pacique (IRD, UPMC) 21 scientiques Directeur : Claude Payri, claude.payri@ird.fr www.coreus.ird.fr
Prsentation page 40

Pour analyser ces processus, le CBAE met en uvre des stratgies et des mthodes fondes sur lexploitation dindicateurs biologiques contenus dans les sols naturels, les gisements archologiques ainsi que dans les dpts de surface comme les tufs, les sdiments lacustres ou tourbeux, ainsi que les cernes des arbres. Ces archives biologiques se sont accumules au cours des derniers sicles et millnaires dans la plupart des cas, voire au cours du Quaternaire. Ces dpts sont aliments par les modifications du couvert vgtal, mais aussi par les changements de climat et de pratiques socitales doccupation du sol. Des chercheurs du laboratoire sintressent galement aux modalits dexploitation et dusage des ressources biologiques, depuis leur cueillette ou leur rcolte jusqu leur transformation en vue dune utilisation domestique. Les origines de la domestication, les dveloppements de lagriculture, lvolution et la dispersion gographique des plantes cultives sont mis en relation avec les migrations humaines et les pratiques agricoles.

UPS Ecotron Europen de Montpellier (CNRS) 8 scientiques Contact : Jacques Roy, jacques.roy@ecotron.cnrs.fr www.ecotron.cnrs.fr
Prsentation page 26

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Ltude des restes botaniques dorigine archologique permet de retracer lhistoire de lalimentation humaine, des pratiques agraires, de la transformation des produits et de leurs usages. Des problmatiquescls animant ce groupe concernent l'exploration, la conservation, la valorisation et la reconstruction de l'histoire de patrimoines biologiques que constituent certaines plantes cultives emblmatiques (palmier dattier p. ex.) et leur anctre sauvage (encore inconnu dans le cas du dattier). Les thmes de recherche prioritaires de lUMR sont (i) la dynamique spatiale et chronologique (depuis le dernier maximum glaciaire) de la biodiversit, en relation avec des changements environnementaux, (ii) le rle des perturbations (incendies, avalanches, insectes) sur la dynamique de la biodiversit, (iii) la diversit biologique des organismes domestiqus, lexploitation, lusage et la transformation des ressources

biologiques, (iv) la fonction de la dprise agropastorale sur lcodiversit des paysages forestiers actuels.

cologie fonctionnelle, organismes du sol et des plantes, et devenir des contaminants biologiques
LUMR cologie fonctionnelle et Biogochimie des Sols & Agrocosystmes (Eco&Sols, Cirad, Inra, IRD, Montpellier SupAgro) tudie les cycles biogochimiques du carbone et des nutriments (notamment azote N et phosphore P), et leur couplage dans les agro-cosystmes mditerranens et tropicaux. Il sagit, dans ces agro-cosystmes, de dcrire, comprendre et prvoir les processus cologiques de rgulation des flux de carbone et de nutriments. Dans une dmarche dcologie fonctionnelle, lUMR Eco&Sols pose ainsi les questions : du rle des organismes du sol et des plantes, ainsi que des interactions

entre eux et avec leur milieu, dans les cycles biogochimiques au sein des sols et des agro-cosystmes ; du devenir des contaminants biologiques (Bt, prions, virus) dans les sols. La description, la comprhension et la prdiction des flux coupls de C, N et P, ont pour objectif finalis la matrise de ces flux afin de parvenir une production soutenue et durable des agrocosystmes, i.e. une production compatible avec la fourniture de services environnementaux comme la squestration du carbone. Lidentification de stratgies dingnierie cologique sera centre sur la matrise des communauts fonctionnelles (plantes, organismes du sol) et leurs interactions. La comprhension des fonctions de la biodiversit (microorganismes, nmatodes, macrofaune, racines de vgtaux) pour la mise en place dune agriculture cologiquement intensive est lun des objectifs centraux de lUMR Eco&Sols.

volution temporelle de lactivit et de la structure de la communaut bactrienne la station dobservation MOLA


a La figure ci-contre illustre lvolution temporelle de lactivit et de la structure de la communaut bactrienne la station dobservation MOLA (Microbial Observatory Laboratoire Arago, 42 272 N ; 03 326 E) situe 20 miles des ctes au large de Banyuls-sur-Mer (France). a : Les profils de mesures de la salinit font apparatre des pisode de dessalures en surface (salinits < 37,9) en mai-juin 2007 et juin-juillet 2008. Ces pisodes sont certainement lis des intrusions deau douce du Rhne. Selon les conditions de vent, des lentilles deau dessale peuvent se dtacher du panache du Rhne et circuler le long de la cte sur plusieurs centaines de kilomtres. Ces lentilles peuvent constituer une source externe de sels nutritifs et de matire organique et stimuler la production biologique en milieu marin. On remarque ainsi que ces apports sont associs une augmentation de la production bactrienne et de la respiration communautaire. b : La diversit bactrienne a t dtermine par des banques de clones bases sur le gne codant pour lARNr 16S. Chaque couleur composant les diagrammes circulaires reprsente un groupe phylogntique bactrien diffrent. La diversit bactrienne mesure en surface lors des pisodes de dessalure en mai 2007 et juin 2008, tait significativement diffrente de celle mesure lors dun bloom phytoplanctonique (avril 2007). Le groupe des Alphaproteobacteria (en rouge) est le groupe dominant durant les pisodes de dessalures en reprsentant 38 56 % des squences de clones totales de chaque banque, alors que le groupe des Bacteroidetes (en bleu) est majoritaire lors du bloom phytoplanctonique. Si les pisodes de dessalure influent fortement sur la diversit bactrienne, aucun des groupes bactriens prsents lors de ces pisodes nest spcifique de cette situation (Laghdass et al., 2010)* Contact : Ingrid Obernosterer, ingrid.obernosterer@obs-banyuls.fr
*Laghdass M., West N.J., Batailler N., Caparros J., Catala P., Lantoine F., Oriol L., Lebaron P., Obernosterer I. 2010. Impact of lower salinity waters on bacterial heterotrophic production and community structure in the offshore NW Mediterranean Sea. Env. Microbiol. Rep. (sous presse).

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Biodiversit fonctionnelle

Ectomycorhizes de Pin Sylvestre.


UMR LSTM

LUMR propose trois thmatiques de recherche : (i) Sols, activits et rseaux biologiques, (ii) Nutriments et intensification cologique, (iii) Carbone et changements globaux. Le premier thme est rsolument tourn vers ltude de la biodiversit fonctionnelle dans les sols. Seize chercheurs et quinze ingnieurs et techniciens travaillent sur cette thmatique. Dans un milieu donn (climat, sol, usages et modes de gestion), les communauts microbiennes responsables de la minralisation des matires organiques lorigine des flux de C, N et P, sont rgules par : (i) des organismes bactrivores et fongivores (comme les nmatodes), (ii) des organismes ingnieurs (comme les vers de terre) qui modifient lenvironnement physique et la disponibilit des ressources, (iii) la quantit, la qualit et la localisation de la matire organique et (iv) les dterminants abiotiques. Lamlioration de notre connaissance de la diversit fonctionnelle des organismes du sol et la prise en compte dune part des interactions entre organismes au sein dassemblages complexes et dautre part des dterminants abiotiques des processus biologiques sont au cur des travaux de ce thme de recherche. Les recherches mettent en uvre des approches exprimentales de laboratoire (en microcosmes et msocosmes) et de terrain. Ces dmarches exprimentales sont trs fortement associes une

Autres quipes concernes par ce thme


Tour du Valat 25 scientiques Directeur : Jean Jalbert, jalbert@tourduvalat.org www.tourduvalat.org
Prsentation page 53

dmarche de modlisation ddie la formalisation des processus biologiques dterminant le fonctionnement des sols. Ces tudes sont menes dans des contextes pdoclimatiques contrasts, mditerranens et tropicaux (Sngal, Burkina Faso, Madagascar, Kenya, Thalande), dans le cadre de collaborations avec des institutions du Nord et des centres nationaux de recherche agronomique et des universits du Sud. La thmatique de recherche sur la biodiversit repose sur des plateaux techniques de pointe, avec notamment un laboratoire ddi ltude des protines, un laboratoire de biologie (principalement pour ltude des nmatodes du sol) et deux laboratoires de biologie molculaire Montpellier et Dakar.

UMR AMAP botAnique et bioinforMatique de lArchitecture des Plantes (Cirad, CNRS, Inra, IRD, UM2) 44 scientiques Directeur : Daniel Barthlmy, daniel.barthelemy@cirad.fr http://amap.cirad.fr/
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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

UMR BIOM Biologie Intgrative des Organismes Marins (CNRS, UPMC) 18 scientiques Directeur : Herv Moreau, herve.moreau@obs-banyuls.fr http://biom.ent.upmc.fr
Prsentation page 21

Biodiversit, fonctionnement des microorganismes symbiotiques et adaptation des plantes


Le Laboratoire des Symbioses Tropicales et Mditerranennes (UMR LSTM, Cirad, Inra, IRD, Montpellier SupAgro, UM2) est une unit de microbiologie et de biologie des plantes, spcialise dans la biodiversit, les mcanismes de fonctionnement des microorganismes symbiotiques et dans la rponse et ladaptation des plantes ces microorganismes et aux conditions extrmes de lenvironnement.

UMR CBGP Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (Cirad, Inra, IRD, Montpellier SupAgro) 35 scientiques Directrice : Flavie Vanlerberghe, Flavie.Vanlerberghe@supagro.inra.fr www.montpellier.inra.fr/CBGP
Prsentation page 10

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Les recherches menes par le laboratoire vont de la caractrisation et lanalyse de la biodiversit des microorganismes symbiotiques la comprhension des mcanismes molculaires impliqus dans linteraction plantes/bactries. Ses tudes et champs dapplication sintressent aux milieux mditerranens et tropicaux, o les symbioses microorganismes/plantes permettent damliorer durablement les productions agricoles et forestires et de restaurer les environnements menacs. Le LSTM est compos de cinq quipes : cologie et physiologie molculaire des Bradyrhizobium photosynthtiques Biodiversit et volution des symbioses Rponse des plantes aux microorganismes Adaptation des plantes et des microorganismes au nickel Fonctionnement symbiotique des cosystmes Le LSTM est engag dans les orientations suivantes : caractriser la biodiversit des symbioses dans les cosystmes mditerranens et tropicaux ;

comprendre la structuration et lvolution de la diversit gntique et fonctionnelle des populations bactriennes symbiotiques (approches phylogntiques et de gntique des populations) ; caractriser les stratgies mises en uvre par les bactries pour noduler les lgumineuses par des approches de gnomique comparative. tudier la diversit gnomique et les mcanismes dinteraction bactries/plantes htes ainsi que les mcanismes de rgulation induits par la lumire chez les Bradyrhizobium photosynthtiques ; caractriser la nouvelle voie symbiotique nod-indpendante mise en vidence dans linteraction Bradyrhizobium ORS278/ Aeschynomene. Labsence de gnes de nodulation communs chez ces Bradyhizobium photosynthtiques suggre lexistence dune nouvelle voie de signalisation possible entre un rhizobium et une lgumineuse dont les dterminants font lobjet dtudes dans lunit ; dcrypter les voies de signalisation des plantes en rponse aux bactries. Outre lidentification de ces voies, lobjectif est de comprendre leurs interactions et caractriser les gnes bactriens impliqus dans leur induction.

tudier les mcanismes de ladaptation des plantes et microorganismes associs aux contraintes daphiques extrmes des sols ultramafiques de NouvelleCaldonie. Les niveaux dapproches de gnomique fonctionnelle permettront de caractriser les mcanismes de (i) la rsistance et de lhyperaccumulation des mtaux chez les plantes, (ii) ladaptation des micro-organismes associs aux plantes, (iii) interactions plantesmicroorganismes ; transfrer et valoriser une technologie de dveloppement durable pour les pays du Sud afin de proposer des mthodologies susceptibles dintresser le dveloppement durable et les entreprises du domaine des biotechnologies. Le LSTM dispense de nombreux enseignements et participe l'organisation de formations universitaires de biologie, microbiologie et physiologie lUM2, Montpellier SupAgro et dans plusieurs pays dAfrique. Il soutient galement les formations au travers dinterventions et dencadrement de stages professionnels ou de recherche.

Un observatoire pour le suivi long terme de la biodiversit des canyons sous-marins en Mditerrane
Les premires observations de coraux profonds en Mditerrane ont t ralises par des chercheurs du Laboratoire ARAGO au large de Banyuls-sur-Mer, dans le canyon de Lacaze-Duthiers, en 1961 et en 1963, au cours d'explorations ralises avec la soucoupe plongeante SP 600 du Commandant Cousteau. Depuis aucune expdition n'avait t conduite sur ce site pour valuer l'tat des populations de coraux observes dans ce contexte. Au cours d'expditions rcentes (mai-juin 2008) ralises par l'Observatoire Ocanologique de Banyuls et la Direction rgionale de l'environnement, expditions menes en utilisant le support technique de la COMEX (Navire Ocanographique Minibex, ROV Super Achille et submersible Remora), les populations de coraux profonds observes il y a plus de 40 ans ont pu tre retrouves et d'autres populations encore plus denses de ces espces ont t mises en vidence, faisant du canyon de Lacaze-Duthiers un site de rfrence pour ces espces en Mditerrane franaise. Quatre espces de coraux profonds sont prsentes dans le canyon de Lacaze-Duthiers, pour certaines en quantits relativement importantes : Lophelia pertusa, Madrepora occulata, Desmophyllum dianthus et Dendrophylllia cornigera. Ces espces sont toutes protges au niveau national, europen et international. Ces populations de coraux s'panouissent sur les flancs rocheux du canyon des profondeurs variant entre -180 et -365m. Elles sont associes une faune trs riche en invertbrs sessiles tels que des ponges, des brachiopodes, des chinodermes, des bivalves, des ascidies, des bryozoaires, ainsi qu' des organismes vagiles comme des cphalopodes et des poissons dont certains prsentent un intrt conomique important (sabres, grenadiers). Parmi les invertbrs, nombre d'espces pourraient se rvler intressantes dans un contexte de caractrisation et d'exploitation de biomolcules d'intrt pharmacologique par exemple.
DIREN

Point de dpart pour des recherches futures, ces observations ainsi que celles qui ont t ralises depuis sur cette zone d'intrt (en particulier par l'Agence des Aires Marines Protges), vont servir de base l'Observatoire Ocanologique de Banyuls pour mettre en place un observatoire profond qui permettra, outre la ralisation de mesures in situ en continu de paramtres physico-chimiques et biologiques au sein du canyon, un suivi long terme des communauts de coraux profonds et la mise en place de programmes de conservation de ces espces patrimoniales et sensibles. Contact : Philippe Lebaron, lebaron@obs-banyuls.fr
Coraux froids et faune associe dans le canyon Lacaze-Duthiers

Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature 31

Biodiversit fonctionnelle

F. Cte Cirad

Symptmes de la Maladie des Raies Noires (Mycosphaerella fijiensis) sur une feuille de bananier.

Autres quipes concernes par ce thme


UMR CMAEE Contrle des maladies Animales Exotiques et Emergentes (Cirad, Inra) 36 scientiques Directeur : Dominique Martinez, dominique.martinez@cirad.fr
Prsentation page 17

Gestion des risques associs aux bioagresseurs des cultures prennes tropicales
Lunit propre de recherche (UPR) Matrise des bioagresseurs des cultures prennes tropicales (Cirad, dpartement Systmes biologiques ) est lunit hritire des travaux en dfense des cultures mens au Cirad sur les cultures prennes tropicales (cacaoyer, cafier, cocotier, hva, palmiers). Sa mission est de contribuer une meilleure gestion des risques associs aux maladies et aux ravageurs. Les bio-agresseurs rduisent la productivit des cultures, compromettent leur durabilit et affectent la qualit des produits. Ils revtent une importance particulire chez les cultures prennes dans la mesure o les dgts induits sont souvent cumulatifs (plusieurs annes). Lutilisation des pesticides et des biocides est une charge financire importante pour les petits planteurs et gnre des effets ngatifs sur lenvironnement et sur la qualit des produits. Le dveloppement de nouvelles stratgies de lutte, beaucoup moins agressives pour lhomme et son environnement, est donc un enjeu important dans nos socits.

Les deux objectifs principaux de lunit sont les suivants : la dfinition ditinraires techniques adapts aux systmes de culture permettant de rduire limpact des bio-agresseurs ; la construction de rsistances durables aux bio-agresseurs. Pour atteindre ces objectifs, lUPR travaille sur deux axes principaux : comprhension des pidmies et des dynamiques des populations de bio-agresseurs, construction de modles, valuation des diffrentes interventions agronomiques sur les populations de bio-agresseurs ; identification des rsistances durables dans le matriel vgtal, valuation de leur efficacit dans la matrise des bio-agresseurs en milieu rel. Les modles plantes / bioagresseurs tudis concernent les principaux organismes nuisibles du cacaoyer, du cafier, du cocotier, de lhva et du palmier huile. Certains de ces bio-agresseurs sattaquent aux fruits, dautres lappareil vgtatif, arien ou souterrain. Lidentification et la hirarchisation des facteurs influenant lintensit des attaques ou des symptmes, sappuient sur des observations, des enqutes et des essais participatifs in situ, dans des rseaux de parcelles, en milieu paysan ou en plantations prives.

UMR ESPACE-DEV Espace pour le dveloppement (IRD, UM2, Universit Antilles-Guyane, Universit de la Runion) 60 scientiques Directeur : Frdric Huynh, huynh@ird.fr www.espace.ird.fr
Prsentation page 62

Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

UMR Interactions Htes-vecteursparasites dans les Trypanosomoses (Cirad, IRD) 25 scientiques Directeur : Grard Cuny, gerard.cuny@mpl.ird.fr www.sleeping-sickness.ird.fr
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UMR ISEM Institut des Sciences de lvolution de Montpellier (CNRS, IRD, UM2) 117 scientiques Directeur : Jean-Christophe Auffray, jean-christophe.auffray@univ-montp2.fr www.isem.cnrs.fr
Prsentation page 8

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Comprendre lorigine des invasions du criquet plerin


Le criquet plerin est un ravageur majeur. Ses invasions spectaculaires peuvent stendre sur plus de 29 millions de km de la Mauritanie lInde. Les dgts matriels, humains et sur lenvironnement peuvent tre considrables. La lutte contre cet insecte reprsente un enjeu capital. Pour de nombreux pays en dveloppement, il sagit dune priorit nationale. La stratgie de lutte prventive contre cet insecte ncessite de surveiller en permanence les conditions environnementales dans les aires dorigine des invasions, dites aires grgarignes, reprsentant seulement 0,25 % de laire dinvasion. Chaque pays concern doit disposer dune capacit de raction rapide pour procder si ncessaire des traitements prventifs contre les premires pullulations avant que linvasion ne stende. La rapidit dintervention est essentielle. En collaboration avec les centres antiacridiens nationaux et lOrganisation des Nations Unies pour lalimentation et lagriculture, lunit dacridologie du Cirad dveloppe, sur lAfrique, des travaux pour permettre de dtecter les situations risque. Dune part, des techniques de biologie molculaire (marqueurs microsatellites, AFLPs) sont utilises

A. Monard Cirad

pour comprendre et suivre plus prcisment les migrations et les fluctuations deffectifs des populations solitaires, pendant les phases prcdant les invasions, afin dvaluer le degr de risque. Dautre part, lunit travaille perfectionner lusage de la tldtection spatiale et des systmes dinformation gographique afin de reprer encore plus prcocement les conditions favorables la reproduction du criquet. Ses habitats sont situs dans les zones dsertiques, peu peuples et peu accessibles. Les donnes satellitaires peuvent fournir en continu une estimation des pluies et du dveloppement de la vgtation herbace verte, facteurs-cls pour prvoir le dveloppement de linsecte et les pullulations. Des satellites comme METEOSAT, SPOT-VGT, MODIS, SMOS sont utiliss et des perfectionnements sont en cours. Tous ces travaux doivent permettre de rendre encore plus efficace la stratgie de prvention contre les invasions qui a dj montr son efficacit au long des 50 dernires annes. Contact : Michel Lecoq, michel.lecoq@cirad.fr
Le criquet plerin, Schistocerca gregaria Forskl, grgaire .

Les actions de recherche sont ralises en partenariat avec des organisations internationales (Bioversity International, Cocoa Research Unit, PROMECAFE, International Rubber Research and Development Board), des structures nationales de recherche (Institut de Recherche Agricole pour le Dveloppement, Instituto del Caf de Costa Rica, Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuria) et avec des oprateurs de dveloppement. Des collaborations transversales existent avec dautres UMR (BGPI, CBGP DAP , , etc.).

Lunit produit des connaissances dans le domaine de la biologie et de lcologie des bio-agresseurs, de lpidmiologie vgtale et des rsistances durables. Ces rsultats contribuent la mise en place dune meilleure gestion des bioagressions, donc une diminution des dgts et une amlioration de la qualit des produits. Ces travaux sont valoriss par la diffusion de nouvelles mthodes de prvision et de matrise des risques biotiques et par lidentification de matriel vgtal qui possde une rsistance durable.

Loriginalit de lunit rside dans le caractre pluridisciplinaire des recherches entreprises qui associent mycologie, entomologie, pidmiologie, dynamique des populations, gntique, cologie du paysage, lutte intgre, bio-statistique, dans diffrents contextes agrocologiques et des chelles allant de larbre au paysage en passant par lchelle de la parcelle villageoise et de la plantation industrielle.

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Biodiversit fonctionnelle

Acridiens ravageurs : stratgies de prvention et mthodes de lutte


La prservation de lenvironnement, de la biodiversit, et la diminution des quantits dinsecticides ncessaires pour lutter contre les invasions de criquets sont au cur des proccupations de lUPR cologie et matrise des populations dacridiens (Acridologie, Cirad). Elle contribue amliorer la connaissance des acridiens ravageurs pour amliorer les stratgies de prvention et les mthodes de lutte afin de mieux grer ce risque naturel aux consquences conomiques, sociales et environnementales catastrophiques. Lunit cherche, tout dabord, mieux comprendre les bases biologiques et cologiques des processus dinvasion acridiennes : comprhension des phnomnes dagrgation et de grgarisation, dynamique et gntique des populations de criquets de trs basse densit prcdant les phases dinvasion, fonctionnement des aires grgarignes et usage de la tldtection spatiale pour le reprage prcoce des conditions cologiques favorables aux pullulations. Elle tente, par ailleurs, damliorer les modes de gestion du risque acridien : estimation de limpact conomique et social des criquets, justification et valuation de lefficacit des stratgies de lutte, dtermination des modes de gouvernance des dispositifs de prvention les plus efficaces et les

plus durables, mise au point doutils daide la dcision, limitation de limpact environnemental de la lutte antiacridienne en mettant lpreuve les solutions alternatives aux insecticides chimiques.

scientifique, Journal of Orthoptera Research. Sur un plan oprationnel, lunit fait partie des principaux rseaux mondiaux en acridologie regroupant des organismes techniques et scientifiques concerns par les pullulations dacridiens.
A. Fo ucart Cirad

Lunit est ancre dans le ple agronomique montpellirain et fait partie des membres du rseau thmatique de recherche avance Montpellier Agronomie et Dveloppement durable dAgropolis Fondation. Elle est rattache la Structure Fdrative de Recheche (SFR) Montpellier EnvironnementBiodiversit et est laboratoire daccueil de lcole doctorale Territoires,Temps, Socits et Dveloppement (voir page 81). Lunit a dvelopp un large rseau, mondial, de partenariats scientifiques et techniques sur le problme acridien. Elle collabore tout spcialement avec luniversit de Sydney en Australie mais aussi avec de nombreuses autres universits et organismes de recherche de par le monde (par exemple le Centre rgional AGRHYMET au Niger, institution spcialise du Comit Permanent Inter-tats de Lutte contre la Scheresse dans le Sahel). Elle contribue lanimation de la Socit internationale des Orthoptristes (Orthopterists Society) et de sa revue

Elle est ainsi directement implique dans les instances de gestion du problme du criquet plerin via les liens tisss avec lOrganisation des Nations Unies pour lalimentation et lagriculture (et son service dinformation sur les acridiens) et la Commission de lutte contre le criquet plerin en rgion occidentale avec laquelle elle a pass un accord de coopration scientifique et technique. Des collaborations troites existent avec de nombreux services antiacridiens, en particulier dAfrique de lOuest, du Maghreb et de Madagascar. Enfin, lunit fait partie de lAssociation for Applied Acridology International, association internationale de scientifiques et dexperts pour lamlioration de la gestion des problmes acridiens. Pour son fonctionnement lunit dispose de ressources financires du Cirad et de celles rsultant de contrats de recherche, de dveloppement et de missions dexpertise pour des partenaires publics comme privs, nationaux ou internationaux.

Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Vignette - Criquet plerin, Schistocerca gregaria Forskl, solitaire.

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M. Lecoq Cirad

Essaim de criquets migrateurs Madagascar lors de linvasion de 1996-2000.

Suivis des mouvements d'un oiseau par tlmtrie satellite pour comprendre la dispersion du virus H5NI (agent de la grippe aviaire).
N. Gaidet Cirad

Comprhension et gestion des risques sanitaires lis aux animaux sauvages et domestiques
Dans les cosystmes tropicaux, les populations animales sauvages sont soumises aux changements globaux, parmi lesquels la transformation des habitats et de leurs vocations, dans un contexte de changement climatique et dintensification des changes conomiques. Cest ainsi que les contacts entre lhomme, les animaux domestiques et une faune sauvage encore bien diversifie sintensifient, et ce bien souvent au dtriment de tous. Ces interactions hommefaune impliquent en effet des risques croissants la fois pour la conservation des populations sauvages et pour le dveloppement des communauts rurales. Lmergence, la circulation et la transmission de maladies communes aux animaux sauvages et domestiques ainsi quaux hommes en est un trs bon exemple. Les travaux de lunit propre de recherche Animal et Gestion Intgre des Risques (UPR AGIRs, Cirad) se focalisent sur la comprhension et la gestion des risques sanitaires lis aux populations animales sauvages et domestiques et leurs interactions au sein de communauts.

Les terrains dtudes sorganisent en un rseau de sites observatoires complmentaires centrs sur des zones humides (Delta du Niger au Mali, Lac Aloatra Madagascar, rizires en Asie du sud-est), sur les priphries des espaces protgs (parc transfrontalier du Limpopo en Afrique australe) ou en fort humide (Gabon). LUPR sintresse aux herbivores (buffle africain), lavifaune aquatique (Anatidae, Laridae, Limicoles) mais

Elle collabore galement avec des quipes europennes (dont Erasmus et Wageningen, Pays-Bas, Padova, Italie, Kalmar, Sude, Londres, UK), des universits du Sud (dont les universits du Zimbabwe, de Pretoria, du Niger, de Thalande), le rseau des Instituts Pasteur ou lUnited States Department of Agriculture (USDA). Sur le terrain et pour le volet relatif la surveillance et aux contrles des maladies, lUPR travaille avec les services vtrinaires et les gestionnaires des espaces protgs.

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

LUPR mne ainsi des recherches sur lcologie des communauts animales impliques dans lmergence ou la persistance de zoonoses, telles que la grippe aviaire, la fivre de la valle du rift ou la tuberculose bovine. Elle sintresse plus particulirement aux systmes multi-espces hommefaunebtail dans des espaces faiblement anthropiss dAfrique subsaharienne ou en zones rurales priurbaine dAsie du Sud-Est. Les travaux portent sur lcologie de ces communauts en sinterrogeant (1) sur les facteurs biophysiques, cologiques et anthropiques qui agissent sur lmergence, la circulation et la persistance des pathognes et (2) sur le rle que peut y jouer la diversit fonctionnelle, spcifique et gntique des populations animales y compris celle des pathognes. Une dernire question de recherche (3) concerne la mobilit des individus et des populations et leurs dterminants comme facteur de contacts entre composantes dune communaut.

aussi aux Suidae (potamochres) et aux congnres domestiques (bovins, volailles, porcs). Ces travaux dcologie de terrain bnficient au sein de lUPRou au travers de partenariats dun appui en systme dinformation gographique (SIG), tldtection, biostatistique, modlisation et analyses srologiques ou virologiques. Lunit coordonne ou participe des projets financs par lAgence Nationale de la Recherche, le ministre franais des Affaires trangres et europennes (Fonds de solidarit prioritaire), lUnion europenne ainsi que lOrganisation des Nations Unies pour lalimentation et lagriculture ou lOrganisation mondiale de la sant animale. Elle entretient un partenariat important avec des units de recherche du CNRS et de lInra, avec les coles vtrinaires, avec les universits via la participation des masters Recherche et des coles doctorales (dont UM2, Paris 6 et 10).

Biodiversit fonctionnelle

Biodiversit et fonctionnement des rseaux trophiques des cosystmes marins ctiers


La biodiversit des systmes cologiques concerne non seulement celle des organismes qui les composent mais aussi celle de leurs nombreuses interactions (prdation, comptition, mutualisme, parasitisme, etc.). Ces relations entre organismes impliquent que lextinction dune espce peut provoquer une disparition ou une prolifration des autres espces directement ou indirectement via des ractions en cascades. Les organismes et les interactions qui les lient forment les rseaux trophiques, et la diversit des organismes et de leurs interactions influence la stabilit et la rsilience de ces rseaux face aux changements environnementaux. Dans les cosystmes marins, deux types principaux de rseau trophique peuvent tre distingus : le rseau trophique classiqueou herbivoredomin par les communauts phytoplanctoniques (producteurs primaires), gnralement de grande taille, alimentant le zooplancton et les poissons, et le rseau trophique microbien domin par les communauts microbiennes autotrophes (cyanobactries, phytoplancton de petite taille) et htrotrophes (flagells et cilis). Le rseau microbien domine plutt dans les zones oligotrophes ou pendant les priodes peu productives des cosystmes marins contribuant peu lexportation de matire linverse du rseau herbivore jouant un rle significatif dans la squestration du carbone dans les zones ocaniques. Il est avr que les activits humaines modifient de plus en plus lenvironnement et que ces modifications concernent aussi bien des changements climatiques lchelle globale (comme laugmentation de temprature, des radiations ultraviolettes et de la pression de gaz carbonique) que ceux plus localiss (comme leutrophisation et la surpche). Les changements environnementaux affectent les rseaux trophiques planctoniques soit directement en modifiant la physiologie des organismes, soit indirectement en modifiant les interactions entre les communauts, et/ou via le changement des facteurs abiotiques (comme la disponibilit en nutriments). Afin de comprendre les modifications de la diversit des rseaux trophiques et du fonctionnement des cosystmes marins ctiers conscutives aux changements environnementaux, il est indispensable de prendre en compte aussi bien leurs effets directs que ceux indirects, ce qui est apprhend par lUMR ECOSYM. Contact : Marc Bouvy, marc.bouvy@ird.fr

Autres quipes concernes par ce thme


UMR TETIS Territoires, Environnement,Tldtection et Information Spatiale (AgroParisTech, Cemagref, Cirad) 58 scientiques dont 10 impliqus dans la thmatique Biodiversit Directeur : Jean-Philippe Tonneau jean-philippe.tonneau@cirad.fr http://tetis.teledetection.fr
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cologie marine, biogochimie, microbiologie et biologie dorganismes modles marins


Le laboratoire ARAGO (Observatoire Ocanologique de Banyuls-surMer, CNRS, IRD, UPMC) est un lieu privilgi pour ltude de la biodiversit dans le dpartement des Pyrnes-Orientales et, plus gnralement, en LanguedocRoussillon. Situ sur une cte rocheuse, lextrmit orientale de la chane des Pyrnes, et lextrmit Ouest du Golfe du Lion, ce site bnficie dun environnement exceptionnel par la diversit des biotopes qui se succdent entre les sommets du Mont Canigou et de la fort de la Massane et les profondeurs des canyons sousmarins. Cette richesse biologique est en partie lie ce gradient daltitude qui va de prs de 1 000 mtres au niveau de la Massane moins de 1 000 mtres sous la surface de la mer, en moins de 60 kilomtres. Ce laboratoire a quatre grandes missions : la formation et la diffusion des connaissances, la recherche, lobservation et laccueil. Devenu un laboratoire du CNRS en 1967, et une cole interne de lUniversit Pierre

et Marie Curie (UPMC) en 1985, le laboratoire a rapidement adopt le statut dObservatoire Ocanologique de lInstitut National des Sciences de lUnivers. ce titre, il assure un suivi rgulier et long terme de diffrents paramtres du milieu. Ce suivi intgre aujourdhui des paramtres biologiques. Il entretient des liens trs troits avec les collectivits territoriales en leur apportant son expertise dans le domaine de lenvironnement littoral et ctier. son origine, le laboratoire servit dabord de base pour la rcolte de matriel et il devint rapidement le cadre de multiples dcouvertes dont celles des canyons et de leur richesse biologique, de la division cellulaire chez loursin ou encore du plus petit eucaryote connu ce jour, sans compter la dcouverte et la description, encore aujourdhui, de trs nombreuses espces biologiques. Il a toujours t frquent et dirig par des chercheurs internationalement reconnus et plusieurs prix Nobel y ont sjourn. Le laboratoire dont les recherches ont toujours t orientes vers ltude de la biodiversit a donn naissance deux rserves naturelles (fort de la Massane, rserve marine de CerbreBanyuls). Dans le domaine terrestre, les recherches actuelles sont des recherches accueillies.

UR Biens et Services des cosystmes Forestiers Tropicaux : intgrer les enjeux lis aux changements globaux (Cirad) 36 scientiques Directeur : Alain Billand, alain.billand@cirad.fr www.cirad.fr/ur/bsef
Prsentation page 49
Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

UR Green Gestion des Ressources Renouvelables Environnement (Cirad) 15 scientiques Directrice : Martine Antona, urgreen-perm@cirad.fr www.cirad.fr/ur/Green
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USDA-ARS-EBCL Laboratoire Europen de Lutte Biologique 9 scientiques Directeur : Kim Hoelmer, khoelmer@ars-ebcl.org www.ars-ebcl.org
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Flagells htrotrophes

Virus Phytoplancton de petite taille <20 m

Bactries

Cilis

Coppodes

Phytoplancton de grande taille

Bivalves, poissons...

Rseau trophique microbien


Schma simplifi du rseau trophique microbien et du rseau trophique herbivore. Les flches mettent en vidence la prdation et/ou la filtration des proies par les prdateurs.

Macro-organismes du rseau trophique herbivore

B. Mostajir & F. Vidussi quipe RESEAUX

Une unit de service (US) apporte son soutien aux UR grce la mise en commun de moyens logistiques et analytiques et coordonne galement les autres missions de lobservatoire. Dans le cadre de sa mission de diffusion des connaissances, le laboratoire dveloppe un vaste programme de mdiation scientifique dont lobjectif est de

Changements environnementaux et cosystmes marins ctiers


La dynamique des cosystmes marins ctiers est dpendante des activits anthropiques locales qui se surajoutent aux modifications globales des changements climatiques, pouvant entrainer laltration de la structure des

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Les recherches se dclinent en plusieurs domaines dexcellence que sont lcologie marine, la biogochimie, la microbiologie et la biologie dorganismes modles marins (oursin, Ostreococcus, Amphioxus, Loup...). Elles sappuient sur de solides partenariats nationaux, europens et internationaux et de fortes collaborations avec le monde industriel, notamment dans le domaine des biotechnologies marines et de la pharmacologie. Quatre UR sont intgres au sein de lobservatoire dont trois units CNRS/UPMC : LOMIC (Laboratoire dOcanographie Microbienne) ; LECOB (Laboratoire de dEcogochimie des Environnements Benthiques) ; BIOM (Laboratoire de Biologie Intgrative des Organismes Marins) ; COREUS (Laboratoire de Biocomplexit des cosystmes coralliens, unit IRD/UPMC).

faire dcouvrir diffrents publics, dont les scolaires, la biodiversit mditerranenne marine et terrestre au travers dun espace de mdiation scientifique appel Biodiversarium . Cette structure se dcline en deux sites de vulgarisation des connaissances : laquarium et le jardin mditerranen. Des espaces interactifs ouverts au public permettent de faire dcouvrir les espces mditerranennes terrestres et marines mais aussi les recherches menes au laboratoire et de faire dcouvrir aux plus jeunes le mtier de chercheur. Le laboratoire ARAGO a rcemment t reconnu par la communaut europenne comme lune des grandes infrastructures de recherche en biologie marine pour les 20 prochaines annes.

communauts despces ainsi que le dysfonctionnement gnral de lcosystme. Dans ce contexte, lUMR cologie des systmes marins ctiers (ECOSYM CNRS, IRD, UM2) focalise ses recherches sur ltude des effets des changements locaux et globaux lis lanthropisation sur les cosystmes marins ctiers, les communauts, les populations et les organismes qui les composent . Elle repose sur lanalyse de la diversit de ces systmes cologiques en considrant les principales catgories de micro- et macroorganismes prsentes diffrentes chelles dorganisation et de leurs rponses aux modifications des facteurs environnementaux. La dmarche scientifique dECOSYM est oriente par (i) la dfinition dun type dobjet (les cosystmes marins ctiers, les communauts et les populations qui les composent), (ii) la formalisation des questions relatives aux consquences des changements environnementaux sur les principales composantes biologiques (du niveau individuel celui de lcosystme), et (iii) llaboration ou le dveloppement doutils permettant de comprendre et d'anticiper les effets de ces changements.

Biodiversit fonctionnelle

M. Taquet FADIO/IRD-Ifremer

Ces approches sappuient sur le couplage entre les trois piliers mthodologiques qui supportent lacquisition des connaissances et lanalyse des systmes cologiques : lobservation, lexprimentation et la modlisation. Les approches conceptuelles et les supports mthodologiques doivent aussi sinscrire dans les dimensions spatiales et temporelles qui caractrisent les systmes marins ctiers. Au-del de la comprhension des actions des facteurs physicochimiques sur les caractristiques structurelles et fonctionnelles des cosystmes marins ctiers, il sagira dtudier particulirement les interactions homme-littoral-mer, benthos-pelagos, macroorganismesmicroorganismes qui sont au cur des quilibres/dsquilibres constats. Les trois priorits scientifiques dECOSYM sont : dcrire, comprendre et modliser les effets des changements environnementaux dorigine locale et globale sur les composantes biologiques (rseaux, communauts, populations, organismes) des milieux marins ctiers en termes de capacits adaptatives, de diversit et dinteractions ; estimer les consquences des modifications structurelles au sein des assemblages de microet macroorganismes sur les fonctions quils exercent dans leurs cosystmes ;

contribuer llaboration des bases conceptuelles et mthodologiques pour la gestion des ressources et des services cosystmiques fournis par les milieux marins ctiers. LUMR dispose dun potentiel de recherche et de formation dans le domaine de lcologie et de la biologie marine ctire, remarquable plusieurs titres : mixit des personnels (organismes dappartenance et missions) ; quilibre entre potentiels de recherche et de formation ; masses critiques atteintes par grandes catgories de compartiments biologiques. Diffrents supports techniques mutualiss permettent la mise en uvre des activits de recherche dECOSYM : deux services communs, six plateaux techniques et une plateforme de Microbiologie Exprimentale (MICROBEX) situs sur le campus de lUM2, et le site dexprimentation et dobservation MEDIMEER (Mediterranean Platform for Marine Ecosystem Experimental Research) localis la Station Mditerranenne de lEnvironnement Littoral (UM2) Ste qui constitue le second site mtropolitain dimplantation de lunit. La cration de la plateforme de microbiologie exprimentale permet la fois de regrouper une partie des soutiens techniques de lunit qui concernent la culture et la caractrisation des microorganismes, de conforter

nos capacits exprimentales in vitro en petit volume et de crer une interface entre ces moyens et des utilisateurs extrieurs. Deux implantations secondaires (Dakar, Hano) permettent de dvelopper des projets de recherche et de formation en partenariat sur les thmatiques de lunit dans les pays du Sud.

Changements globaux et cosystmes marins exploits


L'UMR cosystmes marins exploits (EME, Ifremer, IRD, UM2), a pour objectif dtudier limpact des changements globaux sur les cosystmes marins, leur gouvernance et leur exploitation et de dfinir des scnarios d'volution l'aide de modles et d'analyses empiriques. L'UMR EME est compose de trois quipes de recherche, et de trois ples transversaux : Lquipe de recherche Habitats et dynamique des ressources (organisation et stratgies adaptatives des ressources halieutiques) tudie la structuration des diffrents niveaux des cosystmes marins mso-chelle en relation avec le changement global. Elle sintresse la corrlation de la dynamique spatio-temporelle de la productivit, des interactions trophiques et des dynamiques des populations avec les dynamiques physiques.

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

BIOPS : BIOdiversit des milieux PlagiqueS marins de lOcan Indien


Si les cosystmes terrestres ont fait lobjet dattentions particulires dans la communaut scientifique, les cosystmes marins plagiques restent encore mconnus du fait de leur accs difficile, alors que la biodiversit marine est une richesse naturelle et culturelle pour de nombreux pays du Sud comme les les de lOcan Indien. Le programme BIOPS, financ par la Fondation pour la Recherche sur la Biodiversit, vise tudier la biodiversit marine plagique dans lOuest de lOcan Indien travers un large ventail de sources de donnes dans lobjectif de caractriser cette biodiversit plagique et den assurer son suivi. Le projet sattache tablir un inventaire de la biodiversit plagique partir de divers chantillonneurs qui sont, pour la premire fois, runis et utiliss dans cet objectif : (i) les bateaux de pche de grands poissons plagiques (observateurs embarqus sur les palangriers), (ii) les grands poissons prdateurs qui chantillonnent les niveaux trophiques intermdiaires par leur comportement alimentaire opportuniste, (iii) les dispositifs de concentration de poissons qui ont la capacit naturelle dagrger de nombreuses espces plagiques. Les analyses visent (i) dterminer les indices les plus pertinents pour caractriser la biodiversit plagique partir de cet ensemble vari de donnes, (ii) analyser leur volution temporelle et spatiale. Outre un tat des lieux de la biodiversit marine plagique dans louest de lOcan Indien, incluant analyses rtrospectives et nouvelles donnes acquises au cours du projet, BIOPS proposera galement son terme des mthodes de suivi (monitoring) de cette biodiversit incluant des systmes de collectes de donnes rgulires et originales par les pays du Nord et les pays du Sud, et des outils danalyses rapides et robustes pour dceler des changements de cette biodiversit et les causes de ces volutions (changements climatiques ou anthropiques). Contact : Frdric Mnard, Frederic.Menard@ird.fr

Banc multi spcifique de poissons sous un dispositif de concentration de poissons dans locan Indien.

Lquipe de recherche Rseaux trophiques et biodiversit tudie le fonctionnement des cosystmes en utilisant des traceurs (contenus stomacaux, isotopes stables, contaminants) et des modles coupls spatialiss permettant de mieux comprendre la rsilience et les changements de rgime. Lquipe de recherche Exploitation, filires et gouvernance sintresse la dynamique des marchs mondiaux et le comportement des acteurs (couplages bioconomiques grande chelle, stratgie des flottilles, gestion des rejets et prises accessoires), la gouvernance des pcheries et leur volution dans le cadre de l'approche cosystmique. Le ple Observatoire mditerranen et tropical est structur en deux quipes : LObservatoire mditerranen et tropical assure le suivi statistique et scientifique des pches tropicales thonires franaises de surface dans les ocans atlantique et indien et le suivi des pches ctires mditerranennes. Le projet coscope est un dispositif de capitalisation, de valorisation et de diffusion des savoirs acquis au sein de l'unit. Le ple Expertise des Pcheries tropicales et mditerranennes recouvre les activits ayant trait aux diagnostics et avis individuels ou collectifs sur les pcheries et sur les ressources dans le cadre de l'approche cosystmique des pches.

Le ple Enseignement-Formation encadre la formation universitaire et le rseau des coles doctorales : au niveau national, avec le module Approche cosystmique des ressources marines exploites dispens en master M2 et en doctorat au sein de la formation Bioressources aquatiques en environnement mditerranen et tropical de lcole doctorale Systmes intgrs en Biologie, Agronomie, Gosciences, Hydrosciences et Environnement ; au niveau europen, sur le thme de l'cologie marine quantitative avec l'appui du Consortium EUR-OCEANS (European Network of Excellence for Ocean Ecosystems Analysis) hberg au Centre de recherche halieutique mditerranenne et tropicale de Ste (France).

Lensemble de ces processus sont en interaction avec latmosphre et affectent le climat. Le dfi pos aux scientifiques est de dcrire et comprendre les contrles environnementaux des communauts microbiennes marines de manire prdire les consquences des changements globaux sur la biologie et la chimie des ocans. Les manifestations des changements globaux incluent non seulement les modifications de la temprature des ocans, de la circulation, de la disponibilit des sels nutritifs et du pH lies laugmentation des gaz effet de serre, mais aussi laltration de lenvironnement marin associe une pression anthropique croissante (destruction dhabitats, eutrophisation, pollution, etc.). Lintroduction des outils molculaires il y a 20 ans ltude des micro-organismes dans les ocans a permis de rvler une exceptionnelle diversit phylogntique et fonctionnelle qui reste encore largement inexplore. Alors que moins d1 % des bactries marines sont ce jour cultivables au laboratoire, le dveloppement de nouvelles approches culturales des micro-organismes reste un challenge constant pour les microbiologistes afin de dcrire les proprits cologiques et biotechnologiques despces encore inconnues.

Les microorganismes jouent un rle essentiel dans la structuration et le fonctionnement des cosystmes marins. Ils participent aux transformations chimiques qui, lchelle gologique, ont dtermin la composition de latmosphre et lquilibre des principaux sels nutritifs des ocans dont dpend le phytoplancton pour effectuer la production primaire.

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Microorganismes des cosystmes marins et changements globaux

O. Ru & F. Marret

Banc darguin, Nouakchott, Mauritanie.

Dans ce contexte, les objectifs du Laboratoire dOcanographie Microbienne (UMR LOMIC, CNRS, UPMC) de Banyuls-sur-Mer sont : d'identifier les principaux acteurs et quantifier les processus-cls qui dterminent les proprits biogochimiques de locan ; de comprendre le lien entre la diversit des communauts microbiennes, leurs fonctions/ activits mtaboliques, et les caractristiques de lenvironnement ; dtudier le lien entre la physiologie des micro-organismes et leur environnement ; de valoriser les micro-organismes marins en partenariat avec le monde industriel. Pour rpondre ces diffrentes questions, le LOMIC sest structur en quatre quipes : Rponses et fonctions des microorganismes en biogochimie marine Biodiversit et biotechnologie microbiennes quipe mixte Pierre Fabre/ CNRS/ UPMC Biologie systmique des rponses environnementales Les diffrentes comptences regroupes au sein du LOMIC (biogochimie, gntique, physiologie intgrative) sont mises en synergie afin de proposer des approches originales couplant les techniques des omiques (gnomique, mtagnomique, transcriptomique, protomique) aux mesures biogochimiques associes aux micro-organismes. Ces recherches sont conduites

dans diffrents environnements ocaniques (e.g. Mditerrane, Ocan Indien, Ocan Arctique) et sont couples un travail de laboratoire li ltude de la physiologie de modles de micro-organismes marins tels que la microalgue Ostreococcus tauri et lisolement et la description de nouvelles souches bactriennes ainsi qu la recherche de leurs potentialits en termes de bioremdiation et de production de biomolcules intrt pharmacologique et dermocosmtique. Le travail du LOMIC sappuie sur le service dobservation, la souchotque de bactries marines ainsi que les plateformes de cytomtrie et de biologie molculaire de lObservatoire Ocanologique de Banyuls-sur-Mer.

indirectement dans une centaine de pays, pour la plupart du Sud. La France, avec 55 000 km de rcifs coralliens, a la responsabilit d'un des plus grands ensembles rcifaux au monde. Acqurir les connaissances fondamentales sur la biodiversit pour promouvoir les concepts de gestion durable du dveloppement est essentiel la prservation de ces cosystmes. Ltat de sant des rcifs coralliens, leur biodiversit et leur devenir, dans le contexte dun changement global, interpellent la communaut scientifique. Ces questions dont la composante socitale est importante, se traduisent par des recherches visant tudier la biocomplexit de ces cosystmes. LUR Biocomplexit des cosystmes coralliens de lIndoPacifique (COREUS, IRD, UPMC) tente dy rpondre en tudiant la structure de lcosystme corallien et ses fonctions diffrentes chelles spatiales et organisationnelles. Il sagit par exemple danalyser les mcanismes drosion de la biodiversit et ses consquences long terme sur le fonctionnement et notamment les services de lcosystme. Cette dmarche permet de mieux comprendre la rsistance et la rsilience des systmes en sintressant notamment aux changements de phase. Lunit est souvent amene tablir un diagnostic de ltat de sant des rcifs, quantifier lefficacit des mesures de protection mises en place et dcliner les stratgies de conservation qui peuvent tre proposes pour maintenir la biodiversit, les services

Structures et fonctions des cosystmes coralliens


Les cosystmes coralliens reprsentent, avec les mangroves et les herbiers marins, les habitats majeurs du littoral des zones tropicales et intertropicales. Rservoirs de biodiversit, complexit des rseaux trophiques et des interactions biotiques, forte structuration spatiale et production leve, sont les caractristiques majeures de ces cosystmes. Complexes et fragiles, le rcif corallien et les cosystmes associs sont en danger ainsi que les quelques 500 millions de personnes, qui en dpendent directement ou

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

cosystmiques et la ressource halieutique en milieu corallien. Outre lobservatoire Ocanologique de Banyuls-sur-Mer, lunit compte quatre autres implantations gographiques, dans les ocans Pacifique et Indien ainsi que dans les Carabes. Son implantation principale est en Nouvelle-Caldonie. LUR regroupe un large ventail de comptences en biologie et en cologie, en taxonomie, en phylognie, en biogographie et phylogographie, en gntique des populations, en halieutique et gestion des ressources, ainsi quen tldtection marine et modlisation. La diversit des comptences permet de dvelopper une approche comparative, intgre et multidisciplinaire, et dapporter des rponses aux grands problmes biocomplexes auxquels lcosystme corallien ainsi que les autres grands cosystmes de la plante sont confronts aujourdhui. Outre les budgets rcurrents des tutelles, lunit bnficie de financements de lAgence Nationale de la Recherche de lEurope (Fonds europen de dveloppement), des territoires (programme ZONECO)

des appel projets du ministre de lOutre-Mer et du Fonds Pacifique, de lAgence Franaise de Dveloppement (Coral Reef Initiative for South Pacific) et enfin du ministre de lEnvironnement par le programme IFRECOR (Initiative Franaise pour les REcifs Coralliens). COREUS est membre du groupe de recherche international cosystmes coralliens et participe au groupe de recherche BioChiMar (biodiversit et chimiodiversit marines). Lunit inscrit ses activits scientifiques dans le cadre du Grand Observatoire de la biodiversit marine et terrestre du Pacifique Sud o elle anime laxe ddi au volet marin.

dans sa transformation. linterface eau-sdiment, la combinaison des ressources nergtiques et des contraintes environnementales exerce une pression trs forte sur les communauts benthiques et favorise la mise en place de consortiums complexes capables dexploiter lnergie disponible. Comprendre les mcanismes qui gouvernent ltablissement de la biodiversit en rponse la disponibilit de la ressource ainsi que leurs relations rciproques le long du continuum ctier-profond, est lobjectif central des recherches du Laboratoire dcogochimie des Environnements Benthiques (LECOB, CNRS, UPMC). La dmarche privilgie par le laboratoire se concentre sur lexistence dinteractions dintensits variables entre organismes entre eux et avec les composantes chimiques et physiques de leur environnement. Elle vise poser les bases, au travers de ltude de rseaux cogochimiques complexes, dune approche nouvelle des relations entre diversit des communauts, transfert dnergie et processus de transformation de la matire dans les environnements benthiques.

Biodiversit des environnements benthiques


Les environnements benthiques sont par nature des zones de transfert, de transformation et daccumulation de la matire. Cette matire sert de support des communauts trs diversifies, des microorganismes la macrofaune, en passant par la meiofaune dont la taille des individus ne dpasse pas le millimtre et qui jouent un rle majeur

F. Lebaron Observatoire Ocanologique de Banyuls-sur-Mer

En Nouvelle-Caldonie, le dfi est de savoir jusqu quel point les richesses littorales et ctires peuvent supporter sans dgradation irrversible la multiplication des activits humaines, notamment celles lies lexploitation du nickel qui constitue le moteur conomique de ce pays. valuer les perturbations qui en rsultent, directement ou indirectement, constitue un enjeu crucial. Pour y rpondre, lunit de recherche COREUS et ses partenaires, en collaboration avec les collectivits territoriales, ont dvelopp dans la province Nord le projet Cogestion des rcifs et lagons forte valeur patrimoniale en Nouvelle-Caldonie (COGERON). Ce projet accompagne le projet minier Koniambo de la rgion Voh-Kon-Poinbout. Il sagit notamment de donner aux parties les moyens pour

organiser la frquentation du lagon et la pche, et ainsi limiter les dgradations du milieu. De 2006 2008, des enqutes de pche et des suivis de lactivit de pche de crabes et de poissons rcifaux, ont montr limportance de la pche non-professionnelle dans cette zone. Si aujourdhui la pression de la pche y reste encore raisonnable, on peut prdire un risque de surexploitation des ressources avec laugmentation de la pression anthropique dans cette zone. Ce risque pourra tre mieux gr grce aux rsultats de ces tudes. Contact : Claude Payri, claude.payri@ird.fr

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cosystmes coralliens et gestion durable

Etude des impacts de l'activit minire sur les rcifs et lagons de Nouvelle-Caldonie.

Biodiversit fonctionnelle

Projet Identification et analyse des principes de fonctionnement du littoral Est-malgache : vers une gestion intgre
E.Rakotoarisoa Cirad

Les littoraux malgaches prsentent un intrt cologique et conomique majeur pour le dveloppement durable de Madagascar et de la rgion de l'Ocan Indien. Par exemple, les rcifs coralliens et les mangroves, sites de reproduction des crevettes et de la plus grande partie de la faune littorale, reprsentent un revenu potentiel annuel respectivement d'environ 100 200 millions d'euros. Ce revenu inclut les services environnementaux que ces habitats procurent. Maintenir la diversit, la sant, les complmentarits des cosystmes littoraux malgaches est donc essentiel. Or, aujourdhui, les cosystmes littoraux sont gravement menacs par des phnomnes naturels mais surtout par les activits humaines. Ces constats suscitent des questions sur l'urgence et la ncessit dinstaurer de modes de gestion adquats aux espaces littoraux : qu'en est-il de la possibilit de mettre en place une gestion intgre des littoraux malgaches et quels sont les modes de suivi-valuation pertinents instituer pour aboutir la protection des littoraux et surtout au dveloppement durable ? Pour rpondre ces questions, cette tude se fonde sur une approche de type systmique, qui favorise la prise en compte des diffrentes chelles o soprent des interactions significatives entre les composantes de la biodiversit, les modalits d'organisation sociale, les politiques publiques (internationales et nationales), les formes de gouvernance locale et les activits conomiques de mise en valeur. Ce travail permet une meilleure connaissance des caractristiques des cosystmes prsents Madagascar et de leurs modes de gestion. Financ par l'Institut Franais de la Biodiversit, le CNRS et lIRD, ce projet tudie la rgion Est de Madagascar, caractristique en matire de biodiversit des littoraux. Il implique des chercheurs du Nord et du Sud, issus de diverses disciplines (droit, conomie, biologie, sociologie, anthropologie, informatique). Contact: Philippe Karpe, karpe@cirad.fr
Pour plus dinformations : http://sites.google.com/site/gizcmadagascar

Usages contraires de la mer Madagascar : pche ctire et exploitation ptrolire.

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Le laboratoire dispose dun large ventail de comptences en biologie, cologie, biochimie, ainsi quen ocanographie physique, chimie et biogochimie marines. Ces comptences permettent de dvelopper des approches intgres multidisciplinaires sur des environnements modles tels que les deltas sdimentaires profonds des fleuves, les canyons sous-marins ou les cosystmes chimiosynthtiques profonds. En complment de lobservation long terme de la biodiversit et de la modlisation des interactions entre processus chimiques, physiques et dynamique

Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

des communauts benthiques et des populations, le LECOB sinvestit dans la mise en place dexprimentations in situ et en msocosme afin de paramtrer et de valider ces modles. Outre sa dotation propre de l'institut cologie et environnement du CNRS, lunit bnficie de financements de ses recherches par deux projets de lAgence Nationale de la Recherche, deux projets Ecosphre Continentale et Ctire , un projet de chaire de la Fondation Total, deux projets europens dont un rseau de formation par la recherche. Le LECOB participe au Rseau National

des Stations Marines et au groupe de recherche ECCHIS ddi aux cosystmes chimiosynthtiques. Il anime par ailleurs, au niveau international, un groupe de travail du Scientific Committee for Ocean Research et un groupement de recherche europen du CNRS DiWOOD (Diversity of organisms associated with marine wood falls).

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H. Farrugior Ifremer

Mosaque romaine du haut empire (27 avant JC 395 aprs JC), muse de Sousse, Tunisie.

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Socits et biodiversit

intrt des sciences humaines et sociales (SHS) pour la diversit du vivant est bien antrieur linvention du mot biodiversit . Mais avec les dbats occasionns par la prparation et lanalyse de la Convention sur la diversit biologique, la biodiversit est devenue l'un de leurs objets de recherche part entire. Cette convention reconnait explicitement que la diversit des cultures humaines fait partie intgrante de la biodiversit et larticle 8J souligne le rle central des populations locales et autochtones dans la gestion de la diversit naturelle. Cependant, lintrt des SHS pour la biodiversit ne se restreint pas cette composante humaine et socioculturelle, mais englobe lensemble des relations entre biodiversit, socits et dveloppement. Plus rcemment, limportance socitale de la biodiversit a t largement reconnue grce au processus du Millenium Ecosystem Assessment (2001-2005) et la clarification de la notion de services cosystmiques qui propose un cadre intgrateur pour analyser la valeur sociale des cosystmes et de la biodiversit. La caractrisation dune vingtaine de services dapprovisionnement, de rgulation, mais aussi sociosymboliques et culturels , permet de disposer dune typologie exhaustive des relations que les groupes sociaux entretiennent avec les cosystmes et la biodiversit. Trois niveaux danalyse offrent des approches complmentaires : ltude des usages des cosystmes et de la biodiversit, par les populations en interaction forte avec les milieux, mais aussi pour celles qui se pensent nondpendantes de ces services ; lidentification, sans priori, des valeurs, relles, supposes ou discursives, que ces usages et, parfois, des non-usages revtent pour des populations ; lanalyse des politiques et stratgies publiques et prives qui contribuent avec plus ou moins defficacit la conservation de la diversit naturelle. Il semble vident que ces questions ouvrent sur des approches pluridisciplinaires : elles trouvent dans chaque cadre conceptuel des significations spcifiques et des instruments danalyse dont la confrontation permettra de prciser la pertinence et les ramifications. Il faut galement souligner quelles offrent un champ prometteur tant pour le dploiement de travaux acadmiques que pour des projets plus finaliss, ainsi que dans les conomies industrielles et les pays en dveloppement. Dans les pays du Sud, la valorisation des espces, des cosystmes et des processus cologiques, apparat souvent comme une des conditions dun dveloppement conomique et social durable. Une partie des recherches dveloppes avec les partenaires du Sud porte sur les multiples et complexes formes

L'

dinteraction entre diversit biologique et pratiques sociales sur la nature. Revisiter les savoirs locaux lheure de la mondialisation, interroger la constitution de patrimoines naturels au Sud, comprendre les relations entre diversit gntique des plantes cultives et fonctionnement des rseaux sociaux, valuer les enjeux et la faisabilit du transfert au Sud dinstruments de valorisation des produits de la biodiversit (tels les indications gographiques, colabels), rapprocher connectivit cologique et connectivits socioterritoriales au sujet des aires protges, questionner lorigine politique des conflits autour de la biodiversit et aborder les questions de justice environnementale qui sy rattachent Autant de chantiers pour lesquels nos quipes ont apport des approches novatrices et des connaissances originales. Au fil des ans, la biodiversit est devenue un enjeu central des relations politiques internationales, les pays du Sud renvoyant souvent le Nord ses responsabilits dans la crise de la biodiversit et posant la question du partage des bnfices issus de la valorisation des richesses biologiques portes par leurs territoires ou demandant compensation pour les services rendus par la conservation. La mise au point daccords sur les systmes de proprit, de protection et de valorisation des lments de la biodiversit, constitue un enjeu majeur. Nous avons trs largement investi ces questions, avec des tudes reconnues sur les marchs des ressources gntiques, les problmes de bio-prospection ou les questions lies laccs et au partage des avantages, ou encore sur le rle prpondrant des organisations non gouvernementales dans la gouvernance de la biodiversit. Le dfi majeur qui se pose la recherche est de repenser lvolution et la gestion de la biodiversit dans le cadre des urgences socio-environnementales du XXIme sicle. La vulnrabilit des socits et des territoires du(des) Sud(s) est directement corrle aux relations complexes entre changement climatique, accaparement des ressources naturelles pour la scurit alimentaire ou nergtique, mouvements migratoires, aggravation de la pauvret des utilisateurs directs de la biodiversit, et la marginalisation croissante des populations minoritaires ou autochtones. Ainsi, au sein des diffrentes quipes et organismes qui portent cet ensemble de travaux sur la diversit des relations socits/biodiversit, on trouve Montpellier un large ventail de recherches, tant au niveau disciplinaire que thmatique, dont celles qui suivent ne sont que lesquisse dun panorama vari, riche, large et en devenir. Jean-Michel Salles (UMR LAMETA) & Bernard Moizo (UR Dynamiques socioenvironnementales et gouvernance des ressources)
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Socits et biodiversit

Les quipes principales


Bioversity International (CGIAR) Plus de 300 employs dans 20 pays Directeur gnral : Emile Frison, reprsent Montpellier par Stephan Weise, s.weise@cgiar.org www.bioversityinternational.org
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conomie de la biodiversit et des services lis aux cosystmes


Le Laboratoire Montpellirain dconomie Thorique et Applique (UMR LAMETA, CNRS, Inra, Montpellier SupAgro, UM1) conduit des travaux en sciences conomiques, organiss autour de cinq axes thmatiques : conomie et finance comportementales, choix publics et thique sociale, conomie de la concurrence et de la rglementation, politiques de dveloppement durable et gestion des ressources naturelles, conomie de la biodiversit et des services lis aux cosystmes. Pour chacun de ces axes, lobjectif est dassocier de faon constructive et productive les rflexions fondamentalesbnficiant de collaborations internationales et valorises par des publications acadmiques et la formation de doctorantset des tudes plus finalises, donnant lieu ainsi des partenariats avec des institutions franaises et europennes. Lconomie de la biodiversit et des services lis aux cosystmes renvoie principalement deux catgories de questions : Analyser les raisons pour lesquelles la biodiversit et le fonctionnement des cosystmes contribuent au bien-tre social. Ceci implique de mener une rflexion en amont sur les lments de mesure de la biodiversit et ensuite de mettre en vidence les liens existant entre

Tour du Valat 25 scientiques Directeur : Jean Jalbert, jalbert@tourduvalat.org www.tourduvalat.org


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biodiversit, services cosystmiques et leur utilit sociale afin didentifier les raisons conomiques pour mettre en uvre des politiques ambitieuses de conservation. Modliser et tester dans un cadre exprimental les instruments de ces politiques, sachant que la biodiversit et les cosystmes sont majoritairement lis des espaces privs et que les enjeux de la conservation sont souvent internationaux. Depuis la fin des annes 1990, des chercheurs du LAMETA sont impliqus dans plusieurs sujets : analyse des instruments incitatifs favorisant la conservation de la biodiversit sur des terres prives (taxes, droits transfrables) ou dans les pays en dveloppement (transferts Nord-Sud) ; analyse de contrats favorisant la conservation, notamment dans le cadre de mesures agrienvironnementales (y compris la question de leur allocation par des mcanismes denchre) ; rflexions sur les mesures de la biodiversit, en particulier celles qui intgrent les aspects conomiques ; valuation conomique des services rendus par les cosystmes, paysages, et stratgies paysannes de gestion des ressources gntiques. Le LAMETA est la seule unit de recherche franaise collectivement engage dans des programmes de recherche en conomie de la biodiversit. Il bnficie Montpellier dun rseau de collaborations interdisciplinaires.

UMR LAMETA Laboratoire Montpellirain dconomie Thorique et Applique (CNRS, Inra, Montpellier SupAgro, UM1) Une quarantaine de scientiques Directeur : Jean-Michel Salles, sallesjm@supagro.inra.fr www.lameta.univ-montp1.fr
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UMR TETIS Territoires, Environnement,Tldtection et Information Spatiale (AgroParisTech, Cemagref, Cirad) 58 scientiques dont 10 impliqus dans la thmatique Biodiversit Directeur : Jean-Philippe Tonneau jean-philippe.tonneau@cirad.fr http://tetis.teledetection.fr
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UR Dynamiques socio-environnementales et gouvernance des ressources (IRD) 30 scientiques dont 20 impliqus dans la thmatique Biodiversit Directrice : Genevive Michon, genevieve.michon@ird.fr www.mpl.ird.fr/ur199
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A. Beguey Inra

Quelle est la valeur sociale des insectes pollinisateurs ?


Dans le cadre du programme ALARM (Assessing LArge-scale environmental Risks for biodiversity with tested Methods), des chercheurs du LAMETA et du Laboratoire Pollinisation & cologie des Abeilles (Inra Avignon) ont valu le service de pollinisation rendu par les insectes, en particulier les abeilles (Apiformes), la production agricole mondiale. Ltude porte sur les 100 principales cultures pour lalimentation humaines dont 46 dpendent des insectes (ce nest pas le cas des crales et des tubercules). En appliquant un ratio de dpendance, la valeur de la production menace a t estime 153 milliards deuros, soit environ 10 % de la valeur de la production agricole mondiale en 2005. Les catgories de cultures les plus affectes sont les stimulants (caf, cacao), les fruits et les lgumes. Cette question avait t suscite par le large dbat relatif au dclin des pollinisateurs et la question est donc de savoir quelles en seraient les consquences conomiques. Une premire analyse, partir de la sensibilit des consommateurs aux variations de prix qui rsulterait dune disparition des insectes pollinisateurs, a abouti estimer les pertes de bien-tre social entre 2 et 300 milliards deuros Ses membres ont t sollicits pour des expertises collectives, comme celle de lInra sur les relations agriculture-biodiversit ou le rapport du Centre dAnalyse Stratgiques sur lapproche conomique de la biodiversit et des services lis aux cosystmes. Les projets en cours portent sur : lanalyse des objectifs assigns aux politiques de conservation y compris sur les mmes bases. Ces chiffres, pour importants quils paraissent, ne reprsentent cependant quenviron 0,5 % du produit brut mondial cette anne-l, bien quils correspondent une hypothse de disparition totale instantane. Des scnarios ont permis de simuler lvolution de la vulnrabilit des agricultures europennes, montrant que les agricultures mditerranennes seraient priori plus sensibles que celles dEurope du Nord. Dans un cadre danalyse plus large, il apparat que les consquences du dclin seraient en partie compenses par des substitutions qui limiteraient les pertes de bien-tre, mais la robustesse de ces rsultats demande videmment tre prcise. Contacts : Nicola Gallai, gallai@supagro.inra.fr Jean-Michel Salles, sallesjm@supagro.inra.fr & Bernard Vaissire, bernard.vaissiere@avignon.inra.fr
Pour plus dinformations : www.alarmproject.net

Abeille sur une fleur de cosmos.

une rflexion sur les indicateurs et les valuations de la biodiversit ; la modlisation de mcanismes incitatifsnotamment internationauxpour les politiques de conservation ; la gestion et le partage des risques lis la biodiversit et aux services cosystmiques ; lanalyse des politiques de lutte contre les espces envahissantes, de faon intgrer les effets ambivalents

de lintroduction de certaines espces ; lconomie des politiques du paysage ; lvaluation des aires marines protges et la gestion spatiale des ressources halieutiques.

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Socits et biodiversit

Autres quipes concernes par ce thme


UMR AMAP botAnique et bioinforMatique de lArchitecture des Plantes (Cirad, CNRS, Inra, IRD, UM2) 44 scientiques Directeur : Daniel Barthlmy, daniel.barthelemy@cirad.fr http://amap.cirad.fr/
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Relations NatureSocits et gouvernance de la biodiversit


LUR Dynamiques socioenvironnementales et gouvernance des ressources (IRD) rsulte de la fusion de quatre UR dans le but de renforcer, les complmentarits entre les sciences humaines et sociales (SHS), lagronomie et lcologie, autour des nouvelles questions denvironnement et de gouvernance des ressources naturelles. La problmatique centrale de lUR est de questionner comment les socits du Sud se rorganisent pour faire face aux crises et aux conflits gnrs par les problmes environnementaux et par la tension croissante concernant laccs aux ressources et leurs usages selon diffrents aspects (reprsentations, savoirs et pratiques, systmes dutilisation et de gestion des ressources, rseaux sociaux, modes de gouvernance) et diffrentes chelles, du local linternational, en apportant une attention particulire aux articulations multiscalaires. Cinq quipes pluridisciplinaires travaillent sur les questions de biodiversit : Gestion sociale de la nature , Dynamiques agraires et

UMR CEFE Centre dcologie Fonctionnelle et volutive (Cirad, CNRS, EPHE, IRD, Montpellier SupAgro, UM1, UM2, UM3) 125 scientiques Directeur : Philippe Jarne, philippe.jarne@cefe.cnrs.fr www.cefe.cnrs.fr
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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

UMR EME cosystmes Marins Exploits (Ifremer, IRD, UM2) 56 scientiques Directeur : Philippe Cury, philippe.cury@ird.fr www.crh-sete.org
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environnementales , Politiques de lenvironnement , Gestion sociale de leau et Rgulations foncires . Leurs travaux concernent : les forts construites, dtruites, reconstruites par les hommes : des savoirs locaux aux politiques ; les aires protges : ngociations, dispositifs et pratiques autour de la conservation de la nature ; les ressources gntiques : construction de la diversit des plantes cultives, march des ressources gntiques ; les socits locales et biodiversit : reprsentations et savoirs locaux sur la nature dans la mondialisation et les changements globaux ; la gouvernance internationale et les marchs de la biodiversit ; la biodiversit et les changements globaux avec les apicultures du monde comme observatoires du changement. Les quipes sinscrivent dans deux champs de recherche : Les relations natures/socits : parmi les multiples formes dinteraction entre diversit biologique et pratiques humaines, les recherches sintressent aux relations entre savoirs locaux et construction de la biodiversit (diversit gntique, diversit des produits, diversit des espaces et des cosystmes).

UMR ESPACE-DEV Espace pour le dveloppement (IRD, UM2, Universit Antilles-Guyane, Universit de la Runion) 60 scientiques Directeur : Frdric Huynh, huynh@ird.fr www.espace.ird.fr
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Elles sadressent la question de la gestion de la biodiversit travers la conservation et la valorisation. La gouvernance de la biodiversit (aux niveaux local et international), depuis ltude de la mise en place des systmes et des mcanismes de valorisation et de protection jusqu la recherche sur les nouvelles modalits de rgulation sociale et de concertation entre les diffrentes catgories dacteurs. Cela comprend, outre lvaluation conomique elle-mme, tout ce qui concerne la cration de marchs et de droits autour des lments de la biodiversit (gnes, plantes, savoirs locaux), ainsi que les recherches daccompagnement sur les ngociations. Lunit est reconnue pour sa maitrise des questions scientifiques linterface interdisciplinaire SHSsciences biologiques et cologiques dune part, et, dautre part, au niveau international

(recherche, expertise) sur les questions de gouvernance de leau, du foncier, des forts et de la biodiversit, du local linternational. Elle encadre de nombreux tudiants forms ces questions pluridisciplinaires. LUR travaille sur des terrains varis dans de nombreux pays du Sud, et bnficie dun rseau important de partenaires en France (Cirad, UMR MOISA, CEFE) et ltranger (International Institute for Environment and Development, universit de Marrakech, Autorit fdrale de la protection de l'environnement en thiopie, Institut Sngalais de Recherches Agricoles, universits de Fianarantsoa et dAntananarivo, Madagascar, Institut Suprieur dAgriculture au Brsil, Centre de Recherche et dtudes Suprieures en Anthropologie Sociale au Mexique, Center for International Forestry Research).

cosystmes forestiers tropicaux et socits


LUR Biens et Services des cosystmes Forestiers Tropicaux (Cirad) a pour centre dintrt les cosystmes forestiers tropicaux et les socits qui interagissent avec ces cosystmes. Elle tudie le fonctionnement et les changements de ces systmes en interaction, avec pour objectif gnral lvaluation et/ou la mise en uvre des politiques, rgles et pratiques qui (i) facilitent leur adaptation aux contraintes et opportunits rsultant des changements globaux et (ii) renforcent la durabilit des services quils fournissent aux socits, aux chelles locales et globales. La biodiversit, la fois spcifique et fonctionnelle, fait lobjet dune attention particulire dans cette UR, par le rle quelle joue dans ladaptation des systmes considrs face aux changements globaux, et par la ncessit de la prserver en tant que pourvoyeuse de services.

Conservation et protection de la biodiversit : aspects lgislatifs et rglementaires


De la difficult d'chantillonner. Croatie, 2006.

D Coutinot EBCL-USDA-ARS

Au titre du maintien de la diversit biologique et/ou de la protection des vgtaux, le prlvement, la dtention, la circulation, limportation et lexportation dorganismes morts ou vifs sont gnralement soumis conditions.

Le principal objectif de la Convention sur la diversit biologique est la conservation de la diversit biologique. Chaque pays signataire de la Convention empche dintroduire, contrle ou radique les espces exotiques qui menacent des cosystmes, des habitats ou des espces (art.8h.). LUE a arrt une politique de conservation de la faune et de la flore sauvages (Directives 79/409/CE et 92/43/CEE). Ces directives, lorigine du rseau Natura 2000 en France, ont pour objectif principal la prservation de la biodiversit. Les listes des espces protges sur le territoire franais sont publies. titre scientifique, une drogation peut tre accorde sous conditions pour ltude de lune de ces espces. Le service instructeur de ces demandes est la Direction Rgionale de lEnvironnement de lAmnagement et du Logement (DREAL). La Convention internationale pour la protection des vgtaux a pour principal objet la prvention de lintroduction et de la dissmination dorganismes nuisibles. LUE a arrt la directive 2000/29/CE o figurent en annexes la liste des organismes nuisibles prohibs et les exigences pour les vgtaux. titre scientifique et sous conditions, ces organismes et vgtaux peuvent tre tudis dans des dispositifs de confinement si lactivit du ptitionnaire bnficie dun agrment et dune Lettre officielle dautorisation pour le matriel vivant tudi (Directive 2008/61/CE). En France, le Service Rgional de lAlimentation instruit ces demandes. Contact : Dominique Coutinot, dcoutinot@ars-ebcl.org
Pour plus dinformations : - Convention sur le Commerce International des Espces de Faune et de Flore sauvages menaces dextinction : www.cites.org - Convention sur la Diversit Biologique : www.biodiv.org - Convention Internationale pour la Protection des Vgtaux : www.fao.org - Droit communautaire : http://europa.eu.int - Droit franais : www.legifrance.gouv.fr

La Convention sur le commerce international des espces de faune et de flore sauvages menaces dextinction rglemente le commerce international des spcimens de flore et faune sauvages. Les espces soumises rglementation sont inscrites aux annexes de la Convention. Lorgane gestionnaire de chaque pays signataire est charg de dlivrer des permis et certificats si certaines conditions sont remplies. LUnion europenne (UE) a arrt plusieurs rglements relatifs la protection de ces espces (338/97/CE modifi et 709/2010/UE).

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Le prlvement despces animales ou vgtales peut ncessiter une autorisation pralable du propritaire du fonds tudi et du pays dorigine. La dtention, la circulation, limportation et lexportation dorganismes peuvent tre soumises lobligation dun titre de transport rgulier accompagnant les organismes prlevs. Un ensemble de dispositions internationales, communautaires ou franaises fixent les conditions qui permettent ltude de ces organismes.

Socits et biodiversit

Slection de rejets dessences locales trs apprcies pour la fourniture de charbon de bois dans les espaces cultivs aprs exploitation forestire et culture sur brlis (Rpublique Dmocratique du Congo).

Autres quipes concernes par ce thme


UMR ISEM Institut des Sciences de lvolution de Montpellier (CNRS, IRD, UM2) 117 scientiques Directeur : Jean-Christophe Auffray, jean-christophe.auffray@univ-montp2.fr www.isem.cnrs.fr
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LUR regroupe des chercheurs relevant de plusieurs disciplines (cologie, gographie, sciences politiques) au sein de trois domaines de recherche : Rsilience des cosystmes forestiers tropicaux face lexploitation et aux changements globaux. Ce domaine sintresse aux facteurs explicatifs de la structure et de la diversit des forts tropicales, et aux impacts actuels et futurs de lexploitation des ressources dans un contexte de changement global, notamment climatique. Les recherches portent en particulier sur les relations entre diversit, rsilience et productivit, et les efforts sur lintgration des connaissances dans des outils daide la dcision permettant de mieux grer les biens et services produits par les cosystmes forestiers. Relations entre rsilience des cosystmes et vulnrabilit des socits qui en dpendent. Les recherches portent sur les liens entre lexploitation des forts usage domestique ou commerant (qui permet damliorer les conditions de vie des populations) et la dynamique des cosystmes exploits, en termes de biomasse et de biodiversit. Elles sintressent aux stratgies mises en place par ces socits face aux changements dans leur environnement cologique et humain, ainsi quaux rponses des cosystmes ces stratgies.

UPR Acridologie cologie et matrise des populations dacridiens (Cirad) 11 scientiques Directeur : Michel Lecoq, lecoq@cirad.fr www.cirad.fr/ur/acridologie
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UPR AGIRs Animal et Gestion Intgre des Risques (Cirad) 22 scientiques dont 10 cologues Directeur : Franois Roger, franois.roger@cirad.fr www.cirad.fr/ur/agirs
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Politiques et instruments de laction publique concernant les forts tropicales. Ce domaine analyse la manire dont sont construites et mises en uvre les politiques qui affectent les forts tropicales, et les mthodes dvaluation de leur efficacit. Les relations entre les caractristiques globales des cosystmes forestiers (structure, biomasse, diversit floristique) dune part, les biens et services fournis et les paiements pour services environnementaux dautre part, y sont galement tudies, en interaction avec les deux autres domaines. Parmi les thmes abords, le mcanisme Rduction des missions issues de la dforestation et de la dgradation et sa mise en uvre travers des paiements pour services environnementaux, occupent une place importante. LUR intervient sur les trois continents et diffrentes chelles, depuis lchelle rgionale des grands bassins forestiers jusqu celle du village ou de la parcelle. Elle a tiss de nombreux partenariats, au nord comme au sud : partenariats scientifiques avec des universits et des organismes de recherche nationaux et internationaux, partenariats institutionnels avec des ministres chargs de la gestion forestire et/ ou de lenvironnement, partenariats privs avec des bureaux dtude spcialiss en amnagement forestier, partenariats avec des ONG.

UR COREUS Biocomplexit des cosystmes coralliens de lIndo-Pacique (IRD, UPMC) 21 scientiques Directeur : Claude Payri, claude.payri@ird.fr www.coreus.ird.fr
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UR Green Gestion des Ressources Renouvelables Environnement (Cirad) 15 scientiques Directrice : Martine Antona, martine.antona@cirad.fr www.cirad.fr/ur/Green
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Concilier restauration de la diversit forestire et gestion durable de la ressource bois nergie en Afrique centrale : le projet Makala en Rpublique Dmocratique du Congo
Contrairement de nombreuses ides reues, la dgradation des forts dAfrique centrale et la dforestation sont essentiellement lies la pratique non matrise de la culture sur brlis, au dveloppement de lagro-industrie et lexploitation non durable du bois nergie, qui reprsente 90 % de lnergie domestique des populations rurales et urbaines et 80 % du total de lexploitation des ressources ligneuses. Le projet Makala, coordonn par le Cirad sur un financement europen, a pour ambition dinciter les agriculteurs conserver une partie de la biodiversit forestire par la slection et la protection des arbres utiles au moment du dfrichement agricole. Ils peuvent galement tre amens replanter de jeunes arbres, lorsquils sont devenus trop rares, sous forme de jachre enrichie, de jardins agroforestiers ou de bosquets villageois multi-usages. Les essences forestires sont prioritairement des essences locales usages multiples dont la rarfaction est accentue par leur surexploitation. La reforestation des savanes herbaces des plateaux Batk, tout comme la conservation ou la rintroduction de larbre dans les espaces forestiers dgrads sur les lisires forestires autour de Kisangani, a un effet catalytique significatif sur la remonte de la diversit biologique. Ce phnomne provoque un enrichissement du milieu en espces animales et vgtales traditionnellement valorises par les populations locales et sources de richesse. Au-del des effets directs sur les zones dintervention du projet, le projet Makala constitue un des maillons dun ensemble de projets de recherche coordonns par le Cirad et visant analyser et comprendre les volutions des cosystmes forestiers du Bassin du Congo, et en particulier de la dynamique de la diversit des essences ligneuses. Cest par exemple le cas du projet rgional CoForChange (Changement globaux de la biodiversit des forts du bassin du Congo). Contact : Jean-Nol Marien, marien@cirad.fr

Le Programme Eco-valle de la Nam Khan


La dmarche du programme Eco-valle de la Nam Khan (Laos) repose sur la volont de combiner une gestion concerte des ressources en eau, des usages des milieux aquatiques et terrestres de lensemble du bassin versant. Elle implique une complmentarit forte entre les enjeux environnementaux et le contexte socioconomique local. Ses objectifs incluent la rduction de la pauvret et lamlioration des conditions de vie des populations ; la mise en place de pratiques dexploitation prennes (agrocologiques) rpondant aux besoins des populations ; lamlioration de la gouvernance et des comptences des acteurs locaux. Ses objectifs spcifiques sont multiples : prservation des ressources en eau et des cosystmes associs, amlioration des connaissances des milieux et habitats composant le bassin versant, dfinition de plans de gestion localiss lchelle des villages et des zones de protection ; dveloppement : propositions de modes de gestion alternatifs sur des sites pilotes intgrant innovation et savoir-faire locaux, amlioration des infrastructures rurales de premire ncessit, promotion de produits locaux et laboration de label de qualit ; proposition de produits co-touristiques ; formation (responsables locaux) et sensibilisation (communauts locales). Depuis cinq ans, de nombreux inventaires et valuations ont t raliss : identification des ressources aquatiques et piscicoles de la Nam Khan et des conditions de vie des villages de pcheurs et usagers du bassin versant ; valuation des caractristiques physico-chimiques des eaux de surface ; zonage et typologie des cosystmes et des milieux sensibles du bassin versant pour comprendre les interactions milieux et habitants et intgrer les rsultats dans la gestion future cartographie complte du bassin versant ; tude visant la caractrisation hydrologique de la Nam Khan et
B. Moizo IRD

J.N. Marien Cirad

Contact : Bernard Moizo, bernard.moizo@ird.fr


Dchargement des pirogues lors du passage des rapides. La croissance urbaine et louverture de routes avec les pays voisins (Chine, Vietnam, Thalande), ont accru les demandes en ressources naturelles, ici de lacajou (Toona cinensis), dont les prlvements sont de moins en moins contrls.
Lieu : rapides de Kenluang sur la NamKhan (district de Xieng Ngeun, province de Luang Phrabang, Rpublique Dmocratique Populaire du Laos.

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

la connaissance physico-gographique du bassin ; valuation de la biodiversit partir dune srie dinventaires faunistiques et floristiques ; laboration dune typologie des habitats et cartographie complte des structures paysagres grce au traitement dune srie chronologique de donnes de tldtection ; tude de dtermination de lassemblage floristique de la ripisylve de la Nam Khan pour des actions pilotes de stabilisation des berges ; potentiel co-touristique de la valle pour dvelopper les activits durables et gnratrices de revenus.

Socits et biodiversit

Clbrer la diversit du cacao


La qualit du chocolat dpend en grande partie du produit de base, le cacao. La faon dont les producteurs rcoltent les fves joue galement un rle essentiel dans la formation de larme et du got ; cest ce que dailleurs les experts vantent lors de leur valuation. Pourtant, les mrites vont habituellement aux fabricants de chocolat. Le projet Cocoa of Excellence men par Bioversity International est unique car il reconnat le savoir-faire au niveau agricole et clbre la diversit du cacao. Cela commence dans les pays producteurs de cacao en envoyant des chantillons de fves dshydrates reprsentatives de la diversit varitale et environnementale de leur rgion. Les fves sont transformes par les spcialistes du Cirad en liqueurs de cacao et sont alors values. Les 50 chantillons les plus prometteurs sont transforms en chocolat et sont prsents aux International Cocoa Awards pendant le Salon du Chocolat Paris. Le jury slectionne ceux ayant les meilleures chances dintgrer le march croissant du cacao d'origine. Le cacao le plus acclam est celui issu des varits Criollo. Celles-ci sont dsormais rares, ayant t en grande partie remplaces par les varits Forastero qui ont dfini le gout du chocolat connu par la plupart des consommateurs. Les varits Trinitario, hybrides des varits Criollo et Forastero, ont un got plus distinctif et complexe qui voque l'hritage de saveurs des deux parents. Toutefois, les varits ne font pas tout. Le sol, dans lequel les cacaoyers sont cultivs, appose aussi son cachet sur le cacao. La seule faon dvaluer la qualit d'une rcolte tant de la transformer, tous les producteurs qui ont particip au projet recevront l'valuation de leur chantillon pour les aider les mettre sur le chemin dune vie meilleure en produisant du cacao de qualit. Contact : Stephan Weise, s.weise@cgiar.org Le point dentre de Bioversity est la conservation dans le domaine public des ressources gntiques de ces cultures. Ce travail est men principalement par trois rseaux connus sous le nom de MusaNet, CacaoNet et COGENT. Les priorits de chaque rseau en matire de conservation sont dfinies par une stratgie globale dveloppe en collaboration avec les partenaires du secteur. Pour chaque culture, il existe une collection internationale qui assure la libre circulation de matriel gntique sain, cest dire exempt de maladies. En ce qui concerne la banane, la collection internationale est constitue de plantules in vitro maintenues par Bioversity au Centre de Transit International en Belgique. Pour la noix de coco, la banque de gnes internationale tablit par COGENT est constitue darbres maintenus en champ dans cinq collections, chacune tant gre par linstitution nationale du pays hte, le Brsil, la Cte d'Ivoire, lInde, lIndonsie et la PapouasieNouvelle-Guine. Pour le cacao, deux collections internationales gres respectivement par le Centro Agronmico Tropical de Investigacin y Enseanza au Costa Rica, et le Cocoa Research Unit de la West Indies University Trinidad, ont plac leur matriel dans le domaine public. Pour apprhender et documenter les caractres agronomiques utiles de ces ressources gntiques, Bioversity collabore avec des instituts de recherche spcialiss. cette fin, des protocoles d'valuation et de caractrisation, ainsi que des outils de la gntique et de la gnomique comparative et fonctionnelle ont t dvelopps, pour la plupart en partenariat. Bioversity met aussi en place des systmes d'information assurant laccs lensemble des donnes ainsi gnres. Ce travail vient en support aux slectionneurs afin de les aider utiliser le plus large ventail possible de ressources gntiques pour la production de nouvelles varits. Bioversity sensibilise aussi les spcialistes du dveloppement la valorisation de la diversit varitaleen facilitant sa transformation et sa commercialisationet au rle que celle-ci peut jouer dans lamlioration de la gestion des systmes de production. En ce qui concerne la banane, des scientifiques de Bioversity sont aussi bass dans des pays producteurs o ils mnent des recherches sur lutilisation de la biodiversit pour augmenter la production et la rsilience des systmes agricoles. Leurs recherches stendent des domaines varis tels que la sant des sols et des systmes racinaires ou encore les menaces poses par les pidmies et les rponses y apporter.

La slection et la prparation des fves de cacao jouent un rle important dans lexpression des saveurs et armes qui caractrisent le chocolat de qualit.

La diversit cache des cultures de rente


Ds lors quune plante est cultive pour sa valeur conomique, la loi du march tend minimiser les variations dans le got, la forme, les performances agronomiques ou les qualits post-rcolte du produit recherch. Le commerce international de la banane, par exemple, repose sur un trs petit nombre de varits qui produisent des fruits similaires, quelque soit leur lieu de culture. Le coprah (pulpe sche de noix de coco) et les fves sches de cacao sont galement majoritairement vendus comme produits non diffrencis qui rpondent des normes de qualit tablies par lindustrie. Il nen demeure pas moins quau fil du temps, des centaines, voire des milliers de varits ont t slectionnes par les agriculteurs cherchant satisfaire diffrents besoins, divers types dutilisations ou bien des gots varis. Assurer la conservation de cette diversit menace et favoriser son utilisation dans le but damliorer les moyens de subsistance des agriculteurs, sont les principaux objectifs du programme Commodities for Livelihoods bas Montpellier. Ce programme, dont le mandat stend toute la filire, fait partie de Bioversity International, une des 15 organisations internationales membres du Groupe Consultatif pour la Recherche Agricole Internationale (CGIAR).

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Dveloppement et utilisation des zones humides mditerranennes


Cre il y a plus de 50 ans, la Tour du Valat est une organisation indpendante, sans but lucratif, gre par une fondation reconnue dutilit publique et base en Camargue. Elle a dvelopp une activit de recherche pour la conservation des zones humides mditerranennes avec un souci constant : Mieux comprendre pour mieux grer . La Tour du Valat gnre de la connaissance, produit des outils et des informations pour aider les dcideurs et les gestionnaires des zones humides prendre les mesures les plus appropries pour un dveloppement durable et une utilisation rationnelle des zones humides, rpondant ainsi sa mission : Arrter la perte et

la dgradation des zones humides mditerranennes et de leurs ressources naturelles, les restaurer et promouvoir leur utilisation rationnelle . Face lampleur des dfis et lurgence des rponses concrtes apporter, le programme se focalise sur les grands enjeux et les cibles prioritaires, celles qui influencent les politiques, touchent le plus grand nombre dacteurs de gestion ou exercent un lobbying auprs du grand public ou des divers groupes socioprofessionnels. La notion de transfert est au cur mme de la mission de la Tour du Valat. La conservation des zones humides ne peut se faire sans un renforcement des capacits des divers acteurs intervenant dans la gestion de ces milieux : dcideurs, gestionnaires techniques, usagers. Cest pourquoi une expertise a t dveloppe dans divers domaines tels que la formation, ldition de documents de vulgarisation, la sensibilisation et plus largement la communication.

La Tour du Valat planifie ses activits sur une base quinquennale. Le programme actuel est organis selon trois thmes principaux correspondant trois approches complmentaires : Changements globaux et dynamiques des espces Gestion intgre et dynamiques des cosystmes Observatoires, biodiversit et politiques publiques Chaque composante du programme inclut des projets qui sont dvelopps en intgrant plusieurs disciplines. Ceux-ci sont mis en uvre diffrentes chelles spatiales : la rgion mditerranenne, la Camargue et le domaine de la Tour du Valat. Sur le domaine de la Tour du Valat, qui englobe la majeure partie des habitats naturels caractristiques de la Camargue et notamment des milieux rares et menacs, la mise en uvre de programmes de recherche est favorise en leur offrant un terrain. Par ailleurs 1 844 des 2 600 hectares du domaine bnficient dun classement en Rserve Naturelle Rgionale.

Les aires protges de Madagascar vues du ciel


Lle continent de Madagascar figure parmi les 10 hotspots de la diversit biologique mondiale avec des cosystmes (faune et flore) reconnus comme tant parmi les plus riches au monde. Actuellement, les forts naturelles humides de montagne se transforment sous les impacts de la pression dmographique et du climat : les paysages forestiers sont peu peu remplacs par des cultures (riziculture pluviale ou inonde, culture de rente, feux de pturage), et subissent de plus en plus linfluence des cyclones.
L. Dadu IRD

collaboration avec trois socits (EGEO*, GEO-HYD**, GEOMATYS***) sur lapport des donnes de tldtection spatiale diverses rsolutions pour suivre les sites patrimoniaux forestiers UNESCO. Il sagit de proposer des mthodes et des outils de cartographie et de suivi aux gestionnaires des sites. Lobjectif final est daider mettre en place une politique forestire fonde sur le transfert de la gestion locale des forts naturelles aux communauts rurales (conservation de la biodiversit et dveloppement intgr). Le projet en cours concerne la fort tropicale humide daltitude travers les parcs nationaux de Ranomafana et dAndringitra et la rserve spciale du Pic dIvohibe, ainsi que les corridors forestiers qui les relient. La srie dimages utilises est celle produite par le satellite SPOT (rsolution spatiale : 20 m, 10 m et 2,5 m) et elle couvre trois quatre priodes selon les secteurs entre 1986 et 2009. Lutilisation des images satellites, en association avec des expertises menes sur le terrain, reste le moyen le plus adquat pour quantifier spatialement les impacts des politiques de dveloppement et de conservation sur des sites caractriss par leur grande superficie et leur difficult daccs. Pour tre vraiment optimal, il faut maintenant trouver comment mieux subvenir aux cots des images, des logiciels de traitement et de la formation des personnels. Contacts : Dominique Herv, dominique.herve@ird.fr ric Delatre, eric.delaitre@ird.fr Samuel Razanaka, razanakasamy@yahoo.fr & Avisoa Andrianarivo, anarivoandriana@gmail.com
* Bureau Conseil Environnement et Gomatique ** Gestion Intgre des Ressources Naturelles, Systmes dInformation & Aide la Dcision *** Gomatique & Dveloppements Durables

la demande de lOrganisation des Nations Unies pour lducation, la science et la culture (UNESCO) et par lintermdiaire du Centre National dtudes Spatiales, des quipes de recherche de lIRD travaillent aujourdhui en

Carte des changements obtenus pour la fort entre 1986 et 2008 partir des images SPOT (Parc National dAndringitra et Rserve Spciale du Pic dIvohibe).

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Socits et biodiversit

La Tour du Valat comprend une soixantaine de salaris rpartis en trois quipes : L'quipe scientifique : une trentaine de chercheurs, chefs de projets, ingnieurs, techniciens. Lornithologie joue un rle central mais on compte galement des spcialistes de lhydrologie, de la tldtection et de la gomatique, de la biologie des communauts et des populations de plantes, des poissons et des crustacs, des statistiques et de la gestion des donnes ainsi que de la gestion intgre et du transfert. La gestion du domaine : une dizaine dingnieurs, techniciens des systmes naturels, agents de maintenance et gardians. Les services gnraux : une vingtaine demplois, caractre administratif et de maintenance, assurent toutes les activits indispensables au bon fonctionnement de la structure.

et dynamiques, la gestion et mutualisation des informations spatialises via des systmes dinformation. LUMR TETIS compte environ 110 personnes, parmi lesquelles une dizaine de chercheurs travaillent sur la thmatique biodiversit . Linformation spatiale joue en effet un rle-cl dans la connaissance, le maintien ou la restauration des espaces naturels ainsi que dans les stratgies de mise en uvre des obligations internationales lies la conservation de la biodiversit (Convention pour la Diversit Biologique, Directive Habitats). Ces dmarches supposent un effort de connaissance dans le domaine de la faune, de la flore et des habitats naturels, et une rflexion sur les moyens dassurer leur conservation. Les travaux scientifiques mens par lUMR TETIS sur cette thmatique ont pour objectifs : le dveloppement de mthodes dinventaire et de suivi des espaces naturels partir de donnes de tldtection et des mthodes de la gomatique : choix des donnes, extraction dinformation, cartographie dhabitats, dfinition dindicateurs, conception de systmes dobservation ; lanalyse de la structure spatiale des espaces naturels : cartographie et analyse des continuits cologiques, de la fragmentation des espaces naturels ; la modlisation spatialise pressions/impacts entre indicateurs de pression anthropique et indicateurs dtat des milieux ; lanalyse des mesures et procdures de protection agrienvironnementales et de leurs applications et la cration doutils de concertation et daide la dcision environnementale.

Certains des projets consistent en recherches amont : mthodes de cartographie par tldtection des herbiers de Camargue (Directive Habitats), des baoababs de Madagascar (tude de la diversit du genre Adansonia) ou du Banc dArguin en Mauritanie (patrimoine mondial de lUnesco) ou analyse, dans le contexte de la Directive Cadre sur lEau, du rle des ripisylves sur ltat cologique des milieux aquatiques. Dautres projets sont mens en appui mthodologique aux politiques publiques, notamment dans le contexte du Grenelle, auprs du ministre de lEnvironnement : la coordination du document cadre national pour la prservation et la remise en bon tat des continuits cologiques (appui au Comit Oprationnel Trame verte et bleue ), la coordination de lappui technique au systme dinformation national sur la biodiversit, ou encore ltude de faisabilit pour un observatoire rgional de la biodiversit en Languedoc-Roussillon, en appui auprs de collectivits locales. LUMR TETIS travaille sur des projets touchant la biodiversit avec de nombreux partenaires : le Centre dcologie Fonctionnelle et volutive, le Conservatoire des Espaces Naturels Languedoc-Roussillon, lInstitut des Sciences de lvolution, lInstitut national de la recherche agronomique, lOffice national de l'eau et des milieux aquatiques, les parcs nationaux, le Musum National dHistoire Naturelle, le Service de l'observation et des statistiques, etc. Elle est galement implique dans diffrents projets europens tels que Best Practice Network for a Spatial Data Infrastructure in Nature Conservation (Nature SDIplus), European Biodiversity Observation Network (EBONE), etc.

Matriser linformation spatiale pour la connaissance et la gestion des espaces naturels


LUMR Territoires, Environnement, Tldtection et Information Spatiale (UMR TETIS, AgroParisTech, Cemagref, Cirad) a pour objectif de dvelopper les mthodes de matrise de linformation spatiale au service de la connaissance et de la gestion des milieux et des territoires. Une approche intgre de lensemble de la chane de linformation est mise en uvre : depuis lacquisition des donnes jusqu lappropriation des connaissances par les acteurs, en passant par les traitements, lanalyse des structures
Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature
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Lhistoire dogmatique de lolivier revisite


Les origines de la culture et de la domestication de lolivier, arbre emblmatique de la Mditerrane, a toujours t un sujet sensible et controvers. En Mditerrane occidentale, malgr lindignat incontestable de lolivier et la mise au jour de nombreux restes biologiques en contexte archologique (charbons de bois et noyaux) suggrant lexistence de son exploitation antrieure lAntiquit, la thse classique situe en Palestine, au Chalcolithique de cette aire culturelle, au 4me millnaire avant notre re, son foyer originel de domestication. Depuis le Proche-Orient, sensuit une lente diffusion de formes domestiques, de savoirs et de pratiques, dabord vers lEge au 3me millnaire puis vers la Mditerrane centrale et occidentale et finalement au cours du 1er millnaire avant notre re en Gaule mridionale. Aujourdhui encore, cette histoire fait foi dans la littrature scientifique ou de vulgarisation, dans laquelle il est stipul que les populations autochtones de Mditerrane nordoccidentale ne dcouvrirent lolivier que lors de la cration de comptoirs commerciaux ou la fondation de colonies. Or, des analyses quantitatives fondes sur lanatomie et sur la structure gomtrique, respectivement de charbons de bois et de noyaux archologiques, par analogie une vaste collection de rfrence

J.-P. Moussally UNDP-GEF

dchantillons actuels, ont permis de reconsidrer lhistoire dogmatique de sa domestication. En fait, les origines de la culture et de la domestication de lolivier en Mditerrane occidentale remontent environ 3 000 ans avant notre re, soit deux milles ans avant lintroduction de nouvelles varits provenant essentiellement de lest de la Mditerrane.
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Ces rsultats, conforts par la biologie molculaire, montrent galement que la domestication de lolivier a eu lieu indpendamment en de nombreuses rgions et non pas en un seul et unique foyer proche-oriental. Ces nouvelles donnes ne remettent cependant pas en cause limportance de linfluence des Phniciens, trusques, Grecs et Romains, sur le rayonnement de lolivier en Mditerrane. Contacts : Jean-Frdric Terral, terral@univ-montp2.fr & Claire Newton, claire.newton@nottingham.ac.uk
Pour plus dinformations : www.umr5059.univ-montp2.fr/spip.php?rubrique22

Olivier subspontan (rgion basaltique du Ledja, Syrie).

P.-A. Pissard UMR TETIS

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Modliser, scnariser la biodiversit

es recherches conduites Montpellier et sa rgion sur la biodiversit sappuient, pour une large part, sur des recherches en modlisation et analyse statistique (biomathmatiques). Lensemble est adoss des bases de donnes de rfrence couvrant une grande diversit dcosystmes, terrestres comme aquatiques, temprs et tropicaux. Ces bases de donnes couvrent galement des interactions entre dynamique de la biodiversit et activits humaines et socits . Plusieurs quipes montpelliraines ont un potentiel dinnovation internationalement reconnu concernant des grandes classes de modles jouant un rle central dans les domaines suivants : gnomique volutive, gntique des populations, cologie volutive, dynamique des populations, architecture des plantes et structures des forts, fonctionnement des cosystmes, cologie spatiale, interactions biodiversit-activits humaines . Ces dveloppements mthodologiques saccompagnent de multiples actions de transfert (mise disposition de logiciels et de plateformes de modlisation, ateliers de formation) ainsi que de nombreuses mises en uvre, notamment dans le contexte de celle d'observatoires mditerranens ou tropicaux. L'implication de scientifiques spcialiss en biomathmatiques assure ainsi lintgration entre les recherches mthodologiques et les thmatiques biodiversit . Cette intgration nourrit, en retour, la pertinence de cette activit mthodologique et ouvre sans cesse la voie de nouveaux dveloppements, dans une pluridisciplinarit particulirement riche et acheve. La prise en compte de la dynamique spatiale est notamment un axe important de dveloppement de la modlisation pour les sciences de la biodiversit. Ces dveloppements de modlisation spatialise concernent des recherches sur linfluence de la fragmentation et de la dispersion des individus sur la dynamique des mtapopulations et des mtacommunauts, ainsi que sur les interactions entre la structure spatiale et les flux fonctionnels dans les paysages et les cosystmes. La prdiction des aires de distribution des espces sur la base de lenvironnement et de leurs traits dhistoire de vie, celle de scenarios spatialiss d'volution aprs intgration des donnes socio-environnementales ainsi que la recherche d'indicateurs paysagers des tats et des dynamiques des milieux, sont galement des thmatiques importantes pour comprendre les impacts possibles du changement global et les risques dextinction de certaines espces mais aussi pour aider une meilleure gestion globale des espaces.

Le suivi ou la prvision de la dynamique des distributions spatiales est une illustration du lien intrinsque entre la modlisation et les bases de donnes dont l'exploitation est facilite par le dveloppement de la bioinformatique au sens le plus large du terme. La diversit des recherches induit une grande diversit de la nature de telles bases de donnes. Les collections botaniques par exemple (herbiers), les tudes ainsi que les bases de donnes sur les traits physiologiques, fonctionnels et dmographiques des espces, le partage et la diffusion des connaissances via le web, autorisent ainsi des dveloppements importants sur les relations entre les distributions gographiques et les traits biologiques des espces, mais aussi entre la biodiversit et les usages via l'impact de l'homme sur le milieu et son fonctionnement (pressions et forages), et par l, sur les niches cologiques. Paralllement stoffe le lien entre les collections et les recherches en phylognie et phylogographie. Des programmes de barcoding du gnome se dveloppent sur les parasites des cultures et les vecteurs de maladies. De mme, les programmes long terme sur la rsistance aux insecticides des moustiques, ou ceux traitant de la dynamique de population de vertbrs (oiseaux, reptiles) ont gnr des bases de donnes riches, sources de nombreuses publications sur les mcanismes de la biologie des populations. Les donnes de suivi des communauts despces, couvrent des cosystmes tropicaux (forts et lagons) et mditerranens (Observatoire de lEnvironnement en Mditerrane). Leur porte long terme leur confre une grande valeur dans le contexte des changements plantaires. Les grandes volutions du champ, dj perceptibles, seront lintgration de plus en plus troite entre bases de donnes et modlisation, laccroissement du rle des simulations, le dveloppement de scenarios varis d'aide la gestion, et ladossement aux observatoires de l'environnement. Jean-Dominique Lebreton (UMR CEFE), Daniel Barthlmy (UMR AMAP), Pierre Couteron (UMR AMAP) & Frdric Huynh (UMR-S ESPACE-DEV)

La scne satellite de l'agglomration de Nmes (satellite RAPIDEYE : rsolution : pixel = 5 m / sol) prsente un cadre jaune en bas droite qui correspond au cadrage de l'image arienne orthophotographie IGN (rsolution : pixel = 50 cm / sol). L'image arienne IGN prsente un cadre rouge proche de son centre qui correspond au cadrage de l'image ULM haute rsolution (pixel = 2cm / sol). Les trois images ont t choisi et cadres de manire raliser un montage de type zoom : scne satellite, puis orthophoto IGN, puis image ULM.

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Modliser, scnariser la biodiversit

Les quipes principales


UMR AMAP botAnique et bioinforMatique de lArchitecture des Plantes (Cirad, CNRS, Inra, IRD, UM2) 44 scientiques Directeur : Daniel Barthlmy, daniel.barthelemy@cirad.fr http://amap.cirad.fr/
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Bioinformatique et biomathmatique de la biodiversit vgtale


LUMR botAnique et bioinforMatique de lArchitecture des Plantes (AMAP , Cirad, CNRS, Inra, IRD, UM2) est une unit multidisciplinaire, rassemblant botanistes, cologues, agronomes, forestiers, mathmaticiens appliqus et informaticiens, en majorit bass Montpellier, mais aussi implants de faon permanente en NouvelleCaldonie et en Guyane franaise, ainsi quau Vietnam et en Inde. Les recherches menes par AMAP partent de la botanique structurale, de la palobotanique et de la systmatique pour aboutir la modlisation et la simulation de larchitecture des plantes, de la structure et de la diversit des couverts vgtaux et des paysages. Lobjectif principal dAMAP est de contribuer lmergence dune bioinformatique et dune biomathmatique de la biodiversit vgtaledes plantes, des peuplements vgtaux et des paysagesqui soient complmentaires des recherches menes par dautres units dans les domaines de lcologie fonctionnelle et volutive, de la biologie du dveloppement, de lcophysiologie et de la bioinformatique du gnome. Une des dimensions de cette complmentarit est linvestissement mthodologique, en partenariat avec des laboratoires de statistique, dinformatique ou de physique. En privilgiant lorganisation des couverts vgtaux, larchitecture des plantes et la morphologie de leurs organes, lunit cherche se doter de formalismes mathmatiques et informatiques puissants capables, dune part, de dcrire, analyser et reprsenter la topologie et la

UMR ESPACE-DEV Espace pour le dveloppement (IRD, UM2, Universit Antilles-Guyane, Universit de la Runion) 60 scientiques Directeur : Frdric Huynh, huynh@ird.fr www.espace.ird.fr
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gomtrie des objets biologiques tudis (de lorgane au paysage), et, dautre part, dassembler, dans des modles gnriques, les connaissances de plus en plus nombreuses sur le dveloppement et la diversit des plantes et ses rgulations par lenvironnement. La diffusion des connaissances accumules et des mthodes dveloppes tient une place essentielle dans les activits dAMAP, tant par la formation et l'enseignement (traditionnel ou distance) que par le dveloppement et la mise disposition de logiciels ou par la constitution et lexploitation de bases de donnes. LUMR est utilisateur actif mais galement gestionnaire dherbiers (Cayenne et Nouma) et de collections (Palobotanique de lUM2), et assure la responsabilit scientifique de lherbier de lUM2. En outre, AMAP dispose dun laboratoire dhistologie et de biomcanique dans ses locaux de Montpellier. Au niveau international, les principaux partenaires dans le domaine de ltude de la biodiversit sont entre autres les suivants : Centro Regional Universitario Bariloche (Argentine), Department of Ecology and Evolutionary Biology, Kansas University, Museu Paraense Emilio Goeldi (Belm, Brsil), Institut de Recherches Agronomiques de Guine, Institut Franais de Pondichry (Inde), Invasive Species Specialists Group (Nouvelle-Zlande), Center for Ecostratigraphy and Palaeobiology, Macquarie University (Australie), etc. Au niveau national, citons entre autres lquipe-Projet IMEDIA de lInstitut national de recherche en informatique et en automatique, Tela Botanica, diffrentes UMR (ECOlogie des FOrts de Guyane, Biodiversit Gnes & Communauts, Centre de Biologie et de Gestion des Populations, Diversit et Adaptation des Plantes Cultives, etc.).

UR Green Gestion des Ressources Renouvelables Environnement (Cirad) 15 scientiques Directrice : Martine Antona, martine.antona@cirad.fr www.cirad.fr/ur/Green
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Autres quipes concernes par ce thme


UMR CBAE Centre de Bio-Archologie et dcologie (CNRS, EPHE, Inrap, UM2) Une vingtaine de scientiques Directeur : Jean-Frdric Terral, terral@univ-montp2.fr www.umr5059.univ-montp2.fr
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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

UMR CBGP Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (Cirad, Inra, IRD, Montpellier SupAgro) 35 scientiques Directrice : Flavie Vanlerberghe, Flavie.Vanlerberghe@supagro.inra.fr www.montpellier.inra.fr/CBGP
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Tour du Valat 25 scientiques Directeur : Jean Jalbert, jalbert@tourduvalat.org www.tourduvalat.org


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Identification de composants et dnombrement d'lments (plants de babau) paysagers partir du terrain et d'images satellites.

Suivre les dynamiques spatiales de la biodiversit et l'impact des politiques publiques : une analyse intgre, de l'observation l'indication
Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature 59

lchelle de la plante, les images trs hautes rsolutions sont mobilises pour distinguer une espce, dnombrer certains individus (comme le palmier babau, Attalea speciosa, via son ombre). Ltude des espces utiles isoles dans des cultures et pturages aide comprendre les fluctuations de leur rpartition spatiale et les quantifier pour caractriser (typologie) les agrosystmes et leur faire correspondre, par une approche intgre milieu-socit, leur production ou, plus gnralement, leur fonctionnement. lchelle des paysages, les images satellite permettent de cartographier les dynamiques de la biodiversit vgtale dans lespace et dans le temps partir dune estimation de la complexit du milieu, mene en interdisciplinarit. Les transformations des paysages et des variations concomitantes de la biodiversit sont par ailleurs mises en relation avec les politiques publiques afin destimer leur influence sur les changements enregistrs. Lapproche mthodologique, volontairement simple, a t labore avec lambition dtre applicable dautres espaces forestiers tropicaux.

Les rsultats sont conus pour tre insrs dans des modles de scnarisation, intgrs dans les observatoires socio-environnementaux de type Observatoire Rgional de l'Environnement. Ils sont aussi diffuss sur la toile via un systme dinformation (MDweb) mis au point (partenariat IRDUMR ESPACE-DEVUM2-LIRMM et un partenaire industrielGeomatys) et agr en conformit avec les directives europennes. Cet outil gnrique de catalogage et de localisation de donnes met rapidement disposition les connaissances acquises auprs des gestionnaires et des populations locales. Contacts : Anne-Elisabeth Laques, anne-elisabeth.laques@ird.fr Danielle Mitja, Danielle.Mitja@ird.fr Michel Petit, Michel.Petit@ird.fr & Jean-Christophe Desconnets, Jean-Christophe.Desconnets@ird.fr

A.-L. Laques IRD

Modliser, scnariser la biodiversit

Autres quipes concernes par ce thme


UMR CEFE Centre dcologie Fonctionnelle et volutive (Cirad, CNRS, EPHE, IRD, Montpellier SupAgro, UM1, UM2, UM3) 125 scientiques Directeur :Philippe Jarne, philippe.jarne@cefe.cnrs.fr www.cefe.cnrs.fr
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Modlisation daccompagnement, interactions entre usages des ressources naturelles et viabilit des cosystmes
Les modalits dinteraction et darbitrage entre conservation des cosystmes et dveloppement sont au cur de la gestion durable de lenvironnement. La recherche est interroge par ces enjeux pour comprendre et faire comprendre des processus sociaux et cologiques complexes afin den assurer la viabilit ; pour appuyer des processus de gestion intgrant la dimension environnementale et le long terme, c'est--dire pour donner un contenu aux notions de gestion intgre ou de gestion adaptative ; pour considrer lasymtrie dinformation et de participation des acteurs concerns. Dans ce cadre, lobjectif gnral de lUR Gestion des Ressources Renouvelables Environnement (Green, Cirad) est de fournir des connaissances, des mthodes et des outils pour, dune part, comprendre les interactions entre usages des ressources naturelles et viabilit des cosystmes et, dautre part, accompagner les processus collectifs de gestion. Pour rpondre ce double objectif, lUR est pluridisciplinaire : agronomie, modlisation, informatique, cologie, gographie, conomie, sociologie et anthropologie du droit sont les disciplines reprsentes parmi les 15 agents dont la moiti sont expatris au sein duniversits et de dispositifs de recherche en partenariat.

UMR CMAEE Contrle des maladies Animales Exotiques et Emergentes (Cirad, Inra) 36 scientiques Directeur : Dominique Martinez, dominique.martinez@cirad.fr
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UMR Eco&Sols cologie fonctionnelle et Biogochimie des Sols & Agro-cosystmes (Cirad, Inra, IRD, Montpellier SupAgro) 63 scientiques Directeur : Jean-Luc Chotte, jean-luc.chotte@ird.fr www.montpellier.inra.fr/ecosols
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UMR ECOSYM cologie des systmes marins ctiers (CNRS, IRD, UM2) 82 permanents Directeur : Marc Troussellier, marc.troussellier@univ-montp2.fr www.ecolag.univ-montp2.fr
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Le projet de lUR Green est structur selon un axe transversal intitul Adaptation et transformation des systmes socio-cologiques et deux axes de recherche finaliss : Interactions organisation - environnement et Co-construction de modles, simulations et apprentissage . Certains facteurs et mcanismes qui contribuent ladaptation et la transformation des systmes sociocologiques sont plus spcialement cibls : lvolution des points de vue et/ou des savoirs et/ou des pratiques, les jeux de pouvoir, la mobilisation de rseaux, ou encore lvolution du contexte socioconomique ou environnemental. Limportance relative de ces facteurs et mcanismes est estime partir de travaux mens sur le thme du foncier en Afrique sahlienne et la Runion, celui de la biodiversit au Brsil et Madagascar, de lagrobiodiversit en Afrique de lOuest et en Amrique latine, et de la gestion des bassins versants en Asie. Une des originalits mthodologiques de lquipe est de mobiliser en les associant des outils de simulation informatique (multi-agents) et des outils de mise en situation des acteurs (jeux de rles) pour constituer une plateforme de communication facilitant llicitation et lchange de points de vue entre diffrentes parties prenantes. linitiative de lUR Green et de chercheurs du Cemagref, du CNRS et de lInra, un rseau scientifique regroupant actuellement une cinquantaine de personnes sest progressivement constitu autour de cette dmarche appele modlisation daccompagnement*.
* Pour plus dinformations : www.commod.org

Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

UMR EME cosystmes Marins Exploits (Ifremer, IRD, UM2) 56 scientiques Directeur : Philippe Cury, philippe.cury@ird.fr www.crh-sete.org
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UMR ISEM Institut des Sciences de lvolution de Montpellier (CNRS, IRD, UM2) 117 scientiques Directeur : Jean-Christophe Auffray, jean-christophe.auffray@univ-montp2.fr www.isem.cnrs.fr
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R-SYST : rseau de systmatique et outil de caractrisation d'organismes d'intrt


morphologiques, traits dhistoire de vie) et gnotypiques (squences de diffrents marqueurs, codants ou non codants). Ce dictionnaire, la croise de plusieurs disciplines et doutils complmentaires (taxinomie, code-barres et phylognie), sera la disposition des scientifiques et des professionnels non-spcialistes dans de nombreux domaines : gestion de la biodiversit, surveillance des bioagresseurs, traabilit des bois, qualit des eaux et, terme, identification dorganismes dintrt mdical ou vtrinaire. R-SYST, fortement soutenu par lInra, est directement ou indirectement li plusieurs projets internationaux dont QBOL (Quarantaine Barcoding of Life, projet europen de code-barres dorganismes de quarantaine), TreeBOL (projet mondial de barcoding des arbres), iBOL (International Barcode of Life, GnomeCanada), CBOL (Consortium for the Barcode of Life, Consortium pour le code-barres du vivant). Ces projets concernent lensemble de la communaut internationale engage dans le code-barres du vivant et permettent dassurer un lien avec les organisations actives dans le domaine de la biodiversit.
A. Franc Inra

Le rseau R-SYST relie une douzaine dquipes de recherche franaises dont deux UMR localises sur Montpellier : CBGP et AMAP. Il a pour vocation de caractriser, aux niveaux molculaire et phnotypique, de nombreux organismes dintrt parmi les arbres, insectes, champignons, micro-algues et bactries. Son ambition est de crer un dictionnaire de spcimens caractriss par un ensemble dattributs de nature diffrente : taxinomiques (noms despces valids par des spcialistes, synonymes et les liens associs, Id Fauna et Flora Europea), gographiques et phnologiques (distributions, dates dobservation, localisations des rcoltes, couplage SIG), phnotypiques (caractres

Contacts : Alain Franc, alain.franc@pierroton.inra.fr Jean-Yves Rasplus, rasplus@supagro.inra.fr & Jean-Franois Molino, jean-francois.molino@ird.fr
Pour plus dinformations : - R-SYST : w3.pierroton.inra.fr/r-syst - iBOL : www.dnabarcoding.org - CBOL : www.barcoding.si.edu - QBOL : www.qbol.org/UK

Zygaena purpuralis (Brnnich, 1763) et Parnassius appolo (Linnaeus, 1758), une espce protge en Europe, sur Centaurea sp., dans la Valais (Suisse).

La biologie volutive : une science prdictive ?


Comme pour tous les phnomnes complexes, la question de la prvisibilit de lvolution est une question difficile et il est souvent prudent davoir une attitude extrmement rserve ce sujet, dautant que lvolution est typiquement un processus lent. Il est mme assez facile dironiser sur lintrt de faire des prdictions un horizon temporel lointain. Pourtant, il est intressant de se poser cette question pour plusieurs raisons. La premire raison est mthodologique. Prdire permet de mettre lpreuve, de tester et daffiner quantitativement des thories. Cest un exercice vital pour une science exprimentale, et, dans le cas de la biologie volutive, la seule faon de sextraire dun discours purement historique. Ces dernires annes, deux lments-cls ont modifi la donne. Le premier est que lon ralise que lvolution va trs vite, surtout lors de priodes de changements environnementaux importants. Cette thmatique dvolution contemporaine prend tout son relief dans le contexte des changements globaux ou de la sant publique (volution des pathognes). Le second est lessor des expriences dvolution long terme sur microorganismes au laboratoire. Grce leur temps de gnration court, il devient possible de suivre lvolution sur des dizaines de milliers de gnrations, et mme mieux, de pouvoir revenir tout moment sur le pass. Il suffit pour cela de sortir du conglateur les chantillons conservs au fur et mesure lors de ces expriences. La deuxime raison est plus fondamentale. tre capable de prdire, cest faire la part du hasard et de la ncessit dans les processus volutif. En fait, de plus en plus, on se rend compte FE CE MR que le hasard (la stochasticit) U nd joue un rle central et moteur ma or en dans lvolution. On peut distinguer T.L quatre grandes situations o cest le cas : (1) la stochasticit contribue largement la maladaptation que lon peut observer tous les jours chez tous les organismes, (2) elle gouverne lvolution lorsque les diffrences slectives sont faibles (ou neutre , ce relatif indterminisme peut alors conduire une exubrance des formes et des fonctions), (3) elle pourrait parfois permettre des transitions volutives rapides sous la forme de rvolutions gntiques (mme si cet aspect reste trs controvers), (4) elle dterminerait elle-mme la slection naturelle dans de nombreuses situations dadaptation lincertitude . Contact :Thomas Lenormand, thomas.lenormand@cefe.cnrs.fr
Le processus dadaptation est souvent reprsent comme une trajectoire dans un modle de paysage adaptatif .
Cette reprsentation permet de bien cerner les diffrents problmes inhrents la prvisibilit ou la rptabilit de lvolution.

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Modliser, scnariser la biodiversit

Autres quipes concernes par ce thme


UMR LAMETA Laboratoire Montpellirain dconomie Thorique et Applique (CNRS, Inra, Montpellier SupAgro, UM1) Une quarantaine de scientiques Directeur : Jean-Michel Salles, sallesjm@supagro.inra.fr www.lameta.univ-montp1.fr
Prsentation page 46

UMR LECOB Laboratoire dEcogochimie des Environnements Benthiques (CNRS, UPMC) 16 scientiques Directrice : Nadine Le Bris, lebris@obs-banyuls.fr http://lecob.obs-banyuls.fr
Prsentation page 41

Biodiversit et spatialisation
La biodiversit est centrale dans nombre de thmes de socit actuels notamment ceux lis la relation homme-nature, qui soulvent de nombreuses interrogations sur la gestion de lenvironnement. LUnit mixte de recherche Espace pour le dveloppement (UMR ESPACE-DEV, IRD, UM2, Universit AntillesGuyane, Universit de la Runion) se place dans une perspective de dveloppement durable des territoires, prioritairement en milieu tropical, en mettant en oeuvre des mthodologies de spatialisation des dynamiques de lenvironnement, depuis lacquisition des donnes jusquaux processus dcisionnels, pour permettre ladaptation des socits du Sud aux changements globaux. La finalit est de contribuer lmergence de rseaux dobservatoires de lenvironnement pour le dveloppement durable. Les comptences de lunit se mobilisent pour construire des modles de comprhension de systmes complexes et aboutir des orientations pour la gestion des ressources et de lenvironnement, la gestion intgre des territoires. Les travaux de lUMR ESPACEDEV (y compris ceux concernant la biodiversit) intgrent demble la dimension spatiale. Ces travaux peuvent bnficier de la disponibilit dimages satellites rsolution toujours plus haute permettant : de travailler diverses chelles, parfois trs fines, allant actuellement jusqu la reconnaissance dindividus et de certaines espces ;

UMR LOMIC Laboratoire dOcanographie Microbienne (CNRS, UPMC) 18 scientiques Directeur : Stphane Blain, stephane.blain@obs-banyuls.fr http://lomic.obs-banyuls.fr
Prsentation page 40

dextrapoler les rsultats en procdant des changements dchelle du local au rgional et au global ; dapprhender la dimension temporelle par le suivi de dynamiques reprables par analyse dimages. La biodiversit, une fois spatialise, est intgre son contexte socio-environnemental, pour en comprendre les dynamiques/ interactions et en cerner les consquences en matire daide la gestion des territoires. Ces diverses tapes combinent des recherches thmatiques et mthodologiques et requirent une synergie transversale entre systmes et protocoles dacquisition des donnes (relevs de terrain, tldtection, modes de reprsentation, approches participatives), de gestion de linformation (base de donnes, entrepts, mtadonnes, plateformes informatiques de partage), danalyse et dintgration des donnes (modlisation). La meilleure comprhension des processus mettant en jeu les composantes physiques, biologiques et sociologiques de lenvironnement, est la base des modles, des corrlations et des indicateurs qui enrichiront les protocoles daide la dcision. Les comptences multidisciplinaires et complmentaires au sein de lUMR ESPACE-DEV sarticulent en trois quipes de recherche : OSE (observation spatiale de lenvironnement), AIMS (approche intgre des milieux et des socits) et SIC (systme dinformation et de connaissance), qui sappuient sur sept plateformes de rception

UMR LSTM Laboratoire des Symbioses Tropicales et Mditerranennes (Cirad, Inra, IRD, Montpellier SupAgro, UM2) 42 scientiques Directeur : Michel Lebrun, lebrun@univ-montp2.fr www.mpl.ird.fr/lstm
Prsentation page 30

UMR TETIS Territoires, Environnement,Tldtection et Information Spatiale (AgroParisTech, Cemagref, Cirad) 58 scientiques dont 10 impliqus dans la thmatique Biodiversit Directeur : Jean-Philippe Tonneau, jean-philippe.tonneau@cirad.fr http://tetis.teledetection.fr
Prsentation page 54

Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

UPR AGIRs Animal et Gestion Intgre des Risques (Cirad) 22 scientiques dont 10 cologues Directeur : Franois Roger, franois.roger@cirad.fr www.cirad.fr/ur/agirs
Prsentation page 35

UPR Matrise des bioagresseurs des cultures prennes (Cirad) 12 scientiques Directeur : Christian Cilas, christian.cilas@cirad.fr www.cirad.fr/nos-recherches/unites-derecherche/maitrise-des-bioagresseursdes-cultures-perennes
Prsentation page 32

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... suite page 63

tude de prfiguration d'un observatoire rgional de la biodiversit en Languedoc-Roussillon


Le plan d'action patrimoine naturel de la Stratgie Nationale pour la Biodiversit comprend la mise en place du Systme d'Information sur la Nature et les Paysages (SINP), mais galement sa valorisation par la cration d'un Observatoire National de la Biodiversit et d'observatoires rgionaux. En Languedoc-Roussillon, l'tude de prfiguration dun futur Observatoire Rgional de la Biodiversit (ORB) a t confie lUMR TETISdj acteur du SINP au niveau national par la Direction Rgionale de l'Environnement, de lAmnagement et du Logement et la Rgion Languedoc-Roussillon. Considre comme la rgion de France mtropolitaine prsentant le plus haut niveau de biodiversit, le Languedoc-Roussillon a une forte responsabilit en matire de conciliation des activits humaines avec les enjeux cologiques. La cration d'un ORB, outre sa fonction de valorisation et de bilan des connaissances existantes, a pour objectif d'augmenter le niveau de prise en compte des problmatiques lies la biodiversit dans les processus de dcision et fournir des lments facilitant lvaluation des politiques environnementales. cette fin l'ORB doit procurer des indicateurs pertinents sur ltat et lvolution de la biodiversit de la rgion, ainsi que sur les facteurs qui laffectent ngativement (menaces) et positivement (aires protges...). La communaut des acteurs de la biodiversit savre particulirement vaste et diverse, cest pourquoi l'tude revt un fort caractre participatif. La dmarche classique danalyse et conception de systme dinformation a d tre adapte par la mise en uvre dune animation soutenue et par la cration d'un site web collaboratif (www.orblr.fr). l'issue de cette exprience pilote, une premire liste d'indicateurs sera propose, sur la base des besoins des utilisateurs et des potentialits rgionales. Des scenarii descriptifs du montage de lobservatoire seront alors proposs, en fonction des partenariats, fourchettes budgtaires et types de structure envisageables. Une maquette dcrivant le scnario le plus probable sera propose. Contacts : Michel Deshayes, deshayes@teledetection.fr & Simon Popy, simon.popy@teledetection.fr

dimages satellite rparties dans le monde (Guyane, Runion, Canaries, Nouvelle-Caldonie, Polynsie, Montpellier et bientt au Gabon). Les activits sont plutt orientes vers des rgions du Sud o les questions environnementales et de socit sont souvent aigus et la problmatique de la biodiversit souvent centrale ; elles sont ralises en partenariat avec les quipes locales dans le cadre de projets ou de suivi dans des observatoires. Les grands secteurs gographiques concerns sont (1) Mditerrane / Montpellier-Afrique, (2) Amazonie/ Guyane-Antilles-Brsil, (3) Ocan Indien/ La Runion et (4) Pacifique Sud / Nouvelle-Caldonie.

Prsentation page 49

UR COREUS Biocomplexit des cosystmes coralliens de lIndo-Pacique (IRD, UPMC) 21 scientiques Directeur : Claude Payri, claude.payri@ird.fr www.coreus.ird.fr
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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Les questions de recherche, trs diverses, vont des plus cibles aux plus intgratives : approche oriente objet et biodiversit ; spatialisation et mise en vidence dindicateurs de la biodiversit au niveau du paysage pour la mise en place dobservatoires locaux de lenvironnement et lappui aux politiques publiques ; comprendre et grer la biodiversit existante par lintgration des donnes environnement/socit ; biodiversit et sant de lenvironnement ; scnarios dvolution de la biodiversit ; partage de donnes et de connaissance travers le web.

Autres quipes concernes par ce thme


UR Biens et Services des cosystmes Forestiers Tropicaux : intgrer les enjeux lis aux changements globaux (Cirad) 36 scientiques Directeur :Alain Billand, alain.billand@cirad.fr www.cirad.fr/ur/bsef

Socits et biodiversit

Les logiciels et plateformes dvelopps par les units de recherche de Montpellier


Plateforme BioInfo-Biodiversit soutenue par la structure fdrative de recherche Montpellier Environnement Biodiversit (en cours de mise en place). http://mbb.univ-montp2.fr

UMR CBGP
Logiciel convivial DIYABC : estimation du calcul baysien de linfrence statistique en gntique des populations en utilisant des marqueurs molculaires. www1.montpellier.inra.fr/CBGP/diyabc Logiciel Geneland : analyses de gntique du paysage (estimation du nombre de populations dans un jeu de donnes, dfinition de l'organisation spatiale des populations) via lutilisation des coordonnes gographiques des individus et des donnes gntiques plusieurs loci. www2.imm.dtu.dk/~gigu/Geneland

UMR ESPACE-DEV
Outil libre de catalogage et de localisation MDweb www.mdweb-project.org Logiciel SIEL, systme d'information sur l'environnement l'chelle locale : suivre et scnariser l'volution des ressources vgtales d'un territoire selon les utilisations anthropiques.

UMR AMAP
Capsis : plateforme de dveloppement de modles de croissance et de dynamique forestire pour construire et valuer des scnarios sylvicoles en s'appuyant sur un modle pour une espce et une rgion donne. http://umramap.cirad.fr/amap2/logiciels_amap/index.php? page=capsis IDAO : outil pour la formation scientifique des jeunes et le renforcement des capacits avec une aide l'identification des espces pour les tudes sur la biodiversit et la diffusion de l'information. http://umramap.cirad.fr/amap2/logiciels_amap/index.php? page=idao

UMR ISEM
Logiciels libres Genepop et Genetix : calcul d'un ensemble de paramtres couramment utiliss en gntique des populations et tude de leur significativit par des tests exacts et des tests de permutation. Genepop : http://kimura.univ-montp2.fr/~rousset/Genepop.htm Genetix : www.genetix.univ-montp2.fr/genetix/intro.htm Bibliothque de code pour la bioinformatique Bio++, ensemble de librairies crites en C++ : analyses bioinformatiques incluant l'analyse des squences, la phylognie, l'volution molculaire et la gntique des populations. http://biopp.univ-montp2.fr

Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

UMR CEFE
Logiciel convivial E-SURGE (avec U-CARE) pour les biologistes des populations : estimation et infrence des paramtres dmographiques base sur lanalyse des donnes capturerecapture . www.cefe.cnrs.fr/BIOM/logiciels.htm Logiciel RMES : estimation des taux dautofcondation (gnralement dendogamie) partir des distributions des htrozygotes multi-loci dans des chantillons de population. ftp://ftp.cefe.cnrs.fr/RMES

UR Green
Plateforme CORMAS : outil de simulation multi-agent applique la gestion des ressources renouvelables. http://cormas.cirad.fr Plateforme MIMOSA : logiciel libre pour concrtiser certaines avances conceptuelles dans le domaine de la modlisation et de la simulation informatique. http://mimosa.sourceforge.net Contact : SFR Montpellier Environnement Biodiversit, MEB@univ-montp2.fr

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Sance de jeu de rles avec des paysans maliens pour rflchir la dynamique des semences de varits paysannes de Sorgho l'chelle d'un village. Germination des grains de sorghos rouges pour le maltage avant la fabrication de la bire locale, le dolo.
D. Bazile Cirad

MALI : des jeux de rles autour du sorgho


La diversit des plantes alimentaires permet lhomme dadapter ses cultures aux conditions la fois environnementales, climatiques, conomiques et sociales prsentes et venir. Durant sept annes, dans le cadre du projet Agrobiodiversit des sorghos au Mali et au Burkina Faso financ par le Fonds Franais pour lEnvironnement Mondial, la reconnaissance du rle paysan dans la prservation et la cration de biodiversit a t fortement valorise. Jusqu prsent, les conditions locales ntaient que peu prises en compte dans les processus de slection et cration de nouvelles varits. Au Mali, 90 % des semences utilises en sorgho proviennent dune multiplication la ferme des varits traditionnelles qui sont diffuses via les systmes locaux de gestion des semences. La slection participative permet de co-construire avec les paysans linnovation varitale en intgrant les savoirs locaux. La recherche a t centre sur la dynamique de la diversit varitale lchelle du village. Quatre ateliers successifs runissant agriculteurs, responsables dorganisations paysannes ou dorganisations non gouvernementales et chercheurs, ont permis de dissocier les lments du systme semencier pour les traiter de faon indpendante afin daboutir une comprhension partage des choix des paysans et des mcanismes dchanges de semences. Chaque atelier donnait lieu la construction dun outil spcifique de mise en situation des acteurs, appel Jeu de Rles (JdR), utilis pour analyser les pratiques locales et remettre en question les connaissances acquises au pralable par les chercheurs pour laborer les rgles de ce JdR. Les ateliers D. Bazile Cirad participent la constitution progressive dune connaissance partage prenant forme dans un modle. Les participants ont soulign que les ateliers permettent de comprendre ce que les chercheurs veulent et ce quils en font. Lexploration de scnarios prospectifs au cours de sessions de JdR, ou via des simulations informatiques de type multi-agents bases sur le mme modle conceptuel, permettent de rendre accessibles des chelles de temps et despace qui ne le sont pas dans la ralit. Ainsi, les paysans peuvent suivre et discuter les consquences de leurs actions sur la diversit varitale lchelle du village durant plusieurs annes successives, en raction des vnements quils ont pralablement retenus comme intressants considrer. Dans ce cas particulier, des pistes concrtes daction ont merg pour la mise en place de structures collectives de gestion in situ des semences avec lappui des ONG. Il faut alors penser dautres outils mieux adapts laccompagnement oprationnel pour la mise en place de ces nouveaux projets collectifs. Contact : Didier Bazile, didier.bazile@cirad.fr
Pour plus dinformations : www.jle.com/fr/revues/agro_biotech/agr/e-docs/00/04/3C/AA/article.phtml

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Fte de la Biodiversit, 2010.


M. Croze

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

La biodiversit, une science citoyenne

otre comprhension de la biodiversit reste faible par rapport aux implications politiques, conomiques, sociales et thiques que reprsente son rosion actuelle. Suivre et prvoir le devenir de la biodiversit sont, ds lors, devenus des enjeux importants pour les scientifiques, les gestionnaires et les dcideurs politiques. Comment faire pour comprendre et prdire ltat et les tendances de la biodiversit ? Pour cela, un obstacle majeur doit tre surmont : mesurer la rpartition et la dynamique de la biodiversit sur de larges chelles de temps et despace. Ni les scientifiques, ni les gouvernements, ni la technique ne peuvent eux-seuls assurer la collecte des donnes ncessaires. Les programmes de sciences citoyennes, impliquant les citoyens dans ce processus, deviennent ds lors un outil incontournable des stratgies de conservation. Cartographier la flore, suivre la reproduction des oiseaux communs, observer labondance des papillons dans les jardins privs sont des exemples de ces programmes scientifiques dont la collecte de donnes rassemble et associe citoyens, gestionnaires de lenvironnement et scientifiques. Lorsque ces collaborations sont bien menes, ce sont des outils puissants qui contribuent la fois lvolution rapide des connaissances sur la biodiversit et leur diffusion vers un large public. Dans un monde de plus en plus urbanis, les sciences citoyennes donnent loccasion au grand public de sintresser la nature tout en participant la recherche. En effet, ces programmes sappuient gnralement sur les suivis despces communes situes dans des habitats trs accessibles, y compris rsidentiels et urbains. Ces espces, faciles identifier, participent sensibiliser les citoyens la nature de tous les jours . En retour, limplication des citoyens dans ces programmes impacte le travail des scientifiques qui se doivent dexpliquer le sens de leur dmarche, les tapes dun raisonnement scientifique et les consquences de leurs travaux sur la socit.

Ainsi, la russite dun programme de science citoyenne ne se limite pas aux donnes rcoltes. Cest aussi loccasion pour que les scientifiques se rapprochent des rseaux damateurs, pour fdrer un groupe de personnes autour dun enjeu et de valeurs communs. En rendant la dmarche scientifique et le savoir accessibles, les sciences citoyennes participent la responsabilisation de nos socits et l'mergence d'une conscience environnementale respectueuse. Les synergies quelles favorisent entre les diffrents acteurs de la socit peuvent aussi directement contribuer la prise en compte de la biodiversit dans les processus de dcision. Les sciences citoyennes fournissent, en effet, des indicateurs sur la biodiversit officiellement utiliss par les gouvernements. Par exemple, lindicateur de bien-tre humain en Angleterre ou de dveloppement durable en France, est pour partie bas sur la tendance des oiseaux communs, dnombrs chaque anne par des ornithologues bnvoles. Les sciences citoyennes font un pas en avant par rapport la vision trs acadmique de la progression de la connaissance et la vision trs hirarchise de la gouvernance. Il sagit en effet de restaurer une relation de confiance entre la socit et les scientifiques en impliquant les participants dans la recherche sur la biodiversit. La participation des citoyens la science produite, ajoute une lgitimit dmocratique la lgitimit scientifique des rsultats issus de leurs donnes. Le devenir de la diversit biologique est un enjeu qui concerne lhumanit toute entire. Celleci doit dsormais composer sa vie sur terre avec les consquences des changements globaux dont elle est elle-mme la cause. Dans ce contexte nouveau, les sciences citoyennes favorisent la sensibilisation et la responsabilisation de tous et participent la prise de conscience de nos devoirs envers la nature et lgard des gnrations futures. Violette Roche (Tela Botanica) & Vincent Devictor (UMR ISEM)

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

La biodiversit, une science citoyenne

PNF, le rseau des parcs nationaux et la biodiversit


Parcs Nationaux de France (PNF) est un tablissement public national caractre administratif, plac sous tutelle du ministre de lcologie. Jouant le rle de fdration des parcs nationaux franais, il cre des synergies entre eux. Il a notamment pour mission de prter son concours technique aux parcs nationaux, de contribuer au rassemblement des donnes portant sur leurs patrimoines et les activits humaines de leurs territoires, de reprsenter et promouvoir les parcs dans les enceintes nationales et internationales. Dans ce cadre, PNF conduit pour le compte des parcs nationaux des tudes d'intrt gnral, anime le rseau de leurs responsables scientifiques, les reprsente auprs des grands programmes de recherche nationaux (Fondation pour la Recherche sur la Biodiversit, Action Publique, Agriculture & Biodiversit...), co-organise des colloques et sminaires scientifiques et rassemble les protocoles conduits par les parcs en vue de les faire davantage converger. Reconnus au niveau international comme des territoires dexception, les parcs nationaux sont des pices matresses de la stratgie nationale pour la protection de la nature et des paysages remarquables. Ils ont pour priorit la protection de la biodiversit

Les acteurs principaux


Parcs Nationaux de France, tte de rseau des 9 parcs nationaux franais et 3 projets de parcs Vanoise (1963), Port-Cros (1963), Pyrnes (1967), Cvennes (1970), Ecrins (1973), Mercantour (1979), Guadeloupe (1989), La Runion (2007), Parc amazonien de Guyane (2007), projets des Calanques (prochainement), dEntre Champagne et Bourgogne et de zone humide (en cours d'identication). (Ministre de lcologie, de lnergie, du Dveloppement durable et de la Mer en charge des Technologies vertes et des Ngociations sur le climat) 2 scientiques au niveau national, quipes scientiques de 2 10 personnes dans chaque parc national Directeur : Jean-Marie Petit, jean-marie.petit@parcnational.fr www.parcsnationaux.fr
Prsentation page 68

ainsi que du patrimoine naturel et culturel. Ils offrent une combinaison despaces terrestres et maritimes remarquables dont le mode de gouvernance et de gestion leur permet den prserver les richesses. Ce rseau couvre de grandes superficies (24 920 km terrestres au total, 7,8 % du territoire mtropolitain et des dpartements d'Outre-mer), dans des contextes varis du point de vue (bio)gographique, cologique et des activits humaines. Les tablissements publics en charge des parcs nationaux sont partie prenante de la recherche scientifique et en tirent profit : dsigns dans les textes comme des territoires dexprimentation, de recherche et de rfrence, il est ncessaire, pour bien les grer, d'en connatre l'histoire et les composantes et de comprendre les processuspasss et actuels cologiques et sociaux, qui contribuent les faonner. Les problmatiques lies la biodiversit qui intressent au premier chef les parcs nationaux sont nombreuses : inventaire de la biodiversit, valuation du bon tat de conservation et connaissance des processus fonctionnels, gestion des espces et des milieux, matrise de certaines populations, changement climatique (rchauffement et acidification des mers et ocans), changement de rpartition despces, maladies mergentes, invasions biologiques, impact des activits humaines, relations faune sauvagefaune domestique, pollutions,

Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Tela Botanica 12 salaris 12 000 membres (dont 65 % de professionnels) Comit scientique et technique : 18 scientiques Prsident : Daniel Mathieu, dmathieu@tela-botanica.org www.tela-botanica.org
Prsentation page 69

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Ville de Montpellier Direction Paysage & nature Directeur : Philippe Croze, philippe.croze@ville-montpellier.fr www.montpellier.fr
Prsentation page 72

D. Hmeray

Parc national de la Vanoise .

identification des continuits cologiques et intgration dans les trames vertes et bleues, reprsentations sociales de la nature, valuation des services cologiques... PNF pilote pour le compte des parcs des tudes scientifiques transversales (retombes conomiques des espaces protgs, approche des lments de valeur de trois parcs pilotes, application du concept de solidarit cologique, histoire de la cration des parcs nationaux...). Les parcs mettent en place depuis leur cration des programmes visant mieux connatre la biodiversit : inventaires patrimoniaux (p. ex. All Taxa Biodiversity Inventory and Monitoring dans le Mercantour), dispositifs de suivi long terme de populations d'espces emblmatiques (mrou Port-Cros, onguls dans les parcs de montagne), dispositifs de suivi thmatiques reproduction de l'aigle royal (parcs alpins), biodiversit saproxylique (Cvennes), dispositifs de suivi des changements globauxsuivi des alpages sentinelles (Ecrins), exclos forestiers et placettes de mangrove (Guadeloupe), suivi de tempratures et de la phnologie

de certains arbres (Vanoise, Mercantour), partenariats de recherche dans diffrents domaines : comprhension du fonctionnement des milieux et des invasions biologiques, contribution des zones ateliers Alpes, suivi de la fonte des glaciers Les chercheurs trouvent au sein des parcs des territoires protgs sur le long terme, souvent forte naturalit, des sries de donnes longues, un appui du Conseil scientifique et le partenariat des quipes scientifiques et techniques des parcs, des exprimentations des rintroductions d'espces.

chercheurs, des professionnels et le grand public. L'association met la disposition des botanistes francophones son savoir-faire en animation et en technologies de l'information pour faciliter la diffusion de la connaissance et le dveloppement de projets collaboratifs. Tela Botanica participe la valorisation des savoirs et facilite la coopration des botanistes aux niveaux national et international. La botanique, science qui tudie les vgtaux, est fondamentale pour apprhender dautres disciplines : la biodiversit : connatre et protger la nature ; les changements climatiques : suivre l'impact sur l'environnement ; la mdecine : source de molcules pour la sant ; lagronomie : rservoir de gnes pour le futur ; la fort : choix des essences adaptes aux changements. Il apparat aujourdhui primordial que cette science soit valorise afin de faire progresser la recherche et contribuer un dveloppement durable.

Tela Botanica : le rseau des botanistes francophones


Tela Botanica est un rseau qui met en relation chercheurs, professionnels et grand public. Cr en 1999 en partenariat avec dautres associations dont la Socit Botanique de France, le rseau Tela Botanica dveloppe des projets autour de la botanique en collaboration directe avec des

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

La biodiversit, une science citoyenne

Nogent 2008 lors d'une sortieformation sur la phnologie. Observation de l'orme lors d'une sortie-formation sur la phnologie.
I. Chuine E. Gritti

Autres quipes concernes par ce thme


Tour du Valat 25 scientiques Directeur : Jean Jalbert, jalbert@tourduvalat.org www.tourduvalat.org
Prsentation page 53

UMR AMAP botAnique et bioinforMatique de lArchitecture des Plantes (Cirad, CNRS, Inra, IRD, UM2) 44 scientiques Directeur : Daniel Barthlmy, daniel.barthelemy@cirad.fr http://amap.cirad.fr/
Prsentation page 58

UMR ESPACE-DEV Espace pour le dveloppement (IRD, UM2, Universit Antilles-Guyane, Universit de la Runion) 60 scientiques Directeur : Frdric Huynh, huynh@ird.fr www.espace.ird.fr
Prsentation page 62

Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

UMR TETIS Territoires, Environnement,Tldtection et Information Spatiale (AgroParisTech, Cemagref, Cirad) 58 scientiques dont 10 impliqus dans la thmatique Biodiversit Directeur : Jean-Philippe Tonneau, jean-philippe.tonneau@cirad.fr http://tetis.teledetection.fr
Prsentation page 54

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UR Green Gestion des Ressources Renouvelables Environnement (Cirad) 15 scientiques Directrice : Martine Antona, martine.antona@cirad.fr www.cirad.fr/ur/Green
Prsentation page 60

Outre l'animation de rseau et le dveloppement de son site Internet, Tela Botanica participe des programmes en partenariat avec d'autres structures publiques et prives, dans le but de concourir au progrs de la botanique et des sciences qui s'y rattachent : Rfrentiels taxinomiques (collaboration Musum National dHistoire Naturelle [MNHN], ONF, Fdration des CBN) : ce projet met disposition des naturalistes des rfrentiels taxinomiques complets leur permettant d'changer des informations sur la base dun rfrentiel commun. Carnet en ligne : un carnet de terrain informatique pour collecter des donnes naturalistes, permettant de dposer des observations, des photos de plantes, de les trier et de les rechercher. Interoprabilit des bases de donnes naturalistes (collaboration DIREN, Rgion LanguedocRoussillon) : pour une collaboration entre les collecteurs et la mise disposition dinformations aux utilisateurs et services publics. Phytosociologie : formation annuelle la phytosociologie synusiale intgre pour un public vari et mise disposition d'un grand nombre d'information sur le sujet. Pl@ntNet (collaboration UMR AMAP, INRIA) : rseau collaboratif visant la cration dune plateforme informatique destine faciliter lacquisition, lanalyse et lexploitation collaborative de donnes sur le monde vgtal. Vigie-Flore (collaboration MNHN) : observatoire des plantes communes visant le suivi de la distribution de la

flore au cours du temps afin dvaluer limpact des activits humaines et des changements globaux sur la biodiversit. Recensement des herbiers (collaboration UM2, AMAP, MHN d'Aix-en-Provence, CBN de Porquerolles) : recenser et expertiser tous les herbiers, publics et privs, conservs en Languedoc-Roussillon avec un outil de saisie en ligne (collections en ligne). Global Plant Initiative (UM2, Universit Mohamed V, Fondation Mellon) : coopration de dizaines d'institutions dAfrique, d'Amrique latine, dEurope et des tats-Unis, afin de crer une bibliothque numrique permanente des ressources scientifiques concernant les types nomenclaturaux de plantes de toutes les rgions du monde. L'Observatoire des Saisons (collaboration GDR CNRS 2968) : programme scientifique sollicitant la participation du grand public pour relever des donnes sur la phnologie de plantes communes. Lassociation dveloppe les principes dune science participative et citoyenne. Ce sont des milliers dinscrits au rseau, issus de pays diffrents et de comptences varies, qui contribuent bnvolement au dveloppement des connaissances. Notre quipe informatique, forte de 10 annes dexprience en dveloppement doutils participatifs, assure la fiabilit et la prennit de ce travail collaboratif. Ainsi, Tela Botanica offre la possibilit chacun de pouvoir simpliquer dans la ralisation de projets. Toutes les donnes collectes sont rutilisables de faon libre et gratuite.

Pl@ntNet, un rseau collaboratif et une plateforme informatique ddis la compilation et au partage doutils et de connaissances en botanique
diffuser concerneront des donnes de toute nature (herbiers, photos, distribution gographique, phnologie, cologie, usages, etc.). Ces outils seront en libre accs, utilisables directement sur la plateforme ou hors-ligne, et permettront aux utilisateurs de grer individuellement leurs propres donnes botaniques, puis de les changer avec dautres utilisateurs scientifiques, professionnels de lenvironnement ou amateurs. Les donnes accumules seront ainsi mobilisables pour des projets de science citoyenne, par exemple la ralisation de flores, dindex taxinomiques ou de supports de formation interactifs. Lergonomie et lefficacit des logiciels dvelopps seront values par un panel dutilisateurs, au travers du rseau Tela Botanica et dans le cadre de projets pilotes raliss avec de nombreux partenaires internationaux afin dassurer ladquation des applications aux besoins et attentes des utilisateurs finaux. Plusieurs thses en indexation et recherche par le contenu visuel ainsi quen cologie sont programmes ; Page d'accueil du site Pl@ntNet. leurs rsultats seront directement intgrs dans la plateforme. Lensemble de ces recherches permettra des avances significatives en agronomie, cologie, bioinformatique, Pl@ntNet est une initiative propose par un consortium botanique tropicale et mditerranenne. international regroupant de nombreux organismes autour de trois quipes : AMAP, lquipe-projet IMEDIA de lInstitut Pl@ntNet sinscrit dans le vaste mouvement international national de recherche en informatique et automatique et le pour une meilleure gestion et valorisation des informations rseau de botanique francophone Tela Botanica. Ce projet de 4 taxinomiques, en complment dautres initiatives internationales ans, (soutenu par Agropolis Fondation, vise la cration dune (Global Biodiversity Information Facility, European Distributed Institute plateforme informatique destine faciliter lacquisition, l'analyse et of Taxonomy, Encyclopedia of Life, KeyToNature) et utilisera les lexploitation collaborative de donnes sur le monde vgtal par standards dfinis par le Taxonomic Database Working Group. trois grandes catgories dacteurs : scientifiques, gestionnaires et citoyens. Contacts : Daniel Barthlmy, daniel.barthelemy@cirad.fr Nozha Boujemaa, Nozha.Boujemaa@inria.fr Les besoins croissants de synthses pour rpondre aux principaux Daniel Mathieu, dmathieu@tela-botanica.org dfis mondiaux qui impliquent le rgne vgtal, ncessitent la & Jean-Francois Molino, jean-francois.molino@ird.fr collecte de masses importantes de donnes, et la valorisation des donnes existantes. Les outils informatiques d'annotation, de Pour plus dinformations : www.plantnet-project.org navigation et dexploitation que Pl@ntNet va mettre au point et

Une philosophie de terrain au service de la biodiversit


La conservation de la biodiversit opre en contexte de double incertitude : une incertitude factuelle (Quel est ltat initial du milieu ? Quelles sont les consquences probables de telle ou telle mesure ?) et une incertitude normative (Quelle biodiversit devons-nous protger ? Pour quelles raisons faudrait-il le faire ?). La mthode exprimentale permet de faire face lincertitude factuelle. Elle sattache lever lincertitude et, lorsque cest impossible, la prendre en compte en mettant en place un protocole de suivi des effets dune mesure donne afin de lajuster en fonction de ladquation de ses effets avec lobjectif de gestion initiale. Mais quen est-il de lincertitude normative ? Diffrentes valeurs entrent en jeu, et ventuellement en comptition, pour justifier la conservation de la biodiversit : intrts des tres humains prsents ou venir, droit des animaux, respect du vivant, valeur intrinsque des espces ou des processus volutifs, etc. Sopposant la dichotomie traditionnelle entre faits et valeurs, lapproche pragmatiste soutient que la frontire entre ce qui est et ce qui devrait tre est bien plus poreuse que les philosophes occidentaux ne lont jusqu prsent admis. Les valeurs ne seraient pas des entits abstraites quil convient de dcouvrir et dorganiser de faon rationnelle et universaliste, mais elles seraient des outils pratiques, dont se dotent les individus et les groupes sociaux pour faire face aux problmes quils rencontrent. Ces valeurs pourraient alors tre lobjet dune investigation exprimentale, au mme titre que les phnomnes cologiques. Do lide dune vritable philosophie de terrain, qui parte des reprsentations, des dclarations et des actions des acteurs engags dans des problmes concrets pour fonder par le bas un cadre normatif permettant dclairer les tensions que la conservation de la biodiversit ne manque pas de soulever, quil sagisse de tensions internes (quelle biodiversit conserver ?) ou de tensions externes (quel quilibrage effectuer entre la conservation de la biodiversit et dautres demandes sociales ?). Contact : Virginie Maris, virginie.maris@cefe.cnrs.fr

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

La biodiversit, une science citoyenne

Fleurissement extensif Montpellier.


M. Croze

Le combat pour la vie sur terre sera gagn ou perdu dans les villes, les collectivits locales ont un rle majeur jouer car les changements globaux dbutent au niveau local a dclar Ahmed Djoghlaf, secrtaire gnral de la Convention sur la diversit biologique. Consciente de cet enjeu, jai engag la Ville de Montpellier dans une dmarche volontaire autour des deux dfis majeurs plantaires, la lutte contre le rchauffement climatique et celle contre lrosion de la biodiversit. Montpellier doit devenir dans ce dernier domaine une rfrence nationale, voir internationale grce sa richesse en diversit biologique, en chercheurs dans ce domaine et en militants associatifs.
Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Montpellier, une ville rsolument engage dans la prservation de la biodiversit


Montpellier, capitale du LanguedocRoussillon, rgion qui comporte le plus de sites Natura 2000 en France, possde un pass glorieux sur le plan de la botanique avec le plus ancien jardin botanique et le deuxime herbier de France. Sa croissance au cours des dernires dcennies sest ralise en prservant de grands espaces de nature et leur richesse biologique, et en dveloppant une politique active de gestion de ces derniers. Laccroissement des zones vertes au sein des zones urbanises a permis davoir un nombre important despces animales (101 doiseaux, 18 de mammifres, 27 de poissons, 13 de reptiles), et plus de 1 000 espces vgtales indignes Montpellier. Les mesures prises en faveur de la biodiversit sont les suivantes : Jardin des Plantes : afin damliorer les conditions de conservation des espces, la ville soutient financirement sa rnovation en vue de sa conversion en outil de diffusion de la culture scientifique.

Hlne Mandroux, Maire de la ville de Montpellier

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Parc zoologique : cet quipement municipal privilgie les espces les plus menaces (50 sur les 120 prsentes) et participe la sensibilisation du public travers des campagnes dinformation (Save the Rhinos, les grenouilles ont besoin de vous, les carnivores europens) ainsi qu la rintroduction despces dans leur milieu dorigine. Gestion durable des parcs et espaces naturels : depuis les annes 1990, les parcs et jardins sont grs de manire favoriser la conservation, voire lamlioration de la biodiversit (abandon des pesticides, installation de flore indigne, gestion de leau). Ralisation dune trame verte : afin de relier les parcs, jardins et espaces naturels entre eux et ainsi viter une fragmentation qui serait nfaste la biodiversit, un vaste programme de ralisation dune trame verte est en cours, alliant dplacements doux et liaisons biologiques. Sensibilisation du public : rconcilier lhomme urbain avec la nature, le sensibiliser aux menaces qui psent sur la biodiversit et diffuser la culture scientifique et technique sont des objectifs prioritaires raliss travers le programme Main verte , les animations et visites au parc zoologique et lorganisation de la fte de la biodiversit .

Collaboration avec le milieu scientifique : la richesse de la recherche sur la biodiversit Montpellier est utilise, comme par exemple ltude sur lenherbement des pieds darbres (CEFE/CNRS), le suivi de la croissance des vgtaux dans la serre amazonienne, la lutte contre les ravageurs du palmier Laccs du public des congrs scientifiques (Congrs mondial de leau, Apimondia) participe cette collaboration. Elle sera accentue en 2010, 2011 et 2012 loccasion de la tenue de plusieurs congrs scientifiques internationaux (congrs mondial dethnobiologie en 2012, congrs europen des parcs zoologiques en 2011). Avec son engagement la Convention sur la diversit biologique aux cts de Montral,

Curitiba, Singapour, Nagoya et Bonn, Montpellier souhaite poursuivre ces actions par ladoption dun plan Biodiversit selon trois axes : Observer et connatre Conserver et restaurer Sensibiliser et duquer Un des objectifs principaux de ce plan est de restaurer les liens entre les habitants et la nature ordinaire qui les entoure en ville afin de les sensibiliser lenjeu mondial de la conservation de la biodiversit. Parmi les nombreuses actions mises en uvre, citons : le dveloppement de la coopration avec le milieu scientifique ; louverture dactivits pdagogiques dans le cadre de lAgriparc autour de la vigne, de lapiculture et de loliculture ;

la valorisation et la gestion des friches urbaines et des dlaisss afin quils participent par leur richesse biologique la trame verte urbaine ; la mise en uvre de rseaux dobservation de la biodiversit urbaine bass sur la participation volontaire des habitants et des publics scolaires portant sur la faune et la flore ; la prennisation de la fte de la biodiversit, moment de rencontre entre les habitants, les chercheurs, les associations et les gestionnaires despaces naturels ; louverture du centre Darwin au parc zoologique, centre de ressources sur la faune sauvage pour tous les publics.

Ecovolontaires observant des globicphales, Globicephala melas.


C. Arnal Cybelle Mditerrane

Le programme sciences citoyennes Cybelle Mditerrane


Cybelle Mditerrane est un programme de sciences citoyennes en mer Mditerrane. Ce programme suit grande chelle et long terme la biodiversit marine pour mieux comprendre limpact des changements de lenvironnement (notamment climatiques) sur la mer Mditerrane. Les objectifs sont (1) de rassembler les scientifiques et les non-scientifiques et (2) de mesurer simplement et de suivre les changements de biodiversit. Cybelle Mditerrane se base sur la contribution damateurs, de plongeurs ou de plaisanciers pour effectuer, sans formation pralable, des observations en mer. Des protocoles simples ont t tablis par des spcialistes et des scientifiques. Les informations collectes sont restitues par les amateurs sur un site web et alimentent une base de donnes mise la libre disposition de la communaut scientifique et des gestionnaires. Ce programme, dmarr en 2009, est l'initiative de l'association Cybelle Plante, et rassemble une commission scientifique et pdagogique compose d'une vingtaine d'acteurs. Un bulletin annuel est tlchargeable en ligne. Contacts : Cline Arnal, contact@cybelle-mediterranee.org & Serge Morand, serge.morand@univ-montp2.fr
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Pour plus dinformations : www.cybelle-mediterranee.org

La biodiversit, une science citoyenne

Fleur de mlze.
E. Gritti UMR CEFE

L'Observatoire Des Saisons


LObservatoire Des Saisons (ODS) est un programme de science participative destination du grand public. Ses objectifs sont triples : (1) sensibiliser le public l'impact du rchauffement climatique sur la flore et la faune, (2) faire participer le public la collecte dinformation sur les rythmes saisonniers de la flore et de la faune, (3) proposer un lieu dchanges privilgis avec les chercheurs travaillant dans le domaine de la biodiversit et des changements climatiques. La recherche sur les impacts du changement climatique a un besoin urgent dobservations phnologiques (rythmes saisonniers) sur lensemble du territoire et sur de nombreuses espces. Les rythmes saisonniers sont en effet trs fortement modifis par le changement climatique, ce qui occasionne des modifications profondes du fonctionnement des cosystmes, voire met en pril la survie de certaines espces. Les observations faites travers toute la France par lODS alimentent ainsi, au fur et mesure, une vaste base de donnes valides et exploites par les chercheurs. LODS ncessite de la part du participant une observation de son environnement local et des organismes qui y vivent. Il permet, mme pour un public citadin, de prendre conscience du monde vivant qui lentoure et des modifications quentrane le changement climatique sur celui-ci. La simplicit des observations permet la participation de toute personne, quels que soient son ge, sa profession et son origine socioculturelle. LODS permet au public de prendre galement conscience des enjeux scientifiques mais aussi socioconomiques du changement climatique grce aux changes avec les chercheurs impliqus dans le projet. Cette opration est linitiative du Groupement de Recherche 2968 (Systmes d'Information Phnologique pour la Gestion et l'tude des Changements Climatiques) du CNRS rassemblant une trentaine dacteurs. Elle est anime par trois associations : Tela Botanica (www.tela-botanica.org), Plante Sciences (www.planete-sciences.org/national) et le Centre de Recherches sur les cosystmes dAltitude (www.crea.hautesavoie.net/crea). Contacts : Isabelle Chuine, isabelle.chuine@cefe.cnrs.fr & Violette Roche, violette@tela-botanica.org
Pour plus dinformations : www.obs-saisons.fr

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

M. Croze

Vendanges l'Agriparc du Mas Nouguier.

Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

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Thmatiques couvertes par les quipes de recherche


(Octobre 2010)
es diffrentes units et quipes de recherche apparaissant dans le texte de ce dossier sont consignes dans le tableau ci-dessous.

1. Origine et volution de la biodiversit 2. Biodiversit fonctionnelle 3. Socits et biodiversit 4. Modliser, scnariser la biodiversit 5. La biodiversit, une science citoyenne

Les thmatiques principales de chacune des quipes sont signales en rouge () dans le tableau ci-dessous. Page : prsentation de lquipe

Units
Bioversity International (CGIAR) Stephan Weise Ecotron Europen de Montpellier (CNRS) Jacques Roy Parcs Nationaux de France (ministre de lcologie, de lnergie, du Dveloppement durable et de la Mer en charge des Technologies vertes et des Ngociations sur le climat) Jean-Marie Petit Tela Botanica Daniel Mathieu Tour du Valat Jean Jalbert UMR AMAP - botAnique et bioinforMatique de lArchitecture des Plantes (Cirad, CNRS, Inra, IRD, UM2) Daniel Barthlmy UMR BETM - Biologie et cologie tropicale et mditerranenne (CNRS, UPVD) Andr Thron UMR BGPI - Biologie et Gntique des Interactions Plantes-Parasites (Cirad, Inra, Montpellier SupAgro) Jean-Loup Notteghem UMR BIOM - Biologie Intgrative des Organismes Marins (CNRS, UPMC) Herv Moreau UMR CBAE - Centre de Bio-Archologie et dcologie (CNRS, EPHE, Inrap, UM2) Jean-Frdric Terral UMR CBGP - Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (Cirad, Inra, IRD, Montpellier SupAgro) Flavie Vanlerberghe UMR CEFE - Centre dcologie Fonctionnelle et volutive (Cirad, CNRS, EPHE, IRD, Montpellier SupAgro, UM1, UM2, UM3) Philippe Jarne
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UMR CMAEE - Contrle des maladies animales exotiques et mergentes (Cirad, Inra) Dominique Martinez UMR DGIMI - Diversit, Gnomes & Interactions Microorganismes Insectes (Inra, UM2) Patrick Tailliez UMR Eco&Sols - cologie fonctionnelle et Biogochimie des Sols & Agro-cosystmes (Cirad, Inra, IRD, Montpellier SupAgro) Jean-Luc Chotte UMR ECOSYM - cologie des systmes marins ctiers (CNRS, IRD, UM2) Marc Troussellier UMR EME - cosystmes Marins Exploits (Ifremer, IRD, UM2) Philippe Cury UMR ESPACE-DEV - Espace pour le dveloppement (IRD, UM2, Universit Antilles-Guyane, Universit de la Runion) Frdric Huynh

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Units
UMR Interactions Htes-vecteurs-parasites dans les Trypanosomoses (Cirad, IRD) Grard Cuny UMR ISEM - Institut des Sciences de lvolution de Montpellier (CNRS, IRD, UM2) Jean-Christophe Auffray UMR LAMETA - Laboratoire Montpellirain dconomie Thorique et Applique (CNRS, Inra, Montpellier SupAgro, UM1) Jean-Michel Salles UMR LOMIC - Laboratoire dOcanographie Microbienne (CNRS, UPMC) Stphane Blain UMR LSTM - Laboratoire des Symbioses Tropicales et Mditerranennes (Cirad, Inra, IRD, Montpellier SupAgro, UM2) Michel Lebrun UMR LECOB - Laboratoire dEcogochimie des Environnements Benthiques (CNRS, UPMC) Nadine Le Bris UMR MIVEGEC - Maladies infectieuses et vecteurs : cologie, gntique, volution et contrle (CNRS, IRD, UM1) Didier Fontenille UMR TETIS - Territoires, Environnement, Tldtection et Information Spatiale (AgroParisTech, Cemagref, Cirad) Jean-Philippe Tonneau UMS 2348 OOB - Laboratoire ARAGO Observatoire Ocanologique de Banyuls-sur-Mer (CNRS, IRD, UPMC) Philippe Lebaron UPR Acridologie - cologie et matrise des populations dacridiens (Cirad) Michel Lecoq UPR AGIRs - Animal et Gestion Intgre des Risques (Cirad) Franois Roger UPR Matrise des bioagresseurs des cultures prennes (Cirad) Christian Cilas UR Biens et Services des cosystmes Forestiers Tropicaux : intgrer les enjeux lis aux changements globaux (Cirad) Alain Billand UR COREUS - Biocomplexit des cosystmes coralliens de lIndo-Pacique (IRD, UPMC) Claude Payri UR Dynamiques socio-environnementales et gouvernance des ressources (IRD) Genevive Michon UR Green - Gestion des Ressources Renouvelables Environnement (Cirad) Martine Antona USDA-ARS-EBCL - Laboratoire Europen de Lutte Biologique Kim Hoelmer Ville de Montpellier - Direction Paysage & nature Philippe Croze

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Les formations Agropolis International


dans le domaine de la biodiversit
gropolis International, au travers de ses tablissements membres, universits et coles dingnieurs (et institutions spcialises dans la formation continue), propose une offre de formation complte.

Cela reprsente plus de 80 formations diplmantes (de bac +2 bac +8 : technicien, ingnieur, licence, master, mastre spcialis, doctorat...) ainsi quune centaine de modules de formation continue (prexistants ou la carte).

Les tableaux prsents ci-aprs dtaillent les formations relevant du domaine de la biodiversit . Ils prcisent les niveaux de diplmes, les intituls des formations et les tablissements oprateurs.

Les formations diplmantes


Niveau Diplme Intitul de la formation et spcialit
Biologie Gosciences Biologie Environnement
Ouverture programme en septembre 2011

tablissement
UM2 UM2 Univ. Nmes UPVD UPVD UPVD Montpellier SupAgro, UM3, EPLEFPA de Lozre Montpellier SupAgro, UM3, EPLEFPA Carcassonne Montpellier SupAgro, UM3, CFPPA Bordeaux, CFPPA Beaune UM3, Montpellier SupAgro UM2 UM2 UM2, Montpellier SupAgro UM2, Montpellier SupAgro UM2 UM2, Universit de la mer Ege (Grce) UM2, Univ. Abomey (Bnin) UM2 UM2, Universit Paris VI, Museum national dHistoire Naturelle UM2 UM2, UM1

Licence

Biologie Biologie - cologie Sciences de la terre et de lEnvironnement Gestion et amnagement durable des espaces et des ressources Gestion agricole des espaces naturels ruraux

Bac +3 Agriculture raisonne Licence professionnelle Viticulture raisonne Coordinateur de projets en ducation l'environnement pour un dveloppement durable (CEEDDR) Etude et Dveloppement des Environnements Naturels (EDEN)
Parcours intgrant la Licence Gosciences Biologie Environnement

Bac +4

Diplme dUniversit

Chef de projet en aquaculture et halieutique Biologie, gosciences, agroressources, environnement (BGAE) Parcours Biodiversit, cologie, volution (BEE) Biologie, gosciences, agroressources, environnement (BGAE) Parcours Diversit et volution des plantes et de leurs symbiotes (DEPS)

Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Biologie, gosciences, agroressources, environnement (BGAE) Parcours cologie et volution des parasites (EEP) Biologie, gosciences, agroressources, environnement (BGAE) Parcours Biodiversit Bac +5 Master Biologie, gosciences, agroressources, environnement (BGAE) Parcours Entomologie mdicale et vtrinaire (EMV) Biologie, gosciences, agroressources, environnement (BGAE) Parcours Fonctionnement des cosystmes naturels et cultivs (FENEC) "Biologie, gosciences, agroressources, environnement" (BGAE) Parcours Biodiversit Vgtale Tropicale (BVT) Chef de projet en aquaculture et halieutique Biologie, gosciences, agroressources, environnement (BGAE) Parcours Systmes microbiens (SM)

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Niveau

Diplme

Intitul de la formation et spcialit


Biologie, gosciences, agroressources, environnement (BGAE) Parcours Palontologie, phylognie et palobiologie (PPP) Biologie, Chimie, Environnement Spcialit Dveloppement, Interactions et volution du Vivant (DINEV) Sciences de la vie et de la terre Spcialit Environnement et gestion de la biodiversit (EGB) conomie rurale et agroalimentaire (ERA) Spcialit Agriculture, Alimentation & Dveloppement Durable (A2D2) Sciences humaines et sociales (SHS) Spcialit Innovation et dveloppement des territoires ruraux (IDTR) Master Sciences humaines et sociales (SHS) Spcialit Acteurs du dveloppement rural en rgions chaudes (ADR) Biologie, Chimie, Environnement Spcialits Biodiversit et dveloppement durable (BDD), Milieux aquatiques (MA), Molcules bioactives (MoBi) Biologie, gosciences, agroressources, environnement (BGAE) Parcours Bioressources aquatiques en environnement mditerranen et tropical (BAEMT), Biotraabilit, biodtection et biodiversit (BBB), Ingnierie en cologie et en gestion de la biodiversit (IEGB) Biologie, gosciences, agroressources, environnement (BGAE) Parcours Maladies infectieuses, vectorielles et alimentaires (MIVA) Gosciences et environnements marins Spcialit Gosciences marines appliques (GMA) Sciences de la vie et de la terre Spcialit Environnement et gestion de la biodiversit (EGB) Agronomie-agroalimentaire des rgions chaudes Spcialit Gestion environnementale des cosystmes et forts tropicales (GEEFT) Agronomie-agroalimentaire des rgions chaudes Spcialit Horticulture mditerranenne et tropicale (HORTIMET)

tablissement
UM2, Univ. Poitiers, Univ. Rennes 1 UPVD EPHE UM1, Montpellier SupAgro, IAM.M UM3, Montpellier SupAgro, IAM.M UM3, Montpellier SupAgro UPVD

UM2

Cirad, UM2, Institut Pasteur, Univ. Kasetsart (Thalande) UPVD EPHE AgroParisTech, Montpellier SupAgro Montpellier SupAgro, INH Angers AgroParisTech, Montpellier SupAgro, Agrocampus Rennes, INH Angers

Bac +5

Master dcole dingnieur

Agronomie-agroalimentaire des rgions chaudes Spcialit Sant des plantes Agronomie-agroalimentaire des rgions chaudes Spcialit Systmes et techniques innovants pour un dveloppement agricole durable (STIDAD) Parcours Semences et plants mditerranens et tropicaux (SEPMET) Parcours Productions Animales en Rgions Chaudes (PARC) Foresterie tropicale durable / Sustainable tropical forestry (SUTROFOR)

Montpellier SupAgro

AgroParisTech et quatre universits europennes UM2, Universits de Groningen (Pays-Bas), Munich (Allemagne) et Uppsala (Sude)

Master europen "Biologie, gosciences, agroressources, environnement" (BGAE) Master Erasmus Mundus in Evolutionary Biology (MEME) Ingnieur agronome Spcialisations Amlioration des plantes et ingnierie vgtale mditerranenne et tropicale (APIMET), Gestion de leau, des milieux cultivs et de lenvironnement (GEME), Productions vgtales durables (PVD), Territoires et ressources : politiques publiques et acteurs (TERPPA) Ingnieur Ingnieur agronome Spcialisation Protection des plantes et environnement Ingnieur forestier Gestion environnementale des cosystmes et forts tropicales (GEEFT) Option Foresterie rurale et tropicale (FRT) Mastre spcialis Bac +6 Ingnieur dapplication Fort, Nature et Socit Option tropicale Ingnieur GREF Voie d'approfondissement Fort, nature et socit Option tropicale

Montpellier SupAgro

Montpellier SupAgro, AgroParisTech, Agrocampus Rennes AgroParisTech

AgroParisTech AgroParisTech

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Les formations Agropolis International

Les formations courtes non diplmantes


tablissement

Intitul de la formation
Connatre et bien utiliser le bois (2 j.) Formation SIG et logiciels libres (en fonction de la demande) Faune sauvage et dveloppement (10 j.) Lexpertise acridienne : lutte contre les criquets ravageurs (en fonction de la demande) Identication des ravageurs des cultures marachres en zones priurbaines tropicales (5 j.) Observatoires et systmes dinformation gographique pour lamnagement rural et la gestion de lenvironnement (4 semaines)

Cirad

Aquaculture tropicale (10 j.) Diversication fruitire (15 j.) Technique de production semencire (10 j.) Technique de slection et de conduite de bons cultivars des diffrents fruits cultivs (5 j.) Larchitecture vgtale : lecture a posteriori de la croissance et des contraintes environnementales (8 x j) Observatoires et systmes dinformation gographique pour lamnagement rural et la gestion de lenvironnement (20 j.) Produits amylacs tropicaux et mditerranens Les fruits et lgumes tropicaux Pratiques naturalistes : Insectes dans lexploitation agricole Prendre en conte le patrimoine Agroforesterie

Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Valorisation culturelle des plantes sauvages et comestibles Montpellier SupAgro Les acariens phytophages et prdateurs en arboriculture Les insectes dimportance agronomique : pratique de lidentication au laboratoire Macro invertbrs benthiques et qualit des rivires De la mouche de pche lcologie des cours deau : les invertbrs aquatiques et leur habitat Qualit de leau et cologie des rivires Activits de pleine nature et environnement : approche pluridisciplinaire Agriculture et biodiversit : lexemple des plantes messicoles Microbiologie des eaux (module licence STE Gosciences, prvention et traitement des pollutions) Dauphins et baleines (phylogense des ctacs, les espces, anatomie, biologie, adaptations, comportements, prservation)

UM2

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Formation d'tudiants de l'Universit de Maha Sarakham, Thalande, aux investigations parasitologiques en cologie, projet CErOPath.
S. Morand UMR ISEM

une dure de trois ans, le doctorat sanctionne un travail de recherche dans un laboratoire. Tout tudiant sinscrivant en doctorat est en outre rattach une cole doctorale. Les coles doctorales regroupent les units de recherche ou laboratoires daccueil autour de grandes thmatiques. Elles ont pour mission, outre lencadrement scientifique direct des doctorants, doffrir des complments de formation apports pendant les trois annes de prparation de la thse sous forme de sminaires et confrences scientifiques et de modules de formation. Ces modules ont pour but damliorer la formation scientifique des doctorants et de mieux prparer leur avenir professionnel. Deux coles doctorales sont concernes par la thmatique de la biodiversit :

cole doctorale Systmes Intgrs en Biologie, Agronomie, Gosciences, Hydrosciences, Environnement (SIBAGHE)
L'cole doctorale SIBAGHE (Systmes Intgrs en Biologie, Agronomie, Gosciences, Hydrosciences, Environnement), est une cole de lUM2 pour les Sciences de la Vie et de la Terre. Elle est co-accrdite avec Montpellier SupAgro et AgroParisTech pour les Sciences agronomiques et environnementales, avec lUniversit pour la gnomique et le dveloppement vgtal, la microbiologie et la parasitologie, pour lcologie des maladies mergentes et les sciences de leau Lcole doctorale SIBAGHE compte environ 400 doctorants et sappuie sur 40 units de recherche qui lui sont rattaches, 450 encadrants et plusieurs quipes de recherche extrieures associes. Chaque doctorant de l'cole doctorale SIBAGHE doit justifier du suivi de deux modules de formation scientifique et de deux modules d'ouverture professionnelle. Lcole doctorale gre les inscriptions en thse, assure le suivi des doctorants, veille au respect de la charte de thse et organise les cours de thse et aide l'insertion professionnelle. Elle est assiste dun conseil et gre par un bureau. Dans le domaine de la biodiversit, lcole doctorale SIBAGHE accueille

des thses sur lcologie, lvolution, lcophysiologie animale et vgtale, la biologie des communauts et des cosystmes, la palontologie, la phylognie, la palocologie, la microbiologie, lcologie et lvolution de la transmission et de lmergence des maladies ainsi que sur les sciences de la terre et de leau.

cole doctorale Territoires, Temps, Socits et Dveloppement (TTSD)


Lcole doctorale TTSD (Territoires, Temps, Socits et Dveloppement) est une cole de lUM1, lUM3 et lUPVD. Elle concerne 15 units de recherche, 95 directeurs de recherche et prs de 500 doctorants. Elle regroupe 20 doctorats, dont le doctorat Biologie des populations et cologie . Les principaux axes de recherche comprennent entre autres : lespace rural, le dveloppement durable, la prvention des risques et la prservation des espaces naturels ; les relations entre socit (groupes humains, institutions, entreprises) et lenvironnement (territoires, ressources) ; les proprits physiques et ressources (naturelles ou technologiques) des territoires ruraux ou urbains... Dans le domaine de la biodiversit, lcole doctorale TTSD accueille des thses sur, par exemple, linfluence des facteurs agro-cologiques sur la dynamique des populations despces ravageuses, le dveloppement de marqueurs molculaires chez les Orthoptres, etc.

cole doctorale Systmes Intgrs en Biologie,Agronomie, Gosciences, Hydrosciences, Environnement (ED SIBAGHE) (AgroParisTech, Montpellier SupAgro, UAPV, UM1, UM2, UPVD) Directeur : Bernard Godelle, godelle@univ-montp2.fr www.sibaghe.univ-montp2.fr cole doctorale Territoires,Temps, Socits et Dveloppement (ED 60 TTSD) (UM1, UM3, UPVD) Directeur : Denis Brouillet, denis.brouillet@univ-montp3.fr http://recherche.univ-montp3.fr

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Contacts et coordonnes

Liste des acronymes et abrviations


ALARM ARS Biochimar CBOL CE Cemagref CGIAR Cirad CNRS COGERON DIREN DiWOOD DNV EBONE EBCL EC2CO EDEN EGEO EPHE EUR-OCEANS GCIAR GDR GEO-HYD GEOMATYS GPS iBOL IFB IFR IFRECOR Ifremer Inra Inrap IRD JdR MEDIMEER MICROBEX MNHN MOLA ODS OMS ONF ONG ORB OSU QBOL SHS SIG SINP THA UE UM1 UM2 UM3 UMR UMR-S UNESCO UPMC UPR UPS UPVD UR US USDA Programme Assessing LArges Risks for biodiversity with tested Methods Agricultural research service / Service de recherche agricole amricain Groupe de recherche Biodiversit et chimiodiversit marines Consortium for the Barcode of Life / Consortium pour le code-barres du vivant Communaut europenne Institut de recherche pour l'ingnierie de l'agriculture et de l'environnement Groupe Consultatif pour la Recherche Agricole Internationale La recherche agronomique pour le dveloppement Centre National de la Recherche Scientique Projet Cogestion des Rcifs et lagons forte valeur patrimoniale en Nouvelle-Caldonie Direction rgionale de l'environnement Diversity of organisms associated with marine wood falls Densovirus European Biodiversity Observation Network European Biological Control Laboratory Ecosphre Continentale et Ctire Emerging Diseases in a changing European eNvironment Bureau conseil Environnement et Gomatique cole Pratique des Hautes tudes European Network of Excellence for Ocean Ecosystems Analysis Groupe Consultatif pour la Recherche Agricole Internationale Groupe de Recherche Gestion Intgre des Ressources Naturelles, Systmes dInformation & Aide la Dcision Gomatique & Dveloppements Durables Global Positioning System / Systme de golocalisation par satellite International Barcode of Life, Gnome Canada Institut Franais de la Biodiversit Institut Fdratif de Recherche Initiative Franaise pour les Rcifs Coralliens Institut Franais de Recherche pour l'Exploitation de la Mer Institut National de la Recherche Agronomique Institut national de recherches archologiques prventives Institut de recherche pour le dveloppement Jeu de rles Mediterranean Platform for Marine Ecosystem Experimental Research Plateforme de Microbiologie Exprimentale Musum National dHistoire Naturelle Microbial Observatory Laboratoire Arago Observatoire Des Saisons Organisation Mondiale de la Sant Ofce National des Forts Organisation non gouvernementale Observatoire Rgional de la Biodiversit Observatoire des Sciences de lunivers Quarantaine Barcoding of Life Sciences humaines et sociales Systme dinformation gographique Systme d'Information sur la Nature et les Paysages Trypanosomose Humaine Africaine Union europenne Universit Montpellier 1 Universit Montpellier 2 Universit Montpellier 3 Unit mixte de recherche Unit mixte de recherche et de service Organisation des Nations Unies pour lducation, la science et la culture Universit Pierre et Marie Curie Unit propre de recherche Unit propre de service Universit de Perpignan Via Domitia Unit de recherche Unit de service United States Department of Agriculture / Dpartement amricain de lAgriculture

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

Cette publication a t ralise avec le soutien de ltat et de la Region Languedoc-Roussillon. Les organismes membres et partenaires dAgropolis International impliqus dans ce dossier AgroParisTech Bioversity International Cemagref CIHEAM-IAAM Cirad CNRS EPHE Fondation pour la Recherche en Biodiversit Ifremer Inra Inrap IRD Montpellier SupAgro Parcs Nationaux de France Tela Botanica Tour du Valat UM1 UM2 UM3 Universit de Nmes UAPV UPMC UPVD Ville de Montpellier
Directeur de la publication : Bernard Hubert Coordinateurs scientifiques : Chantal Dorthe (Inra) et Serge Morand (UM2) Rdaction scientifique : Isabelle Amsallem (Agropolis Productions) Communication, iconographie : Nathalie Villemjeanne (Agropolis International) Ont particip ce numro : Jean-Franois Agnse, Avisoa Andrianarivo, Martine Antona, Cline Arnal, Jean-Christophe Auffray, Daniel Barthlmy, Dominique Basty, Didier Bazile, Alain Billand, Stphane Blain, ric Blanchart, Marie-Claude Bon, Nozha Boujemaa, Fabien Boulier, Denis Bourguet, Marc Bouvy, Alain Brauman, Denis Brouillet, Christopher Carcaillet, Isabelle Chaffaut, Jean-Luc Chotte, Isabelle Chuine, Christian Cilas, Carlo Costantini, Pierre Couteron, Dominique Coutinot, Philippe Croze, Grard Cuny, Philippe Cury, Jean-Christophe Desconnets, ric Delatre, Michel Deshayes, Vincent Devictor, Marie-Noel De Visscher, Mireille Fargette, Didier Fontenille, Emile Frison, Alain Franc, Nicola Gallai, Michel GauthierClerc, Bernard Godelle, Sylvie Gourlet-Fleury, Franck Hrard, Dominique Herv, Philippe Hinsinger, Kim Hoelmer, Frdric Huynh, Jean Jalbert, Philippe Jarne, Emmanuelle Jousselin, Fabien Joux, Philippe Karpe, Gal Kergoat, Pascal Kosuth, Renaud Lancelot, Anne-Elisabeth Laques, Gilles Landrieu, Philippe Lebaron, Jean-Dominique Lebreton, Nadine Le Bris, Michel Lebrun, Michel Lecoq, Marc Legendre, Thomas Lenormand, Christophe Le Page, Joelle Lopez, Fabrice Lorente, Jean-Nol Marien, Virginie Maris, Dominique Martinez, Daniel Mathieu, Frdric Mnard, Genevive Michon, Danielle Mitja, Bernard Moizo, Jean-Franois Molino, Serge Morand, Herv Moreau, Nicolas Mouquet, Franois Munoz, Marie-Laure Navas, Claire Newton, Jean-Loup Notteghem, Nicole Pasteur, Florence Paulet, Claude Payri, Jean-Marie Petit, Michel Petit, Simon Popy, Philippe Prvost, Valrie Puig, Jean-Yves Rasplus, Samuel Razanaka, Violette Roche, Jacques Roy, Daniel Sabatier, Jean-Michel Salles, Ren Sforza, Frdric Simard, Patrick Tailliez, Jacques Tassin, Jean-Frdric Terral, Andr Thron, Marc Troussellier, Bernard Vaissire, Flavie Vanlerberghe-Masutti, Philippe Vendeville, Anne Vezina, Stephan Weise Remerciements pour liconographie : tous les contributeurs au dossier Conception, mise en page et infographie : Olivier Piau (Agropolis Productions) info@agropolis-productions.fr Impression : Les Petites Affiches (Montpellier) ISSN : 1628-4240 Dpot lgal : Octobre 2010

Treize dossiers parus dans la mme collection dont :

Mars 2007 64 pages Franais et Anglais

Octobre 2007 68 pages Franais et Anglais

Dcembre 2008 68 pages Franais et Anglais

Juin 2009 52 pages Franais et Anglais

Fvrier 2010 68 pages Franais et Anglais

Fvrier 2010 28 pages Franais, Anglais, Portugais

Juin 2010 48 pages Franais et Anglais

Juillet 2010 68 pages Franais et Anglais

Les dossiers dAgropolis International


La srie des dossiers dAgropolis International est une des productions dAgropolis International dans le cadre de sa mission de promotion des comptences de la communaut scientifique. Chacun de ces dossiers est consacr une grande thmatique scientifique. On peut y trouver une prsentation synthtique et facile consulter de tous les laboratoires, quipes et units de recherche prsents dans lensemble des tablissements dAgropolis International et travaillant sur la thmatique concerne. Lobjectif de cette srie est de permettre nos diffrents partenaires davoir une meilleure lecture et une meilleure connaissance des comptences et du potentiel prsents dans notre communaut mais aussi de faciliter les contacts pour le dveloppement dchanges et de cooprations scientifiques et techniques.

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Biodiversit : des sciences pour les humains et la nature

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