UNIVERSITÉ DENIS SASSOU NGUESSO

Faculté des Sciences Appliquées

Licence I de Chimie

Chimie Informatique

Dr. NGAKEGNI-LIMBILI Adolphe Christian

Année académique : 2020-2021

 Chimie Informatique
Prés-requis:
Savoir manipuler un ordinateur, des logiciels
habituels de bureautique et INTERNET
Objectifs:
❖ Connaissances de base de données de recherche d’informations et
les logiciels (de visualisation, de calculs et de DAO) en relation avec
la chimie

❖ Connaissances spécifiques à la chemoinformatique (représentation

de structures par ordinateur, utilisation des bases de données
chimiques)

❖ connaitre les différentes fonctions nécessaires à sa mise en œuvre des

procédés ou unités chimiques (apprentissage des bases de CAO par
un logiciel de simulation des procédés)

Année académique: 2020-2021

Chimie Informatique
PLAN DU COURS

1. La chimie informatique et Les bases de données

2. Les sources d’informations (bibliographie)
3. Méthodologie de recherche d’information en chimie
4. Construction d’une molécule
5. Les domaines d’application
6. Initiation à des pro-logiciels:
- visualisation et calculs
- représentation des appareillages et des schémas

Année académique: 2020-2021

Chimie Informatique
I. La chimie informatique
et Les bases de données

Année académique: 2020-2021

 CHIMIE INFORMATIQUE (1)

Qu’est ce que la chimie informatique?

Chémo-Informatique
Ou
Chimie informatique =

❑Utilisation des outils informatiques (ordinateurs)

pour aider à résoudre des problèmes chimiques

❑Incorporation efficace des résultats de la chimie théorique

dans les programmes informatiques, pour calculer les
structures et les propriétés de molécules et solides
 CHIMIE INFORMATIQUE (2)

Qu’est ce que la chimie informatique?

Chémo-Informatique
Ou
Chimie informatique
=

Domaine d’application en évolution avec l’avancée de la

technologie informatique
➢ Aspect : le développement, la création, l’organisation, le
stockage, la diffusion, l’analyse, la visualisation et
l’utilisation de l’information chimique
 CHIMIE INFORMATIQUE (2)

Qu’est ce que la chimie informatique?

Chémo-Informatique
Ou
Chimie informatique
=

➢ Intégration des différents aspects de l’information

chimique

Méthodes
▪ situations statiques et dynamiques

➢ Méthodes indispensables pour le développement de

nouveaux composés, matériaux et processus
Les bases de données ou banque de données (1)

Qu’est ce qu’une base (ou banque de données)?

« Ensemble de données relatif à un
domaine défini de connaissance et
organisé pour être offert aux
utilisateurs » (JO du 17 janvier 1982)

Technique ou méthode
d’organisation d’archivage ou de
stockage d’information

Sciences, santé, finances,

Culture et Art, …
Les bases de données ou banque de données (1)

Qu’est ce qu’une base (ou banque de données)?

Plusieurs objets nommés
« bases de données » collectés = Banque de données

Cette définition indique les deux aspects complémentaires

de la banque de données :

❖ la constitution

❖ sa structuration
Les bases de données ou banque de données (1)

Qu’est ce qu’une base (ou banque de données)?

La banque de données :

❖ Institution, Société commerciale ou Service

de documentation

❖stockée sur serveur

❖affichée sur micro-ordinateur de

l’utilisateur en réponse à une requête
Les bases de données ou banque de données (1)

Qu’est ce qu’une base (ou banque de données)?

La banque de données :

Différentes types d’information sont prises en

compte dans les banques de données :
▪références bibliographiques
▪bases de connaissances
(données factuelles ou numériques)
▪texte intégral
▪structures chimiques
▪images
Les bases de données ou banque de données (2)
1) Bases de données factuelles et numériques

• Le site NIST • GAPHYOR • NCI-3D • WebElements

• ChemExper • ChemINDEX • SOLV-DB

• ChemFinder • Tableau périodique des éléments

• MEMS Material Database

• Organic Compounds Database

• Société Française de Chimie

• Properties of 200 linear macromolecules and small molecules

Les bases de données ou banque de données (4)
2) Bibliotheques de sciences
Collection de vulgarisation scientifique
Collection articulée en grands thèmes

Bibliothèque d'étude et de recherche, désigner les bibliothèques

dédiées à l’information scientifique et technique

Bibliothèques de sciences (ou de sections sciences en bibliothèque),

désigner les services qui proposent des collections de sciences exactes
Plusieurs bases de données

▪ Directory of Open Access Books (DOAB)

Répertoire de livres numériques en accès libre.
Open Access]

▪ FreePatentOnline
Base de données gratuite de brevets. [Open Access]
Chimie Informatique

II. Sources d’information

ou Bibliographie

Année académique: 2020-2021

 Les sources d’informations ou Bibliographie:
Sources primaires, secondaires et tertiaires (1)

Les sources, 3 grands groupes

➢ Données produits en laboratoire
➢ Documents produits par les témoins directs
de l’evénement
➢ Articles, rapports, conférences, thèses,
mémoires rédigés à partir de données
originales

➢ Reformulation
➢ Réinterprétation des idées dans les articles,
livres, rapports, etc.

➢ Signalement de ces livres, rapports, articles,

etc. dans des Catalogues, des bibliographies,
des bases de données
➢ Commentaires ou critiques sur les livres
parus
 Les sources d’informations ou Bibliographie:
Sources primaires, secondaires et tertiaires (1)
1) Sources primaires : littérature originale
Origine de l'information, directement trouvée par un chercheur.
On peut la trouver dans divers documents.

❑Mémoires et thèses / rapports techniques

Un mémoire ou une thèse est un rapport détaillé de la recherche
menée dans une université
Un rapport technique est aussi un rapport de recherche, mais réservé
à l'entreprise où il a été produit

❑Conférences et congrès
Pendant ces colloques, un chercheur présente les avancées des
recherches de son laboratoire
 Les sources d’informations ou Bibliographie:
Sources primaires, secondaires et tertiaires (1)
1) Sources primaires : littérature originale
Origine de l'information, directement trouvée par un chercheur.
On peut la trouver dans divers documents.

❑Publications et revues scientifiques

Journaux où les chercheurs publient ce qu'ils ont trouvé.
80 % des sources primaires

❑Brevets
Ce sont des inventions industriellement intéressantes, déposées
au nom de l'inventeur.
Ils constituent 20 % des sources primaires
 Les sources d’informations ou Bibliographie:
Sources primaires, secondaires et tertiaires (2)

2) Sources secondaires : pointeurs bibliographiques

❑Journaux spécialisés dans l'extraction de données

ils classaient les publications par mot-clé et on regardait les
publications correspondantes
Avec l'informatique, c'est maintenant l'ordinateur qui fait ce
travail

❑Abstracts et index
De nos jours, les publications doivent posséder un bref résumé, fait
par le chercheur lui-même
Ces journaux publient directement les résumés des publications,
qui renvoient à la publication elle-même si elle nous intéresse
 Les sources d’informations ou Bibliographie:
Sources primaires, secondaires et tertiaires (2)

2) Sources secondaires : pointeurs bibliographiques

❑Revues
Les revues sont faites par un chercheur, qui compile des
publications à propos d'un même thème
Il donne l'état des connaissances sur le sujet, les recherches
déjà effectuées et les pistes possibles
Ces revues sont très pratiques, car elles résument un sujet
précis et donnent les sources auxquelles il s'attache

❑ Recueil de résumés
 Les sources d’informations ou Bibliographie:
Sources primaires, secondaires et tertiaires (3)
3) Sources tertiaires : guides
Les guides permettent de retrouver des informations, après les avoir
classées
❑Livres et dictionnaires
Ils permettent de trouver rapidement une information précise
En chimie organique, on utilise par exemple des dictionnaires
de noms de réactions, de molécules, etc

❑Encyclopédies
Souvent bien faites et bien expliquées, on peut obtenir des
informations générales à propos d'un sujet
Les meilleures sont Encyclopedia Universalis (la plus complète et
détaillée) et Wikipedia (très vaste et en ligne)
Elles comportent cependant peu d'informations techniques
 Les sources d’informations ou Bibliographie:
Sources primaires, secondaires et tertiaires (1)

❖ Sources primaires: littérature originale

❑ Rapports
❑ Thèses
❑ brevets ❖ Sources tertiaires: guides
❑ Conférences ❑ Dictionnaires
❑ Documents d’entreprise ❑ Encyclopédies
❑ Publications gouvernementales ❑ Bibliographies
❑ Sources non publiées ❑ citations
❑ Emails

❖ Sources secondaires: pointeurs bibliographiques

❑ Journaux
❑ Ouvrages
❑ Revues professionnelles
❑ Revues académiques
❑ Bases de données
 Pointeurs bibliographiques (1)

A. Chemical abstracts
Journaux qui ne publient que le résumé des publications,
écrit par le rédacteur lui-même

Très pratiques, autrefois sous forme

de gros livres, écrits en tout petit sur
du papier très fin

Aujourd'hui ces listes de résumés indexés

dans des bases de données,
On peut effectuer une recherche en ligne
(exemple : PubMed)
 Pointeurs bibliographiques (3)

B. Ressources en ligne
On peut trouver en ligne beaucoup de sources d'information, à la
fois primaires et secondaires

❑Version électronique des journaux

Journal numérique est la version numérique du journal. Vous

pouvez le consulter en ligne

❑Congrès internationaux électroniques

Assez limitées, ces conférences permettent tout de même
d'y participer sans avoir à se déplacer très loin. Le plus
souvent cette conférence n'est que textuelle …
 Pointeurs bibliographiques (3)

B. Ressources en ligne

❑Sites généralistes, de laboratoires, d'universités

Ces sites présentent souvent des ressources et/ou des liens vers des
sites intéressants
On peut obtenir de la littérature scientifique, des cours, des
programmes, des conférences, etc …
On peut aussi participer à des forums de discussion scientifique

❑Fils RSS
Ces petites fenêtres d'informations permettent de
récupérer automatiquement et de faire défiler des
nouvelles informations, sous forme de résumés, à
partir d'un site précis
Il faut aussi s'abonner afin de récupérer l'information complète.
 Pointeurs bibliographiques (2)

C. Recherche d'informations
Besoin d'une
information spécifique
Recherche manuelle Indexation de la littérature dans
(pas de bonne méthode particulière) un système textuel ou graphique

Il existe une revue Il n'existe pas de revue Recherche par mots-clés

sur le sujet ou on ne l'a pas trouvée rapide et facile

Peu de travail Il faut faire la revue Travail de recherche

de recherche soi-même, ce qui est fait par l'ordinateur
très long

La recherche informatique est une des meilleures source d'information

La recherche peut être effectuée on line, sur des bases de données en
ligne, ou in house à partir d'encyclopédies sur DVD
On privilégiera la littérature en ligne pour une recherche d'informations.
Chimie Informatique

III. Méthodologie de
recherche d’information
en chimie

Année académique: 2020-2021