2022 / 2023

Master Biologie-santé
Parcours : Maladies infectieuses et microbiote
Responsable Descriptions Informations

Bernard LA SCOLA Type : Master Droits d'inscription : 243 €

bernard.la-scola@univ-amu.fr
Domaines : Sciences de la santé Composante : Faculté des sciences médicales et
paramédicales

Nombre de crédits : 120

OBJECTIFS Principalement les sous sections maladies infectieuses et tropicales,

bactériologie-virologie-hygiène (n°45)
Centrée sur les maladies infectieuses et la microbiologie clinique, la
spécialité « Maladies infectieuses et microbiote » a pour objectif de les sections médecine interne (n° 53)
développer un enseignement intégré autour de paradigmes infectieux afin de
jeter les bases d’un approfondissement conceptuel des maladies Parasitologie et mycologie (n° 45)
infectieuses face aux enjeux représentés par l’émergence de nouvelles
maladies infectieuses notamment les maladies vectorisées, le renouveau de Thérapeutique (n° 48)
certaines autres et la résistance aux agents anti-infectieux.
Biologie moléculaire (n° 44)
L’enseignement consacre une part importante à l’étude du microbiote
humain, normal et pathologique ainsi que sa manipulation éventuelle à des Immunologie (n° 47)
fins thérapeutiques.
En pharmacie :
Outres les modules de troncs communs de master 2 qui balayent les outils
de génomiques et des notions de réponse de l’hôte, que ça soit aux agents Sciences du médicament (n°40)
extérieurs qu’aux cellules anormales, ainsi qu’un module de remise à niveau
pour aborder ces modules communs très difficiles pour les étudiants qui Sciences physico-chimiques pharmaceutiques (n° 39)
arrivent dans notre parcours au niveau M2, trois axes essentiels sont
développés dans cet enseignement : Sciences biologiques pharmaceutiques (n° 41)

1. Entomologie médicale et maladies émergentes. En Sciences :

Relations entre les insectes, essentiellement arthropodes et les infections
humaines émergentes et ré-émergentes : poux, tiques, moustiques, ainsi
bactéries, parasites et virus associés notamment, arboviroses, borrélioses,
rickettsioses, leishmaniose, paludisme. Pathogènes émergents et
épidémiques, mycobactéries, bactéries multirésistantes et
paléomicrobiologie.
2. Analyse du microbiote par métagénomique et culturomique, comparaison
microbiote normal et pathologique, manipulation du microbiote à des fins
thérapeutiques, caractérisation et analyse des agents infectieux de culture
et/ou d’identification difficile du microbiote.
Etude et caractérisation des agents infectieux émergents par utilisation de la
génomique, de la transcriptomique et de la protéomique. Taxonogénomique.
3. Thérapeutique anti-infectieuse et V.I.H.
Etude essentiellement des résistances et des nouvelles voies
thérapeutiques de l’infection VIH, du paludisme et des bactéries d’infections
nosocomiales. Ppour le VIH, étude des molécules nouvelles et anciennes,
mécanismes de résistance, notions de réservoirs, pour le paludisme les
résistances et les nouvelles stratégies thérapeutiques.
Sur le plan professionnel, ce master a trois objectifs essentiels.
Pour les étudiants des filières santé, l’objectif sera de permettre d’acquérir
les bases nécessaires à l’approche des maladies infectieuses de façon
moderne, permettant ainsi de comprendre les méthodes et techniques
actuelles tout en développant un esprit critique. Cet aspect devient
actuellement indispensable pour tout praticien, y compris des disciplines
cliniques, même si il ne débouche pas nécessairement sur un doctorat de
recherche.
Pour les étudiants des filières scientifiques, ce master représente un mode
d’accès aux carrières dans l’encadrement des disciplines médicales,
pharmaceutiques et scientifiques tant sur le plan de l’enseignement
supérieur et de la recherche que dans le monde hospitalier et industriel.
Toutefois, dans ce master recherche, les laboratoires d’accueil fourniront le
plus grand nombre possible de postes en thèse d’Université par la mise à
disposition de bourses de financements variés.
Par un fort ancrage au sein de l’Institut hospitalo-universitaire Méditerranée
Infection, favoriser la formation des étudiants de santé et scientifiques du
sud pour leur permettre un retour au pays afin de monter des laboratoires de
recherche en lien avec les maladies infectieuses.
Biochimie-Biologie moléculaire (n°64)
Biologie cellulaire (n° 65)
PUBLIC VISÉ
Etudiants en science
Etudiants en santé
FORMATION ET RECHERCHE
Pour l’essentiel, équipes de recherches de l’IHU Méditerranée Infection,
avec :
1. Unité MEPHI (8 équipes)
2. Unité VITROME (8 équipes)
3. Unité PEV (1 équipe)
Le périmètres des équipes pouvant varier, il est préférable de consulter les
mises à jour sur le site de l’IHU : https://www.mediterranee-
infection.com/recherche/#
-A côté de ces unités de recherche principales localisée sur Marseille,
certains laboratoires en dehors de l’IHU mais qui font partie de l’infectiopole
sud sont agréés sur Nîmes, Montpellier et Nice:
1. Unité INSERM U1047 - Virulence bactérienne et maladies infectieuses
2. UMR 5569 - Pathogènes hydriques Santé Environnement
3. INSERM U1065,Microbial Virulence and Inflammatory Signalling
-Tout étudiant peut demander a réaliser son stage dans un laboratoire qui
n’est ni dans l’infectiopole sud ni sur l’IHU Méditerrannée infection à
condition que l’encadrant possède une HDR et que le sujet soit validé par le
responsable de l’enseignement.
-Enfin, la réalisation d’un stage en laboratoire de recherche privé,
essentiellent industriel et/ou dans une unité de recherche à l’étranger est
possible, mais nécessite aussi la validation du responsable de
l’enseignement, validation sur des critères de qualité de l’équipe choisie.

Sur le plan Universitaire, les spécialités concernées sont :

PRÉREQUIS OBLIGATOIRES
Cf mention
En médecine :
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STRUCTURE ET ORGANISATION ENSEIGNEMENTS DÉLOCALISÉS

L’enseignement est organisé sous forme de modules d’enseignement de Les cours à distance sont l’exception dans cet enseignement et sont
type présentiel à l’exception du module de recherche bibliographique. réservés aux enseignants de haut niveau extérieurs trop éloignés pour se
déplacer
Outre les enseignements de base de microbiologie, d’immunologie et de
génétique, il y a ensuite un enseignement approfondi sur la génétique, la AIDE À LA RÉUSSITE
génomique et la réponse immunologique de l’hôte, ainsi qu’un module de
remise à niveau pour aborder ces modules communs très difficiles pour les Un module de remise à niveau pour aborder les modules communs très
étudiants qui arrivent dans le parcours au niveau M2. Ensuite 2 axes difficiles pour les étudiants qui arrivent dans notre parcours au niveau M2
essentiels sont développés dans cet enseignement : est proposé à tous les étudiant.
1. Entomologie médicale et maladies émergentes, qui étudie les relations
entre les insectes, essentiellement arthropodes et les infections humaines
AIDE À L'ORIENTATION
émergentes et ré-émergentes : poux, tiques, moustiques, ainsi bactéries,
Le responsable du parcours reçoit tous les étudiants qui le désirent avant le
parasites et virus associés notamment, arboviroses, borrélioses,
S2 pour évaluer avec eux leurs aspirations et les possibilités de debouchés
rickettsioses, leishmaniose, paludisme. Pathogènes émergents et
à l’issue du S4. Il les reçoit aussi sur demande avant et pendant le S4 pour
épidémiques, mycobactéries, bactéries multirésistantes et
rediscuter des débouchés possibles.
paléomicrobiologie sont les autres thèmes abordés.

2. Analyse du microbiote par métagénomique et culturomique, comparaison AIDE À LA POURSUITE D'ÉTUDES ET À L'INSERTION
microbiote normal et pathologique, manipulation du microbiote à des fins PROFESSIONNELLE
thérapeutiques, caractérisation et analyse des agents infectieux de culture
et/ou d’identification difficile du microbiote. Cet enseignement comporte Chaque année, plusieurs laboratoires contractent des contrats cifre pour les
aussi l’étude et caractérisation des agents infectieux émergents par étudiants du parcours
l’approche taxonogénomique associant utilisation de la génomique, de la
transcriptomique et de la protéomique. ÉTUDES À L'ÉTRANGER
3. Thérapeutique anti-infectieuse et VIH. Dans cet enseignement sont La réalisation d’un stage dans une unité de recherche à l’étranger est
abordés essentiellement les résistances et des nouvelles voies possible, mais nécessite la validation du responsable de l’enseignement,
thérapeutiques de l’infection VIH, mais aussi du paludisme et des bactéries validation sur des critères de qualité de l’équipe choisie
d’infections nosocomiales. Pour le VIH, étude des molécules nouvelles et
anciennes, mécanismes de résistance, notions de réservoirs, pour le
paludisme les résistances et les nouvelles stratégies thérapeutiques.
CONTACTS
smpm-dpt-masters@univ-amu.fr
LISTE DES PARCOURS
Master Biologie-santé
APOCODE
Master Biomedical Engineering - WUT/AMU ASA5AF
Parcours : Maladies infectieuses et microbiote
Parcours : Maladies métaboliques et vasculaires M3C
Parcours : Oncologie
Parcours : Sciences de la santé et du développement à ASA5AF -
l'international
Parcours : Conseil en génétique et médecine prédictive POUR PLUS D'INFORMATIONS
Parcours : Génétique humaine et médicale
Parcours : Recherche clinique et simulation en santé
Parcours : Technologies de la santé Aller sur le site de l'offre de formation...
Parcours : Santé et environnement
Parcours : Biomarqueurs et Intelligence Artificielle

SITES D'ENSEIGNEMENT
Faculté de Médecine, Marseille timone

RÉGIMES D'INSCRIPTION
Dernière modification le 05/04/2023
Formation initiale
Formation continue

CONNAISSANCES À ACQUÉRIR
Les étudiants ayant suivi le parcours auront acquis une connaissance
particulièrement aigüe surl’émergence de nouvelles maladies infectieuses,
notamment les conditions responsables de cette émergence, les outils
(moléculaires ou cellulaires) pour la mettre en évidence, notamment les
maladies vectorisées. L’enseignement consacre une part importante à
l’étude du microbiote humain, normal et pathologique ainsi que sa
manipulation éventuelle à des fins thérapeutiques.

COMPÉTENCES À ACQUÉRIR
Les compétences acquises varieront avec cle type de stage choisi, soit
plutôt orientées sur la biologie cellulaire ou le travail en laboratoire de
microbiologie, soit plutôt orientées sur l’analyse de séquences génomiques
ou métagénomiques. Mais quelle que soit le type de stage, les encadrants
essayeront d’apporter aux stagiare un bagage minimal sur l’aspect qui n’est
pas la compétence principale acquise.

STAGES ET PROJETS ENCADRÉS

Les stages de S2 sont d’une durée de 6 à 8 semaines et portent
généralement sur un aspect très technique. Le stage de S4 est lui d’une
durée de 6 mois, le sujet est plus fondamental et idéalement bénéficie des
compétences techniques acquises lors du S2.

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