Un -Peuple -Un But -Une foi

Encadreur présenté par

Bissan BOUBACAR Diallo Assitan

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Table des matières
I. Introduction.................................................................................................................................3
II. Présentation du Centre d'Infectiologie Charles Mérieux de Bamako...........................3
1) Historique................................................................................................................................3
2) Mission.....................................................................................................................................3
3) Structure Organisationnelle................................................................................................3
4) Départements et Laboratoires............................................................................................4
5) Formation du Personnel Médical et Scientifique...........................................................4
6) Rôle dans le domaine de la santé et de la recherche médicale.................................4

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 I. Introduction
Au cours de mon cheminement académique, j'ai acquis une profonde passion pour la
recherche en biochimie des substances naturelles. Cette passion, alimentée par ma formation
rigoureuse et mes découvertes dans ce domaine fascinant, a façonné ma conviction profonde envers
le pouvoir de la recherche pour résoudre des énigmes scientifiques, améliorer la compréhension de
notre monde, et contribuer au progrès de la société.

Le désir de contribuer activement à la recherche et de mettre en pratique mes connaissances a été

une force motrice constante dans ma carrière. C'est pourquoi lorsque l'opportunité de réaliser un
stage à l'Institut Infectiologie Charles Mérieux au Mali, axé sur la microbiologie, l'hématologie,
l'immunologie et la biochimie, s'est présentée, j'ai saisi cette chance avec un enthousiasme
débordant. Ce stage ne représente pas simplement une expérience professionnelle, il incarne une
étape cruciale dans ma quête pour élucider les mystères des infections microbiennes et mon
engagement indéfectible envers

II. Présentation du Centre d'Infectiologie Charles Mérieux de

Bamako
1) Historique
Le Centre d'Infectiologie Charles Mérieux de Bamako est un établissement de recherche et de
diagnostic médical situé dans la ville de Bamako, au Mali. Il a été fondé en 2005 en partenariat avec
l'Institut Mérieux en France. Le nom du centre rend hommage à Charles Mérieux, un éminent
microbiologiste et chercheur médical. Depuis sa création, le centre s'est imposé comme un acteur
majeur dans la lutte contre les maladies infectieuses, tant au niveau national qu'international.

2) Mission
Le Centre d'Infectiologie Charles Mérieux de Bamako a pour mission première de contribuer à la
prévention, au diagnostic et à la prise en charge des maladies infectieuses, en mettant l'accent sur les
régions à haut risque d'épidémies. Sa vocation est de promouvoir la santé publique en Afrique et
dans le monde en développant des compétences avancées en microbiologie clinique, en menant des
recherches de pointe et en fournissant des services de diagnostic de qualité.

3) Structure Organisationnelle
L'institution est composée de plusieurs départements et laboratoires spécialisés dans différents
domaines de la microbiologie clinique, de la sérologie, de la virologie, de la bactériologie et de la
recherche en santé publique. Elle est étroitement liée au gouvernement malien et collabore avec
d'autres organisations de recherche médicale, des organismes internationaux et des partenaires
nationaux pour atteindre ses objectifs.

4) Départements et Laboratoires
a) Microbiologie Clinique : Ce département se concentre sur la détection, l'identification et la
caractérisation des agents pathogènes microbiens responsables de diverses infections. Il joue
un rôle essentiel dans le diagnostic précis des maladies infectieuses. Ce département
contribue à la compréhension des mécanismes de résistance aux antibiotiques et à la lutte
contre les infections bactériennes

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 b) Sérologie : Le laboratoire de sérologie est chargé de la détection et de l'analyse des anticorps
et des antigènes dans le sérum sanguin des patients. Cette expertise est cruciale pour le
diagnostic des maladies virales et bactériennes.
c) Virologie : Le département de virologie se consacre à l'étude des virus, à leur détection et à
leur caractérisation. Il participe activement à la surveillance des infections virales émergentes
et à la recherche de traitements antiviraux.
d) Recherche en Santé Publique : Ce laboratoire mène des recherches épidémiologiques et
biomédicales visant à mieux comprendre la transmission des maladies infectieuses et à
développer des stratégies de prévention et de contrôle.
1) Collaborations et Partenariats

L'Institut Mérieux de Bamako entretient des collaborations étroites avec diverses entités, tant au
niveau national qu'international. Ces partenariats stratégiques permettent d'atteindre ses objectifs
de recherche, de diagnostic et de formation. Les collaborations notables comprennent :

Collaborations Nationales : L'institut travaille en étroite collaboration avec le gouvernement malien,

les autorités de santé locales et d'autres institutions de recherche médicale au Mali. Cette
coopération renforce la capacité nationale à lutter contre les maladies infectieuses.

Collaborations Internationales : L'Institut Mérieux de Bamako collabore avec des organisations

internationales telles que l'OMS (Organisation mondiale de la santé), l'UNICEF (Fonds des Nations
unies pour l'enfance) et d'autres ONG impliquées dans la santé mondiale. Ces partenariats visent à
harmoniser les efforts mondiaux de lutte contre les maladies infectieuses.

5) Formation du Personnel Médical et Scientifique

L'engagement de l'institut dans la formation du personnel médical et scientifique est une pierre
angulaire de sa mission. Il propose des programmes de formation avancée en microbiologie clinique,
en recherche médicale et en santé publique. Ces formations visent à renforcer les capacités locales
en Afrique en fournissant une expertise de pointe et en préparant la prochaine génération de
professionnels de la santé et de la recherche médicale.

Cette version structurée et détaillée de la structure organisationnelle met en lumière la diversité des
activités et des collaborations de l'Institut Mérieux de Bamako dans la lutte contre les maladies
infectieuses et la promotion de la recherche médicale.

6) Rôle dans le domaine de la santé et de la recherche médicale

Le centre joue un rôle essentiel dans la surveillance, la recherche et la lutte contre les épidémies de
maladies infectieuses en Afrique de l'Ouest. Il participe activement à la recherche médicale, à la
formation de professionnels de la santé et à la prestation de services de diagnostic de pointe pour un
large éventail de maladies, notamment le VIH, la tuberculose, le paludisme, les hépatites, les
infections bactériennes et virales, ainsi que d'autres pathologies émergentes.

Le Centre d'Infectiologie Charles Mérieux de Bamako incarne l'engagement de l'Institut Mérieux

envers la santé mondiale et la lutte contre les maladies infectieuses en fournissant des services de
haute qualité, en menant des recherches novatrices et en contribuant au renforcement des capacités
de santé publique en Afrique et au-delà.

III. Les activités menées:

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 Les tâches effectuées pendant la période de mon stage, du 17 juillet au 17 octobre 2023, à
l'Institut Mérieux de Bamako, ont été extrêmement diversifiées et passionnantes. Mon
engagement s'est concentré principalement sur la manipulation des équipements et des
procédures en microbiologie, hématologie, immunologie et biochimie. Mon rôle s'est avéré
polyvalent, englobant un large éventail d'analyses cliniques et de responsabilités connexes.
A. Paillasse de microbiologie : Sur la paillasse de microbiologie, j'ai consacré deux mois de mon
stage. Les principales tâches que j'ai effectuées comprenaient :
Examen Cytobactériologique des Crachats (ECBC)
1. Matériels Utilisés :
 Crachoir Stérile : Utilisé pour collecter les échantillons afin d'éviter la contamination.
 Milieux de Culture : Plusieurs types de milieux de culture sont utilisés, trois milieux
chromogène (Uri Select 4, Sang Cuit, Sang Frais) ; trois milieux sélectifs (Drygalski, CAN2,
Chapman) et un bouillon cœur-cervelet. Ces milieux favorisent la croissance et l'isolement de
différents types de micro-organismes.
 Microscope : Nécessaire pour l'examen bactériologique.
 Réactifs de Coloration Gram : Ceux-ci comprennent le violet de gentiane, la fuchsine, le lugol
et l'alcool, utilisés pour la coloration des bactéries.
2. Condition de recueille de l’échantillon

Le respect des conditions de prélèvement est essentiel pour garantir l'exactitude des échantillons
collectés lors d'un Examen Cytobactériologique des Crachats (ECBC). Voici les étapes à suivre :

 Prélèvement Matinal : Il est recommandé que le patient effectue le prélèvement dès le

matin, de préférence à jeun, pour obtenir les échantillons les plus fiables.
 Hygiène Buccale : Avant le prélèvement, le patient doit se brosser les dents ou se rincer la
bouche avec de l'eau, sans utiliser de produits buccaux, pour minimiser les contaminants
potentiels.
 Toux Vigoureuse : Le patient doit faire un effort de toux vigoureuse pour produire un
échantillon de crachat de haute qualité. Une toux profonde est nécessaire pour recueillir des
échantillons provenant des voies respiratoires profondes.
 Utilisation d'un Récipient Stérile : Le crachat doit être recueilli dans un récipient stérile
spécialement conçu à cet effet. Il est important de ne pas utiliser de récipient non stérile
pour éviter toute contamination.
 Apport Rapide au Laboratoire : Après le prélèvement, l'échantillon de crachat doit être
apporté au laboratoire dès que possible. La rapidité de transport est cruciale pour préserver
l'intégrité de l'échantillon.

En suivant ces directives strictes, le patient contribue à garantir la qualité des échantillons recueillis,
ce qui est essentiel pour des résultats d'ECBC précis et fiables, favorisant ainsi un diagnostic médical
approprié.

3. Examen Bactériologique

Lors de l'Examen Bactériologique des Crachats (ECBC) réalisé à l'Institut Infectiologie Charles
Mérieux, il s'agit d'une procédure axée sur la recherche et l'identification des micro-organismes
potentiellement pathogènes présents dans les échantillons de crachats, plutôt que sur l'analyse
cytologique. Ce processus se décompose en plusieurs étapes cruciales :

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  Préparation de la suspension : Cette phase débute par l'ajout de 3 mL d'eau
physiologique à l'échantillon de crachat. Ensuite, l'échantillon est agité pendant environ
10 minutes pour assurer une homogénéisation du contenu.
 Ensemencement sur les Milieux de Culture : L'échantillon est ensuite réparti sur six milieux de
culture distincts : Uri Select 4, Sang Cuit (PVX), Sang Frais (COS), Drygalski, CAN2, et Chapman
(MSA). Chacun de ces milieux a une fonction spécifique dans la croissance et l'isolement de
différents types de micro-organismes :
Uri Select 4 : Un milieu chromogène et colorimétrique qui permet d'identifier les bactéries en
fonction de leurs couleurs de colonies.

Sang Cuit et Sang Frais : Utilisés pour cultiver diverses bactéries, y compris celles aux besoins de
croissance variés.

Drygalski : Un milieu sélectif pour les bacilles à Gram négatif, permettant leur distinction des
autres.

CAN2 : Favorise la croissance de levures et de champignons.

Chapman : Conçu pour cultiver les staphylocoques, facilitant leur identification.

 Incubation : Les six milieux de culture, ainsi qu'un bouillon cœur-cervelet, sont incubés à
37 degrés Celsius pendant 24 heures. Cette étape permet aux micro-organismes de se
développer et de former des colonies.
 Coloration Gram : Après séchage de la lame contenant une petite quantité de la
suspension sur la plaque chauffante, une coloration Gram est réalisée. Cette coloration
est réalisée à l'aide de réactifs spécifiques qui permettent de révéler la structure de la
paroi cellulaire des bactéries. Ainsi cette coloration Gram est réalisée en utilisant les
réactifs et les procédures suivants :
 Violet de Gentiane : Cette étape consiste à utiliser, le violet de gentiane pour colorer
la paroi de toutes les bactéries, qu'elles soient Gram positives ou Gram négatives, en
violet ou bleu-violet. La lame est recouverte de violet de gentiane pendant une
minute, puis elle est rincée à l'eau.
 Lugol : Ensuite, le Lugol est utilisé pour renforcer la coloration du violet de gentiane
afin d'accentuer la teinte des bactéries. La lame est recouverte de Lugol pendant une
minute, puis elle est rincée à l'eau.
 Alcool : L'étape suivante consiste à utiliser de l'alcool pour décolorer la paroi des
bactéries Gram négatives afin de les différencier. La lame est recouverte d'alcool
pendant une minute, puis elle est rincée à l'eau.
 Fuchsine : Enfin la fuchsine pour colorer les bactéries Gram négatives en rose. La
lame est recouverte de fuchsine pendant une durée allant de 30 secondes à une
minute, puis elle est rincée à l'eau.
Ces étapes de coloration permettent de distinguer les différentes caractéristiques des
bactéries dans l'échantillon étudié (Gram positif gram négatif).
4. RESULTATS DE L’ENCESSEMENT

Les aspects des colonies de micro-organismes sur les six milieux de culture couramment utilisés lors
de l'examen cytobactériologique des pus, en prenant en compte les caractéristiques spécifiques des
colonies de bactéries et de levures :

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Uri Select 4 : Ce milieu peut présenter des colonies de différentes tailles et de couleurs variées. Par
exemple, les E. Coli peuvent donner des colonies roses.

Sang Cuit (PVX) et Sang Frais (COS) : Ces milieux sont également destinés à la culture générale des
bactéries. Il peut montrer des colonies bêta-hémolytiques, caractérisées par une hémolyse complète,
notamment des zones d'hémolyse claires. Les streptocoques alpha-hémolytiques peuvent présenter
une hémolyse partielle.

Drygalski : Ce milieu sélectif est principalement utilisé pour les entérobactéries. C’est milieu sur
lequel on peut voir les bactéries fermentant le lactose (jaunes) et les bactéries non fermentaires
(garde la coloration du milieu) avec les bactéries non fermentaires on fait le test oxydase enfin de
nous oriente oxydase positive vers (Pseudomonas, Burkholderiaceae) et des oxydase négative des
Enterobacteriaceae, Acinetobacter. Il ne montre pas d'hémolyse.

CAN2 : Utilisé pour la culture des levures et des champignons, ce milieu peut présenter une variété
d'aspects pour les colonies de levures. Par exemple, les colonies bleues peuvent indiquer la présence
de Candida albicans, tandis que les colonies roses peuvent suggérer Candida tropicalis. Les colonies
blanches peuvent correspondre à différentes espèces de Candida non albicans.

Chapman (MSA) : Destiné à la croissance des staphylocoques, ce milieu peut montrer des colonies de
staphylocoques mannitol négative de couleur rose, tandis que Staphylococcus aureus peut produire
des colonies de mannitols jaunes.

L'apparence des colonies peut varier en fonction de l'espèce bactérienne ou fongique, de l'âge de la
culture, et d'autres facteurs. Une identification précise des micro-organismes repose sur des tests
biochimiques et d'autres méthodes de laboratoire spécifiques à chaque espèce.

Identification spécifique des germes et Antibiogramme : Pendant mon stage à l'Institut

d'Infectiologie, nous utilisons l'automate VITEK 2 pour procéder à l'identification spécifique des
germes bactériens pathogènes. Cette identification se base sur des colonies suspectes prélevées à
partir de nos milieux de culture ayant déjà été incubés pendant 24 heures. Le processus se déroule
de la manière suivante :

a. Le principe du système VITEK 2 : Le VITEK 2 est un système automatisé de microbiologie

clinique. Il identifie les micro-organismes pathogènes dans des échantillons et évalue leur
sensibilité aux antibiotiques. Les étapes clés sont la préparation de l'échantillon, l'inoculation
dans une cartouche, l'incubation, la lecture des résultats, l'identification bactérienne, les
tests de sensibilité aux antibiotiques, et la création d'un rapport pour guider le traitement.
b. Préparation de l'Inoculum pour les Analyses d'Antibiogramme (ATB) avec le Système VITEK
2 : La préparation de l'inoculum pour les analyses d'antibiogramme (ATB) avec le système
VITEK 2 est une étape critique et elle varie en fonction du type de micro-organisme, que ce
soient des bactéries Gram négatives, Gram positives ou des levures.

Préparation de l'Inoculum pour les Bactéries Gram Négatives :

Pour les bactéries Gram négatives, nous utilisons une procédure en deux étapes. Nous
commençons par préparer deux tubes, chacun contenant 3 mL de suspension bactérienne. Dans
le premier tube, nous mesurons la densité bactérienne à l'aide d'un densitomètre, obtenant une
valeur comprise entre 0,55 et 0,63 unités McFarland (MCF) à partir de colonies bien isolées et

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 jeunes. Ensuite, nous transférons 145 µL de cette suspension dans le deuxième tube. Le premier
tube, contenant l'inoculum à densité spécifique, est réservé aux analyses d'identification (ID)
avec les cartes GN (Gram négatif), GP (Gram positif), MH (Haemophilus), ANC (anaérobies),
tandis que le second tube est destiné à recevoir les cartes ATB AST 233 et AST 222 pour les
analyses d'antibiogramme.

Préparation de l'Inoculum pour les Bactéries Gram Positives :

La préparation de l'inoculum pour les bactéries Gram positives se fait également en deux étapes.
Nous préparons deux tubes, chacun contenant 3 mL de suspension bactérienne. De manière
similaire aux bactéries Gram négatives, nous mesurons la densité bactérienne et obtenons une
valeur entre 0,55 et 0,63 unités McFarland. Ensuite, nous transférons 280 µL de cette suspension
dans le deuxième tube. Dans le premier tube, nous utilisons les cartes GP (Gram positif) pour les
analyses d'identification, tandis que dans le deuxième tube, nous insérons les cartes ATB, telles
que p580 pour les staphylocoques, PG67 pour les streptocoques et AST P533 pour les
streptocoques pneumoniae.

Préparation de l'Inoculum pour les Levures :

Lorsque nous travaillons avec des levures, nous préparons un inoculum en utilisant un tube
contenant 3 mL de suspension de levures. Contrairement aux bactéries, la densité spécifique
mesurée est nettement supérieure, à savoir 1,8 à 2,2 µL pour les levures. Dans le premier tube,
nous utilisons les cartes YS (CARTE D’IDENTIFICATION) correspondantes pour les analyses
d'identification. Dans le deuxième tube, nous insérons les cartes AST YS. Ces cartes sont conçues
pour évaluer la sensibilité des levures aux antifongiques et autres agents antimicrobiens.

Une fois que l'inoculum est préparé et les cartes ATB sont en place, le système VITEK 2 peut être
utilisé pour effectuer les analyses d'antibiogramme, que ce soit pour les bactéries Gram
négatives, Gram positives ou les levures. Cette procédure est essentielle pour déterminer la
sensibilité des micro-organismes aux médicaments antimicrobiens et guider le traitement
approprié en cas d'infection.

c. BACTÉRIES PATHOGÈNE DANS ECBC

Lors d'un Examen Cytobactériologique des Crachats (ECBC), les bactéries pathogènes qui peuvent
être détectées dépendent de la nature de l'infection respiratoire du patient. Les bactéries
pathogènes couramment identifiées dans les ECBC : Streptococcus pneumoniae, Haemophilus
influenzae , Klebsiella pneumoniae , Staphylococcus aureus , Pseudomonas aeruginosa.

B. ECBU (Examen Cytobactériologique des Urines)

L'analyse des échantillons d'urine était une composante cruciale de mon travail. J'ai réalisé des
ECBU pour détecter la présence de bactéries pathogènes dans les urines des patients,
contribuant ainsi au diagnostic et au traitement des infections urinaires.

a. Conditions de prélèvement Voici les conditions pour que doit respecter le patient pour
effectuer un examen ECBU :
 Le patient ne doit pas être sous traitement antibiotiques
 Pas être en menstruation,
 Pas de rapport sexuel
 Hygiène intime le jour de prélèvement

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 b. Matériel intervenant dans l'ECBU :

Pour mener à bien l'ECBU, plusieurs équipements et fournitures sont nécessaires. Voici une liste des
principaux matériels intervenants :

 Récipient stérile pour l'urine

 Milieu de culture (ex. Uri Select 4) : Au cours de notre processus d'analyse en microbiologie
clinique, nous avons intégré le milieu Uri Select 4, un substrat à la fois chromogène et
colométrie. Ce milieu joue un rôle fondamental dans la détection et la caractérisation des
micro-organismes présents au sein des échantillons.
 Cellule de Kova : Une chambre de comptage utilisée pour évaluer les éléments cellulaires
dans l'urine.
 Bandelette réactive : Une bandelette à trois paramètres (glycémie, albumine, pH) pour
détecter la présence de glucose et d'albumine.
 Centrifugeuse : Utilisée pour centrifuger l'urine en cas de résultat positif au glucose.
 Microscope : Pour la lecture de la cellule de Kova et l'examen des éléments cellulaires dans
l'urine.
 Pipettes et tubes hémolytique : Utilisés pour manipuler l'urine et les réactifs.
 Fiches de notation : Pour enregistrer les observations visuelles, les résultats des tests au
bandelette réactive et les données de comptage de la cellule de Kova.
 Équipement de protection individuelle (EPI) : Tel que des gants et une blouse pour assurer la
sécurité lors de la manipulation des échantillons.

Ces matériels sont essentiels pour garantir la fiabilité des résultats de l'ECBU et pour assurer la
sécurité des professionnels de laboratoire qui réalisent cette analyse.

c. Procédure ECBU

L'Examen Cytobactériologique des Urines (ECBU) est une analyse visant à détecter la présence de
bactéries dans l'urine et à évaluer les éléments cellulaires. Il consiste à :

 Collecte de l'échantillon : Lors de la collecte d'un échantillon d'urine, il est essentiel de

prélever le milieu du jet d'urine. Cette méthode consiste à demander au patient de
commencer par uriner dans les toilettes, puis, après quelques instants, de positionner avec
précaution le récipient stérile sous le jet d'urine. Cette approche permet de recueillir un
échantillon d'urine représentatif, en évitant ainsi toute contamination éventuelle par les
premières gouttes, qui peuvent contenir des micro-organismes résiduels présents dans
l'urètre.

Si le patient a déjà uriné lors de son premier réveil, on lui recommande d'attendre au moins trois
heures avant de recueillir un nouvel échantillon d'urine. Dans ce cas, il doit utiliser le flacon ECBU
fourni par le laboratoire pour la collecte, en suivant les instructions spécifiques données pour
garantir la stérilité et l'intégrité de l'échantillon.

 Évaluation visuelle : L'urine est examinée visuellement pour noter son aspect (limpide,
légèrement limpide ou trouble) et la couleur (jaune claire, jaune doreé, jaune pâle ; jaune

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 ambrée. Les observations visuelles fournissent des informations préliminaires sur l'état de
l'urine.
 Ensemencement sur milieu de culture : A l’aide d’une oese une portion de l'urine est
ensemencée sur un milieu de culture spécifique (Uri Select 4). Ce milieu favorise la croissance
des bactéries présentes dans l'urine. Le caractère chromogène du milieu Uri Select 4 permet
la différenciation des colonies bactériennes en fonction de leur apparence colorée
distinctive. Cette propriété facilite l'identification rapide de certains types de bactéries,
simplifiant ainsi le processus de diagnostic.

En outre, la nature colométrie de ce milieu offre la possibilité de quantifier certains composants

spécifiques des échantillons microbiologiques, renforçant notre capacité à évaluer la présence de
micro-organismes pathogènes et à surveiller leur évolution.

 Utilisation de la cellule de Kova : Une goutte d'urine est déposée sur une cellule de Kova, et
le numéro de la cellule est enregistré. La cellule de Kova est une chambre de comptage qui
permet d'évaluer les éléments cellulaires dans l'urine.

Examen cytologique

Dans le cadre de nos procédures, nous avions utilisé la cellule Kova pour l'examen des échantillons
d'urine. À l'aide d'une pipette, une petite quantité d'urine a été déposée sur l'une des cellules de la
cellule Kova, et le numéro de cette cellule a été soigneusement enregistré dans le dossier du patient.

La lecture des résultats a été réalisée en examinant attentivement la cellule de Kova sous un
microscope.

Nous avons entrepris une numération systématique de chaque élément d'intérêt au cours de notre
analyse cytologique, notamment les hématies, les leucocytes, les cylindres, les cristaux, les cellules
vésiculaires et les cellules épithéliales. Cette démarche visait à quantifier précisément ces éléments
dans les échantillons.

Lorsque le nombre de leucocytes ou d'hématies était supérieur à la normale, une méthode spécifique
a été appliquée. Un seul carré de la grille de comptage a été compté, puis ce nombre a été multiplié
par 100. En revanche, lorsque le nombre de leucocytes ou d'hématies était normal et comptable, le
nombre obtenu était multiplié par 10 pour obtenir le décompte final.

Dans les cas où le nombre d'éléments était inférieur à la normale, une approche différente a été
utilisée. Le nombre d'éléments a été divisé par le nombre de grilles dans lesquelles se trouvaient les
leucocytes ou les hématies. Cette méthode a été employée pour garantir une évaluation précise,
même lorsque la concentration d'éléments était relativement faible.

Test au bandelette réactive : Une bandelette réactive à trois paramètres (glycémie, albumine, pH)
est utilisée pour détecter la présence de glucose et d'albumine dans l'urine. Les résultats de ces tests
sont notés.

Traitement en cas de glucose positif : Si le test au glucose est positif, une partie de l'urine est
centrifugée à 1000 tours par minute pendant 5 minutes. Le surnageant est envoyé au service de
biochimie pour quantification du glucose.

RESULTAT DE L’ENSEMENCEMENT

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Après une période d'incubation de 24 heures à 37 degrés Celsius sur le milieu Uri Select 4 lors
d'un ECBU, il est possible d'observer divers types de colonies bactériennes. Ces colonies varient
en couleur et en apparence en fonction des micro-organismes présents dans l'échantillon
d'urine. Voici quelques exemples des types de colonies que l'on peut rencontrer :

Escherichia coli (E. coli) : Cette bactérie, couramment associée aux infections urinaires, donne
généralement naissance à des colonies de couleur rose ou rose foncé sur le milieu Uri Sélect 4.

Enterococcus : Les colonies d'Enterococcus peuvent afficher une teinte bleue à violette sur ce
milieu.

Klebsiella pneumoniae : Les colonies de Klebsiella peuvent tendent souvent vers les tons roses à
pourpres.

Proteus mirabilis : Les colonies de Proteus mirabilis sont fréquemment de couleur jaune sur Uri
Sélect 4.

Pseudomonas aeruginosa : Les colonies de Pseudomonas peuvent varier entre le vert et le bleu-
vert.

Il est important de noter que la couleur des colonies sur Uri Select 4 peut dépendre de la souche
bactérienne et de sa capacité à métaboliser les substances présentes dans ce milieu
chromogène. L'observation des caractéristiques des colonies, y compris leur couleur, est un
élément essentiel pour orienter vers l'identification du type de bactérie présent dans
l'échantillon d'urine, contribuant ainsi au diagnostic des infections urinaires.

Identification spécifique et antibiogramme ()

d. BACTÉRIES PATHOGÈNE DANS ECBU

Les bactéries pathogènes les plus couramment associées aux infections urinaires comprennent :

Escherichia coli (E. coli) : C'est la bactérie la plus fréquemment responsable des infections
urinaires. Elle peut causer des cystites (infections de la vessie) et des pyélonéphrites (infections
des reins).

Staphylococcus saprophyticus : Cette bactérie est une cause fréquente d'infections urinaires
chez les jeunes femmes.

Klebsiella pneumoniae : Elle peut également provoquer des infections urinaires, en particulier
chez les personnes souffrant de troubles médicaux sous-jacents.

Proteus mirabilis : Cette bactérie est souvent associée à la formation de calculs rénaux et peut
provoquer des infections urinaires.

Enterococcus faecalis : Bien que plus couramment associé aux infections des voies gastro-
intestinales, il peut également provoquer des infections urinaires, en particulier chez les
personnes immunodéprimées.

Pseudomonas aeruginosa : Cette bactérie est souvent impliquée dans les infections urinaires
nosocomiales (contractées à l'hôpital) et peut être résistante aux antibiotiques.

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 Enterobacter spp. : Ces bactéries peuvent également provoquer des infections urinaires, en
particulier chez les personnes ayant des problèmes de santé sous-jacents.

Citrobacter spp. : Elles sont moins courantes que certaines autres bactéries, mais elles peuvent
tout de même causer des infections urinaires.

L'ECBU permet de détecter la présence de ces bactéries pathogènes dans l'urine, et il peut
également être utilisé pour déterminer leur sensibilité aux antibiotiques, ce qui aide les médecins
à choisir le traitement approprié pour l'infection urinaire.

C. ECBC (Examen Cytobactériologique des Crachats)

5. Principe : L'ECBC est un examen essentiel pour détecter les infections respiratoires
en isolant et en identifiant les micro-organismes présents dans les échantillons de
crachats des patients. Cela contribue à la gestion clinique des problèmes
respiratoires.
D. Examen Cytobactériologique des Pus (ECB Pus): Cette méthodologie d'analyse de l'ECB Pus
est cruciale pour identifier les micro-organismes responsables de l'infection, établir leur
sensibilité aux antibiotiques, et guider le traitement approprié. Elle assure également le suivi
des échantillons tout au long de la procédure d'analyse pour une gestion précise des
données.

Matériels :

Tubes hémolytiques ;

Milieux de culture (Uri Select 4, Sang Cuit, Sang Frais, Drygalski, CAN2, Chapman) ;

Bouillon cœur cervelet ;

Microscope ;

Réactifs de coloration Gram (violet de gentiane, fuchsine, Lugol, alcool),

Pipettes pasteurs,

Lame ;

Microscope.

a) Vérification de la Concordance et Préparation de l'Inoculum

Après avoir vérifié la concordance entre l'étiquette sur l'échantillon et la fiche
d'accompagnement, ainsi que noté le site de prélèvement (par exemple, oreilles droites,
oreilles gauches, pieds, etc.) et l'aspect des échantillons (comme muco-blanchâtre, glaireux,
purulent, jaunâtre, hémorragique, etc.)
b) Préparation de la suspension
Le processus de préparation de la suspension débute en ajoutant quelques gouttes d'eau
physiologique, après quoi les écouvillons contenant les échantillons prélevés sont insérés
dans ce tube. Une agitation est ensuite réalisée pour libérer les micro-organismes contenus
dans l'échantillon, en faisant tourner les écouvillons dans l'eau physiologique. Une goutte de

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 cette suspension est ensuite étalée sur une lame qui est ensuite placée sur une plaque
chauffante pour la coloration Gram.
c) Ensemencement
Par la suite, quelques gouttes de l'inoculum préparé sont déposées sur trois milieux de
culture ordinaires, à savoir Uri Select 4, Sang Cuit (PVX), et Sang Frais (COS). De plus, trois
milieux sélectifs, Drygalski, CAN2, et Chapman (MSA), sont ensemencés avec la suspension
pendant 24H à 37 degrés Celsius.
Pour compléter le processus, une petite quantité de l'inoculum est également ajoutée au
bouillon cœur cervelet.
d) Coloration Gram
Après avoir fait sécher la lame sur la plaque, la coloration Gram des bactéries a été réalisée
conformément à la procédure décrite à la page 3. Les résultats de la lecture des lames seront
transmis dans les plus brefs délais afin que le médecin puisse initier un traitement en
attendant les résultats complets.
Ces activités ont représenté une véritable expérience pratique, me permettant d'appliquer
les connaissances théoriques que j'ai acquises au cours de mes études en biochimie des
substances naturelles. Chacune de ces tâches a eu un impact direct sur le diagnostic et la
prise en charge médicale des patients, renforçant ainsi ma compréhension de l'importance
de la microbiologie clinique dans le domaine de la santé.

Les bactéries pathogènes dans Examen Cytobactériologique des Pus (ECB Pus)

Dans un Examen Cytobactériologique des Pus (ECB Pus), les bactéries pathogènes qui peuvent être
détectées dépendent de la source de l'infection et de la nature de l'abcès ou du pus analysé. Voici
quelques-unes des bactéries pathogènes couramment identifiées dans les ECB Pus :

Staphylococcus aureus : C'est l'une des bactéries les plus couramment retrouvées dans les infections
cutanées et peut provoquer des furoncles, des cellulites, et des abcès.

Streptocoques : Les streptocoques du groupe A (Streptococcus pyogenes) peuvent causer des

infections cutanées, y compris l'impétigo et les érysipèles.

Pseudomonas aeruginosa : Elle est fréquemment associée aux infections nosocomiales (contractées
à l'hôpital) et peut causer des infections cutanées graves.

Klebsiella pneumoniae : Une autre bactérie qui peut être associée aux infections des tissus mous, en
particulier chez les patients immunodéprimés.

Enterococcus faecalis et Enterococcus faecium : Ces bactéries peuvent être responsables

d'infections dans les cavités corporelles, comme les abcès intra-abdominaux.

e. RESULTATS DE L’ENCESSEMENT ()
d. Identification spécifique des germes et Antibiogramme ()
D. Prélèvements Vaginaux, mycoplasme, chlamydia

J'ai été responsable de la préparation des échantillons et de l'analyse des prélèvements vaginaux ,
mycoplasme, chlamydia. Cette tâche était essentielle pour le diagnostic des infections
gynécologiques et des déséquilibres microbiens chez les patientes. J'ai suivi des protocoles rigoureux
pour garantir la fiabilité des résultats.

13
 a) Conditions de prélèvement le prélèvement se fait au niveau du vagin ont prélevé deux
écouvillons au niveau du vagin pour le prélèvement vaginal, pour le prélèvement du
mycoplasme au niveau de l’exocol un seul écouvillon est utilisé et le prélèvement de
l’analysé de chlamydia se fait au niveau de l’endocol avec un seul écouvillon. Voici les
conditions des trois examens (Prélèvements Vaginaux, mycoplasme, chlamydia) :
 Le patient ne doit pas être sous traitement antibiotiques
 Pas être en menstruation,
 Pas de rapport sexuel
 Pas d’hygiène intime le jour de prélèvement

Principe : L'examen consiste à une procédure de diagnostic qui consiste à prélever des échantillons
de sécrétions vaginales pour détecter des infections, des déséquilibres microbiens ou d'autres
problèmes de santé génitale féminine.

Matériels utilisés :

Spéculum vaginal (pour l'examen gynécologique).

Écouvillons stériles pour le prélèvement.

Milieux de transport pour les échantillons.

Microscope (le cas échéant).

Réactifs de coloration (si nécessaire).

1. Procédure Prélèvements Vaginaux

Le Prélèvement Vaginal consiste à collecter des échantillons de sécrétions et de cellules de la paroi

vaginale pour les analyser en laboratoire, afin de diagnostiquer des infections ou d'évaluer la santé
vaginale. Ainsi il consiste à :

Vérification de la concordance entre l'étiquette

Après avoir vérifié la concordance entre l'étiquette sur l'échantillon et la fiche

d'accompagnement, ainsi que noté le site de prélèvement (par exemple, prélèvement vaginal) et
l'aspect des échantillons (comme muqueux, glaireux, purulent, etc.), la procédure se poursuit
comme suit, avec une explication du rôle de chaque milieu de culture et des réactifs utilisés :

Préparation de la suspension : Les écouvillons sur lesquels se trouvent les échantillons sont
ensuite placés dans un tube hémolytique contenant quelques gouttes d’eau physiologique pour
assurer le transfert des micro-organismes vers les milieux de culture.

Ensemencement des Milieux de Culture : L'inoculum ainsi préparé est utilisé pour ensemencer
trois types de milieux, chacun ayant un rôle spécifique :

Drygalski : Milieu sélectif principalement destiné à la croissance des bacilles à Gram négatif,
facilitant leur identification.

CAN2 : Milieu spécifique pour la croissance des levures et des champignons.

14
CNA (Columbia Nalidixic Acid) : Milieu qui permet de favoriser la croissance des Cocci à Gram
positif, notamment les streptocoques et les entérocoques.

Ensemencement du Bouillon Cœur-Cervelet : Quelques gouttes de la suspension sont également

ajoutées au bouillon cœur-cervelet, un milieu liquide utilisé pour la culture bactérienne.

Microscopie : Une petite quantité de l'inoculum est placée entre une lame et une lamelle, puis
examinée au microscope pour rechercher et compter les éléments suivants :

Les leucocytes

Les hématies (globules rouges)

Les cellules épithéliales

Trichomonas vaginalis (Tr. vaginalis) présents.

Coloration Gram :

La coloration Gram des bactéries a été exécutée en respectant scrupuleusement les étapes
détaillées dans le document référencé à la page .

Cette procédure exhaustive permet d'identifier et de caractériser les micro-organismes présents

dans l'échantillon vaginal en culture, en plus de réaliser la coloration Gram pour discerner leur
structure cellulaire. Les résultats obtenus permettent de quantifier la présence de Neisseria,
Mobiluncus, cellules épithéliales vaginales couvertes de bactéries, ainsi que d'autres micro-
organismes, contribuant ainsi de manière significative au diagnostic et à la gestion clinique
appropriée.

Résultats de l’ensemencement

Les résultats obtenus de l'ensemencement du prélèvement vaginal ont révélé des

caractéristiques différentes des colonies de micro-organismes sur les trois milieux de culture
utilisés :

Milieu Drygalski : Ce milieu à vocation sélective est principalement destiné à favoriser la

croissance des entérobactéries. Les bactéries qui fermentent le lactose développent des colonies
jaunes, tandis que celles qui ne le fermentent pas conservent la couleur initiale du milieu. Un test
oxydase est employé pour différencier les bactéries non fermentaires. Les bactéries oxydase
positives orientent vers des genres tels que Pseudomonas et Burkholderiaceae, tandis que les
bactéries oxydase négatives évoquent des Enterobacteriaceae et Acinetobacter. Notons
qu'aucune hémolyse n'a été observée dans ce milieu.

Milieu CAN2 : Spécialement conçu pour favoriser la croissance des levures et des champignons,
ce milieu peut donner lieu à une variété d'aspects pour les colonies de levures. Par exemple, des
colonies bleues peuvent indiquer la présence de Candida albicans, tandis que des colonies roses
peuvent suggérer Candida tropicalis. Les colonies blanches peuvent correspondre à diverses
espèces de Candida autres que Candida albicans.

Milieu CNA (Columbia Nalidixic Acid) : Ce milieu est utilisé pour la culture générale des
bactéries. Il peut présenter des colonies bêta-hémolytiques caractérisées par une hémolyse
complète, avec des zones d'hémolyse claires et alpha hémolytique.

15
 Ces observations des colonies sur les différents milieux de culture jouent un rôle essentiel dans
l'identification des micro-organismes présents dans l'échantillon vaginal, facilitant ainsi le
diagnostic et la sélection d'une prise en charge clinique appropriée.

Identification spécifique et l’ANTIBIOGRAMMES :

Ce processus a été exécuté en suivant précisément les étapes détaillées figurant à la page 3.
(Consultez la page pour plus de détails)

LES BACTÉRIES PATHOGENES DANS UN prélèvement vaginales et vulvaire

Le vagin et la vulve sont normalement peuplés de nombreuses bactéries, mais la plupart d'entre
elles sont inoffensives ou même bénéfiques pour la santé. Cependant, il existe certaines
bactéries pathogènes qui peuvent causer des infections dans la région génitale féminine. Les
exemples de bactéries pathogènes comprennent :

Gardnerella vaginalis : Cette bactérie est souvent associée à la vaginose bactérienne et peut être
détectée dans les prélèvements vaginaux.

Candida albicans : Candida albicans peut causer une candidose vaginale, et elle peut être
présente dans les prélèvements vaginaux.

Streptococcus pyogenes : Cette bactérie peut causer des infections cutanées dans la région
vulvaire.

Escherichia coli (E. coli) : Certaines souches pathogènes d'E. coli peuvent également être
présentes dans la région vulvaire.

Chlamydia trachomatis et Neisseria gonorrhoeae : Ces bactéries sexuellement transmissibles

peuvent être détectées dans les prélèvements vaginaux et vulvaires si une infection est
suspectée.

2. Examen mycoplasme

Le diagnostic complet des mycoplasmes urogénitaux est réalisé de manière simple et exhaustive
grâce à l'utilisation du kit MYCOPLASMA IST 3. Ce kit permet la quantification, l'identification et
l'antibiogramme des Mycoplasma hominis (pour lesquels les antibiotiques utilisés sont la
Lévofloxacine, la Moxifloxacine, la Tétracycline, l'Erythromycine, la Télithromycine) ainsi que des
Ureaplasma spp (pour lesquels les antibiotiques utilisés sont la Lévofloxacine, la Moxifloxacine, la
Tétracycline et la Clindamycine).

Procédure examen mycoplasme

L'examen des mycoplasmes est un processus essentiel pour le diagnostic des infections urogénitales,
en particulier lorsque l'on prélève des échantillons au niveau de l'endocol. Le test MYCOPLASMA IST
3 offre une approche complète, permettant la numération, l'identification et l'antibiogramme des
Mycoplasma hominis et Ureaplasma spp.

Le processus se déroule comme suit :

 Prélèvement de l'Échantillon : Un écouvillon unique est utilisé pour le prélèvement
du mycoplasme au niveau de l'exocol. Cet échantillon est ensuite traité pour
l'analyse.

16
  Culture et Détection : L’écouvillon est transféré dans le réactif R1, où ils sont
soigneusement agités pour assurer une bonne dispersion. Ensuite, le R1 est transféré
vers le réactif R2 et vortex pendant quelques secondes pour un mélange homogène.
 Transfert dans la Plaque MYCOPLASMA IST 3 : Une fois le mélange préparé dans le
réactif R2, 55 microlitres de ce mélange sont transférés dans chaque puits de la
plaque MYCOPLASMA IST 3. Chaque puits de la plaque contient un milieu de culture
spécifique pour les mycoplasmes. Il convient de noter que la plaque MYCOPLASMA
IST 3 comprend des puits de contrôle. Ces puits de contrôle sont importants pour
valider le processus et s'assurer que les conditions de culture sont appropriées. De
plus, la plaque MYCOPLASMA IST 3 peut également inclure des puits spécifiques pour
évaluer la sensibilité des mycoplasmes aux antibiotiques. Ces puits permettent de
déterminer la réaction des mycoplasmes aux différents antibiotiques testés,
fournissant ainsi des informations précieuses sur le degré de sensibilité de ces micro-
organismes aux traitements antibiotiques.
 Incubation : La plaque est ensuite incubée à 37 degrés Celsius pendant 48 heures,
avec des lectures effectuées à chaque intervalle de 24 heures.
 Lecture des Résultats : Lors des lectures, toute variation de la coloration en rose
dans les puits est interprétée comme un signe de résistance et de positivité à la
présence de mycoplasmes. De plus, les résultats des puits de sensibilité aux
antibiotiques fournissent des informations sur le degré de sensibilité des
mycoplasmes aux traitements antibiotiques spécifiques.
Ce processus complet, avec la présence des puits de contrôle et des puits de sensibilité aux
antibiotiques sur la plaque MYCOPLASMA IST 3, permet d'obtenir des informations détaillées
sur la présence, la résistance et la sensibilité des mycoplasmes, ce qui est crucial pour un
diagnostic précis et une prise en charge appropriée des infections urogénitales.
3. Examen chlamydia

L'infection à Chlamydia est une infection bactérienne causée par la bactérie Chlamydia
trachomatis. Elle peut affecter diverses parties du corps, y compris les organes génitaux, ce qui
en fait l'une des infections sexuellement transmissibles (IST) les plus courantes. Pendant mon
stage de perfectionnement à l'Institut d'Infectiologie Charles Mérieux, j'ai eu l'opportunité de
mettre en œuvre la procédure de réalisation du test de diagnostic rapide (TDR) Biosynex S.A
CHLAMYDIA, destiné à détecter l'infection à Chlamydia.

Voici le déroulement de la procédure :

a. Préparation des Réactifs : Nous avons commencé par préparer les réactifs en ajoutant 8
gouttes du réactif A dans un tube spécifique fourni avec le kit Biosynex S.A CHLAMYDIA.
b. Décharge de l'Échantillon : Nous avons déchargé l'échantillon à tester dans le même
tube contenant les réactifs A . À ce stade, nous avons observé une nouvelle période de
repos de 2 minutes, permettant ainsi au réactif A d'interagir avec l'échantillon.
c. Ajout du Réactif B : Après cette période de repos de 2 minutes, nous avons complété la
réaction en ajoutant 8 gouttes du réactif B au même tube contenant les réactifs A et
l'échantillon. Une nouvelle période de repos de 1 minute a été respectée.

17
 d. Préparation de l'Échantillon : À cette étape, nous avons soigneusement identifié le
numéro d'identification du patient associé à l'échantillon que nous allions tester. Cette
identification était cruciale pour garantir la bonne attribution des résultats.
e. Application sur le TDR Biosynex S.A CHLAMYDIA : Ensuite, nous avons déposé trois
gouttes du mélange résultant (composé des réactifs A et B, ainsi que de l'échantillon) sur
le test de diagnostic rapide (TDR) Biosynex S.A CHLAMYDIA, spécialement conçu pour
détecter l'infection à Chlamydia.
f. Période d'Attente : Nous avons ensuite laissé le TDR Biosynex S.A CHLAMYDIA reposer
sans perturbation pendant une période précise de 15 minutes. Cette étape était
essentielle pour permettre au test de réagir correctement.

Après la période d'attente de 15 minutes, nous avons procédé à l'interprétation des résultats du
TDR Biosynex S.A CHLAMYDIA. Les résultats étaient déterminés par la présence ou l'absence de
bandes sur le test. La bande de contrôle apparaissait systématiquement pour indiquer la fiabilité
du test, tandis que l'apparition d'une deuxième bande dépendait de la négativité ou de la
positivité de l'échantillon.

Cette expérience m'a permis d'acquérir une compréhension pratique du processus de réalisation
des tests de diagnostic rapide, en particulier pour la détection de l'infection à Chlamydia, et de
comprendre l'importance de suivre rigoureusement les étapes de la procédure pour obtenir des
résultats fiables.

E. Coproculture et KOP

La coproculture et le KOP sont couramment effectués afin de dépister la présence de germes

pathogènes responsables d'infections gastro-intestinales. J'avais la responsabilité d'effectuer
l'analyse d'échantillons de selles, notamment des coprocultures, pour détecter ces infections
intestinales et identifier les agents pathogènes impliqués.

 Conditions de prélèvement pour les examens de coprocultures et de KOP : En ce qui

concerne les conditions de prélèvement pour ces examens de coproculture et de KOP, il
était impératif que les patients ne prennent pas d'antibiotiques au moment du
prélèvement, et que les échantillons de selles soient récents. Il est à noter que
contrairement à la coproculture, l'examen bactériologique n'était pas réalisé dans le cas
du KOP.
 Vérification de la concordance entre l'étiquette : Après avoir confirmé que l'étiquette
sur l'échantillon correspondait à la fiche d'accompagnement, nous examinions la
consistance des selles (par exemple, dure, molle, pâteuse, glaireuse, moulée, en
couches) et leur couleur (verdâtre, brune, brune foncée, brune claire, brune verdâtre,
décolorée, noire, beige, sanguine). Ensuite, la procédure se poursuivait avec une
explication des rôles des milieux de culture et des réactifs utilisés.
 Préparation de la suspension : Pour préparer la suspension, nous plaçons une petite
quantité de selles dans de l'eau physiologique.
 Examen cytologique des coprocultures : L'examen cytologique des coprocultures
consistait en plusieurs étapes :
 Une goutte de cette suspension était déposée entre une lame et une lamelle.

18
  Au cours de l'examen cytologique, nous procédions au dénombrement des leucocytes,
des hématies, ainsi que des cellules épithéliales.
 Par la suite, la lamelle était retirée et placée sur une plaque chauffante pour être séchée.
 Après le séchage complet, nous procédions à la coloration Gram. Enfin, nous comptions
les bactéries, à savoir les bacilles et Cocci négatifs, les bacilles et Cocci positifs, ainsi que
les levures.
 Examen cytologique du KOP : Lors de cet examen au microscope, nous recherchions des
éléments parasites tels que les kystes de protozoaires, les œufs de vers, les levures, tout
en quantifiant la flore.
 Examen bactériologique

Ensemencement : L'ensemencement sur le milieu de culture Hektoen consistait à déposer

précisément une petite quantité de la suspension sur ce milieu en utilisant une pipette. Ensuite,
la boîte de Petri était placée dans un incubateur maintenu à une température de 37 degrés
Celsius pendant une période de 18 à 24 heures. Les colonies présentant des caractéristiques
suspectes, telles que leur couleur noire ou verdâtre, faisaient l'objet d'une identification et d'un
test de sensibilité aux antibiotiques (ATB) en utilisant le système VITEK 2. Les instructions
spécifiques pour ces étapes avaient été préalablement expliquées à la page 3 du protocole. Les
bactéries recherchées dans ce contexte étaient les Shigella et Salmonella.

ECBCL (Examen Cytobactériologique des Liquides d'Ascite) :

Principe : L'ECBCL consiste à examiner les liquides d'ascite à la recherche de micro-organismes

pathogènes, notamment des bactéries. La centrifugation des échantillons permet de concentrer les
cellules et les micro-organismes pour faciliter leur détection.

Matériels utilisés :

Tubes hémolytiques ;

Centrifugeuse ;

Lames ;

Coloration Gram (Violet de gentiane, Lugol , Alcool, Fuschine) ;

Centrifugeuse ;

Milieux de cultures ()

Incubateur

Procédure

L'analyse des liquides d'ascite revêt une importance cruciale pour le diagnostic des infections
abdominales et des affections associées à l'accumulation anormale de liquide dans la cavité

19
péritonéale. Au cours de mon stage, j'ai activement participé à l'analyse de ces échantillons en
utilisant deux types de milieux de culture, à savoir le sang cuit et le sang frais. Voici la démarche que
nous avons suivie :

Prélèvement de l'échantillon : Après avoir prélevé une portion de l'échantillon, nous l'avons
transférée dans un tube hémolytique dédié.

Centrifugation : Ensuite, nous avons soumis le tube à une centrifugation à une vitesse de 3000 tours
par minute pendant 5 minutes, maintenue à une température de 20 degrés Celsius.

Répartition sur lames : Le résultat de cette centrifugation, appelé culot, a été réparti entre deux
lames pour effectuer deux analyses distinctes.

Coloration Gram : La première lame a été utilisée pour réaliser la coloration Gram, une étape
cruciale dans l'identification des micro-organismes présents dans le liquide d'ascite. Cette coloration
nous permettait de distinguer les caractéristiques des bactéries. Veuillez-vous référer à la procédure
décrite à la page correspondante.

Examen cytologique : Quelques gouttes de l'échantillon ont été placées dans une des nombreuses
chambres de la cellule de Kova pour effectuer un examen cytologique.

Frottis d'hématologie : La seconde lame a été réservée au frottis d'hématologie, nous permettant
ainsi de compter précisément les hématies et les leucocytes présents dans l'échantillon de liquide
d'ascite.

Après avoir réparti les échantillons sur les deux milieux de culture (sang cuit et sang frais), nous les
avons placés dans un incubateur à 37 degrés Celsius. L'incubation pouvait être prolongée jusqu'à 48
heures en cas de croissance bactérienne insuffisante. Nous avons effectué des lectures toutes les 24
heures pour surveiller l'évolution des colonies bactériennes et recueillir des données essentielles
pour notre analyse microbiologique des liquides d'ascite. Cette méthodologie précise a joué un rôle
crucial dans le processus de diagnostic des infections abdominales au cours de mon stage de
perfectionnement.

Examen Cytobactériologique du Liquide Céphalo-Rachidien

L'ECBLCR (Examen Cytobactériologique du Liquide Céphalo-Rachidien) représentait l'une des

tâches les plus délicates auxquelles j'ai été confronté. Ma contribution à l'analyse du liquide
céphalo-rachidien visait à détecter d'éventuelles infections du système nerveux central,
apportant ainsi une précieuse contribution au diagnostic des méningites et d'autres affections
neurologiques.

Déroulement de l'examen :

Dans le cadre de cet examen, nous avons utilisé quatre milieux de culture, à savoir le Drygalski, le
sang cuit, le sang frais, et le CAN2.

Préparation de l'échantillon : Une portion du liquide céphalo-rachidien a été transférée dans un

tube hémolytique.

20
 Centrifugation : Le tube a été soumis à une centrifugation à 3000 tours par minute pendant 5
minutes, à une température de 20 degrés Celsius.

Répartition sur deux lames : Le résultat de la centrifugation a donné lieu à un culot, qui a ensuite
été réparti entre deux lames.

Coloration Gram : La première lame a été dédiée à la coloration Gram, permettant ainsi
l'observation des caractéristiques microbiennes.

Analyse hématologique : La seconde lame a été utilisée pour réaliser une analyse
hématologique, comprenant la numération des hématies et des leucocytes présents dans
l'échantillon.

Cette procédure exigeante a été une composante cruciale de mon rôle dans le diagnostic des
infections du système nerveux central

Culot Urinaire

J'ai réalisé des analyses du culot urinaire, une étape fondamentale pour évaluer la composition
et la concentration des éléments présents dans l'urine. Ces informations revêtaient une
importance cruciale dans le suivi des patients atteints de diverses affections médicales. Voici le
protocole suivi lors de cet examen :

1. Préparation de l'échantillon :

Tout d'abord, l'urine a été soigneusement homogénéisée. Ensuite, environ les trois quarts de
l'échantillon ont été transférés dans un tube conique destiné à la centrifugation.

2. Centrifugation :

Le tube conique a été placé dans la centrifugeuse et soumis à une centrifugation pendant 5
minutes, à une vitesse de 2500 tours par minute.

3. Rejet du surnageant :

Le surnageant, la partie liquide, a été rejeté en retournant le tube conique au-dessus de l'évier.

4. Préparation du culot :

La suspension ainsi obtenue, le culot, a été récupérée en utilisant une pipette.

5. Préparation de l'échantillon sur lame :

Le culot a été étalé sur une lame de verre portant un numéro d'identification unique.

Au cours de cet examen minutieux, nous avons recherché la présence de schizomanie et d'autres
éléments pertinents. Ces procédures ont joué un rôle essentiel dans le suivi et la gestion des
patients atteints de diverses affections médicales, et elles ont enrichi mon expérience lors de
mon stage de perfectionnement.

21
Dans le culot urinaire, lors d'une analyse en laboratoire, on recherche principalement les éléments
suivants :

Hématies (globules rouges) : La présence d'hématies dans le culot urinaire peut indiquer
diverses conditions médicales, notamment des infections urinaires, des problèmes rénaux, des
calculs rénaux, ou des lésions dans les voies urinaires.

Leucocytes (globules blancs) : La détection de leucocytes peut suggérer une infection, en

particulier une infection des voies urinaires.

Cristaux : La formation de cristaux dans l'urine peut être liée à la formation de calculs rénaux.

Cellules épithéliales : La présence de cellules épithéliales peut être un indicateur de l'état de la

muqueuse des voies urinaires.

Bactéries : La présence de bactéries dans le culot urinaire est généralement associée à une
infection urinaire.

Cylindres : Les cylindres sont formés à partir de matériaux présents dans le tubule rénal et
peuvent indiquer des problèmes rénaux.8

La composition du culot urinaire et la présence de ces éléments peuvent fournir des informations
précieuses sur l'état de santé du patient et aider au diagnostic de diverses conditions médicales.
C'est pourquoi l'analyse du culot urinaire est une étape importante dans l'évaluation médicale
des patients.

Lorsqu'on recherche des parasites dans l'urine (parasitologie urinaire), plusieurs types de
parasites peuvent être détectés, selon les symptômes cliniques et les préoccupations médicales.
Les parasites urinaires les plus courants comprennent :

Schistosoma haematobium : C'est le parasite responsable de la schistosomiase urogénitale. Les

œufs de ce parasite peuvent être excrétés dans l'urine, et leur présence indique une infection
parasitaire.

Trichomonas vaginalis : Bien qu'il soit principalement associé à des infections génitales chez les
femmes, Trichomonas vaginalis peut parfois être détecté dans l'urine des personnes infectées.

Entamoeba histolytica : Ce parasite est généralement associé aux infections intestinales, mais il
peut également causer des amibes dans la vessie, ce qui peut être détecté dans l'urine.

La recherche de parasites dans l'urine est généralement effectuée lorsque le médecin soupçonne
une infection parasitaire en fonction des symptômes du patient, de ses antécédents de voyage
ou d'autres facteurs de risque. La détection précoce et le traitement des infections parasitaires
urinaires sont essentiels pour prévenir les complications et améliorer la santé du patient.

22