AMPLIX NG Thermocycler FR

Amplification d’ADN
REF : 8068
Manuel utilisateur
AMPLIX NG
Amplification d’acides nucléiques Système PCR en temps réel
ALL.DIAG -1- Version 1

LIRE ATTENTIVEMENT CE MANUEL AVANT TOUTE UTILISATION DE L’AUTOMATE !
REGLES GENERALES DE SECURITE
En présence du sigle « Attention ! Danger ! » se référer au manuel.

Afin d’éviter des accidents, aussi bien qu’une panne du dispositif et des équipements utilisés
veuillez respecter les règles de sécurité présentées.
Si les règles de sécurités sont violées pendant l’exploitation ou l’utilisation fortuite de

l’instrument, il peut y avoir un risque pour la santé des utilisateurs.
Le déplacement injustifié de la coque de couverture de l'instrument est interdit. Le matériel

intérieur ne contient pas de composants devant être entretenus par l'utilisateur.
L’automate fait partie de l'équipement médical pour l’analyse de prélèvements sanguins, il ne

présente aucun danger biologique et sa maintenance doit être effectuée seulement par le
personnel formé.
Ne pas utiliser le dispositif si les valeurs d'humidité dans la pièce excèdent 80 %. La

formation de condensation peut aboutir à un court-circuit dans l'électronique de l’automate.
Avant de connecter l’appareil au secteur, vérifier la présence d’une masse reliée à la terre sur
la prise électrique où sera branché l’appareil, ainsi que l’intégrité du câble de connexion. Il est
interdit de brancher l’appareil sur une prise électrique dépourvue de masse. Brancher
l’appareil avec le câble qui est fourni dans le carton d’emballage.
Attention ! Danger ! Pendant le fonctionnement, le prélèvement et déversement des

échantillons avec fixation du support pour le traitement thermique des tubes se déroule de
manière automatique à l’intérieur de l’appareil. L'ordre de se déplacer (s'ouvrir ou se fermer)
du bloc thermique vient de l'opérateur via un ordinateur ou l’écran de l’automate. Lorsque le
système robotisé est en mouvement, aucunes autres manipulations ne sont autorisées sous
peine de provoquer le blocage du mécanisme, des blessures pour l’utilisateur, ainsi que des
dégâts de l’écran d’affichage. Si une gêne survient lors de la fermeture du bloc thermique, sa
réouverture sera automatique.
Attention! Surface chaude! Durant les cycles thermiques, l'unité de support pour les
tubes tests (bloc thermique) ainsi que le module « couvercle chaud » peuvent atteindre jusqu'à
100°C-105°C.
Ne retirez pas les tubes tests du bloc thermique avant que l'instrument ne soit passé en mode
conservation (mode température basse) et que sur l’écran LCD n’apparaisse :

Attention! Risque d’électrocution! Les fusibles peuvent être remplacés seulement
quand l'alimentation électrique est débranchée. L’automate est considéré hors-tension si le
connecteur d'instrument ou le câble électrique sont débranchés, ou si le câble de l’USB 2 relié
à l’ordinateur est débranché.
Eviter tous liquides ou objets pouvant endommager l’automate, ses composants et ses circuits
électroniques.
Dans le cas d’une utilisation fortuite ou de modifications non autorisées du dispositif,

« Alldiag, Recherche et Productions » LLC ne portera aucune responsabilité en cas de
blessures ou de dégâts corporels.
Le dispositif est conçu pour être utilisé dans des conditions environnementales normales :
- Dans une pièce fermée
- Jusqu’à 2 000m d’altitude
- De 5°C jusqu'à 35°C
- À une humidité relative maximale de 80 % pour une température jusqu'à 31°C et pour une
humidité en dessous de 50 % avec une température pouvant aller jusqu'à 35°C.
- Avec des fluctuations d'alimentation électrique de +/-10 % de valeurs de puissance normale.
Le code IP de l’appareil est IP20.
Le démontage du dispositif pour sa maintenance ou pour le recycler, ne présente pas de

danger biologique s’il est réalisé correctement.
Le recyclage de l'instrument est effectué conformément aux règlements en vigueur dans la

zone d’utilisation. Il n'y a aucune substance dans le dispositif qui pourrait être une menace
directe à l'environnement.
Ce manuel contient des informations protégées par copyright. Aucune partie de ce Manuel ne
peut être reproduite sans en avoir demandé l’autorisation à "Alldiag, Recherche et
Production" LLC. Les logiciels et autres articles ainsi que les désignations mentionnées dans
le texte peuvent être des marques déposées par leurs propriétaires.

Sommaire :
Introduction………………………………………………………………………………………………………………………………………………… 6
1. Informations de base…………………………………………………………………………………………………………………………….. 7
1.1. Objet ….......………………………………………………………………………………………………………………………………….. 7
1.2. Matériel livré………………………………………………………………………………………………………………………………… 8
1.3. Spécification ..…....………………………………………………………………………………………………………………………… 8
1.4. Configurations de l’ordinateur………………………………………………………………..……………………………………. 9
2. Appareil et principe d’utilisation…………………………………………………………………………………………………………… 10
2.1. Système de contrôle thermique rapide………………………………………………………………………………………… 10
2.2. Système optique…………………………………………………………………………………………………………………………… 11
2.3. Contrôle et système d’affichage……………………………………………………………………………………………………. 11
2.4. Structure de l’automate……………………………………………………………………………………………………………….. 12
3. Mise en marche de l’automate……………………………………………………………………………………………………………… 13
3.1. Déballage de l’appareil………………………………………………………………………………………………………………….. 13
3.2. Installation et branchement..……………………………………………………………………………………………………….. 13
4. Procédure d’utilisation………………………………………………………………………………………………………………………….. 15
4.1. Mise en marche du Thermocycleur et démarrage du programme Real Time PCR…………………………. 15
4.2. Préparation du Thermocycleur pour la PCR………………………………………………………………………………….. 16
4.2.1. Vérification des paramètres géométriques………………………………………………………………………….. 16
4.2.2. Réglages de la mesure d’exposition optique………………………………………………………………………… 17
4.2.3. Vérification de la propreté des puits du bloc thermique………………………………………………………. 17
4.2.4. Mesure de la hauteur des tubes tests………………………………………………………………………………….. 17
4.3. Création d’un protocole de mesure et du programme d’amplification…………………………………………. 18
4.3.1. Remplissage du protocole de lecture…………………………………………………………………………………… 18
4.3.2. Création /Modification d’un programme d’amplification…………………………………………………….. 19
4.4. Placement des tubes d’analyse…………………………………………………………………………………………………….. 20
4.5. Démarrage du programme d’amplification…………………………………………………………………………………… 22
4.6. Déroulement du programme d’amplification……………………………………………………………………………….. 22
5. Maintenance…………………………………………………………………………………………………………………………………… 25
5.1. Directives générales……………………………………………………………………………………………………………………… 25
5.2. Procédure de la maintenance……………………………………………………………………………………………………….. 25
5.3. Dépannage…………………………………………………………………………………………………………………………………... 26
6. Stockage et envoi……………………………………………………………………………………………………………………………. 27
7. Garantie………………………………………………………………………………………………………………………………………….. 27

Introduction
Le thermocycleur « AMPLIX NG » permet d’effectuer des PCR qualitatives et quantitatives
sans passer par l’étape de l’électrophorèse sur gel d’agarose et en utilisant un système basé sur
le principe de la détection de la fluorescence.
La mesure de la quantité du produit obtenu lors de la PCR est effectuée durant les cycles
thermiques.
L'analyse qualitative est réalisée avec un outil mathématique approprié et est basée sur
l’évaluation de la cinétique de la PCR.
L'utilisation de la fluorescence pour la detection de produits PCR a un certain nombre

d'avantages :
 Haute spécificité de détection (l’application de sondes oligo-nucléotidiques permet de

détecter des amplicons seuls en cause).
 Haute efficacité.
 Réduction de temps de recherche.
 Exécution de la détection dans un tube fermé, ce qui exclut une contamination des autres
expérimentations.
 Possibilité d’une évaluation quantitative de l’ADN matrice initiale.
 Les données obtenues peuvent être enregistrées sur format électronique.
Fig.1 Vue générale de l’appareil

1. Informations de base
1.1. Objet
L'instrument appartient à la classe de matériel médical IVD et est destiné à réaliser des études
qualitatives ou quantitatives de l'ADN. Il utilise le procédé de réaction en chaine par
polymérase (PCR) avec des réactifs basé sur l'effet de fluorescence. Le champ d'application
comprend les sociétés médicales et scientifiques, des laboratoires de diagnostics.
L'instrument est conçu pour l'examen simultané de 48 échantillons.
L'instrument peut fonctionner à la fois sous contrôle d'un ordinateur personnel et de manière
autonome.
La préparation et l’initialisation des expériences sur l'instrument sont réalisées avec un

ordinateur personnel compatible IBM, et l’installation en outre d'un programme prédéfini peut
être exécutée de façon autonome. Sur la fin du programme d'amplification, l'instrument passe
en mode de stockage. Si l'option "Eteindre à la fin d'amplification" est activée sur l'écran
d'affichage, l'instrument passe en mode standby.
Les résultats de mesure optique peuvent être évalués de façon préliminaire au cours de
l'exécution du programme d'amplification, alors que l'évaluation finale s’effectue après avoir
terminé le programme. Toutes les données de la dernière amplification sont enregistrées dans
la mémoire interne de l'instrument lui-même et peuvent être lues, même après une panne de
courant au cours de l’amplification. Le travail avec récupération complète de l'état du
programme d'amplification va se poursuivre après rétablissement de l’alimentation secteur. Ni
l'échec du système d'exploitation, ni la déconnexion de l'ordinateur externe mettra fin à
l'expérience. Ainsi, l'instrument est protégé contre les principaux facteurs susceptibles de
provoquer un échec lors du déroulement de la PCR.
Un ordinateur peut contrôler le fonctionnement de plusieurs instruments de types différents

(Amplix NG) relié via les ports USB.
Pour contrôler l'instrument, un programme spécifique est utilisé : Real_Time_PCR , et qui

permet les opérations suivantes :
 Création d'un test
 Création d'un protocole de PCR
 Vérification des paramètres géométriques et optiques de l'instrument
 Création et mise en route du programme d'amplification
 Surveiller les résultats ainsi que les mesures optiques obtenues
 Réglage et diagnostic du fonctionnement de l'instrument
Le prélèvement et le déversement des échantillons sont automatisés, ce qui permet à l’appareil

d’être assimilé à un système robotisé.
L'instrument ne possède pas un système de test particulier ce qui lui confère la particularité
d’être un système ouvert.

1.2. Matériel livré
1. Thermocycleur « AMPLIX NG » ...............................................................................1 pièce
2. Câble informatique à grande vitesse A-B pour USB 2.0. ...........................................1 pièce
3. Câble d’alimentation secteur SCZ_1 (10A, 250B, 3x0.75mm ²) ................................1 pièce
4. Fusibles de sécurité T10AH250V (10A, 250B, 5x20) .............................................. 2 pièces
5. Compact-disc avec logiciel et documentation .............................................................1 pièce
6. Manuel d'utilisation .....................................................................................................1 pièce
À la demande du client, l'instrument peut être livré complet avec un ordinateur personnel
avec le logiciel préinstallé.
1.3. Spécifications
Caractéristiques Valeur
48 tubes de 0.2 ml
Capacité du bloc thermique
Tube test Tube test de 0.2ml pour PCR
Etendue du contrôle de température du block

0°C…..100°C
thermique
Résolution de réglage de la température 0.1°C
Précision absolue de maintien de la
+/- 0.2°C
température
Non-uniformité de la température du bloc

+/- 0.3°C
thermique ne dépasse pas
Vitesse de chauffage moyenne du bloc

thermique dans la plage de température de
5.0°C/s
4.... 99 ° C
Vitesse de chauffage maximale du bloc

thermique dans la plage de température de
5.0°C/s
4….. 99 ° C
Vitesse de refroidissement moyenne du bloc
thermique dans la plage de température de 99 2.5°C/s
.. 55 ° C
Vitesse de refroidissement maximum du bloc

thermique dans la plage de température de 99 3.2°C/s
.. 55 ° C
La température du « hot cover » 105°C +/- 1°C
Dispositif d'actionnement du bloc thermique Eléments Peltier
Source d’excitation des sondes Diode émettrice
Détecteur CDD (dispositif à couplage de charges.)
Nombre de canaux Jusqu’à 5
470/525, 532/570, 585/633, 633/670, 690/750

Excitation / détection de longueur d’onde
nm
Seuil de sensibilité des canaux 0.05x10E-12M
Interface avec l'ordinateur USB 2.0 grande vitesse

Consommation de courant pas plus de 550 W
Dimensions 21x48x31 cm
Temps de préparation après la mise en
≤ 5 minutes
marche
Poids 17 kg
1.4. Configuration de l'ordinateur
Le fonctionnement de l’appareil est contrôlé au moyen d’un un ordinateur compatible IBM

pouvant être vendu avec l’automate et comportant :
 Pentium IV processor avec fréquence de clock rate ≥ 1000 MHz;

 RAM de taille ≥ 512 Mb;
 Espace libre sur le disque dur ≥ 100 Мб;
 Lecteur de compact disc;
 La résolution d'écran minimale doit être de 1024x768 pixels;
 Prises USB libres compatibles avec les connexions USB 2.0 High Speed standards.
Pour contrôler l'instrument, un support logiciel doit être installé, il comprend les éléments
suivants :
 Pilotes de l’appareil;
 Logiciel pour contrôler l'instrument et analyser les données

Le logiciel nécessite des systèmes d'exploitation Windows 98, Windows ME, Windows
2K/XP, Windows Vista, Windows 7.
2. Instrument et principe
Le thermocycleur est un instrument spécialisé capable d’effectuer des cycles thermiques
précis ainsi que de mesurer et d’enregistrer la fluorescence émise pendant la PCR.
Ceci grâce à :
 Un système de contrôle de temperature élevée
 Un système optique;
 Un système d’affichage et de contrôle.
 Un système d’affichage et de contrôle.
2.1. Système de contrôle thermique rapide
Le système de contrôle de haute température comprend un bloc thermique, une unité de

mouvement du bloc de positionnement thermique et un module appelé "couvercle chaude".
Le bloc thermique assure les cycles thermiques des tubes selon un algorithme prédéfini par
le programme d'amplification pour des résultats précis. Deux éléments thermoélectriques à
effet Peltier appréciables pour leur précision de régulation de la température, leur discrétion,
ainsi qu’un bon rapport poids-dimension-caractéristiques, permettent un chauffage et un
refroidissement de l’automate optimal et fiable.Chacun des deux éléments a son propre
capteur de température et son propre régulateur ce qui permet de prédéfinir les gradients de
température nécessaires à travers la matrice.
Un flux de chaleur à partir des éléments thermoélectriques est transféré à l'unité radiateur qui
est refroidi par des ventilateurs.
La matrice de l’instrument est constituée d’un alliage d'aluminium, qui possède un rapport
optimal entre une bonne conductivité thermique, le poids et les caractéristiques de traitement.
Le réceptacle de l’automate, pour les tubes test, est une structure en nid d'abeilles avec des
nervures de renfort et le nombre de puits est:
- 48 puits sont prévus pour la version S-modifications. Les tubes à essai PCR sont
standards (200 µl). La forme des puits permet un transfert optimal de la chaleur aux tubes
d’échantillons dont le volume peut aller jusqu'à 50 µl.
-Avec la version L-modification le bloc thermique peut recevoir jusqu’à 192

échantillons avec 192 puits.
Attention! Pour obtenir des résultats stables, des tubes à essai avec un angle de la partie
conique de 17º20˝±30˝ doivent être utilisés.
Le mouvement et le positionnement du bloc thermique est programmé pour un

positionnement précis des éléments optiques dans la zone de travail de manière à exclure
toute pénétration d’une lumière étrangère dans le canal optique. L'unité assure le mouvement
ALL.DIAG - 10 - Version 1
du bloc thermique de 140nm dans un plan horizontal et permet un accès pratique aux tubes
PCR pour leur remplacement.
Le module "hot cover" permet un contact fiable de la chaleur entre les tubes à essai et le
bloc thermique, et permet également de maintenir la température du couvercle des tubes PCR
à une température de 105 + / -1 ° C qui est nécessaire pour empêcher la formation de
condensation sur le tube, pouvant provoquer des distorsions importantes dans les mesures de
flux lumineux. Le desing du "hot cover" permet d’ajuster la pression exercée sur les tubes
pour les maintenir contre la matrice, en fonction du nombre de tubes présents dans la
l’automate.
2.2. Système optique
Le système optique est constitué d'un bloc optique et d’un faisceau lumineux de transmission.
Le bloc optique est un système de lentilles, de miroirs et de filtres de lumière qui permet de
dévier le flux lumineux à partir de plusieurs sources de lumière sur un axe optique et sa
séparation du flux lumineux entrant dans la matrice du CCD. De puissantes diodes
électroluminescentes de la société Luxeon servent de source lumineuse. Pour atteindre un flux
lumineux stable, il a été prévu un système sur la source lumineuse qui permettra un transfert
de chaleur efficace des cristaux lumineux contenus dans les diodes émettrices.
L’élément de transmission de faisceaux lumineux assure la transmission du flux lumineux

provenant de quatre sources de lumière du bloc optique vers les tubes à essai et du flux
lumineux en provenance de fluorescence des tubes à essai au système CCD situé dans le bloc
optique.
Le composant de transmission des faisceaux de lumière est un conduit rectangulaire. Un

miroir installé dans sa partie avant permet de passer la lumière dans la direction voulue.
Le système de caches pour le bloc optique fournit une isolation optimale des canaux optiques
de la lumière extérieure.
La courbe d'étalonnage de la voie optique (la corrélation entre l’intensité de fluorescence

mesurée et la concentration du fluorophore) est linéaire dans la plage de quantité de matière
des fluorophores étalons de 0.05x10E-12M jusqu’à à 0.2x10E-12M.
2.3. Contrôle et affichage du système

Le système de commande et d'affichage comprend un panneau de contrôle (bouton-poussoir)
pour la commande manuelle du bloc thermique et un écran de liquide-cristallin pour indiquer
le programme d'amplification en cours d'exécution (fig.2).
Fig.2. Ecran Crystal liquide et boutons de contrôle
Lorsque le menu apparait, le bouton-poussoir de gauche, affiche des informations sur les
fonctions des autres boutons lors d’une opération donnée.
Le bouton-poussoir du centre permet de lancer les opérations suivantes:
 Déplacement du bloc thermique pour placer les tubes dans les puits tests avant la
mise en exécution de la PCR.
 Positionnement précis du bloc thermique et des éléments optiques dans leur position
de travail et empêchant la lumière extérieure de pénétrer dans le canal optique ainsi
qu’un contact fiable entre les tubes et la matrice.
Lorsque l'appareil fonctionne sous le contrôle de l'ordinateur, cliquez sur
pour ouvrir le block thermique et sur pour
le refermer. Pour débuter la PCR cliquez sur dans la fenêtre

du Démarrage du programme d'amplification.
Le moniteur à cristaux liquides permet d'afficher le statut de l'instrument et l’avancée de

l'amplification en cours d'exécution. Il affiche les informations suivantes:
 Le nom du programme d’amplification

 Le temps restant avant que le programme d'amplification ne soit terminé
 La température actuelle du mélange réactionnel
 Le statut de l'instrument
2.4. Structure de l’automate
L'instrument se compose d'une trame sur laquelle sont fixées les éléments suivants :
 Eléments permettant le déplacement et positionnement du bloc thermique.

 Le bloc optique, qui comprend les sources de lumière et le système de détection de
lumière par la division du faisceau lumineux pour les différents canaux.
 L'unité de transmission des faisceaux lumineux.
 Plaquettes de circuits imprimés.
 Alimentations-S-25 (2 pièces) et le SP-500-12.
La trame et ses composants sont fixés à un support.
A l’arrière de l’automate se trouve: 3
4
2
1- Un interrupteur secteur
2- Un connecteur d'alimentation
3- Un support avec deux fusibles
4- Un connecteur USB (type B) pour connecter le dispositif à un ordinateur.
Attention! L'instrument contient des éléments mécaniques de précision. Pour ne pas générer
de déréglage du système optique éviter tout choc pendant le déplacement de l’appareil.
Tout déplacement de l’automate doit s’effectuer le portoir fermé et à l’arrêt.
3. Mise en place de l’automate
3.1. Déballage de l’appareil
Le thermocycleur AMPLIX NG est livré emballé dans une boîte de carton ou de contreplaqué
avec des inserts de mousse de polyéthylène, dans le but de protéger l'appareil contre des
dommages mécaniques au cours de son transport et stockage.
Attention ! En plus du thermocycleur, le carton contient:

 Compact-disk avec logiciel et documentation 1 pièce
 Câble A/B USB 2.0 haute vitesse 1 pièce
 Câble d’alimentation SCZ-1 (10А, 250В, 3х0,75мм2) 1 pièce
 Manuel d’Instruction 1 pièce
Il est recommandé de déplacer l’appareil dans son emballage par 2 hommes jusqu’au lieu
d’installation.
Lorsque vous sortez l'instrument de la boîte d'emballage, procédez comme suit:
 Installer le thermocycleur dans un espace libre sur une table de travail.

 Placer la boîte avec l'instrument près de l’espace choisi et ouvrir le couvercle.
 Sortir les éléments hors de la boîte et retirer l’intercalant en polyéthylène
supérieur.
 Vérifiez les composants par rapport à la liste (1.2 de ce manuel).
 Inspecter visuellement l'instrument.
Si l’un des composants était absent ou endommagé, appeler immédiatement le service

« ALL.DIAG » au + 33 (0) 3 88 78 80 88.
3.2. Installation et branchement
Attention ! Un fois l’emplacement choisi pour l’installation de l’appareil, prendre soin de

conserver une distance entre le devant de l’appareil et le bord de la table d’au moins 14 cm.
Cet espace devra être entièrement dégagé de tout objet ; sinon le bloc thermique risque d’être
endommagé par des objets étrangers placés dans sa zone de mouvement.
L’appareil doit être installé dans un endroit adapté à la nature du travail à effectuer, avec
suffisamment d’aération et accès facile au bloc thermique et au bouton d’allumage. Pour
permettre une utilisation normale de l’appareil, une réserve d’espace libre supplémentaire de
12 cm serait souhaitable à gauche, à droite ainsi qu’à l’arrière de l’appareil.
La consommation de l’appareil au cours de son fonctionnement ne dépasse pas 550W.
L’appareil ne nécessite pas de matériels supplémentaires pour stabiliser le circuit électrique.

Une fois que l’appareil est relié au secteur, ne pas oublier que le débit fourni doit être d’au
moins 550W pour l’appareil lui même et doit avoir assez de réserve pour d’autres éventuels
appareils branchés.
La mise en marche de l’appareil se fait au moyen de l’interrupteur qui se trouve derrière.
Attention ! Avant de connecter l’appareil au secteur, vérifier la présence d’une masse reliée à
la terre sur la prise électrique où sera branché l’appareil. D’abord brancher le câble électrique
qui a été fourni sur l’appareil. Par la suite, assurez-vous que l’interrupteur d’allumage est en
position « O » (Off) puis branchez la prise sur l’alimentation secteur.
Relier l’appareil à l’ordinateur avec le câble USB 2.0 haut débit qui vous a été fourni.
Attention ! Pour pouvoir utiliser l’appareil, votre ordinateur doit absolument supporter le
branchement d’un câble USB 2.0 haut débit.
Attention ! Après un stockage prolongé dans un environnement froid, l’appareil doit être
placé à température ambiante (18-25°C) pendant 4 heures avant toute utilisation.
4. Procédure d’utilisation
4.1. Mise en marche du thermocycleur et démarrage du programme

RealTime_PCR.
Une fois que l’appareil est relié à l’ordinateur au moyen du câble USB, les allumer.
Utilisez l'icône sur le bureau ou via le menu « Démarrer » du système d'exploitation

« Windows » et démarrez le programme « Realtime_PCR », et dans la fenêtre du choix
d’action cliquez sur le bouton .
Démarrez le programme RealTime_PCR dans le mode de procédure d'exploitation. L'écran

affichera la fenêtre d'exécution du programme avec une indication de l'état de l'instrument
dans la ligne et la liste du ou des instruments connectés à l'ordinateur (fig.17).
Fig.17. Fenêtre des appareils connectés
Sélectionnez un instrument pour le démarrage puis appuyez sur le bouton .
L'instrument est connecté à l'ordinateur et l'indication de la ligne d'état de la fenêtre procédure

d'opération sera changée en .
Après initialisation et avoir atteint une température de 20°C la ligne d'état sera changé
en : et l'instrument sera prêt pour l'exécution du programme
d'amplification.
Une procédure détaillée du lancement et de l’utilisation du programme Real Time PCR est
décrite dans la seconde partie du manuel « logiciel ».
L’indication du statut de l’appareil dans la ligne statut signifie :

 : l’appareil est connecté et prêt à être utilisé
 : l’appareil est allumé mais n’est pas prêt à être utilisé. Après le
chauffage (n’excède pas 10 minutes après l’allumage de l’appareil) le fond devient
vert.
 : l’appareil est soit éteint au moment du lancement du programme, soit
il n’est pas relié à l’ordinateur avec le câble USB 2.0 ou alors il n’a pas été sélectionné
dans la liste des appareils.
Attention ! Un ordinateur peut contrôler le fonctionnement de plusieurs appareils. Dans ce
cas, chaque appareil doit être relié au PC via le port USB.
Lorsque l’utilisation se fait sur un seul appareil, l’utilisateur peut connecter et déconnecter
l’instrument voulu en cliquant ou dans la fenêtre Liste des
appareils, qui s’affiche automatiquement lors du démarrage du programme Real Time PCR,
et lorsque le programme est en cours d’exécution, la fenêtre peut s’afficher en choisissant le
menu Ajustements/liste des appareils.
Lorsque l’utilisation concerne plusieurs appareils, le lancement du programme de chaque
appareil doit s’effectuer dans une fenêtre différente. Dans ce cas, il est possible d’agir sur
plusieurs programmes simultanément.
La ligne des statuts indique la date actuelle et l’heure , le numéro de
série de l’appareil et une version du micro logiciel du contrôleur optique
.
4.2. Préparation du thermocyleur pour la PCR
Lors de l’allumage de l’appareil, une vérification automatique se met en place avant que
l’appareil ne soit prêt à être utilisé. La vérification concerne les conditions de température du
bloc thermique : température du radiateur, thermostat, ainsi que la température du couvercle
pour s’assurer que les données soient conformes aux normes d’utilisation.
4.2.1. Vérifications des paramètres géométriques
Attention ! Lors du premier allumage après transport de l’appareil ou tout autre transfert
d’emplacement, il est recommandé d’effectuer un contrôle des paramètres géométriques de
l’unité optique.
Une procédure détaillée de la vérification des paramètres géométriques est décrites dans la
seconde partie du manuel d’utilisation « logiciel ».
Sur l’image d’un bloc thermique, la luminosité des puits ne doit pas dépasser la limite établie
par le cercle rouge. Si le cercle rouge n’est pas centré sur son spot, un réglage du système
optique doit être effectué (fig.18).
Fig.18. Vérification des paramètres géométriques
4.2.2. Réglages de la mesure d’exposition optique
Attention ! Les paramètres définis par le fabricant des mesures optiques sont optimales pour
des utilisations avec les produits de « All Diag, Recherche et Production » LLC et
conviennent à la plupart des applications courantes. Le recours au changement de l’exposition
n’est nécessaire quand lorsque les réactifs utilisés sont substantiellement différents des
standards. La fenêtre des paramètres d’exposition est donnée dans la figure 20 :
Fig.20. Fenêtre de réglage de la mesure de l’exposition optique
Une procédure détaillée du choix de la valeur de l’exposition optique est décrite dans la
seconde partie du manuel « logiciel ».
4.2.3. Vérification de la propreté des puits du bloc thermique
Lors d'une vérification des ajustements géométriques de l’unité d’optique, l'absence de taches
brillantes sur l'image pour les puits vides est la preuve de puits propres et non contaminés.
Dans ce cas là, augmenter la valeur de l’exposition 2-3 fois la valeur de l’exposition
appliquée.
Vérifiez les puits du bloc thermique immédiatement avant le placement de tubes tests à
analyser une fois la contamination vérifiée préalablement.
La vérification régulière de la propreté doit être effectuée par une technicien(ne) en
conformité avec les règles de maintenance des instruments (voir paragraphe 5)
4.2.4. Mesure de la hauteur des tubes test
La mesure de la hauteur des tubes à essai est recommandée à chaque nouveau type de tube
utilisé, ainsi que dans le cas de moindre doute sur la qualité de pression par le "hot cover"
pour maintenir les tubes.
Procédure pour réaliser la mesure de la hauteur des tubes :
 Cliquez sur et disposer les tubes ou barrettes uniformément sur
le bloc thermique;
 Choisir Paramètres/Appareil Diagnostic/Mesure de la hauteur des tubes
(Settings/Device Diagnostics/Measure height of the tube) et attendre le message:
 Sauvegarder la hauteur des tubes en cliquant .
4.3. Creation d’un protocole de mesure et du programme d’amplification
Après le démarrage de l’appareil, créer (éditer) un protocole de mesure et un programme

d’amplification. Entrez les paramètres pour le futur démarrage à l’aide du programme Real
Time PCR.
4.3.1. Remplissage du protocole de mesure
La fenêtre pour entrer les données du protocole (fig.21) apparait immédiatement après le
démarrage du programma Real Time PCR et comprend les éléments suivants :
Remplir les données du protocol avec l’une des méthodes suivantes:

 manuellement (ligne-par-ligne);
 à l’aide d’une procedure test qui conserve les paramètres standards d’analyse
(recommandé pour les analyses standards des laboratoires de recherche clinique);
 en utilisant des modèles de protocoles sauvegardés par le passé.
Lors du remplissage, entrer les données suivantes:
 code d’identification (description) de chaque tube test;
 type de chaque tube test;
 le nombre de replicas de chaque échantillon;
 concentration des échantillons calibrateurs (pour les analyses quantitatives);
 fluorophores utilisés (label) et son objectif;
 disposition des tubes dans le bloc thermiquet;
 numéro de protocole ;
 nom de l’opérateur.
La procédure pour la création/édition de protocol est décrite en détail dans la seconde partie
du manuel « logiciel ».
Fig.21. Fenêtre du remplissage du protocole
4.3.2. Creation/edition d’un programme d’amplification
Après avoir entré les données du test, cliquez sur l’onglet Démarrage du programme
d’amplification. Le programme d’amplification spécifié dans l’onglet « protocol », colonne
Test, avec les paramètres entrés, sera celui affiché par défaut. Si le remplissage a été réalisé
sans procédure Test, l’écran affichera le dernier protocole qui a été utilisé.
Si nécessaire, les étapes suivantes peuvent être appliquées :
1. Ouvrir le programme d’amplification à partir du disque en cliquant .
2. Créer un nouveau programme d’amplification (bouton puis choisir

une trame pour le nouveau protocole (Fig. 22).
3. Editer/modifier les paramètres du programme affiché (bouton ,

(Fig.23).
Fig.22. Creating the amplification program with the use of a pattern
Fig.23. Editer un programme d’amplification existant
La procedure Editer/modifier un programme est détaillée dans la seconde partie du manuel

« logiciel ».
4.4. Placement des tubes d’analyse
Pour placer ou retirer des tubes, procéder comme suit :
Fig. 22 Apparence extérieure de la matrice du bloc thermique en position ouvert
1. Cliquer sur dans la fenêtre de démarrage ou sur le bouton du

bloc thermique et attendre jusqu’à l’ouverture complète du bloc thermique (Fig.22).
2. Si l’appareil est utilisé pour la première fois, essuyer les puits un chiffon imbibé
d’alcool (96-% éthanol ou 100-% d’alcool isopropylène) comme il est décrit dans la
partie 8 (“Maintenance”). Au cours de l’opération, essuyer les puits conformément aux
recommandations décrites dans la partie “Maintenance”.
3. Placer les tubes test contenant les échantillons dans le rack du bloc thermique
conformément aux procédures d’utilisation de la PCR.
4. Cliquer dans la fenêtre de démarrage ou sur le bouton du bloc

thermique et attendre la fermeture complète du bloc thermique (Fig.1)
Attention, danger! Pendant le fonctionnement, le prélèvement et déversement des

échantillons avec fixation du support pour le traitement thermique des tubes se déroule de
manière automatique à l’intérieur de l’appareil. Pendant le positionnement de l’unité, aucun
objet étranger ou les doigts de l’utilisateur ne doivent se trouver dans la zone de mouvement
au risque de causer des dommages sur le mécanisme de mouvement et détériorer l’appareil,
pincement ou blessure corporelles pour le manipulateur.
Attention! Surface chaude! Durant les cycles thermiques, l'unité de support pour les
tubes tests (bloc thermique) ainsi que le module « couvercle chaud » peuvent atteindre jusqu'à
100°C-105°C.
Ne retirez pas les tubes tests du bloc thermique avant que l'instrument ne soit passé en mode
conservation (mode température basse) et que sur l’écran LCD n’apparaisse :
4.5. Démarrage du programme d’amplification
Entrer les commentaires nécessaires tels que les caractéristiques du programmes à lancer,
ainsi que le volume du mélange réactionnel dans le tube.
Assurez-vous que l’appareil soit allumé et connecté au PC, de ce qui est affiché dans la ligne
de statut ( et non pas ) puis lancer le programme
d’amplification en cliquant .
Au moment du lancement du programme choisissez un nom de fichier, le format de fichier
ainsi que le dossier sous lequel vous allez sauvegarder les mesures enregistrées au cours de
l’analyse.
Attention ! Si vous cliquez et que l’appareil est

encore en mode préchauffage ( couleur jaune dans la ligne des statuts), dans
la fenêtre du profil de température un message clignotant de l’appareil signalant le
préchauffage apparaitra.
Un message similaire s’affichera également sur l’écran de l’appareil. Lorsque le chauffage

sera terminé, l’appareil lancera automatiquement le programme enregistré auparavant.
Si besoin est, à la fin du programme, l’appareil peut passer en mode veille et s’éteindre de
lui-même. Pour ce faire :
1. Dans la fenêtre du programme d’exécution, choisir l’option:
2. Fermer le programme en cliquant dans le coin en haut à droite de la fenêtre.

3. Quand l’exécution du programme d’amplification est terminée, l’appareil passera en
mmode veille. Un voyant clignotera dès lors sur l’écran d’affichage du menu.
Attention! L’appareil ne se mettra en mode veille que si l’option “Eteindre l’appareil à la

fin de l’amplification” est active et si le programme lance se termine avec une phase
“holding temperature”.
4.6. Déroulement du programme d’amplification
Le déroulement de l’amplification se fait avec le programme Real time PCR.

En cas de besoin, il est possible de :
 Suspendre le programme d’amplification en cours
 Arrêter le programme en cours
 Ajouter la quantité nécessaire de cycle sur le bloc actuel ou annuler l’exécution des
cycles restant et procéder à l’exécution du prochain bloc de température
 Modifier le protocoles des mesures optiques
 Lorsqu’un programme est en cours d’exécution, en cliquant sur , vous accéder aux
données des mesures optiques pour les tubes sélectionnés sous la forme d’un
histogramme 3D dans la fenêtre Distribution of optical data over the thermal block
(Fig. 25).
Fig.25. Données des mesures optiques pour les tubes sélectionnés.
Si l’option Eteindre l’appareil à la fin de l’amplification n’a pas été activée, à la fin de
l’exécution du programme, l’écran affichera que le programme est passé en mode Holding
(fig.26).
Fig.26. Le programme affiche le message que le programme est terminé
Un message similaire apparait également sur l’appareil.
Quand l’appareil atteint une valeur proche de la température de stockage, une fenêtre apparait
avec un message disant que le programme est terminé et est passé en mode stockage (fig.27).
Fig.27. Indication du mode stockage
Cliquer OK transfère le programme Real time PCR vers le dossier d’archivage (onglet des
résultats des mesures optiques).
Si l’option éteindre l’appareil à la fin de l’amplification a été activée, l’appareil basculera

en mode veille à la fin du programme.
Pour sortir de ce mode, il suffit de lancer le programme Real Time PCR et de reconnecter
l’appareil dans la liste des appareils.
Attention ! Pour lire les résultats du programme d’amplification après le mode veille, vous
devrez utiliser l’option Paramètres/Dernier appareil connu (Settings/Last device run).
La procédure d’analyse des résultats est détaillée dans la seconde partie du manuel
« logiciel ».
5. Maintenance
5.1. Directives générales
La maintenance a pour objectif de maintenir l’automate en bon état de fonctionnement et

allonger sa durée de vie.
La maintenance de l’automate doit être effectuée par du personnel qualifié qui a étudié le
présent manuel.
L’automate est conçu pour un minimum d’entretien dans des conditions d’utilisation normale
en laboratoire.
L'instrument doit être protégé contre les chocs mécaniques, ainsi que d’éventuels
déversements de liquides.
Pour maintenir le bloc thermique et les éléments du système optique en bon état, l’appareil
doit toujours être en position fermée sauf lors du placement ou du retrait des tubes.
Attention ! Pour éviter toute détérioration du système optique, ne jamais utiliser de

substances (pates résistantes à la chaleur, huiles,…) pour améliorer l’adhésion des tubes test
au bloc thermique.
5.2. Procédures de maintenance
Les procédures suivantes doivent être effectuées par du personnel formé avec la fréquence
suivante.
1 – Inspection visuelle de l'instrument pour s’assurer de l'absence de bosses, rayures, etc... à la

surface de l'instrument, l'état de son cordon d'alimentation, et de sa connexion fiable au PC.
Fréquence: avant chaque mise en marche.
2 – Nettoyer la poussière et la saleté de la surface de l'instrument avec l'utilisation d'un

chiffon sec.
Fréquence: dès que l’automate est souillé.
3 - Nettoyage de bloc thermique avec un coton imbibé d'alcool éthylique à 96% ou 100%
d'alcool isopropylique (utiliser du coton qui peut être vendu en pharmacie ou fait maison).
Attention! Ne jamais utiliser d'objet métallique (trombone, câbles, …) à la place des

composants d’origine.
Lors du nettoyage des puits, prenez soin de ne pas laisser couler l'alcool dans les bords
du bloc thermique.
Fréquence de nettoyage: après 20 amplifications, l'image du bloc thermique devrait être

vérifiée sur tous les canaux (tel que décrit en 4.2). En cas de présence de taches blanches dans
les puits du bloc thermique et ce pour n’importe quelle longueur d’onde de fluorescence
utilisée, nettoyer en profondeur les puits.
5.3. Dépannage
Description problème Cause probable Actions correctrices
Vérifiez la tension
Pas de tension disponible. Vérifiez la prise
électrique
Vérifier la connexion du
Après la mise en marche, câble d’alimentation à
rien ne s’affiche sur l’écran l’automate, le remplacer par
LED de l’automate Mauvais contact ou rupture un similaire (10A, 250B,
du câble d'alimentation, 3x0.75mm ²).
fusible défectueux Changer les fusibles (10A,
250B).
Il n’est permis de changer le
fusible qu'une seule fois
Mauvais contact ou câble
Vérifiez la connexion du
défectueux pour la
câble entre l’appareil et le PC
communication avec
L’automate mis sous tension, l'ordinateur
la barre d’état de connexion
entre l’ordinateur et Le driver de l’automate n'est Installez le pilote (voir point
l’automate reste en mode pas installé 3.3.1)
« Non connectée »
Erreur du système Eteignez l’ordinateur puis
d’exploitation Windows rallumez-le
Après 10 à 15 minutes de
chauffage de l’automate, la Appeler le fournisseur de
L'instrument est défectueux.
barre d’état de connexion l'appareil.
reste jaune et ne passe pas au
vert
Au cours de l'amplification le
message d'erreur apparait Rétablir la connexion entre
dans la fenêtre Real Time l'ordinateur et l'automate. Le
PCR: "Erreur ! Programme en La connexion entre programme Real time PCR va
cours d’exécution, mais l'ordinateur et l’instrument a détecter l’appareil et ressortir
l'appareil ne répond pas ! Si échoué. les données manquantes sans
ce message continue de interruption du programme
s'afficher, merci de d’amplification.
redémarrez l'application »
6. Stockage et expédition
Attention ! Après un stockage prolongé dans un environnement froid, l'instrument, avant
d'être mis en marche, doit être maintenu à température ambiante de 18-25 °C pendant 4 h.
L'instrument doit être stocké dans une pièce avec une ventilation naturelle à une température
comprise entre +5 °C et 40 °C et avec une humidité relative de 80 % à 31 °C. En cas de
stockage prolongé, lorsqu'il n'est pas utilisé, l'instrument doit être conservé dans son
emballage.
La salle où est entreposé ou utilisé l’automate doit être dépourvue de poussières, d’acides, de
gaz corrosifs et autres substances nocives qui pourraient entrainer la corrosion des pièces
métalliques et la rupture de l’isolation.
L'instrument peut être envoyé dans un conteneur de transport via tous types de transport (y
compris les compartiments chauffés aériens et ce sans limitation de distance).
Pour toute expédition veuillez conserver l’emballage pour protéger l’automate de la poussière
et des précipitations. Ne jamais retourner l’appareil à l’envers. Enfin assurez-vous que
l’automate soit en position stable, sans risque de choc ou de mouvement pour son expédition.
Le transport de l’appareil, pour tout type d’expédition, doit se faire dans son emballage
d’origine, dans le respect des sigles apparents sur la surface de l’emballage. Les conditions
environnementales acceptables pour l’expédition sont selon les directives GOST
recommandations 5 : température de -50°C à +50°C et humidité relative de l’air jusqu’à 80%
à 6°C.
L’expédition par voie aérienne doit être faite dans un espace chauffé et hermétique.
Attention ! L’appareil contient des éléments mécaniques de précision. Pour éviter leur
endommagement lors de la manipulation ou le transport, les consignes inscrites sur
l’emballage doivent être respectées.
Attention ! L’appareil doit être expédié uniquement avec le bloc thermique en mode
fermé.
7. Garantie
Le fabricant garantie la qualité de fonctionnement du thermocycleur Amplix NG.

L’automate et ses performances sont en conformités avec les règlements CE.
Le temps moyen de fonctionnement de l’automate est d’au moins 5 ans.
La période de garantie de l'appareil est de 12 mois à partir de la date d’achat.
Envoyer la carte de garantie pour cet instrument avec un rapport de défaillance remplis pour
la réparation sous garantie.
ALL . DIAG
8, rue Ettoré Bugatti - CS 28006
67038 STRASBOURG Cedex - France
Tél : +33 (0)3 88 78 80 88 - Fax : +33 (0)3 88 78 76 78
Site : www.alldiag.com - Mail : info@alldiag.com

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Amplification d’ADN

ALL.DIAG -1- Version 1

REGLES GENERALES DE SECURITE

En présence du sigle « Attention ! Danger ! » se référer au manuel.

Si les règles de sécurités sont violées pendant l’exploitation ou l’utilisation fortuite de

Le déplacement injustifié de la coque de couverture de l'instrument est interdit. Le matériel

L’automate fait partie de l'équipement médical pour l’analyse de prélèvements sanguins, il ne

Ne pas utiliser le dispositif si les valeurs d'humidité dans la pièce excèdent 80 %. La

Attention ! Danger ! Pendant le fonctionnement, le prélèvement et déversement des

ALL.DIAG -3- Version 1

Dans le cas d’une utilisation fortuite ou de modifications non autorisées du dispositif,

- Dans une pièce fermée

- Jusqu’à 2 000m d’altitude

- De 5°C jusqu'à 35°C

- Avec des fluctuations d'alimentation électrique de +/-10 % de valeurs de puissance normale.

Le code IP de l’appareil est IP20.

Le démontage du dispositif pour sa maintenance ou pour le recycler, ne présente pas de

Le recyclage de l'instrument est effectué conformément aux règlements en vigueur dans la

ALL.DIAG -4- Version 1

ALL.DIAG -5- Version 1

L'utilisation de la fluorescence pour la detection de produits PCR a un certain nombre

 Haute spécificité de détection (l’application de sondes oligo-nucléotidiques permet de

Fig.1 Vue générale de l’appareil

ALL.DIAG -6- Version 1

L'instrument est conçu pour l'examen simultané de 48 échantillons.

La préparation et l’initialisation des expériences sur l'instrument sont réalisées avec un

Un ordinateur peut contrôler le fonctionnement de plusieurs instruments de types différents

Pour contrôler l'instrument, un programme spécifique est utilisé : Real_Time_PCR , et qui

 Création d'un test

 Création d'un protocole de PCR

 Vérification des paramètres géométriques et optiques de l'instrument

 Création et mise en route du programme d'amplification

 Surveiller les résultats ainsi que les mesures optiques obtenues

 Réglage et diagnostic du fonctionnement de l'instrument

Le prélèvement et le déversement des échantillons sont automatisés, ce qui permet à l’appareil

ALL.DIAG -7- Version 1

1. Thermocycleur « AMPLIX NG » ...............................................................................1 pièce

3. Câble d’alimentation secteur SCZ_1 (10A, 250B, 3x0.75mm ²) ................................1 pièce

4. Fusibles de sécurité T10AH250V (10A, 250B, 5x20) .............................................. 2 pièces

5. Compact-disc avec logiciel et documentation .............................................................1 pièce

6. Manuel d'utilisation .....................................................................................................1 pièce

Tube test Tube test de 0.2ml pour PCR

Etendue du contrôle de température du block

Non-uniformité de la température du bloc

Vitesse de chauffage moyenne du bloc

Vitesse de chauffage maximale du bloc

Vitesse de refroidissement maximum du bloc

ALL.DIAG -8- Version 1

Détecteur CDD (dispositif à couplage de charges.)

Nombre de canaux Jusqu’à 5

470/525, 532/570, 585/633, 633/670, 690/750

Seuil de sensibilité des canaux 0.05x10E-12M

Interface avec l'ordinateur USB 2.0 grande vitesse

1.4. Configuration de l'ordinateur

Le fonctionnement de l’appareil est contrôlé au moyen d’un un ordinateur compatible IBM

 Pentium IV processor avec fréquence de clock rate ≥ 1000 MHz;

ALL.DIAG -9- Version 1

 Un système de contrôle de temperature élevée

 Un système d’affichage et de contrôle.

 Un système d’affichage et de contrôle.

2.1. Système de contrôle thermique rapide

Le système de contrôle de haute température comprend un bloc thermique, une unité de

-Avec la version L-modification le bloc thermique peut recevoir jusqu’à 192

Le mouvement et le positionnement du bloc thermique est programmé pour un