Sujets de thse 2009 (ED414)

Laboratoire d'accueil
- UNITE :FRE - Institut de Recherche de l'Ecole de Biotechnologie de Strasbourg (IREBS)
Ecole Suprieure de Biotechnologie Bd Sbastien Brant BP 10413 67412 ILLKIRCH Cedex
- INTITULE DE L'EQUIPE :Mcanismes de tolrance des dommages l'ADN
- RESPONSABLE DE L'EQUIPE :CORDONNIER Agns (cordonnier@esbs.u-strasbg.fr; 03 90 24 46 94)
- DIRECTEUR DE THESE :CORDONNIER Agns (cordonnier@esbs.u-strasbg.fr; 03 90 24 46 94)
- CO-ENCADRANT :BICHARA Marc
- CO-TUTELLE :non
- CO-DIRECTEUR :non
- COMPOSITION DE L'EQUIPE AU 1er janvier 2009 :Chercheurs : 3 - ITA : 2 - Doctorants : 1 - Post-Docs : 0 - Autres : 0
- SITE WEB :

Sujet propos
Etude de la rparation des lsions causes par un cancrogne chimique modle : le N-2-actylaminofluorne
- PROJET : Les agents gnotoxiques provoquent la formation de lsions sur lADN, support de linformation gntique. La prsence de ces lsions
peut altrer la fidlit de la rplication qui devient mutagne et donc tre lorigine de maladies gntiques et de cancers. Les lsions sont prises en
charge de manire trs efficace dans la cellule par les mcanismes de rparation par excision de lADN. Il arrive cependant que certaines lsions
soient prsentes au moment de la rplication, bloquant ainsi la progression des ADN polymrases rplicatives. Chez E. coli, l'achvement de la
synthse d'ADN est alors assur par deux voies diffrentes de la rparation post-rplicative . La synthse translsionnelle (TLS), est effectue
par des ADN polymrases spcialises capables de synthtiser lADN en face dune lsion. Cette voie est potentiellement mutagne et donc source
de cancers. La recombinaison homologue (RH), est, par contre, un processus fidle car il repose sur lutilisation temporaire dun brin dADN
homologue non ls comme matrice de rplication. Lutilisation de substrats plasmidiques portant une lsion cancrogne modle unique (AAF) nous
a permis de mettre en vidence chez E. coli un mcanisme jusque-l inconnu appel RAMER pour RecA Mediated Excision Repair. Ce mcanisme
tire avantage de lappariement mdi par RecA du brin ls avec un brin homologue non endommag pour permettre au systme de rparation par
excision de rparer la lsion. Les brins permettant la rparation de la lsion AAF sont ports par deux molcules plasmidiques diffrentes, lune
portant la lsion AAF et lautre une squence homologue non endommage.
Le projet de thse que nous proposons consiste dvelopper une stratgie permettant de savoir si ce mcanisme peut tre oprant entre les deux
brins fils dune mme molcule plasmidique en cours de rplication (RAMER intramolculaire). Conceptuellement cela est possible car, lorsque le
rplisome rencontre une lsion, le dcouplage entre la synthse des brins leading et lagging permet la polymrase rpliquant le brin non
endommag de prendre de lavance sur celle bloque par la lsion. Ceci cre une zone dADN double brin homologue au simple brin prsent en aval
de la lsion. La prsence au sein dune structure de type rplication bloque, de ces deux rgions homologues, permet denvisager laction dun
mcanisme de type RAMER. Le systme tel que nous le concevons permettra de comparer, dans un systme homogne, lefficacit des diffrentes
activits de prise en charge dune lsion unique porte par un plasmide: rparation par excision, RAMER, TLS et RH. Dans le mme temps, nous
souhaitons associer la personne effectuant son doctorat la recherche de la mise en evidence dun mcanisme de type RAMER dans les cellules
humaines en culture.
Publications rcentes:
Bichara, M. et al.(2005) DNA Repair. 5(1):129-37.
Bichara, M.et al. (2006) Mutat Res. 598(1-2):144-63.
Bichara, M. et al. (2007) Mol Microbiol. 65(1):218-29.
Bichara, M. et al. (2009) Mol Microbiol. 71(2), 305314

- COMPETENCES SOUHAITEES : Comptences souhaites: biologie molculaire, microbiologie, culture cellulaire.

- EXPERTISES QUI SERONT ACQUISES AU COURS DE LA FORMATION : Connaissance des voies du mtabolisme de lADN (rplication,
reparation, recombinaison), gntique, biologie molculaire.
- PUBLICATIONS DE L'EQUIPE RELATIVES AU SUJET POUR LE QUADRIENNAL 2005-2008 :
1) Bichara, M., Fuchs, R.P., Cordonnier, A. and I.B. Lambert (2009)
Preferential post-replication repair of DNA lesions situated of the leading strand of plasmids in Escherichia coli.
Molecular Microbiology 71 (2), 305314

2) Bichara M, Pinet I, Lambert IB, Fuchs RP.(2007)

RecA-mediated excision repair: a novel mechanism for repairing DNA lesions at sites of arrested DNA synthesis.
Molecular Microbiology. 65(1):218-29.

3) Bichara, M., I. Pinet, M.Origas and R. P. P. Fuchs.(2006)

Inactivation of recG stimulates the RecF pathway during lesion-induced recombination in E.coli.
DNA Repair. 5(1):129-37.