BIOLOGIE MOLECULAIRE FONDAMENTALE

CHAPITRE 1 : Rplication de l'ADN

Structure ADN :
- Double hlice, enroul 2 brin
- Hlice gauche au hlice droite. Celle qui monte est la gauche, celle qui descend est la
droite.
- Proteines qui interagissent avec l'ADN sont basiques (acide basique, riches en lysine, )
et charges positivement car ADN charg ngatif.
- Pas de H2O dans ADN, juste des bases azots.
- A = T, G = C
- Extrmit 5' gauche, extrmit E droite.
- Brins complmentaires et anitparallles
- Ouverture des 2 brins : spars par voie physique (nergie) => dnaturation par chaleur ou
enzymes (hlicases)
Condensation de l'ADN :
* Compaction ADN chez les procaryotes :
- ADN libr par choc osmotique
- ADN attach la membrane plasmique
- ADN surenroul chez les procaryotes
- ADN bactrien est compact par surenroulement
- Forme un nuclotide attach la membrane plasmique
- Prsence de plasmide
- Chez les bactries, 1 chromosome
* ADN chez les eucaryotes :
- 1 ou + chromomsomes
- Chromosome : 2 chromatines = 2 brins d'ADN
- Homme : 2 chromosomes + 2 chromosomes sexuels (X et Y)
- Cellule : ADN dans le noyau (eucaryotes)
dans le cytoplasme (procaryotes)
- ADN chromosomique et ADN plasmique
* Le gnome humain :
- ADN divis en chromosomes
- Gnome humain :
=> 3,2 milliards de paires de nuclotides
=> 22 paires de chromosomes diffrentes + XX ou YY
- 1 chormosome = 1 molcule d'ADN (avant la phase S)
+ Protines :
- ADN + protine = chromatine
- Un gne tout les 300m et gne mesure 30m, ADN (3200m)
- Taille relle d'un gnome = 2m
- Volume du noyau = 500mm3

* Compaction ADN :
- Cellule => ADN extraction => Mcrocossus nuclase digestion et digre du bord vers
l'intrieur
- Beacuoup de microcossus nuclase => rsultats : nuclotides spars
- peu de nuclase microcossus => rsultats des brins de taille alatoires
=> digestion limite
- Impossibilit du nuclase de digrer certaines zones de l'ADN : 150 pb en moyenne
- Les nuclosomes : collier de perles
- + collier de perles (11nm) en font d'autres (30nm)
- Nuclosome : histone (proine) + ADN
- histone : 8 units (4 paries de monomres d'histones = H2A, H2B, H3, H4)
- histone : zone structure et zone non structure
- queues d'histones : permettent la compaction
- H1 : ne fait pas partie du coeur du nuclosomes
- ADN fait 2 tours autour de l'histone et H1 bloque
- Compaction : 2nm => 11nm => 30nm => 300 nm (diamtre) => 700 nm (diamtre) =>
chromosome (juste pour la division, la miose)
- Htrochromatine et nuclole = compact et euchromatine : dcompact
- Htrognite de l'ADN : associ aux queues des histones (modification qui activent ou
dsactivent certaines zones de l'ADN).
- Actylation ou dsactylation : charges des histones.
- Actylation = queues des histones
- Modifiation des queues des histone => agit peu sur le nuclosomes
=> agit sur la stabilit de la fibre de 30 nm :
exp= actylation dstabilise la chromatine
=> Attraction de protines spcifiques
=> Modification => code d'tirement de la chormatine de la cellule
=> Actylation / dsactylation = action ADN ou pas / cache certains gnes
* htrochromatine
- compacte
- Hype-actyl
- Mthylation lysine 9
- Cytosine mthyle
- Non transcrite
* Euchromatine :
- Droule
- Actyl
- Lysines non modifie
- Cytosine non mthyle
- Active
* Centromre
- Permet la fixation du kintochore
- Zone d'ADN associ au centromre (250 pb)
- Plasmide + centromre = chromosomes
* Tlomre : le bout du bout
- Protection contre fusion
- Rle rplication
- Htrochromatine

CHAPITRE 2 : Rplication de l'ADN : coordination avec le temps

* Comment rpliquer ?
Les 3 modes possibles :
- Smiconservative
- Conservative : ADN parent + ADN nouveau cre
- Disperssive : constitution de manire alatoire de l'ADN parent avec le niveau ADN
* Exprience de Meselson & Stahl :
Masse de l'ADN marqu N15 > ADN marqu N14. Si on mlange les 2 on remarque deux
bandes correspondant N15 le + dense et N le dense
Suite cette exprience, on remarque que le mode conservative n'est pas possible.
Le mode dispersif non plus n'est pas possible donc le mode de rplication est le mode
semiconservatif.
* Origine de la rplication :
Pour rpliquer l'ADN : ouverture des 2 brins
- soit en variant la T
- Soit par une enzyme spcifique : hlicase, va fiare fondre l'ADN
- Contrle spaciale de la rplication
*Rplication du chromosome che E.Coli :
Exprience de Cairns :
Lors de la rplication, le chromosome forme une bulle, donc il y a un endroit o la
rplication dmarre.
=> La rplication dmarre un site.
=> La rplication est bidirectionnelle
- Elle dmarre un site appelle ori C
La zone d'origine a 3 squence qui font 13 nuclotides
- Rgion AT qui assure l'ouverture aider de la protine DnaA.
* Problme topologie : formation de contraintes en ouvrant l'ADN
- Cration de barrire d'nergie : arrt de la rplication, 2 brins emmell l'un l'autre
Solution :
- Faire 2 supertours ngatifs ralis par une enzyme applle TOPoisomrase 1. Il relaxe
l'ADN
- Dcatnation par la topoisomre IV (de type 2). Ils vont couper 2 brins pour sparer les
molcules de l'ADN qui sont concatnes.
* Le site de terminaison chez E. Coli :
- But de bloquer, piger les fourches, chaque fouche va rpliquer la moiti du chromosome
bactrien.
- Squence terminatrice : Il y en a plusieurs. Ils ont une 15me de nulotides
* Squences polarises, n'est pas un plindrone.
- Protine Tus anti-hlicase
* Rgulation temporelle chez les procaryotes.
- 20 min pour qu'une bactrie se divise en 2. Avant de division cellule, on a 2 chromosome
bactriens qui sont dj en cours de rplication qui vont ensuite se rpliquer encore donc on
aura 4 origines de rplication Donc la division se fiat en 20 min au lieu de 38 min

* Rplication chez les euraryotes :

- Chromosome linaire comportant plusieurs bulles de rplication => Il y a X origines de
rplication par chromosome
- Rplicon : Rgion d'ADN repliqu partir d'une origine de rplication.
C'est pendant la phase S que les origines de rplication vont s'activer.
La rplication n'est pas synchrone au cours de la phase S, des origines de rplication vont
s'actvs + rapidement que d'autres.
* Comparaison eucaryotes et procaryotes :
Taille
gnome

Replicon

Longueur
rplique

Vitesse
fourche
(nuc/sec)

Taille
origine
(nuc)

Taille
centromre

Procaryote 4,6 Mb

4600000

1000

250

Eucaryote
(levure)

12 Mb

500

40000

600

100 (ARS) 125

Ecaryote
(souris)

3400 Mb 25000
(Homo
sapiens)

150000

50-300

>500

>1000000

ADS = Autonomously Replication Sequence = oriC

Consquences des diffrents de tailles :
Plasmide : fragment circulaire d'ADN (2-10kb)

CHAPITRE 3 : Mcanismes molculaires de la rplication

La synthse d'ADN : de 5' 3'
+ Arthur Kornberg et ses collgues Nobel 1959
+ Les 4 dNTP, des ion Mg2+, de l'ADN de haute masse molculaire, un extrait acellulaire
d'E.coli contenant les facteurs et enzymes de rplication
*Comment analyser une synthse d'ADN ?
- Ajout d'acide fort TCA prcipite les macromolcules
Raction de polymrisation ( savoir dessiner)
2 chanes antiparallle relis par des liaisons hydrognes.
- Tamisage molculaire : Mthode permettant de spars des molcules en fonction de leur
taille.
Par cette mthode on obtient un numro de fraction correspondant la taille des molcules
en cherche voir si on a de la ractivit sur le filtre. Obtention de la polymrase 1.
* La polymrase I est procaryote
- Ressemble une main qui va entoure l'ADN
- Assure une fonction exonuclase

* Gne de structure : polA

- Monomre 109 kDa
- 2 activits exonuclase (3' 5'), cad qu'elle est capable de digrer d'ADN de l'extrmit 3'
5' et 5' 3'.
- Acitivit ADN pol-ADN dpendante.
* Fragment de Klenow (perdu la partie exo)
- Monomre de 70 kDa
- Activit ADN pol-DNA dpendante
- Acitvit exonuclase (3'-5 ) mais a perdu l'activit exonuclase (5'-3')
L'activit de la polymrase 1 peut tre comens par d'autres polymrase => Il y a plusierus
polymrase
5 polymrase chez E.Coli :
- Pol I : implique dans la rplication et la rparation de l'ADN
- Pol II : Implique dans la rpartion
- Pol III : enzyme majeure de la rplication (Replicase)
- Pol IV : Implique dans la rparation
- Pol V : implique dans la rparation
*Caractrisation des polymrases :
- Catalysent la polymrisation de dNTPs dans une chaine d'ADN en liant le 3'OH et le 5'
phosphate. L'nergie est fournie par l'hydrolyse des deux phosphates du dNTP
(pyrophosphate) : synthse dans le sens 5' vers 3'.
- Toutes les polymrases ncessitent une amorce (ne peuvent pas ajouter le premier
nuclotide)
- Synthse dans le sens 5'-3'
- Ils ncessitent une 3'-OH qui est sur une chane bicatnaire : matrice
- les ADN polymrases sont rapides (DNA pol I et III ~ 1000 nt/sec)
- DNA pol ne peut pas init une synthse ADN
- Elle ne peut que lire un message sur le brin complmentaires
Avoir une vue schmatique de la pol I et pol III
* Activit exonuclase
Pol I : que la cellule soit stress ou pas on aura tjs le membrane nombre de molcules par
cellule.
DNA polymrase DNA dpendante + exo 3'-5' relecture - + exo 5' - 3'
Pol II : Induite par le stress + SOS augment le nombre de mol par cellule => Impliquer dans
la rparation de l'ADN
DNA polymrase DNA dpendante + exo 3' 5' relecturePol III :
- 2 sous-units 2 possdant l'activit DNA polarises
- Pince bta (en rouge) important
- Pas d'activit exonuclase en 3'-5
- Les autres sous-units servent relier les cellules entre eux
- 2 sous-units epsilone impliquer dans la lecture
Pol IV, Pol V :
- Equivalent la pol II.

- Pas d'activit exonuclase 5'-3'

Activit exonuclase 3'-5 : Activit de relecture
- Capable de reprer les erreurs et les corrigs (Pol I et III)
Pocessivit et distributivit :
- Processitive : nombre de nuclotide ajout aprs fixation de la polymrases
- Pol I > 100000 nuclotides
- Pol III environ 20 nuclotides
* Distributivit : affinit de la pol pour son substrat
Mcanisme de rplication :
- Primase sert dmarrer de synthse
La fouche de rplication :
- Les 2 brins ADN sont synthtiss partir d'une mme fourche de rplication en mme
temps.
- Les 2 brins ADN matrice prsentent des orientation opposs (antiparallles) (voir suite
dans le diapo). Les ADN polymrases synthtisent l'ADN dans un seul orientation (5' 3').
Les 2 brins sont traits diffremment. L'ADN bouge travers les enzymes qui restent fixe.
Rsum : Schma refaire et connatre
Fin de la rplication
Rplication chez les eucaryotes :
- 15 DNA pol mcanismes simillaires
- Chromosomes linaires
- Racoucissement du chromosomes
- Fragment d'Okasaki plus courts (200 nuc vs 1000)
Pour viter le raccourcissement :
Enzyme : tlomre
+ Tlomre : (TTAGGG)n
+ Tlomrase : ADN polymrase ARN dpendante (reverse transcriptase). Ajout de
GGGTTA
+ Les tlomres de Dolly
Elle va faire de l'ADN en copiant de l'ARN permet de ralonger le chromosome l'extrmit
3' jusqu' ce que le fragment d'Osaki soit assez long.
NOTES :
Primase : RNA polymrase (synthse de 20 nuc)
ADN Ligase : recre un lien phosphodiester

CHAPITRE 4 : Organisation et expression des gnes

Gnome : ensemble de l'information gntique d'un organisme.
Le plus souvent 1 plusieurs molcules d'ADN double brin forment des chormosomes qui
peuvent tre linaire ou circulaire.
Chez les procaryotes : Bactries, Arches
- Une molcule ADN double brin circulaire
- Plasmides
Chez les eucaryotes :
- Gnome nuclaire (ADN double brin, linaires)
- Gnome mitochondrial
- Gnome chloroplasmique
Les molcules ADN portent les gnes squencs.
La taille des gnomes :
- Exprime en bases (pb) ou (Mb) : 106 pb
+ Homme : 3,2.109 pb = 3200 Mb
* La valeur C :
- Taille du gnome haplode d'un organisme en pb ou en pg (picogrammes : 1012g)
- Pas de relation entre la complexit d'un organisme et la taille de son gnome
* Valeur G : nombre de gnes
Gnomes et densit des gnes
Pour E.coli : 4300 gnes pour 4,6 Mb : 1 gne / kb
Chez S.cerevisiae (levure de boulanger) : 5800 gnes pour 12,1 Mb : 1 gne / 2 kb
La plus grande partie de l'ADN cod de l'info gntique
Chez H.Sapiens : environ 21000 gnes (suite diapo)
La plus grande partie de l'ADN ne code pas l'information gntique
Les gnes codant chez l'homme reprsentent seulement 1,5 % du gnome.
Tout le reste est soit des pseudognes, soit des gnes rpts.
L'ADN codant est dilu dans de l'ADN non codant ou de l'ADN rpt.
L'avantage est que cela permet de rduire le nombre de mutation.
Gne : enchanement d'ADN double brin qui contient de l'information gntique
ADN (transcription) ARN (traduction) protines
La transcription est assure par l'ARN polymrase. Une protine est code par un gne, a un
ARN codant appel ARNm.
Il y a des ARN qui ne seront jamais cods en protines.
* 2 types de gnes :
+ Les gnes codants : codent pour des protines
+ Les gnes non codants : ne codent pas pour des protines. Ils codent pour des ARN qui ne

seront pas transcrits.

Promoteur : squence d'ADN qui permet le recrutement du complexe de transcription (ARN
polymrase).
Terminateur : squence ADN qui permet le dcrochage du complexe de transcription et le
relacage de l'ARN.
L'organisation est diffrent chez les procaryotes et les eucaryotes.
L'information est contenue sur 1 seul brin de l'ADN : brin matrice.
Le premier nuclotide transcrit s'appelle le point +1 de transcription (bleu)
Le brin matrice est celui qui est lu et transcrit. L'autre est appell le brin codant.
La squence de l'ARN correspondant au brin codant mais les T sont remplac par U.
L'ARN polymrase fait la transcription de faon continu jusqu'au terminateur sans
interruption.
*** Sur le mme chromosome, le brin matrice et codant ne sont pas forcment les mme
dans tous les gnes.
Pour les gnes codants, il y a que la partie ORF cadre ouvert de lecture qui va tre
traduit en protine, open reading frame en anglais. Elle commence au codon d'initiaion
(AUG) et s'arrte sur le codon stop.
UTR : Rgion non traduite
* Organisation des gnes chez les procaryotes :
- La grande partie des gnes sont organiss en oprons : Regroupement des gnes sous le
contrle d'un mme promoteur.
Cela permet la production concerte de protines dont la fonction est relie.
Les gnes qu'il y a dans un opron s'appellent les gnes de structure. Ils sont regroups pour
une rgulation spcifique chaque gne.
Production d'un seul ARNm polycistronique qui sera traduit en diffrents protines.
Ex : Operon lactose
* Organisation des gnes chez les eucaryotes :
- Tous les gnes codants ont leur propre promoteur permet de rguler indpendamment
l'expression de chaque gne.
Chez les eucaryotes suprieurs, les gnes codants sont discontinus Prsence d'introns.