Adaptation à long terme

Une adaptation a long terme est un aspect héréditaire d’une structure, d’une fonction, d’un comportement ou du
développement qui améliore les chances de survie et de reproduction d’un organisme dans son milieu

ADAPTATION A LONG TERME : Est un caractère héréditaire qui détermine la forme, la fonction, le comportement ou le
développement d’un organisme et qui contribue à l’ajustement de celui-ci a son milieu.

Exemple : prenons la réaction de différentes espèces de tomates à l’eau salée. Par Example la tomate des iles Galápagos
résiste à l’eau sale e les tomates de Pérou non

Pourtant, la tomate des Galápagos survit et se reproduit dans des sols irrigués par l’eau de mer sa tolérance au sel est
une adaptation à long terme

Outre Example est qui pas de ours polaires dans le désert

L’adaptation évolutive peut se définir d’une manière générale comme l’ajustement fonctionnel de l’être vivant au
milieu, et, en particulier, comme l’appropriation de l’organe à sa fonction.

L’adaptation correspond à la mise en accord d'un organisme vivant avec les conditions qui lui sont extérieures. Elle
perfectionne ses organes, les rend plus aptes au rôle qu’ils semblent jouer dans la vie de l’individu. Elle met l’organisme
tout entier en cohérence avec le milieu.

L'homéostasie correspond à la capacité d'un système à maintenir l'équilibre de son milieu intérieur, quelles que soient
les contraintes externes. À l'échelle d'un organisme, il s'agit de l'ensemble des paramètres devant rester constants ou
s'adapter à des besoins spécifiques, comme la température corporelle, la glycémie, la pression sanguine ou le rythme
cardiaque

L'organisation de la vie est basée sur une hiérarchie de niveaux de complexité, avec des systèmes plus petits, des niches,
qui sont organisés de manière à être plus grands, plus complexes et potentiellement plus variés. Ce sont des systèmes
auto-organisés avec différents degrés de contrôle cybernétique sur leur état.

Traditionnellement, le terme a été appliqué en biologie et chronobiologie mais, étant donné que non seulement le
biologique est capable de se conformer à cette définition, d'autres sciences et techniques ont également adopté ce
terme.

En biologie, l'homéostasie est une propriété des organismes qui consiste en leur capacité à maintenir un état interne
stable, la stase, compensant les changements dans son environnement par l'échange réglementé de matière et
d'énergie avec l'extérieur (métabolisme). C'est une forme d'équilibre dynamique rendue possible par un réseau de
systèmes de rétroaction qui constituent les mécanismes d'autorégulation des êtres vivants. Des exemples d'homéostasie
sont la régulation de la température (thermorégulation) et l'équilibre entre l'acidité et l'alcalinité (pH, osmorégulation).

Le maximum de maîtrise de soi se trouve dans les niveaux que nous appelons des cellules et des organismes; En effet,
une cellule suffit pour avoir un organisme autonome (organisme unicellulaire). Dans une moindre mesure, nous
observons la maîtrise de soi, par des mécanismes cybernétiques de rétroaction négative, au niveau de l'organisation des
écosystèmes. Certains auteurs ont estimé que la même possibilité est démontrée par l'écosystème global, c'est-à-dire
par la biosphère. La biosphère montre, bien que n'étant pas avec le degré de contrôle d'un organisme, des capacités
d'homéostasie (régulation de sa composition et de structure) et homéorhésie (régulation du rythme de ses processus
internes et échange). C'est l'hypothèse de Gaïa.
En biologie, un stimulus, est un agent externe ou interne capable de provoquer des modifications physiques ou
chimiques dans l'organisme.

Cette définition large correspond à de nombreuses réactions concernant des cellules sensorielles ou nerveuses : les
modifications sont perçues par les extérorécepteurs ou par les intérorécepteurs. AiguillonLa réaction peut être :

musculaire :

de type réflexe (retirer sa main lors de l'approche d'une flamme…),

de type volontaire (fuite suite à la vue d'un prédateur…) ;
endocrinienne : hormones sexuelles, de stress…

Dans un système sensoriel, un récepteur sensoriel est une structure capable d'être activée par un stimulus dans
l'environnement interne ou externe d'un organisme vivant. En réponse à ce stimulus, le récepteur peut amorcer une
transduction par potentiel électrochimique ou potentiel d'action sur la même cellule ou sur une cellule adjacente.

Il existe deux types de rétroaction dans le domaine biologique : la rétroaction positive (ou rétroactivation) et la
rétroaction négative (appelée également rétro-inhibition). Respectivement, la première augmente l'activité de ou des
enzymes impliquées dans les processus concernés et la deuxième diminue l'activité de ou des enzymes. Il ne faut
toutefois pas confondre le rétrocontrôle/feed-back (régule l'activité des enzymes) avec l'induction ou la (co)répression
enzymatique (régule respectivement l'activation et l'inhibition de la synthèse des enzymes). Cette première définition
convient lors de diverses régulations de l'activité génique (cf la répression catabolique ou encore la régulation du
tryptophane). Néanmoins, ces termes sont également utilisés en endocrinologie. Dans ce cas-ci, une boucle de
rétroaction positive va amplifier (c'est-à-dire augmenter et non créer) une réponse physiologique dû à une perturbation
de l'homéostasie du corps. Tandis qu'une boucle de rétro-inhibition va réduire voire stopper une réponse physiologique
(toujours dû à une perturbation de l'homéostasie).

La division cellulaire est le mode de multiplication de toute cellule. Elle lui permet de se diviser en plusieurs cellules
(deux le plus souvent). C'est donc un processus fondamental dans le monde vivant, puisqu'il est nécessaire à la
régénération de tout organisme.

Chez les Eucaryotes — caractérisés principalement par des cellules qui possèdent un noyau — il y a deux types de
division cellulaire :
La mitose qui n'autorise qu'une multiplication asexuée; elle permet la régénération d'un organe, et aussi la croissance.
La méiose qui permet la reproduction sexuée.
Chez les procaryotes, la division cellulaire se fait par Scissiparité. Ces cellules ont généralement un seul chromosome qui
se réplique avant que les deux chromosomes s'écartent et que le reste de la cellule se divise à son tour.
Des dérèglements des divisions cellulaires peuvent être à l'origine de tumeurs et de Cancers. La prolifération cellulaire
anarchique est à distinguer de la régénération normale des cellules. Afin de comprendre les mécanismes sous-jacents à
cette division, de nombreuses espèces modèles ont été étudiées parmi lesquelles les levures Schizosaccharomyces
pombe et Saccharomyces cerevisiae, mais aussi le développement embryonnaire du xénope.

La mitose correspond à une seule division cellulaire « asexuée » des cellules somatiques (presque toutes les cellules de
l’organisme), et assure le clonage de deux cellules filles par rapport à une cellule mère, qui seront identiques, et
hériteront exactement du même patrimoine génétique, en effet ces deux cellules filles auront chacune un caryotype
identique (même chromosomes) et un génotype identique (même allèles) à celui de la cellule mère.

La méiose correspond à deux divisions cellulaires successives « sexuées » n’affectant que les cellules germinales ; en
partant d’une cellule diploïde (chromosomes présents par paires), la méiose permet d’aboutir à la formation de quatre
gamètes (cellules sexuelles, spermatozoïdes ou ovocytes) haploïdes (un seul exemplaire des chromosomes). Puis, au
cours de la fécondation, deux gamètes (chacun issu de la méiose, chez le mâle et la femelle) se réunissent pour former
un zygote, dans lequel la diploïdie sera rétablie.

Pour la mitose, il y a une séparation des 2 chromatides de chaque chromosome, qui migrent vers les pôles cellulaires
durant l’anaphase ; tandis que pour la méiose, il y a une séparations des chromosomes, qui migrent vers les pôles
cellulaires durant la première anaphase

Une cellule somatique est une cellule corporelle à partir de laquelle, contrairement aux cellules de la lignée germinale,
aucun gamète ne peut émerger. Cette distinction entre lignée germinale et soma est caractéristique des animaux et des
humains; chez les plantes, il n'y a pas de lignée germinale séparée.
Une cellule somatique est une cellule biologique formant le corps d'un organisme, c'est-à-dire un organisme
multicellulaire, avec une cellule autre que la gamète, des cellules germinales, des gamétocytes ou des cellules souches
indifférenciées, selon la théorie du germoplasme avec le soma
Les cellules somatiques (du corps) se développent à chaque génération à partir du plasma germinatif (germoplasme).
Tout ce qui peut arriver à ces cellules n'affecte pas la prochaine génération. C'est le schéma de la théorie du plasma
germinatif de August Weismann (barrière de Weismann). Le matériel héréditaire, le plasma germinatif, est confiné aux
gonades.
Les cellules somatiques représentent la totalité des cellules de l'organisme, excepté les cellules germinales et les cellules
embryonnaires, qui sont à l'origine des gamètes. On les trouve donc dans les os, les tissus, la peau, les organes ou le
sang. Un gamète est une cellule sexuelle qui permet la reproduction sexuée.

Un gamète est une cellule reproductrice généralement haploïde spécialisée dans la fécondation, ou gamie (c'est-à-dire
capable de fusionner avec un autre gamète, de type complémentaire le cas échéant), chez les Eucaryotes. Les gamètes
sont des cellules spécialisées participant à la reproduction sexuée en réalisant le passage entre phase haploïde et phase
diploïde lors de la fécondation. Les gamètes peuvent être identiques chez tous les individus d'une population, la
fécondation est alors une isogamie, il n'y a pas de mâle ni de femelle ; lorsque les gamètes n'ont pas la même taille, on
appelle femelle le plus gros des deux.

Reproduction asexuée, est un mode de reproduction, qui — par opposition à la reproduction sexuée — correspond à la
capacité des organismes vivants de se multiplier seuls, sans partenaire, sans faire intervenir la fusion de deux gamètes
de sexes opposés1. On observe la multiplication asexuée chez les pluricellulaires (animaux et végétaux) et chez les
organismes unicellulaires. En botanique, le terme souvent employé pour la multiplication asexuée des végétaux est
multiplication végétative. Dans tous les cas de multiplication asexuée, le resultat est identique à la mère .

La reproduction sexuée est l'ensemble des processus par lesquels une espèce se perpétue, en suscitant la naissance de
nouveaux organismes. C'est une des activités fondamentales, avec la nutrition et la croissance, partagées par toutes les
espèces vivantes. En effet, toute espèce doit posséder un système de reproduction efficace, sans quoi elle serait
menacée d'extinction. La reproduction est donc nécessaire à la perpétuation des espèces dans le temps. Elle peut être
couplée à un système de dispersion dans l'espace. Il s'agit de systèmes permettant de coloniser de nouveaux biotopes,
et d'augmenter les chances de survie des espèces.
La reproduction sexuée est assurée par la fécondation, c'est-à-dire par fusion des gamètes mâle et femelle donnant un
œuf (ou zygote)Cette reproduction permet le maintien d'une diversité génétique au sein des populations, car elle assure
le brassage génétique.

La multiplication végétative8,9 (parfois reproduction asexuée) désigne tous les autres moyens de multiplication où
n'interviennent ni gamète ni fécondation. Dans ce cas, le sexe des parents et des descendants reste identique, car seule
la mitose assure la transmission de l'information génétique aux nouvelles cellules. C'est une forme de clonage naturel.

Cytodiérèse
Appelée encore cytokinèse ou cytocinèse, la cytodiérèse fait partie de la télophase (même si certains auteurs la
considèrent extérieure à la mitose), et son mécanisme n'est pas le même dans les cellules animales et végétales.

Dans les cellules animales, le sillon de division se forme dans un plan perpendiculaire à l'axe du fuseau mitotique et
sépare la cellule en deux. Il peut en effet commencer à se former dès l'anaphase. Le clivage est dû à un anneau
contractile qui est composé principalement d'actine et de myosine (myosine II). L'anneau contractile comporte des
filaments d'actine de 5 à 7 nm de diamètre arrangés concentriquement. La myosine et l'α-actinine sont mises en
évidence par immunofluorescence.

chromosome est un élément microscopique constitué de molécules d'ADN et de protéines, les histones et les protéines
non-histones. Il porte les gènes, supports de l'information génétique, transmis des cellules mères aux cellules filles lors
des divisions cellulaires.

Dans les cellules eucaryotes, les chromosomes se trouvent dans le noyau. Dans les cellules procaryotes, qui ne
contiennent qu'un seul chromosome circulaire, ce dernier se trouve dans une région du cytoplasme appelée nucléoïde.

Entre deux divisions, les molécules d'ADN constituant les différents chromosomes d'une cellule ne sont pas visibles ;
ADN, ARN et protéines forment un ensemble non structuré appelé chromatine. L'ADN se condense progressivement au
cours de la division cellulaire pour prendre lors de la métaphase une apparence caractéristique en forme de bâtonnet,
de X ou de Y.

L'ensemble des chromosomes est représenté sur un caryotype, ou carte de chromosomes, où les chromosomes sont
habituellement présentés par paires, en parallèle avec leur homologue. Le caryotype représente les chromosomes sous
leur forme condensée : les chromatides.
un chromosome simple n'a qu'une seule chromatide c'est-à-dire qu'il n'est constitué que d'une seule molécule d'ADN.
Le chromosome double lui est constitué de 2 chromatides identiques associées l'une à l'autre. on a des chromosomes
doubles après la phase de réplication de l'ADN

La chromatine est la structure au sein de laquelle l'ADN se trouve empaqueté et compacté dans le volume limité du
noyau des cellules eucaryotes. La chromatine est constituée d'une association d'ADN, d'ARN et de protéines de deux
types : histones et non-histones. C'est le constituant principal des chromosomes eucaryotes.

En microscopie, on distingue deux types de chromatine correspondant à des niveaux différents de compaction:
- L'euchromatine correspond à une chromatine moins condensée dans laquelle les gènes, plus accessibles, voient leur
expression facilitée.

- L'hétérochromatine correspond à une chromatine plus dense avec un ADN moins facilement accessible.

Les chromosomes homologues sont des chromosomes qui ont la même forme, la même taille et le même contenu
génétique.

Un couple de chromosomes homologues est un couple de chromosomes associés dans une même paire dans une cellule
durant la méiose.

Les chromosomes sont dits homologues lorsqu'ils sont évolutivement apparentés. Chez les organismes diploïdes, le
génome est composé de paires de chromosomes homologues formés d'un chromosome maternel et d'un chromosome
paternel

La méiose 1 est précédée par une interphase au cours de laquelle chacun des chromosomes se réplique et se retrouve
constitué de deux chromatides-sœurs, parfaites copies l'une de l'autre.

Il s'ensuit une longue prophase 1, au cours de laquelle apparaissent les chromosomes homologues doubles de chaque
paire apparaissent sous forme de longs filaments (stade leptotène), s'alignent (stade zygotène) puis se raccourcissent,
s'épaississent (stade pachytène) et s'associent en une structure faite de quatre chromatides-sœurs appelée tétrade: les
chromosomes homologues semblent ensuite se repousser, surtout au niveau des centromères, mais sont retenus
ensemble par des zones appelées chiasmas, dans lesquelles les chromatides homologues sont attachées l'une à l'autre
et où s'opèrent des échanges de matériel héréditaire entre chromatides homologues, phénomènes d'enjambement
appelés aussi "crossing-over" (stade diplotène). Le résultat en est une recombinaison des gènes portés par chaque
chromatide. En réalité, les échanges ont commencé lors de l'alignement des chromosomes homologues, mais les
chiasmas ne deviennent visibles au microscope que lors de la phase de répulsion de ces chromosomes.

Exemple d'unique recombinaison génétique de chromatides homologues (rouge et verte) (à droite) consécutive à un
enjambement (au milieu) entre deux chromosomes homologues (rouge et vert) rapprochés en métaphase de méiose 1
(à gauche).

En métaphase 1 les chromosomes migrent vers la plaque équatoriale. Contrairement à ce qui se passe au cours de la
mitose, les centromères ne se dédoublent pas.

Lors de l'anaphase, les chromosomes homologues de chaque paire migrent de façon aléatoire vers un pôle cellulaire
différent. Les deux cellules qui résultent de la télophase 1 sont donc haploïdes, puisqu'elles contiennent un unique jeu
complet de chromosomes doubles, chaque chromosome étant d'origine paternelle ou maternelle. Il y a donc eu
réduction de moitié du nombre de chromosomes par cellule. C'est pourquoi la première division de méiose est appelée
division réductionnelle.

Chez certaines espèces, l'enveloppe nucléaire qui avait diparu en prophase 1 se reforme et la chromatine se déroule
incomplètement. Dans ce cas a lieu une intercytokinèse, semblable à l'interphase de la mitose. Dans tous les cas, les
chromatides constituant chacun des chromosomes double de la cellule ainsi formée ne sont plus semblables puisque
des échanges génétiques ont eu lieu.

Chromatides-soeurs
Définition:
Les deux chromatides d'un même chromosome. Les chromosomes produits par le processus de réplication sont appelés
« chromatides-sœurs » et ne reprennent leur nom de « chromosome » qu'après leur séparation en mitose/anaphase ou
en méiose/anaphase2.

Les histones sont des protéines localisées dans le noyau des cellules eucaryotes1 et dans les archées. Elles sont les
principaux constituants protéiques des chromosomes. Elles sont en effet étroitement associées à l’ADN dont elles
permettent la compaction, cette action forme des structures appelées nucléosomes : l'ADN est enroulé autour des
histones comme du fil autour d'une bobine. Les histones sont très riches en acides aminés basiques (lysine et arginine),
dont la charge positive à pH physiologique permet une interaction forte avec les groupements phosphate de l'ADN qui
portent des charges négatives.

Le nucléosome est un complexe comportant un segment d’ADN d'environ 146 paires de nucléotides, enroulé autour
d'un cœur formé de protéines (les histones)1. Chez les eucaryotes, le nucléosome constitue l’unité de base
d'organisation de la chromatine. Il représente le premier niveau de compaction de l’ADN dans le noyau, on compare
souvent sa géométrie à celle d'un fil enroulé autour d'une bobine.

Le centromère est la région de contact des deux chromatides d'un chromosome.

l existe deux types de centromères.

Les centromères des chromosomes monocentriques sont des centromères « régionaux », occupant une région précise
au sein d'un chromosome. Ils sont généralement visibles sous la forme d'une constriction sur le chromosome
métaphasique. La taille de cette région varie entre les espèces, de 125 pb chez S. cerevisiae jusqu'à plusieurs mégabases
pour les centromères humains1. On ne compte normalement qu’un centromère régional par chromosome (d’où le
terme « monocentrique »), mais des réarrangements chromosomiques peuvent conduire à deux centromères sur un
même chromosome (on parle alors de chromosome dicentrique)2.

Les centromères des chromosomes holocentriques s’étendent sur toute la longueur des chromosomes. Peu fréquents
chez les espèces couramment étudiées (à l’exception de C. elegans), jamais observés chez les vertébrés, les
chromosomes holocentriques sont néanmoins répandus chez les protozoaires, plusieurs phylums d’invertébrés et
quelques plantes3.

Le kinétochore est un assemblage supramoléculaire de protéines au niveau des régions centromériques des
chromosomes mitotiques. Il existe deux kinétochores par centromère pouvant chez les mammifères interagir avec 20 à
40 microtubules.

L'attachement des microtubules sur les kinétochores se fait à la partie positive des microtubules kinétochoriens au cours
de la prométaphase et permet le placement des chromosomes sur le plan équatorial. Il permet aussi en partie le partage
des chromosomes en deux lots identiques au cours de la métaphase et de l'anaphase, mais il est associé au mécanisme
des microtubules polaires

Kinétochore : Complexe multiprotéique qui relie le centromère aux microtubules

La ploïdie est le nombre d'exemplaires, dans une cellule donnée ou dans les cellules d'un organisme, de jeux complets
des chromosomes du génome de ce type d'organisme. On désigne par n le nombre de chromosomes d'un seul jeu
complet :

Une cellule est haploïde si elle possède 1 jeu complet, soit n chromosomes.
Elle est diploïde si elle possède 2 jeux, donc 2 n chromosomes, organisés en n paires.
Elle est polyploïde si elle possède au moins 3 jeux : triploïde (3 n chromosomes), tétraploïde (4 n chromosomes)…
Elle est aneuploïde si le nombre de jeux de chromosomes est considéré comme "anormal", bien que généralement
viable chez les plantes.
La notion de ploïdie s'applique durant la vie ordinaire de l'organisme, notamment chez les plantes qui sont souvent
polyploïdes, et chez qui c'est un facteur-clé d'apparition de variétés nouvelles, y compris et surtout chez les plantes
domestiques. Mais la ploïdie a également un sens particulier durant la phase de reproduction : chez les organismes
sexués, les gamètes (cellules sexuelles) possèdent la moitié du nombre de chromosomes de l'organisme futur ; lors de la
fertilisation, le jeu redevient complet grâce à la fusion des gamètes en un zygote (cellule-œuf)

nombre chromosomique Locution nominale masculine : Nombre de chromosomes caractéristique du noyau d'une
cellule.
L’information génétique d’un individu est contenue dans le noyau de toutes les cellules d’un individu. Elle a comme
support les chromosomes, observables dans le noyau.
Les chromosomes sont constitués d’ADN.

Il est désigné par le symbole (n) s'il s'agit des cellules de reproduction (gamètes) et par le symbole (2n) lorsqu'il s'agit de
désigner les cellules somatiques. Ex.: les Pin (Pinus) compte 12 chromosomes (1n = 12) dans ses cellules de reproduction
et 24 chromosomes (2n = 24) dans ses cellules somatiques.

Une cellule biologique est haploïde lorsque les chromosomes qu'elle contient sont chacun en un seul exemplaire (n
chromosomes). Le concept est généralement l'opposé de diploïde, terme désignant les cellules avec des chromosomes
en double exemplaire (2n chromosomes).

Un organisme ou une partie d'organisme sont dits haploïdes lorsque ses cellules sont elles-mêmes haploïdes.

Ces définitions ne concernent que les organismes eucaryotes (Protistes, Animaux, Végétaux, Champignons), qui
possèdent de vrais chromosomes. Elle exclut donc par exemple les bactéries qui n'ont pas de noyau et possèdent des
chromosomes d'un type particulier

Une cellule biologique est diploïde (lorsque les chromosomes qu'elle contient sont présents par paires (2n
chromosomes). Le concept est généralement opposé à haploïde, terme désignant les cellules avec des chromosomes en
simple exemplaire (n chromosomes).

Une cellule compte alors deux allèles pour chacun de ses gènes (exception faite des parties spécifiques aux
chromosomes sexuels), les deux chromosomes d'une même paire possédant les mêmes gènes. Ces deux versions sont
d'origine maternelle pour l'une et paternelle pour l'autre, et ont été rassemblées lors de la fécondation (rencontre de
deux cellules haploïdes).

Un organisme ou une partie d'organisme est dit diploïde lorsque ses cellules sont elles-mêmes diploïdes.

Le cycle cellulaire est l'ensemble des étapes qui constituent et délimitent la vie d'une cellule. Ce cycle est composé de
plusieurs phases de croissance dans lesquelles la cellule grossit et duplique son matériel génétique (interphase) et d'une
phase où celle-ci se divise (mitose) pour donner naissance à deux cellules filles identiques (dans le cas de la mitose). Les
cellules filles reproduiront ce cycle, et ainsi de suite.

Cytocinèse. Phase finale de la division cellulaire (une cellule mère donnant deux cellules filles) qui correspond à la
séparation physique des deux cellules filles.

La biologie moléculaire est une discipline scientifique au croisement de la génétique, de la biochimie et de la physique,
dont l'objet est la compréhension des mécanismes de fonctionnement de la cellule au niveau moléculaire.

Un allèle est une version variable d'un même gène, c'est-à dire une forme variée qui peut être distinguée par des
variations de sa séquence nucléotidique. En général, il existe deux allèles pour chaque gène, mais certains gènes (par
exemple ceux du CMH) possèdent plusieurs dizaines d'allèles. Les allèles d'une paire de chromosomes homologues
peuvent être identiques, c'est l'homozygotie, ou différents, c'est l'hétérozygotie.

Un gène,

est une unité de base d'hérédité qui en principe prédétermine un trait précis de la forme d'un organisme vivant
Un gène « paramètre » la synthèse d'un ARN donné, en prédéfinissant sa structure et, donc, celle de l'éventuelle
protéine ou de l'éventuel polypeptide synthétisés à partir de cet ARN : c'est ce qu'étudie la biologie moléculaire.
Sur la molécule d'ADN, un gène est caractérisé à la fois par sa position et par l'ordre de ses bases azotées. Il s'agit d'un
langage codé en "séquence de bases".

Chez les Eucaryotes, la division cellulaire est plus complexe. Elle assure une parfaite parité génétique entre les deux
cellules filles produites. C'est le mécanisme connu chez les plantes et chez les animaux sous le terme de MITOSE.

L'organisme d'un végétal supérieur est constitué le plus souvent d'un grand nombre de cellules assemblées en organes
divers. Toutes ces cellules n'ont pas le même comportement au cours du développement en ce qui concerne le
processus de division.

Certaines, après leur formation, ne cesseront pas de se diviser plus ou moins régulièrement pendant toute la durée de
vie de l'organisme qui les abrite. C'est le cas de certaines cellules des méristèmes végétaux,

D'autres, au contraire, ne se diviseront jamais après leur formation dans l'embryon. Elles se différencient très vite et ne
changeront pas d'état jusqu'à la disparition de la plante,

La majorité des cellules du végétal, cependant, après s'être divisées un certain nombre de fois, perdent leur pouvoir
mitotique et ne donneront plus de cellules-filles.

Chacune des cellules, pour sa part, voit se succéder de nombreux évènements entre la mitose qui lui donne naissance et
celle qui la scindera en deux cellules-filles.

La période de temps qui s'écoule entre ces deux mitoses est le cycle cellulaire. Il se termine par la mise en place des
éléments préparatifs de la future mitose,
Le positionnement de la future paroi prend une importance capitale chez les végétaux. Les mécanismes qui le contrôlent
seront décrits,

La division du noyau (cytodiérèse) peut alors se dérouler. Cette phase est étudiée au chapitre 3 consacré à la cellule
végétale,

La construction de la nouvelle paroi (cytokinèse), enfin, est réalisée, séparant définitivement les deux cellules-filles.

Remarque : Cytodiérèse et cytokinèse sont réunies sous le terme de mitose.

•Mitose (division cellulaire)
•Cytocinèse (division du cytoplasme
Interphase (fonctions normales, réplication de l’ADN)

I _ Le cycle cellulaire
Il y a peu, l'idée générale était que, entre deux mitoses successives, la cellule passait par une phase de repos nommée
interphase. Le développement des connaissances permet aujourd'hui d'élaborer un modèle plus complexe. L'interphase
est en réalité un temps de préparation active de la mitose. La nature des évènements qui y prennent place incite à
découper arbitrairement l'interphase en trois parties :

•G1 – croissance/activité cellulaire

•S – synthèse/réplication de l’ADN
•G2 – préparation à la division

Phase G1 _ Après la mitose, la taille de chaque cellule-fille ayant été fortement réduite, G1 est caractérisée par une
croissance cellulaire active chargée d'amener chaque cellule-fille à la même taille que la cellule-mère originelle. Le
nombre et la taille des organites sont augmentés. Dans le noyau, la chromatine est en voie de décondensation.

Phase S _ On la fait débuter au moment où la cellule commence à répliquer son matériel génétique totalement
décondensé. La fin de la réplication sert également à repérer le moment où S se termine. A la limite entre G1 et S se
place un point particulier du cycle : le point de restriction R.

Il désigne un seuil au delà duquel la division devient irréversible : quelles que soient les conditions externes ou internes à
la cellule, la division ira à son terme si R a été franchi.

On constate alors que R joue un rôle régulateur qui permettra à une cellule d'allonger son cycle en retardant tout
simplement le franchissement du point de restriction.

Phase G2 _ La réplication de son ADN étant achevée, une dernière étape consistera pour la cellule à préparer une
nouvelle mitose, notamment en synthétisant les diverses molécules qui lui seront nécessaires à cet effet et en
condensant sa chromatine jusqu'au stade de chromosome individualisé visible en microscopie.

L'une des caractéristiques remarquable du végétal est son manque de mobilité. A tous les niveaux de son organisation,
chaque élément meurt généralement à l'endroit précis ou il est apparu : l'individu sur la portion de sol où il s'est
enraciné, la branche secondaire sur la branche maîtresse qui la porte, la fleur sur son pédoncule.
Cette absence de mouvement se remarque même au niveau cellulaire car, en effet, il n'y a pas de migration des cellules
chez une plante. Ceci est dû à la présence de la paroi pecto-cellulosique qui sépare et réunit, en même temps, deux
cellules contiguës.

Ainsi, au terme d'une division cellulaire chez une plante, les deux cellules-filles néoformées resteront unies l'une à
l'autre par la nouvelle paroi qui s'interpose entre elles.

Ceci donne une grande importance au choix de la position où se formera cette paroi dans le volume de la cellule-mère.

En apparence, le cytosquelette semble jouer le rôle principal dans ce choix.

Dans une cellule encore en interphase, les microtubules, à l'intérieur de la cellule, sont uniformément répartis à la
périphérie, sous le plasmalemme ;

Le début de la prophase mitotique est indiqué par un évènement significatif au niveau des microtubules périphériques :
ils se concentrent suivant l'un des diamètres de la cellule qui va se diviser.

La figure qu'ils constituent ainsi a reçu le nom de "bande préprophasique".

Entraîné par les filaments d'actine qui le relient au plasmalemme, le noyau se positionne au centre de la bande
préprophasique.

Le noyau de la cellule parcourt la prophase de la mitose. La condensation des divers chromosomes qui le constituent
touche à sa fin, et les chromosomes deviennent distincts les uns des autres.

Pendant ce temps, les microtubules se disposent longitudinalement dans la cellule. Ils formeront bientôt, après
réorganisation, le "fuseau achromatique".

Ce fuseau atteint sa maturité à la métaphase. Les chromosomes, au maximum de leur condensation et de leur visibilité
se disposent en "plaque équatoriale" dans la zone centrale du fuseau achromatique.

Les deux noyaux qui feront vivre les deux cellules-filles sont reconstitués. Les microtubules, du fuseau désorganisé,
regagneront graduellement la périphérie des cellules nouvellement formées.

Les deux noyaux qui feront vivre les deux cellules-filles sont reconstitués. Les microtubules, du fuseau désorganisé,
regagneront graduellement la périphérie des cellules nouvellement formées.

Après la cytodiérèse, la cytokinèse est enclenchée et la nouvelle paroi va, par le biais du phragmoplaste, séparer les
deux cellules issues de la mitose.

Après la cytodiérèse, la cytokinèse est enclenchée et la nouvelle paroi va, par le biais du phragmoplaste, séparer les
deux cellules issues de la mitose.

Ainsi, dans un organe végétal en développement, suivant que les mitoses disposent les parois néoformées de telle ou
telle façon, la morphologie de l'organe variera :

Si les nouvelles parois sont disposées parallèlement les unes aux autres, les mitoses sont dites "périclines" (voir ci-
dessous).
INTERPHASE
Le noyau est délimité par l'enveloppe nucléaire. Il contient de l'ADN sous forme de chromatine disposée sans régularité
apparente.

On observe deux nucléoles. Le cytoplasme de cette cellule méristématique est légèrement vacuolisé

PROPHASE
Les chromosomes s'individualisent à partir de la chromatine. Les nucléoles et l'enveloppe nucléaire disparaissent

PROMETAPHASE
Le fuseau formé de fibrilles (microtubules) se forme autour des chromosomes qui sont regroupés au centre. Certaines
fibres fusoriales s'accrochent aux centromères des chromosomes.

Les chromosomes, tirés par les fibres fusoriales, se regroupent à l'équateur du fuseau (plaque équatoriale). Rien d'autre
ne se produit jusqu'à ce que tous les chromosomes soient situés à l'équateur.

DEBUT D'ANAPHASE
Brutalement, tous les chromosomes se clivent au niveau de leur centromère. Chaque "demi-chromosome" ou
chromatide est tiré vers un pôle du fuseau par les fibres fusoriales attachées aux centromères.

FIN D'ANAPHASE, ou DEBUT DE TELOPHASE

Les chromatides encore bien individualisés se regroupent aux deux pôles du fuseau.

Elles forment deux lots de chromosomes parfaitement identiques. Le fuseau est toujours visible.

Au niveau de l'équateur, des vésicules se rassemblent au centre et forment une plaque (le phragmoplaste).

TELOPHASE
La plaque cellulaire (phragmoplaste) s'étend vers la périphérie. Ce phragmoplaste, constitué principalement de pectines,
se relie à la paroi cellulaire préexistante et sépare complétement la cellule en deux. Les chromosomes perdent leur
individualité morphologique

FIN TELOPHASE
Chaque lot de chromosome va s'entourer d'une nouvelle enveloppe nucléaire et reformer un noyau interphasique.

L’acide désoxyribonucléique (ou ADN) est une molécule que l'on retrouve dans tous les organismes vivants. L'ADN est
présent dans le noyau des cellules eucaryotes, dans le cytoplasme des cellules procaryotes, dans la matrice des
mitochondries ainsi que dans les chloroplastes. Certains virus possèdent également de l'ADN encapsulé dans leur
capside. L'ADN est le support de l'information génétique. Il est à la base de la synthèse des protéines.

La molécule d'ADN

L'ADN possède une structure en forme de double hélice (découverte en 1953 par James Dewey Watson, Francis Crick et
coll.).
L'ADN est un polymère de bases désoxyribonucléiques, plus communément appelées nucléotides. Chaque nucléotide
est constitué d'un groupement phosphate (ou acide phosphorique) lié a un sucre, le désoxyribose, , lui-même lié à une
base azotée. Ces bases sont au nombre de quatre : l'adénine (notée A), la thymine (notée T), la cytosine (notée C) et la
guanine (notée G). Le squelette de l'ADN est formé de la répétition sucre-phosphate.

La réplication de l'ADN, appelée aussi duplication de l'ADN, est le processus au cours duquel l'ADN est synthétisé grâce à
l'ADN polymérase. Ce mécanisme permet d'obtenir, à partir d'une molécule d'ADN, deux molécules identiques à la
molécule initiale, en vue de leur distribution aux deux cellules filles pendant la mitose.

Puisque les deux chaînes de l'ADN parental se séparent et que deux nouvelles molécules sont formées, on qualifie ce
processus de semi-conservatif.

La mitose permet, grâce à la réplication de l'ADN, la formation de deux cellules filles strictement identiques
génétiquement à la cellule mère.
L'ADN a l'importante propriété de pouvoir être reproduit à l'identique, ce qui permet à l'information génétique de se
transmettre d'une cellule mère aux cellules filles lors de la division cellulaire. La molécule d'ADN s'ouvre comme une
fermeture éclair (ou tirette — par rupture des liaisons hydrogène entre bases appariées de liaisons faibles) libérant deux
brins complémentaires. Chaque brin solitaire catalyse alors la synthèse de sa moitié manquante, intégrant, selon la règle
de complémentarité des bases, des nucléotides qui sont dispersés dans le noyau. Ainsi, chaque nouvelle molécule est
identique à la molécule d'ADN initiale.

La réplication va commencer à des endroits précis : les origines de réplication. Des protéines, les facteurs d'initiation de
la réplication vont reconnaître ces endroits. Le rôle de ces facteurs d'initiation est de faciliter la fixation d'autres
protéines qui elles aussi vont se fixer à ces origines de réplication. Ces protéines permettent l'ouverture des deux brins
de l'ADN et ainsi "faire apparaître" des fourches de réplication.

Transcription de l’ADN en ARNmLes gènes portés par l'ADN vont être codés sous une autre forme : en ARN
messager, au cours d'un processus nommé « transcription ».

Les molécules d'ADN et d'ARN sont chimiquement très proches, mais le second possède un oxygène supplémentaire (en
rouge à droite des lettres) sur les sucres (riboses) qui composent ses nucléotides (l'ADN contient en réalité du
désoxyribose). En outre, la thymine (T) de l'ADN est remplacée par l'uracile (U) dans l'ARN. © Claude Sauter, CC
Les molécules d'ADN et d'ARN sont chimiquement très proches, mais le second possède un oxygène supplémentaire (en
rouge à droite des lettres) sur les sucres (riboses) qui composent ses nucléotides (l'ADN contient en réalité du
désoxyribose). En outre, la thymine (T) de l'ADN est remplacée par l'uracile (U) dans l'ARN. © Claude Sauter, CC

Quand l'ADN devient ARN

L'information contenue dans les gènes va servir à la fabrication de milliers de protéines qui interviennent dans le
fonctionnement de la cellule. La première étape de l'expression d'un gène consiste à recopier son information sous la
forme d'une molécule très proche de l'ADN, l'acide ribonucléique ou ARN.

La principale différence entre ADN et ARN est la présence d'un atome d'oxygène supplémentaire sur chacun des
nucléotides de l'ARN. Cet ajout apporte une plus grande flexibilité à l'ARN, lui permet de se replier sur lui-même pour
former des hélices. Grâce à ses propriétés structurales, l'ARN adopte des formes très variées et assure une diversité de
rôles dans la cellule. L'ADN au contraire est plus statique et stable, et sa fonction essentielle est le stockage
d'information sous forme d'hélice double brin. Autre changement : dans l'ARN, la thymine (T) est remplacée par l'uracile
(U).

Lors de la transcription du gène, un des brins d'ADN est transcrit en séquence ARN par un complexe d'une douzaine de
protéines, l'ARN polymérase (lien vers animation). Cette copie, appelée ARN messager (ARNm), est destinée à l'usine de
fabrication des protéines et lui fournit la recette (séquence d'assemblage) de la protéine codée par le gène.

Traduction de l’ARNm en protéinesla traduction est l'étape de synthèse des protéines par les ribosomes, à partir
de l'information génétique contenue dans les ARN messagers1,2. Le ribosome interprète l'information contenue dans
l'ARNm sous forme de codons ou triplets de nucléotides, qu'il traduit en acides aminés assemblés dans la protéine, selon
l'ordre donné par les codons portés par l'ARNm. La table de correspondance entre codons et acides aminés permettant
cette traduction s'appelle le code génétique.

La traduction des ARNm en protéine s'effectue dans le cytoplasme des cellules. Le ribosome est le cœur de la machinerie
de synthèse des protéines cellulaires3. Chez toutes les espèces vivantes, il est constitué de deux sous-unités qui jouent
des rôles distincts et complémentaires. La petite sous-unité assure la lecture des codons sur l'ARN messager, tandis que
la grande sous-unité catalyse la synthèse des liaisons peptidiques entre les acides aminés successifs de la protéine.

Outre les ribosomes qui assurent ainsi la synthèse protéique et le décodage de l'ARNm, la traduction nécessite des
acides aminés apportés par des ARNt, des protéines spécifiques appelées facteurs de traduction qui assistent les
différentes étapes du processus, et de l'énergie sous forme de guanosine triphosphate (GTP).

La structure des protéines est la composition en acides aminés et la conformation en trois dimensions des protéines. Elle
décrit la position relative des différents atomes qui composent une protéine donnée.

Les protéines sont des macromolécules de la cellule, dont elles constituent la « boîte à outils », lui permettant de digérer
sa nourriture, produire son énergie, de fabriquer ses constituants, de se déplacer, etc. Elles se composent d'un
enchaînement linéaire d'acides aminés liés par des liaisons peptidiques. Cet enchaînement possède une organisation
tridimensionnelle (ou repliement) qui lui est propre. De la séquence au repliement, il existe quatre niveaux de
structuration de la protéine.

Une mutation ponctuelle est un changement de la structure du gène, affectant un à plusieurs nucléotides (entre un et
dix).

Il existe quatre types de mutations ponctuelles :

mutation par substitution : remplacement d’un (ou plusieurs) nucléotides par un autre (ou plusieurs autres) ;
mutation par insertion : ajout d’un ou plusieurs nucléotides ;
mutation par délétion : perte d'un ou plusieurs nucléotides.
mutation par inversion : permutation de 2 désoxyribonucléotides voisins ;
La mutation, pour être exprimée, doit être une substitution par un ou plusieurs nucléotides donnant un codon codant un
acide aminé différent de celui donné par le nucléotide initial, sinon la mutation est dite silencieuse (sans effet sur la
transcription en protéine, et son activité, si la séquence est un gène).

Un télomère est une région hautement répétitive, donc a priori non codante, d'ADN à l'extrémité d'un chromosome. À
chaque fois qu'un chromosome en bâtonnet d'un eucaryote est répliqué, lors de la réplication, qui précède la mitose
(division cellulaire), le complexe enzymatique de l'ADN polymérase s'avère incapable de copier les derniers nucléotides :
l'absence de télomère signifierait la perte rapide d'informations génétiques nécessaires au fonctionnement cellulaire. De
récents travaux suggèrent cependant que l'ADN répétitif des télomères pourrait être transcrit en ARN répétitifs qui
joueraient un rôle dans la stabilisation du télomère1.

Les télomères raccourcissent avec l’âge, l’inflammation et le stress. Des études ont montré que des télomères courts
sont associés à un risque plus élevé de maladies liées à l’âge2.

Les télomères comportent des séquences répétitives d'ADN, qui assurent une protection des terminaisons
chromosomiques. Ils évitent que le chromosome ne s'effiloche et que son extrémité ne soit considérée comme une
rupture du double brin d'ADN, ce qui pourrait conduire à des soudures de chromosomes par fusion de leurs télomères
respectifs4. De plus, la réplication de l'ADN (par l'ADN polymérase) n'est pas parfaite à ses extrémités : le segment
répliqué est en règle générale plus court que l'original. La présence de télomères, sans information génétique,
préviendrait ainsi la perte de données5. Ces séquences sont répétées plusieurs centaines de fois sur chaque
chromosome humain5. Les télomères sont recouverts de protéines, les « shelterines »6.

ADN ligase

les ADN ligases sont des enzymes de la classe des ligases qui catalysent la formation d'une liaison phosphodiester entre
deux segments d'ADN. Les ADN ligases interviennent dans plusieurs processus cellulaires essentiels du métabolisme de
l'ADN : dans la réplication de l'ADN, pour la suture des fragments d'Okazaki et dans la réparation de l'ADN et dans la
recombinaison homologue.

L'ADN ligase permet de former une liaison entre le groupement 5'-phosphate d'un segment d'ADN et le groupement 3'-
OH du segment précédent sur le même brin. En général, ces deux segments sont associés au brin d'ADN
complémentaire qui sert de matrice pour la suture des brins. Certaines ADN ligases (ADN ligase IV) sont capables de faire
de la suture d'ADN présentant des cassures double-brin.

La formation de la liaison phosphodiester nécessite un cofacteur, en général l'ATP (parfois le NAD+) qui est hydrolysé en
AMP (ou NMN) lors de la réaction.

Les ADN ligases sont des enzymes qui jouent un rôle essentiel en biologie moléculaire et en génie génétique, comme l'un
des outils majeurs de production d'ADN recombinant. L'ADN ligase permet en particulier de suturer les fragments d'ADN
produits par des enzymes de restriction.

Fonctions cellulaires
Des ADN ligases interviennent dans un grand nombre de mécanismes biologiques, souvent à la dernière étape de
processus impliquant une synthèse d'ADN. Les ADN polymérases qui synthétisent l'ADN peuvent allonger un brin, mais
sont incapables de relier des segments entre eux par une liaison phosphodiester, cette étape nécessitant l'action d'une
ligase. De nombreux processus cellulaires font intervenir la synthèse d'un brin d'ADN :

La réplication. Sur le brin lent (lagging strand), la synthèse est discontinue et passe par la production de fragments
d'Okazaki qui doivent être suturés les uns aux autres pour faire un brin d'ADN continu.
La réparation par excision de base et la réparation par excision de nucléotides. Ces deux mécanismes passent par
l'excision de la région d'ADN endommagé qui est ensuite synthétisé à nouveau par une ADN polymérase. L'ADN ligase
suture l'ADN nouveau avec la partie intacte de l'ADN préexistant.
La recombinaison. Lors du processus de recombinaison, il se produit un échange de brin entre deux duplexes d'ADN qui
aboutit à la formation d'une jonction de Holliday. La coupure de cette jonction par une résolvase nécessite ensuite une
suture des brins pour reformer deux duplexes séparés.
La réparation des cassures double-brin par jonction d'extrémités non homologues (non-homologous end-joining)
implique l'action d'une ADN ligase spécifique, capable de ligaturer des extrémités d'ADN double brin. Cette ligase
intervient aussi dans le processus de la recombinaison V(D)J qui permet la formation du répertoire d'anticorps.

Une ADN polymérase est un complexe enzymatique intervenant dans la réplication de l’ADN au cours du cycle cellulaire,
mais aussi dans des processus de réparation et de recombinaison de l'ADN. Les ADN polymérases utilisent des
désoxyribonucléosides triphosphate comme base pour la synthèse d'un brin d'ADN, en utilisant un autre brin d'ADN
comme matrice. Ce processus réplicatif utilise la complémentarité des bases nucléiques pour guider la synthèse du
nouveau brin à partir du brin matrice. Il existe plusieurs familles de polymérases, qui diffèrent selon leur séquence en
acides aminés et leurs propriétés catalytiques.

Mécanisme
Démarrage
Toutes les ADN polymérases synthétisent l’ADN dans le sens 5’ → 3’, chez tous les organismes vivants, et aucune n’est
capable de commencer la synthèse d'un brin de novo. Elles ne peuvent qu'ajouter des nucléotides à une extrémité
hydroxyle libre, en général le 3’-OH du brin en cours de synthèse. Pour cette raison, l'ADN polymérase a besoin d’une
amorce (ou primer), sur laquelle ajouter de nouveaux désoxyribonucléotides.

L’amorce peut être formée d’ADN ou d’ARN. Dans le cas de la réplication, l'amorce constituée d'ARN est synthétisée par
une autre enzyme, appelée primase, au sein du complexe de réplication appelé réplisome. Celui-ci contient également
une enzyme, l'hélicase, qui est nécessaire pour séparer les deux brins de l’ADN et ainsi permettre l’accès des ADN
polymérases et la réplication. Dans le cas des processus de réparation et de recombinaison, l'amorce est constituée d'un
segment d'ADN résultant de la coupure par une endonucléase du brin endommagé ou recombiné, qui libère une
extrémité 3’-OH libre.

Élongation et processivité
Les diverses ADN polymérases se différencient par leur capacité à allonger l'ADN sans se dissocier du brin matrice, une
caractéristique qui s'appelle la processivité. Certaines ADN polymérases sont faiblement associées à leur substrat et se
détachent après avoir polymérisé seulement quelques nucléotides. On parle alors d'ADN polymérases distributives, ce
qui est une caractéristique de beaucoup de polymérases impliquées dans les processus de réparation. Les ADN
polymérases réplicatives, au contraire, sont très fortement liées au brin matrice et ne se dissocient pas. Elles peuvent
polymériser plusieurs centaines de milliers de nucléotides en une seule fois. On parle alors d'ADN polymérases
processives. Un cofacteur protéique, la pince (ou clamp), appelé PCNA chez les eucaryotes et les archées, et complexe β
chez les bactéries), se lie aux polymérases réplicatives et augmente considérablement leur processivité.

L'activité des ADN polymérases nécessite la présence d’ions Mg2+ comme cofacteurs qui se fixent en particulier sur les
groupes phosphate des nucléotides et de l'ADN.

Fidélité et activité de relecture

Certaines ADN polymérases, qui disposent aussi d'une activité exonucléase 3’ → 5’, ont la capacité de corriger les
erreurs d'incorporation dans le brin néoformé. Lorsque l'ADN polymérase fait une erreur et qu'un mésappariement est
formé au niveau du site actif de l'enzyme, celle-ci peut revenir en arrière et hydrolyser le nucléotide incorrect : c'est
l’activité exonucléase 3’-5’, appelée également fonction d'édition. Elle peut alors réinsérer la base correcte, et reprendre
la réplication. Ce processus de relecture par l'ADN polymérase améliore la fidélité du processus réplicatif et fait baisser
le taux d'erreur.
Au contraire, certaines ADN polymérases sont peu fidèles et font des erreurs d'incorporation de nucléotides avec une
fréquence plus élevée. Ces ADN polymérases sont utilisées spécifiquement dans les processus de réparation de l'ADN.
Leur spécificité relâchée leur permet de répliquer de l'ADN contenant des lésions, c'est-à-dire des bases altérées par des
modifications chimiques, résultant par exemple de l'action de rayonnement UV, ionisant ou d'agents mutagènes. On
parle d'ADN polymérases translésionnelles.

La primase ou ADN primase est une enzyme intervenant dans le processus de réplication de l'ADN. C'est une ARN
polymérase qui permet la synthèse de courts segments d'ARN qui sont ensuite utilisés comme amorces par l'ADN
polymérase réplicative. La majorité des ADN polymérases connues ont en effet besoin d'une amorce et ne sont capables
que d'allonger une région déjà partiellement double brin, en ajoutant un nucléotide à une extrémité 3' hydroxyle déjà
présente. La primase, en revanche, est capable de synthétiser une amorce d'ARN de novo, à partir d'une matrice
d'ADN1.

On trouve des primases chez toutes les espèces, dans les trois domaines du vivant (archées, eucaryotes et bactéries),
c'est une enzyme essentielle à la réplication cellulaire. Dans la cellule, la primase fait partie du complexe multiprotéique
de réplication de l'ADN appelé réplisome.

Le nom de primase vient du terme anglais primer, qui signifie amorce.

Activité enzymatique
La primase est une ARN polymérase-ADN dépendante, comme les ARN polymérases qui transcrivent les différents ARN
cellulaires. Comme elles, elle utilise des ribonucléotides triphosphate comme substrat. La primase se distingue toutefois
des ARN polymérases par plusieurs caractéristiques. Tout d'abord, elle n'utilise comme matrice que de l'ADN simple
brin, produit par l'action d'une hélicase au niveau de la fourche de réplication, tandis que les ARN polymérases
transcrivent à partir d'ADN double brin2. Ensuite, elle a une processivité faible, c'est-à-dire qu'elle ne synthétise que de
courts fragments d'ARN, typiquement 10 à 12 nucléotides suivant les espèces, avant de céder la place à une ADN
polymérase qui allonge l'amorce ARN.

Les primases démarrent la synthèse de l'amorce en fixant deux nucléotides triphosphates dans leur site actif, en général
des purines (ATP ou GTP), ce qui constitue l'étape limitante de la réaction de l'amorce. Elles allongent ensuite une
dizaine de ribonucléotides.

Les primases sont parmi les polymérases les plus lentes et les moins fidèles du monde vivant. Ceci s'explique par le fait
qu'elles ne synthétisent que des polynucléotides très courts, qui sont ensuite éliminés lors de la suture des fragments
d'Okazaki. Les primases eucaryotes sont de surcroit des enzymes capables de compter, puisqu'elles polymérisent des
amorces ARN dont la longueur est systématiquement multiple de 10 (10, 20, 30 ou 40 nucléotides). Elles font une pause
après avoir polymérisé un groupe de dix nucléotides, ce qui permet à l'ADN polymérase de prendre le relai.

Rôle dans la réplication

La primase sert en particulier à synthétiser l'amorce des fragments d'Okazaki sur le brin lent (en:lagging strand) au
niveau de la fourche de réplication. La primase commence un fragment d'Okazaki environ tous les 1000 nucléotides, qui
est ensuite allongé par une ADN polymérase réplicative : l'ADN polymérase III chez les bactéries ou l'ADN polymérase δ
chez les eucaryotes. Le produit de ces deux étapes est donc un brin d'acide nucléique hybride, qui démarre par une
amorce d'ARN d'environ 10 nucléotides, et se continue par un segment d'ADN qui couvre la zone jusqu'à la prochaine
amorce.

Lorsque l'ADN polymérase atteint l'amorce du fragment d'Okazaki suivant, l'amorce ARN synthétisée par la primase est
hydrolysée et remplacée par de l'ADN. Les fragments sont alors suturés par de l'ADN ligase.

L'ADN gyrase ou gyrase est une enzyme de la famille des ADN topoïsomérases de classe II, qui est capable d'introduire
un surenroulement négatif dans l'ADN1. L'ADN gyrase est une protéine spécifique des bactéries, qui est essentielle à la
réplication de leur chromosome circulaire. La présence du surenroulement négatif créé par la gyrase favorise en
particulier le déroulement local de la double hélice nécessaire à la transcription et à la réplication, par les ARN
polymérases et ADN polymérases. La gyrase utilise l'énergie libérée par l'hydrolyse de l'ATP pour forcer ce
surenroulement négatif. Comme toutes les topoïsomérases de classe II, la gyrase catalyse la coupure des deux brins d'un
segment d'ADN, pour permettre la traversée par un autre segment d'ADN. En conséquence, le nombre d'enlacement
des deux brins d'ADN du duplex varie de deux à chaque étape catalysée par la gyrase.

La spécificité remarquable de l'ADN gyrase est sa capacité à forcer l'introduction de supertours négatifs, contre le
gradient de tension mécanique de l'ADN, grâce au couplage avec l'énergie chimique libérée par l'hydrolyse de l'ATP. Les
autres topoïsomérases de classe II ne sont capables que de relâcher les supertours.

Un certain nombre d'antibiotiques ont pour cible la gyrase des procaryotes, en particulier les aminocoumarines, les
quinolones et les fluoroquinolones, tels que la novobiocine, l'acide nalidixique et la ciprofloxacine. L'inhibition de
l'activité de cette enzyme est létale pour les bactéries.

Une protéine fixant l'ADN simple brin, ou single-strand binding protein (SSB ou SSBP), est une protéine dont le rôle est
de se lier à un brin d'ADN pour l'empêcher de s'apparier avec son brin complémentaire1. En effet, certains mécanismes
comme la réplication de l'ADN nécessitent de garder temporairement l'ADN sous forme de simple brin pour permettre à
l'ADN polymérase d'effectuer la synthèse du brin complémentaire. Lors de la réplication, l'ADN simple brin est en
général produit par l'action d'une hélicase, une enzyme qui consomme de l'ATP pour fournir l'énergie permettant
d'ouvrir le duplexe d'ADN. La fixation des SSB permet d'éviter le réappariement immédiat du duplexe, ce qui
équivaudrait à avoir dépensé cette énergie en pure perte2.

Les protéines SSB interviennent au niveau de la réplication, mais aussi de la réparation par excision de nucléotides et de
la recombinaison, des mécanismes de maintenance de l'ADN qui impliquent des étapes de synthèse d'un brin d'ADN par
une ADN polymérase.

Des SSB ont été identifiées chez la plupart des organismes, depuis les virus jusqu'aux animaux complexes. Chez
l'Homme, la protéine de liaison à l'ADN simple brin qui participe à la réplication de l'ADN est appelée protéine de
réplication A (ou RPA, replication protein A)3.

Les hélicases sont des protéines qui utilisent l‘énergie d’hydrolyse de l’ATP ou du GTP pour catalyser l’ouverture d’acides
nucléiques (ADN ou ARN) appariés sous forme double brins. Elles ont la capacité de se déplacer de manière orientée sur
des acides nucléiques sous forme double ou simple brin et possèdent de ce fait une activité translocase (décroche des
protéines fixées à l'ADN). Les propriétés qui caractérisent ces moteurs moléculaires sont leur directionnalité (de 5’ vers
3’ ou l’inverse), leur processivité, le statut oligomérique (mono, di, ou hexamèrique) de la forme active, et la taille des «
pas » (en nucléotide) effectué pour chaque nucléotide hydrolysé. Chaque organisme compte plusieurs hélicases,
spécialisées dans des processus cellulaires cruciaux tels que la réplication, la transcription, la recombinaison, la
biogénèse des ribosomes, la traduction, et la réparation de l’ADN, et régulées par des domaines qui leur sont propres.
Les hélicases participant à la réplication de l'ADN font partie d'un complexe multiprotéique appelé réplisome.

On retrouve de nombreuses hélicases dans tous les organismes étudiés jusqu'ici. On en trouve 14 différentes chez la
bactérie E. coli, et 24 chez l'homme. Leur importance biologique est soulignée par les très nombreuses maladies
génétiques imputées à un défaut de ces protéines (Syndrome de Werner, Syndrome de Bloom, Anémie de Fanconi)

L'ARN polymérase est un complexe enzymatique responsable de la synthèse de l'acide ribonucléique, ou ARN, à partir
d'une matrice d'ADN. Ce processus biologique, présent dans toutes les cellules, s'appelle la transcription. Chez les
eucaryotes, il existe essentiellement trois ARN polymérases — l'ARN polymérase I, l'ARN polymérase II et l'ARN
polymérase III tandis que chez les procaryotes il n'existe qu'une seule ARN polymérase.

Rôle de l'ARN polymérase

Elle assure, ou plutôt catalyse la synthèse des quatre types d'ARN : l'ARN ribosomique, l'ARN messager, l'ARN de
transfert, et les petits ARN : micro-ARN, petits ARN interférents, ARNsn du spliceosome (ARNsn U1, ARNsn U2, ARNsn
U4, ARNsn U5, ARNsn U6), ARN de voûte, etc.

L'ARN polymérase transcrit un premier brin d'ARN que l'on nomme « transcrit primaire » à partir d'un des deux brin du
duplexe d'ADN utilisé comme matrice. Pour cela elle se fixe sur une séquence particulière appelée promoteur de
transcription.

La coiffe ou 5'-cap est un nucléotide modifié que l'on trouve à l'extrémité 5' des ARN messagers dans les cellules
eucaryotes. C'est une modification co-transcriptionnelle qui est introduite par l'action successive de plusieurs enzymes
localisées dans le noyau. La coiffe joue plusieurs rôles, elle protège en particulier les ARN contre la dégradation par des
ribonucléases et, après son export dans le cytoplasme, elle permet le recrutement du ribosome qui va traduire l'ARN
messager.
La coiffe est un élément essentiel permettant aux ARN messagers d'être traduits dans la cellule. Ce processus nécessite
l'action de plusieurs protéines et en particulier des facteurs d'initiation de la traduction. L'un d'entre eux, eIF4E, se fixe
spécifiquement sur la coiffe.

Fonction

Structure de la coiffe (m7GpppA) liée au facteur d'initiation eIF4E

La coiffe des ARN synthétisés par l'ARN polymérase II, et en particulier les ARN messagers, joue plusieurs rôles cellulaires
essentiels :

Stabilisation : La coiffe bloque en particulier l'action des exonucléases 5' → 3' et augmente la durée de vie des ARN
messagers;
Export nucléaire : La coiffe est reconnue dans le noyau par un complexe de fixation de la coiffe (CBC ou cap-binding
complex). Ce complexe intervient en particulier dans l'export de l'ARNm maturé au niveau du pore nucléaire;
Traduction en protéine : Dans le cytoplasme, la coiffe se lie au facteur d'initiation eIF4E. eIF4E forme un complexe avec
eIF4G qui recrute le ribosome via eIF3. La traduction d'un ARNm cellulaire est donc, dans la grande majorité des cas,
dépendante de la présence d'une coiffe en 5'.

queue poly A 3 La polyadénylation consiste en l'addition d'une queue poly(A), une succession de nombreux
ribonucléotides de type Adénosine (A) à l'extrémité 3' des ARNm1. Chez les eucaryotes, cette étape s'effectue dans le
noyau, lors de sa maturation (synthese co-post transcriptionnelle) alors qu'il n'a pas encore subi l'épissage. Sa taille peut
atteindre environ 250 nucléotides chez les eucaryotes pluricellulaires et environ 50 chez les levures. La très grande
majorité des ARN messagers est polyadénylée2,3, ainsi que quelques ARN non codants. Il existe quelques exceptions
notables comme certains ARNm viraux et les ARNm des histones. Chez les bactéries, la polyadénylation est un signal
permettant de moduler la stabilité des ARN.

Fonction
La polyadénylation joue plusieurs rôles essentiels au cours des différentes étapes de la vie d'un ARN messager. Elle
intervient en particulier dans la protection contre la dégradation, le transport nucléo-cytoplasmique, c'est-à-dire le
passage de l'ARNm du noyau vers le cytoplasme, et enfin dans le recrutement du ribosome pour permettre sa traduction
en protéine.

L'addition d'une queue poly(A) est l'une des étapes requises pour l'export des ARNm du compartiment nucléaire vers le
cytoplasme6. L'ajout de la queue poly(A) intervient comme point de contrôle permettant l'élimination des ARNm et des
mRNP sous-optimaux (Une mRNP est une particule ribonucléoprotéique comprenant l'ARNm associé à des protéines
permettant sa stabilisation, son export vers le cytoplasme et/ou sa traduction). Ainsi, les mRNP comprenant un ARNm
hypo- ou hyper-adénylé seront retenues au niveau du site de transcription, démantélées et l'ARNm sera dégradé par des
mécanismes de contrôle qualité7,8,9.

La polyadénylation est également impliquée dans l'excision du dernier intron et joue un rôle dans la stabilité de l'ARNm.
En effet la queue poly(A) module la dégradation de l'ARNm dans le cytosol : il sera d'autant moins dégradé que sa queue
poly(A) est longue. Ainsi, un ARNm à longue queue poly(A) (comme l'ARNm de l'hémoglobine dans les érythrocytes) sera
peu dégradé et donc beaucoup traduit, ce qui permet une production durable de la protéine correspondante. À
l'inverse, les ARNm des histones qui n'ont pas du tout de queue poly(A) sont très rapidement dégradés, ce qui permet
une modulation rapide de l'expression des histones au cours des cycles cellulaires car il n'y a pas d'inertie de traduction
des ARNm qui perdureraient.
Un intron est une portion d'un gène qui est transcrite en ARN, au sein d'un ARN précurseur, et qui est ensuite éliminée
par un processus d'excision programmé et qu'on ne retrouve donc pas dans l'ARN mature. On trouve principalement des
introns dans les gènes codant des protéines, où ils sont présents dans le pré-ARN messager et excisés dans l'ARNm
mature1. Les introns sont donc des régions non-codantes. On trouve aussi des introns dans des gènes codant des ARN
non-codants comme les ARN ribosomiques ou les ARN de transfert.

Un gène pourvu d'introns est appelé gène discontinu, gène fragmenté ou gène mosaïque.

Le processus d'excision des introns s'appelle l'épissage. Les segments d'ARN qui sont conservés après épissage des
introns sont appelés des exons.

On trouve principalement des introns dans les gènes codant des protéines des organismes eucaryotes. Les gènes
eucaryotes sont constitués d'une alternance d'exons et d'introns, commençant et terminant par un exon. Par exemple :

Exon 1 - Intron 1 - Exon 2 - Intron 2 - … - Intron n-1 - Exon n

Après la transcription, l'ARN précurseur synthétisé va subir un certain nombre de modifications, dont l'épissage, au
cours duquel les introns vont être excisés de l'ARN. Les exons vont quant à eux être suturés pour donner l'ARN mature
par ce mécanisme d'épissage. On obtiendra donc un ARN de type Exon 1 - Exon 2 - Exon 3 - ... - Exon n

Epissage des introns

Représentation schématique de l'épissage d'un ARN pré-messager (pré-ARNm). On observe l'élimination des séquences
des introns après la transcription. C'est le processus d'épissage.
Les introns ne jouent donc aucun rôle dans la fonction de l'ARN mature (traduction en protéine pour l'ARNm,
incorporation dans le ribosome pour les ARNr...), si bien que leur fonction éventuelle reste à ce jour difficile à cerner.
Leur rôle le plus important est de permettre une combinatoire lors de l'épissage. Cela permet à certains gènes de coder
plusieurs protéines ou variants d'une même protéine, par épissage alternatif d'un même ARN pré-messager. Ceci
permet par exemple à certains rétrovirus de produire plusieurs ARNm et donc plusieurs protéines virales à partir d'un
seul promoteur de transcription et donc d'un seul pré-ARNm.

La taille des introns est très variable, allant de quelques dizaines de paires de bases, jusqu'à plusieurs dizaines de
milliers2. La taille moyenne varie suivant les espèces et a tendance à augmenter avec la taille du génome2.

De manière plus rare, on retrouve également des introns dans certains gènes chez les archéobactéries et chez les
procaryotes3. Il s'agit d'introns d'un type particulier, dits introns auto-épissables.
la traduction de l’ARNm en protéine

La traduction est l'interprétation des codons de

l'ARNm (mRNA) en protéines (séquences d'acides
aminés). La traduction s'effectuant dans le
cytoplasme, nécessite des acides aminés qui
seront polymérisés selon l'ordre déterminé par
les codons du ARNm. Elle a besoin des ribosomes,
des ARNt (tRNA), de la l'aminoacyl-ARNt
synthétase (enzyme) et d'un plan apporté par
l'ARNm. Aussi, la traduction a besoin d'énergie.
Par exemple, E.coli utilise 90% de son énergie
pour la traduction !

Traduction de l'ARNm en protéines

Ribosomes
Les ribosomes sont des organites intra-cellulaires
situés dans le cytoplasme. Ils constituent l'usine
de fabrication des protéines. Chaque ribosome,
procaryote ou eucaryote, consiste en une petite
et un grande sous unité associées entre elles.
Chaque sous unité contient de nombreuses
protéines différentes et une molécule d'ARN
ribosomique (ARNr, rARN) majoritaire.
Comment les ribosomes sont ils synthétisés ?
Ribosomes = protéines ribosoales + ARN ribosomaux. Les protéines ribosomales sont fabriquées dans le cytosol et
importées dans le noyau où elles sont assemblées avec les ARN ribosomaux pour constituer les ribosomes qui seront
exportés dans le cytosol (voir adressage et transport des protéines).
Les sous-unités du ribosome possèdent 3 sites : A (aminoacyl-ARNt, position où le nouvel acide aminé prend place), P
(peptidoacyl-ARNt, position où le peptide s'allonge) et E (exit). Le ribosome se déplace sur le ARNm dans le sens 5' vers
3'.

Codons portés par le ARNm

S'il existe 20 acides aminés différents dans les protéines et quatre bases nucléotidiques différentes dans le ARNm, on en
déduit qu’il faut un enchaînement de trois bases pour définir l’ensemble des 20 acides aminés. Le codon est donc la
succession de 3 nucléotides (lire plus de détails sur la structure des acides aminés).

traduction. Codons des acides aminés

Le codon UGA (codon stop) peut parfois coder une sélénocystéine (acide aminé rare, s'abrègeant Sec pour le code à trois
lettres et U pour le code à une lettre), produisant ainsi une sélénoprotéine.

Remarque:
Le code génétique utilisé dans les mitochondries d’animaux et de champignons diffère du code standard utilisé dans
tous les gènes nucléaires procaryotes et eucaryotes. Le code génétique mitochondrial ainsi que la taille de l’ADNmt, le
nombre et la nature des protéines qu’il code, varient fortement entre les organismes.

ADN mitochondrial. code génétique

Un ARNm peut être décomposé en plusieurs régions dont:
- une région leader en 5' (appelée "capping" chez les eucaryotes). Elle est non codante (donc non traduite).
- un codon initiateur AUG. C'est le premier acide aminé (toujours Methionine)
- une région codante (suite de codons)
- un codon non sens (ou codon STOP) qui détermine la fin de la traduction
- une queue en 3' (polyadénylée chez les eucaryotes). Elle est non codante

ARN messager
Codon initiateur

Le codon AUG, appelé codon-initiateur,, permet de commencer la traduction, en formant l'acide aminé méthionine, qui
se détachera plus tard de la chaîne polypeptidique.

Codon stop

Sur les 64 codons disponibles: 3 codons (UAA, UAG, UGA) sont des codons qui ne peuvent pas être traduits en acides
aminés. Ce sont des codons appelés non sens ou codons stop qui provoquent l'arrêt de la traduction.

Code génétique dégénéré

61 codons codent pour 20 acides aminés. Le tryptophane et la méthionine sont codés par un seul codon. Les 18 autres
acides aminés sont définis individuellement par plusieurs codons (2 à 6).

Cadre de lecture

La synthèse de toutes les chaînes polypeptidiques commence avec la mise en place d'une méthionine. Le codon start de
démarrage (AUG) code pour la méthionine. Les codons UAA, UGA et UAG ne correspondent à aucun acide aminé. Il s'agit
de codons stop qui marquent le carboxyle terminal de la chaîne polypeptidique. La séquence de codons qui va d'un
codon start à un codon stop est appelé cadre de lecture.

Un cadre de lecture qui consiste exclusivement en triplets qui correspondent à des acides aminés est appelé cadre
ouvert de lecture : ORF = open reading frame. Un cadre de lecture qui ne peut être lu en protéine à cause de nombreux
codons de terminaison est dit cadre bloqué.

ARN de transfert (ARNt, tRNA))

Le tARN est la macromolécule qui réalise la traduction des codons en acides aminés. A chaque acide aminé correspond
donc un sous ensemble de l'ARNt.

ARNt et traduction
Le tARN a une structure en 'L'. Une extrémité du L porte la séquence CCA-3', l'autre extrémité porte la séquence de
l'anticodon. La fixation d'un acide aminé sur l'extrémité CCA-3' de son tARN est possible grace à une enzyme
l'aminoacyl-tARN synthétase (tARN + A.aminé + ATP --> AminoacyltARN + AMP + 2 Pi).

L'initiation de la traduction commence par 1/ la fixation de la petite sous-unité du ribosome (30 S) sur la région leader 5'
du ARNm, 2/ Positionnement du 1er tARN sur la petite sous unité ribosomique. Ce tARN porte la méthionone dont
l'anticodon est UAC. L'initiation exige du GTP, du Mg++ et deux facteurs d'initiations (IF) et 3/ Déplacement du complexe
sur le codon AUG et fixation de la grosse sous unité (50 S) et positionnement du tARN au site P.
L'élongation nécessite 3 facteurs d'élongation (EF = Elongation Factor), du GTP et du Mg++. Elle comporte les étapes: 1/
Fixation du tARN chargé sur le site A du ribosome et 2/ Formation de la liaison peptidique et libération du site P. Elle est
catalysée par la peptidyl transferase du rARN 23 S.

La terminaison nécessite un codon stop (UAA ou UAG ou UGA), des facteurs de terminaison (Facteur R, Release Factor).
Elle consiste en trois étapes: 1/ Blocage de la translocation, 2/ Relargage de la chaine polypeptidique et 3/ Séparation
des sous unités ribosomiques

Le même filament de ARNm peut servir à la synthèse simultanée de plusieurs molécules de protéines, lorsque plusieurs
ribosomes s'en occupent. Avant d'être détruite, cette molécule participe à la fabrication de 10 à 20 protéines.
L'ensemble formé par un ARNm et plusieurs ribosomes se déplaçant dessus s'appelle un polysome

Le mARN (ARN messager, ARNm) provient d'un fragment d'ADN (gène de structure) par la transcription qui se déroule
dans le noyau de la cellule chez les Eucaryotes et dans le cytoplasme pour les Procaryotes. La transcription peut prendre
lieu dans les organites semi-autonomes comme les chloroplastes et les mitochondries qui contiennent une partie du
matériel génétique. Elle est réalisée en présence d'enzymes spécifiques appelées ARN polymérases (RNA polymerases)
et des nucléotides nécessaires à la synthèse d' ARN (RNA).
ADN :acide désoxyribonucléique.
ARN :acide ribonucléique.
ARNm:Acide ribonucléique messager
ARNt:Acide ribonucléique de transfert
ARNr:Acide ribonucléique ribosomique

Structure de l'ADN
L'ADN est une macromolécule très longue, constituée d'un grand nombre de désoxyribonucléotides. Les bases puriques
et pyrimidiques recèlent l'information génétique tandis que les groupes phosphates jouent un rôle structural. L'ADN est
un polymère linéaire composé de monomères appelés nucléotides.

Un nucléotide est constitué d'une base purique (Adénine (A) , Guanine (G)) ou pyrimidique (Thymine (T),Cytosine (C), et
d'un pentose (désoxyribose) estérifié par un phosphate.

Le squelette de l'ADN, tout au long de la molécule, est constitué de désoxyriboses unis par des ponts phosphodiester.
L'hydroxyle en 3' de la partie osidique d'un désoxyribonucléotide est lié par une liaison phosphodiester à l'hydroxyle en
5' de l'ose adjacent.

Mécanisme de la réplication
1) Aspect général
La réplication se fait dans le sens 5' => 3', de façon complémentaire, selon les règles d'appariement : A-T / G-C, selon un
mode antiparallèle.

Ce processus fait intervenir une enzyme de polymérisation nucléotidique qui est la polymérase d'ADN (ou ADN
polymérase).

La polymérase d'ADN (ou ADN polymérase) a besoin des composés suivant pour synthétiser une chaîne d'ADN :

Les quatre désoxyribonucléosides 5'-triphosphate (dATP, dGTP, dTTP, dCTP) et du Mg2+. Les substrats de cette enzyme
sont des desoxyribonucléosides triphosphates .
La polymérase d'ADN (ou ADN polymérase) ajoute des désoxyribonucléotides à l'extrémité 3'OH d'une amorce.
Il faut une matrice d'ADN.

2) Réplication est dite semi-conservative

Le mécanisme de la réplication semi-conservative est tenu pour universel aussi bien chez les procaryotes que chez les
eucaryotes. Une réplication semi-conservative veut dire que sur les deux brins toute molécule d'ADN, il y a toujours :

un brin d'ADN parental (brin ancien)

un brin d'ADN fils (brin nouvellement formé).
Expériences montrant ce mécanisme : des cellules sont marquées par la désoxythimidine [3H ] pendant la phase de
synthèse de l'ADN. A la fin de la première mitose, les chromosomes métaphasiques montre par autoradiographie un
marquage des chromatides sœurs, alors qu'à la seconde division mitotique une seule d'entre elles est marquée.

3) La réplication est bidirectionnelle

La réplication démarre à l'intérieur de la molécule d'ADN en un point appelé origine de réplication puis se poursuit dans
les deux directions en copiant les deux brins à chaque fourche. Chaque origine de réplication engendre deux fourches de
réplication.

Dans un chromosome circulaire (chez les bactéries et certains virus), une origine est souvent suffisante et les deux
fourches qui en partent se confondent du coté opposé du cercle pour finir la réplication.

Les longs chromosomes eucaryotes comportent un grand nombre d'origines : les deux fourches parties d'une origine
donnée progressent jusqu'à rencontrer les fourches parties d'origine voisines. La multiplicité des origines de réplication
fait que la duplication de l'ADN eucaryote s'avère globalement plus rapide que celle de l'ADN procaryote bien que la
vitesse de déplacement de la fourche de réplication soit plus lente.

4) Réplication chez les procaryotes

1. Les étapes de la réplication
a) Initiation de la réplication

L'origine de réplication chez E.coli est appelée OriC. Le locus OriC fait 245 paires de bases.

Cette séquence contient en tandem :

trois séquences nucléotidiques presque identiques de 13 nucléotidiques chacune.

quatre sites de liaison comportant un motif de 9 paires de bases pour une protéine appelée dnaA. Plusieurs protéines
dnaA vont s'associer avec l'ADN à l'origine de réplication et vont initier la réplication en dissociant les brins. Cette étape
consomme de l'ATP.
La transcription de l’ADN est un mécanisme biologique permettant la synthèse d'une molécule d'ARN à partir d'une
molécule d'ADN complémentaire. C'est la première étape du processus qui permet de passer de l'ADN à la protéine. La
transcription est catalysée par une enzyme : l'ARN polymérase.

Chez les eucaryotes, la transcription se déroule dans le noyau. Les eucaryotes possèdent trois ARN polymérases, l'ARN
polymérase II étant celui qui est à l'origine des ARNm (ARN messagers).

Les étapes de la transcription de l’ADN en ARN

Une unité de transcription se situe entre les sites d'initiation et de terminaison de la transcription. L'ARN polymérase
commence la transcription au site d'initiation qui se trouve dans un promoteur. Par exemple, chez les eucaryotes, l'ARN
polymérase II repère le promoteur grâce à la présence de la boîte TATA, une région riche en bases thymine (T) et
adénine (A). Des facteurs de transcription peuvent aider les ARN polymérases à trouver les sites d'initiation de la
transcription.

L'ARN polymérase écarte les deux brins de la molécule d'ADN et se déplace dans le sens 3' vers 5' de l'ADN ou de 5' à 3'
sur l'ARN prémessager. Face au brin codant de l'ADN, elle associe des nucléotides qui s'apparient avec ceux de l'ADN : le
nucléotide de base G face à C et vice versa, A face à T et U (uracile) face à A. En effet, l'ARN n'a pas de base T, mais U à la
palce. Au cours de l'élongation, un ARN prémessager est synthétisé. L'ARN polymérase s'arrête au site de terminaison de
la transcription. Ensuite, la maturation de l'ARN prémessager donnera l'ARNm qui sera traduit en protéine dans le
cytoplasme.

Schéma des étapes de la synthèse des protéines chez les eucaryotes

L'ARN pré-messager ou pré-ARNm est un acide ribonucléique message simple brin immature. L'ARN pré-messager est
synthétisé à partir du brin matrice de l'ADN dans le noyau lors de la transcription. L'ARN pré-messager comprend
l'essentiel des ARN nucléaires hétérogènes (ARNnh). Le terme hnRNA est souvent utilisé comme synonyme de pré-
ARNm, bien que stricto sensu les ARN hétérogènes nucléaires peuvent inclure des ARN transcrits qui ne finiront pas en
ARNm cytoplasmique.

Une fois que l'ARN pré-messager a été complètement transformé, il est appelé « ARN messager mature », « ARNm
mature », ou tout simplement « ARNm ».

Les ARN pré-messager eucaryotes n'existent que brièvement avant d'être totalement transformés en ARNm. L'ARN pré-
messager comprend deux différents types de segments: les exons et les introns. Les exons sont les segments qui sont
conservés dans l'ARNm final, tandis que les introns sont excisés lors du processus d'épissage, réalisé par le spliceosome,
un complexe dynamique formé de SnRNP (des introns peuvent subir l'épissage sans spliceosome avec une
transestérification des introns, de manière autocatalytique).

Chez les procaryotes, l'épissage se fait soit de manière autocatalytique soit par clivage endolytique. Les clivages
autocatalytiques, dans laquelle aucun protéines sont impliquées, sont habituellement réservés aux sections de l'ARNr
qui codent pour l'ARNr alors que le clivage endolytique correspond aux précurseurs d'ARNt.

Par la suite, les extrémités 3' et 5' peuvent être modifiée. Parmi ces modifications on retrouve en 5' l'ajout d'un coiffe de
7-méthylguanosine et une queue Poly-A en 3'. En outre, pré-ARNm eucaryotes ont leurs introns excisés par les
spliceosomes composés de snRNA.
Quand un ARN pré-messager a été correctement transformé en ARNm, il est exporté hors du noyau et éventuellement
traduit en protéine par les ribosomes.

Mutations ponctuelles
Une mutation est dite ponctuelle quand elle touche un ou plusieurs nucléotides d'un même gène.

Mutations par substitution

Mutations faux sens : Cette mutation ponctuelle se traduit par le remplacement d'un nucléotide par un autre. Dans
certains cas, cette modification entraîne une modification de l'acide aminé codé, laquelle peut avoir ou non une
répercussion sur la fonction de la protéine produite par le gène, dans le cas d'un gène codant, ou sur l'affinité pour un
facteur de transcription, dans le cas d'une zone promotrice de l'ADN. On parle de mutation de transition lorsqu’il y a
substitution d’une base purique à une autre base purique (ou d’une base pyrimidique à une autre base pyrimidique). Au
contraire, une mutation de transversion est une mutation causée par le remplacement d’une base purique par une base
pyrimidique (ou d’une base pyrimidique par une base purique).
Mutations non-sens : Le changement d'un nucléotide provoque le remplacement d'un codon spécifiant un acide aminé
par un codon-stop. Cela entraîne la production d'une protéine tronquée.
Mutations silencieuses : Ce sont des mutations qui ne modifient pas la séquence d'une protéine, à cause de la
redondance du code génétique (le nouveau triplet code le même acide aminé que le triplet original), ou parce qu'elle
touche une région non codante de l'ADN, ou un intron. Mais cette mutation peut néanmoins avoir de graves
conséquences sur le phénotype. En effet, le changement d'un seul nucléotide peut changer le site donneur d'épissage,
sans pour autant changer la séquence en acides aminés. Cela peut donc se traduire par une délétion entière d'un exon
de la séquence peptidique, l'exon n'étant pas reconnu car le site d'épissage a été muté. Une mutation synonyme désigne
une mutation silencieuse qui touche un exon, sans changer la séquence de la protéine.

La réplication de l'ADN, appelée aussi duplication de l'ADN, est le processus au cours duquel l'ADN est synthétisé grâce à
l'ADN polymérase. Ce mécanisme permet d'obtenir, à partir d'une molécule d'ADN, deux molécules identiques à la
molécule initiale, en vue de leur distribution aux deux cellules filles pendant la mitose.

Puisque les deux chaînes de l'ADN parental se séparent et que deux nouvelles molécules sont formées, on qualifie ce
processus de semi-conservatif.

La mitose permet, grâce à la réplication de l'ADN, la formation de deux cellules filles strictement identiques
génétiquement à la cellule mère.
L'ADN a l'importante propriété de pouvoir être reproduit à l'identique, ce qui permet à l'information génétique de se
transmettre d'une cellule mère aux cellules filles lors de la division cellulaire. La molécule d'ADN s'ouvre comme une
fermeture éclair (ou tirette — par rupture des liaisons hydrogène entre bases appariées de liaisons faibles) libérant deux
brins complémentaires. Chaque brin solitaire catalyse alors la synthèse de sa moitié manquante, intégrant, selon la règle
de complémentarité des bases, des nucléotides qui sont dispersés dans le noyau. Ainsi, chaque nouvelle molécule est
identique à la molécule d'ADN initiale.

La réplication va commencer à des endroits précis : les origines de réplication. Des protéines, les facteurs d'initiation de
la réplication vont reconnaître ces endroits. Le rôle de ces facteurs d'initiation est de faciliter la fixation d'autres
protéines qui elles aussi vont se fixer à ces origines de réplication. Ces protéines permettent l'ouverture des deux brins
de l'ADN et ainsi "faire apparaître" des fourches de réplication.
Un grand nombre de protéines interviennent dans le mécanisme moléculaire de la réplication de l’ADN formant le
complexe enzymatique de réplication, appelé réplisome1,2. Les enzymes et protéines intervenant dans la réplication de
l’ADN sont homologues chez les eucaryotes et chez les archées mais ont des séquences en acides aminés très différentes
chez les bactéries. Toutefois, au niveau fonctionnel comme au niveau structural, on retrouve des homologies frappantes
entre les protéines bactériennes et les protéines eucaryotes, ce qui indique que les mécanismes de réplication sont
analogues3,4.

Les fragments d’Okazaki sont des segments d'acide nucléique qui sont produits lors de la réplication des chromosomes.
Leur existence fut mise en évidence pour la première fois en 1968 par Reiji et Tsuneko Okazaki ainsi que leurs collègues
en étudiant la réplication de la bactérie Escherichia coli1.

Lors de la réplication, le brin « retardé » est synthétisé de manière discontinue, par petits fragments qui sont ensuite
suturés les uns aux autres. Leur longueur est d’environ 1500 à 2000 paires de bases chez Escherichia coli2 et de 100 à
200 pour les eucaryotes). On a baptisé ces segments "'fragments d’Okazaki", du nom de leurs découvreurs.

Pour démarrer la synthèse de l’ADN, l'ADN polymérase nécessite une amorce d'ARN qui est synthétisée par l'ARN
Primase, qui est ensuite allongée en ADN.

Chez les bactéries, l'ADN primase est une enzyme indépendante, tandis que chez les eucaryotes elle est associée au sein
du complexe ADN polymérase α/primase, l'ADN polymérase α pouvant allonger l'amorce en ADN. Le fragment d'Okazaki
qui résulte de ce processus est une chimère ARN/ADN, dont la partie ARN synthétisée par la primase comporte une
dizaine de ribonucléotides

Maturation de l’ARNm (eucaryotes)Après la transcription se déroulent la maturation de l'ARN (ou modification post-
transcriptionnelle) et la traduction, les deux autres étapes importantes de la biosynthèse des protéines. Dans le cas des
procaryotes en revanche, aucune maturation n'est nécessaire avant la traduction.

L'ARN produit par la maturation de l'ARN est un ARN messager mature : plus court, il peut ensuite passer dans le
cytoplasme, où il est traduit en protéines à partir des acides aminés, en présence des ribosomes et des ARN de transfert
(ARNt). Ce mécanisme s'appelle la traduction.La transcription est un mécanisme biologique permettant la synthèse
d'une molécule d'ARN à partir d'une molécule d'ADN complémentaire. C'est la première étape du processus qui permet
de passer de l'ADN à la protéine. La transcription est catalysée par une enzyme : l'ARN polymérase.

Chez les eucaryotes, la transcription se déroule dans le noyau. Les eucaryotes possèdent trois ARN polymérases, l'ARN
polymérase II étant celui qui est à l'origine des ARNm (ARN messagers).

Les étapes de la transcription de l’ADN en ARN

Une unité de transcription se situe entre les sites d'initiation et de terminaison de la transcription. L'ARN polymérase
commence la transcription au site d'initiation qui se trouve dans un promoteur. Par exemple, chez les eucaryotes, l'ARN
polymérase II repère le promoteur grâce à la présence de la boîte TATA, une région riche en bases thymine (T) et
adénine (A). Des facteurs de transcription peuvent aider les ARN polymérases à trouver les sites d'initiation de la
transcription.

L'ARN polymérase écarte les deux brins de la molécule d'ADN et se déplace dans le sens 3' vers 5' de l'ADN ou de 5' à 3'
sur l'ARN prémessager. Face au brin codant de l'ADN, elle associe des nucléotides qui s'apparient avec ceux de l'ADN : le
nucléotide de base G face à C et vice versa, A face à T et U (uracile) face à A. En effet, l'ARN n'a pas de base T, mais U à la
palce. Au cours de l'élongation, un ARN prémessager est synthétisé. L'ARN polymérase s'arrête au site de terminaison de
la transcription. Ensuite, la maturation de l'ARN prémessager donnera l'ARNm qui sera traduit en proté
Exemple de Épissage différentiel de l’ARN Les différents types d’épissage alternatif
L'épissage alternatif augmente significativement la diversité des transcrits grâce à l'utilisation
alternative d'exons ou d’introns, mais aussi de signaux de polyadénylation situés dans des exons
alternatifs. La majorité de ces événements se produit dans un maintien du cadre de lecture (la
succession de trinucléotides qui permet de décoder la séquence d’acides aminés de la protéine
correspondante), résultant en l'expression de différentes isoformes protéiques.
Les exemples d'épissage alternatif peuvent être classés en cinq modèles différents (Figure 7) :
1. L’exon cassette (ou le saut d’exon) : il s’agit d’un évènement où un exon est entièrement
inclus ou retenu dans le transcrit mature. C’est le cas d’épissage alternatif le plus simple, qui
prédomine chez les mammifères, donnant lieu à des transcrits plus ou moins longs.
2. Les exons mutuellement exclusifs : l’un des deux exons, qui sont généralement de taille
similaire, est retenu dans l’ARNm mature, mais jamais les deux ensemble. Cet événement change
peu la taille du transcrit mature mais modifie les propriétés de la protéine produite.
3. La rétention d’intron : un segment de pré-ARNm peut être épissé comme un intron ou
simplement retenu. Cela se distingue du saut d'exon puisque la séquence intronique conservée n'est
pas flanquée par des introns. Si l'intron ne modifie pas le cadre de lecture, il code pour des acides
aminés comme les exons qui l’envoisinent, produisant ainsi une protéine d’un poids moléculaire
supérieur. Dans le cas contraire, il entraine l’apparition d’un codon stop prématuré, ce qui provoque
la dégradation du transcrit mature (voir également Figure 13). La rétention d’intron est l’événement
d’épissage le plus rare chez les mammifères.
4. Site d’épissage alternatif en 5’ (site donneur d’épissage) : ce variant d’épissage modifie la
borne de l’exon dans sa partie aval.
5. Site d’épissage alternatif en 3’ (site accepteur d’épissage) : d’une manière similaire au
variant précédent, cet événement modifie la borne de l’exon dans sa partie amont, incluant ainsi un
segment de l’extrémité 3’ de l’intron épissé.
D'autres exemples peuvent être ajoutés aux 5 événements majeurs de l’épissage alternatif,
tels que l’usage de promoteurs alternatifs ou de signaux alternatifs de polyadénylation, qui sont
connus respectivement comme premier et dernier exon alternatif. Toutefois, en soi ces variants ne
sont pas des événements d’épissage puisque leur régulation dépend du choix des sites d’initiation et
de la terminaison de la transcription. Néanmoins, ils augmentent également la diversité des ARNm
matures générés par un seul gène.

La structure des protéines est la composition en acides aminés et la conformation en trois dimensions des protéines. Elle
décrit la position relative des différents atomes qui composent une protéine donnée.

Les protéines sont des macromolécules de la cellule, dont elles constituent la « boîte à outils », lui permettant de digérer
sa nourriture, produire son énergie, de fabriquer ses constituants, de se déplacer, etc. Elles se composent d'un
enchaînement linéaire d'acides aminés liés par des liaisons peptidiques. Cet enchaînement possède une organisation
tridimensionnelle (ou repliement) qui lui est propre. De la séquence au repliement, il existe quatre niveaux de
structuration de la protéine.
Structure primaire d’une protéine La structure primaire, ou séquence, d'une protéine correspond à la succession
linéaire des acides aminés (ou résidus) la constituant sans référence à une configuration spatiale. Les protéines sont
donc des polymères d'acides aminés, reliés entre eux par des liaisons peptidiques. La structure primaire d'une protéine
est le fruit de la traduction de l'ARNm en séquence protéique par le ribosome. C'est grâce au code génétique que
l'information génétique (sous forme d'ARN) est traduite en acides aminés. Concrètement, la structure primaire est
représentée par une succession de lettres (20 différentes) correspondant aux 20 acides aminés majoritaires existants.

La structure secondaire décrit le repliement local de la chaîne principale1 d'une protéine. L'existence de structures
secondaires vient du fait que les repliements énergétiquement favorables de la chaîne peptidique sont limités et que
seules certaines conformations sont possibles. Ainsi, une protéine peut être décrite par une séquence d'acides aminés
mais aussi par un enchaînement d'éléments de structure secondaire.

De plus certaines conformations se trouvent nettement favorisées car stabilisées par des liaisons hydrogène entre les
groupements amide (-NH) et carbonyle (-CO) du squelette peptidique. Il existe trois principales catégories de structures
secondaires selon l'échafaudage de liaisons hydrogène, et donc selon le repliement des liaisons peptidiques : les hélices,
les feuillets et les coudes.

Il existe des méthodes expérimentales pour déterminer la structure secondaire comme la résonance magnétique
nucléaire, le dichroïsme circulaire ou certaines méthodes de spectroscopie infrarouge.

La structure tertiaire d'une protéine correspond au repliement de la chaîne polypeptidique dans l'espace. On parle plus
couramment de structure tridimensionnelle. La structure tridimensionnelle d'une protéine est intimement liée à sa
fonction: lorsque cette structure est cassée par l'emploi d'agents dénaturants ou chaotropiques, la protéine perd sa
fonction: elle est dénaturée.

La structure tertiaire est maintenue par différentes interactions:

interactions covalentes (ponts disulfures entre cystéines)

interactions électrostatiques (liaisons ioniques, liaisons hydrogène)
interactions de van der Waals
interactions avec le solvant et l'environnement (ions, lipides...)

La structure quaternaire des protéines regroupe l'association d'au moins deux chaînes polypeptidiques - identiques ou
différentes - par des liaisons non covalentes, liaisons dîtes faibles (liaison H, liaison ionique, interactions hydrophobes et
force de Van der Waals), mais rarement par des ponts disulfures, qui ont pour rôle de créer les liaisons inter chaîne.
L'effet hydrophobe est un facteur prépondérant dans l'assemblage des éléments structuraux, y compris dans
l'association des sous-unités.

Chacune de ces chaînes est appelée monomère (ou sous-unité) et l'ensemble oligomère ou protéine multimérique.
L'hémoglobine est un exemple de structure quaternaire ; elle est constituée de 4 sous-unités : 2 sous-unités α (de 141
acides aminés) et 2 sous-unités β (de 146 acides aminés), dans le cas de l'hémoglobine A.

Le séquençage des protéines est la détermination de la séquence polypeptidique. Elle est destinée à connaître le
nombre, la nature chimique et l'ordre de tous les résidus d'acides aminés dans un polypeptide. Pour cela, si la protéine
contient plus d'une chaîne polypeptidique, les chaînes doivent être d'abord séparées, puis purifiées. Généralement,
toutes les liaisons disulfures seront réduites et les thiols ainsi obtenus alkylés. Après isolement d'une chaîne
polypeptidique, la séquence peut être étudiée :

en faisant appel à des méthodes récurrentes chimiques ou enzymatiques libérant les acides aminés un à un à partir de
l'extrémité C ou N terminale;
ou plus récemment par des méthodes de spectrométrie de masse (séquençage de novo).
Le séquençage des protéines est plus difficile que celui de l'ADN.

Oscillation (traduction) Une fluctuation dans laquelle la variable tend à changer graduellement et régulièrement entre
des maximums et des minimums successifs
Un clade / clados, qui signifie « branche »), aussi appelé groupe monophylétique est un groupe d'organismes, vivants ou
ayant vécu, comprenant un organisme particulier et la totalité de ses descendants

La cladistique (ou systématique phylogénétique ) est la théorie des clades et des cladogrammes6 (du grec ancien
κλάδος, klados, signifiant « branche »), et de la reconstruction des relations de parenté entre les êtres vivants. Un clade
(groupe monophylétique) est un groupe dont tous les membres sont plus apparentés entre eux qu'avec n'importe quel
autre groupe, et un cladogramme (arbre phylogénétique) est une hiérarchie de clades. Le cladogramme spécifie des
relations de degrés de parenté entre les taxons qu'il classifie. Dans le cadre de la théorie de l'évolution, les relations de
degré de parenté entre taxons sont expliquées par l'existence d'ancêtres communs (i.e. le fait que deux taxons soient
plus proches parents entre eux que d'un troisième implique que les deux premiers descendent d'un ancêtre commun
exclusif). La théorie cladistique a été initialement présentée dans les années 1950 par l'entomologiste allemand Willi
Hennig (1913-1976).

Le cladogramme est un dendrogramme construit par l'analyse cladistique : il exprime les relation phylogénétiques entre
taxons et ses noeuds sont définis par des synapomorphies. Le phénogramme est un dendrogramme construit par la
phénétique à partir de distances entre taxons. Il exprime des degrés de similitude globale entre taxons. Le phylogramme
est un cladogramme dont la longueur des branches est proportionnelle à la divergence des taxons en d'autres termes au
nombre de changement de caractères ( synapomorphies, autoapomorphies, homoplasies ). Les relations de parenté et le
sens des transformations de caractères ne peuvent être inférées qu'à partir d'un arbre enraciné (autrement dit : du
cladogramme).

Un clade est un groupe d'organismes monophylétique, c'est-à-dire dont tous les membres, si différents soient-ils
devenus, descendent d'un même groupe-ancêtre commun. Ce concept ne s'oppose pas à celui de grade évolutif,
rapprochant des organismes sur d'autres critères (par ex. ressemblance générale, somme de modifications adaptatives
semblables alors que ces organismes ont des ancêtres différents : c'est le cas des « rapaces », nom vernaculaire sans
valeur phylétique, désignant des oiseaux prédateurs, d'origines diverses, mais ayant tous développé, indépendamment
les uns des autres, des becs crochus et des serres). La cladistique qualifie les grades de « groupes paraphylétiques » ou «
polyphylétiques » selon que le rapprochement est effectué sur la base de plésiomorphies ou d'homoplasies. Certains
grades peuvent toutefois être monophylétiques. Par exemple, les algues forment un grade polyphylétique, les reptiles
forment un grade paraphylétique et les mammifères forment un grade monophylétique.

Caractère ancestral
Un caractère ancestral (homologie ancestrale ou plésiomorphie) chez une espèce au sein d'un taxon est un caractère qui
n'a pas subi de modification au cours de l'évolution.

Ce caractère homologue n'a donc pas été conservé depuis le premier ancêtre du groupe le présentant (exemple :
"membres pairs" ci-dessous, caractère plésiomorphe), mais a pu évoluer chez des espèces qui en descendent (ce
caractère est conservé, mais a pu dériver en apomorphie : les pattes des Tétrapodes sont des "membres pairs" mais ne
sont plus des nageoires).

La pentadactylie des êtres humains est souvent considérée comme un caractère plésiomorphe, tout droit venu de nos
ancêtres tétrapodes primitifs pentadactyles.

S'il est commun à plus d'un taxon – c'est-à-dire qu'au moins une autre espèce a hérité de ce caractère et qu'il a par
ailleurs dérivé dans une tierce espèce au moins du taxon –, il constitue alors une symplésiomorphie.
Caractère dérivé
Inversement, un caractère dérivé (ou homologie dérivée) ou apomorphie (racine grecque απο : modification,
différenciation, écartement, séparation) au sein d'un taxon est un caractère nouveau résultant de la modification d'un
caractère ancestral au cours de l'évolution précédant ce taxon. Ce caractère est commun à tout un groupe d'espèces et
à leur espèce ancestrale.

S'il est spécifique à un seul taxon, il s'agit plus précisément d'une autapomorphie. C'est notamment le cas si ce taxon
constitue un groupe terminal (ce qui ne signifie pas nécessairement un cul-de-sac évolutif).
S'il est commun à plus d'un taxon, il constitue une synapomorphie, qui détermine un groupe holophylétique (ou
monophylétique au sens restreint), donc un clade en phylogénétique. C'est le cas des quatre membres marcheurs des
tétrapodes, qui en font un clade, même si ce caractère a pu régresser totalement (cas des serpents ou des orvets, qu'on
classe dans les Tétrapodes. Des caractéristiques osseuses vestigiales de ces membres y subsistent).

Un groupe monophylétique, ou groupe holophylétique, est un ensemble taxinomique phylétique composé des taxons se
partageant des caractères dérivés, c'est-à-dire qu'ils sont tous des descendants de l'ancêtre commun le plus récent.
C'est la monophylie.

En utilisation cladistique commune, un groupe monophylétique est un taxon (groupe d'organismes) qui forme un clade,
ce qui signifie qu'il se compose d'une espèce et tous ses descendants. Le terme est synonyme du terme rare
d'holophilie. Les groupes monophylétiques sont généralement caractérisés par des caractéristiques communes dérivés
par synapomorphie. Les groupes apparentés forment un monophylétisme.

la systématique est la science pure de la classification des taxons, via un système permettant de les dénombrer et
surtout de les classer en les organisant dans un certain ordre, sur la base de principes logiques.

Un taxona /taksɔ̃/ (dérivant du terme taxonomie par troncation, et non directement du grec τάξις / taxis, « placement »,
« mise en ordre ») est une entité conceptuelle qui est censée regrouper tous les organismes vivants possédant en
commun certains caractères taxinomiques ou diagnostiques bien définis.

L'espèce constitue le taxon de base de la classification systématique. Plus le rang du taxon est élevé et plus le degré de
ressemblance des individus concernés est faible, c'est-à-dire plus le nombre de caractères que des plantes, animaux,
champignons, bactéries ou chromistes ont en commun entre eux est faible, et inversement.

La taxonomie ou taxinomie est une branche de la biologie, qui a pour objet de décrire les organismes vivants et de les
regrouper en entités appelées taxons afin de les identifier, les nommer et les classer via des clés de détermination.

Elle complète la systématique qui est la science qui organise le classement des taxons et leurs relations (ces deux
sciences sont tellement liées que la différence entre taxinomie et systématique ne se fait pas toujours).

La phylogenèse ou phylogénie (du grec ancien φῦλον, phylon, signifiant « race, tribu, espèce »)1 est l'étude des relations
de parenté entre êtres vivants :

entre individus (niveau généalogique ; seule une généalogie individuelle peut répondre à la question « qui est l'ancêtre
de qui ? » , tandis qu'une phylogénie de groupe peut répondre à la question « qui est le plus proche parent de qui ? ») ;
entre populations (à l'intérieur d'une même espèce qui, pour simplifier, peut se résumer à une population dont les
membres sont interféconds : niveau intraspécifique) ;
entre espèces (niveau interspécifique).
La phylogenèse permet de reconstituer l'évolution des organismes vivants.

Phylogénie à trois domaines, prenant en compte les résultats de la cladistique et de la génétique, par Guillaume
Lecointre & Hervé Le Guyader (2006) et d'après Purificación López-García & David Moreira (2008)2.
En phylogenèse, on représente couramment les parentés par un arbre phylogénétique. Le nombre de nœuds entre les
branches, qui représente autant d'ancêtres communs, indique le degré de parenté entre les individus, les groupes ou les
taxons. Plus il y a de nœuds et donc d'ancêtres intermédiaires entre deux êtres vivants, plus leur ancêtre commun est
ancien et plus leur parenté actuelle est éloignée.

En phylogenèse interspécifique, un arbre (dendrogramme) est élaboré:

soit par phénétique (phénogramme), la longueur des branches représentant la distance génétique entre taxons ;
soit par cladistique (cladogramme), où l'on place sur les branches les événements évolutifs (états dérivés de caractères
homologues) ayant eu lieu dans chaque lignée

Les 3 domaines des vivants les cellules constituant le monde vivant proprement dit et sont séparées en 3 domaines :
les eucaryotes (Eukarya), les archées (Archea) et les bactéries (Bacteria ou Eubacteria). Ces différentes cellules
possèdent des caractéristiques structurales et métaboliques permettant de les différencier.

Les eucaryotes
Les eucaryotes possèdent, contrairement aux procaryotes, un noyau délimité par une membrane, et ont un système de
traduction cytoplasmique.

Exemple
Les protistes, végétaux, champignons et animaux sont constitués par ce type de cellules.

Les archées
Les archées sont des cellules procaryotes souvent retrouvées dans les milieux extrêmes.

Remarque
On ne connaît pas d'archée pathogène pour l'homme ou les animaux.

Les bactéries
Les bactéries sont des cellules procaryotes différenciables des archées en particulier par leurs composants.

Remarque
La très grande majorité des espèces bactériennes sont non pathogènes..

Les 4 règnes des Eukarya Les eucaryotes (Eukariota ou Eukaria) forment un empire, en classification classique,
regroupant les 4 règnes d'organismes vivants, unicellulaires ou multicellulaires, qui possèdent des cellules pourvues de
noyau.

En classification phénétique, basée sur la morphologie, certains règnes disparaissent (les champignons deviennent un
sous-règne de la flore, les protistes sont éclatés entre procaryotes et eucaryotes d'affinités végétales ou d'affinités
animales) : les eucaryotes deviennent alors un « domaine » limité à 2 règnes végétal et animal.
Les algues (Algae) formaient un « règne potentiel » supplémentaire, mais il aurait compris des espèces considérées
comme végétales (algues vertes), et les autres (lignée brune, algues rouges) peuvent être soit protistes (procaryotes et
eucaryotes unicellulaires) ou végétales (eucaryotes multicellulaires) suivant les auteurs. En taxonomie moderne, les
algues eucaryotes ont été intégrées parmi les plantes (dont le domaine a été étendu au-delà des seules plantes
terrestres, le caractère multicellulaire est désormais non pertinent pour les eucaryotes en classification phénétique)
mais cela ne figure pas ici dans la classification classique, qui considère comme algues uniquement les espèces
aquatiques multicellulaires, et les inclut alors parmi les végétaux, les autres espèces aquatiques unicellulaires étant
parmi les protistes.

Synonymes ici :

Protista : les protistes classiques (peuvent être procaryotes ou eucaryotes en

classification phénétique).
Plantae : la flore végétale (plantes et algues multicellulaires).
Mycota ou Fungi : les champignons.
Animalia : la faune (animale).

Les 8 niveaux de la classification hiérarchique du vivant

1 Domaine: Eucaryotes / Eukarya
2 Règne: Animaux / Animalia
3 Embranchement: Arthropodes / Arthropoda/ Arthropoda
4 Classe: Insectes/ Hexapodes / Insecta/ Insecta
5 Ordre: Diptères /Diptera/ Diptera/
6 Famille: Tabanidés /Tabanidae/ Tabanidae
7 Genre: Scaptia
8 Espèce: beyonceae

Un arbre phylogénétique est un arbre schématique qui montre les relations de parentés entre des groupes d'êtres
vivants. Chacun des nœuds de l'arbre représente l'ancêtre commun de ses descendants ; le nom qu'il porte est celui du
clade formé des groupes frères qui lui appartiennent, non celui de l'ancêtre qui reste impossible à déterminer. L'arbre
peut être enraciné ou pas, selon qu'on est parvenu à identifier l'ancêtre commun à toutes les feuilles. Charles Darwin fut
un des premiers scientifiques à proposer une histoire des espèces représentée sous la forme d'un arbre.

Les arbres phylogénétiques actuels prennent la forme de cladogrammes, schémas minimisant les transformations
(principe de parcimonie) de telle façon que les synapomorphies soient significatives de liens phylogénétiques entre
organismes, liens conçus sous la forme d'hypothèses testables.

Les arbres phylogénétiques ne considèrent pas les transferts horizontaux, et un nouveau modèle se développe en
phylogénie, celui de graphe ou réseau phylogénétique qui permet de les prendre en compte, ainsi que les
recombinaisons
Système binominal

Nomenclature binominale désigne un mode de désignation scientifique des espèces animales et végétales imaginé par
Linné au XVIIe siècle qui consistait à faire suivre le nom de genre par le qualificatif du nom de l'espèce. Le système
binômial offre deux avantages importants, il :
- indique l'apparentement de l'organisme en citant le genre auquel il appartient. En lisant les noms de Catantops stylifer
et de Catantops melanostictus on sait que ces deux insectes sont étroitement apparentés.
- permet de combiner les mêmes noms spécifiques avec des noms génériques.

classification taxonomique de trois animaux

Baleine bleue(Balaenoptera Mante religieuse Lisbonne

musculus) Classification Fiche taxonomique de
Classification Règne Animalia l'écureuil roux
Règne Animalia Embranchement Règne : Animal
Embranchement Arthropode Embranchement : Chordés
Chordata Sous-embr. Hexapoda Classe : Mammifères
Classe Mammalia Classe Insecte Ordre : Rongeurs
Ordre Cetacea Sous-classe Pterygota Famille : Sciuridés
Sous-ordre Mysticeti Infra-classe Neoptera Genre : Sciurus
Famille Balaenopteridae Super-ordre Polyneoptera Espèce : Sciurus vulgaris
Genre Balaenopte Ordre Mantodea
Famille Mantidae
Velodona togata Genre Mantis Plante onifère
Classification Araucaria heterophylla
Règne Animalia Classification
Graneledone boreopacifica
Embranchement Mollusca Règne Plantae
Classe Cephalopoda Sous-règne Tracheobionta
Règne Animalia
Sous-classe Coleoidea DivisionPinophyta
Sous-règne Bilateria
Super-ordre Octobrachia Classe Pinopsida
Infra-règne Protostomia
Ordre Octopoda Ordre Pinales
Super-embr. Lophozoa
Sous-ordre Incirrina Famille Araucariaceae
Embranchement Mollusca
Famille Octopodidae Genre Araucaria
Classe Cephalopoda
Genre velodona
Sous-classe Coleoidea
Super-ordre Octobrachia
Ordre Octopoda
Plante angiosperme Sous-ordre Incirrina
Magnolia parasol Famille Octopodidae
Classification Sous-famille Graneledoninae
Règne Plantae Genre Graneledone
Sous-règne Tracheobionta
DivisionMagnoliophyta
Classe Magnoliopsida
Sous-classe Magnoliidae
Ordre Magnoliales
Famille Magnoliaceae
Genre Magnolia
La chimiotaxie, l'un des types de taxies, est le phénomène par lequel des cellules corporelles, des spermatozoïdes, le
tube pollinique d'un grain de pollen, ou des bactéries, ou d'autres organismes uni-, ou pluricellulaires, se dirigent ou
dirigent leurs mouvements en fonction de certaines espèces chimiques présentes dans l’environnement.

Il peut s'agir d'attirance et d'évitement. Trouver de la nourriture (par exemple du glucose) en se dirigeant vers sa
concentration la plus élevée est très important pour les bactéries, aussi bien qu’éviter les agents nuisibles (tels que le
phénol).

Chez les êtres vivants pluricellulaires, la chimiotaxie joue un rôle insigne dans le développement et dans le
fonctionnement physiologique de l’organisme. Les mécanismes permettant la chimiotaxie chez les animaux peuvent
être supprimés lors de la formation des métastases cancéreuses.

La conjugaison est un phénomène observé chez les bactéries qui aboutit à l'échange d'informations génétiques. Elle
consiste en une transmission d'ADN plasmidique ou d'ADN chromosomique d'une bactérie donneuse, (porteuse de
plasmide) à une bactérie receveuse1 et, potentiellement, en son intégration dans le génome de celle-ci.

Les endotoxines {du grec : ἐνδόν (éndon), "à l'intérieur" et τοξικόν (toxicon), "poison"} sont des toxines situées dans la
membrane externe de certaines bactéries Gram négatif, de nature lipopolysaccharidique (LPS) et thermostables. Elles ne
sont libérées que lors de la lyse de ces bactéries, et peuvent occasionner une réponse inflammatoire générale
démesurée, ou syndrome de réponse inflammatoire systémique, pouvant entraîner la mort. Si l'endotoxine parvient à
atteindre la circulation sanguine, elle peut entraîner un choc septique.

La stérilité et l'apyrogénicité sont des propriétés indispensables des médicaments injectables. La stérilité désigne
l'absence de micro-organismes (bactéries, champignons, virus, prions) vivants et l'apyrogénicité l'absence d'endotoxine
dans le produit. Ce sont des conditions à remplir lors de contrôle qualité d'un lot de médicaments

Une exotoxine est une toxine produite par une bactérie lorsqu'elle est encore vivante, contrairement à une endotoxine
qui, elle, est produite lors de la croissance ou lors de la lyse cellulaire. L'exotoxine est de nature protéique, et n'est
généralement produite que par les bactéries à Gram positif. L'exotoxine est pathogène et très immunogène pour des
doses plus faibles (de l'ordre du µg/L) qu'une endotoxine (de l'ordre du mg/L).

Caractéristiques des exotoxines :

leurs gènes sont souvent portés par des plasmides ;

ils interagissent avec un récepteur de la membrane de la cellule eucaryote ;
ils peuvent induire une lyse cellulaire, une perturbation des fonctions cellulaires et ce même à distance du foyer
infectieux.
Exemples d'exotoxine : l'hémolysine, superantigènes, neurotoxine.

L'exotoxine, traitée par chauffage (40 °C) et par action du formol, perd ses propriétés toxiques, mais conserve ses
propriétés antigéniques, on l'appelle alors « anatoxine ». Cette anatoxine est utilisée pour la création de vaccins (vaccins
anti-tétanique ou anti-diphtérique par exemple). Elle est neutralisable par des anticorps ce qui fait tout l'intérêt de la
vaccination par anatoxines.
Un micro-organisme ou microorganisme ( « organisme ») ou microbe est un organisme vivant, invisible à l'œil nu, qui ne
peut être observé qu'à l'aide d'un microscope.

Les micro-organismes sont représentés par diverses formes de vie parmi lesquelles les bactéries, certains champignons
microscopiques, les archéobactéries, les protistes ; des algues vertes microscopiques, des animaux du plancton, les
planaires, les amibes... Certains microbiologistes y ajoutent les virus alors que d'autres ne les considèrent pas comme
des êtres vivants à part entière

Un microbe est un organisme microscopique. On ne peut le voir à l'oeil nu, mais on peut observer les effets de son
activité, par exemple quand la pâte gonfle lors de la fabrication du pain ou quand on a de la fièvre suite à une infection.
Il existe différentes familles de microbes, chacune composée de milliers d'espèces : les bactéries, les virus, les
protozoaires et les champignons.

Les procaryotes sont identifiés aux bactéries : la plupart vivent comme des organismes monocellulaires mais certaines
bactéries s’associent en chaînette. Les procaryotes ont leur ADN dans le cytoplasme de la cellule.

Les eucaryotes (ou « noyau-vrai ») possèdent un noyau, compartiment séparé du reste du contenu cellulaire, qui
contient l’ADN.

Attention les virus, ou acaryotes, sont des éléments (et non des cellules) qui ne possèdent ni de noyaux ni de cytoplasme
et ne peuvent se reproduire qu’en parasitant une cellule hôte en détournant la machinerie cellulaire.

Les différents domaines des êtres vivants

Production Chantal PROULX

I) Les cellules procaryotes

Les cellules procaryotes sont divisées en deux types cellulaires :

Les archéobactéries qui prennent en compte les cellules méthanogènes, les cellules halophiles et les cellules
thermoacidophiles. Les archéobactéries sont les premières à coloniser les roches nues car elles survivent avec le
minimum de ressources.
Les eubactéries (ou « vraie-bactérie ») sont les plus proches des bactéries actuelles. Elles prennent en compte les
bactéries contemporaines, les mycoplasmes et les cyanobactéries.

La scissiparité (du latin scindo (« scinder, diviser »)), ou fissiparité (du latin fissus (« fendu »)), est la séparation d'un
individu pour donner deux clones. Ces termes désignent en fait deux mécanismes de reproduction distincts selon qu'il
s'agit d'organismes :

unicellulaires (procaryotes ou protistes) ;

ou pluricellulaires (métazoaires).

Taxie Mouvement provoqué par un stimulus et programmé génétiquement pour les organismes vivants mobiles.

la transduction est un processus qui consiste en un transfert de matériel génétique (ADN bactérien), d'une bactérie
donneuse à une bactérie receveuse, par l'intermédiaire d'un vecteur viral (un bactériophage).
Un marqueur génétique est transduit quand il a été encapsidé puis intégré dans le génome par recombinaison.

Il existe deux types de transduction : généralisée et spécialisée (ou « localisée », ou encore « restreinte »).

La transduction (ainsi que le bactériophage lambda) fut mis en évidence par Esther Lederberg et par Zinder lors
d'expériences sur deux souches de salmonelles auxotrophes.

transformation est une métamorphose, le processus biologique de la modification de la forme physique après la
naissance ou l'éclosion.

En génétique, une transformation est un processus qui assure le transfert de gènes d'une bactérie à une autre, sous la
forme d'ADN nu en solution. Cette transformation génétique est une altération génétique d'une cellule par absorption
d'ADN. La transformation est l'un des trois processus de transfert de gènes horizontaux, où le matériel génétique
exogène passe de la bactérie à l'autre, les deux autres étant la conjugaison (transfert du matériel génétique entre deux
cellules bactériennes en contact direct) et la transduction (injection d'un bactériophage étranger). virus dans la bactérie
hôte). En transformation, le matériel génétique traverse le milieu intermédiaire, et l'absorption dépend complètement
de la bactérie receveuse.

Les archées, ou Archaea (du grec ancien ἀρχαῖος, « originel, primitif »), anciennement appelées archéobactéries, sont
des microorganismes unicellulaires procaryotes, c'est-à-dire des êtres vivants constitués d'une cellule unique qui ne
comprend ni noyau ni organites, à l'instar des bactéries. D'apparence souvent semblable à ces dernières, les archées ont
longtemps été considérées comme des bactéries extrêmophiles particulières, jusqu'à ce que les recherches
phylogénétiques sur les procaryotes, commencées en 19652, aboutissent, avec les travaux de Carl Woese et George E.
Fox3, à la publication en 1977 d'un arbre phylogénétique fondé sur les séquences des gènes d'ARN ribosomique des
organismes étudiés, arbre dans lequel les procaryotes étaient scindés en deux domaines distincts, celui des bactéries et
celui des archées4. Cette vision s'est depuis largement imposée aux microbiologistes5 mais demeure contestée par
certains scientifiques, tel Thomas Cavalier-Smith pour qui les archées, qu'il appelle Archaebacteria, ne sont qu'un
embranchement (phylum) des Unibacteria dans le règne des bactéries6.

Du point de vue de leur génétique, leur biochimie et leur biologie moléculaire, les archées sont des organismes aussi
différents des bactéries que des eucaryotes. Les enzymes réalisant la réplication de l'ADN, la transcription de l'ADN en
ARN ainsi que la traduction de l'ARN messager en protéines chez les archées sont apparentées à celles des eucaryotes et
non à celles des bactéries, de même que la présence d'histones dans le matériel génétique des archées rapproche ces
dernières des eucaryotes et les distingue des bactéries. Par ailleurs, les gènes des archées possèdent des introns et leur
ARN messager subit des modifications post-transcriptionnelles, ce qui est le cas également chez les eucaryotes mais pas
chez les bactéries. Par ailleurs, certaines archées possèdent des voies métaboliques qui n'existent ni chez les bactéries ni
chez les eucaryotes, comme la méthanogenèse chez les archées méthanogènes, tandis que les archées dans leur
ensemble sont dépourvues d'acide gras synthase, contrairement à la fois aux bactéries et aux eucaryotes : elles font un
usage très limité des acides gras, et leur membrane plasmique est constituée essentiellement d'étherlipides, à la
différence des bactéries et des eucaryotes. Un autre trait propre aux archées est la présence chez certaines d'entre elles
d'une paroi cellulaire constituée de pseudopeptidoglycane, ou pseudomuréine.

Différence entre archeabactéries et bactéries

-la difference reside dans:
*l'absence dans leur paroi du peptidoglycane, et de ses composants specifiques: acide muramique et les D-isomères
d'acides aminés
*résistance au lysozyme et aux antibiotiques actifs sur la paroi des bactéries
*présence de lipides membranaires spécifiques et différents de ceux des autres organismes vivants,y compris bateriens.
Ils sont caracterisés par la presence de diesters alors que chez les autres organismes vivants les lipides membranaires
sont composés d'esters de glycérol (triglycérides)
*spécificité des ARNr 16S ribosomaux qui ne sont apparentés ni aux ARNr 16S des bacteries ni aux ARNr 18S des
organismes eucaryotes
*existence chez les archea de proteines de type histone qui stabilisent leur ADN cellulaire et implication dans la
replication de leur ADN de proteine enzymatique analogue à celles des eucaryotes et non des enzymes bactecerne les
principaux riennes correspendantes, bien que le mecanisme de replication de l'ADN soit le méme pour tous
-en ce qui concerne les principaux groupes des archea sont
les methanogenes, les halophiles extremes et les thermophies extremes ( sa c'est en fonction de leurs proprietés
physiologiques et ecologiques)
Autotrophe
Tout organisme a besoin pour vivre d'une source de carbone et d'une source d'énergie : un organisme "autotrophe" est
capable de synthétiser sa propre matière organique à partir d'éléments inorganiques prélevés dans le milieu.
Le gaz carbonique comme source de carbone et l'ammoniaque comme source d'azote sont les cas les plus fréquents,
mais on connaît aussi des couples comme [méthane – H2S] dans des
environnements profonds.
L'énergie nécessaire à cette synthèse peut provenir soit de la lumière (photosynthèse), dans le cas notamment des
végétaux (photo-autotrophes), soit de la chimiosynthèse, par
exemple pour les bactéries sulfureuses (chimio-autotrophes).
A contrario, les organismes *hétérotrophes* élaborent leur propre matière organique à partir de constituants
organiques d'origine animale ou végétale.

Les êtres vivants sont composés :

de substances organiques (Glucides, Lipides, Protéines, Acides Nucléiques, etc...)

d'eau et de sels minéraux
Or, les composés organiques sont continuellement renouvelés (synthèse/dégradation). Les êtres vivants sont donc des "
systèmes ouverts " qui échangent de la matière et de l’énergie avec leur environnement. Ils ont besoin d’eau et de sels
minéraux, de carbone, d’azote et d’une source d’énergie.

Selon la nature des besoins et la source d’énergie utilisée, on distingue :

les organismes autotrophes qui sont capables d’utiliser des éléments inorganiques pour synthétiser leurs propres
constituants organiques,

Pour être autotrophe, un organisme a besoin d’organes spécialisés. Les feuilles, par exemple, concentrent les différents
organites capables de produire de la matière organique.

Un organisme autotrophe est un organisme capable de générer sa propre matière organique à partir d'éléments
minéraux. Il utilise pour cela l'énergie lumineuse soit par photosynthèse, soit par chimiosynthèse chez quelques espèces.
Les autotrophes
Algues rouges ou Rhodophycées.
Algue brunes ou Phéophycées.
Algue vertes ou Chlorophycées.
Mousses et Hépatiques ou Bryophytes.
Fougères et alliées ou Ptéridophytes.
Cônifères et alliés ou Gymnospermes.
Angiospermes Monocotylédones. Ici une fleur de lys.
Angiospermes Dicotylédones. Ici une plante herbacée, la primevère.
Angiospermes Dicotylédones. Ici un arbre, le chêne.

Le processus d'autotrophie
L'autotrophie se limite aux végétaux chlorophylliens, aux cyanobactéries et à quelques bactéries. Le plus souvent,
l'énergie lumineuse sert à la synthèse de glucides à partir de dioxyde de carbone et d'eau. Les cellules végétales
disposent d'organites particuliers, les chloroplastes. Ceux-ci contiennent la chlorophylle et sont ainsi nécessaires aux
processus d'autotrophie.
Certaines bactéries recourent quant à elles au sulfure d'hydrogène ou au dihydrogène en lieu et place de l'eau tandis
que de rares espèces extrêmophiles vivant dans des sources hydrothermales tirent leur énergie de réactions chimiques
de leur environnement.

Les organismes autotrophes sont considérés comme les producteurs primaires d'un réseau trophique.

les organismes hétérotrophes qui sont incapables d’effectuer eux mêmes les synthèses de leurs constituants à partir
d’éléments minéraux.
A ceci, se superpose la distinction suivante :
Les hétérotrophes

Animaux : ils absorbent de la nourriture qu'ils digèrent. Ils assimilent ensuite dans leur tube digestif les petites molécules
organiques ainsi formées. A gauche, un herbivore (lapin), à droite un carnivore (tigre). Champignons : Ils
absorbent directement par la surface de leur mycelium des petites molécules organiques. Ici des carpophores de cèpe
de Bordeaux.

Le pilus OU FIMBRIAE (pili au pluriel) est un terme générique désignant deux types d'appendices de surface des
bactéries : les fimbriae et les pili sexuels, également appelés pili de conjugaison. Ce sont des structures protéiques
constituées de sous-unités peptidiques appelées pilines.

Attention, les pili sont différents des flagelles, qui sont des structures impliquées dans la mobilité des bactéries.

Les fimbriae
Les fimbriae sont impliqués dans l'adhésion des bactéries sur des surfaces. Ils permettent par exemple l'attachement des
bactéries sur les cellules eucaryotes, et sont en partie responsables du pouvoir pathogène bactérien.

Pili sexuels ou pili de conjugaison

Les gènes responsables de la synthèse des pili de conjugaison sont localisés sur un morceau d'ADN circulaire appelé
plasmide de conjugaison. Grace à cet appendice, les bactéries peuvent s'échanger leur plasmide, qui peut porter des
résistances aux antibiotiques ou des gènes de virulence.

Hétérocyste [du grec heteros, différent, et cystis, sac] est une cellule fixatrice d'azote, transparente, à paroi épaisse, qui
se forme dans les filaments de certaines cyanobactéries. La paroi est épaisse pour limiter la diffusion de l'oxygène1, car
la nitrogénase (complexe fixant l'azote) y est sensible. Cette enzyme possède en effet un atome de molybdène que
l'oxygène peut irréversiblement oxyder2.

Le rôle est devenir autotrophe pour l'azote (= fixer l'azote atmosphérique et ne pas avoir besoin des nitrates présentes
qu'en conditions oxydantes)
Une endospore consiste en une structure bactérienne dormante très résistante, une structure protectrice formée par
des bactéries, qui se forme à l'intérieur de certains organismes végétaux dans des conditions défavorables. Les
endospores sont des cellules spécialisées, non reproductrices, produites par certaines bactéries. L’endospore (Bacillus,
Clostridium) ou spore est une structure qui se forme au sein du cytoplasme de certaines espèces de bactéries lorsque les
conditions environnementales sont défavorables (stress nutritif, dessiccation, chaleur…). L’endospore permet à la
bactérie de survivre à ces conditions défavorables dans un état de vie ralentie (état de dormance). L’endospore
représente donc une forme de résistance mais aussi une forme de dissémination.
Les bactéries des genres Clostridium, Bacillus, Sporosarcina sont des exemples de bactéries pouvant sporuler. Dans
certaines classifications taxonomiques les bactéries pouvant sporuler sont regroupées dans un seul sous-
embranchement : les endobactéries (ou Endobacteria).

Les endospores sont très résistantes : elles résistent à la dessiccation, à la chaleur (thermorésistance), aux radiations,
aux antibiotiques, aux antiseptiques… De plus leur longévité peut être importante (elles pourraient atteindre plusieurs
milliers d’années pour certaines espèces de Bacillus).

Cette préparation de Bacillus subtilis montre des endospores en vert-cyan. Certaines bactéries produisent des exospores
ou des kystes plutôt que des endospores.

L'endospore aussi une spore qui apparaît à l'intérieur (spore endogène) d'un sporocyste par sporogenèse, ou encore la
partie interne de la paroi d'une spore végétale.

Fonction:
La fonction principale des endospores est d'assurer la survie en période de stress environnemental. Elles sont
extraordinairement résistantes aux rayonnements (ultraviolets, X et gamma), à la dessiccation, au lysozyme, à la chaleur,
aux désinfectants chimiques et au broyage mécanique. Les endospores, des extrêmophiles, sont généralement trouvées
dans le sol et l'eau où elles survivent pendant de longues périodes.

Un organisme chimiohétérotrophe, ou chimioorganotrophe, doit ingérer des molécules organiques comme source de
carbone et d'énergie. Par exemple, les bactéries et les archées retirent leurs nutriments des liquides biologiques
d'organismes vivants, leur hôte.

Les bactéries chimiotrophe

Il existe dans le monde bactérien, des microorganismes qui ne tirent pas leur énergie par de la lumière, ni de réaction
chimique, mais ils détournent l’énergie de cellules hôtes. Ce sont des bactéries parasites obligatoires, donc des
microorganismes paratrophes.

Exemple : Chlamydies, détourne l’énergie animale, Rickettsie détourne l’énergie des hématies

Les chimiohétérotrophes utilisent des molécules chimiques organiques à la fois comme source d'énergie (chimio-) et
comme source de carbone (hétérotrophe).

La chimiohétérotrophie se dit donc du type trophique d'un organisme qui obtient de l'énergie par l'oxydation de
molécules organiques et qui utilise des molécules organiques comme source de carbone. Ce mode de nutrition existe
dans tous les règnes et c'est le seul mode existant chez les animaux et les champignons.

deux genres de bactéries chimiohétérotrophes qui fixent l’azote atmosphérique via une
symbiose avec des plantes Dans le sol, les bactéries de la rhizosphère (couche de sol fixée aux racines des plantes)
fixent l’azote et produisent des composés azotés utilisés par les plantes (exemple de la bactérie Azotobacter ou Frankia).
En échange, la plante excrète au niveau des racines des sucres, des acides aminés et des vitamines qui stimulent la
croissance des bactéries. D’autres bactéries comme Rhizobium sont associées aux plantes légumineuses au niveau de
nodosités sur les racines.

un groupe de bactéries photosynthétiques qui fixent aussi l’azote atmosphérique via un

hétérocyste Les cyanobactéries qui vivent en colonies cohérentes (en trichomes formant des films, amas ou filaments)
fixent l'azote de l'air via des cellules spécialisées dites hétérocystes qui fonctionnent indépendamment des autres
cellules, en anaérobiose. Certaines font preuve d'une très bonne résistance au froid, au chaud et aux rayonnements
ionisants ou ultraviolets ce qui leur permet notamment de vivre en zone polaire23. Quand les nitrates ou l'ammoniac
manquent, une partie des cellules de ces cyanobactéries (10 % environ) épaississent leurs parois, excrètent leur
pigments et synthétisent une enzyme (nitrogénase) qui fixe l'azote (stocké sous forme de glutamine qui peut être
utilisée par d'autres cellules vivant elles en aérobie).

La chimiotrophie est un des types trophiques caractérisant le mode de nutrition des organismes vivants.

On parle de chimiotrophie pour les organismes qui trouvent l'énergie nécessaire au développement de leurs cellules
sans utiliser celle de la lumière du Soleil (ou d'une source artificielle). Il désigne de manière ambiguë les métabolismes à
source d'énergie chimique inorganique. L’ambiguïté vient de ce que le préfixe chimio- désigne la nature chimique de la
source d'énergie, le plus souvent organique, comme chez les Animaux. Ce métabolisme chimio(inorga) est connu depuis
le xixe siècle chez certaines bactéries. Il a été découvert à la fin des années 1970 dans des biocénoses abyssales sur des
fumeurs noirs et a mis fin au paradigme consistant à placer la photosynthèse au début de toute chaîne alimentaire.

Certaines théories de l'évolution et de l'origine de la vie posent l'hypothèse que la vie ait pu apparaitre avec des espèces
chimiotrophes, dans les grands fonds marins, dans les anfractuosités de la roche ou sur des argiles.

Les organismes chimiotrophes

Tous les organismes connus capables de synthétiser des molécules organiques grâce à la chimiosynthèse, sont
phylogénétiquement particuliers, mais appartiennent à des groupes taxonomiques comprenant des espèces non-
extrémophiles.

Ce sont des groupes qui jouent un rôle biogéochimique important. Ils comprennent :

des protéobactéries oxydant le soufre (dites gamma et epsilon) ;

des Aquificaeles ;
des archaea méthanogènes ;
des bactéries neutrophiles oxydant le fer.
Certaines réactions, au lieu de libérer de l'oxygène comme lors de la photosynthèse, libèrent du soufre, qui peut former
des cristaux ou globules solides quand ils sont excrétés. Chez les bactéries qui produisent ainsi du soufre, des globules
jaunes de soufre sont présents et visibles dans leur cytoplasme. Elles jouent un rôle important dans le cycle du soufre.
La maladie de Lyme est causée par une bactérie appelée Borrelia burgdorferi. Cette bactérie est transportée par
certaines tiques qui la transmettent ensuite à un hôte par morsure. Cette bactérie est généralement présente chez la
souris, l'écureuil, le tamia, la musaraigne et d'autres petits mammifères.

Chez les humains, la maladie de Lyme peut se manifester par une série d'effets prenant la forme d'éruptions cutanées et
de symptômes pseudogrippaux dans les cas bénins et, dans les cas graves, de symptômes très marqués affectant les
articulations, le cœur et le système nerveux. La plupart du temps, la maladie peut être traitée efficacement, surtout si
elle est diagnostiquée à un stade précoce.

La salmonellose est une infection bactérienne due aux entérobactéries de type Salmonella Les Entérobactéries (famille
des Enterobacteriaceae) sont des bacilles Gram négatif retrouvés partout dans le sol, dans l’eau, et surtout dans
l’intestin(Entéro-) de l’homme et des animaux. , responsables de fièvres typhique ou para-typhique (maladies à
déclaration obligatoire), de gastro-entérites, de toxi-infections alimentaires.

bactérie mangeuse de chair La fasciite nécrosante est une infection rare de la peau et des tissus sous-cutanés profonds,
se propageant le long des fascia et du tissu adipeux, surtout causée par le streptocoque du groupe A (Streptococcus
pyogenes1) mais également par d'autres bactéries telles que Vibrio vulnificus, Clostridium perfringens ou Bacteroides
fragilis (en).

Ces bactéries sont également appelées « bactéries mangeuses de chair »,

Les étapes de la scissiparité chez une cellule procaryote Chez les procaryotes, la division cellulaire se fait par
Scissiparité. Ces cellules ont généralement un seul chromosome qui se réplique avant que les deux chromosomes
s'écartent et que le reste de la cellule se divise à son tour.
On parle de scissiparité bien qu'il s'agisse d'une simple division en deux de l'individu produisant un organisme fils
identique à l'organisme mère, donc deux clones génétiquement et morphologiquement identiques.

Quelles sont les différences entre les bactéries Gram-positives et Gram-négatives ?

La différence se retrouve au niveau de leur paroi et membrane. Cette différence détermine si la bactérie est considérée
Gram- ou Gram+ suite à la coloration de Gram : après cette coloration, les bactéries qui apparaissent rose sont Gram- et
les bactéries violettes Gram+.

Cette différence vient de la présence du maillage du peptidoglycane qui sera différent entre les deux types de bactéries.
Au début de la coloration de Gram, vous allez plonger vos bactéries fixées dans du violet de Gentiane.
aérobie strict Un organisme aérobie strict a besoin d'oxygène moléculaire (O2) pour vivre et se développer ; les
processus de la respiration cellulaire aérobie requièrent la présence d'oxygène comme accepteur d'Hydrogène.
anaérobie strict :
Est anaérobie strict un organisme qui ne consomme pas d'oxygène moléculaire O2 et qui meurt en présence de cet
élément, qui est toxique pour lui. ...
anaérobie facultatif :
Est anaérobie facultatif un organisme capable de se développer en présence milieu aérobie ou en l'absence
d'oxygène moléculaire O2, milieu ...

Quels sont les facteurs qui permettent d’expliquer la grande diversité génétique chez les
Procaryotes La recombinaison génétique est un échange d'information génétique entre deux génomes différents ou
bien entre deux chromosomes. Il s'agit en général d'un échange entre fragments d'ADN. Mais chez certains virus comme
celui de la grippe, il s'agit d'échange d'ARN. Cela permet de créer de nouvelles combinaisons génétiques donc des
génomes nouveaux. La recombinaison est un phénomène naturel et universel dans le monde vivant, et c'est un des
facteurs essentiels permettant de maintenir la diversité génétique dans une population. La formation de nouvelles
combinaisons génétiques assure le brassage génétique et le maintien de la diversité génétique dans une population, ce
qui augmente la possibilité pour une espèce de s'adapter à une modification de l'environnement. La recombinaison est
donc l'un des processus essentiels de l'évolution des espèces.

Chez les eucaryotes, elle se produit lors de la reproduction sexuée, grâce à la méiose, quand se forment les gamètes, et
grâce à la fécondation.
Chez les procaryotes (bactéries), elle se produit grâce à la conjugaison bactérienne, la transformation bactérienne, ou la
transduction bactérienne.
Chez les virus, la recombinaison peut avoir lieu au sein des cellules infectées par deux virus différents. L'apparition du
nouveau virus H5N1 est par exemple, le résultat de recombinaisons génétiques.
Du fait du coût lié à la synthèse des enzymes nécessaires au processus, la maintenance de la recombinaison est
nécessairement associée à un avantage évolutif. L'hypothèse la plus probable, du moins chez les eucaryotes, est liée à
l'amélioration du brassage génétique au cours de la reproduction sexuée. En l'absence de recombinaison, les
chromosomes seraient redistribués aléatoirement au cours de la méiose, mais les gènes liés sur le même chromosome
resteraient toujours associés. La recombinaison, en permettant le réassortiment des haplotypes, permet de diminuer le
déséquilibre de liaison et de créer de nouvelles combinaisons, augmentant ainsi la diversité génétique au sein de la
population. L'évolution de la fonction de recombinaison se heurte néanmoins aux mêmes obstacles théoriques que
l'évolution de la reproduction sexuée, et n'est susceptible de se produire que dans des conditions démographiques
(taille de population) et génétiques (importance et directionalité des interactions génétiques) spécifiques, et pas encore
clairement él

La chimiotaxie, l'un des types de taxies, est le phénomène par lequel des cellules corporelles, des spermatozoïdes, le
tube pollinique1,2 d'un grain de pollen, ou des bactéries, ou d'autres organismes uni-, ou pluricellulaires, se dirigent ou
dirigent leurs mouvements en fonction de certaines espèces chimiques présentes dans l’environnement.

Il peut s'agir d'attirance et d'évitement. Trouver de la nourriture (par exemple du glucose) en se dirigeant vers sa
concentration la plus élevée est très important pour les bactéries, aussi bien qu’éviter les agents nuisibles (tels que le
phénol).

Chez les êtres vivants pluricellulaires, la chimiotaxie joue un rôle insigne dans le développement et dans le
fonctionnement physiologique de l’organisme. Les mécanismes permettant la chimiotaxie chez les animaux peuvent
être supprimés lors de la formation des métastases cancéreuses.
Les trypanosomes (genre Trypanosoma) sont des protistes parasites de la classe des kinétoplastidés, de l'ordre des
Trypanosomatida, de la famille des Trypanosomatidae. Il existe une vingtaine d'espèces infectant divers vertébrés, parmi
lesquels l'Homme, en provoquant des maladies, les trypanosomiases. La plupart de ces espèces sont transmises par des
invertébrés hématophages comme des insectes ou des sangsues. Par exemple, Trypanosoma gambiense est transmis à
l'Homme par la mouche tsé-tsé (ou glossine) et entraîne la maladie du sommeil.

Phytophthora infestans est un chromiste qui est responsable du mildiou de la tomate (late blight). Il est redouté des
producteurs de tomate et de pomme de terre de nombreuses zones de production du monde, notamment parce qu'il
affecte tous les systèmes de production, des plus intensifs au plus extensifs, comme les jardins d'amateurs. Il en est de
même en France, où il est en recrudescence depuis plus d'une dizaine d'années, en particulier sur tomate.

Les Rhizaires aussi appelés Rhizariens1 (ou Rhizaria) sont un groupe d'organismes eucaryotes, le plus souvent
unicellulaires. Ils peuvent vivre dans des eaux oligotrophes en s'associant symbiotiquement à des algues

La toxoplasmose est une infection parasitaire dont l'agent est le protozoaire Toxoplasma gondii1. Le parasite infecte le
plus souvent des animaux à sang chaud, y compris l’être humain, mais son hôte définitif est un félidé (dont le chat fait
partie)2. Traditionnellement, l'infection a été jugée bénigne, voire asymptomatique dans l’immense majorité des cas
pour les sujets immunocompétents, ne présentant un risque sérieux que pour les femmes enceintes, les personnes
séropositives et les sujets ayant un système de défense immunitaire affaibli3. Toutefois, le fait que la toxoplasmose
abolisse l'aversion instinctive du rat envers son prédateur, le chat, pour la remplacer par une attirance fatale a incité des
neuroscientifiques réputés tels que Robert Sapolsky et Fuller Torrey à revisiter l'hypothèse d'un lien causal entre la
toxoplasmose et certaines maladies psychiatriques humaines, dont la dépression, les idéations suicidaires et la
schizophrénie. Il est établi que le parasite est capable de modifier la connectivité des centres du plaisir et de la peur, de
causer l'apparition de kystes hébergeant la forme dormante du parasite dans ces centres, chez le rat, et d'influencer,
notamment, la production de dopamine La toxoplasmose reste habituellement en dormance, mais il arrive qu'elle
s'éveille et provoque la maladie. En général, cela se produit lorsqu'une autre affection affaiblit le système immunitaire.
La toxoplasmose est considérée comme une infection opportuniste, infection qui ne devrait pas atteindre les personnes
en bonne santé, mais qui peut être extrêmement grave si les défenses immunitaires sont affaiblies (par ex. les
personnes atteintes du sida ou du cancer ou celles qui prennent des médicaments qui inhibent le système immunitaire).
Elle menace également le fœtus si la mère la contracte pendant la grossesse.

un hôte est un organisme qui héberge un parasite, un partenaire mutuel ou un partenaire commensal, nécessaire à son
cycle de vie.

Dans le cas du parasitisme, l'organisme hébergé peut provoquer des effets néfastes pour l'hôte. L'hôte doit s'adapter
pour ne pas rencontrer le parasite (par exemple en modifiant son comportement). Si la rencontre a eu lieu, l'hôte doit
s'adapter pour se débarrasser du parasite (immunité).

Un hôte définitif, parfois aussi appelé hôte primaire, est un hôte chez lequel le parasite atteint sa maturité et effectue sa
reproduction sexuée.
Un hôte intermédiaire, parfois aussi appelé hôte secondaire, est un hôte chez lequel le parasite va subir une évolution
larvaire et/ou va effectuer sa reproduction asexuée.
Un hôte paraténique est un hôte surnuméraire facultatif dans le cycle de vie d'un parasite.
Saprolegnia est un genre de micro-organismes qui ressemblent aux champignons. Ce sont des Oomycètes, et les
analyses phylogénétiques ont montré qu'ils étaient en réalité éloignés des champignons. Ces organismes sont communs
dans l'eau, sur les déchets organiques et les cadavres de petits animaux. La plupart des espèces sont des organismes
saprophytes, mais certaines espèces sont pathogènes ou parasites :

provoquant des mycoses chez l'homme

ou des maladies chez l'animal :
taches blanches sur les branchies des poissons rouges,
pourrissement des pontes d'écrevisses

frustules de Diatomées Les diatomées marines sont un groupe majeur du phytoplancton supposé être responsable de
près de 35 % de la production primaire nette dans les océans. Le rôle majeur de ces microorganismes dans le cycle du
carbone s’étend même jusqu’au transport de carbone organique (Corg) en profondeur. Malgré un effort considérable
porté sur la biologie de ces organismes, de nombreuses zones d’ombre persistent concernant par exemple la
biominéralisation de leur structure siliceuse très ornementée et spécifique appelée ‘frustule’ ou leurs fortes capacités
d’acclimatation

genres d’algues brunes

Des espèces d'algues brunes appartenant au genre Dictyota . implexa

Agarum est un genre d'algues brunes de la famille des Agaraceae.

Alaria est un genre d'algues brunes de la famille des Alariaceae.

Costaria est un genre d'algues brunes de la famille des Costariaceae

des alginates de certaines algues brunes L'acide alginique et ses dérivés (base conjuguée, sels et esters) les alginates
sont des polysaccharides obtenus à partir d'algues brunes : les laminaires ou les fucus.

L'acide alginique est tiré des algues et permet la production de fibres d'alginates de sodium et de calcium. Les alginates
alcalins forment dans l'eau des solutions colloïdales visqueuses. Si l'acide alginique est insoluble dans l'eau, l'alginate de
sodium est lui très soluble dans l'eau, et l'alginate de calcium est seulement soluble en milieu basique, notamment en
solutions de savon qui sont presque toujours assez alcalines. Ses fibres sont d'ailleurs utilisées comme soutiens
passagers, qui seront à éliminer après fabrication, par lavage ou par foulonnage. Pour transformer les articles en
alginates insolubles, on les utilise sous forme de sels de béryllium ou de chrome.

Les alginates peuvent former des gels durs et thermostables utilisés comme additifs alimentaires (E400 à E405)
permettant la reconstruction des aliments (jambon, cordons bleus, poisson pané, etc.). Les alginates donnent une
texture onctueuse à nombre d'aliments tels que les crèmes glacées.
caractéristiques communes aux algues vertes et aux Plantes

Ils ont des chloroplastes à deux membranes. L'existence des deux membranes suggère que, dans ce groupe, les
organites permettant la photosynthèse ont évolué à partir d'un événement endosymbiotique entre un ancêtre
eucaryote primitif et des cyanobactéries photosynthétiques. Les chloroplastes des cellules végétales ont de la
chlorophylle.
Les chlorophytes, les rhodophytes, les glaucophytes et les embryophytes stockent l'amidon sous forme de glucide de
réserve.
Les mitochondries des cellules ont généralement des crêtes aplaties. Les mitochondries sont les organites où se déroule
la respiration cellulaire, processus par lequel la cellule consomme de l'oxygène et de la matière organique en échange
d'énergie.
Les parois cellulaires sont constituées de polysaccharides de cellulose.
Ils effectuent la photosynthèse. Grâce à l'énergie solaire, ils fixent le CO2 et produisent de l'oxygène et des matières
organiques dont ils auront besoin pour effectuer la respiration cellulaire et obtenir de l'énergie.
Ils sont autotrophes, c'est-à-dire qu'ils fabriquent leur matière organique à partir de matières inorganiques. Concept lié
à la photosynthèse.
Les algues et les plantes peuvent vivre dans les milieux aquatiques et terrestres

Les algues ont besoin de la lumière pour se développer et se reproduire. Pour faire leur
photosynthèse, elles absorbent la lumière grâce aux pigments présents dans les chloroplastes. Elles
produisent ainsi du dioxygène, et transforme l'énergie lumineuse pour fabriquer leur matière comme
le saccharose (sucre que l'on retrouve en chaîne dans les parois des algues).

La lumière traverse les membranes du chloroplaste et arrive sur les thylakoïdes. La première phase commence. Le
thylakoïde reçoit la lumière, une énergie lumineuse qu’il va transformer en énergie chimique. Dans la membrane du
thylakoïde se trouvent des molécules photoréceptrices qu’on appelle pigments. Seuls les cellules chlorophylliennes ont
la propriété de capter la lumière due à ces pigments.
Ces pigments sont verts et absorbent principalement des longueurs d’ondes bleues et rouges -très efficaces-, ce qui
donne leurs couleurs vertes. Ces pigments sont essentiels à la micro-algue et sont dits photosynthétique.

Les algues rouges forment le taxon frère des chlorobiontes sous la division des algues rhodophytes. Les algues rouges
sont un groupe majeur d'algues comprenant environ 7000 espèces d'une grande variété de formes et de tailles. Elles
font partie du clade Archaeplastida avec les glaucophytes et les plantes vertes, appartenant au groupe des protistes,
généralement à multiples cellules.

Essentiellement marines, elles sont bien représentés dans les eaux profondes. Elles complètent les algues bleues, algues
brunes et algues vertes. Leur chloroplaste est appelé un rhodoplaste.

Le goémon blanc est une algue rouge:

Planche d'une algue rouge

Les algues rouges sont sessiles, caractérisées par l'immobilité due à la perte ou le manque progressif de flagelles à tous
les stades de leur cycle de vie. Leurs plastes ont deux membranes, la chlorophylle a et des pigments accessoires de
phycobiliprotéines et caroténoïdes, qui masquent la couleur de la chlorophylle et donnent la couleur rouge
caractéristique de ces algues.

Euglena (les euglènes) est un genre commun de Protistes flagellés, typiques des Euglénophytes, et souvent présents
dans l’eau (le plus souvent de l'eau douce, mais il existe de rares espèces marines) riche en nutriments.
Utilisant les chloroplastes (photosynthèse) pour se développer ou capable d'utiliser directement la matière organique,
on considère l'euglène comme étant un organisme mixotrophe.

Les euglènes se divisent par division longitudinale de la cellule. Il n'y a pas de reproduction sexuée connue.

Une des caractéristiques les plus intéressantes des euglènes, c’est qu’elles sont capables de se reproduire rapidement et
de se développer dans un milieu constitué uniquement d’eau et de lumière. Elles ont aussi l’avantage d’être très riches
en nutriments puisqu’elles contiennent pas moins de 59 vitamines, minéraux et autres acides aminés. Elles ont par
ailleurs la capacité de synthétiser de la matière organique en utilisant la lumière du soleil (photosynthèse), ce qui veut
dire qu’elles pourraient permettre de réduire les émissions de dioxyde de carbone, un gaz qui contribue grandement à
l’effet de serre.

La paramécie (Paramecium) est un genre bien connu de protozoaire cilié, et est couramment étudié comme
représentant type de ce groupe (en particulier P. caudatum). Elle est l'un des premiers organismes unicellulaires à avoir
été observé au microscope. La taille de la cellule varie de 50 à 300 µm de long suivant les espèces. La paramécie utilise
des cils pour se déplacer et se nourrir. La ciliature somatique, qui recouvre la cellule et bat de façon synchronisée, lui
permet de se déplacer. Une ciliature orale distincte couvre la grande invagination ventrale en forme d'entonnoir, le
péristome, qui mène jusqu'au cytostome (la bouche). Elle se nourrit essentiellement de bactéries par phagocytose.
Elle est aussi l'une des exceptions du code génétique (avec la mitochondrie) c'est-à-dire que l'universalité du code
génétique ne s'applique pas pour elle.
La paramécie vit isolée en eau douce. Elle fait partie des « infusoires » des anciens auteurs : elle apparaît en grand
nombre dans les infusions de végétaux, rendant sa culture et son étude aisée.
Vivant dans un milieu hypotonique par rapport à son cytoplasme, la cellule absorbe constamment l'eau de son
environnement par osmose. L'excès d'eau dans le cytoplasme est alors évacué grâce à des vacuoles pulsatiles, où le
cytoplasme se contracte périodiquement pour expulser l'eau à travers la membrane plasmique.
Comme la plupart des ciliés, la paramécie présente la particularité d'avoir un appareil nucléaire en deux parties : un (ou
plusieurs) petit noyau, le micronucleus, et un gros noyau, le macronucleus. Le premier assure les fonctions sexuelles
indispensables pour engendrer des variations génétiques alors que le second dirige les fonctions trophiques
quotidiennes et la multiplication asexuée.
Pour survivre, la paramécie effectue des échanges par diffusion avec le milieu extérieur. La digestion se fait dans la
cellule dans une vacuole spécialisée.

Plasmodium falciparum est une des espèces de Plasmodium, protozoaires parasites qui causent le paludisme chez l'être
humain. Il est transmis par la piqûre d'anophèle femelle (un moustique). P. falciparum est le plus dangereux de ces
parasites causant le paludisme car il entraîne le taux de mortalité le plus élevé. En outre, il représente 80 % de toutes les
infections malariques humaines et 90 % des décès. Il est plus répandu en Afrique subdésertique que dans d'autres
régions du monde

Le cycle de reproduction comprend deux modes et a lieu chez deux hôtes différents :

Le cycle asexué ou schizogonie se produit chez l'être humain

Le cycle sexué ou sporogonie se produit chez l'insecte
Le cycle chez l'être humain
Le parasite de l'anophèle passe de sa salive au sang de l'être humain.
Invasion de la circulation sanguine sous forme sporozoïtes.
Atteint le foie et transformation en mérozoïte.
Mérozoïtes envahissent les globules rouges et provoquent leur éclatement et la libération de toxines.
Différenciation des mérozoïtes en gamètes.
Ingestion des gamètes par un moustique, fécondation et développement dans l'insecte. Migration du parasite au niveau
des glandes salivaires.
Le cycle chez l'insecte
Les gamètes mâles et femelles forment des oocystes [réf. souhaitée].
Les oocystes[réf. souhaitée] contiennent des sporozoïtes.
Sporozoïtes vont migrer vers les glandes salivaires.

Pourquoi le « règne » des Protistes est-il voué à disparaître ?Importance des Protistes : Protistes et pollution
Il existe plusieurs types de pollution des eaux de rivière.

En ce qui concerne la pollution organique (eaux d'égout, rejets d'usines alimentaires telles que laiteries, abattoirs, etc.),
voici la succession des événements qui se produisent: sur le site de pollution, on constate une activité bactérienne
intense, avec une forte consommation d'oxygène. La plupart des organismes eucaryotes ne survivent pas; ils
disparaissent donc de la faune habituelle de la rivière. Parmi les Protistes, les Flagellés Bodo et Oikomona,
consommateurs de bactéries, survivent généralement bien.

Le varech Le varech, ou goémon, est constitué par un mélange indéterminé d'algues brunes, rouges ou vertes, laissées
par le retrait des marées, et que l'on récolte le long des côtes maritimes. C'est l'une des plantes les plus utiles que la
nature puisse offrir et cet aliment formidable, est non seulement utile pour le corps humain, mais est aussi nécessaire
pour aider à fertiliser la terre sur laquelle nous vivons. C'est une ressource renouvelable qui croît rapidement. Comme
aliment et engrais, il a une teneur en minéraux extraordinairement élevée.

sporifère ce qui produit, porte ou contient des spores, tel un sporange chez les sporophytes. Un organe sporifère est
intégré dans un appareil sporifère d'une plante, et typiquement dans un épi, comme chez les lycopodes du groupe des
Lycopodiales ou chez certaines prêles. Les sporifères forment des bioaérosols de libération de spores.

Un sporophore, ou un carpophore, qualifie et désigne un organe reproducteur de sporocarpe, de l'appareil reproducteur

des champignons supérieurs ...

Une ascospore, chez les Ascomycètes, désigne une spore issue d'une asque.

Cette spore élaborée dans une asque est issue d'une caryogamie suivie d'une méiose puis d'une mitose. Chaque asque
forme 8 ascospores (rarement 4).

Une basidiospore désigne une spore fongique sexuée, née sur une baside, caractéristique des basidiomycètes.
Cette spore des Basidiomycètes est élaborée au sommet des stérigmates portés par les basides. Elles sont généralement
4 par baside mais il existe des basides à 2 (Agaric) ou à 6 basidiospores.

Conidie est une spore fongique asexuée de certains Ascomycètes dont les parois ne sont pas épaissies. Cette spore
fongique est formée par fragmentation d'une hyphe. Elles participent donc à la reproduction asexuée. Aussi appelée
conidiospore, elle s'oppose à l'ascogone en termes mâle/femelle.

Ce type de spore est asexuée, unicellulaire ou pluricellulaire, uninuclée ou plurinucléée, isolée ou en groupe, et n'est pas
enfermée dans un sac; ces spores forment des chaînes au bout d'un conidiophore.

Les décomposeurs sont des êtres vivants hétérotrophes (bactéries, champignons, acariens, insectes, vers,
protozoaires...) dégradant la matière organique morte et la recyclant progressivement en éléments minéraux
indispensables au fonctionnement des organismes chlorophylliens.

hyphe Chez les algues, une hyphe identifie un filament cloisonné comme, par exemple, ceux constituant la moelle des
laminaires. Chez les champignons, elle désigne une cellule tubulaire des champignons filamenteux; elle peut être
subdivisée par des cloisons transversales (septe) en hyphe pluricellulaire; une hyphe peut être ramifiée

Un hyphe cénocytique est en rapport avec un cénocyte. Il est présent chez les algues siphonnées, certains champignons
et notablement dans les muscles striés.

Une levure sont des micro-organismes eucaryotes unicellulaires qui appartiennent au domaine des champignons. La
levure définit une catégorie de champignons Ascomycètes unicellulaires (mycéliums et pseudomycéliums). Une levure
très commune est Saccharomyces cerevisiae.

La moisissure biologique désigne des champignons microscopiques qui poussent dans des formes de filaments
multicellulaires ou unicellulaires. Les moisissures se développent sous l'influence de l'humidité de l'air, d'une certaine
température et à faible luminosité, sur les végétaux morts et sur les matières qui s'altèrent (joints de douche, de
lavabo...).

Le mutualisme est un synonyme direct et strict de la symbiose en parlant de l'association durable dans le temps de deux
organismes différents. Cette association mutualiste procure un bénéfice réciproque au deux protagonistes.
L

le mycélium est la totalité de tous les hyphes, les cellules filamenteuses d'un champignon (lichen inclus) ou bactérie
filamenteuse telles les Streptomycètes et mycobactéries. Les corps végétatifs de la plupart des champignons sont
constitués de filaments unicellulaires appelés hyphes.

parasite est un organisme vivant sur (ectoparasite) ou dans (endoparasite) un autre organisme qui se nourrit aux dépens
de l'hôte sans le détruire, quoique, dans certains cas, la détérioration progressive de l'hôte puisse entraîner sa mort au
bout d'un certain laps de temps.
Un organisme saprophyte tire sa subsistance de la matière organique en décomposition, ou vit au dépens d'un hôte sans
provoquer de maladie. Saprophyte s'applique essentiellement aux végétaux et aux champignons (fongique) mais un
organisme bactérien tirant sa nourriture de matières organiques mortes ou en décomposition (par exemple la litière de
forêts, dans les boues, les selles ou la vase) peut être qualifié de saprophyte, comme la flore bactérienne (saprophytes
commensaux) ou un germe. Cela inclut les prédateurs et les parasites vivant dans ce substrat.

spore est une cellule semence, un sporocyte, qui, en se développant, donne directement naissance à un nouvel
individu. C'est l'organe reproducteur des espèces végétales, les spores peuvent être mobiles (planospores ou zoospores)
ou non (aplanospores). En pathologie, la spore désigne un stade infectieux d'un organisme.

La reproduction asexuée est une forme de reproduction d'un être vivant déjà développé dans laquelle, à partir d'une
cellule ou d'un groupe de cellules, est développé, par des processus mitotiques, un individu complet, génétiquement
identique au premier. Elle est réalisée avec un seul progéniteur et sans intervention des noyaux des cellules sexuelles ou
des gamètes

une spore(grec ancien σπορά [spora], « ensemencement, semence »)1 est une cellule ou plus rarement une formation
pluricellulaire reproductive (elle donne un nouvel individu par reproduction asexuée ou sexuée). Elle constitue une des
étapes du cycle de vie de nombreuses bactéries, plantes, algues, champignons, voire de certains protozoaires.

Les spores (mitospores ou méiospores) donnent naissance par mitoses à un nouvel individu (appelé gamétophyte chez
les plantes) sans fécondation, ce qui les distingue des gamètes. Lors de la reproduction sexuée, la méïospore organisme
n, issue par méïose d'une cellule-mère 2n, donne par mitoses un organisme n. Lors de la reproduction asexuée, la
mitospore n ou 2n, issue par mitose d'une cellule-mère n ou 2n, donne par mitoses respectivement un organisme n ou
2n.

zygospore est une spore hypnozygote des algues vertes appartenant à la classe des Zygnematophycées. Plus
généralement, une zygospore désigne une spore des zygomycètes.

Les Eumycètes, ou Eumycota, sont les champignons vrais ou Fungi.

Caractéristiques propres aux eumycètes

La monophylie du groupe est essentiellement basée sur l'étude de l'ARNr 18S et des gènes de protéines de type hsp
(heat shock protein). La voie métabolique de biosynthèse de la lysine (un acide aminé) est totalement originale et
spécifique des eumycètes

Ils se nourrissent de matières organiques, d’eau et d’air. Contrairement aux végétaux chlorophylliens qui synthétisent
eux mêmes leur propre matière organique (autotrophie) grâce à la photosynthèse, les champignons étant dépourvus de
chlorophylle ne peuvent élaborer eux même de matières carbonées. Dans l’impossibilité de synthétiser leur propre
matière organique (hétérotrophie), ils doivent donc la trouver dans leur environnement et se nourrir de produits
synthétisés par d’autres organismes qu’ils absorbent (absorptrophie) à travers la paroi de leur appareil végétatif : le
mycélium. Pour trouver le carbone nécessaire à leur existence ils ont développé 3 modes de vie:

1) Le parasitisme: ils se nourrissent aux dépens d’un organisme vivant, en exploitant et détournant ses éléments vitaux
pour leur propre compte, qu’ils s’agissent de végétaux, d’animaux dont l’Homme, voire même d’autres champignons.
Souvent ils engendrent des maladies (ils sont pathogènes) qui peuvent entrainer la mort de leur hôte. Ils se prennent de
2 manières pour parasiter:

a) La manière forte et agressive: ils s’attaquent aux tissus vivants de leurs victimes qu’ils font dépérir et parfois périr.
Dans l’immense majorité de ces actes de piraterie ce sont des champignons microscopiques unicellulaires, dits
“inférieurs”, les Micromycètes, qui sont responsables de ces parasitages agressifs (moisissures, mildious, mycoses,
teignes, anthracnoses, muguet, etc.), mais certains champignons dits “supérieurs”, lesMacromycètes, participent
également à ce genre d’assassinat (ex.: Polypores).

Les Deuteromycota ou Deutéromycètes (ou « champignons imparfaits ») sont des champignons septés, à hyphes septés,
se multipliant de façon non sexuée (ou dite « végétative ») (on ne connaît pas encore leur forme de reproduction et de
sexualité, s'ils en ont une).

Encore appelés Adélomycètes, Fungi imperfecti (Champignons imparfaits), les Deutéromycètes ne constituent pas un
groupe naturel, mais d'un ensemble artificiel regroupant environ 20 000 espèces de champignons filamenteux septés ne
présentant jamais, ou très exceptionnellement, de forme de reproduction sexuée. Ils se reproduisent uniquement par
voie végétative au moyen de spores asexuées ou par simple fragmentation du mycélium.

L'absence ou la méconnaissance de leur reproduction sexuée fait que l'on ne sait pas où les classer.

Certains présentent une reproduction végétative importante que l'on utilise pour établir une classification interne aux
Deutéromycètes, d'autres sont stériles (Mycélia sterila).

La majeure partie des Deutéromycètes présentent des caractéristiques cellulaires d’Ascomycètes (nature du pore des
cloisons). Pour certains leur forme de reproduction est connue, dans ce cas il s'agit pratiquement toujours
d'Ascomycètes (mais quelques-uns sont rattachés aux Basidiomycètes).

modes de reproduction asexuée des Eumycètes

Reproduction asexuée
Fragmentation des hyphes/ mycélium
bourgeonnement Spores (asexuées

espèce d’Eumycètes pathogène pour les plantes Les champignons

phytopathogènes sont des espèces de champignons parasites qui
provoquent des maladies cryptogamiques chez les plantes. Ces
champignons appartiennent aux différents groupes du règne des
eumycocètes ou « champignons vrais » : ascomycètes, basidiomycètes,
chytridiomycètes, zygomycètes et deutéromycètes (champignons
imparfaits). Les agents pathogènes responsables de maladies
cryptogamiques comprennent aussi des protistes :
plasmodiophoramycètes, dont les genres les plus importants sont
Plasmodiophora et Spongospora, et oomycètes, qui comprennent notamment la famille des Peronosporaceae (agents
des mildious).
Espèce d’Eumycètes pathogène pour les humains
Tous les champignons pathogènes pour l'homme et les animaux sont microscopiques. Ils se cultivent en général
facilement sur des milieux sucrés, mais leur développement est le plus souvent lent. Leur identification est fondée soit
sur l'étude de la sporulation, qui ne se produit qu'au contact de l'air (il faut donc cultiver ces champignons sur milieux
solidifiés par de la gélose), soit sur la détermination des caractères physiologiques.

Une candidose est une infection fongique causée par des levures du genre Candida. Le terme peut désigner tout une
gamme de manifestations pathologiques ayant pour facteurs ces champignons levuriformes.
Chez l'humain et les animaux, des mycoses comme les dermatophytose dues à Trichophyton, les candidoses dues aux
levures Candida, les aspergilloses dues aux champignons du genre Aspergillus, les cryptococcoses de Cryptococcus, la
teigne, le muguet, la pneumonie, etc. sont des maladies dues à de tels champignons parasites.

Espèce d’Eumycètes qui agit comme décomposeur

Champignons lignicoles:

- Pourriture brune (cubique) : dégrade la cellulose et l’hémicellulose (10% feuillus – 80% conifères). Effet sur
l’environnement : humus riche en lignine favorable à l’entretien d’une forêt de conifères.

- Pourriture blanche (fibreuse) : majorité des décomposeurs de bois, surtout feuillus.

Champignons humicole: décomposeurs d’humus.

Champignons foliicoles: décomposeurs de feuilles.

Champignons pyrophile: décomposeur de bois brûlé.

Champignons coprophile: décomposeur d’excréments.

type de cycle de développement des Eumycètes Le développement des mycètes est caractérisé chez les fonges (plus
communément appelés champignons), par divers processus : la sporulation, la germination des spores, la croissance de
l'appareil végétatif (thalle composé d'hyphes), et la reproduction par voie asexuée ou sexuée en différenciant un
appareil reproducteur, le sporophore.

le cycle biologique d’un basidiomycète (reproduction sexuée) Chez les basidiomycètes, comme les coprins par
exemple, la génération gamétophytique est représentée par des filaments mycéliens haploïdes. Ces filaments (= le
mycélium primaire) réalisent la reproduction sexuée en s'unissant deux à deux, c'est une somatogamie ou périttogamie.

Dans un premier temps, seuls les cytoplasmes des cellules fusionnent, on dit qu'il y a plasmogamie. Ceci donne
naissance à un mycélium dicaryotique (=mycélium secondaire), c'est à dire constitué de cellules à deux noyaux
haploïdes. Cette phase dicaryotique spécifique des champignons constitue la génération sporophytique. Le mycélium
dicaryotique s'organise en pseudotissus et forme le carpophore.

Au niveau des sporocystes a lieu la fusion de deux noyaux haploïdes, ou caryogamie, bientôt suivie d'une méiose qui
génèrera quatre spores méiotiques exogènes. Les sporocytes sont des basides et les spores méiotiques des
basidiospores. Ces spores seront à l'origine du mycélium gamétophytique haploïde et le cycle est bouclé.
Les eumycètes sont-ils un groupe monophylétique ? Justifiez votre réponse
(L'évolution des eucaryotes a donné naissance à deux grandes lignées de champignons : les eumycètes ou « vrais
champignons » et les pseudomycètes ou « pseudochampignons » (comme les mildious). Les vrais champignons sont de
proches parents des animaux alors que les pseudochampignons sont plus proches des plantes. Les pseudochampignons
Oomycètes (hétérotrophes filamenteux comme les mildious) qui par certains caractères semblent proches des vrais
champignons (Eumycètes) ne sont pourtant pas monophylétiques avec ces derniers : leur ressemblance est le fruit d'une
convergence évolutive car de leur ancêtre commun (le plus proche), descendent aussi d'autres lignées.

Arbre phylogénétique montrant que

les champignons sont plus proches
des animaux que des plantes.

Qu’entend-on par fragmentation du mycélium?

Reproduction
Le moyen le plus élémentaire qu'a le champignon pour se multiplier consiste à former deux individus à partir de deux
morceaux de mycélium fragmenté, c'est la multiplication végétative. La reproduction asexuée est assurée par des
cellules spécialisées, à fort pouvoir de dissémination ; ce sont les spores, qui se forment par bourgeonnement, se
détachant du thalle pour germer et donner de nouveaux individus. La reproduction sexuée, elle, combine méiose
(division cellulaire avec répartition des 2n chromosomes de la cellule mère dans les 2 cellules filles) et fécondation.

coelome
Le cœlome (ou, rarement, célome) est la cavité générale (dite cœlomique), complètement bordée par le mésoderme,
qui en forme la membrane. Les animaux qui possèdent un véritable cœlome, comme les Annélides, les Panarthropodes,
les Brachiopodes, les Échinodermes, les Siponcles, les Nematozoaires, les Mollusques ou les Chordés, sont dits cœlomés
ou cœlomates (un terme sans valeur taxinomique car il rassemble des taxons polyphylétiques).

dentition nombre, forme et taille différents de dents adaptées à la mastication pour différents types d’aliments: ex.:
herbivore ruminant, carnivore
– dents adaptées à diverses fonctions: ex.: trancher, déchirer, broyer.
Ectotherme: animal dont la température dépend de son environnement.

Les organismes ectothermes sont des organismes ne produisant pas ou peu de chaleur. C'est le cas des insectes, des
reptiles et des poissons par exemple. Ces organismes sont à opposer aux organismes endothermes qui produisent, eux,
des quantités non négligeables de chaleur (les mammifères et les oiseaux par exemple)Les tortues Pseudemys sont des
animaux ectothermes.

Un exosquelette ou squelette externe, par opposition à l'endosquelette, est une caractéristique anatomique externe qui
supporte et protège un animal. Beaucoup d'invertébrés, comme les insectes, les crustacés et les mollusques, possèdent
un exosquelette. La partie abdominale d'un exosquelette est communément appelée carapace.

homéotherme Dans le règne animal, un homéotherme est un organisme dont le milieu intérieur conserve une
température corporelle constante (dans de larges limites), indépendamment du milieu extérieur (on parle
d'homéostasie thermique). Il comprend également le groupe des hétérothermes.

Un invertébré est un animal dépourvu de colonne vertébrale, et d'os en général. Les invertébrés forment un groupe
paraphylétique. Quelle que soit l'école de taxonomie considérée (cladisme, phénéticisme ou évolutionnisme), et donc
quels que soient les critères de classification retenus, les invertébrés n'ont jamais été regardés comme un taxon valide
au sein de la classification du vivant. Il s'agit d'un terme descriptif.

Le pharynx (du grec ancien φάρυγξ (fárynx) : « gorge ») est un carrefour aéro-digestif entre les voies aériennes (de la
cavité nasale au larynx) et les voies digestives (de la cavité buccale ou bouche à l'œsophage). On rencontre également à
son niveau l'ouverture de la trompe d'Eustache ou tube auditif, qui le met en communication avec l'oreille moyenne au
niveau de la caisse du tympan.

Le pharynx intervient dans :

La déglutition
La respiration
La phonation
L'audition

segmentation, La segmentation correspond aux divisions cellulaires de la cellule-œuf puis de l'embryon, sans
augmentation du volume. C'est la première phase de tout développement embryonnaire. L'œuf fécondé subit une
segmentation en cellules non différenciées, qui peu à peu s'organisent. Cette segmentation peut diviser tout le germe
embryonnaire (comme chez les mammifères) : division holoblastique ; ou seulement une partie (comme chez les
amphibiens ou les oiseaux) : division méroblastique. La segmentation ne suit pas la phylogénie. Les cellules ainsi formées
sont appelées blastomères. Ces cellules sont obtenues par des mitoses successives. Chez les Insectes comme la
drosophile, ces mitoses aboutissent dans un premier temps à un syncytium contenant de multiples noyaux non séparés
par des membranes plasmiques..
symétrie bilatérale
La symétrie bilatérale (également connue sous le nom de symétrie planaire) est définie par l'existence d'un plan unique,
appelé plan sagittal, qui divise le corps d'un organisme en
deux moitiés identiques, la moitié gauche et la moitié
droite, si l'axe du corps appartient au plan de symétrie. Un
plan perpendiculaire au plan sagittal, appelé plan frontal,
sépare une moitié dorsale d'une moitié ventrale.
La symétrie bilatérale est coupée en deux plans allant de la
fin du côté antérieur jusqu'à la fin du côté postérieur. La
coupe n'est faite que par un seul et unique plan de
symétrie.
Une symétrie radiale désigne une symétrie présente chez
des animaux dont les structures anatomiques sont
organisées de manière circulaire, par exemple chez les
cnidaires.

La thermorégulation ou régulation de la température est la capacité d'un organisme biologique à modifier sa

température dans certaines limites, même lorsque la température ambiante est très différente de la plage de
température souhaitée. C'est un mécanisme physiologique qui maintient constante la température interne
(homéothermie) chez la plupart des animaux (hors coraux).

Une vertèbre désigne chacun des os constituant la colonne vertébrale. Le nombre de vertèbres chez les poissons permet
souvent de distinguer deux espèces, y compris en insérant dans le comptage, la vertèbre caudale.

Les animaux sont des organismes pluricellulaires, formés de nombreuses cellules constituant divers tissus et le plus
souvent des organes. Ils se distinguent des plantes et des champignons par le fait que chacune de leur cellule n'est
délimitée que par une très fine membrane. Ils s'opposent en outre aux plantes par leur mode de nutrition hétérotrophe.
Les caractéristiques du règne des animaux.
Multicellulaire : les cellules de ces organismes sont groupés ensemble selon leurs fonctions.
Eucaryote : les cellules ont un noyau.
Hétérotrophe : les animaux consomment de la nourriture.

Différence(s) entre Protostomiens et Deutérostomiens

En règle générale, la gastrulation fait apparaître une nouvelle cavité, l’archentéron ou intestin primitif, au sein du
blastocèle qui disparaîtra progressivement.

Le blastopore est l'ouverture sur l'extérieur de l'archentéron, à l’origine du tube digestif et formé par l'endoderme.

Selon la destinée du blastopore, les triploblastiques peuvent être séparer en :

protostomiens : le blastopore produira la bouche,
deutérostomiens : le blastopore produira l'anus.
Coelomata

Les cœlomés ou cœlomates sont des animaux triploblastiques qui possèdent un cœlome, c’est-à-dire une cavité interne
secondaire limitée par un troisième tissu qui se différencie lors du développement embryonnaire (gastrulation) : le
mésoderme. C'est dans cette cavité que baignent la plupart des organes.

Aujourd'hui, les termes de cœlomate, triblastique (ou triploblastique) et bilateriens désignent exactement les mêmes
êtres, étant donné qu'il est aujourd'hui toléré de considérer les acœlomates et pseudo-cœlomates comme des
cœlomates à part entière.

Un ver plat, synonyme plathelminthe

ou souvent un ver plan trématode, est un animal appartenant à l'embranchement des plathelminthes, fréquemment
appelé planaire mais pas seulement. Les vers plats sont des helminthes parasites.

Un ver rond synonyme némathelminthe est un animal invertébré appartenant à l'embranchement des nématodes, pour
le différencier d'un ver plat, le planaire. Les vers ronds sont des parasites d'animaux tels que des némathelminthes ou
des aschelminthes.

Groupe auquel appartiennent les épongesLes éponges ou spongiaires (Porifera) sont des animaux formant
l'embranchement basal des métazoaires. Elles sont définies comme des métazoaires sessiles à l'âge adulte. Elles
possèdent un système aquifère permettant la circulation (unidirectionnelle) de l'eau. Il est composé de chambres
choanocytaires reliées entre elles et au milieu extérieur par des pores inhalants (ostium) et un pore exhalant (oscule).
Ces chambres sont tapissées de choanocytes, qui sont des cellules flagellées caractéristiques des éponges. Les éponges
possèdent deux couches de cellules : le pinacoderme qui se situe à l'extérieur et le choanoderme qui se situe à
l'intérieur. Entre ces deux couches, des cellules mobiles se déplacent dans la mésohyle, matrice extracellulaire composé
de collagène. Leur système nerveux est très primitif et diffus.
Classification
Règne Animalia
Sous-règne Parazoa
Embranchement
Porifera

Les gastéropodes (Gastropoda, du grec ancien γαστήρ / gastếr et πούς / poús: « ventre-pied ») sont une classe de
mollusques caractérisés par la torsion de leur masse viscérale

Règne Animalia
Sous-règne Bilateria
Infra-règne Protostomia
Super-embr. Lophozoa
Embranchement Mollusca
Classe
Gastropoda

Les céphalopodes (Cephalopoda, du grec ancien κεφαλή / képhalé, « tête », et πούς / pous, « pied ») sont une classe de
mollusques apparus à la fin du Cambrien (500 millions d'années) dont la tête est munie de tentacules, appelés aussi
bras.
Règne Animalia
Sous-règne Bilateria
Infra-règne Protostomia
Super-embr. Lophozoa
Classe
Cephalopoda

Les bivalves (Bivalvia) sont une classe de mollusques d'eau douce et d'eau de mer, nommée également Pelecypoda

Règne Animalia
Sous-règne Bilateria
Infra-règne Protostomia
Super-embr. Lophozoa
Embranchement Mollusca
Classe

Bivalvia

Les araignées ou Aranéides (ordre des Araneae de la classe des Arachnides, à laquelle il a donné son nom) sont des
prédateurs invertébrés arthropodes

Classification
Règne Animalia
Embranchement Arthropoda
Sous-embr. Chelicerata
Classe Arachnida
Ordre
Araneae

Les raies ou batoïdes (Batoidea ou Rajomorphii) forment un super-ordre de poissons cartilagineux caractérisés par un
corps aplati, de grandes nageoires pectorales solidaires du tronc et des fentes branchiales ventrales.

Les chimères ou chimériformes (Chimaeriformes) forment un ordre de poissons cartilagineux vivant dans les abysses.
Très proches des requins

Règne Animalia
Embranchement Chordata
Sous-embr. Vertebrata
Classe Chondrichthyes
Sous-classe Holocephali

Salamandre tachetée - Muséum de Toulouse

Salamandre (amphibien), nom donné en français à plusieurs espèces d'amphibiens urodèles, dont la Salamandre
commune, qui possèdent la capacité de régénérer certaines parties de leur corps après amputation.

Martinet est le nom vernaculaire donné en français à plusieurs espèces d'oiseaux migrateurs de la famille des Apodidae.
La famille des Apodidae regroupe les martinets et les salanganes. Ils sont souvent confondus avec l'hirondelle et la
chauve-souris.

Le terme pétrel est un terme ambigu qui désigne en français plusieurs oiseaux de mer, de la famille des procellariidés.

Les Apterygiformes forment un ordre d'oiseaux terrestres incapables de voler, les kiwis. Cet ordre n'est constitué que de
la seule famille des Apterygidae (ou aptérygidés en français), du seul genre Apteryx et de cinq espèces.

Le kangourou est un marsupial de la famille des macropodidés typique du continent australien.

Les Didelphidés, Opossums, Opossums d'Amérique ou Sarigues (Didelphidae) est une famille des mammifères
marsupiaux d'Amérique.

Les wombats (Vombatidae) forment une famille de mammifères marsupiaux. Ils vivent dans les forêts montagneuses
d’Australie

Les tatous (Cingulata) sont un ordre de mammifères placentaires d'Amérique tropicale et subtropicale du super-ordre
des xénarthres (anciennement super-ordre des édentés ). Les tatous actuels sont rangés dans deux familles, celle des
Dasypodidae et celle des Chlamyphoridae

Les lémuridés (Lemuridae), ou grands lémurs1, constituent l'une des cinq familles actuelles de primates lémuriformes.
Ce sont les « vrais lémuriens », les lémurs ou les makis

Le morse (Odobenus rosmarus) est une espèce de grands mammifères marins, unique représentant actuel de son genre,
Odobenus, ainsi que de sa famille, celle des Odobenidae

Un groupe animal, qui existe encore aujourd’hui, et chez lequel on retrouve:

- ni symétrie corporelle, ni tissus. =Porifera
Éponges, Spongiaires

une symétrie corporelle radiaire et une organisation corporelle tissulaire

une symétrie corporelle radiaire et une organisation corporelle tissulaire =les méduses

Les bilatériens (Bilateria) forment un des plus grands clades des métazoaires ayant un côté droit et un côté gauche
(contrairement aux méduses et aux éponges de mer). Ils incluent la majorité des animaux connus, comme les
mammifères

Théories sur l'acquisition et l'évolution du coelome

1.2.1. Théories de l'archétype planuloïde (primauté de la
symétrie bilatérale)
D'une souche initiale située parmi les Protistes se
seraient différenciés d'une part les Spongiaires, d'autre
part des organismes planuloïdes à symétrie bilatérale
d'où seraient issus les Turbellariés Acoeles (Steinbock,
1958; Hadzi, 1953; Hanson, 1958; Boaden, 1975).
L'évolution conduirait ensuite aux autres Plathelminthes,
aux Cnidaires (par disparition de la symétrie bilatérale
primitive et régression du système nerveux, de la
musculature, et simplification du tractus digestif) et
(après apparition de la triploblastie) aux Coelomates.

Un groupe animal, qui existe encore aujourd’hui, et chez lequel on retrouve:

- ni symétrie corporelle, ni tissus.
- une symétrie corporelle radiaire et une organisation corporelle tissulaire.
- pour la première fois de la symétrie bilatérale.
- pour la première fois des organismes possédant un système digestif complet
- pour la première fois des organismes possédant un coelome.
- pour la première fois des organismes dont le corps est segmenté.
- pour la première fois des organismes possédant un crâne.
- pour la première fois des organismes possédant des vertèbres.
- pour la première fois des organismes possédant des vertèbres et une mâchoire.
- pour la première fois des organismes possédant quatre membres et des poumons.
- pour la première fois des organismes se reproduisant grâce à un oeuf amniotique.
- pour la première fois des organismes possédant une dentition.
- pour la première fois des organismes possédant un placenta.

En quoi les caractères dérivés ou caractéristiques ci-dessous confèrent aux animaux qui les
possèdent un ou des avantages évolutifs et, s’il y a lieu, quelle en a été/ qu’elles en ont été les
conséquences :
16-4
- symétrie bilatérale
- coelome
- système digestif complet
- crâne
- mâchoires
- vertèbres
- tissus osseux
- homéothermie
- plumes
- dentition
- placenta

Arthropodes: La plus grande réussite de l’évolution

Les arthropodes constituent le plus important phylum (anciennement appelé embranchement) d'animaux tant par le
nombre d'individus présents sur terre dans tous les milieux que par la diversité et le nombre d'espèces recensées sur
notre planète: huit espèces animales sur dix sont des arthropodes. On a en effet décrit plus d'un million d'espèces
d'arthropodes dont une très grande majorité d'insectes.

Caracteristiques
1Exosquelette rigide et protecteur; supporte le corps (milieu terrestre), protection contre la perte d’eau
2Système cardiovasculaire ouvert:
3Appendices articulés: a mené à: ailes, pattes, antennes
4Vol: chez les insectes, échapper aux prédateurs, s’accoupler, trouver de la nourriture, trouver un nouvel habitat (plus
5rapidement que les organsimes rampants)
6Segments modifiés et fusionnés: permet d’effectuer des fonctions plus spécialisées: ex.: tête, thorax et abdomen
7Structures respiratoires spécialisées: ex.: vie aquatique, vol
8Structures sensorielles spécialisées: ex.: yeux complexes
9Division du travail: ex.: insectes à métamorphose : ex.: hyménoptères, diptères, coléoptères,
10Stades immatures: alimentation et croissance

Les amniotes (Amniota) sont des Vertébrés tétrapodes qui possèdent un amnios, ou sac amniotique, protégeant
l'embryon ou le fœtus. L'embryon, protégé par un œuf à coquille dure ou par l'utérus maternel, se développe en milieu
aqueux à l'intérieur de l'amnios. Quelques autres caractères propres aux amniotes sont :

le condyle occipital convexe

la perte d'un os du toit crânien, l'intertemporal
les orbites bordent le frontal.
respiration costale

Caractéristiques qui ont permis aux amniotes de s’affranchir du milieu aquatique: Les amniotes sont des tétrapodes
ayant acquis la capacité de produire des œufs amniotiques, permettant à l'embryon de se développer dans un milieu
aqueux isolé, ce qui leur a permis de s'émanciper du milieu aquatique pour leur reproduction.
•OEuf amniotique: 4 membranes extra-embryonnaires (voir PP no 19)
•L’oeuf amniotique permet que les embryons se développent jusqu’à un stade avancé avant d’éclore ou de naître dans
un environnement sec.
•Peau sèche recouverte d’écailles, de plumes ou de poils: limite les pertes d’eau.
• Ils utilisent leur cage thoracique pour ventiler leurs poumons (vs ventilation par la gorge des amphibiens peu moins
perméables pour les amniotes, mais limite les pertes d’eau.
•Les oeufs sont fécondés à l’intérieur du corps de la femelle.
•Les amniotes possèdent deux reins qui régulent les pertes d’eau.

Quelle est l’importance d’une découverte comme celle du Tiktaalik roseae?

qui semblent avoir conditionné l'évolution des premiers tétrapodes tiktaalik nous renseigne sur l'évolution des premiers
tétrapodes qui étaient encore aquatiques. Contrairement aux nombreux fossiles qui le précèdent, les nageoires de
Tiktaalik avaient des poignets et des doigts. Cette adaptation a pu apparaître dans un milieu lagunaire soumis à de forts
courants de marée nécessitant de s'accrocher aux végétaux et à des périodes d'exondation nécessitant de se déplacer
sur le sol pour aller d'une mare résiduelle à l'autre
albumen est un type de tissu de réserves nutritives de la graine chez les angiospermes (plantes à fleur). Lors de la double
fécondation, caractéristique des angiospermes, un des anthérozoïdes (gamète mâle) fusionne avec les deux noyaux
polaires contenus dans le sac embryonnaire (l'albumen est donc polyploïde), tandis que le deuxième anthérozoïde
féconde l'oosphère, le gamète femelle végétal, pour former l'embryon.

Le sperme est un liquide biologique expulsé du corps lors de l'éjaculation et contenant les spermatozoïdes. Sécrétés par
les organes sexuels mâles, les spermatozoïdes contenus dans le sperme servent à fertiliser l'ovocyte femelle et ainsi
entamer le processus de reproduction.

L'endosperme est un tissu végétal de réserves nutritives dans la graine des Gymnospermes ou des préspermaphytes. Il
s'étend de l'assise protéique (couche à aleurone) jusqu'au cœur du grain. Il provient de la différenciation du
gamétophyte femelle à la suite de la fécondation. Il est haploïde, et est donc génétiquement dissemblable de la plante-
mère.

Grain de pollen: partie microscopique qui se forme dans l'anthère et qui sert d'agent mâle de fécondation des végétaux
à fleurs.

Le pollen (du grec πάλη (palè) : farine ou poussière) constitue, chez les plantes à graines, l'élément mobile mâle produit
par la fleur : ce sont des grains minuscules (20 à 55 μm de diamètre en général), de forme plus ou moins ovoïde,
initialement contenus dans l'anthère à l'extrémité des étamines.

Le gamétophyte est, chez les végétaux, la génération du cycle de vie qui produit les gamètes. En d'autres termes, c'est
l'individu issu d'une méiospore et produisant des gamètes. Le gamétophyte est donc forcément un individu haploide (ne
possédant que n chromosome).

Une microspore est une cellule haploïde issue de la méiose qui donne un gamétophyte mâle.

le microsporocyte, également appelé cellule mère de la microspore, qui crée donc quatre microspores par méiose. Les
microspores se divisent pour créer des grains de pollen.

L'oosphère est le nom donné au gamète femelle chez les végétaux et les algues. C'est l'homologue de l'ovule chez les
animaux.

L’ovule est la cellule sexuelle (ou gamète) produite par les femelles des animaux. Il semble probable que la reproduction
sexuée soit apparue sous la forme d’une reproduction isogame (forme de fécondation impliquant des gamètes
possédant la même morphologie).

Une plante vasculaire est un végétal qui possède des vaisseaux servant à la circulation de l'eau.

Les plantes vasculaires sont des plantes à tige, feuilles et racines dans lesquelles l'eau puisée dans les racines circule
dans la plante, ce qui leur permet d'atteindre de grandes tailles.
La pollinisation est, chez les plantes à fleur (angiospermes et gymnospermes), le transport du pollen des organes de
reproduction mâle (étamines) vers le (ou les) organes de reproduction femelle (pistil) qui va permettre la reproduction
sexuée. La pollinisation est une étape préalable à la fécondation dans le cycle de vie de ces plantes.

le sac embryonnaire désigne le gamétophyte femelle des Angiospermes et est inclus dans l'ovule. Il représente
l'équivalent de l'endosperme des Gymnospermes.

une spore (grec ancien σπορά [spora], « ensemencement, semence »)1 est une cellule ou plus rarement une formation
pluricellulaire reproductive (elle donne un nouvel individu par reproduction asexuée ou sexuée). Elle constitue une des
étapes du cycle de vie de nombreuses bactéries, plantes, algues, champignons

Un sporocyste, ou sporange, est un organe où se différencient les spores ou les cystes produisant des spores. Il est
l'organe d'un sporophyte qui produit des spores à travers la méiose (division de réduction). Chaque cellule qui subit la
méiose produit quatre spores, sauf avec les Ascomycètes.

Un sporophyte désigne une plante sur laquelle se différencient des spores; ou encore, désigne un individu produisant
des spores mais jamais de gamètes; ou encore, qualifie une génération asexuée, produisant des spores, généralement
diploïd

Le tube pollinique est un prolongement tubulaire du grain de pollen. En botanique, le tube pollinique est une extension
en forme de tube qui émet les grains de pollen après l'atterrissage sur les stigmates des fleurs et agit comme moyen de
transport des gamètes mâles du grain de pollen à l'œuf. L'excroissance tubulaire du grain de pollen fonctionne par
siphonogamie, mais il peut être monosiphoné.

Un zygote est une cellule diploïde résultant de la fusion de deux gamètes haploïdes ou encore un oeuf au premier stade
de développement, suivant immédiatement la fécondation. Un zygote est donc la cellule (oeuf fécondé) résultant de la
fusion d'un gamète femelle et d'un gamète mâle.
groupe de Plantes, qui existe encore aujourd’hui, et chez lequel :

on ne retrouve ni tissus vasculaires, ni feuilles, tiges ou racines

des Bryophyta ne concerne que les mousses au sens strict, tandis que le terme bryophyte pris au sens large s'applique
aux trois embranchements de plantes terrestres qui ne possèdent pas de vrai système vasculaire (Hepaticophyta,
Anthocerotophyta et Bryophyta).

des plantes monocotylédones comportent un seul cotylédon (blé, maïs)

Les monocotylédones une fois adultes, ont des feuilles dont les nervures sont parallèles : ce
sont souvent des feuilles qui ressemblent à une herbe

Le nombre des pétales est un indicateur de la classification des plantes : on en compte généralement quatre ou cinq (le
plus souvent) chez les dicotylédones

Cuticule
•Déf.: couche, de structure complexe, formée de matériaux hydrofuges; on la retrouve à la surface des organes aériens
chez les Plantes.
•La cuticule est pratiquement imperméable à l’eau, au dioxygène et au dioxyde de carbone.
•Rôle: conservation de l’eau.
•Note: chez les Plantes xérophytes, on peut retrouver une couche cireuse, +/- épaisse, par-dessus la cuticule.
Stomate
•Structure que l’on retrouve sur les feuilles et parfois sur les tiges des Plantes;
•Rôle: contrôle les échanges gazeux. (compromis photosynthèse-transpiration

Xylème:
•Tissu spécialisé, conducteur de l’eau et des minéraux (= sève brute).
•Les parois des cellules dans lesquelles circule l’eau sont imprégnées de lignine (voir PP no )
•Phloème:
•Tissu spécialisé, conducteur, principalement des produits de la photosynthèse ( = sève élaborée).
•Les tissus vasculaires optimisent la distribution de l’eau, des minéraux et des photosynthétats dans la plante.

Racines
•Rôles principaux:
–ancrage au sol
–absorption de l’eau et des minéraux
–Autres:
•Photosynthèse: racines aériennes chez certaines orchidées
•Reproduction asexuée: ex.: peuplier faux-tremble (ex.: Pando)
•Reproduction asexuée + stockage :
–tubercule: ex.: betterave, patate douce
•Pneumatophores: racines aériennes: absorption de dioxygène: ex.: palétuviers

Tiges
•Rôles principaux:
–Élève et supporte les feuilles pour la photosynthèse
–Élève et supporte les structures reproductrices pour faciliter, ex.: la dispersion des spores, du pollen, des fruits et des
graines.
•Autres:
–Reproduction asexuée: stolons: ex.: fraisier
–Reproduction asexuée + stockage:
•Bulbes: ex.: ail, oignon, tulipe
•Tubercules: ex.: pomme de terre,
ignames,
•Rhizomes: ex.: gingembre, fougères
–Photosynthèse: ex.: cactus

Feuilles
•Rôles principaux:
–Photosynthèse
•Autres:
–Vrilles: pour s’accrocher à des supports et s’élever pour, par ex.: photosynthèse, dispersion des graines
–Stockage de l’eau: ex.: Aloe vera
–Reproduction asexuée: ex.: Kalanchoe daigremontia
–Reproduction sexuée: ex.: les bractées colorées des poinsettia attirent les pollinisateurs.
Le cotylédon (scientifiquement nommé feuille cotylédonaire) est une feuille primordiale constitutive de la graine. Le
terme vient du grec, κοτυληδών, κοτυληδόνος , de κοτύλη qui désignait une mesure de capacité, c'est-à-dire une cavité,
un creux, un contenant. Il est employé pour la première fois le 26 juin 1682 par le naturaliste anglais John Ray dans une
notice de son ouvrage Methodus plantarum nova cotylédons. Les cotylédons sont aussi des structures de réserves.

L'endosperme est un tissu végétal de réserves nutritives dans la graine des Gymnospermes ou des préspermaphytes. Il
s'étend de l'assise protéique (couche à aleurone) jusqu'au cœur du grain. Il provient de la différenciation du
gamétophyte femelle à la suite de la fécondation. Il est haploïde, et est donc génétiquement dissemblable de la plante-
mère.

Quel(s) avantage(s) évolutif(s) confèrent les caractères dérivés suivants?

Graine: Avantages
•L’embryon (jeune sporophyte) est protégé à l’intérieur de la graine : ex.: contre la dessication.
•Un embryon multicellulaire est avantagé lors de la germination(vs spore unicellulaire).
•Les réserves nutritives de diverses nature favorisent aussi l’embryon et permettent des périodes de dormance
prolongées (conditions environnementales défavorables).
• L’embryon multicellulaire est plus grand et plus complexe qu’une spore plus résistant aux conditions adverses.
• Le(s) tégument(s) peut/peuvent contrôler la dormance.
•Un embryon plus grand et plus complexe meilleure capacité de développer des adaptations pour la dispersion (des
graines)

Fleur Avantages
•Pollinisation via agents biotiques: couleurs, parfums et nectar attirent les agents biotiques.
•Dans certains cas, association très étroite entre agent biotique et espèce de Plantes (voir « Communautés »).
•Pollinisation grâce aux agents biotiques économie d’énergie pcq moins de pollen à produire.
•Cependant, il existe des fleurs dont la pollinisation est anémophile ou hydrophile. D’autres sont presque complètement
autofécondes.
•La fécondation de l’oosphère modifications de l’ovaire fruit.

Pollen
•Les grains de pollen représentent un adaptation à la fécondation des oosphères en milieu terrestre: affranchissement
d’un milieu aqueux pour réaliser la fécondation.
•Les grains de pollen protègent le gamétophyte mâle contre la dessication
•Les grains de pollen peuvent être dispersés par les courants atmosphériques et des agents biotiques pollinisation sur
de grandes distances possible.
•Avantage: l’évolution des grains de pollen a contribué à la radiation adaptative des plantes à graines dans les habitats
secs et dans les habitats situés en haute altitude.

Lignine
•Déf.: polymère phénolique que l’on retrouve, entre autres, dans les parois des cellules du xylème qui transportent l’eau
et les minéraux.
• La lignine renforce et imperméabilise ces cellules.
•Les tissus lignifiés des Plantes vasculaires, ont permis à ces plantes d’atteindre des tailles supérieures à celles des
Bryophytes.
•Les tiges sont devenues assez solides pour résister à la gravité et transporter l’eau bien au-dessus du sol.
•La sélection naturelle a favorisé les végétaux les plus grands et les plus ramifiés (augmentation de la surface de
captation de la lumière), dont les arbres.
•De façon générale, la capacité d’atteindre une plus grande taille constitue une innovation / un avantage concurrentiel
sur les plantes non vascularisées.

fruits
Avantages évolutifs
Cette dispersion spatiale a été favorisée par la sélection naturelle, car elle permet :

d'atteindre des habitats propices et favorables au développement des futures pousses,

de diminuer la compétition entre individus en les disséminant sur un plus large territoire,
d'échanger des individus entre populations et de favoriser ainsi le brassage génétique dans ces populations végétales,
de créer de nouvelles populations, en colonisant de nouveaux milieux.
Finalement, les dispositifs de dissémination présentent un avantage sélectif, puisqu'ils favorisent la perpétuation de
l'espèce. La dissemination est le procédé assurant la dispersion aussi lointaine que possible des graines

Cycle biologique de Lilium sp. (incluant les synonymes)

Synonymes : Lilium triginum, Lilium trigrinum splendens

Description du lis tigré

Lilium trigrinum croît à partir d’un bulbe écailleux, assez large et plat, florifère dès qu’il fait 5 cm de diamètre. Ce bulbe
développe au printemps une unique tige, très rigide, sombre et laineuse, portant de nombreuses feuilles, lancéolées,
assez étroites, espacées régulièrement autour de la tige. La tige croît de 50 à 120 cm, elle se termine en une hampe
florale apicale ramifiée. Le lis tigré porte de 5 à 25 fleurs par bulbe.
Les fleurs sont larges de 5 à 10 cm, avec 6 tépales orangées allongés, ponctués de taches rondes et sombres. Les fleurs
sont orientées vers le bas, comme suspendues. Leurs épaisses étamines blanchâtres pendent, tandis que les pétales se
recourbent modérément vers le haut.
Vigoureux, Lilium lancifolium se multiplie rapidement en formant des bulbilles en terre, qui permette à la souche de
s’étoffer rapidement. Mais pour notre plus grand plaisir, il forme également des bulbilles aériennes à l’aisselle de
feuilles, le long de la tige. Ceux-ci sont rouge sombre, épais au maximum de 7 millimètre, développant parfois de
minuscules débuts de racines avant de se détacher.
Lilium lancifolium termine son cycle de vie en aout- septembre. Les tiges aériennes sèchent et le bulbe du lis tigré entre
au repos.

Avantage(s) évolutifs possèdent

Chez les Gymnospermes et les Angiospermes les gamétophytes sont:
–très petits
–nourris et protégés par le sporophyte parent.

Quel est le niveau de ploïdie des cellules/ structures suivantes ?

- microsporocyte - mégasporocyte -microspore - mégaspore
- gamétophyte mâle (Gymnospermes) - gamétophyte femelle (Gymnospermes)
- gamétophyte mâle (Angiospermes) - gamétophyte femelle (Angiospermes)
- cellule(s) spermatique(s) -cellule du tube - oosphère
- cellule-mère de l’albumen / cellule centrale - tégument(s) - albumen
- zygote - embryon - sporophyte
- cotylédon(s) - spore(s) - gamétophyte

• Gène: portion d’un chromosome qui correspond

à un caractère héréditaire.
• Allèle: « version » d’un gène: ex.:
– Mouche à fruits: couleur des yeux: marrons, rouges et
blanc.
• Caractère génétique : Caractéristique
anatomique, physiologique ou comporementale
héréditaire.

Un couple de chromosomes homologues est un couple de chromosomes associés dans une même paire dans une cellule
durant la méiose.

Les chromosomes sont dits homologues lorsqu'ils sont évolutivement apparentés. Chez les organismes diploïdes, le
génome est composé de paires de chromosomes homologues formés d'un chromosome maternel et d'un chromosome
paternel.

La dérive génétique est l'évolution d'une population ou d'une espèce causée par des phénomènes aléatoires, impossible
à prévoir. Du point de vue génétique, c'est la modification de la fréquence d'un allèle, ou d'un génotype, au sein d'une
population, indépendamment des mutations, de la sélection naturelle et des migrations. La dérive génétique est causée
par des phénomènes aléatoires et imprévisibles, comme le hasard des rencontres des spermatozoïdes et des ovules,
dans le cas d'une reproduction sexuée
.Déf.:
–Changement de fréquences alléliques au cours des générations, lequel est imputable au seul hasard.
•Impacts:
–À l’origine de la diversité génétique

La divergence génétique est le processus par lequel deux ou plusieurs populations d'une même espèce ancestrale
accumulent des changements génétiques indépendants (mutations) à travers le temps, souvent après que les
populations sont devenues isolées génétiquement pendant un certain temps

La diversité génétique désigne le degré de variétés des gènes au sein d'une même espèce, correspondant au nombre
total de caractéristiques génétiques dans la constitution génétique de l'espèce (voire de la sous-espèce). Elle décrit le
niveau de la diversité intraspécifique. Elle se distingue de la variabilité génétique (en), qui mesure la variation des
caractéristiques génétiques d'un individu, d'une population, d'une métapopulation, d'une espèce ou d'un groupe
d'espèces2.

le flux génétique, aussi nommé flux de gènes ou migration des gènes, est l'échange de gènes ou de leurs allèles entre
différentes populations apparentées en raison de la migration d'individus fertiles ou de leurs gamètes1. Les flux
géniques ont généralement lieu au sein d’une même espèce, bien que différents exemples de flux de gènes
interspécifiques existent

Un gène, en génétique, est une unité de base d'hérédité qui en principe prédétermine un trait précis de la forme d'un
organisme vivant, tel que défini en 1909 par Wilhelm Johannsen. Au point de vue physique, un gène est un fragment du
locus déterminé d'une séquence d'ADN.

Le génotype est une partie donnée de l'information génétique (composition génétique) d'un individu1. Le génotype d'un
individu est donc la composition allélique de tous les gènes de cet individu

Isolement reproductif
On nomme mécanisme d'isolement reproductif tout mécanisme empêchant — ou limitant fortement — l'hybridation de
deux espèces habitant la même région, même lorsqu'elles sont étroitement apparentées.

Les termes de microévolution et macroévolution séparent l'étude des phénomènes d'évolution en fonction de la
grandeur d'échelle d'étude : la microévolution pour les changements au sein d'une même espèce, et la macroévolution
pour ceux qui ont lieu au stade supérieur à l'espèce.

Une mutation ponctuelle est un changement de la structure du gène, affectant un à plusieurs nucléotides (entre un et
dix).

Il existe quatre types de mutations ponctuelles :

mutation par substitution : remplacement d’un (ou plusieurs) nucléotides par un autre (ou plusieurs autres) ;
mutation par insertion : ajout d’un ou plusieurs nucléotides ;
mutation par délétion : perte d'un ou plusieurs nucléotides.
mutation par inversion : permutation de 2 désoxyribonucléotides voisins

le phénotype est l'ensemble des traits observables d'un organisme. Très souvent, l'usage de ce terme est plus restrictif :
le phénotype est alors considéré au niveau d'un seul caractère, à l'échelle cellulaire ou encore moléculaire. L'ensemble
des phénotypes observables chez les individus d'une espèce donnée est parfois appelé le phénome.

Le polymorphisme est la propriété qu'ont les individus d'une espèce de se présenter sous plusieurs formes différentes :

le polymorphisme génétique est la coexistence de plusieurs allèles au sein d'une même population créant des caractères
phénotypiques différents ;
le polymorphisme existe aussi comme expression de plusieurs phénotypes au sein d'une population d'individus
partageant le même matériel génétique, notamment à la fin de leur développement et en fonction de facteurs variés.
On parle alors plutôt de polyphénisme

Un pool génique est constitué par l'ensemble de l'information génétique possédée en commun par les membres d'une
population d'organismes sexuellement compatibles.
La recombinaison génétique est « le phénomène conduisant à l’apparition, dans une cellule ou dans un individu, de
gènes ou de caractères héréditaires dans une association différente de celle observée chez les cellules ou individus
parentaux »1. Cette définition recouvre deux processus complémentaires que sont les brassages intra et
interchromosomiques, et est toujours la définition utilisée en génétique, génétique des populations ou virologie, et peut
être considérée comme synonyme de brassage génétique.

la sélection naturelle est l'un des mécanismes moteurs de l'évolution des espèces qui explique le succès reproductif
différentiel entre des individus d'une même espèce et le succès différentiel des gènes présents dans une population.

Modifications structurales que peuvent subir des chromosomes

• Anomalies de structure des chromosomes : elles se manifestent par la modification de la constitution des
chromosomes à la suite de cassures et de recollements. Ces anomalies peuvent concerner un seul ou plusieurs
chromosomes et prendre différentes formes :
la duplication: même des chromosomes normaux contiennent des séquences de gènes qui se répètent de quelque
dizaines a plusieurs milliers de fois. Il s’agit de duplication
La délétion : c'est la perte d'un fragment de chromosome ;
La translocation : elle résulte du transfert d'un fragment du chromosome sur un autre chromosome et concerne donc au
moins deux chromosomes ;
l'inversion : c'est le changement de la position d'un fragment de chromosome issu de deux cassures sur un même
chromosome ; le fragment intermédiaire de soude sans qu'il y ait perte de matériel.