OFFRE DE THESE CNRS INEE 2009

Titre
Analyse et suivi de la biodiversité animale par des techniques innovantes de bioacoustique
Laboratoire d'Accueil
UMR CNRS 7205 Origine Structure et Evolution de la Biodiversité (Dir. Louis Deharveng)
Département Systématique et Evolution, Muséum national d'Histoire naturelle
45 rue Buon  75005 Paris | Contact : Jérôme Sueur  01 40 79 33 98

Encadrement
HDR : Philippe Grandcolas (UMR 7205)
Encadrant principal: Jérôme Sueur (UMR 7205)
Co-encadrant : Sandrine Pavoine (UMR 5173 CERSP)

Prol
L'accélération de la perte des habitats primaires et les modications climatiques en cours requièrent des
méthodes rapides d'évaluation de la biodiversité. Actuellement, l'estimation de la biodiversité locale re-
pose essentiellement sur le calcul d'indices (α) de richesse spéciqueet d'indices (β ) de similarité. Ces
indices nécessitent l'inventaire des espèces. L'échantillonnage est invasif, coûteux en moyens, temps et
eort humain. Il est donc nécessaire de trouver des solutions accélérant l'étude de la biodiversité lo-
cale. Or, une partie de la biodiversité animale se manifeste par des comportements sonores générant des
communautés acoustiques accessibles à distance. Une étude préliminaire a montré que la biodiversité
pourrait être suivie globalement par l'analyse des environnements sonores (Sueur et al. 2008, PLoS ONE,
3 : e4065). Plus un habitat est riche en espèces, plus l'environnement acoustique local est complexe.
L'entropie acoustique est donc en moyenne plus élevée dans un environnement riche en espèces. Cette
étude montre également qu'il est possible d'estimer des diérences dans la composition des communautés
à partir de calculs simples sur les paramètres temporels et fréquentiels. Cette méthode, au stade du déve-
loppement, doit être testée dans diérentes conditions sur des échantillons plus importants. L'objectif de
la thèse sera donc de savoir si la biodiversité peut être analysée et suivie avec abilité par des techniques
de bioacoustique. Le candidat devra aner les indices déjà créés en prenant notamment en compte des
paramètres d'amplitude absolue, et développer un indice d'originalité acoustique des habitats similaire
à ceux développés pour mesurer l'originalité des espèces dans un habitat (Pavoine et al. 2005, Ecology
Letters, 8 : 579-586). Il devra mettre en place des protocoles d'échantillonnages importants sur une échelle
spatiale (km2 ) et temporelle signicative (mois/année). Le travail de collecte de données se réalisera sur
deux sites remarquables et menacés par des stress extérieurs. D'une part, en partenariat avec François
Hardy du Parc Naturel Régional de la Haute Vallée de Chevreuse, le candidat analysera les communautés
sonores des milieux aquatiques subissant les pressions agricoles environnantes. Il essayera de mettre en
relation les indices acoustiques avec les indices physico-chimiques de qualité de l'eau. D'autre part, dans
le cadre de l'ANR Biodiversité BIONEOCAL (Philippe Grandcolas), il cherchera à tester la méthode
sur la biodiversité exceptionnelle de la Nouvelle-Calédonie. La Nouvelle-Calédonie est en eet un point
chaud prioritaire. Elle se caractérise par une richesse spécique très élevée et concentrée sur une petite
surface, un endémisme exceptionnel avoisinant parfois les 100%. Le candidat analysera la distribution
de l'endémisme des forêts en appliquant les indices déjà mis en place et en essayant de développer un
nouvel indice acoustique marqueur de l'endémisme. Ainsi, au-delà du simple développement technique
d'une nouvelle méthode, la recherche engagée permettra de mieux comprendre la distribution spatiale et
temporelle de la biodiversité. A partir de deux contextes bien distincts  les milieux aquatiques tempérés
et les habitats forestiers subtropicaux de Nouvelle-Calédonie  les résultats escomptés devront couvrir les
domaines de l'écologie fondamentale et appliquée.

Recrutement
Institut Ecologie et Environnement, CNRS. Consultez l'ore INEE #16 pour les modalités de candidature.