Université d’Alger1 Outils informatique

Faculté des sciences Master 1

Département SM Chimie Analytique

Nom Prénom Matricule/Groupe Note/20

chouadra ikram A2

Examen Final : Outils informatique

Partie 1:Modélisation Moléculaire

1- Quel est le principe de la modélisation moléculaire ?

La moldelisatoin moleculaire implique les methodes theorique *mecanique

moleculaire ,dynamique moleculaire, mecanique quantique ab initio et semi
empirique*pemettant de determiner la representatoin graphique de la geometrie ou la
configuratoin des atomes d un molecule et leurs proprietes thermodynamique et spectres
vibrationnels .

2- Quels sont les différents programmes utilisés dans la Modélisation Moléculaire ?

MM2 – MM3 –MM4,OPLS,GROMOS,SPASIBA,Emo ,AMBER
3- Donner l’expression de l’énergie totale en précisant la définition de chaque terme ?

E=E stretching +E bending +E torsion +E vanderwalls +E ele+E hydrogen

Le terme: stretching représente l’élongation des liaisons Le terme bending : représente la
variation des angles Le terme torsion se rapporte à l’énergie des angles dièdre Le terme
vdw: rend compte des énergies d’interaction non covalente entre atome non liée Le
terme Elec : rend compte des énergies d’interaction électrostatique entre atone non liée
Le terme hydrogen :rend compte des liaisons hydrogène

4- Quels sont les différents logiciels utilisés en Modélisation Moléculaire ?

Les logiciels de la modelisatoin moleculaire proprement dits tel que SYBYL,
MACROMODEL .

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Partie 2:Logiciel de Modélisation Moléculaire

a- Quelles sont les étapes d’un processus global d’un calcul de chimie quantique ?
Représentation des molécules en 3 dimensions Calculs Analyse des résultats
Lorsqu’on désire effectuer une recherche de simulation moléculaire, il faut s’assurer
d’utiliser un logiciel adéquat pour la méthode de simulation choisie.

b- Quel est logiciel utilisé pour visualiser les structures des molécules en 3D ?
Le logiciel Gussian
c- Le fichier résultat (appelé aussi fichier OUT) du logiciel Gaussian, peut étudier
plusieurs domaines. les citer ?

• la réactivité et des spectres de macromolécules. • les propriétés magnétiques

(déplacement chimiques. constantes de couplage RMN. ...) • des rotations optiques
de molécules chirales. • les énergies grâce aux méthodes simples Hartree-Fock et
Coupled Cluster. • les spectres de vibrations. les couplages vibration/rotation.

Partie 3:Méthodes Ab-initio

1- Quelle est la différence entre les méthodes Hartree-Fock et Post Hartree-Fock ?

La difference entre les methodes HF et PHF c’est que la methode HF ne tient compte de la
correlatoin et PHF prend en compte la correlatoin par les methodes Moller Pesset et les
interactions de configuration

2- Donner les différentes méthodes Post Hatree-Fock ?

Pour introduire la correlatoin electronique sont d un part les methodes appelees Post
Hartree Fock avec l’interactoin de configuratoin CI ,les mothodes de coupled cluster
CC et les many body perturbation theory <MP2,MP4>et d autre part les methodes qui
derivent de la theorie de fonctionnelle de densite DFT.
3- La méthode D.F.T  est venue corriger les méthodes dites Ab-initio (c'est-à-dire
Hartree-Fock) comment vous pouvez l’expliquer ?
Les approximations de la DFT sont similaires a celle appliquees aux methodes HF il
suffit de remplacer la contributoin d echange de la deviatoin de a fonctionnelle d
energie d echange et de correlatoin par rapport a la densite et l’ equatoin de
schrondinger est non dependante du temps et non relativiste

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 Bon courage

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