TD n°1 : Méthodologie

Licence 1 – Sciences de la vie – S2

U.E « Physiologie animale »

EPSVB2D2
 TD 1 Méthodo Méthode expérimentale

Claude Bernard, père de la méthode expérimentale: « On fait une observation ou une expérience. Mais une fois
l’observation ou l’expérience faite, on raisonne. C’est alors que toutes les explications peuvent arriver avec la
couleur de l’esprit de chacun ».

Selon lui, tout raisonnement scientifique doit s’appuyer sur une succession de trois phases :

• L’observation d’un fait ;

• Une hypothèse pour expliquer ce fait ;
• Une expérience permettant de confirmer ou d’infirmer cette hypothèse
(Expérience – Résultat – Interprétation – Conclusion)
 TD 1 Méthodo Tester une hypothèse

Réaliser une expérience où toutes les variables sont gardées constantes sauf celle que l’on veut tester

L’hypothèse de départ :

La germination a besoin d’eau :

TD 1 Méthodo Tester une hypothèse

• Expérience doit être reproductible : il faut la réaliser plusieurs fois

Comment sait-on que l’hypothèse de départ est juste ?

Réalisation de statistiques
 TD 1 Méthodo Un peu de stat

L’hypothèse de départ :

L’apport d’engrais
augmente la croissance
végétale
 TD 1 Méthodo Un peu de stat

Croissance végétale
6
σ𝐱
moyenne X = 5,6
𝐍 5

4 4,3
Taille (cm)
3

0
Sans engrais Avec engrais
Méthodo Un peu de stat

Faible
dispersion
des valeurs
Croissance végétale
6

5
5,6
4
4,3

Taille (cm)
3

Sans engrais Avec engrais

Forte
dispersion
des valeurs
 TD 1 Méthodo Un peu de stat

Croissance végétale

σ𝐱 6
moyenne X =
𝐍 5
5,6

σ 𝒙−𝐗 𝟐 4 4,3
Ecart-type = σ=

Taille (cm)
𝐍
3

sert à mesurer la
2
dispersion d’une série
statistique autour de sa 1
moyenne
0
Sans engrais Avec engrais
TD 1 Méthodo Un peu de stat
Croissance végétale
8

Faible 7

dispersion 6

des valeurs 5
5,6

Taille (cm)
4
4,3
3

Sans engrais Avec engrais

Croissance végétale
8

7
Forte 6
dispersion 5
5,6

Taille (cm)
des valeurs 4

3
4,3
2

Sans engrais Avec engrais

TD 1 Méthodo Un peu de stat

Importance de l’écart type

 TD 1 Méthodo Un peu de stat
Croissance végétale
8

L’apport d’engrais augmente la croissance végétale. 7

6
5
5,6

Taille (cm)
4
3 4,3
2
…et si ce résultat n’était dû qu’au hasard ? 1
0

Sans engrais Avec engrais

Un test statistique permet de déterminer si la différence observée est réelle ou due au hasard

Techniquement, on part de l'hypothèse que le résultat soit vrai : L’apport d’engrais augmente la croissance végétale.

Le test statistique permet de faire une mesure de l’incertitude en calculant une probabilité p que mon hypothèse soit
fausse et donc que l’augmentation de la croissance ne soit pas due à l’apport d’engrais mais due au hasard.
TD 1 Méthodo Un peu de stat

Deux cas avec des moyennes identiques mais dispersions différentes :

Réalisation d’un test statistique : Calcul de la probabilité p que le résultat soit dû au hasard.

Croissance végétale Croissance végétale

8 8

7 7

6 6

5
5,6 5
5,6

Taille (cm)
Taille (cm)

4 4

3
4,3
3
4,3
2 2

1 1

0 0

Sans engrais Avec engrais Sans engrais Avec engrais

p = 0,001 p = 0,1
0,1 % de risque que le résultat soit dû au hasard 10 % de risque que le résultat soit dû au hasard
0,1 % de risque de se tromper en affirmant que notre 10 % de risque de se tromper en affirmant que notre
hypothèse est VRAIE hypothèse est VRAIE
TD 1 Méthodo Un peu de stat

Ce risque d'erreur acceptable est conventionnellement fixé à 5%

donc p doit être inférieur à 0,05 pour que l’hypothèse soit vraie

Croissance végétale Croissance végétale

8 8

7 7

6 6

5
5,6 5
5,6

Taille (cm)
Taille (cm)

4 4

3
4,3
3
4,3
2 2

1 1

0 0

Sans engrais Avec engrais Sans engrais Avec engrais

p = 0,001 p = 0,1 Donc p > 0,05

Donc p < 0,05 : l’hypothèse est validée Risque d’erreur 10% > 5%
L’apport d’engrais augmente SIGNIFICATIVEMENT la l’hypothèse n’est pas validée.
croissance végétale. L’apport d’engrais n’a pas d’effet sur la croissance végétale.
 Méthodo Un peu de stat

Représentation graphique des stats

Croissance végétale
8

6 ** On l’indique sur le graphe par une *

5
5,6
Taille (cm)

4
4,3 Signification indiquée en légende de la figure :
3
* p < 0,05
2

Sans engrais Avec engrais ** p < 0,01

p = 0,001 < 0,01 *** p < 0,001

 TD 1 Méthodo Un peu de stat

Croissance végétale
*
8
* Les engrais A, B & C
7

6
*** entraînent une augmentation
SIGNIFICATIVE de la
Taille (cm)

5
croissance végétale.
4

3 L’engrais D n’augmente pas

2 la croissance = pas d’effet
1

Sans engrais Engrais A Engrais B Engrais C Engrais D

* p<0.05, *** p< 0,001 significativement différent

 Méthodo Fiche méthodo : analyse de documents

De l’insuline est injectée en intra-vasculaire à T0 à un rat pour

étudier son effet sur le taux de glucose sanguin. Des mesures de Réflexions :
glycémie sont réalisées à différents temps post-injection.
Bien comprendre le thème général de
* p < 0.05 par rapport à T0 (avant injection).
l’étude (ex. : étude de la prise
alimentaire, régulation de la fonction
cardiaque, régulation de l’homéostasie
Pré-requis
glucidique…)
Souligner les informations essentielles
(ex : lieu de production, site
d’injection,…)
 Méthodo Fiche méthodo : analyse de documents

De l’insuline est injectée en intra-vasculaire à T0 à un rat pour

étudier son effet sur le taux de glucose sanguin. Des mesures de
glycémie sont réalisées à différents temps post-injection.
* p < 0.05 par rapport à T0 (avant injection).

HYPOTHESE ?

L’insuline diminue la glycémie

Méthodo Fiche méthodo : analyse de documents
Réflexions : Ce que j’écris :

Bien comprendre le thème général de l’étude (ex. :

étude de la prise alimentaire, régulation de la fonction
Pré-requis cardiaque, régulation de l’homéostasie glucidique…)
Souligner les informations essentielles (ex : lieu de
production, site d’injection,…)

Analyse d’un document : 3 étapes :

1 – Présentation
2 – Résultats
3 – Conclusion /interprétation
 Méthodo Fiche méthodo : analyse de documents
En 2 lignes maxi (1 phrase simple), en
Comprendre le modèle (rat, souris,…)
suivant l’exemple suivant :
I/ Regarder le type de document (graphique, photo,…),
Présentation d’un Regarder ce qui est mesuré (par exemple: si on a un graphe, observer «C’est une courbe qui représente la
document ce qui est mesuré (axe y) en fonction de la variable (axe x)). glycémie EN FONCTION du temps EN
Regarder le lieu d’administration et de prélèvement. RÉPONSE À une injection d’insuline en
IV chez le rat ».
 Méthodo Fiche méthodo : analyse de documents

Lorsqu’un test statistique a été effectué, comprendre ce qu’indique le

test à savoir « c’est significativement différent » ou « ce n’est pas
significativement différent ». De là découlent 3 possibilités:
- augmentation significative,
- diminution significative,
II / Résultats - pas de différence significative.
 Méthodo Fiche méthodo : analyse de documents
Lorsqu’un test statistique a été effectué, comprendre ce qu’indique le
test à savoir « c’est significativement différent » ou « ce n’est pas En 3 lignes maxi (1-2 phrases simples), en
significativement différent ». De là découlent 3 possibilités: suivant l’exemple suivant :
- augmentation significative,
- diminution significative,
II / Résultats - pas de différence significative. « L’injection d’insuline en IV provoque
une diminution significative de la
Il faut se préparer à donner des % et/ou valeurs permettant de décrire
l’augmentation ou la diminution observée. glycémie. La glycémie passe de 1,5 g/l à
Si aucun test statistique n’est effectué (ex. : photographie 0.4 g/l en 30 minutes puis reste stable de
d’immunohistochimie), il faut s’en tenir aux variations essentielles, donc à
30 à 120 min »
ce qui saute aux yeux (ex. : présence ou absence d’un récepteur).

* p < 0.05 par rapport à T0

(avant injection).
 Méthodo Fiche méthodo : analyse de documents

Attention, il ne faut pas répéter les résultats.

Cette partie permet de répondre aux questions telles que « quel est
l’effet de… », « quelle est l’action de… », soulevées dans l’expérience. En 1 à 3 lignes maxi, en suivant
Autrement dit, répondre à la question « qu’a permis de montrer cette l’exemple suivant :
expérience ? ».
III /
Attention au FINALISME : Ne pas confondre la conséquence et le
Interprétation mécanisme. L’étudiant dit souvent « à quoi cela va servir » … mais la « L’insuline est une hormone qui
science demande « les mécanismes » moléculaires/cellulaires
Conclusion diminue la glycémie ».
impliqués.
Exemple : « Je ne sécrète pas l’insuline pour faire baisser la glycémie.
Les modifications de glycémie me font sécréter de l’insuline pour
réguler/maintenir la glycémie. Si la glycémie est élevée, je secrèterai
beaucoup d’insuline (la baisse est la conséquence, et non la cause) et
si la glycémie est basse, je sécrèterai peu d’insuline».
Les molécules, cellules n’ont pas d’intention !
Réponse à l’hypothèse de départ : L’hypothèse est juste
Méthodo Fiche méthodo : analyse de documents

Préparez vos TD:

Regardez en amont les documents qui vous sont proposés

et faites en l’analyse chez vous avant de venir en TD.

 TD 1 Méthodo Expérimentation animale

• Origine des animaux -

Elevages ou fournisseurs agréés (standardisation): avantages ?
Un vétérinaire et une structure du bien-être des animaux.
Des inspections régulières.

• Licéité - si elle est nécessaire et irremplaçable

REGLE des 4R :
Réduire : pour tout nouveau projet, l’équipe de recherche doit fournir un protocole détaillé des expériences ainsi qu’une
estimation du nombre minimum d’animaux jugés indispensables à l’obtention de résultats statistiquement exploitables.
Raffiner : choisir un modèle apte à reproduire, le plus fidèlement possible, la pathologie étudiée. Limiter l’angoisse,
l’inconfort et la douleur.
Remplacer : utiliser des méthodes alternatives quand c’est possible.
Retraite/Rehabiliter

• Douleur – anesthésie

• Evaluation éthique et autorisation des projets de recherche - par un comité d'éthique agréé.
TD 1 Méthodo Quelques notions d’expérimentation animale

I/ Mesure de paramètres sur l'animal éveillé ou après sacrifice

- soit sur l'animal éveillé:

-soit après euthanasie:

TD 1 Méthodo Quelques notions d’expérimentation animale

II/ Prélèvements

-sanguins: Dosage plasmatique (hormones, cytokines, cholestérol, glucose,...)

-tissulaires: Dosage activité enzymatique, métabolites (ex.: glycogène hépatique en TP),

variation d'expression protéique (Western Blot), de gènes (qPCR),
extraction cellulaire (adipocyte isolé),
biopsie (histologie), queue (génotypage)

-salivaires: test ADN

-urinaires: glucose, EPO

-fèces: identification du contenu intestinal en bactéries

 TD 1 Méthodo Quelques notions d’expérimentation animale

III/ Injections:

• intraveineuse/intra-artérielle (cathéter: veine fémorale, carotide, jugulaire, veine porte)

• gavage (sonde) ou intragastrique (cathéter): perfusion d'agents impliqués dans la nutrition/alimentation

• intracérébroventriculaire (cathéter): mise en place de cathéter dans les ventricules cérébraux (latéraux, 3ème ou
4ème)

• intrapéritonéale

• sous-cutanée (mise en place de capsules permettant la libération progressive)

TD 1 Méthodo Quelques notions d’expérimentation animale

IV. Chirurgie:

• Mise en place de cathéter (veine, artère,...)

• Greffes

• Ablation (à condition de ne pas tuer l'animal...ex.: foie)

• Lésions provoquées: cerveau, veines

• Modèles de chirurgie pour l'homme: gastrique by-pass, pacemaker, prothèse d'épaule et de hanche,...
TD 1 Méthodo Partie I – Etude de document : LA LEPTINE

La leptine est une hormone sécrétée par le tissu adipeux. Le tissu adipeux est un tissu composé
majoritairement d’adipocytes qui assure la synthèse, le stockage et la libération des lipides. Le but
des documents ci-dessous est d’identifier le rôle de cette hormone dans le contrôle de la prise
alimentaire.

A la suite de l’étude des documents, vous réaliserez un schéma de synthèse expliquant l’effet de
la leptine dans le contrôle de la prise alimentaire.

• Souligner dans le texte les infos importantes

• Pour chaque doc : faire une analyse en 3 parties • présentation

• résultats
• conclusion
TD 1 Méthodo Partie I – Etude de document : LA LEPTINE

Pour faciliter la réalisation du

schéma, notez les conclusions

de chaque figure sur une feuille

à part.
TD 1 Méthodo Partie I – Etude de document : LA LEPTINE

Figure 1 : taille des adipocytes chez des rats

* nourris de façon normale (noir), suralimentés(gris)
ou à jeûn (blanc)
*
* p < 0,05 significativement différent
*

Figure 2 : Expression de la leptine en fonction de la taille

d’adipocytes isolés chez des rats (I : plus petit et IV : plus gros)

* p < 0,05 significativement différent par rapport à la fraction I

TD 1 Méthodo Partie I – Etude de document : LA LEPTINE

Figure 3 :
Immunohistochimie réalisée sur des coupes transversales de cerveau de rat à l’aide
d’anticorps dirigé contre le récepteur de la leptine

Figure 4: Effet de l’injection de doses croissantes

de leptine en intra cérébro venticulaire chez des rats
sur la prise alimentaire (A)
et sur le poids (B)

*p < 0.05 ; ** p < 0,01 significativement différent

TD 1 Méthodo Partie I – Etude de document : LA LEPTINE

Figure 5: Variations de la prise alimentaire et du poids chez des animaux déficients pour la leptine
* p < 0.05 significativement différent par rapport au contrôle
TD 1 Méthodo Quelques notions d’expérimentation animale

V/ Modèles physiologiques vs modèles physiopathologiques

Animaux KO: invalidation spécifique d'un gène d'intérêt et observation des conséquences
sur l'animal (ex.: développement des tissus, paramètres sanguins, comportement…).

• KO total (dans tout l'organisme)

• KO tissu spécifique

Exemples:
• souris nude: invalidation du gène nu

• souris KO pour la leptine : souris Ob/Ob

TD 1 Méthodo Partie I – Etude de document : LA LEPTINE

Figure 6 : Effet d’un antagoniste (antago) au récepteur de la leptine

injecté en intra cérébro venticulaire chez des rats sur la prise
alimentaire.

Rappelez la définition d’antagoniste.

Quelle est l’hypothèse expérimentée dans la figure 6?
Pour déterminer si votre hypothèse est juste, quelle(s) comparaison(s) statistique(s) doivent être effectuées ?
 TD 1 Méthodo Partie II – Exercice : Mouvements ioniques

Figurez à l’aide d’un schéma :

La polarité membranaire, les gradients osmotique (ou gradient de concentration), électrique et
électrochimique (ou driving force) auxquels sont soumis deux des principaux ions (K+, Cl-) que
l’on rencontre dans les milieux intra et extra-cellulaires des invertébrés marins, dans le cas où le
potentiel de membrane Vm= -90 mV (on se mettra à 20°C) :

Coefficients pour application de l’équation de Nernst :

R = 8.314 ; F = 96 500 ; T = température absolue ; Z = valence de l'ion X ;
[K+]e = 20mM, [K+]i = 400mM, [Cl-]e = 470mM et [Cl-]i= 40mM.
 TD 1 Méthodo Partie II – Exercice : Mouvements ioniques

Figurez à l’aide d’un schéma :

• La polarité membranaire, ++++ & - - - -

• les gradients osmotique (ou gradient de concentration), GC K+ GC Cl-

GE K+ GE Cl-
• électrique
• et électrochimique (ou driving force) GEC K+ GEC Cl-

auxquels sont soumis deux des principaux ions (K+, Cl-) que l’on rencontre dans les milieux intra
et extra-cellulaires des invertébrés marins,
• dans le cas où le potentiel de membrane Vm= -90 mV (on se mettra à 20°C) :

Coefficients pour application de l’équation de Nernst :

R = 8.314 ; F = 96 500 ; T = température absolue ; Z = valence de l'ion X ;
[K+]e = 20mM, [K+]i = 400mM, [Cl-]e = 470mM et [Cl-]i= 40mM.
 TD 1 Méthodo Partie II – Exercice : Mouvements ioniques
Coefficients pour application de l’équation de Nernst : ++++ ----
R = 8.314 ; F = 96 500 ; T = température absolue ; Z = valence de l'ion X ;
[K+]e = 20mM, [K+]i = 400mM, [Cl-]e = 470mM et [Cl-]i= 40mM. GC K+ GC Cl-
on se mettra à 20°C.
GE K+ GE Cl-
Vm= -90 mV :

GEC K+ GEC Cl-