Etat de la recherche sur les légumineuses

Nadim TAYEH
INRAE, Dijon
Légumineuses : usages variés et fort potentiel
Légumineuses en France : entre insécurité et instabilité
Surfaces de légumineuses en graines en France (ha)

Déforestation
55
OGM

Pesticides

Nombre de variétés pour atteindre 75% du marché

ventes en France (2016/2017)
BLE TENDRE
SOJA

Semences POIS PROTEAGINEUX

FEVEROLE
certifiées LUPIN BLANC
LUZERNE
Semences TREFLE BLANC

de ferme TREFLE VIOLET

VESCE COMMUNE

Lentille
POIS FOURRAGER

0 10 20 30 40 50
Nombreuses espèces de légumineuses et espace de recherche très vaste

7 Lupin blanc
Pois 147 Lotier du Japon
Fève/roles 24 Pois chiche 7 Lupin changeant
Lentille 5 Lotier corniculé 1
Vesce commune 23 Lupin jaune
Vesce velue 3
Cicereae Loteae Genisteae
Vesce de Hongrie 1
Gesse 60 Soja
Luzerne 68
221 Haricot
Viceae Luzerne tronquée Sainfoin 2
33 1 Haricot-fleur
Trèfle blanc
Trèfle violet 32 Niébé

Trèfle d’Alexandrie 4 Hedysareae Phaseoleae Arachide

Mélilot
Trifolieae
Dalbergieae
Légumineuses
• Espèces soulignées, légumineuses fourragères ; En rouge, légumineuses modèles
• Chiffres en bleu, variétés inscrites au catalogue officiel des espèces et variétés de plantes cultivées en France (03 Février 2020)
 Numerous Traits Need To Be Considered and Improved
Nombreux freins à la production et solutions à trouver par la recherche

Stress abiotiques Interactions plante-plante

Stress biotiques Rendement et qualité
nutritionnelle
Trouver les solutions à l’échelle du système et au plus près des plantes !
Comprendre, maitriser et exploiter l’effet précédent des légumineuses dans le système
Espèces de printemps

Espèces d’été

Précédents printemps Précédents été Précédents printemps Précédents été

Thèse de Mae Guinet, INRAE, UMR Agroécologie ; thèse encadrée par A. S. Voisin et B. Nicolardot Guinet et al., 2018. Innovations agronomiques
Augmenter et stabiliser les rendements des légumineuses en les associant à d’autres cultures
(q/ha) (q/ha)
70
Rendement total de l’association

Rendement total de l’association

70

60 60

50 50

40 40

30 Hr 2018 30 Ehogold 2018

Hr2 2018 Flamenko 2018
20
hr 2019
Pois 20 Blé
Ehogold 2019
Hr 2019
10 10 Flamenko 2019
Thèse de Thibault Guégan, INRAE,
0 UMR Agroécologie ; thèse encadrée 0
0 20 40 60 80 0,0 10,0 20,0 30,0 40,0 50,0 60,0 70,0
Rendement Moyen des cultures pures (q/ha) par J. Burstin et C. Lecomte Rendement Moyen des cultures pures (q/ha)
(kg/m²) (% MS)
Rendement total de l’association

Teneur en protéines de la céréale

associée
Laurent Bedoussac et collaborateurs,
INRAE, UMR AGIR
Rendement Moyen des cultures pures (q/ha) Teneur en protéines de la céréale pure (% MS)
Effet de la diversité génétique des espèces en mélange sur la fourniture de fourrage

5 mélanges 7 espèces fixes Légumineuses

Trifolium repens
Graminées Trifolium pratense
Diversité génétique des espèces variable entre
mélanges Dactylis glomerata Lotus corniculatus
Festuca arundinacea Medicago sativa
Lolium perenne

• Sans fertilisation • Mesures de biomasse par • Mesures diversité bactérienne par

• Fauche régulière espèce 3 fois/an méta-génomique (année 5)

& ANR-13- ADAP-0015

11 avril 2019
Maison des Océans | PARIS
Thèse de Julien Meilhac, INRAE, URP3F ; thèse encadrée par I. Litrico Meilhac et al., 2019. Annals of Botany
Effet de la diversité génétique des espèces en mélange sur la fourniture de fourrage

Biomasse totale du Biomasse totale

mélange (g.m²) du mélange (g.m²)
Ordination (NMDS) des mélanges Effet positif
par niveau taxonomique OTU

Effet positif

Effet positif

Année après installation Mélanges

Maintien des espèces et Diversité bactérienne

Productivité et stabilité
qualité du fourrage du sol associée

11 avril 2019
Maison des Océans | PARIS 10
Thèse de Julien Meilhac, INRAE, URP3F ; thèse encadrée par I. Litrico Meilhac et al., 2019. Annals of Botany
Encore mieux réussir son association : la génétique pour créer la variété de demain
Gel

• 170 variétés de pois d’hiver Semis Floraison Récolte

• 2 variétés de blé 2019

23 octobre Mi-avril Mi-juin Début juillet

(Ps ; Ta)
 Biomasse aérienne (Ps ; Ta)

Nombre de variétés
 Vitesse de fermeture du couvert
 Rendement total (Ps ; Ta)
(Ps ; Ta)
 Rendement par partenaire (Ps ; Ta)
 Teneur en protéine des grains
 Taux de grains bruchés(Ps) Pourcentage de fermeture du couvert (3 Mai 2019)

Vers l’identification de marqueurs en lien

avec l’aptitude à l’association chez le pois
Type Hr Afila Type hr Afila
Type Hr Feuillu Type hr Feuillu

Thèse de Thibault Guégan, INRAE, UMR Agroécologie ; thèse encadrée par J. Burstin et C. Lecomte
Déployer la génétique au service de l’amélioration des légumineuses

Un lien Une cible

Une observation Un progrès ....

Pois et luzerne, les légumineuses les plus travaillées en recherche en France

 A l’exception du soja, cohérence du classement entre France et Monde

Selon : Web of Science (10 Février 2020)

Inspiré de : Magrini et al., 2019. Sustainability
La génétique pour réduire le goût désagréable des graines de légumineuses
destinées à l’alimentation humaine
 Accumulation de saponines -> amertume  Oxydation des lipides par des lipoxygénases
 1 gène codant une enzyme clé de la voie (LOX) -> Goût vert “beany taste”
de biosynthèse des saponines identifié :  2 gènes codant les lipoxygénases majeures
β-amyrine Synthase (Bas1) des graines de pois identifiées : LOX1 et
Teneur en saponines (g.kg-1)
LOX2
0,9
0,8
0,7
0,6 WT
0,5 lox3 -58%
0,4
0,3
WT
0,2 lox2 -79%
0,1 0 50 100 150 200 250
0,0 Activité LOX (ULOX/ml)
WT bas1

Mutant Mutant
zéro saponine Faible LOX

 Déclaration d’invention
 Transfert vers la selection pour
introgression dans des variétés élites
La génétique ... pour identifier les loci responsables de la tolérance à un stress abiotique, le gel
Régulon CBF

CBF

Froid
CBF CBF Tolérance
au gel
CBF

CBF/DREB1

% lignées
EDEN
(parent récurrent)

Tolérant Score de tolérance au gel Sensible

Theix (2013-2014)
Sélection assistée par marqueurs
Lejeune-Hénaut et al., 2008. Theoretical and Applied Genetics Nouveau type variétal : pois Hr
Tayeh et al., 2013. BMC Genomics
Klein et al., 2014. Theoretical and Applied Genetics Hascoet et al., 2015. Poster Beji et al., 2020. BMC Genomics
La génétique ... pour faire la différence face aux pathogènes, les agents de la pourriture racinaire
QTL à l’origine de:
Astronaute
 résistance à Safran
Aphanomyces
1 Nulle Kayanne
 surface racinaire
+ toutes les autres
 perte de racines
variétés de pois de
/infection 2 Très faible printemps
3 Faible Poseidon
Faible à Kagnotte
4
Moyenne
Karacter
5 Moyenne
Moyenne
6
à Bonne
7 Bonne
Bonne à
8
Très bonne
9 Très bonne

Note de préservation du rendement

6 lieux en France ; 2 années vis-à-vis d’Aphanomyces (CTPS)
Lavaud et al., 2015. Theoretical and Applied Genetics Desgroux et al., 2018. Frontiers in Plant Science
La génétique pour aller au-delà des limites du phénotypage classique
 336 accessions de pois dont 20 % du
pois sauvage
Longueur totale des racines

Nombre de nodules

 population biparentale issue d’un croisement entre Caméor et

Ballet – 207 individus

Bourion et al., 2010. Theoretical and Applied Genetics

Mettre en lien les traits et leurs déterminants génétiques ... Comprendre et pyramider
La révolution par la génomique chez les légumineuses, c’est chose faite/en cours ...

Plante & moi

Génome du pois

3.9% (class II): 5.4%

(class I): 77.8%

https://urgi.versailles.inra.fr
/Species/Pisum

cv. Caméor
(Seminor, 1973)
300
376
239
334

PHr, Pois d’hiver Hr PP, Pois de printemps

Phr, Pois d’hiver hr AMS, Architecture et multi-
stress
 S1
Génome du lupin blanc

Nombre de racines dans les 10

premiers cm du système racinaire Racines latérales
Racines protéoides
cv. Amiga

Z-scores associés aux niveaux d'expression

(Florimond Desprez, 1985)
https://www.whitelupin.fr

63 gènes

Expression relative
Génome de la luzerne Génome de la féverole
https://medicago.toulouse.inra.fr/MsatMercedes-NRGENE-20181029

cv. Mercedes
[4x=32] Hedin/2 (Université de Göttingen)
(Limagrain, 1995)

Taille du génome (Gb)

Le génotypage par séquençage pour distinguer les variétés de luzerne à l’inscription

Distance phénotypique (GAIA)

ACP sur 20 variétés
 4 bulks de 100 plantes par variété
 39 424 marqueurs au total

Julier et al., 2018. Molecular Breeding Distance génétique (FST)

Ressources « made in France » pour la recherche et la sélection chez les légumineuses

Mutants TILLING

Marqueurs

Platformes de Populations
génotypage biparentales

Collections nationales de
Outils ressources génétiques
Données
d’analyses d’expression
génétiques Bioinformatique
Dalmais et al., 2008. Genome Biology Alves Carvalho et al, 2015. the Plant Journal
Tayeh et al., 2015. the Plant Journal Boutet et al, 2016. BMC Genomics
Carillo-Perdomo et al., 2020. Soumis
La recherche au plus près de la sélection avec les premiers programmes de sélection génomique

Principe de la sélection génomique d’après Crossa et al. 2017

La sélection génomique se poursuit dans :

Tayeh et al., 2015. Frontiers in Plant Science

Vers la transdisciplinarité et la notion d’holobionte Génotype Kayanne Kayanne
Traitement Puget Puget
Prélèvement
1

RESILIENCE

Cluster 1
3 1
100% TOLERANCE RECUPERATION 4

delta
temps de retour
Trait
(% comparé au
contrôle)
Transcriptome Métabolome

Cluster 2
2

vitesse
latence
3

stress conditions optimales temps Plante Sans stress

Plante x rhizobium Stress hydrique 6
4

Plante x rhizobium x Stress hydrique x

microorganismes stress thermique

Quels traits d’architecture permettent au pois en

particulier et aux légumineuses en général de mieux
tolérer Stress Hydrique et Fortes températures ?

Idéotype(s) avec résilience au réchauffement climatique

Couchoud et al., 2020. Frontiers in Plant Science

ARECOVER EAUPTIC
La transdisciplinarité, pour aller plus vite vers de l’appliqué ?!

Projet PEAVALUE, ANR 2020-2023, porté par K. Gallardo

La recherche translationnelle : il est bien temps !
Phénotype

Génétique Génomique Translationnel

Des ponts de transfert de connaissances entre légumineuses à construire !

Lupin blanc
Pois Lotier du Japon
Fève/roles Pois chiche Lupin changeant
Lentille Lotier corniculé
Vesce commune Lupin jaune
Vesce velue
Cicereae Loteae Genisteae
Vesce de Hongrie
Gesse Soja
Luzerne
Haricot
Viceae Luzerne tronquée Sainfoin
Trèfle blanc Haricot-fleur
Trèfle violet Niébé

Trèfle d’Alexandrie Hedysareae Phaseoleae Arachide

Mélilot
Trifolieae
Dalbergieae
Légumineuses
• Espèces soulignées, légumineuses fourragères ; En rouge, légumineuses modèles
Conservation du gène contrôlant la longueur de tige entre la luzerne tronquée et la luzerne cultivée

CONSTANS-like
Variant non synonyme
Variant non synonyme induisant
un décalage de cadre de lecture

Luzerne tronquée Luzerne

Mutation constans-4111 :
Effet dose significatif pour la hauteur de
tige chez la luzerne : à 21 jours, les
quadruplex et les triplex sont 11,8 cm
plus longs que les nulliplex

Julier et al 2007. Theoretical and Applied Genetics

Pierre et al., 2008. Theoretical and Applied Genetics
Gréard et al., 2018. Molecular Breeding
Conservation d’un gène contrôlant la longévité des graines entre la luzerne tronquée et le pois

Gène associés à la longévité

Luzerne tronquée
• Réseau de co-expression génique du développement de la graine et
associé à l’acquisition de la vigueur germinative
• La longévité des graines a évolué en co-optant des voies d’activation de
défense contre les pathogènes nécrotrophes

Bleu et jaune: elements cis de

promoteurs impliqués dans la réponse
aux agents pathogènes

140
14

-> transfert vers pois

Teneur en oligosaccharides

20
Teneur en chlorophylle

12 120

•
10 100
15
Identification de facteurs de transcription co-régulant la
Longévité

8 80

6
10 60 longévité des graines et des facteurs anti-nutritionnels :
4
5
40
présence de chlorophylle dans les graines matures et des
2 20

0 0 0
oligosaccharides de la famille des raffinose (RFO).
WT Psabi5 WT Psabi5 WT Psabi5
Génotype Génotype Génotype

Righetti et al., 2015. Plant Cell Zinsmeister et al., 2017. Plant Cell
Vers la recherche translationnelle entre espèces à intérêts agronomiques ...

Résistance aux bruches Résistance à la pourriture racinaire

Féverole Lentille

Pois

XpressRésiBruch
Des partenariats déjà nombreux autour des légumineuses mais à renforcer et à élargir

36
• 53 projets sur les légumineuses impliquant des

NOMBRE DE PROJETS (2019)

chercheurs à l’INRA en 2019
• 12 thèses en cours (tous domaines confondus) regional
National
EUROPEEN
International
 Projets toujours en amont de la création variétale 8
4 5

 Ciblé sur espèces phares : pois… ECHELLE

4
INRA 2 11
ANR
Interprofession
3
FUI
Terres Inovia-INRA 3
Institut Carnot
CASDAR
Autre 4 5
4
La recherche sur les légumineuses : entre science, société et politique

Débouchés
Autonomie Transition
protéique agroécologique

Durabilité Diversification
des systèmes Recherche des cultures
appliquée
Production
Sélection

= facteurs limitants
Ingrédients pour un progrès génétique réussi

P A R T A G E
R E S S O U R C E S
O R G A N I S A T I O N
G E N E T I Q U E
R E C H E R C H E
E V A L U A T I O N
S T R A T E G I E
Remerciements

Judith Burstin Laurent Bedoussac

Gérard Duc
Virginie Bourion
Vanessa Vernoud
Marion Prudent
Richard Thompson Julia Buitink
Karine Gallardo
Thibault Guégan
Anthony Klein
Dominique Millot
Marie-Laure Pilet-Nayel

UMRT BioEcoAgro
Julien Bouffartigue
Isabelle Lejeune-Hénaut
URP3F
Bernadette Julier

Benjamin Péret
Prolongeons la célébration des légumineuses et faisons de ce 11 Février une date à retenir !

 Pour des systèmes alimentaires durables  Pour un monde de #FaimZéro