BMC Fiches UE M1S1 - 2022-2023

Faculté des Sciences et Ingénierie Master
Sorbonne Université Biologie Moléculaire et Cellulaire
MU4BM001 ATELIERS DE BIOLOGIE MOLECULAIRE ET CELLULAIRE
Anthi KARAISKOU anthi.karaiskou@sorbonne-universite.fr

Responsable(s)
Laure BIDOU laure.bidou@i2bc.paris-saclay.fr
Annie‐Laure BERNARD
Gestionnaire(s) annie‐laure.bernard@sorbonne‐universite.fr
Tél. : 01 44 27 47 29
Semestr
ECTS Présentiel / Distanciel Effectif maximal
Modalités e
S1 12 Présentiel 200
Travail
Cours TD TP Site
Volume horaire personnel
4 10 106 Campus P&M Curie
Langue
Cours TD TP Supports de cours
d’enseignement
Français/Anglais Français Français/English Français/English Français/English
Evaluations Consulter le document « Dates et barèmes » et /ou le responsable d’UE
Type d’UE Orientation vers le(s) parcours

Atelier
Présentation pédagogique de l’UE
Cette unité d'enseignement vise à former les étudiants à la démarche expérimentale

en sciences de la vie et a pour missions de :
‐ développer la rigueur, le sens critique et l'esprit d'analyse,
‐ initier à certaines techniques de biochimie, biologie cellulaire, biologie moléculaire,
Objectifs
immunologie, génétique et microbiologie.
Les trois semaines d’ateliers pratiques sont complétées, la quatrième semaine, par
une initiation à la bioéthique et une formation à l’utilisation des ressources
documentaires.
‐ contrôle et signalisation moléculaire du cycle cellulaire
‐ mécanismes d'immunité à l'infection virale par un bactériophage,
‐ purification puis analyse fonctionnelle d’une protéine recombinante.
Thèmes Ces thèmes seront abordés à l’aide de modèles biologiques variés, comme la
abordés bactérie, la levure, l’ovocyte de Xénope et les cellules de mammifères. Les étudiants
appréhenderont ainsi les limites de chacun de ces modèles expérimentaux au
travers d’une série d’expériences cadrées.
Prérequis
Aucun
A l’issue de l’UE, les étudiants auront acquis la maîtrise conceptuelle et pratique de

diverses techniques : clonage, PCR, production et purification d’une protéine
recombinante, mise en évidence d’une interaction ADN‐protéine, culture cellulaire,
expression d’un gène rapporteur, immunoblotting, immunofluorescence, analyse
Compétences
d’échantillons par cytométrie en flux, construction et analyse de banques, analyses
acquises à
in silico, crible fonctionnel chez la bactérie, ...
l’issue de l’UE
(concepts,
Les étudiants apprendront à adapter un protocole expérimental, à le mettre en
méthodologie
œuvre et ils tiendront un cahier de laboratoire permettant le suivi rigoureux des
et outils)
expériences, de leurs résultats et de leurs interprétations. Ils seront capables de
présenter, oralement et à l’écrit, les principes des techniques abordées, les résultats
obtenus et d’en faire une discussion approfondie.
Equipe pédagogique
Animatrices de l’équipe : Laure Bidou et Anthi Karaiskou

Responsables des ateliers pratiques :
• Marika Miot et Manuela Dezi,
• Laure Bidou et Frédérique Quignon,
• Iva Simeonova et Anthi Karaiskou.
Responsable de l’initiation à la bioéthique : Nicolas Heck.
Responsables de la recherche documentaire : Julien Prost et Lorette Bonnetain (BU).
Les enseignements sont dispensés par les enseignants‐chercheurs des équipes pédagogiques de
biochimie & biologie moléculaire, de biologie cellulaire et de génétique de Sorbonne Université.
MU4BM002 COMMUNICATION ET SIGNALISATION CELLULAIRES

Responsable(s) Marta GARCIA marta.garcia@sorbonne-universite.fr
Carine JOSEPH
Gestionnaire(s) carine.joseph@sorbonne‐universite.fr
Tél. : 01 44 27 35 35
Semestre ECTS Présentiel / Distanciel Effectif maximal

Modalités
Cours/confére Travail
TD TP Site
Volume horaire nces personnel
40 20 Campus P&M Curie
Langue
d’enseignement
Français/Anglais Français Français Français/Anglais

BCBDBCS
UE fondamentale au choix
Les phénomènes de prolifération, différenciation et de plasticité cellulaire

impliquent un grand nombre de signalisations paracrine et/ou juxtacrine. Cette
Objectifs unité d'enseignement permettra aux étudiants d'acquérir une vision globale de la
signalisation cellulaire et plus particulièrement dans les domaines de la biologie
cellulaire, cellules souches, biologie du développement et l’oncogenèse.
Transduction du signal :
 Récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) : signalisation ; notions
d’agoniste, antagoniste, agoniste inverse, ligands biaisés ; dimères ;
DREADDs et chemogénétique.
 Récepteurs à activité tyrosine kinase (RTK): structures, mécanismes
d'activation, principales voies de transduction (MAPK, PI3kinase).
Thèmes Implication dans l’oncogenèse.
abordés  Récepteur à activité sérine‐thréonine kinase (TGF‐Smad).
 Récepteurs couplés aux Jak‐STATs.
 Les voies Wnt / La voie Shh: Implication des voies de signalisation Wnt
et Shh au cours du développement embryonnaire et l’émergence de
pathologies
‐Adhérence :
Bases mécaniques et moléculaires de l’adhésion cellulaire au cours du développement
et lors de l’homéostasie cellulaire normale et pathologique.
‐BCR et TCR :
Signalisation par les récepteurs spécifiques de l'antigène (BCR et TCR, B et T cell
receptor) et les principaux co‐récepteurs associés.
‐Apoptose :
 Rôles physiologiques et pathologiques
 Les voies d'activation et leurs régulations
 Cancer et apoptose : acteurs moléculaires et molécules thérapeutiques
ciblant l’apoptose.
‐Autophagie : mécanismes moléculaires, rôles physiologiques et pathologiques
‐Séminaires scientifiques : les thèmes changent chaque année en fonction des

intervenants invités.
‐ Organismes pluricellulaires
‐ Les différents niveaux structuraux des protéines et les modifications post
traductionnelles.
Prérequis ‐ Les bases de l'enzymologie.
‐ Concepts de biologie moléculaire
‐ Immunologie : principes de base de l’immunité, les lymphocytes B et T et les
récepteurs de l’antigène.
- Connaissance des concepts fondamentaux en signalisation cellulaire et des
Compétences
approches expérimentales pour les étudier
acquises à
- Evaluer la validité des résultats scientifiques.
l’issue de l’UE
- Savoir analyser et critiquer les résultats expérimentaux et/ou de protocoles
(concepts,
d’expériences
méthodologie
- Compréhension de séminaires scientifiques
et outils)
Equipe pédagogique
‐ Animateur de l’équipe : Marta Garcia

‐ Cours Magistraux : Valérie Bello, Hélène Birbes, Carole Elbim, Marta Garcia, Ronan Le Bouffant, Anne
Roumier et Sylvia Soares.
‐ Travaux dirigés : Valérie Bello, Rozenn Bernard, Carole Elbim, Marta Garcia, Ronan Le Bouffant,
Barbara Le Bras, Anne Roumier et Sylvia Soares.
MU4BM003 INTERFACE SYSTEME IMMUNITAIRE / MICROORGANISMES

Sébastien ANDRE sebastien.andre@sorbonne‐universite.fr
Responsable(s)
Nathalie JOURDAN nathalie.jourdan@sorbonne‐universite.fr
Carine JOSEPH
Tél. : 01 44 27 35 35

Modalités
Travail
Volume horaire Cours TD TP Site
personnel
(H)
44 14 ‐‐ ‐‐ Campus P&M Curie
Langue
d’enseignement
Français/Anglais Français Français Français / Anglais
Orientation vers le(s) parcours

Type d’UE
UE fondamentale au choix Immuno / Microbio
Cette unité d'enseignement d’interface entre deux disciplines, l’immunologie et la

microbiologie, a pour but de fournir aux étudiants une formation théorique sur les
Objectifs
interactions/relations existant entre les microorganismes pathogènes pour les
cellules animales et végétales et le système immunitaire dans son ensemble.
 Introduction
o L’homme et les microbes : une symbiose (presque) parfaite
o Les mécanismes de défense contre les microorganismes : des
bactéries aux humains en passant par les plantes
 Infections et mécanismes de défense des plantes
 Réponses immunitaires anti‐virales et mécanismes d’échappement
Thèmes
o Infections aigues – cas de l’Influenza virus
abordés
o Infections persistantes (latence et chronicité)
 Bactéries : action, défense, échappement et opportunisme
o Diversité et pathogénicité des bactéries
o Réponses immunitaires vis‐à‐vis des bactéries intra‐ et extra‐
cellulaires
o Vaccination antibactérienne
o Microbiote et immunité des muqueuses

 Infections parasitaires et fongiques
 Conclusion : mimétisme et stratégie thérapeutique
Des connaissances de biologie cellulaire et des notions de base d’immunologie et de

microbiologie sont requises. En particulier, les notions de récepteurs cellulaires,
transductions des signaux, de communications cellulaires doivent être comprises et
acquises. Le principe théorique des techniques immunologiques suivantes est
Prérequis
considéré comme étant acquis : production d’anticorps monoclonaux et
polyclonaux, précipitation en milieux liquide et solide, ELISA et
immunoprécipitation.
Compétences
acquises à  Acquis de connaissances théoriques en immunologie et microbiologie
l’issue de l’UE  Raisonnement scientifique
(concepts,  Analyse et interprétation de graphiques
méthodologie  Lecture et analyse d’articles scientifiques
et outils)
Equipe pédagogique
‐ Animateurs de l’équipe : Sébastien André et Nathalie Jourdan.
‐ Cours Magistraux : Sébastien André, Bertrand Bellier, Claire Deligne, Luisa De Sordi, Carole Elbim, Joel
Gozlan, Stéphanie Graff‐Dubois, Christophe Hennequin, Nathalie Jourdan, Caroline Kunz, Martin
Larsen, Adrien Six, Valérie Soulard et Marie‐Christine Soulié.
‐ Travaux Dirigés : Sébastien André, Bertrand Bellier, Nathalie Jourdan, Caroline Kunz, Jules Russick et
Marie‐Christine Soulié
MU4BM005 REGULATION DE L’EXPRESSION DES GENES

clement.carre@sorbonne‐universite.fr;
Responsable(s) Clément CARRÉ
clement.carre@gmail.com
Belma CELIK
Gestionnaire(s) belma.celik@sorbonne‐universite.fr
Tél. : 01 44 27 20 27
Modalités
Travail
Volume Cours TD TP Site
personnel
horaire (h)
40 20 ‐‐ ‐‐ Campus P&M Curie
Langue d’ensei‐
Cours TD TP Supports de cours/TD
gnement
Français/Anglais Français Français ‐ Français / Anglais
Type d’UE Orientation vers les parcours

BCBDBCS / BBM /
UE fondamentale au choix GEpig
Voir cette vidéo de présentation de l’UE

Cette unité d'enseignement a pour objet de proposer un panorama complet et ac‐
tualisé des connaissances, des techniques et des réflexions en biologie moléculaire
Objectifs et biochimie des protéines et des ARN concernant les principaux mécanismes de
régulation de l'expression des gènes (transcription, traduction et dégradation des
protéines). Les thèmes présentés concernent principalement les organismes euca‐
ryotes, mais des comparaisons avec les mécanismes procaryotes seront abordées.
‐ Aspects chromosome (chromatine et chromosomes, ségrégation, centromères et
télomères, …) et nucléosome (assemblage, organisation, trajectoire et positionne‐
ment, surenroulement et périodicité de l’ADN).
‐ Initiation de la transcription (ARN polymérases eucaryotes), notion de promoteur,
Thèmes
élément "enhancer", notion d’insulateur, relations entre transcription/réparation,
abordés
transcription/épissage et transcription/polyadénylation.
‐ Régulation de la transcription, domaines de liaison à l’ADN, motifs protéiques, re‐
modelage de la chromatine, régulation à longue distance, méthylation/déméthyla‐
tion de l’ADN et expression génique.
‐ Epissage nucléaire, ARN non‐codants et ARN catalytiques, notion de lariat,

"spliceosome" et "snRNA", épissage alternatif, réaction de cis‐ et de trans‐épis‐sage,
"RNA editing".
‐ ARNm, coiffe, polyadénylation de l'extrémité 3’, localisation et dégradation.
‐ Modifications co‐ et post‐transcriptionnelles des ARN, structure chimique et rôle
biologique.
‐ Concept de base de l’épigénétique, épigénétique et chromatine, épigénétique et
méthylation de l’ADN, épigénétique et ARN non‐codants, analyse épigénomique.
‐ Traduction eucaryote, rôle de la coiffe, facteurs d’initiation, élongation, terminai‐
son, mécanismes cellulaires et viraux de la régulation de la traduction.
‐ Rôle des protéines chaperons dans le repliement des protéines néosynthétisées.
‐ Modifications co‐ et post‐traductionnelles, structure chimique et rôle biologique.
‐ Stabilité et dégradation des protéines, règle du N‐terminal ("N‐end rule").
‐ Les différents niveaux de structure des acides nucléiques (ADN et ARN) et des protéines.
‐ Les structures chromatiniennes et les protéines associées.
‐ Les particularités structurales des ADN et des ARN (ARNt, ARNr et ARNm).
‐ L'organisation des gènes.
‐ Les caractéristiques métaboliques et biochimiques des ARNm (coiffe, queue poly(A), ...).
Prérequis
‐ Les différentes ARN polymérases (structure, localisation et sensibilité aux drogues) et leur
interaction avec l'ADN (promoteur, principaux signaux de régulation et terminateurs).
‐ Les techniques d'études des interactions protéines/acides nucléiques.
‐ Les différentes étapes de la transcription (initiation, élongation, terminaison, …).
‐ Les différentes étapes de la traduction (initiation, élongation et terminaison).
‐ Intégrer les mécanismes de régulation de l’expression des gènes.

Compétences
‐ Comprendre la continuité d'un processus biologique allant de la transcription des
acquises à l’is‐
ARN jusqu'à la dégradation des protéines.
sue de l’UE
‐ Appréhender un ensemble de phénomènes contribuant à la dynamique des équi‐
(concepts, mé‐
libres moléculaires dans les cellules.
thodologie et
‐ Savoir analyser/interpréter des résultats expérimentaux afin de décortiquer/inté‐
outils)
grer des mécanismes se déroulant au niveau moléculaire.
Equipe pédagogique
Cours Magistraux : Sandrine Castella, Damien Brégeon, Clément Carré.
Travaux Dirigés : Gress Kadare, Hélène Pelczar, Samia Salhi, Anne Woisard, Marika Miot, Maïté Courel
et Clément Carré.
MU4BM007 STRUCTURE ET FONCTION DES GENOMES

Responsable(s) Nathalie DOSTATNI Nathalie.Dostatni@curie.fr
Carine JOSEPH
Tél. : 01 44 27 35 35

Modalités
Volume horaire Cours TD TD Machine Site
(H) 32 22 6 Campus P&M Curie
Langue
d’enseignement
Français/Anglais Français Français ‐‐ Français
Type d’UE Orientation vers les parcours

UE fondamentale au choix GEpig / BIM / BCBDBCS
Les nouvelles approches de séquençage haut débit et les techniques modernes

d’analyse des génomes ont révolutionné la biologie en générant une source
innombrable de données. Cette unité d'enseignement se propose de faire le point
sur les mécanismes génétiques et épigénétiques révélés par ces nouvelles
Objectifs
approches ainsi que sur l'apport de ces approches dans la compréhension des
mécanismes évolutifs et leur sélection, des interactions entre les gènes, du rôle
de l’épigénome et de l’importance de ces différents processus dans la genèse des
organismes ou des populations.
 Structure des génomes eucaryotes (composition et organisation
structurale des grands génomes).
 Mécanismes d’évolution des génomes (réplication, réparation,
recombinaison) ‐ Dynamique des génomes (nature et propriétés de
leurs constituants).
 Forces évolutives, sélection.
Thèmes  Organisation fonctionnelle des génomes (réseaux d'interactions
abordés fonctionnelles conditionnant l'activité des gènes).
 Mécanismes épigénétiques
 Paysages épigénétiques : analyse de l'épigénome
 Architecture et compartimentation nucléaire (organisation du
génome dans l'espace nucléaire, expression génétique site‐
spécifique).
 ARN non codant
Une bonne maitrise des concepts suivants :

‐ la structure et l'organisation des génomes,
‐ les différents niveaux de la diversité génétique,
Prérequis
‐ les bases des mécanismes moléculaires de la réplication et de la réparation,
‐ les mécanismes d'expression des gènes : la transcription et sa régulation ainsi
que la traduction, les outils moléculaires et le génie génétique.
Compétences
L’accent est mis sur les approches méthodologiques d’analyse des données de haut
acquises à
débit génomiques et épigénomiques.
l’issue de l’UE
Un atelier de bioinformatique permet la manipulation de données issues
(concepts,
d'expériences "haut débit" disponibles (TD Machine) afin d'en tirer des informations
méthodologie
exploitables et de répondre à des questions biologiques.
et outils)
Equipe pédagogique
Cours Magistraux et Travaux Dirigés : Valérie Borde, Frédéric Devaux, Nathalie Dostatni, Iréna
Draskovic, Stéphane Koundrioukoff, Ingrid Lafontaine, Stéphane Le Crom, Emmanuèle Mouchel‐
Vielh, Marina Pinskaya, Ariane Ramaekers, Laure Teysset
MU4BM008 ASPECTS CELLULAIRES DES INTERACTIONS HÔTES‐PATHOGENES

Tounsia AIT-SLIMANE tounsia.ait‐slimane@inserm.fr
Responsable(s)
Valérie SOULARD valerie.soulard@sorbonne‐universite.fr
Carine JOSEPH
Tél. : 01 44 27 35 35

Modalités
Volume horaire Cours TD Conférence Site
(H) 34 18 8 Campus P&M Curie
Langue
d’enseignement
Français/Anglais Français Français Français / anglais
UE fondamentale au choix Orientation vers le(s) parcours

BCBDBCS / Microbio
UE fondamentale au choix
Cette unité d’enseignement, à l’interface de la biologie cellulaire et de la

microbiologie au sens large (bactériologie, virologie, parasitologie et mycologie), a
pour objectif d’étudier les stratégies de détournement des grands processus
Objectifs cellulaires par les pathogènes lors de l’infection de la cellule hôte.
Cette unité d’enseignement, en s’appuyant sur des bases fondamentales de biologie
cellulaire, permettra aux étudiants d’acquérir des notions approfondies concernant
les interactions hôte‐pathogènes.
‐ Interactions hôte‐bactéries :
• Présentation de la voie de biosynthèse sécrétion (exocytose et
endocytose)
• Détournement de la machinerie cellulaire par les bactéries
Thèmes
• Interaction entre pathogènes et cellules épithéliales polarisées
abordés
• Reprogrammation du noyau par les bactéries (sous forme de
conférence)
‐ Interactions hôte‐virus :
• Introduction à la virologie
• Trafic cellulaire et virus
• Modulation du cycle cellulaire par les virus
• Modulation de la réplication et de "l’editing" par les virus
• Modulation des voies d’autophagie par les virus
‐ Interactions hôte‐parasite et hôte‐champignon

• Introductions à la parasitologie et à la mycologie
• Voies d’entrée des parasites (ex des Apicomplexes) et des champignons
• Exemples de détournements de la machinerie cellulaire par les parasites
Prérequis Aucun
‐Compréhension des concepts fondamentaux de détournement des machineries
Compétences cellulaires par les pathogènes (bactéries, virus, parasites)
acquises à ‐Initiation aux méthodes et outils pour étudier les interaction hôte‐pathogènes
l’issue de l’UE ‐Compréhension de la démarche scientifique suivie par des chercheurs pour
(concepts, étudier les interactions hôte‐pathogènes, notamment à travers les séminaires des
méthodologie chercheurs invités
et outils) ‐Compréhension et développement d’un esprit critique pour analyser des résultats
expérimentaux
Equipe pédagogique
Cours Magistraux : Tounsia Aït‐Slimane, Valérie Soulard, Régine Hepp, Vincent Marechal, Nathalie
Jourdan, Gilles Mirambeau et Joëlle Sobczak‐Thépot.
Travaux Dirigés : Tounsia Aït‐Slimane, Valérie Soulard, Régine Hepp, Vérène Stierlé, Chloé Borde,
Nathalie Jourdan, Valérie Soulard et Gilles Mirambeau.
Conférences : Chercheurs invités
MU4BM009 "B.A‐BA EN STATS & BAPTEME DE L'R"

Responsable(s) Nicolas TCHITCHEK nicolas.tchitchek@sorbonne‐universite.fr
Belma CELIK belma.celik@sorbonne‐universite.fr
Gestionnaire(s)
Tél. : 01 44 27 20 27

Modalités
S1 3 Présentiel et distanciel 200
Volume horaire Cours TD TP / travail personnel Site
(H) 12h 12h Capus P&M Curie
Langue
Cours TD TP / travail personnel Supports de cours
d’enseignement
Français/Anglais Français Français Français/Anglais

UE obligatoire
Permettre à l’étudiant de comprendre les concepts fondamentaux en

Objectifs biostatistiques et en analyse de données, lui apprendre à faire par lui‐même et
l’inciter à apprendre
• Notions fondamentales en biostatistique
• Types de variables (quantitative, qualitative)
• Types de tests statistiques (paramétrique, non paramétrique)
• Types de comparaisons de groupes d’échantillons (indépendant ou apparié)
Thèmes
• Type de relations entre variables (paramétrique, non paramétrique)
abordés
• Utilisation de R (environnement, nomenclature)
• Type de structure de données (vecteurs, matrices, dataframes)
• Type d’opérations (assignements, boucles, tests conditionnels)
• Elaboration d’une analyse statistique (structure, synthèse, rapport)
• Maitriser les opérations mathématiques de base
Prérequis
• Savoir utiliser un ordinateur
Compétences
acquises à • Maitriser les concepts essentiels en biostatistiques et en analyse de données
l’issue de l’UE • Etablir un plan d’analyse
(concepts, • Être initié au langage R
méthodologie • Interpréter les résultats des analyses
et outils)
Equipe pédagogique
Responsable : Nicolas TCHITCHEK nicolas.tchitchek@sorbonne‐universite.fr

MU4BM010 FUNDAMENTAL MOLECULAR BIOSCIENCES
Véronique MATEO veronique.mateo@sorbonne-universite.fr

Responsable(s)
Anthi KARAISKOU anthi.karaiskou@gmail.com
Véronique De SURIREY Veronique.De_Surirey_De_Saint_Remy@sorbonne
Gestionnaire(s)
Tél. : 01 44 27 47 76 ‐universite.fr

Modalités
Volume horaire Cours TD Travail personnel Site
(H) 125 25 Campus P&M Curie
Langue
d’enseignement
Français/Anglais English English English

Mandatory for PIM students
This teaching aims at providing students with a basic and cutting‐edge knowledge
Objectifs in Cell Biology, Developmental and Stem Cell Biology, Genetics, Molecular Biology
and Biochemistry, and Immunology.
Cell Biology: Signaling pathways, cell cycle, cell death, intracellular trafficking, cell
adhesion, cell migration, autophagy.
Developmental and Stem Cell Biology: Introduction to developmental biology, stem

cell concepts and methods, cell and nuclear reprogramming, organizing centers, the
Thèmes saga of the germ line, development and evolution.
abordés
Genetics: Structure and functional organization of the genomes, genome dynamics,

epigenetic landscape and nuclear organization, epigenetic mechanisms, long non‐
coding RNAs, replication, recombination and repair.
Molecular Biology and Biochemistry: RNA: structure and transcription, small non‐
coding RNAs, post‐transcriptional modifications, translation and post‐translational
modifications, protein degradation.
Immunology: Organs and Cells of the Immune System; Ontology, development and
differentiation; Antigen recognition and repertoire diversity; Antigen presentation
and consequences; Innate Immunity and Immune responses; Molecular and Cellular
effector functions...
Prérequis Extensive knowledge in the field of molecular and cellular biology is required.
Compétences
acquises à ‐ Acquisition of major concepts and methods in fundamental biology
l’issue de l’UE ‐ In depth exploration of scientific questions related to biotherapies
(concepts, ‐ Acquisition of autonomy and methodology in gathering scientific
méthodologie information and restitutive communication.
et outils)
Equipe pédagogique
Cell Biology: Tounsia Ait‐Slimane, Valérie Bello, Hélène Birbes, Marta Garcia, Anthi Karaiskou, Flora
Llense, Sylvia Soares, Joelle Sobczak‐Thepot.
Developmental and Stem Cell Biology: Eulalie Buffin, Clémence Carron‐Homo Charles Durand,
Emmanuelle Havis, Mélanie Paces‐Fessy, Muriel Umbhauer.
Genetics: Valérie Borde, Frédéric Devaux, Nathalie Dostatni, Irena Drascovic, Gilles Fisher, Stéphane
Koundrioukoff, Emmanuèle Mouchel‐Vielh, Marina Pinskaya.
Molecular Biology and Biochemistry: Nicolas Biais, Damien Bregeon, Clément Carré, Gress Kadare.
Immunology: Véronique Mateo, Sophie Sibéril, Stéphanie Graff‐Dubois, Isabelle Crémer, Encarnita
Mariotti‐Ferrandiz, Bertrand Bellier, Sébastien André, Nicolas Tchitchek, Adrien Six.
MU4BM011 Biological Physics
Main
Nicolas Biais nicolas.biais@sorbonne‐universite.fr
Instructor(s)
Administrative Carine JOSEPH
carine.joseph@sorbonne‐universite.fr
assistant(s) Tél. : 01 44 27 35 35
Semester ECTS In‐person/ Online Maximum Capacity

Modalities
S1 6 In‐person 18
Lecture Recitation Labs Location
Number of
hours Campus Pierre et
37 18 5
Marie Curie
Language Lecture Recitation Labs Course Material
English English English English
Please refer to the document « Dates et barèmes » and/or directly with the person
Evaluations
in charge of the Class.
Type of UE Orientation to the course(s)

Mandatory Class for the M1 Interface‐Biology‐
Physics program
Presentation of the Class
This class consists of a tour of physics principles as they pertain to the explanation
of biological questions. It will provide the students with a physical framework to
Goals understand and evaluate biological questions. Particular attention will be given to
quantitative assessments of biological systems with emphasis on seminal and
current experiments alike.
‐ sense of scale from atoms to our planet.
‐ brownian motion
‐ statistical physics
‐ hydrodynamics
‐ physical chemistry : surface and membranes
Topics ‐ polymers and rheology
‐ mechanics
‐ thermodynamics
‐ microscopy
‐ information theory
None except an eagerness to learn physics. Some familiarity with basic concepts of
Prerequisites physics and common calculations encountered in a biological training might come
handy.
At the end of this class, the students will have acquired a strong overall physical
Skills gained in framework to assess biological objects with the help of the main concepts and
this class methodologies of physics. They will be able to evaluate and rationalize different
(concepts, mechanisms behind biological questions based on the constraints imposed by
methodologies the laws of physics. Their comprehension of the fundamentals of physics will
and tools) enable them to read, parse and comprehend a wide range of literature at the
interface between biology and physics.
Instruction team
‐ Nicolas BIAIS will be in charge of the different aspects of the class.

The teaching team includes teachers with specific, complementary expertise.
How Instrumentation illuminates Biology at

MU4BM012
micro/macroscales
Main
Mathieu Hautefeuille mathieu.hautefeuille@sorbonne‐universite.fr
Instructor(s)
Administrative Carine JOSEPH
carine.joseph@sorbonne‐universite.fr
assistant(s) Tél. : 01 44 27 35 35
Semester ECTS In‐person/ Online Maximum Capacity

Modalities
S1 6 In‐person 18
Lecture Recitation Labs Location
Number of
hours Campus Pierre et
37 18 5
Marie Curie
Language Lecture Recitation Labs Supports de cours
English English English English
Please refer to the document « Dates et barèmes » and/or directly with the person
Evaluations
in charge of the Class.
Type of UE Orientation to the course(s)
Mandatory Class for the M1 Interface‐Biology‐

Physics program
Presentation of the Class
Recent progress in technologies and physical approaches have revolutionized our

view on life. Computational and physical models are describing increasingly better
the dynamics of living matter at all scales from molecular, cellular, tissular and even
full organ scales thanks to the access to quantitative data and their analysis. Several
physical concepts from phase separation and self‐organized pattern formation are
now identified as influencing if not ruling the biological world, in combination with
biochemical signals and genetics. This lecture aims at training a new generation of
Goals biologists on experimental design at the interface between Physics and Biology, with
a strong focus on mechanical concepts behind quantitative measurements and
instrumentation used in research, with the objective to design innovative
experiments where physical phenomena are at play to illuminate the processes
under study and collect useful information necessary to understand, describe and
model biological systems. This training will provide a toolbox for the study of living
systems for an ample range of questions and at different scales that are interrelated
and interconnected.
‐ microscopy
‐ mechanical characterization of biological tissues
Topics
‐ rheology
‐ cell and tissue micro‐manipulation
‐ microfabrication
‐ nanofabrication
‐ microfluidics
‐ biomaterials
‐ micro and nanopatterning
‐ biosensing
‐ physics of organs on chip and microphysiological systems
‐ experimental design with examples integrating multiple fields
‐ mechanobiology assay I: actuating on cells and tissues
‐ mechanobiology assay II: measuring
‐ tissue engineering, morphogenesis and differentiation
None except an eagerness to learn physics. Some familiarity with basic concepts of
Prerequisites physics and common calculations encountered in a biological training might come
handy.
Skills gained in
Understanding of the physical world at the multiple biological scale in time and
this class
space: how physical govern biological processes; how to
(concepts,
measure/quantify/interpret them and how to engineer innovative biology
methodologies
assays.
and tools)
Instruction team
‐ Mathieu Hautefeuille will be in charge of the different aspects of the class.
The teaching team includes teachers with specific, complementary expertise.
MU4LVAN1 ANGLAIS
Responsable(s) Lorna MISKELLY lorna.miskelly@sorbonne-universite.fr

Belma CELIK
Gestionnaire(s) belma.celik@sorbonne-universite.fr
Tél. : 01 44 27 20 27

Modalités
Cours TD Travail personnel Site
Volume horaire
30 20 Campus FSI Jussieu
Langue
d’enseignement
Français/Anglais English English English

UE obligatoire
-Amener les étudiants au niveau B2 du CECRL et au-delà, dans les 5 compétences

linguistiques (compréhension et expression écrites, compréhension et expression
orales, interaction orale).
Objectifs
-Travail lexical important afin de leur permettre de fonctionner en anglais dans le
contexte de leur spécialité scientifique.
-Réflexion sur les innovations en BMC.
Etude de la langue à travers des articles et documents scientifiques ayant trait à la
Thèmes
biologie moléculaire et cellulaire.
abordés
Prérequis Aucun
- Les cours d'anglais dispensés en M1 visent à l'obtention du niveau B2 du CECRL

Compétences (indépendance linguistique) pour certains, C1 et au-delà pour les plus avancés.
acquises à - Utilisation d’articles de recherche et de la presse anglophone récents d’une part, de
l’issue de l’UE documents audio et vidéo d’autre part.
(concepts, - Approfondissement linguistique, rédaction, débats.
méthodologie - A l’issue d’un test de positionnement, les étudiants sont répartis par groupes de niveau
et outils) afin de mieux mettre en œuvre les stratégies qui permettront à chacun d'atteindre ce but,
qui est exigent et nécessite un important investissement de la part de l'apprenant.
Equipe pédagogique
Travaux Dirigés: Anne-Lise FROISSART, Lorna MISKELLY, Magdalena Zopf.

MU4BM671 MANAGEMENT DE LA QUALITE EN ENTREPRISE
Responsable(s) Chloé Bohuon chloe.bohuon@sorbonne-universite.fr

Sylvie Collin sylvie.collin@sorbonne-universite.fr
Carole HARDUIN
Gestionnaire(s) carole.harduin@sorbonne-universite.fr
Tél. : 01 44 27 72 86

Modalités
S1 6 Présentiel 20
Volume horaire Cours TD TP Conférences Site
(H) 40 20 Campus P&M Curie
Langue
d’enseignement
Français/Anglais Français Français Français

Obligatoire pour la thématique QUESS et M2
BIP NQS
L’objectif de cette unité d'enseignement est de présenter certains domaines

professionnels et de former les étudiant.e.s à la mise en place d’une démarche qualité
spécifique de ces secteurs: agroalimentaire, santé, pharmaceutique. Ils seront
sensibilisés aux enjeux de cette démarche qualité en entreprise et au contexte normatif
Objectifs et législatif dans lequel elle doit s’inscrire. Le management de l’environnement et sa mise
en place à travers la norme ISO14001 sera également abordé ainsi que la sécurité au
travail qui est un enjeu fort actuel dans tous les secteurs professionnels, public comme
privé.
- Mise en place d’une démarche qualité dans différentes structures : industries laitières,
céréalières, des viandes…
- Présentations d’entreprises ou organismes impliqués dans la démarche qualité : Qualité
et Restauration Collective, Maîtrise de l’hygiène en IAA, Entreprises de certification,
Thèmes DGCCRF, AFNOR…
abordés - Projets appliqués de mise en place d’une démarche qualité au sein d’une entreprise de
l’IAA, de la santé
- Introduction au management de l’environnement
- Sécurité au travail
Prérequis Non défini par le responsable
Connaissance de l’organisation de la qualité des secteurs agroalimentaires,

Compétences pharmaceutiques et hospitaliers
acquises à
Management de l’environnement
l’issue de l’UE
Compréhension de la structure des normes, introduction aux normes fondamentales
(concepts,
méthodologie en industrie et environnementales
et outils)
Equipe pédagogique
Animateurs de l’équipe : Chloé Bohuon, Sylvie Collin
Cours et Travaux Dirigés : professionnels intervenants extérieurs
MU4BM672 Connaissance de l’entreprise, gestion, comptabilité (1)
Philippe Tauzin p.tauzin@cfa-sciences.fr

Responsable(s) Sylvie Collin sylvie.collin@sorbonne-universite.fr
Chloé Bohuon chloe.bohuon@sorbonne-universite.fr
Carole HARDUIN
Tél. : 01 44 27 72 86

Modalités
S1 3 Présenciel 20
Cours TD TP Conférences Site
Volume horaire
(H) Campus Pierre et Marie
XX XX
Curie
Langue
d’enseignement
Obligatoire pour les thématiques en

apprentissage
Voir l'évolution d'une entreprise : de sa création jusqu'à un bon fonctionnement,

Objectifs puis une entreprise qui doit déposer le bilan.
Présentation du challenge entrepreneur
Thèmes Bilan entreprise, compte de résultat, entreprenariat
abordés
Aucun
Prérequis
Compétences Opérations d’exploitations, financière et exceptionnelles. Analyse du compte de

acquises à résultat par calcul de soldes intermédiaires, marge commerciale, résultat de l’exercice,
l’issue de l’UE capacité d’auto-financement, production de l’exercice, excédent brute d’exploitation,
(concepts, résultat courant avant impôt, résultats
méthodologie Calcul de ratio trésorerie, caractéristique financière, rentabilité, gestion
et outils)
Equipe pédagogique
Animateurs de l’équipe : Jean-Noël Juniel, Philippe Tauzin
Travaux Dirigés :
RECHERCHE, ANALYSE, SYNTHESE ET RESTITUTION

MU4BM673
DOCUMENTAIRE
Responsable(s) Elise MORICE elise.morice@sorbonne-universite.fr

Carole HARDUIN
Tél. : 01 44 27 72 86

Modalités
S1 3 Présentiel 25
Travail
personnel
(H)
10 20 Campus P&M Curie
Langue
d’enseignement
Obligatoire pour la thématique QUESS
L'extraction de l'information, sa validation, sa mise en forme et sa restitution

constituent des éléments essentiels des processus décisionnels en entreprise.
Cette unité d'enseignement se propose de former les étudiants aux techniques
modernes d’extraction de l’information (sur internet et/ou en bibliothèque) et aux
différentes formes de restitution documentaire, qui contribuent de façon
essentielle à la circulation de l'information en entreprise. Ce module est
Objectifs
présenté sous la forme d’un jeu de rôle : sollicité en tant qu’expert, ou entrepreneur,
l’étudiant doit proposer un état de l’art (réglementaire, technique et/ou
scientifique) à un décideur (responsable d’une collectivité locale, chef d’entreprise,
directeur d’un hôpital etc.). L'évaluation des étudiants se fera sur la base de la
restitution écrite et orale des informations clés obtenues sur la question d'actualité
traitée.
Les thèmes de recherche proposés sont en relation avec un problème d'actualité,
susceptible de faire débat, mais nécessitant une expertise scientifique. Ces thèmes
de recherche bibliographique sont différents chaque année. Exemples : la
Thèmes
problématique éolienne en France, l’éco-construction,
abordés
les œstrogénomimétiques dans l’eau, les nuisances sonores, sols pollués aux
métaux lourds : solutions techniques et coûts, la surveillance des légionelles en
milieu hospitalier, gestion de la ressource en eau dans le bassin parisien.
• Maîtrise des outils informatiques de recherche bibliographique

• Savoir gérer les ressources bibliographiques
• Validation de l'information
• Constitution d’un dossier documentaire
Compétences
thématique (réglementaire, technique et scientifique) sur des
acquises à
sujets polémiques liés aux dangers environnementaux ou professionnels
l’issue de l’UE
• Conception d’une note de synthèse
(concepts,
• Restitution des informations sous forme orale et écrite
méthodologie
• Animation d’un débat
et outils)
• Outils de communication : méthodologie et application
• Communication interpersonnelle
• Savoir travailler en groupe
• Outils de base de la bureautique
Equipe pédagogique
- Animateur de l’équipe : Elise Morice
- Enseignants : Lorette Bonnetain, Claire Delain, Elise Morice, Sébastien Perrin, Cécile Rose et Régine
Vignes Lebbe
MU4BM675 METHODOLOGIE EN MICROBIOLOGIE

Chloe BOHUON chloe.bohuon@sorbonne-universite.fr
Responsable(s)
Sylvie Collin Sylvie.collin@sorbonne-universite.fr
Carole HARDUIN
Tél. : 01 44 27 72 86

Modalités
Travail
personnel
(H)
0 0 120 Campus P&M Curie
Langue
d’enseignement
Français/Anglais Français Français Français Français
Obligatoire Orientation vers le(s) parcours
Obligatoire pour la thématique QUESS
L’objectif de cette unité d'enseignement est de faire appréhender par une approche
pratique l’étude de microflores complexes dans différents environnements mais
également d’étudier et de caractériser des métabolites secondaires synthétisés par
Objectifs
certains micro-organismes. Certaines manipulations seront abordées comme des
projets scientifiques dans lesquels les étudiants devront proposer des méthodes et
des manipulations leur permettant de répondre à des questions précises.
- Analyses microbiologiques des microflores complexes de produits alimentaires,
cosmétiques ou d’eaux.
Thèmes
- Production et caractérisation d’antibiotiques produits par des micro-organismes.
abordés
Compétences
acquises à
l’issue de l’UE Non défini par le responsable
(concepts,
méthodologie
et outils)
Equipe pédagogique
- Animateurs de l’équipe : Chloe Bohuon et Marie-Christine Soulié
- Travaux Pratiques : Chloe Bohuon et Marie-Christine Soulié

BMC Fiches UE M1S1 - 2022-2023

Transféré par

Informations du document

Titre original

Copyright

Formats disponibles

Partager ce document

Partager ou intégrer le document

Options de partage

Avez-vous trouvé ce document utile ?

Ce contenu est-il inapproprié ?

Droits d'auteur :

Formats disponibles

BMC Fiches UE M1S1 - 2022-2023

Transféré par

Droits d'auteur :

Formats disponibles

Faculté des Sciences et Ingénierie Master

Sorbonne Université Biologie Moléculaire et Cellulaire

MU4BM001 ATELIERS DE BIOLOGIE MOLECULAIRE ET CELLULAIRE

Anthi KARAISKOU anthi.karaiskou@sorbonne-universite.fr

Evaluations Consulter le document « Dates et barèmes » et /ou le responsable d’UE

Type d’UE Orientation vers le(s) parcours

Présentation pédagogique de l’UE

Cette unité d'enseignement vise à former les étudiants à la démarche expérimentale

A l’issue de l’UE, les étudiants auront acquis la maîtrise conceptuelle et pratique de

Animatrices de l’équipe : Laure Bidou et Anthi Karaiskou

MU4BM002 COMMUNICATION ET SIGNALISATION CELLULAIRES

Semestre ECTS Présentiel / Distanciel Effectif maximal

Evaluations Consulter le document « Dates et barèmes » et /ou le responsable d’UE

Type d’UE Orientation vers le(s) parcours

Présentation pédagogique de l’UE

Les phénomènes de prolifération, différenciation et de plasticité cellulaire

‐Autophagie : mécanismes moléculaires, rôles physiologiques et pathologiques

‐Séminaires scientifiques : les thèmes changent chaque année en fonction des

‐ Animateur de l’équipe : Marta Garcia

MU4BM003 INTERFACE SYSTEME IMMUNITAIRE / MICROORGANISMES

Semestre ECTS Présentiel / Distanciel Effectif maximal

Evaluations Consulter le document « Dates et barèmes » et /ou le responsable d’UE

Orientation vers le(s) parcours

Présentation pédagogique de l’UE

Cette unité d'enseignement d’interface entre deux disciplines, l’immunologie et la

o Microbiote et immunité des muqueuses

Des connaissances de biologie cellulaire et des notions de base d’immunologie et de

MU4BM005 REGULATION DE L’EXPRESSION DES GENES

Evaluations Consulter le document « Dates et barèmes » et /ou le responsable d’UE

Type d’UE Orientation vers les parcours

Présentation pédagogique de l’UE

Voir cette vidéo de présentation de l’UE

‐ Epissage nucléaire, ARN non‐codants et ARN catalytiques, notion de lariat,

‐ Intégrer les mécanismes de régulation de l’expression des gènes.

MU4BM007 STRUCTURE ET FONCTION DES GENOMES

Semestre ECTS Présentiel / Distanciel Effectif maximal

Evaluations Consulter le document « Dates et barèmes » et /ou le responsable d’UE

Type d’UE Orientation vers les parcours

Présentation pédagogique de l’UE

Les nouvelles approches de séquençage haut débit et les techniques modernes

Une bonne maitrise des concepts suivants :

MU4BM008 ASPECTS CELLULAIRES DES INTERACTIONS HÔTES‐PATHOGENES

Semestre ECTS Présentiel / Distanciel Effectif maximal

Evaluations Consulter le document « Dates et barèmes » et /ou le responsable d’UE

UE fondamentale au choix Orientation vers le(s) parcours

Présentation pédagogique de l’UE

Cette unité d’enseignement, à l’interface de la biologie cellulaire et de la

‐ Interactions hôte‐parasite et hôte‐champignon

MU4BM009 "B.A‐BA EN STATS & BAPTEME DE L'R"

Semestre ECTS Présentiel / Distanciel Effectif maximal

Evaluations Consulter le document « Dates et barèmes » et /ou le responsable d’UE

Type d’UE Orientation vers le(s) parcours

Présentation pédagogique de l’UE

Permettre à l’étudiant de comprendre les concepts fondamentaux en

Responsable : Nicolas TCHITCHEK nicolas.tchitchek@sorbonne‐universite.fr

MU4BM010 FUNDAMENTAL MOLECULAR BIOSCIENCES

Véronique MATEO veronique.mateo@sorbonne-universite.fr

Semestre ECTS Présentiel / Distanciel Effectif maximal

Evaluations Consulter le document « Dates et barèmes » et /ou le responsable d’UE

Type d’UE Orientation vers le(s) parcours

Présentation pédagogique de l’UE

Developmental and Stem Cell Biology: Introduction to developmental biology, stem

Genetics: Structure and functional organization of the genomes, genome dynamics,