INTRODUCTION

L'introduction du TP N°4 de chimie théorique et computationnelle vise à étudier

quantitativement la relation entre l'activité anti-tripanosomienne et la lipophilie
des dérivés de cryptolepine. Les cryptolepines, des alcaloïdes naturels utilisés
comme produits antipaludiques en Afrique, ont été trouvés pour lier à l'ADN
dans un mode d'intercalation inconnue. La maladie de Chagas, une maladie
potentiellement mortelle causée par le protozoaire Trypanosoma cruzi, infecte
des millions de personnes en Amérique latine. Les options thérapeutiques
actuelles pour les infections de Trypanosoma sont limitées par la toxicité et
l'émergence de parasites résistants aux médicaments, ce qui rend le
développement de nouveaux médicaments une priorité importante pour traiter
les maladies à transmission vectorielle.
La méthode Quantitative Structure Activity Relationship (QSAR)
est utilisée pour trouver une relation entre les propriétés structurales et l'activité
biologique. Les paramètres biologiques mesurables et quantifiables, tels que la
constante de vitesse (Log K), le facteur de bioconcentration (FBC) et la
constante d'inhibition (Log 1/IC50), servent d'indices pour les évaluations et les
physiologies liées à la santé. Les descripteurs utilisés dans l'étude QSAR ont une
grande importance dans la détermination des types de forces intermoléculaires
qui sous-tendent les interactions ligand-récepteur. Parmi les paramètres
d'hydrophobicité, la lipophilie et l'énergie d'hydratation sont des facteurs
déterminants pour la stabilité des différentes conformations moléculaires dans
les solutions aqueuses.
Ce TP se concentre sur l'optimisation de l'énergie pour optimiser la structure
moléculaire des dérivés de cryptolepine, ce qui est essentiel pour comprendre
leur activité biologique. Les résultats obtenus permettront de mieux comprendre
la relation entre l'activité anti-tripanosomienne et la lipophilie des dérivés de
cryptolepine, et fourniront des informations précieuses pour le développement
de nouveaux médicaments pour traiter les maladies à transmission vectorielle.

Matériel et méthodes
1. HyperChem

A. En utilisant le champ de forces MM+ de la méthode empirique

(mécanique moléculaire) avec un gradient (RMS) d’optimisation 0.1 Kcal
/ (A° mol), Dessinez et optimisez la série des dérivés de cryptolepines
- Deuxièmement, sélectionnez PM3 dans la méthode semi-empirique
dans le menu setup
- Dans le menu Compute, cliquez sur Optimisation géométrique et

définissez les instructions ci- dessous : Algorithm : Steepestdescent.

RMS gradient : 0.1 Kcal/mol.

B- La mesure des paramètres QSAR : Choisissez QSAR

properties sur le menu Compute, sur la fenêtre apparue
sélectionnez : Masse, Volume, Réfractivité, log P ou
Hydratation Energy et cliquez sur Compute.

2. MicrosoftExcel :
Sur une nouvelle page dessinez un tableau en allant sur le menu
Insertion, cliquer sur Tableau, puis sélectionner 5 lignes et 7
colonnes.
Remplir le tableau par les numéros des composés, les valeurs
de l’activité biologiques, les valeurs de Masse, Volume,
Refractivity, log P et EH puis choisissez le graphique Nuage de
points (Nuage de point avec marqueurs uniquement) sur le
même menu Insertion.
Allez sur l’onglet Outils de graphique, choisissez Disposition et sur
l’onglet Analyse cliquer sur Courbe de tendance et choisir Autre
option de la courbe de tendance (serie1) puis cocher les 2 dernières
cases (Afficher l’équation sur le graphique, Afficher le coefficient
 de détermination (R2) sur le graphique) ; répéter les mêmes étapes
pour les autres séries (série 2).

f(x) = NaN x + NaN

R² = 0
6000

5000

f(x) = 1338.805 x − 742.295

R² = 0.906047961782191
4000
Volume

Linear (Volume)
3000
Refractivity

Linear (Refractivity)
2000
Colonne2

Linear (Colonne2)
1000
Colonne3

f(x) = − 50.119 x + 191.275 Linear (Colonne3)

0 R² = 0.786224625018329
0.5 1 1.5 2 2.5 3 3.5 4 4.5

Résultats et discussion :
 a. le rôle de l’optimisation de l’énergie
L'optimisation de l'énergie est un aspect crucial dans la modélisation
moléculaire, car elle permet de déterminer la structure et l'énergie d'une
molécule.Dans le contexte du TP N°3, l'optimisation de l'énergie est utilisée
pour améliorer la structure moléculaire des dérivés de cryptolepine, ce qui est
essentiel pour comprendre leur activité biologique
L'optimisation géométrique d'une molécule consiste à minimiser l'énergie de
l'état fondamental (E0) à 0 kelvin, en fonction des vecteurs de coordonnées des
atomes[. Cette procédure permet d'obtenir une géométrie moléculaire stable et
précise, qui peut ensuite être utilisée pour étudier la relation entre l'activité anti-
tripanosomienne et la lipophilie des dérivés de cryptolepine.
B. Le tableau
N° 1 2 3 Log(1/IC50) Masse Volume Refractivity Log P EH
R R R
375,52 1105,92 127,04 -0,24 -2,72
1 H H -1.041
H 2N N

H3 C 387,55 1152,57 131,27 0,20 -3,03

CH3
2 H H -0.903
H2 N N

N 14,01 3311,38 2,80 0,42 -0.33

3 H H H2 N -0.698

14,01 4849,00 2,8 0,42 -0,32

4 H H -0.778
H2N N OH

c. les courbes des propriétés physicochimiques (Masse, Volume et

Réfractivité)
 6000

5000

4000

Masse
3000
Volume
Refractivity
2000

1000

0
1 2 3 4

d. L'équation de l'activité biologique en fonction de la lipophilie et de l'énergie

d'hydratation des dérivés de cryptolepine peut être obtenue à l'aide de la
méthode Quantitative Structure Activity Relationship (QSAR). Cette méthode
permet d'établir une relation entre les propriétés structurales et l'activité
biologique. Les résultats de l'étude QSAR peuvent être présentés sous forme
d'équation linéaire, telle que y = mx + b, où y représente l'activité biologique, x
représente la lipophilie ou l'énergie d'hydratation, m représente la pente de la
ligne de régression et b représente l'ordonnée à l'origine
Une forme générale d'une équation QSAR pourrait être :
Activité biologique = f {Descripteurs}) + {Erreur}
e. La valeur de R² est significative pour évaluer la qualité de l'ajustement d'un
modèle statistique aux données expérimentales. Une valeur élevée de R² indique
une bonne adéquation du modèle aux données, ce qui suggère que le modèle est
capable de prédire l'activité biologique en fonction des descripteurs avec
précision. Ainsi, une valeur significative de R² renforce la fiabilité du modèle
QSAR établi pour prédire l'activité biologique en fonction de la lipophilie et de
l'énergie d'hydratation

f.L'effet de la lipophilie et de l'énergie d'hydratation sur l'activité biologique peut

être expliqué comme suit : la lipophilie, représentée par le coefficient de partage
octanol-eau (log P), influence la capacité d'une molécule à traverser les
membranes biologiques. Ainsi, une valeur plus élevée de log P peut indiquer une
plus grande affinité pour les membranes cellulaires, ce qui peut affecter l'activité
biologique d'une molécule. D'autre part, l'énergie d'hydratation (EH) est liée à
l'interaction d'une molécule avec l'eau. Une valeur plus faible d'énergie
d'hydratation peut indiquer une plus grande affinité pour l'eau, ce qui peut

Conclusion
Le TP3 visait à étudier quantitativement la relation entre l'activité anti-
tripanosomienne et la lipophilie des dérivés de cryptolepine. Les cryptolepines
sont des alcaloïdes naturels utilisés comme produits antipaludiques en Afrique,
qui ont été trouvés pour lier à l'ADN dans un mode d'intercalation inconnue. La
méthode Quantitative Structure Activity Relationship (QSAR) a été utilisée pour
trouver une relation entre les propriétés structurales et l'activité biologique. Les
descripteurs utilisés dans l'étude QSAR, tels que la lipophilie et l'énergie
d'hydratation, sont des facteurs déterminants pour la stabilité des différentes
conformations moléculaires dans les solutions aqueuses. L'optimisation de
l'énergie est un aspect crucial dans la modélisation moléculaire, car elle permet
de déterminer la structure et l'énergie d'une molécule. Dans le contexte du TP
N°3, l'optimisation de l'énergie a été utilisée pour améliorer la structure
moléculaire des dérivés de cryptolepine, ce qui est essentiel pour comprendre
leur activité biologique. Les résultats obtenus ont permis de mieux comprendre
la relation entre l'activité anti-tripanosomienne et la lipophilie des dérivés de
cryptolepine, et fourniront des informations précieuses pour le développement
de nouveaux médicaments pour traiter les maladies à transmission vectorielle.

Université des Sciences et de la Technologie d’Oran

Mohamed Boudiaf
 Département chimie physique - 1ere année master chimie
théorique

Module : Modélisation Des

Propriétés Moléculaires

TP N°4:Qantitative Structure Activity

Relationship

Etude Quantitatives de la relation entre

l’activité anti-tripanosomienne et la
lipophilie des dérivés de cryptolepine.

Fait par :
Sifi houcem
Amine loudjane

Responsable Du TP :
Dr Ait Tayeb

Année Universitaire
2023/2024