MINISTAIRE DE L’ENSEGNEMENT SUPPERIEURE ET DE LA RECHERCHE

SCIENTIFIQUE
UNNIVERSITE MOULOUD MAMMERI, TIZI OUZOU
FACULTE DES SCIENCES BIOLOGIQUES ET AGRONOMIQUE
DEPARTEMENT DE BIOCHIMIE ET DE MICROBIOLOGIE

La RACE PCR

Domaine : biotechnologie microbienne

Réalisé par :

• Babaci Yasmina
• Harzi Kamilia
• Amaouz Leticia
• Hammaz Brahim
• Yesref Hani

Professeur responsable du module :

Mr Ouelhadj

2023/2024
 Sommaire :

I. Résumé : ........................................................................................................................................... 4
II. Introduction : .................................................................................................................................... 4
III. Principes de base de la RACE PCR : ........................................................................................... 5
IV. Méthodologie de la RACE PCR : ................................................................................................ 6
V. Applications de la RACE PCR : .................................................................................................... 12
VI. Avantages et limitations de la RACE PCR : .............................................................................. 13
VII. Technique et avancées récentes en RACE PCR : ....................................................................... 16
VIII. Perspectives et développement de la PCR dans les pays du Sud ............................................... 17
IX. Conclusion : ............................................................................................................................... 19
X. Les références :............................................................................................................................... 20
 La RACE PCR

I. Résumé :
La technique de RACE PCR (Rapid Amplification of cDNA Ends) est un outil puissant et polyvalent
en biologie moléculaire. Elle permet d’explorer les extrémités 5’ et 3’ des ARNm, ce qui permet de
caractériser les régions non codantes, les épissages alternatifs, les sites de polyadénylation, les
promoteurs et d’autres éléments régulateurs. La RACE PCR est particulièrement utile pour cloner des
gènes complets à partir de séquences partielles, détecter des variants d’épissage et des mutations, et
étudier l’expression génique différentielle. Malgré quelques limitations techniques, la RACE PCR
reste une méthode essentielle en recherche en biologie moléculaire et génomique fonctionnelle, offrant
des possibilités précieuses pour comprendre la complexité des processus biologiques.

Introduction :

La RACE PCR (Rapid Amplification of cDNA Ends) est une technique d’amplification
enzymatique qui permet d’obtenir la séquence complète d’un ARN messager à partir d’une
partie connue. Elle a été développée dans les années 1990 par Frohman et al.1 et Loh et al.2
pour pallier les limites des méthodes classiques de clonage d’ADNc, qui nécessitent souvent
des sondes ou des amorces spécifiques à chaque extrémité de l’ARNm. La RACE PCR est utile
pour identifier et caractériser les régions non codantes, les épissages alternatifs, les sites de
polyadénylation, les promoteurs, les éléments régulateurs et les interactions ARN-protéines des

gènes d’intérêt.
 Importance de la RACE PCR dans la recherche en biologie moléculaire et la génomique
fonctionnelle : La RACE PCR est importante pour la recherche en biologie moléculaire et la
génomique fonctionnelle, car elle permet d’identifier et de caractériser les régions non codantes,
les épissages alternatifs, les sites de polyadénylation, les promoteurs, les éléments régulateurs
et les interactions ARN-protéines des gènes d’intérêt. Ces informations sont essentielles pour
comprendre le fonctionnement, la régulation et l’évolution des gènes, ainsi que pour détecter et
diagnostiquer des maladies génétiques ou infectieuses. La RACE PCR est également utile pour
étudier l’expression différentielle des gènes, c’est-à-dire la variation du niveau d’ARNm
produit par un gène en fonction du contexte cellulaire ou environnemental. La RACE PCR est
donc un outil puissant et polyvalent pour explorer la diversité et la complexité des ARNm.

Principes de base de la RACE PCR :

Le principe de base de la RACE PCR est d’utiliser la transcriptase inverse (RT) pour
synthétiser une copie d’ADNc à partir d’un ARNm cible, en utilisant une amorce spécifique au
gène (GSP) qui reconnaît une séquence connue dans le transcrit. Ensuite, on ajoute une queue
homopolymérique ou un adaptateur à l’une des extrémités de l’ADNc, ce qui permet de
l’amplifier par PCR en utilisant une amorce universelle (UP) qui s’apparie à la queue ou à
l’adaptateur, et une seconde amorce spécifique au gène (GSP2) qui s’apparie à une séquence en
aval de la première. On obtient ainsi un produit d’ADNc qui contient la séquence inconnue de
l’extrémité 5’ ou 3’ de l’ARNm.

La RACE PCR se distingue des autres méthodes d’amplification d’ADNc, telles que la RT-PCR
classique ou la RT-qPCR, par le fait qu’elle ne nécessite pas de connaître la séquence des deux
extrémités de l’ARNm, mais seulement d’une partie interne. Elle permet donc d’isoler et de
séquencer des régions d’ARNm qui seraient difficiles ou impossibles à cloner par d’autres
moyens.

L’amplification sélective des extrémités d’ADNc :

L’amplification sélective des extrémités d’ADNc est le principe qui permet de réaliser la
RACE PCR (Rapid Amplification of cDNA Ends). Il s’agit de synthétiser et d’amplifier les
extrémités 5’ ou 3’ d’un ADNc à partir d’une séquence interne connue. Voici les étapes de ce
principe :

-On part d’un ARNm cible dont on connaît une partie de la séquence, par exemple grâce à un
EST (Expressed Sequence Tag) ou à une sonde nucléotidique.

-On utilise la transcriptase inverse (RT) pour copier l’ARNm en ADNc simple brin, en utilisant
une amorce spécifique au gène (GSP) qui s’hybride à la séquence connue.

-On ajoute une queue homopolymérique (par exemple des nucléotides A) ou un adaptateur (une
courte séquence d’ADN) à l’extrémité 3’ de l’ADNc, soit par l’action de la RT elle-même, soit
par une ligase ou une polymérase.
-On réalise une PCR en utilisant deux amorces : une amorce universelle (UP) qui reconnaît la
queue ou l’adaptateur, et une seconde amorce spécifique au gène (GSP2) qui s’hybride à une
séquence en aval de la première. On obtient ainsi un produit d’ADNc qui contient la séquence
inconnue de l’extrémité 5’ de l’ARNm.

-Pour obtenir l’extrémité 3’ de l’ARNm, on inverse le sens des amorces : on utilise une amorce
GSP qui s’hybride à l’extrémité 3’ de l’ARNm, et une amorce UP qui reconnaît la queue ou
l’adaptateur ajouté à l’extrémité 5’ de l’ADNc.

Comparaison avec d’autres méthodes d’amplification d’ADNc :

La RACE PCR (Rapid Amplification of cDNA Ends) : une méthode d’amplification

d’ADNc qui permet d’obtenir la séquence complète des extrémités 5’ ou 3’ d’un ARNm à partir
d’une partie interne connue. Elle se compare à d’autres méthodes d’amplification d’ADNc,
telles que :

La RT-PCR (Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction) : elle permet d’amplifier

un fragment d’ADNc à partir d’un ARNm, en utilisant deux amorces spécifiques aux extrémités
du transcrit. Elle nécessite donc de connaître la séquence des deux extrémités de l’ARNm, ce
qui n’est pas toujours possible ou facile à obtenir. Elle est utile pour quantifier l’expression d’un
gène ou pour détecter des variants d’épissage.

La RT-qPCR (Reverse Transcription Quantitative Polymerase Chain Reaction) : elle est

similaire à la RT-PCR, mais elle utilise un agent fluorescent qui permet de mesurer la quantité
d’ADNc amplifié en temps réel. Elle est plus sensible et plus précise que la RT-PCR, mais elle
nécessite également de connaître la séquence des deux extrémités de l’ARNm. Elle est utilisée
pour quantifier l’expression d’un gène ou pour détecter des variants d’épissage.

La SMART-PCR (Switching Mechanism At 5’ end of RNA Transcript PCR) : elle permet

d’amplifier un ADNc complet à partir d’un ARNm, en utilisant un adaptateur qui se lie à
l’extrémité 5’ de l’ARNm par un mécanisme de transfert de brin. Elle ne nécessite qu’une seule
amorce spécifique à l’extrémité 3’ de l’ARNm. Elle est utile pour cloner des ADNc complets
ou pour construire des banques d’ADNc.

La RACE PCR présente l’avantage de ne pas nécessiter de connaître la séquence des deux
extrémités de l’ARNm, mais seulement d’une partie interne. Elle permet ainsi d’isoler et de
séquencer des régions d’ARNm qui seraient difficiles ou impossibles à cloner par d’autres
moyens.

Méthodologie de la RACE PCR :

Le RACE-PCR repose sur la combinaison de la transcription inverse et de la PCR (Polymerase

Chain Reaction). Voici les étapes clés :

La PCR, ou polymerase chain reaction, est une technique de biologie moléculaire largement
utilisée pour amplifier de petites quantités d’ADN ou d’ARN en quantités plus importantes,
permettant ainsi de détecter, de quantifier et d’analyser des séquences spécifiques de ces
molécules. Voici les différentes étapes de la PCR :

Les étapes de préparation des échantillons de synthèse d’ADNc à partir

d’ARN :

La synthèse d’ADNc (acide désoxyribonucléique complémentaire) à partir d’ARN (acide

ribonucléique) implique plusieurs étapes. Voici une procédure générale :

Isolation de l’ARN : Tout d’abord, vous devez isoler l’ARN à partir de votre échantillon
biologique. Cela peut être fait en utilisant diverses méthodes d’extraction d’ARN telles que la
méthode de phénol/chloroforme, les colonnes de purification d’ARN, ou les kits commerciaux
disponibles dans le commerce.

Traitement de l’ARN avec une enzyme inverse-transcriptase : Une fois que vous
avez isolé l’ARN, vous devez le traiter avec une enzyme appelée transcriptase inverse (ou
reverse transcriptase). Cette enzyme convertit l’ARN en ADNc, qui est complémentaire à
l’ARN d’origine.

Inactivation de l’enzyme : Après la synthèse de l’ADNc, l’inactivation de l’enzyme est

nécessaire pour éviter toute activité enzymatique non désirée.

Purification de l’ADNc : L’ADNc synthétisé peut contenir des contaminants tels que des
résidus d’ARN ou d’enzymes. Il est donc nécessaire de purifier l’ADNc pour éliminer ces
contaminants. Cela peut être réalisé par diverses techniques de purification telles que la
chromatographie, l’ultrafiltration ou la précipitation à l’éthanol.

Quantification de l’ADNc : Avant d’utiliser votre ADNc dans des applications

ultérieures, il est important de quantifier sa concentration. Cela peut être fait à l’aide de
méthodes telles que la spectroscopie UV (mesure de l’absorbance à 260 nm) ou par des
méthodes fluorimétriques.

Synthèse de l’ADNc en ADN double brin (si nécessaire) : Selon l’application

prévue, il peut être nécessaire de convertir l’ADNc en ADN double brin. Cela peut être réalisé
par l’addition d’un deuxième brin d’ADN complémentaire, suivi d’une étape de ligation ou
d’amplification.

Analyse et vérification de l’ADNc synthétisé : Avant d’utiliser l’ADNc synthétisé

dans des applications ultérieures telles que la PCR (réaction en chaîne par polymérase), le
clonage ou le séquençage, il est important de vérifier sa qualité et son intégrité. Cela peut être
fait par électrophorèse sur gel d’agarose suivi de la visualisation des bandes d’ADN.

Remarque : les détails spécifiques de chaque étape peuvent varier en fonction de vos besoins
expérimentaux et des caractéristiques de votre échantillon biologique.
 La conception d’amorces spécifiques pour l’amplification des extrémités d’ADNc nécessite
une attention particulière pour assurer la spécificité et l’efficacité de l’amplification. On peut
les subdiviser en quelques étapes générales pour la conception d’amorces spécifiques :

Désignation des amorces spécifiques pour l’amplification des extrémités

d’ADNc :

Sélection de la région cible : Identifiez les séquences des extrémités de l’ADNc que vous
souhaitez amplifier. Ces régions peuvent être les régions 5’ (amorces d’amorçage) ou 3’
(amorces d’amplification) de l’ADNc.

Analyse de la séquence : Analysez les séquences des extrémités d’ADNc pour identifier
les régions conservées et spécifiques à votre gène d’intérêt. Vous pouvez utiliser des outils bio-
informatiques comme BLAST pour comparer vos séquences avec des bases de données
publiques et vérifier leur spécificité.

Détermination de la longueur des amorces : les amorces typiques pour PCR ont une
longueur d’environ 18 à 25 paires de bases. Assurez-vous que la longueur de vos amorces est
adaptée à vos besoins expérimentaux et respecte les paramètres recommandés pour la PCR.

Évitez les régions riches en motifs répétés ou en structures secondaires : Les

régions riches en motifs répétés ou en structures secondaires peuvent entraîner des problèmes
lors de la PCR. Essayez d’éviter ces régions lors de la conception des amorces.

Vérification des spécificités des amorces : Avant de procéder à l’amplification PCR,

vérifiez la spécificité des amorces en utilisant des outils bio-informatiques pour éviter
l’amplification non spécifique.

Optimisation des conditions de PCR : Une fois que vous avez conçu vos amorces
spécifiques, optimisez les conditions de PCR pour maximiser la spécificité et l’efficacité de
l’amplification. Cela comprend la concentration d’amorces, la température d’hybridation et
d’extension, ainsi que le cycle de PCR lui-même.

• Les conditions :

La PCR (Polymerase Chain Reaction) est une technique puissante utilisée pour amplifier de
l’ADN spécifique. La PCR en temps réel (ou qPCR) est une variante de la PCR qui permet la
quantification en temps réel de l’amplification de l’ADN pendant la réaction. Voici les
conditions optimales pour une PCR en temps réel (qPCR) :
Choix de la polymérase : Utilisez une polymérase thermorésistante, comme la Taq
polymérase ou une polymérase à haute-fidélité, adaptée à la sensibilité de votre amplification.

Amorces spécifiques : Utilisez des amorces spécifiques conçues pour la région cible de
l’ADN que vous souhaitez amplifier. Les amorces doivent être complémentaires à des régions
conservées de l’ADN et avoir une température de fusion similaire.

Sa sonde spécifique : Dans la qPCR, une sonde spécifique à la région amplifiée peut être
utilisée pour la détection et la quantification. Les sondes TaqMan, les sondes SYBR Green ou
d’autres sondes spécifiques peuvent être utilisées en fonction de votre application.

Température de dénaturation : Typiquement entre 95°C et 98°C, pour dénaturer l’ADN

double brin en brins simples.

Température d’hybridation : Dépend de la Tm des amorces utilisées, généralement entre

55°C et 65°C.

Température d’extension : Typiquement entre 72°C et 74°C, pour l’activité optimale de

la polymérase lors de l’extension des amorces.

Nombre de cycles : Le nombre de cycles doit être optimisé pour permettre une
amplification suffisante tout en évitant la saturation.

• Réactifs :

Tampon de PCR : Utilisez un tampon de PCR optimisé pour la stabilité de la polymérase

et l’efficacité de l’amplification.

Nucléotides : Utilisez des DNTPs (désoxyribonucléotides triphosphates) équilibrés pour

maintenir une efficacité d’amplification élevée.

MgCl2 : L’ion magnésium (Mg²⁺) est crucial pour l’activité de la polymérase. La

concentration optimale de Mg²⁺ peut varier selon la polymérase utilisée et la région cible.

Contrôles négatifs et positifs : Incluez des contrôles négatifs (sans ADN matrice) et des
contrôles positifs (avec de l’ADN matrice connu) pour vérifier la spécificité de l’amplification
et détecter toute contamination ou inhibition de réaction.

• Les types :
A. La RACE PCR (Rapid Amplification of cDNA Ends) 5’ :

Une technique utilisée pour amplifier les extrémités 5’ des ARN messagers (ARNm). Voici ses
applications, avantages et limites :

• Applications :
 ➢ Identification des régions 5’ non traduites (5’ UTR) :

La RACE PCR 5’ permet d’identifier les régions 5’ non traduites des ARNm, qui contiennent
souvent des séquences régulatrices importantes telles que les sites de liaison aux facteurs de
transcription.

Caractérisation des promoteurs : Cette technique peut aider à caractériser les régions
promotrices en identifiant les sites d’initiation de la transcription et en déterminant la structure
du promoteur.

Identification des sites d’épissage alternatif : La RACE PCR 5’ peut être utilisée pour
détecter les sites d’épissage alternatif en comparant les extrémités 5’ des différents transcrits.

Clonage de gènes inconnus : Elle peut être utilisée pour cloner des gènes dont seule la
séquence partielle est connue, en amplifiant et en séquençant les régions 5’ des ARNm.

Étude de l’expression génique différentielle : La RACE PCR 5’ peut être utilisée pour
quantifier l’expression de gènes spécifiques en analysant les extrémités 5’ des ARNm dans
différents échantillons biologiques.

➢ La RACE PCR (Rapid Amplification of cDNA Ends)3’ :

Une technique utilisée pour amplifier les extrémités des ARNm

• Applications :

Identification des régions 3’ non traduites (3’ UTR) : La RACE PCR 3’ permet
d’identifier les régions 3’ non traduites des ARNm, qui peuvent contenir des séquences
régulatrices impliquées dans la stabilité de l’ARNm et la régulation de la traduction.

Caractérisation des sites de clivage polyadénylation : Cette technique peut aider à

caractériser les sites de clivage polyadénylation, qui marquent la fin de la transcription et
affectent la stabilité et la localisation de l’ARNm.

Identification des ARN non codants : La RACE PCR 3’ peut être utilisée pour identifier
les extrémités 3’ des ARN non codants, qui jouent un rôle important dans la régulation de
l’expression génique.

Analyse de l’expression génique différentielle : Elle peut être utilisée pour quantifier
l’expression de gènes spécifiques en analysant les extrémités 3’ des ARNm dans différents
échantillons biologiques.

Clonage de gènes inconnus : Elle peut être utilisée pour cloner des gènes dont seule la
séquence partielle est connue, en amplifiant et en séquençant les régions 3’ des ARNm .
 • Limites :

Complexité de conception des amorces : La conception des amorces spécifiques pour

l’amplification des extrémités 3’ des ARNm peut être délicate et nécessite une analyse
approfondie des séquences cibles.

Sensibilité aux contaminants : Comme pour toute technique PCR, il existe un risque de
contamination croisée, ce qui peut entraîner des résultats erronés.

Dépendance à la qualité de l’ARN : La qualité de l’ARN utilisé peut influencer les

résultats de la RACE PCR 3’, et des échantillons de faible qualité peuvent entraîner des
amplifications non spécifiques.

Malgré ces limites, la RACE PCR 3’ reste une technique précieuse pour la caractérisation des
ARNm et l’identification de séquences inconnues dans le génome. Elle est largement utilisée
dans la recherche en biologie moléculaire et en génomique fonctionnelle.

➢ La Nested RACE PCR (Rapid Amplification of cDNA Ends PCR):

Une technique qui combine la RACE PCR avec une deuxième PCR (appelée PCR « nichée »)
pour augmenter la spécificité et la sensibilité de l’amplification des extrémités d’ADNc. Voici
le principe et l’utilisation de la Nested RACE PCR :

• Principe :

Première PCR (RACE PCR) : Dans cette étape initiale, des amorces spécifiques sont
utilisées pour amplifier les extrémités 5’ ou 3’ des ARN messagers (ARNm) à partir d’une
population d’ARN total. Cette réaction permet d’obtenir des produits d’ADNc correspondant
aux extrémités recherchées, mais elle peut également générer des produits non spécifiques dus
à la présence d’autres ARN ou contaminants.

Deuxième PCR (PCR nichée) : Les produits de la première PCR sont ensuite utilisés
comme matrice pour une deuxième PCR, où des amorces internes spécifiques sont utilisées
pour amplifier spécifiquement les produits de la première réaction. Cette étape permet
d’augmenter la spécificité en ciblant uniquement les produits d’intérêt, tout en réduisant le bruit
de fond généré par la première PCR.

Utilisation pour l’amplification spécifique :

Augmentation de la spécificité : En utilisant des amorces internes spécifiques dans la

deuxième PCR, la Nested RACE PCR permet de sélectionner spécifiquement les produits de la
première PCR, réduisant ainsi le risque d’amplification non spécifique.
Amélioration de la sensibilité : La Nested RACE PCR permet également d’améliorer la
sensibilité de la détection en amplifiant spécifiquement les produits d’intérêt à partir de faibles
quantités d’ARN total.

Identification précise des extrémités d’ARNm : En combinant la RACE PCR avec

une PCR nichée, cette technique permet une identification précise et spécifique des extrémités
des ARNm, ce qui est utile pour la caractérisation des gènes, l’analyse des régions promotrices
et d’autres applications de biologie moléculaire.

Clonage et séquençage : Les produits amplifiés par Nested RACE PCR peuvent être
clonés et séquencés pour obtenir des informations détaillées sur les extrémités d’ARNm, y
compris les régions 5’ et 3’ non traduites, ainsi que les sites de clivage polyadénylation.

Applications de la RACE PCR :

La RACE PCR (Rapid Amplification of cDNA Ends) est une technique de biologie moléculaire
puissante permettant d’amplifier et de séquencer les extrémités 5’ et 3’ des ARNm. Elle s’avère
utile dans de nombreux domaines de la recherche, notamment la caractérisation de gènes,
l’étude de l’expression génique et la détection de mutations.

Caractérisation de l’extrémité 5’ et 3’ des ARNm

1. Caractérisation de l’extrémité 5’ et 3’ des ARNm :

La RACE PCR permet de déterminer la séquence complète des ARNm, y compris les régions
non traduites (UTR) 5’ et 3’. Ces régions peuvent jouer un rôle important dans la régulation de
la traduction et de la stabilité des ARNm. La RACE PCR est particulièrement utile pour l’étude
des ARNm dont les extrémités sont inconnues ou difficiles à séquencer par d’autres méthodes.
 2. Clonage de gènes complets à partir de séquences partielles :

La RACE PCR peut être utilisée pour cloner des gènes complets à partir de séquences partielles
d’ADNc. Cette technique est particulièrement utile pour les gènes dont la séquence complète
n’est pas encore disponible.

3. Détection de variants d’épissage et de mutations dans les ARNm :

La RACE PCR permet de détecter des variants d’épissage et des mutations dans les ARNm.
Cette technique est utile pour le diagnostic de maladies génétiques et pour l’étude des
mécanismes de régulation de l’expression génique.

Détection de variant d’épissage et de mutation dans les

ARNm

Étude de l’expression génique différentielle et de la régulation

transcriptionnelle :

La RACE PCR peut être utilisée pour comparer l’expression de gènes dans différentes
conditions ou tissus. Cette technique permet d’identifier des gènes dont l’expression est
différentiellement régulée et de mieux comprendre les mécanismes de régulation
transcriptionnelle.

Avantages et limitations de la RACE PCR :

Avantages spécifiques de la RACE PCR, par rapport à d’autres méthodes

d’amplification d’ADNc :
 Spécificité : La RACE PCR est une technique très spécifique qui permet d'amplifier des
séquences d'ADNc spécifiques à partir d'un mélange complexe d'ARNm.

Sensibilité : La RACE PCR est une technique très sensible qui permet d'amplifier des
séquences d'ADNc à partir de très petites quantités d'ARNm.

Fidélité : La RACE PCR est une technique très fiable qui permet d'obtenir des produits
d’amplification de haute qualité.

Spécificité de la RACE PCR Sensibilité de la RACE PCR

Polyvalence : La RACE PCR peut être utilisée pour amplifier les extrémités 5' et 3' des
ARNm de n'importe quelle source.

Polyvalence de la RACE PCR

 Avantages spécifiques de la RACE PCR par rapport à d'autres méthodes
d'amplification d'ADNc :

PCR inverse : La PCR inverse est une technique moins spécifique que la RACE PCR car
elle amplifie toutes les séquences d'ADNc présentes dans un échantillon, y compris celles qui
ne sont pas spécifiques à l'ARNm d'intérêt.

RT-PCR quantitative : La RT-PCR quantitative est une technique moins sensible que la
RACE PCR car elle ne permet pas d'amplifier des séquences d'ADNc à partir de très petites
quantités d'ARNm.

Limitations de la technique et considérations pour l'interprétation des

résultats :

A / limitations :

Complexité : La RACE PCR est une technique complexe et son utilisation nécessite une
certaine expertise en biologie moléculaire.

Coût : La RACE PCR est une technique relativement coûteuse par rapport aux autres
techniques d'amplification d'ADNc.

Biais : La RACE PCR peut introduire des biais dans les résultats, car l'amplification des
extrémités 5' et 3' des ARNm n'est pas toujours uniforme.

Interprétation des résultats : L'interprétation des résultats de la RACE PCR peut être
difficile, car il est important de tenir compte des biais potentiels de la technique.

B / Considérations pour l'interprétation des résultats :

Utiliser des contrôles appropriés : Il est important d'utiliser des contrôles appropriés pour
garantir la spécificité et la sensibilité de la RACE PCR.

Analyser les résultats de manière critique : Il est important d'analyser les résultats de la RACE
PCR de manière critique et de tenir compte des biais potentiels de la technique

Donc La RACE PCR est une technique cruciale permettant d’obtenir des informations
précieuses sur la structure et la fonction des ARNm. Elle présente de nombreux avantages par
rapport aux autres techniques d’amplification d’ADNc, mais elle a également certaines
limitations. Il est important de connaître les avantages et les limitations de la RACE PCR avant
de l’utiliser dans une étude.
Technique et avancées récentes en RACE PCR :

La PCR d’Amplification Rapide d’Extrémités de cDNA, est utilisé dans divers domaines de
recherche en génétique moléculaire, culture cellulaire, bactériologie et autres domaines qui
nécessite une étude minutieuse des séquences de l’ADNc des développements récents dans ces
domaines en contribue à des avances en RACE PCR.

Techniques isothermes d’amplification :

Des techniques développées récemment afin de rendre plus simple et rapide le processus
d’amplification de l’ADN ou de l’ARN. Contrairement à la PCR traditionnel qui nécessite des
cycles de chauffage et de refroidissement, ces techniques fonctionnes à une température
constante, les rendant ainsi plus rapide et adapté à l’utilisation sur terrain ou des conditions de
laboratoires moins sophistiqués. Parmi ces techniques on a :

• La PRA (Amplification de Polymérase Recombinante) :

Une technique qui nécessite l’utilisation de la polymérase recombinée et d’amorces

spécifiques afin d’amplifier l’ADN. Cette technique fonctionne à une température proche de
37°C (relativement basse) permettant des réactions rapides et efficace. La RPA est adaptée pour
la détection de l’ADN ou l’ARN spécifiques dans les échantillons.

• Le LAMP (Amplification Isotherme Médiée Par Boucle) :

Comme la PRA, Cette technique repose sur l’utilisation de la polymérase et des amorces
spécifique afin de former des boucles d’ADN. Cette technique nécessite une température de 60-
65°C (légèrement élevée). Le LAMP est extrêmement sensible et efficace pour la détection
d’ARN viraux ou bactériens aidant ainsi dans la détection de maladies infectieuse.

La RACE PCR est donc d’une importance cruciale dans la caractérisation et le séquençage des
extrémités des ARNm et dans le dépistage de nombreux variants grâce à sa sensibilité et sa
spécificité.

En plus de cette technique on a préalablement cité d’autre technique et il existe d’autres, elles
sont citées si dessous brièvement :

La PCR (Polymerase Chain Reaction) qui est utilisée en biologie moléculaire pour
amplifier de manière spécifique une région d’ADN cible. Elle est devenue un outil essentiel
dans de nombreux domaines de la recherche biomédicale, de la microbiologie à la génétique en
passant par la virologie.

La PCR standard qui consiste en l’amplification spécifique d’une région d’ADN en utilisant
des amorces complémentaires à la séquence d’intérêt et une ADN polymérase. Cette technique
est fondamentale pour l’identification de gènes spécifiques, l’analyse de la diversité génétique
et la détection de mutations génétiques.

La PCR en temps réel, également connue sous le nom de qPCR (quantitative PCR), permet
non seulement l’amplification de l’ADN, mais aussi la mesure quantitative de la quantité de
produit amplifié à chaque cycle de PCR. Elle est largement utilisée pour quantifier l’expression
génique, détecter et quantifier des agents pathogènes et analyser la réplication virale.

La PCR RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends) qui est une méthode utilisée pour
amplifier spécifiquement les extrémités 5’ ou 3’ d’un ARNc, permettant ainsi de déterminer la
séquence complète de l’ARNc. Cette technique est essentielle pour l’identification des
extrémités 5’ et 3’ des ARNm, le clonage de gènes complets à partir d’ARNc et l’étude de
l’expression génique différentielle.

Le séquençage de nouvelle génération (NGS) une avancée majeure qui permet la

génération massive de données de séquence à haut débit. Il est utilisé pour le séquençage de
génomes complets, l’étude de la variation génétique, l’analyse de la métagénomique et bien
d’autres applications.

Enfin, l’analyse bio-informatique qui représente un élément crucial dans le traitement et

l’interprétation des données générées par PCR et séquençage. Elle implique l’utilisation de
logiciels et d’outils pour aligner des séquences, annoter des gènes, prédire la structure et la
fonction des protéines, et bien plus encore.

Combinées, ces techniques et avancées en PCR et séquençage ont révolutionné la recherche en

biologie moléculaire, permettant des découvertes significatives dans la compréhension de la
structure et de la fonction des gènes, ainsi que dans le diagnostic et le traitement des maladies.

Perspectives et développement de la PCR dans les pays du Sud

Est une technique puissante pour l’amplification et le séquençage des extrémités 5’ et 3’

d’ADNc. Cette technique a de nombreuses applications dans la recherche biomédicale,
notamment :

• Cartographie d’ARNm et identification de transcrits alternatifs

• Clonage d’ADNc complet
• Étude des promoteurs et des terminateurs de gènes
• Détection de mutations et de polymorphismes génétiques

Le développement de méthodes de PCR dans des laboratoires de référence tels que le Centre
Muraz au Burkina Faso et l’utilisation d’échantillons prélevés, transportés et conservés sur DBS
peuvent faciliter l’accès aux tests moléculaires pour les pays du Sud.

En effet, les tests moléculaires sont fréquemment demandés pour le diagnostic et le suivi des
maladies infectieuses dans les pays développés, mais leur disponibilité reste limitée dans les
pays à ressources limitées en raison de plusieurs contraintes :
 • Coûts élevés
• Technologies complexes
• Ressources humaines insuffisantes
• Accès limité aux installations de laboratoire

L’utilisation de DBS (Dried Blood Spots) pour la collecte et la conservation d’échantillons de

sang total capillaire présente plusieurs avantages :

• Prélèvement simple et non invasif

• Transport et stockage faciles à température ambiante
• Conservation prolongée de l’ADN
• Faible coût

Amélioration de la sensibilité et de la spécificité

• Développement de nouvelles amorces et de nouvelles enzymes

• Mise au point de nouvelles techniques de détection

Le développement de kits RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends) rentables et adaptés aux
conditions locales permettra d’améliorer la fiabilité et le succès de l’identification de l’ADNc
complet d’un gène.

Voici quelques points à considérer pour le développement d’un kit RACE :

• Isolation appropriée de l’ARN

• Efficacité du kit pour augmenter le rendement de l’isolement de l’ARN
• Utilisation de produits chimiques rentables et utilisables pour les RACE-PCR 3’ et 5’
• Processus très rentable
• Fiabilité et taux de réussite élevés

Les technologies de biologie moléculaire, et en particulier la PCR, occupent une place

importante dans le diagnostic direct des pathogènes.

La qPCR (quantitative PCR) est une technique de diagnostic puissante et largement utilisée.

Ses avantages par rapport à la PCR conventionnelle incluent :

• Rapidité
• Fiabilité
• Sécurité
• Meilleure sensibilité
• Quantification précise de la charge virale

Le développement de la PCR dans les pays du Sud est crucial pour améliorer la santé publique
et lutter contre les maladies infectieuses.

Voici quelques exemples de développements en cours :

 • Mise au point de kits PCR multiplexés pour la détection simultanée de plusieurs
pathogènes
• Développement de techniques de PCR à base de nanoparticules pour améliorer la
sensibilité et la spécificité
• Adaptation des technologies de PCR aux contextes à ressources limitées

En plus des développements technologiques, il est important de renforcer les capacités

humaines pour garantir l’utilisation efficace et durable de la PCR.

Ceci inclut la formation du personnel, le développement d’infrastructures de laboratoire et la

mise en place de programmes de contrôle qualité. le développement de cette technique nous
permet contribuer à sauver des vies et à améliorer la santé des populations les plus vulnérables.

Conclusion :

En conclusion, la technique de RACE PCR (Rapid Amplification of cDNA Ends) représente

un outil puissant et polyvalent en biologie moléculaire. Elle permet d’explorer les extrémités 5’
et 3’ des ARNm, caractérisant ainsi les régions non codantes, les épissages alternatifs, les sites
de polyadénylation, les promoteurs et d’autres éléments régulateurs. Grâce à sa capacité à
amplifier des régions d’ARNm à partir de séquences internes connues, la RACE PCR offre une
approche efficace pour cloner des gènes complets à partir de séquences partielles, détecter des
variants d’épissage et des mutations, et étudier l’expression génique différentielle. Malgré
quelques limites techniques, la RACE PCR reste une méthode incontournable dans le domaine
de la recherche en biologie moléculaire et de la génomique fonctionnelle, offrant des
possibilités précieuses pour comprendre la complexité des processus biologiques.
Les références :
➢ Article : Octobre 2018, Développement des analyses moléculaires par PCR digitale pour
la pratique clinique : principes, mise en œuvre pratique et recommandations.

➢ Développement d’approches PCR et implémentation pour l’amélioration de

l’accès au diagnostic moléculaire des maladies infectieuses dans les pays à
ressources limitées. Médecine humaine et pathologie. Université Montpellier,
2018. Français : 2018MONTT005f : Sylvie Zida.

➢ Versatile 5′ RACE-Seq methodology for the accurate identification of the 5′

termini of mRNAs: Panagiotis G. Adamopoulos, Panagiotis Tsiakanikas, Irene Stolidi
& Andreas Scorilas

➢ Recent advances in recombinase polymerase amplification: Principle, advantages,

disadvantages and applications: Meiying Tan, Chuan Liao, Lina Liang, Xueli Yi,
Zihan Zhou, Guijiang Wei

➢ 5’ RACE System for rapid amplification of cDNA ends: thermofisher scientific

(2006-2024)