Activité 5 - Fragmentation des habitats et impact sur la biodiversité (50 min) PRODUCTION ATTENDUE :

De nombreuses activités humaines telles la déforestation, l’agriculture et la construction
d’infrastructures comme les routes, réduisent la surface des habitats naturels en plus petites zones isolées les
unes des autres. Actuellement, 70% de la forêt mondiale se trouve à moins de 1 km de la lisière à cause de
la fragmentation d’origine anthropique.
De nombreuses espèces d’animaux et de végétaux ne peuvent pas vivre à proximité des lisières car les
conditions de vie y sont différentes (insolations, vents, bruits…) : c’est l’effet lisière. De plus, la fragmentation
est connue pour avoir un effet négatif significatif sur les populations en diminuant leur taille, mais aussi en
limitant les flux génétiques entre les communautés isolées,
aboutissant ainsi à un appauvrissement génétique de ces
communautés (consanguinité avec pertes d’allèles).
Le crapaud commun (Bufo bufo) est l’une des espèces
françaises qui souffre de la fragmentation de son habitat
(forêts, mares), car il est obligé de parcourir des distances
importantes et de traverser les routes, afin d’accomplir son
cycle de développement et de reproduction.
Pour lutter contre l’effet néfaste de la fragmentation de son
habitat par les routes, de plus en plus de communes mettent
en place des crapauducs reliant les parcelles isolées et
permettant aux crapauds et autres amphibiens de circuler en
toute sécurité (Fontainebleau, Rueil Malmaison…).
Crapaud commun (Bufo bufo)
Photo Iric, Wikimedia
TRAVAIL A REALISER :
A l’aide du modèle fourni, réaliser des simulations permettant de valider :
1- l’effet délétère de la fragmentation de l’habitat du crapaud commun au niveau de l’effectif
global de sa population et au niveau génétique ;
2- l’intérêt des crapauducs pour lutter contre les effets de la fragmentation de son habitat.
RESSOURCES A DISPOSITION :
 Logiciel Edu’modèles et fichier Fragmentation_crapauds_1_parcelle.modele
 Logiciel Tableur Graphique et fichier excel permettant de calculer les moyennes de
plusieurs simulations Activite_5_Tableau_a_completer.xls
 Document d’informations sur l’utilisation du logiciel Edu’Modèles et du sur le modèle fourni
 Un diaporama répondant aux questions, illustré de captures d’écran et des graphiques
demandés avec l’analyse et la critique de vos résultats.
INFORMATIONS SUR LE LOGICIEL EDU’MODELES ET SUR LE MODELE FOURNI
 Edu’Modèles permet de faire de la modélisation algorithmique, c’est-à-dire que les modèles
sont basés sur des algorithmes simples utilisant des agents (entités) qui interagissent entre eux
grâce à des règles (comportements).
 Une parcelle de forêt est modélisée avec différentes zones :
- en vert : la zone où les crapauds peuvent circuler, vivre et se reproduire (forêt ou
crapauduc)
- en gris clair : la lisière, zone non favorable aux crapauds
- en gris foncé : la route, zone que les crapauds ne peuvent pas traverser.
 Agents du modèle : On modélise 3 génotypes de crapauds pour un gène A possédant 2
allèles possibles A1 et A2 :
- A1//A1 : crapauds possédant 2 allèles A1 du gène A
- A2//A2 : crapauds possédant 2 allèles A2 du gène A
- A1//A2 : crapauds possédant 1 allèle A1 et 1 allèle A2 du gène A
 Règles du modèle : les 6 règles décrivent les différentes possibilités de reproductions entre les 3
génotypes de crapauds.
 Utilisation du modèle :
- le paramétrage des agents et des règles du modèle ne doit pas être modifié ;
- le nombre initial de crapauds est de 30 par génotype, répartis aléatoirement dans la
zone verte ;
- il faut laisser tourner suffisamment la simulation avant d’observer le résultat (2000
tours) en mettant le curseur de la vitesse de simulation au maximum ;
- pour rajouter des routes, des lisières ou des crapauducs, il faut cliquer sur
l’outil Zones en haut à droite, puis après avoir choisi le type de zone, la
dessiner à l’aide de l’outil crayon et valider.

DEMARCHE A SUIVRE :

1- Réaliser 4 simulations pour une seule parcelle et à la fin de chaque simulation, compléter le
tableau de l’onglet approprié du fichier excel.
2- Découper la zone en 2 parcelles égales avec une route centrale bordée d’une lisière de
chaque côté. Réaliser 4 nouvelles simulations et compléter l’onglet « 2 parcelles ».
3- Découper ensuite la zone en 4 parcelles égales (avec une deuxième route perpendiculaire
à la première) et refaire 4 nouvelles simulations pour compléter l’onglet « 4 parcelles ».
4- Avec les moyennes obtenues, tracer les graphiques présentant l’effectif total moyen de la
population de crapauds et le nombre moyen d’allèles par parcelle, en fonction du nombre
de parcelles. Analyser les résultats pour répondre à la première question.
5- Sur le modèle à 4 parcelles, ajouter des crapauducs de 3 pixels verts de large, considérés
comme des passages sous les routes (qui ne sont alors plus visibles à ces endroits) pour relier Crapauduc de Fontainebleau
les différentes parcelles. Puis refaire 4 simulations pour compléter l’onglet dédié. Photo ANVL, 1 octobre 2020
6- Comparer ces résultats à ceux des 4 parcelles isolées et répondre à la deuxième question.
7- Critiquer le modèle utilisé et le traitement des résultats obtenus.

Crapauduc de Rueil Malmaison

Photo d’après Le Parisien, 18 mars 2021
 Guide de mise en marche du module Bluetooth HC-05.
Matériel nécessaire :
- une carte Arduino Uno
- un module Bluetooth HC-05
- un jeu de câbles de connexion M/F
- un cordon USB B
- un PC
- un smartphone sous Android

Rappel:
Ce module communique via une liaison série avec une carte Arduino. Cette liaison s’établit sur deux
broches RX et TX définies dans notre programme en tant que broches 11 et 10.

La broche RX de la carte Arduino doit être raccordée à la broche TX du module Bluetooth HC-05. La
broche TX de la carte Arduino doit être raccordée à la broche RX du module HC-05.

Connection du module:

Table de correspondance :

Arduino Module HC-05

5V Vcc
GND GND
10 RXD
11 TXD

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Exemple de programme:
Ce programme (à copier dans l’IDE Arduino) permet la réception et l’émission de données via le
moniteur série de l’IDE avec un autre périphérique Bluetooth (second Arduino, un PC ou comme dans
notre exemple avec un smartphone).

#include <SoftwareSerial.h>

#define rxPin 11 // Broche 11 en tant que RX, à raccorder sur TX du HC-05

#define txPin 10 // Broche 10 en tant que TX, à raccorder sur RX du HC-05

SoftwareSerial mySerial(rxPin, txPin);

void setup()
{
// define pin modes for tx, rx pins:
pinMode(rxPin, INPUT);
pinMode(txPin, OUTPUT);
mySerial.begin(38400);
Serial.begin(38400);

void loop()
{
int i = 0;
char someChar[32] = {0};
// when characters arrive over the serial port...
if(Serial.available()) {
do{
someChar[i++] = Serial.read();

delay(3);

}while (Serial.available() > 0);

mySerial.println(someChar);
Serial.println(someChar);
}

while(mySerial.available())
Serial.print((char)mySerial.read());
}

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Communication entre le Smartphone et l’Arduino Uno:

Il faudra ensuite installer sur le smartphone un programme

comme Bluetooth Terminal HC-05 pour Android et appairer le
module HC-05. Le code pin par défaut est : 1234.

Il est maintenant possible de dialoguer entre le moniteur série du PC et le smartphone. La vitesse de

transfert série doit être paramétrée sur 38400 bauds sinon une série de caractères illisibles apparaitra
dans le moniteur.

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Si vous rencontrez des problèmes, merci de nous contacter par courriel à :

sav@gotronic.fr

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