Quand et comment rechercher les bactries anarobies ?

F. Mory A. Lozniewski Laboratoire de Bactriologie CHU de Nancy

Les bactries anarobies

hypersensibles loxygne ou ses drivs produisent leur nergie et effectuent leurs biosynthses sans avoir recours loxygne molculaire

Les bactries anarobies

implantation O2 de ces bactries in vivo
O2 O2 O2 O2 O2 O2

FLORE EXOGENE

O2

O2

FLORE ENDOGENE

O2

prcautions particulires pour le recueil, le transport et la culture des prlvements

Quand rechercher les bactries anarobies ?

Sang (hmocultures) : systmatiquement

Reemergence of anaerobic bacteremia
12 10

% dhmocultures positives bactries anarobies

8 6 4 2 0 1993 1996 2000 2004

Daprs Lassmann et al. Clin Infect Dis 2007

Suppurations fermes
Systmatiquement si:
gaz (crpitement : gangrne gazeuse) odeur ftide de lchantillon grains jaunes (actinomycose?) examen morphologique vocateur

Suppurations fermes
En fonction de la localisation

Systme nerveux central

abcs empymes

Tte et cou
infections oculaires sinusites et otites chroniques abcs pri-amygdaliens abcs dentaires

Voies ariennes infrieures

abcs pulmonaires pleursies purulentes pneumopathies dinhalation ?

Sphre intra-abdominale
Pritonites Infections des voies biliaires Abcs hpatiques et intraabdominaux

Sphre gnitale
Abcs annexiels, endomtrites

Os et articulations
Arthrites,ostites, ostomylites

Peau et tissus mous

Abcs, phlegmons Cellulites, fasciites, myoncroses Ulcres infects, pied diabtique

Quand ne pas rechercher des bactries anarobies ?

Prlvements provenant de sites normalement coloniss par des bactries anarobies :

Prlvements oro- ou naso-pharyngs Expectorations et autres prlvements respiratoires non protgs Selles (sauf contexte particulier : C. difficile ) Effluents digestifs (liquides obtenus via stomies) Urines recueillies par voie naturelle Ecouvillonnages cutano-muqueux sans contexte particulier (prlvements vaginaux, urtraux, )

Comment rechercher les bactries anarobies ?

Prlvements : recueil
Asepsie Eviter la contamination par la flore physiologique locale Eviter le contact avec loxygne Ralisation
hmoculture : flacon anarobie collection purulente seringue (+ aiguille) biopsie sachet anarobie couvillon milieu de transport

Prlvements : conservation et transport

Conservation et transport : temprature ambiante Acheminement le plus rapidement possible au laboratoire Survie nanmoins de certaines espces anarobies
plusieurs heures
dans pus > 1 ml biopsie > 1 cm3

24 h
couvillons dans milieu de transport

Prise en charge au laboratoire

Prlvement Examen macroscopique Ensemencement Examen microscopique

Milieux gloss
Arobiose 10% CO2 Anarobiose

Milieux liquides
Standard Rgnr puis paraffin

Examen macroscopique
Odeur ftide (H2S, AG volatils) Fluorescence rouge / lumire UV
certaines espces de Prevotella et Porphyromonas

Coloration noire des tissus ou pus

bacilles Gram ngatif pigments

Grains actinomycosiques

Examen microscopique
Coloration de Gram Certaines espces de Clostridium apparaissent Gram Clostridium ramosum Clostridium clostridioforme Autres

Examen en contraste de phase

Mobilit ? Spores ?

Orientation diagnostique Choix des milieux (milieux spciaux)

Milieux solides
non slectifs
5% de sang (sang laqu : pigmentation plus rapide des bacilles Gram pigments) vitamine K1 (1 mg/l) hmine (5 mg/l)

slectifs
antibiotiques : aminosides, nomycine-vancomycine ou acide nalidixique-colistine BBE : bile esculine-gentamicine phnyl-thyl-alcool

ventuellement rduits en anarobiose (24 h)

Milieux liquides
milieu denrichissement et de survie diffrents milieux
Rosenow cystin Schaedler Bouillon cur-cervelle Wilkins Chalgren

prparation quasi extemporane rgnrs puis paraffins ou incubs en anarobiose

Conservation des milieux

temprature ambiante pour viter la dissolution de loxygne dans les milieux basse temprature

Incubation : anarobiose
incubation quasi immdiate aprs lensemencement incubation 48 h dure : 2 15 jours voire plus selon les espces recherches (Actinomyces spp., Porphyromonas spp. : 15 j) dure minimale totale : 7 j
toxicit de O2 pour bactries en phase exponentielle de croissance)

Les systmes dobtention de lanarobiose Chambre anarobie

mlange gazeux :
N2 80-90% H2 5-10% CO2 5-10% N2 (balayage)

O2+H2 H2O catalyseur : sel de palladium anarobiose continue

Jarres anarobies
sachets gnrateurs danarobiose : obtention anarobiose en 1 2 h ou systme avec vacuation remplacement : anarobiose plus rapide/sachets

Sachets avec gnrateurs

Quel que soit le systme :

toujours contrler lanarobiose : indicateur doxydo-rduction rsazurine > bleu de mthylne

Examen des cultures

Pus anarobie flore souvent mixte ( anarobies anarobies facultatifs arobies) Suspicion de bactries anarobies odeur nombre de colonies sur glose incube en anarobiose > nb de colonies sur glose incube sous CO2 ou en arobiose aspects des colonies
pigmentation fluorescence en lumire UV

Milieux solides
repiquage des colonies suspectes vrifier :
le caractre anarobie strict de la bactrie certaines bactries anarobies strictes peuvent pousser sous CO2
Actinomyces spp. Propionibacterium spp. Bifidobacterium spp. Clostridium tertium

la puret de la culture (coloration de Gram)

Milieux liquides
coloration de Gram risolement : sur milieux gloss (incubs en anarobiose et sous CO2) en labsence de croissance sur milieu glos initial

Rincuber !

Identification prsomptive
Aspect et odeur des colonies
colonies pigmentes sur glose au sang : Prevotella spp., Porphyromonas spp., Actinomyces odontolyticus colonies creusant la glose : B. ureolyticus aspect et odeur des colonies : C. difficile envahissement de la glose : C. septicum, C. tetani double zone dhmolyse : C. perfringens

Aspect aprs coloration de Gram

bacilles Gram - fusiformes bacilles Gram + ramifis : Propionibacterium spp., Actinomyces spp. bacilles Gram + sporuls

Identification prsomptive
Kana. (1 mg) Bactries Gram ngatif Bacteroides du groupe fragilis Prevotella spp. Porphyromonas spp. Fusobacterium spp. Veillonella spp. Vanco. (5 g) Colistine (10 g) Bile (1 mg) Vert brillant (100 g) S S S R

R RS R S S

R R S R R

R V R S S

R S S V

Bactries Gram positif

SR

RS : rsistance de la plupart des espces SR : sensibilit de la plupart des espces

Identification : mthodes conventionnelles

Galeries commercialises
mtabolisme : API 20A
ncessit dune croissance bactrienne incubation en anarobiose (24-48 H)

activits enzymatiques : Rapid ID 32A, Rapid ANA II

incubation en atmosphre normale (4-5 H)

Identification : mthodes conventionnelles

Analyse des produits terminaux du mtabolisme (acides gras volatils ou non volatils)
CPG laboratoires spcialiss

Mthodes gnotypiques
Squenage de gnes
ADN codant lARN 16S Autres gnes (housekeeping genes)

Bactrimies

Bacteroides du groupe fragilis

Clostridium spp. CGPA Fusobacterium spp.

Infections de la sphre digestive

Bacteroides du groupe fragilis

Clostridium spp. Eggerthella lenta CGPA Prevotella spp. Fusobacterium spp.

Infections gnitales
Endomtrites - salpingites

Prevotella spp. CGPA Porphyromonas spp. Fusobacterium spp.

Actinomyces spp. Eubacterium nodatum

Infections sur DIU

Infections de la sphre ORL

Phlegmons, angines rcidivantes Fusobacterium spp. Prevotella spp. Porphyromonas spp. Actinomyces spp. Sinusites chroniques, sinusites Prevotella spp. aigus dorigine dentaire, sinusites Fusobacterium spp., nosocomiales Porphyromonas spp. CGPA Otites moyennes chroniques Prevotella spp. Fusobacterium spp., Porphyromonas spp. CGPA P. acnes

Infections de la peau et des tissus mous

Dermohypodermites avec fasciite ncrosante polymicrobiennes Clostridium spp., Bacteroides spp., Fusobacterium spp., CGPA Dermohypodermites avec fasciite ncrosante monomicrobiennes Clostridium spp. (C. perfringens) Myoncroses C. perfringens, C. septicum, C. novyi, C. histolyticum, C. sordellii, Bacteroides spp., Fusobacterium spp., CGPA

Infections osto-articulaires
CGPA P. acnes
Clostridium spp. Prevotella spp. Fusobacterium spp. Bacteroides du groupe fragilis

En conclusion

Faut-il rechercher les bactries anarobies en routine ?

Non ?

Difficult et cot de lanalyse bactriologique Dlai de rponse long

Oui !!

Les espces anarobies les plus frquemment impliques en pathologie humaine peuvent tre
isoles en utilisant des moyens de transport et de culture adapts et disponibles identifies par des mthodes simples et au moyen de systmes commercialiss dans un dlai raisonnable

Oui !!

Dlai compatible avec une rvaluation prcoce de lantibiothrapie

infections monomicrobiennes (bactrimies) bactries croissance rapide (Bacteroides du groupe fragilis, C. perfringens)

Cots secondaires une prise en charge inapproprie > cots de lanalyse bactriologique

Abcs crbraux Empymes

Clostridium spp.

P. acnes

Prevotella spp. Fusobacterium spp. CGPA Actinomyces spp.

Prevotella spp. Fusobacterium spp. CGPA Actinomyces spp.

Eubacterium spp. Veillonella spp.

Suppurations pleuro-pulmonaires