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ACCRÉDITATION EN BACTÉRIOLOGIE

Vérification des performances


d’une méthode selon le SH FORM 44 :
application à la coloration de Gram
Hélène Astier-Théfennea,*, Audrey Wolfa, Chrystelle Darlesa, Éric Garnotela

RÉSUMÉ
SUMMARY
La coloration de Gram qu’elle se fasse manuellement ou grâce à un colo- Verification assessment of Gram staining according
rateur est une étape incontournable mais aussi critique en bactériologie qui to SH FORM 44
contribue à la fois au diagnostic clinique et à l’orientation thérapeutique. Gram staining manually made or in a automated way
Il s’agit d’une méthode en portée A de type qualitatif. is an inescapable but also critical stage in bacteriology
L’objectif de ce travail est de contribuer à répondre aux exigences de la which contributes at the same time to the clinical dia-
norme ISO 15189 en termes de vérification des performances, d’harmoni- gnosis and to the therapeutic orientation. It is about
sation des pratiques professionnelles et d’évaluation des compétences en a qualitative method in impact A.
respectant le formalisme du document SH FORM 44. L’analyse des risques The aim of this work is to contribute to meet the
est décisive qu’elle se fasse selon la méthode des 5 M ou par l’analyse requirements of the standard ISO 15189 in terms of
des modes de défaillance, de leurs effets et de leur criticité et doit aboutir performances’check, harmonization of the profes-
à la mise en place de moyens cohérents de maîtrise adaptés à sa propre sional practises and evaluation of the skills/know-
pratique. Sur site, l’étude des performances a consisté à évaluer la conta- how by respecting the formalism of SH FORM 44.
mination entre échantillons (n = 12, le bac de coloration et le carrousel du The risks’analysis is decisive that it makes accor-
colorateur ne permettant pas de réaliser plus de 12 colorations de Gram ding to the 5 M method or by the analysis of the
simultanées) et à comparer la coloration manuelle versus la coloration failure modes, their effects and their criticality and
automatisée sur système PREVI Color de bioMérieux, sur 20 échantil- has to end in the implementation of coherent means
lons de contrôles. Les critères d’acceptabilité ont porté sur la coloration of control adapted to its own practice. On-site, the
(Gram positif, Gram négatif) et la morphologie observée (bacille ou cocci) study of the performances consisted in estimating the
de 4 souches de référence connues de la Collection de l’Institut Pasteur. contamination between samples (n=12, the stain dish
En pratique, si la compétence de l’utilisateur reste un point crucial à maî- and the carousel of the automated staining system
triser, le biologiste doit aussi pleinement s’impliquer, les normes n’étant allowing to realize no more than 12 Gram staining
pas toujours adaptées, les recommandations des sociétés savantes et la simultaneously) and to compare the manual Gram
bibliographie restant rares. staining versus automated on system PREVI Color
de BioMérieux, on 20 samples of controls. The cri-
Coloration de Gram – vérification sur site/validation des méthodes – teria of acceptability concerned the staining (positive
SH FORM 44 – norme ISO 15189 – accréditation – gestion des risques. Gram, negative Gram) and the observed morphology
(bacillus or cocci) of 4 reference bacteria known for
the Collection of Institut Pasteur.
1. Introduction In practice, if the competence of the user stays a crucial
point to be mastered, the biologist so completely has
to get involved, the recommendations of the standards,
La vérification sur site/validation des méthodes en biologie the learned societies and the bibliography not being
médicale est une des exigences de la norme NF EN ISO very numerous still and adapted to the microbiology.
15189 [1]. En effet, dans le paragraphe 5.5, il est indiqué
« Les méthodes et les procédures sélectionnées doivent Gram staining – Verification assessment – SH FORM 44 –
être évaluées et donner des résultats satisfaisants avant standard ISO 15189 – accreditation – risk management.

a Laboratoire de biologie
Hôpital d’Instruction des Armées Laveran d’être utilisées pour les analyses médicales. ». De plus
34, bd Laveran – CS 50004 (paragraphe 5.3), « Il doit être démontré (lors de l’instal-
13384 Marseille cedex 13 lation et au cours de l’utilisation courante) que le matériel
est capable d’atteindre les performances requises et qu’il
* Correspondance est conforme aux spécifications se rapportant aux analyses
biologie.laveran@gmail.com concernées ».
Les méthodes dites reconnues (dispositifs médicaux de
article
ti l reçu le
l 19 décembre,
dé b accepté té le
l 26 février
fé i 2014.
2014 diagnostic in vitro marqués CE ou méthodes « fournisseur »),
© 2014 – Elsevier Masson SAS – Tous droits réservés. sont a priori validées dans leur domaine d’application

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et le laboratoire doit, pour ses méthodes, vérifier qu’elles sont - Les méthodes de type quantitatif fournissent un résultat
utilisées dans leur domaine d’application, qu’elles corres- chiffré. Sont également assimilés au type quantitatif, les
pondent aux besoins de ses clients (patients/prescripteurs) examens fournissant un résultat de type qualitatif, extra-
et qu’elles sont maîtrisées au sein du laboratoire (« vérifica- polé à partir de la mesure d’un signal continu quantifiable,
tion de méthodes – portée A »). En revanche, le laboratoire avec interprétation par rapport à un seuil.
doit caractériser les critères de qualité de la méthode et la - Les méthodes de type qualitatif fournissent un résultat
valider (« validation de méthode-portée B ») dès lors qu’il qui n’apporte pas d’information sur la quantité de l’analyte
ne s’agit pas d’une méthode reconnue ou que celle-ci est (cellule ou organisme) mais seulement sur sa présence
employée hors de son domaine d’application (modification ou son absence (positif/négatif) ou l’identification de la
de la prise d’essai ou de la matrice/milieu biologique,…). caractéristique recherchée. On classe dans cette catégorie
L’objectif est donc de vérifier la mise en application les examens où aucune mesure d’une donnée quantifiable
d’une méthode dans son environnement propre et n’est déterminée en continu et ceux dont le résultat est
de démontrer que la méthode fonctionne correctement obtenu par l’observation de la réaction, par comparaison
dans les conditions opératoires du laboratoire et qu’elle avec des témoins positif et négatif notamment.
donne des résultats sûrs et fiables pour les patients et La coloration de Gram en mode (c’est la méthode) manuelle
les cliniciens, beaucoup de facteurs pouvant affecter ses ou automatisée sur le système PREVI Color Gram (bio-
performances (conditions d’expédition et de stockage des Mérieux) est une méthode en portée A de type qualitatif.
réactifs, conditions ambiantes locales, compétence de Dans ce cas, la « validation » correspond à une vérification
l’utilisateur notamment pour les méthodes manuelles…). des performances annoncées par le fabricant et souhaitées
En bactériologie, les conditions ne sont pas forcément par le laboratoire en mode manuel ou du couple automate-
simples car il y a beaucoup de méthodes manuelles, les réactif, lors de la mise en application dans le laboratoire.
échantillons de contrôles sont parfois absents, les critères r Il faut aussi donner le principe de la méthode (technique
de performance ne sont pas forcément aussi bien défi- de coloration) car cela est abordé dans le SH FORM 44 [4]
nis que pour des méthodes automatisées quantitatives : ainsi que le SH INF 50 [5].
l’analyse des risques devient alors une étape décisive.
Le biologiste a un rôle majeur à jouer. La vérification de
la coloration de Gram, technique incontournable en bac- 3. Vérification sur site
tériologie, est présentée dans cet article. C’est une étape (portée flexible A) : les étapes
essentielle mais aussi un point critique en bactériologie.
Qui n’a pas hésité en lisant un Gram d’une hémoculture ? La validation des méthodes en portée A est réduite à une
Qui ne s’est pas trompé dans ce diagnostic ? vérification sur site pour s’assurer que les performances
annoncées et souhaitées sont atteintes dans les condi-
2. Quelles sont les informations tions de travail du laboratoire. Elle comprend une phase
initiale, avant sa mise en œuvre effective en routine et
pertinentes à connaître une phase de vérification continue et de confirmation des
au préalable ? performances, dans le cadre du fonctionnement normal
et quotidien du laboratoire.
L’étape de vérification/validation sur site doit être précédée
d’une étape préparatoire, véritable travail d’expertise réalisé 3.1. Vérification des performances
par le biologiste ou un opérateur habilité. La catégorisation
de la méthode est indispensable de façon à appliquer la 3.1.1. Détermination des critères de performance
méthode de validation prévue. pertinents à établir et choix des limites d’acceptabilité
r Dans un premier temps, il faut définir le type de flexi- Le choix des critères de performances (spécificité, sen-
bilité de la méthode (SH REF 08, [2]). sibilité…) et limites d’acceptabilité (seuils) pour une
- Méthodes « fournisseur » (portée flexible standard A), méthode donnée doit se faire PRÉALABLEMENT à
dites adoptées, avec uniquement une vérification de l’étude expérimentale. Il doit refléter l’état de l’art et la
performances sur site. pertinence clinique sans oublier le bon sens et l’expé-
- Méthodes adaptées ou développées en interne (portée rience. Il peut s’appuyer sur des recommandations de
flexible étendue B), avec une validation de méthode. sociétés savantes, de groupes de travail, de confé-
Il est préférable d’adopter chaque fois que cela est pos- rences de consensus, de publications scientifiques, sur
sible des méthodes en portée A. Cela peut paraître simple, des valeurs limites utilisées pour la gestion du contrôle
mais dans le cas de méthodes manuelles, cela ne se limite interne de qualité (CIQ), sur des résultats de campagnes
pas à l’utilisation de réactifs marqués CE ; de plus, le mar- de comparaisons inter laboratoire,… et sera confronté
quage CE correspond à une conformité des produits aux aux données du fournisseur.
directives et à une autorisation de mise sur le marché qui Des recommandations sur le choix des critères de per-
ne correspond pas forcément à un gage de qualité [3]. formance sont établies dans le SH GT 04 [6] et figurent
Il convient aussi de vérifier qu’en pratique la méthode dans le tableau I. En bactériologie cependant, il convient
respecte scrupuleusement les informations figurant sur de bien réfléchir au protocole expérimental pour vérifier
la notice du fabricant. ces critères de performance. Les critères d’acceptabilité
r Puis dans un second temps, il faut connaître le type de devront être choisis sans jamais perdre de vue l’impact
méthodes (quantitatif ou qualitatif, manuel ou automatisé). clinique du résultat.

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Tableau I – Recommandations sur la vérification/validation


d’une méthode d’analyse qualitative selon le SH GTA 04.
Paramètres à vérifier Vérification sur site Validation
Bibliographie
et/ou à connaître Portée de type A Portée de type B

Spécificité analytique Oui Non Oui

Sensibilité diagnostique Oui Non Oui

Contamination entre échantillons (s’il y a lieu) Oui Oui Oui

Stabilité des réactifs (après ouverture, embarqués) Oui Non Oui

Robustesse Oui Non Oui

Comparaison avec méthode de référence Oui Non Oui (si existe)

Comparaison avec méthode déjà utilisée au laboratoire Oui (si existe) Oui (si possible) Oui
Le dossier doit conclure sur l’avis d’aptitude de la méthode ou du système analytique (en cas de dépassement des spécifications choisies a priori par le
laboratoire, celui-ci justifie l’acceptation des écarts pour pouvoir conclure à l’aptitude de la méthode et l’enregistre).

r D’après ces recommandations, on voit que la vérifica- (retard pour le rendu des résultats, mauvais choix de l’anti-
tion bibliographique critique prend toute son importance. biothérapie probabiliste).
Le dossier de validation/vérification peut renvoyer à d’autres
documents (bibliographie, notices fournisseurs, documents 3.1.2. Étude des risques
internes au laboratoire, etc.), correctement référencés et L’étude des risques devant aboutir à identifier les risques
accessibles. pour les maîtriser est une étape décisive notamment pour
r Inversement, la vérification expérimentale sur site en les méthodes manuelles et qualitatives, particulièrement
portée A est plus réduite et s’appuie fortement sur l’étude en bactériologie.
des performances mais aussi sur des études de risques ou L’étude de risques peut se faire selon différentes approches.
encore sur la compétence et la qualification des opérateurs. r La méthode 5 M (ou diagramme de cause à effet ou dia-
Parmi les critères de performance, il est recommandé de gramme d’Ishikawa) est une méthode permettant d’analyser
vérifier sur site, la contamination entre échantillons (s’il y a des situations en se basant sur 5 critères. Elle facilite ainsi
lieu) et la comparaison avec une méthode déjà utilisée au l’identification des dangers associés à l’analyse sans rien
laboratoire si possible (avec des échantillons de contrôle oublier. Les causes produisant un effet sont classées en
ou des échantillons de sérothèque ou d’un autre utilisateur 5 familles nommées les 5 M (figure 1).
de la même technique). La réalisation des vérifications - Matières : en pratique, il s’agit de l’échantillon primaire
expérimentales doit se faire selon un protocole établi par (urine, sang, liquides de ponction…), des récipients utilisés
le laboratoire avec des critères d’acceptabilité définis et (tubes, pot à ECBU…), des additifs (acide borique….),
pourra s’appuyer sur la Fiche Type QUALITATIF (Portée des cultures, des réactifs, des contrôles de qualité.
A, SH FORM 44, [4]). Elle doit aboutir à une conclusion
et une décision quant à la validation opérationnelle de la
technique, au regard des spécifications initialement fixées. Figure 1 – Étude des risques selon la méthode 5 M
En pratique, une fois le protocole établi, il convient de (ou diagramme de cause à effet ou diagramme d’Ishikawa).
préparer les conditions nécessaires à la réalisation de la
méthode : période de validation et opérateur à définir, para-
métrage de la méthode si besoin, acquisition des réactifs
nécessaires, réalisation d’une sérothèque ou acquisition
des contrôles pour la comparaison…
Pour la coloration de Gram, il nous a paru important de
vérifier la contamination entre échantillons car en géné-
ral plusieurs spécimens sont colorés en même temps et
d’effectuer une comparaison entre les deux méthodes
utilisées en routine au laboratoire, coloration manuelle et
automatisée.
Une contamination inter échantillons peut aboutir à un dia-
gnostic erroné et à une mauvaise orientation thérapeutique.
r Les critères d’acceptabilité ont porté sur la coloration
des bactéries (Gram positif ou négatif) et la morphologie
observée (bacille ou cocci) sur des souches de référence
de coloration et morphologie connues. En effet, la nature
du Gram et la morphologie observée ont à la fois des
impacts techniques (choix des milieux à ensemencer,
choix des méthodes d’identification utilisées, choix de
l’antibiogramme à réaliser) et des conséquences cliniques

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- Milieu : c’est le lieu de travail et notamment son amé- évaluer leur criticité en réalisant une AMDEC. L’objectif est
nagement et son organisation, environnement physique, de maîtriser tous les risques (via les procédures et modes
éclairage, bruit, conditions ambiantes requises pour réa- opératoires sur les phases analytiques mais aussi pré- et
liser une manipulation (ex : température, hygrométrie,…). post-analytiques, la maîtrise métrologique, la formation et
- Méthodes : ce sont les instructions, manuels, procédures, l’habilitation du personnel…) et éventuellement de mettre
modes opératoires, flux d’informations… en place des indicateurs sur les risques de criticité élevée.
- Main-d’œuvre : les ressources humaines, les qualifications En bactériologie, la stratégie de mise en place des CIQ
du personnel, la formation, l’aptitude sont des données peut se baser sur cette approche.
essentielles. Pour mener à bien une analyse, il convient Pour la coloration de Gram, la gravité est importante (3)
d’avoir du personnel qualifié, formé, évalué et habilité. car une mauvaise coloration peut avoir une incidence à
C’est d’ailleurs l’objet de tout un chapitre (paragraphe 5.1) la fois sur le diagnostic, le traitement ou l’épidémiologie.
du SH REF 02 [7]. La fréquence a été estimée à 2 avec la technique auto-
- Matériel : il est constitué des machines, équipements, matisée et à 3 avec la technique manuelle avec un risque
automates, et de leur maintenance… notamment à l’étape de décoloration. La détectabilité a
Le choix, les règles d’utilisation, les contrôles, la main- été fixée à 2 avec les deux méthodes. L’indice de gravité
tenance, les exigences métrologiques et notamment les est donc de 18 pour la coloration de Gram manuelle et
paramètres critiques, les exigences informatiques spé- de 12 pour la technique automatisée. Dans les deux cas,
cifiques s’il y a lieu doivent être définis. En pratique, une cet indice est élevé. Il a influencé notre stratégie de mise
procédure d’utilisation, de contrôle et de maintenance en place des CIQ (quotidien pour l’automate et à chaque
du matériel doit être rédigée et prise en compte par le coloration manuelle) afin de maîtriser à la fois les réactifs
technicien du poste. et le processus, et de détecter rapidement une anomalie.
r Une autre approche de l’analyse des risques est Il a également renforcé l’importance d’assurer un maintien
l’AMDEC (analyse des modes de défaillance, de leurs continu des compétences en faisant participer le maximum
effets et de leur criticité). Elle consiste à évaluer la criti- de personnels aux programmes d’évaluations externes de
cité (pertinence et gravité) des risques. C’est un outil de la qualité. Une étude de risques de la coloration de Gram
sûreté de fonctionnement et de gestion de la qualité. La est présentée dans le tableau II.
réalisation d’une AMDEC s’intègre avant dans l’analyse
globale du système. En effet, celle-ci permet d’identifier 3.2 Confirmation des performances
les fonctions, les contraintes d’utilisation et d’environne- en pratique quotidienne
ment, les paramètres critiques à mettre sous contrôle et Pour maîtriser une technique, l’utilisation, la gestion et
de définir ainsi le périmètre sur lequel l’AMDEC doit être le suivi de contrôles internes de qualité et d’évaluations
réalisée. On identifie ensuite de manière systématique les externes de qualité (EEQ) sont indispensables. Le labora-
modes de défaillance possibles liés à l’analyse. On peut toire pourra s’appuyer sur le Guide technique abordant la
se baser sur l’expérience acquise ou sur des référentiels. gestion des contrôles qualité (SH GTA 06, [8]).
Pour chaque mode de défaillance, on déterminera : Il importe donc de mettre en place des CIQ dont la nature,
- sa (ses) cause(s) ; la fréquence de passage, les critères d’acceptabilité et la
- sa fréquence (F), cotée de la façon suivante : 1 pour une conduite à tenir en cas d’anomalie doivent être définis. Ils
fréquence de 0 à 1 fois par an, 2 pour une fréquence de doivent permettre de repérer rapidement toute anomalie
2 à 3 fois par an et 3 pour une fréquence supérieure à et de mettre en place des actions correctives immédiates.
3 fois par an ; Par ailleurs, il convient de s’abonner à des programmes
- ses effets ; d’évaluation externe. Différents sont disponibles avec
- son impact et sa sévérité (indice de gravité G) sur le pro- une fréquence de passage de 3 à 4 fois dans l’année
cessus analytique et ses incidences sur le diagnostic, le le plus souvent, dédiés à la coloration de Gram (Gram
traitement ou l’épidémiologie : 1 pour aucune incidence, Bacterial staining direct chez Labquality) ou faisant appel
2 pour une incidence probable et 3 pour une incidence à coloration de Gram dans le cadre d’une identification
certaine ; bactérienne (Centre toulousain pour le contrôle de qualité
- les mesures mises en place pour détecter la défaillance ; en biologie clinique, Association de biologie praticienne,
- la probabilité de détecter l’anomalie au cours du proces- Biologie prospective, Bactérionet…). Ils permettent le suivi
sus analytique incluant la phase pré et post-analytique de la méthode mais aussi des utilisateurs et le maintien
(indice de détection D) : 1 pour une anomalie détectable des compétences.
au cours du processus analytique, 2 pour une anomalie
dont la détection peut être possible et 3 pour une ano-
malie non détectable au cours du processus analytique.
4. Le dossier de validation/
Le produit des différents paramètres, indice de fréquence, vérification selon le SH FORM 44
indice de gravité et indice de détection, donne l’indice
de criticité (IC) : IC = F X G X D. La priorité sera alors de La constitution du dossier de validation est une étape
maîtriser les effets qui ont le plus haut niveau de criticité. décisive.
À chaque laboratoire d’établir ce seuil en fonction de sa
spécificité biologique et clinique. 4.1. Description de la méthode
r Les deux approches peuvent être complémentaires : Pour un analyte ou un mesurande, elle doit définir le prin-
identifier les risques selon la méthode des 5 M puis cipe de la mesure et la méthode de mesure, préciser si

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Tableau II – Étude des risques de la coloration de Gram selon la méthode 5 M.

Risques Points critiques à maîtriser Modalités de maîtrise

r Allongement des délais de rendu des r Conditions de prélèvement r Guide des examens de biologie médicale
résultats, augmentation du risque patient : et d’acheminement r Transport et réception des examens de
échantillons primaires non conformes des prélèvements biologie
(modalités de prélèvement, récipients, bactériologiques (sang, LCR
additifs, délais de transport…) prélèvements pulmonaires,
urines, selles…)

r Rendu de résultats erronés : altération des r Contamination des r Respect de la documentation interne
milieux de culture, mauvais isolement des milieux de culture lors de r Conditions de conservations conformes
souches pathogènes l’ensemencement à J0 aux recommandations fournisseur
r Conservation des géloses r Test de fertilité (par des souches de contrôle)
Matières
r Métrologie des enceintes de stockage des
réactifs et surveillance des températures

r Absence de réactifs ou réactifs périmés r Gestion des commandes r Procédure de gestion des commandes
r Réactifs altérés r Condition de conservation r Vérification à réception et de la date de
r Rendu de résultats erronés des réactifs (température, péremption à l’installation
r Allongement des délais de rendu des humidité) r Certificats de conformité
résultats, augmentation du risque patient : r Métrologie des conditions ambiantes et
mauvaise orientation pour l’identification et système de surveillance des températures
l’antibiogramme

r Rendu de résultats erronés : r Choix des milieux de culture


ensemencement non-conforme r Qualité de l’ensemencement
r Connaissance et respect de la
r Coloration non homogène, difficile à lire : r Pré-étalement des lames documentation interne (utilisation et
difficulté d’interprétation, allongement maintenance du colorateur de Gram,
des délais de rendu des résultats, coloration de Gram manuelle, procédure
Méthode augmentation du risque patient de gestion des CIQ)
r Fiches techniques du fournisseur
(bioMérieux) disponibles au poste
r Difficulté d’interprétation : lecture du Gram r Technique de coloration
r Compétence du personnel
difficile
r Résultats des contrôles de qualité internes
r Allongement des délais de rendu des
r Audits de la paillasse de bactériologie
résultats, augmentation du risque patient
r Rendu de résultats non-valides

r Rendu de résultats erronés : mauvais r Compétence du personnel r Fiche de poste


pre-étalement des lames, technique de r Formation interne et externe
coloration incorrecte, méconnaissance r Connaissances et respect des MO et
Main- du fonctionnement et de la maintenance procédures
d’œuvre du colorateur, mauvaise lecture du Gram, r Évaluation et habilitation
mauvaise gestion des CIQ r Résultats des contrôles de qualité internes
et externes
r Audits de la paillasse de bactériologie

r Non respect des conditions ambiantes r T° de fonctionnement et r Climatisation de la pièce


requises humidité, éclairage r Surveillance des conditions
environnementales (température,
hygrométrie)
r Organisation des locaux

Milieu r Rendu de résultats erronés : mauvais r Contamination des r Travail sous PSM
isolement des souches pathogènes milieux de culture lors de r Maintenance annuelle du PSM
r Non respect des conditions de santé et de l’ensemencement à J0 r Bionettoyage des paillasses et contrôle de
sécurité du personnel du laboratoire r Protection de l‘opérateur surface
r Application des précautions standards
r Audit des bonnes pratiques professionnelles

r Rendu de résultats erronés : technique de r Maintenance r Procédure de maintenance connue du


coloration incorrecte r Exigences métrologiques : technicien
r Difficulté d’interprétation : lecture du Gram rotation du carrousel r Vérification métrologique de la rotation du
difficile r Intégrité du matériel de carrousel
Matériel r Rendu de résultats erronés : mauvais lecture : microscope r Entretien et suivi métrologique de l’oculaire
isolement des souches pathogènes r Contamination des milieux r Résultats des contrôles de qualité
ensemencés par le matériel (souche ATCC, CQN, CIL)
d’ensemencement (oëse, r Essai à blanc
pipette)

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les réactifs sont marqués CE ou pas, ce qui influence la de la personne qui va exploiter les résultats, en général un
nature de la portée flexible (obligatoirement B s’ils ne sont biologiste. En effet, il importe d’analyser les résultats au
pas marqués CE) et donner le codage du contrôle national fur et à mesure car il est plus simple d’effectuer en temps
de qualité, s’il y a lieu. réel l’étude des discordances, d’analyser leur cause et de
revoir si besoin le protocole, les critères d’acceptabilité
4.1.1. Application à la coloration de Gram manuelle [9] voire la méthode.
À l’issue, la vérification doit aboutir à une autorisation
4.1.1.1. Principe d’utilisation de la méthode dont la date sera renseignée
La coloration de Gram est basée sur l’affinité tinctoriale ainsi que le nom de la personne qui a autorisé la mise en
différente des bactéries à certains colorants due à la consti- service, un biologiste en général.
tution de leur paroi. Cette coloration permet aussi d’observer
la morphologie des bactéries (formes allongées pour les 4.3. Maîtrise des risques
bacilles et arrondies pour les cocci). r Concernant le type d’échantillon, il peut s’agir d’échantil-
Le principe de la technique est le suivant : le cristal violet lon primaire c’est-à-dire de prélèvements bactériologiques
oxalaté colore la paroi de toutes les bactéries en violet, (sang, LCR, prélèvements pulmonaires, urines, selles…)
le lugol est un mordant qui fixe le violet, l’alcool acétone ou de cultures. Il importe alors que la phase préanaly-
décolore les bactéries qui ont une membrane perméable tique soit maîtrisée avec l’existence d’une procédure sur
à l’alcool, la fuschine colore en rose les bactéries déco- les conditions de prélèvement, d’acheminement préci-
lorées par l’alcool, ainsi, les bactéries Gram négatif sont sant notamment les délais de transport et de réception.
colorées en rose et les bactéries Gram positif en violet. Les références de ces procédures seront précisées.
r Pour le prétraitement de l’échantillon, le point critique
4.1.1.2. Méthode de mesure à maîtriser est le préétalement des lames que la coloration
Les lames préétalées sont colorées manuellement à l’aide de Gram se fasse manuellement ou à l’aide du colorateur
de réactifs prêts à l’emploi. car il conditionne à la fois la coloration et la lisibilité de
la lecture. Ce point pourra être intégré dans les modes
4.1.2. Application à la coloration de Gram opératoires correspondants sur la coloration de Gram
automatisée sur le système PREVI Color Gram [10] manuelle et sur l’utilisation du colorateur.
r Main-d’œuvre
4.1.2.1. Principe La compétence de l’utilisateur est un point crucial à maîtriser
Les lames préétalées sont disposées dans un carrousel et surtout pour les méthodes manuelles et particulièrement
sont soumises à une rotation. Chaque réactif est associé à pour la coloration de Gram. L’étape de décoloration est
une buse de vaporisation qui permet de délivrer la quan- particulièrement décisive. Qui n’a pas un jour trop déco-
tité adéquate (gestion de la consommation de colorant). loré un Gram par manque d’expérience ou car certaines
Les réactifs sont alors pulvérisés séquentiellement sur bactéries se décolorent plus facilement que d’autres ?
les lames : coloration au cristal violet (buse C), lavage des Il importe en premier lieu que la méthode à maîtriser soit
lames à l’eau distillée (buse D), coloration à l’iode (buse intégrée dans les fiches de poste des personnes concer-
B), lavage des lames à l’eau distillée (buse D), décolora- nées, que les modes opératoires de la technique ou de
tion et contre coloration simultanées des lames (buse A) l’utilisation de l’appareil soient écrits et connus de tous,
à la safranine/méthanol, séchage des lames par rotation. la prise en compte des documents devant être tracée.
Le personnel doit aussi être formé, évalué puis habilité.
4.1.2.2. Méthode de mesure L’habilitation est le fer de lance de l’accréditation. En effet,
Automatisation de la coloration de Gram via une pul- c’est par cette démarche que le laboratoire reconnaît l’apti-
vérisation en spray des colorants sur des lames pré- tude d’un individu à assurer une fonction, à tenir un poste
étalées permettant d’obtenir des résultats rapides et ou effectuer des tâches suite à une évaluation : c’est une
standardisés. reconnaissance de la compétence. Une procédure et des
grilles d’habilitation doivent exister et être référencées dans
4.2. Mise en œuvre le système documentaire et dans le dossier de chaque per-
La mise en œuvre de la vérification impose l’existence au sonnel. Cette compétence doit être réévaluée périodique-
préalable d’une procédure générale de vérification/valida- ment et maintenue en continu. La participation à des essais
tion de méthode précisant la démarche du laboratoire et interlaboratoires y contribue. La réalisation de contrôles de
les données expérimentales établies sur site dans le cas qualité avec des critères d’acceptabilité et la conduite à tenir
d’une portée de type A et/ou de type B ainsi que d’une en cas d’anomalie ainsi que la maintenance préventive des
procédure de gestion de la portée flexible listant l’ensemble appareils contribuent aussi à maîtriser les risques.
des opérations à réaliser pour maîtriser le processus lors r Les conditions ambiantes requises (ex : température,
d’un changement de méthode ou de réactif ne faisant pas hygrométrie,…) 
intervenir de compétence nouvelle. Les références de ces Elles sont précisées dans les fiches techniques des fabri-
deux procédures seront précisées. cants des réactifs et de l’automate. Il s’agit le plus sou-
Le ou les opérateurs qui mettront en œuvre la vérification vent de maîtriser la température ambiante de la pièce.
doivent être habilités et nommément désignés. Cela impose de disposer d’une climatisation de la pièce,
La période d’évaluation doit être fixée. Elle implique la dis- d’une sonde de relevés des températures et d’un système
ponibilité de l’opérateur souvent un technicien mais aussi de surveillance attestant que la technique a été mise en

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ACCRÉDITATION EN BACTÉRIOLOGIE

Tableau III – Caractéristiques des matériaux de contrôle utilisés


pour l’évaluation des performances de la coloration de Gram.
Nom de l’espèce Code CIP Morphologie Milieu Conditions d’incubation Durée

Escherichia coli 7624 Bacille Gram négatif TSA Aérobie, 30 °C 24 heures

Corynebacterium striatum 8115 Bacille Gram positif TSA Aérobie, 37 °C 24 heures

Staphylococcus aureus 7625 Cocci Gram positif TSA Aérobie, 37 °C 24 heures

Neisseria gonorrhoeae 7918 Cocci Gram négatif Chocolat Polyvitex 5 % CO2, 37 °C 24 heures

œuvre dans les conditions de température requise. L’idéal Les certificats et les caractéristiques de chaque souche
est de disposer d’un système centralisé d’enregistrement (fiche catalogue), imprimées à partir du site (crbip@pasteur.fr)
des températures pour suivre en continu la température sont conservés dans le dossier de validation. Le choix
de la pièce ou de mettre en place un document d’enre- de ces souches a tenu compte d’une part des espèces
gistrement où est tracée au minimum quotidiennement la les plus fréquemment rencontrées dans notre pratique
vérification de la température de la sonde. Pour la colora- courante (E. coli et S. aureus) et de l’affinité tinctoriale
tion de Gram, la température requise est comprise entre variable de certaines bactéries à la coloration de Gram
15 à 30 °C pour le colorateur et entre 15 et 25 °C pour la en intégrant une souche dite « Gram faible » ou « Gram
technique manuelle. variable » (C. striatum).
Des contraintes sur l’hygrométrie peuvent être aussi pré- Nous avons estimé qu’il était important de décrire la pré-
cisées et nécessiteraient l’utilisation d’un hygromètre. paration des lames de contrôle qui figure en annexe du
En fonction du taux d’humidité maximum annoncé par dossier de validation.
le fabricant (pour le colorateur de Gram, taux d’humidité - Mise en culture des souches bactériennes lyophilisées
maximum fixé à 80 %), de l’organisation des locaux, de Dès réception, les souches lyophilisées sont conservées
l’existence d’une climatisation qui génère à la fois une à 4 °C et à l’abri de la lumière. Elles sont fournies dans
stabilité thermique et hygrométrique, cette mesure s’avère des ampoules sous vide et utilisées selon la procédure
cependant plus ou moins indispensable. Pour le colorateur suivante : sous PSM, désinfecter l’extérieur de l’ampoule
de Gram par exemple, le taux d’humidité maximum est avec un coton imbibé d’alcool puis casser l’ampoule,
fixé à 80 %. Notre pièce technique étant située en zone réhydrater le lyophilisat avec 200 μL de bouillon cœur
tempérée, correctement ventilée, climatisée, sans trace cervelle prélevé à l’aide d’une pipette à embout stérile,
d’humidité, ni écoulement, nous avons estimé que le taux ensemencer la suspension obtenue sur milieu gélosé
maximum ne risquait pas d’être atteint. C’est typiquement approprié en respectant les conditions de culture men-
ce type d’analyse qui doit être effectué dans l’AMDEC. tionnées dans le tableau III.
r Référence du réactif (référence fournisseur, version) - Réalisation des lames de contrôle
Il convient de disposer des réactifs adéquats, en quantité Pour chaque souche de référence, le même technicien res-
suffisante, non détériorés lors du transport, non périmés à ponsable de la vérification préparera 15 lames de contrôle :
l’installation ainsi que des certificats de conformité et fiches mettre 3 mL de solution saline dans un tube à hémolyse
techniques correspondants. La maîtrise de ces points cri- stérile, prélever une ou plusieurs colonies à l’aide d’une
tiques passe par une procédure de gestion des commandes, anse stérile, la plonger dans la solution saline et la tourner
par une vérification de l’état des réactifs et de leur date plusieurs fois afin d’obtenir une suspension bactérienne
de péremption à réception et au moment de l’installation. homogène, à l’aide d’un densitomètre ajuster à 0,5 McF
Les certificats de conformité et fiches techniques sont en (+/- 10 %) avec de la solution saline, déposer 20 μL de
général disponibles sur les sites internet des fabricants. Ils suspension bactérienne au centre des 15 lames et étaler
peuvent être imprimés et présents au poste dans un clas- de manière circulaire de façon à réaliser un frottis mince.
seur ou gérés de manière informatique, rattachés au réactif r Équipements
dans le logiciel de commande par exemple. Une procédure L’équipement doit être conforme aux exigences de perfor-
de gestion des versions doit être mise en place. mances spécifiées par le fabricant initialement et de manière
r Matériau de référence continue et être en bon état de fonctionnement, afin de
Il s’agit de souches de référence connues qui peuvent garantir la qualité des analyses et des services rendus, ainsi
provenir de l’American type culture collection (ATCC), de que la sécurité du personnel qui l’utilise. L’équipement doit
la Collection de l’Institut Pasteur (CIP) ou éventuellement être maîtrisé et inventorié avec un dossier du matériel à jour,
d’autres souches caractérisées dont le phénotype est connu géré en général par le référent matériel du laboratoire. Des
(« souchothèque »). Ces souches permettent de réaliser l’éva- procédures doivent décrire les maintenances préventives
luation des performances et sont aussi utilisées comme CIQ. et des enregistrements doivent apporter la preuve de leur
Dans notre cas, l’évaluation des performances et notam- réalisation. La continuité du service doit être garantie en
ment le contrôle de qualité des réactifs et de la méthode de cas de pannes avec une gestion de l’activité analytique
coloration est réalisée à partir de souches de référence aux en mode dégradé. En pratique, en cas de panne du colo-
caractéristiques morphologiques bien connues (tableau III) rateur de Gram, une coloration manuelle sera effectuée.
provenant du CRBIP (Centre de ressources biologiques de Il importe aussi de vérifier si l’équipement a des exigences
l’Institut Pasteur, certifié ISO 9001 pour l’acquisition, la produc- métrologiques particulières. L’organisation de la métrologie
tion, la conservation et distribution de matériels biologiques). dans le laboratoire ne doit pas se limiter à la métrologie

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Tableau IV – Étude de la contamination inter-échantillons de la coloration de Gram manuelle.
Date : Opérateur :

Contrôle Critères d’acceptabilité Résultat

Lame d’E. coli 1 Bacille Gram négatif Conforme … Non conforme …


Lame négative 1 Absence de micro-organisme Conforme … Non conforme …
Lame de S. aureus 1 Cocci Gram positif Conforme … Non conforme …
Lame d’E. coli 2 Bacille Gram négatif Conforme … Non conforme …
Lame négative 2 Absence de micro-organisme Conforme … Non conforme …
Lame de S. aureus 2 Cocci Gram positif Conforme … Non conforme …
Lame d’E. coli 3 Bacille Gram négatif Conforme … Non conforme …
Lame négative 3 Absence de micro-organisme Conforme … Non conforme …
Lame de S. aureus 3 Cocci Gram positif Conforme … Non conforme …
Lame d’E. coli 4 Bacille Gram négatif Conforme … Non conforme …
Lame négative 4 Absence de micro-organisme Conforme … Non conforme …
Lame de S. aureus 4 Cocci Gram positif Conforme … Non conforme …
Conclusion : Absence de contamination inter-échantillons Visa du biologiste :

Conforme …
Non conforme …

des instruments de mesure (thermomètres, pipettes de Gram sera évaluée par le même technicien dans une
mesures, balances) mais doit aussi intégrer la vérification même série de coloration de 12 lames de contrôle :
des équipements connexes aux automates (centrifugeuses, - 4 lames de contrôle positives (P1) d’E. coli,
enceintes thermiques, chronomètres…). En pratique, c’est - 4 lames de contrôle positives (P2) de S. aureus,
le responsable métrologie qui doit réaliser ou faire réaliser - 4 lames de contrôle négatives (N1) réalisées en dépo-
les raccordements métrologiques nécessaires, assurer la sant au centre d’une lame 20 μL d’eau stérile ouverte
traçabilité de l’enregistrement des étalonnages ou véri- extemporanément.
fications ainsi que le statut de l’instrument de mesures En pratique, le bac de coloration (ne permettant pas de
identifié. L’ensemble des mesures et documents peut être réaliser plus de 12 colorations de Gram manuelle simul-
regroupé dans le dossier du matériel. Pour le colorateur de tanée) sera chargé de manière à alterner les échantillons
Gram, le point critique à maîtriser et à vérifier est la rotation positifs et négatifs selon la séquence suivante : P1N1P2
du carrousel. P1N1P2 P1N1P2 P1N1P2. Pour la technique automati-
Enfin, il ne faut pas oublier dans la partie équipement, les exi- sée, le carrousel sera chargé selon la même séquence.
gences informatiques spécifiques. Des précautions doivent Par rapport aux recommandations du SH GTA04 nous
être prises pour protéger l’intégrité et la confidentialité des n‘avons pu faire 30 mesures en raison de la taille du bac
données de patients sous format électronique. L’accès aux de coloration et nous avons préféré privilégier l’alternance
programmes doit être limité pour éviter l’altération ou la des séquences plutôt que d’analyser 3 fois consécutive-
destruction de données par des personnes non autorisées. ment le même échantillon. Par ailleurs, nous avons choisi
Chaque utilisateur doit pouvoir se connecter avec son propre deux contrôles positifs différents pour évaluer l’impact
login et un mot de passe ayant un niveau de sécurité adapté d’une bactérie à Gram positif et d’une à Gram négatif
et en fonction de l’utilisateur et de son habilitation, différents d’où le choix de la séquence P1N1P2 P1N1P2 P1N1P2
niveaux d’accès peuvent être mis en place. P1N1P2 plutôt que P1P1P1 N1N1N1 P2P2P2 N1N1N1.
- Critères d’acceptabilité et résultats
4.4. Évaluation des performances La lecture des lames se fait au microscope à l’immer-
sion (x1000).
4.4.1. Contamination Les lames de contrôle d’E. coli doivent fournir une colo-
Les phénomènes de contamination peuvent affecter les ration et une morphologie de bacille Gram négatif (visua-
échantillons à analyser (contamination inter-échantillons) lisation de bacilles roses à rouges).
lorsque plusieurs sont analysés simultanément ou les Les lames de contrôle de S. aureus doivent fournir une
réactifs (contamination inter-réactifs). coloration et une morphologie de cocci Gram positif
r Contamination inter-échantillons (visualisation de cocci en amas violets).
- Protocole expérimental Les lames de contrôle réalisées avec de l’eau stérile ne
Le principe est le même que la coloration se fasse en doivent fournir aucune coloration.
méthode mode manuel ou automatisé. Les résultats de chaque lecture doivent être notés, sous
L’absence de contamination croisée de la coloration de forme de tableau par exemple (tableau IV).

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ACCRÉDITATION EN BACTÉRIOLOGIE

r Contamination inter réactifs r Critères d’acceptabilité et résultats


Il n’apparaît pas pertinent d’étudier spécifiquement la La lecture des lames se fait au microscope à l’immersion
contamination inter réactifs. (x1000) : bacilles roses à rouges pour E. coli, bacille en
Le phénomène de contamination inter réactifs peut se massue violets (figure 2) pour C. striatum, cocci en amas
produire sur un analyseur lorsque le système de distri- violets pour S. aureus, cocci roses à rouges (figure 2) pour
bution est commun à tous les réactifs. Avec le système N. gonorrhoeae.
PREVI Color Gram, chaque réactif est associé à une buse Les résultats de chaque lecture doivent être notés, sous
de vaporisation indépendante. forme de tableau par exemple (tableau V).
Par ailleurs, une contamination éventuelle se traduirait : À l’issue, l’évaluation des critères des performances doit
par une mauvaise coloration vérifiée tout au long de la aboutir à une décision de conformité ou non de la méthode
validation et confirmée par la concordance des résultats ; évaluée.
par la présence de micro-organismes vérifiée lors de
l’étude de contamination inter échantillons sur les lames
de contrôle négatives. 5. Conclusion
4.4.2. Comparaison de méthodes Plus qu’une exigence de la norme NF EN ISO 15189,
Pour comparer les résultats d’une méthode Y (à tester) l’objectif de la vérification sur site/validation des méthodes
avec ceux d’une méthode X (utilisée au laboratoire ou en biologie médicale est une garantie d’obtenir des résul-
prise comme référence), on analyse des échantillons tats sûrs et fiables pour les patients et les cliniciens dans
représentatifs de la population de patients
rencontrée en pratique courante. Pour le Gram,
Figure 2 – Coloration de Gram de différentes bactéries
il faut donc des bactéries à coloration Gram
Neisseria gonorrhoeae (a) et Corynebacterium striatum (b).
positif et Gram négatif, de morphologie variée,
cocci et bacilles.
Ces échantillons, frais de préférence, sont ana-
lysés en simple par les 2 techniques, dans un
délai le plus court possible. Les résultats sont
examinés au fur et à mesure et une étude de
concordance, à savoir résultat identique selon
les critères d’acceptabilité quelle que que soit
la technique utilisée, est réalisée pour exploi-
ter les résultats. L’analyse des discordances
(écart entre les deux méthodes), interprétation
et justification, doit se faire en continu et le %
de discordance entre les deux techniques, à ne
pas dépasser, doit aussi être fixé.
r Protocole expérimental
Les performances de la coloration sur le sys-
tème automatisé PREVI Color Gram seront
comparées aux performances de la colora-
tion de Gram manuelle. La corrélation entre
les 2 techniques est évaluée sur une journée,
en passant en parallèle par le même techni-
cien, 20 lames de contrôle sur le système
PREVI Color Gram et 20 lames en colora-
tion manuelle : 5 lames de chacune de ces
4 espèces, E. coli, C. striatum, S. aureus,
N. gonorrhoeae.
Afin de disposer d’un échantillonnage varié et
représentatif, de travailler sur des échantillons
frais et que les échantillons soient le plus pos-
sible similaires entre les deux méthodes (avec
l’impact le plus faible possible du pré étalement
des lames), nous avons décidé de travailler sur
des lames de contrôles et non sur des prélève-
ments de patients. Les 20 lames pour chacune
des techniques ont été passées en 3 séries dif-
férentes (7, 7 et 6), ce qui est le plus proche du
nombre de colorations lancées simultanément
en pratique courante et du nombre de séries
pratiquées quotidiennement.

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Tableau V – Comparaison de méthodes : coloration de Gram automatisée
sur le système PREVI Color Gram (bioMérieux) versus coloration manuelle.
Date : Opérateur :

E. coli C. striatum S. aureus N. gonorrhoeae


Méthode
Bacille Gram négatif Bacille Gram positif Cocci Gram positif Cocci Gram négatif

Lame 1 Conforme … Lame 1 Conforme … Lame 1 Conforme … Lame 1 Conforme …


Non conforme … Non conforme … Non conforme … Non conforme …
Lame 2 Conforme … Lame 2 Conforme … Lame 2 Conforme … Lame 2 Conforme …
Non conforme … Non conforme … Non conforme … Non conforme …
Coloration Lame 3 Conforme … Lame 3 Conforme … Lame 3 Conforme … Lame 3 Conforme …
automatisée Non conforme … Non conforme … Non conforme … Non conforme …
Lame 4 Conforme … Lame 4 Conforme … Lame 4 Conforme … Lame 4 Conforme …
Non conforme … Non conforme … Non conforme … Non conforme …
Lame 5 Conforme … Lame 5 Conforme … Lame 5 Conforme … Lame 5 Conforme …
Non conforme … Non conforme … Non conforme … Non conforme …
Lame 1 Conforme … Lame 1 Conforme … Lame 1 Conforme … Lame 1 Conforme …
Non conforme … Non conforme … Non conforme … Non conforme …
Lame 2 Conforme … Lame 2 Conforme … Lame 2 Conforme … Lame 2 Conforme …
Non conforme … Non conforme … Non conforme … Non conforme …
Coloration Lame 3 Conforme … Lame 3 Conforme … Lame 3 Conforme … Lame 3 Conforme …
manuelle Non conforme … Non conforme … Non conforme … Non conforme …
Lame 4 Conforme … Lame 4 Conforme … Lame 4 Conforme … Lame 4 Conforme …
Non conforme … Non conforme … Non conforme … Non conforme …
Lame 5 Conforme … Lame 5 Conforme … Lame 5 Conforme … Lame 5 Conforme …
Non conforme … Non conforme … Non conforme … Non conforme …
Conclusion : Absence de contamination inter-échantillons Visa du biologiste :

Conforme …
Non conforme …

l’environnement propre du laboratoire et à ce titre, le bio- mandations des fournisseurs, des normes, des sociétés
logiste doit se sentir particulièrement impliqué. savantes et la bibliographie ne sont pas toujours adaptées
Si l’étude des critères de performance est incontournable, à la microbiologie et aux attentes des biologistes. Dans
l’analyse des risques doit permettre de mettre en place ce contexte, il importe à chacun de réfléchir mais aussi
des moyens cohérents de maîtrise adaptés à sa propre de partager le fruit de ses réflexions dans une marche en
pratique. Cette étape est particulièrement importante avant collective.
pour les méthodes manuelles fréquentes en microbiologie
où interviennent de nombreux facteurs de variabilité. Ce Déclaration d’intérêts : les auteurs déclarent ne pas avoir de
n’est pas non plus la plus facile à réaliser et les recom- conflits d’intérêts en relation avec cet article.

Références
[1] Document Afnor, NF EN ISO 15189. Laboratoires d’analyses de [6] Document Cofrac, SH GTA 04. Guide technique d’accréditation de
biologie médicale – Exigences particulières concernant la qualité et la vérification (portée A)/ validation (portée B) des méthodes en biologie
compétence. Décembre 2012. médicale. Révision 00 - Avril 2011.
[2] Document Cofrac, SH REF 08. Expression et évaluation des portées [7] Document Cofrac, SH REF 02. Recueil des exigences spécifiques
d’accréditation. Révision 01 - mars 2012. pour l’accréditation des laboratoires de biologie médicale. Révision 04
[3] P. Frybourg. Certification et management de la qualité : un atout stra- - Octobre 2013.
tégique. Edition Arnaud Franel, Mars 2006. [8] Document Cofrac, SH GTA 06. Guide technique d’accréditation :
[4] Document Cofrac, SH FORM 44. Fiche type qualitatif, Vérification contrôle de qualité en biologie médicale. Révision 00 - Juin 2012.
(portée A)/ validation (portée B) d’une méthode de biologie médicale. [9] Denis F, Ploy MC, Martin C, Bingen E, Quentin R. Bactériologie
Révision 00 - Avril 2011. médicale, techniques usuelles. Éditions Elsevier/Masson,
[5] Document Cofrac, Portées-types d’accréditation : SH INF 50. novembre 2007.
Révision 01 - Janvier 2014. [10] BioMérieux. Manuel d’utilisation du Previ Color Gram. Mars 2009.

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