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RÉSUMÉ
SUMMARY
La coloration de Gram qu’elle se fasse manuellement ou grâce à un colo- Verification assessment of Gram staining according
rateur est une étape incontournable mais aussi critique en bactériologie qui to SH FORM 44
contribue à la fois au diagnostic clinique et à l’orientation thérapeutique. Gram staining manually made or in a automated way
Il s’agit d’une méthode en portée A de type qualitatif. is an inescapable but also critical stage in bacteriology
L’objectif de ce travail est de contribuer à répondre aux exigences de la which contributes at the same time to the clinical dia-
norme ISO 15189 en termes de vérification des performances, d’harmoni- gnosis and to the therapeutic orientation. It is about
sation des pratiques professionnelles et d’évaluation des compétences en a qualitative method in impact A.
respectant le formalisme du document SH FORM 44. L’analyse des risques The aim of this work is to contribute to meet the
est décisive qu’elle se fasse selon la méthode des 5 M ou par l’analyse requirements of the standard ISO 15189 in terms of
des modes de défaillance, de leurs effets et de leur criticité et doit aboutir performances’check, harmonization of the profes-
à la mise en place de moyens cohérents de maîtrise adaptés à sa propre sional practises and evaluation of the skills/know-
pratique. Sur site, l’étude des performances a consisté à évaluer la conta- how by respecting the formalism of SH FORM 44.
mination entre échantillons (n = 12, le bac de coloration et le carrousel du The risks’analysis is decisive that it makes accor-
colorateur ne permettant pas de réaliser plus de 12 colorations de Gram ding to the 5 M method or by the analysis of the
simultanées) et à comparer la coloration manuelle versus la coloration failure modes, their effects and their criticality and
automatisée sur système PREVI Color de bioMérieux, sur 20 échantil- has to end in the implementation of coherent means
lons de contrôles. Les critères d’acceptabilité ont porté sur la coloration of control adapted to its own practice. On-site, the
(Gram positif, Gram négatif) et la morphologie observée (bacille ou cocci) study of the performances consisted in estimating the
de 4 souches de référence connues de la Collection de l’Institut Pasteur. contamination between samples (n=12, the stain dish
En pratique, si la compétence de l’utilisateur reste un point crucial à maî- and the carousel of the automated staining system
triser, le biologiste doit aussi pleinement s’impliquer, les normes n’étant allowing to realize no more than 12 Gram staining
pas toujours adaptées, les recommandations des sociétés savantes et la simultaneously) and to compare the manual Gram
bibliographie restant rares. staining versus automated on system PREVI Color
de BioMérieux, on 20 samples of controls. The cri-
Coloration de Gram – vérification sur site/validation des méthodes – teria of acceptability concerned the staining (positive
SH FORM 44 – norme ISO 15189 – accréditation – gestion des risques. Gram, negative Gram) and the observed morphology
(bacillus or cocci) of 4 reference bacteria known for
the Collection of Institut Pasteur.
1. Introduction In practice, if the competence of the user stays a crucial
point to be mastered, the biologist so completely has
to get involved, the recommendations of the standards,
La vérification sur site/validation des méthodes en biologie the learned societies and the bibliography not being
médicale est une des exigences de la norme NF EN ISO very numerous still and adapted to the microbiology.
15189 [1]. En effet, dans le paragraphe 5.5, il est indiqué
« Les méthodes et les procédures sélectionnées doivent Gram staining – Verification assessment – SH FORM 44 –
être évaluées et donner des résultats satisfaisants avant standard ISO 15189 – accreditation – risk management.
a Laboratoire de biologie
Hôpital d’Instruction des Armées Laveran d’être utilisées pour les analyses médicales. ». De plus
34, bd Laveran – CS 50004 (paragraphe 5.3), « Il doit être démontré (lors de l’instal-
13384 Marseille cedex 13 lation et au cours de l’utilisation courante) que le matériel
est capable d’atteindre les performances requises et qu’il
* Correspondance est conforme aux spécifications se rapportant aux analyses
biologie.laveran@gmail.com concernées ».
Les méthodes dites reconnues (dispositifs médicaux de
article
ti l reçu le
l 19 décembre,
dé b accepté té le
l 26 février
fé i 2014.
2014 diagnostic in vitro marqués CE ou méthodes « fournisseur »),
© 2014 – Elsevier Masson SAS – Tous droits réservés. sont a priori validées dans leur domaine d’application
Comparaison avec méthode déjà utilisée au laboratoire Oui (si existe) Oui (si possible) Oui
Le dossier doit conclure sur l’avis d’aptitude de la méthode ou du système analytique (en cas de dépassement des spécifications choisies a priori par le
laboratoire, celui-ci justifie l’acceptation des écarts pour pouvoir conclure à l’aptitude de la méthode et l’enregistre).
r D’après ces recommandations, on voit que la vérifica- (retard pour le rendu des résultats, mauvais choix de l’anti-
tion bibliographique critique prend toute son importance. biothérapie probabiliste).
Le dossier de validation/vérification peut renvoyer à d’autres
documents (bibliographie, notices fournisseurs, documents 3.1.2. Étude des risques
internes au laboratoire, etc.), correctement référencés et L’étude des risques devant aboutir à identifier les risques
accessibles. pour les maîtriser est une étape décisive notamment pour
r Inversement, la vérification expérimentale sur site en les méthodes manuelles et qualitatives, particulièrement
portée A est plus réduite et s’appuie fortement sur l’étude en bactériologie.
des performances mais aussi sur des études de risques ou L’étude de risques peut se faire selon différentes approches.
encore sur la compétence et la qualification des opérateurs. r La méthode 5 M (ou diagramme de cause à effet ou dia-
Parmi les critères de performance, il est recommandé de gramme d’Ishikawa) est une méthode permettant d’analyser
vérifier sur site, la contamination entre échantillons (s’il y a des situations en se basant sur 5 critères. Elle facilite ainsi
lieu) et la comparaison avec une méthode déjà utilisée au l’identification des dangers associés à l’analyse sans rien
laboratoire si possible (avec des échantillons de contrôle oublier. Les causes produisant un effet sont classées en
ou des échantillons de sérothèque ou d’un autre utilisateur 5 familles nommées les 5 M (figure 1).
de la même technique). La réalisation des vérifications - Matières : en pratique, il s’agit de l’échantillon primaire
expérimentales doit se faire selon un protocole établi par (urine, sang, liquides de ponction…), des récipients utilisés
le laboratoire avec des critères d’acceptabilité définis et (tubes, pot à ECBU…), des additifs (acide borique….),
pourra s’appuyer sur la Fiche Type QUALITATIF (Portée des cultures, des réactifs, des contrôles de qualité.
A, SH FORM 44, [4]). Elle doit aboutir à une conclusion
et une décision quant à la validation opérationnelle de la
technique, au regard des spécifications initialement fixées. Figure 1 – Étude des risques selon la méthode 5 M
En pratique, une fois le protocole établi, il convient de (ou diagramme de cause à effet ou diagramme d’Ishikawa).
préparer les conditions nécessaires à la réalisation de la
méthode : période de validation et opérateur à définir, para-
métrage de la méthode si besoin, acquisition des réactifs
nécessaires, réalisation d’une sérothèque ou acquisition
des contrôles pour la comparaison…
Pour la coloration de Gram, il nous a paru important de
vérifier la contamination entre échantillons car en géné-
ral plusieurs spécimens sont colorés en même temps et
d’effectuer une comparaison entre les deux méthodes
utilisées en routine au laboratoire, coloration manuelle et
automatisée.
Une contamination inter échantillons peut aboutir à un dia-
gnostic erroné et à une mauvaise orientation thérapeutique.
r Les critères d’acceptabilité ont porté sur la coloration
des bactéries (Gram positif ou négatif) et la morphologie
observée (bacille ou cocci) sur des souches de référence
de coloration et morphologie connues. En effet, la nature
du Gram et la morphologie observée ont à la fois des
impacts techniques (choix des milieux à ensemencer,
choix des méthodes d’identification utilisées, choix de
l’antibiogramme à réaliser) et des conséquences cliniques
r Allongement des délais de rendu des r Conditions de prélèvement r Guide des examens de biologie médicale
résultats, augmentation du risque patient : et d’acheminement r Transport et réception des examens de
échantillons primaires non conformes des prélèvements biologie
(modalités de prélèvement, récipients, bactériologiques (sang, LCR
additifs, délais de transport…) prélèvements pulmonaires,
urines, selles…)
r Rendu de résultats erronés : altération des r Contamination des r Respect de la documentation interne
milieux de culture, mauvais isolement des milieux de culture lors de r Conditions de conservations conformes
souches pathogènes l’ensemencement à J0 aux recommandations fournisseur
r Conservation des géloses r Test de fertilité (par des souches de contrôle)
Matières
r Métrologie des enceintes de stockage des
réactifs et surveillance des températures
r Absence de réactifs ou réactifs périmés r Gestion des commandes r Procédure de gestion des commandes
r Réactifs altérés r Condition de conservation r Vérification à réception et de la date de
r Rendu de résultats erronés des réactifs (température, péremption à l’installation
r Allongement des délais de rendu des humidité) r Certificats de conformité
résultats, augmentation du risque patient : r Métrologie des conditions ambiantes et
mauvaise orientation pour l’identification et système de surveillance des températures
l’antibiogramme
Milieu r Rendu de résultats erronés : mauvais r Contamination des r Travail sous PSM
isolement des souches pathogènes milieux de culture lors de r Maintenance annuelle du PSM
r Non respect des conditions de santé et de l’ensemencement à J0 r Bionettoyage des paillasses et contrôle de
sécurité du personnel du laboratoire r Protection de l‘opérateur surface
r Application des précautions standards
r Audit des bonnes pratiques professionnelles
Neisseria gonorrhoeae 7918 Cocci Gram négatif Chocolat Polyvitex 5 % CO2, 37 °C 24 heures
œuvre dans les conditions de température requise. L’idéal Les certificats et les caractéristiques de chaque souche
est de disposer d’un système centralisé d’enregistrement (fiche catalogue), imprimées à partir du site (crbip@pasteur.fr)
des températures pour suivre en continu la température sont conservés dans le dossier de validation. Le choix
de la pièce ou de mettre en place un document d’enre- de ces souches a tenu compte d’une part des espèces
gistrement où est tracée au minimum quotidiennement la les plus fréquemment rencontrées dans notre pratique
vérification de la température de la sonde. Pour la colora- courante (E. coli et S. aureus) et de l’affinité tinctoriale
tion de Gram, la température requise est comprise entre variable de certaines bactéries à la coloration de Gram
15 à 30 °C pour le colorateur et entre 15 et 25 °C pour la en intégrant une souche dite « Gram faible » ou « Gram
technique manuelle. variable » (C. striatum).
Des contraintes sur l’hygrométrie peuvent être aussi pré- Nous avons estimé qu’il était important de décrire la pré-
cisées et nécessiteraient l’utilisation d’un hygromètre. paration des lames de contrôle qui figure en annexe du
En fonction du taux d’humidité maximum annoncé par dossier de validation.
le fabricant (pour le colorateur de Gram, taux d’humidité - Mise en culture des souches bactériennes lyophilisées
maximum fixé à 80 %), de l’organisation des locaux, de Dès réception, les souches lyophilisées sont conservées
l’existence d’une climatisation qui génère à la fois une à 4 °C et à l’abri de la lumière. Elles sont fournies dans
stabilité thermique et hygrométrique, cette mesure s’avère des ampoules sous vide et utilisées selon la procédure
cependant plus ou moins indispensable. Pour le colorateur suivante : sous PSM, désinfecter l’extérieur de l’ampoule
de Gram par exemple, le taux d’humidité maximum est avec un coton imbibé d’alcool puis casser l’ampoule,
fixé à 80 %. Notre pièce technique étant située en zone réhydrater le lyophilisat avec 200 μL de bouillon cœur
tempérée, correctement ventilée, climatisée, sans trace cervelle prélevé à l’aide d’une pipette à embout stérile,
d’humidité, ni écoulement, nous avons estimé que le taux ensemencer la suspension obtenue sur milieu gélosé
maximum ne risquait pas d’être atteint. C’est typiquement approprié en respectant les conditions de culture men-
ce type d’analyse qui doit être effectué dans l’AMDEC. tionnées dans le tableau III.
r Référence du réactif (référence fournisseur, version) - Réalisation des lames de contrôle
Il convient de disposer des réactifs adéquats, en quantité Pour chaque souche de référence, le même technicien res-
suffisante, non détériorés lors du transport, non périmés à ponsable de la vérification préparera 15 lames de contrôle :
l’installation ainsi que des certificats de conformité et fiches mettre 3 mL de solution saline dans un tube à hémolyse
techniques correspondants. La maîtrise de ces points cri- stérile, prélever une ou plusieurs colonies à l’aide d’une
tiques passe par une procédure de gestion des commandes, anse stérile, la plonger dans la solution saline et la tourner
par une vérification de l’état des réactifs et de leur date plusieurs fois afin d’obtenir une suspension bactérienne
de péremption à réception et au moment de l’installation. homogène, à l’aide d’un densitomètre ajuster à 0,5 McF
Les certificats de conformité et fiches techniques sont en (+/- 10 %) avec de la solution saline, déposer 20 μL de
général disponibles sur les sites internet des fabricants. Ils suspension bactérienne au centre des 15 lames et étaler
peuvent être imprimés et présents au poste dans un clas- de manière circulaire de façon à réaliser un frottis mince.
seur ou gérés de manière informatique, rattachés au réactif r Équipements
dans le logiciel de commande par exemple. Une procédure L’équipement doit être conforme aux exigences de perfor-
de gestion des versions doit être mise en place. mances spécifiées par le fabricant initialement et de manière
r Matériau de référence continue et être en bon état de fonctionnement, afin de
Il s’agit de souches de référence connues qui peuvent garantir la qualité des analyses et des services rendus, ainsi
provenir de l’American type culture collection (ATCC), de que la sécurité du personnel qui l’utilise. L’équipement doit
la Collection de l’Institut Pasteur (CIP) ou éventuellement être maîtrisé et inventorié avec un dossier du matériel à jour,
d’autres souches caractérisées dont le phénotype est connu géré en général par le référent matériel du laboratoire. Des
(« souchothèque »). Ces souches permettent de réaliser l’éva- procédures doivent décrire les maintenances préventives
luation des performances et sont aussi utilisées comme CIQ. et des enregistrements doivent apporter la preuve de leur
Dans notre cas, l’évaluation des performances et notam- réalisation. La continuité du service doit être garantie en
ment le contrôle de qualité des réactifs et de la méthode de cas de pannes avec une gestion de l’activité analytique
coloration est réalisée à partir de souches de référence aux en mode dégradé. En pratique, en cas de panne du colo-
caractéristiques morphologiques bien connues (tableau III) rateur de Gram, une coloration manuelle sera effectuée.
provenant du CRBIP (Centre de ressources biologiques de Il importe aussi de vérifier si l’équipement a des exigences
l’Institut Pasteur, certifié ISO 9001 pour l’acquisition, la produc- métrologiques particulières. L’organisation de la métrologie
tion, la conservation et distribution de matériels biologiques). dans le laboratoire ne doit pas se limiter à la métrologie
Conforme
Non conforme
des instruments de mesure (thermomètres, pipettes de Gram sera évaluée par le même technicien dans une
mesures, balances) mais doit aussi intégrer la vérification même série de coloration de 12 lames de contrôle :
des équipements connexes aux automates (centrifugeuses, - 4 lames de contrôle positives (P1) d’E. coli,
enceintes thermiques, chronomètres…). En pratique, c’est - 4 lames de contrôle positives (P2) de S. aureus,
le responsable métrologie qui doit réaliser ou faire réaliser - 4 lames de contrôle négatives (N1) réalisées en dépo-
les raccordements métrologiques nécessaires, assurer la sant au centre d’une lame 20 μL d’eau stérile ouverte
traçabilité de l’enregistrement des étalonnages ou véri- extemporanément.
fications ainsi que le statut de l’instrument de mesures En pratique, le bac de coloration (ne permettant pas de
identifié. L’ensemble des mesures et documents peut être réaliser plus de 12 colorations de Gram manuelle simul-
regroupé dans le dossier du matériel. Pour le colorateur de tanée) sera chargé de manière à alterner les échantillons
Gram, le point critique à maîtriser et à vérifier est la rotation positifs et négatifs selon la séquence suivante : P1N1P2
du carrousel. P1N1P2 P1N1P2 P1N1P2. Pour la technique automati-
Enfin, il ne faut pas oublier dans la partie équipement, les exi- sée, le carrousel sera chargé selon la même séquence.
gences informatiques spécifiques. Des précautions doivent Par rapport aux recommandations du SH GTA04 nous
être prises pour protéger l’intégrité et la confidentialité des n‘avons pu faire 30 mesures en raison de la taille du bac
données de patients sous format électronique. L’accès aux de coloration et nous avons préféré privilégier l’alternance
programmes doit être limité pour éviter l’altération ou la des séquences plutôt que d’analyser 3 fois consécutive-
destruction de données par des personnes non autorisées. ment le même échantillon. Par ailleurs, nous avons choisi
Chaque utilisateur doit pouvoir se connecter avec son propre deux contrôles positifs différents pour évaluer l’impact
login et un mot de passe ayant un niveau de sécurité adapté d’une bactérie à Gram positif et d’une à Gram négatif
et en fonction de l’utilisateur et de son habilitation, différents d’où le choix de la séquence P1N1P2 P1N1P2 P1N1P2
niveaux d’accès peuvent être mis en place. P1N1P2 plutôt que P1P1P1 N1N1N1 P2P2P2 N1N1N1.
- Critères d’acceptabilité et résultats
4.4. Évaluation des performances La lecture des lames se fait au microscope à l’immer-
sion (x1000).
4.4.1. Contamination Les lames de contrôle d’E. coli doivent fournir une colo-
Les phénomènes de contamination peuvent affecter les ration et une morphologie de bacille Gram négatif (visua-
échantillons à analyser (contamination inter-échantillons) lisation de bacilles roses à rouges).
lorsque plusieurs sont analysés simultanément ou les Les lames de contrôle de S. aureus doivent fournir une
réactifs (contamination inter-réactifs). coloration et une morphologie de cocci Gram positif
r Contamination inter-échantillons (visualisation de cocci en amas violets).
- Protocole expérimental Les lames de contrôle réalisées avec de l’eau stérile ne
Le principe est le même que la coloration se fasse en doivent fournir aucune coloration.
méthode mode manuel ou automatisé. Les résultats de chaque lecture doivent être notés, sous
L’absence de contamination croisée de la coloration de forme de tableau par exemple (tableau IV).
Conforme
Non conforme
l’environnement propre du laboratoire et à ce titre, le bio- mandations des fournisseurs, des normes, des sociétés
logiste doit se sentir particulièrement impliqué. savantes et la bibliographie ne sont pas toujours adaptées
Si l’étude des critères de performance est incontournable, à la microbiologie et aux attentes des biologistes. Dans
l’analyse des risques doit permettre de mettre en place ce contexte, il importe à chacun de réfléchir mais aussi
des moyens cohérents de maîtrise adaptés à sa propre de partager le fruit de ses réflexions dans une marche en
pratique. Cette étape est particulièrement importante avant collective.
pour les méthodes manuelles fréquentes en microbiologie
où interviennent de nombreux facteurs de variabilité. Ce Déclaration d’intérêts : les auteurs déclarent ne pas avoir de
n’est pas non plus la plus facile à réaliser et les recom- conflits d’intérêts en relation avec cet article.
Références
[1] Document Afnor, NF EN ISO 15189. Laboratoires d’analyses de [6] Document Cofrac, SH GTA 04. Guide technique d’accréditation de
biologie médicale – Exigences particulières concernant la qualité et la vérification (portée A)/ validation (portée B) des méthodes en biologie
compétence. Décembre 2012. médicale. Révision 00 - Avril 2011.
[2] Document Cofrac, SH REF 08. Expression et évaluation des portées [7] Document Cofrac, SH REF 02. Recueil des exigences spécifiques
d’accréditation. Révision 01 - mars 2012. pour l’accréditation des laboratoires de biologie médicale. Révision 04
[3] P. Frybourg. Certification et management de la qualité : un atout stra- - Octobre 2013.
tégique. Edition Arnaud Franel, Mars 2006. [8] Document Cofrac, SH GTA 06. Guide technique d’accréditation :
[4] Document Cofrac, SH FORM 44. Fiche type qualitatif, Vérification contrôle de qualité en biologie médicale. Révision 00 - Juin 2012.
(portée A)/ validation (portée B) d’une méthode de biologie médicale. [9] Denis F, Ploy MC, Martin C, Bingen E, Quentin R. Bactériologie
Révision 00 - Avril 2011. médicale, techniques usuelles. Éditions Elsevier/Masson,
[5] Document Cofrac, Portées-types d’accréditation : SH INF 50. novembre 2007.
Révision 01 - Janvier 2014. [10] BioMérieux. Manuel d’utilisation du Previ Color Gram. Mars 2009.