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ANALYSES EN MICROBIOLOGIE ___________________________________________________________________________________________________________
1. Techniques classiques La taille de l’échantillon (ou des échantillons) est variable selon
le produit à examiner et doit tenir compte du produit, du niveau de
de la Pharmacopée contamination présumé et peut être obtenue par mélange de n
récipients si nécessaire pour obtenir la quantité requise.
européenne Dans le cas de dispositifs, le nombre d’éléments prélevés devra
être représentatif du lot.
par Yves ROCHÉ
■ Préparation de l’échantillon
● Produits hydrosolubles
1.1 Méthodes quantitatives En général, une solution est préparée en diluant la quantité pré-
levée dans un diluant (solution tampon peptonée au chlorure de
Les essais décrits pour le contrôle microbiologique des produits sodium pH 7,0 par exemple ou tout autre diluant approprié). Le rap-
non stériles (dénommé aussi « dénombrement des germes port de dilution le plus fréquent est de 1/10 mais il peut être adapté
aérobies viables totaux » – Monographie 2.6.12 de la Pharmacopée aux caractéristiques du produit ou à une sensibilité requise diffé-
européenne) permettent le dénombrement des bactéries méso- rente.
philes, des moisissures et levures capables de se développer en Si le produit possède un pouvoir antimicrobien, un agent
aérobiose. neutralisant peut être ajouté au diluant en prenant soin d’ajuster
Ces essais servent avant tout à déterminer si un produit est ensuite le pH à 7 environ si nécessaire.
conforme aux exigences microbiologiques spécifiées de sa mono- ● Produits de nature non lipidique insolubles dans l’eau
graphie, à la Pharmacopée. La préparation est identique à la précédente hormis le fait qu’un
Cependant, pour la Pharmacopée européenne (chapitre 2.6.12), agent tensioactif peut être ajouté au diluant pour une meilleure
ces techniques peuvent également être mises en œuvre pour véri- mise en suspension. Le tensioactif le plus couramment utilisé est
fier l’efficacité de la conservation antimicrobienne (voir chapitre le polysorbate 80. De même que précédemment, si le produit
conservateurs) ainsi que dans le cadre de la surveillance du niveau possède un pouvoir antimicrobien, un agent neutralisant peut être
de qualité des matières premières ou de préparations pharmaceu- ajouté dans les mêmes conditions.
tiques. ● Produits de nature lipidique
Des précautions sont nécessaires pour la bonne exécution de ces La présence d’un agent tensioactif est ici nécessaire. Il est ajouté
contrôles : en quantité égale à la moitié de la masse du produit à examiner
— la manipulation doit éviter toute contamination accidentelle maximum, et mélangé en chauffant si nécessaire à une tempé-
du produit à examiner ; rature maximum de 40 oC. Le mélange ainsi obtenu est ensuite
— les micro-organismes éventuellement présents ne doivent amené à dilution au 1/10 avec le diluant déjà décrit à la même
pas être altérés par les précautions prises pour éviter la température.
contamination ; ● Dispositifs médicaux
— la neutraliser de l’activité antimicrobienne du produit,
lorsqu’elle est nécessaire, en validant l’activité et l’efficacité des Les dispositifs médicaux, comme par exemple les cuillères
agents neutralisants vis-à-vis des micro-organismes considérés. doseuses, les compte-gouttes, les trocards de transvasement...
sont immergés dans le diluant précédemment décrit, par exemple.
Les trois techniques les plus couramment utilisées sont la méthode
● Dispositifs transdermiques
de filtration sur membrane, la méthode de dénombrement sur
plaque et la méthode du nombre le plus probable. Cette dernière Après retrait du film protecteur, les dispositifs transdermiques
est généralement appliquée quand l’une des deux précédentes ne sont placés :
peut l’être du fait du produit lui-même (solide soluble ou non, corps — pour moitié de l’échantillon, dans une solution de tampon
gras...) ou du nombre de micro-organismes. peptonée au chlorure de sodium pH 7,0 pouvant contenir des
Les textes réglementaires précisent généralement que, quelle inactivateurs appropriés. Ils sont ensuite soumis à une agitation
que soit la technique utilisée, il est nécessaire de la valider. énergique pendant 30 min au moins (préparation A) ;
— pour l’autre moitié de l’échantillon, dans du milieu liquide D
et soumis également à une agitation énergique pendant 30 min
1.1.1 Échantillonnage et préparation (préparation B : recherche des entérobactéries et autres bactéries
de l’échantillon gram-négatives).
■ Échantillonnage
Le prélèvement doit être effectué par du personnel formé aux
1.1.2 Examen des échantillons : méthodes utilisées
techniques de prélèvements microbiologiques afin d’éliminer tout En règle générale, le contrôle microbiologique des produits non
risque de contamination accidentelle du produit. Le plan d’échan- stériles est réalisé soit par la méthode de filtration sur membrane,
tillonnage dépend de nombreux paramètres tels que taille du lot, soit par la méthode de dénombrement sur plaque. On utilisera la
caractéristiques du produit, niveau de contamination présumé du méthode du nombre le plus probable quand le dénombrement
produit, homogénéité de distribution des micro-organismes. microbien ne peut être réalisé par l’une des deux premières, du fait
Dans ce dernier cas, la Pharmacopée européenne (2.6.12) donne de la nature du produit ou du nombre de micro-organismes
un exemple de plan d’échantillonnage dit à trois niveaux : présumé.
« Cinq échantillons sont prélevés dans chaque lot et examinés
■ Méthode de filtration sur membrane
séparément : les trois niveaux sont définis comme suit :
(i) échantillons acceptables, c’est-à-dire contenant moins de m L’isolement des micro-organismes est réalisé par la filtration sur
unités formant colonie (UFC) par gramme ou par millilitre, m étant des membranes filtrantes de porosité nominale de 0,45 µm pour
la limite spécifiée ; lesquelles l’efficacité de rétention bactérienne a été montrée.
(ii) échantillons marginaux, c’est-à-dire contenant plus de m UFC Une attention toute particulière doit être apportée au matériau
mais moins de 10 m UFC par gramme ou par millilitre ; constituant la membrane. En effet, le produit à examiner ou l’un de
(iii)échantillons non conformes, c’est-à-dire contenant plus de ses constituants ne doit pas modifier l’efficacité de rétention
10 m UFC par gramme ou par millilitre. bactérienne.
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■ Ensemenceur SPIRAL
2.2 Techniques alternatives
Une microseringue étalon à débit variable et contrôlé commande de détection rapide
le dépôt de l’échantillon liquide à la surface de la gélose d’une
boîte de Petri en rotation. Le stylet distributeur de l’ensemenceur, Ces techniques alternatives de détection rapide vont causer un
monté sur un chariot mobile, se déplace simultanément du centre gain de temps en supprimant ou en raccourcissant la phase de
de la boîte vers sa périphérie ; l’échantillon est ainsi déposé en croissance bactérienne nécessaire dans les techniques classiques
forme de spirale d’Archimède dans la boîte de Petri. Le volume pour visualiser les micro-organismes.
distribué est parfaitement calibré et assure la répartition de
l’échantillon de façon logarithmiquement décroissante. Cette
variation du volume d’échantillon déposé permet d’obtenir une 2.2.1 Méthodes microscopiques
densité décroissante de colonies bactériennes développées le long et méthodes dérivées
de la spire.
Cette technique permet sans dilution le dénombrement de 10 à ■ Dénombrement en cellule de Petroff Hauser
106 Unités Formant Colonie (UFC) par ml analysé. Après incubation Cette technique rapide de dénombrement nécessite une bonne
classique (durée, température), le comptage peut s’effectuer soit expérience de l’expérimentateur. La profondeur de la cellule est de
par comparaison visuelle à un abaque fourni par le fabricant, soit 0,02 mm, ce qui facilite le comptage en diminuant le nombre de
par compteur laser (ceci nécessitant un milieu non opaque). mises au point microscopique (objectif 40).
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■ Méthode de Breed (coloration de Gram, bleu de méthylène) la cellule et son état physiologique la corrélation entre quantité
Le dénombrement de bactéries par l’examen microscopique d’ATP détectée et dénombrement reste très délicate.
dans un volume donné de prélèvement après coloration est long et Le dosage de l’ATP qui est présent dans toutes les cellules
le résultat dépend beaucoup de l’opérateur. vivantes (source d’énergie) et donc dans les bactéries, permet
l’estimation des populations microbiennes (en particulier des
■ Utilisation de fluorochrome germes vivants car la concentration en ATP diminue très vite après
● Microscopie à épifluorescence : cette coloration suivie d’un la mort cellulaire et devient non détectable). Dans la réaction, la
examen microscopique en UV permet la détection à faible gros- luciférine est décarboxylée en présence d’ATP, de Mg++ et de luci-
sissement. De nombreux colorants sont utilisés comme le jaune férase en oxyluciférine avec production de CO2 , pyrophosphate,
d’acridine, la fluorescéine ou l’orange d’acridine. Dans ces AMP et d’un photon à 562 nm.
conditions, le seuil de détection est de 105 germes par ml. On peut donc évaluer le nombre de micro-organismes à partir de
La concentration préalable sur membrane filtrante ou par la quantité d’ATP d’origine microbienne présente dans le produit.
centrifugation en gradient de densité permet d’atteindre un seuil de Cette quantité au sein d’un micro-organisme varie « peu » en fonc-
détection de 102 à 103 germes par ml. tion de la phase de croissance ; l’amplitude de la variation autour de
la moyenne atteint 1,5 fois cette moyenne. Cette quantité d’ATP
La technique DEFT (Direct Epifluorescence Filter Technique ) intracellulaire varie de 0,3 à 10 · 10–16 g/cellule. Il est donc possible
permet, après filtration, de dénombrer les bactéries et les levures. de déduire de la concentration en ATP un ordre de grandeur du
L’acridine orange pénètre dans les cellules et se fixe aux acides nombre de bactéries dans un milieu. Si la population est composite,
nucléiques (ADN et à ARN). La fixation sur l’ADN donne un on adopte comme concentration en ATP par cellule 5 · 10–16 g.
complexe fluorescent vert tandis que la fixation sur l’ARN conduit
à un complexe fluorescent rouge-orange. Si la bactérie est en La mesure de l’émission lumineuse peut se faire au moyen d’un :
pleine croissance ou en pleine activité métabolique, le rapport — fluorimètre (sensibilité de 1 µg ATP/ml) ;
ARN/ADN est élevé et la bactérie apparaît rouge-orangée. Si la — compteur à scintillations (sensibilité de 10–13 à 10–15 g ATP
bactérie est inactive ou morte, le rapport ARN/ADN est faible et la soit environ de 1 000 à 10 cellules).
bactérie apparaît verte. Cette particularité de coloration permet de
contrôler non seulement la qualité hygiénique liée au résultat du ■ Impédancemétrie
dénombrement mais aussi la quantité de bactéries non viables. Ce procédé consiste à mesurer des variations de conductivité
Cette technique rapide (30 min) a un seuil de détection de d’un milieu de culture. Ces variations sont dues à l’activité
103 bactéries par ml. métabolique des micro-organismes. La prolifération cellulaire va
entraîner une variation des caractéristiques électriques du milieu
Il existe des possibilités d’automatisation pour le comptage par de culture. L’impédance va diminuer. L’impédance est l’opposition
analyseur d’images. à conduire un courant alternatif à travers un milieu conducteur. On
● Cytométrie de flux : les micro-organismes, après extraction des la mesure en faisant passer un courant entre deux électrodes
prélèvements par des solutions tampons, sont marqués par un plongeant dans le milieu.
composé fluorescent et injectés en continu dans la cellule de mesure ● Théorie de l’impédancemétrie : l’impédancemétrie peut être
les uns après les autres par un flux coaxial. La lumière émise par cha- simplement définie comme la mesure de la résistance d’un maté-
que micro-organisme est analysée par un détecteur. Le seuil de riau conducteur au flux d’un courant alternatif.
détection est d’environ 100 cellules par ml ou g de produit.
Lorsque deux électrodes en métal sont immergées dans un
● Cytométrie à balayage laser sur membrane filtrante : l’échan-
liquide conducteur, le système se comporte comme une résistance
tillon est filtré sur une membrane qui retient les micro-organismes. et un condensateur en série.
Les cellules viables sont ensuite colorées in situ par un marqueur
fluorescent. La surface du filtre est balayée automatiquement par un En conséquence, l’impédance du système intègre l’addition de
faisceau laser, ce qui permet un dénombrement automatisé avec un deux facteurs : la résistance et la capacitance du milieu.
seuil de détection de 1 micro-organisme par volume filtré. Le métabolisme microbien conduit habituellement à une dimi-
nution de l’impédance du milieu et donc à une augmentation de la
conductivité du système.
2.2.2 Détection de métabolites
● Technique classique : les électrodes sont en contact avec le
■ Méthodes radiométriques milieu de culture dans lequel se développent les germes que l’on
veut étudier. Les milieux de culture en général, et plus spécialement
La croissance des micro-organismes peut être mise en évidence ceux développés pour l’impédancemétrie, se composent de
de deux façons. Le micro-organisme peut hydrolyser un substrat substrats peu chargés qui sont transformés par les voies méta-
radioactif en un métabolite dont on mesure la vitesse d’apparition. boliques normales en produits finaux hautement chargés. À titre
C’est le cas par exemple de 14CO2 dégagé à partir de 14C glucose. d’exemple, on peut citer la conversion du glucose (substrat non
Le micro-organisme peut aussi incorporer ce substrat marqué et ionisé) en deux molécules d’acide lactique en présence d’oxygène
l’on mesure la radioactivité accumulée dans les micro-organismes. qui conduit lui-même à la formation d’ions bicarbonates plus
conducteurs que l’ion lactate.
■ Variation du potentiel rédox
Un automate de mesure par impédancemétrie peut être
La croissance d’un micro-organisme aérobie strict ou anaérobie simplement considéré comme un instrument de mesure des
aérobie facultatif va entraîner la variation du potentiel rédox du changements de la conductivité du milieu de culture.
milieu. Cette variation peut être mise en évidence par le virage d’un
● Technique indirecte : la croissance de certains micro-
indicateur d’oxydoréduction ou par électrochimie. Ces deux techni-
ques utilisées dans le domaine agroalimentaire ne connaissent pas organismes, et particulièrement de certaines levures et moisissures,
encore de développement dans le domaine pharmaceutique. ne provoque pas de grand changement de conductivité. On
considère que cela est dû au fait qu’ils ne produisent pas de méta-
■ Bioluminescence bolites fortement ionisés mais plutôt non ionisés comme l’éthanol.
Le dosage de l’ATP (adénosine triphosphate) présent dans toutes Des levures peuvent absorber les ions d’une solution ce qui pro-
les cellules vivantes peut être effectué de manière simple et rapide voque une nette diminution de la conductivité du milieu de culture.
par la réaction de bioluminescence qui est le résultat de l’activation En utilisant la technique indirecte, on peut résoudre ces pro-
du système luciférine/luciférase. La quantité d’ATP contenue dans blèmes en suivant le métabolisme microbien via la production de
les cellules vivantes étant extrêmement variable selon la nature de dioxyde de carbone.
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Une solution d’hydroxyde de potassium est déposée entre les Le système informatique gère un maximum de quatre incu-
électrodes. bateurs, ce qui confère au système une capacité de 512 analyses
La cellule est hermétiquement bouchée de façon à ce que le CO2 simultanées jusqu’à huit températures d’incubation différentes.
produit dans le milieu par le métabolisme microbien soit piégé
dans la solution de potasse. ■ Rabit (Rapid Automated Bacterial Impedance Technique )
Le bilan de ces réactions est le remplacement progressif d’ions Le Rabit (fabriqué en Angleterre par Don Whitley Scientific et dis-
hydroxyle par des ions carbonate moins conducteurs. On observe tribué en France par AES Laboratoire) mesure uniquement le signal
alors une diminution de la conductivité. de conductance. Les cellules en polypropylène autoclavables et
donc réutilisables, ont un volume utile de 10 ml. Les deux
électrodes de mesure se situent au fond de la cellule. Pour détecter
les micro-organismes produisant peu de métabolites ionisés ou
2.3 Applications des principales pour utiliser des milieux ayant une conductance trop importante,
techniques alternatives on emploie la méthode indirecte développée sur cet appareil.
dans l’industrie pharmaceutique L’incubateur comporte un bloc d’aluminium chauffant qui
contient 32 cellules (température maximale à 55 oC).
2.3.1 Appareils utilisés Le système informatique peut être relié à 16 incubateurs et
permet donc de réaliser en même temps 512 analyses jusqu’à
2.3.1.1 Appareils d’impédancemétrie 16 températures différentes.
■ Bactometer ■ Résultats
Le Bactometer (fabriqué aux États-Unis, distribué par Bio- Le résultat est exprimé en nombre de micro-organismes par
Mérieux) mesure soit la conductance soit la capacitance. Ses cellu- unité de volume. L’automatisation du système permet de répondre
les de mesure se présentent sous forme de modules composés de aux besoins de routine. La coloration de l’échantillon, sa filtration
16 cuvettes en matière plastique à usage unique. si nécessaire et son injection dans l’analyseur sont effectuées à
Chaque cellule est indépendante et contient deux électrodes de raison de 20 à 50 échantillons/ h.
mesure. Les cuvettes ont un volume utile de 2 ml. Les modules de
16 cuvettes sont adaptés pour les grandes séries d’analyses. ■ Limite de détection
L’incubateur comporte deux étuves indépendantes contenant Cette technique permet dans le meilleur des cas de détecter entre
chacune deux ou quatre modules, soit 32 ou 64 cellules. La tempé- 50 et 100 levures-moisissures/ml et 500 bactéries/ml ou g en
rature de chaque étuve peut être maintenue entre 8 et 55 oC (effet détection directe. Pour une recherche qualitative (présence/absence),
Peltier). une étape d’enrichissement d’environ 24 h est nécessaire.
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2.3.1.3 Cytométrie à balayage laser (appareil Chemscan) les contrôles d’hygiène. Elle consiste à restituer le nombre de
photons après transformation logarithmique permettant de définir
Les éléments optiques et électroniques du système sont réunis des zones de propreté. Cette méthode d’expression n’a pas pour
dans un appareil compact commercialisé par la société Chemunex. objectif l’évaluation quantitative des micro-organismes.
■ Caractéristiques ■ Appareillage
Après filtration de l’échantillon et marquage des micro-orga- De nombreux appareils existent actuellement sur le marché et
nismes sur le filtre, celui-ci est introduit dans une chambre noire, une description exhaustive ne peut être faite dans ce document.
sur un support thermostaté. Certains sont particulièrement destinés aux contrôles d’hygiène
● Optique : la source d’excitation est un laser d’argon refroidi à des surfaces et ne peuvent être utilisés pour une évaluation
l’eau, réglé à 40 mW et 488 nm. Il effectue un balayage de la totalité quantitative ou semi-quantitative de la contamination microbienne
du filtre. Le balayage est induit par deux miroirs oscillants, dans un produit. Ces appareils sont en général portables et utili-
l’émission est détectée à deux (ou trois) longueurs d’onde et sables par des manipulateurs non spécialisés en techniques de
collectée par deux ou trois photomultiplicateurs. laboratoire. Une infrastructure de laboratoire n’est pas nécessaire
● Traitement des données : une série de critères de discri- pour leur mise en œuvre.
mination permet de différencier les éléments fluorescents à Les autres appareils, plus généralistes, sont des instruments de
dénombrer et à rejeter. Ce dispositif fait appel aux caractéristiques paillasse, qui peuvent recevoir différents types de réactifs et
optiques du marqueur, à la taille de la particule et à la forme du permettent des développements spécifiques pour le contrôle
signal. microbiologique des produits ou des eaux.
■ Résultats
Le résultat apparaît sous forme de représentation graphique du
2.3.2 Applications
filtre avec la position exacte et précise des événements détectés. Pour une étude détaillée des applications réalisées dans
Le dénombrement est donné en micro-organismes/ml ou g (par l’industrie pharmaceutique nous conseillons au lecteur de se
volume filtré). Un système de vérification des résultats par reporter aux travaux [2] [3] de la commission de la Société
observation microscopique directe de la membrane permet une française des sciences et techniques pharmaceutiques à Paris.
visualisation des événements détectés.
Nous pouvons citer :
■ Limites de détection ● Pour l’impédancemétrie
Cette technique permet, dans le meilleur des cas, de détecter un — l’essai de stérilité,
micro-organisme par membrane (volume filtré). — le titrage microbiologique des antibiotiques,
— le test d’efficacité des conservateurs,
— le test d’efficacité d’antiseptiques et désinfectants,
2.3.1.4 Bioluminescence
— le contrôle de la contamination microbienne dans des produits
■ Méthode de détection non obligatoirement stériles et recherche des micro-organismes
spécifiés,
L’émission lumineuse issue de la réaction de bioluminescence — l’analyse des eaux,
est détectée grâce à un luminomètre, constitué de différents — le contrôle des fermentations ;
éléments intégrés dans un appareil unique.
● Pour la cytométrie de flux
● Zone d’accueil du milieu réactionnel : il s’agit d’un tube de
— le contrôle « in process » d’une boucle d’eau purifiée,
réaction unitaire ou disposé sur un passeur d’échantillon, d’une
— le contrôle de la contamination microbienne dans des pro-
microplaque ou d’un système intégrant le prélèvement et la cuve
duits non obligatoirement stériles et recherche des micro-organis-
réactionnelle (écouvillons spéciaux utilisés en contrôle d’hygiène
mes spécifiés (suspension buvable) ;
des surfaces).
● Pour la cytométrie à balayage laser
● Système d’injection : il n’est pas nécessaire dans les réactions
à cinétique lente (contrôles d’hygiène). Pour les systèmes ultra- — le contrôle « in process » d’une boucle d’eau purifiée,
sensibles, il est constitué de un à quatre injecteurs destinés à — le contrôle de la contamination microbienne dans des pro-
distribuer les réactifs dans la chambre de mesure. Les volumes duits non obligatoirement stériles et recherche des micro-organis-
d’injection peuvent être fixes ou variables. mes spécifiés ;
● Système de détection : la lumière émise est reçue et amplifiée ● Pour la bioluminescence
par un photomultiplicateur ou une photodiode. La mesure est — les contrôles d’hygiène,
effectuée par intégration des photons émis dans un temps fixe ou — le contrôle de la contamination microbienne dans des produits
réglable selon les dispositifs. Dans certains cas, une détection non obligatoirement stériles et recherche des micro-organismes
unique du pic d’émission peut être réalisée mais elle accentue le spécifiés (suspension buvable).
risque d’interférences par saturation. Toutes ces applications ont nécessité d’importants travaux de
● Obtention et présentation des résultats : le signal électrique validation au sein des unités de recherche et développement d’où
obtenu par le photomultiplicateur ou la photodiode est numérisé et la nécessité de faire son choix de techniques et d’appareils en
restitué par le module informatique du système en nombre d’URL fonction de la capacité du fournisseur à contribuer aux dévelop-
(unités relatives de lumière). Une autre approche est utilisée dans pements des applications concernées.
Références bibliographiques
[1] CUQ (J.-L.). – Les méthodes modernes d’ana- [2] PETAT (E.) et col. – Les méthodes alternatives [3] PETAT (E.) et col. – Les méthodes alternatives
lyse rapide en microbiologie alimentaire. de contrôle microbiologique. Présentation de contrôle microbiologique II. Présentation
Agro-Alimentaire Information – (9), CDIUPA des principales techniques rapides. Rapport des travaux réalisés. Rapport d’une commis-
(1993). d’une commission SFSTP. STP Pharma sion SFSTP. STP Pharma Pratiques – (9 : 5-44)
Pratiques – (6 : 281-301) (1996). (1999).
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