Académique Documents
Professionnel Documents
Culture Documents
28/01/2022
LAL Ph-like
L’évaluation de la maladie résiduelle
Nb de cellules
- 1012
- 1011 Examen
cytologique
- 1010
sensibilité 1-5%
- 109
- 108 10-2
- 107 10-3
Maladie
- 106 10-4
résiduelle
- 105 10-5
- 104 (10-6)
- 103
- 102 MRD « négative » = indétectable
- 101
- 0
L’évaluation de la maladie résiduelle
Nb de cellules
- 1012
- 1011
• Comment ? - 1010
- 109
- 108 10-2
• Pourquoi ? - 107 10-3
Maladie
- 106 10-4
résiduelle
- 105 10-5
- 104 (10-6)
- 103
- 102
- 101
- 0
Marqueurs moléculaires oncogéniques
Y Y Y
Y Diagnostic
Y Y
Y Y Y =
Y Y
Y cellules leucémiques +++
Y Y Y Y Y
Y
Y
Y Y Y Y
Y Y Y
Y Y Y Y
Y Y
Y Y
Traitement
Y = marqueur oncogénique Y
Y Y
Y Y
Y Y
Y
Y Y
Y
Y Y
Rémission complète
Y =
Y Y Y Y
Y cellules normales
Y Y
Y Y Y Y +/-
YY Y Y Y
Y Y Y Y cellules leucémiques
Y
Y Y résiduelles <5%
Y Y
Y
Marqueurs moléculaires oncogéniques
L’exemple du transcrit BCR-ABL1
Y Y Y
Y Y
Y Y
Y Y Y
Y Y Diagnostic BCR ABL1
Y Y Y Y Y
Y
Y =
Y Y Y Y
Y Y Y cellules leucémiques +++ amorce BCR sonde amorce ABL1
Y Y Y Y
Y Y
Y Y
Y
Y = marqueur oncogénique
Traitement
RT-qPCR
Y Y
Y Y
Y Y
Y Y Rémission complète
Y Y Y Y
Y =
Y Y Y Y
Y
Y
Y
Y Y Y Y cellules normales
YY Y Y
Y Y Y
Y
Y
Y
+/-
Y Y cellules leucémiques
Y Y
Y résiduelles <5%
Normalisation sur un « gène de ménage » (ABL1 par exemple)
Maladie
résiduelle
10-2
10-3
10-4
10-5
-> Evaluer la réponse au traitement pour adapter la suite de la prise en charge +++
Maladie résiduelle
Pourquoi ?
L’expérience des LAL pédiatriques
-> La maladie résiduelle après les première cures est corrélée au risque de rechute
Maladie résiduelle
Pourquoi ?
Etudes moléculaires de la réponse au traitement des LAL Ph+
Probability of relapse
• Apprécier la qualité de la RC
• Indication d’autogreffe de CSH (GRAAPH-2014)
• Pronostique de la rechute post Allo-SCT
• post Allo-SCT
• Maintenance avec ITK
• ciclosporine, DLI
Questions
Y Y Y Diagnostic
Y Y
Y Y =
Y Y Y Y
Y Y cellules leucémiques +++
Y Y Y Y Y
Y
Y
Y Y Y Y
Y Y Y
Y Y Y
Y Y
Y
Y Y Traitement
Y = réarrangement IG/TCR
clono-spécifique Y
Y Y
Y
Y Y Y
Y Rémission complète
Y Y Y Y
Y Y =
Y Y Y Y cellules normales
Y
Y Y +/-
Y Y Y Y Y
Y Y Y
Y Y cellules leucémiques
Y
Y résiduelles <5%
Y Y
Y
Marqueurs de clonalité lymphoïde
Y Y Y
Y Y 1- Identification des réarrangements clono-spécifiques
Y Y
Y Y
Y Y
Y Diagnostic par PCR + séquençage (NGS)
Y Y Y Y Y
Y
Y =
Y Y Y Y
Y Y Y cellules leucémiques +++
Y Y Y Y
Y Y
Y Y
Y
Y = réarrangement IG/TCR
clono-spécifique Traitement
Y
Résultat ≈ taux de blastes résiduels
Marqueurs moléculaires oncogéniques
L’exemple du transcrit BCR-ABL1
Y Y Y
Y Y
Y Y
Y Y Y
Y Y Diagnostic BCR ABL1
Y Y Y Y Y
Y
Y =
Y Y Y Y
Y Y Y cellules leucémiques +++ amorce BCR sonde amorce ABL1
Y Y Y Y
Y Y
Y Y
Y
Y = marqueur oncogénique
Traitement
Y Y
Y Y
Y
Y Y
Y Y Rémission complète Taux de transcrit ≠ Taux de cellules résiduelles
Y Y Y
Y =
Y Y Y Y
Y
Y
Y
Y Y Y Y cellules normales Taux de transcrit dépend du niveau d’expression
YY Y Y
Y Y Y
Y
Y
Y
+/-
Y Y cellules leucémiques
Y Y
Y résiduelles <5%
Normalisation sur un « gène de ménage » (ABL1 par exemple)
10 -2
RNA BCR-ABL1
10 -2
DNA BCR-ABL1
10 -3
10 -3
10 -4
rs = 0.8946 10 -4 r s= 0.1917
p <0.0001 p = 0.0017
10 -5 10 -5
10 -6 10 -6
-6
-5
-4
-3
-2
-1
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
DNA BCR-ABL IG-TR or IKZF1deletion
Combined IG/TCR and BCR-ABL1 MRD monitoring in de novo adult Ph+ ALL reveals frequent discordant results
B M & P B g lo b a l R N A B C R - A B L 1 a n d Ig /T C R c o m p a r is o n
BCR-ABL1/ABL1 10 0
transcript ratio MRD TP1-5 (before HSCT)
876 samples: 385 BM and 491 PB
1 0 -1
1 0 -2
R N A B C R -A B L 1
1 0 -3
1 0 -5
Undetect PNQ
transcript while negative/low Ig/TCR levels
0
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
0
1
1
1 0 -1
alloHSCT
1 0 -1
1 0 -2 1 0 -2
1 0 -3 1 0 -3
1 0 -4 1 0 -4
1 0 -5 1 0 -5
1 0 -6 1 0 -6
0 1 2 3 4 5 6 0 1 2 3 4 5 6
M R D T im e - p o in t M R D T im e - p o in t
Paired BCR-ABL1 and IG-TR MRD follow-up identifies patients with residual BCR-ABL1 clonal hematopoiesis
N.B. BCR-ABL1 quantification
performed on DNA
autoHSCT 0 1 2 -1 1 2 4 -B -V
0 5 3 -1 0 9 4 -S -M
10 0
10 0
1 0 -1
alloHSCT
1 0 -1
1 0 -2
* 1 0 -2
*
1 0 -3 1 0 -3 *
1 0 -4 1 0 -4
*
1 0 -5 1 0 -5
1 0 -6 1 0 -6
0 1 2 3 4 5 6 0 1 2 3 4 5 6
M R D T im e - p o in t M R D T im e - p o in t
* Cell sorting of blood samples and BCR-ABL1 quantification in T and B lymphocytes and monocytes cell fractions
-> Patients with residual CH defined as having ≥ 1 log difference observed on ≥ 3 MRD timepoints
MRD1 BM
MRD1 PB
MRD2 BM Delta logMRD
MRD2 PB continuous values
MRD3 BM
MRD3 PB
MRD4 BM
MRD4 PB
MRD5 BM
MRD5 PB
BCR-ABL1 clonal
hematopoiesis
CH- CH+ Undet
Dissociated Parallel
Characteristic Total p value
MRD kineticCH+ CH-
MRD kinetic
Patients No. 54 (39%) 86 (61%) 140 (100%)
Karyotype 47 75 122
t(9;22) with ACA 27 (57%) 56 (75%) 83 (68%) 0.07
Co-existence t(9;22) with and w/o ACA 11 (23%) 7 (9%) 18 (15%) 0.04 *
• Enrichment in Major breakpoints,
BCR-ABL1 transcript Y 0.0002 ***
e1a2 29 (54%) 72 (84%) 99 (71%)
but minor breakpoint still found in
b2a2 and/or b3a2 25 (46%) 14 (16%) 38 (27%)
~50% of CH+ patients
IKZF1 deletion 54 85 139
Intragenic deletion 25 (46%) 53 (62%) 78 (56%) 0.08
Dominant negative isoform (Δ4-7) 14 (26%) 31 (36%) 45 (32%) 0.26
Clonal hematopoiesis is not associated with an adverse outcome for patients treated in the GRAAPH-2014 trial
p=0.03
p=0.29
Allo-SCT may not benefit to CH+ patients
CH- CH+
O v e ra ll s u rv iv a l O v e ra ll s u rv iv a l
100 100
IGTCR MRD
75 75
O S p r o p o r t io n
O S p r o p o r t io n
50 50
25 25
B C R A B L + /IG T C R + 3 events
BC R ABL+ 13 events B C R A B L + /IG T C R - 2 events
BC R ABL- 9 events p= 0.0533 BC R ABL- 9 events p= 0.0009
0 0
0 1 2 3 4 5 0 1 2 3 4 5
T im e (y e a r s ) T im e (y e a r s )
N o . a t R is k N o . a t R is k
BC R ABL+ 55 51 30
B C R A B L + /IG T C R + 7 5 1 0 0
13 1
BC R ABL- 81 78
B C R A B L + /IG T C R - 28 26 17 6 0
45 17 2
BC R ABL- 81 78 45 17 2
• IGTCR MRD refines the BCRABL MRD-positive group to predict adverse outcome
IG/TCR MRD at TP2 allows to identify two distinct groups of patients among those BCR-ABL1 positive
CIR OS
Pre-alloSCT IG/TCR MRD identifies patients at very high risk of relapse
CIR OS
T K D m u t a t io n B C R - A B L 1 a n d Ig /T C R
TKD+ TKD- 10 0
IgTCR+ 11 76
1 0 -1
p = 0.006
IgTCR- 0 55
1 0 -2
IgTCR ND 3 65
R N A B C R -A B L 1
1 0 -3
TKD+
0
-6
-5
-4
-3
-2
-1
0
0
1
1
1
Findings :
Ig /T C R
• TKD mutations can only be found in follow-up samples pour residual lymphoblasts (MRD IG/TCR positive)
• No mutation has been found in patients with only BCR-ABL1 clonal hematopoiesis
• Ig/TCR MRD can guide and rationalize TKD mutational screening
Conclusions
• Ig/TCR MRD revealed residual BCR-ABL1 clonal hematopoiesis in ~ 40% of adult Ph+ ALL
• BCR-ABL1 clonal hematopoiesis is not associated with a higher risk of relapse in the GRAAPH-
2014 protocol
• Long-term follow-up will be necessary to inform optimal clinical management in those patients
LAL Ph-like (BCR-ABL1-like) : un groupe de mauvais pronostic
ProB signature
Frequent IKZF1 deletions (40-90%)
Den Boer, Lancet Oncology 2009
Mutations JAK
Signalisation dérégulée potentiellement « ciblable » par des inhibiteurs de JAK, PI3kinase, mTOR
Fusions impliquant des kinases:
partenaires variés +++
Partenaires Kinases
ATF7IP ABL1
BCR
EBF1 ABL2
ETV6
FOXP1 PDGFRB
LSM14A
MEF2D PDGFRA
NUMA1
NUP214 CSF1R
PAX5
PCM1 JAK2 Peeters P et al., Blood 1997
RANBP2 Reiter A et al., Cancer Res 2005
RCSD1 NTRK3 De Braekeleer E et al., Leukemia 2007
Poitras JL et al., Chromosomes & Cancer 2008
SFPQ Hidalgo-Curtis C et al., Genes, Chrom & Cancer 2008
SHIP1 LYN Soler G et al., Leukemia 2008
SNX2 Ernst E et al., British Journal of Haematology 2011
Kakadia PM et al., Leukemia 2011
SSBP2 SYK Kobayashi K et al., British J of Haematology 2014
STRN3 Lilljebjorn U et al., Leukemia 2014
SPTBN1 FLT3 Roberts KG, et al. N Engl J Med
Kawamura M et al., Genes, Chrom & Cancer 2015
ZC3HAV1 Yano M et al., British J of Haematology 2015
ZMIZ1 FGFR1 …
ZMYM2 …
… Roberts KG, et al. Cancer Cell 2012
Fusions impliquant des kinases:
partenaires variés +++
Partenaires Kinases
ATF7IP ABL1
BCR Kinases de classe ABL
EBF1 ABL2
-> sensibilité aux inhibiteurs
ETV6
FOXP1 PDGFRB de type imatinib
LSM14A
MEF2D PDGFRA
NUMA1
NUP214 CSF1R
PAX5
PCM1 JAK2 Peeters P et al., Blood 1997
RANBP2 Reiter A et al., Cancer Res 2005
RCSD1 NTRK3 De Braekeleer E et al., Leukemia 2007
Poitras JL et al., Chromosomes & Cancer 2008
SFPQ Hidalgo-Curtis C et al., Genes, Chrom & Cancer 2008
SHIP1 LYN Soler G et al., Leukemia 2008
SNX2 Ernst E et al., British Journal of Haematology 2011
Kakadia PM et al., Leukemia 2011
SSBP2 SYK Kobayashi K et al., British J of Haematology 2014
STRN3 Lilljebjorn U et al., Leukemia 2014
SPTBN1 FLT3 Roberts KG, et al. N Engl J Med
Kawamura M et al., Genes, Chrom & Cancer 2015
ZC3HAV1 Yano M et al., British J of Haematology 2015
ZMIZ1 FGFR1 …
ZMYM2 …
… Roberts KG, et al. Cancer Cell 2012
Pronostic des LAL Ph-like chez l’adulte
1.00
0.80
Overall Survival
0.60
0.40
0.20
0.00
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
Jain, Blood 2017 Time(years)
Number at risk
13 10 5 4 3 1 1 1 0 0
B RT-PCR
300 bp
EBF1-PDGFRB
100 bp
fusion transcript
174 bp
Array-CGH
8.6 Mb
deletion
Fusion transcript sequence
Figure 2
MRD follow-up
BMT
induction consolidation
Imatinib introduced in
combination with GRAAPH
10-0
imatinib
consolidation blocks
Minimal residual disease
10-1
BMT with HLA-identical sibling
10-2 donor
10-3
10-4
10-5
BCR-ABL1 Karyotype
High hyperdiploidy
Low hypodiploidy FISH
MLL fusions
iAMP21
ERGdel (DUX4) BP-PCR IKZF1del , ERGdel
CRLF2 deregulation RQ-PCR CRLF2, EPOR
EPOR deregulation CGH-array
TCF3-PBX1
ETV6-RUNX1 RT-MLPA
TCF3-HLF
ABL1 fusions
JAK2 fusions
PDGFRB fusions No classifying lesion identified
PAX5 fusions and
ZNF384 fusions Poor treatment response
RNA-seq
RNA-seq analysis for « B-other » ALL cases
Search for fusion genes
Reads
3-years OS 77%
3-years OS 77%
-> Recommendation for the treatment of patients
with Ph-like ALL ABL-class in the GRAALL 2014 trial:
Imatinib 600 mg in association with chemo
Tanensi et al. , Blood 2019
Conclusions
• Ph-like represents a rare subtype in children and adult ALL with poor outcome
• A minority of Ph-like ALL is related to ABL class fusions which are targetable by TKI
-> Addition of TKI to chemotherapy backbone at 1st line in case of ABL-class fusion
Hematology laboratory
Saint-Louis hospital
Philippe Rousselot
Yves Chalandon
Véronique Lhéritier Rathana Kim
Hervé Dombret Jean-Michel Cayuela
Nicolas Boissel Marie Passet
Jean Soulier
And all GRAALL investigators