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Séminaire Seine-Aval 2008 – Recueil de résumés

SEMINAIRE
SEINE-AVAL
2009

RECUEIL DE
RESUMES

C. Dégremont 
O.Sirost

Mont-Saint-Aignan
8,9 & 10 Septembre
2009

GIP Seine-Aval tel :02 35 08 37 64


12 Avenue Aristide Briand fax : 02 35 98 03 93
76000 Rouen http://www.seine-aval.fr
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

PROGRAMME DU SEMINAIRE  

8 septembre : Risques Chimiques et environnementaux (14h‐17h30) 
Présidents de séance : J. Forget‐Leray, M. Akopian 
14h‐14h10 : Introduction du Séminaire – L. Guézennec 

14h10‐15h : TOXSEINE 

‐ Présentation du projet : J. Cachot (3 min) 
‐ Test Embryo‐larvaire en sédiment contact chez le medaka japonais : L. Vicquelin (20 min) 
‐ Test embryo‐larvaire sur microcrustacés : T. Lesueur (20 min) 
‐ Discussion : 10 min 
 
15h‐15h30 : RISKENSEINE  

‐ Présentation résultats : G. Bocquené (20 min) 
‐ Discussion : 10 min 
 
15h30 – 15h40 : session posters (1 min par orateur) 

‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐15h40‐16h : pause‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ 

16h – 17h : FLASH 

‐ Présentation projet : F. Petit (3 min) 
‐ Pêche à pied récréative en sortie d’estuaire de Seine: B. Evrard (15 min) 
‐ Parasitologie – exploitation des souchiers de SA3 (15 min) 
‐ Contamination en E. coli des eaux de l’estuaire : M. Ratajczak (15 min) 
‐ Discussion : 15 min 
 
17h – 17h30 : ZOOSEINE 

‐ Présentation projet : S. Souissi (3 min) 
‐ Thèse sur le sujet (20 min) 
‐ Discussion : 10 min 
 
 
9 septembre : Restauration et Reconquête (8h30‐12h) 
Présidents de séance : R. Lafite, S. Samson 
8h30‐9h : IBIS 

‐ Présentation : R. Lafite (3 min) 
‐ Impact du Batillage : Investigation en Seine: J. Deloffre (15 min) 
‐ Discussion : 10 min 
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9h‐10h : ENFANTS DU FLEUVE 

‐ Présentation projet : O.Sirost (3min) 
‐ La vallée a un goût de paix et de guerre : A. Blouin (20 min) 
‐ Les perceptions liées au paysage : O. Sirost (20 min) 
‐ Discussion : 15 min 
 
10h –10h10 : présentations posters 

‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐10h10‐10h30 : pause‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ 

10h30 – 11h15 : USAGES RECREATIFS 

‐ Présentation résultats : D. Femenias (20 min) 
‐ Communication sur l’estuaire : L. Birot (10 min) 
‐ Discussion : 15 min 
 
11h15 – 12h : THALASSOTOK 

‐ Présentation projet : E.Rochard (3 min) 
‐ Etude du mode de colonisation de mulet porc en structure expérimentale : T. Trancard (15 
min) 
‐ Suivi par télémétrie acoustique sur l’estuaire amont de la Seine : J. Coustillas (15 min) 
‐ Discussion : 15 min 
‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐12h – 13h30 : Déjeuner‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ 

 
9 septembre : Système d’Observation (13h30 – 17h) 
Présidents de séance : G. Quemeneur, S. Souissi 
13h30‐14h40 : COLMATAGE 

‐ Présentation du projet : J‐C. Dauvin (3 min) 
‐ Quelle est l'évolution spatio‐temporelle des peuplements benthiques en réponse à 
l'évolution morphosédimentaire ? : S. Lesourd (15 min) 
‐ Comparaison des protocoles d’échantillonnage des peuplements ichtyologiques : A. 
Brind’Amour (15 min) 
‐ La répartition des ressources alimentaires entre les juvéniles de poissons plats de l’estuaire 
de Seine : A. Tous Rius (15 min) 
‐ Discussion : 25 min 
 
14h40 ‐15h10 : MODEL  

‐ Nouvelles mesures de turbidité dans l’embouchure de la Seine: P. Le Hir (20 min) 
‐ Discussion : 10 min 
 
15h10 – 15h40 : FLUMES 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

‐ Présentation résultats : R. Verney (20 min) 
‐ Discussion : 10 min 
 
‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐15h40 – 16h : pause‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ 

16h‐17h10 : RHAPSODIS 

‐ Présentation projet : D.Boust (3 min) 
‐ Données géochimiques et tendances évolutives : D. Boust (15 min) 
‐ Identification des forçages et variations temporelles : A. Vrel (15 min) 
‐ Microbiologie : A. Benaicha (15 min) 
‐ Discussion : 25 min 
 
17h10‐ 17h40 : ECO 

‐ Présentation résultats : M. Cordier (20 min) 
‐ Discussion : 10 min 
 
10 septembre : CLIMAT (8h30‐12h) 
 
‐ 8h30‐9h : Introduction : B.Laignel, S. Souissi et S. Allain 

‐ 9h‐9h30 : Hydro‐climatologie, sédiments et qualité des eaux 
Sur la base des travaux de B. Laignel, N. Masseï, A. Ducharne, J. Bodilis, A. Laverman 
‐ 9h30‐10h : Habitats et peuplements 
Sur la base des travaux de S. Souissi, E. Rochard, T. Cornier, F. Morel, J.P. Ducrotoy 
 

‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐10h – 10h30 : pause‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ 

‐ 10h30‐11h : Socio‐économie 
Sur la base des travaux d’ A. Briand, S. Treyer, S. Allain, H. Flanquart 
‐ 11h – 12h : Discussion 

‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐12h‐13h30 : déjeuner‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐ 

 
10 septembre : GIP Seine‐Aval (13h30 – 16h30) 
Présidents de séance : B. Prud’Homme Lacroix, C. Dehondt, F. Allag Dhuisme 
‐ Etude hydrologie sur l’estuaire de la Seine : H. El Abida (20 min + 10 min de discussion) 
‐ Sites expérimentaux et reconquête : S. Moussard (15 min) 
‐ Les fonctionnalités de l’estuaire : I. Guillaume (10 min) 
‐ Discussion : 15 min 
‐ SIG Habitats : N. Bacq (15 min + 10 min de discussion) 
‐ Bon état et fonctionnalités : P. Boet / O. Sirost (20 min + 15 min de discussion) 
‐  
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

 
Conclusion du Séminaire : C. Lévêque 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Evaluation de la toxicité de polluants organiques hydrophobes caractéristiques de la 
contamination de l’estuaire de Seine par un test embryo‐larvaire en sédiment contact chez 
le medaka japonais (O. latipes). Projet TOXSEINE. 

 
Ludovic Vicquelin  , Joëlle Leray‐Forget  , Bénédicte Morin 1, Hélène Budzinski 1, Jérôme 
1,2 2

Cachot 1 
 
1
 ISM UMR CNRS 5255, LPTC, Université Bordeaux 1, 33405 Talence Cedex 
2
 LEMA EA 3222, Université du Havre, 76058 Le Havre Cedex 
 
 
L’évaluation  de  la  toxicité  des  polluants  hydrophobes  est  un  enjeu  majeur  dans  le  cadre  de 
l’évaluation  des  risques  chimiques.  En  effet,  ces  composés  sont  peu  solubles  dans  l’eau,  d’où  une 
sous‐estimation de leur toxicité lors des tests d’écotoxicité classiques. En revanche, ils ont une haute 
capacité de sorption aux matières particulaires et peuvent se retrouver piégés à plus ou moins long 
terme  dans les sédiments. Dans ces conditions ils peuvent représenter un danger pour les espèces 
aquatiques qui vivent ou se nourrissent dans le compartiment sédimentaire. Des études précédentes 
conduites  en  estuaire  de  Seine  ont  démontré  que  les  polluants  organiques  hydrophobes  contenus 
dans  les  sédiments  de  la  partie  amont  de  l’estuaire  présentaient  un  fort  potentiel  génotoxique  et 
embryotoxique (Cachot et al., 2006, Seine Aval II et Seine Aval III). 
Cette étude vise à développer un nouveau bioessai sur embryon et larve de poisson pour l’évaluation 
directe (sans extraction) de la toxicité d’un sédiment. L’exposition des embryons s’opère par contact 
direct  avec  la  matrice  sédimentaire  étudiée  et  les  effets  biologiques  induits  sont  examinés  à 
différents niveaux d’organisation biologique (niveau moléculaire jusqu’au trait d’histoire de vie). Afin 
de valider ce bioessai, des travaux préliminaires ont été conduits avec une matrice sédimentaire de 
référence (sédiment collecté à Yville‐sur‐Seine) artificiellement contaminée avec différentes familles 
de  polluants  organiques  retrouvés  en  estuaire  de  Seine :  hydrocarbures  aromatiques  polycycliques 
(HAP),  polychlorobiphényles,  nonylphénol  (NP)  purs  et  mélanges  de  HAP.  Des  courbes  doses‐effets 
ont été construites pour des concentrations s’échelonnant des doses environnementales (quelques 
dizaines de ng/g de sédiment sec) jusqu’à des doses toxicologiques (plusieurs dizaines de µg/g).  
Les  résultats  préliminaires  obtenus  montrent  que  l’exposition  d’embryons  à  des  sédiments 
contaminés  au  DMBA  et  au  NP  à  des  concentrations  supérieures  à  10  µg/g,  et  le  PCB126  à  des 
concentrations de quelques centaines de ng/g conduit à un accroissement significatif de la mortalité 
des larves de médaka. En revanche l’exposition au BaP, phénanthrène, fluroranthène, PCB153 même 
à des doses de plusieurs µg/g n’induit pas d’augmentation de la mortalité embryonnaire ou larvaire. 
A  contrario  des  effets  sublétaux  apparaissent  pour  une  exposition  précoce  à  ces  polluants  à  des 
concentrations proches des concentrations environnementales en estuaire de Seine excepté pour le 
PCB135.  Ainsi  il  apparaît  un  risque  chimique  associé  aux  sédiments  en  estuaire  de  Seine,  pouvant 
affecter le développement des poissons qui se développeraient à leur contact. 
En conclusion, il apparaît que ce test embryo‐larvaire medaka pourrait permettre de caractériser et 
d’évaluer  la  toxicité  de  polluants  adsorbés  aux  particules  sédimentaires  sans  qu’il  soit  nécessaire 
d’extraire  au  préalable  ces  polluants  et  en  prenant  en  compte  uniquement  la  fraction  réellement 
biodisponible. Ce bioessai va prochainement être appliqué à l’évaluation de la toxicité de sédiments 
collectés en estuaire de Seine.  
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Test embryo larvaire sur microcrustacé – T. Lesueur 
 
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RISKENSEINE : 
Risque environnemental et sanitaire d’origine chimique en estuaire de Seine 
 
G. Bocquené 
 
Ifremer cellule ARC. Nantes 
 
La contamination des milieux aquatiques par les composés d’origine chimique a été constatée depuis 
plusieurs décennies, notamment sur l’estuaire de la Seine. Aujourd’hui, la nécessité de réglementer 
les apports de contaminants aux milieux naturels passe par une analyse du risque environnemental 
d’origine  chimique  dont  la  méthodologie  d’estimation  est  décrite  dans  le  Technical  Guidance 
Document de l’UE (TGD). Dans son application in situ, dans l’estuaire de la Seine, le TGD nécessite un 
certain  nombre  d’aménagements  pour  prendre  en  compte  les  spécificités  locales  pour  une 
estimation du  risque environnementale plus pertinente.  
L’une des critiques majeures adressées au TGD est que la détermination des paramètres mesurant la 
toxicité est obtenue à partir d’espèces exogènes au site étudié. Dans le souci de coller au mieux avec 
la réalité des écosystèmes estuariens, le premier objectif du projet RiskenSeine a été de sélectionner 
des  espèces  locales  représentant  3  courtes  chaînes  trophiques  sur  chacun  des  trois  tronçons  de 
l’estuaire.  Cette  sélection  a  été  argumentée  du  point  de  vue  de  plusieurs  disciplines  scientifiques, 
économiques  et  sociales  pour  développer  une  analyse  de  risque  intégrée  prenant  en  compte 
l’écosystème (écologie, écotoxicologie, biogéochimie), les activités liées aux rendus et à l’exploitation 
de  l’écosystème  (activités  halieutiques),  liées  à  la  consommation  des  produits  issus  de  l’estuaire 
(santé humaine) et à sa perception par les citoyens (SHS). Enfin, le critère de disponibilité de données 
d’écotoxicité dans la base de données sur les principaux contaminants‐type (métaux, contaminants 
organiques solubles, contaminants organiques hydrophobes).Ces travaux ont abouti à un consensus 
des  différentes  équipes  impliquées  dans  le  projet  pour  proposer  au  moins  une  espèce  de 
phytoplancton, une espèce de crustacé et une espèce de poisson par compartiment.  
 
Pour  des  raisons  propres  à  la  contamination  de  l’estuaire  marin,  trois  espèces  destinées  à 
l’estimation du risque pour la santé humaine sont ajoutées : la moule (mercure, chrome, PAH, PCB),  
le bulot (cadmium), la coquille St Jacques (argent) et la crevette grise (cadmium). 
Les espèces sélectionnées sont listées sur le schéma suivant : 
 

ESTUAIRE MARIN ESTUAIRE MOYEN ESTUAIRE AMONT

Skeletonema costatum Cyclotella menghiniana Scenedesmus quadricauda


Melosira granulata
Crangon crangon Palaemonetes longirostris
Acartia sp Eurytemora affinis
Neomysis integer Palaemonetes longirostris
Crangon crangon Anguilla anguilla (civelle et
Anguilla anguilla (civelle et Neomysis integer adulte)
adulte) Stizostedion lucioperca 
Dicentrarchus labrax Anguilla anguilla (civelle et
adulte)
Dicentrarchus labrax
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Pêche à pied récréative en sortie d’estuaire de Seine. 
Exposition des pêcheurs de bivalves et représentation des risques sanitaires 
 
1 et 2
Barbara EVRARD  ; Michel BUSSI2 ; Damien FEMENIAS1 
 
1
Laboratoire CETAPS (EA 3832) ‐ Université de Rouen 

UMR 6266 IDEES  – Université de Rouen 
 
 
L’enquête s’est déroulée lors de 20 grandes marées d’août et septembre 2008, sur trois sites où le 
ramassage des moules est interdit à l’année (Antifer, Octeville‐sur‐Mer et Le Havre). 389 questionnaires ont 
été recueillis sur une population totale estimée à 450 individus1.  
Activité essentiellement composée d’hommes (82,2%) et de seniors (55‐75 ans), les pêcheurs sont 
issus  des  classes  populaires  et  proviennent  essentiellement  de  l’aire  urbaine  du  Havre.  Seuls  12,3%  des 
interrogés  ramassent  des  moules  et  4,6%  des  couteaux.  Le  ramassage  de  bivalves  est  une  activité 
occasionnelle.  Sortie  familiale  la  pêche  combine  plaisir  de  la  consommation  de  produits  frais  (99% 
consomment les produits pêchés dont 7,9% les cuisinent à l’eau de mer) et promenade au contact du milieu 
marin. Les principaux risques qu’ils identifient sont ceux qui mettent en danger leur intégrité physique au 
moment de la pratique. Seuls 11,2% identifient un risque d’intoxication dont les conséquences se résument 
à  des  problèmes  gastriques.  Cette  différence  entre  les  risques  objectifs  des  scientifiques  et  subjectifs  des 
pêcheurs de bivalves peut trouver plusieurs explications.  
La « mal connaissance » de la réglementation combinée à l’absence d'un affichage clair sur les trois 
sites laisse penser, à 94,1% d’entre eux, que la pratique y est autorisée. Mais même en connaissance d’une 
interdiction 42,2% continueraient à venir. Les populations exposées ne veulent pas toujours croire qu'elles 
le sont car cette représentation va à l'encontre de croyances et de comportements durablement établis. La 
stratégie  des  pêcheurs  consiste  alors  à  décrédibiliser  l’interdit  par  voie  de  constats  contradictoires  ("c'est 
fait pour les touristes, pour empêcher l'épuisement des ressources"), à puiser dans leur propre expérience 
des motifs de négation ("je n'ai jamais été malade") et à justifier leur comportement ("je pêche ici depuis 50 
ans par tradition"). L’absence de pollution visible renforce l’idée d’une absence de danger. 
De  plus,  au  cours  de  l'enquête,  une  alerte  sanitaire  a  été  lancée  et  a  donné  lieu  à  des  contrôles 
policiers  à  Etretat  mais  pas  sur  les  trois  sites  considérés  sensibles.  Cette  action  non  homogène  et 
différenciée des contrôles vide la sécurité sanitaire de sa substance. Elle perd son sens dans la mesure où 
une tolérance s'est établie.  
Activité familiale, transmise de génération en génération, la pêche à pied s’inscrit dans une tradition 
et participe de la constitution d’un ancrage territorial et social. Les interdictions sont alors perçues par les 
pêcheurs comme une restriction de leur liberté d'accéder et d'utiliser le littoral comme ils l’entendent. Pour 
les interrogés, le ramassage des bivalves est une activité sans risque, de loisir où se combine utilitarisme et 
plaisir.  Mais  le  refus  de  l'interdiction  est  aussi  l'expression  d'un  refus  des  contraintes  au  bénéfice  de  la 
responsabilité  individuelle  préférant  l'incitation  à  l'obligation.  Dans  la  gestion  des  risques  collectifs,  le 
comportement  des  individus  face  au  risque  n'est  pas  considéré  comme  une  donnée  primordiale.  Les 
procédures d'interdictions ne s'accompagnent alors pas nécessaire d'une campagne d'information. Changer 
les  habitudes  des  pêcheurs  face  aux  risques  auxquels  ils  s’exposent  passe  alors  sans  doute  moins  par  un 
renforcement des contrôles que par une information claire et accessible.  
 

1
  Un  relevé  systématique  des  refus,  des  non  répondants  et  un  comptage  des  pêcheurs  sur  une  journée  ont  été 
effectué. La population totale estimée rejoint celle du rapport AESN (Agence de l'Eau Seine Normandie). (2005). Etude 
socio‐économique de la pêche de loisir. Rapport de synthèse. Rouen: AESN.  
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Parasito – souchiers (Loic ou Gilles) 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Contamination en Escherichia coli des eaux de l’estuaire de Seine : antibiorésistance, 
épidémiologie et structure des populations. 
 
Mehdy Ratajczak , Emilie Laroche , Olivier Clermont2, Barbara Pawlak1, Thierry Berthe1, Robert 
1 1

Lafite1, Sami Souissi3, Kenny Oberlé1, Wassilia Riah1, Rémi vaillant1, Erick Denamur2, Fabienne Petit1 
 

1 UMR M2C /Fédération SCALE Université Rouen 
2 INSERM U722, Université Paris 7 Diderot 
3 UMR 8187 LOG, Station marine Wimereux, Université Lille 1 
 
Les eaux de l’estuaire présentent une contamination élevée en bactéries indicatrices de contamination 
fécale  notamment  en  souche  d’E.  coli  multirésistantes  aux  antibiotiques  (Touron  et  al,  07 ;  Laroche  et  al, 
09). En 2008, l’exploitation rétrospective des souchiers d’E. coli isolées lors des campagnes de Seine‐Aval 3 a 
permis d’étudier le contenu génétique des souches multirésistantes, et plus particulièrement de rechercher 
et caractériser les intégrons. Une recherche de gènes de résistances associés a permis d’observer une co‐
résistance à la streptomycine et au mercure  portée  par un même transposon susceptible  d’être  transféré 
entre E. coli et Aeromonas (espèce bactérienne autochtone). 
Au  delà  de  son  rôle  d’espèce  indicatrice  de  la  contamination  en  bactéries  d’origine  fécale  des  milieux 
aquatiques (directive européenne 2006/7/CE), l’étude de la structure de la population d’E. coli basé sur le 
typage moléculaire de cette espèce bactérienne peut être informative sur l’origine humaine et animale de la 
contamination. Les 4 groupes phylogénétiques d’E. coli sont retrouvés dans la Seine avec une prédominance 
de A puis de B1. A la lumière des données de la littérature sur la répartition de ces 4 groupes chez l’homme 
et les mammifères, et des résultats obtenus sur des échantillons d’origine hospitalière et bovine, il peut être 
déduit que l’origine des souches dans la Seine est mixte : humaine (forte proportion de A) et animale (forte 
proportion  de  B1).  En  période  d’étiage  (août  2006),  il  n’existe  pas  de  différence  dans  la  structure  des 
populations  d’E.  coli le long de l’estuaire. Ainsi la  contamination serait essentiellement due à des apports 
issus d’une contamination humaine auxquels se surajoutent une contamination animale probablement due 
aux  ruissellements.  Les  résultats  obtenus  lors  de  la  campagne  de  Janvier  échantillonnée  à  l’issue  d’un 
évènement de crue (500m3.s‐1) suggèrent une différence de la proportion de souches de groupe B2 dans la 
population de E. coli sur les sites de Poses. Le risque de pathogénicité intra‐intestinale chez les souches de E. 
coli isolées des eaux de Seine a été évalué par une détection moléculaire de dix gènes impliqués dans les 
différents  pathotypes  de  E.  coli.  Sur  111  souches  testées  appartenant  aux  différents  groupes 
phylogénétiques  de  l’espèce  E.  coli,  une  seule  souche  du  groupe  B2  était  positive  pour  afaD.  Il  peut  être 
conclu que sur l’échantillon testé, il n’y a aucun risque de pathologie intestinale à E. coli. 
Les premiers résultats sur l’occurrence des E. coli antibiorésistantes et la structure des populations d’E. 
coli le long  du continuum Risle  – embouchure de la Risle‐  Honfleur (campagnes 2009 Zootrans‐ Flashop1) 
montrent  qu’en  période  sèche  et  en  basse  mer,  le  niveau  de  contamination  en  E.  coli  diminue  jusqu'à 
l’embouchure,  responsable  d’un  faible  apport  en  E.  coli  en  estuaire  de  Seine,  le  plus  souvent 
antibiorésistantes.  La  diminution  de  la  contamination  d’E.  coli  s’accompagne  d’une  modification  de  la 
structure des populations avec une augmentation en souches du groupe B1, majoritairement associées à la 
fraction de particules décantables. Enfin une première exploitation de la campagne zootrans montre que les 
copépodes sont aussi des vecteurs d’ E. coli résistantes aux antibiotiques.  
 
Clermont O. et al., 2000. Appl. Environ. Microbiol. 66:4555‐4558. 
Laroche, E. et al., 2009 FEMS Microbiol. Ecol. 68 : 118‐130.  
Touron A., et al., 2007 Mar.Poll. Bull. 54: 1441‐1450. 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

ZOOSEINE (S. Souissi) 
 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Impact du Batillage : Investigation en Seine 
 
Deloffre, J.a, Lafite R.a, Ezerky, A.b, Lemoine, M.a 
 
 

Laboratoire morphodynamique Continentale et Côtière, UMR CNRS 6143 M2C, 
Université de Rouen 

Laboratoire morphodynamique Continentale et Côtière, UMR CNRS 6143 M2C, 
Université de Caen  
 
 
 
Le  programme  IBIS  (Impacts  du  Batillage :  Investigation  en  Seine)  a  pour  but  de  caractériser  les 
effets  des  ondes  de  batillage  sur  le  système  en  fonction  des  contraintes  du  système,  de  la  réactivité  des 
berges et des caractéristiques des navires. Ce travail, est mené en synergie avec d’autres projets (REBEBAS), 
vise à donner des informations en vue de la restauration des fonctionnalités physiques et biologiques des 
berges. 
 
Les ondes de batillage se caractérisent par trois formes d’actions érosives : le courant de retour, les 
ondes de batillage de surface (vagues divergentes et transversales) et le jet propulsif des bateaux. L’impact 
est observé sur le fond du chenal, sur les talus des rivières et sur les berges au voisinage de la surface libre. 
Les phénomènes d’érosion engendrés par ces ondes ont fait l’objet de différents travaux, peu en domaine 
estuarien, et les modalités de restauration testées sur différents fleuves (Moisan, 2008). 
 
Trois  zones  ont  été  choisies  comme  site  atelier :  un  secteur  des  îles  et  Bardouville  pour  la  partie 
fluviale de l’estuaire, et Petitville pour la partie moyenne de l’estuaire. D’un point de vue physique, ces sites 
se  distinguent  par  leur  morphologie ;  l’origine,  la  dynamique  et  le  type  de  sédiments ;  par  le  paramètre 
forçant majeur de la sédimentation (marée dans l’estuaire moyen et débit dans l’estuaire fluvial) ; et par le 
type de navires naviguant. Une étude spécifique de ces sites permet de les caractériser (Lemoine, 2009). Les 
premières mesures de batillage sur les zones découvrantes montrent l’hétérogénéité de la réponse de ces 
zones à ces phénomènes (Deloffre, 2005 : Verney, 2006)  
 
Ces  premières  observations  doivent  permettre  de  définir  un  protocole  expérimental,  pour  l’étude 
en  canal  afin  de  simuler  l’impact  des  ondes  de  batillage  sur  les  berges  et  de  proposer  des  solutions  de 
remédiation. La vitesse des navires, la distance à la berge, le profil topographique complet de la section et la 
perméabilité des berges devront être pris en compte. 
 
 
Deloffre, 2005. La sédimentation fine sur les vasières intertidales en estuaires macrotidaux. Thèse de 
doctorat, Université de Rouen, 235p. 
Lemoine, 2009. Caractérisation hydro‐sédimentaire  de la zone de Bardouville (Normandie, France). 
Mémoire de Master 1ère année, Université de Rouen, 46p. 
Moisan,  2008.  Effets  érosifs  des  ondes  de  batillage  sur  les  berges  et  les  fonds  sédimentaires : 
Mesures  et  ouvrages  de  protection.  Mémoire  Bibliographique  de  Master  2ème  année,  Université  de  Rouen, 
25p. 
Verney,  2006.  Processus  de  contrôle  de  la  dynamique  des  sédiments  cohésifs.  Thèse  de  doctorat, 
Université de Rouen, 323p. 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

La vallée a un goût de paix et de guerre 
Parce que le paysage est une perception de ce qui nous entoure. 
Une description qui ouvre une réflexion sur les paysages de la vallée de la Seine du Havre jusqu'à 
Rouen‐Poses. 
 
 
A. Blouin 
 
 
 
Deux temps de la vallée entre Le Havre et Rouen : l'estuaire et la vallée des méandres.  
 
La vallée de l'estuaire se caractérise par une large emprise du fleuve et d'une vision lointaine, c'est à dire de 
son embouchure jusqu'à l'est du marais Vernier. 
 
La vallée des méandres est une vallée plus étroite où les méandres sont plus resserrés et où les limites sont 
les coteaux.  
 
Dans  un  premier  temps,  une  approche  globale  de  la  vallée  permet  d'identifier  les  grandes  séquences  des 
paysages de la vallée de la Seine. Cette approche se formalise par des visites de terrains, appuyées par des 
croquis, des cartographies, des récits. C'est l'approche dite sensible, subjective et avant tout visuelle. 
En complément de cette méthode une approche géomorphologique, écologique, anthropique et historique 
permet de comprendre les dynamiques naturelles et humaines des paysages de la vallée, d'approfondir les 
tenants et les aboutissants des paysages créés par les hommes. 
Une  vallée  est  caractérisée  par  son  relief.  Les  pentes  des  coteaux,  la  largeur  de  la  plaine  alluviale 
déterminent  les  formes  et  la  vue  donnée  sur  la  vallée.   Le  relief  est  le  socle  sur  lequel  des  dynamiques 
végétales s'implantent selon la nature du sol, l'exposition, l'hygrométrie...  
 
La  Seine  parait  être  un  fleuve  tranquille  par  ses  longs  méandres  sinueux.  Les  méandres  creusés  dans  le 
calcaire peuvent parfois créer des coteaux de plus de 150 m de hauteur. Les hommes, mettant à profits leur 
apprentissage  du  terrain,  aménagent  peu  à  peu  la  vallée.  Fossés  drainant,  assèchement  des  marais, 
plantations de bois de chauffe, implantation de l'habitat, de l'industrie, la modification des berges du fleuve, 
l'implantation des ports... ont largement modifié le paysage originel de la vallée et la dynamique du fleuve. 
 
Dans  un  deuxième  temps,  un  répertoire  d'éléments  du  paysage  récurrents  permettent  de  différencier  et 
d'identifier  chaque  concavité,  chaque  boucle  de  par  leur  répartition,  leur  occurrence  sur  le  territoire.  La 
végétation,  les  cultures,  l'habitat,  les  éléments  construits  sont  alors  décrits,  spatialisés  afin  de  mieux 
comprendre  l'évolution  des  paysages  d'hier  et  de  demain.  Ils  permettent  de  définir  les  atouts  (histoire, 
géologie,  faune,  flore)  et  les  aspects  néfastes  (  emprise  de  l'industrie,  extraction,  stockage  de  matériaux, 
pollution... ) de la vallée et la place de chacun (industrie, extension de villes, agriculture...) dans ce territoire 
alluvionnaire riche. 
 
L'approche par le paysage permet de mettre en exergue les problématiques des aménagements réalisés, et 
de  définir  les  envies  de  tous  pour  ce  territoire  commun.  Une  prise  de  conscience  des  enjeux  du  paysage 
permet  d'avoir  une  vision  globale  des  enjeux  de  chacun,  mais  avant  tout  une  meilleure  intégration  des 
futurs projets par la considération des atouts de la vallée. 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Olivier Sirost‐ Perceptions liées au paysage 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

D. Femenias 
 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

L. Birot 
 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Etude du mode de colonisation initiale des très jeunes individus de mulet porc Liza ramado en 
structure expérimentale 
 
 
T. Trancart, P. Lambert, E. Rochard, C. Roqueplo, F. Daverat 
 
 
Les migrateurs thalassotoques, de par leur mode de vie particulier, apparaissent actuellement comme des 
organismes présentant un grand intérêt écologique et scientifique, notamment dans un contexte actuel de 
restauration des bassins‐versants et de leurs reconquêtes par les espèces piscicoles. 
 
Les larves de migrateurs thalassotoques naissent en mer et vont ensuite grandir en milieu dulçaquicole. Ils 
pénètrent  donc  au  stade  larvaire  dans  le  milieu  estuarien,  zone  de  transition  entre  le  milieu  marin  et  le 
domaine  fluvial,  soumise  à  de  très  fortes  pressions,  naturelles  et  anthropiques.  Les  très  jeunes  stades  de 
migrateurs  thalassotoques  sont  donc  capables  de  s'adapter  et  d'utiliser  au  mieux  la  variabilité  de  cet 
environnement.  
 
L'une  des  adaptations  mise  en  place  par  les  thalassotoques  est  l'utilisation  préférentielle  des  courants  de 
marées, ou transport tidal sélectif. Elle a été démontrée par comparaison des captures entre flot et jusant 
en milieu naturel pour les larves d’anguille européenne et de flets communs. Depuis quelques années, des 
études en structure expérimental ont permis de préciser les mécanismes sous jacent à ce phénomène pour 
les civelles d'anguille. Ainsi la baisse de la salinité, l’inversion du courant et l’odeur de l’eau (green odour) 
apparaissent comme des attractifs pour cette espèce.  
 
Concernant  le  mulet‐porc,  pour  l'instant,  aucune  mise  en  évidence  de  transport  tidal  sélectif  n'a  pu  être 
réalisée. Toutefois, les récentes données concernant cette espèce, notamment issues de la modélisation des 
distributions futures, font une cible d'étude privilégiée. La recherche d’un éventuel transport tidal sélectif 
chez les très jeunes individus de mulets était donc notre objectif principal. 
 
De  plus,  lors  des  précédentes  études  en  structure  expérimentale,  des  problèmes  de  synchronisation 
pouvaient  parfois  survenir.  Nous  avons  donc  choisi  d'étudier  la  baisse  de  la  salinité  en  tant  que 
synchronisateur potentiel du transport tidal sélectif. 
 
En nous servant des structures d'étude du comportement larvaire (SCOLA) du Cemagref, nous avons mis en 
place un protocole d'étude afin de mettre en évidence un transport tidal sélectif chez le mulet‐porc. Ces 3 
structures  annulaires  de  4500  l  et  12  m  de  circonférence  peuvent  mimer  les  principales  conditions 
environnementales  du  milieu :  température,  salinité,  luminosité,  vélocité  et  périodicité  de  l’inversion  de 
courant. 
 
120  jeunes  individus  de  mulets  (juvéniles  de  10  à  30  mm)  ont  été  prélevés  en  entrée  d’estuaire  puis 
transférés  immédiatement  dans  les  structures  d'études.  Durant  3  semaines,  les  comportements  des 
poissons sont filmés en permanence grâce à des caméras infrarouges. Les vidéos sont ensuite analysées à 
raison de 1 min toutes les 15 min. La mise en évidence des rythmes repose sur un autocoréllogramme et 
une analyse spectrale des maximums d’entropie après conditionnement adapté des séries chronologiques.  
 
L'analyse des séquences vidéo de cette expérience a permis de mettre en évidence la présence très forte 
d’un cycle nycthéméral, qui révèle le caractère diurne des jeunes juvéniles de mulets. Un cycle tidal dans le 
comportement  migratoire  des  mulets‐porc  a  aussi  pu  être  trouvé  lors  de  notre  étude,  ce  qui  prouve 
l’existence d’un transport tidal sélectif chez les très jeunes individus de mulets. Enfin, une réponse positive à 
la dessalure sur la synchronisation des juvéniles chez cette espèce a aussi pu être mise en évidence. Au final, 
nous pouvons proposer un patron de migration de colonisation des jeunes individus de mulets‐porc en zone 
estuarienne.  Cette  migration  est  basée  sur  transport  tidal  sélectif  de  type  flow‐tide  (avec  le  flot)  très 
important  dès  l’entrée  de  l’estuaire  et  synchronisé  notamment  sur  la  baisse  de  la  salinité  durant  les 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

courants de jusant. Ce type de transport est ensuite abandonné progressivement au profit d’un transport 
tidal sélectif de type ebb‐tide (contre le jusant) au fur et à mesure de la remontée dans l’estuaire. 
 
Le  transport  tidal  sélectif  apparait  donc  comme  un  outil  important  dans  les  tactiques  de  colonisation 
développées par les thalassotoques lors de la colonisation des bassins‐versants. Ce type de transport, étudié 
uniquement pour l’instant chez les larves de thalassotoques existent donc aussi à des stades plus avancés. Il 
apparait alors possible que ce type de transport soit utilisé lors de toute la vie de l’animal, afin de gérer au 
mieux ses dépenses énergétiques. 
 
En se servant de l'espèce de thalassotoques très étudiée qu'est l'anguille européenne en tant que référent, 
nous  tacherons  ensuite  d'étudier  et  de  comparer  le  comportement  migratoires  des  3  espèces  de 
thalassotoques  présentes  sous  nos  latitudes.  En  effet,  ces  espèces,  à  la  morphologie  et  à  l'écologie  très 
différentes, présentent un avantage évolutif commun. Il est donc intéressant de voir les points communs et 
les  divergences  dans  les  tactiques  mises  en  œuvre  par  les  différentes  espèces  de  thalassotoques  pour 
coloniser les bassins versants. 
 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Suivi par télémétrie acoustique sur l’estuaire amont de la Seine, objectifs, moyens mis en œuvre 
et difficultés 
 
Julien Coustillas , Sylvain Duhamel , Céline Le Pichon3 & Eric Rochard1 
1 2

 
1
 Cemagref UPR écosystèmes estuariens et poissons migrateurs amphihalins, Cestas 

Cellule de Suivi du Littoral Normand, Le Havre 
3
 Cemagref UPR Hydrosystèmes et bioprocédés, Antony 

(Contact julien.coustillas@cemagref.fr) 
 
 
Cet action vise à caractériser les mouvements et les habitats utilisés par les trois espèces européennes de 
poissons  migrateurs  thalassotoques,  l’anguille  européenne (Anguilla  anguilla),  le  flet  commun (Platichthys 
flesus) et le mulet porc (Liza ramada) durant la période estivale de leur phase de croissance dans la partie 
douce  des  estuaires.  Le  but  est  d’identifier  leurs  besoins  en  terme  d’habitat  (forme,  dimension, 
connectivité,  ressources)  avec  comme  hypothèse  que  ces  trois  espèces  migratrices  ont  une  utilisation 
différente des habitats de la zone considérée. 
 
La  comparaison  est  à  deux  niveaux :  d’abord  entre  les  trois   espèces  migratrices  thalassotoques 
européennes  et  dans  un  deuxième  temps  nous  comparerons  différents  environnements.  Une  expérience, 
vient de se terminer en Seine sur un secteur d’eau douce soumis à marée dynamique située entre Rouen et 
le barrage de Poses (distance hydrographique de 45 km) et centré sur Oissel. Ce secteur anthropisé au lourd 
passé industriel qui est soumis à un intense trafic fluvial présente toutefois une certaine diversité d’habitats 
avec des îles et différentes annexes hydrauliques. 
La  méthode  retenue  consiste  à  implanter  chirurgicalement  des  émetteurs  acoustiques  dans  les  poissons 
puis  à  détecter  les  signaux  émis  (ultrasons)  soit  de  façon  active  en  se  déplaçant  en  bateau,  soit  de  façon 
passive grâce à ces hydrophones fixes. 
L’expérience  de  2008  a  montré  plusieurs  limites  des  approches  actives  (effarouchement  des  poissons, 
localisation  ponctuelles,  contraintes  liées  aux  zones  fréquentées  par  ces  espèces).  Au  contraire  les 
hydrophones  procurent  des  chroniques  continues  autour  d’un  point  précis  mais  il  est  nécessaire  de  les 
multiplier  pour  couvrir  une  portion  suffisante  du  site  et  leur  déploiement  sur  certains  secteurs  s’avère 
compliqué. 
Sur la Seine nous avons progressivement déployé un réseau d’hydrophones (une cinquantaine d’appareils 
Vemco  R2W)  permettant  un  enregistrement  en  continu  des  individus  munis  d’émetteurs  lorsqu’ils  sont 
présents dans les zones d’écoute. Ils ont été positionnés sous forme de portiques permettant de contrôler 
les mouvements longitudinaux et densifiés sur les zones les plus fréquentées par nos spécimens marqués 
pour suivre les déplacements à plus petite échelle. 
Les poissons ont été capturés et marqués en deux campagnes de pêche à l’aide de filets pour les mulets et 
les anguilles et en pêche électrique pour les flets. L’implantation des émetteurs acoustiques a été réalisée 
sous anesthésie générale selon des protocoles mis au point et testés préalablement. Nous avons équipé des 
mulets de plus de 400 mm, des flets de plus de 166 mm et des anguilles de plus de 350 mm. 
Les suivis sur l’ensemble du site ont eu lieu deux fois par semaine du début juin à la fin août. 
Les observations préliminaires montrent que les trois espèces de migrateurs ont une réaction au marquage, 
des rythmes de vie, ainsi que des préférences en termes d’habitat, très différents. 
 
Concernant l’anguille, un phénomène de homing post marquage a pu être mis en évidence sur une partie 
des  lots  marqués.  Par  ailleurs,  le  rythme  nycthéméral  de  cette  espèce  lucifuge  a  pu  être  défini  avec  une 
grande précision. Le croisement des données enregistrées sur les stations de réception nous a aussi permis 
d’avoir  des  éléments  sur  la  dimension  de  leur  domaine  vital  quotidien  (notion  directement  liée  à  la 
disponibilité de leur ressource). 
A  l’instar  de  la  Gironde,  les  flets  ont  montré  des  déplacements  très  limitées  sur  des  zones  relativement 
homogènes. 
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Contrairement aux deux autres espèces les mulets ont dévalé et quitté la zone après le marquage avant d’y 
revenir  plus  tard.  Pour  s’alimenter  ils  se  déplacent  sur  de  grandes  distances  et  utilisent  notamment  les 
vasières des zones intertidales, abondantes sur le site d’étude. 
La zone étudiée jouerait le rôle de garde mangé, sachant que quelques individus ont fait des allers retour 
entre les parties plus aval de l’estuaire soumises à salinité et notre site d’étude. 
Les nombreuses sorties de terrain ont été l’occasion de présenter les poissons de la Seine et d’expliquer les 
recherches en cours auprès du grand public et des acteurs locaux.  
 
Cette étude complète une approche expérimentale ciblant les très jeunes stades au moment de leur entrée 
dans  l’estuaire  (cf.  présentation  de  T.  Trancart)  et  une  approche  à  plus  large  échelle  basée  sur  l’analyse 
microchimique des otolithes et visant à caractériser les mouvements à l’échelle du cycle de vie. Ces divers 
volets  visent  à  élucider  l’utilisation  différentielle  des  habitats  estuariens  pour  ces  espèces  sentinelles 
révélatrices de l’évolution de la qualité des milieux ainsi que de la pertinence des projets de reconquête et 
de réhabilitation des milieux estuariens. 
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Quelle est l'évolution spatio‐temporelle des peuplements benthiques en réponse à l'évolution 
morphosédimentaire ? Pertinence des données benthiques et sédimentologiques historiques de 
l'estuaire et de la baie de Seine. 
 
 
Sandric LESOURD , Sandrine ALIZIER , Chloé DANCIE2, Jean‐Claude DAUVIN1, Nicolas DESROY3, 
1 1

Sylvain DUHAMEL2, Jérôme JOURDE2, Patrick LESUEUR4, Yann MEHAR5, Anne MURAT5, Emmanuel 
POIZOT5, Thierry RUELLET1, Serge SIMON2 
1
UMR 8187 LOG USTL/ULCO Wimereux, 2Cellule de Suivi du Littoral Normand Le Havre, 3IFREMER LER 
Dinard, 4UMR 6143 M2C Caen, 5GEREM CNAM/INTECHMER Cherbourg 

 
De nombreuses données physiques sédimentologiques et biologiques relatives à l'estuaire de la Seine et la 
partie orientale de la baie de Seine ont été accumulées ces 30 dernières années, entre autres au cours des 
différents  programmes  scientifiques  dont  Seine  Aval.  Ces  données  ont  pu  être  mises  en  relation  au  cours 
d'études  pluridisciplinaires,  spécialement  sur  des  suivis  à  court  terme  (de  l'ordre  du  mois)  en  domaine 
subtidal  et  intertidal.  Le  projet  COLMATAGE  se  propose  de  faire  une  synthèse  des  données  benthiques, 
halieutiques et sédimentaires et de les rendre cohérentes afin de faire une analyse conjointe sur une échelle 
pluriannuelle,  ceci  sur  l'ensemble  du  domaine  Estuaire  –  baie  de  Seine.  Au  cours  d'une  telle  démarche,  il 
apparaît  de  nombreux  problèmes  caractéristiques  de  l'absence  de  réelle  stratégie  d'échantillonnage 
combinant  les  différentes  disciplines.  Si  les  problèmes  surviennent  au  sein  d'une  même  spécialité 
scientifique, ils sont surtout liés aux différences d'échelles entre les disciplines, échelles spatiales mais aussi 
temporelles,  ce  qui  implique  des  volumes  très  variables  de  données  disponibles  et  par  la  même  des 
difficultés à les rendre cohérentes entre elles. Il est proposé une première approche combinant des données 
sédimentologiques et benthiques acquises entre 1978/80 et 1993/96. Le net envasement observé entre ces 
périodes est corrélé avec une évolution des espèces benthiques, en termes d'abondance et de répartition 
spatiale.  L'évolution  est  particulièrement  significative  lorsque  l’on  considère  la  répartition  de  quelques 
espèces des sédiments fins sablo‐vaseux comme les bivalves Macoma balthica ou Abra alba et la teneur en 
sédiments fins. Puis dans un second temps, il est montré l’établissement de deux espèces nouvelles pour la 
zone : la polychète Melinna palmata et le couteau Ensis directus, dont la première s’inscrit également dans 
le processus d’envasement de la zone subtidale de cette partie orientale de la baie. L'évolution cohérente 
entre les paramètres atteste de l'intérêt de la méthode. Il apparaît important d'adopter pour le futur une 
stratégie d'étude associant dans un premier temps un échantillonnage conjoint dans le temps et l'espace et 
des  méthodologies  d'étude  non  disparates.  Cette  stratégie  permet  de  mettre  en  évidence  et  d'expliquer 
certaines  grandes  évolutions  faunistiques  dans  l'estuaire  et  la  baie,  évolutions  résultant  d'évolutions 
morphosédimentaires, elles‐mêmes liées à des paramètres tels que le climat et son évolution. 
 
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Comparaison des protocoles d’échantillonnage des peuplements ichtyologiques 
 
 
Brind’Amour A. , Duhamel S.2, Morin J.3, De Roton G2 
1

1 Département EMH, Ifremer Nantes 
2 Cellule de Suivi du Littoral Normand, Le Havre 
3 Laboratoire Ressources Halieutiques, Ifremer Port‐en‐Bessin 

L’Ifremer  et  la  Cellule  de  Suivi  du  Littoral  Normand  (CLSN)  effectuent  depuis  un  certain  nombre  d’années 
des suivis halieutiques en estuaire de Seine répondant à des objectifs différents tels que suivis Port 2000, 
DCE,  etc.  Ils  ont  été  réalisés  avec  des  engins  similaires  mais  pas  obligatoirement  identiques,  selon  une 
périodicité différente, sur des secteurs plus ou moins étendus vers le large. Afin de pouvoir tirer le meilleur 
parti des données acquises, un inventaire des données disponibles et des protocoles d’échantillonnages mis 
en œuvre a été réalisé, suivi d’analyses et d’une réflexion sur les possibilités et limites d’utilisation conjointe 
de ces données. 
Ont  été  identifiés  des  secteurs  et  des  périodes  d’échantillonnage  communs  pour  lesquels  la  comparaison 
des différents engins de pêche a été réalisée. Les secteurs, au nombre de trois, sont l’embouchure (EM), la 
fosse nord (FN) et la fosse sud (FS) échantillonnés à l’automne en 2000, 2001 et 2002 avec trois engins de 
pêche différents (chaluts à perche de taille et de maillage différents) et un effort d’échantillonnage différent 
par secteur et par engin. 
Aucune  différence  entre  les  engins  de  pêche  n’a  été  mise  en  évidence  lors  des  comparaisons  de  nombre 
total d’espèces et d’indices de diversité. Les résultats des analyses de variance indiquent que l’ensemble des 
interactions  (engin*secteur*année,  engin*secteur,  secteurs)  et/ou  l’effet  simple  (engin)  n’est  pas 
significatif.  L’analyse  plus  détaillée  des  données,  tenant  compte  de  l’identité  des  espèces  capturées  par 
engin de pêche, indique toutefois certaines différences significatives entre les engins de pêche. 
L’influence de l’engin de pêche sur les captures de poissons a été vérifiée à l’aide d’un modèle MANOVA à 
effets  fixes  composé  d’une  interaction  triple  (Engin*Secteur*Année),  de  deux  interactions  doubles 
(Engin*Secteur  et  Engin*Année)  et  d’un  effet  simple  (Engin).  Compte  tenu  de  l’influence  potentielle  de  la 
capturabilité des différents chaluts sur l’abondance des captures, les analyses ont été conduites en utilisant 
quatre  niveaux  de  précision  (présence‐absence,  classe  d’abondance,  densités  relatives  et  densités 
absolues).  Ces  niveaux  peuvent  suggérer  la  précision  à  laquelle  le  couplage  des  données  issues  de 
protocoles différents pourrait être réalisé tout en conservant le maximum d’information. Dans un premier 
temps, les résultats n’indiquent aucun effet significatif de l’interaction Engin*Année, suggérant ainsi que la 
capturabilité  des  espèces,  pour  chaque  engin  de  pêche,  est  la  même  sur  l’ensemble  des  années  testées, 
tous secteurs confondus.  
L’analyse des captures utilisant les densités relatives et les densités absolues montre une interaction triple 
engin*secteur*année significative, suggérant que les différents chaluts ne capturent pas les mêmes densités 
d’espèces  sur  les  différents  secteurs  chaque  année.  L’effet  de  cette  interaction  triple  n’est  pas  significatif 
lorsque les données sont  traitées en présence‐absence ou en classes d’abondance,  ce qui suggère que ce 
sont les espèces abondantes qui contribuent majoritairement à cette différence interannuelle des captures 
par engin, par secteur. L’effet de l’interaction double Engin*Secteur est significatif pour les tests effectués 
sur  l’ensemble  des  données,  quel  que  soit  le  niveau  de  précision  utilisé.  Les  captures  sont  donc 
significativement corrélées au secteur et donc à la variabilité spatiale des densités en estuaire de Seine, du 
moins pour certaines espèces. Il semble que la différence entre les engins soit plus importante en fosse nord 
que dans les autres secteurs. 
La  deuxième  partie  de  cette  étude  porte  sur  l’identification  des  espèces  pour  lesquelles  l’effet 
Engin*Secteur est important. Une analyse en coordonnées principales (AcoP) a été réalisée sur les données 
de présence‐absence sur la matrice de distance de Jaccard. Cette analyse indique que l’effet engin tel que 
défini par l’interaction Engin*Secteur est principalement associé au premier axe et que ce dernier sépare les 
données de l’Ifremer de celles de la CLSN. Il est à noter toutefois que le premier axe, bien que significatif (F 
=  0.152,  n.perm  =  499,  df  =  1,  p  =  0.005)  n’explique  que  2.5%  de  la  variabilité.  Une  analyse  à  l’aide  de  la 
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méthode  IndVal  {Dufrêne,  1997  #740}  a  permis  d’identifier  les  espèces  indicatrices  des  6  groupes,  en 
d’autres termes, les espèces significativement associées à l’un des groupes et donc en partie responsables 
de  l’interaction  Engin*Secteur.  Ces  espèces  sont  au  nombre  de  quatre :  Sprattus  sprattus,  Osmerus 
eperlanus, Aphia minuta, et Dicentrarchus labrax.  
La comparaison des distributions en taille montre l’effet de la taille des mailles sur la capture des individus. 
Les  différences  sont  notamment  marquées  pour  les  poissons  plats  (Platichthys  flesus,  Solea  solea, 
Pleuronectes platessa). La comparaison de taille du premier mode (groupe 0) mérite une étude approfondie. 
D’un  point  de  vue  purement  descriptif,  il  semblerait  que  ce  descripteur  puisse  être  utilisé  conjointement 
dans les deux jeux de données (CSLN et Ifremer). 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

 
La répartition des ressources alimentaires entre les juvéniles de poissons plats 
(Pleuronectiformes) de l’estuaire de Seine : Etude par analyse des contenus stomacaux 
 
 
Armonie Tous Rius1, Anik Brind’Amour2, Jean‐Claude Dauvin1 
Eric Durieux2 et Jocelyne Morin3 
 
 
1
Université de Lille1, Station Marine de Wimereux, UMR LOG, 28 avenue Foch, BP 80 
F‐62930 Wimereux 
2
Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer, Département Ecologie et Modèles pour 
l'Halieutique, Rue de l'île d'Yeu, B.P. 21105, 44311 Nantes Cedex 03 
3 Laboratoire Ressources Halieutiques, Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer, Avenue 
du Général de Gaulle, 14520 Port‐en‐Bessin 
 
armonie.tousrius@univ‐lille1.fr 
 
 
 
 
Le  régime  alimentaire  de  trois  espèces  de  poissons  plats,  Solea  solea,  Buglossidium  luteum  (Soleidae)  et 
Pleuronectes platessa (Pleuronectidae), a été étudié afin d’observer le partage des ressources alimentaires 
entre leurs juvéniles dans les aires de nourriceries de la baie et de l’estuaire de Seine. Ces trois espèces ont 
une  distribution  spatiale  différente  (essentiellement  influencée  par  la  bathymétrie).  Elles  présentent  le 
même  régime  alimentaire  (annélides  polychètes,  mollusques  et  crustacés),  mais  leurs  préférences 
alimentaires  sont  différentes.  La  sole  commune,  S.  solea,  consomme  principalement  des  polychètes.  La 
petite  sole  jaune,  B.  luteum,  présente  une  alimentation  diversifiée  (polychètes,  mollusques  et  crustacés), 
tandis que 
la  plie,  P.  platessa,  se  nourrit  essentiellement  de  mollusques  et  de  polychètes.  Cette  étude  a  également 
montré  une  variabilité  spatiale  du  régime  alimentaire  de  ces  espèces  de  poissons  plats.  Elles  ont  une 
alimentation de type opportuniste, adaptant leur alimentation en fonction de la disponibilité des proies qui 
varie  selon  la  zone  étudiée.  De  plus,  leurs  rythmes  alimentaires  sont  différents  :  les  deux  soléidés  sont 
particulièrement  actives  durant  la  nuit  et  le  pleuronectidé  durant  le  jour.  Les  différences  de  distributions 
spatiales,  de  préférences  et  de  rythmes  alimentaires  semblent  limiter  les  éventuelles  interactions  qui 
peuvent exister entre ces espèces. 
Mots‐clés  :  nourricerie,  estuaire  de  Seine,  relations  trophiques,  régime  alimentaire,  compétition,  Solea 
solea, Buglossidium luteum, Pleuronectes platessa. 
 
 
 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Nouvelles mesures de turbidité dans l’embouchure de la Seine, en vue de réactualiser la 
validation du modèle hydrosédimentaire 
 
 
Pierre Le Hir, Philippe Bassoullet, Hervé Jestin, Michel Répécaud 
 
Centre IFREMER de Brest, BP 70 29280 Plouzané 
 
Le modèle hydrosédimentaire Seine‐Aval de l’estuaire de la Seine (code SiAM3D) a été adapté en 2007 pour 
simuler la configuration de l’estuaire postérieure à la construction de Port‐2000, et validé en 2008 pour les 
aspects  hydrodynamiques.  L’analyse  des  résultats  du  modèle  en  termes  sédimentaires,  et  leur  validation, 
nécessitait  l’acquisition  de  nouvelles  données  de  turbidité,  dans  la  situation  actuelle  de  l’estuaire,  en 
particulier avec la nouvelle configuration du chenal Nord.  
 
La stratégie de mesures a été la suivante : acquisition de séries continues de turbidité en plusieurs points de 
l’embouchure, pendant une durée de 3 mois pour balayer différentes conditions de marée, de vent et de 
vagues,  et  si  possible  de  débit  fluvial.  La  représentativité  de  ces  enregistrements  ponctuels  devait  être 
vérifiée à l’aide de campagnes courtes sur petite embarcation, au cours desquelles des profils verticaux de 
turbidité étaient mesurés dans le voisinage des sondes enregistreuses. Des prélèvements d’eau à des fins de 
calibration complétaient le dispositif. 
 
Les mesures en continu se sont déroulées entre le 17 septembre 2008 et le 12 février 2009. Le débit de la 
Seine était de l’ordre de 400 m3.s‐1, avec des épisodes de débit plus élevé à 800 m3.s‐1. 4 stations ont été 
équipées :   
- une station sur l’appontement de Fatouville, située 6 km en amont de Honfleur, à une cote fixe par 
rapport au fond, ne découvrant pratiquement pas, qui a fonctionné 70 j 
- une station à proximité du système Marel‐Honfleur, à une cote fixe par rapport au fond découvrant 
à basse mer de vive eau, qui a fonctionné 5 mois 
- une station dans la fosse Nord, en aval du nouvel épi du banc de la Passe, à 20 cm du fond,qui a 
fonctionné 2 mois, 
- la  bouée  Marel  « La  Carosse »  a  été  rééquipée  d’une  sonde  multiparamètres  transmettant  ses 
données en temps réel. 
 
En  chaque  station,  la  turbidité,  la  conductivité,  la  température  et  la  pression  (signal  de  marée)  étaient 
enregistrées. Les mesures de Fatouville et de la fosse Nord sont tronquées en raison de dysfonctionnements 
des sondes, pris en charges ultérieurement par les constructeurs, mais 2 mois d’acquisition simultanée ont 
pu  être  assurés.  2  campagnes  de  prélèvements  et  acquisition  de  profils  ont  été  faites,  avec  un  taux  de 
réussite d’environ 50% en raison de dysfonctionnements des sondes utilisées. 
 
Les résultats révèlent des concentrations de MES très élevées, de plusieurs g/l à Honfleur, et la continuité 
du signal autour de la basse mer de vive eau a pu être respectée, à la différence des mesures antérieures de 
Marel‐Honfleur. La complémentarité entre mesures ponctuelles en continu et séries de profils de la colonne 
d’eau dans le voisinage pendant 13h s’avère indispensable pour caractériser les turbidités dans le secteur.  
Les concentrations dans le chenal Nord sont nettement plus faibles que dans le chenal de navigation, sauf 
localement au‐dessus des banquettes de vase latérales. 
 
Une nouvelle calibration du modèle est en cours en  vue d’obtenir des simulations validées des structures 
turbides. 
 
Les équipes du GPM de Rouen, du CSLHN et du M2C sont remerciées pour leur concours au bon déroulement 
des opérations en mer.  
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

 
Verney : OK mais trop long 
 
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Le remplissage sédimentaire de la darse des Docks : données géochimiques et tendances 
évolutives 
(projet RHAPSODIS) 
 
D. Boust b, C. Thouroudea, C. Brunauda, M. Rozetb, L. Solierb, 
O. Connanb, A. Vrel a,b, J. Deloffre a, P. Lesueur a 
 

Laboratoire M2C, UMR CNRS 6143, Universités de Caen et de Rouen 

Laboratoire de Radioécologie de Cherbourg‐Octeville, IRSN 
 
 
Au  cours  de  la  campagne  de  carottages  de  2008  dans  le  bassin  des  Docks,  9  carottes  ont  été 
réalisées en deux sites voisins. Certaines d'entre elles ont été ouvertes immédiatement après prélèvement 
et  sous‐échantillonnées  en  tranches  de  5 cm  d'épaisseur.  Les  échantillons  ainsi  générés  (222)  ont  été 
conservés dans des conditions permettant leur utilisation ultérieure pour les analyses microbiologiques et 
pour les analyses de contaminants organiques. Une partie des tranches a été homogénéisée, séchée pour 
les analyses d'éléments stables et de radionucléides. A ce jour, un premier lot de 55 niveaux a été choisi : 55 
éléments  majeurs,  mineurs  ou  en  traces,  et  14  radionucléides  émetteurs  gamma  ont  été  analysés.  Ces 
premiers résultats permettent déjà de brosser à grands traits les caractéristiques du remplissage du bassin 
des Docks : nature et dynamique du remplissage, niveau et évolution de la contamination métallique. 
  Les  caractéristiques  granulométriques  et  les  concentrations  en  éléments  majeurs  révèlent  une 
remarquable  homogénéité  du  matériel  de  remplissage  sur  une  profondeur  atteignant  4,85 m.  La  partie 
supérieure du remplissage montre cependant une plus grande dispersion des teneurs en Al ou K, peut‐être 
à mettre en relation avec des émersions de plus en plus fréquentes. 
  Les concentrations en contaminants métalliques sont très fortes en profondeur et décroissent vers 
la surface : cette tendance a déjà été mise en évidence sur des carottes prélevées à l'amont de Poses. Les 
facteurs d'enrichissement maximaux par rapport à la croûte terrestre sont élevés pour certains éléments : 
entre 10 et 20 pour Cr, Cu, U ; entre 20 et 50 pour Pb, Sn, Y, Zn. Trois éléments retiennent particulièrement 
l'attention avec des facteurs d'enrichissement atteignent de l'ordre 300 pour Bi et Cd et sont supérieurs à 
400 pour Ag. La contribution des rejets de phosphogypses est forte pour certains éléments : Cd, Cr, Ni, Zn et 
U, notamment. 
  Le  pic  de  137Cs  lié  aux  retombées  de  l'accident  de  Tchernobyl  est  parfaitement  enregistré  à  une 
profondeur  de  1,6 m  et  permet  de  dater  ce  niveau  à  1986,5.  Le pic  de  137Cs  dû  aux  retombées  des  essais 
atmosphériques d'armes nucléaires de 1963 n'a pas été atteint : une augmentation des concentrations en 
137
Cs en profondeur témoigne de sa présence à une profondeur supérieure à 5 m. 
  Les  rejets  de  phosphogypses  ont  fortement  enrichis  les  sédiments  en  U  et  ses  descendants :  les 
teneurs maximales sont atteintes vers 3,5 m. Les radionucléides en tête de série (238U, 234Th et 234mPa) sont à 
l'équilibre (environ 270 Bq.kg‐1) ; la chaîne est fortement enrichie à partir du 226Ra (1380 Bq.kg‐1) et jusqu'au 
210
Pb (1080 Bq.kg‐1). La chaîne du  232Th est également affectée par les rejets de phosphogypses, mais dans 
une moindre mesure. 
  La suite des travaux va consister à relier ces enregistrements sédimentaires  à l'évolution  générale 
des apports au basin versant de la Seine et aux activités qui ont impacté la zone amont de l'estuaire de la 
Seine. 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Le remplissage sédimentaire de la Darse des Docks (estuaire fluvial de la Seine) : identification 
des forçages et variations temporelles 
 
 
A. Vrel a,b, J. Deloffre a, P. Lesueur a, N. Massei a, D. Boust b, D. Sebag a 
 

Laboratoire M2C, UMR CNRS 6143, Universités de Caen et de Rouen 

Laboratoire de Radioécologie de Cherbourg‐Octeville, IRSN 
 
 

Les carottes prélevées dans le cadre du projet RHAPSODIS présentent un double intérêt d’un point 
de  vue  sédimentaire.  D’une  part,  la  dynamique  sédimentaire  à  l’échelle  séculaire  a  été  peu  étudiée,  et 
d’autre part, peu d’études se sont focalisées sur les parties fluviales des zones estuariennes.    
L’étude  diachronique  (1931‐2008)  des  cartes  bathymétriques  de  la  Darse  des  Docks  a  permis  (i) 
d’établir un taux de sédimentation moyen de l’ordre de 12cm.an‐1 et (ii) de distinguer deux grands régimes 
de la darse des docks : une situation subtidale de 1931 à 1992 et une situation intertidale en période étiage 
à partir de 1992.  
Les analyses sédimentaires standards n’ont pas permis ici de déceler des évolutions à « long terme » 
(i.e.  à  l’échelle  de  la  carotte)  dans  la  sédimentation.  En  revanche,  des  différences  significatives  « à  court 
terme » sont observées à l’échelle des lamines. Ces laminations (millimétriques à centimétriques) observées 
ont fait l’objet d’une analyse par radiographie SCOPIX®, qui permet d’extraire les niveaux de gris en fonction 
de  la  densité  et  de  la  granulométrie  des  sédiments.  Sur  ce  signal  de  gris  a  été  appliquée  une  analyse  en 
ondelettes. Les techniques d’analyse du signal ont permises d’identifier et de quantifier le rôle de chacun 
des forçages de la sédimentation : le cycle hydrologique de la Seine (21%), les forçages climatiques (17%) et 
les  cycles  de  marée  (1%).  Ces  cyclicités  sont  « localement »  perturbées  en  raison  des  ruptures  d’origine 
climatiques  (années  1970)  et  les  ruptures  liées  aux  modifications  morphologiques  (à  partir  de  1992)  Ces 
deux ruptures, correspondant à une diminution des taux de sédimentation ont respectivement pour origine 
(i) une diminution des apports et (ii) une diminution d’épaisseur de la tranche d’eau, favorisant l’érosion du 
matériel déposé. 
Cette  approche  originale  permet  de  montrer  que  dans  ce  secteur  abrité  d’une  zone  fluviale 
d’estuaire  macrotidal,  la  sédimentation  est  contrôlée  principalement  par  la  dynamique  fluviale  (cycle 
hydrologique  et  fluctuations  interannuelles  d'origine  climatique  du  débit  de  la  Seine),  la  marée  ne  jouant 
qu’un rôle secondaire pour l’érosion et la redistribution du sédiment déposé en période de crue. 
 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Réponse des communautés microbiennes au stress métallique dans les sédiments estuariens 
 
 
Assia Benaicha  , Besaury Ludovic , Boust Dominique(2), Deloffre Julien(1), Patrick Lesueur(1), 
(1) (1)

Thierry Berthe(1) et Fabienne Petit(1) 
 
(1) UMR M2C, Universités Rouen‐Caen 
(2) IRSN Cherbourg 
 
 
Mots clés : sédiment estuarien / gènes merA, cadA et czcA / métaux traces / E. coli 
 
 
 
Ce  travail  correspond  au  volet  microbiologique  du  projet  RHAPSODIS  qui  a  pour  objectif  d’étudier  le 
patrimoine génétique des communautés microbiennes présentes dans un enregistrement sédimentaire de 
plus  de  40  ans  témoignant  de  la  contamination  chimique  et  microbiologique  de  l’estuaire.  La  première 
partie de ce travail s’est focalisée sur l’étude de la relation entre la présence de gènes de résistances aux 
métaux  lourds  (cadmium  et  mercure)  dans  le  patrimoine  génétique  des  communautés  microbiennes  et  le 
niveau  de  contamination  chimique  des  sédiments.  Dans  une  seconde  partie,  la  recherche  de  gènes 
spécifiques de bactéries d’origine fécale a été effectuée dans les sédiments de ces carottes en relation avec 
l’historique de la contamination microbiologique. L’enregistrement sédimentaire correspond à une carotte 
de  vase  molle  (120  cm)  et  de  vase  consolidée  (450  cm)  qui  ont  été  prélevées  dans  une  darse  du  port  de 
Rouen (darse des docks, Petit Couronne, 76). 
 
En  l’absence  de  dosage  permettant  d’évaluer  la  concentration  en  métaux  lourds  dans  les  sédiments,  29 
échantillons  ont  été  choisis  et  analysés  a)  dans  le  haut  de  la  carotte  de  vase  molle  (6  échantillons)  car 
Ramond  et  al  (2008)  ont  montré  un  apport  de  bactéries  résistantes  au  mercure  associées  au  dépôt  de 
sédiments récents, b) dans le tronçon C où la présence de phosphogypses suggère une contamination par 
des  métaux  lourds  (12  échantillons)  mais  également  c)  dans  les  tronçons  A  (9  échantillons)  et  B  (2 
échantillons) afin de couvrir l’ensemble de la carotte. 
 
Le gène cadA qui confère la résistance bactérienne au cadmium n'a été amplifié (PCR) sur aucun des niveaux 
entre  0  et  105  cm  pour  la  carotte  de  vase  molle  (6  échantillons)  et  5  et  442  cm  pour  la  carotte  de  vase 
consolidée (23 échantillons). L’absence du gène cadA peut s’expliquer par le fait que le jeu d’amorces utilisé 
ne cible que le gène de 4 genres bactériens. 
 
Le gène czcA, correspondant à un système de résistance au cadmium présent chez un plus grand nombre 
d’espèces bactériennes, a été  détecté  au niveau de la contamination en  cadmium sur deux niveaux entre 
250‐255 cm et 325‐330 cm.  
 
Le gène merA, qui est responsable de la résistance bactérienne au mercure, a été détecté uniquement à la 
surface chez les b/g Protéobactéries ; alors que le gène merA des Actinobactéries est détecté le long de la 
carotte  (13  échantillons  positifs  sur  29  testés).  Ces  résultats  démontrent  une  réponse  des  communautés 
bactériennes autochtones en réponse à la contamination chimique en mercure et en cadmium du milieu. 
 
La détection moléculaire de gènes spécifiques de bactéries fécales (E. coli, Salmonella) dans les sédiments 
montre la persistance de l’ADN d’E. coli jusqu’à une profondeur de 4,5 m soit près de 40 ans. 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

La prospective économico‐environnementale comme instrument d’aide au service de la GIZC 
 
 
Doctorant: Mateo Cordier ;   Directeur: Martin O’Connor ;   Codirecteur: Walter Hecq;   Responsable 
scientifique: Jean‐Paul Vanderlinden; 
Responsable scientifique: José A. Pérez Agúndez. Contact : mcordier@ulb.ac.be 
 
 
1. OBJECTIFS 
 
L’objectif  de  la  thèse  consiste  à  construire  un  cadre  méthodologique  d'analyse  économique  au 
service des processus de gestion intégrée des zones côtières en s'appuyant sur la prospective économico‐
environnementale. L’estuaire de la Seine sert d’étude de cas.  
Ce  travail  débouchera  sur  la  production  d’un  modèle  Input‐output  multi‐régional  vert  de  type 
« commodity by industry » ciblé sur la pollution aux métaux lourds. 
Des  scénarios  de  gestion  intégrée  seront  ensuite  simulés  et  évalués  en  termes  d’objectifs 
environnementaux, de coûts de mise en œuvre, de bénéfices associés, et de répartition‐redistribution des 
bénéfices et coûts entre acteurs.   
 
2. LE CONCEPT DE SERVICE ECOSYSTEMIQUE 
 
Notre approche s’inscrit dans la gestion intégrée qui consiste en une stratégie susceptible de lancer 
la  société  sur  un  chemin  durable.  Elle  repose  notamment  sur  les  moyens  suivants :  i)  la  gestion  des 
incertitudes  causées  par  la  trop  grande  complexité  des  systèmes  naturels  et  humains,  ii)  des  propriétés 
holistiques  des  outils  d’analyses  (i.e.  couvrir  une  variété  de  catégories  de  services  écosystémiques 
suffisamment  large),  iii)  la  participation  des  acteurs  locaux.  En  conséquence,  nous  avons  choisi  une 
définition  du  service  écosystémique  suffisamment  large  pour  s’adapter  à  notre  outil  et  au  contexte  de  la 
gestion intégrée. Notre définissions amène à considérer comme service écosystémique tout flux de matière 
ou  d’énergie  à  l’interface  de  l’environnement  et  de  l’économie  dans  les  deux  directions.  Ces  flux  se 
produisant  dans  le  cadre  de  processus  et  aboutissant  à  un  résultat  final,  pouvant  être  tant  positif  que 
négatif et dépendant ou indépendant de toute action anthropique.  
 
3. SEGMENTATION  DES SERVICES ECOSYSTEMIQUES EN 4 COMPOSANTES 
 
Notre définition nous amène à segmenter les services écosystémiques en 4 composantes (exemple 
à  la  figure  1).  Une  telle  segmentation  offre  l’avantage  de  pouvoir  étudier  différents  aspects  d’une  même 
problématique  environnementale.  Par  exemple  du  point  de  vue  d’un  biologiste,  la  problématique  des 
métaux  lourds  pourrait  concerner  la  réduction  de  la  taille  des  populations  de  poissons  alors  qu’un 
économiste étudierait plus volontiers les activités récréatives affectées par cette pollution. Du point de vue 
des industries, le problème des métaux lourds se situerait plutôt du côté de la qualité des eaux pompées et 
du coût qu’elles doivent assumer pour les épurer avant de les faire entrer dans leurs procédés industriels.  
Cette segmentation permet donc d’étudier une seule et même problématique du point de vue de 
différents  processus  en  jeux  (biologiques,  économiques,  industriels,  etc.).  Cela  assure  des  propriétés 
holistiques à l’analyse. Enfin cela aide également à clairement identifier les flux de matières et d’énergie qui 
entrent  en  jeu  dans  la  problématique  des  métaux  lourds.  Cette  identification  est  essentielle  car  ce  sont 
précisément  ces  flux  (cellules  grisées  de  la  figure  1)  qui  seront  entrés  dans  la  matrice  Input‐output  multi‐
régionale.  
 
 
 
 
 
 
 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

 
Figure 1. Segmentation  des services écosystemiques en 4 composantes. 

 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Présentation du projet : 
Les effets du changement climatique dans le contexte des changements globaux. Expertise 
collective sur l’estuaire de Seine 
 
 
B. Laignel , S. Souissi2 (coordinateurs) 
1

 
1
 : Laboratoire M2C, UMR CNRS 6143, Universités de Caen et de Rouen 
2
 : UMR 8187 LOG, Station marine Wimereux, Université Lille 1 
 
 
Les  estuaires,  du  fait  de  leur  position  à  l’interface  continent‐mer,  sont  des  systèmes  complexes 
particulièrement  sensibles  aux  changements  climatiques  et  aux  variations  du  niveau  marin  associées.  De 
plus, ces écosystèmes ont subi, depuis plusieurs siècles, une forte anthropisation (aménagement portuaire, 
endiguement…).  
Dans  le  cas  de  l’estuaire  de  Seine,  l’incidence  de  ces  aménagements  sur  l’évolution  de  l’estuaire  a  été 
relativement bien étudiée. En revanche, l’évolution de l’estuaire dans le contexte climatique global n’a pas 
encore été abordée. 
 
L’intérêt  et  l’originalité  de  ce  projet  sont  de  regrouper  des  scientifiques  travaillant  sur  des  thématiques 
différentes au tour de l’enjeu majeur que sont les effets du changement climatique sur un objet commun 
l’estuaire  de  Seine.  Les  thèmes  abordés  sont :  l’hydro‐climatologie,  la  qualité  de  l’eau,  l’hydrobiologie,  la 
microbiologie, l’avifaune, la flore, l’économie, la sociologie et la prospective. 
Ce projet répond ainsi à l’une des priorités 1 définies dans l’appel à proposition Seine Aval 4 – 2008, à savoir 
les effets du changement climatique sur l’estuaire de Seine. 
 
Il a pour objectifs de :  
‐  reformuler  les  questions  de  société  issues  des  partenaires  du  GIP  Seine‐Aval  en  problématiques 
scientifiques, 
‐  faire  le  point  sur  les  connaissances  (bibliographie,  données,  projets  en  cours,…)  disponibles  par 
thématique sur les effets du changement climatique sur les estuaires européens et plus spécifiquement sur 
celui de la Seine, pour construire une base commune de connaissances scientifiques, 
‐ créer une dynamique pluri‐disciplinaire portée par un groupe d'experts et développer ainsi une expertise 
intégrée, 
‐  apporter  les  premiers  éléments  de  réponses  collectives  aux  principales  questions  que  se  posent  les 
partenaires. 
L’objectif final du projet étant de définir les questions prioritaires en terme de recherche et d’orienter les 
projets du programme Seine aval sur le thème des effets du changement climatique sur l’estuaire de Seine. 
 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Les effets du changement climatique dans le contexte des changements globaux ‐  Expertise 
collective sur l’estuaire de Seine 
Synthèse sur les thèmes : Climatologie‐Hydrologie, Qualité de l’eau 
 
 
N. Fritier1, B. Laignel1, N. Massei1, A. Ducharne, H. Etcheber, A. Laverman 
 
1
 : Laboratoire M2C, UMR CNRS 6143, Universités de Caen et de Rouen 
 
 
A  l’échelle  du  globe,  les  travaux  du  GIEC  permettent  d’avoir  une  vision  relativement  synthétique  du 
réchauffement climatique et de ses effets. 
En revanche, à des échelles plus restreintes, comme celle des fleuves et de leur bassin versant, et encore 
plus  des  estuaires,  à  partir  de  la  bibliographie,  il  devient  très  difficile,  pour  ne  pas  dire  impossible  d’avoir 
une vue exhaustive. Ceci est lié au fait que : 
‐ bien que les études sur ces hydrosystèmes soient nombreuses, elles sont généralement ciblées, soit sur un 
fleuve (ou estuaire), soit sur un thème et des paramètres donnés ; 
‐ les méthodes utilisées et les échelles spatiales appréhendées sont différentes ; 
‐ la réflexion est menée actuellement, si bien que beaucoup d’études ne sont pas encore publiées et donc 
difficilement accessibles. 
Par ailleurs, les estuaires sont des milieux de nature complexe, demandant un rayon d’expertise étendu. En 
effet, il se trouve non seulement à l’interaction entre les domaines continentaux et océaniques, mais sont 
également  le  plus  souvent  des  zones  anthropisées,  où  il  est  difficile  de  faire  la  part  entre  le  climat  et 
l’homme. 
 
Dans les études de l’échelle globale à  l’échelle régionale, les paramètres climatiques les  plus étudiés  sont 
respectivement la température atmosphérique et les précipitations. Les paramètres hydrologiques les plus 
analysés sont le débit et les niveaux et stocks d’eau, comprenant notamment le niveau de la mer et celui 
des nappes souterraines… En ce qui concerne la relation entre le changement climatique et la modification 
de  la  qualité  de  l’eau,  bien  qu’il  existe  des  études  sur  ce  thème,  il  est  très  difficile  d’avoir  une  vision 
synthétique pour les mêmes raisons que celles évoquées précédemment. De plus, ceci est également lié à la 
disponibilité  des  données  et  à  la  durée  d’enregistrement  qui  doit  être  au  minimum  de  30  ans  afin  de 
pouvoir  réaliser  des  analyses  fiables  de  la  relation  entre  les  fluctuations  climatiques  et  la  variabilité 
hydrologique. 
 
Les  différentes  études  synthétisées  lors  de  l’expertise  mettent  en  avant  que,  même  s’il  existe  des 
différences dans la variabilité de l’impact en fonction des outils utilisées ou des régions étudiées, celles‐ci 
sont  en  accord  sur  le  principe  qu’il  existe  un  changement  climatique,  et  que  celui‐ci  a  eu,  a  et  aura  des 
conséquences importantes sur le fonctionnement des fleuves et des estuaires. 
 
A  l’échelle  de  la  Seine,  les  études  des  effets  du  changement  climatique  sontrécentes  et  sont  regroupées 
principalement dans trois programmes : Seine Aval, RexHySS, GICC‐Seine.  
Tout comme pour les autres fleuves dans le monde, ces études s’intéressent essentiellement à la relation 
entre  le  changement  climatique  et  le  fonctionnement  hydrologique  de  la  Seine  (bassin  superficiel  et 
souterrain). 
Ces  études  montrent  clairement  une  augmentation  de  la  température  depuis  le  siècle  dernier  et  qui  se 
poursuivra  jusqu’à  l’horizon  2100.  Si  les  précipitations  ne  montrent  pas  de  tendance  significative  dans  les 
données  enregistrées,  en  revanche,  celles‐ci  devraient  diminuer  d’ici  2050.  Le  débit  moyen  de  la  Seine, 
quant  à  lui,  qui  montre  une  tendance  à  l’augmentation  depuis  les  années  70,  devrait  connaître  selon  les 
modèles  une  diminution  entre  30  et  80%  d’ici  2050.  Il  en  va  de  même  des  réserves  d’eau  souterraine  à 
l’horizon 2050. 
 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

En ce qui concerne l’élévation du niveau de la mer, même si un chiffre moyen de 1 m semble raisonnable à 
retenir pour les simulations (estimation du GIEC combinée avec le phénomène de surcote), il n’en demeure 
pas moins, comme pour les modèles à l’échelle globale, que les incertitudes sont grandes. 
 
Il apparaît donc important d’intensifier les études de modélisation sur l’élévation du niveau de la mer et de 
ses effets, aussi bien sur les inondations que la modification de la qualité de l’eau, au travers notamment de 
la progression du front de salinité. Dans le détail, Il serait intéressant de mener des études sur l’évolution 
spatiale et temporelle de la zone de l’estuaire moyen, correspondant à la zone de mélange des eaux douces 
et salées. On pourrait ainsi qualifier et quantifier l’évolution de cette zone, et savoir si elle a progressé ou 
reculé dans l’estuaire, et si donc l’influence de la mer est contrebalancée ou aggravée selon l’évolution du 
débit de la Seine. 
En  réalité,  le  fonctionnement  hydrologique  de  l’estuaire  de  Seine  doit  être  étudié  de  manière  intégrée  et 
nécessite donc de mieux comprendre les interactions entre l’évolution du niveau de la mer, du débit et de 
l’aquifère de la craie. Ce type d’étude devra être menée à la fois à partir des enregistrements historiques et 
à partir de modélisation. Les études de l’évolution du débit et de l’aquifère de la craie du bassin de la Seine 
devront  donc  être  poursuivies  en  fonction  de  l’évolution  des  modèles  et  être  mise  en  relation  avec  des 
scénarios d’élévation du niveau de la mer. 
Ce travail servira de base pour la modélisation des implications sur la qualité des eaux, et notamment sur le 
bouchon vaseux et la salinité. 
Par  ailleurs,  autant  les  évolutions  du  débit  moyen  et  des  précipitations  moyennes  sont  relativement  bien 
connues,  autant  il  apparaît  important  de  concentrer  les  efforts  également  sur  les  événements  extrêmes, 
dont la fréquence et les conditions restent encore mal connus. 
Il  apparaît  fondamental  de  mener  à  bien  ces  études,  afin  de  mieux  appréhender  le  fonctionnement  futur 
des estuaires et les importants changements auquel la société devra s’adapter dans les décennies à venir. 
 
 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

 
 
 
 
Posters 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Analyse multi‐échelles des différents paramètres hydro‐biogéochimiques : Le débit de la seine et 
les séries temporelles Marel Honfleur 
 
 
1, 2 , 3
Sylvie Brizard Zongo , François Schmitt 1, 2,3  et Sami Souissi 1, 2,3  
 
1
Univ Lille Nord de France, F‐59000 Lille, France 
2
USTL, LOG, F‐62930 Wimereux, France 
3
CNRS, UMR 8187, F‐62930 Wimereux, France 
 
 
 
La  présente  étude  est  faite  dans  le  cadre  du  projet  ZOOSEINE  du  programme  Seine  Aval  et    concerne 
l’analyse en parallèle de données du débit de la Seine mesuré au barrage de Poses et des séries temporelles 
biogéochimiques à long terme provenant de station de mesure Marel Honfleur (Mesures Automatisées en 
Réseau pour l’Environnement Littoral).  La période d’étude s’étend de 1996 à 2007. Honfleur est soumis à 
l’influence  de  la  marée,  et  aux  apports  d’eaux  douces  de  la  Seine  d’où  l’intérêt  de  voir  l’influence  des 
événements  rares  (les  extrêmes  dans  le  débit  de  la  seine)  sur  la  distribution  de  ces  paramètres 
biogéochimiques mesurés à Honfleur. 
 
Nous utilisons des techniques d’analyses inspirées du domaine de la turbulence, la fonction de densité de 
probabilité (pdf‐ Probability density function) et l’analyse spectrale. La pdf du débit de la Seine montre une 
distribution  asymétrique  avec  une  queue  de  probabilité  pour  les  grandes  valeurs  (>1000 m 3 / s) .  Un 
ajustement en loi de puissance pour les valeurs extrêmes montre une fonction de la forme  p( x ) ≈ x − µ avec 
un exposant µ=2 ce qui caractérise les événements extrêmes. Le calcul des percentiles 10 et 90 permet de 
définir les périodes des extrêmes du débit de la Seine. 
Les données du débit montrent une grande variabilité intra et interannuelle dans les valeurs extrêmes. La 
durée  de  ces  événements  extrêmes  varie  en  nombre  de  jours,  avec  des  durées  plus  longues  en  1996,  en 
2001 et en 2003.  
Quant aux paramètres mesurés à Honfleur, elles montrent une intermittence dans leurs dynamiques, avec 
beaucoup de fluctuations à toutes les échelles, similaires visuellement aux fluctuations de la turbulence. Les 
pdfs  de  ces  paramètres  biogéochimiques  montrent  des  distributions  assez  différentes  entre  elles. 
L’influence des extrêmes du débit se ressent dans la distribution des paramètres. On note des distributions 
bimodales  ou  asymétriques  en  période  d’extrêmes  (+)  ou  d’extrêmes  (‐).  L’analyse  du  spectre  de  Fourier 
permet  de  montrer  dans  les  données  Marel  l’impact  du  forçage  physique  (la  turbulence,  la  marée)  mais 
également l’influence des extrêmes du débit de la Seine dans la grande variabilité des paramètres.  
 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Effet de l’état physiologique et de la turbulence sur la vulnérabilité du copépode Eurytemora 
affinis face à son prédateur naturel Dicentrarchus labrax de l’estuaire de la Seine 
 
 
Mohamed ‐Sofiane MAHJOUB1,2, Sami SOUISSI1, François SCHMITT1, Jiang ‐Shiou HWANG2 
 
 
1
 Université Lille Nord de France, F‐59000 Lille, France 

Institute of Marine Biology, National Taiwan Ocean University, Taiwan 
 
 
 
 
Dans l’estuaire de la Seine, qui représente une  nourricière pour plusieurs espèces de poissons, le copépode 
calanoide Eurytemora affinis est l’espèce dominante du mesozooplancton. Parmi les espèces prédatrices de 
ce  copépode,  on  retrouve  les  larves  et  les  juvéniles  de  bar  Dicentrarchus  labrax,  qui  se  nourrissent 
préférentiellement de ce copépode. Nous nous intéressons ici à deux paramètres qui semblent influencer 
les interactions prédateur‐proie entre les larves de bar et le copépode E. affinis. Le premier est la turbulence 
qui,  paramètre  prépondérant  dans  l’estuaire  de  la  Seine,  est  souvent  citée  comme  étant  un  élément 
déterminant  pour  le  taux  de  rencontre  entre  les  prédateurs  et  les  proies.  Le  deuxième  est  l’état 
physiologique des copépodes, en effet, les femelles ovigères et notamment celles d’E. affinis sont souvent 
signalées  comme  étant  plus  vulnérables  que  les  mâles  ou  les  femelles  non  ovigères  aux  prédateurs.  Les 
résultats d’expériences réalisées en grand volume (260l) montrent que les copépodes sont plus vulnerables 
aux  larves  en  absence  de  turbulence  et  que  les  intensités  turbulentes  élevées  neutralisent  les  capacités 
prédatrices des larves du bar de taille moyenne 13 mm. Du point de vue état physiologique du copépode, la 
vulnérabilité  accrue  des  femelles  ovigères  est  confirmée  par  des  expériences  en  volume  réduit  (3l).  Cette 
vulnérabilité est due à une plus grande perceptibilité plutôt qu’a des capacités de fuite limitées.   
 
 
 
 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Caractérisation hydrologique et sédimentaire de la zone atelier de Bardouville 
 
 
Lemoine, M., Deloffre, J., Lafite, R. 
 
 
Laboratoire morphodynamique Continentale et Côtière, UMR CNRS 6143 M2C, 
Université de Rouen  
 
 
 
Le  programme  IBIS  (Impacts  du  Batillage :  Investigation  en  Seine)  a  pour  but  de  caractériser  les 
ondes de batillage en fonction des contraintes du système et de la réactivité des berges. Ce travail, s’intègre 
dans  le  programme  de  restauration  des  fonctionnalités  physiques  et  biologiques  des  berges  et  est  réalisé 
conjointement avec le projet REBEBAS. 
 
  La première phase du projet IBIS vise à caractériser le fonctionnement hydro‐sédimentaire du site 
intertidal  de  Bardouville  (pK  266).  Bardouville  se  situe  en  aval  de  Rouen  dans  l’estuaire  fluvial.  Ce  site, 
localisé sur la rive gauche de la Seine, présente une superficie de 40000 m2 bordé à l’Ouest dans sa partie 
centrale  par  une  ancienne  chambre  de  dépôt  de  sédiments  vaseux,  sableux  et  graveleux.  Afin  d’atteindre 
cet objectif, une carte topographique, une carte des courants et une carte de la distribution des sédiments 
de surface ont été réalisées de la berge jusqu’au chenal. Les variations topographiques ont été obtenues à 
l’aide de relevés par tachéomètre laser. La carte des courants a été effectuée par le biais de courantomètres 
ponctuels  de  type  Aquadopp  à  une  fréquence  de  1  mesure  toutes  les  10  minutes.  Enfin,  la  carte  des 
sédiments  de  surface  a  été  réalisée  par  le  prélèvement  de  110  échantillons  dont  la  granulométrie  a  été 
obtenue  par  tamisage.  Ces  données  sur  la  zone  intertidale  ont  été  complétées  dans  le  chenal  par  les 
données bathymétriques mono et multi‐faisceau du Port Autonome de Rouen. 
 
  Les résultats sur la partie intertidale montrent que l’altitude est comprise entre 5 et 10 m CMH, et 
que le site présente une pente régulière (de la haute à la basse slikke) de l’ordre de 6°. Cette morphologie 
contrôle la courantométrie : en vive‐eau au niveau de la basse slikke, les courants de flot et de jusant sont 
de  l’ordre  de  0,5  m.s‐1,  et  atteignent  rapidement  des  vitesses  quasi‐nulles  en  haute  slikke.  En  période  de 
morte‐eau, la haute slikke n’est pas inondée et sur la basse slikke les vitesses de courant sont de l’ordre de 
0,3 m.s‐1. Sur la partie intertidale, les sédiments sont principalement sableux à gravo‐sableux, associés à des 
dépôts de vase localisés. 4 zones ont été identifiées (i) au Nord, une zone de sédiments graveleux, (ii) dans 
la partie centrale, deux faciès ; en haute slikke des dépôts de graviers et de sables graveleux associé à des 
dépôts de vase anciennes compactes dans la partie basse slikke et (iii) au Sud, des sédiments sableux. Ces 
différents faciès sédimentaires sont la combinaison complexe de la morphologie du site (incluant les faciès 
reliques), de la courantométrie sur le site, des apports par la chambre de dépôt. 
 
  La seconde phase de ce projet visera à (i) effectuer la caractérisation hydro‐sédimentaire d’un site 
atelier en amont de Rouen et du site de Petitville dan s l’estuaire moyen et (ii) de caractériser sur le terrain 
et de manière expérimentale l’impact des ondes de batillage sur les berges de ces 3 sites ateliers. 
 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Restauration Ecologique des Berges de la Basse Vallée de Seine ‐ Présentation du projet 
 
 
Estelle Langlois & Fabrice Bureau 
 
 
Laboratoire ECODIV Université de Rouen 
Estelle.Langlois@univ‐rouen.fr Fabrice.Bureau@univ‐rouen.fr 
 
 
 
Pour  les  écosystèmes  terrestres,  les  corridors  rivulaires,  constitués  par  l'ensemble  des  écosystèmes  des 
berges des fleuves, sont des milieux‐clés qui déterminent deux fonctionnalités écologiques essentielles, la 
fonction  d’écotone  et  la  fonction  de  connexion  (CSPNB,  2008).  En  effet,  les  écosystèmes  rivulaires  des 
berges naturelles localisés, par définition, entre les milieux aquatiques du chenal et les milieux terrestres de 
la plaine d’inondation sont un lieu d’échanges de matière et d’organismes portés par les flux d’eau allant du 
chenal  vers  la  plaine  et  inversement  (dimension  transversale).  A  ce  titre,  ces  écosystèmes  rivulaires  sont 
reconnus pour posséder un ensemble de caractéristiques et le fonctionnement écologique des zones dites 
de  transition  entre  écosystèmes  adjacents  (écotones  au  sens  de  Holland  et  diCastri).  Par  ailleurs,  les 
écosystèmes  rivulaires  en  conditions  naturelles  sont  en  continuité  le  long  des  berges  (dimension 
longitudinale) et permettent ainsi la dispersion des semences et les déplacements d’organismes (corridors 
fluviaux au sens de Forman et Godron). Dans le cas de la Basse Vallée de Seine, l’estuaire a été aménagé 
pour  autoriser  la  navigation  de  bateau  à  fort  tirant  d'eau  jusqu'à  Rouen  (chenalisation,  endiguements) 
impactant les écosystèmes rivulaires en les déconnectant souvent du fleuve. 
 
A  court  terme  et  dans  une  première  étape,  le  projet  REBEBAS  (Restauration  Ecologique  des  BErges  de  la 
BAsse Vallée de Seine) se propose de diagnostiquer l’état écologique actuel des écosystèmes rivulaires de la 
Basse Vallée de Seine et de déterminer si ces écosystèmes remplissent actuellement leur fonction d’écotone 
rivulaire.  A  moyen  terme,  le  projet  REBEBAS  a  pour  objectif  de  déterminer  si  l'état  actuel  des  berges 
anthropisées  de  la  Basse  Vallée  de  Seine  nécessite  et  autorise,  la  restauration  d'un  état  et  d’un 
fonctionnement considérés comme écologiquement acceptables pour un écotone rivulaire.  
 
Dans une première phase réalisée sur 3 ans, le projet REBEBAS se propose de combiner (1) une approche 
typologique  permettant  de  caractériser  l'état  écologique  actuel  de  sites  représentatifs  des  berges  de  la 
Basse  Vallée  de  Seine  et  (2)  une  approche  fonctionnelle  permettant  de  cerner  le  fonctionnement 
écologique  actuel  d’un  nombre  plus  restreint  de  sites  pilotes  choisis  parmi  les  précédents.  Le  projet  se 
focalise  sur  2  des  3  secteurs  de  l’estuaire  à  savoir  :  le  secteur  intermédiaire  qui  s'étend  du  pont  de 
Tancarville à Rouen et le secteur amont qui s'étend de Rouen au barrage de Poses. A l’intérieur de ces deux 
secteurs,  l’approche  typologique  se  basera  sur  un  total  de  10  sites  représentatifs  parmi  lesquels  3  sites 
"pilotes" seront sélectionnés pour réaliser l’approche fonctionnelle des écosystèmes rivulaires. 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Cartographie des habitats de croissance estuariens pour trois poissons migrateurs 
thalassotoques 
Application méthodologique à l'estuaire amont de la Seine entre Rouen et Poses
 
 
Marie Bunel, Céline Le Pichon et Guillaume Gorges 
 
Cemagref ‐ Hydrosystèmes et bioprocédés 
Parc de Tourvoie, BP44 
92163 Antony 
 
 
 
 
 
Un volet du projet "Thalassotok" s'intéresse aux fonctionnalités écologiques des estuaires atlantiques pour 
trois espèces migratrices thalassotoques: Anguille européenne (Anguilla anguilla), Mulet porc (Liza ramada) 
et Flet Platichthys flesus. L'objectif est de comprendre les séquences d'utilisation du domaine vital lors de la 
phase  de  croissance  (globalisant  les  fonctions  d'alimentation,  de  repos  et  de  refuge)  dans  des  secteurs 
dulçaquicoles de la Gironde et de la Seine.  
La  démarche  globale  consiste  à  cartographier  les  paramètres  structurants  des  habitats  de  repos  et 
d’alimentation  de  ces  espèces  et  de  les  coupler  au  suivi  individuel  de  déplacement  d'individus  par 
télémétrie  acoustique.  Cette  analyse  permettant  de  caractériser  les  habitats  fréquentés,  leurs  modalités 
d'utilisation et le domaine vital des individus. 
La  première  étape  de  la  cartographie  consiste  à  sélectionner  par  analyse  bibliographique  et  expertise  les 
variables  environnementales  structurant  les  habitats  de  croissance  et  qui  peuvent  être  spatialement 
disponibles.  On  a  retenu  la  hauteur  d'eau,  les  faciès  sédimentaires,  l'ombrage  et  la  présence  d'abris.  La 
seconde étape comporte le traitement des données spatialisées à l'aide d'un SIG pour générer ces variables 
environnementales. Le travail présenté fera le bilan méthodologique des traitements spatialisés, réalisés à 
partir des données fournies par le GIP Seine‐Aval et acquises sur le terrain, permettant la création de cartes 
des variables environnementales. 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Projet COLMATAGE 
Couplages bio‐morpho‐sédimentaires et dynamique à long terme des habitats et peuplements 
benthiques et ichtyologiques en Seine Aval 
 
 
Coordinateur : Jean‐Claude DAUVIN 
 
Université de Lille1, Station Marine de Wimereux, UMR LOG, 28 avenue Foch, BP 80 
F‐62930 Wimereux 
Jean‐claude.dauvin@univ‐lille1.fr 
 
 
 
 
COLMATAGE,  projet  pluridisciplinaire  financé  par  Seine‐Aval  4  (2007‐2009),  associe  sept  équipes  de 
scientifiques  et  porte  sur  trois  principaux  objectifs  :  i)  recensement  des  données  en  sédimentologie, 
ichtyologie et faunistique existantes sur le territoire de la partie orientale de la baie de Seine et l’estuaire 
aval jusqu’à la Risle. La bancarisation a été réalisée de concert avec le GIP Seine‐Aval (enrichissement de la 
base  MABES2  par  les  valeurs  de  biomasse) ;  ii)  analyse  conjointe  des  évolutions  morpho‐sédimentaires  et 
celles  des  habitats  et  peuplements  benthiques  et  ichtyologiques  intertidaux  et  subtidaux  (action  en  cours 
voir  la  présentation  de  S.  Lesourd  et  al.  sur  les  aspects  du  couplage  sédiment‐macrofaune)  et  iii) 
cartographie de la typologie des habitats marins estuariens dans le gradient bio‐sédimentaire de la baie de 
Seine (réalisation d’enregistrements de séquences vidéo grâce à l’achat d’un mini ROV Seabotix en 2008 et 
2009 ;  action  de  synthèse  prévue  la  troisième  année  du  projet).  Outre  la  mise  en  commun  des  données 
acquises  auparavant  dans  Seine‐Aval  ou  d’autres  études  notamment  contractuelles  et  financées  par  les 
Grands  Ports  Maritimes  de  Rouen  et  du  Havre,  COLMATAGE  a  entrepris  la  réalisation  de  campagnes 
communes  entre  sédimentologues,  benthologues  et  halieutes  pendant  trois  automnes  (2008,  2009  et 
2010).  Des  campagnes  complémentaires  sont  prévues  au  printemps  pour  les  aspects  de  sédimentologie 
(mise à jour de la carte des sédiments superficiels au printemps de 2009 à partir d’un échantillonnage de 
293 stations), analyses fines de la sédimentologie et de la répartition de l’ophiure Ophiothrix fragilis dans un 
site  au  nord‐ouest  du  Port  d’Antifer.  Parallèlement  pendant  presque  un  an,  des  ALTUS  immergés  dans  la 
partie externe de l’estuaire ont permis de suivre les événements majeurs de sédimentation et d’érosion des 
vasières subtidales (voir la présentation par affiche de P. Le Hir et al. sur les Altus). Des estimations de la 
fréquentation des filandres des vasières de la rive droite de la Seine en automne (2008 et 2009) complète 
l’importante mobilisation des équipes sur le terrain. Le projet ne présente pas de difficultés majeures. Les 
campagnes  en  mer  se  sont  déroulées  dans  d’excellentes  conditions  météorologiques  et  ont  permis 
d’atteindre  tous  les  objectifs.  Une  comparaison  d’indicateurs  méiobenthiques  (foraminifères)  et 
macrobenthique sur un lot de 11 stations a même été ajoutée à la campagne automnale de 2008. Les liens 
trophiques  entre  les  peuplements  benthiques  et  les  populations  piscicoles  benthiques  se  sont  concentrés 
sur trois espèces de poissons plats : la petite sole jaune, la sole commune et la plie (voir présentation orale 
de A. Tous Rius et al.). Un post‐doctorat (E. Durieux, co‐financement Seine‐Aval‐Ifremer) a débuté en mars 
2009  et  porte  sur  ‘L’organisation  spatiale  et  fonctionnelle  de  la  mosaïque  d’habitats  le  long  du  gradient 
côtier‐estuarien de l’estuaire de la Seine’. Deux thèses ont commencé en octobre 2008. La thèse de S. Alizier 
(1/2 financement Seine‐Aval) porte sur ‘Les communautés benthiques subtidales de la partie orientale de la 
baie de Seine : analyse rétrospective de leur évolution à long‐terme (1980‐2010) et scénarii d’évolution pour 
les  prochaines  décennies  (2020‐2030)’.  La  seconde  de  S.  Lozach  (bourse  CIFRE)  porte  sur  la  ‘Typologie, 
structure  et  fonctionnement  des  habitats  benthiques  marins  dans  le  bassin  oriental  de  la  Manche.  C’est 
donc  toute  une  batterie  d’actions  qui  ont  commencé  dans  COLMATAGE  qui  sera  illustrée  par  trois 
communications et deux affiches dont une porte sur la présentation générale du projet (S. Alizier et al.). 
 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Mesures de vagues et d’érosions/dépôts dans l’embouchure de la Seine, en vue de caractériser la 
variabilité physique des habitats  
 
Dans le cadre du projet Seine‐Aval IV COLMATAGE 
 
Pierre Le Hir, Philippe Bassoullet, Hervé Jestin, Michel Répécaud, Romaric Verney 
 
Centre IFREMER de Brest, BP 70 29280 Plouzané 
 
 
L’une  des  ambitions  du  projet  COLMATAGE  est  de  décrire  la  variabilité  des  habitats  marins  dans 
l’embouchure  de  la  Seine.  Contribuant  fortement  à  la  définition  de  ces  habitats,  les  biotopes  peuvent  se 
structurer en fonction de paramètres géographiques (cote du fond, bathymétrie voisine), hydrodynamiques 
(intensité des vagues et des courants, hauteurs d’eau) et sédimentaires (nature et compaction du substrat, 
sur lesquelles les biocénoses peuvent éventuellement avoir une influence). 
La  distribution  générale  de  ces  paramètres  est  relativement  connue,  mais  les  études  récentes  au  sein  de 
Seine‐Aval ont montré que cette distribution pouvait varier au gré des forçages physiques, plus souvent de 
manière  événementielle  que  saisonnière.  Cependant,  dans  les  bancs  d’embouchure  (Ratier,  Amfard,  …) 
nous  ne  disposions  d’aucune  mesure  rendant  compte  de  la  variabilité  à  courte  échelle  de  temps  de  ces 
paramètres.  
 
Le  dispositif  ALTUS,  qui  mesure  en  quasi  continu  les  variations  altimétriques  du  fond  à  une  précision  de 
quelques millimètres, s’est avéré très utile pour expliquer la succession de dépôt et d’érosion de vases sur  
la  vasière  Nord  du  Havre,  en  liaison  avec  les  turbidités  dans  le  chenal  et  l’hydrodynamisme  local  (e.g. 
Deloffre et al., 2007). Malgré les risques  de dégradation du matériel dans un environnement aussi difficile 
que  l’embouchure  de  la  Seine,  il  a  été  entrepris  de  déployer  des  altimètres  ALTUS  en  3  points  de 
l’embouchure,  pendant  une  période  de  l’ordre  d’un  an  pour  décrire  la  variabilité  du  fond  à  différentes 
échelles temporelles. 
 
3 Altus ont été mis en place en septembre 2008, l’un sur le flanc ouest du banc du Ratier, un second près du 
« triangle des épaves » (au nord de l’engainement) et un troisième sur la vasière située en aval de l’épi du 
banc de la Passe (chenal Nord), au nord de la Digue Basse Nord. Des balisages spécifiques ont été déployés. 
Chacun de ces appareils mesurait la pression, à des cadences permettant aussi bien de capter la marée et 
les surcotes/décotes météorologiques que la répartition spectrale de l’énergie des vagues. De ce seul point 
de vue, le set de données ainsi constitué est unique et permettra une validation ultérieure des modèles de 
propagation de vagues par petits fonds.   
 
Les  opérations  de  mise  en  place  et  de  relève  intermédiaire  ou  définitive,  assurées  par  une  équipe  de 
plongeurs  Ifremer,  se  sont  avérées  très  délicates,  et  ont  parfois  nécessité  des  opérations  de  recherche 
coûteuses.  In  fine,  tous  les  instruments  sauf    un  pinger  ont  été  récupérés,  malgré  un  arrachement 
(chalutage ?) de l’une des structures.  
 
Les résultats montrent (1) un engraissement important de la station dans la fosse Nord, qui s’est manifesté 
à partir de décembre 2008 pendant une période calme, (2) de fortes variations altimétriques sur les stations 
externes, en général contrôlées par les fortes vagues, mais pas toujours dans le même sens. En particulier, 
un événement exceptionnel a été enregistré le 24 novembre 2008, où des vagues de hauteur significative 3 
m ont provoqué une érosion brutale de 35 cm, pouvant laisser supposer un phénomène de liquéfaction.  
 
Les équipes du GPM de Rouen, du CSLHN, de la Station Marine de Wimereux (USTL et ULCO), d’Ifremer/Port‐
en‐bessin et les plongeurs Ifremer sont remerciés pour leur concours au bon déroulement des opérations en 
mer. 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Identification des forçages impliqués dans le remplissage sédimentaire de la darse des Docks 
 (estuaire fluvial de la Seine) 
 
 
A. Vrel a,b, J. Deloffre a, P. Lesueur a, N. Massei a, D. Boust b, D. Sebag a 
 

Laboratoire M2C, UMR CNRS 6143, Universités de Caen et de Rouen 

Laboratoire de Radioécologie de Cherbourg‐Octeville, IRSN 
 
 
Le projet pluridisciplinaire RHAPSODIS a pour buts : (i) l’identification des processus de transfert et 
de dépôt de sédiments fins dans l’estuaire amont à une échelle pluri‐décennale et (ii) la reconstitution de 
l’historique de la contamination (organique, inorganique, métallique et bactérienne) associée aux dépôts de 
particules fines (> 63µm). Ce travail vise a apporter les premiers éléments de réponse à la caractérisation de 
la dynamique de remplissage et l’identification des différents forçages associés à cette sédimentation, étape 
essentielle de l’interprétation des données de contamination historique. 
  La  partie  fluviale  de  la  Seine  présente  peu  de  zones  de  décantation  pérenne  des  particules  fines 
issues du bassin versant. Le choix du site s’est porté sur la darse des Docks, ancien bassin portuaire du Port 
de Rouen, exempt de dragages récents. Les carottes prélevées, de longueur maximale d’environ 480cm, ont 
été étudiées (par tranches de 5cm) par des techniques sédimentologiques classiques. Les résultats montrent 
que le sédiment est silteux à sablo‐silteux, d’origine continentale et présente peu de variations significatives 
à l’échelle de la carotte. 
Toutefois,  ces  carottes  présentent  des  laminations  (millimétriques  à  centimétriques),  qui  ont  fait 
l’objet d’une analyse par radiographie SCOPIX®, qui permet d’extraire les niveaux de gris en fonction de la 
densité  et  de  la  granulométrie  des  sédiments.  Sur  ce  signal  de  gris  a  été  appliquée  une  analyse  en 
ondelettes. Le traitement de ces données a permis : 
(i)  de  déterminer  un  taux  de  sédimentation  moyen  de  12cm.an‐1,  cohérent  avec  l’analyse 
diachronique des données bathymétriques sur la période 1931‐2008 (données PAR) ; 
(ii)  de  proposer  un  modèle  d’âge  en  combinant  les  données  sédimentologiques,  géochimiques  et 
bathymétriques ; 
(iii) d’identifier les processus régissant la sédimentation et leur importance relative, parmi lesquels 
le cycle hydrologique de la Seine (21%), les forçages climatiques (17%) et les cycles de marée (1%) ; 
(iv) de mettre en évidence les ruptures d’origine climatiques (années 1970) et les ruptures liées aux 
modifications morphologiques, comme par exemple la décroissance des taux de sédimentation au cours de 
la  période  récente  (à  partir  de  1995)  liée  à  la  diminution  d’épaisseur  de  la  tranche  d’eau  (érosions  plus 
présentes et tassement accru avec l’émersion de la darse en étiage). 
Cette  approche  originale  permet  de  montrer  que  dans  ce  secteur  abrité  d’une  zone  fluviale 
d’estuaire  macrotidal  (zone  rarement  étudiée  à  l’échelle  internationale),  la  sédimentation  est  contrôlée 
principalement  par  la  dynamique  fluviale  (cycle  hydrologique  et  fluctuations  inter‐annuelles  d'origine 
climatique du débit de la Seine), la marée ne jouant qu’un rôle secondaire pour l’érosion et la redistribution 
du sédiment déposé en période de crue. Ceci conforte, avec d’autres moyens, les observations et mesures 
réalisées antérieurement sur une vasière de l’estuaire fluvial (vasière d’Oissel). 
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Listing des participants au séminaire

Nom Prénom Organisme Mail


Communauté de
ADER Mathias l'agglomération mathias.ader@agglo-rouennaise.fr
Rouennaise
Agence de l'eau Seine
AKOPIAN Maïa akopian.maia@aesn.fr
Normandie
michel.albrecht@developpement-
ALBRECHT Michel CETMEF / DELCE / DEML
durable.gouv.fr
Université des Sciences et
technologies de Lille
ALIZIER Sandrine UMR CNRS LOG 8187 sandrine-alizier@wanadoo.fr
Station Marine de
Wimereux
ALLAIN Sophie allain.sophie@gmail.com
BACQ Nicolas GIP Seine-Aval nbacq@seine-aval.fr
Pôle environnement de
BARBAY Claude claude.barbay@free.fr
HNNE
Jean- Département de Seine-
BARREAU
Jacques Maritime
Communauté de
stagiaire.environnement@agglo-
BASSOT Christophe l'agglomération
rouennaise.fr
Rouennaise
Laboratoire d’Océanologie
BEN RADHIA -
Anissa et de Géosciences anissa.ben-radhia@ed.univ-lille1.fr
SOUISSI
Université de Lille 1
Université de Rouen
BERTHE Thierry thierry.berthe@univ-rouen.fr
UMR M2C
BERTOLONE Claire GIP Seine-Aval cbertolone@seine-aval.fr
christophe.bessineton@
BESSINETON Christophe Maison de l'estuaire
maisondelestuaire.org
Association pour le
Contrôle de la Radioactivité
BLONDEL Yves dans l'Ouest (ACRO) yves.blondel@laposte.net
Antenne de Haute
Normandie
Université de Rouen
BODILIS Josselin josselin.bodilis@univ-rouen.fr
UMR M2C
Ecologie des hydrosystèmes
BORNETTE Gudrun fluviaux gudrun.bornette@univ-lyon1.fr
Université de Lyon
BOUST Dominique LRC IRSN dominique.boust@irsn.fr
UMR CNRS 6143
BROWN Joël Morphodynamique joel.brown@etu.univ-rouen.fr
Continentale et Côtière
Agence de l'eau Seine-
BRUCHON Franck Normandie bruchon.franck@aesn.fr
Service Littoral et Mer
UMR CNRS 6143
BRUNAUD Carole Morphodynamique carole.brunaud@unicaen.fr
Continentale et Côtière
Laboratoire d'écologie -
BUREAU Fabrice Fabrice.Bureau@univ-rouen.fr
ECODIV
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Université de Rouen

ISM-LPTC UMR 5255


CACHOT Jérôme j.cachot@ism.u-bordeaux1.fr
Université de Bordeaux
pauline.chaillou@developpement-
CHAILLOU Pauline DDE76/SATE/BPEFL
durable.gouv.fr
CHARDY Pierre Université Bordeaux1 p.chardy@orange.fr
Agence de l'eau Seine-
CHERON Gilbert Normandie cheron.gilbert@aesn.fr
Service Littoral et Mer
Université du Havre
CHEVE Morgane morgane.cheve@univ-rouen.fr
et CARE EA2260
CHOBLET Claire Université de Nantes claire.choblet@univ-nantes.fr
CLOAREC Jacques Cabinet CD-JC Conseils jacquescloarec@wanadoo.fr
CUVILLIEZ Antoine UMR 6143 M2C ROUEN antoine.cuvilliez@univ-lehavre.fr
DAMPURE Nathalie Conservatoire du Littoral n.dampure@conservatoire-du-littoral.fr
Université des Sciences et
technologies de Lille
Jean-
DAUVIN UMR CNRS LOG 8187 jean-claude.dauvin@univ-lille1.fr
Claude
Station Marine de
Wimereux
DAVID-VAUDEY Adèle AESN Nanterre david_vaudey.adele@aesn.fr
Cellule de Suivi du Littoral
DE ROTON Gwenola g.deroton-cslhn@wanadoo.fr
Normand
Communauté de
DE SAINTE priscilla.le-moine-de-sainte-
Priscilla l'agglomération
MARIE marie@agglo-rouennaise.fr
Rouennaise
DEHONDT Catherine UI Normandie catherine.dehondt@wanadoo.fr
Université de Rouen
DELOFFRE Julien julien.deloffre@univ-rouen.fr
UMR CNRS 6143 M2C
DENAMUR Erick INSERM erick.denamur@inserm.fr
Région Haute-Normandie
DOINEL Jérôme jerome.doinel@cr-haute-normandie.fr
Service Environnement
DUCROTOY Jean-Paul POSEIDOM j-p.duc@wanadoo.fr
Cellule de Suivi du Littoral
DUHAMEL Sylvain s.duhamel-cslhn@wanadoo.fr
Normand
DUMONT Jérôme Maison de l'estuaire jerome.dumont@maisondelestuaire.org
Agence de l'eau Seine-
ESCAFRE Mathieu Normandie escafre.mathieu@aesn.fr
Service Littoral et Mer
EVEN Stéphanie Mines ParisTech Stephanie@mines-paristech.fr
ADEN, EA 4311
FAVENNEC Loïc Faculté de Médecine et de loic.favennec@univ-rouen.fr
Pharmacie
CETAPS
FEMENIAS Damien Damien.Femenias@univ-rouen.fr
Université de Rouen
paul.ferlin@developpement-
FERLIN Paul DIREN Haute-Normandie
durable.gouv.fr
Agence de l'eau Seine
FILALI Rémy
Normandie
FISSON Cédric GIP Seine-Aval cfisson@seine-aval.fr
Agence de l'eau Seine-
FLORIN Eric Normandie
Service Littoral et Mer
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

Laboratoire
d'Ecotoxicologie Milieux
FORGET-LERAY Joëlle joelle.leray@univ-lehavre.fr
Aquatiques
Université du Havre
FOUSSARD Valérie GIP Seine-Aval vfoussard@seine-aval.fr
GALICHON Pascal Port Autonome du Havre
GARCIA Elise AESN garcia.elise@aesn.fr
GAUDRAY Loïc IRH Ingénieur Conseil loic.gaudray@irh.fr
Mairie du Havre - Odyssey
GERARD Bernard bernard.gerard@ville-lehavre.fr
21
GILLOT Céline GIP Seine-Aval cgillot@seine-aval.fr
Agence de l'eau Seine
GOUJON Roland
Normandie
Comité local des pêches
GUERRIER Alain clpm.lehavre@wanadoo.fr
maritimes du Havre
GUEZENNEC Loïc GIP Seine-Aval lguezennec@seine-aval.fr
JOUBERT Alain PNRBSN alainjoubert@aol.com
UMR CNRS 6143 M2C
LAFITE Robert robert.lafite@univ-rouen.fr
Université de Rouen
Laboratoire M2C
LAIGNEL Benoit benoit.laignel@univ-rouen.fr
Université de Rouen
Agence de l'eau Seine-
LAMY François lamy.francois@aesn.fr
Normandie
Laboratoire d'Ecologie
LANGLOIS Estelle Estelle.Langlois@univ-rouen.fr
Université de Rouen
LARCHER- Université de Rouen
Karen karentiphagne@neuf.fr
TIPHAGNE UMR M2C
CEMAGREF
LE PICHON Céline celine.le-pichon@cemagref.fr
Equipe hydro-écologie
Agence de l'eau Seine-
LEMARIE Sylvain lemarie.sylvain@aesn.fr
Normandie
Laboratoire M2C - UMR
LESUEUR Patrick 6143 CNRS patrick.lesueur@unicaen.fr
Université de Caen
Président du Comité
LEVEQUE Christian Scientifique cleveque@mnhn.fr
du GIP Seine-Aval
Consultant en droit du
LOZACHMEUR Olivier olozachmeur@wanadoo.fr
littoral
Comité régional des pêches
MAHEUT Alexis clpm.lehavre@wanadoo.fr
maritimes
Agence de l'eau Seine
MAHIEU Béatrice
Normandie
MALAVOI Jean-René Ingénieur Conseil jr.malavoi@wanadoo.fr
MALLET Pascal CODAH pascal.mallet@agglo-havraise.fr
Université de Rouen
MASSEI Nicolas nicolas.massei@univ-rouen.fr
UMR M2C
Cellule de Suivi du Littoral
MENELLA Jean-Yves suivilittoral-lehavre@wanadoo.fr
Normand
Laboratoire M2C
MESNAGE Valérie CNRS UMR 6143 valerie.mesnage@univ-rouen.fr
Université de Rouen
MORIN Jocelyne Ifremer jmorin@ifremer.fr
MOURALIS Damase Université de Rouen damase.mouralis@univ-rouen.fr
Séminaire Seine-Aval 2009 – Recueil de résumés

MOUSSARD Stéphanie GIP Seine-Aval smoussard@seine-aval.fr


Agence de l'eau Seine-
OLIVIER Fanny Normandie lechevallier-olivier.fanny@aesn.fr
Direction Seine-Aval
marielle.olivier@developpement-
OLIVIER Marielle DDE76/SATE/BPEFL
durable.gouv.fr
OUDDANE Baghdad Université de Lille 1 baghdad.ouddane@univ-lille1.fr
Université de Rouen
PAWLAK Barbara barbara.pawlak@univ-rouen.fr
UMR M2C
Université de Rouen
PETIT Fabienne fabienne.petit@univ-rouen.fr
UMR M2C
genevieve.quemeneur@developpement-
QUEMENEUR Geneviève DIREN Haute-Normandie
durable.gouv.fr
Université de Rouen
QUILLET Laurent laurent.quillet@univ-rouen.fr
UMR M2C
Université de Rouen
RATAJCZAK Mehdy mehdy.ratajczak@univ-rouen.fr
UMR M2C
RAUSS Isabelle Conservatoire du Littoral
UMR CNRS 6143
RAUX Julie Morphodynamique julie.raux@etu.univ-rouen.fr
Continentale et Côtière
Représentant des Industriels
RETTIEN Roland pour le programme Seine rettien.roland@orange.fr
Aval
Délégation Régionale au
RINCE Brigitte Tourisme de Haute
Normandie
ROCHARD Eric CEMAGREF eric.rochard@cemagref.fr
Louis
ROMANA Ifremer Axel.Romana@ifremer.fr
Alexandre
Université des Sciences et
technologies de Lille
RUELLET Thierry UMR CNRS LOG 8187 thierry.ruellet@univ-lille1.fr
Station Marine de
Wimereux
ALTERMUSEO pour
SALABERT Nadine nadine.salabert@altermuseo.net
Odyssée 21
Université de la
SIROST Olivier Méditerranée olivier.sirost@univmed.fr
Aix Marseille 2
SOFIANOS Alexandre Fédération de pêche 76 sofianos_alexandre@yahoo.fr
Laboratoire d’Océanologie
SOUISSI Sami et de Géosciences Sami.Souissi@univ-lille1.fr
Université de Lille 1
TENIERE-
Pierre Conseil mondial de l'eau pftb@free.fr
BUCHOT
Préfecture de la Région
francoise.tromas@haute-
TROMAS Françoise Haute-Normandie
normandie.pref.gouv.fr
SGAR Haute-Normandie
ULVOAS Béatrice GIP Seine-Aval bulvoas@seine-aval.fr
VINET Pascal VNF pascal.vinet@vnf.fr

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