http://portaildoc.univ-lyon1.

fr

Creative commons : Paternité - Pas d’Utilisation Commerciale -

Pas de Modification 2.0 France (CC BY-NC-ND 2.0)

http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.0/fr

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
 UNIVERSITE CLAUDE BERNARD - LYON 1, FACULTE DE MEDECINE ET DE MAÏEUTIQUE LYON SUD

RT-PCR grippe rapide aux urgences :

étude de la mise en application d’un
nouveau protocole
Thèse d’exercice de médecine générale
Magali GALEY, née le 11/03/1988 à Fontenay aux Roses
Soutenue publiquement le 03/07/2017

Sous la direction du Dr Caroline PARISET

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
 1

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
 UNIVERSITE CLAUDE BERNARD – LYON 1
___________________

2016-2017

. Président de l'Université Frédéric FLEURY

. Président du Comité de Coordination des Etudes Médicales Pierre COCHAT
. Directeur Général des Services Dominique MARCHAND

SECTEUR SANTE

UFR DE MEDECINE LYON EST Doyen : Gilles RODE

UFR DE MEDECINE ET DE MAIEUTIQUE
LYON SUD - CHARLES MERIEUX Doyen : Carole BURILLON
INSTITUT DES SCIENCES PHARMACEUTIQUES
ET BIOLOGIQUES (ISPB) Directeur : Christine VINCIGUERRA
UFR D'ODONTOLOGIE Doyen : Denis BOURGEOIS
INSTITUT DES SCIENCES ET TECHNIQUES DE
READAPTATION (ISTR) Directeur : Xavier PERROT
DEPARTEMENT DE FORMATION ET CENTRE
DE RECHERCHE EN BIOLOGIE HUMAINE Directeur : Anne-Marie SCHOTT

SECTEUR SCIENCES ET TECHNOLOGIE

UFR DE SCIENCES ET TECHNOLOGIES Directeur : Fabien DE MARCHI

UFR DE SCIENCES ET TECHNIQUES DES
ACTIVITES PHYSIQUES ET SPORTIVES (STAPS) Directeur : Yannick VANPOULLE
POLYTECH LYON Directeur : Emmanuel PERRIN
I.U.T. LYON 1 Directeur : Christophe VITON
INSTITUT DES SCIENCES FINANCIERES
ET ASSURANCES (ISFA) Directeur : Nicolas LEBOISNE
OBSERVATOIRE DE LYON Directeur : Isabelle DANIEL
ECOLE SUPERIEUR DU PROFESSORAT Directeur : Alain MOUGNIOTTE
ET DE L’EDUCATION (ESPE)

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
U.F.R. FACULTE DE MEDECINE ET DE MAIEUTIQUE LYON SUD-CHARLES MERIEUX

PROFESSEURS DES UNIVERSITES - PRATICIENS HOSPITALIERS (Classe exceptionnelle)

ADHAM Mustapha Chirurgie Digestive

BERGERET Alain Médecine et Santé du Travail
BROUSSOLLE Christiane Médecine int; Gériatrie et biologie vieillissement
BROUSSOLLE Emmanuel Neurologie
BURILLON-LEYNAUD Carole Ophtalmologie
CHIDIAC Christian Maladies infectieuses ; Tropicales
DUBREUIL Christian O.R.L.
ECOCHARD René Bio-statistiques
FLOURIE Bernard Gastroentérologie ; Hépatologie
FOUQUE Denis Néphrologie
GEORGIEFF Nicolas Pédopsychiatrie
GILLY François-Noël Chirurgie générale
GOLFIER François Gynécologie Obstétrique ; gynécologie médicale
GUEUGNIAUD Pierre-Yves Anesthésiologie et Réanimation urgence
KIRKORIAN Gilbert Cardiologie
LAVILLE Martine Nutrition
LAVILLE Maurice Thérapeutique
MALICIER Daniel Médecine Légale et Droit de la santé
MATILLON Yves Epidémiologie, Economie Santé et Prévention
MORNEX Françoise Cancérologie ; Radiothérapie
MOURIQUAND Pierre Chirurgie infantile
NICOLAS Jean-François Immunologie
PIRIOU Vincent Anesthésiologie et réanimation chirurgicale
SALLES Gilles Hématologie ; Transfusion
SIMON Chantal Nutrition
THIVOLET Charles Endocrinologie et Maladies métaboliques
THOMAS Luc Dermato -Vénérologie
VALETTE Pierre Jean Radiologie et imagerie médicale
VIGHETTO Alain Neurologie

PROFESSEURS DES UNIVERSITES - PRATICIENS HOSPITALIERS (1ère Classe)

ANDRE Patrice Bactériologie – Virologie

BERARD Frédéric Immunologie

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
BONNEFOY Marc Médecine Interne, option Gériatrie
BONNEFOY- CUDRAZ Eric Cardiologie
CAILLOT Jean Louis Chirurgie générale
CERUSE Philippe O.R.L
DES PORTES DE LA FOSSE Vincent Pédiatrie
FESSY Michel-Henri Anatomie
FRANCK Nicolas Psychiatrie Adultes
FREYER Gilles Cancérologie ; Radiothérapie
GIAMMARILE Francesco Biophysique et Médecine nucléaire
GLEHEN Olivier Chirurgie Générale
JOUANNEAU Emmanuel Neurochirurgie
LANTELME Pierre Cardiologie
LEBECQUE Serge Biologie Cellulaire
LINA Gérard Bactériologie
LONG Anne Médecine vasculaire
LUAUTE Jacques Médecine physique et Réadaptation
MAGAUD Jean-Pierre Hémato ;transfusion
PEYRON François Parasitologie et Mycologie
PICAUD Jean-Charles Pédiatrie
POUTEIL-NOBLE Claire Néphrologie
PRACROS J. Pierre Radiologie et Imagerie médicale
IOUFFOL Gilles Cardiologie
RODRIGUEZ-LAFRASSE Claire Biochimie et Biologie moléculaire
RUFFION Alain Urologie
SANLAVILLE Damien Génétique
SAURIN Jean-Christophe Hépato gastroentérologie
SEVE Pascal Médecine Interne, Gériatrique
TEBIB Jacques Rhumatologie
THOBOIS Stéphane Neurologie
TRILLET-LENOIR Véronique Cancérologie ; Radiothérapie
TRONC François Chirurgie thoracique et cardio

PROFESSEURS DES UNIVERSITES - PRATICIENS HOSPITALIERS (2ème Classe)

ALLAOUCHICHE Anesthésie-Réanimation Urgence

BARREY Cédric Neurochirurgie
BOHE Julien Réanimation urgence
BOULETREAU Pierre Chirurgie maxillo-faciale et stomatologie

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
BREVET-QUINZIN Marie Anatomie et cytologie pathologiques
CHAPET Olivier Cancérologie, radiothérapie
CHOTEL Franck Chirurgie Infantile
COTTE Eddy Chirurgie générale
DALLE Stéphane Dermatologie
DEVOUASSOUX Gilles Pneumologie
DISSE Emmanuel Endocrinologie diabète et maladies métaboliques
DORET Muriel Gynécologie-Obstétrique ; gynécologie médicale
DUPUIS Olivier Gynécologie-Obstétrique ; gynécologie médicale
FARHAT Fadi Chirurgie thoracique et cardiovasculaire
FEUGIER Patrick Chirurgie Vasculaire,
FRANCO Patricia Physiologie
GHESQUIERES Hervé Hématologie
GILLET Pierre-Germain Biologie Cell.
HAUMONT Thierry Chirurgie Infantile
KASSAI KOUPAI Berhouz Pharmacologie Fondamentale, Clinique
LASSET Christine Epidémiologie., éco. santé
LEGER FALANDRY Claire Médecine interne, gériatrie
LIFANTE Jean-Christophe Chirurgie Générale
LUSTIG Sébastien Chirurgie. Orthopédique,
MOJALLAL Alain-Ali Chirurgie. Plastique.,
NANCEY Stéphane Gastro Entérologie
PAPAREL Philippe Urologie
PIALAT Jean-Baptiste Radiologie et Imagerie médicale
POULET Emmanuel Psychiatrie Adultes
REIX Philippe Pédiatrie
SALLE Bruno Biologie et Médecine du dév. et de la reproduction
SERVIEN Elvire Chirurgie Orthopédique
TAZAROURTE Karim Thérapeutique
THAI-VAN Hung Physiologie
TRAVERSE-GLEHEN Alexandra Anatomie et cytologie pathologiques
TRINGALI Stéphane O.R.L.
WALLON Martine Parasitologie mycologie
WALTER Thomas Gastroentérologie - Hépatologie

PROFESSEURS ASSOCIES NON TITULAIRE

FILBET Marilène Thérapeutique

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
SOUQUET Pierre-Jean Pneumologie

PROFESSEUR DES UNIVERSITES - MEDECINE GENERALE - TITULAIRE

DUBOIS Jean-Pierre
ERPELDINGER Sylvie

PROFESSEUR ASSOCIE - MEDECINE GENERALE – NON TITULAIRE

DUPRAZ Christian

PROFESSEURS ASSOCIES SCIENCES ET TECHNOLOGIES - MEDECINE GENERALE

BONIN Olivier

MAITRES DE CONFERENCES DES UNIVERSITES - PRATICIENS HOSPITALIERS (Hors Classe)

ARDAIL Dominique Biochimie et Biologie moléculaire

BOUVAGNET Patrice Génétique
CHARRIE Anne Biophysique et Médecine nucléaire
DELAUNAY-HOUZARD Claire Biophysique et Médecine nucléaire
LORNAGE-SANTAMARIA Jacqueline Biologie et Médecine du dév. et de la reproduction
MASSIGNON Denis Hématologie – Transfusion
RABODONIRINA Méja Parasitologie et Mycologie
VAN GANSE Eric Pharmacologie Fondamentale, Clinique

MAITRES DE CONFERENCES DES UNIVERSITES – PRATICIENS HOSPITALIERS (1ère Classe)

BELOT Alexandre Pédiatrie

BRUNEL SCHOLTES Caroline Bactériologie virologie ; Hyg.hosp.
CALLET-BAUCHU Evelyne Hématologie ; Transfusion
COURAUD Sébastien Pneumologie
DECAUSSIN-PETRUCCI Myriam Anatomie et cytologie pathologiques
DESESTRET Virginie Cytologie – Histologie
DIJOUD Frédérique Anatomie et Cytologie pathologiques
DUMITRESCU BORNE Oana Bactériologie Virologie
GISCARD D’ESTAING Sandrine Biologie et Médecine du dév. et de la reproduction
MILLAT Gilles Biochimie et Biologie moléculaire

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
PERROT Xavier Physiologie
PONCET Delphine Biochimie, Biologie moléculaire
RASIGADE Jean-Philippe Bactériologie – Virologie ; Hygiène hospitalière
VUILLEROT Carole Médecine Physique Réadaptation

MAITRES DE CONFERENCES DES UNIVERSITES - PRATICIENS HOSPITALIERS (2ème Classe)

COURY LUCAS Fabienne Rhumatologie

DEMILY Caroline Psy-Adultes
FRIGGERI Arnaud Anesthésiologie
HALFON DOMENECH Carine Pédiatrie
LEGA Jean-Christophe Thérapeutique
LOPEZ Jonathan Biochimie Biologie Moléculaire
MAUDUIT Claire Cytologie – Histologie
MEWTON Nathan Cardiologie
NOSBAUM Audrey Immunologie
PUTOUX DETRE Audrey Génétique
RAMIERE Christophe Bactério-viro
SUBTIL Fabien Biostats
SUJOBERT Pierre Hématologie
VALOUR Florent Mal infect.

MAITRES DE CONFERENCES ASSOCIES – MEDECINE GENERALE

CHANELIERE Marc
PERDRIX Corinne

PROFESSEURS EMERITES
Les Professeurs émérites peuvent participer à des jurys de thèse ou d’habilitation. Ils ne peuvent pas être président du jury.

ANNAT Guy Physiologie

BERLAND Michel Gynécologie-Obstétrique ; gynécologie médicale
CARRET Jean-Paul Anatomie - Chirurgie orthopédique
DALERY Jean Psychiatrie Adultes
FLANDROIS Jean-Pierre Bactériologie – Virologie ; Hygiène hospitalière
LLORCA Guy Thérapeutique
MOYEN Bernard Chirurgie Orthopédique
PACHECO Yves Pneumologie

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
PERRIN Paul Urologie
SAMARUT Jacques Biochimie et Biologie moléculaire

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Table des matières
Remerciements...................................................................................................................................................... 11
Abréviations .......................................................................................................................................................... 12
Introduction........................................................................................................................................................... 13
Etat des lieux ......................................................................................................................................................... 14
La grippe, données de virologie ........................................................................................................................ 14
Diagnostic ......................................................................................................................................................... 15
Les facteurs de risque de grippe grave ............................................................................................................. 15
Stratégies thérapeutiques................................................................................................................................. 16
Vaccination ................................................................................................................................................... 16
Traitement antiviral ...................................................................................................................................... 17
Place du traitement antibiotique .................................................................................................................. 18
Les outils microbiologiques à disposition .......................................................................................................... 18
Méthode indirecte ........................................................................................................................................ 18
Méthodes directes ........................................................................................................................................ 19
Recommandations concernant l’utilisation des tests diagnostiques ................................................................ 21
Recommandations françaises....................................................................................................................... 21
Recommandations américaines ................................................................................................................... 22
Les problématiques associées à la grippe ......................................................................................................... 22
L’épidémiologie de la grippe, un problème de santé publique ..................................................................... 22
La saturation hospitalière accentuée en période d’épidémie grippale ......................................................... 23
Lutte contre l’épidémie, nécessité d’un diagnostic rapide pour un isolement efficace ................................ 24
Surconsommation d’antibiotiques en France ............................................................................................... 24
L’apport des nouvelles techniques, encore peu étudié en pratique .............................................................. 26
Lien ........................................................................................................................................................................ 27
Matériel et méthodes ............................................................................................................................................ 28
Objectifs de l’étude ........................................................................................................................................... 28
Caractéristiques de l’étude ............................................................................................................................... 28
Inclusion des dossiers ........................................................................................................................................ 29
Le recueil des données ...................................................................................................................................... 31
La recherche documentaire .............................................................................................................................. 32
Résultats ................................................................................................................................................................ 33
Syndromes grippaux tout venant aux urgences ................................................................................................ 33
Caractéristiques de la population étudiée ........................................................................................................ 34
Analyse des critères de réalisation du test diagnostique .................................................................................. 35

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
 Comorbidités à risque de grippe grave ......................................................................................................... 35
Signes de gravité .......................................................................................................................................... 36
Symptomatologie ......................................................................................................................................... 36
Voyage .......................................................................................................................................................... 37
Résultats du test ............................................................................................................................................... 37
RT-PCR .......................................................................................................................................................... 37
Délai.............................................................................................................................................................. 38
Analyse de l’impact de la positivité du test diagnostique sur la prise en charge des patients ......................... 38
Adaptation de la prise en charge diagnostique ............................................................................................ 38
Orientation des patients remplissant les indications de réalisation du test ................................................. 39
Mise en place d’isolement ............................................................................................................................ 40
Adaptation de la prise en charge thérapeutique .......................................................................................... 41
Discussion .............................................................................................................................................................. 42
Réponses aux questions posées ........................................................................................................................ 42
Bon respect du protocole ? ........................................................................................................................... 42
Tests légitimes ? ........................................................................................................................................... 42
Forces du travail................................................................................................................................................ 43
Indications pertinentes ................................................................................................................................. 43
Données recueillies compatibles avec les données régionales ..................................................................... 43
Patients bien ciblés ....................................................................................................................................... 44
Intérêt pour le patient, le service, l’hôpital ................................................................................................... 44
Un retour d’expérience nouveau .................................................................................................................. 45
Limites et biais .................................................................................................................................................. 46
Limites et biais théoriques de l’étude ........................................................................................................... 46
Limites ressenties par les équipes ................................................................................................................. 46
Limites rencontrées à l’analyse des données ................................................................................................ 47
Perspectives ...................................................................................................................................................... 48
Mise en application ultérieure : les données de l’épidémie 2016-2017 ........................................................ 48
Axes d’amélioration ...................................................................................................................................... 49
Test diagnostique grippe : un outil d’éducation ? ........................................................................................ 50
Conclusion ............................................................................................................................................................. 51
Bibliographie ......................................................................................................................................................... 53
Annexes ................................................................................................................................................................. 56
Remerciements...................................................................................................................................................... 61
Serment d’Hippocrate ........................................................................................................................................... 62

10

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Remerciements

Monsieur le Professeur Arnaud HOT

Je te remercie d’avoir accepté la présidence de cette thèse, c’est un honneur de t’avoir à mes côté en ce jour.
Avec toute ma reconnaissance et mon profond respect.

Monsieur le Professeur Bruno LINA

Je vous remercie d’avoir accepté de participer à ce jury et de juger mon travail. Recevez ici ma sincère
reconnaissance.

Monsieur le Professeur Karim TAZAROURTE

Je vous remercie d’avoir accepté de participer à ce jury, de m’avoir aiguillé au cours de mon travail et de le
juger aujourd’hui. Recevez ici ma sincère reconnaissance.

Madame le Docteur Sylvie MEYRAN

Je vous remercie de m’avoir proposé cette thèse et d’avoir accepté de participer à ce jury. Merci pour votre
confiance et votre soutien. Avec toute ma reconnaissance et mon profond respect.

Madame le Docteur Laurence PARMELAND

Merci de m’avoir consacré un peu de ton temps pour répondre à mes questions de clinicienne découvrant le
monde du laboratoire. Avec toute ma reconnaissance et mon profond respect.

Madame le Docteur Caroline PARISET

Merci de m’avoir guidé tout au long de cette thèse. Merci pour tes relectures minutieuses et tes conseils. Merci
pour tout le temps que tu y as consacré. Avec toute ma reconnaissance et mon profond respect.

11

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Abréviations
ADN : Acide Désoxyribo-Nucléique

AMM : Autorisation de Mise sur le Marché

ANSM : Agence Nationale de Sécurité du Médicament

ARN : Acide Ribo-Nucléique

BU : Bandelette Urinaire

CDC : Center for Disease Control and prevention

CNR : Centre National de Référence

COREB : Coordination Opérationnelle du Risque Epidémique et Biologique

DMU : Dossier Médical des Urgences

ECBU : Examen Cyto-Bactériologique des Urines

EHPAD : Etablissement d’Hébergement pour Personnes Agées Dépendantes

FDA : Food and Drug Administration

HCSP : Haut Conseil de Santé Publique

IMC : Indice de Masse Corporelle

InVS : Institut de Veille Sanitaire

OSCOUR : Organisation de la Surveillance COrdonnée des URgences

SpFrance : Santé Publique France

SPILF : Société de Pathologie Infectieuse de Langue Française

RT-PCR : Reverse-Transcriptase Polymerase-Chain-Reaction

SMU : Service Médical des Urgences

TDR : Test de Diagnostic Rapide

TROD : Test Rapide d’Orientation Diagnostique

VRS : Virus Respiratoire Syncytial

12

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Introduction
La grippe humaine classique (grippe saisonnière) est une infection virale très fréquente et souvent bénigne (1).
Elle est un motif de consultation fréquent, notamment en cabinet de médecine générale ou dans les services
hospitaliers de premiers recours comme les urgences (2). Sa forme classique en période épidémique ne pose
généralement pas de problème diagnostique, et repose sur l’interrogatoire et l’examen physique : les tests
virologiques ne sont pas nécessaires en pratique courante. En revanche, certaines situations peuvent amener à
la réalisation d’un test microbiologique de confirmation (1). Nous proposons une analyse descriptive de la mise
en route d’un nouveau protocole de service encadrant la mise à disposition d’un test de diagnostic rapide par
RT-PCR de la grippe dans un service d’urgences lyonnais au cours de la saison épidémique 2015-2016.

13

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Etat des lieux

La grippe, données de virologie

Le virus de la grippe, ou Orthomyxovirus influenzae, est un virus à ARN enveloppé classé parmi les virus
respiratoires, c’est-à-dire ayant pour organe cible habituel et principal la muqueuse respiratoire ciliée. (1,3)

Il existe trois types de virus grippaux : les virus influenza A qui peuvent être responsables de symptomatologies
graves et de pandémies, les virus influenza B donnant habituellement des infections bénignes, et les virus
influenza C qui passent souvent inaperçus. (1,3)

Le génome viral est sous forme d’ARN segmenté, favorisant considérablement les réassortiments génétiques :

- Les glissements antigéniques, c’est-à-dire des mutations modérées des gènes codant pour les
protéines de surface, responsable d’épidémies saisonnières ; (1,3)
- Les cassures, qui ne concernent que les virus A, induisant un changement radical des protéines de
surface, responsable d’une perte d’immunité et des pandémies. (1,3)

L’enveloppe virale porte deux principales glycoprotéines, l’hémagglutinine (H) et la neuraminidase (N),
nécessaires à la multiplication virale. Ce sont ces glycoprotéines qui sont reconnues par le système immunitaire
et conduisent à la production d’anticorps neutralisants, également principe de base de la vaccination. (1,3)

Après pénétration du virus dans l’organisme par voie respiratoire (inhalation de micro-gouttelettes de salive
projetées par les sujets infectés), le virus se multiplie directement dans l’arbre respiratoire cilié (du nez aux
bronchioles), sans passage systémique. L’incubation est donc courte, de 1 à 3 jours. La multiplication virale est
responsable d’une nécrose de l’épithélium respiratoire cilié, avec des lésions intenses mais réversibles, qui
s‘accompagnent d’hypersécrétion de mucus bronchique. Les sujets sont contagieux 1 à 2 jours avant le début
des symptômes, et jusqu’à 4-5 jours après (1,3). En milieu hospitalier, l’isolement nécessaire pour éviter la
dissémination du virus est de type gouttelettes, et requière l’utilisation d’un masque chirurgical pour le patient
et pour le contact, associée à un lavage des mains rigoureux, pendant les 7 jours suivant l’apparition des
symptômes, quelle que soit le statut vaccinal ou la prise en charge thérapeutique (4). En cas de réalisation
d’une fibroscopie bronchique, il est recommandé un masque FFP2 pour le soignant (4).

Sur le plan clinique, les symptômes apparaissent brutalement. Les signes généraux, qui seraient en rapport
avec une libération de cytokines par les cellules infectées et les lymphocytes activés, sont généralement
intenses (algies diffuses, fièvre élevée > 39°C, asthénie) et parfois discordants avec les manifestations
respiratoires qui peuvent être discrètes (rhinorrhée, toux). L’examen physique est habituellement normal. Les
symptômes durent 3 à 5 jours. (1,3,5)

14

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Les principaux facteurs de mortalité sont la surinfection bactérienne, la décompensation de comorbidités, et la
grippe maligne responsable d’un tableau de syndrome de détresse respiratoire aiguë. Ces complications
surviennent classiquement sur des terrains fragiles préexistants, mais les sujets sains ne sont pas épargnés. (3)

Diagnostic

Le diagnostic de grippe est avant tout clinique et épidémiologique. (1,6)

L’argument épidémiologique est essentiel au diagnostic : période hivernale (d’octobre à avril), notion
d’épidémie grippale en cours (réseaux de surveillance sentinelle ou sur le site de l’Institut de Veille Sanitaire -
Santé Publique France). Néanmoins, il existe des cas isolés de grippe de septembre à mai. En dehors des
contextes épidémiques locaux, le diagnostic de grippe est très peu probable, sauf voyage récent en zone
d’épidémie. En effet, les périodes épidémiques sont inversées entre l’hémisphère Nord et l’hémisphère Sud, et
des cas de grippe sont décrits tout au long de l’année en zone tropicale. (3,7)

En période d’épidémie grippale, une symptomatologie typique suffit au diagnostic : après contact avec un sujet
infecté, apparition dans les suites d’une incubation courte de 2 à 3 jours d’une fièvre élevée à 39°C – 40°C
associée à une altération de l’état général et un syndrome algique diffus (myalgies, arthralgies, céphalées, …).
Les signes respiratoires sont initialement pauvres : toux plutôt sèche, catarrhe rhinopharyngé. (1,3,7,5)

L’examen physique est peu contributif, et est principalement utile pour éliminer les diagnostics différentiels ou
les complications. L’auscultation pulmonaire notamment ne met pas en évidence de foyer infectieux ou de
bruits surajoutés. (1,3,7)

L’évolution est brève, la température décroit en quelques jours, les autres signes disparaissent parallèlement,
sauf l’asthénie et la toux qui peuvent persister plus de deux semaines. (3,6)

En cas de ré-ascension thermique, il conviendra de rechercher des signes de surinfection bactérienne,

classiquement responsable du V grippal. Les bactéries les plus fréquemment isolées dans ce contexte sont
Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus aureus et Haemophilus influenzae. (3,6)

Les facteurs de risque de grippe grave

Les populations les plus à risque de grippe grave sont :

- les sujets âgés de > 65 ans,

- les patients présentant des comorbidités (cardiaques, pulmonaires, rénales, hépatiques ou
neurologiques),
- les femmes enceintes,
- les personnes obèses morbides (indice de masse corporelle (IMC) > 40kg/m²),

15

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
 - les personnes diabétiques,
- les personnes immunodéprimées. (6)

Stratégies thérapeutiques

La grippe est une maladie virale, qui ne nécessite pas forcément de thérapie antivirale pour que son évolution
soit favorable. En médecine ambulatoire, le traitement est essentiellement symptomatique, comportant repos,
hydratation, antalgiques-antipyrétiques par paracétamol, et désobstruction nasopharyngée au sérum
physiologique. (6)

Vaccination

C’est la seule stratégie qui a prouvé une efficacité en termes de réduction de la morbi-mortalité liée à
l’infection grippale. Son taux de protection est évalué aux alentours de 60-70%. (3)

Il s’agit d’un vaccin trivalent inactivé, administré par voie intramusculaire ou sous cutanée. Ses cibles
antigéniques sont les principales glycoprotéines de l’enveloppe virale (neuraminidase et hémagglutinine). Il est
développé tous les ans en fonction des souches circulantes de l’année précédente (les 2 principales souches du
virus A, et la principale du virus B). Il est donc à renouveler de façon annuelle (3). Pour l’épidémie 2015-2016,
selon les recommandations de l’Organisation Mondiale de la Santé, suivies par l’Agence Européenne du
Médicament, le vaccin grippal saisonnier trivalent pour l’hémisphère Nord comporte les analogues des trois
souches suivantes : la souche A/California/7/2009 (H1N1)pdm09-like virus, la souche
A/Switzerland/9715293/2013 (H3N2)-like virus et la souche B/Phuket/3073/2013-like virus. (8)

Son efficacité n’est pas parfaite, bien qu’indiscutable, en raison du glissement antigénique d’une année sur
l’autre des souches virales, et de la concentration basse d’anticorps dans l’épithélium respiratoire cilié, zone de
réplication du virus. (3)

La vaccination est à débuter au moins 15 jours avant le début de l’épidémie grippale. Elle est possible à partir
de l’âge de 6 mois. (6)

Elle n’est pas obligatoire mais fortement recommandée chez :

- les sujets à risque : personnes âgées de plus de 65 ans, comorbidités cardiaques / pulmonaires /
rénales / hépatiques / neurologiques, sujets immunodéprimés, diabétiques, femmes enceintes,
personnes obèses avec IMC > 40kg/m2, personnes séjournant en établissement de soins de façon
prolongée ;
- l’entourage familial des nourrissons de moins de 6 mois présentant des facteurs de risque de grippe
grave ;

16

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
 - le personnel soignant. (6)

En France, son prix à l’unité est de 5 à 6 euros en 2017, pris en charge à 100% par la sécurité sociale en cas de
facteurs de risque de complication grave de la grippe. (9)

Traitement antiviral

Il est clairement authentifié que le traitement antiviral n’est pas une alternative à la vaccination anti-grippale.
(7)

Curatif

Les molécules ayant une autorisation de mise sur le marché (AMM) dans le traitement de la grippe sont les
inhibiteurs de la protéine M2, protéine de la matrice virale (amantadine) et les inhibiteurs de la neuraminidase
(oseltamivir et zanamivir). (7)

L’amantadine permettrait une réduction de la durée de la fièvre d’un jour. Elle ne cible que le virus A. (7)

Les inhibiteurs de la neuraminidase permettraient de réduire l’intensité des symptômes, et la durée de la

grippe d’environ un jour, lorsqu’ils sont administrés dans les deux jours suivant l’apparition des symptômes. Les
inhibiteurs de la neuraminidase réduiraient également les complications de la grippe requérant la prescription
d’antibiotiques. (7)

Le traitement antiviral est recommandé pour :

- les patients à risque de grippe compliquée, suspect de grippe, en période de circulation virale, quel
que soit son statut vaccinal, dans les 48 heures suivant l’apparition de la symptomatologie (6,7) ;
- les patients grippés présentant une grippe grave d’emblée, ou une grippe compliquée d’aggravation
rapide (6) ;
- les patients pour lesquels l’hospitalisation s’impose (6).

A ce jour en France, seul l’oseltamivir est disponible. (10)

Prophylactique

Les meilleurs moyens de prévenir l’infection grippale sont la vaccination, et les mesures physiques d’isolement
des sujets contacts : port du masque, lavage des mains systématique. (7)

L’oseltamivir a une autorisation de mise sur le marché en traitement prophylactique et préemptif de l’infection
grippale. (10)

17

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Le Haut Conseil de Santé Publique (HCSP) recommande un traitement prophylactique (demie-dose curative) en
post-exposition (contact étroit datant de moins de 48h) chez :

- Les patients à risque de complication

- Les patients vivant en collectivité à risque de type Etablissement d’Hébergement pour Personnes
Agées Dépendantes (EHPAD). (10)

Il est recommandé un traitement préemptif (dose curative) en post-exposition, après contact étroit avec la
grippe datant de < 48 heures, pour les patient à très haut risque de complication (pathologies chroniques
décompensées ou à fort risque de décompensation). (10)

Place du traitement antibiotique

Les antibiotiques n’ont aucun intérêt dans le traitement d’une grippe en l’absence de surinfection pulmonaire.
Un débat est en cours concernant les indications précises de l’antibiothérapie dans la grippe, opposant le
principe de « bon usage » des antibiotiques tendant à en limiter l’usage en l’absence de documentation
objective d’infection bactérienne, et une utilisation plus « ouverte » compte tenu de la difficulté d’affirmer le
diagnostic de co-infection bactérienne et son possible impact sur la survenue d’une forme grave. (6)

En cas de suspicion de co-infection bactérienne, afin de couvrir les principales bactéries responsables dans les
contextes grippaux (S. pneumoniae, S. aureus et H. influenzae), l’antibiotique de choix est alors l’association
amoxicilline – acide clavulanique (6,7). En cas d’allergie, une fluoroquinolone active sur le pneumocoque est
recommandée (lévofloxacine ou moxifloxacine) (7).

Les outils microbiologiques à disposition

Comme indiqué ci-dessus, le diagnostic de la grippe est avant tout épidémiologique et clinique. Aucun examen
complémentaire n’est nécessaire et recommandé en pratique courante. (1,3,6)

Toutefois, il existe plusieurs techniques permettant d’objectiver la présence du virus.

Méthode indirecte

Sérologie

La sérologie grippale n’est pas utilisée en pratique courante. En effet, son principe étant d’objectiver une
séroconversion ou une hausse significative du taux d’anticorps (supérieure à 4 fois le titre initial ou 2 dilutions),

18

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
un délai de 2 à 3 semaines est nécessaire à l’examen, et le rend inutile pour la prise en charge du patient
suspect de grippe. (3)

Méthodes directes

Les prélèvements sont issus d’un écouvillonnage naso-pharyngé ou d’une aspiration trachéobronchique (en
pédiatrie ou en unité de soins continus).

Culture virale

Elle permet de rendre le virus disponible pour son identification, sa caractérisation antigénique et génomique,
pour l’analyse de ses résistances aux antiviraux, pour la préparation vaccinale. La culture virale se fait sur des
milieux de cultures spécifiques, pour permettre aux virions de pénétrer dans les cellules. L’infection est ensuite
détectée par l’apparition d’un effet cytopathogène. La confirmation du type viral se fait par
immunofluorescence grâce à des anticorps monoclonaux spécifiques. Cette technique n’est plus utilisée en
routine. (3,7)

Méthodes immunoenzymatiques

Plusieurs techniques existent selon les laboratoires. Elles nécessitent un prélèvement de qualité afin d’avoir un
nombre suffisant de cellules infectées. Après suspension en milieu liquide, celui-ci est centrifugé, pour
permettre un recueil des cellules concentrées, qui sont ensuite lavées puis déposées sur une lame de
microscopie optique, séchées et fixées. La préparation est alors colorée avec des anticorps de souris
monoclonaux spécifiques, qui sont soit conjugués à une substance marquée (immunofluorescence directe), soit
mis en évidence de façon secondaire par des anticorps anti-souris marqués (immunofluorescence indirecte).
(3,11)

En comparaison avec la culture virale, les techniques immunoenzymatiques ont une sensibilité variable entre
70-100%, une spécificité entre 80-100%, une valeur prédictive positive entre 85-94% et une valeur prédictive
négative entre 96-100%. Les résultats sont disponibles en 30 à 90 minutes, et nécessitent un lecteur
expérimenté. (11)

Des Tests Rapides d’Orientation Diagnostique (TROD), reposant sur ce principe immunoenzymatique,
réalisables pour certain au lit du patient en quelques minutes, sont disponibles pour les soignants. Le principe
est l’immunochromatographie : les antigènes viraux sont détectés par les anticorps spécifiques fixés sur une

19

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
bandelette ou membrane, présentée soit isolément pour être immergée directement avec l’échantillon, soit
placées dans des « cassettes ». (12)

Leur sensibilité est moindre (en moyenne 62,3%) et très variable d’un t’est à l’autre. Elle dépend de l’âge du
patient (meilleure chez les sujets jeunes), du type viral (meilleure pour le virus A), du délai de réalisation du test
après le début des signes (au mieux dans les 48h). Elle est sujette à des erreurs de lectures. Une lecture
automatisée du résultat permet de limiter ces erreurs. Leur spécificité est élevée, à 100%, leur valeur prédictive
positive est excellente en période de circulation virale intense. Les faux négatifs sont possibles, notamment si le
niveau d’antigènes est inférieur au seuil de détection du test, en cas de prélèvement de mauvaise qualité ou
trop tardif (13). En cas de TROD négatif et de forte suspicion diagnostique, un test moléculaire doit être
demandé, mais ne doit pas retarder la prise en charge thérapeutique. (12)

Méthodes moléculaires

C’est actuellement la méthode de référence (6).

La PCR (Polymerase Chain Reaction) est une technique d’amplification d’ADN in vitro. Elle permet d’obtenir un
très grand nombre de copies d’une séquence d’ADN choisie. Après une éventuelle première étape de
transformation de l’ARN en ADN par une reverse transcriptase (d’où le terme de RT-PCR), comme dans le cas
du virus à ARN de la grippe, chaque cycle de PCR est constitué de trois étapes :

- une dénaturation de l’ADN par chauffage pour séparer les deux brins qui le composent
- une hybridation des amorces aux extrémités de la séquence recherchée
- une élongation grâce à l’action d’une ADN polymérase.

Ce cycle est répété un grand nombre de fois pour obtenir une multiplication exponentielle de la séquence
d’ADN ciblée. (14)

Le matériel génétique amplifié peut être révélé soit en fin de réaction grâce à une technique d’électrophorèse
(PCR en point final), soit au fur et à mesure de la réaction grâce à une technique de fluorescence (PCR en temps
réel), permettant de raccourcir la durée de la technique. (14)

Plusieurs laboratoires proposent actuellement des techniques de RT-PCR en temps réel pour le diagnostic
rapide de la grippe, rendant des résultats comparables à la méthode classique en quelques dizaines de
minutes. L’ensemble de la technique étant automatisée, elle ne demande que 2 minutes de manipulation par le
personnel du laboratoire, et ne nécessite pas de qualification particulière. Cela rend légitime l’utilisation de cet
outil comme test de diagnostic d’urgence, possible en première intention. L’annexe 1 liste l’ensemble des tests
moléculaires sur le marché autorisés par la FDA américaine (Food and Drug Administration). (15)

La sensibilité de ces tests est estimée aux alentours de 96%, la spécificité de 99%, la valeur prédictive positive
de 96% et la valeur prédictive négative de 99%.(16)

20

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
 Recommandations concernant l’utilisation des tests diagnostiques

Recommandations françaises

En France, les conditions et modalités de réalisation d’un test grippe sont peu codifiées. Les recommandations
de la Société de Pathologie Infectieuse de Langue Française (SPILF) de 2006 concernant la grippe n’abordent
que très peu la question de l’utilisation des tests diagnostiques (7). Les recommandations officielles les plus
récentes, du HCSP, concernent les cas groupés d’infections respiratoires hautes en EHPAD (17).

Le choix du test d’identification recommandé reste libre, et dépend des volontés des établissements. Le HCSP
rappelle l’importance d’un diagnostic virologique rapide. Il précise que les tests moléculaires, plus sensibles,
sont mieux indiqués (17,18). En cas de test négatif par technique immunoenzymatique, et de certitude
diagnostique nécessaire, un test moléculaire doit être demandé, et un éventuel traitement débuté sans
attendre les résultats (17). En dehors de la période de circulation grippale, la réalisation de TROD grippe est
considérée comme inutile, et il est recommandé de réaliser des tests moléculaires multiplexes permettant de
détecter de nombreux autres pathogènes. (17)

Il est recommandé de réaliser un prélèvement naso-pharyngé par écouvillonnage profond (endonasal). Après
une formation à la technique de prélèvement, celui-ci peut être réalisé par le personnel soignant de
l’établissement, ou le médecin coordonnateur, ou le personnel du laboratoire (17,18). L’écouvillonnage
endonasal doit être réalisé avec des écouvillons en nylon floqué, permettant un recueil optimal des sécrétions
et des cellules respiratoires. Après avoir fait moucher le patient, la technique consiste à insérer l’écouvillon
dans une narine, de le pousser délicatement le plus loin possible parallèlement au palais, et de réaliser des
mouvements rotatifs pendant une quinzaine de secondes en grattant les parois afin de recueillir des cellules.
Une fois le prélèvement réalisé, celui-ci doit être transporté dans un milieu de conservation et de transport
pour virus (17).

Le document de travail rédigé par le SPILF en partenariat avec le Coordination Opérationnelle du Risque
Epidémiologique et Biologique (COREB) en février 2016 rappelle l’aide modeste des examens biologiques de
confirmation virologiques pour un patient sans facteur de risque ni signe de gravité. (6)

Les indications qui y sont retenues sont :

- Patient présentant un signe de gravité

- Patient à risque de complications, notamment s’il est adressé en milieu hospitalier,
- En pédiatrie, notamment aux urgences pédiatrique, du fait de la difficulté diagnostique clinique chez
les enfants grippés,

21

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
 - Patients grippés dans les collectivités de personnes à risque (EHPAD, maison de retraite, …)
- Patient dont un membre de l’entourage proche est à risque de complication. (6)

Un autre rapport du comité d’expert du COREB de 2010 évoque de façon plus spécifique les indications, aux
urgences, de prise en charge diagnostique des cas suspects de grippe saisonnière en période d’épidémie
grippale. En association à un examen clinique approfondi, plus ou moins un examen radiologique, ils
recommandent de réaliser des prélèvements virologiques aux urgences pour :

- Les patients à risque de grippe compliquée suspects de grippe (l’hospitalisation n’est pas notée
comme systématiquement nécessaire),
- Les patients suspects de grippe avec signes de gravité clinique,
- Les patients hospitalisés pour suspicion de grippe,
- Les patients hospitalisés pour pneumopathie. (18)

Recommandations américaines

Aux Etats Unis, le Center for Disease Control and prevention (CDC) recommande la réalisation d’un test de
dépistage de la grippe en cas :

- de suspicion de grippe nécessitant une hospitalisation

- de prise en charge potentiellement modifiée par le résultat d’un test de dépistage de la grippe, c’est-à-
dire la discussion d’un traitement antiviral ou antibiotique, de la poursuite des explorations
complémentaires, d’une prise en charge à domicile, ou d’un risque de contact avec des sujets à haut
risque de complication en cas de grippe. (19)

Il est rappelé la nécessité de réaliser le prélèvement naso-pharyngé au plus tôt après le début de symptômes,
et que les tests moléculaires par RT-PCR sont à préférer du fait de leur meilleure sensibilité, et d’une plus
longue période de positivité des prélèvements après le début des symptômes. (19)

Les problématiques associées à la grippe

L’épidémiologie de la grippe, un problème de santé publique

Les réseaux de surveillance épidémiologiques de la grippe, pour isolement et caractérisation des nouvelles
souches, sont indispensables au diagnostic et à la préparation des vaccins. L’Institut de Veille Sanitaire (InVS),
nouvellement appelé Santé Publique France (SpFrance), s’appuie sur un réseau d’acteurs tels que les médecins
libéraux, les urgentistes, les laboratoires, les réanimateurs et les épidémiologistes pour fournir tout au long de

22

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
la période épidémiques des bulletins de surveillance hebdomadaire, disponibles pour tous sur son site internet
(20).

De façon globale, selon les années, on estime que 5 à 15% de la population française est touchée, dont moins
de 15% âgés de plus de 65 ans. La mortalité moyenne de l’épidémie de grippe saisonnière est classiquement
aux alentours de 0,1%, soit environ 2000 décès pour 2 millions de consultations pour syndrome grippal par an
(3). Elle est régulièrement responsable d’un excès de mortalité, comme au cours de l’épidémie 2014-2015 :
18300 décès en France toutes causes confondues, soit une estimation de 14490 décès attribuables à la grippe
(c’est-à-dire 70% de l’excès observé) (20).

Au cours de l’hiver 2015-2016, sur le territoire français, l’InVS a rapporté 2,3 millions de consultations pour
syndrome grippal, 1050 cas graves admis en réanimation. Cette épidémie grippale 2015-2016 a été tardive
(début déclaré à la 4ème semaine de janvier) et prolongée (11 semaines, soit jusqu’à la 1ère semaine d’avril),
d’ampleur et de gravité modérée, dominée par le virus de type B Victoria (69%) en médecine ambulatoire. Les
cas graves étaient principalement rapportés au virus de type A H1N1 pdm09. (21)

A l’échelle de la région Rhône-Alpes-Auvergne, l’épidémie grippale 2015-2016 a représenté 344 000

consultations, soit 4,4% de la population. Les moins de 15 ans représentaient 36% des consultations SOS
médecins, 60% des passages aux urgences, et 39% des hospitalisations. 189 cas graves admis en réanimation
ont été recensés. (22)

L’impact socio-économique de la grippe est dominé par la morbidité ne nécessitant pas d’hospitalisation, au
travers des coûts indirects, c’est-à-dire liés à la perte de production secondaire à l’absence au travail (estimés à
4 +/- 2,8 jours). (1,3)

La grippe est donc une maladie fréquente, responsable d’une mortalité (principalement chez les sujets âgés ou
ayant des comorbidités) et d’une morbidité (notamment celle ne nécessitant pas hospitalisation) non
négligeable, chez les sujets âgés comme les sujets jeunes.

La saturation hospitalière accentuée en période d’épidémie grippale

L’épidémie grippale 2016-2017 a récemment illustré le problème de la saturation hospitalière accentuée en

période d’épidémie grippale. La surmédiatisation de cette épidémie particulièrement virulente a rendu
publique les problématiques d’encombrement des urgences et de gestions de lits d’hospitalisation
classiquement rencontrés en période hivernale. (23–27)

La grippe est en effet responsable d’un nombre conséquent de consultations aux urgences tous les ans, avec
une forte proportion d’hospitalisation, principalement chez les sujets âgés de 65 ans et plus. Par exemple, au
cours de cette dernière épidémie 2016-2017, le réseau d’Organisation de la Surveillance COordonnée des
URgences (OSCOUR), principal acteur de la surveillance épidémiologique de la grippe dans les services

23

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
d’urgences français, a rapporté près de 40 000 passages aux urgences pour grippe tous âges confondus, dont
15% ont donné lieu à une hospitalisation. Parmi les patients hospitalisés, 13% appartenaient à la tranche d’âge
des 65-74 ans, et 56% étaient âgés de 75 ans et plus. Comparés à 2014-2015, le nombre d’hospitalisation pour
grippe pendant cette épidémie a doublé chez les 65-74 ans et triplé chez les 75 ans et plus. (28)

Lutte contre l’épidémie, nécessité d’un diagnostic rapide pour un isolement efficace

La meilleure prophylaxie anti-grippale repose sur la vaccination. La prévention non-vaccinale de la grippe

repose principalement sur les mesures d’isolement des sujets contacts. Les modes de transmission principaux
de la grippe sont la transmission par aérosols, et le manuportage (à moindre mesure). Des mesures de
prévention physiques simples peuvent être facilement mises en route, dès lors qu’une infection grippale est
suspectée. (4)

En milieu hospitalier, pour éviter toute transmission nosocomiale, en association aux recommandations
vaccinales du personnel de l’établissement, il est impératif que tout sujet grippé soit rapidement identifié et
isolé. (17)

Les mesures à mettre à place sont :

- pour le personnel, le port de masque chirurgical ou FFP2, de gants, d’une blouse, et le lavage des
mains au savon ou grâce à une solution hydroalcoolique après chaque contact avec un malade ;
- pour les visiteurs, le port de masque chirurgical, de gants, d’une blouse, le lavage des mains, et la
limitation du nombre de visites dans la journée ;
- pour le patient, l’isolement du patient infecté dans un chambre seule ou avec d’autres patients
infectés par le même virus, le port d’un masque chirurgical dès qu’il est en contact avec toute
personne venant à son contact. (4)

Toutes ces mesures sont simples à mettre en place, mais contraignantes pour le personnel et le patient,
comme pour la gestion des lits hospitaliers, surtout en période de saturation hospitalière comme l’est souvent
la période d’épidémie grippale. La disponibilité d’un outil de diagnostic microbiologique rapide et fiable est
indispensable pour pouvoir prévenir au mieux toute dissémination hospitalière de l’épidémie, sans imposer de
mesures d’isolement à outrance.

Surconsommation d’antibiotiques en France

Dans le cadre de son plan d’alerte sur les antibiotiques 2011-2016, le ministère de la santé, s’appuyant sur les
données de l’Agence Nationale de Sécurité du Médicament et des produits de santé (ANSM) et du Centre
National de Référence (CNR) grippe, a émis un document rappelant que trop de patients présentant un

24

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
syndrome grippal recevaient des antibiotiques, alors que la grippe n'en justifie pas, sauf en cas de surinfection
bactérienne. (12)

En novembre 2014, l’ANSM a publié un rapport sur l’évolution des consommations d’antibiotiques en France
entre 2000 et 2013. Dans ce rapport, la comparaison des consommations antibiotiques en ville dans les pays de
l’Union Européenne classe la France en 4ème position des plus gros consommateurs d’antibiotiques. En
volume, plus de 90% de la consommation d’antibiotiques se fait dans le secteur de ville, et un peu moins de
10% à l’hôpital. (29)

Or la consommation va de pair avec la résistance des bactéries aux antibiotiques. L’augmentation de la

résistance développée par un nombre croissant de bactéries peut être limitée par un usage éclairé et prudent
des antibiotiques chez les humains (et les animaux). Les pays où la résistance des bactéries est la plus faible
sont aussi ceux qui utilisent le moins d’antibiotiques. (30)

Dans ce rapport, il est également noté que les principaux diagnostics associés aux prescriptions d’antibiotiques
en ville sont, dans l’ordre :

1. affections de voies respiratoires (70%),

2. affections de l’appareil urinaire (15,6%),
3. otites (9,8%),
4. grippe (2%).

Les autres pathologies sont rapportées comme n’étant que « marginalement à l’origine de la prescription d’un
antibiotique ». (29)

Même si le chiffre de 2% de la consommation d’antibiotiques en France rapportée à la grippe peut sembler

faible, il représente une consommation importante, correspondant à 2,9 millions de boites d’antibiotiques
chaque année. (29)

En France, la grippe figure donc en tête de liste des raisons de prescription d’antibiotiques en ville, alors qu’il
s’agit d’une infection virale.

Une étude américaine a étudié les ordonnances d’antiviraux et d’antibiotiques pour infection respiratoire aiguë
lors de l’épidémie grippale 2012-2013. Dans cette étude, parmi les 1825 patients confirmés grippés en PCR,
30% ont reçu un antibiotique, et 16% un antiviral. (31)

Ainsi, alors que l’épargne antibiotique est de plus en plus nécessaire, la grippe reste une grande pourvoyeuse
de prescriptions non forcément justifiées d’antibiotiques en médecine de ville.

25

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
 L’apport des nouvelles techniques, encore peu étudié en pratique

De plus en plus de nouvelles techniques, comme le diagnostic moléculaire rapide, sont actuellement
disponibles pour le diagnostic de grippe. Il semble probable que leur utilisation va se généraliser à l’ensemble
des structures hospitalières, petites et grandes, qui investissent dans ces nouvelles technologies.

Toutefois, leur mise à disposition ne doit pas faire oublier que la grippe est avant tout de diagnostic clinique,
que cet examen ne doit pas être systématique. Sa réalisation doit être associée à l’attente de conséquences
cliniques immédiates.

Des études ont été réalisées pour valider l’utilité de ces méthodes, en termes de pertinence diagnostique et de
coût, mais peu pour étudier leur utilisation en pratique, notamment dans les services d’urgences adultes. En
pédiatrie, des études ont montré que l’utilisation de ces nouveaux tests moléculaires rapides permettaient une
diminution du temps d’attente aux urgences, une diminution de la durée des antibiothérapies, et une
diminution de la durée d’hospitalisation et d’isolement des enfants hospitalisés(32,33). Peu d’études similaires
ont été réalisées chez les adultes.

26

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Lien

La grippe est donc une pathologie fréquente, source chaque année d’une morbi-mortalité significative.
Médecins de ville et urgentistes sont les professionnels impliqués en première ligne. Même si, dans sa forme
classique, le diagnostic et l’évolution de la grippe sont simples et bénins, et ne posent pas de problème médical
particulier, l’infection virale peut également se présenter de façon atypique ou sévère. C’est dans ces situations
qu’une confirmation microbiologique peut changer la prise en charge du patient. De nombreux tests
microbiologiques sont à disposition du médecin à l’heure actuelle, mais peu de recommandations encadrent
leur utilisation en pratique courante, notamment dans les services d’urgences adultes.

Au cours de l’hiver 2015-2016, le centre hospitalier Saint-Joseph Saint-Luc à Lyon a investi dans une nouvelle
cassette à PCR permettant de faire le diagnostic rapide de la grippe et du Virus Respiratoire Syncytial (VRS) à
partir d’un écouvillonnage naso-pharyngé de patients suspects. Cette nouvelle technique a remplacé la
technique d’immunochromatographie sur membrane jusqu’alors utilisée. Il a alors été décidé de réfléchir aux
indications pouvant justifier le recours à ce nouvel examen, plus coûteux (40 euros vs 18 euros), et, rappelons-
le, non nécessaire dans la plupart des cas de grippe. Puis, il a été décidé d’étudier, au cours de l’épidémie
grippale qui a suivi, l’impact de la réalisation de ce test sur la population ciblée.

L’objectif final était de valider, pour le service des urgences, un protocole pertinent pour encadrer la réalisation
de ce nouveau test.

27

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Matériel et méthodes

Objectifs de l’étude

L’objectif principal de cette étude est d’étudier la mise en application d’un protocole encadrant l’utilisation du
test diagnostique de la grippe par RT-PCR rapide dans le service des urgences médicales adultes de l’hôpital
Saint Joseph Saint Luc à Lyon. Le critère de jugement principal est le respect du protocole, élaboré de façon
prospective à la mise à disposition du test.

L’objectif secondaire est d’étudier l’intérêt pour le patient de la réalisation du test. Le test est jugé légitime si le
résultat positif de la RT-PCR modifiait soit :

- L’orientation du patient remplissant les indications de réalisation du test (hospitalisation ou retour à

domicile)
- La mise en place d’un isolement
- L’initiation d’un traitement anti-viral
- L’épargne antibiotique
- L’épargne de gestes invasifs complémentaires

Caractéristiques de l’étude

Il s’agit d’une étude de dossiers quantitative, rétrospective et descriptive, concernant les patients de plus de 18
ans ayant consulté pour suspicion de grippe au service des urgences adultes de l’hôpital Saint-Joseph Saint-Luc
de Lyon, au cours de l’épidémie grippale de 2015-2016, entre le 05 février 2016, date de mise en service sur
l’hôpital de la nouvelle cassette à PCR rapide geneXpert de Cepheid, jusqu’au 10 avril 2016, fin de la semaine
14, date de déclaration officielle de la fin de l’épidémie de grippe par la cellule d’intervention de SpFrance en
région Rhône-Alpes Auvergne.

Le centre hospitalier Saint-Joseph Saint-Luc est un établissement privé à but non lucratif situé dans le centre de
l’agglomération lyonnaise. Il comporte 342 lits d’hospitalisation, avec un service médical des urgences, une
unité d’hospitalisation de courte durée, un service de réanimation polyvalente, un service soins continus, un
service de soins intensifs de cardiologie, des services de spécialités médicales et chirurgicales, un centre de
dialyse et une maternité.

Le service médical des urgences est un service de consultation adulte, qui reçoit les urgences médicales et
traumatologiques. En moyenne, le nombre de passages annuels est de 38 000, et le service serait à l’origine de
30% des hospitalisations de l’établissement.

28

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
 Inclusion des dossiers

Le test de dépistage grippe par RT-PCR n’a pas vocation à être réalisé pour tous les patients suspects de grippe.
La grippe est avant tout de diagnostic clinique et épidémiologique, et le recours à un test de confirmation
microbiologique doit rester l’exception.

Courant janvier 2016, avant le début de l’épidémie grippale et la mise à disposition du test, un protocole, sous
forme d’organigramme décisionnel, a été élaboré pour aider le médecin dans sa prescription du test
diagnostique de la grippe par RT-PCR. Les indications de réalisation de la RT-PCR retenues l’ont été selon deux
principes :

- Terrains fragiles nécessitant un diagnostic formel dans le but d’orienter au mieux le patient, débuter
un traitement adapté, ou organiser une prise en charge hospitalière (avec donc un isolement) :
- mauvaise tolérance clinique ou signes de gravité ;
- situations à risque de grippe grave : patients de plus de 65 ans, comorbidités pulmonaires /
cardiaques / rénales / hépatiques, immunodépression, diabète, femmes enceintes.
- Situations cliniques litigieuses ou non typiques (dont le retour de voyage) pour lesquelles un
diagnostic de grippe permettrait de stopper les explorations.

Ainsi, en période épidémique, devant un tableau clinique typique chez un sujet sain pris en charge de manière
ambulatoire, l’indication de réalisation de la RT-PCR grippe ne devait pas être retenue.

L’organigramme ci-dessous (organigramme 1) a été élaboré avec le médecin infectiologue de l’hôpital, et validé
dans un second temps par deux médecins urgentistes différents.

29

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
 Syndrome grippal (fièvre à > 38,5°C d'apparition brutale, AEG, syndrome respiratoire haut et bas, syndrome algique diffus musculo-articulaire)

Période épidémie grippale

(selon bulletin InVS du moment)

Pas de PCR grippe sauf situation

Non particulière (retour de voyage, forte
Oui suspicion clinique)

Orientation clinique vers une autre étiologie que la grippe?

Pas de PCR grippe

Oui
Non Bilan selon orientation clinique

Tableau typique
ET absence de comorbidités
ET bonne tolérance respiratoire et HD

Diagnostic clinique, pas de PCR grippe

Retour à domicile
Non Consignes de surveillance

Tableau typique de grippe ET Tableau atypique et discussion diagnostique (céphalées fébriles sur Sd
Comorbidités cardiaque / pulmonaire / rénale / hépatique, sujet > 65 ans pseudo-grippal, retour de voyage, ...)
Signes de gravités / mauvaise tolérance
Patient immunodéprimé, grossesse, diabète

PCR
PCR

Positive Négative Positive

Indication isolement respiratoire si hospitalisation Poursuite des explorations Retour à domicile si SEUL le
diagnostic de grippe est retenu
Consignes de surveillance

Organigramme 1 : indications de réalisation du test diagnostique grippe

Des exemplaires plastifiés de taille adaptée pour rentrer dans la poche de la blouse ont été distribués à
l’ensemble du personnel prescripteur de l’hôpital afin que tous puissent y avoir recours si besoin.

Tout au long de l’épidémie grippale, un message de rappel de l’intérêt et du coût de la RT-PCR grippe était
systématiquement émis pour toute ouverture de l’un des deux logiciels de prescription de l’hôpital (Orbis) :

« Le diagnostic de grippe est CLINIQUE. La PCR grippe (40 euros) n’est justifiée que si son résultat conditionne
une orientation ou un traitement particulier du patient ou un isolement.»

Ce même message, ainsi que le rappel plus détaillé des indications, apparaissait sur les feuilles de prescriptions
de la RT-PCR, nécessaire à l’envoi du prélèvement au laboratoire pour analyse (voir annexe 2).

En pratique, le prélèvement était réalisé par le personnel paramédical, par un écouvillonnage naso-pharyngé,
et la feuille de prescription demandant l’indication de la recherche de grippe à remplir par le médecin
prescripteur. L’échantillon était ensuite envoyé directement au laboratoire, où il était analysé au coup par
coup. Deux prélèvements en même temps pouvaient être analysés au maximum. Le résultat était rendu sur le
logiciel de biologie de l’hôpital, et parfois téléphoné. En théorie, le résultat était disponible en 1h.

30

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Les critères d’inclusion des dossiers étudiés dans ce travail sont les suivants :

- Réalisation d’une RT-PCR grippe A / grippe B / VRS par le service médical des urgences,
- Et patients de plus de 18 ans,
- Et du 05 février 2016 au 10 avril 2016.

Les critères d’exclusion sont :

- Réalisation de la RT-PCR grippe A / grippe B / VRS par un autre service hospitalier que les urgences,
- Ou réalisation de la RT-PCR grippe hors contexte épidémique, soit après le 10 avril 2016.

Le recueil des données

A la fin de l’épidémie, le listing des patients ayant bénéficié de la RT-PCR rapide grippe A / grippe B / VRS sur
l’ensemble de l’hôpital a été extrait depuis le logiciel de recueil des résultats du laboratoire de l’établissement,
et les dossiers médicaux recherchés un par un dans les deux logiciels de données médicales de l’hôpital :
dossier médical d’urgence (DMU) pour les urgences, et Orbis pour le reste de l’établissement.

Les données ont été recueillies par étude des dossiers informatiques sur le site hospitalier et analysées à partir
d’une grille de recueil sous forme de tableau Excel, comportant :

- Les caractéristiques de la population : âge, sexe, institutionnalisation, comorbidités, notion de

vaccination anti-grippale récente, voyage récent.
- Des informations sur le service préleveur et la date du prélèvement.
- Des informations sur la situation clinique : symptômes typiques ou atypiques, signes de gravité. Les
atypies cliniques étaient alors précisées.
- Des informations sur le résultat du prélèvement : négatif ou positif (grippe A, grippe B, VRS), délais de
rendu du résultat si possible, estimé par l’horaire de validation du prélèvement par l’équipe
paramédicale, et l’horaire de comptabilisation du résultat sur le dossier médical par le médecin
référent.
- Des informations sur les conséquences de la réalisation du prélèvement / le devenir du patient :
hospitalisation ou retour à domicile, mise en route d’un traitement antiviral, épargne de gestes
invasifs et lesquels, épargne de traitement antibiotique, mise en route d’un isolement.

Ces informations ont été recueillies par une seule et même personne, au cours de deux lectures à 6 mois
d’intervalle (juin 2016 et décembre 2016). Les informations non retrouvées dans les dossiers médicaux ont été
spécifiées.

31

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Une comparaison avec les données de l’année 2014-2015 a été effectuée (nombre de tests réalisés, nombre de
tests positifs et négatifs), mais ces dossiers n’ont pas été rouverts.

La recherche documentaire

La recherche documentaire a été faite à l’aide :

- Du site internet Pubmed, grâce aux mots-clés : « influenza », « respiratory tract infection »,
«polymerase chain reaction / PCR », « management », « emergency », « antibiotic »,
- De la base de données de l’Université Lyon 1 Claude Bernard, grâce aux mots-clés : « grippe », «
dépistage », « PCR », « urgences », « antibiotique »
- Des recommandations de la SPILF, du HCSP, du CDC, du COREB
- Des rapports hebdomadaires de l’agence SpFrance (ex InVS), et des rapports de l’ANSM
- De la base de données Wikipédia

32

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Résultats

Entre le 5 février 2016, premier jour de mise en service de la nouvelle cassette à PCR geneXpert et le 24 aout
2016, 184 patients ont bénéficié d’une RT-PCR rapide pour la grippe sur l’hôpital. Toutes ont été réalisées sur
des patients majeurs. 145 de ces RT-PCR ont été réalisées au cours de la période ciblée, c’est-à-dire entre le 05
février 2016 et le 10 avril 2016 :

- 75 aux urgences (52%) ;

- 45 dans les services de réanimation, unité de soins continus et unité de soins intensifs de cardiologie
(31%) ;
- 25 dans les autres services médicaux (17%).

17%
chirurgie
médecine
52%
réa USC USIC
31% urgences

Figure 2 : répartition par services des tests grippe réalisés

Sur ces 145 dossiers, seuls les 75 dossiers des RT-PCR réalisées dans le service des urgences ont été analysés.

Syndromes grippaux tout venant aux urgences

Au cours de notre période d’étude, c’est-à-dire entre le 05 février 2016 et le 10 avril 2016, 60 patients ont
consulté dans le service médical d’urgences et ont été diagnostiqué « grippe » ou « syndrome grippal », et 29
avec un tableau de syndrome grippal étiqueté sur le codage final « fièvre » ou « bronchite » (données issues de
l’étude du codage final principal ou secondaire des dossiers DMU sur cette période).

33

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Sur cette même période, il y a eu 6900 passages aux urgences de l’hôpital, et 1269 hospitalisations via les
urgences. La grippe ou le syndrome grippal a représenté donc 1,3% du total des admissions aux urgences.
Parmi les 69 patients étiquetés « grippe » ou « syndrome grippal », 40% ont bénéficié d’une RT-PCR de
confirmation.

Caractéristiques de la population étudiée

Parmi les 75 patients testés, le patient le plus jeune à l’entrée avait 20 ans, et le plus âgé avait 92 ans. La
médiane d’âge était de 61 ans, la moyenne d’âge de 54 ans. Les femmes étaient très légèrement majoritaires,
avec un sex-ratio de 1,14: 40 femmes (53,3%) pour 35 hommes (46,7%).

40

35
nombre de RT-PCR réalisées

30

25

20 40
35
15

10 18 20
13
5 9 9
6
0
moins de 40 40-64 65 et plus Total général
Titre

F M

Figure 3 : répartition selon le sexe et l’âge des tests réalisés aux urgences.

Quatre patients vivaient en institution, dont 3 de plus de 65 ans (9%). Parmi les autres patients de plus de 65
ans testés, 18 vivaient à domicile (55%), pour les 12 autres, le mode de vie n’était pas mentionné. Le degré
d’autonomie n’était que peu renseigné.

Cinq patients étaient notés comme étant vaccinés contre la grippe saisonnière (7%), 6 comme ne l’étant pas
(8%), 64 n’étaient pas renseignés (85%).

34

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Parmi les 36 patients positifs pour la grippe, le plus jeune avait 20 ans, le plus âgé avait 81 ans. La médiane
d’âge était de 41 ans, la moyenne d’âge de 47 ans. Le sex ratio était majoré à 2 / 1 : 24 femmes (66,7%) pour 12
hommes (33,3%).

25

20
nombre de RT-PCR positif

15

24
10

13 12
5
7
4 4 5
3
0
moins de 40 40-64 65 et plus Total général
Titre

F M

Figure 4 : répartition selon le sexe et l’âge des tests positifs réalisés aux urgences.

Analyse des critères de réalisation du test diagnostique

Au cours de la période analysée, 7 patients sur les 75 testés (9%) ne présentaient aucune des indications
retenues pour la réalisation du test diagnostique : sujets de < 65 ans sans comorbidité, sans signe de gravité,
sans indication annexe d’hospitalisation, n’ayant pas voyagé récemment, et présentant une symptomatologie
considérée comme typique. La réalisation du test était justifiée par le prescripteur dans un seul de ces sept
dossiers (patient inquiet consultant pour la 2ème fois en 24h pour le même motif).

Comorbidités à risque de grippe grave

Parmi les 75 patients testés, 54 patients (72%) présentaient des comorbidités à risque de grippe grave.

Le tableau 1 met en évidence les comorbidités de la population étudiée, réparties selon les tranches d’âge ≥ 65
ans ou < 65 ans.

Comorbidités à risque selon l’âge Total, n = 75 < 65 ans, n = 42 ≥ 65 ans, n = 33 (44%)

Femmes enceintes 6 (8%) 6 0
Pathologies pulmonaires chroniques 10 (13%) 4 6

35

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Cardiopathies chroniques 17 (23%) 3 14
Néphropathie chronique 9 (12%) 3 6
Diabète 15 (20%) 2 13
Hémopathie 3 (4%) 1 2
Pathologie neurodégénérative 5 (7%) 2 3
Immunodépression 14 (19%) 7 7
Tableau 1 : comorbidités de la population étudiée

Parmi les 33 patients de plus de 65 ans, 6 n’avaient pas de comorbidité autre que leur âge.

Les femmes enceintes présentaient un terme entre 6 et 32 semaines d’aménorrhées.

Les pathologies pulmonaires étaient principalement des BPCO et des asthmes, et les cardiopathies chroniques
principalement des cardiopathies ischémiques ou rythmiques.

Parmi les 14 patients immunodéprimés, 4 étaient sous chimiothérapie, 4 sous traitement anti-rejet pour une
greffe rénale, 3 sous corticoïde pour des pathologies auto-immunes ou inflammatoires diverses, 1 sous cellcept
pour une sclérose en plaque, 1 sous anti-TNF alpha pour une spondyloarthrite, 1 était cirrhotique.

On note par ailleurs 3 patients (4%) obèses, dont l’IMC n’était pas renseigné, et 4 patients (5%) notés comme
vivant en institution.

Signes de gravité

Parmi les 75 patients testés, 10 (13%) présentaient des signes de gravité cliniques, principalement
respiratoires. Parmi ces 10 patients, 2 avaient moins de 65 ans sans autres comorbidités à risque de grippe
grave. Les sept autres patients présentaient une ou des comorbidités à risque.

Symptomatologie

Sur les 75 patients testés, 46 (61%) présentaient un tableau clinique initial considéré comme atypique ou
litigieux à la relecture des dossiers.

Neuf d’entre eux présentaient un tableau pouvant faire évoquer une affection neuroméningée de type
méningite.

Neuf présentaient une fièvre isolée, sans point d’appel clinique. Il s’agissait principalement de sujets âgés de
plus de 75 ans. Pour 5 d’entre eux, le motif initial de consultation aux urgences était « malaise » ou « chute »,
et la fièvre de découverte secondaire.

36

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Sept avaient des signes de syndrome grippal, mais l’auscultation ou l’anamnèse retrouvaient des anomalies
évocatrices des surinfections pulmonaires (foyer auscultatoire, courbe de température en « V grippal »).

Douze patients avaient des signes associés extra-grippaux nécessitant une prise en charge complémentaire (1
purpura vasculaire, 2 douleurs thoraciques avec modification à l’électrocardiogramme, 1 poussée de
lymphangiomatose, 1 anémie à 4g/dL, 1 érysipèle, 1 neutropénie fébrile) ou un tableau clinique ne permettant
pas de conclure entre grippe ou une autre étiologie infectieuse (2 tableaux de douleurs lombaires à bandelette
urinaire négative, 1 tableau de douleurs abdominale avec défense)

Voyage

Deux patients ont été testés pour la grippe avec comme motif un syndrome grippal au retour de voyage (Chine
et Réunion).

Résultats du test

RT-PCR

Au service médical des urgences (SMU), sur les 75 ayant bénéficié d’une RT-PCR rapide pour la grippe A /
grippe B / VRS, 36 sont revenus positifs, soit un taux de positivité de 48%.

13%

52%
34%

1%

grippe A grippe B VRS négatif

Figure 5: répartition des résultats du test grippe aux urgences.

37

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
La répartition des résultats des tests de RT-PCR grippe réalisés aux urgences est renseignée dans le tableau 2
suivant :

Répartition des résultats positifs n = 36

Grippe A 10 (28%)

Grippe B 25 (69%)

VRS 1 (3%)

Tableau 2 : répartition de résultats positifs

Délai

Les délais de rendu des résultats ont été estimés à partir de l’heure de validation de la réalisation du
prélèvement par l’infirmière, et l’heure de prise en compte du résultat par le médecin référent, toute deux
apparaissant sur le dossier médical d’urgence (DMU) du patient. L’arrondi a été fait à la demi-heure la plus
proche.

En pratique, 47 dossiers sur les 75 patients prélevés aux urgences au cours de la période épidémique (63%) ne
permettaient pas d’estimer le délai de rendu du résultat.

Sur les 28 dossiers permettant d’estimer un délai de prise en compte du résultat, le plus petit délai était de 1
heures, et le plus long de 9 heures. La médiane de délai de prise en compte des résultats était de 2h.

Analyse de l’impact de la positivité du test diagnostique sur la prise en charge des

patients

Le test était considéré comme légitime s’il induisait une adaptation de prise en charge notée dans le dossier
médical en cas de positivité, en termes d’aide à l’orientation du patient remplissant les indications de
réalisation du test, d’épargne de gestes invasifs, de mise en route d’un traitement antiviral, d’épargne
antibiotique, ou de mise en place d’un isolement.

Selon les critères établis, 22 des 36 tests positifs sont considérés comme légitimes (61%), 3 comme illégitimes
(8%), et 11 n’étaient pas renseignés (39%).

Adaptation de la prise en charge diagnostique

38

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
 Examens réalisés avant le résultat du test

La totalité des 36 patients testés positifs pour la grippe ont eu d’autres examens complémentaires que le test
diagnostique par RT-PCR. Le tableau 2 représente la répartition des différents types d’examens
complémentaires réalisés chez ces patients (n = 36).

Biologie de base (NFS, CRP, iono) 35 (97%)

Hémocultures 15 (42%)

BU / ECBU 8 (22%)

Radiographie du thorax 14 (39%)

Autres examens biologiques ou d’imagerie 9 (25%)

Tableau 3 : répartition des examens complémentaires réalisés

Examens épargnés après le résultat du test

Après obtention du résultat positif de la RT-PCR grippe, on retient :

- Deux ponctions lombaires non réalisées explicitement reliées au résultat positif de la RT-PCR grippe ;
- Trois ponctions lombaires initialement discutées non réalisées dans les suites, sans que le lien de
cause à effet soit clairement tracé dans le dossier médial ;
- Un scanner abdominal et une échographie abdominale initialement discutés non réalisés, sans que, là
encore, leur non-réalisation soit clairement reliée au résultat positif de la RT-PCR grippe.

Orientation des patients remplissant les indications de réalisation du test

Parmi les 36 patients testés positifs, 32 (89%) présentaient au moins une des indications de réalisation du test,
4 n’en présentaient aucune.

Hospitalisation et motifs

Sur les 36 patients testés positifs pour la grippe, 15 (42%) ont été hospitalisés :

- sept présentaient un tableau atypique nécessitant une surveillance hospitalière du retour à l’état de
base (1 purpura vasculaire, 4 troubles de la conscience ou confusion, 1 tachycardie, 1 abdomen
chirurgical) ;

39

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
 - deux présentaient un tableau typique sans signes de gravité, mais sur un terrain fragile justifiant une
surveillance rapprochée (1 greffe rénale, et 1 néoplasie métastatique en cours de traitement) ;
- trois présentaient un tableau grippal typique associé à des signes de mauvaise tolérance (1 patient
avec défaillance d’organes justifiant une prise en charge en réanimation, 2 patients nécessitant une
oxygénothérapie aux lunettes),
- trois présentaient un tableau grippal typique associé à la découverte d’une autre pathologie annexe
justifiant l’hospitalisation (1 décompensation d’une cardiopathie ischémique, 1 hypokaliémie sévère
iatrogène, 1 anémie profonde).

Retour à domicile

Sur les 36 patients testés positifs, 21 (58%) sont retournés à leur domicile dans les suites du résultat de la RT-
PCR grippe.

Huit présentaient une symptomatologie atypique :

- quatre où la plainte principale était des céphalées fébriles, plus ou moins un doute sur une raideur de
nuque,
- un malaise,
- une fièvre isolée,
- une neutropénie,
- un avec des douleurs lombaires fébriles à bandelette urinaire négative.

Douze présentaient une symptomatologie typique. Parmi ces 12 patients, 7 avaient des comorbidités : 5
grossesses et 2 antécédents de cardiopathie ischémique chez des patients de ≥ 65 ans.

Les quatre patients qui ne présentaient pas d’indication de réalisation du test sont tous retournés à domicile.

Mise en place d’isolement

Parmi les 15 patients positifs hospitalisés après avoir bénéficié du test diagnostique de la grippe, 7 (47%)
isolements étaient tracés dans le dossier médical.

Parmi les 21 patients étant retournés à domicile directement après leur passage au SMU, 10 isolements étaient
tracés dans les dossiers médicaux :

- Trois isolements respiratoires dans le service des urgences,

- Sept prescriptions de masques pour la sortie.

40

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
 Adaptation de la prise en charge thérapeutique

Traitement antiviral

Parmi les 36 patients testés positifs pour la grippe au SMU, 9 ont bénéficié d’un traitement antiviral par
oseltamivir. Les prescriptions d’oseltamivir étaient justifiées par la présence d’une comorbidité à risque pour 8
d’entre eux. Trois non-prescriptions d’oseltamivir ont été tracées car « hors délais ». Aucune prescription
d’oseltamivir à visée prophylactique pour l’entourage n’a été retrouvée.

Epargne antibiotique

Après relecture des dossiers DMU, et consultation des dossiers Orbis si les patients avaient été hospitalisés, on
retient, sur les 36 patients testés positifs pour la grippe ou le VRS :

- Une décision de non-antibiothérapie tracée,

- Trois arrêts d’antibiothérapie tracés après obtention des résultats de la RT-PCR grippe, 1 arrêt tracé
après obtention de la négativité des autres prélèvements à visée bactériologique réalisés,
- Trois patients pour lesquels une antibiothérapie avait été prescrite au préalable, ressortis à domicile
sans qu’aucune consigne concernant la poursuite ou l’arrêt de cette antibiothérapie n’ait été tracée,
- Un patient sorti à domicile avec la consigne de poursuivre le traitement antibiotique initialement
prescrit en ambulatoire,
- Une antibiothérapie débutée après le résultat positif de la RT-PCR grippe, sans autre élément la
justifiant.
- Une antibiothérapie par amoxicilline – acide clavulanique débutée dans les suites du résultat positif de
la grippe, pour traiter une surinfection pulmonaire et s’adapter à l’écologie bactérienne post-grippe.

41

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Discussion

Réponses aux questions posées

Bon respect du protocole ?

Sur les 75 patients testés, 7 ne remplissaient aucune des indications de réalisation du test (9%): sujets de < 65
ans, sans comorbidités, sans signe de gravité clinique, sans indication annexe d’hospitalisation, n’ayant pas
voyagé récemment, et présentant une symptomatologie considérée comme typique.

On peut donc considérer que le protocole établi a été bien respecté, car 91% des tests réalisés remplissaient les
indications du protocole établi.

Ceci est encourageant quant à la sensibilisation de l’équipe médicale au fait que la grippe est un diagnostic
avant tout clinique, et que le fait d’avoir à disposition facile un test diagnostique ne justifie pas pour autant son
utilisation systématique. Le rappel systématique des indications et du coût de réalisation du test grippe tout au
long de l’épidémie aura probablement été un outil supplémentaire pour prévenir toute sur-prescription inutile.

Parmi les 7 tests réalisés « hors indication », 4 ont été positifs et un seul a induit une modification de prise en
charge, par la mise en route d’un traitement antiviral par oseltamivir et des consignes d’isolement respiratoires
(masque chirurgical) à domicile. On note toutefois que ce patient grippé testé « hors indication » ne remplissait
pas non plus les indications de traitement par oseltamivir.

Cela nous conforte bien dans l’intérêt de cibler uniquement les patients pour lesquels la prise en charge
pourrait être modifiée par le résultat positif du test.

On peut se demander quel a été l’intérêt d’avoir testé « hors indication » les 7 patients, vu qu’aucune prise en
charge particulière n’a découlé du résultat, positif ou négatif, du test. Ce test est-il potentiellement utilisé à
visée de réassurance du médecin pour conforter le retour à domicile ? Ou à visée de réassurance du patient
demandeur de certitude diagnostique ? Ou peut-être manquent-t-il des informations dans le dossier médical
concernant la justification du test ? La compréhension des dossiers aurait été facilité par la justification
systématique de la réalisation du test dans les dossiers médicaux.

Tests légitimes ?

Le test était considéré comme légitime si, en cas de positivité, il donnait lieu à une modification de la prise en
charge, et que cette modification était tracée dans le dossier médical : épargne de geste invasif, épargne
antibiotique, mise en route d’un traitement antiviral ou mise en place d’un isolement respiratoire.

42

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Selon les critères établis, 22 des 36 tests positifs sont considérés comme légitimes (61%), 3 comme illégitimes
(8%), et 11 n’étaient pas renseignés (39%).

Cependant, en supputant que les patients hospitalisés étaient probablement isolés si testés positifs pour la
grippe, même si l’isolement n’était pas tracé dans le dossier médical, 27 tests (75%) peuvent alors être
considérés comme légitimes.

Ainsi, on peut considérer qu’une large majorité des tests a été réalisée de façon légitime.

Lorsque le test a été positif, il a été une aide au retour à domicile principalement chez les sujets jeunes avec
comorbidités à risque de grippe grave, notamment pour les femmes enceintes. Il a également été une aide
précieuse au diagnostic lorsque la clinique était atypique, permettant ainsi une épargne de gestes
complémentaires invasifs, notamment dans des cas de céphalées fébriles pour lesquels une ponction lombaire
était en discussion. Il a permis des épargnes d’antibiothérapies non justifiées, ou une adaptation
d’antibiothérapies au contexte bactériologique suspecté.

Forces du travail

Indications pertinentes

Les indications retenues pour le prélèvement des patients suspects de grippe relèvent principalement du bon
sens, c’est-à-dire les patients avec des facteurs de risque de grippe grave, les patients présentant des
indications d’hospitalisation (dont les signes de gravité), les situations cliniques atypiques rendant la prise en
charge non codifiée, les voyages récents pouvant faire suspecter soit une forme grippale particulière
nécessitant un signalement, soit une pathologie infectieuse autre nécessitant des explorations plus poussées.

Nos indications nous semblent d’autant plus pertinentes qu’elles recoupent les recommandations américaines
du CDC, et les propositions du groupe de travail français du COREB. On note toutefois dans nos indications un
oubli des patients obèses, qui entrent dans la catégorie des patients à risque de grippe grave selon les
recommandations françaises et américaines, et les patients hospitalisés pour pneumopathie, qui sont
mentionnés dans le travail du COREB de 2010. Il conviendra de mettre à jour nos recommandations pour les
épidémies futures.

Données recueillies compatibles avec les données régionales

Le profil épidémique et épidémiologique de la réalisation des résultats du test sont compatibles avec les
données des réseaux de surveillances de la grippe à l’échelle régionale et nationale.

43

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
L’épidémie en région Rhône- Alpes- Auvergne a duré de la 4ème à la 15ème semaine de l’année, soit 11
semaines au total, avec un pic épidémique à la 7ème semaine, ce qui est à peu près concordant avec le profil
de nos résultats. (21)

25

20
nombre de RT-PCR

15

10

0
5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34
semaine
grippe A grippe B VRS négatif

Figure 6 : répartition hebdomadaire des résultats grippe sur l’hôpital Saint Joseph Saint Luc de Lyon, février –
aout 2016.

De façon prédominante, c’est le virus de la grippe B qui a été mis en évidence, à 69%, ce qui correspond bien
aux relevés des réseaux de surveillance au cours de l’épidémie 2015-2016 (sur la région Rhône-Alpes –
Auvergne, 75% de virus B). (21)

Patients bien ciblés

Le taux de positivité élevé obtenu (48%) est encourageant quant à la pertinence des indications de réalisation
du test.

D’autre part, on note une nette amélioration du taux de positivité du test par rapport à l’année précédente. En
effet, au cours de l’épidémie grippale 2014-2015, aucune consigne particulière n’avait encadré la réalisation du
test grippe alors à disposition (immunochromatographie sur membrane). 132 tests rapides avaient été réalisés
au service des urgences de l’hôpital, et 29 avaient été positifs, soit un taux de positivité à 22%, contre 48% au
cours de la période étudiée.

Cela est probablement en rapport avec un meilleur ciblage des patients à tester grâce aux consignes de
réalisation du test, mais également à la meilleure sensibilité du nouveau test (RT-PCR) par rapport à l’ancien
(immunochromatographie sur membrane).

Intérêt pour le patient, le service, l’hôpital

44

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Nos résultats montrent donc que la réalisation de ce test a eu un intérêt pour le patient, en permettant une
épargne de gestes invasifs comme des ponctions lombaires. Il a également permis une épargne de
prescriptions de thérapeutiques non indispensables comme des antibiotiques, source d’effets indésirables
potentiels, ainsi que des retours à domiciles rapides.

A l’échelle du service des urgences, l’intérêt de ce test est sa réalisation facile, ne nécessitant qu’une formation
succincte de quelques minutes, réalisable par l’équipe médicale ou infirmière. Il permet de plus d’obtenir un
résultat fiable en moins de 2h estimée en moyenne, probablement moindre dans les faits, en théorie possible
en 1h. Aucun examen supplémentaire à visée de confirmation du diagnostic n’est nécessaire en cas de forte
suspicion et de résultat négatif, contrairement à l’ancien test. Enfin, en ayant permis une épargne d’examens
complémentaires comme des ponctions lombaires, on peut considérer qu’il a permis de limiter l’attente des
résultats de ces-dits examens, permettant une prise de décision plus rapide quant à l’orientation du patient.
Nous pourrions également évoquer le cas des femmes enceintes se présentant pour une fièvre : lorsque positif,
le test diagnostique de la grippe permet de confirmer un diagnostic différentiel aux infections bactériennes
potentiellement graves de la femme enceinte (pyélonéphrite, bactériémie à Listéria monocytogène, …), évitant
ainsi une hospitalisation.

A l’échelle du laboratoire, la procédure étant complètement automatisée, elle ne demande pas de personnel
ou de formation supplémentaire particulière.

A l’échelle de l’hôpital, la confirmation d’une suspicion de grippe est indispensable pour tout patient hospitalisé
pour limiter toute dissémination nosocomiale. Notre étude, en montrant un impact positif sur la mise en place
d’isolement des patients hospitalisés, montre donc un intérêt pour l’hôpital. D’autant que, encore une fois, en
cas de résultat négatif, aucun test de confirmation n’est nécessaire, même en cas de forte suspicion
diagnostique, contrairement à l’ancien test utilisé. En aidant à la décision rapide de retour à domicile, ce test a
également permis une épargne de lits d’hospitalisation, pour surveillance ou orientation diagnostique, en
période de forte saturation hospitalière. Enfin, globalement, la stratégie d’investissement dans une cassette à
PCR rapide pour le dépistage de la grippe (25 000 euros à peu près) pour un établissement, malgré la
majoration du coût unitaire des réactifs (40 euros pour les réactifs de RT-PCR rapide, contre 18 euros pour les
réactifs d’immunochromatographie sur membrane) semble être rentable en terme de coût global de prise en
charge des patients à l’échelle de l’hôpital. (34)

Un retour d’expérience nouveau

La RT-PCR est depuis longtemps la technique de référence pour la grippe, et les techniques de RT-PCR rapides
sont maintenant les techniques recommandées en première intention quand disponibles, mais peu de
recommandations encadrent leur utilisation, et peu de retours d’expérience à ce propos sont disponibles dans
la littérature. Quelques études pharmaco-économiques ont montré un intérêt théorique économique à

45

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
l’utilisation de la RT-PCR rapide par les établissements hospitaliers (34), mais peu concernant son impact
clinique sur la prise en charge des patients aux urgences non pédiatriques en France.

Notre étude permet donc un retour d’expérience sur une technique qui pour l’instant se démocratise de plus
en plus, mais pour laquelle peu données pratiques sont disponibles, en terme d’élaboration d’un protocole
encadrant les indications de réalisation aux urgences adultes, et en terme de rentabilité clinique pour la prise
en charge médicale de ces patients.

Limites et biais

Limites et biais théoriques de l’étude

Cette étude présente plusieurs biais théoriques qui limitent sa généralisation à d’autres situations, car elle est :

- monocentrique, réalisée au sein du centre hospitalier Saint-Joseph Saint-Luc à Lyon ;

- rétrospective, les données permettant d’analyser la légitimité du test ayant été recherchée à partir
des dossiers déjà complétés, sans consignes concernant les informations à récupérer auprès des
patients ;
- réalisée sur une seule saison grippale, au cours de l’épidémie 2015-2016, qui a été d’envergure
modérée, principalement liée au virus B, et peu responsable de cas graves ;
- réalisée sur un faible effectif de patients: 75 patients ont bénéficiés aux urgences de la RT-PCR grippe,
36 ont eu un résultat positif;
- uniquement descriptive, sans moyen de comparaison à d’autres stratégies diagnostiques de la grippe.

Ainsi, même si le rendement du test analysé semble être intéressant du fait du fort taux de positivité retrouvé
(presque 50%), il est difficile de conclure qu’une telle rentabilité serait retrouvée sur des effectifs plus
importants, dans des établissements de tailles diverses, et couvrant des bassins de population différents.

Le faible effectif rend également difficile l’interprétation de l’étude en terme de rentabilité concernant les
modifications éventuelles des stratégies diagnostiques et thérapeutiques suite au résultat du test.

Les indications retenues pour la réalisation de la RT-PCR grippe font beaucoup appel au bon sens du
prescripteur, mais une étude sur un effectif plus important pourrait aider à les affiner et à retenir les critères
les plus pertinents.

Limites ressenties par les équipes

Globalement, au cours de la saison grippale 2015-2016, c’est-à-dire au cours de la période de relevé des
données, la principale critique émise par l’équipe médicale des urgences était un délai de rendu des résultats

46

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
semblant plus long par rapport aux années précédentes (en théorie 1h selon la technique, en pratique estimé à
en moyenne à 2h selon les résultats de notre étude).

Ce délai prolongé est à interpréter au regard du contexte : une période hivernale pendant laquelle les hôpitaux
et les services d’urgences sont souvent saturés, et pendant laquelle les patients consultant aux urgences
s’accumulent dans le service en attendant une place d’hospitalisation si besoin. Une prise en charge fluide est
donc nécessaire pour orienter rapidement au mieux le patient : hospitalisation ou retour à domicile. Des
examens complémentaires longs sont donc un frein à la fluidité de prise en charge des patients. D’autant que le
résultat de ces-dits examens conditionne le maintien ou non d’un isolement, et qu’en attendant celui-ci,
l’isolement se doit d’être maintenu. Souvent, un box de consultation (sur les 4 à disposition du secteur
médicale du service des urgences de Saint Joseph Saint Luc de Lyon) était donc monopolisé par le patient
suspect de grippe et donc isolé en attendant le résultat du test.

Ainsi, le délai prolongé du rendu du résultat du test grippe par rapport aux années précédentes a été
responsable d’une impression d’accumulation majorée des patients, de difficultés de maintenir les patients en
isolement correct en attendant le résultat de ce test, et de diminution de la fluidité de prise en charge des
autres patients lorsqu’un box de consultation était monopolisé par un isolement grippe.

Limites rencontrées à l’analyse des données

La principale limite rencontrée à l’analyse des données a été la mauvaise traçabilité dans les dossiers médicaux
de certaines informations attendues pour l’évaluation du test.

L’évaluation clinique initiale et le contexte de consultation étaient généralement bien décrits, et donc
l’indication retenue pour la réalisation de la RT-PCR grippe facilement retrouvable.

Par contre, même si la prise en charge initiale est plutôt bien tracée dans les dossiers médicaux, ceux-ci ne sont
pas tous conclus, et il est donc fréquent de ne pas retrouver tracés les résultats des différents examens
complémentaires (et donc de la RT-PCR grippe entre autre), ou les prises en charges diagnostiques
complémentaires et thérapeutiques qui en ont découlé.

Ainsi, le manque de traçabilité a rendu difficile :

- L’estimation du délai d’obtention du résultat. En effet, il n’a pas été possible d’estimer ce délai à partir
des résultats biologiques écrits, car même si l’heure de réception du prélèvement par le laboratoire
était bien noté de façon systématique, on ne disposait ensuite que de l’horaire de validation du
résultat par le biologiste. Or, cet horaire correspondait souvent au lendemain, particulièrement si le
prélèvement a été fait sur une période de garde. Dans les faits, l’horaire de validation du biologiste ne
correspondait donc pas avec le moment de prise en compte du résultat par le clinicien. Ainsi, nous
avons utilisé les horaires tracés sur les dossiers médicaux de prescription du test et de prise en compte

47

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
 du résultat pour estimer ce délai. Pour bon nombres de dossiers, il n’a donc pas pu être renseigné, soit
car le prélèvement de la grippe n’avait pas été prescrit ou validé, soit car la prise en compte du
résultat n’avait pas été notée dans le dossier médical. Ceci est dû au manque fréquent de conclusions
des prises en charge, mais également au mode de fonctionnement du service, où les prescriptions se
font souvent initialement à l’oral, et sont normalement secondairement retranscrites à l’écrit,
favorisant oublis et mauvaise traçabilité.
- L’estimation du nombre d’isolement mis en place. Tout ce qui n’est pas tracé n’est pas forcément non
fait. Ainsi, même si seulement 7 isolements sont tracés dans les dossiers médicaux des 15 patients
hospitalisés avec une grippe confirmée, on peut suspecter (et espérer !) que tous ont bien été isolés
dans leur unité d’hospitalisation.
- L’estimation du nombre de décisions d’arrêt des explorations ou d’épargne antibiotique. Par exemple,
concernant l’épargne antibiotique, même si de façon formelle (c’est-à-dire tracée), on ne peut retenir
que 1 seule décision de non-antibiothérapie, et 3 antibiothérapies arrêtées suite au résultat de ce test
grippe, il est difficile de savoir quelles ont été les consignes orales données aux autres patients : arrêt
de l’antibiothérapie déjà débutée ? Justification de la non-antibiothérapie auprès du patient par la
confirmation de l’infection virale ? De même, 3 ponctions lombaires étaient discutées avant le résultat
positif du test grippe, et n’ont pas été réalisées par la suite : peuvent-elles être considérées comme
des examens complémentaires invasifs épargnés ?
- L’estimation du nombre de tests légitimes. De façon globale, en ne comptabilisant de façon stricte que
les éléments tracés dans les dossiers médicaux, 21 des 36 tests positifs (58%) sont considérés comme
légitimes. Mais par exemple, en supputant que les patients hospitalisés étaient forcément isolés si
testés positifs pour la grippe, même si l’isolement n’était pas tracé dans le dossier médical, 27 tests
(75%) étaient alors légitimes. Nos résultats sont donc probablement sous-estimés du fait d’un manque
de traçabilité.

Ceci illustre bien une problématique hospitalière qui n’est pas propre à notre étude : la difficulté d’obtenir une
traçabilité dans les dossiers médicaux de tout ce qui est fait et dit.

Perspectives

Mise en application ultérieure : les données de l’épidémie 2016-2017

Nous disposons des chiffres bruts des prélèvements réalisés au cours de l’épidémie grippale 2016-2017. Au
cours de cette saison grippale, entre le 17 novembre 2016 et le 11 février 2017, 419 tests ont été réalisés par le
service des urgences de l’hôpital Saint Joseph Saint Luc. 194 tests ont été positifs (46%) : 170 grippes A, 1
grippe B, et 27 VRS (dont 8 co-infections grippe A – VRS). Le profil épidémique et épidémiologique est là encore

48

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
similaire au profil retrouvé par les réseaux de surveillances à l’échelle de la région Rhone-Alpes-Auvergne, et de
la France.

Au cours de cette épidémie 2016-2017, la stratégie de rappel des indications de prescription du test
diagnostique par message informatique a été maintenue. Le pourcentage de positivité au cours de cette
épidémie est sensiblement similaire à celui obtenu au cours de notre étude, ce qui est encourageant
concernant la reproductibilité de nos résultats dans le temps.

Axes d’amélioration

Cette analyse d’expérience nous a permis de mettre en évidence quelques limites facilement corrigeables.

Dans un premier temps, dans les indications ultérieures de réalisation du test grippe, il faudra rajouter les
sujets obèses avec un IMC > 40kg/m2, et les sujets hospitalisés pour pneumopathie, qui n’étaient pas
mentionnés dans notre organigramme décisionnel encadrant les indications de réalisation du test (annexe 3).

Par ailleurs, en attendant le résultat de la RT-PCR, l’isolement des patients suspects de grippe dans le service
des urgences de l’hôpital avec un masque chirurgical semble préférable plutôt que l’isolement en box, qui
ralentit le flux des prises en charge, déjà ralenti en période d’épidémie.

Après analyse de nos données, il parait nécessaire de poursuivre le rappel systématique du coût et des
indications de la technique, afin de garder un taux de positivité au moins similaire à celui retrouvé au cours de
notre étude, et de limiter les prescriptions trop systématiques du test diagnostique. Ce rappel peut être fait par
message informatique, par la délivrance du test sous réserve d’un motif de prescription, par la sensibilisation
des équipes en début de l’épidémie…

Le délai de réponse au test a pu être optimisé. Au cours de la saison 2016-2017, le laboratoire s’est équipé
d’une mise à jour de la cassette à PCR, permettant :

- Une accélération de la réaction, pour l’obtention d’un résultat en 35 minutes en moyenne, contre 1h
au cours de la saison 2015-2016 ;
- Son équipement de 2 positions de PCR supplémentaires, permettant ainsi l’analyse de 4 prélèvements
simultanés, au lieu de 2 au cours de la saison 2015-2016, accélérant encore la procédure en cas de
plusieurs prélèvements reçus au laboratoire de façon concomitante.

Enfin, le laboratoire de l’hôpital s’est également équipé d’autres réactifs utilisables avec cette cassette à PCR,
permettant, en plus de la recherche de la grippe et du VRS, la recherche de l’Entérovirus et du gène codant
pour la toxine du Clostridium difficile. Cela permet de mieux rentabiliser l’investissement du laboratoire en
cette cassette à PCR, qui autrement serait restée très peu utilisée en dehors de la période d’épidémie grippale.

49

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
 Test diagnostique grippe : un outil d’éducation ?

Au cours de notre étude, nous avons pu montrer que 1 antibiothérapie n’avait pas été débutée, et 3 avaient pu
être arrêtées, suite au résultat positif du test diagnostique de la grippe. Même si ces données sont bien
évidemment insuffisantes pour en tirer des conclusions fortes, elles sont encourageantes.

En 2002, l’étude PAAIR a essayé de comprendre les déterminants de la prescription d’antibiotiques dans des
situations cliniques ambulatoires qui ne la nécessitent pas. L’analyse qualitative des résultats a repéré plusieurs
situations à risques de prescription d’antibiotiques, dont le « souhait du patient d’avoir des antibiotiques », l’«
antibiothérapie déjà débutée », le « doute du médecin quant à l’origine virale de la maladie ». En quantitatif,
l’analyse des résultats a montré que des antibiotiques ont été significativement plus prescrits en cas de faible
certitude sur l’origine virale.(35)

er
Le secteur ambulatoire est le 1 secteur prescripteur d’antibiotiques (29). Proposer une aide au diagnostic de
la grippe, comme le strepto-test dans l’angine bactérienne, sous réserve de certaines conditions de réalisation,
ne pourrait-il pas aider à la diminution des prescriptions d’antibiotiques en secteur libéral, en apportant cette
certitude manquante au praticien quant à l’origine virale du tableau présenté par son patient ? Un travail de
thèse a montré une diminution significative de la prescription d’antibiothérapies dans la grippe en cas de TROD
positifs en cabinet de médecine générale (36).

A l’heure actuelle, la RT-PCR rapide n’est pas envisageable en dehors du secteur hospitalier. En effet, le coût
élevé du matériel (25000 euros) rend l’investissement difficilement accessible aux laboratoires de villes ou aux
cabinets de médecins libéraux. De plus, le coût élevé du réactif (40 euros), et donc du test en lui-même, n’est
actuellement pas pris en charge par la sécurité sociale en dehors des prises en charges hospitalières.

Avec l’amélioration des techniques et la diminution du coût du matériel avec les années, on peut se demander
si à l’avenir la RT-PCR rapide grippe ne pourrait pas remplacer les TROD existants déjà parfois utilisés en
médecine libérale. Si tel est le cas, des indications de réalisation du test, comme les critères de Mac Isaac dans
l’angine, devront être établies pour encadrer sa mise à disposition, afin de ne pas faire oublier que la grippe est
avant tout de diagnostic clinique.

50

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Conclusion

La grippe est un enjeu de santé publique. En 2016 en région Rhône-Alpes, l’infection a motivé 296 686
consultations. Bien qu’il s’agisse d’une infection virale, elle est en France source de la prescription de 2,9
millions de boites d’antibiotiques chaque année, contribuant au classement de la France au rang du 4ème plus
gros consommateur d’antibiotiques d’Europe. Son diagnostic est avant tout clinique. Cependant, dans certaines
situations, notamment dans les services d’urgences, une confirmation microbiologique peut être nécessaire
pour optimiser la prise en charge du patient : facteurs de risque de grippe grave, nécessité d’hospitalisation,
tableau clinique atypique….

Un test diagnostique rapide par RT-PCR sur écouvillonnage naso-pharyngé est depuis peu disponible, en
alternative aux tests par immunochromatographie. Ce nouveau test est plus sensible, mais également plus
coûteux (40 euros). Peu de recommandations sont à disposition des cliniciens pour encadrer son utilisation aux
urgences adultes.

Suite à la mise à disposition de ce nouveau test pour le service des urgences de l’hôpital Saint Joseph Saint Luc
à Lyon, nous avons décidé d’encadrer sa prescription par un protocole de service précisant les indications de
réalisation du test.

L’objectif principal de cette étude était d’étudier la mise en application et le bon respect des consignes de ce
nouveau protocole. L’objectif secondaire était d’étudier l’intérêt de ce test pour les patients en ayant bénéficié.
Le test était jugé légitime s’il conduisait à des adaptations de prise en charge en cas de positivité : orientation
hospitalière ou ambulatoire des patients à risque, mise en place d’un isolement, mise en route d’un antiviral, et
épargne d’antibiotiques ou de gestes invasifs.

Il s’agit une analyse observationnelle descriptive rétrospective de l’utilisation de ce nouveau test dans le
service des urgences adultes du centre hospitalier Saint Joseph-St Luc de Lyon, durant l’épidémie grippale
2015-2016. Les indications de réalisation du test avaient été discutées au préalable, et remises aux médecins
prescripteurs du service.

Entre le 05/02/2016 et le 10/04/2016, sur les 75 patients ayant bénéficié d’une RT-PCR grippe, seuls 7 (9%) ne
présentaient aucune des indications retenues au préalable pour la réalisation du test diagnostique. Sur ces 75
patients, 36 ont été positifs (48%). Nous considérons qu’entre 61% et 75% des tests revenus positifs ont été
réalisés de façon légitime. Ainsi, on estime que 4 ponctions lombaires et 1 TDM abdominal n’ont pas été
réalisés, et que 4 prescriptions d’antibiothérapie n’ont pas été débutées ou ont pu être arrêtées. Parmi les 17
patients testés positifs hospitalisés, seuls 7 isolements ont été tracés dans le dossier médical. Après obtention
d’un résultat positif, 21 patients ont pu retourner à leur domicile : 17 de ces patients présentaient initialement
soit un tableau atypique, soit des comorbidités justifiant la réalisation du test.

Les chiffres bruts obtenus à l’échelle du service sont concordants avec ceux relevés par les réseaux de
surveillance de la région Rhône-Alpes.

51

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Le fort taux de positivité du test témoigne d’un bon ciblage des patients à tester.

La principale critique du nouveau test émise par rapport à la technique antérieurement utilisée est le délai de
rendu du résultat plus long, qui favorise l’accumulation des patients aux urgences. Les conditions d’isolement
au SMU du patient suspect de grippe devront être mieux définies afin d’éviter l’utilisation prolongée des boxes
de consultation en attendant le rendu du test.

L’interprétation des données analysées est principalement limitée par le faible échantillonnage et l’absence de
comparaison à une autre stratégie de prise en charge. Les données sont encourageantes concernant l’épargne
antibiotiques et de gestes complémentaires. Il pourra donc être intéressant de confirmer cette tendance sur
des populations plus importantes, et de vérifier la reproductibilité des résultats sur des profils épidémiques
grippaux différents.

A l’heure actuelle, la réalisation d’une RT-PCR rapide grippe n’est pas réalisable en dehors de services
hospitaliers, principalement en raison de son coût. Mais on peut se demander si l’utilisation d’une stratégie
similaire de dépistage de la grippe en médecine libérale pourrait avoir une utilité pour l’éducation du patient,
voir même du praticien, afin de limiter les prescriptions d’antibiotiques.

En conclusion, la grippe est de diagnostic clinique, et sa confirmation microbiologique par test diagnostique
rapide par RT-PCR doit rester l’exception. Néanmoins, ce test peut, en ambulatoire, permettre une épargne de
gestes invasifs, d’hospitalisation ou d’antibiothérapie, et en hospitalisation, aider à la gestion des isolements.
Aux urgences, l’encadrement des conditions de réalisation par un protocole de service semble efficace pour
cibler les indications du test, et éviter son utilisation trop systématique.

52

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Bibliographie

1. Bennett JE, Dolin R, Blaser MJ, éditeurs. Mandell, Douglas, and Bennett’s principles and practice of
infectious diseases. Eighth edition. Philadelphia, PA: Elsevier/Saunders; 2015. 2 p.

2. Surveillance de la grippe en France métropolitaine, saison 2015-2016 / SpFrance [Internet]. [cité 25 mai
2017]. Disponible sur: http://invs.santepubliquefrance.fr/beh/2016/32-33/pdf/2016_32-33_1.pdf

3. Virologie, cours magistraux et enseignements dirigés DFGSM3 / UPMC / 2016/2017 [Internet]. [cité 23 mai
2017]. Disponible sur: http://www.chups.jussieu.fr/polys/viro/poly/Virologie.pdf

4. Recommandations nationales, prévention de la transmission croisée par voie respiratoire : Air ou

Gouttelettes / SF2H / 03/13 [Internet]. [cité 23 mai 2017]. Disponible sur: http://nosobase.chu-
lyon.fr/recommandations/sfhh/2013_air_gouttelettes.pdf

5. Casalegno J-S, Eibach D, Valette M, Enouf V, Daviaud I, Behillil S, et al. Performance of influenza case
definitions for influenza community surveillance: based on the French influenza surveillance network GROG,
2009-2014. Eurosurveillance [Internet]. 6 avr 2017 [cité 1 juin 2017];22(14). Disponible sur:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5388124/

6. procédure actualisée de la prise en charge globale d’un patient suspect de grippe saisonnière / SPILF COREB
/ 15/02/16 [Internet]. [cité 23 mai 2017]. Disponible sur:
http://www.infectiologie.com/UserFiles/File/medias/coreb/grippe/proced-grippe-saison-coreb-site-
15fev16-1.pdf

7. Prise en charge de la grippe en dehors d’une situation de pandémie 2005. Texte court. Médecine Mal
Infect. nov 2005;35:S237‑44.

8. vaccination contre la grippe saisonnière, questions réponses pour les professionnels de santé / direction
générale de la santé / 25/11/15 [Internet]. [cité 23 mai 2017]. Disponible sur: http://social-
sante.gouv.fr/IMG/pdf/qr_professionnels_de_sante_grippe_2015-2016-3.pdf

9. La vaccination contre la grippe saisonnière / ameli [Internet]. [cité 23 mai 2017]. Disponible sur:
http://www.ameli.fr/assures/prevention-sante/la-vaccination-contre-la-grippe-saisonniere.php

10. avis relatif à la priorisation de l’utilisation des antiviraux en situation d’épidémie de grippe saisonnière /
HCSP / 03/15 [Internet]. [cité 25 mai 2017]. Disponible sur:
http://www.hcsp.fr/Explore.cgi/Telecharger?NomFichier=hcspa20150303_grippesaisrecoutilantiviraux.pdf

11. préparation à une pandémie de grippe: lignes directrices à l’intention des cliniciens et des laboratoires sur
l’utilisation des épreuves de laboratoire pour les virus influenza / institut national de santé publique du
québec / 2006 [Internet]. [cité 11 avr 2017]. Disponible sur: https://www.inspq.qc.ca/pdf/publications/557-
InfluenzaLignesDirectricesCliniciens.pdf

12. Repères pour la pratique des tests rapides d’orientation diagnostique de la grippe / direction générale de la
santé / 10/14 [Internet]. [cité 11 avr 2017]. Disponible sur: http://social-
sante.gouv.fr/IMG/pdf/Le_point_sur_reperes_TROP_grippe.pdf

13. Les tests rapides grippe: leur utilisation en pratique de ville / JNI / 06/14 [Internet]. [cité 2 juin 2017].
Disponible sur: http://www.infectiologie.com/UserFiles/File/medias/JNI/JNI14/2014-JNI-trod-grippe-
lina.pdf

14. Principe de l’amplification par PCR / IFREMER / [Internet]. [cité 2 juin 2017]. Disponible sur:
http://bibliomer.ifremer.fr/documents/fiches/fiche_ensavoirplus_lien_PCR_vf.pdf

53

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
15. Guidance for Clinicians on the Use of RT-PCR and Other Molecular Assays for Diagnosis of Influenza Virus
Infection | Health Professionals | Seasonal Influenza (Flu) [Internet]. [cité 25 mai 2017]. Disponible sur:
https://www.cdc.gov/flu/professionals/diagnosis/molecular-assays.htm#table1-molecular

16. Dugas AF, Valsamakis A, Gaydos CA, Forman M, Hardick J, Kidambi P, et al. Evaluation of the Xpert Flu
Rapid PCR Assay in High-Risk Emergency Department Patients. J Clin Microbiol. 12 janv 2014;52(12):4353 ‑
5.

17. Conduite à tenir devant une ou plusieurs infections respiratoires aiguës dans les collectivités / HCSP / 2012
[Internet]. [cité 25 mai 2017]. Disponible sur:
https://www.pasteur.fr/fr/file/3304/download?token=lG1OAIWA

18. Prise en charge diagnostique et thérapeutique des cas supects de grippe en période d’épidémie de grippe
saisonnière aux urgences / COREB / 12/10 [Internet]. [cité 25 mai 2017]. Disponible sur:
http://urgentologue.free.fr/dmdocuments/risque/Grippe/2010-12-16%20-
%20Rapport%20COREB%20Grippe%20saisonniere.pdf

19. Guide for considering influenza testing when influenza viruses are circulating in the community | Health
Professionals | Seasonal Influenza (Flu) [Internet]. [cité 25 mai 2017]. Disponible sur:
https://www.cdc.gov/flu/professionals/diagnosis/consider-influenza-testing.htm

20. Bulletin épidémiologique hebdomadaire / SpFrance / 11/11/2016 [Internet]. [cité 6 mai 2017]. Disponible
sur: http://invs.santepubliquefrance.fr/beh/2016/32-33/pdf/2016_32-33.pdf

21. Bulletin hebdomaire grippe / InVS / 27/04/2016 [Internet]. [cité 25 mai 2017]. Disponible sur:
http://invs.santepubliquefrance.fr/content/download/125011/444197/version/196/file/Bulletin_grippe_2
70416.pdf

22. surveillance de la grippe en ARA, bilan de l’épidémie 2015-2016 / SpFrance CIRE [Internet]. [cité 25 mai
2017]. Disponible sur:
http://invs.santepubliquefrance.fr/fr/content/download/126873/451054/version/113/file/pe_auvergne_R
A_bilan_grippe.pdf

23. Grippe: le bilan pourrait être lourd - Libération. [cité 1 juin 2017]; Disponible sur:
http://www.liberation.fr/france/2017/01/11/grippe-le-bilan-pourrait-etre-lourd_1540699

24. Grippe : l’état d’urgence - Le Parisien. [cité 1 juin 2017]; Disponible sur:
http://www.leparisien.fr/societe/mauvaise-grippe-11-01-2017-6551562.php

25. Béguin F. Grippe : Touraine appelle les hôpitaux à reporter les opérations non urgentes pour libérer des lits.
Le Monde.fr [Internet]. 11 janv 2017 [cité 1 juin 2017]; Disponible sur:
http://www.lemonde.fr/sante/article/2017/01/11/epidemie-de-grippe-les-services-d-urgences-en-
surchauffe_5060647_1651302.html

26. L’épidémie de grippe sature les urgences toulousaines. ladepeche.fr [Internet]. [cité 1 juin 2017]; Disponible
sur: http://www.ladepeche.fr/article/2017/02/02/2509428-l-epidemie-de-grippe-sature-les-urgences-
toulousaines.html

27. « Les urgences aux limites de leurs capacités » face à la grippe, s’alarme Marisol Touraine. Le Monde.fr
[Internet]. 10 janv 2017 [cité 1 juin 2017]; Disponible sur:
http://www.lemonde.fr/sante/article/2017/01/10/les-urgences-aux-limites-de-leurs-capacites-face-a-la-
grippe-s-alarme-marisol-touraine_5060579_1651302.html

28. Bulletin hebdomadaire grippe / SpFrance / 08/03/2017 [Internet]. [cité 1 juin 2017]. Disponible sur:
http://invs.santepubliquefrance.fr/content/download/134867/484231/version/226/file/Bulletin_grippe_S0
9.pdf

54

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
29. L’évolution de consommations d’antibiotiques en France entre 2000 et 2013 / ANSM / 11/14 [Internet].
[cité 23 mai 2017]. Disponible sur:
http://ansm.sante.fr/content/download/69355/884959/version/1/file/ANSM_rapport_consommation_ant
ibio+2013.pdf

30. European Antimicrobial Resistance Surveillance System Annual Report 2007 [Internet]. [cité 25 mai 2017].
Disponible sur: http://ecdc.europa.eu/en/healthtopics/antimicrobial-resistance-and-
consumption/antimicrobial_resistance/publications-
documents/Documents/2007_EARSS_Annual_Report.pdf

31. Havers F, Thaker S, Clippard JR, Jackson M, McLean HQ, Gaglani M, et al. Use of Influenza Antiviral Agents
by Ambulatory Care Clinicians During the 2012-2013 Influenza Season. Clin Infect Dis. 15 sept
2014;59(6):774‑82.

32. Xu M, Qin X, Astion ML, Rutledge JC, Simpson J, Jerome KR, et al. Implementation of FilmArray Respiratory
Viral Panel in a Core Laboratory Improves Testing Turnaround Time and Patient Care. Am J Clin Pathol. 1
janv 2013;139(1):118‑23.

33. Rogers BB, Shankar P, Jerris RC, Kotzbauer D, Anderson EJ, Watson JR, et al. Impact of a rapid respiratory
panel test on patient outcomes. Arch Pathol Lab Med. 2014;139(5):636–641.

34. évaluation économique du diagnostic moléculaire du virus influenza / INESS / nov 16 [Internet]. [cité 8 juin
2017]. Disponible sur:
https://www.inesss.qc.ca/fileadmin/doc/INESSS/Rapports/EtudeEconomique/INESSS_Evaluation_econo_di
agnostic_moleculaire_virus_Influenza.pdf

35. France E. Infections respiratoires présumées virales: comment prescrire moins d’antibiotiques? résultats de
l’étude PAAIR. [cité 8 juin 2017]; Disponible sur: http://www.medecinegen-creteil.net/wp_creteil/wp-
content/uploads/2012/12/PAAIR.pdf

36. Impact des tests de diagnostic rapide de la grippe dans la prise en charge des patients adultes fébriles en
période d’épidémie de grippe en cabinet de médecine générale - document [Internet]. [cité 2 juin 2017].
Disponible sur: https://dumas.ccsd.cnrs.fr/dumas-01160860/document

55

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Annexes
Annexe 1 : tests par RT-PCR et autres tests moléculaires pour la grippe autorisés par le FDA.

56

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
 57

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
 58

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Annexe 2 : feuille de prescription RT-PCP grippe.

59

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Annexe 3 : mise à jour de l’organigramme décisionnel

Syndrome grippal (fièvre à > 38,5°C d'apparition brutale, AEG, syndrome respiratoire haut et bas, syndrome algique diffus musculo-articulaire)

Période épidémie grippale

(selon bulletin SpFrance du moment)

Pas de PCR grippe sauf situation

Non particulière (retour de voyage, forte
Oui suspicion clinique)

Orientation clinique vers une autre étiologie que la grippe?

Pas de PCR grippe

Oui
Non Bilan selon orientation clinique

Tableau typique sans indication annexe d’hospitalisation

ET absence de comorbidités
ET bonne tolérance respiratoire et HD

Diagnostic clinique, pas de PCR grippe

Retour à domicile
Non Consignes de surveillance

Tableau typique de grippe ET Tableau atypique et discussion diagnostique (céphalées fébriles sur Sd
Sujet > 65 ans, comorbidités cardiaque / pulmonaire / rénale / hépatique pseudo-grippal, retour de voyage, ...)
/ neurologique, immunodépression, diabète, obésité, grossesse
Signes de gravités / mauvaise tolérance, hospitalisation pour PNP

PCR
PCR

Positive Négative Positive

Traitement anti-viral si indiqué Poursuite des explorations Retour à domicile si SEUL le

Isolement respiratoire si hospitalisation diagnostic de grippe est retenu
Consignes de surveillance

60

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Remerciements

Avant tout, surtout, à mes parents, vous qui avez toujours su être là quand il fallait, et à qui je ne dis pas
suffisamment « je t’aime »… Je vous aime !

A Clarisse et Basile, pour nos disputes et nos week-end frères et sœurs. A Mino, pour ta pêche incroyable et ton
soutien sans faille. A Grand Papa, j’aurai aimé partager ce moment avec toi.

A Stéphane et Benoit, qui m’avez donné la curiosité de l’infectiologie, et m’avez éduqué à la prescription
raisonnée d’antibiotiques. J’ai dévié en cours de route, mais j’espère garder la sensibilité que vous m’avez
transmise.

A la team des internistes lyonnais, à la revoyure, ce fut un plaisir de passer ces 2 ans avec vous. Mention
ème
spéciale à Xav pour ces 2 semestres tous les deux, et peut être un 3 bientôt, ce serait drôle ! Et à Emilie,
Bouchra et Brice, pour ces supers 6 mois qui m’ont paradoxalement fait me tourner vers une autre voie.

A toute l’équipe des Urgences de St Jo, qui fait que je suis contente de me lever le matin pour aller travailler. A
Sylvie, pour avoir cru en moi et m’avoir permis de rejoindre l’équipe. A Caroline, pour toutes tes leçons
d’infectiologie, et surtout pour ton aide et tes remarques sur ce travail.

A tous mes copains de la montage, ski de rando, escalade & co, qui m’avez fait tenir pendant cet internat. Et
aussi à tous mes compagnons lyonnais de soirée et de we. MERCI! Sans vous tout aurait été tellement plus dur.

A l’équipe des Vieux Morses, pour toutes ces années d’externat parisien.

A Sandrine aussi, pour ton amitié qui m’est chère.

A PA, pour nos discussions qui m’ont beaucoup fait avancer dans mes priorités de choix de vie.

Au club des 7, 17 ans maintenant, voire même plus… le temps passe vite. Merci pour votre fidélité malgré la
distance.

A Laura, pour cette année de collocation, j’ai beaucoup appris sur moi-même, l’appartement est bien vide
depuis ton départ ! On a encore plein de chose à faire toutes les deux, vivement Berlin !

A Sara enfin. Je me suis éloignée, médecine est finie, et j’ai perdu ta complicité. Je le regrette sincèrement.

61

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Serment d’Hippocrate

Je promets et je jure d'être fidèle aux lois de l’honneur et de la probité dans l'exercice de la Médecine.

Je respecterai toutes les personnes, leur autonomie et leur volonté, sans discrimination.

J'interviendrai pour les protéger si elles sont vulnérables ou menacées dans leur intégrité ou leur dignité.
Même sous la contrainte, je ne ferai pas usage de mes connaissances contre les lois de l'humanité.

J'informerai les patients des décisions envisagées, de leurs raisons et de leurs conséquences. Je ne tromperai
jamais leur confiance.

Je donnerai mes soins à l'indigent et je n'exigerai pas un salaire au-dessus de mon travail.

Admis dans l'intimité des personnes, je tairai les secrets qui me seront confiés et ma conduite ne servira pas à
corrompre les mœurs.

Je ferai tout pour soulager les souffrances. Je ne prolongerai pas abusivement la vie ni ne provoquerai
délibérément la mort.

Je préserverai l'indépendance nécessaire et je n'entreprendrai rien qui dépasse mes compétences. Je

perfectionnerai mes connaissances pour assurer au mieux ma mission.

Que les hommes m'accordent leur estime si je suis fidèle à mes promesses. Que je sois couvert d'opprobre et
méprisé si j'y manque.

62

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)
Magali GALEY née le 11 mars 1988 à Fontenay aux Roses

RT-PCR grippe rapide aux urgences : étude de la mise en application d’un nouveau protocole

Nbr feuilles : 63 Figures : 6 Tableaux : 3 Annexes : 2

Th. Méd. : Lyon 2017 n° 152

RESUME :

Introduction : Les services d’urgences sont en première ligne de la prise en charge des patients grippés. Bien
que son diagnostic soit clinique, certaines situations nécessitent une confirmation microbiologique. Peu de
recommandations encadrent l’utilisation des nouveaux tests diagnostiques par RT-PCR rapide de la grippe dans
les services d’urgences adultes. L’objectif principal était d’étudier la mise en application d’un protocole de
service précisant les indications de réalisation du test diagnostique de la grippe dans un service d’urgences
adultes. L’objectif secondaire était d’étudier l’intérêt de ce test pour les patients en ayant bénéficié.

Méthode : Il s’agit une analyse observationnelle descriptive rétrospective de l’utilisation de ce nouveau test
dans le service des urgences adultes du centre hospitalier Saint Joseph-St Luc de Lyon, durant l’épidémie
grippale 2015-2016.

Résultats : Entre le 05/02/2016 et le 10/04/2016, sur les 75 patients ayant bénéficié d’une RT-PCR grippe, seuls
7 (9%) ne présentaient aucune des indications retenues au préalable pour la réalisation du test diagnostique.
Sur ces 75 patients, 36 ont été positifs (48%). Nous considérons qu’entre 61% et 75% des tests revenus positifs
ont été réalisés de façon légitime, permettant en ambulatoire une épargne de gestes invasifs, d’hospitalisation
ou d’antibiothérapie, et en hospitalisation une aide à la gestion des isolements

Conclusions : La grippe est de diagnostic clinique, et sa confirmation microbiologique par test diagnostique
rapide par RT-PCR doit rester l’exception. Aux urgences, l’encadrement des conditions de réalisation par un
protocole de service semble efficace pour cibler les indications du test, et éviter son utilisation trop
systématique.

MOTS CLES
Grippe saisonnière, RT-PCR rapide, test diagnostique, service d’urgences adultes, protocole

JURY :

Président : Monsieur le Professeur Arnaud HOT

Membres :
Monsieur le Professeur Bruno LINA
Monsieur le Professeur Karim TAZAROURTE
Madame le Docteur Sylvie MEYRAN
Madame le Docteur Caroline PARISET

Soutenue publiquement le 03/07/2017

74 rue de Gerland, 69007 LYON magali.galey@hotmail.fr

63

GALEY
(CC BY-NC-ND 2.0)