Chapter

chapitre 3
Microbiologie du processus de compostage
H. Insam et M. de Bertoldi
3.1. Introduction................................................. .................................................. ........................ 26

3.2. Définition du compostage (procédé) et du compost (produit) ...................................... .... 26
3.3. Les substrats ................................................ .................................................. ..................... 27
3.3.1. Lignine ................................................. .................................................. ..................... 27
3.3.2. Cellulose................................................. .................................................. ................. 27
3.3.3. Hémicelluloses ................................................. .................................................. ....... 30
3.3.4. Murein ................................................. .................................................. .................... 30
3.3.5. Chitine ................................................. .................................................. ...................... 30
3.4. Le compostage en tant que processus 31
discontinu ............................................. .................................
3.4.1. Phase mésophile (25–40◦C) ................................................ .................................... 32
3.4.2. Phase thermophile (35–65◦C) ................................................ ................................. 32
3.4.3. Phase de refroidissement (deuxième phase 34
mésophile) ........................................... ...................
3.4.4. Phase de 34
maturation ................................................ .................................................. .....
3.5. Les micro-organismes 34
impliqués ............................................... ...............................................
3.5.1. Culture et techniques moléculaires .............................................. ....................... 34
3.5.2. Bactéries ................................................. .................................................. ................... 35
3.5.3. Archées ................................................. .................................................. ................... 38
3.5.4. 38
Champignons ................................................. .................................................. ......................
.
3.6. Bilan carbone et azote .............................................. ................................................ 38
3.7. Analyses microbiologiques avancées pour la détermination de la 41
maturité .......................................
3.7.1. Prérequis pour une analyse 42
correcte .............................................. ................................
3.7.2. Isolement des micro- 42
organismes ............................................... ......................................
3.7.3. Évolution de la 43
chaleur ................................................ .................................................. .........
3.7.4. Respiration................................................. .................................................. .............. 43
3.7.5. Profilage physiologique au niveau communautaire 44
(CLPP) .......................................... ........
3.7.6. Tests d'activité 44
enzymatique ............................................... ................................................
3.7.7. Perspectives vers de nouvelles méthodes de test de 45
maturité ............................................ ..............
3.8. Les 45
références................................................. .................................................. ..........................
25
26 Science et technologie du compost
3.1. Introduction
Le cycle biologique des nutriments est indispensable à la vie et se fait par l'intermédiaire
de micro-organismes. La biotransformation est une modification biologique qui altère la
structure chimique. Le préfixe bio indique les activités biotiques (organismes vivants)
(pas, par exemple, l'action de la lumière UV ou l'action d'enzymes isolées). La
biotransformation peut synthétiser des atomes ou des molécules simples en molécules
plus complexes (biosynthèse), ou vice versa (biodémolition, biodégradation,
minéralisation). La biodégradation est la décomposition d'une structure moléculaire en ses
composants élémentaires. La biodégradation peut être une segmentation d'un complexe en
composés plus simples, voire en atomes; cette segmentation n'est généralement pas une
simple fragmentation, mais souvent d'autres atomes sont également incorporés pour
former de nouveaux composés.
3.2. Définition du compostage (procédé) et du compost (produit)
La présence de substrats organiques mixtes est une prérogative du compostage. Le

compostage désigne un processus de biodégradation d'un mélange de substrats réalisé par
une communauté microbienne composée de diverses populations en conditions aérobies
et à l'état solide. La transformation microbienne de substrats purs porte le nom de
fermentation ou de biooxydation, mais pas de compostage.
Le processus exothermique produit de l'énergie sous forme de chaleur, ce qui se traduit
par une augmentation de la température dans la masse. Un processus spontané passe donc
par une phase thermophile, qui est précédée et suivie de deux phases mésophiles. Lors du
compostage, il y a une libération temporaire de phytotoxines (métabolites intermédiaires,
ammoniac, etc.). À la fin du processus, cette phytotoxicité est complètement surmontée et
le produit final est bénéfique pour la croissance des plantes. Le processus de compostage
conduit à la production finale de dioxyde de carbone, d'eau, de minéraux et de matière
organique stabilisée (compost). Le processus commence par l'oxydation de matières
organiques facilement dégradables; cette première phase est appelée décomposition. La
deuxième phase, la stabilisation, comprend non seulement la minéralisation de molécules
lentement dégradables,
D'un point de vue technique, le processus de compostage est arrêté à une phase où la
matière organique est encore présente en quantité relativement importante (plus de 50%
de la quantité de départ); autrement, le processus se poursuivrait, si les conditions
environnementales le permettent, jusqu'à ce que tous les composants organiques soient
complètement minéralisés.
Le produit principal est appelé compost, qui peut être défini comme le produit stabilisé
et désinfecté du compostage, compatible et bénéfique pour la croissance des plantes. Le
compost a subi: (1) une première étape rapide de décomposition; (2) une étape de
stabilisation; et (3) un processus incomplet d'humification.
La transformation de la matière organique fraîche en compost s'effectue
principalement pour trois raisons: (1) pour vaincre la phytotoxicité de la matière
organique fraîche non stabilisée; (2) réduire la présence d'agents (virus, bactéries,
champignons, parasites) pathogènes pour
l'homme, les animaux et les plantes à un niveau qui ne constitue pas davantage un risque
pour la santé; et (3) produire un engrais organique ou un conditionneur de sol, en
.recyclant les déchets organiques et la biomasse
3.3. Les substrats
La décomposition des matériaux pendant le compostage suit les voies biochimiques

courantes de tout autre processus de dégradation. Habituellement, les substrats sont
biogéniques, c'est-à-dire qu'ils proviennent d'une activité biologique (par exemple, la
photosynthèse ou la biomasse de consommation). Cela signifie essentiellement que tous
les substrats disponibles sont d'origine végétale, animale ou microbienne. En général, les
matières végétales constituent les quantités les plus élevées, tandis que les tissus animaux
ou les composants microbiens ne sont que des fractions mineures de tout mélange, mais
sont généralement les fractions les plus riches en nutriments. Les principaux composés
naturels trouvés dans les substrats de compost sont énumérés dans le tableau 3.1.
3.3.1. Lignine
La lignine est un composant structurel majeur des plantes, et c'est celle qui se dégrade le
.plus lentement
.sa dégradation est très complexe
La dégradation de la lignine est principalement accomplie par les champignons, qui
sont très souvent des agents pathogènes qui se développent sur la plante vivante. Les
champignons dégradant la lignine sont également connus sous le nom de champignons
whiterot, comme Trametes versicolor (Turquie Tail) ou Stereum hirsutum (False Turkey
Tail). Ils dégradent la lignine et laissent les parties de cellulose de couleur pâle. Certains
champignons, tels que Pleurotus ostreatus, dégradent la cellulose et la lignine en même
temps.
3.3.2. Cellulose
La cellulose est le composant le plus abondant des plantes. La cellulose se trouve dans
presque tous les types de déchets organiques. Il est le plus important dans les déchets qui
sont dominés par les restes végétaux avec un pourcentage élevé d'éléments structurels
(déchets de l'industrie du bois, déchets agricoles et déchets ménagers). Les molécules de
cellulose sont des chaînes de β-d-glucose avec un degré de polymérisation de 40 000. Les
molécules de glucose sont combinées par liaison β-1, 4-glycosidique. Le clivage
enzymatique résulte de l'activité de trois enzymes:
1. EndoLes -β-1,4-glucanases clivent les liaisons β-1,4 à l'intérieur de la molécule, ce qui
donne de longues chaînes avec des extrémités libres.
2. ExoLes -β-1,4-glucanases séparent le disaccharide cellobiose des extrémités libres.
3. Bêta-glucosidases hydrolysent le cellobiose et le glucose résultant est absorbé par les
microorganismes.
28
Tableau 3.1. Principaux composés naturels qui sont les substrats de la décomposition
Composé Composition Une fonction P UNE M Dégradabilité
Polymérisats de lignine de phénylpropane Composé structural 3 0 0 Très résistant, principalement par

dérivés, p.ex., coniféryl champignons
de l'alcool
Cellulose Obligations β-1,4 Composé structurel (feuilles 3 0 0 Facilement, principalement

de plantes, tiges) par des champignons, mais Compostscience
aussi des bactéries,
Actinomycètes
polymères
Amidon Amylose: liaisons α-1,4 Composé de stockage dans 2 0 1 Bien; Aérobie et anaérobie
linéaires; Amylopectine: les graines et les racines (Clostridium)
Glucose( C 6HdixO5) n les
liaisons α-1,4 ramifiées
Glycogène Liaisons α-1,4 et α-1,6 Dans les muscles des 0 1 0 Bien

animaux
Laminarine Obligations β-1,3 Algues marines (Phaeophyta) 2 0 0 Juste
Paramylon Obligations β-1,3 Algues (Euglenophyta et 1 0 0 Juste

Xanthophyta)
Dextran 1,6 obligations

Capsules ou couches 0 0 1 Juste
visqueuses de bactéries
Gélose Polymère de galactose et Algues marines (Rhodophyta) 2 Résistant
acide galacturonique
Suberin, cutine Esters polymériques élevés de Composé structurel1 0 0 Pauvre
saturé et insaturé
Les acides gras
• Xylan
Hémicellulose Faible degré de polymérisation Composé de paroi cellulaire, en 3 0 0
Dégradabilité variable, souvent
• Araban de monomères de sucre (pentoses graines, paille, bois, algues avec la lignine
• Mannan et hexoses) et les acides uroniques;
• Galaktan généralement 20 à 100 monomères
Pectine Polymère d'acides galacturoniques Dissous et dans la paroi 2 0 0 Facile, par la plupart des
(3 × 104–5 × 105 monomères) cellulaire, dans les graines, micro-organismes, parmi Microbiologie du proc
les fruits et dans les jeunes lesquels souvent des
parties de bois agents pathogènes des
plantes
Saccharose Disaccharide glucose-fructose Vacuoles 2 0 1 Très facile pour la plupart

des micro-organismes
Lactose Disaccharide de glucose-galactose Lait 0 1 Facile par les bactéries

lactiques
Acide hyaluronique Polysaccharide d'acide Tissu conjonctif 0 1 0 Facile

glucuronique et de N-
acétylglucosamine
Chlorophylle et autres Plastes 1 0 0 Facile

pigments
Alcaloïdes, tanins Sucres, principalement alpha-d- Vacuoles 1 0 Variable

glucose
Graisses, cires Glycérine et acides gras Composé de stockage 1 3 1 Variable
DNS, RNS Acides nucléiques Noyaux, mitochondries 1 1 2 Facile
Acide poly-β-hydroxy Vacuoles, composé de 0 0 2 Facile

butyrique stockage
Murein Peptidoglycane Paroi cellulaire de bactéries 0 0 3 Facile
Chitine Poly-N-acétylglucosamine Paroi cellulaire de 0 2 3 Équitablement

champignons; crustacés,
insectes
Ces matières se trouvent dans: les plantes (P); animaux (A); et microorganismes (M). Les valeurs indiquent la plage d'importance relative (de 0 - non trouvé à 3 -
trouvé en très grandes quantités). 29
Dans des conditions aérobies, de nombreux champignons, bactéries et aussi

myxomycètes sont impliqués dans la dégradation de la cellulose. L'action catalytique
(destruction mécanique de grands éléments structuraux) de la microfaune est considérée
comme importante. Les champignons sont, en général, plus importants pour la
dégradation de la cellulose que les bactéries, ce qui est particulièrement le cas si la
cellulose est incrustée de lignine (par exemple dans le bois ou la paille). La cellulose
étant riche en C mais ne contenant ni N ni aucun autre élément essentiel, la structure
mycélienne des champignons est un avantage concurrentiel. Quelques champignons à
mentionner sont Chaetomium, Fusarium et Aspergillus. Parmi les bactéries, il s'agit
principalement du groupe des myxomycètes ou groupes taxonomiques apparentés
(Cytophaga, Polyangium, Sorangium). En outre, les Pseudomonas et les genres
apparentés sont connus pour dégrader la cellulose,
Dans des conditions anaérobies, la cellulose est principalement dégradée par les
Clostridia mésophiles et thermophiles.
3.3.3. Hémicelluloses
Xylan, parmi les hémicelluloses, est la plus importante et se trouve dans la paille, la
bagasse (jusqu'à 30%) et le bois (2–25%). Le xylane est composé de pentoses (xylose,
arabinose) ou d'hexoses (glucose, mannose, galactose). Le degré de polymérisation est de
30 à 100. Les principales enzymes de dégradation sont les xylanases, produites par de
.nombreuses bactéries et champignons (dans certains cas, de manière constitutive)
Pectine (polygalacturonides) est constitué de chaînes non ramifiées d'acide
polygalacturonique. Il est dégradé par la pectinase, qui est très courante chez les
champignons et les bactéries. De nombreux agents pathogènes des plantes produisent des
.pectinases
Amidon est composé d'amylose (20%) et d'amylopectine. Les amyloses sont des chaînes
non ramifiées de d-glucose (en raison de la liaison β-glycosidique en position 1,4,
l'amylose est, contrairement à la cellulose, hélicoïdale). L'amylopectine est en outre
ramifiée en position 1,6 et contient des résidus phosphate et des ions Ca et Mg. Deux
:types de dégradation enzymatique de l'amidon sont importants
• •
Phosphorolyse par les phosphorylases, commençant à l'extrémité libre et non réductrice
de la chaîne amylose, libérant des molécules uniques de glucose-1-phosphate. Au niveau
des branches 1,6, l'enzyme s'arrête et ne se poursuit qu'après l'action de l'amylo-1,6-
glucosidase. Hydrolyse: l'α-amylase clive les liaisons α-1,4 au sein de la molécule.
3.3.4. Murein
Murein se compose de chaînes non ramifiées de N-acétylglucosamine et d'acide N-

acétylmuramique. L'acide muramique est lié par des groupes lactyle à des acides aminés
variables. La murine est le principal composant de la paroi cellulaire de la plupart des
bactéries.
Microbiologie du processus de compostage 31
3.3.5. Chitine
La chitine est, compte tenu des masses, moins importante que la cellulose.
Chimiquement, la cellulose et la chitine sont très similaires. Alors que le monomère de la
cellulose est le glucose, le monomère de la chitine est la N-acétylglucosamine. La
principale différence pour les dégradants est la forte concentration d'azote dans la chitine
.(environ 7% N, le C / N de la chitine est d'environ 5)
De nombreux champignons (par exemple, Aspergillus) et bactéries (par exemple,
Flavobacterium, Cytophaga, Pseudomonas) sont capables d'utiliser la chitine comme
source d'azote et de carbone. La chitine est dégradée par les exoenzymes en N-
acétylglucosamine, qui est résorbée, transformée en fructose-6-P, et donc incorporée dans
le métabolisme des glucides.
La chitine est le composé structurel le plus important dans les parois cellulaires des
champignons et c'est la substance qui constitue l'exosquelette des insectes et des
crustacés. Dans les régions dotées d'une industrie conchylicole, la chitine est un déchet
important.
3.4. Le compostage en tant que processus discontinu
La dégradation des composés organiques dans des conditions naturelles se produit

généralement dans les sols et les sédiments, à la surface du sol ou dans les plans d'eau.
Dans la plupart des cas, les substrats en décomposition ont un contact physique avec le
matériau dégradé, ou avec une matrice externe. Ainsi, un échange de nutriments du
matériau dégradant et de la matrice (par exemple, sol, sédiment ou eau) est généralement
possible, et en raison de la dispersion du matériau dégradant, la décomposition a lieu à
température ambiante. Il y a des exceptions à cela, par exemple, l'accumulation de
feuilles pendant la chute lorsque les processus exothermiques pendant la décomposition
sont suffisamment forts pour élever la température du matériau. Notamment, ce sont
surtout les activités humaines qui accumulent des substrats à un certain endroit dans une
mesure qui permet l'auto-échauffement, qui est une caractéristique typique de tout
processus de compostage. Étant donné que toute réaction chimique ou biochimique
dépend de la température, de nombreuses propriétés chimiques, physiques et biologiques
.changent également au cours du processus (Fig. 3.1)
Le niveau actuel de compréhension du microbiote impliqué dans le compostage
dépend en grande partie des études effectuées avec des méthodes traditionnelles, par
exemple, l'isolement et l'identification des bactéries, y compris les actinobactéries, et les
champignons (Miller, 1996). Le compostage induit des activités métaboliques élevées
des microorganismes à des densités élevées (jusqu'à 1012 cellules g − 1). Le changement
constant des conditions (température, pH, aération, humidité, disponibilité des substrats)
se traduit par des stades de croissance exponentielle et des phases stationnaires de divers
organismes. Les consortiums microbiens présents à tout moment sont remplacés par
d'autres à de courts intervalles. Le problème, cependant, est qu'en dépit de leur viabilité,
seule une petite fraction des microbes peut être cultivée.
Les processus de biodégradation dans la nature sont généralement comparables à une

culture continue (d'un point de vue microbiologique), et les facteurs déterminants les plus
importants sont externes (qualité du substrat, température, humidité, etc.). Le
compostage, en revanche, ressemble à une culture par lots avec des changements
constants dans la composition du substrat et les conditions biochimiques. Les processus
de compostage continu peuvent être considérés comme une séquence de cultures
continues, chacune d'elles ayant ses propres propriétés physiques (par exemple, la
température), chimiques (le substrat disponible) et biologiques (par exemple, la
composition de la communauté microbienne) et leurs effets de rétroaction. Ces
changements rendent difficile l'étude du procédé, ce qui est pratiquement impossible à
simuler en laboratoire puisque la température, l'aération, l'humidité, etc. sont directement
liées au rapport surface / volume. cependant,
Fig. 3.1. Communautés microbiennes pendant le processus de compostage: retour de température.
3.4.1. Phase mésophile (25–40◦C)
Dans cette première phase (également appelée phase de départ), les composés riches en
énergie et facilement dégradables comme les sucres et les protéines sont abondants et
sont dégradés par des champignons, des actinobactéries et des bactéries, généralement
appelés décomposeurs primaires. À condition que les influences mécaniques (comme le
retournement) soient faibles, des vers de compost, des acariens, des mille-pattes et
d'autres mésofaunes se développent, qui agissent principalement comme catalyseurs.
Selon la méthode de compostage, la contribution de ces animaux est soit négligeable,
soit, comme dans le cas particulier du lombricompostage, considérable. Il a été démontré
que le nombre d'organismes mésophiles dans le substrat d'origine est de trois ordres de
grandeur plus élevé que le nombre d'organismes thermophiles, mais l'activité des
décomposeurs primaires induit une élévation de température.
3.4.2. Phase thermophile (35–65◦C)
Les organismes adaptés à des températures plus élevées obtiennent un avantage

concurrentiel et progressivement, et à la fin, remplacent presque entièrement la flore
mésophile. Les organismes mésophiles précédemment florissants meurent et sont
finalement dégradés par les organismes thermophiles suivants, ainsi que le substrat
restant facilement dégradable. La décomposition continue d'être rapide et s'accélère
jusqu'à ce qu'une température d'environ 62 ° C soit atteinte. Les champignons
thermophiles ont des maxima de croissance entre 35 et 55 ° C, tandis qu'une température
plus élevée inhibe généralement la croissance fongique. Les bactéries et actinobactéries
thermotolérantes et thermophiles sont connues pour
Générations par heure
Psychrophile
3
Mésophile
2 Thermophile
0
- dix 0 dix 20 30 40 50 60 70
Température en °C
Fig. 3.2. Plage de température des organismes psychrotolérants, mésophiles et thermophiles, et leur
temps de génération.
restent actifs même à des températures plus élevées. Malgré la destruction de la plupart
des micro-organismes au-delà de 65 ° C, la température peut encore augmenter et
dépasser 80 ° C. Il est probable que cette élévation de température finale ne soit pas due à
une activité microbienne, mais plutôt à l'effet de réactions exothermiques abiotiques dans
lesquelles des enzymes thermostables d'actinobactéries pourraient être impliquées. La
plage de température des organismes psychrotolérants, mésophiles et thermophiles et
.leurs temps de génération sont illustrés à la Fig. 3.2
Les mêmes températures ne sont pas atteintes dans toutes les zones d'un tas de
compost; ainsi, il est important que, par un tournage régulier, chaque partie du substrat
soit déplacée vers la partie centrale la plus chaude de la pile. D'un point de vue
microbiologique, quatre zones principales peuvent être identifiées à l'intérieur d'une pile
(comme le montre la figure 3.3). La zone extérieure est la plus froide et bien alimentée en
oxygène; la zone intérieure est mal alimentée en oxygène; la zone inférieure est chaude,
zone
extérieure
zone
supérieure
zone zone
intérieure inférieure
Fig. 3.3. Coupe transversale d'un andain de compost (les zones principales et le flux de convection
sont indiqués).
et bien alimenté en oxygène; tandis que la zone supérieure est la zone la plus chaude et
.généralement assez bien alimentée en oxygène
La phase thermophile est importante pour l'hygiénisation. Les agents pathogènes
humains et végétaux sont détruits; les graines de mauvaises herbes et les larves d'insectes
sont tuées. Non seulement la température pendant la phase thermophile, mais aussi la
présence d'une flore très spécifique dominée par les actinobactéries, sont importantes
pour l'hygiénisation par la production d'antibiotiques. L'inconvénient des températures
supérieures à 70 ° C est que la plupart des mésophiles sont tués, et donc la récupération
est retardée après le pic de température. Cela peut cependant être évité par des mesures
appropriées de recolonisation.
3.4.3. Phase de refroidissement (deuxième phase mésophile)
Lorsque l'activité des organismes thermophiles cesse en raison de l'épuisement des

substrats, la température commence à diminuer. Les organismes mésophiles recolonisent
le substrat, soit à partir de spores survivantes, soit par propagation à partir de microniches
protégées, soit par inoculation externe. Alors que dans la phase de départ les organismes
capables de dégrader les sucres, les oligosaccharides et les protéines dominent, la
seconde phase mésophile est caractérisée par un nombre croissant d'organismes qui
dégradent l'amidon ou la cellulose. Parmi eux se trouvent à la fois des bactéries et des
champignons.
3.4.4. Phase de maturation
Au cours de la phase de maturation, la qualité du substrat se dégrade et en plusieurs

étapes successives la composition de la communauté microbienne est entièrement altérée.
Habituellement, la proportion de champignons augmente, tandis que le nombre de
bactéries diminue. Des composés qui ne sont plus dégradables, tels que les complexes
lignine-humus, se forment et deviennent prédominants.
3.5. Les microorganismes impliqués
3.5.2. Les bactéries
L'importance des bactéries non mycéliennes pendant le processus de compostage a été

longtemps négligé, probablement en raison de la meilleure visibilité des champignons et
des actinobactéries. Dans certains processus de compostage, par exemple le compostage
des boues d'épuration, les bactéries sont plus importantes que les champignons dès le
début. Si les températures sont maintenues en dessous de 60 ° C, plus de 40% des solides
sont dégradés dans les 7 premiers jours, presque entièrement par l'activité bactérienne
(Strom, 1985). La plage de température de 50 à 65 ° C est un avantage sélectif pour les
bactéries, et en particulier pour le genre Bacillus. Lorsque les températures dépassent 65
.° C, B. stearothermophilus est souvent dominant, presque comme dans une culture pure
Très probablement, les bactéries anaérobies obligatoires sont également courantes
dans les composts, mais jusqu'à présent, très peu d'informations sont disponibles. Au
cours de la préparation de substrats d'agaricus, Eicker (1981) a trouvé des preuves d'une
réduction du sulfate dans des conditions thermophiles.
Actinobactéries
Actinobactéries préfèrent un pH neutre ou légèrement alcalin et sont capables de
dégrader des substrats relativement complexes. Plusieurs sont thermotolérants, voire
thermophiles, avec une plage de température de 50 à 60 ° C. La plupart des
actinobactéries se développent mieux lorsque le substrat est humide et que l'apport en
oxygène est bon. Ces conditions sont généralement données lorsque les substrats les plus
facilement dégradables ont déjà été consommés par des bactéries et lorsque les
températures dépassent 45 ° C. Les actinobactéries sont cependant également bien
.représentées dans les derniers consortiums
Un cas particulier est le compostage du substrat de culture pour les basidiomycètes.
Dans ce cas particulier, la croissance des actinobactéries est particulièrement forte au
cours de la deuxième phase.
Actinobactéries sont visibles à l'œil nu dans des nattes épaisses, et cette phase est appelée
période «croc de feu» (température autour de 45 ° C, humidité relativement faible). Pour
la culture d'Agaricus, cette phase actinobactérienne est déterminante pour le succès. On
tente de maintenir une température de 48 ° C sur tout le substrat (et pas seulement dans
une certaine zone) en régulant l'humidité et l'apport d'air. Le but principal est la
réassimilation microbienne de l'ammonium. Une surchauffe du compost (> 70 ° C)
.entraînerait une altération irréversible du matériau et de l'ammoniac serait libéré
Groupe Thermus / Deinococcus
Les membres du groupe Thermus / Deinococcus poussent sur des substrats organiques à
des températures de 40 à 80 ° C, avec une croissance optimale entre 65 et 75 ° C. Les
chiffres dans les composts de biodéchets atteignaient 107 à 1010 g − 1 poids sec de
compost (Beffa et al., 1996). Ainsi, il semble que les espèces Thermus, auparavant
connues uniquement des sites géothermiques, se sont probablement adaptées au système
de compost chaud et jouent un rôle majeur dans la phase de pointe de chauffe. De plus,
un certain nombre de bactéries autotrophes ont été isolées à partir de composts. Ces
bactéries non sporulantes se sont développées à 60–80 ° C, avec des optima de 70–75 °
C, et ressemblaient étroitement à des souches d'Hydrogenobacter qui n'étaient auparavant
connues que sur des sites géothermiques. Ils obtiennent leur énergie en oxydant du soufre
ou de l'hydrogène et synthétisent leur matière organique à partir du CO2 (Beffa et al.,
.1996)
Le tableau 3.2 donne un aperçu des bactéries impliquées dans le compostage.
Tableau 3.2. Aperçu des bactéries impliquées dans les processus de compostage1
Groupe Espèces de genre Pertinence Étape de Référence

phylogénétique écologique succession
Pseudomonas putida Pathogène Alfreider et coll. (2002)
souche ATCC 11172
Pseudomonas sp. Miller (1996)
Alpha
Methylosinus Méthanotrophe Murrell et coll. (1998)

trichosporium De bonne
heure
Caulobacter spp. Michel et coll. (2002)
De bonne
Erythrobacter longus heure Michel et coll. (2002)
Nitrosospira briensis Nitrificateur Murell et coll. (1998),
Kowalchuk et coll.
(1999) Murell et al. (1998),
Protéobactéri
Nitrosomonas Nitrificateur
Bêta
europaea Kowalchuk et coll. (1999)

Nitrosolobus Nitrificateur Michel et coll. (2002)
multiformis Milieu
es
Escherichia coli Agent pathogène potentiel Lott Fischer (1998)

Methylomonas Méthanotrophe Murrell et coll. (1998)
methanica
Azotobacter N-fixateur En retard Bess (1999)
chroococcum
Salmonella sp. Pathogène Lott Fischer (1998)
Gamma
Streptomyces rectus Miller (1996)

S. thermofusus Miller (1996)
S. violaceus-ruber Miller (1996)
S. thermoviolaceus Miller (1996)
Streptomyces sp. Miller (1996)
Nocardia sp. Miller (1996)
Microbispora bispora Miller thermophile (1996)
Actinomadura sp. Thermophile Degli-Innocenti et al.
(2002)
Tableau 3.2. Aperçu des bactéries impliquées dans les processus de compostage1 - suite
Groupe Espèces de genre Pertinence Étape de Référence

phylogénétique écologique succession
Bacille Classique Divers
stéarothermophilus thermophile
bactérie dans
Formant des endospores, faible CG
composts
B. thermodénitrificans Thermophile, Blanc et Al.(1997)
dénitrificate
B. Brevis Meunie(1996)
B. circulans
B. coagulans
B. sphaericus
B. subtilis
Bactéries à Gram positif
B. licheniformis
Bacille sp. Potentiel Lott Fischer (1998)
agent
Clostridium
thermocellum
Clostridium spp. Certainson Anaérobie de Bertoldi et Al.
N- (1983)
Klebsiella sp. N-fixation de Bertoldi et Al.
(1983)
Saccharomonospora Pathogène Lott Fischer (1998)
viridis
Streptomyces Pathogène Thermophile

thermovulgaris
Actinobifida
chromogena Miller (1996)
Thermoactinomyces Thermophile
Actinomycètes
vulgaris Miller (1996)

Micropolyspora faeni
Pseudonocardia Miller (1996)
thermophila Miller (1996)
Thermomonospora Miller (1996)
curvata
Th. viridis
Th. sacchari
Groupe Thermus sp. Thermophile Beffa et coll.
Deinococcus / Hydrogenobacter (1996)
Thermus
1
Une compilation complète des micro-organismes dans le compost peut être trouvée dans Ryckeboer et al.
(2003).
3.5.3. Archée
De nombreuses archées sont connues pour être thermophiles voire hyperthermophiles. Ils
ont été principalement isolés des évents hypothermiques. Dans quelques cas seulement,
des archées ont été isolées à partir de composts (par exemple, Stackebrandt et al., 1997),
mais comme une méthanogenèse considérable dans des tas de compost a récemment été
signalée (Cabanas-Vargas et Stentiford, 2006), il est probable que les archées
méthanogènes peuvent être trouvés si recherché spécifiquement. La raison de
l'abondance relativement faible des archées est probablement qu'elles sont généralement
oligotrophes et que leur temps de génération est beaucoup plus élevé que celui des
bactéries, ce qui les rend inadaptées à des conditions en évolution rapide.
3.5.4. Champignons
Pendant la phase de démarrage, les champignons entrent en compétition avec les

bactéries pour les substrats facilement disponibles. Étant donné que les taux de
croissance spécifiques maximum des bactéries dépassent celui des champignons d'un
ordre de grandeur (Griffin, 1985), les champignons sont très vite dépassés. En outre, un
bon apport d'oxygène est plus important pour les champignons que pour les bactéries, et
même dans les systèmes à aération forcée, des conditions anoxiques temporaires peuvent
se produire. Pour ces raisons, mais aussi en raison de la thermotolérance plus faible, les
champignons jouent un rôle négligeable pendant la phase thermophile. Une exception est
le compostage de substrats particulièrement riches en cellulose et en lignine. Dans ce cas,
les champignons restent les plus importants tout au long du processus. Dans les phases
ultérieures du compostage, le potentiel hydrique diminue, ce qui est un avantage pour les
champignons.
3.6. Bilan carbone et azote
Lors du compostage, la matière organique suit différentes voies métaboliques:

minéralisation, humification et dégradation partielle (par respiration aérobie, respiration
.anaérobie et fermentation)
Dans un processus bien géré, environ 50% de la matière organique biodégradable est
convertie en CO2, H2O, sels minéraux et énergie. Dans la matière organique restante:
environ 20% subit des transformations métaboliques complexes, avec la production
finale de substances de type humique; les 30% restants sont partiellement dégradés par
des processus aérobies et anaérobies avec la production finale de molécules organiques
moins complexes. Cette perte de matière organique biodégradable au cours du processus
de compostage peut varier de 30 à 60%. Les facteurs affectant cette variation sont: le
système de compostage, la durée du processus, le système d'aération, la qualité (chimique
et physique) de la matière organique, la taille des particules, le C / N et le modèle de
température.
Toutes les transformations microbiennes de l'azote qui se produisent dans la nature ont
également lieu pendant le compostage, même si elles ont une signification différente.
Dans le compostage, les phases les plus importantes sont la minéralisation, la nitrification
et l'assimilation. L'assimilation réductrice du nitrate et la conversion suivante en
composés azotés organiques, à l'intérieur des cellules microbiennes, sont des étapes
importantes du processus de compostage, afin de réduire les pertes d'azote dans le
compost et dans le sol.
Tableau 3.3. Champignons trouvés lors des processus de compostage
e Espèces de genre Pertinence écologique Étape de Référence
énétique succession
Mortierella turficola Décomposeur Thermophile Miller (1996)

Mucor miehei Zymogène précoce Miller (1996), de Bertoldi
et al. (1983)
M. pusillus
Rhizomucor pusillus 20–55◦C, colonisateur précoce typique,
Rhizomucor sp. exploitant des sucres simples, des Miller (1996)
acides aminés, etc .; inactivé pendant
l'échauffement de pointe, et il ne se
recolonise pas par la suite
Chaetomium elatum Habitant du sol Tôt et tard Ivors et coll. (2002)
Chaetomium thermophilum Décomposeur Thermophile Miller (1996)
Dactylomyces crustaceus Miller (1996)
Aporothielavia leptoderma Ivors et coll. (2002)
Thermoascus aurantiacus Thermophile Miller (1996)
Thielavia thermophilie Miller (1996)
Armillaria mellea Cellulolytique et Mésophile de Bertoldi et coll. (1983)

ligninolytique
Clitopilus insitus
Pleurotus ostreatus
Lentinus lepideus
Fomes sp.
Coprin sp., C. cinereus Coprophage De bonne heure Miller (1996),
de Bertoldi et coll. (1983)
Lenzites sp., L. trabea
(a continué) 40
39
Groupe Espèces de genre Pertinence écologique Étape de Référence
phylogénétique succession
Aspergillus fumigatus Bois en décomposition Mésophile et Miller (1996), de Berto

thermophile et al. (1983)
Humicola insolens Potentiel pathogène, allergène, Précoce et tardif, Lott Fischer (1998),
hétérotrophe thermophile Bertoldi et al. (1983) h
Mitosporicfungi
Thermomyces lanuginosus Thermophile //helios.bto.ed.
ac.uk/bto/microbes/
Paecilomyces sp. Cellulolytique de Bertoldi et coll. (198
Scopulariopsis brevicaulis Cellulolytique de Bertoldi et al. (1983
Tableau 3.3. Champignons trouvés lors des processus de compostage - suite
Compostscience
La fixation de l'azote et la dénitrification sont des événements anaérobies qui peuvent

se produire pendant le compostage mais, dans tous les cas, à des taux faibles. Lors du
compostage, la teneur totale en azote diminue au cours du processus, principalement par
volatilisation de l'ammoniac. Cependant, le C / N diminue pendant le processus en raison
de la perte encore plus élevée de composés carbonés (principalement sous forme de
CO2). La teneur totale en azote dans la matière de départ influence également la vitesse
de volatilisation.
La minéralisation des composés organiques azotés conduit à la production
d'ammoniac libre qui, s'il n'est pas immédiatement oxydé par des bactéries nitrifiantes,
peut être perdu dans l'environnement par volatilisation. Une perte supplémentaire d'azote
pendant le compostage peut être causée par la dénitrification, un processus microbien
anaérobie qui réduit le nitrate en N2. Ce processus ne peut se produire que dans des
niches anaérobies, qui sont toujours également présentes dans un matériau bien oxygéné.
Certaines bactéries dénitrifiantes peuvent également opérer dans des conditions
thermophiles à 65 ° C (Bacillus sp.), D'autres à des températures mésophiles
(Pseudomonas, Paracoccus). On ne sait pas dans quelle mesure l'oxydation anaérobie de
l'ammoniac (Anamox) est importante dans les composts, mais cela peut être important
lorsqu'il s'agit d'évaluer le potentiel de gaz à effet de serre du compostage.
Malgré ces pertes d'azote, une récupération partielle a lieu plus tard dans le processus,
en raison de l'activité des bactéries fixatrices d'azote. De nombreuses espèces ont été
isolées lors du compostage, principalement associées au stade mésophile: Azospirillum,
Klebsiella, Enterobacter, Bacillus, Clostridium (de Bertoldi et al., 1982, 1983). La
fixation biologique de l'azote est inhibée par la présence d'ammoniac et par une
température élevée. Par conséquent, l'activité de la nitrogénase est plus élevée pendant les
phases ultérieures de la décomposition.
Au cours de la première étape du compostage, la nitrification autotrophique est
fortement inhibée par des températures, un pH et une concentration d'ammoniac élevés.
Les bactéries oxydant l'ammonium sont les plus inhibées (Nitrobacter) (Loehr, 1974;
Focht et Chang, 1975). La nitrification hétérotrophique, opérée par d'autres bactéries
(Arthrobacter, Actinomyces) et par des eumycètes (Aspergillus flavus, Penicillium),
semble moins conditionnée par ces facteurs. En effet, la production de nitrate dans les
premières phases du compostage semble le plus souvent exclusivement l'œuvre de
microorganismes nitrifiants hétérotrophes (Eylar et Schmidt, 1959; Hora et Iyengar,
1960; Hirsch et al., 1961; Marshall et Alexander, 1962; Alexander, 1977 ).
Ces microorganismes nitrifiants hétérotrophes et ceux qui assimilent directement
l'ammoniac pour leur métabolisme anabolique sont les agents les plus importants pour
réduire les effets négatifs de la volatilisation de l'ammoniac. L'importance de cet
événement est double: réduire la pollution de l'atmosphère par l'ammoniac et limiter les
pertes d'azote dans le compost.
3.7. Analyses microbiologiques avancées pour la détermination de la

maturité
Il est difficile de déterminer la stabilité et la maturité d'un échantillon particulier de

compost par analyse visuelle ou par un paramètre analytique unique. Le compost qui ne
subit plus de décomposition rapide et dont les éléments nutritifs sont fortement liés est dit
stable; un compost instable, en revanche, peut soit libérer des éléments nutritifs dans le
sol en raison d'une décomposition supplémentaire, soit retenir l'azote du sol. Un compost
qui n'est pas totalement stable peut être utile dans certaines situations, par exemple,
lorsqu'un apport direct et rapide d'azote est souhaité. Le terme mature fait référence au
degré de phytotoxicité d'un compost. Le compost immature contiendra plus de composés
.inhibiteurs de croissance que le compost mature
L'analyse traditionnelle du compost s'est concentrée sur les concentrations de NPK et
de micronutriments dans un effort pour refléter l'analyse des engrais. Le compost,
cependant, est beaucoup plus complexe que l'engrais, et sa valeur la plus significative
pour les plantes peut être bien plus que sa contribution minérale au sol. Sa composante
microbiologique détermine les performances du compost en tant qu'inoculant du sol et
suppresseur de maladies des plantes.
Cependant, le contrôle de la qualité et de la maturité du compost aujourd'hui n'est pas
très différent de ce qu'il était il y a 20 ans: quelques paramètres chimiques comme le pH,
l'ammoniac et le C / N étaient régulièrement utilisés, ainsi que des tests de croissance et
de germination des plantes (par exemple, Amlinger, 1993; Itävaara et al., 1997). Les
critères concis de maturité et de qualité du compost font toujours défaut et n'incluent
généralement pas les aspects microbiologiques, malgré le fait que l'activité microbienne
est le principal processus de production et d'utilisation du compost. Plutôt que des
paramètres de qualité chimique uniques ou la réponse d'une ou deux espèces végétales
aux tests de germination, les tests microbiologiques peuvent fournir des informations sur
une multitude de caractéristiques du matériau de compost. Quelques tests
microbiologiques pour évaluer la maturité et la qualité du compost sont donnés dans les
sections suivantes.
3.7.1. Prérequis pour une analyse correcte
Le compostage étant un processus biologique, la dégradation se poursuivra également

après l'échantillonnage. Pour cette raison, le stockage des échantillons est un enjeu
important, moins pour les tests chimiques, mais certainement pour les tests biologiques.
Il faut veiller à ce que les conditions de stockage n'altèrent pas les résultats des tests
microbiologiques. Essentiellement, nous avons deux options: premièrement, l'échantillon
doit être placé dans un conteneur isotherme qui permet un échange d'oxygène. Ce type de
stockage peut être utilisé si l'échantillon est analysé dans les 24 h. Ce type de conteneur
garantit que la température d'origine du compost est maintenue et que les organismes
thermophiles ne sont pas remplacés par une communauté mésophile. Si un stockage de

plus de 24 h est nécessaire, une réfrigération à 2 ° C est recommandée. Cependant,
certaines précautions doivent être suivies. Dans une autre section de ce livre, des
informations sont données sur les méthodes de prélèvement d'échantillons appropriées
pour obtenir des résultats fiables et représentatifs. Une étude de Butler et al. (1999) ont
obtenu des informations potentiellement utiles sur les interactions entre l'âge du compost
des biosolides et le temps de stockage sur les trois variables testées. Les tracés de réponse
peuvent aider le chercheur à déterminer combien de temps les échantillons peuvent être
conservés avant d'être affectés par un stockage réfrigéré. En général, les échantillons de
compost de biosolides très jeunes n'ont pas été affectés par un stockage réfrigéré pouvant
aller jusqu'à 11 semaines, tandis que les échantillons de plus de 2 semaines ont été
affectés par un stockage aussi peu que 2 semaines. Alors que toute méthode
microbiologique qui utilise des cellules vivantes dépend de la récupération après
stockage, les méthodes de biologie moléculaire utilisant le séchage à température
ambiante semblent également appropriées.
3.7.2. Isolement des micro-organismes
Une analyse standard du contenu microbiologique du compost est déterminée par la

concentration de six groupes fonctionnels de micro-organismes: bactéries aérobies,
bactéries anaérobies, champignons, actinobactéries, pseudomonades et bactéries
fixatrices d'azote (Bess, 1999). Actuellement, il existe des procédures pour évaluer les
concentrations de ces organismes dans le compost fini; cependant, des recherches
supplémentaires sont nécessaires pour acquérir les données de base nécessaires à un
indice de maturité fiable.
3.7.3. Évolution de la chaleur
Un moyen très simple et rapide d'évaluer la maturité du compost est de déterminer sa

température. En général, dans les climats tempérés, si la température du compost est de
.plus de 8 ° C plus élevée que l'air ambiant, le compost est encore assez instable
Le test d'auto-échauffement dans les flacons Dewar, proposé pour la première fois par
Niese (1963), est un test fréquemment utilisé. Le principe est le potentiel d'auto-
échauffement de la matière organique biodégradable par l'activité (micro) biologique.
Une élévation faible ou nulle de la température indique un degré élevé de maturation.
Dans le test, un ballon Dewar de 2 L est rempli de compost et un thermomètre ou un
capteur de température est placé dans le tiers supérieur du récipient. La température
maximale est enregistrée pendant une période allant jusqu'à 10 jours, et le résultat est
transformé en classes de décomposition (également appelées Rottegrad ou degré de
décomposition; voir le tableau 3.4). Le test d'auto-échauffement du ballon Dewar est
considéré comme un test très robuste et dans une étude comparative, il était l'indicateur le
plus sensible de la maturité du compost.
3.7.4. Respiration
Le matériau biodégradable est dégradé tout au long du processus de compostage. La

dégradation microbienne dans des conditions aérobies est appelée respiration (la matière
organique est convertie en eau, CO2, composés inorganiques et matière humique).
L'activité respiratoire est directement liée à l'apport endogène de matière dégradable. La
détermination de l'activité respiratoire peut être une détermination de la consommation
d'O2 ou de la production de CO2.
Tableau 3.4. Degrés de décomposition (rottegrad) par le test d'auto-échauffement (Itävaara et al.,
1997)
Augmentation de la Degré de décomposition La description

température (C)
Déchets bruts, très légère
> 40◦C je
décomposition
30–40◦C II Légère décomposition
20–30◦C II Décomposition moyenne
10–20◦C IV Bonne décomposition
0 à 10◦C V Décomposition avancée
ou complètement
terminée
◦
Tableau 3.5. Tests de maturité du compost basés sur la respiration
Méthode Principe Procédure Référence
Méthode Jar Production de CO2, incubation Le compost est placé dans des Isermeyer (1952)
de 1 à 4 jours, discontinue bocaux hermétiques où le
CO2 est piégé dans une
solution alcaline qui est
ensuite titrée; simple et bon
marché
Analyse des gaz Production de CO2, continue Dispositif de mesure de débit Heinemeyer et
IR traversant, haute précision coll.
(1989)
Respiromètre Consommation d'O2 en continu Usui et coll.
électrolytique (1985)
Test Solvita® Technologie de gel dans Seekins (1996)

laquelle les gaz respiratoires
des composts sont quantifiés
par colorimétrie. Outre le
CO2, le test comprend
également la mesure de
l'ammoniac
Le taux d'utilisation de l'oxygène représente l'étendue de l'activité biologique. Pour les
applications horticoles, <20 mg O2 kg − 1 de solides secs de compost h − 1 est considéré
comme stable. Pour les applications sur le terrain, <100 mg O2 kg − 1 de solides secs de
compost h − 1 est considéré comme suffisamment mature. Le test Solvita, disponible
auprès de Woods End Laboratories, est un test rapide de la fréquence respiratoire et
mesure également la teneur en ammoniac. Moins de 5 mg de CO2 - carbone g − 1
carbone de compost jour − 1 - est considéré comme stable et convient généralement pour
l'ensemencement. Les valeurs supérieures à 20 mg CO2 - carbone g − 1 compost carbone
jour − 1 - indiquent une instabilité du compost. Les résultats doivent cependant être
interprétés avec prudence car les composts froids, secs ou très salés peuvent ne pas
respirer même s'ils ne sont pas stables.
Une liste des tests de maturité basés sur la respiration est présentée dans le tableau 3.5.
3.7.5. Profilage physiologique au niveau communautaire (CLPP)
Cette méthode a récemment été proposée pour les tests de maturité du compost (Insam et
al., 1996; Lulu et al., 2001). Le principe est que les extraits de compost sont inoculés sur
des plaques de microtitrage contenant 31 substrats C différents. Le modèle d'utilisation
de ces substrats indique si le compost est mature ou non (Lulu et al., 2001).
3.7.6. Tests d'activité enzymatique
Plusieurs enzymes, parmi lesquelles la réductase, l'endocellulase, la glucosidase, la

lipase, la phosphatase, la déshydrogénase et l'ammonification de l'arginine, ont été
proposées aux fins des tests de maturité (Itävaara et al., 1997). Cependant, aucune de ces
méthodes n'a, jusqu'à présent, réussi dans la pratique.
3.7.7. Perspectives vers de nouvelles méthodes de test de maturité
Les méthodes communautaires basées sur l'analyse de l'ADN deviennent la norme en

écologie microbienne (Torsvik et al., 1990; Gottschal et al., 1997), ainsi que dans
l'analyse des communautés de compost. Des progrès remarquables ont été réalisés ces
dernières années dans le domaine de l'analyse communautaire basée sur l'ADN (Leij et
VanderGheynst, 2000; Ohno et al., 2000). De nombreux micro-organismes de compost
ont été détectés avec des méthodes moléculaires qui n'avaient pas été détectées avec des
procédures d'isolement classiques. Un jour, des espèces clés pourraient être disponibles
indiquant la maturité du compost. Les puces à ADN représentent une avancée
révolutionnaire en écologie moléculaire. La principale innovation de la technique des
microréseaux est la capacité de fixer des acides nucléiques à une matrice solide à un
emplacement précis, par exemple sur une lame de verre, pour créer un réseau densément
compacté. La technologie des puces à ADN offre la possibilité de dépister la présence ou
l'absence de centaines, voire de milliers d'espèces microbiennes dans des échantillons
environnementaux (Guschin et al., 1997; Ogram, 2000). Des microréseaux spécifiques
ciblés sur le compost sont appropriés pour étudier les modèles de communautés
bactériennes (Franke-Whittle et al., 2005, 2006) et fongiques (Hultman et al., 2006), y
compris les «décomposeurs» généraux, ainsi que les organismes favorisant la croissance
des plantes et les plantes et les agents pathogènes humains.
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chapitre 3

Microbiologie du processus de compostage

3.1. Introduction................................................. .................................................. ........................ 26

3.2. Définition du compostage (procédé) et du compost (produit)

La présence de substrats organiques mixtes est une prérogative du compostage. Le

La décomposition des matériaux pendant le compostage suit les voies biochimiques

Composé Composition Une fonction P UNE M Dégradabilité

Polymérisats de lignine de phénylpropane Composé structural 3 0 0 Très résistant, principalement par

Cellulose Obligations β-1,4 Composé structurel (feuilles 3 0 0 Facilement, principalement

liaisons α-1,4 ramifiées

Glycogène Liaisons α-1,4 et α-1,6 Dans les muscles des 0 1 0 Bien

Laminarine Obligations β-1,3 Algues marines (Phaeophyta) 2 0 0 Juste

Paramylon Obligations β-1,3 Algues (Euglenophyta et 1 0 0 Juste

Dextran 1,6 obligations

Saccharose Disaccharide glucose-fructose Vacuoles 2 0 1 Très facile pour la plupart

Lactose Disaccharide de glucose-galactose Lait 0 1 Facile par les bactéries

Acide hyaluronique Polysaccharide d'acide Tissu conjonctif 0 1 0 Facile

Chlorophylle et autres Plastes 1 0 0 Facile

Alcaloïdes, tanins Sucres, principalement alpha-d- Vacuoles 1 0 Variable

DNS, RNS Acides nucléiques Noyaux, mitochondries 1 1 2 Facile

Acide poly-β-hydroxy Vacuoles, composé de 0 0 2 Facile

Murein Peptidoglycane Paroi cellulaire de bactéries 0 0 3 Facile

Chitine Poly-N-acétylglucosamine Paroi cellulaire de 0 2 3 Équitablement

Dans des conditions aérobies, de nombreux champignons, bactéries et aussi

glucosidase. Hydrolyse: l'α-amylase clive les liaisons α-1,4 au sein de la molécule.

Murein se compose de chaînes non ramifiées de N-acétylglucosamine et d'acide N-

3.4. Le compostage en tant que processus discontinu

La dégradation des composés organiques dans des conditions naturelles se produit

Les processus de biodégradation dans la nature sont généralement comparables à une

Fig. 3.1. Communautés microbiennes pendant le processus de compostage: retour de température.

3.4.1. Phase mésophile (25–40◦C)

3.4.2. Phase thermophile (35–65◦C)

Les organismes adaptés à des températures plus élevées obtiennent un avantage

3.4.3. Phase de refroidissement (deuxième phase mésophile)

Lorsque l'activité des organismes thermophiles cesse en raison de l'épuisement des

3.4.4. Phase de maturation

Au cours de la phase de maturation, la qualité du substrat se dégrade et en plusieurs

3.5. Les microorganismes impliqués

3.5.2. Les bactéries

L'importance des bactéries non mycéliennes pendant le processus de compostage a été

Groupe Espèces de genre Pertinence Étape de Référence

Methylosinus Méthanotrophe Murrell et coll. (1998)

europaea Kowalchuk et coll. (1999)

Escherichia coli Agent pathogène potentiel Lott Fischer (1998)

Streptomyces rectus Miller (1996)

Groupe Espèces de genre Pertinence Étape de Référence

Streptomyces Pathogène Thermophile

vulgaris Miller (1996)

Pendant la phase de démarrage, les champignons entrent en compétition avec les

3.6. Bilan carbone et azote

Lors du compostage, la matière organique suit différentes voies métaboliques:

Mortierella turficola Décomposeur Thermophile Miller (1996)

Armillaria mellea Cellulolytique et Mésophile de Bertoldi et coll. (1983)

Aspergillus fumigatus Bois en décomposition Mésophile et Miller (1996), de Berto

Tableau 3.3. Champignons trouvés lors des processus de compostage - suite

La fixation de l'azote et la dénitrification sont des événements anaérobies qui peuvent

3.7. Analyses microbiologiques avancées pour la détermination de la

Il est difficile de déterminer la stabilité et la maturité d'un échantillon particulier de

3.7.1. Prérequis pour une analyse correcte

Le compostage étant un processus biologique, la dégradation se poursuivra également

thermophiles ne sont pas remplacés par une communauté mésophile. Si un stockage de

3.7.2. Isolement des micro-organismes

Une analyse standard du contenu microbiologique du compost est déterminée par la