1- Cladistique

Introduction:

Systématique :
- Aussi appelée « Taxonomie » ou « Taxinomie »
- Science de classification des êtres vivants
- Buts : Décrire, nommer, identifier, inventorier et classer.

Classification :Classification hiérarchique des êtres vivants regroupés en groupes imbriqués

Phylogénie :Étude d’un ensemble des liens de parenté entre un groupe d’êtres vivants

Généalogie :Étude de la descendance

Arbre phylogénique: Arbre schématique qui montre les relations de parenté entre des groupes
d’êtres vivants
Être vivant : Entité ou unité capable d’échanger de l’énergie et pouvant hériter ou transmettre des
caractères.

Taxon : Entité d’êtres vivants regroupés parce qu’ils possèdent des caractères communs. Les êtres
vivants des taxons ont donc des liens de parenté

Caractère: Attribut observable d’un organisme (exemple: couleur des yeux)

État du caractère:
C’est la forme que peut prendre le caractère (exemple : yeux verts, yeux marrons … etc,)
État plésiomorphe : Nommé aussi état primitif ou ancestral.
État apomorphe : État évolué, dérivé, dont l’apparition est nouvelle dans le temps.

Diversité des caractères:

Un caractère peut être : morpho-anatomique, embryologique, cellulaire, histologique et
moléculaire

Homologie et homoplasie :
Homologie : Ressemblance attribuable à une ascendance commune.
Homologie et homoplasie :

Homologie : Ressemblance attribuable à une ascendance commune.

Remarque

• Si les structures/caractères sont hérités d’un ancêtre commun, il y a

homologie de descendance ou « homologie secondaire »
• Si les structures/caractères sont dites homologues car elles se trouvent à la même place dans
un plan d’organisation (en connexion avec les mêmes structures voisines, quelles que soient
leurs formes et fonctions), il y a une « homologie primaire »

Homoplasie:

Différences dues à l’occurrence d’un caractère dans des lignées (groupes) non apparentées.
Il y a deux formes différentes
d’homoplasie:
- La convergence (parallélisme)
- La réversion.
1- La convergence (parallélisme):

Apparition de caractères analogues due à une évolution convergente dans des

groupes systématiquement différents.

2- La réversion:

C’est le retour d’un caractère à un état ancestral

 Comment représente-t-on caractères ?

Principe :
Dans une matrice Utilisation des critères « Présence/Absence » témoins d’une
évolution

Polarisation des caractères:

Complexité croissante :
Caractère le moins évolué: représenté par 0
Caractère évolué: Représenté par 1

Exemples:
Unicellulaire ---- Pluricellulaire
Sans mandibules ----- Avec mandibules
… etc.
Comment construire une matrice de caractères ?

Exemple:

Classer les espèces :

Truite
poisson
Homme
chauve-souris

Critères considérés:
Mâchoire (présence/absence)
Membres paires (Nageoires/membres cridiens
Dents (Présence / absence)
Constitution de la mandibule ( Un seul os/ Plusieurs os)
Réserves vitellines (peu/Beaucoup)
Membres paires antérieurs (Ailes / Pas d’ailes)
Exercice :

Voici une matrice d’espèces /

caractères. Construisez les arbres
phylogéniques (cladogrammes)
possibles puis déterminez l’arbre le
plus parcimonieux
2- UPGMA
La méthode UPGMA

Définition:

Unweighted Paired Group Mean Arithmetic

Permet de construire des arbres ultramétriques. .

Toutes les feuilles sont à équidistance de leur ancêtre commun.

Cette propriété répond au principe de l'horloge moléculaire :

• Accumulation des substitutions à une vitesse constante dans le temps

• Les distances évolutives sont le reflet des temps géologiques qui sépare deux
OTU de leur ancêtre commun.
 Exemple:

La première étape consiste à repérer dans la matrice la valeur la plus faible, c'est à dire ici les
deux espèces les plus proches. Il s'agit de 2 distance séparant A de B :

A B C D
A - - - -
B 2 - - -
C 4 3 - -
D 7 6 5 -
Il est alors possible de placer A et B sur l'arbre et de déterminer la position
de leur dernier ancêtre commun à la moitié de la distance les séparant soit

2/2 = 1

A B C D
A - - - -
B 2 - - -
C 4 3 - -
D 7 6 5 -
 A B C D
A - - - -
B 2 - - -
C 4 3 - -
D 7 6 5 -
1
A

B
1
La matrice initiale va donc pouvoir être simplifiée, A-B ne formant plus
qu'une seule UTO. Les distances entre le groupe (A-B) et les autres OTU
doivent être recalculées :

•d(AB->C) = [d(AC) +d(BC)]/2 •d(AB-D) = [d(AD) +d(BD)]/2

= (4+3)/2 = (7+6)/2
= 3,5 = 6,5

(AB) C D
(AB) - - -
C 3,5 - -
D 6,5 5 -
Encore une fois, la distance la plus faible va être repérées : (AB) et C = 3,5

(AB) C D 3,5/2 = 1,75

(AB) - - -
C 3,5 - - 1
A
0,75
D 6,5 5 -
B
1
C
1,75
Maintenant, il faut recalculer la distance en considérant (AB) et C comme un seul groupe
Ensuite il faut calculer les distances dans la dernière matrice

•D[(ABC)->D] = [d(AD) + d(BD) +d(CD)]/3

= (7+6+5)/3
= 18/3
=6

A B C D
A - - - - ABC D
B 2 - - - ABC - -
C 4 3 - - D 6 -
D 7 6 5 -
À présent, calculer la distance pour placer le taxon sur l’arbre

1
A
0,75

ABC D 1,25 B
6/2 = 3 1
ABC - -
C
D 6 - 1,75
D
3
Exercice pour se tester :

Construisez un arbre à partir de la matrice de distance suivante

A B C D
A - - - -
B 1 - - -
C 8 8 - -
D 8 10 12 -
Construisez un arbre par la méthode UPGMA à partir de la matrice suivante :

A B C D
A - - - -
B 2 - - -
C 8 8 - -
D 8 8 6 -
3- la spéciation
et la
duplication
Définition de la notion d’espèce:
Point de vue – Biologique - :
Communauté d'êtres vivants interféconds
Pouvant échanger du matériel génétique et
Produisant une descendance viables et féconde

Point de vue – écologique - :

Espèces adaptées à une niche écologique particulière

Point de vue – taxonomique - :

Les espèces sont nommées et identifiées selon des
critères anatomiques et physiologiques. On vise à
établir une nomenclature spécifique … etc.
Phénomène de spéciation:
Spéciation: Apparition de nouvelles espèces

• Dérive génétique
Population 1 Espèce 1
• Sélection naturelle

Isolement Isolement
Population
ancestrale • Géographique
• Reproductif
• Comportemental
• Génétique

• Dérive génétique
Population 2 Espèce 2
• Sélection naturelle
Types de spéciation:
Il y a quatre types de spéciation

Allopatrique:
La spéciation allopatrique est le phénomène qui apparait suite à un obstacle, géographique:
montagnes, mers, rivières … etc. qui sépare une population en deux

Sympatrique:
Certains membres d’une population qui est large développent des variations génétiques.. Les
espèces résultantes vivent dans la même aire géographique mais ne sont pas interfécondes.

Péripatrique:
La spéciation péripatrique est le phénomène qui apparait suite à une séparation, ou obstacle,
géographique: montagnes, mers, rivières … etc. sur la périphérie de la population

Parapatrique:
À cause de certains facteurs (Ex. variations de l’écosystème), une isolation spatiale partielle a
lieu et conduit à une spéciation parapatrique. Ici, les espèces se rencontrent dans une zone
hybride
La spéciation:
Espèce 1
Exemple:

Isolement
reproductif

Espèce 2
Lors de la prophase de la première division de méiose
La duplication
Le crossing-over: Lors de la prophase de la première division de méiose
Le crossing-over: Le crossing-over inégal

A A
A A A A B A
B B
B B

B B B
Le crossing-over: Le crossing-over inégal

Duplications successives

Familles multigéniques

Délétion de gène

Gène dupliqué Fin de la méiose

La fréquence allélique: Fréquence d’un allèle dans une
population

Fréquence allélique %

90 %

1 rouge 9 Bleus
10 %
La fréquence allélique: Fréquence d’un allèle dans une
population

Fréquence allélique %
La fréquence allélique: Fréquence d’un allèle dans une population

Mutation Nouvel Nouveau

antigénique allèle caractère
La duplication et la spéciation / Les nœuds dans l’arbre phylogénique

Espèce 1

Ancêtre Spéciation

Espèce 2
La duplication et la spéciation / Les nœuds dans l’arbre phylogénique

Exemple :
Souris

Ancêtre Spéciation

Homme
La duplication et la spéciation / Les nœuds dans l’arbre phylogénique

Gène A

Ancêtre Duplication

Gène B
La duplication et la spéciation / Les nœuds dans l’arbre phylogénique

Exemple :
Myoglobine

Globine Duplication

Hémoglobine
La duplication et la spéciation / Les nœuds dans l’arbre phylogénique

Souris A
Souris Duplication
Souris B

Ancêtre Spéciation

Homme A

Homme Duplication

Homme B
La duplication et la spéciation / Les nœuds dans l’arbre phylogénique

Souris A
Spéciation
Homme A
A/
Ancêtre B Duplication

Souris B

Spéciation

Homme B
La duplication et la spéciation

Gènes Orthologues:
Ce sont des gènes
homologues chez
différentes espèces
ayant des fonctions
analogues.

Gènes Paralogues:
Ce sont des gènes
similaires qui sont le
résultat d'une
duplication génique.
La duplication et la spéciation

Cenancestor:
L’ancêtre commun le plus récent des
taxons étudiés

Xénologie:
Relation de deux caractères dont
l'histoire, depuis leur ancêtre
commun, implique le transfert
interspécifique (horizontal) de
matériel génétique pour au moins
un de ces caractères.

Xénologi
e
La duplication et la spéciation

Exercice:
L’arbre montre des événements
évolutifs de spéciation et de
duplication.

Qualifiez les relations entre chaque

paire de gènes :

Paralogues : P
Xénologues : X
Orthologues : O
Et
Analogues : A *
La duplication et la spéciation
Exercice:

Xénologie:
Gènes Orthologues
Relation de deux caractères dont Gènes Paralogues
Gènes homologues
l'histoire, depuis leur ancêtre Gènes similaires
chez
commun, implique le transfert qui sont le
différentes espèces résultat d'une
interspécifique (horizontal) de
ayant des fonctions duplication
matériel génétique pour au moins
analogues. génique.
un de ces caractères.
4- Logiciel
MEGA
Introduction:

Classification

• Comparaisons morpho-anatomiques
• Comparaisons
• Comparaisons moléculaire
comportementales
• Comparaisons géographiques

ADN ARN Protéines Codons

Exemples:

Vautours Plan morphologique :

du vieux Grandes similitudes
monde
Plan moléculaire :

• Vautours du vieux mondes :

Liés aux oiseaux de proie
Vautours
du • Vautours du nouveau monde
nouveau : Liés aux cigognes
monde
1- Bio-informatique:
Application de l’informatique à
la biologie (Computational
biology)
Définition
Analyse de l’information
biologique (Bioinformatics)

La séquence

La structure

La fonction

Les
interactions
 Pourquoi faire ? : Gènes : Identification, fonction et évolution

Fonction : sens général ou plus précis,

Par exemple:
sens général: ATPase, RNA-polymerase, … etc.
Sens plus précis : éléments structuraux, sites de fixation aux ligands, sites catalytiques
… etc.

Buts ultérieurs :
Traces visibles pour la • Chercher chez un organisme modèle un gène
comparaison des homologue a un gène humain d’intérêt
séquences : moteur de la • Chercher des gènes lies a la pathogénicité
bio-informatique. • Concevoir une expérience de mutagenèse dirigée
sur une protéine
Préservation, • Trouver tous les gènes présents sur un
Changements (mutation … chromosome, génome
etc.
2- Construction de l’arbre:
2-1 Choix des séquences à partir du GenBank du NCBI

1- Aller sur le site :

www.ncbi.nlm.nih.gov
2- Construction de l’arbre:
2-1 Choix des séquences à partir du GenBank du NCBI

2- Dans « All Databases », choisir

« Nucleotides »
2- Construction de l’arbre:
2-1 Choix des séquences à partir du GenBank du NCBI

3- Dans le champs dédié, taper la séquence

recherchée
2- Construction de l’arbre:
2-1 - Choix des séquences à partir du GenBank du NCBI

Exemple : Monogène « Microcotyle algeriensis »

2- Construction de l’arbre:

Exemple : Monogène « Microcotyle algeriensis »

2- Construction de l’arbre:
Exemple : Monogène « Microcotyle algeriensis »
2- Construction de l’arbre:
Exemple : Monogène « Microcotyle algeriensis »
2- Construction de l’arbre:
Exemple : Monogène « Microcotyle algeriensis »

FASTA
2- Construction de l’arbre:
2-1 - Choix des séquences à partir du GenBank du NCBI
Exemple : Monogène « Microcotyle algeriensis »
2- Construction de l’arbre:
2-2 Choix des séquences à partir du GenBank du NCBI
Exemple :
2- Construction de l’arbre:
2-2 - Utilisation du logiciel MEGA
2- Construction de l’arbre:
2-2 - Utilisation du logiciel MEGA
2- Construction de l’arbre:
2-2 - Utilisation du logiciel MEGA
2- Construction de l’arbre:
2-2 - Utilisation du logiciel MEGA
2- Construction de l’arbre:
2-2 - Utilisation du logiciel MEGA
2- Construction de l’arbre:
2-2 - Utilisation du logiciel MEGA
2- Construction de l’arbre:
Exemple : Monogène « Microcotyle algeriensis »
2- Construction de l’arbre:
2-2 - Utilisation du logiciel MEGA
2- Construction de l’arbre:
2-2 - Utilisation du logiciel MEGA
2- Construction de l’arbre:
2-2 - Utilisation du logiciel MEGA