Module 6 - Les enjeux de la filière

Les enjeux autour du diagnostic et la surveillance du territoire

1 – La santé de l’homme et la santé des animaux d’élevage sont indissociables

Le concept de « One Health » (« Une seule santé ») a été introduit au début des années
2000 pour souligner le fait que santé humaine et santé animale sont interdépendantes et
étroitement liées à la santé des écosystèmes (diapo 1).

Ainsi 60 % des maladies infectieuses humaines sont des zoonoses, c’est-à-dire dues à des
agents pathogènes transmissibles de l’animal à l’homme et on estime qu’au moins 75 % des
maladies infectieuses humaines émergentes (telles que Ebola, VIH et influenza) ont une
origine animale (diapo 2)

De nombreux sujets d’actualité en matière de santé avicole et santé publique relèvent

clairement de l’approche « Une seule santé ». Ainsi les virus influenza aviaires sont
susceptibles d’être transmis des palmipèdes sauvages vers les volailles domestiques, voire
pour certains virus d’être transmis à l’homme (diapo 3).

De même les campylobacters, bactéries intestinales présentes de façon inapparente chez

différents animaux d’élevage (dont le poulet) et qui peuvent, faute d’avoir été détruits par la
cuisson, provoquer des toxi-infections alimentaires fréquentes chez l’homme en Europe
(diapo 4).

Enfin les gènes d’antibiorésistance, portés par des éléments génétiques mobiles, peuvent
être échangés entre bactéries des animaux d’élevage et bactéries infectant l’homme.
L’usage prudent des antibiotiques en médecine vétérinaire est un des éléments importants,
contribuant à la lutte contre la diffusion des antibiorésistances (diapo 5).

La maîtrise de la santé en élevage, dans les productions avicoles comme les autres
productions animales, est donc un élément essentiel à la fois pour l’efficacité de la
production mais aussi pour la santé publique.

2 – Les systèmes de production avicoles évoluent, il faut étudier, maîtriser et

accompagner les possibles changements sanitaires liés à ces évolutions

Comme expliqué lors des modules précédents, les systèmes d’élevage évoluent pour
prendre en compte les nouvelles connaissances en matière de besoins physiologiques,
nutritionnels ou comportementaux des volailles, ainsi que les nouvelles exigences sociétales
en matière de durabilité ou de bien-être animal.

Dans la perspective « une seule santé » déjà évoquée, les professionnels de la santé
avicole, chercheurs, vétérinaires, techniciens avicoles, éleveurs se doivent d’évaluer
ensemble l’impact des changements introduits dans les systèmes d’élevage, sur la santé des
animaux, sur la qualité hygiénique des produits ou sur la sécurité des conditions de travail
(Diapo 7)

Parallèlement aux évolutions des méthodes d’élevage, des évolutions des moyens
thérapeutiques doivent également être intégrées : Suite à la ré-évaluation des risques liés à
leur utilisation, différentes substances biocides ou médicaments vétérinaires peuvent
disparaître de l’arsenal thérapeutique. Inversement, de nouveaux médicaments, comme des
vaccins issus de technologies nouvelles, peuvent offrir de nouvelles possibilités. Là encore,
les conséquences de ces modifications doivent être évaluées.

Diapo 8 : Disparition de (désinfectants tels que le formaldéhyde gazeux) ou médicaments

(antiparasitaires anti-histomoniques) - Introduction de nouveaux vaccins permettant la
différenciation entre animaux infectés et animaux vaccinés).

3 – Le suivi et la surveillance sanitaire doivent aussi faire la preuve du « statut

sanitaire » de l’élevage ou de la production avicole nationale

Au-delà d’une meilleure compréhension de l’impact des évolutions zootechniques ou

thérapeutiques sur la santé des animaux ou l’hygiène des produits qui en sont dérivés, le
suivi sanitaire permet également, en conformité avec différents règlements internationaux,
européens ou nationaux, de faire la preuve du statut sanitaire des volailles vis-à-vis de
contaminants microbiens faisant l’objet d’un suivi particulier, du fait de leur caractère
zoonotique.

Par exemple, chaque éleveur de poulets ou de dindes de chair est tenu de faire réaliser,
dans les 3 semaines précédant le premier départ des animaux vers l’abattoir, des analyses
microbiologiques destinées à garantir l’absence de salmonelles, bactéries qui – si elles
étaient présentes – pourraient être responsables de toxi-infections alimentaires.

A ces programmes dits d’autocontrôles (réalisés par les professionnels eux-mêmes),

s’ajoutent des enquêtes annuelles, diligentées par les services vétérinaires de l’état dans un
échantillon d’élevages ou d’ateliers de transformation, et qui sont destinés à vérifier, cette
fois au niveau collectif de la filière, la sécurité sanitaire des productions.

La démonstration de la bonne qualité sanitaire des productions et du statut indemne vis-à-vis

de certaines maladies règlementées au plan international est en effet le préalable
indispensable pour obtenir le droit d’exporter des animaux vivants ou des produits avicoles
ou au contraire pour fermer les frontières nationales aux importations de produits issus de
pays qui présenteraient des garanties sanitaires insuffisantes, selon les règles
internationales édictées par le Code Zoosanitaire International de l’Organisation Mondiale de
la Santé Animale.

Enfin les vétérinaires désignés par les éleveurs pour le suivi de leur élevage, le cas échant
appuyés par les vétérinaires sanitaires intervenant pour le compte de l’état lorsqu’est
suspectée une maladie faisant l’objet d’une règlementation, envoient aux laboratoires
d’analyses vétérinaires des prélèvements qui permettent de diagnostiquer les maladies
survenant en élevage ou de caractériser la sensibilité aux antibiotiques des bactéries avant
mise en place d’un traitement adapté.

Une surveillance sanitaire de qualité, coordonnée, appuyée sur des réseaux de vétérinaires
et de laboratoires mettant en œuvre des méthodes de diagnostic éprouvées est donc
essentielle, à la fois pour la santé des volailles, pour la sécurité des produits avicoles et pour
garantir la possibilité d’échanges commerciaux.
4 – Une progression continue des outils diagnostiques et des technologies de
surveillance

Les techniques de recherche et d’identification microbiologique mises en œuvre dans le

cadre du diagnostic de laboratoire sont elles aussi en évolution constante, avec trois axes
d’amélioration principaux que sont la sensibilité, la rapidité, ou le raffinement dans la
caractérisation des agents pathogènes détectés.

L’amplification génique (ou PCR) permet ainsi en quelques heures la mise en évidence
spécifique de quelques centaines de copies du génome d’un agent pathogène recherché,
alors même que l’agent lui-même peut être impossible ou trop long à isoler. Si la cible de la
PCR est bien choisie, (zone dite « marqueur de virulence »), ou si la PCR est complétée par
le séquençage du génome, il devient possible de caractériser très finement l’agent
pathogène. Cela peut permettre d’en préciser les parentés avec d’autres souches retrouvées
par ailleurs, afin d’étudier les voies de transmission et de mieux protéger les élevages des
contaminations futures.

A titre d’exemple, il fallait il y a 30 ans environ 3 semaines pour préciser si un virus influenza
était bien de sous-type H5 et le cas échéant hautement pathogène pour les volailles. Il faut
aujourd’hui 72 heures pour arriver au même résultat grâce aux tests moléculaires. L’analyse
bio-informatique permet de confronter la séquence obtenue aux bases de données en ligne
pour retrouver les plus proches parents du virus détecté. Grâce aux techniques de
séquençage haut débit, la totalité du génome de celui-ci peut être analysée en environ une
semaine pour préciser si le virus détecté présente ou non un risque de transmissibilité à
l’homme.

L’analyse bactériologique a elle aussi été révolutionnée par l’introduction dans les
laboratoires de diagnostic de la technologie de spectrométrie de masse (MALDI-TOF) qui
permet après la culture initiale, d’identifier en quelques minutes les bactéries, sans mettre en
œuvre de tests biochimiques complémentaires, en analysant le mélange des composants
chimiques dont elles sont constituées et en comparant ce profil à celui des bases de
données de référence.

La réduction constante du coût de ces nouvelles technologies, leur passage à un format

adapté au « haut débit », va permettre le traitement d’échantillons beaucoup plus nombreux,
ou la recherche de cibles beaucoup plus diverses. Nul doute que dans quelques années, les
techniques dites de Séquençage de Nouvelle Génération (NGS) permettront d’identifier sans
a priori la totalité des agents microbiens (ou « microbiome ») présents dans un échantillon
récolté chez des animaux malades. Il est également très probable que les techniques dites
« d’élevage de précision » aboutiront à des systèmes automatisés de détection des
pathogènes dans les élevages.

Il faut souligner que face à une telle abondance de données, le regard du clinicien
permettant de relier un ensemble de signes cliniques à la présence d’un agent particulier (et
pas forcément majoritaire dans la liste des agents microbiens détectés !) sera toujours aussi
important que par le passé.
5 – Une nécessité de standardisation des méthodes et d’assurance qualité pour
donner confiance dans les acteurs, les réseaux de laboratoires

Face à la rapidité du développement technologique, qui conduit à une grande diversité des
méthodes de dépistage mises à la disposition des laboratoires, un élément important de la
fiabilité des dispositifs de surveillance réside dans leur capacité à s’appuyer sur des
méthodes éprouvées, mises en œuvre dans un cadre normalisé visant à garantir la qualité
des résultats et à minimiser le risque d’aboutir à des résultats « faussement positifs » ou
faussement négatifs.

C’est tout l’enjeu de la mise en place de programmes d’assurance qualité au sein des
laboratoires vétérinaires de diagnostic. Ces programmes s’appuient sur des textes de
référence ou des normes décrivant les bonnes pratiques, ainsi que sur des méthodes
parfaitement décrites dans le cadre de « programmes d’accréditation ». La mise en œuvre
de ces référentiels par les laboratoires accrédités est vérifiée lors d’audits réalisés par un
organisme d’accréditation indépendant (Comité Français d’Accréditation ou COFRAC).

De même, la capacité des laboratoires accrédités à mettre en œuvre les analyses

accréditées est évaluée au travers de leur participation à des « Essais Inter Laboratoires
d’Aptitude », au cours desquels ils analysent « à l’aveugle » des échantillons dont le statut
n’est connu que du seul laboratoire de référence ayant organisé l’essai inter-laboratoire.

Le développement de méthodes, leur caractérisation approfondie et leur transfert vers les

laboratoires utilisateurs, enfin l’organisation des épreuves inter-laboratoires d’aptitudes
constituent (avec les analyses confirmatoires) l’un des volets essentiels de l’activité des
Laboratoires Nationaux de Référence désignés par le Ministère de l’Agriculture pour la
maîtrise des grandes maladies.

Ce dispositif d’Assurance Qualité, par lequel un laboratoire démontre avant l’analyse elle-
même sa compétence pour produire des résultats fiables dans un domaine donné, est un
élément de réassurance important donné au demandeur d’analyse : consommateur,
industriel, éleveur, vétérinaire clinicien, Etat en tant que gestionnaire de programmes de
prophylaxie collective. Il constitue en conséquence une condition essentielle pour qu’un
laboratoire puisse être agréé par le ministère de l’agriculture (pour la production d’analyses
officielles se rapportant aux maladies réglementées) ou reconnu par ce même ministère pour
la participation aux programmes d’autocontrôles.

6 – En guise de conclusion : un rôle essentiel des professionnels au contact direct

des animaux, éleveurs, techniciens et vétérinaires

Un système de surveillance sanitaire est donc un système complexe, faisant intervenir en

réseau une grande diversité de professionnels concourant à un même objectif de sécurité
sanitaire qui ne peut être atteint qu’en s’appuyant sur la fiabilité du diagnostic. Il est sûr que
les années à venir verront des modifications importantes dans les outils et technologies
disponibles pour contribuer à la surveillance, et il importera de bien évaluer leur intérêt
comme leurs limites, pour en tirer le meilleur parti notamment dans le domaine délicat du
dépistage des infections inapparentes. Au quotidien, il restera que le premier maillon dans la
fiabilité du diagnostic est constitué par le professionnel – éleveur, technicien d’élevage,
vétérinaire - au contact des animaux eux-mêmes et observateur quotidien et attentif de ceux-
ci.