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Systèmes de séquençage NextSeq 1000 et NextSeq 2000

Bénéficiez d'une plus grande capacité d'exploration

et de découverte plus approfondies grâce à des
coûts de séquençage considérablement réduits, à
des flux de travail simplifiés et à une plus grande
flexibilité pour prendre en charge les applications
nouvelles et émergentes à pratiquement n'importe quelle échelle

2 | M-NA-00008 v3.0 À des fins de recherche uniquement. Ne pas utiliser dans les procédures de diagnostic.
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Systèmes de séquençage NextSeq 1000 et NextSeq 2000

Les innovations dans le séquençage de nouvelle génération (NGS) aident la communauté

de la génomique à poser des questions scientifiques de plus en plus complexes et à y

répondre. Dans tout le spectre de l'oncologie, de la recherche sur le microbiome, des études

unicellulaires et d'autres applications émergentes, les chercheurs ont besoin d'une puissance

de séquençage pour aider à alimenter

des études plus importantes de plus d'échantillons à une plus grande profondeur de
séquençage et à moindre coût.

Pour soutenir cette expansion de la recherche, Illumina s'engage à permettre

l'exploration du génome, du transcriptome et de l'épigénome en fournissant aux utilisateurs

des avancées innovantes dans

technologie et systèmes. Au cours des 20 dernières années, Illumina a mené la charge pour

améliorer les capacités de séquençage sur l'ensemble du flux de travail, en le rendant plus

facile à utiliser tout en réduisant les coûts. Cette tradition se poursuit avec les systèmes de
séquençage NextSeq 1000 et NextSeq 2000 (Figure 1, Tableau 1). Ces plates-formes

révolutionnaires offrent une conception de système révolutionnaire, des innovations en chimie,

une compatibilité avec une longue liste d' options de préparation de bibliothèques et une

informatique intégrée embarquée pour une analyse secondaire rapide.

Figure 1 : Le système de séquençage NextSeq 2000—Le système NextSeq

2000 offre des fonctionnalités de conception innovantes, une chimie avancée, une
Le résultat : les systèmes de séquençage Illumina NextSeq 1000 et NextSeq 2000 sont des
bioinformatique simplifiée et un flux de travail intuitif qui permettent la plus large
plateformes évolutives qui soutiendront la recherche d'aujourd'hui et de demain.
gamme d'applications et une flexibilité d'échelle sur un système de séquençage de paillasse.

Tableau 1ÿ: Paramètres de performance des systèmes de séquençage NextSeq 1000 et 2000

Longueur de lecture Réactifs NextSeq 1000/2000 P1 Réactifs NextSeq 1000/2000 P2 Réactifs NextSeq 2000 P3

Sortie par Flow Cella

1 × 50 pb (P3 uniquement) – – 60 Go

2 × 50 pb – 40 Go 120 Go

2 × 100 pb – 80 Go 240 Go

2 × 150 pb 30 Go 120 Go 360 Go

Lit le CPF 100M 400M 1.2B

Scores de qualitéb

1 × 50 pb ÿ 90% des bases supérieures à Q30

2 × 50 pb ÿ 90% des bases supérieures à Q30

2 × 100 pb ÿ 85% de bases supérieures à Q30

2 × 150 pb ÿ 85% de bases supérieures à Q30

Durée

1 × 50 pb – – ~11 heures

2 × 50 pb – ~13 heures ~19 heures

2 × 100 pb – ~21 heures ~33 heures

2 × 150 pb ~19 heures ~29 heures ~48 heures

un. Spécifications de sortie basées sur une seule Flow Cell utilisant la bibliothèque de contrôle Illumina PhiX aux densités de cluster prises en chargeÿ; CPF, clusters passant le filtre
b. Les scores de qualité sont basés sur une bibliothèque de contrôle Illumina PhiXÿ; les performances peuvent varier en fonction du type et de la qualité de la bibliothèque, de la taille de l'insert, de la concentration de chargement et d'autres
facteurs expérimentaux

À des fins de recherche uniquement. Ne pas utiliser dans les procédures de diagnostic. M-NA-00008 v3.0 | 3
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Systèmes de séquençage NextSeq 1000 et NextSeq 2000

Découvrez-en plus avec nos systèmes de Données de haute qualité et coûts d'exécution réduits grâce à une
paillasse révolutionnaires chimie améliorée des réactifs

Les systèmes de séquençage NextSeq 1000 et NextSeq 2000 tirent parti
des dernières avancées en matière d'optique, de conception d'instruments et
de chimie des réactifs pour miniaturiser le volume de ces réactions de
séquençage tout en augmentant le rendement et en réduisant le coût par cycle.
Désormais, les utilisateurs peuvent obtenir le débit, la qualité des données et le
coût nécessaires pour étendre la taille et la portée de leurs études, le tout sur
un système de séquençage de paillasse.
Rendement accru alimenté par notre expérience la plus
intuitive à ce jour
Les systèmes de séquençage NextSeq 1000 et NextSeq 2000 utilisent des
Flow Cells à motifs similaires à celles qui alimentent le système NovaSeq™
6000. Le résultat est un système de paillasse hautement flexible, robuste et
évolutif qui offre la Flow Cell à densité de cluster la plus élevée de tous les
systèmes NGS sur le marché à ce jour, ce qui réduit le coût par gigabase (Gb)
de l'exécution de séquençage.
Pour tirer pleinement parti de ces Flow Cells à densité plus élevée, les
systèmes de séquençage NextSeq 1000 et NextSeq 2000 sont dotés d'un nouveau
système optique à super résolution qui produit des données d'imagerie très
précises avec une résolution et une sensibilité plus élevées que les systèmes de
paillasse traditionnels. Cette miniaturisation offre une évolutivité pour une variété
de quantités de sortie tout en maintenant les mêmes normes élevées de qualité
des données dont bénéficient les utilisateurs du système NextSeq 550.
S'appuyant sur des décennies d'expertise, les systèmes NextSeq 1000
et NextSeq 2000 présentent la prochaine itération de la chimie de
séquençage par synthèse (SBS) à la pointe de l'industrie, optimisée pour
augmenter la luminosité du cluster, réduire la diaphonie des canaux et
améliorer le rapport signal sur bruit. La combinaison de cette avancée avec
des améliorations de formulation qui réduisent la
la taille réelle de la réaction permet aux utilisateurs de réactifs NextSeq
1000/2000 d'obtenir des données de haute qualité et une réduction globale du
volume de réactifs et des déchets, minimisant les besoins de stockage physique.
De plus, la robustesse et la stabilité améliorées permettent une expédition
ambiante de la Flow Cell.
Études révolutionnaires pionnières avec accès à des
capacités plus larges
Avec des résultats rapides et précis, une extensibilité de 30 Go à 360 Go
et des options informatiques flexibles, les systèmes de séquençage NextSeq
1000 et NextSeq 2000 sont idéaux pour une large gamme d' applications
(tableau 2) en oncologie, maladies génétiques, santé reproductive, agrogénomique,
etc. Ajoutez à cela un support expert inébranlable et les laboratoires sont
configurés pour la charge de travail d' aujourd'hui et les futures applications
émergentes.

Tableau 2 : Certaines des applications plus larges disponibles sur les systèmes de séquençage NextSeq 1000 et NextSeq 2000

SuivantSeq 1000/2000 P1 SuivantSeq 1000/2000 P2 SuivantSeq 2000 P3

Application Réactifs Réactifs Réactifs

Nbre d'échantillons Temps Nbre d'échantillons Temps Nbre d'échantillons Temps

Petit séquençage du génome entier (300ÿcycles)

sept ~19 heures 30 ~29 heures 90 ~48 heures
génome de 130ÿMoÿ; > 30× couverture

Séquençage de l'exome entier (200ÿcycles) Couverture

4
ciblée moyenne de 50ÿ×ÿ; ~19 heures 16 ~21 heures 48 ~33 heures
(300 cycles)
Couverture ciblée de 90ÿ% à 20ÿ×

ARN-Seq unicellulaire (100ÿcycles)a

– – 2-10 ~13 heures 6-30 ~19 heures
Cellules 4K, 10K-50K lectures/cellule

analyse miRNA-Seq ou petit ARN (50 cycles)

– – – – 108 ~11 heures
11 millions de lectures/échantillon

un. La profondeur de séquençage recommandée dépendra en grande partie du type d'échantillon et de l'objectif expérimental et devra être optimisée pour chaque étude

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Systèmes de séquençage NextSeq 1000 et NextSeq 2000

Un flux de travail puissant et simplifié piloté Étant donné que les réactifs ne quittent jamais la cartouche, la conception de
par un système intégré et une informatique avancée
l'instrument sec ne nécessite pas de lavage, ce qui permet une maintenance rationalisée
de l'instrument et une optimisation de l'efficacité de l'instrument.
Chez Illumina, l'expérience client est au centre de chaque innovation, ce qui
facilite au maximum la préparation des échantillons, la séquence et l'analyse des
Options flexibles pour la configuration de l'exécution
données. Le NextSeq 1000 et
Les systèmes de séquençage NextSeq 2000 offrent un flux de travail simplifié, Les exécutions peuvent être configurées localement ou dans le cloud. Pour une
combinant une facilité de chargement et de déplacement et une informatique avancée configuration locale, les utilisateurs peuvent créer leur propre feuille d'échantillons ou
(figures 2 et 3) au profit des utilisateurs débutants et avancés. profiter d'un modèle Illumina prédéfini pratique. La configuration basée sur le cloud
utilise le RunPlannerappinBaseSpace™ SequenceHub. Une fois que les informations
Plate-forme basée sur des cartouches facile à utiliser de configuration d'exécution sont prêtes, elles sont importées dans les systèmes
NextSeq 1000 et NextSeq 2000. Les utilisateurs sélectionnent et démarrent ensuite l'exécution
Les systèmes de séquençage NextSeq 1000 et NextSeq 2000 tirent parti d'une
d'intérêt. Le logiciel d'instrument optimisé fournit une interface plus propre avec des
cartouche intégrée qui comprend des réactifs, des fluides et le support de déchets,
écrans faciles à lire, des mesures d'exécution plus faciles à comprendre et une
simplifiant le chargement de la bibliothèque et l'utilisation de l'instrument. Décongelez
meilleure visualisation de l'état de l'instrument et de l'exécution par rapport aux
simplement la cartouche de réactifs, insérez la Flow Cell dans la cartouche, chargez
systèmes de paillasse antérieurs. Les systèmes NextSeq 1000 et NextSeq 2000
la bibliothèque dans la cartouche et insérez la cartouche assemblée dans l'instrument.
produisent des formats de fichiers standard de l'industrie utilisés par divers systèmes
Les étapes de dénaturation et de dilution se produisent automatiquement à bord.
de gestion des informations de laboratoire (LIMS) pour un suivi sécurisé et automatisé
des échantillons et la gestion des informations.
En plus de la facilité d'utilisation, la conception de la cartouche entièrement
intégrée améliore l'efficacité tout au long du cycle de séquençage.
En miniaturisant de nombreuses réactions de séquençage, la conception
uniqueÿ:

• Réduit les coûts de séquençage

• Améliore la recyclabilité
• Minimise le volume de déchets

Faire en sorte Préparer Séquence Analyser Moniteur

DRAGEN

Suivez les échantillons et gérez les
cycles facilement et efficacement
avec des options manuelles et
basées sur le cloud
Préparez les bibliothèques
avec le plus large écosystème de
prépkits de bibliothèque compatibles
Chargez les bibliothèques préparées
dans la cartouche de séquençage et
insérez-les dans la pointe
NextSeq 1000 ou
Système NextSeq 2000
Analyseràbord Augmentez l'efficacité du laboratoire avec
Flux DRAGENBio-ITPlatformor vers Instrument proactif
le cloud pour une flexibilité Service de performances
d'analyse supplémentaire

Figure 2 : Flux de travail intuitif de la bibliothèque à l'analyse - Les systèmes de séquençage NextSeq 1000 et NextSeq 2000 fournissent un flux de travail complet qui comprend une configuration d'exécution

conviviale, le plus vaste écosystème de kits de préparation de bibliothèques compatibles, une opération de chargement et de démarrage et une fonction intégrée, analyse secondaire embarquée.

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Systèmes de séquençage NextSeq 1000 et NextSeq 2000

Analyse simplifiée, options flexibles Tableau 3 : Pipelines informatiques DRAGEN à bouton-poussoir intégrés
dans les systèmes NextSeq 1000 et NextSeq 2000
Les systèmes NextSeq 1000 et NextSeq 2000 offrent un accès à un logiciel d'analyse
intégré, local et basé sur le cloud, offrant aux utilisateurs la flexibilité d'analyser les données
Pipelinea Applications Fonctionnalité clé
d'une manière qui répond à leurs besoins.
• Alignement
• Entier • Petite variante d'appel
Analyse rapide avec la plateforme DRAGEN™ Bio-IT embarquée DRAGEN séquençage de l'exome • Germinal et somatique (tumeur
Enrichissement • Reséquençage uniquement) modes
Le DRAGEN embarqué (Dynamic Read Analysis for GEnomics) ciblé • Appel de variante structurelle (SV)
Bio-IT Platform offre une solution ultrarapide et précise pour l'analyse secondaire. • Fichiers manifestes personnalisés

La plate-forme DRAGEN utilise des algorithmes optimisés et accélérés par le • Expression génique du • Alignement
matériel pour une grande variété de solutions d'analyse génomique, y compris la transcriptome entier • Détection de fusion
ARN DRAGÈNE
• Détection de • Expression génique
conversion de fichiers d'appel de base (BCL), la compression, le mappage, l'alignement,
fusion de gènes • Expression différentielle
le tri, le marquage des doublons et l'appel de variantes. De nouveaux pipelines seront mis
• Codes-barres cellulaires et
à disposition pour
correction des erreurs
une variété d'applications nouvelles et émergentes. La solution embarquée donne DRAGEN • Séquençage unicellulaire • Alignement
accès à certains pipelines informatiques DRAGEN (tableau 3), permettant aux utilisateurs de Unicellulaire du transcriptome entier • Expression génique
ARN • Filtrage cellulaire
générer des résultats en aussi peu que deux heures. L'informatique DRAGEN utilise les
• Rapports de base et
meilleurs algorithmes de pipeline pour aider les utilisateurs novices et experts à surmonter visualisation
les goulots d'étranglement dans l'analyse des données et à réduire la dépendance à l'égard
DRAGEN • Compression sans perte
d'experts informatiques externes. • Compression de
ORAb • Jusqu'à 5 fois moins de fichiers
Fichiers FASTQ
Les utilisateurs consacrent moins de temps et d'efforts à l'exécution des pipelines au niveau Compression Taille

de la production et peuvent se concentrer davantage sur les résultats.

• Alignement
• Petite variante d'appel
DRAGEN • Séquençage du • Appel SV/CNVc
Un écosystème d'applications dans BaseSpace Sequence Hub
Lignée germinale génome entier • Répéter l'expansionc
• Régions d'homozygotiec
Les utilisateurs qui préfèrent utiliser une solution d'analyse basée sur le cloud peuvent le
• Génotypage CYP2D6c
faire avec BaseSpaceSequenceHub, une plateforme de cloud computing agénomique qui
• Alignement
apporte une gestion simplifiée des données et des outils de séquençage analytique • Panneaux d'amplicon d'ADN
DRAGEN • Petites variantes d'appel
directement aux chercheurs dans un format convivial. • Reséquençage
Ampliconde • Germinal et somatique (tumeur
ciblé
Dans le cloud, les utilisateurs peuvent accéder à une large sélection d'outils bioinformatiques uniquement) modes

et partager des données à l'échelle mondiale. Les données générées à l'aide de un. Des pipelines informatiques DRAGEN supplémentaires sont disponibles dans le cloudÿ; visite

Les systèmes NextSeq 1000 et NextSeq 2000 sont compatibles avec les formats illumina.com/DRAGEN pour une liste complète
b. ORA, archive de lecture originale
standard de l'industrie pour une importation pratique dans la solution de votre choix. c. Fonctionnalité disponible uniquement pour les génomes humainsÿ; CNV, variante du numéro de copie
ré. Pris en charge pour les échantillons d'ADN uniquementÿ; disponible à partir de DRAGEN v3.8

Configuration d'exécution locale Planifiez l'exécution dans le cloud et

avec analyse locale
générer une feuille d'échantillons manuellement
Configuration d'exécution basée sur
le cloud avec analyse locale
télécharger la fiche d'échantillon OU
Planifier l'exécution dans le
cloud, y compris les paramètres d'analyse
Analyse secondaire embarquée automatisée
avec DRAGEN Accéder à BaseSpace
algorithmes accélérés par le matériel Applications Sequence Hub,
données de performances des instruments,
gestion des licences et solutions de
stockage à long terme
Analyse secondaire automatisée basée sur le cloud à l' aide d'un

Configuration d'exécution basée sur pipeline DRAGEN standardisé

le cloud avec analyse basée sur le cloud

Séquençage et analyse Alignement et appel Interprétation et analyse

Possibilités de configuration Gestion du flux de travail
primaire de variante des données

Figure 3 : Suite informatique flexible—Les systèmes NextSeq 1000 et NextSeq 2000 offrent des options locales et basées sur le cloud pour la configuration de l'exécution, la gestion de l'exécution et
l'analyse des données, permettant aux utilisateurs d'exécuter leur séquençage à leur guise.

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Systèmes de séquençage NextSeq 1000 et NextSeq 2000

Construction modulaire pour un support plus Évoluez pour l'avenir tout en améliorant
simple et plus rapide l'efficacité dès aujourd'hui

Les systèmes NextSeq 1000 et NextSeq 2000 sont construits de manière Illumina a fait ses preuves dans la production de solutions génomiques qui

modulaire, simplifiant le service et le support. Des capteurs intégrés surveillent permettent aux chercheurs d'effectuer des études à un débit, une échelle et un prix

les performances du système et alertent les utilisateurs des problèmes éventuels. répondant à leurs objectifs de recherche.

Le dépannage et les réparations sont plus faciles à effectuer pour l'ingénieur de Avec deux systèmes et trois configurations de Flow Cell au choix, les utilisateurs

maintenance, ce qui permet au final de gagner du temps et de réduire la frustration. peuvent sélectionner les exigences de sortie de données adaptées à leurs besoins.
Le système NextSeq 2000 offre des options de débit plus élevé pour répondre aux
besoins des applications nouvelles et émergentes tout en réalisant de meilleures

Un service de classe mondiale pour un meilleur contrôle des économies d'exécution pour les applications actuelles. Le système NextSeq 1000 a
échantillons et des temps d'arrêt réduits un débit inférieur par rapport au système NextSeq 2000 et est disponible à un prix
inférieur. Pour assurer une évolutivité future flexible, les clients
IlluminaProactive est un service d'assistance aux performances des instruments sécurisé
et à distance conçu pour détecter les risques de défaillance de manière préventive,
qui achètent un système NextSeq 1000 peuvent facilement passer au système NextSeq
dépanner les analyses plus efficacement et prévenir les défaillances en cours d'analyse.
2000.
Le service permet de minimiser les temps d'arrêt imprévus et d'éviter les pertes
d'échantillons inutiles en anticipant les réparations et en alertant le personnel de
Sommaire
terrain d'Illumina pour programmer les visites de maintenance.
Les systèmes de séquençage NextSeq 1000 et NextSeq 2000 révolutionnent
Capacité à percer, accompagnement pour les ce qui peut être accompli avec un système de séquençage de paillasse. Avec
pérenniser une technologie améliorée, une chimie avancée, des flux de travail simplifiés et
une analyse secondaire intégrée, les chercheurs disposeront d'une flexibilité sans
Pour vous aider à maximiser votre investissement, à soutenir des performances
précédent pour rechercher et
optimales et à minimiser les interruptions, Illumina fournit une équipe d'assistance
découvrir plus.
de classe mondiale composée de scientifiques expérimentés qui
sont des experts en préparation de bibliothèque, séquençage et analyse. Cette
Apprendre encore plus
équipe dédiée comprend des ingénieurs de service sur le terrain hautement qualifiés
(FSE), des scientifiques des applications techniques (TAS), des scientifiques des Systèmes de séquençage NextSeq 1000 et NextSeq 2000,
applications sur le terrain (FAS), des ingénieurs de support système, des illumina.com/NextSeq2000
bioinformaticiens et des experts en réseaux informatiques , tous parfaitement
familiarisés avec le séquençage de nouvelle génération et les applications que les
clients d'Illumina réalisent dans le monde entier. Le support technique est disponible par
téléphone 5 jours sur 7 ou accédez au support en ligne 24h/24 et 7j/7, dans le monde
entier et en plusieurs langues. Dans tous les cas, les équipes d'assistance sont
disponibles lorsque vous en avez besoin.

Chaque achat de système comprend une garantie de service d'un an.

Des solutions complètes de maintenance, de réparation et de qualification sont
également disponibles. De plus, Illumina propose une formation sur site, une
assistance continue, des consultations téléphoniques, des webinaires et des cours.
dans divers sites Illumina dans le monde. Nous sommes ici avec toutes les
ressources dont vous avez besoin pour accélérer les progrès.

Rejoignez le plus grand écosystème de génomique au monde

Avec plus de 17 000 systèmes actifs, Illumina établit la norme pour les solutions NGS.
Rejoindre cette communauté donne accès à un vaste écosystème d'applications, de
protocoles et d'informatique qui ont été construits en collaboration avec des milliers de
chercheurs et

leaders d'opinion de l'industrie à travers le monde.

À des fins de recherche uniquement. Ne pas utiliser dans les procédures de diagnostic. M-NA-00008 v3.0 | sept
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Systèmes de séquençage NextSeq 1000 et NextSeq 2000

Informations de commande Spécifications des systèmes NextSeq

1000 et NextSeq 2000

Produit Numéro de catalogue Caractéristiques

Système de séquençage NextSeq 2000 20038897 Configuration des instruments

Instrument sec autonome avec analyse secondaire DRAGEN Bio-IT intégrée à
Système de séquençage NextSeq 1000 20038898 réseau prédiffusé programmable sur le terrain (FPGA)

Mise à niveau de NextSeq 1000 vers NextSeq 2000 20047256 Ordinateur de contrôle des instruments
Unité de baseÿ: microserveur 2U situé à l'intérieur de l'instrument
Réactifs NextSeq 1000/2000 P1 (300 cycles) 20050264
Mémoire : 288 Go
Réactifs NextSeq 1000/2000 P2 (100 cycles) 20046811 Disque dur : SSD 3,8 To
Système d'exploitation : Linux CentOS 7.6
Réactifs NextSeq 1000/2000 P2 (200 cycles) 20046812
Environnement d'exploitation
Réactifs NextSeq 1000/2000 P2 (300 cycles) 20046813 Température : 15°C-30°C
Humiditéÿ: 20ÿ% à 80ÿ% d'humidité relative, sans condensation
Réactifs NextSeq 2000 P3 (50 cycles) 20046810
Altitude : 0 mètres-2000 mètres
Réactifs NextSeq 2000 P3 (100 cycles) 20040559 Pour une utilisation en intérieur uniquement

Réactifs NextSeq 2000 P3 (200 cycles) 20040560 Laser

Longueurs d'ondeÿ: 449ÿnm, 523ÿnm, 820ÿnm
Amorces de lecture et d'indexation NextSeq 1000/2000 20046115
Sécurité : produit laser de classe 1

Trousse d'apprêt d'indexation NextSeq 1000/2000 20046116

Dimensions

20046117 L × P × Hÿ: 60 cm × 65 cm × 60 cm
Kit d'amorce de lecture NextSeq 1000/2000
Poids : 141 kg
Dimensions en caisse
Caisse L × P × Hÿ: 92 cm × 120 cm × 118 cm
Poids en caisseÿ: 232ÿkg

Exigences d'alimentation
Tension d'entrée de l'instrumentÿ: 100ÿVAC à 240ÿVAC
Fréquence d'entrée de l'instrument : 50/60 Hz

Bande passante pour la connexion réseau

200 Mb/s/instrument pour les téléchargements sur le réseau interne
200 Mb/s/instrument pour les téléchargements BaseSpace Sequence Hub
5 Mb/s/instrument pour les téléchargements de données opérationnelles de l'instrument

Sécurité et conformité des produits

Certifié NRTL CEI
61010-1 Marquage CE
Approuvé FCC/IC

Illumina • 1.800.809.4566 sans frais (États-Unis) • +1.858.202.4566 tél. •

techsupport@illumina.com • www.illumina.com

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