Les biofilms sont des agrégats bactériens qui se forment sur une surface et sont intégrés dans une

matrice de substances polymères extracellulaires (EPS) qui agit comme une barrière à la pénétration
des médicaments et au système immunitaire de l’hôte.

Le QS est un mécanisme de signalisation de cellule à cellule, régule la formation de biofilms et la

production de facteurs de virulence chez P. aeruginosa. Les biofilms de P. aeruginosa sont connus
pour leur résistance généralisée aux antibiotiques, notamment beta-lactamines, aux aminoglycosides
et aux quinolones.

Les facteurs de virulence PAO1 tels que L’EPS, indice d’hydrophobicité, pyocyanine, la motilité
d’essaimage, la production de surfactant et l’activité de la catalase. Les cellules microbiennes
s’enferment dans une matrice EPS auto-sécrétée composée de polysaccharides, de protéines et
d’ADN extracellulaire qui sont importants pour l’adhésion, la croissance et le développement de la
résistance des cellules bactériennes aux antibiotiques ainsi que le système de défense de l’hôte.

L’EPS est l’un des facteurs de virulence les plus importants responsables de la formation du biofilm et
l’établissement de l’infection dans les tissus de l’hôte.

L’hydrophobicité de la surface cellulaire (CSH) facilite l’adhérence microbienne, ce qui améliore le

développement du biofilm, la résistance aux médicaments et la pathogénicité.

La pyocyanine, un pigment bleu-vert, est un facteur de virulence important chez P. aeruginosa, qui
induit un stress oxydatif chez l’hôte, affectant la catalase de l’hôte et le transport d’électrons
mitochondrial.

La motilité d’essaimage est un facteur de virulence contrôlant la colonisation bactérienne et la

pathogenèse.

La production de surfactant est un autre composant de virulence chez de nombreuses bactéries qui
est associé à l’essaimage contrôlé par le QS. Les biosurfactants rhamnolipides, qui sont considérés
comme l’un des facteurs de virulence de P. aeruginosa, fonctionnent également comme un
modulateur d’essaimage, car ils aident à soulager la tension superficielle entre les cellules
bactériennes et leur environnement.

La production de biofilm, ainsi que les facteurs de virulence de P. aeruginosa sont contrôlés par QS,
un système de communication dépendant de la densité cellulaire.

Il existe trois principaux systèmes QS opérant chez P. aeruginosa, tels que Las, RhI, PQS, qui jouent
un rôle clé dans la régulation des multiples facteurs de virulence.

La formation de biofilm est régulée par les systèmes Las et PQS tandis que la production de
pyocyanine est sous le contrôle des systèmes RhI et PQS.

L’hydrophobicité de la surface cellulaire (CSH) est le facteur majeur qui détermine l’adhésion
cellulaire et elle est interdépendante du phénotype du biofilm, elle est donc également régulée par
les systèmes Las et PQS.

La production de surfactants tels que rhamnolipides est régulée par les systèmes RhI et PQS tandis
que les facteurs de virulence qui aident à la motilité (essaimage, contractions) ainsi qu’à soulager le
stress oxydatif (catalase, superoxyde dismutase) sont contrôlés par les systèmes Las et RhI.

La présente étude est une tentative de désarmer le potentiel de formation de biofilm PAO1 en
utilisant des nanoparticules d’Or biosynthétisées à partir d’extrait de racine de Hemidesmus indicus
L(HiAuNPs).
Les HiAuNPs a grandement atténué la capacité de formation de biofilm, ont montré une activité
antibactérienne. (Jayabalan Shilpha, Vadivel Meyappan, Natarajan Sakthivel. Bioinspired synthesis
of gold nanoparticles from Hemidesmus indicus L. root extract and their antibiofilm efficacy against
Pseudomonas aeruginosa)

Est un acronyme comprenant les noms

scientifiques de six pathogènes bactériens hautement virulents et résistants aux antibiotiques.

A. baumanni est une pathogène nosocomial présent dans les services de réanimation.

Les communautés bactériennes au sein du biofilm communiquent de diverses manières connues

sous le nom de détection de quroum pour leur survie prolongée même dans des conditions limitant
les nutriments et parviennent d’une manière ou d’une autre à éviter la concurrence au sein des
biofilm.

Récemment les cellules intérieures stressées libèrent des ondes d’ions potassium qui signaleraient
aux cellules périphériques de réduire leur absorption de glutamate ou de conserver leur ammonium
de sorte que la plupart des nutriments sous forme de glutamate atteignent l’intérieur. Ces cellules au
sein des biofilm interagissent par deux méthodes, principalement le quorum sensing et la
signalisation électrochimique récemment étudiée via l’onde ionique potassium.

La présente étude étudie le rôle de la signalisation électrique dans la formation de biofilm d’A.
baumanni et également l’exploration du type de canal ionique (K+, Na+, Na+/K+) associés à la
signalisation électrique lors de la formation du biofilm.

Le canal ionique potassium est important pour le changement du potentiel de membrane lors de la
formation du biofilm.

Un changement de potentiel membranaire dépendant du canal potassique ou un changement de

signalisation électrique peut éventuellement jouer un rôle dans la formation de biofilm.

La surveillance de développement de biofilm en présence de différentes bloqueuses de canaux

ioniques comme lidocaine (bloqueur de canaux Na+), l’ouabaïne (bloqueur Na+/K+), les bloqueurs de
canaux potassiques tels que dalfampridine(4AP), le tétraéthylammonium et le styrène-sulfonate.

« Selon la littérature aucun inhibiteur spécifique des protéines bactérienne du canal ionique
potassique n’est pas encore connu »
 Ces inhibiteurs non spécifiques
(bloqueurs de K+), réduisait la
signalisation du biofilm, réduisant ainsi la
formation du biofilm par A. Baumanni.
Ceci suggère le rôle du canal potassique
dans la formation du biofilm
d’A.baumannii.

Sélection de plomb et préparations de ligands :

Les ligands choisis pour Docking étaient les molécules de plomb du métabolite secondaire de la
bibliothèque ZBC 1,59,860 et les médicaments approuvés par la FDA 2924. Ces pistes ont été
extraites de la base de données Zinc au format SDF.

La préparation du ligand a été réalisée pour 1 59 860 molécules de plomb et 2 924 médicaments
approuvés.

Les molécules de plomb filtrées (1,94,802 ZBC et 3303 conformations de ligand approuvées par la
FDA) ont ensuite été criblées par rapport à la grille protéique du canal potassique d’A. baumannii. Les
ligands ont été analysés par les modes d'amarrage HTVS, SP et XP.

L’énergie libre de liaison de la protéine du canal potassique avec différentes molécules de plomb.

Le ZINC12496555 a l'énergie de liaison la plus faible (-83,32 kcal/mol), ce qui suggère que ce plomb a
la liaison la plus élevée avec la protéine du canal potassique.

Le Docking moléculaire est réalisé à l’aide du

logiciel Schrödinger, Le complexe ZINC12496555-
PCAB a été analysé par Ligplot + v2.2.4 et il a été
constaté qu'Il y a sept liaisons hydrogène formées
entre ZINC12496555 et PCPAB via Arg269 (2
liaisons H, 2,98 Å et 2,84 Å), Gln272 (liaison 1H,
2,82 Å), Asn33 (liaison 1H, 2,88 Å), Asn29 (liaison
1H, 2,79 Å), Arg100 (liaison 1H, 2,94 Å), Thr22
(liaison 1H, 3,07 Å). De même, il existe neuf
interactions hydrophobes impliquant Gln12,
Met15, Phe26, Tyr28, Glu99, Val11, Glu271,
Glu273 et Glu276.

La molécule de plomb sélectionnée a une meilleure énergie libre de Gibbs et un meilleur amarrage
par rapport à l'inhibiteur non spécifique du canal potassique, c'est-à-dire 4AP.
 (2023 Monalisa Tiwari, Shruti Panwar, Vishvanath Tiwari Assessment of potassium ion channel
during electric signalling in biofilm formation of Acinetobacter baumannii for finding antibiofilm
molecule).

La détection de quorum (QS) est un système complexe de communication intercellulaire qui régule
l'expression de nombreux déterminants de la virulence (tels que la pyocyanine, la protéase, les
toxines, l'essaimage, la natation et la formation de biofilm), en particulier chez l'agent pathogène
humain opportuniste P. aeruginosa.

P. aeruginosa utilise deux systèmes QS pour maintenir la pathogénicité et la résistance multidrogue

et ces systèmes impliquent LasI/LasR et RhlI/RhlR qui suivent une série d'étapes comprenant la
génération de molécules autoinductrices, la communication intercellulaire et l'expression de
déterminants de la virulence. Les gènes codés par les deux systèmes sont principalement les gènes
LasI et RhlI . Cependant, le système de signal de Pseudomonas quinolone (PQS) est le troisième type
de système qui affecte également les cellules en modifiant les profils transcriptionnels des gènes et
se lie aux partenaires protéiques précédemment non reconnus. Malgré ces fonctions, le rôle précis
du PQS est mal compris (in vitro et in vivo).

Le système LasI QS est généralement activé par 3-oxo-C-12 homosérine lactone (HSL) et RhlI est
activé par C4-HSL, et les gènes LasI et RhlI synthase synthétisent respectivement 3-oxo-C12-HSL et
C4-HSL.

 La biosynthèse des NP de ZnO à l'aide d'extrait de graines de Butea monosperma

 Analyse in silico et d'amarrage moléculaire de l'interaction des NPs de ZnO avec des
protéines contrôlées par QS LasI/RhlI AHL synthase
 Analyse in silico et moléculaire de l'interaction des NPs de ZnO biosynthétisées avec des
protéines régulatrices de la transcription contrôlées par QS LasR/RhlR.

Les NP ZnO vertes synthétisées ont inhibé efficacement la croissance et la virulence médiée par QS
chez P. aeruginosa, telles que l'essaimage, la nage et la formation de biofilms.

L'analyse informatique (ancrage moléculaire) a montré que les NP de ZnO interrompaient le

mécanisme QS chez P. aeruginosaen bloquant la production des acylhomosérines lactones (AHL) qui
entravent la synthèse de l'AHL Synthase, c'est-à-dire LasI/RhlI et des protéines réceptrices
régulatrices LasR/RhlR.

L'interaction de ZnO avec LasI/R et RhlI/R synthase a été explorée grâce à l'outil Patchdock .Le fichier
ancré sélectionné a été soumis à la simulation 3D post-amarrage à l'aide de Discovery Studio
Visualize 4.5 et du logiciel de visualisation PyMol 3D

Les études d'amarrage moléculaire ont révélé que les NP ZnO synthétisés par le vert interagissaient
efficacement avec le mécanisme QS (Las / Rhl) et se liaient à la fente catalytique de LasI synthase
(Gly-116-ZnO = 2,8 Å), RhlI synthase (Gly180-ZnO = 3,7 Å) et le récepteur LasR de la protéine du
récepteur de transcription (Asn 141-ZnO = 2,9 Å), le récepteur RhlR (Tyr72-ZnO = 2,6 Å).

L’interaction des NP ZnO avec les systèmes Las et Rhl a conduit à l'inactivation des molécules
autoinductrices (AHL) qui a finalement conduit à l'inactivation de QS et à la régulation à la baisse des
facteurs de virulence. (Syed Ghazanfar Ali, Mohammad Azam Ansari, Qazi Mohammad Sajid Jamal,
Ahmad Almatroudi, Mohammad A. Alzohairy, Mohammad N. Alomary, Suriya Rehman, Murali
Mahadevamurthy, Mohammad Jalal, Haris M. Khan, Syed Farooq Adil, Mujeeb Khan, Abdulrahman
Al-Warthan, Butea monosperma seed extract mediated biosynthesis of ZnO NPs and their
antibacterial, antibiofilm and anti-quorum sensing potentialities, Arabian Journal of Chemistry,
Volume 14, Issue 4, 2021)

La synthèse de nanoparticules d'argent médiées par le jus de fruit de Citrus macroptera (CM-AgNPs)

Les molécules bioactives (acide ascorbique, riboflavine, edulinine, thiamine) interagissent avec les
cultures d'Ag, et elles s'adsorbent à la surface des AgNPs.

Le modèle a ensuite été configuré pour interagir avec les protéines responsables de la production de
biofilm afin de prédire les éventuels sites de liaison des CM-AgNPs avec les protéines des bactéries.

Bacillus subtilis de type sauvage (MTCC 441) et Pseudomonas aeruginosa de type sauvage (MTCC
7814) ont été sélectionnés pour évaluer l’effet antibactérien des CM-AgNP.

L'outil AutoDock 4.2 a été utilisé pour des études Docking moléculaire afin de trouver les sites de
liaison favorables des CM-AgNPs avec les protéines sélectionnées de B. subtilis (AbbA, sinI et swrC)
et P. aeruginosa (LasR, PelB et BswR).

Les structures cristallines des protéines mentionnées ci-dessus (AbbA-2lzf, SinI-5TMX, LasR-3ix3,
BswR-4O8B et PelB-5wft) ont été obtenues auprès de la Protein Data Bank (http://www.rcsb.org./
pdb). La structure de la protéine SwrC a été obtenue par modélisation par homologie à l'aide de
SWISS-MODEL.

 Lors du traitement de B. subtilis avec CM-AgNPs, trois protéines, AbbA, SinI et SwrC, facilitent
directement et indirectement le processus de formation de biofilm et sont prises en
considération pour l'étude Docking.

AbrB est le facteur de transcription clé qui se lie à l'ADN des bactéries pour réguler négativement la
formation de biofilm, mais AbbA réprime l'activité d'AbrB pour accélérer la croissance du biofilm

SinI réprime la liaison de SinR à la région promotrice de l'ADN en tant qu'antagoniste. SinR est la
molécule clé qui régule négativement la formation de la matrice du biofilm en inhibant la formation
d’exopolysaccharides des bactéries. SinI réprime SinR, facilitant ainsi indirectement la formation de la
matrice sur un substrat solide ou semi-solide qui est la principale étape de la croissance du biofilm

SwrC est une protéine transmembranaire de B subtilis qui confère une auto-résistance à la surfactine
produite par B. subtilis et modère la phase de transition vers la motilité d'essaimage

 P. aeruginosa forme un biofilm sous la régulation du système de détection de quorum (QS)

L'une des principales protéines régulatrices du système QS est LasR qui régit la synthèse des facteurs
de virulence de la bactérie au moment de la colonisation et de la formation du biofilm.

(LasR a été pris en considération pour une étude Docking afin de prédire les sites de liaison probables
avec les CM-AgNPs).

PelB est une protéine structurelle de P. aeruginosa qui régule la sécrétion de polysaccharide, qui est
un constituant majeur des substances extra-polymères, nécessaires à la formation de la matrice du
biofilm.
Une protéine de motilité d'essaimage monomère BswR, qu'il utilise pour la translocation afin d'initier
la formation de biofilm dans un nouvel environnement après la maturation du biofilm. C'est un
facteur de transcription qui coordonne le développement du biofilm et la motilité d'essaimage.

Les CM-AgNPs à très faible concentration inhibent de manière significative la formation de biofilms
par B. subtilis et P. aeruginosa.

Des études de Docking moléculaire ont montré que les CM-AgNPs interagissent avec différents acides
aminés des protéines du biofilm de bactéries d'intérêt par de fortes liaisons H et de liaisons de
coordination métalliques qui valident davantage les résultats expérimentaux.

Les MNP médiés par les extraits d'agrumes pourraient être traités comme des agents antibactériens.

(Moumita Majumdar, Shamim Ahmed Khan, Suresh Chandra Biswas, Dijendra Nath Roy, Anindya
Sundar Panja, Tarun Kumar Misra, In vitro and in silico investigation of anti-biofilm activity of
Citrus macroptera fruit extract mediated silver nanoparticles, Journal of Molecular Liquids, Volume
302, 2020,)