NEBcutter et ses utilisations

Réalisé par
 TEGGAR Khadidja
 HOUBAD Nour El Houda

Chargé du cours
Dr. KHADIR Abdelmounaim

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Sommaire

Sommaire...........................................................................................................................2
Introduction........................................................................................................................3
Historique NEBcutter..........................................................................................................4
Définition...........................................................................................................................5
Les objectifs des activités NEBcutter....................................................................................5
L’utilisation de NEBcutter :.................................................................................................6
Les modèles NEBcutter........................................................................................................7
Les différentes versions de NEBcutter :...............................................................................7
Conclusion..........................................................................................................................9

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Introduction

La bioinformatique est issue de la rencontre de la biologie, des mathématiques et

de l'informatique qui a pour but de résoudre un problème scientifique posé par la
biologie. Plus généralement, la bio-informatique est l'application de la statistique
et de l'informatique à la science biologique.

Parmi ces solutions informatiques, nous allons présenter le NEBcutter qui est un
outil de bioinformatique largement utilisé, qui permet aux chercheurs d'analyser
des séquences d'ADN et de prédire les emplacements des sites de coupure
d'enzymes de restriction.

Le logiciel a été développé par New England Biolabs (NEB), un important

fournisseur de produits de recherche en biologie moléculaire.

Il permet aux chercheurs d'entrer une séquence d'ADN, d'identifier les sites de
reconnaissance d'enzymes de restriction, de prédire les tailles des fragments
résultants d'une digestion par restriction et de générer des cartes graphiques des
fragments prédits. Ces informations sont utiles dans diverses applications de la
biologie moléculaire, notamment le séquençage de l'ADN, le clonage et
l'ingénierie génétique.

NEBcutter est disponible en téléchargement gratuit sur le site web de NEB et est
largement utilisé par les chercheurs du monde entier pour simplifier leur
conception et leur analyse expérimentale. Son interface conviviale et son
algorithme puissant en ont fait un choix populaire pour les biologistes
moléculaires de tous niveaux d'expérience.

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Historique NEBcutter

NEBcutter est un outil de bioinformatique développé par New England Biolabs

(NEB), un important fournisseur de produits de recherche en biologie
moléculaire. Il a été créé pour aider les chercheurs à analyser des séquences
d'ADN et à prédire les emplacements des sites de coupure des enzymes de
restriction.

La technologie des enzymes de restriction a été découverte dans les années 1970
par des chercheurs de l'Université de Stanford et de l'Université de Californie, et
cette découverte a révolutionné le domaine de la biologie moléculaire. NEB a
été fondé en 1974, et depuis lors, l'entreprise a été à l'avant-garde du
développement d'enzymes de restriction et d'autres outils de biologie
moléculaire.

NEBcutter a été développé pour permettre aux chercheurs d'analyser rapidement

les séquences d'ADN et de prédire les résultats des digestions enzymatiques par
restriction. Il est basé sur une base de données complète d'enzymes de restriction
et permet aux utilisateurs de sélectionner les enzymes appropriées pour leurs
expériences.

NEBcutter a été lancé pour la première fois en 1999 et a depuis été

régulièrement mis à jour pour inclure de nouvelles fonctionnalités et
améliorations. Aujourd'hui, il reste un outil de bioinformatique très populaire
pour les chercheurs travaillant dans de nombreux domaines de la biologie
moléculaire.

Figure 1: Logo de NB Cutter

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Définition
NEBcutter est un outil de bioinformatique développé par New England Biolabs
(NEB) qui permet d'analyser des séquences d'ADN et de prédire les
emplacements des sites de coupure des enzymes de restriction. Les enzymes de
restriction sont des protéines qui coupent l'ADN à des endroits spécifiques,
créant des fragments d'ADN de différentes tailles. NEBcutter permet aux
chercheurs de prédire les tailles des fragments d'ADN qui seront générés lors
d'une digestion enzymatique par restriction, en fonction de la séquence d'ADN
et des enzymes de restriction sélectionnées. Cette information est utile dans de
nombreuses applications de la biologie moléculaire, notamment le clonage, le
séquençage de l'ADN et l'ingénierie génétique. NEBcutter est disponible
gratuitement en ligne et est utilisé par des chercheurs du monde entier pour
faciliter leur travail expérimental.

Les objectifs des activités NEBcutter

Les activités de NEBcutter ont plusieurs objectifs, notamment :

- Aider les chercheurs à analyser les séquences d'ADN : NEBcutter fournit

une interface conviviale pour entrer une séquence d'ADN et visualiser les
emplacements des sites de coupure des enzymes de restriction.
- Prédire les tailles des fragments d'ADN : en utilisant les informations sur
les sites de coupure des enzymes de restriction, NEBcutter peut prédire les
tailles des fragments d'ADN qui seront générés lors d'une digestion
enzymatique par restriction.
- Planifier des expériences de biologie moléculaire : Les informations
fournies par NEBcutter sont utiles pour la planification des expériences de
clonage, de séquençage de l'ADN et d'ingénierie génétique.
- Économiser du temps et des ressources : NEBcutter permet aux
chercheurs d'optimiser la conception de leurs expériences et d'économiser
du temps et des ressources en évitant les tentatives infructueuses.
- Encourager la collaboration scientifique : NEBcutter est un outil
largement utilisé et partagé par la communauté scientifique, ce qui
favorise la collaboration et la diffusion des connaissances dans le domaine
de la biologie moléculaire.

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L’utilisation de NEBcutter :

NEBcutter est un outil de bioinformatique très polyvalent et largement utilisé

dans de nombreux domaines de la biologie moléculaire. Voici quelques
exemples d'utilisations courantes de NEBcutter :

1. Clonage : Les chercheurs utilisent souvent NEBcutter pour aider à

concevoir des expériences de clonage. En utilisant les informations
fournies par l'outil, ils peuvent sélectionner les enzymes de restriction
appropriées pour générer les fragments d'ADN souhaités et éviter les sites
de coupure non désirés.
2. Séquençage de l'ADN : NEBcutter peut également être utilisé pour aider
à la planification des expériences de séquençage de l'ADN. En utilisant
les informations sur les sites de coupure des enzymes de restriction, les
chercheurs peuvent concevoir des amorces de PCR pour amplifier des
régions spécifiques de l'ADN.
3. Ingénierie génétique : NEBcutter est également utile pour la conception
de vecteurs d'expression et la construction de plasmides pour l'ingénierie
génétique. Les chercheurs peuvent utiliser l'outil pour identifier les sites
de coupure des enzymes de restriction dans les séquences d'ADN des
vecteurs et des inserts, afin de faciliter l'assemblage des constructions
souhaitées.
4. Analyses de restriction : Les chercheurs peuvent également utiliser
NEBcutter pour analyser les résultats de leurs expériences de restriction.
En comparant les tailles des fragments d'ADN générés à celles prédites
par l'outil, ils peuvent confirmer l'efficacité de leur digestion enzymatique
et identifier tout problème potentiel.
5. Enseignement : NEBcutter est également utilisé dans l'enseignement de
la biologie moléculaire, notamment pour aider les étudiants à comprendre
les principes de base de la restriction enzymatique et du clonage.

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Les modèles NEBcutter
NEBcutter propose plusieurs modèles pour prédire les emplacements des sites
de coupure des enzymes de restriction dans les séquences d'ADN. Voici une
brève description de chaque modèle :

1. Single : Ce modèle prédit les sites de coupure pour une seule enzyme de
restriction sélectionnée.
2. Double : Ce modèle prédit les sites de coupure pour deux enzymes de
restriction sélectionnées. Il fournit des informations sur les sites de
coupure pour chaque enzyme individuellement, ainsi que sur les
fragments d'ADN générés lorsque les deux enzymes sont utilisées
ensemble.
3. Multiple : Ce modèle prédit les sites de coupure pour plusieurs enzymes
de restriction sélectionnées. Il fournit des informations sur les sites de
coupure pour chaque enzyme individuellement, ainsi que sur les
fragments d'ADN générés lorsqu'un mélange d'enzymes est utilisé.
4. Time-Saver : Ce modèle est conçu pour les analyses rapides et
préliminaires de la séquence d'ADN. Il utilise une sélection restreinte
d'enzymes de restriction couramment utilisées pour fournir une analyse
rapide et efficace de la séquence.
5. Custom : Ce modèle permet aux utilisateurs de définir leurs propres
ensembles d'enzymes de restriction pour l'analyse de la séquence d'ADN.

Ces modèles sont utiles pour différents types d'analyses de la séquence d'ADN,
selon les objectifs de recherche spécifiques des utilisateurs.

Les différentes versions de NEBcutter :

Au fil du temps, NEB a publié différentes versions du logiciel NEBcutter. Voici
quelques-unes des différentes versions disponibles en français :

1. NEBcutter v1.0 : Il s'agit de la version originale du logiciel publiée par

NEB en 1997. C'était un programme téléchargeable pour les ordinateurs
Windows et Mac qui analysait les séquences d'ADN pour les sites de
coupure potentiels des enzymes de restriction.
2. NEBcutter v2.0 : Cette version du logiciel a été publiée en 2002 et a
ajouté plusieurs nouvelles fonctionnalités, notamment la possibilité

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 d'analyser plusieurs séquences simultanément et de rechercher des
enzymes sensibles à la méthylation.
3. NEBcutter v2.1 : Cette version a été publiée en 2004 et a ajouté la
possibilité de rechercher des isoschizomères, qui sont des enzymes qui
reconnaissent la même séquence mais coupent à des positions différentes.
4. NEBcutter v2.2 : Cette version a été publiée en 2006 et a ajouté la
possibilité d'analyser des séquences avec des nucléotides ambigus, tels
que N, R, Y, etc.
5. NEBcutter v2.3 : Cette version a été publiée en 2010 et a ajouté la
possibilité d'analyser des séquences d'ADN circulaires.
6. NEBcutter v2.5 : Cette version a été publiée en 2016 et est un outil en
ligne accessible via le site Web de NEB. Il comprend toutes les
fonctionnalités des versions précédentes et est régulièrement mis à jour
pour inclure de nouveaux enzymes et séquences.
7. NEBcutter v3.0 : Cette version a été publiée en 2019 et est un outil en
ligne accessible via le site Web de NEB

Chaque version de NEBcutter a ajouté de nouvelles fonctionnalités et

améliorations au logiciel, en faisant un outil précieux pour l'analyse et la
recherche en ADN.

Figure 2: Version 3 du NB cutter

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Conclusion

NEBcutter est un logiciel puissant et utile pour l'analyse de séquences d'ADN et

l'identification de sites de coupure potentiels pour des enzymes de restriction.
Depuis sa première version publiée en 1997, NEBcutter a subi plusieurs
améliorations et mises à jour, en ajoutant de nouvelles fonctionnalités et en
rendant le logiciel plus convivial pour les utilisateurs.

Le logiciel est accessible via le site Web de NEB et est disponible gratuitement
pour tous les utilisateurs. NEBcutter est utilisé par des chercheurs et des
scientifiques du monde entier pour la conception et la planification d'expériences
impliquant la manipulation de l'ADN, le clonage et le séquençage.

En résumé, NEBcutter est un outil fiable et essentiel pour les chercheurs et les
scientifiques travaillant avec l'ADN, permettant l'analyse précise des séquences
d'ADN et l'identification de sites de coupure potentiels pour des enzymes de
restriction.