IX: HOMEOSTASIE DES PROTEINES

Homéostasie des protéines =protéostasie

=> Homéostasie = état d'équilibre d'un système dynamique ouvert,

maintenu par un processus de régulation interne.
—> Équilibre autorégulé
=> Homéostasie protéique = protéostasie : régulation dynamique
d'un protéome équilibré et fonctionnel.
—> Réseau de protéostases : Processus biologiques concurrents et
intégrés au sein des cellules qui contrôlent la biogenèse, le
repliement, le transport et la dégradation des protéines à
l'intérieur et à l'extérieur de la cellule.
Quels sont les rôles des protéines ?
Comment la cellule peut-elle réguler l'abondance (quantité) et
l'activité des protéines et pourquoi est-ce nécessaire ?

Le protéome évolue au cours du cycle de vie d’une plante

Tâches des protéines :

- Protéines structurelles - Récepteurs

- enzymes - Transduction du signal
- Régulateurs - Hormones peptidiques
- Adaptateurs - Protéines de stockage
- Transporteurs/canaux - Substances de défense
- Protéines motrices - détoxication
- etc.

=> Les protéines doivent être présentes de manière fonctionnelle, en bonne quantité, au bon endroit et au bon moment
—> différentes fonctions cellulaires nécessitent différentes compositions de protéines
—> protéome d'une cellule différent selon le type de cellule et le stade de développement

Régulation de l’expression de gènes chez les eucaryotes

=> La régulation de l'abondance des protéines ne se fait pas seulement au niveau de la transcription et de la
traduction, mais aussi au niveau post-traductionnel
 Protéostasie
=> l'abondance d'ARNm et de protéines n'est pas
nécessairement corrélée.
=> Abondance des protéines déterminée par :
—> les taux de transcription
—> demi-vies de l'ARNm (stabilité de l'ARNm)
—> taux de traduction
—> demi-vies des protéines (stabilité des protéines)

Comment peut-on en arriver à cette relation inégale

d'ARNm et de protéines ?
Pourquoi cela peut-il être avantageux pour la cellule -
malgré la dépense d'énergie "inutile" ?

Biogenèse des protéines

La biogenèse des protéines, du transcrit (ARNm) à la protéine fonctionnelle, comprend plusieurs étapes :
=> Biosynthèse
=> repliement
=> Processus co/post-traductionnel
=> Modifications co/post-traductionnelles

Chez les plantes, la biosynthèse des protéines a lieu dans le cytosol, les plastes et les mitochondries :
=> cytosol :
—> ARNm nucléaires
—> env. 75% = 25.000 protéines
—> pour le cytosol, transport dans les organites,
sécrétion dans les paroi cellulaire et apolaste
=> Plastides :
—> ARNm plastidiques
—> chloroplastes env. 20% = 40 protéines
—> autres plastides : variable, jusqu'à 200
protéines
=> mitochondries :
—> ARNm mitochondriaux
—> 2-5% = <20-40 protéines
=> Les cellules végétales ont 3 types de ribosomon y
compris les ARNr et 3 ensembles d'ARNt et de
facteurs de traduction
 Vue d’ensemble de la biosynthèse des protéines dans le cytosol
1. initation => point de régulation 2. élongation 3. terminaison

Régulation de la traduction
=> 5' Cap et queue poly(A) stimulent la traduction —> seuls les ARNm matures sont traduits
=> Sites d'entrée internes (IRES) —> Traduction d'ORF alternatifs
=> Structures secondaires ou ORFs en amont (uORFs) —> ralentissent/pause la traduction
=> Protéines de liaison de l'ARN et microARNs —> inhibent ou stimulent la traduction

La biosynthèse et le repliement des protéines sont couplés

=> Les protéines doivent se replier dans la bonne conformation 3D et
certaines forment des complexes multiprotéiques (4D)
—> le repliement des structures/domaines 2D et 3D se produit déjà
pendant que la chaîne polypeptidique sort du ribosome sort = co-
traductionnel
—> protéine partiellement repliée = molten globule
—> le repliement est encore optimisé après la traduction complète
—> finale = native = conformation fonctionnelle
 Certaines protéines ont besoin d’aide au repliement: les chaperons moléculaires et les
chaperonines
=> Cependant, la plupart des protéines ne se replient pas correctement "sans aide".
—> des aides au repliement : Chaperons et chaperonines = protéines qui aident au repliement des protéines
dans leur conformation native et à l'assemblage correct de complexes multiprotéiques.
—> lient et stabilisent les conformations protéiques autrement instables
—> empêchent les interactions non souhaitées et l'agrégation des protéines
—> permettent, par une liaison et une libération répétées, le repliement/l'interaction corrects
=> Chaperons : co-traductionnels, entraînés
par l'ATP
—> lient des régions hydrophobes à la
surface de la chaîne polypeptidique en
croissance
—> empêchent les mauvaises
interactions/ agrégations
—> maintiennent la protéine dans un état
de repliement compétent

=> Chaperonine : post-traductionnelle,

entraînée par l'ATP
—> cavité centrale favorisant le
repliement correct

Chaperons moléculaires : mécanisme Hsp40/Hsp70

=> Hsp40 = co-chaperon : permet la liaison d'un complexe

Hsp70:ATP
—> protéine non repliée:complexe Hsp70:ADP
—> facteur d'échange nucléotidique (par ex. GrpE) :
échange ADP -> ATP
—> Hsp70 dissociée
—>(1) repliement correct
(2) autre repliement assisté par Hsp40/Hsp70
(3) transfert au système de la chaperonine
=> L'ATP régule la liaison protéique de Hsp70 :
—> ADP = affinité élevée = liaison solide
—> ATP = faible affinité = liaison lâche
 Chaperonine: mécanisme GroEL/grosES

=> Mécanisme de la chaperonine

cytosolique TRiC probablement similaire

Aide au repliement dans le RE

=> Le repliement des protéines sécrétoires a
lieu dans le RE
—> les conditions chimiques dans le RE
diffèrent de celles du cytosol :
=> cytosol
—> [Ca2+] faible
—> milieu réducteur
=> lumen du RE
—> [Ca2+] élevé
—> milieu oxydant Þ formation de -S-S-
(ponts disulfures)

=> Le repliement des protéines sécrétoires dans le RE nécessite

plusieurs aides au repliement :
- Signal peptidase
- Hsp-chaperone BiP (binding protein) et endoplasmine
- Protéine disulfure isomérase (PDI)
- Peptidyl prolyl cis-trans isomérase
- N-glycosylation
- Glucosidase I et II
- UDP-Glc:glycoprotéine glucosyltransférase (UGGT)
- Lectines liant le Ca2+ Calréticuline (CRT) et calnexine (CNX)
=> seules les protéines correctement repliées et glycosylées sont
sécrétées
=> ER Quality Control
 ER quality control
Système ER de contrôle de la qualité :
=> vérifie le bon repliement des protéines
=> retient les protéines jusqu'à ce qu'elles soient
correctement repliées
—> cycles de repliement répétés
=> les protéines défectueuses sont triées et
dégradées
—> ER-associated protein degradation = ERAD
Que se passe-t-il lorsque de nombreuses protéines
doivent être sécrétées ?

Unfolded Protein Response (UPR) dans le RE

=> Problème : en cas de synthèse sécrétoire très élevée, les auxiliaires de repliement ne suffisent plus
—> accumulation de protéines non repliées/faussement repliées
—> la disponibilité des auxiliaires de repliement doit être adaptée pour maintenir la sécrétion de protéines
—> la machinerie de détection et de transduction du signal est activée
—> augmentation de l'expression des auxiliaires de repliement et diminution de la synthèse des protéines sécrétoires
—> Unfolded Protein Response (UPR)

UPR dans le cytosol

=> Les chaperons Hsp90/40/70 lient le Heat Shock Factor HSF = inactif
—> les protéines non pliées recrutent Hsp40/70/90
—> HSF libéré
—> Trimère HSF = facteur de transcription actif
—> active l'expression du gène Heat Shock
Rôle de l’UPR dans l’adaptation au stress chez les plantes
=> en cas d'attaque par des pathogènes : sécrétion apoplastique de nombreuses protéines de défense, augmentation
de l'expression des récepteurs immunitaires sur la membrane plasmique, production accrue d'hydrolases vacuolaires,
etc.
—> besoin accru de protéines sécrétées
—> risque d'activation de l'UPR par surcharge du RE.

Comment éviter une surcharge de la voie de sécrétion ?

=> Crosstalk entre la défense immunitaire et l'UPR au moyen de facteurs de transcription.

—> Hypothèse : équilibre entre la défense immunitaire et l'UPR
—> Optimisation de la sécrétion des protéines de défense

=> Diffusion systémique de l'UPR dans les tissus non stressés

—> Hypothèse : les tissus non stressés sont préparés à un éventuel état de stress (par ex. attaque par des
pathogènes) et le besoin accru en protéines sécrétées qui en découle, avant que le stress ne se produise

Modification des protéines

=> Les modifications des protéines peuvent être co-traductionnelles ou post-traductionnelles.
=> En voici quelques exemples :
—> la transformation protéolytique —> Addition d'ancres lipidiques
—> glycosylation N/O —> Addition de cofacteurs
—> ponts disulfures —> Conjugaison avec d'autres protéines :
—> phosphorylation —> ubiquitination
—> SUMOylation
—> Neddylation
A quoi servent ces modifications sur les protéines ?

Traitement de l’extrémité N-terminale des protéines

=> Modifications co-traductionnelles de l'extrémité N-terminale :

—> Excision de la méthionine N-terminale (NME)
—> Plastides et mitochondries : 1er AA formylméthionine (fMet)
—> toujours clivée
—> Cytosol eucaryote : 1er AA méthionine (Met)
—> clivée si 2ème AA petite chaîne latérale
—> N-acétylation du groupe a-amino
—> N-myristoylation de la glycine N-terminale (selon NME)
Traitement de l’extrémité N-terminale des protéines
Processus protéolytique
Exemple 1 : clivage de peptides signaux pour l'importation dans des compartiments d'organites/organelles (voir
cours MG)

Traitement protéolytique
Exemple 2 : Processus d'hormones peptidiques

Pourquoi l'hormone peptidique mature n'est-elle pas directement exprimée ?

Pourquoi la prosystémine se trouve-t-elle dans le cytosol alors que le récepteur correspondant se trouve dans la
membrane plasmique ?
 Glycosilation
=> les résidus de sucre hydrophiles augmentent la solubilité,
réduisent l'agrégation, protègent des protéases et permettent de
nouvelles interactions et activités

=>N-glycosylation sur Asn (= N)

—> dans le RE et l'appareil de Golgi
—> régule le repliement des protéines dans le RE
=> O-glycosylation sur le groupe OH de Ser, Thr et hydroxyproline
(Hyp)
—> dans l'appareil de Golgi : sucres complexes,
par ex. protéines de la paroi cellulaire
—> dans le cytosol : sucres individuels
=> Ancres GPI (ancres glycosylphosphatidylinositol)
—> extrémité C-terminale des protéines
—> localise les protéines sur la face externe de la
membrane plasmique, souvent dans des
microdomaines spécifiques
—> réversible

Ponts disulfure
=> réaction de groupes cystéine-thiol (-SH) en disulfure -S-S- = cystine
—> non enzymatique
—> dépend des conditions environnementales
—> réversible
—> intra- et inter-moléculaire
=> Fonction :
—> stabilisation de structures 3D et de complexes Exemple : hormones
peptidiques riches en cystéine
—> fonction régulatrice ("interrupteur") Exemple : récepteur de l'acide
salicylique et co-activateur de la transcription NPR1
Autres modifications sur les AA

Phosphorylation
=> Phosphorylation de Ser/Thr/Tyr
—> La phosphorylation dépend de l'ATP : Kinases
—> déphosphorylation : phosphatases
=> La phosphorylation est la modification protéique réversible la plus fréquente
—> changement de charge
—> souvent changement de conformation
=> La phosphorylation régule
—> Activité de la protéine => activante ou inactivante ("interrupteur")
—> localisation subcellulaire - interactions protéiques
Les ancres lipidiques localisent les protéines sur les
membranes (non-intégral)

Addition de cofacteurs

=> cofacteur = composant non protéique dont une

protéine a besoin pour fonctionner
par ex. des ions métalliques inorganiques ou des
composés organiques comme les vitamines
=> Exemple : insertion co-traductionnelle de
chlorophylle, de phéophytine et de quinone dans la
protéine D1 du PSII
Conjugaison avec d’autres protéines
=> Les Ubiquitin-like proteins (UBLs) sont une famille de petites protéines régulatrices qui se lient généralement de
manière covalente aux protéines cibles
—> 7 familles chez les plantes : Ub, SUMO, NEDD8, ATG8, ATG12, MUB, UFM1, HUB1
—> Faible similitude dans la séquence protéique mais structure 3D similaire ("ubiquitin fold")

Ubiquitine (Ub)
=> 76AA = 8.6kDa
=> hautement conservé chez les eucaryotes
=> 7 résidus Lys
=> queue C-terminale
—> Motif gly-gly C-terminal
—> liaison isopeptidique avec les résidus Lys de la protéine cible
—> ubiquitination

=> Le motif Gly-Gly reste sur la lyse cible après la

digestion à la trypsine
=> Identification des sites d'ubiquitination par MS

Ubiquitine - code
=> Différents modèles d'ubiquitination possibles :
=> L'ubiquitine peut se lier aux résidus Lys d'une autre ubiquitine
—> Mono-, oligo- ou polyubiquitination (linéaire ou ramifiée)
—> Code de l'ubiquitine
—> détermine le "destin" de la protéine cible
 Conjugaison de l’ubiquitine par un complexe multi-enzymatique
=> Ubiquitination
—> séquence séquentielle de
- E1 = enzyme activant l'Ub
- E2 = enzyme conjuguant l'Ub
- E3 = ligase de la protéine Ub
- E4 = similaire à E3, allongement de la chaîne Ub
—> ATP-dépendante
=> L'ubiquitination est réversible
=> Dé-ubiquitination
—> DUB = enzymes déubiquitinantes
—> Spécificité pour la protéine cible déterminée par la ligase E3 (différents types, souvent des complexes
multiprotéiques)
—> Famille de protéines en forte expansion chez les plantes. Exemple Arabidopsis : 2x E1, 37x E2, mais >1400x E3

Mécanisme d’ubiquitination

Résumé de la modification des protéines

 Dégradation des protéines
Pourquoi les protéines doivent-elles être dégradées ?
Comment les protéines sont-elles dégradées ?
Rôle de la dégradation des protéines

=> les protéines mal repliées, mal

localisées, dénaturées ou "endommagées
=> composants excédentaires de
complexes multiprotéiques
=> absence d'intégration de cofacteurs
=> dégradation sélective nécessaire pour
l'activation ou la désactivation d'une
fonction biologique

La dégradation des protéines par protéases

=> Protéase (également peptidase ou protéinase) : Enzyme
qui catalyse la protéolyse, c'est-à-dire la rupture des
liaisons peptidiques des protéines en polypeptides plus
petits ou en acides aminés individuels.
=> Classification :
=> selon le mécanisme catalytique (nommé d'après la
chaîne latérale de l'acide aminé ou l'ion métallique dans le
centre actif)
- Protéases à aspartate
- Protéases à cystéine
- sérine/thréonine protéases
- métalloprotéases
=> selon le mode de coupe :
- exoprotéases : à l'extrémité N-/C-terminale
- Endoprotéases : internes
=> la protéolyse peut être spécifique (protéine cible
déterminée) ou non spécifique (toutes les protéines)

=> environ 700 protéases et plus de 1000 autres protéines dans des voies protéolytiques chez Arabidopsis, dans tous
les compartiments cellulaires et l'apoplaste
Système ubiquitine-protéasome (UPS)
=> voie intracellulaire importante pour la protéolyse sélective dans le cytosol et le noyau cellulaire
=> marquage sélectif des protéines cibles pour la dégradation par poly-ubiquitination
=> système ubiquitine-protéasome (UPS) : voie multi-enzymatique toutes les protéines nécessaires à la conjugaison de
l'Ub et à la protéolyse ainsi que leur régulation
=> protéasome 26S = complexe multiprotéique
- complexe catalytique 20S ("core" ; 2x 7a et 2x 7b)
=> alpha = "gate" ; béta = plusieurs centres actifs
- sous-unité régulatrice 19S ("cap")
Les motifs degron régulent la dégradation des protéines
=> Motifs degron = signaux de dégradation : courts motifs de séquence protéique aux extrémités des protéines qui
régulent la dégradation des protéines.
—> N-dégrons (N-end rule pathway) et C-dégrons
—> reconnaissance spécifique par certaines ligases E3 de l'UPS

=> souvent, les dégrons sont accessibles à la reconnaissance par les ligases E3 en raison d'un mauvais repliement, d'un
manque de formation de complexes, de modifications post-traductionnelles, de changements conformationnels ou
seulement par l'activité de la protéase
Rôle de l’UPS dans la transmission du signal hormonal
=> le récepteur de l'auxine (TIR1) fait partie d'un complexe de ligases E3
—> l'auxine régule la dégradation UPS des protéines répressives AUX/IAA
—> l'auxine induit l'expression génique en levant l'inhibition

=> l'auxine agit comme une "colle moléculaire" (molecular glue) : médiatise l'interaction de TIR1 et des
protéines AUX/IAA

Pourquoi cette stratégie peut-elle être

bénéfique pour la cellule, malgré la
dépense d'énergie "inutile" ?
 Rôle de la dégradation des protéines — autres exemples tirés des plantes
=> assemblage correct de complexes protéiques => intégration correcte de cofacteurs

=> accumulation coordonnée des grandes et petites

sous-unités de Rubisco
=> si SSU >> LUS, le SSU est rapidement dégradé
Endocytose et dégradation vacuolaire des protéines membranaires
=> Les protéines membranaires intégrales sont endocytées
après ubiquitination et transportées vers la vacuole pour
être dégradées.
=> Exemple : récepteur des brassinostéroïdes (BR) BRI1 et
corécepteur BAK1 ; ubiquitination par les ligases PUB E3

=> Exemple : les récepteurs EFR et FLS2 se localisent dans

les endosomes après activation des ligands par les peptides
elf18 et flg22, respectivement.
 Autophagie
=> autophagie : voie de contrôle de la qualité pour éliminer les macromolécules indésirables ou en excès
—> séquestration de la "charge" dans des compartiments à double membrane nouvellement formés =
autophagosomes
—> fusion avec la vacuole pour dégradation/recyclage
=> Organes entiers, composants cellulaires, lipides/membranes, ARNr, complexes de protéines (par ex. protéasome),
agrégats de protéines, composants de nucléus, etc.
=> Cargo-spécifique => marqueur ATG8 et récepteurs d'autophagie
—> Recyclage du matériel cytosolique et maintien de l'homéostasie cellulaire pendant la croissance, le
développement et en réponse à différents facteurs de stress

Résumé

=> Protéostasie
=> Les PTM régulent la localisation, la fonction et la stabilité des protéines.
=> 2 voies principales de dégradation/recyclage des composants cellulaires :
—> système ubiquitine-protéasome : dégradation sélective des protéines
—> Autophagie : dégradation sélective des composants cellulaires et des macromolécules (protéines, lipides, glycanes).