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05 B : Trafique intracellulaire des protéines dans les cellules animales (cellules de
mammifères)
La cellule de mammifère peut comporter jusqu’à 20000 protéines différentes et la levure 5000
protéines différentes.
- la lumière du RE
- le cytosol
- la membrane plasmique
- les lysosomes
- les mitochondries
- les peroxysomes
- le noyau
Rmq : c’est dans ces compartiments que les protéines acquerront leurs conformations natives et
donc aquerront leur activité
Ces protéines n’exerceront leur fonction biologique que lorsqu’elles atteignent leur destination
finale.
Ex : une hormone agira sur sa cellule cible que si celle-ci a exporté des récepteurs spécifiques à la
membrane plasmique.
Ex : les ARN polymérases ou les facteurs de transcription, nécessaire pour la transcription des gènes
doivent être exportés dans le noyau.
Ex : la catalase une enzyme de défense des cellules eucaryotes doit être exportée dans les
peroxysomes.
Ex : les enzymes
protéolytiques dans les
lysosomes.
Ces différentes
localisations de
protéines nécessitent
un tri à plusieurs
niveaux. Ce tri ou
adressage à leur
destination correcte
exige de nombreux
signaux de guidage.
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CHAPITRE 1 : ADRESSAGE DES PROTEINES MITOCHONDRIALES
I. Introduction
Les mitochondries grossissent durant toute l’interphase, en incorporant des lipides ainsi que des
protéines nouvellement synthétisées sur des ribosomes, cytosolique pour la plupart. A une certaine
taille, ces organites se divisent par clivage d’un bourgeon né de l’organite mère. La mitochondrie
doit donc importer des protéines du cytosol. Elle possède deux membranes (interne et externe entre
c’est 2 mb ce trouve la matrice mitochondriale). Jamais une vésicule de transport ne fusionne avec
ces membranes.
- quel est le rôle de l’ADN mitochondrial et comment son expression est coordonnée à celle de l’ADN
nucléaire ?
Les mitochondries sont des organites qui possèdent deux membranes et une matrice
mitochondriale. Ces organites sont impliqués dans la biosynthèse d’énergie sous forme d’ATP, par
phosphorylation oxydative, au niveau de la chaîne respiratoire. Ces organites croissent et se divisent
indépendamment du noyau. Elles croissent en incorporant des lipides et des protéines durant
l’interphase du cycle cellulaire. A mesure qu’elles grossissent, de jeunes mitochondries
bourgeonnent puis se détachent, comme une bactérie qui grossit et se divise.
Le nombre de mitochondrie depends de l’activité des cellules plus une cellule est activent plus elle
aura besoin d’énergie donc plus il y aura de mitochondries formé par bourgoenement similaire a la
divisions bactérienne, il sans suivra un processus de fisions mitochondrial qui permettra au
mitochondrie de ce multiplié suite a leur augmentation de volume durant l’interphase.
Les mitochondries sont facilement observables au microscope optique par mise en évidence de leur
ADN mitochondrial grâce à une molécule fluorescente qui s’intercale entre les bases de l’ADN.
L’observation se fait ensuite par microscopie à fluorescence, qui possède une lampe UV qui excite le
fluorochrome, qui émet alors une longueur d’onde d’émission dans la fluorescence. Les
mitochondries sont observables ensuite sous forme de ponctuation dans la cellule. L’ADN
mitochondrial siège dans la matrice mitochondriale, ancré parfois à la membrane interne. Cet ADN
se réplique durant toute l’interphase.
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Au moment de la mitose, chaque cellule fille reçoit à peu près le même nombre de mitochondries et
la même quantité d’ADN mt. Toutefois, il n’existe pas de mécanisme qui répartisse exactement le
même nombre de molécules d’ADNmt à chaque cellule.
Parmi les êtres vivants, la taille de l’ADN mitochondrial varie, le nombre et la taille des protéines
codées par lui et jusqu’au code génétique mitochondrial sont également variables. L’ADNmt humain
qui est circulaire, possède une séquence d’environ 16600 paires de bases. Il code des ARN r
composant les ribosomes mitochondriaux, certaines protéines composant la chaîne respiratoire
telles que des sous-unités de la cytochrome oxydase, 7 pour le complexe NADH coenzyme Q
réductase et certaines sous-unités de l’ATPase. Les protéines codées part l’ADN mitochondrial sont
synthétisées sur les ribosomes mitochondriaux. Mais la plupart des protéines mitochondriales sont
synthétisées sous forme de précurseurs dans le cytosol. C’est ce que nous allons voir maintenant.
1. Présentation générale
La plupart des protéines nécessaires à la phosphorylation oxydative sont synthétisées sur les
ribosomes cytoplasmiques et sont ensuite importées dans la mitochondrie. Les ADN et ARN
polymérases mitochondriales sont elles-mêmes synthétisées dans le cytosol et comme la plupart
des protéines ribosomiales mitochondriales.
Certaines protéines d’origine cytosolique mais agissant dans la mitochondrie, sont transportées
dans l’espace intermembranaire (ex : cytochrome c), d’autres insérées dans la membrane externe
(ex : la porine mitochondriale), d’autres encore sont transportées à la membrane interne (ex :
protomères du complexe coenzyme Q-cytochrome c réductase, la thermogénine une protéine
découplant existe très faiblement chez l’homme mes fortement chez les animaux hyvernant).
Mais la majeure partie de ces protéines est transportée dans la matrice mitochondriale, notamment
les ARN et ADN polymérases, des protéines ribosomiales, des protomères de l’ATPase F1.
L’importation des protéines mitochondriales nécessitent de l’énergie, comme nous le verrons plus
loin. (élement de comparaisons dans le transport selon les compartiment du au gradient
energetique présent dans certain organite. Très peut d’énergie nécessaire pour faire passer les
protéines dans le noyaux)
Cette importation peut être mise en évidence par une méthode utilisant un acide aminé radioactif
afin d’effectuer un marquage court ou pulse, que l’on fait suivre d’une chasse, c'est-à-dire on utilise
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l’équivalent de l’acide aminé radioactif, mais froid et en excès afin d’arrêter la synthèse de
précurseur de la protéine mitochondriale radioactif.
Pendant la période de chasse, on peut observer la plupart des protéines mitochondriales destinées
dans les différentes régions de la mitochondrie, par autoradiographie en microscopie électronique.
Des expériences
complémentaires de biologie
moléculaire, qui consistent à
déléter les ADNc de protéines
qui ont été montrées
mitochondriales, par la méthode précédente, afin de mettre en évidence les séquences d’adressage
qui conduisent les protéines dans les différents compartiments de la mitochondrie.
Cette dernière méthode a permis de mettre en évidence que les protéines mitochondriales,
destinées à la matrice, l’espace intermembranaire ou à la membrane interne, portent à l’extrémité
N-terminale une séquence supplémentaire, qu’on ne retrouve plus dans la protéine mature.
Cette séquence d’importation comprend au moins une séquence d’aiguillage qui oriente la protéine
vers sa position finale.
C’est uniqument la séquence n-terminale qui permet l’adressage dans la mitochondrie. Ce test de
translocation fonctionne dans tous les organites ou ce trouve des protéines.
1. Les séquences N-terminales signal responsable du transport des protéines vers la matrice
mitochondriale
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Ces séquences représentent entre 20 et 50 AA, qui se présentent sous la forme d’une hélice avec
des résidus Arg et Lys sur un côté et
donnant une charge globale plutôt
positive sur ce côté, puis des résidus
hydrophobes sur l’autre côté.
La protéine destinée en rentré dans la matrice mitochondriale est traduite dans le cytosol qui a
besoins pour passer dans les 2 mb de la mitochondrie d’être déplier grace a l’utilisation d’energie
sous forme d’ATP. Il y aura intervention de chapperone qui vont permettre au protéine de ce
dérouler completement.
Une séquence signal sera reconnue par a un recepteur mb Tom (transporteur de la membrane
externe mitochondriale) Tom 40 kd. C’est a Travers de TOM que la protéine glisse en utilisant de
l’ATP. Il y a ensuite intervention d’un 2nd transporteur TIM ( transport de la membrane interne). Une
fois que la protéine ce retrouve dans la matrice mitochondriale il y aura élimination de la séquence
signal qui sera clivé par une protéase. ( les protéine mitochondriale ne contiennent pas de séquence
signal) la protéine i acquière ca structure natif et ca fonciton grasse l’intervention d’HSP ou d’HSC
ainsi que d’ATP
Après la synthèse dans le cytosol, les précurseurs des protéines mitochondriales, solubles,
possèdent donc leur séquence d’aiguillage ou d’acheminement à la matrice du côté N-terminal.
Les protéines se présentent sous une forme partiellement repliée et doivent donc se retrouver sous
une forme totalement dépliée pour être importées dans les mitochondries.
Pour se faire, ces protéines sont alors prises en charge, d’une manière ATP dépendante par une
protéine appartenant à la famille des protéines de choc thermique ou HSP cytosolique.
Dans le cas des protéines mitochondriales, c’est la HSP70 encore appelée HSC 70, qui est
l’homologue de l’HSP 90 exprimé constitutivement.
C’est protéine doivent être sur leur forme totalement déplié pour traverser la mb mitochondriale
elle devront passer 2 membrane.
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Cette molécule chaperone, qui utilise l’énergie issue de l’hydrolyse de l’ATP pour maintenir le
précurseur sous une forme déployée et stabilisée.
Rem : Ne pas confondre avec chaperonines qui sont des protéines qui sont importantes dans le
repliement des protéines. Sous cette forme dépliée, la protéine associée à l’HSP70, peut alors
interagir par sa séquence signal mitochondriale, avec un récepteur de la membrane externe
mitochondriale. Ces récepteurs ont été identifiés la 1ère fois grâce à des anticorps qui étaient
capables de bloquer l’importation des protéines dans des mitochondries. Ces anticorps ont ensuite
été utilisés pour purifier et identifier les protéines de la membrane externe mitochondriale.
Les séquences N-terminales ciblant la matrice mitochondriale sont reconnues par des protéines
appelées Tom pour Translocon of outer membrane, Tom 20 et 22. Ces protéines d’importation Tom
20 et 22 transfèrent ensuite les protéines précurseurs à une autre protéine formant un tunnel au
niveau de la membrane externe
Cette méthode que nous allons décrire après, a permis de montrer que :
- que les précurseurs ne pénètrent qu’en de rares sites, là ou se collent les deux membranes,
externe et interne.
L’expérience a donc consisté à utiliser les techniques de biologie moléculaire, en construisant une
protéine hybride formée d’une séquence N-terminale de ciblage de la matrice. La séquence N-
terminale de ciblage de la matrice de l’alcool déshydrogénase est fusionnée à la partie N-terminale
de la dihydrofolate réductase (DHFR) (impliqué dans la synthése de nucléotdie), qui est une
protéine qui est strictement cytosolique. Entre la partie séquence cible et la protéine DHFR, on a
rajouté une séquence espaçante de 50 AA dépourvu de fonction. Cette protéine est produite en
système acellulaire, c'est-à-dire dans un tube à essai contenant un lysat riche en ribosomes auquel
on ajoute les AA, les ribonucléotides et l’ARN polymérase pour synthétiser la protéine de fusion à
partir de l’ADNc. En présence de mitochondries purifiées et d’un inhibiteur metrotrexate de la
DHFR, cette protéine est incapable de se retrouver dans la matrice mitochondriale. Seule la
séquence cible est clivée par l’action de la protéase mitochondriale. Ceci est du au fait que
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l’inhibiteur, qui est le méthotrexate, se fixe sur le site actif de la DHFR qui est situé du côté C-
terminal de la protéine. Cette fixation du méthotrexate empêche donc la protéine de se déployer en
présence des chaperones cytosoliques. Ceci est visible en microcopie électronique à l’aide d’un
anticorps marqué avec des particules d’or, qui reconnaît spécifiquement la partie C-terminale de la
DHFR. On observe alors des particules d’or accumulées du côté extérieur de la membrane externe
mitochondriale. Lorsque l’on élimine le méthotrexate, la DHFR est donc déployée correctement, en
présence des HSP70 cytosolique et traverse ainsi les deux membranes. Ceci est confirmé en
microscopie électronique avec l’anticorps précédent montrant un marquage dans la matrice
mitochondriale.
Si la protéine ne peut pas ce déplier a cause d’un inhibiteur elle ne se passera jamais par les 2
transporteur Tom et Tim et ne ce retrouvera jamais dans la mitochondrie.
VI. Importation des protéines du cytosol dans les autres compartiments de la mitochondrie
Contrairement aux protéines de la matrice mitochondriale, celles qui doivent se localiser dans
l’espace intermembranaire, dans la membrane interne ou externe de la mitochondrie possèdent au
niveau de leur précurseur plusieurs séquences d’adressage vers l’un de ces compartiments
mitochondriaux. Voici des exemples de protéines matricielles :
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Sequence d’adressage matrissage éliminé par une protéase dans la protéine définitivent
La voie A pocédera plusieur séquence interne qui ne seront pas reconnu par les méme transporteur
au niveau de la membranne externe de la mitochondrie
V B Séquence
matircielle plus
séquence interne
reconnus par une
protéine oxa
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2. Mécanisme d’importation des protéines de la membrane interne mitochondriale Il existe trois
voies différentes qui conduisent une protéine du cytosol vers la membrane interne des
mitochondries.
De même, durant ce transfert des protéines vers Tim23/17, la Hsp70 joue un rôle similaire à celui
pour l’importation des protéines solubles matricielles. La sous-unité CoxVa est ainsi intégré dans la
membrane interne et est transférée latéralement au sein de la bicouche lipidique de la membrane
interne du fait de la présence de la séquence stop de transfet qui est hydrophobe.
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La voie B :
Séquence matircielle plus séquence interne reconnus par une protéine oxa,
OXA 1 est retrouvé chez les bactéries intervient aussi dans l’insertion des
protéine dans la mb bactérienne sous la parois ce qui explique que l’on
supose que les mitochondrie sois une bactérie ancestrale capté par
endosymbiose chez les eucaryotes.
Le transfert de ce précurseur est toujours dépendant des protéines Tom20/22 et du pore général
d’importation Tom40 de la membrane externe, puis du pore Tim 23/17 de la membrane interne.
Après clivage de la séquence d’adressage vers la matrice, la protéine est ensuite insérée dans la
membrane interne par un mécanisme faisant intervenir la protéine Oxa 1. Oxa 1 est une protéine
similaire à celle que l’on trouve chez les bactéries, qui intervient dans l’insertion des protéines
bactériennes dans la membrane bactérienne sous la paroi. Cette similitude est sans doute reliée à
l’hypothèse que la mitochondrie descend d’une bactérie endosymbiotique des cellules eucaryotes.
Rem : Oxa 1 participe également à l’intégration de certaines protéines, comme par exemple la sous-
unité II de la cytochrome oxydase, qui est codée par l’ADN mitochondrial et synthétisée dans la
matrice mitochondriale par des ribosomes mitochondriaux.
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La voie C :
VC : il n’ya pas de séquence d’adressage de la matrice mithocondriale il y aura un certain nombre de séquence
interne repétere qui reconnaitra leur transport. Utilisation de différente protéine de reconnaisance avant
d’étre intégré dans la mb interne.
Cette voie est empruntée par des protéines, qui possèdent dans leur structure, plusieurs domaines
transmembranaires leur permettant de s’intégrer dans la membrane interne. Ces protéines ne possèdent pas
de séquence d’adressage vers la matrice mitochondriale du côté N-terminal, mais possèdent de multiple
séquences internes d’adressage.
Il n y que les pocédent divers domaine transmembranaire possédant des séquence amphibilie ( aa hydrophile
+ hydrophobe) qui utilise la voie C ( domaine représenté en rouge) ce qui permet d’interagir avec les
phospholitpide de la mb interne
Nous prendrons l’exemple de l’antiport ADP/ATP. Ces séquences internes sont tout d’abord reconnues par une
protéine de la membrane externe appelée la protéine Tom 70, et non par les Tom20/22. Cette interaction avec
Tom 70 (mb externe reconnait un certain nobmre de séquence interne) permet au précurseur de franchir le
pore général d’importation de la membrane externe, Tom 40. Le précurseur est ensuite transféré à un second
complexe protéique de translocation, localisé au niveau de la membrane interne, constituée des protéines Tim
22 et Tim 54 ( protéine différente des précedente spécfique des séquence interne dans la protéine , la
reconnaisance de c’est séquence interne enterne le transfert direct). Ce transfert est dépendant de la
présence d’un complexe multimérique, composée de deux protéines différentes, appelées Tim 9 et Tim 10, qui
sont localisées dans l’espace intermembranaire, ces protéines agissent comme des molécules chaperones pour
guider les protéines importées du pore général d’importation vers le complexe Tim 22/54. C’est ce complexe
Tim 22/54 qui est responsable de l’intégration des différents segments hydrophobes de la protéine dans la
membrane interne.
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3. Mécanisme d’importation des protéines du
cytosol dans l’espace inter membranaire
mitochondrial
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interne cette séquence sera reconnue par une protéas localisé au niveau de la mb interne qui
reconnaitra spécifiquement la séquence d’adressage et clivera la protéine juste au dessus de celle-ci
(etpae 3) libération dans l’espace inter mb
La principale voie est empruntée par des protéines dont les précurseurs
possèdent deux séquences d’adressage différentes, du côté N-terminal,
qui sont ensuite clivées. Nous prendrons l’exemple du cytochrome b2.
La deuxième voie correspond aux protéines qui ne possèdent pas de séquence d’adressage vers la
matrice.
Elles ne contiennent qu’une séquence d’adressage pour l’espace inter membranaire. Nous
prendrons l’exemple de la cytochrome c heme lyase, une enzyme qui est responsable de la liaison
covalente de l’hème au cytochrome c. ( laisons d’un noyaux héminique a la partie protéique du
cytocrhome C)
Dans cette voie, la protéine est transférée directement dans l’espace inter membranaire via le pore
général d’importation de la membrane externe, c'est-à-dire Tom40. Cette voie n’exige pas non plus
de facteurs de translocation au niveau de la membrane interne, ni d’énergie issue de l’hydrolyse
d’ATP. Il n’est pas encore connu si l’enzyme, dans l’exemple que nous avons pris, est prise en charge
dans l’espace inter membranaire par une autre protéine ou complexe protéique.
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4. Mécanisme d’importation des protéines de la membrane externe mitochondriale
Nous prendrons l’exemple le plus connu, celui de la protéine appelée Porine mitochondriale ou P70,
synthétisée dans le cytosol. Cette protéine possède une courte séquence d’adressage vers la matrice
mitochondriale, qui est suivie par une longue séquence hydrophobe très longue par rapport au
protéine localisé dans la mb interne ce qui peremttra de stopé le transfert au niveau de la protéine
TOM40 une fois que cette protéine est prise en charge par tom40 la présence de cette longue
séquence fait qu’elle est transferer toute suite dans la mb externe de la mitochondrie, aucune
séquence n’est cliévé si on isole la Protéine P70 on trouvera la séquence d’Adressage.
C’est un organite uni membrannaire transfet de protéine limité a une seule mb ne posséde pas
d’ADN nie de ribosome l’importation des protéines est strictement nécessaire pour le role des
peroxysomes car elle seront toute codé par des gènes nucléaire. Organite facilement repairer par
leurs densité en protéine.
Les peroxysomes sont des organites cytoplasmiques de 0,2 à 1 µm de diamètre. Ils sont bordés
d’une seule membrane et ne possèdent pas d’ADN, ni de ribosomes. Ils sont présents dans toutes les
cellules aérobies. Leur taille et leur composition en enzymes dépendent beaucoup du type cellulaire
ainsi que de l’espèce étudiée.
C’est dans les hépatocytes, que l’on rencontre le plus de peroxysomes par cellule. Leur découverte
par des techniques biochimiques a reposé sur la détection d’oxydases produisant ou non de l’H2O2
et par la mesure des activités des enzymes dégradant cet H2O2., comme la catalase, enzyme
strictement peroxysomique.
Les peroxysomes sont impliqués dans le catabolisme oxydatif de nombreuses substances comme les
acides gras à très longue chaîne, essentiellement poly-insaturés, les dérivés du cholestérol
transformés en acides biliaires, les acides aminés D et L, les bases puriques et les polyamines. Ils sont
aussi impliqués dans plusieurs voies de biosynthèse, comme celle du dolichol ( transport des
protéine au niveau du réticulum endoplasmique, il est synthétisé au niveau du peroxysome), du
cholestérol, ainsi que dans les deux premières étapes de la synthèse des plasmalogènes. Les
peroxysomes de rat renferment un cristalloïde d’urate oxydase qui n’existe pas chez l’homme. La
dysgenèse (absence totla de peroxysome et/ou le dysfonctionnement des peroxysomes,
correspondant à des mutations qui empêchent l’assemblage correct des peroxysomes, entraînent
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l’apparition de maladies graves, telles que le syndrome de Zellweger ( absence de protéine dans le
peroxysome) et l’adrénoleucodystrophie meurs des enfant en bas age.
Les peroxysomes contiennent une concentration élevée en protéines, ce qui donne un aspect très
dense lorsque l’on observe ces organites au microscope électronique. Toutes ces protéines
peroxysomiques, qu’elles soient dans la matrice ou dans la membrane de l’organite, sont toutes
importées du cytosol, car elles sont toutes codées par des gènes nucléaires et synthétisées par des
polyribosomes libres dans le cytosol. Dans le syndrome de Zellweger, les protéines ne gagnent plus
normalement les peroxysomes. Les enzymes restent dans le cytosol et sont rapidement dégradées,
donc peu ou pas fonctionnelles deficiences métaboliques importante.
Catalase libéré de l’eau oxygéné ce qui permet également d’identifier les peroxysomes
L’importation des protéines dans les peroxysomes, telle que la catalase ou les enzymes impliquées
dans le métabolisme des acides gras par exemple, l’acyl coenzyme A oxydase, repose sur la présence
d’une séquence de trois acides aminés à l’extrémité C-terminale de la séquence. Cette translocation
peut être mise en évidence, comme nous l’avons vu pour les mitochondries, par un test de
translocation. Ces trois acides aminés sont Sér-Lys-Leu, en abréviation SKL en Cter. L’addition de
cette séquence à l’extrémité C-terminale d’une protéine strictement cytosolique entraîne sa
localisation dans les peroxysomes. Cette séquence est appelée séquence d’adressage
peroxysomique, en anglais PTS 1 pour peroxisomal targeting Sequence
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Nous prendrons comme exemple celui de la catalase. Le syndrome de Zellweger est une pathologie
liée à une anomalie dans le transport de beaucoup de protéines du cytosol dans la matrice
peroxysomique ce transfert ne ce faisant pas.
Les enzymes restent dans le cytosol et sont donc rapidement dégradées, ce qui se traduit par des
pertes de fonctions métaboliques dans les cellules, ex des hépatocytes, et donc à la mort cellulaire.
Cette maladie conduit à la mort suite a une perte de fonction métabolique des peroxysome . Cette
pathologie a permis d’isoler des mutants au niveau de certaines protéines, potentiellement
impliquées dans la translocation et qui se présentent sous la forme de canaux.
. La mutation dans le gène codant une de ces protéines ne permet pas la translocation de la catalase
dans la matrice peroxysomique. Les cellules provenant de ces patients présentant une de ces
mutations, possèdent des peroxysomes vides de protéines. Par contre, ces peroxysomes possèdent
des protéines localisées au niveau de la membrane de l’organite. Les chercheurs disposé
d’hépatocyte ou des fibroblaste de patient dans lequels ils ont chercher des mutation.
Ces mutations ont donc permis de montrer le rôle des protéines Pex 2, 10 et 12 dans le transport des
protéines du cytosol dans la matrice du peroxysome. Mutation touchant le systéme de transport des
protéine vers la matrice paroxysmique (plusieurs combinaisons de mutation retrouver) c’est grace a
c’est model cellulaire qu’on a comprise le role de pex 2 10 et 12 dans le transport des protéine. Une
fois que Pex5 + prote et reconnu par pex14 , pex 14 le transport au systéme de transport par des
relation d’affinité au transporteur pex1 2 10 et 12 par l’intermédiaire d’hydrolise de l’ATP pour le
transporté dans la matrice mitochondriale. Pex5 sera recylcer pour a nouveau transporté une
protéine.
Il faut remarquer que dans cet adressage de protéines cytosoliques dans la matrice paroxysmique, la
protéine est transportée sous sa conformation native et ne subit donc pas de refolding dans
l’organite.
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PMP70 ( peroxysomal membrane protéine de 70 KD), il existe très peut de prot mb au niveau des
peroxysome, il en existe certaine qui sont impliqué dans la synthèse de nouveau peroxysome
( biogénèse)
Il existe d’autres mutations du syndrome de Zellweger, qui ont permis de montrer l’importance de
certaines protéines peroxysomiques dans l’insertion des protéines de la membrane des
peroxysomes.
Pex3 : syndrome de zellweger lourd mort des enfants a la naissance. Un mutation de ce gène
entraine une absence de
peroxysome dans les cellules.
pex 3 est impliqué dans la
biogènése de c’est organites.
(Mutation létale de Pex3 mais
pas forcément au niveau des
autre Pex) pex 3 muté forme
la plus grave du syndrome de
Zellweger.
Pex1 = Pex2 12 10 (mb des peroxysomes) si pex3 est muté elle ne se retrouve pas dans la mb de
l’organite chez un patient muté PEX3 ( pas d’importation possible)
Pex3 : est importante dans les mécanisme d’importation des protéine vers la mb des peroxysomes
on supose que cette protéine reconnais des séquence hydrophobe au niveau de la mb des
peroxysome et block leur passage vers la matrice et entrainerait ca localisation au niveau
membranaire. Pex3 a un role centrale Grace a la découverte de la mutation de Pex3 on a mieux
compris le mécanisme de biogénèse des peroxysomes on sais que c’est une des 1 er protéine
indispensable pour permettre l’assemblage des MB
I. Introduction
Le noyau occupe plus d’un tiers du volume de la cellule. Ce volume varie en fonction de l’activité
cellulaire. Plus une cellule sera active plus le noyau sera important
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Dans le noyau il ce fait uniquement la transcription des gènes suite a leurs expressions. Toutes les
protéines seront traduite dans le cytosol puis importé dans le noyau.
Toutes les protéines nucléaires doivent donc être synthétisées dans le cytosol et ensuite acheminées
dans le noyau.
C’est le cas des protéines formant le squelette nucléaire, avec les lamines.
C’est le cas des histones, des protéines ribosomiques incorporées aux ribosomes au niveau
du nucléole
C’est le cas des enzymes impliquées dans la réplication, comme les ADN polymérases, dans
la transcription, comme les ARN polymérases, les enzymes impliquées dans la réparation de
l’ADN.
C’est le cas également des protéines impliquées dans l’activation de la transcription comme
les facteurs de transcription ou les récepteurs nucléaires.
C’est le cas également des composants protéiques des RNPpn (petites particules
ribonucléoprotéiques nucléaires) qui participent à l’épissage des ARNm pour former un complexe
protéique ribonucléaire messager ou RNPm. RNP aller dans le cytosol puis retour dans le noyau.
A l’inverse du transport des protéines dans la mitochondrie, le transport des protéines du cytosol
dans le noyau, ou inversement, ce sont des protéines sous conformation native qui sont transférées,
ou des particules totalement assemblées comme les RNPpn. Ce transfert se fait à travers les pores
nucléaires d’une nature très différente des tunnels permettant le franchissement des protéines à
travers la mitochondrie et les peroxysomes. ( pore nuclaire peut laisser passer des structure d’une
taille importante sous unité du ribosome)
1. Mise en évidence
Des expériences d’injection de substances radioactives dans le cytosol d’ovocyte de grenouille (1mm
de diamètre), puis mesure de la radioactivité incorporée dans le noyau a permis de mettre en
évidence l’existence probable de pore nucléaire.
On observa ensuite la diffusion de saccharose radioactif injecté dans le cytosol diffuse à grande
vitesse dans le noyau. De même, des protéines globulaires de différentes tailles du cytosol dans le
noyau, diffusent à travers ces pores nucléaires. Ces travaux ont permis de montrer que des
protéines, jusqu’à 60 kDa pouvaient diffuser librement du cytosol dans le noyau.
En fait, des protéines plus grandes ou même des particules sont capables de traverser le pore
nucléaire. C’est le cas de la nucléoplasmine, une fois injectée dans le cytosol d’ovocyte de grenouille.
Couplée à une particule d’or (immunogold), on peut ensuite l’observer dans la cellule par
microscopie électronique. Cette protéine présente une structure sous forme d’un pentamère de 165
kDa.
C’est une protéine qui participe à la restructuration de la chromatine lors des mitoses successives qui
suivent la fécondation. Son importation rapide du cytosol dans le noyau a suggéré l’existence d’une
importation spécifique et liée à une source d’énergie. Si on injecte dans le noyau d’ovocyte de
grenouille, des ARN de transfert ou des ARN ribosomiques, couplées à des particules d’or, ils sont
rapidement renvoyés dans le cytosol, ce qui suggère l’existence d’une exportation de certaines
molécules, dont les ARN. On a montré que la petite et la grande suis unité du ribosomes sont capable
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de passé a travers le pore nucléaire. Les RNP permettent le passage des ARNm du noyaux vers le
cytosol a travers les pore nucléaire.
2. Structure
Ce pore traverse l’enveloppe nucléaire faite de deux membranes interne et externe. ( ressemble a
un pagnet de basket)
Chaque pore est formé d’une structure complexe de plusieurs protéines, donnant une masse
moléculaire d’environ 125 millions de daltons (observable en microscopie électronique) , chez les
vertébrés, c'est-à-dire 30 fois plus
grand qu’un ribosome. Ce complexe
est constitué de 50 protéines
différentes chez la levure et jusqu’à
100 chez les vertébrés, qui sont
appelés nucléoporines.
L’observation en microscopie
électronique d’un pore nucléaire
révèle un aspect octogonal, par sa
structure centrale d’où partent de
longs filaments ( prennent très bien le
constraste) qui s’étendent dans le
nucléoplasme d’un côté et dans le
cytoplasme de l’autre. Du côté
nucléoplasmique, ces filaments se
rassemblent pour former une sorte de
panier. La membrane nucléaire interne est rattachée à la lamina, qui permet une stabilisation de ce
pore nucléaire.
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III. Le mécanisme d’importation des protéines dans le noyau
Toutes les protéines que l’on trouve dans le noyau, sont synthétisées dans le cytoplasme. Elles
sont ensuite importées dans le noyau. Si on considère la nucléoplasmine, que l’on injecte dans le
cytosol d’ovocyte de grenouille, on la retrouve dans le noyau. Si maintenant on lui ampute
l’extrémité C-terminale par digestion à l’aide d’une protéase spécifique, on ne la retrouve jamais
dans le noyau.
Si on ampute la protéine de son extrémité N-terminale, elle est toujours nucléaire. Il existe donc
une séquence en acides aminés dans la protéine responsable de son importation dans le noyau.
On l’appelle séquence de localisation nucléaire ou NLS Nuclear Localization sequence.
Les NLS sont riche en acide aminé basique (souvent des LYS et ARG qui ce suivent) Les NLS est
suffisante pour faire passer une protéine du cytosol vers le noyaux.
Si on mut la NLS la translocation nucléaire et bloqué. Cette NLS ne sera plus reconnu par le
systéme de transport.
20
2. Nature des séquences d’importation
La NLS a été ensuite identifiée dans de nombreuses protéines nucléaires, telles que des
récepteurs nucléaires, des facteurs de transcription et des enzymes. Beaucoup parmi elles
présentent des similitudes avec la NLS de l’antigène T, c'est-à-dire riche en AA basiques.
Certaines sont très différentes de la NLS de l’antigène T. C’est le cas pour les NLS identifiées dans
les RNP, qui a une nature hydrophobe ( mécanisme différent des autres protéines nucléaire)
En dehors de la NLS et du pore nucléaire, des expériences ont permis de montrer l’intervention
de protéines dans le mécanisme général d’importation des protéines dans le noyau. C’est à partir
d’une expérience de perméabilisation des cellules par une substance qui provoque des petits
trous dans la membrane, par ses propriétés non ioniques de détergent, que l’on appelle la
digitonine. Il faudra controler l’action du detergent. Réalisation d’une dénaturation
menager.Dans ce cas, les cellules se vident de leur contenu cytosolique, alors que l’enveloppe
nucléaire reste intacte ( le temps d’incubation est très important) . La suite de l’expérience
consiste ensuite à incuber les noyaux intacts avec une séquence synthétique NLS de l’antigène T
du SV40 couplée à un fluorocrhome.
Il existe donc des protéines cytosolique qui permettent de facilité le transport des protéine du
cytol vers le noyau.
Ran est une protéine G monomérique, qui existe sous deux conformations différentes :
une forme complexée au GTP actif (Guanidine tri phosphate), et une forme complexée
au GDP inactif, suite à l’hydrolyse du GTP en GDP. ( appartient a la famille RAS)
Les deux importines (impliqué dans l’importation des protéine nucléaire) forment un
hétérodimère qui est en fait un récepteur nucléaire d’importation.
o La sous-unité reconnaît la séquence NLS au niveau de la protéine à 2
transporter dans le noyau (cargo sur la figure).
o La sous-unité de l’importine forme la troisième partie du complexe.
21
Ce complexe tripartite ( importine Alpha / béta/ cargo)
diffuse alors au travers du pore nucléaire, en
interagissant, ceci grâce à l’importine , qui interagient
successivement avec une classe de protéines appelées
nucléoporines. Cette diffusion n’a pas besoin d’énergie
issue de l’hydrolyse d’ATP. Ces protéines sont trouvées
dans la partie formant un panier du côté du
nucléoplasme et au niveau des filaments du côté
cytoplasmique du pore nucléaire. Ces nucléoporines
sont riches en phénylalanine (F) et en glycine (G) d’où
on les appelle encore FG nucléoporines.
. La protéine destinée à rester dans le noyau est ainsi relarguée par l’importine dans le nucléoplasme.
Ce complexe repasse dans le cytoplasme en passant au travers du pore nucléaire, à nouveau par
l’intermédiaire d’interactions successives avec les répétitions FG des nucléo porines.
Dans le cytoplasme, la protéine Ran interagit avec une protéine appelée GTPase-activating protéine
ou Ran-GAP.
Cette protéine Ran-GAP est un des composants des filaments cytoplasmiques du pore nucléaire.
Cette interaction Ran et Ran-GAP stimule l’hydrolyse du GTP en GDP, ce qui entraîne en même temps
une dissociation de Ran-GDP avec l’importine.
La protéine Ran-GDP a besoin ensuite de retourner dans le noyau afin de perpétuer l’importation des
protéines du cytosol dans le noyau.
Pour cela, Ran-GDP est reconnue spécifiquement par un dimère de facteur de transport nucléaire 2
(NTF2), qui interagit aussi avec les répétitions FG des nucléoporines afin de traverser le pore
nucléaire par diffusions sans avoir besoins d’hydroliser l’ATP.
Dans le nucléoplasme, ce complexe Ran-GDP et NTF2 rencontre une protéine qui joue un rôle dans
l’échange du GDP en GTP au niveau de Ran. C’est pourquoi on l’appelle GEF( equivalent SOS) pour
guanine nucleotide-exchange factor. Cet échange est possible car la concentration nucléoplasmique
de GTP est plus forte que celle de GDP.
Sous sa forme GTP, Ran se détache alors de NTF2 et le NTF2 retourne dans le cytoplasme, librement
en repassant à travers le pore nucléaire grace a l’interaction de la sous unité B de l’importine avec la
répétion FG du pore nucléaire.
22
Rem : Dans tous les cas, les diffusions des différents complexes de protéines au travers du pore
nucléaire ont pour moteur la différence de gradient de leur concentration entre le compartiment
nucléaire et le compartiment cytoplasmique.
1. Mise en évidence
Certain composant on la capacité d’étre uniquement exporté ARN t ,ARNm
Certain composant peuvent êtres exporté puis importé.
Il existe un mécanisme
similaire pour
l’exportation des
protéines, des ARN de
transferts et des sous-
unités du ribosome du
noyau vers le
cytoplasme.
L’expérience a consisté à fusionner deux cellules, une cellule humaine appelée HeLa (cellules
cancéreuses) et une cellule de Xenope, à l’aide de polyéthylène glycol.
Les fusions cellulaire ce font suite a l’action du polyéthylène glucose en dégradant les mb.
Puis les auteurs ont incubé les cellules hybrides avec du cycloheximide pour bloquer la synthèse
protéique.
Les auteurs de cette expérience ont ainsi pu mettre en évidence à l’aide d’anticorps spécifiquement
dirigés contre deux RNP humaines, la A1 et la C, exclusivement exprimées dans les cellules HeLa et
présentes avant la fusion des deux cellules. ( une fois que la fusions est faite la synthése protéique
est bloqué par la cychloheximide)
L’anticorps anti-RNP A1 est marqué par un fluorochrome rouge tandis que l’anti-RNP C (RNP qui
reste dans le noyau) est marqué au fluorochrome vert. Ils ont remarqué par microscopie à
fluorescence que la protéine RNP A1 ( capacité de faire des navette entre le noyaux et le cytosol)
apparaissait dans les deux noyaux, alors que la C restait dans le noyau des cellules HeLa.
23
Cette expérience suggère donc que la RNP A1, contrairement à la C, est sortie du noyau provenant
des cellules HeLa pour se retrouver dans le cytoplasme de la cellule hybride, puis une partie est allée
dans le noyau des cellules de Xénope.
Ceci ne peut pas être dû à une synthèse de protéine par la cellule hybride puisque la synthèse de
protéine avait été bloquée par le traitement à la cycloheximide.
La RNPA1 a donc la capacité de faire des navette entre le cytoplasme et le noyaux cf ( bas de la
figure a droite présent dans les 2 noyaux de l’hydbride) comparé a la RNPC présent uniquement
dans le noyaux d’origine humaine.
Comme pour la NLS, ce sont des expériences de biologie moléculaire, appliquée sur l’ADNc des
protéines montrées être exportées du noyau vers le cytoplasme, qui ont permis de mettre en
évidence cette séquence, qui a ensuite été validé en la fusionnant à une protéine strictement et qui
normalement n’est pas exportée du noyau. 3 classes de NES ont été identifiées selon le type de
protéines:
une séquence riche en leucine ( retrouvé dans beaucoup de protéine nuclaire exporté),
trouvée chez une protéine qui est un inhibiteur d’une protéine kinase
pour les deux autres, aucune structure significative n’a été identifiée
Nous retrouvons la protéine Ran sous sa forme GTP et un récepteur spécifique d’exportation
nucléaire, localisé dans le noyau et appelé exportine, NTF , a la différence de l’importine on trouve
le complexe exportine qui est
composé de 2 sous unité
fonctionnera similairement a
l’importine une de c’est sous unité
reconnaitra spécifiquement les
séquence FG des nucléo porine au
niveau des pore nucléaire et
permettra le transfert du noyau dans
le cytosol. Le complexe exportine +
protéine a exporté doit ce faire avec
RAN GTP
1. Exportine1 :
forme un complexe
cargo avec Ran-GTP, ce
qui conduit à un
changement de conformation de cette exportine 1, qui peut ainsi reconnaître la
séquence NES au niveau de la protéine qui doit être exportée. Au travers
d’interactions successives entre l’exportine 1 de ce complexe avec les répétitions FG
24
des nucléoporines, l’ensemble peut ainsi traverser le pore nucléaire pour se retrouver
dans le cytoplasme. L’hydrolyse du GTP en GDP de Ran, sous l’action d’une protéine
GAP au niveau des filaments du pore nucléaire, conduit à une dissociation entre Ran
et l’exportine 1
Cette exportine ayant moins d’affinité pour la NES au niveau de la protéine exportée du
noyau, se dissocie d’elle. Et repasse dans le noyaux sans aide.
Comme nous avons vu pour l’importation, Ran est ensuite redirigé vers le noyau grâce à
NTF2 où il revient sous sa forme GTP le cycle recommence.
Le NTF est capable de navigué entre le cytosol et le noyaux en interagisant avec les
nucléoporine via leurs séquence FG en fonction des besoins.
Nous prendrons deux exemples, dont un qui sera revue en TD dans le cadre d’un exercice :
En général, les récepteurs nucléaires, sous forme homodimérique, sont séquestrés dans le
cytoplasme, en absence de leur ligand spécifique. Dans le cas des oestrogènes, c’est l’interaction de
leur récepteur avec une protéine chaperone comme la HSP90 qui empêche ce récepteur nucléaire de
passer dans le noyau.
En présence du ligand, dans notre exemple il s’agit d’un œstrogène comme l’oestradiol par exemple,
c’est la fixation de ce ligand sur son récepteur qui déclenche la translocation du couple ligand-
25
récepteur dans le noyau. C’est dans le noyau, que le récepteur aux oestrogènes se fixe sur un
élément de réponse aux oestrogènes, localisés dans la région promotrice des gènes cibles des
oestrogènes Cet élément de réponse correspond à une petite séquence de quelques nucléotides,
généralement palindromique
. Le domaine permettant au récepteur de fixer le ligand possède en plus une séquence NLS qui est
masqué en absence de ligands par l’interaction avec l’HSP 90
. Le changement de conformation suite à la fixation du ligand sur sont recepteur, démasque la NLS
suite à la libération de l’HSP 90. Cette NLS peut alors interagir avec la sous unité alpha de l’importine
et subir sa translocation ce qui aboutira a la fixation du complexe récepteur lifuand sur le DNA BD et
contient a la modification de l’expressions des gènes cibles.
Ces pour cela que en absence d’hormone on observe la présence du récepteurs dans le cytosol car
les HSP masque la séquence NLS.
IkB interagit avec le complexe p50/p65 au niveau de p50, en masquant son NLS.
Ceci empêche sa translocation dans le noyau. Généralement, c’est un signal extérieur de la cellule
( cytokines, facteur de croissance), comme un facteur de croissance ou une cytokine, qui par une
voie de signalisation cellulaire, que nous ne verrons pas ici, conduit à l’activation d’une kinase qui
phosphoryle IkB.
IkB est ensuite dégradé dans la cellule par un complexe enzymatique localisé dans le cytoplasme et
que nous verrons à la fin du cours, que l’on appelle le protéasome.
Lorsque IKB retient NFKB dans le cytosol en masquant ca séquence NLS ce qui empêchera ce
complexe de passé dans le noyaux. C’est la phosphorylation d’IKB qui en induisant un changement
de conformation demasquera la NLS au niveau de NFKB qui sera transporté dans le noyaux.
26
NFKB pourra également ressortir du noyau. Cette export n’est possible que suite a des modification
post traductionelle. Les phosphorylation augmente l’affinité des facteur de transcription pour
l’exportine.
Rem : C’est parfois des modifications post-traductionnelles comme la phosphorylation qui peuvent
augmenter l’affinité des récepteurs nucléaires ou encore des facteurs de transcription pour
l’exportine, ce qui leur permet de sortir du noyau
Les mutants de levure, avec des mutations au niveau des sous-unités de cette protéine exportatrice
ont une accumulation d’ARNm polyadénylés dans le noyau.
Ces protéines exportatrices de levure ont des homologues chez les vertébrés.
La petite sous-unité de cette protéine exportatrice est très homologue à NTF2 (interagit avec les
répétions FG des nucléo porine). Cette petite sous-unité interagit avec une grande sous-unité qui
partage également de fortes homologies avec NTF2 (surtout sur sont mode d’action).
Brièvement, le complexe exportateur des mRNP et des ARNm est donc composé de deux sous-
unités. La plus importante est la grande sous-unité qui est composée de 3 domaines clés :
La petite sous-unité interagit à la fois avec le domaine M de la grande sous-unité mais également
avec les répétitions FG des nucléoporines. Ces interactions sont donc favorables à la sortie du
noyau des ARNm et des RNP associées, au travers du pore nucléaire. (exportation simple pour
permettre au ARNm pour passé du nucléoplasme cytoplasme)
27
Rem :
- Il existe d’autres protéines qui participent à l’exportation des RNP du noyau dans le cytoplasme,
telles que les protéines participant à l’épissage des ARNm ou splicing factors, ainsi que les complexes
de protéines formant le chapeau ou cap en anglais du côté 5’ des ARNm naissants et des pré-ARNm
qui les protègent ainsi de l’action des exonucléases.
- Toutes ces protéines facteur d’epissage ainsi que les protéines exportatrices des RNP sont ensuite
retransportées du cytoplasme vers le noyau selon le mécanismes d’importation via les importines.
I. Introduction
Rugueuse ou granulaire, car il porte des ribosomes + ARNm sur la face externe de sa membrane, et
le lisse ou agranulaire, dépourvu de ces ribosomes.
Les deux types de RE communiquent entre eux. La lumière du RE est désignée sous un terme général
de citernes. Seule le REG est impliqué dans la synthèse de la chaîne polypeptidique des protéines,
destinées à être sécrétées ou à rester dans la membrane plasmique.
Certaines restent dans le RE. Toutes les cellules eucaryotes sécrètent de nombreuses protéines, très
variées, comme les protéines de la matrice extracellulaire, des protéines spécifiques comme les
enzymes digestives d’origine pancréatique par les cellules des acini pancréatiques. Ces protéines, au
cours de leur synthèse et de leur maturation, traversent le réticulum (RE), le golgi et sont ensuite
dirigées vers les lysosomes ou encore vers la membrane plasmique dans des vésicules d’exocytose.
Nous avons vu que les protéines destinées au noyau, dans les mitochondries ou les peroxysomes,
sont transportées après leur synthèse dans le cytosol :
Dans le cas du RE, les protéines sont transportées durant leur synthèse :
. Le REG participe à la synthèse des protéines qui sont destinées à être sécrétées de deux façon
dépendante du type cellulaire :
protéines sécrétées en continu, c’est le cas des hépatocytes qui sécrètent les protéines
sériques comme l’albumine, la transferrine, les lipoprotéines,…
protéines sécrétées de façon régulée ( dependant d’un signal extra cellulaire), c’est le cas
des cellules alpha et beta des ilôts de Langerhans dans le pancréas, qui sécrètent
respectivement, le glucagon et l’insuline selon le taux de sucre dans le sang, ou encore les
cellules acineuses du pancréas, qui sécrètent les enzymes digestives au moment du repas,
28
ou encore les cellules luminales épithéliales des glandes mammaires qui sécrètent le lait,
durant la grossesse et durant la période d’allaitement
rmq : les protéine cour de leur synthèse dans le RE vont subir des étape de maturation avant de
passé dans l’appeile de golgi, de l’appareil de golgi les protéine seront soi diriger vers la mb
plasmique pour i etre intégré, ou sécréter, ou diriger vers lysosome (cf Chap 5)
Si les microsomes on synthétisé des prot pendant le temps de contact avec la méthionine S35
prot marqué
Les protéines nouvellement synthétisées et destinées à être sécrétées seront digérées par une
protéase seulement dans le cas où le détergent a été incubé avec les microsomes. Montre
spécifiquement que les protéines était bien a l’interieur ( car il faut dégrader la mb des
microsomes pour que la protéase puis y rentrer)
29
En absence de détergent, les protéines ne sont pas digérées par la protéase, ce qui indique que les
protéines de sécrétion se retrouvent dans la lumière du REG.
Cette technique a permis d’isoler des protéines destiné au RE et a montré pourquoi elle ce retrouve
dans le RE
il est également possible de réalisation une immun précipitation ou un western bloth pour mettre
evidence cette protéine.
2. La séquence signal des protéines de sécrétion vers le RE ou devant être adresser vers les
lysosome
La synthèse des protéines de sécrétion débute dans le cytosol au niveau des ribosomes libres.
(polysome) Lorsqu’une séquence de 16 à 30 acides aminés, correspondant à la séquence signal est
synthétisée (corespond a une séquence signal immédiatement reconnu par un système de
reconaissance dans la protéine en cours de synthèse, les ribosomes sont dirigés vers la membrane
du REG.
La séquence signal typique du RE est localisée dans la partie N-terminale de la protéine, donc au
tout début de la synthèse de la protéine. Cette séquence, mis à part quelques acides aminés chargés
positivement, est de nature hydrophobe avec jusqu’à 12 résidus hydrophobes. Cette séquence signal
présente peu d’homologies entre-elles.
Des expériences utilisant les techniques de biologie moléculaire, visant à introduire des mutations
de résidus hydrophobe en résidus présentant une charge positive, ou encore en les enlevant,
conduit à une absence de translocation de la protéine en cours de synthèse vers la membrane du
REG.
La protéine native reste dans le cytosol. A l’inverse, avec les techniques de biologie moléculaire, si
on introduit la séquence signal hydrophobe dans la séquence d’une protéine normalement localisée
dans le cytosol, elle est transportée vers le REG.
Pour la plupart des protéines de sécrétion, cette séquence signal est clivée et n’est plus présente
dans la protéine mature et ne sera jamais retrouver dans la protéine
30
3.1. Structure de la SRP
Les protéines P9 et P14 interagissent avec le ribosome, tandis que la P68 et P72 sont indispensables
dans la translocation de la protéine dans la lumière du REG
Ce récepteur est une protéine membranaire, composée de deux sous-unités : une sous-unité
et une petite sous-unité .
31
L’interaction entre le complexe ribosome/protéine en cours de synthèse/particule SRP et le
récepteur de SRP est provoqué par le GTP qui se fixe sur la protéine P54 de la particule SRP et la
sous-unité du récepteur de la SRP permet au ribosomes de ce positionne sur un translocon
(ribosome transporté sur le translocon au moment de l’hydrolyse GTP) ( transporteur)
Une fois que la particule SRP et son récepteur ont ciblé le ribosome synthétisant la protéine de
sécrétion au niveau de la membrane du RE, le ribosome et la chaîne polypeptidique en cours de
synthèse, sont ensuite transférés à une protéine formant un canal au travers de la membrane du RE
et que l’on appelle le Translocon.
32
plusieurs molécules de Sec61. Ces molécules de Sec61 s’assemblent pour former un canal de 8,5 nm
de diamètre, sur lequel se fixe le ribosome,
. Lorsque la chaîne polypeptidique en cours de synthèse entre dans la lumière du RE, la séquence
signal est clivée grâce à la présence d’une peptidase, qui reconnaît spécifiquement une séquence
d’acides aminés hydrophobe dans la chaîne polypeptidique.
Cette peptidase est transmembranaire au niveau du RE. Après clivage de la séquence signal, la
chaîne polypeptidique en cours de synthèse continue de rentrer dans la lumière du RE et c’est à ce
moment là que se mettent en place d’autres acteurs qui agiront au niveau du transfert post-
traductionnelle de la protéine, afin de libérer la chaîne polypeptidique après sa synthèse, dans la
lumière du RE.
Ces acteurs sont un complexe au niveau de la membrane du RE, appelé Sec63 et un membre de la
famille des HSC 70 (des chaperones), appelé BiP.
Comme le montre la figure suivante, BiP complexé avec l’ATP, interagit avec le côté luminal du
complexe Sec63, ce qui provoque l’hydrolyse de l’ATP au niveau de BiP, grâce à son domaine ATPase.
Cette énergie libérée provoque un changement de conformation de BiP-ADP, qui peut alors se fixer
sur la chaîne polypeptidique nouvellement synthétisée et en cours de transfert dans la lumière du RE
( au moment ou le le complexe passe le translocon)
33
. Cette fixation de BIP empêche la protéine de repasser dans le cytoplasme. Une fois dans la lumière
du RE, les protéines BiP échangent leur ADP pour l’ATP et se détachent ainsi de la chaîne
polypeptidique, qui acquiert ainsi sa conformation native. Cette protéine BIP sera recyclé
III. Insertion des protéines dans la membrane du RE( comment s’insere les futur protéine retrouvé
au niveau de la mb plasmique permet de comprendre l’histoire des protéine mb)
Ces différentes classes de protéines sont définies en fonction de la séquence hydrophobe qu’elles
contiennent dans leur séquence, qui forme une hélice .
On peut ainsi trouver 3 classes : I, II et III, qui possèdent un seul passage au travers de la membrane
sous la forme d’une hélice alpha. Il existe également une classe IV.
La classe I : Des protéines mb dont la séquence signal N-terminale est clivée et est ancrée dans la
membrane avec la région N-terminale hydrophile du côté de la lumière du RE ( extracelluaire une
foie adresser). La région C-terminale est du côté du cytosol.
Les protéines de la classe I possèdent également dans le milieu de leur séquence en acides aminés,
une 2ème séquence signal, hydrophobe, d’environ 22 acides aminés, qui permet l’arrêt du transfert
de la chaîne polypeptidique naissante au travers de la membrane du RE. Cette séquence est appelée
séquence STOP de transfert.
La classe II : Les protéines ne contiennent pas de séquence clivable et la région C-terminale est
orientée du côté lumière du RE ( extacellulaire une foie adresser a la mb) et la N-terminale du côté
cytosolique.
La classe III : Protéines ayant la même orientation que les protéines de classe I mais sans séquence
signal clivable.
34
Classe I II et III une seule séquence stop de transfet
Ex : le cytochrome P450.
Les protéines des classes II et III, ne possèdent pas de séquence signal mais possèdent une simple
séquence interne hydrophobe de signal pour leur ancrage dans la membrane du RE Cette séquence
Il existe encore une classe IV, qui correspond à des protéines possédant plusieurs passages au
travers de la membrane du RE. Ex : les récepteurs aux hormones ou aux neurotransmetteurs,
couplés aux protéines G ou récepteurs à 7 segments transmembranaires, les transporteurs de
glucose, certains canaux ioniques comme celui de l’ion chlorure.
Ces protéines de classe IV possèdent à la fois plusieurs séquences STOP de transfert et des séquences
signal interne d’ancrage à la membrane du RE. On subdivise cette classe en deux types :
IV A : qui sont les protéines de classe IV dont la séquence N-terminale se retrouve dans le
cytosol. Ces protéines possèdent une alternance de séquences signal interne d’ancrage à la
membrane du RE et de séquences STOP de transfert.
IV B : qui sont les protéines de classe IV dont la séquence N-terminale se retrouve dans la
lumière du RE, qui possèdent une séquence signal interne d’ancrage à la membrane du RE,
suivie de l’alternance d’une séquence signal interne d’ancrage à la membrane du RE + une
séquence STOP de transfert. C’est le cas de la grande famille des récepteurs membranaires
La séquence STOP STA s’ajoute au séquence signal en NH3. C’est séquence stop permete le
transfert immédiat de la protéine dans la mb du RE
35
2. Les autres protéines
membranaires synthétisées
dans le RE ( ces protéine ne
pocéderont une séquence stop
de transfert qui sera éliminer
elle subiront des modification
post traductionnelle qui leur
permettrant a etre encrais la mb
du RE puis dans l mb plasmique
Comme les protéines de classe I, leur séquence signal est clivée et elle possède une séquence
interne STOP de transfert. Cependant, elles possèdent en plus une courte séquence en acides
aminés dans le domaine exposé du côté de la lumière du RE qui est reconnue par une enzyme
membranaire, une transaminase.
L’enzyme reconnaitra une séquence en acide aminé spécifique et greffera sur cette protéine une
moléucle de GPI
36
Cet ancrage concerne les protéines destinées à la membrane, dont la partie N-terminale sera du
côté extracellulaire. C’est protéine resteront du coté cycosolique une fois adresser a la mb.
Il existe d’autres types de molécules d’origine lipidique, qui sont responsables de l’ancrage des
protéines membranaires dont la partie est exposée du côté cytosolique, comme la tyrosine
kinase de type Src ou encore l’oncogène Ras.
C’est modification ce fait par acylation greffage d’un acide gras sur la protéine :
Ces molécules d’ancrage peuvent être soit un acide gras comme le myristate (C14) ou le
palmitate (C16) (Myristoylation et palmitoylation) on parle d’acylation comme pour Src, Soit
un groupement farnésyl (C15) ou géranylgéranyl (C20) on parle de prénylation comme pour
Ras.
C’est modification post traductionnelle permette au protéine d’être ancrée dans la mb par
acylation
Les protéines synthétisées dans le RE, destinées à être sécrétées ou à rester intégrées dans la
membrane plasmique, peuvent subir 4 principales modifications ou maturations durant leur
parcours dans le RE et dans le golgi, avant d’atteindre leur destination finale.
1. La glycosylation
Cette étape de maturation des protéines débute dans le RE et se poursuit dans le golgi.
Bcp de protéine secréter ou de protéine insérer dans la mb plasmique sont très glycosiler
glycoprotéine /glycolipide
Glycosylation signifie l’addition de sucres sur la plupart des protéines synthétisées dans le RE,
sous forme de chaîne glycanique, de deux manières :
- par O-glycosylation ( sur un AA portant une fonction OH ), sur un résidu sérine ou thréonine
- par N-glycosylation, sur un résidu asparagine (Asn). (moins importante concerne les protéine
cytosolique, lysosomique)
37
Nous parlerons surtout de la N-glycosylation, qui concerne presque toutes les protéines
destinées à la sécrétion ou à rester intégrées dans la membrane plasmique.
Cette N-glycosylation débute par la formation d’un précurseur de 14 résidus de sucre (mannose,
glucose , N-acétylglucosmanine), dont la structure est la même chez les plantes et les animaux, et
chez les eucaryotes unicellulaires.
L’enzyme qui greffera cette séquence glucidique reconnaitra cette asparagine dans une séquence
spécifique.
Le précurseur est synthétisé sur une molécule, le Dolichol qui est un lipide isoprénoïde à longue
chaîne, avant d’être transféré sur l’Asn d’une chaîne polypeptidique en cours de synthèse dans le
RE, grâce à une oligosaccharyl
transférase
38
On peut simplement décrire les divers rôles des N-oligosaccharides, attachés aux glycoprotéines.
La formation des ponts disulfures entre deux cystéines portant une fonction thiol SH ( S forme
oxidé, forme réduite SH) au sein d’une même chaîne polypeptidique ou entre différentes sous-
unités d’une protéine stabilise la structure tertiaire ou quaternaire( pont disulfure inter chaine)
de ces protéines.
39
Dans la lumière du RE, cette formation des ponts disulfures dépend d’une enzyme, la disulfide
isomérase, présente dans toutes les cellules eucaryotes, et abondante dans le RE des cellules
qui sécrètent beaucoup de protéines telles que les hépatocytes, les cellules pancréatiques (ex :
la pro-insuline, précurseur de l’insuline qui contient 3 ponts disulfures).
En plus du rôle de la protéine BiP( tire sur la chaine polypepdidique en cour de synthése en
utilisant de l’ATP) ( famille HSP70), d’autres protéines du RE peuvent intervenir sur la mise en
conformation des protéines en cours de synthèse, en se fixant sur les N-oligosaccharides, déjà
fixés sur la protéine en cours de synthèse. Il s’agit de protéines appartenant à la famille des
lectines qui reconnaissent spécifiquement des N-oligosaccharides ( partie N glycanique) terminés
par un résidu glucose.ex Calnexin et calréticulin ( reconnaisse notre précurseur terminé par le
glucose)
4. L’exemple de l’hémagglutinine HA
Toutes ces protéines membranaires (BIP, Lectine, disulfide isomérase, oligosachardie transférase)
intervenant dans la mise en conformation des protéines ou destinées à être sécrétées peuvent
être schématisées par l’exemple de l’hémagutinine du virus Influenza.
40
Comme exemple, nous parlerons de l’hémagglutinine, une protéine synthétisée à la surface des
particules virales influenza. Elle est synthétisée sous forme de 3 chaînes polypeptidiques précurseurs,
qui s’assemblent en trimère.
En
5. Le cas des protéines dont le repliement est défectueux Il arrive que certaines protéines
n’acquièrent pas leur conformation native.
-de5% des protéine dans le RE n’acquière pas leurs conformation native et vont donc s’accumuler
dans le RE
Leurs chaînes polypeptidiques déclenchent rapidement une réponse de la cellule, qui correspond,
brièvement, à l’induction de gènes codant les protéines du RE (ex : BiPHSP induit face a un stress)
impliquées dans la mise en conformation des protéines synthétisées dans le RE. Nous ne détaillerons
pas le mécanisme moléculaire mis en jeu.
Dans le cas où l’accumulation de ces protéines non conformes est trop importante, elles sont
rapidement exportées de la lumière du RE dans le cytosol, en repassant au travers du translocon.
Dans le cytosol, elles sont rapidement dégradées par le système, que nous verrons à la fin de ce
cours, le protéasome.
I. Introduction
Nous avons vu dans le chapitre précédent que beaucoup de protéines sont synthétisées dans le
RE.
Certaines de ces protéines, comme des enzymes ou des protéines de structure restent
néanmoins dans le RE
41
Les autres protéines sont destinées à être sécrétées ou à être exportées vers la membrane
plasmique. Dans ce cas, elles sont empaquetées, si on peut dire, dans des vésicules de
transport qui bourgeonnent à partir du RE et qui fusionnent avec des citernes golgiennes à la
face cis des dictyosomes formant l’appareil de Golgi.
Ce dictyosome est formé de vésicules empilées depuis le côté cis, en passant par des vésicules
plus larges ou vésicules médianes, vers la face trans( pole de sécrétion). Il existe un mécanisme
de tri des protéines destinées à être empaquetées dans les vésicules entre le RE et la face cis du
Golgi, puis entre la face trans et les vésicules de sécrétion.
Durant la progression des citernes golgiennes de la face cis vers la face trans, en passant par une
position médiane, les protéines
Clathrine vésicule subissent une maturation finale, dont nous parlerons dans ce
chapitre. CF CHAP 6
Ces citernes trans formeront ensuite le réseau complexe que forment l’ensemble des citernes
constituant le dictyosome.
42
peptides hormonaux comme l’insuline, le glucagon, par de nombreuses cellules endocrines,
par ex, les précurseurs des enzymes digestives au niveau des cellules acineuses du pancréas.
( très dense en microscopie comparé a une vésicule constitutive)
Les troisièmes types de vésicules bourgeonnant du trans-Golgi sont dirigés vers les
lysosomes. Ces lysosomes sont des organites responsables de la dégradation de
macromolécules. Les protéines de sécrétion dirigées vers les lysosomes sont transportées
en 1er par des vésicules du trans-Golgi vers un compartiment appelé endosome tardif ( trie
trans golgi + trie endosome tardif) De cet endosome tardif, les protéines sont transférées
dans le lysosome par un mécanisme qui n’est pas encore connu. Les protéines qui sont
délivrées par cette voie dans les lysosomes correspondent aux enzymes digestives
lysosomiales (Ex : des protéases, des glycosidases et des phosphatases) et des protéines
membranaires (Ex : pompe à proton qui pompe les protons du cytosol dans la lumière de
l’endosome et du lysosome pour acidifier le milieu de l’organite). C’est protéine destiné vers
les lysomsime passeront par l’endosome tardif
II. Mécanismes moléculaires du trafic des vésicules
Quel que soit le type de vésicules qui transportent des protéines d’un compartiment vers un
autre compartiment ou de la membrane vers les lysosomes, elles utilisent un mécanisme
similaire mais avec quelques variantes dans la nature des molécules mises en jeu.
Ces acteurs moléculaires ont d’ailleurs été mis en évidence chez la levure à partir de mutants
fonctionnels donc génétiquement, puis biochimiquement par purification.
Leurs homologues ont ensuite été trouvés chez les organismes supérieurs, comme les
mammifères.
1. Les complexes protéiques intervenant dans la formation des vésicules et dans le tri des
protéines à transporter
Ces complexes polymérisés du côté cytosolique induisent ainsi une courbure de la membrane
donneuse pour faciliter le bourgeonnement. ce qui formera le menteaux de la vésicule
43
Dans le mécanisme de fusion entre une vésicule et sa membrane cible, nous retrouvons les
mêmes acteurs, exceptées que les vésicules ne possèdent plus leur manteau ( coat protéine
apparesse au moment du bourgoenement dans les vesicule mes au moment de la fusions la
vésicule doit ce debarraser de leur menteau afin de
démasqué les protéine V SNARE)de protéines
tapissant leur extérieur. Cette fusion est possible
grâce à l’interaction entre les protéines vSNARE de la
vésicule et les protéines t-SNARE localisées dans la
membrane cible.
les vésicules COPI, qui transportent principalement des protéines des citernes de la face cis
du Golgi vers le RE,
les vésicules COPII, qui transportent des protéines du RE vers le Golgi,
les vésicules à clathrine, qui transportent les protéines de la membrane plasmique et du
réseau de citernes du trans-Golgi vers les endosomes tardifs.
A l’heure d’aujourd’hui, les protéines tapissant la face externe des vésicules transportant les
protéines du trans-Golgi vers la membrane plasmique durant la sécrétion constitutive ou la
sécrétion régulée, n’ont pas encore été identifiées. (mentaux de c’est vésicule inconnu pour
l’insant)
2. Rôle des protéines à activité dépendante du GTP dans le bourgeonnement des vésicules
Les protéines constituant le manteau autour des trois vésicules contiennent une petite
protéine fixant le GTP qui agit comme une sous-unité régulatrice. En fait, elle contrôle
l’assemblage de ces protéines formant le manteau autour de la vésicule. Pour les vésicules
COPI et à clathrine, cette protéine fixant le GTP s’appelle ARF. Dans le cas des vésicules COPII,
elle s’appelle Sar 1.
Ces protéines ARF et Sar 1 appartiennent à la superfamille des GTPase, comme la protéine Ras.
Comme Ras, elles sont monomériques. Ces protéines sont inactives lorsqu’elles fixent le GDP,
mais actives lorsqu’elles fixent le GTP. Puis elles sont capables d’hydrolyser le GTP en GDP
pour revenir sous une forme inactive. C’est ce cycle entre le GTP et GDP qui intervient dans
l’assemblage de protéines formant le manteau des vésicules.
Brièvement, voici comment interviennent ces protéines à GTP dans l’assemblage des protéines
du manteau des vésicules.
Nous prendrons l’exemple des vésicules COPII, qui assurent le transport des protéines entre le
RE et le Cis Golgi.
44
Grâce à la présence d’une protéine localisée dans la membrane
du RE et appelée Sec 12, la protéine Sar 1, sous une forme
inactive par la présence de GDP, se fixe sur Sec 12, ce qui
entraîne un changement de conformation de la protéine Sar 1.
Ce changement de conformation entraîne l’échange de GDP
pour le GTP.
45
3. Rôle des protéines à activité dépendante du GTP dans la fusion des vésicules avec la
membrane cible
Il existe d’autres protéines fixant le GTP, appelées protéines Rab, qui participent au ciblage des
vésicules vers la membrane cible appropriée.
Après la fusion, les complexes SNARE se séparent d’une façon dépendante de l’hydrolyse de
l’ATP. Cette hydrolyse est catalysée par une des protéines interagissant avec les protéines
SNARE.
Protéine : rab importante pour la fusion des vésicules a clathrine COP I et COP II ce sont les
protéine rab qui sont impliqué dans les mécanisme de fuision quelque soit la mb.
La seul différence et que les protéine T snare porte des non différents
46
47
III. Le transport rétrograde des vésicules entre le cis-Golgi et le RE
Elles contiennent des protéines qui doivent être confinées dans le RE pour assurer leur fonction.
C’est le cas de la protéine BiP et de la protéine disulfide isomérase, qui catalysent, je rappelle, le
reploiement des protéines nouvellement formées.
Rmq : le recteur KDEL possède également une séquence signal de trie qui permet a cette
protéine de rester confiné dans la mb du RE
Des expériences de délétion de cette séquence dans les protéines comme BiP par ex, ont montré
que cette séquence KDEL était nécessaire et suffisante pour retenir la protéine dans la lumière du
RE. Cette séquence est donc reconnue par un récepteur qui appartient surtout au réticulum et
aux vésicules de transport du cis-Golgi.
Son rôle est de s’attacher aux protéines portant KDEL et de les ramener dans des vésicules vers le
RE, selon le schéma suivant : Le retour des protéines qui doivent rester dans le RE se fait par
l’intermédiaire de vésicules de type COPI (non du manteaux protéique entourant les vésicules),
recouverte d’un manteau protéique et fusionne avec le RE, selon le mécanisme que nous venons
de voir.
Rmq : les vésicule cop II verront leurs mentaux etre eliminer avant la fusions pour permettre le
demasquage de v snare pour qu’il puissent interagir avec T snare sur la mb cible ( le mentaux cop
I et Cop II disparait avant la fusion)
Rem : les protéines v-SNARE sont également recyclées par ce transport rétrograde et BIP et le
récepteur KDEL suivent le meme circuit
48
IV. Les étapes précoces de la voie de sécrétion
Nous avons vu comment les vésicules de transport entre le RE et le golgi et entre le golgi et les
vésicules de sécrétion se forment
. Voyons maintenant comment les protéines sont triées parmi celles qui vont dans les vésicules
allant vers le cis-Golgi, ou vers les vésicules de sécrétion ou encore vers les lysosomes, après
avoir traversé tout l’appareil de Golgi.
Cette séquence de tri est reconnue spécifiquement par la sous-unité Sec24 du manteau
protéique entourant les vésicules COPII.
Cependant, il reste beaucoup à découvrir concernant les protéines cargo solubles car on ne sait
pas comment elles sont prises en charge dans les vésicules COPII. ( rouge) pas de séquence
signal identifié, on sais juste qu’elle sont prise en charge par des R au protéin cargo pocédent
cette séqeunce D X E
Rmq : les vésicule cop II verront leurs mentaux etre eliminer avant la fusions pour permettre le
demasquage de v snare pour qu’il puissent interagir avec T snare sur la mb cible ( le mentaux cop
I et Cop II disparait avant la fusion)
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2. Le transport antérograde au travers
du Golgi
Des études réalisées sur des fibroblastes ont permis de suivre la synthèse de collagène. En effet,
ces cellules synthétisent et sécrètent de grande quantité de collagène, un des composants
majeurs des matrices extracellulaires.
Ces études ont montré par microcopie électronique, le parcours au travers des citernes du Golgi
des molécules de pro-collagène, suffisamment importante en taille pour leur observation en
haute résolution microscopique. Ces molécules parcourent le Golgi lorsqu’elles acquièrent leur
conformation native. Ces observations ont été confirmées par le traitement des fibroblastes avec
un inhibiteur de la proline hydroxylase, une enzyme impliquée dans la maturation des molécules
de collagène. Dans ce cas, les molécules de pro-collagène restaient bloquées au niveau du cis-
Golgi. Lorsqu’on enlevait l’inhibiteur, les molécules de pro-collagène reprenaient leur périple au
travers du Golgi.
Si on bloque la maturation des protéine qui progresse dans le golgi on bloque leurs secretion (les
étape de maturation dans le golgi sont indispensable)
50
Le golgi et fermet de la progressions des vésicule contenant les protéine destinant a être
sécreter.
Au cours de leur parcours du cis au trans-Golgi, les protéines cargo, destinées à la sécrétion dans
le milieu extracellulaire ou à la membrane plasmique, subissent encore des glycosylations qui
s’ajoutent à celles qui se produisent dans le RE.
Certaines protéines n’acquièrent pas leur conformation native définitive lorsqu’il manque une ou
plusieurs chaînes glucidiques.
De même les enzymes lysosomiques n’atteignent pas les lysosomes sans que leur chaîne
oligosaccharidique soit remaniée dans le cis-Golgi.
Dans le cas des protéines sécrétées dans le milieu extracellulaire et à la membrane plasmique, ce
sont les N-glycosylations qui sont importantes, qui sont remaniées et complétées dans l’appareil
de Golgi.
Les citernes golgiennes présentent d’ailleurs une perméabilité importante vis-à-vis des
nucléotides de sucres comme l’UDP (uridine diphosphate)-galactose cytosolique par exemple, qui
rentre dans les citernes golgiennes en échange d’un UMP grâce à la présence d’un antiport logé
dans la membrane de la citerne golgienne. Elles possèdent également toutes les enzymes
catalysant le greffage ou l’élimination de sucres.
51
Au cour de leurs parcours dans le golgi
les protéine subisent une N
glycosilation via diddiont de NANA.
greffage de l’acide N acétyl
neuraminique)
clathrine
Ce sont les vésicules les mieux caractérisées, qui bourgeonnent du réseau trans-Golgien pour
transporter les protéines vers les lysosomes.
52
Ces vésicules fusionnent ensuite
avec des endosomes tardifs pour
déverser les protéines destinées
aux lysosomes.
On verra que ce mécanisme est le même lors du mécanisme d’endocytose. Entre la couche de
clathrine et la membrane de la vésicule, il existe un espace occupé par des particules ou
complexes d’assemblage adaptateurs ou adaptines d’environ 340 kDa. Ces particules
d’assemblage sont nécessaires à la formation du réseau en forme de cage de clathrine autour de
la vésicule.
Ces particules s’attachent au domaine globulaire du bout distal de chaque chaîne lourde du
trépied et entraîne la polymérisation des trépieds de clathrine en une cage.( les adaptine
interagisent avec le triskel)
Elles sont impliquées dans le tri des protéines membranaires cargo qui doivent être transportées
par les vésicules, en reconnaissant la face cytosolique de ces protéines.
Les adaptines (AP complex) existent sous trois formes : AP1, AP2 et AP3.
Par ex, ce sont les vésicules à clathrine, associée avec le complexe AP1 et bourgeonnant
du trans-Golgi qui se dirigeront vers les lysosomes, en passant par les endosomes tardifs.
Les vésicules comportant le complexe AP3 se dirigeront également vers les lysosomes
mais en évitant les endosomes tardifs. C’est le cas des lysosomes de stockage, comme les
mélanosomes qui stockent les pigments de mélanine au sein des lysosomes de
mélanocytes de la peau.
Comme le montre la figure, il apparaît également une dernière protéine importante, la dynamine, qui
est une protéine cytosolique d’environ 900 acides aminés, qui fixe le GTP et l’hydrolyse.
53
alors le pincement total de la vésicule, qui se retrouve ainsi libérée. Des cellules exprimant
des dynamines mutées, incapables de fixer le GTP, empêche la formation des vésicules
tapissées.
Rem :
Ces enzymes ne possèdent pas de séquence courte en acides aminés correspondant à un signal
de tri.
54
Le signal de tri est tout simplement un résidu mannose 6-phosphate (M6P), qui est greffé sur ces
enzymes au niveau du cis-Golgi
Les enzymes lysosomiques subissent une N-glycosylation au niveau du RE, identiques aux
protéines destinées à la sécrétion dans le milieu extracellulaire ou au ni
55
Comme le montre la figure suivante, l’étape suivante dans le tri des enzymes lysosomiques parmi les
protéines de sécrétion, vient de l’existence d’un récepteur spécifique au mannose 6 phosphate
(M6P), un protéine transmembranaire situées au niveau du trans-Golgi.
56
Les enzymes lysosomiques reconnues par les récepteurs M6P ne sont que des précurseurs, ou pro-
enzymes qui sont inactives. Ces pro-enzymes subissent ensuite un clivage protéolytique dans les
lysosomes, qui modifie la conformation des protéines qui permet aux enzymes d’acquérir leur
activité biologique. Ce retard dans l’activation des pro-enzymes lysosomiques avant d’atteindre les
lysosomes, est nécessaire afin de protéger les autres compartiments de la voie sécrétoire de l’activité
hydrolytique de ces enzymes.
Cependant, il existe au niveau des hépatocytes, une voie indépendante du M6P pour le tri des
enzymes lysosomiques vers les lysosomes. En effet, les hépatocytes des patients atteints de cette
mucolipidose contiennent des enzymes lysosomiques normales et ne renferment pas d’inclusions de
composés extracellulaires non dégradés. Il existe donc une voie indépendante du M6P pour le tri des
enzymes lysosomiques, qui n’est pas encore connu actuellement.
Toutes les cellules eucaryotes sécrètent de façon continue certaines protéines, selon une voie
constitutive de sécrétion.
Certaines cellules spécialisées sont capables de sécréter des protéines d’une façon régulée, qui
est déclenchée par un stimulus.
C’est l’exemple des cellules des ilôts du pancréas, qui sont capables de synthétiser et stocker
l’insuline dans des vésicules de sécrétion, puis de la sécréter en réponse à une élévation du
glucose dans le sang.
57
Ces cellules et celles
impliquées également
dans la sécrétion régulée
et constitutive, utilisent
deux types différents de
vésicules, pour transporter
les protéines du trans-
Golgi à la surface cellulaire
: les vésicules de sécrétion
régulée et les vésicules de
sécrétion constitutive.
Pour ces vésicules qui
transportent les protéines
de sécrétion, le manteau
entourant ces vésicules
n’est pas encore
caractérisé.
La voie de sécrétion
régulée est par contre
contrôlée par une
agrégation sélective des
protéines à sécréter.
58
La plupart des protéines sécrétées
subissent un clivage protéolytique après
avoir quitté le trans-Golgi. Nous l’avons vu
pour les enzymes lysosomiques. Mais les
protéines destinées à être sécrétées, ou
celles qui resteront au niveau de la
membrane plasmique, sont synthétisées
sous la forme d’un précurseur ou pro-
protéines, qui subiront ensuite une
maturation finale pour acquérir leur
conformation native.
Le clivage protéolytique spécifique est réalisé par une famille d’endoprotéases qui clive une
liaison du côté C-terminal des séquences Lys-Arg ou Arg-Arg.
L’une de ces endoprotéases de mammifère porte le nom de furine. Cette furine assure la
maturation de protéines sécrétées en continu comme l’albumine.
Deux autres, appelées PC2 et PC3 endoprotéases ne sont présentes que dans les cellules qui
utilisent uniquement la voie régulée de sécrétion, comme les cellules pancréatiques
sécrétant l’insuline
rmq : c’est protéase sont triées en méme temps que les protéines de la sécrétion constitutivent elle
seront sécréter avec c’est protéine sans etre recyclé et elle seront elle même lyser dans l’espace
extracellulaire.
La fusion de ces deux types de vésicules, pour la sécrétion régulée ou pour la sécrétion
constitutive avec la membrane plasmique fait intervenir les molécules que nous avons vues
précédemment, comme v-SNARE et t-SNARE, dans le mécanisme d’exocytose.
59
VI. Le mécanisme de transcytose dans les cellules épithéliales
Beaucoup de cellules épithéliales au sein d’un tissu épithélial sont polarisées, c'est-à-dire qu’elles
présentent un pôle apical de sécrétion et/ou d’absorption, du côté de la lumière de l’organe, puis
un pôle basolatéral du côté du tissu conjonctif.
Prenons l’exemple des entérocytes de l’épithélium de l’intestin grêle. Ces cellules sont
impliquées dans la digestion des aliments en nutriments simples, puis ces nutriments sont
ensuite absorbés par la cellule. La digestion des aliments nécessite la sécrétion à la surface de la
cellule d’enzymes digestives comme des peptidases, des saccharases, etc…
L’absorption se fait par un mécanisme d’endocytose, que nous verrons ensuite. Ces deux
fonctions se font au pôle apical des entérocytes.
Les aliments sont ensuite transportés au travers de la cellule, puis sécrétés du côté du pôle
basolatéral par le mécanisme de transcytose.
Entre ces cellules, il existe des jonctions étanches, qui empêchent la diffusion des protéines entre
le pôle apical et le pôle basolatéral de la membrane plasmique.
2. Le tri des protéines du pôle apical au pôle basal des cellules épithéliales
Les protéines destinées soit pour le pôle apical, soit pour le pôle basolatéral, sont provisoirement
mélangées dans le trans-Golgi dans la cellule épithéliale.
Dans certains cas, les protéines destinées au pôle apical, sont triées au niveau de leurs
propres vésicules qui bourgeonnent depuis le trans-Golgi.
par contre, les protéines destinées au pôle basolatéral, sont triées dans d’autres vésicules qui
vont directement au pôle basolatéral.
Ces différents types de vésicules se distinguent par leurs constituants protéiques comme les
protéines Rab et v-SNARE, qui sont impliquées dans le ciblage des vésicules vers les membranes
appropriées.
Dans ce mécanisme de transcytose, la ségrégation des protéines (qui sont des protéines cargo),
le bourgeonnement des vésicules et leur fusion avec les membranes cibles se déroulent comme
nous l’avons vu précédemment.
60
3. Un exemple de transcytose
Ce dernier reste au niveau de la membrane basolatérale, puis est recyclé car il subit à nouveau
une transcytose vers la membrane apicale.
Des que la cellule fusions vers le pole basale de la cellule epithéliale via un mécanisme
d’exocytose
L’ensemble est endocyté puis transporté vers des endosomes, qui traversent toute la cellule
jusqu’à la membrane du pôle basolatéral.
L’exocytose du complexe dans le milieu extracellulaire du côté basolatéral se fait dans un milieu
à pH 7. Ce changement de pH entraîne le détachement des immunoglobulines de leur récepteur
Fc.
Le recepteur sera ensuite recyclé via une adaptine AP1 mes on ne sais pas comment il se
retrouvera recyclé vers le pole apical de la celules.
Rem : L’étape d’endocytose des immunoglobulines par le récepteur Fc est une endocytose médiée
par un récepteur, ce que nous allons voir dans le prochain chapitre
I. Généralités
Les cellules peuvent internaliser des composés extracellulaires dans leur environnement immédiat
de différentes manières.
61
Puis elles peuvent trier ces composés pour les transporter vers des destinations intracellulaires
particulières.
Les vésicules extracellulaires peuvent contenir des protéines diverses, des ARNm, disaccharide, sel
minéraux sous forme de soluté etc… Mais leur contenu dépend de l’origine des cellules qui les
produisent.
Toutes les autres cellules internalisent des composés extracellulaires selon deux mécanismes :
par endocytose sur laquelle nous insisterons en détail dans ce chapitre, mais également par
fusion des vésicules avec la membrane plasmique.
La fusion entre les vésicules extracellulaires (certaine cellules communique entre par
l’intermédiaire de c’est vésicule extracellulaire dans c’est vésicule ce trouve des mediateur
GF, hormones) et la membrane plasmique dépend de la composition lipidique des vésicules,
mais également de la présence des protéines SNAREs et Rab. Elle permet de déverser dans la
cellule le contenu des vésicules, comme protéines, ARN mais aussi des solutés ioniques.
L’endocytose est un mécanisme dans lequel une petite zone de membrane plasmique s’invagine
pour former une nouvelle vésicule intracellulaire bordée de membrane dont le diamètre va de 0,05 à
0,1 µm. Cette endocytose forme des vésicules depuis la membrane plasmique, qui contiennent soit
des protéines membranaires, soit des protéines du milieu extracellulaire, voire même des ARN.
Tris au niveau des endosomes Après internalisation, certaines protéines sont dirigées vers les
lysosomes, tandis que d’autres sont recyclées à la surface de la cellule.
Nous verrons que l’endocytose permet à la cellule d’absorber des nutriments comme des
macromolécules. Il existe plusieurs sortes d’endocytose
La phagocytose
La macropinocytose
L’endocytose médiée par un
récepteur
1. La phagocytose
62
Ce mécanisme, que nous ne verrons pas ici, est possible grâce à des processus impliquant le
réseau d’actine intracellulaire qui favorise des extensions importantes de la 80 membrane
plasmique afin d’envelopper le matériel ingéré et former de large vésicules appelées les
phagosomes. Ce phagosome fusionne ensuite avec un lysosome pour former un phagolysosome,
dans lequel le matériel ingéré est digéré. Les peptides issus de la dégradation des c’est protéine
seront ensuite présenté au sein des molécule du CMH II
2. La macropinocytose
Au contraire de cette phagocytose réservée à un certain type cellulaire, la plupart des cellules
internalisent des composés extracellulaires par un mécanisme de macropinocytose. la
macropinocytose est un mécanisme non sélectif, qui consiste à encercler des petites gouttelettes
de liquide extracellulaire, contenant les solutés et les protéines dans ces solutés, pour former au
bout du compte de nombreuses petites vésicules.
Rem : Même en absence de leur ligand ( la cellule procede a un turn over qui permet de
renouveller c’est recpeteur a la sufrace, cela permet egalement que le recepteur ne soit pas
sensibilisé par sont liguand pendant une période physiologiquement non adapté pour la cellule
( boucle de régulation ) ), certains récepteurs se rassemblent à la surface de puits tapissés, alors
que d’autres diffusent librement le long de la membrane plasmique. C’est la fixation du ligand
qui déclenche alors un changement de conformation ou une hétéro- ou homodimérisation des
63
récepteurs, de sorte que ces récepteurs avec leur ligand rencontrent un puits tapissé.
Cette partie ne sera pas abordée. Nous allons voir ensemble des exemples d’endocytose médié
par des récepteurs.
Dans cette partie, nous parlerons également du rôle de l’endosome dans l’endocytose.
L’endocytose permet à la cellule d’absorber des nutriments comme des macromolécules, par ex : le
cholestérol sous forme de particules de lipoprotéines, ou par ex : le fer complexé à une protéine
sérique appelée la transferrine.
Dans ces exemples, nous parlerons de l’endocytose médiée par un récepteur membranaire
spécifique, celui des LDL ou de la transferrine.
Les LDL ou Low Density Lipoprotein ou lipoprotéines de faible densité représentent un complexe qui
transporte le cholestérol dans le sang. Ce cholestérol, d’origine alimentaire ou synthétisé par le foie
est insoluble dans le sang. Il
a donc besoin d’être
transporté. La particule LDL
est une sphère de 20 à 25
nm de diamètre. Sa
membrane superficielle est
formée d’une monocouche
mixte de phospholipides et
de cholestérol, et qui
contient également une
très grosse protéine
hydrophobe, une
apolipoprotéine appelée
apo-B. A l’intérieur de la
particule, on trouve un noyau entièrement fait de molécules non polaires comme le cholestérol
estérifié
Il est composé d’une seule chaîne polypeptidique de 839 acides aminés, dont une séquence de 22
acides aminés hydrophobes traverse la membrane plasmique, sous la forme d’une hélice .
L’extrémité COOH d’environ 50 acides aminés est du côté cytosolique et sert d’arrimage du
récepteur aux puits tapissés. Le long segment N-terminal du côté extracellulaire contient un
domaine structural sous forme d’un feuillet et le domaine de fixation du ligand. Ce domaine de
fixation du ligand ( coté extra celllaire)contient des répétitions riches en résidus cystéine, qui
interagissent avec la molécule d’apo-B dans la particule LDL.
64
Chez l’homme, il existe une pathologie, appelée hypercholestérolémie familiale, qui correspond à un
taux élevé de cholestérol dans le sang.
Les individus souffrant de cette maladie sont porteurs de formes mutantes du récepteur des LDL.
Les homozygotes porteurs de deux allèles mutants meurent souvent en bas âge d’un infarctus du
myocarde causé par l’athérosclérose, c’est-à-dire l’obstruction des artères par l’accumulation de
cholestérol. Le défaut génétique touche spécifiquement le récepteur de LDL, qui fixe mal ou pas du
tout les LDL. Dans certaines mutations, le récepteur fixe la particule de LDL, mais le complexe
récepteurligand ne peut pas pénétrer dans la cellule. Ce complexe se retrouve dispersé sur toute la
surface cellulaire, au lieu d’être confiné aux seuls puits tapissés de clathrine ( rouge/adaptine AP-2.
(couche d’adaptatine partie interne bleu) forme les puis tapisé en piègent également les
récepteur au LDL formation de la vésicule d’endocytose par pincement dans la mb.
L’analyse de ces récepteurs mutés a permis d’identifier un motif de 4 acides aminés dans le segment
cytosolique du récepteur, qui joue un rôle très important dans son internalisation au niveau des
puits tapissés : Asn-Pro-X-Tyr, avec X qui peut être n’importe quel acide aminé. Cette séquence
signal NPXY reconnaît le
complexe d’adaptine AP-2
( couche interne des
mentaux des vésicule
d’endocytose), permettant la
liaison du récepteur au
manteau de clathrine/AP-2.
Des expériences de
mutagenèse dirigée ont
montré que la mutation de
n’importe quel résidu
conservé, excepté X, entraîne
une absence d’incorporation
du récepteur aux LDL dans les
puits tapissés.
65
Il existe une autre séquence signal au niveau du segment cytosolique de certains récepteurs de
surface cellulaire, qui reconnaissent spécifiquement l’adaptine AP-2. Cette séquence signal est Tyr-X-
X-acide aminé hydrophobe. X est n’importe quel acide aminé. Une mutation de la Tyr ou de l’acide
aminé hydrophobe réduit ou abolit l’aptitude du récepteur à être incorporé dans les puits tapissés
de clathrine et d’AP-2.
En utilisant un ligand marqué, comme des particules LDL marquées à la ferritine ( permet de
visualiser indirectement les LDL en microscopie electronique)(protéine riche en fer), on observe
au microscope électronique que ces particules LDL sont localisées dans la lumière de ces
endosomes tardifs, et ne sont pas liées à leur récepteur.
En utilisant des anticorps spécifiques contre le récepteur au LDL, on remarque que ce récepteur se
retrouve essentiellement dans les membranes tubulaires des endosomes tardifs (permet
egalement de voir que le recpeteur sera recylclé), sans leur ligand et à l’état de trace dans la
lumière. ( recepteur sans liguand partie tubulaire de l’endosomes tardif forme vésicule de
resciclage fusion avec la mb plasmique pour reposition le recepeteur a la mb des cellules fusion
66
via interaction v sanre / t snare) ( il est actuellement difficelle d’expliqué pourquoi le recepteur ce
trouve dans la partie tubulaire des endosomes tardifs) . Le bourgeonnement des membranes
tubulaires des endosomes
tardifs permet de former des
vésicules de recyclage, dans
Rem : Il existe également des vésicules autophagiques, qui permettent à la cellule de renouveler une
grande quantité de matériel cytosolique ou d’organites. Dans ce cas, on parle d’autophagie, qui est
un processus régulé et qui est induit dans des conditions de stress ou lorsque la cellule se retrouve
dans des conditions de privation en milieu. ( autophagosomes + lysosome autolysosome)
67
68
Partie tubulaire vésicule de recylcage fusions de la vésicule de recyclage avec la mb ( tjrs V snare/ T
snare)
69
Ferotransferine modification conformation elle a ph 5 dans qui paire sont affinité pour les atomes
de fer dans les endosome tardif. Le PH la transformer en apotransferine. A ph neutre l’apotransferine
n’a plus d’affinité pour sont recepteur.
Rmq : la modification du PH dans l’endosome tardif fait que le récepteur ce detache de sont liguand
en regle générale
Rmq : les modificaiton physicochimique sont très important pour l’affinité des différente portéine et
leur interaction.
Rmq : certaint s’est recepteur sont dégrader après avoir était endocyté ( R a certaine hormones la
cellule devra resynthétisé des recepteur délé entre sont endocytose et sont apparition a la mb
plasmique ( mécanisme incompris au niveau moléculaire) mes une explication physiologique
explique cela permet d’éviter une stimulation permanente des cellules.
Rmq : les recepteur recyclé passe tjrs par la méme voie cf cas LDL et transferine
I. Introduction
Nous avons vu dans les chapitres précédents, qu’une protéine comportait dans sa séquence en
acides aminés, une information appelée séquence signal, qui était impliquée dans sa destination
finale
. Cette protéine peut être tout d’abord synthétisée dans le cytosol et transportée dans un organite,
comme c’est le cas pour une protéine mitochondriale, peroxysomique ou encore nucléaire.
Cette protéine peut être aussi transportée au cours de sa synthèse et de sa maturation finale,
comme c’est le cas pour une protéine destinée à rester dans le RE, ou à traverser le Golgi pour être
sécrétée ou localisée dans la membrane plasmique, ou encore être transportée dans le lysosome.
Cette protéine peut encore rester dans le cytosol pour acquérir une fonction biologique. Dans ce
cas, elle ne possède aucune séquence signal caractéristique dans sa séquence en acides aminés ( pas
de séquence signal pour les portéines cytosolique). Chaque protéine a une durée de vie dans la
cellule, qui dépend de son activité si elle est nécessaire à long terme ou transitoirement, dépend des
besoins de la cellules ( si la cellule a bcp de besoins la durée de vie de la prot sera plus importante)
Les protéine cytosolique possédes des modificaiton post traductionnelle qui module leurs durée de
vie
Ce sont les modifications post-traductionnelles qui peuvent intervenir dans la durée de vie de ces
protéines dans la cellules. De même des protéines qui n’acquièrent pas la bonne conformation
définitive, sont alors rapidement dégradées dans la cellule selon deux voies distinctes :
la voie lysosomique, ( vaccuaole digestif de la cellules) qui permet la digestion des protéines
extracellulaires et membranaires endocytées, ainsi que des protéines dans les organites en
digérant les organites, comme nous en avons souligné l’existence, par autophagie,
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la voie du protéasome, qui est un mécanisme strictement cytosolique, qui dégradent
essentiellement les protéines cytosoliques ( meme si certaine exceptions avec des protéines
nuclaires)
protéine cytosolique durée de vie limité, c’est protéine cytosolique subissent des modification post-
traductionnelle qui joueront un role important.
Pour acquérir sa fonction biologique, une protéine subit différentes maturations, comme nous avons
vu par exemple pour une protéine destinée à être sécrétée, qui subit différentes étapes de
glycosylations dans le RE et durant son parcours dans le Golgi. Sa conformation finale peut
également faire intervenir des protéines particulières, comme les chaperones.
Cette classe de protéines existe dans tous les organismes vivants, de la bactérie à l’homme. Ces
chaperones sont localisées dans tous les compartiments de la cellule également dans le cytosol
(partie soluble du cytoplasme). Il en existe de grandes familles :
les chaperones moléculaires qui reconnaissent et stabilisent les protéines non repliées ou
partiellement repliées dans leur conformation native, afin que ces protéines ne s’aggrègent
pas ou ne soient dégradées par le protéasome (une protéine devra avoir ca conformation
natives pour ne pas être reconnue comme défectueuse et éliminer par le protéasome)
Ex de chaperones moléculaires : l’HSP 70 et ses homologues dans le cytosol et dans la
matrice mitochondriale, BiP dans le RE et DnaK dans les bactéries
les chaperonines, qui sont indispensables pour que les protéines acquièrent leur
conformation définitive.
o Ex de chaperonines : la famille des HSP 60 chez les eucaryotes.
Ces deux familles de protéines agissent d’une manière dépendante d’énergie issue de l’hydrolyse
d’ATP pour replier les protéines dans une conformation native. A côté de cela, les protéines peuvent
subir des modifications chimiques au niveau de certains résidus d’acides aminés pour acquérir ou
altérer leur activité biologique, ou encore intervenir sur leur durée de vie:, lorsqu’elle sont acquérir
leurs conformation définitives.
l’hydroxylation ( fixation d’un groupe OH )sur les prolines ou les lysines, comme par ex pour
le collagène( protéine sécreter) afin qu’il puisse être sous sa conformation définitive.
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L’hydroxylation est une modification post traductionnelle peut fréquente pour les protéine
cytosoliques.
la méthylation de résidus histidines au niveau des récepteurs membranaires. Peut fréquent
pour les protéines cytosolique
la gamma carboxylation au niveau du
glutamate. Peut concerner les protéine
cytosolique
Cette ubiquitinylation est catalysée par 3 enzymes différentes qui agissent les unes après les
autres selon le schéma suivant :
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( 1er enzyme transfert l’ubiquitine sur l’enzyme de conjugaisons de l’ubiquitine E2)
Toute les lyzine rencontrés dans la chaines peptidique protéines qui doit etre dégradé ne vont
pas être ubiquitiné, c’est l’ubiquitine liguase qui reconnaitra une séquence specifique ou il y aura
une lysine il peut très bien avoir uniquement une seule lysine ubiquitinilé et cela suffira a
adresser la protéine au protéasomes. ( séquence relativement conserver)
On peut reconnaitre spécifiquement une protéine qui va etre dégrader en faisant une IP dirriger
contre l’ubiquitine WB contre la chaine polypeptidique qui doit être degrader avec un AC anti
ubiquitine mes en evidence un smear qui mes en evidence des taille différente en fonction du
degrées d’ubiquitinisation deifférent.
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2. Le protéasome
La chaîne polypeptidique, qui est maintenant polyubiquitinylée est reconnue spécifiquement par le
protéasome. Les protéasomes sont répartis dans tout le cytosol pour cliver les protéines marquées
par l’ubquitine, d’une façon dépendante de l’ATP. Les protéines sont clivées en plusieurs peptides
courts, d’environ 7 à 8 acides aminés. Les molécules d’ubiquitine sont libérées intactes. Ces peptides
libéreré par le protéasome sont ensuite hydrolysés en simples acides aminés par plusieurs
peptidases intracellulaires au niveau cytosolique car les peptides non pas le plus souvent de fonction
physiologique ( tous les peptides dans le cytosol sont dégrader sauf si ils sont protéger glutathion).
Deux catégories de protéines cellulaires sont dégradées par la voie médiée par l’ubiquitine :
les protéines cytosoliques natives dont la durée de vie est strictement contrôlée,
les protéines qui ne sont pas correctement repliées au cours de leur synthèse dans le
réticulum endoplasmique, sont transportées dans le cytosol pour y être dégradées.
Ces deux catégories de protéines contiennent des séquences qui sont reconnues spécifiquement
par les 3 enzymes E1 E2 E3 impliquées dans l’ubiquitinylation.
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Nous prendrons comme exemple, le cas des cyclines qui sont des protéines cytosoliques, dont les
quantités sont strictement régulées au cours du cycle cellulaire. les cyklines sont éliminers une
fois avoir agit a une phase spécifique du cycle cellulaire leur diminution corespondent leur
degradation par la voie du protéasome
Pour verifier que la diminution de la protéine soi du a une dégradation ou une variation de sont
expressions :
on regarde l’ARNm
utilisation d’inhibiteur du protéasome
II.3. Rôles du protéasome dans la vie cellulaire
Par les deux exemples que nous venons de voir, on se rend compte que le protéasome joue un rôle
important dans le contrôle de la progression des cellules dans le cycle cellulaire, dans la transcription
des gènes et également dans la transduction des signaux en éliminant plus favorablement des
phosphatases qui régulent l’activité des kinases des voies de transduction. ( contrôle des voies de
signalisation, contrôle de la prolifération des cellules)
Dans le cas des cellules présentatrices des antigènes, le protéasome est responsable de la libération
de peptides qui peuvent être ensuite présentés par le complexe CMH 1.
Dans certaine cellules cancéreuse on a remarqué une activité du protéasomes très importante qui
surprimerer les anti oncogènes cas certaine tumeurs cérébrale glioblastomes c’est cellules présente
une activité protéasomique extrémement importante et élimine toute les protéines qui
interviendrait avec leur prolifération. ( la plus par de ces protéines sont très toxique pour les cellules
normale sauf une qui est utilisable le bortezomib inhibiteur du protéazome utilisé en clinique dans
des cancer avancé glioblastome et myélome)
La lactacystine permet d’inactiver le protéasome utilisable comme contrôle afin de vérifier que la
diminution d’une protéine sois du au protéasomes est non a une variation d’expression de ces dite
protéines.
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