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Sciences biologiques 2

Dr Bernard BACYE

INRTODUCTION

La pédologie vient du mot Pédon qui veut dire le sol et Logos le


discours, il étudie les caractères et les répartitions des sols, cette sciences fut
créé par un géologue Russe DOKOUCHAEV ; selon sa doctrine :
Le sol est un milieu spécial qui résulte d’une formation continue
Seule l’étude de la formation des sols permet d’expliquer les
caractéristiques des sols.
Au BF 1930 venue de la pédologie en France 1900. Au BF la structure
s’occupant de cette discipline est ORSTOM actuellement l’IRD
Le sol se forme à partir de la roche mère en 3 étapes :
1ère : La désagrégation et l’altération des minéraux.
2eme : La colonisation du produit de l’altération par des végétaux qui
fournissent la matière organique.
3eme : Consiste à la migration et à l’accumulation des matières à l’intérieur du
sol.

Minéralisation et
aminéralisation

Roche mère

Définition du sol : il peut y avoir plusieurs définitions mais ici il peut être
définie comme un produit naturelle en forme de profil forme d’un mélange
variable de minéraux -/+ fragmentés et altérés et de matières organiques à
différent stades de composition qui recouvrent la terre en couche mince et qui

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fournit, lorsqu’il contient des quantités requise d’eau et d’air, la subsistance et


le support mécanique aux plaques.

1ere partie : LES CONSTITUANTS ET LES PROPRIETES DU SOL

INTRODUCTION
Dans la définition du sol on retrouve les principaux constituants qui sont :
La fraction minérale qui est constitué de particules de dimensions et de
forme variable.
La fraction organique qui est constitué d’organisme vivant et de débris
organiques à diffèrent stades de décomposition.
L’eau et les éléments minéraux dissous.
L’air qui est composée des même gaz que l’air atmosphérique et de la
vapeur d’eau.
Les différents constituants du sol sont en interaction les uns avec les autres et
ces interactions définissent les propriétés physiques chimiques et biologiques
du sol, l’étude des constituants et des propriétés comportera 4 chapitre :

1er chapitre : Les constituants du sol


2eme chapitre : Les propriétés physiques
3eme chapitre : Les propriétés chimiques
4eme chapitre : Les propriétés biologiques

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Chapitre 1 : LES CONSTITUANTS DU SOL

I- Constituants minéraux (CM) du sol


Les CM du sol comprennent des fragments de roches, des minéraux primaires
ou résiduels des minéraux 2ndaire d’altération ou de néoformation, les CM
représentent la plus grande fraction du sol environ 83%, ils peuvent être
classés en fonction de leur taille et en fonction de leur nature minéralogique.
1- La taille des constituants minéraux ou granulométrie du sol
Les CM ont des tailles très variées allant de quelques cm à des tailles
inférieures au µ, pour classer les CM en fonction de leur taille on use une
échelle qui a été adopté au niveau mondiale
Terre fine Cailloux
Argiles Limons Sables Graviers Cailloux

0 2µ 20 µm 2mm 20mm
2- La nature minéralogique des CM du sol
L’analyse minéralogique permet de déterminer la nature des minéraux
contenus dans le sol. L’analyse minéralogique des différents fractions montre
que :
o La classe des sables sont formés de fragment de minéraux + /- résistant
a l’altération reflétant la composition de la roche mère, les minéraux les
plus rencontré sont : le quartz, le mica, le feldspath et la calcite pour les
sols calcaire.
o Dans la classe des Limons, les fragments sont beaucoup plus petits à
cause de l’intensité de l’altération seule peuvent subsister le quartz et la
calcite pour les sols calcaire ; on trouve également des minéraux 2ndaire
de néoformation tel que les oxydes et les hydroxydes ; les minéraux
argileux commence à apparaitre dans la classe des Limons.
o Dans la classe des argiles, le minéral primaire que l’on peut retrouver est
le quartz mais la plus grande partie de cette classe est constituée par les
argiles, on peut également trouver de oxydes de fer et des hydroxydes

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Minéraux Iaires : Minéraux IIaire

Si : Silicates Ox : oxyde hydroxydes

M : micas A : argiles

Q : quartz

Composition moyenne des fractions granulométrique (D’après Duchauffour)


3- Les argiles du sol
Ce sont des silicates d’alumine + /- hydraté formé à partir de l’altération des
minéraux silicatés par transformation, néoformation ou par héritage.
Ex de minéraux silicaté : orthose, micas, péridot etc…..
Les argiles ont une structure sous forme de feuillet et chaque feuillet d’argile
est constitué par la superposition de couches ; on distingue 2 types de
couches :
Couche de silice ou couche tétraédrique, formé par l’empilement d’ion
silicium Si4+ délimitant des vides qui ont la forme d’un tétraèdre.
Couche octaédrique, formé par l’empilement sur 2 plans d’une couche
d’oxygène et d’une autre couche d’ions hydroxyde, l’empilement des
ions hydroxyde délimite des vides de forme octaèdre, ces vides sont
occupés en partie par les cations polyvalent, Fer.
En fonction du type d’argile on distingue des feuillets à 2 couches, couche
tétraédrique et une couche octaédrique (type 1/1) Ex : kaolinite

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on distingue également des argiles à 3 couches dont une couche octaédrique


et 2 couches tétraédriques (type 2/1) Ex : illite, vermiculite.
Feuillet
Tc
Type 1/1 Ions assurant la
Oc K+ K+ Ca2+ Mg2+ liaison entre les
feuillets

Feuillet
v
Illite Vermiculite
Eau Tc
Oc
Tc
Montmorillonite type 2/1
Entre les feuillets se trouve un espace d’épaisseur variable et qui contient en
fonction du type d’argile soit de l’eau ou des cations.
En suspension dans l’eau les particules d’argiles sont dotées de charges
négatives (bcp plus nbrse) et de charges positives et quantité varie en fonction
du type d’argile, et les argiles de types 1/1 ont bcp moins de charge que les
argiles de type 2/1 ; compte tenu de leur taille très fine, de leur structure en
feuillet et la présence de charges les argiles présentent des propriétés
particulières qui sont :
Adsorption et l’échange d’ion.
Du fait de la présence de charge les particules d’argile peuvent fixer
temporairement des ions dans l’eau du sol. On définit la capacité d’échange
cationique ou anionique comme la quantité totale de charge négative ou de
charge positive contenu dans 100g d’argile, Ex : pour la Kaolinite la CEC
varie de 5-15milliequivalent/100g d’argile.
Pour l’illite 10-40, la montmorillonite 80-120 La vermiculite 80-150.
La floculation / dispersion
La floculation est la faculté des argiles à former d’agrégats en présence des
cations et la dispersion est la propriété des argiles à rester en suspension dans
l’eau en absence de cations.

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Ca2+

Etat dispersé Etat floculé


Hydratation
Les particules argileuse sont hydrophiles c.-à-d. capable d’absorber de l’eau,
l’absorption de l’eau s’accompagne d’un gonflement du feuillet qui dépend du
type d’argile ; à cette propriété sont associé d’autre propriétés qui sont : la
plasticité (capacités de l’argile à être modelé) ; l’adhésivité (capacité de
l’argile à se coller aux objets).
II- Constituants organiques
Ils comprennent la matière organique vivante et la matière organique non
vivante.
1- Origine de la matière organique
La matière organique provient de l’apport végétal sous forme de débris
racine, feuille, tige et ces débris entretiennent des micro-organismes et la
faune qui apporte également des substances organiques.
2- Composition de la matière organique du sol
On distingue 4 catégories de matière organique :
Les végétaux et les organismes vivants dans le sol, composé des racines
des végétaux, la faune, la microflore, les algues.
Les débris végétaux et animaux appelé matière organique fraiche qui a
sensiblement la même composition que les tissus vivants.
Les produits transitoires comme la cellulose, les protéines, les lipides, les
lignines, le glucose, ils sont appelés ainsi parce que le processus de leur
décomposition n’est pas fini cela sera fait lorsque le carbone sera libéré
sous forme de CO2. Les produits transitoires constituent l’humus jeune.
Les substances humiques provenant de la polymérisation des produits
transitoires, les substances humiques forme l’humus du sol, et on
distingue 3 types : les acides fulviques, les acides humiques et l’humine.
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Du point de vue chimique les éléments constituant la matière organique du sol


sont : le carbone, l’oxygène, l’hydrogène, l’azote, le phosphore, le potassium,
le magnésium, le calcium le soufre, les oligoéléments (fer, cuivre, zinc, bore,
manganèse, Mo).
Le carbone représente 50% à 60% de la matière organique du sol et l’azote
environ 5% de la MO du sol, la teneur de la mo du sol est déterminée à partir
du dosage du carbone organique total du sol.
3- Schéma d’évolution de la matière organique fraiche

Décomposition Produits Minéralisation CO2, NH4+,


MOF transitoires NO3-, Ca2+, K+

etc.
Humification
Minéralisation
Lente
Humus

Les facteurs agissant sur l’humification :


Facteur externe : climat et microclimat, aération, richesse chimique du sol
Facteur interne : composition des débris organiques (substance toxique…)
Phase de décomposition-humification
Lessivage : Agents : Eaux météoriques; Effet ou action : Dissolution de composé soluble

Désagrégation : Agents : faune ; Action : pulvérisation des débris organique

4- Les différents types de substances humiques


En pédologie l’humus peut être pris au sens large ou au sens strict ; au sens
large, l’humus représente l’ensemble de la couche ou horizon qui contient de
la matière organique mais au sens strict, l’humus est constitué par les 3 types
de substances humiques qui sont les acides fluviques, les acides humiques et
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l’humine. Ces 3 substances se distinguent par leur solubilité dans les acides et
les bases.
La fraction humique insoluble à la fois dans les acides et les bases est
l’humine.
Les acides humiques sont soluble dans les solutions alcalines mais insoluble
dans les solutions acides
Les acides fluviques sont solubles à la fois dans les solutions acides que les
solutions alcalines.
Les 3 types de substances humiques présentent une analogie dans la structure,
l’unité structurale est formée par un noyau aromatique comportant des
groupements fonctionnels carboxyles, phénols, quinone et des chaines
aliphatiques (chaine carboné ouvert). L’humine provient des débris végétaux
lié au fait que ses constituants ont été fragmentés.

CHO-CH-C (aliphatique)

Noyau aromatique

COOH (carboxyle)
Quinone
OH (phénol)

Schémas de la structure de la substance humique

5- Propriétés des substances humiques


L’humus est hydrophile il porte des charges avec beaucoup plus de charges
négatives compte tenu de ces caractéristiques, l’humus a les mêmes propriétés
que les argiles (fixation et d’échanges d’ions, d’hydratation et des propriétés
de floculation et de dispersion)
III- Association entre Argile et Humus
L’argile et les substances humiques du sol s’associent pour former le
complexe argilo-humique par l’intermédiaire de cations polyvalents

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Pont cationique
Ca2+, Mg+, Al3+, Fe3+

Argile cation polyvalent Humus

La liaison entre l’argile et l’humus a pour conséquence la floculation des deux


colloïdes.
IV- La solution du sol
C’est l’eau et les éléments minéraux qui sont dissous dans le sol, l’eau
provient de la pluviométrie et est retenue dans les ports et les ions proviennent
de l’altération des minéraux des roches, de la décomposition de la matière
organique du sol et les apports extérieurs.
V- Air du sol
Il contient en plus des gaz de l’air atmosphérique (CO2, N, O2) des gaz issus
de la décomposition de la matière organique du sol, méthane CH4, sulfure
H2S, l’air es contenu dans la porosité du sol tout comme l’eau si bien que la
quantité et la composition de l’air du sol vont dépendre de l’humidité du sol.

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Chapitre 2 : Propriétés Physiques du sol

I- Structures du sol
1- Définition et facteur de structuration du sol
La structure d’un sol est définie comme le mode d’assemblage ou
d’agrégation ou d’assemblage, d’agencement des constituants solide du sol
(matière organique et minéral). La structure définie un état physique a un
moment donné et qui peut évoluer. Les principaux facteurs de la structuration
du sol sont :
La fragmentation mécanique qui est due :
* A l’alternance de l’humification et de la dessiccation entraine la fissuration
du sol.
* Le développement des racines dont la force de pénétration dans le sol fait
éclater la masse du sol
*Au travail du sol qui es à l’ origine d’une structure mécanique artificielle
dont la taille des agrégats dépend des outils utilisés.
L’action des êtres vivants
Elle est à l’origine de structures dite construite par la formation d’agrégats
dont la cohésion exige la présence de liant organique, les êtres vivants qui y
intervienne sont : les bactéries, les champignons, ver de terre. Les bactéries et
les champignons interviennent par la formation de filaments qui enrôlent les
particules minérales en agrégats. Les vers de terre ingèrent de la matière
organique et de la matière minérale et synthétise dans leur TD des substances
chimique qui se lient avec l’argile ingéré pour former le complexe argilo-
humique qui est excrété.
La cimentation d’origine chimique
Les structures sont formées par cimentation qui correspond à la précipitation
et à l’insolubilisation des composés préalablement solubles. Ex : CaCO3
2- Les principaux types de structures du sol

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On distingue principalement 3 types de structures, la structure particulaire,


massive et fragmentaire.
La structure particulaire
Elle se caractérise par le fait que les particules du sol sont disposées les unes
à côté des autres sans cohésion. En fonction de la nature et la taille des
structures, on peut distinguer :
*la structure particulaire sableuse
*la structure particulaire cendreuse
*la structure particulaire graveleuse
La structure massive ou continue
Elle se caractérise par le fait que la couche de sol forme un bloc unique avec
une forte cohésion entre les particules. En fonction de la taille et de la nature
des particules on distingue :
*la structure massive en ciment
*la structure massive en grès
*la structure massive en poudingue
La structure fragmentaire
Elle est caractérisée par le fait que les particules du sol sont regroupées en
agrégat ayant des formes et des dimensions variées. La taille et la forme vont
dépendre des facteurs de structuration.
3- Importance de la structure
La structure du sol conditionne la disposition et la circulation de l’eau et de
l’air, elle conditionne la facilité de travail du sol et l’activité porosique.
4- Stabilité de la structure du sol
Elle se définie comme la résistance des agrégats (éléments structuraux), les
facteurs intervenant dans la S de la structure sont :
o la composition granulométrique du sol,
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o la présence de cations échangeables dans le sol


o la présence de l’humus dans le sol.
Ses 2 rôles sont de permettre la formation du complexe argilo-humique et sa
faible mouillabilité.
II- La texture du sol
Elle désigne les propriétés physiques du sol qui résultent de la taille des
constituants minéraux en présence de l’eau autrement dit c’est un jugement
sur les propriétés physique qui englobe à la fois la composition
granulométrique et les propriétés qui en découlent. Par ex quand on dit que le
sol est de structure sableuse cela veut dire que du point de vue
granulométrique c’est le sable qui domine malgré la présence d’autres
fractions et les propriétés de la texture sableuse : sol perméable, meuble, le
ressuyage. La texture du sol peut être apprécié sur le terrain comme au
laboratoire ;
Sur le terrain, on prend un échantillon de sol on le mouille et le triture entre
les doigts pour apprécier les propriétés physique liées à la présence de l’eau.
Au laboratoire, on la détermine à partir de la composition granulométrique su
sol et à l’aide d’un triangle de texture
A L A Argilo-limoneuse

L S
III- Porosité du sol
1- définition
Elle désigne l’ensemble des vides contenus dans le sol du à la composition
granulométrique du sol et à la structure du sol, et la porosité total du sol se
définie comme le pourcentage du volume des vides sur le volume apparent du
sol : (%) = 100 . Selon la taille des vides on distingue :

o la macroporosité qui sont des pores de plus gros diamètres et qui résulte
de l’activité biologique et / ou la fragmentation mécanique, l’eau y circule
librement sous l’effet de la gravité ou la pesanteur.

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o La microporosité constituée par des pores de diamètre plus fin appelés


capillaires de taille inférieur à 10 µm, l’eau y est retenue.

2- Mesure de la porosité du sol


On détermine la porosité du sol par une mesure indirecte à partir de la relation

(% ) =
Pt : porosité total Dr : densité réelle # 2,6
M : masse du sol Da : densité apparente, =
Va : volume apparent

La densité apparente du sol varie de 1,1 à 1,8 et la porosité varie de 30 à 70%.


IV- L’eau du sol

1- La rétention de l’eau

a- Humidité du sol
Ou encore teneur en eau du sol peut être définie soit en masse ou en volume,
humidité massique : (%) =
M : masse du sol, m : masse de l’eau

Humidité volumique : (%) = *100


V : volume du sol, v : volume de l’eau.

Relation qui lie les humidités est :


Hm : humidité massique Hv : humidité volumique

On mesure l’humidité massique à travers la méthode suivante :

-prélèvement – peser le poids de l’échantillon humide –sécher à l’étuve – peser le poids de l’échantillon séché

(%) =

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2- Les formes de l’eau dans le sol


Apres une pluie abondante ou un arrosage abondant l’eau, l’eau occupe tous
les vides, cette eau est soumise à différentes forces qui déterminent les
différentes forme d’eau :
o L’eau gravitaire : Celle-ci après la pluie s’écoule en profondeur à cause
de la gravité, elle correspond à l’eau contenue dans la macroporosité,
l’écoulement de l’eau de gravité correspond au phénomène de ressuyage du
sol
o L’eau contenue dans le sol après le ressuyage : elle occupe la
microporosité. Si elle est retenue c’est que les forces qui la retiennent sont
plus importantes que la gravité. elle se subdivise en 2 :
-l’eau capillaire : eau occupant des pores de diamètre 0,2µm<Ø<10 µm.
Cette eau est facilement utilisable par la plante.
-eau liée ou eau d’absorption
Le potentiel capillaire
Le potentiel capillaire exprime l’intensité des forces de rétention de l’eau
et par conséquent l’importance du travail qu’il faut fournir pour extraire cette
eau. Il s’exprime soit sous forme de pression évalué en atmosphère ou en bar
soit sous forme d’une hauteur d’ascension capillaire évalué en cm d’une
hauteur. 1atm= h=1000cm
Le potentiel de l’eau du sol varie de 0 à 10000atm et on exprime couramment
le potentiel capillaire par le logarithme de la hauteur (h) appelé le Pf :
( )
Pf de l’eau gravitaire est < 1,8

Pf de l’eau capillaire est 2,5 < Pf < 4,2

Pf de l’eau liée est > 4,2

3- La circulation de l’eau dans le sol


On distingue deux mouvements de l’eau dans le sol :
La percolation et la diffusion capillaire

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La percolation est le déplacement (latéral ou vertical)


de l’eau dans le sol sous l’effet des forces de gravités. Elle dépend de la
perméabilité ; de la capacité du sol à se laisser traverser par l’eau (il s’agit de
la vitesse d’infiltration de l’eau) elle s’exprime en cm /heure. La perméabilité
dépend de la porosité, la texture, la structure.
La diffusion capillaire est le déplacement de l’eau
dans tous les sens. En principe l’eau diffuse des endroits humides vers les
endroits sec cela dépend du potentiel qui retient l’eau c’est du potentiel le
plus bas vers le potentiel le plus élevé.
Le phénomène de diffusion peut se produire de bas en haut des horizons
profonds vers les horizons de surface : on parle de remonter capillaire. Le
binage consiste à travailler la surface du sol.

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Chap. III :

1- Pouvoir absorbant du sol


Exp 1 Exp 2
Burin
Burin noir et d’odeur
ammoniacale

Sable pure

Terre argileuse

Filtrat noir et à
odeur
ammoniacale
Filtrat incolore et
inodore

Résultat 1 : Le filtrat est débarrassé des substances organiques et minérales qui sont à l’origine de
l’odeur ammoniacale et de la couleur noir.

Interprétation 1 : La terre argileuse possède une certaine capacité à fixer les substances organiques et
minérales.

Résultats 2: le filtrat est incolore au inodore et devient de plus en plus trouble avec une couleur noir et
une odeur ammoniacale lorsqu’on continue d’ajouter le burin. Avec le sable pure le filtrat a une couleur
noir et une odeur ammoniacale dès les 1ères gouttes de purin.

Interprétation 2: L’argile à l’opposé du sable, a une certaine capacité de retenir les substances
organiques et minérales ; Si on utilisait l’humus on allait avoir le même résultat. Comme l’argile,
l’humus possède la capacité de retenir les substances organiques et minérales.

Cette capacité peut être saturée et c’est ce qui explique que le substrat devient trouble avec les
caractéristiques du purin.

Définition du pouvoir absorbant : Le pouvoir absorbant d’un sol est défini


comme la propriété de ce sol de fixer de manière réversible des ions contenus
dans la solution du sol. Cette propriété est liée à la présence d’une part de
l’argile et de l’humus qui forme le complexe absorbant et d’autres part de la
solution du sol.

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2- Echange d’ions dans le sol


La mise en évidence
Acétate d’ammonium

Sol

Filtrat contenant Ca2+ ;


Mg2+, K+, Na+, NH4+

Complexe absorbant ensemble des charges négative et positive qui sont


présent dans le sol retient ou fixe les ions.
Résultat : le filtrat contient moins d’ions d’ammonium que la solution
d’acétate mais contient en plus d’autres cations.
Interprétation : Les ions ammonium apporté par l’acétate ont chassés les
cations Mg2+, Ca2+, K+ dans la solution du sol et ont pris leur place sur le
complexe absorbant. Le passage des ions de la solution du sol au complexe
absorbant et vice versa constitue le phénomène d’échange d’ions dans le sol
(cations échangeables).Les ions recueillent dans le filtrat sont appelés des
cations échangeables. Pour qu’il ait échange d’ions, il faut qu’il y ait le
complexe absorbant et la solution du sol.
Loi de l’échange d’ion dans le sol
Ce phénomène est régit par un certain nombre de loi dont les principales sont:

L’équivalence électrique entre les ions échangés


Cela veut dire que le déplacement d’un ion de complexe vers la solution du
sol entraine l’absorption d’ion de même valence

Solution CA
2++
Ca² K Mg²
Ca

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Loi de l’équilibre entre les ions fixés au complexe et les ions libres de la
solution du sol
Solution
Ca² Ca²

Ca² Ca²

Elle entraine deux indications :


Lorsqu’on enrichit la solution du sol avec le calcium on va avoir un
déplacement de l’équilibre vers un enrichissement du complexe absorbant du
calcium ; une élévation de la concentration.
Lorsque la solution du sol est appauvrie en calcium (absorption par racines)
on a un déplacement de l’équilibre visant à enrichir la solution du sol. C’est ce
phénomène qui fait qu’on peut enrichir le sol

loi de la sélectivité dans l’adsorption des ions sur le complexe


Un certains nombres de facteurs agissent sur l’échangeabilité des ions :

Facteurs de Rôle dans l’échange d’ion Observation


sélectivité
Valence des ions Plus la valeur d’un ion est Al3+, Ca2+,
élevé plus il est fortement Na+
retenu sur le complexe
Etat hydraté des Pour une même valence un Na+ < K+
ions cation est autant plus absorbé Mg2+ < Ca2+
sur le complexe que son rayon
hydraté est petit sa faculté de
s’entourer de molécule dans
l’eau est faible
Etat de saturation Un cation est autant plus
du complexe absorbé sur le complexe que ce
absorbant dernier en est appauvrit

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3- Mécanisme de fixation et d’échange d’ions dans le sol


a- Mécanisme de fixation

Ca Pont cationique

CA + Ca + - H2PO4

+K
-H2PO4 calcique

Les cations se fixent sur les charges négatives du complexe absorbant. Les
anions vont se fixés sur les charges positives du CA ; les anions qu’on
rencontre le plus fréquemment dans le sol sont : H2PO4-, HPO42-, Cl-, SO42- et
NO3-. SO42- et NO3- ne peuvent pas se fixer sur le complexe absorbant par
contre H2PO4-, HPO42-, Cl- le peuvent.
b- Mécanisme d’échanges d’ions

+
+ +
+
+
+
CA +
+ +
+ +
+ +
+ +

Le mécanisme d’échange d’ion est expliqué par la formation de la double


couche diffuse. En effet autour des charges négative du complexe absorbant
se forme un nuage d’ion en mouvement comparable à un essaim d’abeille et la
disposition des ions dans la couche est fonctions des facteurs de sélectivité.
4- Valeurs caractéristiques du complexe absorbant (CA)
1- la capacité d’échange cationique (CEC)
La CEC est la quantité maximal de cation que 100g de sol sont capable de
fixé. Elle représente la quantité totale d’échange négative disponible dans
100g de sol pour la fixation des cations.

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La valeur de la CEC est exprimé soit en milliéquivalent (méq/100g de sol)


soit en centimol (Cmol/kg de sol).
m
Eq =
v
La CEC varie en fonction de la teneur en argile et aussi la nature de l’humus
du sol.
Exo : pour Ca : Eq : 40/20=20g, si un sol a un CEC de 18 méq/100g, quelle
est la quantité de Ca nécessaire pour occuper cette CEC ?
20*18=360 méq/g.
2- la somme des cations échangeable (S).
S est la (SCE) ou (S des bases E) et les cations concernés sont : Ca2+, Mg2+,
K+, Na+
S= Ca² + Mg² + K
S est exprimé en centimol ; méq/100g de sol

S= meqCa² + meqMg² + meqK + meqNa

La différence entre la CEC et S donne la quantité d’ion acide dans le sol (H ;


Al³ ) : CEC S = (H ; Al³ )
3- le taux de saturation (V)
Est la somme des bases échangeable sur CEC multiplié par 100.

V(%) = x 100

V>50% sol saturé en bases. V<50% sol désaturé en bases.


5- Ph du sol
a- L’origine des ions H dans le sol

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Les ions H+ proviennent des acides organiques qui proviennent eux aussi des
Ca2 ; libérée par l’activité biologique et qui se combine avec l’eau pour
donner l’ion acide carbonique qui se dissocie pour donner H+ et HCO2- :
CO2 + H2O H2CO3 H HCO3
Les ions H proviennent également de l’aluminium libre.
Al + 3H2O Al(OH)3 + 3H
Il existe deux formes d’acidités :

L’acidité actuelle qui désigne la concentration en H existant dans la


solution du sol et correspondant au ph eau. C’est-à-dire le ph qui est
mesuré en mélangeant le sol avec de l’eau distillée
L’acidité potentielle ou échange qui désigne la concentration en ion H
présent dans la solution du sol et ceux fixé sur le complexe absorbant et
correspondant au ph KCl ; le ph qui est mesuré en mélangeant le sol
avec une solution normal de KCl

+H Solution : H+ NO3-
CA
2H+ SO42-
+H

Généralement le ph KCl d’une solution du sol donné est inférieur au ph eau de


0,5 à 1 unité. Pour pouvoir mesurer le ph au labo, les proportions Sol/eau sont
1/2,5. Par exemple : 10g de sol 2,5 eau.
Le ph eau du sol peut varier de 2 à 10 ; mais généralement pour le ph eau des
sols de cultures varient entre 4 à 8,5
b- Le pouvoir tampon du sol
On remarque que le sol a tendance à s’opposer à la résistance à son ph. Cette
résistance est appelé pouvoir tampon du sol ; il est dû à la présence des
colloïdes (humus) plus la teneur en colloïde est élevé plus le pouvoir tampon
est élevé.

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Chap. IV :

I- Composants biologiques du sol


Les composants biologiques du sol comprennent des organismes divers
repartis dans différents groupe qui sont : La faune du sol ; la micro sol et les
racines des végétaux
1- La faune du sol et son rôle
Elle comprend l’ensemble des organismes animaux vivant dans le sol et qui
peuvent être repartit selon leur cadre :

Groupe de la microfaune regroupe les organismes animaux de taille inf à


0,2mm. Ce groupe est constitué par les protozoaires.
Groupe de la mésofaune taille comprise entre 02mm et 1cm et regroupe
les collemboles, acariens.
Macrofaune regroupe les mollusques, arthropodes, vers de terre taille
sup à 1cm.
La faune du sol ou pédofaune joue un rôle important dans le processus de la
formation du sol liée à la dynamique de la matière organique ou au
mouvement des matières.
Rôle de la faune dans la fragmentation de la matière organique
La 1ère étape de la transformation de la matière organique est la fragmentation
sous l’action de la faune du sol. Au cours de cette fragmentation divers
groupes de faunes se succède sur le substrat aboutissant à son voyage fin.
La fragmentation des débris par la faune du sol augmente considérablement
la surface de contact ce qui favorise l’action de la microflore du sol.
Rôle de la faune dans l’humification

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Certaines espèces de faunes participent directement à la formation de


l’humus. Par exemple : les vers de terre ingèrent de la matière organique qui
est transformé en partie au cours du transit intestinal en humus qui est rejetée
sous forme d’excrétât.
Rôle de la faune dans le mouvement de matière
L’activité fuisseuse de la faune se traduit par des remontés de matière minéral
souvent à de très grande profondeur et des descentes de matière organique ce
qui permet la formation d’horizon appauvri ou enrichie en ses éléments.
Rôle de la faune dans l’évolution des propriétés physiques et
chimiques du sol
Rôle dans les propriétés physiques du sol : l’activité fuisseuse des
différents groupes du sol se traduit par la création de gallérie qui permet
l’aération du sol. Egalement les matériaux transportés et déposés dans les
horizons peuvent modifier la texture et la structure du sol.
Rôle sur les propriétés chimiques : les remontés des termites sont
généralement riche en argile ce qui modifie la capacité d’échange cationique
des sols.
2- La microflore du sol et son rôle
Elle comprend des espèces appartenant aux groupes suivants : bactéries ;
champignons ; actinomycètes et les algues :

Les bactéries
Ils constituent le plus important groupe de micro-organisme du sol. La
biomasse bactérienne varie de 1-7tonnes /ha. Ils peuvent être classé en
fonction de leur milieu de vie ou source d’énergie ;
En fonction du milieu de vie on a : bactéries aérobies (rhizobium ;
nitrosomonas) ; bactéries anaérobies (clostridium).
En fonction de la source d’énergie on a :

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Les bactéries hétérotrophes tirent leur source de carbone et


d’énergie à partir de l’oxydation des composés minéraux du sol. La plupart
des bactéries appartiennent à ce groupe ;
Les Bactéries autotrophes tirent leur source d’énergie à partir
de l’oxydation des composés minéraux du sol. le carbone est fourni par le CO2
de l’air. Exemple : nitrosomonas, nitrobacter
Les Bactéries semi-autotrophe : bactéries fixatrices d’azote
source d’énergie fourni par la plante avec laquelle elles vivent en symbiose
cas du rhizobium qui vie avec les légumineuses.
Le rôle des bactéries dans le sol :
Elles interviennent dans la décomposition de la matière organique à travers
l’intervention successive de différents groupes de bactéries.

( )

Les bactéries s’associent avec des plantes on distingue des associations libres
dans lequel les bactéries sont attirées par des exsudats racinaires et se
développent autour des racines dans les rhizosphères. Les bactéries utilisent
les substances exsudées par les racines fournissant en retour aux plantes des
substances nécessaires à leur croissance. Exemple : Azotobacter
On a également les associations symbiotiques dans lesquels les bactéries du
genre rhizobium se développent dans les nodosités des légumineuses et utilise
le carbone fourni par la plante hôte en retour elles fournissent à la plante hôte
une partie de l’azote atmosphérique qu’elles ont fixées.

Les champignons
Le sol contient 01 à 15tonne/ha d’échantillons. Les genres les plus récemment
rencontrés sont : Aspergillus, fusarium
Rôle des champignons dans le sol
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*Ils participent à la décomposition de la matière organique notamment la


dégradation des substrats simple comme les sucres les protéines. Mais leur
rôle est surtout apprécier dans la transformation des constituants qui régissent
à l’attaque des bactéries. Ce sont : La cellulose et la lignine.
*L’association avec les plantes : ils peuvent s’associer en symbiose avec les
plantes en formant des mycorhizes. Ces mycorhizes permettent de solubiliser
certains composés du sol au profit de la plante. Ils permettent également
l’absorption de l’eau surtout au niveau des algues.

Les actinomycètes

Il présente environ de la biomasse bactérienne du sol. Les espèces les plus


rencontrés sont : Streptomycètes et no cardia

Les streptomycètes
Ils jouent un rôle important dans le sol en raison de leur attitude à dégrader les
substances difficilement décomposable par les champignons et les bactéries
(exemple : le Tannin) et synthétiser les substances antibiotiques.

Les algues
Ils se rencontrent surtout à la surface du sol en raison de leur attitude à
effectuer la photosynthèse. Leur nombre est inférieur à celui des
champignons. Leur rôle se limite à la formule de la MO au sol. Cependant
certain espèces d’algues sont capable de fixer l’azote atmosphérique
II- Facteurs contrôlant l’activité biologique du sol
L’activité des organismes du sol est modulée par de nombreux facteurs liés
aux caractéristiques du sol
a- L’humidité
Elle intervient dans l’activité biologique directement par son caractère
indispensable à la vie. Elle intervient indirectement dans l’activité biologique

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en modifiant l’équilibre gazeuse dans le sol ce qui entraine une répartition


entre les organes aérobies et les organes anaérobies.
b- L’aération du sol
L’équilibre gazeux du sol influence la composition et la répartition des
organismes vivant dans le sol. En général la plupart des organismes vivant
dans le sol ont besoins de la présence de l’O2.
c- La température
Elle est indispensable aux réactions biochimiques dans le sol et les variations
de T°C modifient la composition et l’activité des microorganismes. En
général des T°C élevés sont plus favorables à l’activité biologique.
d- Les autres facteurs
De nombreux autres facteurs contrôlent l’activité des organismes vivants dans
le sol. On peut citer la MO, la structure, la texture, le ph.
III- Transformation microbienne des éléments dans le sol : cycle
biologique des éléments
Cycle biologique des éléments chimiques dans la nature

Formes Formes
Formes minérales Synthèse consommation et synthèse
organiques organiques
CO2
Végétales végétales animale animales

Décomposition
par la microflore
enzyme

La transformation dans le sol des éléments est liée au microorganisme mais


aussi des enzymes (substances d’origine biologique)
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Le cycle biologique du carbone et transformation microbienne des composés


carbonés
Le cycle du carbone comporte 4 étapes :
1ère étape : Organisation du carbone.
Le point de départ est le CO2 qui sera utilisé par les végétaux lors de la
photosynthèse pour fabriquer du glucose et les autres composés carbonés
(sucres, cellulose, amidon). Cette étape assure le passage du carbone de la
forme minérale vers la forme organique végétale.
2ème étape : la consommation de la matière organique végétale par les
animaux qui la transforme considérablement en CO2 qui est rejeté dans
l’atmosphère en composé organique d’animaux et d’excrétas des animaux
constitué par les restes de la matière organique non transformée. Seulement
1/10 de la matière organique synthétisée par les végétales.
3ème étape : l’étape de la décomposition.
A la mort des organismes vivants, la biomasse retourne au sol sous forme de
matière fraiche qui va être progressivement décomposée et minéralisée. C’est
au cours de cette étape que la plus grande partie du CO2 retourne dans
l’atmosphère.
4ème étape : Formation de réserve du carbone.
Au cours de la transformation de matière organique fraiche apparaissent des
composés organique +/- polymérisés formant l’humus qui va se lié à la
fraction minérale du sol.
Transformation microbienne des composés carbonés
Deux types de composés carbonés : les composés glucidiques : ils
comprennent les sucres simples (glucose, fructose), les polyosides (amidon,
hémicellulose) ; les composés carbonés constitués par des substances
aromatique : les phénols simples et leurs polymères (les substances
peptidique) la lignine, le tannin (polymère).

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Transformation des composés carbonés


On distingue principalement deux processus de transformation des composés
carbonés :

La décompositions ou biodégradation : la décomposition des


composés est l’œuvre des microorganismes qui transforment les composés
complexes en composés simples.
Exemple : C6H12O6+O2---------CO2+H2O
Saccharose-------fructose + glucose
Cellulose--------- oligosaccharide + cello-destrines
L’étape finale est la libération du carbone sous forme de CO2. Cette étape est
appelée minéralisation du carbone. La vitesse de décomposition des composés
carbonés dépend de la nature de ses composés. Exemple:

la décomposition des sucres simples et de l’amidon est rapide parce


que ces composés constituent une source de carbone facilement décomposable
et sont toujours attaqués les 1er ; en milieu aérobie les glucides vont donner du
CO2 et en milieu anaérobie du CH4 (méthane)
la décomposition de la cellulose ou cellulolyse : la
décomposition de la cellulose produit des pentoses et des hexoses, une partie
de ces produits va être utilisé comme aliment énergétique et sera entièrement
décomposé en CO2 et l’autre partie sera transformée en polysaccharide
(structure de microorganisme) et en humus.
La décomposition de la lignine ou ligninolyse : elle est
difficile à cause de sa structure chimique complexe, on aboutit à des
composés qui participent à la formation de l’humus.
La synthèse des composés humique ou humification : les
composés issus de la décomposition de la cellulose, la lignine, des hyalins
vont subir un processus de polymérisation aboutissant à la formation de
é é
l’humus ; on appelle coefficient isohumique = .
é

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Cycle et transformation microbienne de l’azote N

a- Les sources d’azote minéral dans le sol


Le N présent dans le sol provient de diverse sources : la fixation de l’N de
l’air, la décomposition de la m o du sol, les retombés atmosphériques et les
apports d’engrais.
La fixation de l’azote atmosphérique
Certaines bactéries du sol sont capable de fixer l’N atmosphérique et il y a
deux types : la F symbiotique et la F non symbiotique ou F libre ;
N2+6H++6e- ---------->2NH3

N2

Fixation

La fixation symbiotique : elle est due aux bactéries du genre Rhizobium qui
vivent dans les nodosités (partie assurant la symbiose entre les bactéries et la
plante des racines) des légumineuses.
La fixation non symbiotique : elle est l’œuvre de bactéries qui vivent
librement dans la rhizosphère, elles tirent leurs sources de carbone ou d’E des
exsudats racinaires et sont capable de fixer l’N de l’air.
La décomposition de la matière organique
La minéralisation de l’N contenu dans la matière organique libère l’N sous
forme d’azote nitrique NO3- et ammoniacal NH4+.
Les retombés atmosphériques
Les pluies peuvent contenir de l’N sous forme NO3- et NH4+ qui proviennent
de la volatilisation de N ou des poussières.
Les engrais
L’N peut être apporté au sol sous forme d’engrais.
b- Le cycle de l’azote

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Il comprend principalement les étapes suivantes :


1ère étape : Edification de l’N organique végétal
Les plantes absorbent l’N organique du sol sous forme d’N minéral qui es
combiné dans les tissus végétaux avec d’autres éléments nutritifs pour donner
des protéines végétales
2ème étape : Consommation et transformation de l’N organique végétal en N
organique animal
Les protéines végétales sont consommées par les animaux qui les
transforment en protéines animale, au cours de cette étapes seulement 30%
d’N organique végétale sont transformés en N organique animal ; le reste est
rejetées sous forme de déjection riche en N (constitué d’urine et des fèces).
3ème étapes : Transfo de l’N organique en N minérale
Une grande partie de la biomasse végétale retourne au sol et constitue avec les
déchets animaux une source d’N organique qui va être décomposé en N
minérale avec la formation de l’ammonium puis des nitrates.

c- Transformation microbienne de l’Azote dans le sol


L’N contenu dans la Mo subit une décomposition en 3 étapes :
La protéolyse qui est la transformation enzymatique des protides en
polypeptides puis en Aa.
L’ammonification qui est la transformation des Aa en ammoniaque
puis en ammonium, elle est le plus souvent de nature biologique et les
microorganismes intervenant appartiennent à une diversité d’espèces de
bactéries, de champignons et d’actinomycètes de sorte que l’ammonification
n’a pas d’exigences écologiques particulières.
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La nitrification c’est la transformation de l’ammonium en nitrate ; c’est


un processus d’oxydation qui se fait par l’intervention successive de bactéries
des genres Nitrosomonas et Nitrobacter. Elle s’effectue en 2 étapes :
- La nitrosation ou nitritation qui consiste à la transformation de l’N
en nitrite par l’intervention des Nitrosomonas avec la production
d’E.
- Nitratation qui correspond a la transformation des ions nitrites en
nitrate par l’intervention des bacters.
Nb : La nitrification a des exigences écologiques strictes, il faut la présence
des nitrates dans le sol, il faut de l’O2 dans le milieu et que le Ph soit proche
de la neutralité.
La dénitrification c’est un processus de transformation biologique par
lequel les nitrates sont réduits à l’état d’N gazeux N2, N2O, NH3 ; les facteurs
de la dénitrification sont, la présence de nitrite, l’absence d’O2 dans le milieu
et la présence de substrats carbonés.
Immobilisation ou réorganisation de l’Azote
Il s’agit de l’utilisation par les microorganismes de l’N minéral du sol pour
des synthèses microbiennes, on dit qu’il y’a immobilisation de l’N minéral ou
encore réorganisation ; ce processus dépend de l’activité biologie du sol et du
rapport C/N de la Mo, la réorganisation es d’autant plus élevé que le rapport
C/N est élevé.

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Chapitre 5: Pédogénèse

Introduction
Pédogénèse : est l’étude de la formation et de l’évolution des sols sous
l’influence de plusieurs facteurs.
Les horizons : un horizon est une couche plus ou moins parallèle à la surface
du sol caractérisé par son épaisseur, sa texture, sa structure, sa couleur et par
d’autres caractéristiques qui la distingue des autres couches. On distingue 3
horizons fondamentaux :
o Horizon A, est un horizon de surface qui contient de la matière
organique qui la colore en couleur sombre (noir marron) ; il peut être
subdivisé en sous horizons :
Horizon A00 noté L (litière) : est constitué par des débris
végétaux reconnaissables.
Horizon A0 : est constitué essentiellement par de la matière
organique en décomposition non reconnaissable.
Horizon A1 : est constitué par de la matière minérale mélangé
a la matière organique.
Horizon A2 : horizon de couleur clair caractérisé par un
appauvrissement en argile (lessivé).
Nb : pour un sol donné cette structure n’est pas certaine.
o Horizon B : c’est un horizon minéral de couleur vive pauvre en mo
mais riche en argile et en oxyde et hydroxyde de fer et d’aluminium. Il peut
être noté (B) pour indiquer que c’est un horizon B en cour de formation. Il
peut être marqué par des processus d’accumulation de substance. exemple : Bh
qui signifie que c’est un horizon B qui a accumulé de l’humus ; Bs : il y’a eu
accumulation de sesquioxyde de Fe et Al.
o Horizon C : est constitué par la roche mère en voie de décomposition.
o Roche mère

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A00

A0

A1
A2

Roche mère

Nb : ABC sont des horizons fondamentaux qui caractérisent le sol cependant


elle n’est pas universelle sur tous les sols.
Le profil du sol : est une coupe verticale du sol allant de la surface jusqu’à la
roche mère, qui est constitué par différents horizons.
I- Processus de la pédogénèse
Trois processus caractérisent la formation et l’évolution des sols :
La désagrégation des roches.
L’évolution de la matière organique.
Les migrations et accumulations de matériaux.

1- Processus d’altération et désagrégation des roches

La désagrégation : est un processus physique qui provoque des fissures


et des craquelures dans la roche qui aboutissent à la formation de petits
fragment de roches, les facteurs de la désagrégation physique sont : la
température, les racines des végétaux, l’érosion (vent, pluie), le gel.
Altération chimique : les minéraux des roches sont attaqués
chimiquement, aboutissant à des substances chimiques plus simple qui à leur
tour vont se combiné pour former des minéraux secondaires surtout des
argiles. On distingue plusieurs processus d’altération chimique : -la
dissolution : des roches calcaires qui sont altérées en présence de l’eau
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chargée de CO2 ; CaCO3+H2O+CO2-------Ca2++2OH- . -


l’hydrolyse des roches cristalline qui est une transformation des minéraux
soit par les ions H+ soit par les ions OH-.

2- Evolution de la matière organique


Après de la colonisation des produits de la désagrégation et de l’altération des
minéraux des roches par les végétaux, il y a production de débris organique ou
matière organique fraiche qui vont évoluer dans le sol selon deux processus :
1er processus : la minéralisation : qui aboutit à la formation de
2ème processus : l’humification : qui aboutit à la formation de l’humus qui va
se lié à l’argile du sol pour former le complexe argilo-humique qui est à la
base de la stabilisation du sol. On distingue plusieurs types d’humus en
fonction des conditions de la pédogénèse :
* l’humus brute ou mort : humus formé en milieu acide (pH env. 3) ou
l’activité biologique est très faible et la décomposition des débris végétaux est
très lente provoquant une accumulation de ses débris avec la formation d’un
horizon A00 ou L puis d’un horizon A0 qui repose sur un horizon A1 peut
épais.
* le Moder : humus des milieux ou l’activité biologique est assez rapide, il est
formé par un horizon A0 qui est moins épais 2-3cm et qui repose sur un
horizon A1.
* le Mul : il caractérise les milieux ou la décomposition est très rapide se
traduisant par une absence d’accumulation de débris en surface (horizon A00)
et on a un horizon A1 épais.
* Anmoor : c’est un humus qui caractérise les milieux temporairement
inondés se traduisant par la présence d’un horizon A0 peu épais et A1 épais.
*la Tourbe : caractérise les milieux riches en mo et permanemment soumis à
l’hydromorphie, elle est composée de cellulose et de lignine formant un
horizon A0 épais noir ou brun avec une structure fibreuse

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CO2,NH3,NH4+,NO3,Ca
2+ +
,K etc.

Débris
végétaux
MOF

Humus

3- Les migrations et accumulations de matériaux


Migration : corresponde au déplacement des éléments du complexe
d’altération à l’intérieur du profil sous l’influence de différents facteurs ; les
migrations aboutissent à la formation d’horizon caractéristique : Les horizons
appauvrit ou éluvial (d’où partent les éléments) et les horizons enrichit ou
illuvial (ou les éléments sont transportés). On distingue plusieurs types de
migration :
* les migrations descendantes : corresponde à un déplacement vertical (haut
en bas) des éléments
A

*les migrations obliques : corresponde à des déplacements latéraux des


éléments le long des pentes qui aboutissent à un enrichissement des parties
basses et un appauvrissement des parties basses. Il y’a plusieurs type de
migration descendante ou oblique en fonction des éléments concerné :
Le lessivage qui et le déplacement verticale et oblique des particules solide
généralement les argiles.
La lixiviation est le déplacement vertical et oblique des éléments sous forme
d’ions qui se trouve dans la solution du sol
La chéluviation est le déplacement vertical et oblique des complexes
organométalliques.

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*les migrations ascendantes : concerne les éléments éléments solubles qui


remontent vers les horizons de surface avec les mouvements de la nappe
phréatique.
II- Les facteurs de la pédogénèse
1- Le climat
Il constitue l’un des facteurs les plus importants de la formation et de
l’évolution des sols car le climat agit sur les 3 processus fondamentaux de la
pédogénèse.
Action du climat dans le processus de désagrégation : le climat à travers
la température, le vent, la pluie influence la désagrégation et l’altération de la
roche, et ces processus sont plus rapides en climat chaud qu’en climat humide.
Action du climat sur l’évolution de la mat o : les processus de
transformation de la m o sont influencés par les agents climatiques qui sont :
la température, l’humidité et l’aération qui agissent sur l’activité biologique
du sol.
Action du climat sur les migrations : les migrations des éléments à
l’intérieur du profil dépendent du drainage climatique qui est la différence
entre la pluviométrie et l’évapotranspiration = P ET. Plus la pluviométrie
est importante plus le drainage est important plus la migration est importante.
2- La roche mère
Le rôle de la roche mère est secondaire par apport à l’action du climat si bien
qu’à l’échelle mondiale, la roche mère n’intervient qu’en ralentissant ou en
accélérant les processus de la pédogénèse. Cependant dans une même zone
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climatique la roche mère peut avoir un rôle prépondérant en conférant au sol


ses caractéristiques.
3- Le relief
Il a deux types d’actions dans la pédogénèse à travers deux processus :
*l’érosion : est le transport de la partie superficiel du sol il est l’effet contraire
de la pédogénèse car la pédogénèse forme et lui il rajeunit le sol (s’oppose à
son évolution).
*le lessivage ou lixiviation obliques
*le relief agissant sur l’hydromorphie : il se traduit par la formation de zones
qui sont mal drainé en bas de pente. Lorsque qu’il y’ a hydro son action se
traduit par la formation de sol hydromorphie, il y’a deux type :
Sol hydromorphe à Gley : lorsque qu’il hydromorphie son action réduit le fer
donnant des sols gley de couleur gris et constamment engorgé d’eau.
Sol hydromorphe à pseudo Gley : caractérise les milieux temporairement
inondés ; le sol de couleur gris avec des taches rouilles.
4- La végétation
Elle intervient dans la pédogénèse à travers le type d’humus qu’il permet
d’avoir. Elle agit aussi à travers le microclimat qu’elle permet d’avoir et ce
micro climat va protéger le sol de la dégradation. Elle a une action physique
liée à l’action des racines qui participent à la désagrégation et à l’altération
des minéraux des roches mais aussi à la structuration du sol.
5- L’homme
A travers la mise en culture l’homme modifie l’évolution du sol surtout au
niveau des couches superficielles, cette évolution se traduit par une
dégradation des caractéristiques du sol. Cependant l’homme peut régénérer les
sols dégradés à travers les reboisements, les aménagements érosifs, les
aménagements de drainages.

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