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03 février 2023
Restitution des résultats du projet
CASDAR RT CARIBOU
Ordre du jour
▪ Contexte et objectifs du projet
▪ Partie 1 : Parcelles expérimentales du projet
▪ Partie 2 : Identification de la diversité fongique dans la
noyeraie française et développement d’un outil de détection
▪ Partie 3 : Tests de pathogénicité
▪ Partie 4 : Perspectives
2
Introduction
27/02/2023 3
Contexte : AAP CASDAR RT
CARIBOU
Lauréats des appels à projets Casdar Recherche Technologique pour la
compétitivité et la durabilité des filières de la production à la transformation
pour l’année 2020
27/02/2023 4
Contexte : Augmentation de la consommation de fruits à coque
27/02/2023 5
Contexte : Chancre du bois, un frein majeur pour la filière des fruits à coques
27/02/2023 6
Contexte : Quelle est la situation en France ?
PROJET CARIBOU
27/02/2023 7
27/02/2023 8
Objectifs du projet
✓ Outils moléculaires
27/02/2023 9
UN PROJET
UN PARTENARIAT
UNE EQUIPE
27/02/2023 11
CTIFL : Recherche, Innovation, Transfert
▪ Activité de Recherche et d’Expérimentation
▪ Formation
▪ Etudes Economiques
▪ Activité de certification
▪ Transfert et diffusion
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La SENuRA
Station d’Expérimentation Nucicole Rhône-Alpes
Participants Structure Statut projet
La SENuRA Partenaire financé
14
La Station Expérimentale de CREYSSE
Participants Structure Statut projet
Station Expérimentale de CREYSSE Partenaire financé
15
Le laboratoire LUBEM de l’Université de Bretagne
Occidentale (UBO)
Participants Structure Statut projet
LUBEM Partenaire financé
38
permanents
16
Le laboratoire LUBEM de l’Université de Bretagne
Occidentale (UBO)
Agriculture
- Description des pathosystèmes et Compétences pour le projet :
des mécanismes infectieux - Mises en culture et identifications
mycologiques (méthodes culturales)
- Etudes des interactions entre les - Analyses culture-indépendantes par
pathogènes et le microbiote en vue metabarcoding
de développer des applications dans - Valorisation de résultats et gestion
le domaine du biocontrôle d’actions de projet
17
CARIBOU : Les forces du projet
16 membres
18 mois de partenariat
18
CARIBOU : Les forces du projet
Développement Des essais en serre Des essais en
Deux campagnes
méthodologique et conditions parcelles
terrains
contrôlées expérimentales
✓Un contact avec les ✓Des analyses ✓Développement ✓Sud-Est
professionnels microbiologiques méthodologique ✓ Sud Ouest
✓Une relation étroite ✓Des compétences
avec le terrain en biologie
moléculaire
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PARTIE 1 :
PARCELLES EXPÉRIMENTALES
DU PROJET
27/02/2023 20
Partie 1 : Parcelles expérimentales et échantillonnage
L’objectif est de caractériser les espèces de champignons présentes dans les deux zones
de production nucicole majeures du territoire français : le Sud-Ouest et le Sud-Est.
21
Partie 1 : Parcelles expérimentales et échantillonnage
Choix des symptômes
27/02/2023 22
Partie 1 : Parcelles expérimentales et échantillonnage
Protocole commun
Septembre 2020 Août 2021
Par parcelle : Par parcelle :
5 sains + 5 3 sains + 12
symptomatiques symptomatiques
27/02/2023 23
Partie 1 : Temps d’échange
1 : Sud-Ouest
2 : Sud-Est
27/02/2023 24
PARTIE 2 :
IDENTIFICATION DE LA DIVERSITÉ FONGIQUE
DE LA NOYERAIE FRANÇAISE ET
DÉVELOPPEMENT D’UN OUTIL DE DÉTECTION
27/02/2023 25
Partie 2 : Identification de la diversité fongique de la noyeraie française
Analyse culture-dépendante
PDA + antibiotiques Isolements Identification
4 à 7 jours de
croissance
© allgenetics
27/02/2023 26
Partie 2 : Identification de la diversité fongique de la noyeraie française
1986
isolats 149 Neofusicoccum parvum
338
162 Botryosphaeria dothidea
14 Diaporthe eres
Fusarium juglandicola
163 Colletotrichum godetiae
350 Colletotrichum fioriniae
Diaporthe sp.
160 60 % des
Fusarium sp.
isolats
Colletrichum sp.
252 représentés
39 243 Autres
par 6 espèces
27/02/2023 27
Partie 2 : Identification de la diversité fongique de la noyeraie française
Diversité des agents fongiques isolés à partir de noix symptomatiques
Sud-Ouest Sud-Est
n = 104 6% n = 132 4% 5% 6%
2% 5% 6%
17% 11%
7%
Septembre 2020 14%
32% 16%
39%
15%
15%
2% 4% 2% 0% 1% 1%
12% 7% 12%
16%
18%
21%
Août 2021 22%
18% 37%
n = 143 n = 189 27%
Partie 2 : Identification de la diversité fongique de la noyeraie française
Abondance relative des genres fongiques isolés à partir de noix symptomatique en août 2021 par parcelle
100%
90%
80%
70% Non-phytopathogènes
Autres
60%
Alternaria
50% Fusarium
Diaporthe
40%
Colletotrichum
Répartition
30% Botryosphaeria
variable Neofusicoccum
selon les 20%
vergers 10%
0%
Sud-Ouest Sud-Est
n = 222 5% n = 243 5% 4% 6%
10%
13% 5% 7% 8%
4%
Mai 2021 14%
9%
27% 30%
27% 26%
6% 2% 7% 3% 6%
7% 6% 6%
8%
13%
12%
22% 18% 11%
Juin 2022
37%
n = 255 n = 246 36%
Partie 2 : Identification de la diversité fongique de la noyeraie française
Comparaison de la présence des genres fongiques sur organes symptomatiques et asymptomatiques – Année 2021
10 Etude de 12 organes
symptomatiques et 3
0 organes asymptomatiques
Neofusicoccum Botryosphaeria Colletotrichum Colletotrichum Diaporthe eres Fusarium
sur 12 parcelles
parvum dothidea godetiae fioriniae juglandicola
27/02/2023 31
Partie 2 : Identification de la diversité fongique de la noyeraie française
Conclusions
• Toutes les espèces sont isolées dans des organes asymptomatiques → pathogènes
latents?
27/02/2023 32
Partie 2 : Développement d’un outil de détection des espèces majeures
de Botryosphaeriaceae associées au dépérissement des noyers
Rameau 3
Rameau 4
Rameau 5
Rameau 6
Rameau 2
Rameau 1
Noix 3
Noix 4
Noix 5
Noix 6
Noix 1
Noix 2
PCR = amplification
Extraction d’ADN d’une région de
Contrôle
l’ADN
N. parvum
B. dothidea
Spécifique à N. parvum
et B. dothidea
27/02/2023 33
Partie 2 : Développement d’un outil de détection des espèces majeures
de Botryosphaeriaceae associées au dépérissement des noyers
Groupe Espèces
Neofusicoccum mediterraneum
Diplodia seriata
Isolats de N. parvum
Botryosphaeriaceae Lasiodiplodia theobromae
Neofusicoccum mediterraneum
Dothiorella omnivora
Colletotrichum godetiae
Colletotrichum
Colletotrichum fioriniae
Diaporthe eres
Diaporthe
Diaporthe foeniculina
Fusarium solani
Fusarium
Fusarium sp.
Alternaria alternata
Epicoccum nigrum
Autres Boeremia exigua
Isolats de B. dothidea Juglanconis juglandina
Didymellaceae sp.
27/02/2023
34
Partie 2 : Temps d’échange
1 : Sud-Est
2 :Sud-Ouest
27/02/2023 35
PARTIE 3 :
TEST DE PATHOGÉNICITÉ
27/02/2023 36
Partie 3 : Test de pathogénicité des espèces en serre et vergers
39
Partie 3 : Test de pathogénicité des espèces en serre et vergers
✓ CTIFL
Neofusicoccum parvum
27/02/2023 41
Partie 3 : Test de pathogénicité des espèces en serre
Isolats du Sud-Ouest
27/02/2023 42
Partie 3 : Test de pathogénicité des espèces en serre : méthodologie
Modalités expérimentales
27/02/2023 43
Partie 3 : Test de pathogénicité des espèces en serre : méthodologie
27/02/2023 44
Partie 3 : Test de pathogénicité des espèces en serre : méthodologie
27/02/2023 45
Partie 3 : Test de pathogénicité des espèces en serre : méthodologie
6 jours post-inoculation
27/02/2023 46
Partie 3 : Test de pathogénicité des espèces en serre : méthodologie
12 jours post-inoculation
27/02/2023 47
Partie 3 : Test de pathogénicité des espèces en serre : méthodologie
Indicateurs mesurés
Longueur des
nécroses internes
27/02/2023 48
Partie 3 : Test de pathogénicité des espèces en serre : résultats
27/02/2023 49
Partie 3 : Test de pathogénicité des espèces en serre
Variants
27/02/2023 51
Partie 3 : Test de pathogénicité des espèces en serre
27/02/2023 52
Partie 3 : Test de pathogénicité des espèces en serre : résultats
Partie 3 : Test de pathogénicité des espèces en serre : méthodologie
Postulat de Koch
27/02/2023 54
Partie 3 :
Tests de pathogénicité des espèces en vergers
27/02/2023 55
Partie 3 : Tests de pathogénicité des espèces en vergers
Isolats du Isolats du
Sud-Ouest Sud-Est
12 répétitions
Rameau B. dothidea V1
Rameau B. dothidea V2
27/02/2023 56
Partie 3 : Tests de pathogénicité des espèces en vergers
- Parcelles de Franquette en
production
- Baguettes d’1 an
27/02/2023 57
Partie 3 : Tests de pathogénicité des espèces en vergers
- Parcelles de Franquette
« têtards »
- Baguettes d’1 an
27/02/2023 58
Partie 3 : Tests de pathogénicité des espèces en vergers
27/02/2023 59
Partie 3 : Tests de pathogénicité des espèces en vergers
27/02/2023 60
Partie 3 : Tests de pathogénicité des espèces en vergers
27/02/2023 61
Partie 3 : Tests de pathogénicité des espèces en vergers
27/02/2023 62
Partie 3 : Temps d’échange
1 : Sud-Ouest
2 : Sud-Est
27/02/2023 63
PARTIE 4 : PERSPECTIVES
27/02/2023 64
Communications autour du projet
Parues :
- Article Infos CTIFL Novembre 2022
- Communications orales aux congrès nationaux sur les maladies du bois (Reims, novembre 2021) et
sur les maladies fongiques (Aussois, Septembre 2022)
A venir :
- Communication orale Symposium Noix & Pecan (Grenoble, juin 2023)
- Communication orale congrès international de phytopathologie ICPP (Lyon, août
2022)
27/02/2023 65
Livrable
Livret de reconnaissance au laboratoire des champignons
27/02/2023 66
Présentation du projet
MAGIC
Gestion des MAladies fonGIques du noyer par des solutions de
bioContrôle
Projet CASDAR Connaissances 2022 (42 mois)
PRÉSENTATION DU PROJET
Objectifs :
Consolider l'identification et la caractérisation des
champignons responsables de pourritures sur fruits et
brindilles du noyer.
68
COPIL N°1 - MAGIC - mercredi 28 septembre 2022
Tâche 1.1 : Identification des champignons associés aux nécroses sur fruits et bois du noyer dans les deux bassins de
production de noix
3 sains
+ 12 symptomatiques
10 10
parcelles parcelles
Métabarcoding
Parcelles identiques aux travaux antérieurs pour un suivi dans le temps de l’évolution des populations fongiques
Choix des variétés pour 2023 ? (10 min)
69
COPIL N°1 - MAGIC - mercredi 28 septembre 2022
mycélium
spores
cm
c c
m m
70
COPIL N°1 - MAGIC - mercredi 28 septembre 2022
Tâche 2.1 : Déterminer par échantillonnage le timing des infections de fruits en conditions naturelles et l’existence
d’infections latentes
71
COPIL N°1 - MAGIC - mercredi 28 septembre 2022
Tâche 2.2 : Déterminer la fenêtre de sensibilité du noyer selon les stades phénologiques et de développement du fruit
5 fruits à 4 stades
de développement
spores
72
COPIL N°1 - MAGIC - mercredi 28 septembre 2022
Tâche 2.3 : Estimation par piégeage de la dynamique temporelle des émissions de spores fongiques en fonction des
séquences climatiques
73
COPIL N°1 - MAGIC - mercredi 28 septembre 2022
Tâche 3.1 : Recherche in silico d’espèces potentiellement associées à une limitation du développement des pourritures
Tâche 3.2 : Recherche de solutions de biocontrôle commercialisées à évaluer contre les pourritures du noyer
▪ Champignons antagonistes :
Trichoderma atroviride (Vintec - Belchim), Trichoderma harzianum (Trianum - Koppert), Saccharomyces cerevisiae (Julietta - Agrauxine),
Aureobasidium pullulans (Botector - De Sangosse), Gliocladium catenulatum (Prestop - Lallemand).
▪ Bactéries concurrentielles :
Bacillus subtilis (Serenade - Bayer), Bacillus amyloliquefaciens (Amylo-X - Certis).
▪ Substance de base :
Chlorhydrate de chitosane (Chitosan - SPN Agrobio)
74
COPIL N°1 - MAGIC - mercredi 28 septembre 2022
Tâche 3.3 : Tests d’efficacité par criblage in vitro de microorganismes antagonistes, de solutions de biocontrôle et de
substances naturelles contre les champignons pathogènes
Champignon X
Application solution de
biocontrôle avant
inoculation
spores
Evaluation de l’effet de chaque
solution par la taille de la lésion ou
du % de recouvrement mycélien
Produit Z TNT
75
COPIL N°1 - MAGIC - mercredi 28 septembre 2022
76
COPIL N°1 - MAGIC - mercredi 28 septembre 2022
Tâche 4.1 : Enrichissement du guide pour la Tâche 4.2 : Réalisation d’une fiche et d’une formation
reconnaissance des champignons sur milieu de culture technique
77
COPIL N°1 - MAGIC - mercredi 28 septembre 2022
78
DÉPÉRISSEMENT DU NOYER
Contexte
27/02/2023 81
CARIBOU
Clôture du Projet
Merci à l’ensemble des producteurs pour la mise à disposition des parcelles
MERCI à TOUS POUR VOTRE CONTRIBUTION, VOTRE ECOUTE