Les systèmes à deux composants chez les bactéries.

Les systèmes à deux composants chez les bactéries.

UE BIO24c
Cours Dominique Schneider

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Cours Dominique Schneider
 « Sentir » l’environnement et s’y adapter
Les bactéries colonisent la plupart des niches écologiques.
Souvent environnements changeants.

Thermophiles Anaérobies

Halophiles Barophiles
Psychrophiles
Non Pathogènes

Pathogènes
Acidophiles Salmonella

Agrobacterium

Détection des changements d’environnements et adaptation de la physiologie.

 Outils de perception de l’environnement

Des protéines régulatrices :

•Détection directe du signal
•Fixation d’un ligand (signal) qui modifie l’affinité des protéines régulatrices pour l’ADN
•Régulation de gènes cibles
•Adaptation
•Exemples:
•CRP (Catabolite Repressor Protein) : ligand = AMPc
•Fur (Ferric Uptake Regulator) : ligand = fer ferreux (Fe2+)

Les systèmes à deux composants :

•systèmes les plus répandus
•détection du signal puis transduction de ce dernier
 Les systèmes à deux composants

Signal Signal
•Détecteur

Membrane plasmique

Senseur N N N
(Histidine kinase)
ATP
H H P H
•Transmetteur
ADP

C C C
Phospho-transfert

•Receveur P
D
Régulateur D
de réponse

•Effecteur Régulateur actif

Régulateur inactif Fixation à l’ADN

 Les systèmes à deux composants

Présents dans de nombreux organismes :

• Bactéries
• Archaebactéries
• Eucaryotes unicellulaires
• Champignons
• Plantes

Rôles :
• Adaptation (stress, carences)
• Métabolisme
• Virulence
• Différenciation
 Exemples de systèmes à deux composants

Senseur Régulateur de Rôle Organisme

réponse
EnvZ OmpR Régulation porines Escherichia coli
Salmonella

PhoR PhoB Carences phosphate Escherichia coli

ArcB ArcA Conditions oxygène Escherichia coli

FixL FixJ Fixation azote Rhizobium meliloti

NarX NarL Nitrate réductase Escherichia coli

BvgS BvgA Virulence Bordetella pertussis

PhoQ PhoP Virulence Salmonella typhimurium

ComP ComA Compétence Bacillus subtilis

CheA CheY Chimiotactisme Escherichia coli

Salmonella
 Les senseurs classiques Détecteur

Deux régions distinctes :

• Détecteur N-terminal, détection du signal
N Charnière
• Transmetteur C-terminal, transfert du signal
au régulateur de réponse.
Transmetteur
Région charnière: transfert signal entre détecteur et
transmetteur.
C
Représentation dans les bases de données protéiques (SMART):

• HisKA : domaine portant le site accepteur de phosphate

des histidine kinases + domaine de dimérisation
• HATPase_c : domaine ATPase des histidine kinases

Signaux détectés:
• Ions : Mg2+, Ca2+
• Petites molécules : sucres, alcools, …
• Facteurs physiques : pression, lumière, …
 Les senseurs : le domaine détecteur N-terminal

Majorité des senseurs :

•ancrés à la membrane plasmique par des segments transmembranaires
(classiquement 2, jouant parfois un rôle dans la détection du signal)
•domaine détecteur extra-cytoplasmique (périplasme pour les Gram-)

Certains senseurs :
•libres dans le cytoplasme (pas de segment transmembranaire)
•domaine détecteur localisé dans le cytoplasme

Détection du signal :
•le plus souvent directe
•parfois, intervention d’une protéine auxiliaire.
 Les senseurs : la transmission du signal

Détection du signal:
transmission du signal à travers la membrane vers le module transmetteur

Mécanisme proposé :
•Changement de conformation du domaine détecteur en présence du signal
•Transmission à travers la membrane par les segments transmembranaires
•Changement de conformation au niveau de la région charnière
•Activation du domaine transmetteur.

+ signal
 Les senseurs : le domaine transmetteur

Taille : environ 240 acides aminés

Présence de 4 motifs très conservés:

•Motif H : le plus conservé, contenant le résidu histidine
cible de l’autophosphorylation

(D/N)xxxhxxxhhNLhxNAhx(F/G/Y)(S/T)
hxhxhxDxGxGhxxxxxxxhFxxF

N H N D F G C

Fhxxh(S/T/A) H (D/E)h(R/K)TPLxxh

GGxGLGLxhhxxhhxxxxGxhxhxxxxxxGxxFxhxh
 Les senseurs : le domaine transmetteur

Protéines dimériques

Phosphorylation de l’histidine conservée en trans

Deux sous domaines :

•de dimérisation contenant le résidu histidine conservé (DHp)
•catalytique responsable de l’activité autokinase du senseur
et capable de fixer le nucléotide nécessaire à cette activité (CA).

N N

CA AT CA
P
AT

DHp DHp
 Les régulateurs de réponse (RR)

Deux modules:
•le module receveur
•présent dans tous les régulateurs de réponse
•porte le site accepteur de phosphate qui est phosphorylé par le senseur
•représentation dans les bases de données :

•le module effecteur

•présent dans un grand nombre de RR
•souvent un domaine de fixation à l’ADN.

Receveur Effecteur
 Les régulateurs de réponse : le module receveur

Taille : environ 120 résidus

Plusieurs résidus très conservés :

•3 résidus aspartate :
•2 résidus Asp à l’extrémité N-terminale
•1 résidu Asp = site phosphorylé par le senseur
•1 résidu lysine à l’extrémité C-terminale.

D
D D K
 Les régulateurs de réponse : le module effecteur
Présent dans la majorité des RR

Localisé le plus souvent à l’extrémité C-terminale

Trois familles en fonction du mode d’action :

•modules de fixation à l’ADN
•les plus abondants
•classés en 7 sous familles
Famille OmpR
(PhoB, TorR, D WH
VirG, ArcA, …)

Famille FixJ/NarL
D HTH
(DegU, RcsB,
ComA, UhpA, EvgA, …)

Famille NtrC D ATP HTH

(NifR1, AlgB, …)

•modules impliqués dans des interactions protéine-protéine

Famille CheY D

•modules présentant une activité enzymatique.

Famille CheB
D Enz
(RegA, …)
 Les modules effecteurs de liaison à l’ADN

Famille OmpR (~ 230 résidus) : D WH

•activation et/ou répression de promoteurs transcrits par ARNP-σ70
•un domaine de fixation à l’ADN de type « Winged Helix » (hélice ailée)

Famille FixJ/NarL (~ 220 résidus) : D HTH

•activation de promoteurs transcrits par ARNP-σ70

•un domaine de fixation à l’ADN classique HTH (hélice-tour-hélice)

Famille NtrC (~ 460 résidus): D ATP HTH

•activation des promoteurs transcrits par ARNP-σ54

•un domaine de fixation à l’ADN classique HTH (hélice-tour-hélice)
•un domaine additionnel portant une activité ATPase.
 Mécanismes d’activation des régulateurs par phosphorylation

La phosphorylation du module receveur peut permettre :

1. La libération du module effecteur
P D

D P

Effecteur Effecteur

2. La dimérisation du module effecteur

P D D P ou PP DD DD PP
D
D
D P

Effecteur Effecteur Effecteur Effecteur

Effecteur Effecteur
Effecteur

3. La libération et la dimérisation du module effecteur

P D D P ou PP DD DD PP
D P

Effecteur Effecteur Effecteur Effecteur

Effecteur Effecteur
 Les systèmes à deux composants classiques :
un phosphorelais en deux étapes

Signal Signal

N N N

ATP
H H P H

ADP
1. Autophosphorylation
C C C

2. Phosphotransfert
P
D
D

Fixation à l’ADN
 Des senseurs plus complexes

Senseur classique Senseur hybride Senseur non orthodoxe

Transmetteur
H1 H1 classique H1 H1

D1 Receveur D1 D1

Transmetteur
alternatif H2 H2

Receveur D1 : homologue au module receveur des RR

Transmetteur alternatif (HPt : Histidine Phosphotransfert ou H2):

•module d’~ 120 résidus
•un résidu histidine conservé, site de phosphorylation.
 Les systèmes à deux composants complexes :
un phosphorelais en quatre étapes

Signal Signal

N N

H1 P P H1
 ATP ATP 
 
D1 P P D1

 
P H2

H2 P C
P
P D2
D2
 
 Phosphorelais classiques
Osmorégulation
Senseur orthodoxe H1 D1 ADN (E. coli)
EnvZ OmpR

Senseur type CheA H1 CheY D1

CheA
CheB D1 Enz Chimiotactisme
(E. coli)

Phosphorelais complexes

Contrôle anaérobie
Senseur non-orthodoxe H1 ADN
D1 H2 D1
(E. coli)
ArcB ArcA

Senseur hybride H1 H2 D1
Osmorégulation
D1
Sln1 Ypd1 Ssk1
(S. cerevisiae)

H1
KinA Sporulation
Senseur orthodoxe Spo0F D1 H2 D1 ADN
(B. subtilis)
H1 Spo0B Spo0A
KinC
 Mécanisme de régulation des phosphorelais

Activité des phosphorelais :

régulée pour permettre l’adaptation aux changements environnementaux

•Déphosphorylation du RR quand signal disparaît :

•par le RR lui-même si activité phosphatase intrinsèque
•par des protéines annexes :
•le senseur partenaire du RR
•une protéine auxiliaire telle qu’une phosphatase

•Modulation de l’activité si présence d’un signal antagoniste

•protéines bloquant l’activité kinase des senseurs (anti-kinase)
•protéines bloquant la fixation du RR sur sa cible ADN

•Régulation transcriptionnelle
•autorégulation positive ou négative.
Déphosphorylation du régulateur de réponse par le senseur partenaire

N N
P Senseur
Senseur
orthodoxe
H1 H1 non-orthodoxe
P

C P

D1 P

Phosphorelais inverse
?
H2 P
P
C

P
D

Régulateur de réponse
 Régulation d’un phosphorelais complexe :
le déclenchement de la sporulation chez Bacillus subtilis
KinB KinC KinD

N N N

N Sda H1 H1 H1 N
-
C C C
Anti-kinases KinA
H1 H1
KinE
- C C
-
KipA KipI P
D1 D1 Spo0F
RapA
+
RapB P
RapF H2 Spo0B
H2

P
D2 D2 Phosphatases
Effecteur
Effecteur Spo0A

+ Spo0E
P
Le « Quorum-Sensing » chez les bactéries.

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 La communication intercellulaire

Utilisation par les bactéries de molécules chimiques pour communiquer et

coordonner l’expression génétique

Phénomène de régulation par « Quorum Sensing »

Mécanisme permettant à une population bactérienne de percevoir la densité

cellulaire grâce à de petites molécules chimiques appelées autoinducteurs
ou phéromones.
 Les bactéries capables de Quorum Sensing

Production et relargage de molécules chimiques (signal) appelées autoinducteurs

Concentration externe en autoinducteurs augmente avec l’accroissement

de la densité cellulaire

Détection d’une concentration critique seuil d’autoinducteurs et

altération de l’expression des gènes

Synchronisation d’un comportement particulier à l’échelle d’une population

Bactéries fonctionnant comme un organisme multicellulaire.

 Le Quorum Sensing chez les bactéries à Gram négatif

Le 1er décrit : le système Lux chez Vibrio fischeri

•bactérie marine luminescente
•mode vie :
•libre dans milieu marin
•colonisation de l’organe lumineux d’une espèce de calmar (symbiose)
•quand forte densité bactérienne, induction de l’expression des gènes
nécessaires à la production de lumière.

Jour 1: multiplication des bactéries

Nuit: forte densité et émission de lumière
Jour 2: relarguarge des bactéries.

Calmar et émission de lumière:

•Attraction des proies
•Attraction sexuelle
•Répulsion des prédateurs (éblouissement, camouflage).
 Le système Lux de Vibrio fischeri

luxICDABE: opéron luciférase nécessaire à la production de lumière

luxR et luxI: gènes régulateurs de l’expression de luxICDABE.

•LuxAB :
•sous-unités α et β de la luciférase
•LuxCDE :
•sous-unités d’une acide réductase
•nécessaire pour l’obtention du substrat de la luciférase

•LuxI :
•acyl-homosérine lactone synthase
•biosynthèse de l’autoinducteur, une acyl-homosérine lactone
(acyl-HSL)

•LuxR :
•activateur transcriptionnel fixant l’autoinducteur
•domaine N-terminal = domaine de fixation de l’acyl-HSL
•domaine C-terminal = domaine de fixation à l’ADN
 Le système Lux de Vibrio fischeri

Mécanisme :
•Production de l’Acyl-HSL par LuxI et diffusion
•Quand [Acyl-HSL] critique atteinte, fixation sur LuxR
•Fixation LuxR activé sur boîtes lux du promoteur de l’opéron lux
•Activation de la transcription de l’opéron lux
•Production de lumière.
 Le système Lux de Vibrio fischeri

Faible densité cellulaire

•Transcription opérons lux à un niveau basal
•Niveau faible de LuxR et de LuxI
•Faible quantité de la molécule signal (HSL).

Forte densité cellulaire

•Grande quantité de HSL
•Activation de LuxR
•Induction des opérons lux
•Production accrue de LuxR, LuxI et HSL
•Phénomène d’autoinduction
•Emission de lumière.

Holden et al. (2007) Encyclopedia of Life Sciences

 Quorum Sensing chez les bactéries à Gram négatif

Homologues au système Lux chez de nombreuses bactéries à Gram négatif

Essentiellement symbiotiques ou pathogènes.

Organismes Systèmes Phénotypes régulés par QS

Agrobacterium tumefaciens Tra Transfert conjugatif du plasmide Ti

Erwinia carotovora Car Production de carbapénèmes

Las
Pseudomonas aeruginosa Production de facteurs de virulence
Rhl

Un régulateur R fixe spécifiquement une acyl-HSL donnée.

 Les molécules-signal : les Acyl-HSL

O
Cycle homosérine lactone conservé O
R N
Chaîne acyl : variation en longueur et en substitution H
O

Groupements R Autoinducteurs Synthases Organismes

C4 HSL RhlI Pseudomonas

aeruginosa
OH
3-hydroxy-C4 HSL LuxM Vibrio harveyi
O
3-oxo-C6 HSL LuxI Vibrio fischeri

O
3-oxo-C8 HSL TraI Agrobacterium
tumefaciens
 Le Quorum Sensing chez les bactéries à Gram positif

Mécanisme différent des bactéries à Gram négatif :

•Signal = peptide souvent clivé et modifié

•Relarguage du signal : pas de diffusion mais un transport

(utilisation de transporteurs spécifiques des oligopeptides)

•Détection et transduction du signal : système à deux composants

•Détection du signal par le senseur (histidine kinase)
•Autophosphorylation du senseur
•Phosphorylation du régulateur de réponse
•Activation des gènes cibles par le régulateur phosphorylé.
 Le système Agr de Staphylococcus aureus

S. aureus = bactérie invasive causant de nombreuses maladies

infectieuses chez l’homme

Régulation de la production des facteurs de virulence au cours des

différents stades de l’infection

Changement dans l’expression des gènes de virulence dépend d’un système

de régulation globale : agr (accessory gene regulator)

Locus agr :
•rnaIII : code un petit ARN
•Opéron agrBDCA : code les protéines du Quorum Sensing
•agrD : code le peptide précurseur (pro-AIP)
•agrB : code une protéine avec activités de transporteur et de
protéolyse
•agrCA : codent un système à deux composants.
 Le système Agr de Staphylococcus aureus

Mécanisme :
•Production de AgrD (pro-AIP)
•Sécrétion et clivage de pro-AIP en AIP par AgrB
•Détection de AIP par le senseur AgrC
•Autophosphorylation de AgrC et transfert de phosphate sur AgrA
•Activation de rnaIII et de l’opéron agrBDCA par AgrA phosphorylé.
 La molécule signal AI-2
Actuellement la seule molécule connue à être synthétisée à la fois par des
bactéries à Gram positif et à Gram négatif

Synthétisée par LuxS

AI-2 = signal pour une communication inter-espèces

Gène luxS : très conservé et présent dans plus de 60 espèces différentes

(Gram positif et Gram négatif).

Le système LuxS/AI-2 chez Vibrio harveyi

V. harveyi : bactérie marine à Gram négatif

Système LuxS/AI-2 impliqué dans régulation de la bioluminescence

AI-2 se fixe sur une protéine périplasmique, LuxP

Complexe LuxP/AI-2 interagit avec domaine périplasmique de LuxQ (HK).

Vibrio harveyi : trois systèmes de Quorum Sensing

Trois signaux :
- une acyl-HSL synthétisée par LuxM
- la molécule AI-2 synthétisée par LuxS
- la molécule CAI-1 dont la synthèse dépend de CqsA.

Trois senseurs (HK) hybrides :

- LuxN : détection de l’acyl-HSL
- LuxQ : détection du complexe LuxP/AI-2
- CsqS : détection de CAI-1.

1 protéine LuxU (Hpt) et 1 protéine LuxO (RR)

 Vibrio harveyi : Fonctionnement du Quorum sensing

Signaux produits par

Pas de signaux. LuxM, LuxS et CqsA
dans le cytoplasme.

Diffusion ou transport
des signaux à l’extérieur.
Présence des signaux :
•LuxN, LuxQ et CsqS
= phosphatases
Absence des signaux :
•LuxN, LuxQ et CsqS = kinases
•Phosphorelai inverse
→ LuxO déphosphorylé
→ bioluminescence, etc

•Phosphorelai 4 étapes
→ LuxO phosphorylé

Transferts de groupements phosphate.

Activations.
Répressions.
Milton Int. J. Medical Microbiol., 296, 2006, 61-71.
 Importance des signaux cellules-cellules

dans un monde peuplé de nombreuses autres espèces.

 Le quorum-sensing:
interactions intra- et inter-espèces chez Vibrio

Organisation en communautés multi-espèces.

Communication entre les individus au sein d’un groupe.
Différentiation entre le « soi » et le « non-soi ».
Production et détection de signaux chimiques: quorum-sensing.

Voleurs, assassins, espions dans le monde microbien.

 Vols

Protection Assassins
contre les vols

Tuer les bactéries « non-soi » et protéger le « soi ».

Capacités de stopper les conversations, d’espionner.