Physico-chimie des

molécules bioactives
CHM-106
Danny Létourneau
TRIMESTRE AUTOMNE 2023
Semaine 1 Cours#1
 Présentation
• Danny Létourneau
• Bacc. Biophysique (UQTR)
• Doctorat en Biophysique et Biologie Cellulaire (UQTR)
• Mécanisme d’action des anesthésiques généraux dans les membranes
biologiques.
• ANESTHÉSIQUES GÉNÉRAUX ET MEMBRANES BIOLOGIQUES. ANALYSE DE LA DISTRIBUTION DE L'HALOTHANE DANS DEUX MODÈLES
: LA MEMBRANE POURPRE ET LES VÉSICULES DE PHOSPHOLIPIDES.

• Post-Doctorat en biologie structurale à l’Institut de Pharmacologie

de l’université de Sherbrooke (IPS).
• Département de Biochimie; Pr. Lavigne et Jean-Guy Lehoux
• Structure et dynamique des protéines par résonnance magnétique nucléaire
(RMN).
• Structure domaine START, facteurs de transcription Myc/Max, GTPase Rab4,
protéine Ga et ubiquitine, protéine à doigt de zinc…

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 Plan de cours
• Bureau D1-1114-1/D1-1114-3
• Disponibilité: lundi 9h-12h et vendredi 13h-15h
• Évaluations:
• Intra 35% date est fixé par la faculté Semaine du 16 au 20 octobre
• Final 45% date est fixé par la faculté Semaine du 11 au 15 décembre
• Devoir hebdomadaire 20%
• Note de cours et devoirs
• https://moodle.usherbrooke.ca/

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Annonces et
communications

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 Notes de cours/devoirs sur Moodle

Notes de cours et devoirs

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 Plan de la matière
• Semaine 1 (28 août au 1 sept) : Mardi 29 août : Plan de cours et présentation
Jeudi 31 août : Activités étudiantes (levée des cours de 8 h 30 à 22 h 00)
• Semaine 2 (4 au 8 septembre) : Cours #1 : Introduction et État physique de la matière.
• Semaine 3 (11 au 15 septembre) : Cours #2 : Équilibre acido-basique : tampon et pH
• Semaine 4 (18 au 22 septembre) : Cours #3 : Type de réactions et stœchiométrie
• Semaine 5 (25 au 29 septembre): Cours #4 : Cinétique chimique et équilibre
• Semaine 6 (2 au 6 octobre) : Cours #5 : Solubilité, électrolytes, force ionique et chélation
• Semaine 7 (9 au 13 octobre) : Cours #6 : Oxydo-réduction et électrochimie et révision
• Semaine 8 (16 au 20 octobre) : Semaine examen Intra
• Semaine 9 (23 au 27 octobre) : Relâche des activités pédagogiques

• Semaine 10 (30 oct. au 3 novembre) : Cours #7 : 1ere loi de la thermodynamique : l’énergie est conservée
• Semaine 11 (6 au 10 novembre) : Cours #8 2eme loi de la thermodynamique : L’entropie…
• Semaine 12 (13 au 17 novembre) : Cours #9 Énergie libre de Gibbs et équilibres
• Semaine 13 (20 au 24 novembre) : Cours #10 Thermodynamique des ions et transport d’électron
• Semaine 14 (27 nov. au 1 décembre) : Cours #11 La cinétique des processus biologiques
• Semaine 15 (4 au 8 décembre) : Cours #12 Coefficient de partition et spectroscopie et révision
• Semaine 16 (11 au 15 décembre) : Semaine examen Final

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 Évaluations
1. Moyens d'évaluation a) deux examens (intra et final)
b) devoirs et exercices

2. Types de questions Connaissances (40%) Raisonnement (60%)

3. Pondération a) Intra 35%

b) Final 45%
c) Devoirs/Exercices 20%

4. Moments prévus pour l'évaluation Fixés par la faculté

5. Notes: gros groupe (146 étudiants) = Cotes variables

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 Introduction
• Définition:
• Chimie-Physique ou physico-chimie:
• sous-discipline de la chimie et de la physique
• utilise des techniques de la physique atomique et moléculaire et de la physique
de la matière condensée.
• physico-chimie se différencie de la chimie physique en ce sens qu'elle se
concentre avant tout sur des éléments et des théories caractéristiques de la
physique.
• Molécules bio-actives: molécule ayant une action biologiques
bénéfique ou néfaste sur l’organisme. Ex. glucose, protéine, ARN/ADN,
poison, métaux (ions), lipides...etc. nimporte quoi qui a une action sur une molecule ou un animal ou etre vivant

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 Introduction
• La substance bioactive :
-Terminologie :
• La substance bioactive est désignée par plusieurs autres termes.
• « substance biologiquement active », « substance à activité biologique » et « molécule bioactive »
-Définition : examen souvent il demande definition (parti connaisance)à il souligne ce ki est impo dans le cours
• La substance bioactive se défini comme étant une molécule tirée ou extraite d’une source naturelle biologique (animale ou
végétale) et qui est biologiquement active ou ayant une activité biologique lors de son interaction avec la matière biologique.
Peuvent aussi être synthétique ou hémisynthétique. En chimie, une hémisynthèse est la synthèse chimique d’une molécule réalisée
à partir de composés naturels possédant déjà une partie de la molécule visée.)
• Ex. Insuline de porc : elle a été humanisée, c’est-à-dire que le seul acide aminé qui distingue le porc de l’homme est remplacé par
hémisynthèse. L’insuline de porc devient humaine.
-Sources :
• Comme rapporté ci-dessus, les substances bioactives sont de source naturelle biologique végétale (végétaux terrestres et marins)
ou animale (animaux et microorganismes terrestres, animaux et microorganismes marins).
• Nature : flavonoïdes, huiles essentielles, alcaloïdes, acides gras polyinsaturés, peptides bioactifs, …
-Types d’interaction substance bioactive – matière biologique :
• L’interaction substance bioactive – matière biologique peut être de type physicochimique (établissement de liaisons chimiques), de
type physique (modification de l’environnement ou de l’état physique).

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 Applications
• Les substances bioactives sont utilisées directement ou après avoir subi une
modification chimique dans plusieurs secteurs industriels : cosmétiques,
pharmaceutiques, additifs nutritionnels, compléments alimentaires…

• Plusieurs des techniques employées par les biochimistes et biologistes moléculaires ont
été développées pas les physico-chimistes.
• Diffractions des rayons-X, Résonance Magnétique Nucléaire
• Détermination de la structure 3D. Ex. Ribosome, un complexe de protéine et de ribonucléique acide de masse
molaire supérieure à 2 × 106 g mol−1 qui est responsable de la synthèse de protéines à partir d'acides aminés
individuels dans la cellule.
• l'imagerie par résonance magnétique (IRM), une technique largement utilisée dans le diagnostic de maladie.
• Spectroscopie
• UV-visible, FTIR, Fluorescence, Dichroisme Circulaire…

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 Applications (suite)
1. Thermodynamique non linéaire. Belousov–Zhabotinsky
2. pH et tampon.
3. Théorie des électrolytes. Les fluides corporels humains sont des électrolytes.
4. Loi d'Henry : concerne la concentration d'oxygène dissous dans le sang.
5. L'énergie libre de Gibbs d'une réaction biochimique.
6. Propriétés colligatives et déterminations de la masse molaire des polymères.
7. Cinétique réactionnelle des réactions biochimiques / cinétique enzymatique.
8. Comportement des polymères en solution. Les protéines et les enzymes sont
des polymères en solution.
9. Propriétés colloïdales des fluides corporels humains.
10. Science des surfaces de la peau et autres membranes.
11. Photochimie de la vision.
12. Chimie des couleurs.
13. Solubilité des comprimés pharmaceutiques
14. Insolubilité des implants chirurgicaux en alliage de titane et de tantale dans le
corps humain. L'insolubilité de leurs produits de corrosion signifie qu'ils sont
inoffensifs lorsque ces métaux sont placés dans le corps humain.
15. Les structures secondaires, tertiaires et quaternaires des protéines. Ce sont des
interactions inter et intramoléculaires entre polymères.
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16. La mécanique statistique des solutions polymères / la structure des solutions
polymères telles qu'elles existent.
17. Pharmacologie quantique: Chimie Théorique est l'application des méthodes de
la mécanique quantique a la Chimie pharmaceutique.
18. Chimie des lentilles de contact et de la surface du globe oculaire
19. Repliement des protéines
20. Production de vitamine D via l'interaction de la lumière du soleil avec la peau
21. Lumière UV et cécité
22. Spectroscopie d'imagerie par résonance magnétique
23. Imagerie par rayons X
24. Radiopharmaceutiques
25. Spectroscopie photoacoustique appliquée à l'analyse osseuse in-situ et à
l'analyse protéique in-situ.
26. Spectroscopie Raman pour surveiller la cicatrisation des plaies et pour
l'imagerie tissulaire.
27. Diffusion de neutrons. La diffusion aux petits angles est utilisée pour analyser la
taille et la forme des molécules biologiques en solution. Les grandes et les
petites molécules biologiques peuvent être analysées de cette manière.
28. Etc…
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 La respiration et l’hémoglobine
• Tétramère (4) de 65 kDa
(1dalton = 1g/mole)
• 2 chaines alpha (141 a.a)
• 2 chaines beta (146 a.a)
• Contient un groupement héme
pouvant lié l’oxygène
• Transport de l’oxygène dans le
sang jusqu’à la myoglobine.
• Déterminer la forme et la
structure (diffraction des rayons https://biochimiedesproteines.espaceweb.usherbrooke.ca/index.php
X, diffusion de la lumière, etc.)
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 La respiration et l’hémoglobine
• Liaison de l’oxygène et CO2 à
l’hème
• Coordination des ions
métalliques comme le fer
• Orbitales moléculaires et
propriétés spectrales
• La nature coopérative de la
liaison et modèle allostérique
• La capture d'oxygène par une
première sous-unité entraîne
une augmentation d'affinité
pour les suivantes.

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 La respiration et l’hémoglobine
• La dépendance au pH de la
liaison à O2 et CO2.
• La protéine existe sous deux
formes
• la forme T (pour tendue) à faible
affinité pour l'oxygène et la forme
R (pour relaxée) de haute affinité.
• Dépend du pH ambiant et de la
présence d'oxygène.
• À pH élevé et en présence
d'oxygène, la forme R est
privilégiée (lie O2);à pH bas
(acide) la forme T est privilégiée
et l'hémoglobine relâche
l'oxygène.

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 La respiration et l’hémoglobine
• Pourquoi cette conformation spécifique pour
l’hémoglobine?
• Paradoxe de Levinthal
• polypeptide de 100 résidus aura 99 liaisons
peptidiques, et donc 198 angles de liaison phi et psi
différents. La protéine peut mal se replier en un
maximum de 3198 conformations différentes.
Explorer toutes les conformations possibles; temps
plus long que l'âge de l'univers.
• Cependant, la plupart des petites protéines (100-
200 a.a.) se replient spontanément sur une échelle
de temps de la milliseconde ou même de la
microseconde.
• D’autres interactions tels que forces
électrostatiques, liaison hydrogène et forces de van
der Walls entrent en jeu.
• La solution à ce paradoxe a été établie par des
approches informatiques de prédiction de la
structure des protéines.

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 Conception (design) rationnelle de médicaments SARS-CoV-2

• Conception de molécules et de
médicaments qui se lient à une
cible (par exemple, une protéine,
un acide nucléique).
• Basée sur la structure et la
dynamique moléculaire, de la fonction
et du mécanisme de la cible, évitant
ainsi les tests aléatoires de milliers de
molécules.
• Évite d’avoir à tester toute l’armoire
de la pharmacie (Screening/criblage).

Liu XH, Cheng T, Liu BY, Chi J, Shu T, Wang T. Structures of the SARS-CoV-2 spike
glycoprotein and applications for novel drug development. Front Pharmacol. 2022 Aug
Automne 2023 CHM106 9;13:955648. doi: 10.3389/fphar.2022.955648. PMID: 36016554; PMCID: PMC9395726. 17
 Ex. Conception (design) rationnelle de médicaments
SARS-CoV-2
• Arrimage moléculaire (Docking) criblage
de 14 molécules antivirales
• analysant l'énergie de liaison et les interactions entre
les ligands et le récepteur, la protéine Spike (S) du
SRAS-CoV-2.
• tizoxanide, du dolutégravir, du bictégravir et de
l'arbidol, qui ont des énergies de liaison élevées
et sont capables de se lier aux sous-unités S1 et
S2.
• Ensuite, une conception rationnelle basée sur la
structure pour améliorer les énergies de liaison
et les interactions avec la protéine S.
• De cette manière, Ti-2, BD-2 et Ar-3 ont été
identifiés avec une capacité de liaison beaucoup
plus forte pour la protéine S.

Liu XH, Cheng T, Liu BY, Chi J, Shu T, Wang T. Structures of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein and
applications for novel drug development. Front Pharmacol. 2022 Aug 9;13:955648. doi:
Automne 2023 CHM106 10.3389/fphar.2022.955648. PMID: 36016554; PMCID: PMC9395726. 18
 Ex. Conception (design) rationnelle de
médicaments SARS-CoV-2

Liu XH, Cheng T, Liu BY, Chi J, Shu T, Wang T. Structures of the
SARS-CoV-2 spike glycoprotein and applications for novel drug
development. Front Pharmacol. 2022 Aug 9;13:955648. doi:
10.3389/fphar.2022.955648. PMID: 36016554; PMCID:
PMC9395726.

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L’ATP synthase et Énergie…

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