République Algérienne démocratique et populaire

Ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche scientifique

Université Abderrahmane Mira de Bejaia
Faculté de Science de Nature et de la vie
Département Sciences Biologiques de L’Environnement

Rapport de l’examen phylogénétique

De “ l’espèce Violat “

Réalisé par : Enseignant :

Oulhassi Fayçal mr. Sahnoune

Année universitaire 2022/2023

Sommaire :
1. Introduction
2. Définition de l’arbre phylogénétique
3. But de travail
4. Matériel et méthodes utilisé
5. Alignement multiple des séquences
6. Les modèles dévolution
7. Résultats du travail
8. Visualisation et modification des arbres
9. Conclusion
10. Annexe
Introduction :
La phylogénétique est une discipline essentielle en biologie qui nous
permet de comprendre les relations évolutives entre les différentes espèces
vivantes. En étudiant les similitudes et les différences génétiques et
morphologiques, nous pouvons reconstruire l'arbre généalogique de la vie et
découvrir comment les organismes sont liés les uns aux autres.

L'objectif de ce TP est de nous initier aux bases de la phylogénétique en

nous familiarisant avec les principes et les outils utilisés pour reconstruire les
arbres phylogénétiques. On va apprendre comment les scientifiques utilisent
les données moléculaires et morphologiques pour déterminer les liens de
parenté entre les espèces et comment ces informations nous aident à
comprendre l'évolution des organismes vivants.

Définition de l’arbre phylogénétique :

C’est un arbre schématique qui montre de parenté entre des groupes d’êtres
vivants. Il permet d’identifie les homologues et les homoplasies. Il permet de
mettre en avant une parenté entre espèces ou groupes d’espèces.

But de Travail :
Analyse de l’évolution de genre Violacées qui permet de déceler d’éventuels
liens de parenté entre eux.

Matériel et méthodes utilisé :

Matériel :
 Quatre séquences de genre viola télécharger à partir de site NCBI.
 Deux espèces de l’outgroup télécharger à partir de site NCBI.
 Utilisation de quatre logiciels ci-dessous :

CLUSTAL MEGA PHYLIP 3.69 TREEVIEW 1.6.6-WIN7

 Méthode :
 Taxons à étudier : Nous avons pris quatre espèces du genre Viola et deux
séquences du genre différents mais de la même famille.
 Acquisition des données : Récupération des séquences qui se trouvent
au niveau de la NCBI nous passons par plusieurs étapes distinctes :
1) Taper URL suivantes: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/.
2) Choisir la recherche par nucléotides et taper le nom de notre genre
Viola.
3) En entrant sur Viola nous obtenons toutes les espèces qui appartient à
ce genre.
4) Récupérer les séquences de 4 espèces du genre Viola et 2 espèces
d’outgroup et enregistre dans un fichier texte.
 >chaerophylloides
cgtaggtgaa cctgcggaag gatcattgtc gaaacctgcc cgacagaacg acccgcgaac
atgttacaag cacaccgcgg ggcagcctgg cgcctcggcc cttgctgtcc cgcgaggtgg
tgtcgcggcc gtgcgtgcgc gttcgcgcgc gcctacggct tgtgccaccg ccactaacag
aaccccggcg cggactgcgc caaggaacaa aaaacaaacg agagcgagcg cccacctcgc
cccgggaacg gtgcgcgatg gtggacgcct cgctgtccaa tgataaacta aacgactctc
ggcaacggat atctcggctc tcgcatcgat gaagaacgta gcgaaatgcg atacttggtg
tgaattgcag aatcccgtga atcatcgagt ctttgaacgc aagttgcgcc cgaagccttt
tggccgaggg cacgtctgcc tgggtgtcac gcaacgtcgc cgccagcaca tccttccctt
aggggatcgt gatgtagctg ggggcggatt ttggcctccc gtgcgccttg gtgcgcgcgg
ttggcctaaa tttcagctca cggcgaggat cgccacgaca agcggtggtt ttttgaacta
aggacctcgg gtgttgtcgt gcggcctcgc ggagagaatg aaccccgtgc gcttgcgcac
cctcttaacg agaccccagg tcagtcggga acacccgctg aatttaa
>tokubuchiana
aaggtttccg taggtgaacc tgcggaagga tcattgtcga aacctgcccg acagaacgac
ccgcgaacat gttacaaaca catcgtgggg cagcttggcg cctcggccct cgctgtcccg
cgaggtggtg tcgcggccgt gcgtgcgcgt tcgcgcgcgc ctacggtttg tgccaccgcc
actaacagaa ccccggcgcg gactgcgcca aggaacaaaa aacaaacgag agcgagcgcc
ctcctcgccc cgggaacggt gcgcgatggt gggcgcctcg ctgtccaatg ataaactaaa
cgactctcgg caacggatat ctcggctctc gcatcgatga agaacgtagc gaaatgcgat
acttggtgtg aattgcagaa tcccgtgaat catcgagtct ttgaacgcaa gttgcgcccg
aagccttttg gccgagggca cgtctgcctg ggtgtcacgc aacgtcgccg ccagcacact
cttcccttag gggatcgtga tgtagctggg ggcggatttt ggcctcccgt gcgcctcggc
gcgcgcggtt ggcctaaata tcagctcacg gcgaggatcg ccacgacaag cggtggtttt
ttgaactaag gacctcgggt gttgtcgtgc ggcctcgcgg agagaatgaa ccccgtgcgc
ttgcgcaccc tcataacgag accccaggtc agtcgggaac acccgctgaa tttaagcata
tcaataagcg
>variegata
ccgtaggtga acctgcggaa ggatcattgt cgaaacctgc cccgacagaa cgacccgcga
acatgttaca agcacaccgc ggggcagctt ggcgcctcgg cccttgctgc cccgcgaggt
ggtgtcgcgg ccgtgcgtgc gcgttcgcgc gcgcctacgt ttcgcgccac cgccactaac
agaaccccgg cgcggactgc gccaaggaac aaagaacaaa agagagcgag cggcctcctc
gccccggaaa cggtgcgcga tggtggacgc ctcgctgtcc aatgataaac taaacgactc
tcggcaacgg atatctcggc tctcgcatcg atgaagaacg tagcgaaatg cgatacttgg
tgtgaattgc agaatcccgt gaatcatcga gtctttgaac gcaagttgcg cccgaagcct
tttggccgag ggcacgtctg cctgggtgtc acgcaacgtc gccgccagca cacccttccc
ttaggggatc gtgatgtagc tgggggcgga ttttggcctc ccgtgcgcct cggcgcgcgc
ggttggccta aatttcaact cacggcgagg atcgccacga caagcggtgg ttttttgaac
taaggacctc gggtgttgtc gtgcggcctc gcggagagaa ggaacctcgt gcgctcgcgc
acattcttaa cgagacccca ggtcagtcgg gaacacccgc tgaatttaag catatcaata
agcggagg
>yezoensis
cgtaggtgaa cctgcggaag gatcattgtc gaaacctgcc cgacagaacg acccgcgaac
atgttacaag cacaccgcgg ggcagcctgg cgcctcggcc cttgctgtcc cgcgaggtgg
tgtcgcggcc gtgcgtgcgc gttcgcgcgc gcctacggct tgtgccaccg ccactaacag
aaccccggcg cggactgcgc caaggaacaa aaaacaaacg agagcgagcg ccctcctcgc
cccgggaacg gtgcgcgatg gtggacgcct cattctccaa tgataaacta aacgactctc
ggcaacggat atctcggctc tcgcatcgat gaagaacgta gcgaaatgcg atacttggtg
tgaattgcag aatcccgtga atcatcgagt ctttgaacgc aagttgcgcc cgaagccttt
tggccgaggg cacgtctgcc tgggtgtcac gcaacgtcgc cgccagcaca tccttccctt
aggggatcgt gatgcagctg ggggcggatt ttggcctccc gtgcgccttg gtgcgcgcgg
ttggcctaaa tttcagctca cggcgaggat cgccacgaca agcggtggtt ttttgaacta
aggacctcgg gtgttgtcgt gaggcctcgc ggtgagaagg aaccccgtgc gcttgcgcac
cctcttaacg agaccccagg tcagtcggga acacccgctg aatttaa
>alba
cccgcgaaca cgttacaaac acgtgcgggg gaggccccgg ctgcctcgcg cggcggtgct
gcggctgcgt gggcaaacta gctgcgcgca cgctgtccgc gccacctcca ctaacagaac
cccggcgcgg actgcgccaa ggaacagaaa acgaatgaga gcgagagcgc ccaccccgcc
ccggagacgg tgtgcgaagg tgggtgcctc gctgtccatt gataaactaa acgactctcg
gcaacggata tctcggctct cgcatcgatg aagaacgtag cgaaatgcga tacttggtgt
gaattgcaga atcccgtgaa tcatcgagtc tttgaacgca agttgcgccc gaagccttct
ggccgagggc acgtctgcct gggtgtcacg caacgtcgcc gccaacccca cccctagggg
cgggcagttg ggggcggact ttggcctccc gttcgcctcg gcgcgcggat ggcctaaatt
tcagctcctg gcgaggatcg ccacgacaag cggtggtttt ttgaactaag gacctcgggt
gttgtcgtgc ggcctcccgg agagaacgga ccctgtgcgc tc
>arvensis
gtttccgtag gtgaacctgc ggaaggatca ttgtcgaaac ctgcccgaca gagcgacccg
cgaacgcgtt acaaacactg cgctggcggc ctcggctgct cgcgcggctg tgctgcggct
gcgtgcgcaa gcgcgctgcc cgttccacgg ccacttaaag aacccacggc gcggactgcg
ccaaggaaca taaaacttac gagagcgagc gctccatcct cgccccggag acggtgcgcg
atgttgggcg cctcgctgtc caatgataaa cttaacgact ctcggcaacg gatatctcgg
ctctcgcatc gatgaagaac gtagcgaaat gcgatacttg gtgtgaattg cagaatcccg
tgaatcatcg agtctttgaa cgcaagttgc gcccgaagcc ttttggccga gggcacgtct
gcctgggtgt cacgcaacgt cgccgccaac gccgccctta ggggcgcgca gttgggggcg
gaatatggcc tcccgtgcgc ctcggcgcgc ggttggccta aatatcagcc cccggcgagg
atcgccacga caagcggtgg ttttttcaac gaaggacctc gggtgttgtc gtgcggcctt
ccggagggaa cggaccctgc gctctcgagc gcaatctctc gagacccagt cagtcggatc
tc

Figure 1 : les étapes initiales pour récupérer les séquences de la NCBI

Alignement multiple des séquences :

Réaliser un alignement multiple avec Clustal.

1. Lancer le logiciel

2. Dans la fonction File, choisir l’option load sequences file et sélectionner le

fichier contenant les séquences à aligner.Les séquences sont affichées à l’écran.

3. Dans la fonction Alignement choisir l’option Do complet alignement.

 Les séquences alignées sont affichées une signale les identités.

 Enregistrer sous format FASTA et PHYLIP.

Figure 2 : l’alignement multiple des séquences.

Les modèles dévolution :

1. Lancer le logiciel MEGA.

2. Ajouter les séquences représentatives de chacune des espèces enregistré

sous format FASTA.

3. Cliquer sur le bouton « analyse » puis sur nucléotides.

4. Cliquer sur la section « model » et continuer pour chercher le model.

5. Enregistrer sous forme EXCEL.

Figure 3 : résultats obtenue par le logiciel Méga pour les modèles d’évolution

Figure 4 : fichier Excel obtenu par le logiciel MEGA pour les modèles
dévolution.

- Utilisation des différents programmes pour construire les arbres

phylogénétiques :
1. Méthodes UPGMA :
 Dans « Exe » on renomme l’outfile obtenu lors de l’évaluation
bootstrap par infile.
 Lancer le programme DNADISTE (qui va calculer les distances à 2).
 Modifier ses paramètres et choisir le K2 et entrer la valeur R obtenue
par MEGA.
 Lancer le calcul et le résultat se trouve dans Outfile (matrice des
distances 2a2).
  Renommer l’Outfile par infile dans Exe.
 Exécuter le programme UPGMA.
 La synthèse des 100 arbres : ne Renommer qu’outree dans Exe par
intree.
 Lancer le programme consence et analyser.
 Le résultat est dans le fichier outree.

2. Méthodes NJ :
On effectue les mêmes procédures que UPGMA en remplacent les
paramètres par Neighbor_joining.

3. Méthodes de maximum de vraisemblance :

(Maximum Likelihood Ml) qui évalue, en terme de probabilité l’ordre des
branchements et la longueur des branches d’un arbre dans le cadre d’un
modèle d’évolution probabiliste donne.
 Lancer le programme DNAml dans Exe.
 Rentrer la valeure du modèle évolutif .
 Cliquer sur entrer et les résultats dans le outree.

Logiciel phylip 3.69 :

Programme seqboot

Logiciel DNAdist :
On a obtenu ces calculs

Programme neighbor :
Programme consense :

Résultats du travail :
On a utilisé la méthode UPGMA Neighbor-joining, la méthode de parcimonie
et la méthode de maximum de vraisemblance avec le fichier estime par le
bootsrape.

Visualisation et modification des arbres Phylogénétique :

  Lancer le logiciel Treeview.
 Copier la formule du fichier outree obtenue dans chaque méthode.
 Le logiciel affiche un arbre dont on peut modifier la présentation.
 Designer un outgroupe et faire la modification nécessaire.
 Sauvegarde possible de l’arbre sous la forme d’une image.

Présentation des résultats :

 Méthode UPGMA :
 Méthodes Neighbor_joining :
100

88

92

100
 Méthodes de maximum de vraisemblance :

100

68

88

 Méthode de ml :
100

88

100
Discussion des résultats :
Selon les résultats obtenus par les différentes méthodes on remarque
que les arbres construits par UPGMA Maximum Vraisemblance ont une même
topologie à l’exception de l’arbre de Neighbor_joining qui présente une
topologie différente.

Conclusion :
La phylogénétique est une discipline passionnante qui nous permet de
retracer l'histoire évolutive des espèces et d'explorer les mécanismes de
l'évolution. En poursuivant nos recherches dans ce domaine, nous contribuons
à une meilleure compréhension de la vie sur Terre et à la préservation de sa
diversité pour les générations futures.
Anexe :
Les Séquences utilisé pour faire le travail :
>chaerophylloides

cgtaggtgaa cctgcggaag gatcattgtc gaaacctgcc cgacagaacg acccgcgaac

atgttacaag cacaccgcgg ggcagcctgg cgcctcggcc cttgctgtcc cgcgaggtgg

tgtcgcggcc gtgcgtgcgc gttcgcgcgc gcctacggct tgtgccaccg ccactaacag

aaccccggcg cggactgcgc caaggaacaa aaaacaaacg agagcgagcg cccacctcgc

cccgggaacg gtgcgcgatg gtggacgcct cgctgtccaa tgataaacta aacgactctc

ggcaacggat atctcggctc tcgcatcgat gaagaacgta gcgaaatgcg atacttggtg

tgaattgcag aatcccgtga atcatcgagt ctttgaacgc aagttgcgcc cgaagccttt

tggccgaggg cacgtctgcc tgggtgtcac gcaacgtcgc cgccagcaca tccttccctt

aggggatcgt gatgtagctg ggggcggatt ttggcctccc gtgcgccttg gtgcgcgcgg

ttggcctaaa tttcagctca cggcgaggat cgccacgaca agcggtggtt ttttgaacta

aggacctcgg gtgttgtcgt gcggcctcgc ggagagaatg aaccccgtgc gcttgcgcac

cctcttaacg agaccccagg tcagtcggga acacccgctg aatttaa

>tokubuchiana

aaggtttccg taggtgaacc tgcggaagga tcattgtcga aacctgcccg acagaacgac

ccgcgaacat gttacaaaca catcgtgggg cagcttggcg cctcggccct cgctgtcccg

cgaggtggtg tcgcggccgt gcgtgcgcgt tcgcgcgcgc ctacggtttg tgccaccgcc

actaacagaa ccccggcgcg gactgcgcca aggaacaaaa aacaaacgag agcgagcgcc

ctcctcgccc cgggaacggt gcgcgatggt gggcgcctcg ctgtccaatg ataaactaaa

cgactctcgg caacggatat ctcggctctc gcatcgatga agaacgtagc gaaatgcgat

acttggtgtg aattgcagaa tcccgtgaat catcgagtct ttgaacgcaa gttgcgcccg

aagccttttg gccgagggca cgtctgcctg ggtgtcacgc aacgtcgccg ccagcacact

cttcccttag gggatcgtga tgtagctggg ggcggatttt ggcctcccgt gcgcctcggc

gcgcgcggtt ggcctaaata tcagctcacg gcgaggatcg ccacgacaag cggtggtttt

ttgaactaag gacctcgggt gttgtcgtgc ggcctcgcgg agagaatgaa ccccgtgcgc

ttgcgcaccc tcataacgag accccaggtc agtcgggaac acccgctgaa tttaagcata

tcaataagcg

>variegata

ccgtaggtga acctgcggaa ggatcattgt cgaaacctgc cccgacagaa cgacccgcga

acatgttaca agcacaccgc ggggcagctt ggcgcctcgg cccttgctgc cccgcgaggt

ggtgtcgcgg ccgtgcgtgc gcgttcgcgc gcgcctacgt ttcgcgccac cgccactaac

agaaccccgg cgcggactgc gccaaggaac aaagaacaaa agagagcgag cggcctcctc

gccccggaaa cggtgcgcga tggtggacgc ctcgctgtcc aatgataaac taaacgactc

tcggcaacgg atatctcggc tctcgcatcg atgaagaacg tagcgaaatg cgatacttgg

tgtgaattgc agaatcccgt gaatcatcga gtctttgaac gcaagttgcg cccgaagcct

tttggccgag ggcacgtctg cctgggtgtc acgcaacgtc gccgccagca cacccttccc

ttaggggatc gtgatgtagc tgggggcgga ttttggcctc ccgtgcgcct cggcgcgcgc

ggttggccta aatttcaact cacggcgagg atcgccacga caagcggtgg ttttttgaac

taaggacctc gggtgttgtc gtgcggcctc gcggagagaa ggaacctcgt gcgctcgcgc

acattcttaa cgagacccca ggtcagtcgg gaacacccgc tgaatttaag catatcaata

agcggagg

>yezoensis

cgtaggtgaa cctgcggaag gatcattgtc gaaacctgcc cgacagaacg acccgcgaac

atgttacaag cacaccgcgg ggcagcctgg cgcctcggcc cttgctgtcc cgcgaggtgg

tgtcgcggcc gtgcgtgcgc gttcgcgcgc gcctacggct tgtgccaccg ccactaacag

aaccccggcg cggactgcgc caaggaacaa aaaacaaacg agagcgagcg ccctcctcgc

cccgggaacg gtgcgcgatg gtggacgcct cattctccaa tgataaacta aacgactctc

ggcaacggat atctcggctc tcgcatcgat gaagaacgta gcgaaatgcg atacttggtg

tgaattgcag aatcccgtga atcatcgagt ctttgaacgc aagttgcgcc cgaagccttt

tggccgaggg cacgtctgcc tgggtgtcac gcaacgtcgc cgccagcaca tccttccctt

aggggatcgt gatgcagctg ggggcggatt ttggcctccc gtgcgccttg gtgcgcgcgg

ttggcctaaa tttcagctca cggcgaggat cgccacgaca agcggtggtt ttttgaacta

aggacctcgg gtgttgtcgt gaggcctcgc ggtgagaagg aaccccgtgc gcttgcgcac

cctcttaacg agaccccagg tcagtcggga acacccgctg aatttaa

>alba

cccgcgaaca cgttacaaac acgtgcgggg gaggccccgg ctgcctcgcg cggcggtgct

gcggctgcgt gggcaaacta gctgcgcgca cgctgtccgc gccacctcca ctaacagaac

cccggcgcgg actgcgccaa ggaacagaaa acgaatgaga gcgagagcgc ccaccccgcc

ccggagacgg tgtgcgaagg tgggtgcctc gctgtccatt gataaactaa acgactctcg

gcaacggata tctcggctct cgcatcgatg aagaacgtag cgaaatgcga tacttggtgt

gaattgcaga atcccgtgaa tcatcgagtc tttgaacgca agttgcgccc gaagccttct

ggccgagggc acgtctgcct gggtgtcacg caacgtcgcc gccaacccca cccctagggg

cgggcagttg ggggcggact ttggcctccc gttcgcctcg gcgcgcggat ggcctaaatt

tcagctcctg gcgaggatcg ccacgacaag cggtggtttt ttgaactaag gacctcgggt

gttgtcgtgc ggcctcccgg agagaacgga ccctgtgcgc tc

>arvensis

gtttccgtag gtgaacctgc ggaaggatca ttgtcgaaac ctgcccgaca gagcgacccg

cgaacgcgtt acaaacactg cgctggcggc ctcggctgct cgcgcggctg tgctgcggct

gcgtgcgcaa gcgcgctgcc cgttccacgg ccacttaaag aacccacggc gcggactgcg

ccaaggaaca taaaacttac gagagcgagc gctccatcct cgccccggag acggtgcgcg

atgttgggcg cctcgctgtc caatgataaa cttaacgact ctcggcaacg gatatctcgg

ctctcgcatc gatgaagaac gtagcgaaat gcgatacttg gtgtgaattg cagaatcccg

tgaatcatcg agtctttgaa cgcaagttgc gcccgaagcc ttttggccga gggcacgtct

gcctgggtgt cacgcaacgt cgccgccaac gccgccctta ggggcgcgca gttgggggcg

gaatatggcc tcccgtgcgc ctcggcgcgc ggttggccta aatatcagcc cccggcgagg

atcgccacga caagcggtgg ttttttcaac gaaggacctc gggtgttgtc gtgcggcctt

ccggagggaa cggaccctgc gctctcgagc gcaatctctc gagacccagt cagtcggatc

tc