Wa0073.

ROYAUME DU MAROC ‫المملكة المغربية‬
Ministère l’Enseignement
‫وزارة التعليم العالي‬
Supérieur, de la Recherche ‫والبحث العلمي واالبتكار‬
Scientifique et de l’Innovation
COLLEGE DE FORMATION DOCTORALE
Etat d’Avancement pour Réinscription au Cycle Doctoral
SUJET DE THESE
Caractérisation moléculaire des germes infectieux

invasifs par PCR en temps réel
Doctorant(e) : Directeur de Thèse : Pr.

Nom : KISOKA MATONDO Mohamed ARIHI Co-Directeur
Prénom : Joseph-Denzu de thèse :
Pr. Ahmed Aziz BOUSFIHA
Signature : Signatures:
1
Année Universitaire 2023-2024
2
Résumé de Thèse :
introduction:
l’OMS estime qu'entre 2000 et 2020,près d'un milliard de personnes seront nouvellement
infectées et que 200millions d'entres elles développeront la maladie, dont 35millions mourront de
tuberculose... Si aucune amélioration n'est apportée dans le contrôle de êtres affectés. Les
conditions socio économique et sans doute a un moindre degré de certaines souches de
mycobacterium tuberculosis(Mt)sont des facteurs déterminant de ces estimations. 85% de cas
mondiaux de la tuberculose sont concentrées entre l'Asie(55%dont l'inde et chine) et l’Afrique
subsaharienne(30%). Au Maroc, sur 100.000 habitants, 88 nouveaux cas ont étés recensées dans
la préfecture d'Anfa contre 399 dans la préfecture de Ben M'sick Sudu Othmane. Les
mycobactéries comprennent des espèces ubiquitaires dont la virulence varie. Cependant des
facteurs environnementaux et individuels notamment la génétique de l'hôte, jouent un rôle
crucial dans le résultat de l'exposition aux mycobactéries ou le vaccin vivant bacille de Calmette et
Guérin(bcg) pouvant développer ou non des formes des infections sévères pouvant aller jusqu'au
décès.
Contexte général de l’étude:
le syndrome de Prédisposition génétique aux infections mycobacteriennes est un groupe des

maladies rares entrainant une susceptibilité aux infections sévères à des mycobactéries
habituellement peu virulents consécutifs a des erreurs innées rare de l'immunité a l’interféron
gamma(IFN-Y) soit une production insuffisante de l' IFN-Y par les cellules lymphoïdes et/ou une
altération des réponses des cellules myéloïdes a cette cytokine chez des patients, principalement
des enfants sans défauts immunitaires reconnaissables. L'hétérogénéité au niveau des ces loci a
conduit à la définitions de 35 défauts génétiques différents, malgré l hétérogénéité cliniques et
génétiques, presque toutes les étiologies environs 19 gènes(FNGR1, IFNGR2, IL12RB1, IL23R,
IL12B, ISG15, NSD18, ZNKX1, TBX21, STAT1, TYR2, IRF8, CYBB, JABK1, RORC, NENO et SPPLA) de
MSMD altèrent l'immunité médiée par l'inferon gamma(IFN-Y), en altérant ou en aboutissant a la
production de d'IFN-Y ou la réponse a cette cytokine ou les deux. Il a été prouvé que le niveau
d'IFN-Y humain est un trait quantitatif qui définit l'issue de l'infection mycobacteriennes,
notamment infections mycobacteriennes ostéoarticulaires(tuberculoses articulaires) nécessitant
le diagnostic précoce, l'identification de leur agent étiologique et l'administration rapide d’un
traitement antimicrobien adéquat et chirurgical codifiée constituant les pierres angulaires de la
3
prises en charge de la maladies, de la prévention de la détérioration clinique et de la prévention

des séquelles orthopédiques permanentes grâce aux progrès technologiques.
Objectifs:
● Faire la recherche fondamentales sur l'identification des caractéristiques moléculaires

principales des interactions hôte ou germe pathogène permettant de mieux comprendre la
réponse antimycobacteriennes chez l'enfant.
● Poser les bases génétiques mendéliennes de la tuberculose.

Travail Réalisé :
Durant la première année de thèse, nous avons exploré les bases de

données bibliographiques à la recherche des études similaires et
pour approfondir les connaissances autour du sujet. Ces recherches
Littérature ont conduit à la rédaction d’un article de revue en cours de
correction.
4
Nous avons préparé le dossier d’éthique qui décrit le protocole de

recherche ainsi que les informations et les prélèvements des
patients qui seront exploités au cours de ce travail. Le dossier a reçu
un avis favorable de la part du comité d’éthique du centre
hospitalier universitaire Ibn Rochd de Casablanca.
La mise au point de la technique de PCR : Suivant les
recommandations du CDC (Center of disease control), la PCR
méningite est optimale avec des concentrations des amorces et des
Démarche Technique sondes bien spécifiques, ainsi qu’un programme thermique adapté.
L’application de la technique dans notre laboratoire, n’a pas donné
de bons résultats aux premières tentatives. Nous avons procédé à
l’analyse de chaque paramètre pour identifier le problème :
Vérification du thermocycleur, modification des concentrations
d’ADN, modification des concentrations d’amorces, tests avec
différents Master mix…
Rédaction d’un article basé une revue de la littérature autour du

sujet : En cours de correction.
Apport Scientifique
Formations :
Date / Volume Organisé par
Titre
Horaire
5
Constitution des Dossiers d'Ethique et Jeudi 22 Juin 2023 CEDOC

de la CNDP 4H Prof TAHIRI
Formations
- Participation par un poster 14-17 Juin 2023 African society of

intitulé « Neisseria meningitidis Y, 24H immunodeficiencies
est-il associé à un risque plus élevé (ASID)
de déficit immunitaire ? »
- membre du comité
d’organisation lors du 8ème congrès
Congrès
international ASID
23 Décembre 2022 ISPITS

- Congrès International de 4H
Pédagogie-
Recherche et Santé
2nd Qatar allergy and immunology 9-11 Février 2023 Hamad medical
conference 5H corporation
Conférences
Application du NGS dans la détection 1er Mars 2023

des DIP lors de la première journée Laboratoire
3H d’Immunologie
6
scientifique du laboratoire Clinique Inflammation

et Allergie
d’Immunologie Clinique Inflammation
et Allergie
Prédisposition aux infections virales 3 Juillet

8H Laboratoire
par Dr Emmanuelle JOUANGUY
d’Immunologie
Clinique Inflammation
et Allergie
Gestion d'un Laboratoire de Génétique 5 Juillet

Humaine des Maladies Infectieuses par 4H Laboratoire
d’Immunologie
Dr Emmanuelle Clinique Inflammation
JOUANGUY et Allergie
Comment publier un article dans une Bibliothèque
Workshops revue indexée ? 16 Février 2023 universitaire

Identité numérique du chercheur…. 4H Mohammed Sekkat
Laboratoire
Neutropénie congénitale 16 Avril 2023 d’Immunologie
Clinique Inflammation
Webinaires 2H et Allergie
7
Perspectives pour la 2 ème année :
intitulé: La PCR en temps

 Publication d’un article de revue de littérature
réel dans le diagnostic des infections invasives
Neisseriaà meningitidis
et
Streptococcus pneumoniae
 Publication d’un article sur l’épidémiologie des méningites bactériennes

chez l’enfant à Casablanca en-2023: Apport du diagnostic par PCR.
2022
 Participation à des congrès par posters et communication orales
Sur le plan technique

:
 Réaliser la PCR sur l’ensemble des demandes de diagnostic des méningites

bactériennes provenant des différents services cliniques du CHU Ibn Rochd
Casablanca
 Recherche du seuil de détection par PCR du pneumocoque et méningocoque

à partir d’un liquide céphalorachidien
 Réaliser un séquençage du méningocoque et du pneumocoque à partir de
l’ADN extrait à partir des LCR analysés
8

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Contexte général de l’étude:

le syndrome de Prédisposition génétique aux infections mycobacteriennes est un groupe des

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prises en charge de la maladies, de la prévention de la détérioration clinique et de la prévention

● Faire la recherche fondamentales sur l'identification des caractéristiques moléculaires

Etat d’Avancement pour Réinscription au Cycle Doctoral

Durant la première année de thèse, nous avons exploré les bases de

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Nous avons préparé le dossier d’éthique qui décrit le protocole de

Rédaction d’un article basé une revue de la littérature autour du

Etat d’Avancement pour Réinscription au Cycle Doctoral

COLLEGE DE FORMATION DOCTORALE

Constitution des Dossiers d'Ethique et Jeudi 22 Juin 2023 CEDOC

- Participation par un poster 14-17 Juin 2023 African society of

23 Décembre 2022 ISPITS

Application du NGS dans la détection 1er Mars 2023

Etat d’Avancement pour Réinscription au Cycle Doctoral

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scientifique du laboratoire Clinique Inflammation

Prédisposition aux infections virales 3 Juillet

Gestion d'un Laboratoire de Génétique 5 Juillet

Comment publier un article dans une Bibliothèque

Workshops revue indexée ? 16 Février 2023 universitaire

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Perspectives pour la 2 ème année :

intitulé: La PCR en temps

 Publication d’un article sur l’épidémiologie des méningites bactériennes

Sur le plan technique

 Réaliser la PCR sur l’ensemble des demandes de diagnostic des méningites

 Recherche du seuil de détection par PCR du pneumocoque et méningocoque

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