Offre de Formation Génie Enzymatique ESSBO - 13-05-2022

REPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ET POPULAIRE
MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR

ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE
OFFRE DE FORMATION INGENIORAT

Ecole supérieure en sciences biologiques d’Oran
Domaine : SCIENCES DE LA NATURE ET DE LA VIE
Filière : BIOTECHNOLOGIE
Spécialité : GENIE ENZYMATIQUE

‫الجمهورية الجزائرية الـديمقراطيـة الـشعبيــة‬
‫وزارة التعليــم العالــي والبحــث العلمــي‬
‫عرض تكوين‬
‫المدرسة العليا للعلوم البيولوجية وهران‬
‫الميدان‪:‬علوم الطبيعة والحياة‬

‫الشعبة‪ :‬بيوتكنولوجيا‬
‫التخصص‪:‬الهندسة اإلنزيمية‬
‫السنة الجامعية‪2022-2021 :‬‬

Sommaire
I- Fiche d’identité de l’ingéniorat 1

1 - Localisation de la formation 2
2 - Localisation de la formation 2
3 - Contexte et objectifs de la formation 2
A - Conditions d’accès 2
B - Objectifs de la formation 2
C - Profils et compétences visées 2
D - Potentialités régionales et nationales d’employabilité 3
E - Passerelles vers les autres spécialités 3
F - Indicateurs de suivi de la formation 3
G – Capacités d’encadrement 4
4 - Moyens humains disponibles 4
A - Enseignants intervenant dans la spécialité 4
B - Encadrement Externe 6
C - Laboratoires de recherche de soutien à l’ingéniorat 7
D - Projets de recherche de soutien à l’ingéniorat 7
E - Espaces de travaux personnels et TIC 7
II- Fiche d’organisation semestrielle des enseignements 08
1- Semestre 1 09
2- Semestre 2 10
3- Semestre 3 11
4- Semestre 4 12
5- Semestre 5 13
5- Semestre 6 14
III- Programme détaillé par matière 22
I– Fiche d’identité de
l’ingéniorat
Filière : Biotechnologie
Spécialité : Génie enzymatique
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Intitulé de l’Ingéniorat : Génie Enzymatique
ORAN
Année universitaire : 2021/2022
1. Localisation de la formation :
ECOLE SUPERIEURE EN SCIENCES BIOLOGIQUES D’ORAN
2. Partenaires de la formation:
- Autres établissements universitaires :
 Université des Sciences et de la Technologie d’Oran – Mohamed Boudiaf
 Université Oran 1 Ahmed Ben Bella
3. Contexte et objectifs de la formation

A. Conditions d’accès
1èreannée : Sur moyenne du baccalauréat définie chaque année par le MESRS.
3èmeannée : Sur concours d’accès aux écoles supérieures.
B. Objectifs de la formation
La promotion du secteur de la biotechnologie occupe une place importante dans l'agenda
politique de l’Algérie. La biotechnologie est reconnue comme l'un des secteurs prioritaires clés
dans le développement économique de plusieurs pays car il s’agit de l’un des secteurs censés
contribuer à la création d'entreprises, à l'innovation et à l'économie durable.
Dans ce contexte, le génie enzymatique est l’un des outils les plus prometteurs dans le
développement de produits à intérêt économique. Les enzymes jouent un rôle important en
raison de leur action catalytique spécifique et efficace. De nos jours, les enzymes microbiennes
sont largement développées pour répondre à divers besoins humains, tels que la conversion
enzymatique, le diagnostic et le traitement des maladies, la production de médicaments,
l'élimination des polluants environnementaux, etc. Le génie enzymatique est une discipline qui
utilise les méthodes et techniques du génie génétique et du génie protéique pour améliorer les
caractéristiques des enzymes produites.
Cette formation a pour but de développer des ressources humaines dans le domaine du génie
enzymatique. Les étudiants seront capables de manipuler les microorganismes afin de produire,
de purifier et de caractériser des enzymes présentant des trais intéressants pour le secteur
industriel. Cette formation est orientée vers la biotechnologie industrielle dans le but de fournir
aux étudiants des connaissances théoriques et pratiques solides qui leur permettront de travailler
dans les différentes industries ou même pour la création d’entreprises.
C. Profils et compétences métiers visés

A l’issue de cette formation, les diplômés de la spécialité Génie enzymatique de l’Ecole
supérieure en Science Biologiques d’Oran seront dotés d’un enseignement théorique et pratique
de haut niveau. Les étudiants auront acquis les compétences suivantes :
- Connaissances scientifiques et techniques en enzymologie et en génie enzymatique. Les
étudiants développeront les compétences nécessaires pour produire, purifier, caractériser
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ORAN
des enzymes à intérêt biotechnologique ainsi que l’amélioration des caractéristiques des
enzymes étudiées et leurs applications.
- Connaissances scientifiques et techniques en génétique, biologie moléculaire, génie
génétique et en bioinformatique.
- Capacité à travailler sur différentes problématiques qui touchent des secteurs clés
(environnement, industrie, bioénergie…) et capacité de conduire des projets afin de proposer
des solutions pour les différentes problématiques.
- Grace au cours et ateliers d’entreprenariat, ainsi que les différentes matières telles que la
Biotechnologie industrielle, la Biotechnologie agroalimentaire, Droits de propriété
intellectuelle, biosécurité et bioéthique et les stages d’immersion et d’insertion
professionnelle, les étudiants auront les compétences nécessaires pour la création
d’entreprises.
- Habilité de travailler sur un sujet de recherche, de même que la rédaction de documents
scientifiques (manuscrits et articles scientifiques) et de communiquer les résultats (en
français et en anglais).
D. Potentialités régionales et nationales d’employabilité des diplômés
L’un des principaux objectifs de la formation en génie enzymatique qui est la première de son
genre en Algérie est de préparer les diplômés au marché du travail. Grâces aux différentes
compétences développées, les diplômés pourront intégrer toute entreprise de biotechnologie,
d’agroalimentaire, de détergents...
Vu leur formation qui est axée sur l’utilisation des techniques de biologie moléculaire, les
diplômés pourront aussi intégrer tout secteur nécessitant des compétences en génétique, en
biologie moléculaire et en bioinformatique, tels que les universités, les hôpitaux, les laboratoires
de recherche (Institut Pasteur d’Algérie, laboratoires de la police ou de la gendarmerie
scientifique, ...).
Cette formation est aussi une formation académique visant à produire des chercheurs pour les
différents centres de recherche et pour les formations doctorales.
Ayant obtenu les connaissances nécessaires dans le domaine d’entreprenariat, les diplômés
auront aussi la possibilité de créer leurs propres entreprises.
E. Passerelles vers d’autres spécialités
Les étudiants admis en 3éme année et n’ayant pas la moyenne requise pour poursuivre la 1 ère
année du second cycle de l’école peuvent directement intégrer les licences universitaires SNV.
Le tronc commun étant similaire.
F. Indicateurs de suivi de la formation
Le suivi d’une formation se traduit par le suivi d’indicateurs de type ratios comparant le
“prévisionnel” et le “réalisé” en termes de taux de réalisation d’une tache, de la productivité des
ressources humaines (enseignants), de consommation de budget et enfin de parcours de
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ORAN
l’employabilité du produit de la formation.Un indicateur est une information qui va aider le porteur
de la formation à mesurer une situation et à prendre une décision en conséquence. La décision
peut être de continuer dans le même sens ou bien au contraire d’adopter des mesures
correctives.
Taux de réalisation d’une tache (TRC)
Avec cet indicateur on mesure si une tâche a duré ou devrait durer plus longtemps ou moins
longtemps que ce qui avait été planifié initialement.
TRC= (Durée réelle-Durée Initiale) / Durée Initiale
On peut appliquer cet indicateur à la durée d’une matière, à la durée d’une unité d’enseignement
ou à la durée d’un semestre de l’année ou à l’ensemble des années.
Productivité des ressources humaines (PRH)
Il s’agit d’un indicateur de mesure de la productivité des membres de l’équipe de l’ingéniorat. En
temps réel, on mesure le nombre d’heures consacrés au regard du pourcentage de réalisation de
la tâche.
PRH = nombre d’heures réellement consacrés * TRC
Et on compare ce ratio au nombre d’heures planifiées pour atteindre ce même % de réalisation
de la tâche. Ceci va permettre d’évaluer soit un retard ou une avance sur le planning ou un
respect du planning.Dans le même esprit les autres indicateurs peuvent être suivis. Grâce à ces
indicateurs nous pouvons évaluer rapidement les éventuels écarts à l’objectif et communiquer
efficacement et rapidement avec toutes les parties prenantes de l’ingéniorat.
G. Capacité d’encadrement :
20 Etudiants.
4. Moyens humains disponibles
A. Enseignants de l’établissement intervenant dans la spécialité
N° Nom Prénom Spécialité Grade Type d’intervention
1 Saidi Djamel Physiologie Pr. Cours/td/tp.
Hadja Nutrition Clinique et

2 Tbahriti MCA Cours/td/tp.
Fatima Métabolique
3 Gabed Noujoud Biologie moléculaire MCA Cours/td/tp.
4 Felidj Menel Ecologie Végétale MCA Cours/td/tp.
Biologie moléculaire et
5 Boughrara Wefa MCA Cours/td/tp.
Génétique
Ecosystèmes microbiens
6 Marzoug Mohamed MCA Cours/td/tp.
complexes
Fatima Biologie moléculaire et
7 Mahammi MCA Cours/td/tp.
Zohra Génétique
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ORAN
Boukhari Nutrition Intérêts et risques sur
8 Nabila MCA Cours/td/tp.
Benahmed Daidj la santé
Physique de la matière
9 Azzi Saliha MCB Cours/td/tp.
condensée
Biotechnologie microbienne et
10 Baba Hamed Samia MCB Cours/td/tp.
marine
11 Belhadj Hanane Sciences de l'Environnement MCB Cours/td/tp.
Biologie -Sciences de
12 Bouhadiba Sultana MCB Cours/td/tp.
L'environnement
Nutrition Intérêts et risques sur
13 Chabane Fatima MCB Cours/td/tp.
la santé
14 Chekroun Chahinez Physiologie Végétale MCB Cours/td/tp.
15 El-Kebir Aslya Chimie des Polymères MCB Cours/td/tp.
16 Fodil Mostefa Biologie moléculaire MCB Cours/td/tp.
Biodiversité Végétale et
17 Kechar Kheira MCB Cours/td/tp.
Valorisation
18 Medjdoub Lahouaria Chimie des Polymères MCB Cours/td/tp.
19 Rahli Fouzia Microbiologie appliquée MCB Cours/td/tp.
20 Choubane Slimane Biotechnologie MCB Cours/td/tp.
Hadjer
21 Bouderbala Physiologie Animale MCB Cours/td/tp.
Soumia
Nutrition Clinique et
22 Boukadoum Ali MCB Cours/td/tp.
Métabolique
23 Haddi Abir Physiologie Animale MCB Cours/td/tp.
24 Guendouz Malika Physiologie Animale MCB Cours/td/tp.

Physiologie Animale de la
25 Redouane Dalal Nutrition et Sécurité MCB Cours/td/tp.
alimentaire
26 Khelil Omar Biotechnologie Végétale MCB Cours/td/tp.
Chimie organique minérale et

27 Benayad Sarah MCB Cours/td/tp.
industrielle
Biochimie Appliquée -Bio
28 Benyettou Imene MCB Cours/td/tp.
toxicologie
Productions Végétales et
29 Mahdjour Soumicha MCB Cours/td/tp.
Microbiennes
30 Ilias Wassila Immunologie MCB Cours/td/tp.
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ORAN
31 Boughoufala Mohamed Les systèmes photovoltaïques MCB Cours/td/tp.
32 Yakoubi Fatima Physiologie Végétale MAA Cours/td/tp.
33 Dehiba Faiza MAA Cours/td/tp.
Métabolique
Traitement des Surfaces et
34 Belbouri Khadra MAA Cours/td/tp.
Science des Matériaux
35 Henni Ibrahim Informatique MAA Cours/td/tp.
Batoul
36 Lahcene Civilisation Américaine MAA Cours/td/tp.
Sofya
37 Mahmoudi Bahia MAA Cours/td/tp.
Métabolique
38 Mimoun Asmaa Biologie Végétale MAA Cours/td/tp.
39 Nasser Soraya INFORMATIQUE MAA Cours/td/tp.
Production Animale et Contrôle

40 Seddikioui Leila MAA Cours/td/tp.
de Qualité
B. Encadrement Externe :
Etablissement de rattachement : UNIVERSITE ORAN 1- USTO
Laboratoire de recherche de
Nom, prénom Grade Type d’intervention
rattachement
Abiayad S.M.E.A. Pr Aquabior COURS / TP/ENC.

Ali Mehidi S. Pr Aquabior COURS / TP/ENC.
Hamaizi H. Pr COURS
Lamara S-A.C. Pr Aquabior COURS / TP/ENC.
Kadhum E.A. Pr COURS
Benbayeur Z. Pr COURS / TP/ENC.
Fatmi L. MA Aquabior TP/TD
Benyamina M. MA Aquabior TP/TD
Lechehab S MA Aquabior TP/TD
Bekada I. MCA Aquabior TP/TD
Ameziane E.-H. MA Aquabior TP/TD
Attab K. MA Aquabior TP/TD
Amrani E. MCA Biologie moléculaire TP/TD
Dergal N. MCB Aquabior COURS
Aoues Aek Pr Toxicologie COURS
Zemani Fodil Faouzia Pr Biologie moléculaire COURS
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ORAN
C. Laboratoire(s) de recherche de soutien à l’ingéniorat : AQUABIOR
Chef du laboratoire ABIAYAD SIDI MOHAMED EL AMINE
N° Agrément du laboratoire
Date : agréé en 2011 code 071
Avis du directeur du laboratoire : Favorable
D. Projet(s) de recherche de soutien à l’ingéniorat :
Intitulé du projet de Date du début Date de fin du

Code du projet
recherche du projet projet
2016_00892 - -
PROJET CEE Projet H2020 2016 2020
MSCA-RISE 2016
E. Espaces de travaux personnels et TIC :
Bibliothèque de l’école
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II–Fiche d’organisation
semestrielle des
enseignements
6 semestres (1ère, 2ème, 3ème années)
ESSB- Page 8
ORAN
1. SEMESTRE 1
VHS V.H hebdomadaire Mode d'évaluation

Unité d’Enseignement Coeff Crédits
14-16 sem C TD TP Autres*VHS Continu Examen
UE fondamentales 9 18
UEF1 (O/P)
Transferts de Matière et d'Energie 67h30 3h00 1h30 - 82h30 3 6 40 % 60 %
Enzymologie Fondamentale 45h00 1h30 1h30 - 55h 2 4 40 % 60 %
UEF2 (O/P)
Biologie Moléculaire 45h00 1h30 1h30 - 55h 2 4 40 % 60 %
Méthodes d’Analyses Biochimiques 45h00 1h30 1h30 - 55h 2 4 40 % 60 %
UE méthodologie 5 9
UEM1 (O/P)
Atelier de Microbiologie Appliquée 60h00 - - 4h00 60h00 3 5 100 % -
UEM2 (O/P)
Atelier de Chimie des Solutions 45h00 - - 3h00 55h00 2 4 100 % -
UE découverte 2 2
Biostatistique 45h00 - - 3h00 10h00 2 2 100 % -
UE transversale 1 1
English for Biologists - Starter 22h30 1h30 - - 2h30 1 1 40 % 60 %
Total Semestre 1 375h00 135h00 90h00 150h00 375h00 17 30
ESSB-ORAN Intitulé de l’Ingéniorat : Génie Enzymatique Page 9

2. SEMESTRE 2
Mode
VHS V.H hebdomadaire
Unité d’Enseignement Coeff Crédits d'évaluation
UEF1(O/P)
Transfert de Quantité de Mouvement 67h30 3h00 1h30 - 82h30 3 6 40 % 60 %
Génie Enzymatique 1 : Applications aux Industries Agro-
45h00 1h30 1h30 - 55h00 2 4 40 % 60 %
alimentaires
UEF2 (O/P)
Génétique Microbienne 45h00 1h30 1h30 - 55h00 2 4 40 % 60 %
Plan d’Expériences 45h00 1h30 - 1h30 55h00 2 4 40 % 60 %
UEM1 (O/P)
Atelier de Biologie Moléculaire 60h00 - - 4h00 60h00 3 5 100 % -
UEM2 (O/P)
Atelier de Valorisation des Résidus Agro-industriels 45h00 - - 3h00 55h00 2 4 100 % -
UE découverte 2 2
Valorisation des Résidus Agro-industriels 22h30 1h30 - - 5h00 1 1 40 % 60 %
Bioremédiation 22h30 1h30 - - 5h00 1 1 40 % 60 %
UE transversale 1 1
English for Biologists - Elementary 22h30 1h30 - - 2h30 1 1 40 % 60 %

3. SEMESTRE 3

UEF1 (O/P)
Réactions et Réacteurs 67h00 3h00 1h30 - 82h30 3 6 40 % 60 %
Génie Enzymatique 2 : Immobilisation des Systèmes
45h00 1h30 - 1h30 55h00 2 4 40 % 60 %
Biologiques
UEF2 (O/P)
Génomique, Transcriptomique et Protéomique 45h00 1h30 1h30 - 55h00 2 4 40 % 60 %
Bioinformatique 45h00 1h30 1h30 - 55h00 2 4 40 % 60 %
UEM1 (O/P)
Atelier de Purification et Caractérisation des Enzymes 60h00 - - 4h00 60h00 3 5 100 % -
UEM2 (O/P)
Atelier de Valorisation des Bioressources Aquatiques 45h00 - - 3h00 55h00 2 4 100 % -
UE découverte 2 2
Valorisation des Bioressources Aquatiques 22h30 1h30 - - 5h00 1 1 40 % 60 %
Droit de Propriété Intellectuelle 22h30 1h30 - - 5h00 1 1 40 % 60 %
UE transversale 1 1
English for Biologists – Pre-intermediate 22h30 1h30 - - 2h30 1 1 40 % 60 %
4. SEMESTRE 4

14-16 sem C TD TP Autres *VHS Continu Examen
UEF1 (O/P)
Opérations Unitaires 1 67h30 3h00 1h30 - 82h30 3 6 40 % 60 %
Génie Enzymatique 3 : Applications aux Secteurs
45h00 1h30 1h30 - 55h00 2 4 40 % 60 %
Pharmaceutiques et Industriels
UEF2 (O/P)
Bioréacteurs 45h00 1h30 1h30 - 55h00 2 4 40 % 60 %
Génie Génétique 45h00 1h30 1h30 - 55h00 2 4 40 % 60 %
UEM1 (O/P)
Atelier de Génie Génétique 60h00 - - 4h00 60h00 3 5 100 % -
UEM2 (O/P)
Atelier de Modélisation Moléculaire des Protéines 45h00 - - 3h00 55h00 2 4 100 % -
UE découverte 2 2
Produits Biosourcés et Biomatériaux 45h00 1h30 1h30 - 10h00 2 2 40 % 60 %
UE transversale 1 1
English for Biologists – Intermediate 22h30 1h30 - - 2h30 1 1 40 % 60 %
Total Semestre 4 375h 157h30 112h30 105h00 375h00 17 30
5. SEMESTRE 5

Mode
VHS V.H hebdomadaire
Unité d’Enseignement Coeff Crédits d'évaluation
UEF1 (O/P)
Opérations Unitaires 2 67h30 3h00 1h30 - 82h30 3 6 40 % 60 %
Génie Enzymatique 4 : Avancées en Technologie
45h00 1h30 1h30 - 55h00 2 4 40 % 60 %
Enzymatique
UEF2 (O/P)
Études de Cas et Innovation en Technologie Enzymatique 45h00 3h00 - - 55h00 2 4 40 % 60 %
Design des Bioprocédés 45h00 1h30 - 1h30 55h00 2 4 40 % 60 %
UEM1 (O/P)
Atelier de Génie Enzymatique 60h00 - - 4h00 60h00 3 5 100 % -
UEM2 (O/P)
Atelier d’Entrepreneuriat 45h00 - - 3h00 55h00 2 4 100 % -
UE découverte 2 2
Visites Industrielles 22h30 - - 1h30 5h00 1 1 100 % -
Biosécurité et Bioéthique 22h30 1h30 - - 5h00 1 1 40 % 60 %
UE transversale 1 1
English for Biologists – Advanced 22h30 1h30 - - 2h30 1 1 40 % 60 %
6. SEMESTRE 6

V.H hebdomadaire Mode d'évaluation
Unité d’Enseignement VHS Coeff Crédits
Séminaire Stage en entreprise Trav/perso Autre Continu Examen soutenance
UE Fondamentales
UEF1 (O/P)
Matière 1 : Projet de fin d’études 750 75 225 450 - 17 30 50 % 50 %
Total Semestre 6 750 75 225 450 - 17 30

‫بطاقة البرامج البيداغوجية السنويةَ ‬
‫للسنة األولى و الثانية و الثالثة من الطور الثاني‬
‫‪ESSB-ORAN‬‬ ‫‪Intitulé de l’Ingéniorat : Génie Enzymatique‬‬ ‫‪Page 15‬‬

‫‪Année universitaire : 2021/2022‬‬
‫السداسي ‪1‬‬ ‫‪.1‬‬
‫نوع التقييم‬ ‫الحجم الساعي األسبوعي‬ ‫الحجم الساعي‬
‫السداسي‬
‫المعامل األرصدة‬ ‫وحدة التعليم‬
‫إمتحا‬ ‫متواصل‬ ‫أعمال‬ ‫أعمال‬ ‫أعمال‬ ‫محاضرة‬ ‫‪ 14-16‬أسبوع‬
‫ن‬ ‫أخرى‬ ‫تطبيقية‬ ‫موجهة‬
‫‪18‬‬ ‫‪9‬‬ ‫وحدة التعليم األساسية‬
‫و ت أ ‪( 1‬إج‪/‬إخ)‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪6‬‬ ‫‪3‬‬ ‫‪82‬س‪30‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪3‬س‪00‬‬ ‫‪67‬س‪30‬‬ ‫انتقال المادة والطاقة‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪55‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬ ‫أساسيات في علم االنزيمات‬
‫و ت أ ‪( 2‬إج‪/‬إخ)‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪55‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬ ‫البيولوجيا الجزيئية‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪55‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬ ‫طرق التحليل البيوكيميائية‬
‫وحدة التعليم المنهجية‬
‫و ت م ‪( 1‬إج‪/‬إخ)‬
‫‪-‬‬ ‫‪100%‬‬ ‫‪5‬‬ ‫‪3‬‬ ‫‪60‬س‪00‬‬ ‫‪4‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪60‬س‪00‬‬ ‫ورشة األحياء الدقيقة التطبيقية‬
‫و ت م ‪( 2‬إج‪/‬إخ)‬
‫‪-‬‬ ‫‪100%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪55‬س‪00‬‬ ‫‪3‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬ ‫ورشة كيمياء المحاليل‬
‫وحدة التعليم اإلستكشافية‬
‫‪100%‬‬ ‫‪10‬س‪00‬‬ ‫‪3‬س‪00‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬ ‫اإلحصاء الحيوي‬
‫وحدة التعليم األفقية‬
‫اللغة اإلنجليزية لطالب البيولوجيا –‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪2‬س‪30‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪22‬س‪30‬‬
‫مدخل‬
‫‪30‬‬ ‫‪17‬‬ ‫‪375‬س‪00‬‬ ‫‪150‬س‪00‬‬ ‫‪90‬س‪00‬‬ ‫‪135‬س‪00‬‬ ‫‪375‬س‪00‬‬ ‫مجموع السداسي ‪1‬‬

‫السداسي ‪2‬‬ ‫‪.2‬‬
‫متواصل إمتحان‬ ‫أعمال‬ ‫أعمال‬ ‫أعمال‬ ‫محاضرة‬ ‫‪ 14-16‬أسبوع‬
‫أخرى‬ ‫تطبيقية‬ ‫موجهة‬
‫و ت أ ‪( 1‬إج‪/‬إخ)‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪6‬‬ ‫‪3‬‬ ‫‪82‬س‪30‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪3‬س‪00‬‬ ‫‪67‬س‪30‬‬ ‫انتقال كميات الحركة‬
‫هندسة انزيمية ‪ : 1‬تطبيقات في‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪55‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬
‫الصناعات الغذائية‬
‫و ت أ ‪( 2‬إج‪/‬إخ)‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪55‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬ ‫علم جينات األحياء الدقيقة‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪55‬س‪00‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬ ‫تصميم التجارب‬
‫و ت م ‪( 1‬إج‪/‬إخ)‬
‫‪-‬‬ ‫‪100%‬‬ ‫‪5‬‬ ‫‪3‬‬ ‫‪60‬س‪00‬‬ ‫‪4‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪60‬س‪00‬‬ ‫ورشة البيولوجيا الجزيئية‬
‫و ت م ‪( 2‬إج‪/‬إخ)‬
‫‪-‬‬ ‫‪100%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪55‬س‪00‬‬ ‫‪3‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬ ‫ورشة تثمين مخلفات الصناعات الغذائية‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪5‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪22‬س‪30‬‬ ‫تثمين مخلفات الصناعات الغذائية‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪5‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪22‬س‪30‬‬ ‫المعالجة الحيوية‬
‫اللغة اإلنجليزية لطالب البيولوجيا –‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪2‬س‪30‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪22‬س‪30‬‬
‫ابتدائي‬

‫السداسي ‪3‬‬ ‫‪.3‬‬
‫و ت أ ‪( 1‬إج‪/‬إخ)‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪6‬‬ ‫‪3‬‬ ‫‪82‬س‪30‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪3‬س‪00‬‬ ‫‪67‬س‪30‬‬ ‫تفاعالت ومفاعالت‬
‫هندسة انزيمية ‪ : 2‬تثبيت األنظمة‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪55‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬
‫البيولوجية‬
‫و ت أ ‪( 2‬إج‪/‬إخ)‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪55‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬ ‫جينوميات‪ ،‬نسخيات وبروتيوميات‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪55‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬ ‫المعلوماتية الحيوية‬
‫و ت م ‪( 1‬إج‪/‬إخ)‬
‫‪-‬‬ ‫‪100%‬‬ ‫‪5‬‬ ‫‪3‬‬ ‫‪60‬س‪00‬‬ ‫‪4‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪60‬س‪00‬‬ ‫ورشة تنقية وتوصيف اإلنزيمات‬
‫و ت م ‪( 2‬إج‪/‬إخ)‬
‫‪-‬‬ ‫‪100%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪55‬س‪00‬‬ ‫‪3‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬ ‫ورشة تثمين الموارد الحيوية المائية‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪5‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪22‬س‪30‬‬ ‫تثمين الموارد الحيوية المائية‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪5‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪22‬س‪30‬‬ ‫حقوق الملكية الفكرية‬
‫اللغة اإلنجليزية لطالب البيولوجيا – ما‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪2‬س‪30‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪22‬س‪30‬‬
‫قبل المتوسط‬

‫السداسي ‪4‬‬ ‫‪.4‬‬
‫و ت أ ‪( 1‬إج‪/‬إخ)‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪6‬‬ ‫‪3‬‬ ‫‪82‬س‪30‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪3‬س‪00‬‬ ‫‪67‬س‪30‬‬ ‫العمليات الوحدوية ‪1‬‬
‫هندسة انزيمية ‪ : 3‬تطبيقات في القطاعات‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪55‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬
‫الصيدالنية والصناعية‬
‫و ت أ ‪( 2‬إج‪/‬إخ)‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪55‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬ ‫المفاعالت الحيوية‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪55‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬ ‫الهندسة الجينية‬
‫و ت م ‪( 1‬إج‪/‬إخ)‬
‫‪-‬‬ ‫‪100%‬‬ ‫‪5‬‬ ‫‪3‬‬ ‫‪60‬س‪00‬‬ ‫‪4‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪60‬س‪00‬‬ ‫ورشةالهندسة الجينية‬
‫و ت م ‪( 2‬إج‪/‬إخ)‬
‫‪-‬‬ ‫‪100%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪55‬س‪00‬‬ ‫‪3‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬ ‫ورشة النمذجة الجزيئية للبروتينات‬
‫‪-‬‬ ‫‪100%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪10‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬ ‫المواد الحيوية والمواد ذات المصدر الحيوي‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪2‬س‪30‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪22‬س‪30‬‬ ‫اللغة اإلنجليزية لطالب البيولوجيا – متوسط‬

‫السداسي ‪5‬‬ ‫‪.5‬‬
‫و ت أ ‪( 1‬إج‪/‬إخ)‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪6‬‬ ‫‪3‬‬ ‫‪82‬س‪30‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪3‬س‪00‬‬ ‫‪67‬س‪30‬‬ ‫العمليات الوحدوية ‪2‬‬
‫هندسة انزيمية ‪ : 4‬التطورات في‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪55‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬
‫تكنولجيا اإلنزيمات‬
‫و ت أ ‪( 2‬إج‪/‬إخ)‬
‫دراسة حاالت واإلبتكارات في تكنولوجيا‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪55‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪3‬س‪00‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬
‫اإلنزيمات‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪55‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬ ‫تصميم الطرائق الحيوية‬
‫و ت م ‪( 1‬إج‪/‬إخ)‬
‫‪-‬‬ ‫‪100%‬‬ ‫‪5‬‬ ‫‪3‬‬ ‫‪60‬س‪00‬‬ ‫‪4‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪60‬س‪00‬‬ ‫ورشة الهندسة اإلنزيمية‬
‫و ت م ‪( 2‬إج‪/‬إخ)‬
‫‪-‬‬ ‫‪100%‬‬ ‫‪4‬‬ ‫‪2‬‬ ‫‪55‬س‪00‬‬ ‫‪3‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪45‬س‪00‬‬ ‫ورشة المقاوالتية‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪5‬س‪00‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪22‬س‪30‬‬ ‫زيارات لوحدات صناعية‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪5‬س‪00‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪22‬س‪30‬‬ ‫األمن الحيوي وأخالقيات البيولوجيا‬
‫‪60%‬‬ ‫‪40%‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪1‬‬ ‫‪2‬س‪30‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪1‬س‪30‬‬ ‫‪22‬س‪30‬‬ ‫اللغة اإلنجليزية لطالب البيولوجيا –متقدم‬

‫السداسي ‪6‬‬ ‫‪.6‬‬
‫نوع التقييم‬ ‫الحجم الساعي األسبوعي‬
‫إمتحان مناقشة‬ ‫الحجم الساعي‬

‫المشروع‬ ‫أعمال‬ ‫أعمال‬ ‫تربص‬ ‫ندوات‬ ‫السداسي‬
‫متواصل‬
‫أخرى‬ ‫فردية‬ ‫ميداني‬
‫وحدة التعليم األساسية‬

‫و ت أ ‪( 1‬إج‪/‬إخ)‬
‫المادة ‪ :1‬مشروع‬
‫‪100‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪30‬‬ ‫‪17‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪450‬سا‪00‬‬ ‫‪225‬سا‪00‬‬ ‫‪75‬سا‪00‬‬ ‫‪750‬سا‪00‬‬
‫التخرج‬
‫‪100‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪30‬‬ ‫‪17‬‬ ‫‪-‬‬ ‫‪450‬سا‪00‬‬ ‫‪225‬سا‪00‬‬ ‫‪75‬سا‪00‬‬ ‫‪750‬سا‪00‬‬ ‫مجموع السداسي ‪6‬‬

III– Programme détaillé
par matière
SEMESTRE 1
UEF1 (O/P)
Transferts de Matière et d'Energie
Enzymologie Fondamentale
UEF2 (O/P)
Biologie Moléculaire
Méthodes d’Analyses Biochimiques
UEM 1 (O/P)
Atelier de Microbiologie Appliquée
UEM 2 (O/P)
Atelier de Chimie des Solutions
UE découverte
Biostatistique
UE transversale
English for biologists - Starter
ESSB-
Intitulé de l’Ingéniorat : Génie Enzymatique Page 23
ORAN
PROGRAMME : Transferts de Matière et d'Energie
Semestre : 1
Enseignant responsable de l’UE :
Matière : Transferts de Matière et d'Energie
Crédits : 6
Coefficient : 3
a) Objectifs de l’enseignement
L’objectif de cette matière est d’acquérir des connaissances fondamentales sur les bilans de
matières et les bilans énergétiques ainsi que d’avoir des connaissances fondamentales sur les
phénomènes de transfert en génie des procédés.
b) Connaissances préalables recommandées

En mathématique, en chimie et en physique.
c) Contenu de la matière :
Chapitre 1 : Définitions et principes

1.1. Dimensions, unités et leurs conversions
1.2. Moles, densité et concentrations
1.3. Choisir une base
1.4. Température
1.5. Pression
Chapitre 2 : Calculs des bilans

2.1. Introduction aux calculs des bilans
2.2. Stratégie générale pour résoudre les problèmes dubilan de matière
2.3. L'équation chimique et la Stœchiométrie
2.4. Bilans matières pour les procédés impliquant une réaction
2.5. Problèmes du bilan matière impliquant plusieurs unités
2.6. Recyclage, dérivation et purge et l'application industrielle du bilan matière
Chapitre 3 : Bilans énergétiques

3.1. Concepts énergétiques de base
3.2. Équations générales du bilan énergétique
3.3. Procédures de calcul de l'enthalpie
3.4. Changement d'enthalpie dans les processus non réactifs
3.5. Tables de vapeur
3.6. Procédure pour les calculs de bilan énergétique non réactionnel
ESSB-
ORAN
3.7. Exemples de bilan énergétique travaillés non réactionnel
3.8. Changement d'enthalpie de la réaction
3.9. Chaleur de réaction pour les bioprocédés
3.10. Équation du bilan énergétique pour la culture cellulaire
3.11. Exemples travaillés d'équilibre énergétique de fermentation
Chapitre 4 : Bilans de matière et d'énergie en régime dynamique

4.1. Équations de bilan matière en régime dynamique
4.2. Équations de bilan énergétique en régime dynamique
4.3. Résolution d'équations différentielles
4.4. Résolution des bilans de masse en régime dynamique instable
Chapitre 7 : Transfert de masse
3.1. Diffusion moléculaire

3.2. Rôle de la diffusion dans les bioprocédés
3.3. Théorie du double film de Lewis et Withman
3.4. Transfert de masse convectif
3.5. Absorption d'oxygène dans les cultures cellulaires
3.5. Transfert d'oxygène dans les fermenteurs
3.6. Mesure des concentrations d'oxygène dissous
3.7. Estimation de la solubilité de l'oxygène
3.8. Corrélations de transfert de masse
3.9 Mesure de kLa
3.10. Transfert d'oxygène à grandes échelles
Chapitre 6 :Transfert de la chaleur
2.2. Équipement de transfert de chaleur

2.3. Mécanismes de transfert de chaleur
2.4. Conduction
2.5. Transfert de chaleur entre fluides
2.6. Équations de conception pour les systèmes de transfert de chaleur
2.7. Application des équations de conception
d) Mode d’évaluation :
Contrôle continu : 40 % ; Examen : 60 %.
ESSB-
ORAN
e) Références (Livres et polycopiés, sites internet, etc)
- Atkinson, B. and F. Mavituna (1991) Biochemical Engineering and Biotechnolog.
Handbook, 2nd edn,Chapter 4, Macmillan, Basingstoke.
- Cordier, J.-L., B.M. Butsch, B. Birou and U. yon Stockar (1987) The relationship between
elemental composition and heat of combustion of microbial biomass. Appl. Microbiol.
Biotechnol. 25,305-312.
- Doran, P. M. (1995). Bioprocess engineering principles. Elsevier.
- Felder, R.M. and R.W. Rousseau (1978) Elementary Principles of Chemical Processes,
Chapter 5, John Wiley,New York.
- Himmelblau, D. M., & Riggs, J. B. (2012). Basic principles and calculations in chemical
engineering. FT press.
- Himmelblau, D.M. (1974) Basic Principles and Calculations in ChemicalEngineering,
3rd edn, Chapter 2, Prentice-Hall, New Jersey.
- Roels, J.A. (1983) Energetics andKinetics in Biotechnolog 7, Chapter 3, Elsevier
Biomedical Press, Amsterdam.
- Whitwell, J.C. and R.K. Toner (1969) Conservation of Mass and Energ 7, Chapter 4,
Blaisdell, Waltham,Massachusetts.
ESSB-
ORAN
PROGRAMME : Enzymologie Fondamentale
Semestre : 1
Matière : Enzymologie Fondamentale
Crédits : 4
Coefficient : 2
Le programme est destiné à dispenser aux étudiants les connaissances fondamentales sur les
enzymes, leur structure et leur fonctionnement. Cet aspect fondamental est appuyé par des
enseignements sur l’énergie des réactions catalysées par les enzymes, la cinétique enzymatique
et les différents modes de régulation de l’activité enzymatique.

En biochimie et en chimie organique
c) Contenu de la matière
Chapitre 1 : Introduction à l’enzymologie

1. Historique
2. Définition
3. Structure
4. Propriétés et caractéristiques des enzymes
4.1. Nature
4.2. Spécificité
4.3. Efficacité
4.4. Compatibilité avec l’environnement et stabilité
4.5. Concentration
5. Localisation
6. Taille
7. Nomenclature et classification
7.1. Nomenclature
7.1.1. Nomenclature fonctionnelle
7.1.2. Nomenclature officielle
7.2. Classification
7.2.1. Oxydoréductases
7.2.2. Transférases
7.2.3. Hydrolases
7.2.4. Lyases
ESSB-
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7.2.5. Isomérases
7.2.6. Ligases
7.2.7. Translocases
Chapitre 2 : Relation structure fonction

1. Structure fonctionnelle
2. Isoenzymes
3. Site actif
4. Site de liaison
5. Site catalytique
6. Acides aminés du site actif
7. Propriétés affectant la liaison enzyme-substrat
8. Modèles de fixation enzyme-substrat
9. Forces d’association enzyme-substrat
Chapitre 3 : La réaction enzymatique

1. Définition
2. Mécanisme de la réaction enzymatique
3. Facteurs
4. Enzyme
5. Substrat
6. Cofacteur
7. Coenzyme
8. Facteurs qui influent sur la réaction enzymatique
8.1. Effet des facteurs physico-chimiques
8.2. Effet des effecteurs
8.3. Effet de la concentration du substrat
8.4. Effet de la concentration de l’enzyme
8.5. Effet du temps de réaction
9. Réactions enzymatiques à deux substrats
9.1. Mécanisme séquentiel
9.2. Mécanisme à double déplacement
Chapitre 4 : Energie d’une réaction enzymatique

1. Energie d’activation « Ea »
2. Etat de transition
3. Changement d’enthalpie « ΔH »
4. Energie libre de Gibbs « ΔG »
ESSB-
ORAN
5. Spontanéité et réversibilité
Chapitre 5 : Cinétique enzymatique

1. Introduction à la cinétique enzymatique
2. Concepts de base de la cinétique chimique
3. Phases de la réaction enzymatique
4. Notion de Vitesse initiale
5. Cinétique enzymatique
6. Cinétique de Michaelis et Menten
7. Linéarisation de Lineweaver et Burk
Chapitre 7 : Mécanismes moléculaires de catalyse enzymatique

1. Catalyse par proximité
2. Catalyse covalente
3. Catalyse acide/base
4. Catalyse par ions métalliques
Chapitre 8 : Inhibiteurs des enzymes

1. Introduction à l’inhibition enzymatique
2. Notion d’effecteurs enzymatiques
3. Catégories d’inhibiteurs
4. Inhibiteurs réversibles
5. Inhibiteurs irréversibles
6. Applications des inhibiteurs
5. Conception des inhibiteurs
Chapitre 9 : Régulation des enzymes

1. Définition de la régulation enzymatique
2. Enzymes régulatrices
3. Processus de régulation enzymatique
4. Régulation allostérique
5. Régulation par molécules régulatrices
6. Régulation par modification covalente
7. Régulation par clivage protéolytique (protéolyse)
8. Régulation par isoenzymes
6. Régulation génétique
ESSB-
ORAN

- BUGG, Tim DH. Introduction to enzyme and coenzyme chemistry. John Wiley & Sons,
2012.
- CORNISH-BOWDEN, Athel. Cinétique enzymatique. EDP sciences, 2012.
- CORNISH-BOWDEN, Athel et CORNISH-BOWDEN, Athel. Fundamentals of enzyme
kinetics. Weinheim, Germany : Wiley-Blackwell, 2012.
- SAURO, Herbert M. Enzyme kinetics for systems biology. Future Skill Software, 2011.
- PURICH, Daniel L. Enzyme kinetics: catalysis and control: a reference of theory and
best-practice methods. Elsevier, 2010.
- SINE, Jean-Pierre. Enzymologie et applications. 2010.
- FENTON, Aron W. Allostery: an illustrated definition for the ‘second secret of life’.
Trends in biochemical sciences, 2008, vol. 33, no 9, p. 420-425.
- PELMONT, Jean. Enzymes: catalyseurs du monde vivant. 1995.
- HORTON, H. Robert, LAURENCE A.. MORAN, RAYMOND S.. OCHS, et al. Principes de
biochimie. De Boeck université, 1994.
- LEHNINGER, Albert L. et KAMOUN, Pierre. Principes de biochimie. Flammarion
Médecine-Sciences, 1985.
- SEGEL, Irwin H. Enzyme kinetics: behavior and analysis of rapid equilibrium and
steady state enzyme systems. 1975.
ESSB-
ORAN
PROGRAMME : Biologie Moléculaire
Semestre : 1
Matière : Biologie Moléculaire
Crédits : 4
Coefficient : 2
Les étudiants devraient être capables d'acquérir des connaissances de base sur la structure et les
propriétés des acides nucléiques et comprendre l’organisation des génomes et des gènes chez les
procaryotes et les eucaryotes.L’objectif de cette matière aussi est d'apprendre les divers
événements moléculaires qui conduisent à la réplication, Transcription et la traduction de l’ADN.
En outre, les mécanismes par lesquels l'ADN pourrait être endommagé et se réparer lui-même
seront également discutés.

En biologie cellulaire et en génétique
Chapitre 1 : Introduction à la biologie moléculaire
Chapitre 2 : Structure des acides nucléiques

1. Les composants chimiques des acides nucléiques
1.1. Les bases azotées
1.2. Les pentoses
1.3. Le groupement phosphate
2. Nucléosides, nucléotides
2.1. Liaison N-glycosidique et les différents nucléosides générés
2.2. Liaison phosphoester
2.3. Liaison pyrophosphate
2.4. Nomenclature
3. Polymérisation des nucléotides
3.1. Liaison phosphodiester et formation des polymères nucléotidiques
ESSB-
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3.2. Conventions d’écriture
4. L’acide désoxyribonucléique (ADN)
4.1. Structure de l’ADN.
4.2. Caractéristiques de la double hélice
4.3. Propriétés physico-chimiques de l’ADN
4.4. Structure tridimensionnelle (compaction), suprastructure.
5. Les acides ribonucléiques (ARN)
5.1. Structure et caractéristiques acides ribonucléiques
5.2. Les différents types d’acides ribonucléiques : synthèse et fonction
6. Manipulation des acides nucléiques
Exonucléases, endonucléases de restriction.
Chapitre3 : Organisation des génomes et des gènes

1. Définitions
2. Organisation des génomes
2. 1 Contenu des génomes
2. 2 Variabilité des génomes
2. 3 Ressemblance entre génomes
2. 4 Génome des procaryotes
2. 5 Génome des eucaryotes
2. 6 Fluidité des génomes et éléments transposables
3. Organisation des gènes
3. 1 Chez les procaryotes
3. 2 Chez les eucaryotes
3. 3 Différents types de gènes
Chapitre 4 : Réplication de l’ADN

1. Généralités
2. Lois fondamentales de la réplication
3. Les enzymes de la réplication
4. La réplication chez les procaryotes
5. La réplication chez les eucaryotes
Chapitre 5 : Variations et maintenance du matériel génétique

1. Introduction
2. Lésions endogènes
3. Lésions provoquées par des agents exogènes
4. Réponses cellulaires aux lésions de l’ADN
5. Réparation de l’ADN
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● Réparation immédiate
● Réparation secondaire
6. Variations génétiques
● Différents types de mutations ponctuelles
Chapitre 6: Transcription de l’ADN

1. Généralités
2. L’unité de transcription
3. Notion de brin matrice et brin codant
4. Transcription chez les procaryotes
5. Transcription chez les eucaryotes
Chapitre 7: Traduction de l’ADN

1. Le code génétique
2. Les acteurs de la traduction
3. Les différentes étapes de la traduction procaryote
4. Les spécificités de la traduction eucaryote

- 6. Watson JD, Baker TA, Bell SP, Gann A, Levine M &Losick R (2014) Molecular Biology
of the Gene, 7th Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York.
- Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Morgan, D., Raff, M., Roberts, K., ... & Hunt, T. (2017).
Molecular biology of the cell. WW Norton & Company.
- Bob B. Buchanan, Wilhelm Gruissem and Russell L. Jones. 2015. Biochemistry and
Molecular Biology of Plants. Second Edition. American Society of Plant Biology.John
Wiley & Sons, Ltd, UK.
- Krebs JE, Goldstein ES and Kilpatrick ST (2014) Lewin’s Gene XI, Jones andBarlett
Publishers.
- Malacinski, GM (2015) Freifelder’s Essentials of Molecular Biology(4th Student edition)
Jones and Bartlett Publishers, Inc.
- McLennan A, Bates A, Turner P and White, M (2012). BIOS Instant Notes in Molecular
Biology, Taylor & Francis publishers.
- Weaver, RF (2012) Molecular Biology (5th edition). McGraw Hill HigherEducation Inc.
ESSB-
ORAN
ESSB-
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PROGRAMME : Méthodes d’Analyses Biochimiques
Semestre : 1
Matière : Méthodes d’Analyses Biochimiques
Crédits : 4
Coefficient : 2
L'analyse biochimique est un domaine en pleine expansion et est un élément clé de la découverte
et de la recherche modernes. La matière « Méthodes d'analyse biochimique » fournit un
enseignement théorique fondamental concernant les dernières réalisations en matière d'analyse
biochimique.

En biochimie et en physique.
Chapitre 1 : Techniques de séparation et de fractionnement

1. Techniques de séparation et de concentration par les membranes.
2. Centrifugation et ultracentrifugation.
Chapitre 2 : Techniques chromatographiques

1. Définitions et principes généraux de la chromatographie.
2. Classification des techniques chromatographiques
3. Description générale d’une séparation chromatographique et mécanismes mis en jeu
4. Chromatographie de partition
5. Chromatographie d’adsorption
6. Chromatographie de partition sur papier
7. Chromatographie sur couche mince
8. Chromatographie d’exclusion moléculaire
9. Chromatographie échangeuse d’ions
10. Chromatographie d’affinité
11. Chromatographie en phase gazeuse (CPG)
12. Chromatographie liquide haute performance (HPLC)
13. Autres types de chromatographie et le choix d’un système chromatographique.
ESSB-
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Chapitre 3 : Techniques électrophorétiques
1. Electrophorèse (de zone)
2. Isoélectrofocalisation
3. Electrophorèse bidimensionnelle
4. Electrophorèse capillaire
5. Immunoélectrophorèse
6. Techniques de transfert sur les membranes : hybridation moléculaire (Southern blot,
Northen blot, Western blot…).
Chapitre 4 : Spectroscopie
1. Introduction aux techniques spectroscopiques.
2. Spectrophotométrie d’absorption moléculaire (UV-Visble)
3. Spectrométrie d’émission atomique
4. Spectrométrie d’absorption atomique
5. Fluorimétrie
6. Résonance magnétique nucléaire (RMN).
Chapitre 5 : Méthodes d’analyse immunologique

1. Dosage immuno-enzymatique (ELISA)
 Direct
 Indirect
 Sandwich
 Compétitif (Ex : CEDIA : Cloned Enzyme Donor Immunoassay)
2. Dosage immuno-fluorescent
3. Immunodosage multiplex sur billes
4. Puces à protéines

- Giddings, J. C., Gudzinowicz, B. J., Snyder, L. R., Kaiser, R., & DEKKER, M. (1965).
Chromatographic Science. Dynamics of Chromatography Part I Principles and Theory.
- Glick, D. (1957). Methods of biochemical analysis, Volume V. Methods of biochemical
analysis, Volume V.
- Heftmann, E. (Ed.). (2004). Chromatography: Fundamentals and applications of
chromatography and related differential migration methods-Part B: Applications. Elsevier.
- Scott, R. P. (1995). Techniques and practice of chromatography (Vol. 70). CRC Press.
ESSB-
ORAN
- Smith, I. (Ed.). (2013). Zone Electrophoresis: Chromatographic and Electrophoretic
Techniques. Elsevier.
PROGRAMME : Atelier de MicrobiologieAppliquée
Semestre : 1
Matière : Atelier de Microbiologie Appliquée
Crédits : 5
Coefficient : 3
L'objectif de cet atelier est d'initier les étudiants à des expériences en microbiologie appliquée.
L’atelier est conçu pour enseigner l'utilité des méthodes expérimentales en microbiologie d'une
manière orientée vers d’application dans la production de l’enzyme α-amylase par des bactéries
du genre Bacillus. L'enseignement de cette matière se fait sous forme d'un workshop de 10 jours
(continus)..
À l'issue de cet atelier, les étudiants devraient être capables :
- Élaborer des concepts de microbiologie avec des expériences faciles à mener ;

- Se familiariser avec les instruments de laboratoire de base et comprendre le principe des
mesures utilisant ces instruments avec des expériences en biochimie.
- Maitriser les techniques de base d’isolement de microorganismes.
- Maitriser les techniques d’échantillonnage à partir du sol, de la rhizosphère et de l’eau.
Techniques :
- Isolement des bactéries du genre Bacillus sur milieux de culture de base.

- Détection de l’activité amylolytique sur milieu solide à base d’amidon par la méthode des
zones de lyse
- Identification morphologique macroscopique (taille, couleur, aspect…des colonies) et
microscopique (État frais, Coloration de Gram) des isolats bactériens.
- Identification biochimique (Galerie d'identification biochimique, utilisation du logiciel
d’identification).
- Mesure de la croissance mesurée au spectrophotomètre à 600nm
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- Dosage de l’activité enzymatique de l’enzyme α-amylase par la méthode de DNSA de
Miller (1959).

En biochimie et en microbiologie.
1 : Ouverture et explication. Rappels sur la sécurité au laboratoire

2 : Sortie sur terrain : Visite d’une zone humide et échantillonnage.
3 : Préparation des solutions, des milieux de cultures
4 :Isolement des bactéries du genre Bacillus.
5 : Repiquage des isolats sur milieux à base d’amidon.
6 : Révélation et sélection du meilleur isolat producteur de l’enzyme amylase et repiquage sur
milieu solide et liquide.
7 : Identification morphologique et biochimique de l’isolat sélectionné.
8 : Etude de l’effet du pH, température et salinité sur la croissance de la souche
9 : Culture de la souche identifiée sur milieu liquide à base d’amidon et suivi de la cinétique de
croissance et de la production de l’enzyme α-amylase. Conservation de la souche.
10 : Débat et clôture.
Contrôle continu : 100 %.

- Burlage, R. S., Atlas, R., Stahl, D., Sayler, G., & Geesey, G. (Eds.). (1998). Techniques in
microbial ecology. Oxford University Press on Demand.
- Johnson, T. R., & Case, C. L. (2004). Laboratory experiments in microbiology.
Pearson/Benjamin Cummings.
- Glick, D. (1957). Methods of biochemical analysis, Volume V. Methods of biochemical analysis,
Volume V.
- Himmel, M. E. (2009). Biomass recalcitrance: deconstructing the plant cell wall for bioenergy.
Wiley-Blackwell.
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- RATLEDGE, Colin (ed.). Biochemistry of microbial degradation. Springer Science & Business
Media, 2012.
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PROGRAMME : Atelier de Chimie des Solutions
Semestre : 1
Matière : Atelier Chimie des Solutions
Crédits : 4
Coefficient : 2
La chimie analytique permet de caractériser et de doser des espèces chimiques par des méthodes
variées, chimiques, ou physico-chimiques soit-elle.
Cette branche de la chimie joue un rôle essentiel dans le contrôle de la qualité des produits, qui
est indispensable pour les industries chimiques, pharmaceutiques et alimentaires ; dans les
problèmes d'environnement…
Ces ateliers permettront à l’étudiant biologiste d’acquérir une base en chimie analytique qui lui
procurera un minimum d’autonomie dans ce domaine notamment dans la préparation des
mélanges, la séparation et la caractérisation des composants d’un mélanges.

Connaissances fondamentales en chimie.
TP 0 : Règles fondamentales de sécurité des TP de chimie.
TP 1 : Préparation des solutions (la pesée de précision, les bases, acides, solutions saturées,
dilution).
TP 2 : Dosage volumétrique notion de base et d’acide selon la définition de Lewis et de
broncheted-Lewry).
TP 3 : Les solutions tampons.
TP 4 : L’équilibre chimique (exemple l’estérification).
TP 5 : Réactions d’oxydoréduction et électrochimie.
TP 6 :Extraction liquide-liquide (Extraction liquide-liquide, distillation fractionnée).
TP 7 : Détermination de la solubilité mutuelle de deux liquides partiellement miscibles, eau-phénol.
TP 8 :Extraction de molécules volatiles par hydrodistillation.
TP 9 :Réalisation d’un diagramme ternaire eau/huile/tensioactif.
TP 10 : Séparation et purification par distillation fractionnée : Cas d’une estérification.
TP 11 :Cristallisationde l'acide citrique.
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- Kotz, J. C., & Treichel Jr, P. M. (2006). Chimie des solutions. De Boeck Supérieur.
- Blétry, M., & Presset, M. (2019). Chimie des solutions : De l'élémentaire aux calculs
numériques. De Boeck Superieur.
- Hebbar, N. Cours et exercices de chimie des solutions.
- Marcus, Y. (1998). The properties of solvents.
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PROGRAMME : Biostatistique
Semestre : 1
Matière : Biostatistique
Crédits : 2
Coefficient : 2
L'objectif de cette matière est d'initier les étudiants aux méthodes statistiques et de comprendre les
principes sous-jacents, ainsi que des directives pratiques de « comment le faire » et « comment
l'interpréter » des données statistiques en particulier pour les biosystèmes.
Résultats d'apprentissage :
A l'issue de ce cours, les étudiants doivent être capables de :
• Comprendre comment résumer des données statistiques ;
• Appliquer des tests statistiques appropriés basés sur une compréhension de la question de
l'étude, du type d'étude et du type de données ;
• Interpréter les résultats des tests statistiques et leur application dans les systèmes biologiques.

En mathématique, en informatique et en biostatistique
1. Introduction : Bienvenu à l’univers R

- Installation du logiciel
- Principes de base de l'utilisation de R
2. Calcul de la moyenne et des écart-types
3. Analyse de la corrélation et de la régression
4. Représentations graphiques
5. Analyse de la variance (un facteur et deux facteurs) et de la covariance
6. Tests statistiques
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- De Vries, A., & Meys, J. (2015). R for Dummies. John Wiley & Sons.
- Field, A., Miles, J., & Field, Z. (2012). Discovering statistics using R. Sage publications.
- Jaype Brothers, (2011), Methods in Biostatistics for Medical Students and Research
Workers (English), 7th Edition
- ML Samuels, JA Witmer (2003) Statistics for the Life Sciences, 3rd edition. Prentice Hall.
- Norman T.J. Bailey, (1995), Statistical Methods in Biology, 3rd Edition, Cambridge
University Press.
- O'Brien, C. M. (2013). Biostatistics with R: An Introduction to Statistics Through
Biological Data by Babak Shahbaba.
- P. N. Arora and P. K. Malhan, (2006), Biostatistics, 2nd Edition, Himalaya Publishing
House.
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PROGRAMME : English for Biologists - Starter
Semestre : 1
Matière : English for Biologists - Starter
Crédits : 1
Coefficient : 1
The objective of this course is to provide students with a solid foundation for communicating (both
written and spoken) in English.

Prior knowledge of basic English
Unit 1: Tell us about yourself
- Grammar: Tenses (present, past, future). Question forms (where, what, who, why, how
much).
- Vocabulary: words with more than one meaning.
- Reading: Cell communication.
- Speaking: students of ESSBO and ESG2E talking about each other.
- Listening: Listening to a scientist speaking about his/her carrier.
- Writing: Informal letter.
Unit 2: The way we live
- Grammar: Present tenses: present simple, present continuous.

- Vocabulary: At the laboratory.
- Reading: Living in Oran.
- Speaking: Share with us your experience about living on campus.
- Listening: Student life at MIT.
- Writing: Transition (linking words).
Unit 3: Biologist from the past
- Grammar: Past tenses: past simple, past continuous.

- Vocabulary: Time expressions.
- Reading: The extraordinary history of Kitab al-Hayawan.
- Speaking: Telling stories.
- Listening: Rosalind Franklin and the discovery of DNA.
- Writing: write a short story about your favourite scientist.
Unit 4: Let’s go shopping
- Grammar: Much/Many, Some/Any.

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- Vocabulary: Grocery shop.
- Reading: Medina Jdida market.
- Speaking: Talking about shopping habits.
- Listening: Organic Food Market.
- Writing: Short essay writing about enzymes market.
Unit 5: What do you want to do?
- Grammar: Verb patterns, Expressing intentions

- Vocabulary: Have, go, come..
- Reading: what an α-amylase can do
- Speaking: what are your plans?
- Listening: What does a biological engineer do?
- Writing: a nascent enzyme talking about its future plans

- Soars, J., Soars, L., Falla, T., & Cassette, W. (2002). American Headway: Starter: Student
Book. Oxford University Press.
- Folse, K. S. (1996). Discussion starters: Speaking fluency activities for advanced ESL/EFL
students. University of Michigan Press.
- Soars, J., & Soars, L. (2010). New headway: beginner student's book. Oxford: Oxford University
Press, 2010.
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SEMESTRE 2
UEF1 (O/P)
Transfert de Quantité de Mouvement
Génie Enzymatique 1 : Applications aux Industries Agro-alimentaires
UEF2 (O/P)
Génétique Microbienne
Plan d’Expériences
UEM 1 (O/P)
Atelier de Biologie Moléculaire
UEM 2 (O/P)
Atelier de Valorisation des Résidus Agro-industriels
UE découverte
Valorisation des Résidus Agro-industriels
Bioremédiation
UE transversale
English for biologists - Elementary
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PROGRAMME : Transfert de Quantité de Mouvement
Semestre : 2
Matière : Transfert de Quantité de Mouvement
Crédits : 6
Coefficient : 3
Apprendre à analyser les problèmes typiques rencontrés en mécanique des fluides (énoncé du
problème, formulation et solution analytique).
Faire des bilans de quantité de mouvement et d'énergie mécanique pour des systèmes simples
unidirectionnels.
Obtenir le profil de vitesse et en déduire les autres quantités d'intérêt (débits, forces, pertes de
charge, etc.).

En mathématiqueet physique.
Chapitre 1 : Propriétés des fluides

1.1. Définition d’un fluide
1.2. Système d’unités
1.3. Propriétés physiques des fluides
- Compressibilité
- Masse volumique
- Densité
- Poids volumique
- Volume massique
- Viscosité
Chapitre 2 : Statique des fluides

2.1. Notions de pression
2.2. Pression en un point d’un fluide au repos
2.3. Principe fondamental de l’hydrostatique
2.4. Transmission des pressions dans les liquides
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2.5. Equations de l’hydrostatique
2.6. Hydrostatique d’un liquide incompressible dans le champ de pesanteur
2.7. Hydrostatique dans d’autres champs de force
Chapitre 3 :Dynamique des fluides parfaits incompressibles

3.1. Equations générales de la dynamique des fluides parfaits
3.2. Ecoulement permanent
3.3. Equation de continuité
3.4.Débit massique et débit volumique
3.5. Théorème de Bernoulli (écoulement sans échange de travail)
3.6. Applications du théorème de Bernoulli
- Vidange d’un réservoir
- Tube de Venturi
- Tube de Pitot
3.7.Théorème de Bernoulli (écoulement avec échange de travail)
3.8. Théorème d’Euler
Chapitre 4 : Dynamique des fluides réels incompressibles

4.1.Régimes d’écoulement
4.2. Ecoulement laminaire et turbulent
4.3. Pertes de charge
- Pertes de charge linéaires
- Pertes de charge singulières
4.4.Théorème de Bernoulli Généralisé
Chapitre 5 : Conservation de la masse

5.1. Formulation générale
5.2. Cas particuliers
Chapitre 6 : Conservation de la quantité de mouvement

6.1. Loi fondamentale de la dynamique
6.2. Equation de la dynamique des fluides
6.3. Fluide parfait
6.4. Equations du mouvement
6.5. Approximations fréquentes
6.6. Equations du mouvement en repère relatif
Chapitre 7 : Résultante des forces

7.1. Théorème des quantités de mouvement
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7.2. Fluide parfait incompressible en écoulement permanant dans le champ de la pesanteur
7.3. Application à un tube de courant
Chapitre 8 : Frottement visqueux

8.1. Ecoulement de Couette
8.2. Ecoulement en conduit rectiligne
8.3. Ecoulements turbulents

- Fox, R. W., McDonald, A. T., & Mitchell, J. W. (2020). Fox and McDonald's introduction to
fluid mechanics. John Wiley & Sons.
- Papavassiliou, D. V., & Nguyen, Q. (2018). Flow and Heat or Mass Transfer in the Chemical
Process Industry. Fluids, 3(3), 61.
- Paraschivoiu, I., Prud'homme, M., & Robillard, L. (2003). Mécanique des fluides. Presses
inter Polytechnique.
- Schetz, J. A., & Fuhs, A. E. (Eds.). (1999). Fundamentals of fluid mechanics. John Wiley &
Sons.
- Yunus, A. C. (2010). Fluid Mechanics: Fundamentals And Applications (Si Units). Tata
McGraw Hill Education Private Limited.
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PROGRAMME : Génie Enzymatique 1 :
Applications aux Industries Agro-alimentaires
Semestre : 2
Matière : Génie Enzymatique 1 : Applications aux Industries Agro-alimentaires
Crédits : 4
Coefficient : 2
Le but de cette unité d’enseignement et de fournir aux étudiants un contenu théorique riche
concernant l’application du génie enzymatique dans le secteur agroalimentaire. Après une
introduction au Génie Enzymatique, le premier chapitre traite les différentes propriétés des
catalyseurs biologiques. Le deuxième chapitre présente la diversité des ressources enzymatiques
et la méthodologie générale de la production d'enzymes industrielles. Le troisième chapitre porte
sur la description des enzymes hydrolytiques industrielles ainsi que sur leurs rôles et applications
biotechnologiques actuelles et potentielles dans l'élaboration de produits alimentaires.

Des connaissances préalables en enzymologie fondamentale.
Chapitre 1 : Introduction
1. Qu’est-ce que le génie enzymatique ?
2. De l’agriculture à l’industrie :Procédés agroalimentaires
3. Le marché des industries agroalimentaires en Algérie
4. Aspects sanitaires et législatifs de l’utilisation des enzymes
5. Le marché des enzymes alimentaires
Chapitre 2 :Production d'enzymes industrielles

1. Origine des enzymes industrielles
1.1. Végétale
1.2.Animale
1.3.Microbienne : principaux microorganismes utilisés
2. Développement de la souche
2. Fermentation
3. Traitement en aval
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3.1. Filtration
3.2. Centrifugation et sédimentation
3.3. Floculation et coagulation
3.4. Perturbation cellulaire
3.5. Extraction
3.6. Précipitation
3.7. Chromatographie
3.8. Cristallisation
3.9. Séchage
3.10. Formulation
Chapitre 3 : Enzymes hydrolytiques industrielles

1. Les enzymes dégradant l'amidon
1.1. Caractéristique de l'amidon
1.2. Les enzymes amylolytiques
A. Les enzymes spécifiques de la liaison alpha 1-4
B. Les enzymes spécifiques de la liaison alpha 1-6
C. Les enzymes spécifiques des liaisons alpha 1-4 et alpha 1-6
2. Les enzymes dégradant les protéines
2.1. Les protéases bactériennes
2.2. Les protéases végétales
2.3. Les protéases animales
3. Les enzymes dégradant les pectines
3.1. Caractéristiques des pectines
3.2. Les pectinases
A. Les enzymes désestérifiantes
B. Les enzymes dépolymérisantes
4. Les enzymes dégradant la cellulose
4.1. La cellulose
4.2. Les cellulases
A. Les endoglucanases
B. Les exoglucanases
C. Les beta glucosidases
5. Les enzymes dégradant les hémicelluloses
5.1. Les hémicelluloses
5.2. Les hémicellulases
6. Les enzymes dégradant les lipides
6.1. Les tryglycérides
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6.2. Classification des lipases
Chapitre 4 : Les enzymes endogènes, rôle dans l'élaboration de produits alimentaires
Chapitre 5 : Les enzymes industrielles, rôle dans l'élaboration de produits alimentaires

1. Industrie du lait
1.1.Hydrolyse du lactose par la lactase : obtention d'un lait diététique
1.2.Industrie fromagère : coagulation des protéines du lait, action de la présure
1.3.Industrie fromagère : affinage du fromage, action des lipases.
2. Panification
2.1. Formation de sucres fermentescibles
2.2.Amélioration de l'élasticité de la pâte : action des protéases et des pentosanases
2.3. Enzymes anti-rassissement : action des amylases thermostables
3. Aliments à base de blé non panifiable
3.1. Amélioration de la texture des gâteaux : action des lipases
3.2. Amélioration des qualités organoleptiques, action des protéases
3.3. Application des enzymes dans la production de pâtes et de nouilles
A. Préservation de la couleur des pâtes : action des enzymes oxydantes
B. Amélioration de l’élasticité des pâtes : action des transglutaminases
3.4. Application des enzymes dans les céréales pour petit déjeuner : action des maltases
4. Transformation de l'amidon
4.1. Production de fructose avec glucose isomérase
4.2. Conversion du maltose en isomaltooligosaccharides (IMO) : action des α-glucosidases
5. Transformation des produits de la pêche
5.1. Applications des protéases
A. Extraction de caroténoprotéines
B. Préparation de la sauce de poisson : action des protéases bactérienne
C. Saveurs de fruits de mer
D. Dépouillage de poisson
E. Extraction de collagène
F. Hydrolysat de protéines
5.2. Applications des transglutaminases (TGase)
A. TGase endogène dans le muscle de poisson
B. Utilisation de TGase microbienne dans les gels et films de gélatine
5.3. Applications des chitinases
A. Fermentation des crustacés par des microorganismes chitinolytiques
B. Production de N-acétylglucosamine
C. Production de chitooligosaccharides
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6. Industrie des jus
6.1. Jus de pommes
6.2. Jus de poire
6.3. Jus de cassis
6.4. Jus d'agrumes
7. Transformation de la viande
7.1. Attendrissement de la viande : action des protéases
7.2. Elimination des graisses : action des lipases
7.3. Développement de saveurs dans les produits de viande par l’action des enzymes
8. Industrie oléicole
9. Industrie des arômes
10. Alimentation animale
10.1.Amélioration de la digestibilité des protéines alimentaires : action des protéases
10.2.Ensilage : accélération de la fermentation lactique, action des cellulases
10.3.Amélioration de la qualité nutritive : action des β-glucanases
12. Amélioration de la disponibilité du phosphore végétal, action des phytases

- Kermasha, S., & Eskin, M. N. (Eds.). (2020). Enzymes: Novel Biotechnological
Approaches for the Food Industry. Academic Press.
- Kuddus, M. (Ed.). (2018). Enzymes in food biotechnology: production, applications,
and future prospects.
- Tucker, G. A., & Woods, L. F. J. (Eds.). (1995). Enzymes in food processing. Springer
Science & Business Media.
- Vitolo, M. (2019). overview on downstream procedures for enzyme production.
- Whitaker, J. R., Voragen, A. G., & Wong, D. W. (Eds.). (2002). Handbook of food
enzymology (Vol. 122). CRC Press.
- Whitehurst, R. J., & Van Oort, M. (Eds.). (2009). Enzymes in food technology. John Wiley
& Sons.
- Yada, R. Y. (Ed.). (2015). Improving and tailoring enzymes for food quality and
functionality. Elsevier.
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PROGRAMME : Génétique Microbienne
Semestre : 2
Matière : Génétique Microbienne
Crédits : 4
Coefficient : 2
Cette unité s’articule autour des aspects structuraux et des mécanismes génétiques et
moléculaires mis en œuvre pour l’expression des gènes chez les bactéries, archées, les micro-
organismes eucaryotes et les virus. Des connaissances fondamentales seront acquises sur
l’organisation et le fonctionnement du génome microbien.
Connaissances de base en microbiologie, en génétique et en biochimie
Partie 1 : Bactéries
Chapitre 1 : Le génome bactérien
1. Structure du génome bactérien

1.1. Le chromosome bactérien
1.2. Les éléments génétiques mobiles
1.2.1. Les plasmides
- Organisation générale des plasmides
- Classification des plasmides
- Propriétés des plasmides.
1.2.2. Les transposons
- Structure générale des transposons
- Différents types de transposons
- Mécanismes de transposition chez les bactéries
a. Transposition avec réplication du transposon.
b. Transposition conservatrice
c. Conséquences de la transposition sur l’expression du génome bactérien
1.2.3. Les intégrons
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- Définition
- Structure des intégrons
- Structure des cassettes
- Mouvement des cassettes
- Expression des cassettes
- Nature des cassettes
- Origines des intégrons
1.3. Organisation des gènes procaryotes
2. Réplication du génome bactérien
3. Altérations et mécanismes de réparation du génome bactérien
Chapitre 2 : Transferts génétiques horizontaux

1. Transformation
2. Conjugaison
3. Transduction
4. Carte génétique
Chapitre 3: Biosynthèse des protéines

1. Transcription
1.1. Initiation
1.2. Elongation
1.3. Terminaison
2. Mécanisme de traduction
2.1. Synthèse d’un aminoacyl-ARNt.
2.2. Structure st fonction du ribosome.
2.3. Initiation de la traduction.
2.4. Elongation.
2.5. Terminaison.
Chapitre 4 : Régulation de l’expression génique

1. Définition et concept de l’opéron.
2. Les opérons inductibles : Opéron lactose.
3. Les opéron répressibles : Opéron tryptophane.
4. Système modulateur d’expression : l’atténuation.
5. Régulation par inversion de séquences d’ADN
Partie 2: Les champignons (La levures comme système modèle)
1. Rappels sur la biologie des levures
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1.1. Généralités.
1.2. Culture et nutrition.
2. Le génome des levures.
3. Le trancriptome des levures.
4. Le protéome des levures
5. Analyse des mutations biochimiques des tétrades
6. Complémentation et conversion génique.
7. Génétique des mitochondries.
Partie 3 : Les Archées
1. Rappels sur les Archées

1.1. Généralités.
1.2. Diversité, écologie et évolution des archées
1.3. Génétique des archées
1.4. Archées d'Asgård.
Partie 4: Les virus
Chapitre 1 : Introduction à la virologie

Chapitre 2 : Virologie moléculaire
1. Structure et composition des virions.
2. Le cycle d'infection d'une cellule par un virus.
3. Exemples de cycles viraux représentatifs (virus à ADN, virus à ARN, rétrovirus).
4. Interaction virus-hôte (transformation cellulaire, latence, variation antigénique, cancer,
oncogènes, SIDA).
5. Vaccination et agents antiviraux.
6. Manipulation et utilisation des virus.
7. Agents non-conventionnels et prions.
Chapitre 3 : Variabilité génétique des virus
1. Mécanismes de la variabilité (mutations, recombinaisons, réassortiments)
2. Dynamique de l'évolution des populations virales
3. Facteurs d'évolution des populations virales
Chapitre 4 : Conséquences biologiques de l'évolution des populations virales

1. Variation antigénique et échappement à la réponse vaccinale
2. Résistance aux traitements antiviraux
3. Adaptation à l'hôte, transmissions interespèces et émergence virale
4. Variations de tropisme viral et pathogenèse
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Chapitre 5 : Modélisation moléculaire des virus et relations structure-fonctions des
protéines virales
1. Structure des virus et des assemblages moléculaires viraux
2. Evolution dynamique et relations fonctionnelles des structures des protéines virales
(glycoprotéines d'enveloppe, protéases, polymérases)
3. Applications à la conception d'antiviraux de vaccins viraux

- Streips, Uldis N., and Ronald E. Yasbin, eds. Modern microbial genetics. Vol. 344. New
York: Wiley-Liss, 2002.
- Maloy, S.R., J.E. Cronan, and D. Freifelder, Microbial Genetics. 1994: Jones and Bartlett
Publishers
- Edition, E. B. T. T. (2019). Molecular and Cellular Biology of Viruses.
- Blum, P. (2008). Archaea: Molecular and Cellular Biology.
- Smith, J. S., & Burke, D. J. (Eds.). (2014). Yeast genetics: methods and protocols. New
York City, NY: Humana Press.
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PROGRAMME : Plan d’Expériences
Semestre : 2
Matière : Plan d’Expériences
Crédits : 4
Coefficient : 2
Le plan d'expériences est une méthodologie rigoureuse qui permet aux scientifiques et aux
ingénieurs d'étudier la relation entre plusieurs variables d'entrée, ou facteurs, sur des variables de
sortie clés ou des réponses.
Dans ce module, Les étudiants apprendront pourquoi les expériences conçues sont meilleures que
les essais et erreurs et la méthode un facteur à la fois pour mieux comprendre les relations de
cause à effet et les interactions entre les facteurs. Les étudiants seront initiés à plusieurs types de
conceptions telles que les conceptions factorielles et de surface de réponse.

En Statistique.
Programme des cours :
Chapitre 1 : Principes de base de la conception expérimentale

1.1. Introduction au plan et à l'analyse d'expériences
1.2. Expériences comparatives simples
1.3. Expériences avec un seul facteur - L'analyse de la variance
1.4. Blocs aléatoires, carrés latins et conceptions associées
Chapitre 2 :Plan factoriel et plan factoriel fractionnaire

2.1. Introduction au plan factoriel
2.2. Plans factoriels à k facteurs à 2 niveaux
2.3. Blocage et confusion dans le plan factoriel à k facteurs à 2 niveaux
2.4. Plans factoriels fractionnaires à deux niveaux 2k-q
Chapitre 3 : Surfaces de réponse, mélanges et construction de modèles

3.1. Modèles de régression
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3.2. Méthodes et plans de surface de réponse
3.3. Conception de paramètres robustes et études de robustesse des processus
Chapitre 4 : Modèles aléatoires, plans imbriqués et plan en parcelles divisées

4.1. Expériences avec des facteurs aléatoires
4.2. Plans imbriqués et plans en parcelles divisées
4.3. D’autres plans et analyses d’expériences
Programme des TP :
Optimisation statistique de la production d'amylase par la Méthode de Surface de Réponse
L'objectif de la partie pratique c’est d’initier les étudiants aux plans d’expériences appliqués dans le
domaine de la technologie enzymatique. Après avoir acquis l’enseignement théorique, les
étudiants travailleront sur l’optimisation par la méthode de surface de réponse de la production de
l’enzyme α-amylase produite par la souche Bacillus sp. Isolée dans l’Atelier de Microbiologie
Appliquée.
1. Production et dosage de l’enzyme α-amylase.

2. Sélection des principaux facteurs influençant la production d'α-amylase selon l'approche OVAT.
3.Optimisation de la production d'α-amylase par la Méthode de Surface de Réponse (Plackett-
Burman, Central composite design, lans de Box – Behnken).
4. Analyse de données.

- GOUPY Jacques « Introduction aux Plans d’expériences ». Dunod. Paris. 303 pages.
(2001).
- BOX George.E. P., HUNTER William G., HUNTER J. Stuart «Statistics for Experimenters»
deuxième édition. John Wiley and Sons. New-York. 633 pages. (2005).
- KOSHAL R. S. «Application of the method of maximum likehood to the improvement of
curves fitted by the method of moments» Journal of Royal Statistic Soc A96 303-313.
(1933).
- RECHTSCHAFFNER R. L. « Satured Fractions of 2n and 3 Factorial Designs ».
Technometrics, vol. 9. (1967). 569-575.
ESSB-
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- PLACKETT R. L. and BURMAN J. P. «The design of optimum multifactorial experiments».
Biometrika, n°33. (1946).
- PILLET Maurice « Introduction aux Plans d'expériences par la méthode Taguchi. » Les
Editions d'organisation. Paris. 224 pages. (1992).
- BOOTH Kathleen H. V. and COX D. R. « Some Systematic Supersatured Designs ».
Technometrics, vol. 4. (1962). 489-496.
- POIRIER Jacques « Analyse de la variance et de la régression. Plans d'expériences »
Techniques de l'ingénieur. Traité Mesures et contrôle, R260, p. 1-23. (1993).
- YOUDEN W.J. «Statistical Methods for Chemists» John Wiley and Sons. New-York. 126
pages. (1951).
- GOUPY Jacques « Plans d’expériences pour surfaces de réponse ». Dunod. Paris. 409
pages. (1999). ISBN 2 10 003993 8.
- DOEHLERT David H. «Uniform Shell Design» Appl. Stat. n°19, p 231. (1970).
- BOX G.E.P. and BEHNKEN D. W. «Some new three level designs for the study of
quantitativevariables». Technometrics, vol. 2, 1960, 455 - 475.
- ROQUEMORE K. G. « Hybrid Designs for Quadratic Response Surfaces » Technometrics,
vol. 18, n°4. (1976). 419-423.
- MOZZO Gil « Plan quadratique Gigogne ». Revue de statistique appliquée, vol. 38 (3),
p.23-34. (1990).
- GOUPY Jacques « Plans d'expériences non conventionnels. Théorie et applications (ou
comment sauver un plan raté) ». Analusis. 23 152-158. (1995).
- GOUPY Jacques. "Plans d'expériences : les mélanges". Dunod. Paris. 285 pages. (2000).
ISBN 2 10 004218 1.
- CORNELL John A «Experiment with Mixtures» John Wiley and Sons. NewYork. (1981).
- GOUPY Jacques «Boolean Experimental Designs». Analusis vol 28, n°7. 563-570. (2000).
- GOUPY Jacques. "Plans d'expériences". Techniques de l'ingénieur. Traité Analyse
Chimique et Caractérisation, P230, p. 1-20. (1992).
- MORINEAU Alain et CHATELIN Yves-Marie "L’analyse statistique des données.
Apprendre, comprendre et réaliser avec Excel. Ellipses, (2005).
- GOUPY Jacques. "Pratiquer les Plans d'Expériences". Dunod. Paris. 560 pages. (2005).
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PROGRAMME : Atelier de Biologie Moléculaire
Semestre : 2
Matière : Atelier de Biologie Moléculaire
Crédits : 5
Coefficient : 3
L'objectif de cet atelier est d'initier les étudiants à des expériences en biologie moléculaire.
L'enseignement de cette matière se fait sous forme d'un workshop de 10 jours (continus). Les
étudiants devront faire une identification moléculaire de la souche Bacillus sp. Isolée dans l’Atelier
de microbiologie appliquée sur la base de l’activité de l’enzyme α-amylase. Aussi, les étudiants
réaliseront une amplification du gène α-amylase pour déterminer sa taille.
À l'issue de cet atelier, les étudiants devraient être capables de maitriser les techniques suivantes :
- Extraction de l’ADN génomique bactérien.

- Amplification de gène par la technique de PCR.
- Électrophorèse sur gel d’agarose.
- Recherche de séquences nucléotidiques sur les bases de données.
- Construction et interprétation d’un arbre phylogénétique.

En biologie moléculaire, génétique, biochimie.
Atelier 1 : Préparation des solutions de biologie moléculaire
Atelier 2 : Extraction de l’ADN génomique de la souche Bacillus sp. productrice d’α-amylase par la
méthode salting-out et mesure de la concentration et de la pureté de l’ADN
Atelier 3 : Extraction de l’ADN génomique de la souche Bacillus sp. productrice d’α-amylase par la
méthode physique spin-column et mesure de la concentration et de la pureté de l’ADN
Atelier 4 : Amplification du gène ARNr 16Set du gène α-amylase de la souche bactérienne
Atelier 5 : Electrophorèse de l’ADN génomique et des produits de PCR
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Atelier 6 : Identification de la souche bactérienne à l’échelle de l’espèce et construction de l’arbre
phylogénétique
- Davis, L. (2012). Basic methods in molecular biology. Elsevier.

- Schleif, R. F., & Wensink, P. C. (2012). Practical methods in molecular biology. Springer
- Reddy, C. A., Beveridge, T. J., Breznak, J. A., & Marzluf, G. (Eds.). (2007). Methods for
general and molecular microbiology. American Society for Microbiology Press.
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ORAN
PROGRAMME : Atelier de Valorisation des Résidus Agro-industriels
Semestre : 2
Matière : Atelier de Valorisation des Résidus Agro-industriels
Crédits : 4
Coefficient : 2
L’objectif de cet atelier est de valoriser des résidus agro-industriels générés par le secteur agro-
alimentaire de la région d’Oran. Cet atelier vise à développer chez les étudiants les compétences
du Design thinking à travers le travail en groupe dans le but de résoudre un problème et de le
transformer en solution innovante. L'enseignement de cette matière se fait sous forme d'un
workshop de 10 jours (continus).

Des connaissances en biochimie, en microbiologie et en enzymologie fondamentale sont
indispensables.
1. Visite d’une usine agro-alimentaire et collecte des résidus.
2. Séance de proposition d’idées de valorisation des résidus collectés.
3. Etude de faisabilité des idées proposées par les étudiants.
4. Réalisation des projets.
4.1. Préparation du déchet agro-industriel.
4.2. Extraction et analyse des polysaccharides.
4.3. Traitement enzymatique des polysaccharides.
4.5. Production de produits de valeurs à partir des polysaccharides extraits (bioplastique,

composite cellulosique, gel de pectine…).
6. Evaluation, débat et clôture.
ESSB-
ORAN

- Bausell, R. B. (1994). Conducting meaningful experiments: 40 steps to becoming a
scientist. Sage Publications.
- Brown, T., & Katz, B. (2011). Change by design. Journal of product innovation
management, 28(3), 381-383.
- Cross, N. (2011). Design thinking: Understanding how designers think and work.
Berg.
- Scannell, M., & Mulvihill, M. (2012). The big book of brainstorming games: quick,
effective activities that encourage out-of-the-box thinking, improve collaboration,
and spark great ideas!. McGraw-Hill.
- Senthilkumar, K., Kumar, M. N., Devi, V. C., Saravanan, K., & Easwaramoorthi, S. (2020).
Agro-Industrial waste valorization to energy and value added products for
environmental sustainability. In Biomass Valorization to Bioenergy (pp. 1-9). Springer,
Singapore.
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ORAN
PROGRAMME : Valorisation des Résidus Agro-industriels
Semestre : 2
Matière : Valorisation des Résidus Agro-industriels
Crédits : 1
Coefficient : 1
Les objectifs d’enseignement sont :
- Comprendre l’impact des déchets agro-industriels.
- connaitre les différents déchets agro-industriels générés en Algérie.
- Comprendre comment les déchets agro-industriels peuvent être valorisés.

En biochimie végétale.
1. Introduction : Comment les déchets agro-industriels peuvent-ils contribuer au développement de
nouveaux produits ?
2. Le sort des déchets agro-industriels en Algérie actuellement.
3. Conséquences environnementales des déchets agro-industriels non traités.
4. Valorisation des co-produits de l’industrie laitière.
5. Valorisation des co-produits de l’industrie sucrière.
6. Valorisation des co-produits des industries d’huiles (olives, graines de tournesol).
7. Valorisation des coproduits de dattes.
8. Valorisation des déchets des usines de transformation de fruits et légumes (Tomate, orange,
pomme de terre, abricot).
9. Valorisation des déchets d’abattoirs (sang et plumes).
10. Valorisation de la boue d’épuration.
11. Valorisation de déchets municipaux et urbains (Pain rassis, marc de café, déchets des
marchés de fruits et légumes).
12. Conclusions et perspectives.
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- Fabregat, A., Bengoa, C., Font, J., & Stueber, F. (Eds.). (2011). Reduction, Modification
and Valorisation of Sludge. Iwa Publishing.
- Freitas, L. C., Barbosa, J. R., da Costa, A. L. C., Bezerra, F. W. F., Pinto, R. H. H., & de
Carvalho Junior, R. N. (2021). From waste to sustainable industry: How can agro-
industrial wastes help in the development of new products? Resources, Conservation
and Recycling, 169, 105466.
- Gullon, P., Gullon, B., Astray, G., Carpena, M., Fraga-Corral, M., Lage, M. P., & Simal-
Gandara, J. (2020). Valorization of by-products from olive oil industry and added-
value applications for innovative functional foods. Food Research International,
109683.
- Loizidou, M. (2016). Waste valorization and management.
- Mohan, N., & Agarwal, A. (2020). Advances in Sugarcane Industry: By-Product
Valorization. In Sustainable Food Waste Management (pp. 289-304). Springer, Singapore.
- Mollea, C., Marmo, L., & Bosco, F. (2013). Valorisation of cheese whey, a by-product
from the dairy industry. In Food industry. IntechOpen.
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ORAN
PROGRAMME : Bioremédiation
Semestre : 2
Matière : Bioremédiation
Crédits : 1
Coefficient : 1
Les objectifs de cette matière sont de connaitre les différents types de pollutions et de polluants et
comment utiliser les enzymes dans l’élimination de ces polluants.

Microbiologie, Enzymologie…
Chapitre 1 : La pollution et les polluants
Chapitre 2 : Techniques de bioremédiation
2.1. Phytoremédiation
2.2. Bioremédiation microbienne
2.3. Bioremédiation enzymatique
Chapitre 3 : Enzymes utilisées en bioremédiation

3.1. Oxydoréductases
3.1.1. Oxygénases
3.1.2. Laccases
3.1.3. Peroxydases
3.2. Hydrolases
3.2.1. Lipases
3.2.2. Cellulases
3.2.3. Carboxylestérases
3.2.4. Phosphotriestérases
3.2.5. Haloalcanes déshalogénases
Chapitre 4 : L’ingénierie au service de l’environnement

4.1. Génie génétique
4.2. Génie enzymatique
4.3. Technologie d'enzymes immobilisées
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4.4. Nanozymes
- Cummings, S. P. (2010). Bioremediation. Human Press.

- Sharma, B., Dangi, A. K., & Shukla, P. (2018). Contemporary enzyme based technologies
for bioremediation: a review. Journal of environmental management, 210, 10-22.
- Kumar, A., & Sharma, S. (2019). Microbes and enzymes in soil health and
bioremediation (pp. 353-366). Springer.
- Singh, A., Kuhad, R. C., & Ward, O. P. (Eds.). (2009). Advances in applied
bioremediation (pp. 1-19). Berlin: Springer-Verlag.
- Fingerman, M. (Ed.). (2016). Bioremediation of aquatic and terrestrial ecosystems. CRC
Press.
- Singh, S. N., & Tripathi, R. D. (Eds.). (2007). Environmental bioremediation technologies.
Springer Science & Business Media.
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PROGRAMME : English for biologists - Elementary
Semestre : 2
Matière : English for biologists - Elementary
Crédits : 1
Coefficient : 1

Prior knowledge of basic English.
Unit 1: Tell me what’s it like
- Grammar: What it's like to? Comparative and superlative adjectives in biology.
- Vocabulary: Talking about modern life.
- Reading: “A story of two bacteria belonging to the same genus” - beneficial/pathogenic
bacteria.
- Speaking: Comparing cellulases from different sources.
- Listening: Brenda Lee, Tell me what it's like.
- Writing: Describing a wetland.
Unit 2: Asking scientific questions
- Grammar: Present perfect and past simple in scientific writing.

- Vocabulary: Adverbs in experimental protocols (slowly, carefully…).
- Reading: scientist interview.
- Speaking: questionnaire for research.
- Listening: an interview with an eminent biologist.
- Writing: writing a research protocol.
Unit 3: Do and don’t in the science Lab
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- Grammar: Have to, got to, should, must.
- Vocabulary: Science laboratory safety symbols and hazard signs.
- Reading: What can biologist do to help protect our environment?
- Speaking: Do I need to be good at math to excel in biology? One question, many answers.
- Listening: Fire safety in the Lab.
- Writing: Should biologists have good math skills? (Argument essay).
Unit 4: Inventions that changed the world
- Grammar: Passive voice.

- Vocabulary: past participle verbs used in scientific writing (grown, produced, cultivated,
shown, made…).
- Reading: Agriculture, an invention that changed the world.
- Speaking: Passive voice battleship.
- Listening: The molecular biology.
- Writing: Writing a documentary film review.

- Soars, L., & Soars, J. (2003). New Headway-Elementary-Studens Book. Oxford University.
- Folse, K. S. (1996). Discussion starters: Speaking fluency activities for advanced ESL/EFL
students. University of Michigan Press.
- Cunningham, S., Moor, P., Crace, A., Greene, S., & Cosgrave, A. (2013). Cutting Edge:
Elementary. Pearson Education Limited.
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SEMESTRE 3
UEF1 (O/P)
Réactions et Réacteurs
Génie Enzymatique 2 : Immobilisation des Systèmes Biologiques
UEF2 (O/P)
Génomique, Transcriptomique et Protéomique
Bioinformatique
UEM 1 (O/P)
Atelier de Purification et Caractérisation des Enzymes
UEM 2 (O/P)
Atelier de Valorisation des Bioressources Aquatiques
UE découverte
Valorisation des Bioressources aquatiques
Droits de Propriété Intellectuelle
UE transversale
English for biologists – Pre-intermediate
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PROGRAMME : Réactions et Réacteurs
Semestre : 3
Matière : Réactions et Réacteurs
Crédits : 6
Coefficient : 3
L’objectif de cette matière est de connaitre les différents types de réactions en génie des procèdes
ainsi que les types des réacteurs chimiques et leurs fonctionnements.

En mathématique, en chimie et en physique.
Chapitre 1 : Bilan molaire

1.1. Le taux de réaction
1.2. L'équation générale de l'équilibre molaire
1.3. RéacteursDiscontinus (Batch Reactors BRs)
1.4. Réacteurs à Flux Continu
- Réacteurs à cuve agitée en continu (CSTR)
- Réacteur Tubulaire (PFR)
- Réacteur à lit fixe (PBR)
1.5. Réacteurs industriels
Chapitre 2 : Conversion et dimensionnement du réacteur

2.1. Définition de la conversion
2.2. Équations de conception desRéacteurs Discontinus
2.3. Équations de conception pour les Réacteurs à Flux Continu
2.4. Dimensionnement des Réacteurs à Flux Continu
2.5. Réacteurs en série
2.6. Quelques définitions supplémentaires
- Espace-temps
- Vitesse spatiale
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Chapitre 3 : Lois sur les taux
3.1. Définitions basiques
3.2. L'ordonnance de réaction et la loi sur les taux
3.3. Taux et constante de taux de réaction
3.4. État actuel du dimensionnement et de la conception des réacteurs
Chapitre 4 : Stœchiométrie
4.1. Systèmes Discontinus
4.2. Systèmes à Flux Continus
4.3. Réactions réversibles et conversion d'équilibre
Chapitre 5 : Conception de réacteur isotherme : conversion

5.1. Structure de conception pour les réacteurs isothermes
5.2. Réacteurs Discontinu
5.3. Réacteurs à réservoir à agitation continue (CSTR)
5.4. Réacteurs tubulaires
5.5. Chute de pression dans les réacteurs
5.6. Synthèse : Conception d'une usine de production d’éthylène glycol
Chapitre 6 : Conception de réacteur isotherme : moles et débits molaires

6.1. L'algorithme d'équilibre du débit molaire
6.2. Balances molaires sur les CSTR, les PFR, les PBR et les réacteurs par
lots
6.3. Application de l'algorithme de débit molaire PFR à un microréacteur
6.4. Réacteurs membranaires
6.5. Fonctionnement en régime instable des réacteurs agités
6.6. Réacteur semi-continu
Chapitre 7 : Collecte et analyse des données des taux

7.1. L'algorithme pour l'analyse des données
7.2. Détermination de l'ordre de réaction pour chacun des deux réactifs à l'aide de la méthode de
l'excès
7.3. Méthode intégrale
7.4. Méthode d'analyse différentielle
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7.5. Régression non linéaire
7.6. Données de taux de réaction des réacteurs différentiels
7.7. Planification expérimentale
Chapitre 8 :Réactions multiples

8.1. Définitions
8.2. Algorithme pour les réactions multiples
8.3. Réactions parallèles
8.4. Réactions en série
8.5. Réactions complexes
8.6. Réacteurs à membrane pour améliorer la sélectivité dans des réactions multiples
Chapitre 9 : Catalyse et réacteurs catalytiques

9.1. Catalyse
9.2. Étapes d'une réaction catalytique
9.3. Analyse de données hétérogènes pour la conception de réacteurs
9.4. Discrimination des modèles
9.5. Désactivation du catalyseur
Chapitre 10 : Distribution de Temps de Séjour

10.1. Considérations générales
10.2. Mesure de la DTS
10.3. Caractéristiques de la DTS
10.4. DTS dans les réacteurs idéaux
10.5. PFR/CSTR
10.6. Diagnostic et dépannage

- Fogler, H. S. (2010). Essentials of Chemical Reaction Engineering: Essenti Chemica
Reactio Engi. Pearson Education.
- Davis, M. E., & Davis, R. J. (2012). Fundamentals of chemical reaction engineering.
Courier Corporation.
- Eikret, s. M. L. K. Bioprocess engineering: basic concepts/Michael l. Shuler. Prentice hall
international series in the physical and chemical engineering sciences.
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- Shuler, M. L.; & Fikret K. (2001). Bioprocess engineering: basic concepts. Prentice Hall
PTR.
- Himmelblau, D. M., & Riggs, J. B. (2012). Basic principles and calculations in chemical
engineering. FT press.
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PROGRAMME : Génie Enzymatique 2
Immobilisation des Systèmes Biologiques
Semestre : 3
Matière : Génie enzymatique 2 : Immobilisation des systèmes biologiques
Crédits : 4
Coefficient : 2
L'objectif est de donner une vue d'ensemble des principales méthodes d'immobilisation des
systèmes biologiques (enzymes, cellules). L'enseignement porte aussi sur l'étude de la cinétique
enzymatique hétérogène ainsi que sur les facteurs affectant la cinétique de l'enzyme immobilisée.

indispensables.
Programme des cours
Introduction : l’importance de l’immobilisation des systèmes biologiques
Chapitre 1 : Les méthodes d'immobilisation des enzymes

1. Méthodes physiques
1.1. Immobilisation par adsorption :
- Principe
- Les types d'interactions
- Les principaux types de supports
- Les avantages et inconvénients
1.2. Immobilisation par inclusion :
- Principe
- Principales méthodes d'immobilisation
- Avantages et inconvénients.
1.3. Immobilisation par microencapsulation :
- Principe
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- Polymérisation interfaciale
- Séparation de phases
- Les liposomes
- Avantages et inconvénients.
2. Méthodes chimiques :
2.1. Fixation covalente :
- Principe
- Les groupements fonctionnels
- Les principaux types de support
- Les principales méthodes d'activation
- Avantages et inconvénients
2.2. Immobilisation par coréticulation et réticulation :
- Principe
- Réalisation de films protéiques
- Réalisation de particules poreuses
- Préparation de polymères solubles
- Avantages et inconvénients
2.3. Immobilisation par adsorption suivie de réticulation.
3. Facteurs affectant les cinétiques des enzymes immobilisées

3.1. Modification de la protéine enzymatique
3.2. Modification des groupements fonctionnels
3.3. Effets stériques
3.4. Modification du microenvironnement
- Les phénomènes de partition
- Les phénomènes diffusionnels
- Phénomènes de partition :
Les effets électrostatiques
Les effets hydrophobes ou/et hydrophiles
- Les phénomènes diffusionnels :
Les contraintes diffusionnelles externes
Les contraintes diffusionnelles internes
4. Cinétique hétérogène
Chapitre 2 : Immobilisation de cellules

1. Introduction
2. Avantages et inconvénients des cellules immobilisées
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2.1. Avantages des cellules immobilisées par rapport aux enzymes
2.2. Avantages des cellules immobilisés par aux cellules libres
2.3 Inconvénient des cellules immobilisées
3. Les méthodes d'immobilisation des cellules
Travaux pratiques :
Objectifs :
Cet enseignement pratique vise à apporter une formation pratique sur quelques techniques
d'immobilisation de systèmes biologiques et sur quelques applications faisant appel à ces
systèmes immobilisés.
A la fin des TP, les étudions seront capable de :
1) Maitriser les différentes techniques d’immobilisation des systèmes biologiques sur différents
supports (alginate, acrylamide, silice, chitine)
2)Détermination de l'activité et de la stabilité enzymatiques.
3) Appliquer les techniques d’immobilisation à des fins industrielles et environnementales
(Isomérisation du glucose en fructose, production de bioéthanol, décoloration des colorants
synthétiques).
Programme des TP
1. Préparation des solutions et des milieux de culture

2. Immobilisation des enzymes (Laccase, Glucose isomérase)
3. Immobilisation de Saccharomyces cerevisiae
4. Evaluation de l'efficacité et du rendement d'immobilisation
5. Isomérisation du glucose en fructose par la Glucose isomérase immobilisée
6. Production de bioéthanol par la levure Saccharomyces cerevisiae immobilisée
7. Décoloration des colorants synthétiques par la laccase immobilisée

- Messing, R. (Ed.). (2012). Immobilized enzymes for industrial reactors. Elsevier.
- DiCosimo, R., McAuliffe, J., Poulose, A. J., and Bohlmann, G. (2013) Industrial use of
immobilized enzymes. Chemical Society reviews 42, 6437–74.
ESSB-
ORAN
- Fukui, S., & Tanaka, A. (1982). Immobilized microbial cells. Annual Reviews in
Microbiology, 36(1), 145-172.
- Guisan, J. M. (Ed.). (2006). Immobilization of enzymes and cells (Vol. 22). Totowa, NJ:
Humana Press.
- Dwevedi, A. (2016). Enzyme immobilization: advances in industry, agriculture, medicine,
and the environment. Springer.
- Wingard, L. B., Katchalski-Katzir, E., & Goldstein, L. (Eds.). (2014). Immobilized Enzyme
Principles: Applied Biochemistry and Bioengineering, Vol. 1. Elsevier.
ESSB-
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PROGRAMME : Génomique, Transcriptomique et Protéomique
Semestre : 3
Matière : Génomique, Transcriptomique et Protéomique
Crédits : 4
Coefficient : 2
Les progrès des technologies et de l'informatique utilisées pour générer et traiter de grands
ensembles de données biologiques (données omiques) favorisent un changement critique dans
l'étude des sciences biologiques et biotechnologiques.
Les objectifs de cette matière sont de fournir des connaissances introductives concernant la
génomique, la transcriptomique, la protéomique et leurs applications.

Des connaissances en biologie moléculaire et en génétique.
1. Bases de la génomique et de la protéomique

1.1. Aperçu de l'organisation du génome procaryote et eucaryote ;
1.2. ADN extra-chromosomique : plasmides bactériens, mitochondries et chloroplastes.
2. Cartographie du génome
2.1. Cartes génétiques et physiques
2.2. Marqueurs pour la cartographie génétique
2.3. Méthodes et techniques utilisées pour la cartographie génétique
2.4. La cartographie physique
2.5. L'analyse de liaison
2.6. Les techniques cytogénétiques
2.7. Technique de cartographie génétique FISH
2.8. Hybridation de cellules somatiques
2.9. Cartes de radiation hybrides
2.10. Hybridation in situ
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2.11. Cartographie génétique comparative
3. Projets de séquençage de génomes

3.1. Human Génome Project
3.2. Projets de séquençages de génomes de microbes, plantes et animaux
3.3. Accéder et récupérer des informations sur les projets de génomes à partir du WEB
4. Génomique comparative
4.1. Identification et classification des organismes à l'aide de marqueurs moléculaires ( ARNr 16S
typage/séquençage, SNP )
4.2. Utilisation des génomes pour comprendre l'évolution des eucaryotes
4.3. Suivie des maladies émergentes et conception de nouveaux médicaments
4.4. Détermination de l'emplacement du gène dans la séquence du génome
5. Transcriptomique
5.1. Introduction
5.2. Acquisition des données
5.2.1. Next Generation Sequencing (NGS) ( RNAseq, sRNAseq)
5.2.2. Microarrays
5.2.3. qPCR, RT-PCR, qRT-PCR
5.3. Description des données
5.4. Transformation, normalisation et filtrage
5.5. Analyse des données de transcriptome
5.5.1. Gènes différentiellement exprimés
5.5.2. Gènes co-exprimés
5.6. Interprétation
5.7. Caractérisation d’un ensemble de gènes
6. Protéomique :
6.1. Objectifs
6.2. Stratégies et défis en protéomique
6.3. Technologies protéomiques : 2D-PAGE, focalisation isoélectrique, spectrométrie de masse,
MALDI-TOF, système levure 2-hybride
6.4. Bases de données protéomiques
7. Génomique fonctionnelle et protéomique

7.1. Analyse du transcriptome pour l'identification et l'annotation fonctionnelle du gène,
7.2. Assemblage Contig
7.3. Marche du chromosome (chromosom walking) et caractérisation des chromosomes
7.4. Identification de gènes fonctionnelles dans le génome
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7.5. Fonction des gènes
7.6. Génétique directe et inverse
7.7. Interactions protéine-protéine et protéine-ADN
7.8. Puces à protéines et protéomique fonctionnelle
7.9. Les applications biomédicales et cliniques de la protéomique
7.10. Introduction à la métabolomique, à la lipidomique, métagénomique et biologie des systèmes

- Primrose, S. B., Twyman, R. M., Primrose, S. B., & Primrose, S. B. (2006). Principles of
Gene Manipulation and Genomics. Malden, MA: Blackwell Pub.
- Liebler, D. C. (2002). Introduction to Proteomics: Tools for the New Biology. Totowa, NJ:
Humana Press.
- Campbell, A. M., & Heyer, L. J. (2003). Discovering Genomics, Proteomics, and
Bioinformatics. San Francisco: Benjamin Cummings.
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PROGRAMME : Bioinformatique
Semestre : 3
Matière : Bioinformatique
Crédits : 4
Coefficient : 2
L’objectif de ce cours est de fournir un enseignement théorique et pratique de l’usage des outils
bioinformatiques et des bases de données qui facilitent l’étude des concepts de biologie
moléculaire et de l’évolution.
Connaissances de base en informatique, biologie moléculaire et en Biochimie.
Chapitre 1 : Les bases de la bioinformatique

1. Informatique en biologie et médecine ;
2. Introduction aux systèmes Unix et Linux et aux commandes de base ;
3. Concepts de base de données ;
4. Bases de données de protéines et d'acides nucléiques ;
5. Bases de données structurelles ;
6. DTD XML biologiques ;
7. Bases de l'algorithme de correspondance de motifs ;
8. Bases de données et outils de recherche : contexte biologique pour l'analyse des
séquences ;
9. Identification de la séquence protéique à partir de la séquence d'ADN ;
10. Recherche de bases de données séquence similaire ;
11. NCBI ;
12. Outils accessibles au public ;
13. Ressources à l’EBI ;
14. Ressources sur le Web ;
15. Outils d'exploration de base de données
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Chapitre 2 : Analyse des séquences d'ADN
1. Analyse des séquences d'ADN : bases de données de séquences de gènes
2. Soumission et rechercher de séquences d'ADN dans des bases de
3. Alignement de séquences ;
4. Techniques d'alignement par paires ;
5. Découverte de motifs et prédiction de gènes ;
6. Variantes structurelles locales de l'ADN, leur pertinence dans les processus au niveau
moléculaire et leur identification ;
7. Assemblage de données issues du séquençage du génome.
3. Analyse de séquences multiples

1. Analyse de séquences multiples ;
2. Alignement de séquences multiples ;
3. Recherche flexible de similarité de séquence avec le progiciel FASTA3 ;
4. Utilisation de CLUSTALW et CLUSTALX pour l'alignement de séquences multiples ;
Soumission de séquences protéiques d'ADN aux bases de données :
5. Méthodes de soumission,
6. SEQUIN,
7. Centres de génome ;
8. Soumission d'ensembles de séquences alignées,
9. Mise à jour des séquences soumises,
10. Méthodes d'analyse phylogénétique.
Programme des TP :
1. Recherche de séquences sur les bases de données (outil : BLAST, Genebank, Refseq)
2. Désigne des amorces (outil : Primer 3)
3. Simulation d’une PCR ou d’un clonage (outil : Snapgene)
4. Alignement de séquence par paire et multiple (outil : BLAST)
5. Construction d’un arbre phylogénétique (outil : MEGA)
6. Assemblage et annotation d’un génome (outil : Geneious)
ESSB-
ORAN
- Lesk, A. M. (2002). Introduction to Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press.
- Mount, D. W. (2001). Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring
Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press.
- Baxevanis, A. D., & Ouellette, B. F. (2001). Bioinformatics: a Practical Guide to the
Analysis of Genes and Proteins. New York: Wiley-Interscience.
- Pevsner, J. (2015). Bioinformatics and Functional Genomics. Hoboken, NJ.: Wiley-
Blackwell.
- Bourne, P. E., & Gu, J. (2009). Structural Bioinformatics. Hoboken, NJ: Wiley-Liss.
- Lesk, A. M. (2004). Introduction to Protein Science: Architecture, Function, and
Genomics. Oxford: Oxford University Press.
ESSB-
ORAN
PROGRAMME : Atelier de purification et Caractérisation des Enzymes
Semestre : 3
Matière : Atelier de Purification et Caractérisation des Enzymes
Crédits : 5
Coefficient : 3
La purification des protéines est une série de processus visant à isoler une protéine d’un mélange
complexe. La purification des enzymes est nécessaire pour leur caractérisation et pour leur
application dans des domaines tels que la recherche et la médecine.
Cet atelier qui est organisé sous forme d'un workshop de 10 jours (continus), vise à fournir aux
étudiants les bases nécessaires pour la maitrise du processus de purification des enzymes et des
différents paramètres utilisés pour évaluer l’efficacité de la purification.
L’objectif de cet atelier est de purifier l’enzyme α-amylase produite par la souche Bacillus sp.
isolée au cours l’atelier de microbiologie appliquée (semestre 1) et identifiée au cours de l’atelier
de biologie moléculaire (semestre 2).
Compétences visées :
Optimisation des conditions de production d’une enzyme, production de l’enzyme, capture de
l’enzyme, purification par chromatographie, établissement du tableau de purification.
Techniques :
- Dosage enzymatique par la méthode DNSA
- Dosage des protéines totales par la méthode Bradford
- Production de l’enzyme par fermentation submergée (smf)
- Précipitation fractionnelle au sulfate d’ammonium
- Elimination du sel par filtration sur gel/ dialyse
- Chromatographies par exclusion (filtration sur gel) et par affinité.

indispensables.
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1- Ouverture et explication. Rappels sur la sécurité au laboratoire

2- Préparation des solutions et milieux de culture.
3- Production de l’enzyme α-amylase par fermentation.
4- Précipitation fractionnelle au sulfate d’ammonium de l’enzyme α-amylase.
5- Elimination du sulfate d’ammonium par dialyse.
6- Chromatographie par exclusion.
7- Chromatographie par affinité.
8- Evaluation de la purification (Tableau de purification, SDS-PAGE, zymogramme)
9- Caractérisation de l’enzyme alpha-amylase et détermination de l’effet des paramètres
physico-chimiques sur l’activité et la stabilité de l’enzyme
10- Détermination des paramètres cinétiques de l’enzyme
11- Evaluation, débat et clôture.

- Deutscher, M. P. (Ed.). (1990). Guide to protein purification (Vol. 182). Gulf Professional
Publishing.
- Scopes, R. K. (2013). Protein purification: principles and practice. Springer Science &
Business Media.
- Crowley, T. E., & Kyte, J. (2014). Experiments in the Purification and Characterization
of Enzymes: A Laboratory Manual. Academic Press.
ESSB-
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PROGRAMME : Atelier de Valorisation des Bioressources Aquatiques
Semestre : 3
Matière : Atelier de Valorisation des Bioressources Aquatiques
Crédits : 4
Coefficient : 2
Cet enseignement vise à apporter une formation pratique sur les principales méthodes de
production et/ou d'extraction d'enzymes d'intérêts industriels (notamment les protéases et les
chitinases). Les enzymes seront ainsi caractérisées et appliquées pour l'extraction et le
développement de biomolécules et de biopolymères.

indispensables.
Atelier 1 : Production des enzymes

- Productionde la subtilisine à partir de Bacillus subtils
- Productionde la chitinase à partir d’Aspergillus niger
- Dosage des activités enzymatiques
- Analyse par SDS-PAGE et zymogramme
- Conditions optimales d’activité et de stabilité des enzymes (T° et pH)
Atelier 2 : Production de biopeptides

- Production d’hydrolysats protéiques
- Caractérisation physico-chimique des hydrolysats protéiques
Atelier 3 : Valorisation des déchets de crustacés

- Extraction de la chitine
- Conversion de la chitine en chitosane
- Elaboration d’hydrogels et de microcapsules
- Production de chito-oligosaccharides
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Atelier 4 : Activités fonctionnelles des hydrolysats de poisson et de déchets de crustacés
- Activités antioxydantes
- Activité antibactérienne

- Koueta, N., Viala, H., & Le Bihan, E. (2014). Applications, uses and by-products from
cephalopods. In Cephalopod culture (pp. 131-147). Springer, Dordrecht.
- Sahoo, D., & Seckbach, J. (Eds.). (2015). The algae world (Vol. 26). Dordrecht, The
Netherlands:: Springer.
- Välimaa, A. L., Mäkinen, S., Mattila, P., Marnila, P., Pihlanto, A., Mäki, M., & Hiidenhovi, J.
(2019). Fish and fish side streams are valuable sources of high-value components.
Food Quality and Safety, 3(4), 209-226.
- Wang, C. H., Doan, C. T., Nguyen, V. B., Nguyen, A. D., & Wang, S. L. (2019).
Reclamation of fishery processing waste: A mini-review. Molecules, 24(12), 2234.
- Yadav, M., Goswami, P., Paritosh, K., Kumar, M., Pareek, N., & Vivekanand, V. (2019).
Seafood waste: a source for preparation of commercially employable chitin/chitosan
materials. Bioresources and Bioprocessing, 6(1), 1-20.
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PROGRAMME : Valorisation des Bioressources Aquatiques
Semestre : 3
Matière : Valorisation des Bioressources Aquatiques
Crédits : 1
Coefficient : 1
Cette unité d’enseignement s’inscrit dans le cadre de la Biotechnologie marine qui est une
composante importante des Biotechnologie. Les biotechnologies marines ou biotechnologies
bleues sont définies comme l'application des sciences fondamentales et des technologies à la
transformation des ressources marines par des procédés biotechnologiques et ce pour des
applications dans les domaines de la santé, cosmétique, agro-alimentaire, aquaculture,
environnement, etc. L'environnement marin est considéré comme une source inépuisable et, qui
est peu exploitée, de molécules et biopolymères naturels présentant des propriétés biologiques,
fonctionnelles et physico-chimiques à fort potentiel.

Des connaissances en biodiversité, zoologie, botanique, microbiologie …
Chapitre 1 : Introduction
1.1. L’importance des bioressources aquatiques

1.2. Généralité sur leurs utilisations dans des domaines différents
Chapitre 2 : Valorisation des co-produits de la pêche :

2.1. Préparation de farines de poisson
2.2. Préparation de peptones de poisson
2.3. Préparation d’hydrolysats de poisson
Chapitre 3 : Valorisation des têtes et viscères de poisson

3.1. Quels sont les sous-produits de la transformation du poisson ?
3.2. Utilisations des sous-produits de la transformation du poisson
3.3. Composés à valeur ajoutée dérivés de protéines
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3.4. Production de peptides bioactifs
3.5. Extraction d'enzymes
3.6. Huiles de poisson et acides gras
3.7. Extraction des polysaccharides
3.8. Minéraux et vitamines
Chapitre 3 : Valorisation des déchets de seiche

3.1. Extraction du collagène
3.2. Extraction de la gélatine
Chapitre 4 : Valorisation des déchets de crustacés

4.1. Ressources de chitine dans la nature
4.2. Extraction de la chitine
4.3. Conversion de la chitine en chitosane
4.4. Production de chito-oligosaccharides,
4.5. Extraction de caroténoprotéines
4.6. Préparation de chitine et de chitosane nanostructurés
4.7. Mélange de chitine et de chitosane avec d'autres biopolymères
4.8. Modifications hydrophobes de la chitine et du chitosane
4.9. Applications de matériaux à base de chitine et de chitosane
Chapitre 6 : Produits de valeurs à partir des algues

6.1. Production de polysaccharides algales
6.2. Production de pigments
6.3. Production de vitamines
6.4. Production de Polyhydroxyalcanoate
6.5. Production de glycérol

- Chen, F., & Jiang, Y. (Eds.). (2013). Algae and their biotechnological potential. Springer
- Gualtieri, P. (2014). Algae: anatomy, biochemistry, and biotechnology. CRC Press.
- Hoek, C., Mann, D., Jahns, H. M., & Jahns, M. (1995). Algae: an introduction to phycology.
Cambridge university press.
ESSB-
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- Koueta, N., Viala, H., & Le Bihan, E. (2014). Applications, uses and by-products from
cephalopods. In Cephalopod culture (pp. 131-147). Springer, Dordrecht.
- Sahoo, D., & Seckbach, J. (Eds.). (2015). The algae world (Vol. 26). Dordrecht, The
Netherlands:: Springer.
- Välimaa, A. L., Mäkinen, S., Mattila, P., Marnila, P., Pihlanto, A., Mäki, M., & Hiidenhovi, J.
(2019). Fish and fish side streams are valuable sources of high-value components. Food
Quality and Safety, 3(4), 209-226.
- Wang, C. H., Doan, C. T., Nguyen, V. B., Nguyen, A. D., & Wang, S. L. (2019). Reclamation of
fishery processing waste: A mini-review. Molecules, 24(12), 2234.
- Yadav, M., Goswami, P., Paritosh, K., Kumar, M., Pareek, N., & Vivekanand, V. (2019).
Seafood waste: a source for preparation of commercially employable chitin/chitosan
materials. Bioresources and Bioprocessing, 6(1), 1-20.
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PROGRAMME : Droits de Propriété Intellectuelle
Semestre : 3
Matière : Droitsde Propriété Intellectuelle
Crédits : 1
Coefficient : 1
Les objectifs de ce cours sont :
- Fournir des connaissances de base sur les droits de propriété intellectuelle et leurs
implications dans la recherche biologique et le développement de produits.
- Se familiariser avec la politique de l’Algérie en matière de DPI.
- Connaitre les différentes démarches pour le dépôt de brevet.
- Comprendre pourquoi l'Algérie a adopté une politique en matière de DPI et se familiariser
avec les grandes lignes de la réglementation en matière de brevets.
- Comprendre les différents types de droits de propriété intellectuelle en général et la
protection des produits issus de la recherche biotechnologique et les questions liées à la
demande et à l'obtention de brevets.

Des connaissances de base en informatique.
1. brevetage d'une invention

1.1. Introduction aux droits de propriété intellectuelle
1.2. Formes de droits de propriété intellectuelle
A. Propriété industrielle
- Brevet
- Conception
- Marque déposée
- Indications géographiques
B. Propriété non industrielle
- Copyright©
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2. Histoire et évolution du droit des brevets
2.1. Évolution des lois sur les brevets
2.2. Histoire du système algérien des brevets
2.3. Conventions et traités internationaux
2.4. Lois sur les brevets dans d'autres pays
3. Classification des brevets

3.1. Classification des brevets en Algérie
3.2. Classification des brevets par l'OMPI
3.3. Catégories de brevets
3.4. Brevets spéciaux
3.5. Brevets de produits biologiques
4. Dispositions législatives générales pour les brevets en Algérie

4.1. Brevetabilité : Que peut-on breveter ?
4.2. Ce qui ne peut être breveté
4.3. À qui appartient le droit au brevet ?
4.4. Qu’est-ce qu’une invention de service ?
4.5. Unité de l’invention
4.6. Certificat d’addition
5. Procédures de demande et de délivrance du brevet d’invention

5.1. Dépôt
5.2. Examen
5.3. Délivrance
5.4. Maintien de la validité du brevet
6. Système national des brevets

6.1. Qu’est-ce que l’Institut National Algérien de la Propriété Industrielle (INAPI) ?
6.2. Formalités liées au dépôt d’une demande de brevet d’invention
7. Procédures de dépôt d’une demande de brevet à l’étranger

7.1. Comment protéger mon invention dans plusieurs pays ?
7.2. Qu’est-ce que le Traité de coopération en matière de brevets PCT ?
7.3. Quels sont les avantages du PCT ?
7.4. Procédure de dépôt d’une demande internationale selon PCT
8. Détenteur du brevet : droits et devoirs
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8.1. Propriété du brevet
8.2. Droits du titulaire du brevet et des copropriétaires
8.3. Obligations du titulaire du brevet et des copropriétaires
8.4. Transfert des droits de brevet
8.5. Limitations des droits de brevet
8.6. Restauration des brevets
8.7. Violation des droits de brevet et infractions
8.8. Actions contre la contrefaçon : recours/recours
9. Brevet de formes de vie

14.1. Introduction
14.2. Critères d'attribution du brevet
14.2.1. Conditions préalables à la brevetabilité
14.2.2. Exigences essentielles pour la brevetabilité
14.3. Brevets de cellules et de lignées cellulaires
14.4. Brevet des gènes et des séquences d'ADN
14.4.1. Séquences utilisées pour les tests de diagnostic
14.4.2. Séquences utilisées comme outils de recherche
14.4.3. Séquences utilisées en thérapie génique
14.4.4. Séquences utilisées dans la production de protéines thérapeutiques
14.5. Brevets d'animaux
14.6. Protection des obtentions végétales
14.6.1. Brevets
14.6.2. Formes sui generis de protection des obtentions végétales : Union Internationale
pour la Protection des Obtentions Végétales (UPOV)
14.6.3. Indications géographiques
10. Brevets en biopharmacie

10.1. Présentation
10.2. Produits pharmaceutiques et biopharmaceutiques
10.2.1. Différences entre les produits biologiques et les médicaments conventionnels
10.2.2. Biosimilaires et produits biologiques « interchangeables »
10.3. Nécessité d'une protection de la propriété intellectuelle des produits biopharmaceutiques
10.4. Protection par brevet pour les produits biologiques
10.4.1. Innovation incrémentale
10.4.2. « Evergreening »
10.5. Protection par brevet pour les diagnostics
10.6. L'impact de la protection par brevet dans les tests génétiques
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10.7. Accords commerciaux internationaux sur les médicaments

- Castle, D. (Ed.). (2009). The role of intellectual property rights in biotechnology
innovation. Edward Elgar Publishing.
- Ganguli, P. (2001). Intellectual Property Rights: Unleashing the Knowledge Economy. New
Delhi: Tata McGraw-Hill Pub.
- Goel, D., & Parashar, S. (2013). IPR, Biosafety and Bioethics. Pearson Education India.
- Hennoun, M. La protection des droits de propriété intellectuelle et son incidence sur le
développement en Algérie (Doctoral dissertation, Ecole Nationale Supérieure des Sciences
Politiques).
- http://e-services.inapi.org/SITE/?Rub=Page&ID=1
- Lakhlef, S. (2016). Guide sur le Brevet D'invention _Procedures de dépôt en Algérie et à
l'étranger.CENTRE DE RECHERCHE SUR L’INFORMATION SCIENTIFIQUE ET
TECHNIQUE - CERIST
- Nambisan, P. (2017). An introduction to ethical, safety and intellectual property rights
issues in biotechnology. Academic Press.
-
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PROGRAMME : English for biologists – Pre-intermediate
Semestre : 3
Matière : English for biologists – Pre-intermediate
Crédits : 1
Coefficient : 1

Unit 1: The Wonder World
- Grammar: auxiliary verbs (do, be, have), naming the tenses, questions and negatives, short
answers.
- Vocabulary: social expressions.
- Reading: wonders of biology.
- Speaking: Biology Quiz (using auxiliary verbs, questions and negatives and short answers).
- Listening: Ten craziest things cells do.
- Writing: Find the mistake and correct it.
Unit 2: Bioethics and biosecurity
- Grammar: Present tense.

- Vocabulary: Numbers in science.
- Reading: Bioethics.
- Speaking: Debate on ethics in bioengineering.
- Listening: Biosecurity.
- Writing: writing a paragraph to describe scientific facts using present tense and numbers.
Unit 3: Telling science stories
- Grammar: Past tense.
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- Vocabulary: graphical representations.
- Reading: Agro-industrial residues valorisation.
- Speaking: Debate on environmental impacts of biomass.
- Listening: Agro-industrial wastes valorisation.
- Writing: writing a paragraph to describe methods and results.
Unit 4: Enzyme engineering
- Grammar: Modal verbs.

- Vocabulary: Enzyme engineering vocabulary
- Reading: Can crop residues provide fuel for future transport?
- Speaking: Promoting critical thinking with English modal verbs.
- Listening: Can enzymes be reused?
- Writing: writing a paragraph about the perspectives of alpha-amylases applications using
modal verbs.
Unit 5: The future of enzyme technology.
- Grammar: future forms

- Vocabulary: genetic engineering vocabulary
- Reading: Future trends of biotechnology.
- Speaking: What role do you think industrial biotechnology will play in the future?
- Listening: The future of energy.
- Writing: Write an email to your internship supervisor to explain what will your plan on
arrival.
- Redman, S. (2003). English vocabulary in use pre-intermediate and intermediate.

Cambridge university press.
- Bowler, B. (2001). New headway pronunciation course: pre-intermediate. Oxford University
Press.
- Soars, J., & Soars, L. (2003). New Headway-Pre Intermediate. Oxford University.
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SEMESTRE 4
UEF1 (O/P)
Opérations Unitaires 1
Génie Enzymatique 3 : Applications aux Secteurs Pharmaceutiques et Industriels
UEF2 (O/P)
Bioréacteurs
Génie Génétique
UEM1 (O/P)
Atelier de Génie Génétique
UEM2 (O/P)
Atelier de Modélisation Moléculaire des Protéines
UE découverte
Simulations des Procédés
Produits Biosourcés et Biomatériaux
UE transversale
English for biologists – Intermediate
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PROGRAMME : Opérations Unitaires 1
Semestre : 4
Matière : Opérations Unitaires 1
Crédits : 6
Coefficient : 3
À la fin de cette matière, les étudiants devraient être capables de :
- Maîtriser les techniques séparatives du Génie des Procédés (absorption, extraction et

distillation). - Aborder les notions de dimensionnement et de la conception des équipements.
- Connaitre les principaux problèmes de fonctionnement (primage, engorgement…).

Thermodynamique, Equations différentielles, Phénomènes de transfert
Chapitre I : Généralités sur les opérations unitaires et rappels sur les équilibres entre phase
1.Généralités
2. Objectif principal
3.Principales opérations de séparation
4. Les équilibres liquide-vapeur
4.1.Equilibre et étage d'équilibre
4. 2. Relations thermodynamiques
A. Coefficient de partage
B. Volatilité relative
4. 3. Systèmes idéaux
A. Loi de Dalton
B. Loi de Raoult
C. Loi de Henry
4. 4. Systèmes non idéaux
4. 5.Calcul des points de bulle et de rosée
A. Définitions
B. Calcul des points de bulle et de rosée
5. Diagramme d’équilibre pour mélanges binaires
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5.1. Diagramme binaire avec miscibilité totale à l’état liquide
5.2.Lecture du diagramme binaire isobare
5.3. Utilisation des diagrammes
5.4.Equation de l'Isotherme de bulle p=f(x)
5.5.Equation de l'isotherme de rosée p=f(y)
6.Obtention de la courbe de partage ou d'équilibre à partir de l'isobare
Chapitre II : Absorption
1. Généralités, rappels et définitions
2. Les méthodes d’absorption
3. Dimensionnement d’une colonne à garnissage
Chapitre III : Distillation

1. Distillation simple
2. Rectification discontinue
3. Rectification continue
A. Méthode graphique analytique
B. Efficacité et dimensionnement
Chapitre IV : Extraction
1. Introduction
2. Méthodes d’extraction liquide-liquide
3. Techniques et appareillages

- A. S. MYERSON: Handbook of Industrial Crystallyzation (Butterworth-Heinemann, Boston,
2002)
- Asenjo, J. A. (2020). Separation processes in biotechnology. CRC Press.
- Belter, P. A., Cussler, E. L., & Hu, W. (1987). Bioseparations: downstream processing for
biotechnology.
- D. RONZE: Introduction au génie des procédés (Lavoisier, Paris, 2008)
- Dwyer, J. L. (1984). Scaling up bio-product separation with high performance liquid
chromatography. Bio/technology, 2(11), 957-964.
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- Green, D. W., & Southard, M. Z. (2019). Perry's chemical engineers' handbook. McGraw-Hill
Education.
- HETHERINGETON, P. (1971). Release of protein from bader's yeast (Saccharomyces
cerevisiae) by drisruption in an industrial homogenizer. Trans. Inst. Chem. Eng., 49, 142-
148.
- Hsu, H. W. (1981). Separations by centrifugal phenomena.
- J. W. MULLIN: Crystallization (Butterworth-Heinemann, Boston, 2001)
- J.M. COULSON, J.F. RICHARDSON: Chemical Engineering volume 2, 5th edition
(Butterworth Heinemann, Oxford, 2002)
- J.-P. NADEAU, J.-R. PUIGGALI: Séchage, des processus physiques aux procédés
industriels (Lavoisier, Paris, 1995)
- R.E. TREYBAL: Mass-transfer operations (McGraw-Hill, New-York, 1981)
- ULLMANN: Processes and Process Engineering - volumes 1 et 2 (Wiley-VCH, Allemagne,
2004)
- W.L. McCABE, J.C. SMITH: Unit operations of chemical engineering, 6th edition (McGraw-
Hill, New-York, 2001)
- Wandrey, C., & Kula, M. R. (2013). Ultrafiltration for the Separation of Biocatalysts.
Downstream Processing, 73.
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PROGRAMME : Génie enzymatique 3
Applicationsaux Secteurs Pharmaceutiques et Industriels
Semestre : 4
Matière : Génie enzymatique 3 : Applications aux Secteurs Pharmaceutiques et Industriels
Crédits : 4
Coefficient : 2
L'enseignement est essentiellement axé sur les applications biotechnologiques des systèmes
libres et immobilisés. Après une description détaillée des réacteurs enzymatiques, nous décrirons
les applications des systèmes biologiques dans les secteurs suivants : pharmacie, chimie fine,
industrielles.

indispensables.
Chapitre I :L’importance des enzymes dans la biotechnologie industrielle
Chapitre II : Les applications pharmaceutiques
1. Production d'antibiotiques
1.1. Production d'acide-6-aminopénicillanique
1.2. Modification des céphalosporines
1.3. Synthèse de gramicidine
1.4. Autres applications
2. Production de stéroïdes
2.1. Introduction
2.2. Hydroxylation des stéroïdes
2.3. Déshydrogénation en position 1,2
2.4. Clivage de la chaîne latérale
Chapitre III : Les applications en Chimie fine
1. Production d'acides aminés

1.1. Production de L-acides aminés
1.2. Production de L-lysine
1.3. Production d'acide aspartique
1.4. Production de L-citrulline
1.5. Production de L-alanine
1.6. Production de L-tryptophane
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1.7. Production de L-phénylalanine
1.8. Production de L-DOPA
2. Production d'acides organiques

2.1. Production d'acide malique
2.2. Production d'acide gluconique
2.3. Production d'acide L-tartrique
3. Autres applications
3.1. Production d'acrylamide
3.2. Production de 5'mononucléotides
Chapitre IV : Les applications industrielles
1. Production d'édulcorants
2. Glucoserie : Production d'isoglucose
3. Hydrolyse du saccharose : Action de l'invertase
4. Production de cyclodextrines
5. Production de L-sorbose
5. Autres applications
Chapitre V : Etudes de cas
(Les études de cas sont publiées dans le livre : PRIMER, S. A. 2001. The Application of
Biotechnology to Industrial Sustainability).
1. Étude de cas 1 : Fabrication de la Riboflavine (Vitamine B2) (Hoffmann La-Roche,

Allemagne)
1.1. Introduction
1.2. Description technique
1.3. L'évaluation du cycle de vie
1.4. Processus d'innovation
1.5. Comparaisons de processus
2. Étude de cas 2 : Production de l’Acide 7-Aminocéphalosporanique (Biochemie,

Allemagne/Autriche)
2.1. Introduction
2.2. Caractéristiques techniques des procédés alternatifs
2.3. Avantages et inconvénients
2.4. Description du processus d'innovation
3. Étude de cas 3 : Production biotechnologique de l'antibiotique Céfalexine (DSM, Pays-

Bas)
3.1. Introduction
3.2. Description technique
3.3. Comparaison de processus
3.5. Facteurs d'influence externes et internes
4. Étude de cas 4 : Bioprocédés pour la fabrication d'acides aminés (Tanabe, Japon)

4.1. Introduction
4.2. Utilisation d'aminoacylase immobilisée
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4.3. Comparaison des coûts
4.4. Utilisation d'E. coli immobilisée
4.5. Utilisation d'E. coli et de Pseudomonas dacunhae immobilisés
5. Étude de cas 5 : Fabrication d'acide S-chloropropionique (Avecia, Royaume-Uni)

5.1. Introduction
5.2. Description technique du processus
5.4. Histoire du processus d'innovation
6. Étude de cas 6 : Production enzymatique d'acrylamide (Mitsubishi Rayon, Japon)

6.1. Introduction
6.2. Caractéristiques techniques
6.3. Caractéristiques du processus
6.5. Impact environnemental
7. Étude de cas 7 : Synthèse enzymatique de l'acide acrylique (Ciba, Royaume-Uni)

7.1. Introduction
7.2. Description technique du processus
7.3. Risques et avantages
8. Étude de cas 8 : Synthèse catalysée par enzyme de polyesters (Baxenden, Royaume-Uni)

8.1. Introduction
8.2. Caractéristiques techniques
8.3. Sélection de processus
8.5. Description de l'innovation de procédé
8.6. Facteurs internes pertinents pour les décisions
8.7. Facteurs externes
8.8. La coopération
9. Étude de cas 9 : Production sur site de Xylanase (Oji Paper, Japon)

9.1. Introduction
9.2. Innovation de processus
9.3. Expérience avec l'opération de production d'enzymes
9.4. Avantages en termes de coûts
- Ballini, R. (Ed.). (2009). Eco-friendly synthesis of fine chemicals (Vol. 3). Royal Society
of Chemistry.
ESSB-
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- Beniwal, V. (2014). Industrial enzymes: trends, scope and relevance. Nova Science
Publishers, Incorporated.
- Kirk, O., Borchert, T. V., & Fuglsang, C. C. (2002). Industrial enzyme applications.
Current opinion in biotechnology, 13(4), 345-351.
- Polaina, J., & MacCabe, A. P. (2007). Industrial enzymes (pp. 531-547). Netherlands:
Springer.
- PRIMER, S. A. (2001). The Application of Biotechnology to Industrial Sustainability–A
Primer. Organization for Economic Co-operation and Development (OECD).
- Uhlig, H. (Ed.). (1998). Industrial enzymes and their applications. John Wiley & Sons.
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PROGRAMME : Bioréacteurs
Semestre : 4
Matière : Bioréacteurs
Crédits : 4
Coefficient : 2
L’objectif de cette matière est de connaitre les différents types de réactions dans les bioréacteurs
ainsi que les types de ces derniers et leurs fonctionnements.

Réactions et réacteurs chimiques.
Chapitre 1 : Aspect général

1.1. Qu’est-ce qu’un bioréacteur
1.2. Aspects de génie biochimique
1.3. Durabilité du processus et considérations écologiques
1.4. Les bioréacteurs et l’ancien monde
Chapitre 2 : Mécanismes de réaction, voies, bioréactions et bioréacteurs

2.1. Lois sur les taux intermédiaires actifs et non élémentaires
2.2. Rappels sur les réactions enzymatiques
2.3. Bioréacteurs et Biosynthèse
Chapitre 3 : Réactions homogènes

3.1. Théorie de la réaction de base.
3.2. Calcul des taux de réaction.
3.3. Cinétique de réaction générale pour les systèmes biologiques.
3.4. Détermination des constantes cinétiques enzymatiques à partir des données en lot.
3.5. Cinétique de la désactivation enzymatique.
3.6. Rendements en culture cellulaire.
3.7. Cinétique de croissance cellulaire.
3.8. Cinétique de croissance avec instabilité plasmidique.
3.9. Cinétique de production en culture cellulaire.
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3.10. Cinétique de l'absorption du substrat en culture cellulaire.
3.11. Effet des conditions de culture sur la cinétique cellulaire.
3.12. Détermination des paramètres cinétiques des cellules à partir des données en lot.
3.13. Effet du maintien sur les rendements
3.14. Cinétique de la mort cellulaire
Chapitre 4 : Réactions hétérogènes

4.1. Réactions hétérogènes en bioprocédés.
4.2. Gradients de concentration et vitesses de réaction dans les catalyseurs solides.
4.3. Transfert de masse interne et réaction.
4.4. Le module de Thiele et le facteur d'efficacité.
4.5. Transfert de masse externe.
4.6. Corrélations de transfert de masse liquide-solide.
4.7. Aspects expérimentaux.
4.8. Minimiser les effets de transfert de masse.
4.9. Évaluation des vrais paramètres cinétiques.
Chapitre 5 : Technologie des bioréacteurs

5.1. Types de bioréacteurs.
-Conception de base des réacteurs enzymatiques
-Bioréacteurs à réservoir agité en continu (Continuous Stirred Tank Bioreactors)
-Bioréacteurs à colonne à bulles (Bubble Column Bioreactors)
-Bioréacteurs de transport aérien (Airlift Bioreactors)
-Bioréacteurs à lit fluidisé (Fluidized Bed Bioreactors)
-Bioréacteurs à lit emballé (Packed Bed Bioreactors)
-Photo-bioréacteurs (Photo-Bioreactors)
5.2. Configurations de bioréacteur.
5.3. Considérations pratiques pour la construction de bioréacteurs.
5.4. Surveillance et contrôle des bioréacteurs.
5.5. Fonctionnement idéal du réacteur.
5.6. Stérilisation.
Chapitre 6 : Bioréacteurs de fermentation en milieu solide

6.1. Qu'est-ce que la fermentation en milieu solide?
6.2. Pourquoi s'intéresser à la fermentation en milieu solide?
6.3. Transfert de chaleur et de masse dans les bioréacteurs de fermentation en milieu solide:
principes de base.
6.4. Bioréacteurs du groupe I : non aérés et non mélangés
6.5. Bioréacteurs du groupe II : bioréacteurs à aération forcée sans mélange
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6.6. Bioréacteurs du groupe III : bioréacteurs à tambour rotatif et à tambour agité
6.7. Bioréacteurs du groupe IV : Bioréacteurs à mélange continu et aération forcée
6.8. Bioréacteurs du groupe V : Bioréacteurs à aération forcée à mélange intermittent
6.9. Bioréacteurs à fermentation continue en milieu solide
Chapitre 7 : Modélisation des bioréacteurs

7.1. Pourquoi modéliser ?
7.2. Outils pour la modélisation et la simulation de bioréacteurs
7.3. Mélanges et bioréactions
7.4. Assimilation, Transfert et Équilibre
7.5. Bilan biologique de la population
Chapitre 8 : Mise à l'échelle des bioréacteurs

8.1. Analyse des similitudes
8.2. Critères de mise à l'échelle.
8.3. Paramètres de mise à l'échelle
8.4. Le défi de la mise à l'échelle pour les bioréacteurs SSF
Chapitre 9 : Les contraintes liées aux bioréacteurs

9.1. Marché
9.2. Chaînes d'approvisionnement
9.3. Sécurité
9.4. Aspects législatifs
9.5. Aspect économique

- AEHLE, Wolfgang (ed.). Enzymes in industry: production and applications. John Wiley &
Sons, 2007.
- BAO, Jie, YE, Qin, et ZHONG, Jian-Jiang (ed.). Bioreactor Engineering Research and
Industrial Applications II. Springer, 2016.
- Biocatalysis, E. (2008). Principles and Applications.
- E L V Harris and S. Angal, Protein Purification Methods, Ed. IRL Press at Oxford University
Press, 1989.
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- J. E. Bailey and D. F. Ollis, Biochemical Engineering Fundamentals, 2nd Edition, McGraw
Hill, Inc., 1986.
- Mitchell, D. A., Krieger, N., & Beroviˇc, M. (2006). Solid-state fermentation bioreactors.
Springer, Heidelberg, 19.
- PAEK, Kee-Yoeup, MURTHY, Hosakatte Niranjana, et ZHONG, Jian-Jiang (ed.). Production
of biomass and bioactive compounds using bioreactor technology. Springer, 2014.
- Reddy, S. M., Reddy, S. R., & Babu, G. N. (2012). Basic Industrial Biotechnology. New Age
International.
- VALENCIA VAZQUEZ, R. Enhanced stabilisation of municipal solid waste in bioreactor
landfills. 2008. Thèse de doctorat. Ph. D. thesis. Wageningen University and UNESCO IHE
Institute for Water Education, Delft.
- VAN'T RIET, Klaas et TRAMPER, Johannes. Basic bioreactor design. CRC Press, 1991.
- YE, Qin, BAO, Jie, et ZHONG, Jian-Jiang (ed.). Bioreactor engineering research and
industrial applications I: cell factories. Springer, 2016.
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PROGRAMME : Génie génétique
Semestre : 4
Matière : Génie génétique
Crédits : 4
Coefficient : 2
Les objectifs de ce cours sont d'enseigner aux étudiants différentes approches du génie génétique
et de leurs applications dans la recherche biologique ainsi que dans les industries de la
biotechnologie.
Compte tenu de l'impact du génie génétique dans la société moderne, les étudiants devraient être
dotés d'une solide connaissance théorique de cette technologie. En conjonction avec les travaux
pratiques en biologie moléculaire et en génie enzymatique, les étudiants devraient être en mesure
d'entreprendre des recherches biologiques ainsi que des stages dans l'industrie biotechnologique
pertinente.

Des connaissances en génétique, en biologie moléculaire et en microbiologie sont indispensables.
Chapitre I : Historique du génie génétique
Chapitre II : Les outils enzymatiques du génie génétique
2.1. Les enzymes de restriction
- Le phénomène de restriction
- Les sites de reconnaissance
- Isoschizomères
- Le système de Restriction-Modification (RM)
- Origine des enzymes de restriction
- Nomenclature des enzymes de restriction
- Types de coupures réalisées par les enzymes de restriction
- Les classes d’enzymes de restriction
- Méthylation des sites de restriction et inactivation des enzymes de restriction
- Utilisations des enzymes de restriction
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2.2. Les autres enzymes d’usage courant en génie génétique
- Les polymérases
- Les ligases
- Les phosphatases alcalines (PA)
- Les nucléases
- Autres enzymes spécifiques
Chapitre III : L’hybridation moléculaire
3.1. Rappels sur le principe de la réaction d’hybridation
- Notion de température de fusion de l’ADN

- Facteurs influençant la température de fusion
3.2. Hybridation moléculaire
- L’hybridation en phase liquide

- L’hybridation sur support solide
3.3. L’hybridation in situ (HIS)
3.4. Les sondes
 Principes de l’hybridation des acides nucléiques

 Le concept de sonde
 Quelques stratégies de marquage
- Marquage des longues sondes d’acides nucléiques avec des nucléotides marqués
- Marquage de l’ADN par Nick-translation
- Marquage de l’ADN à l’aide d’amorces aléatoires (Random primed DNA labelling)
- Marquage au cours de la synthèse de brins par PCR
- Marquage des ARN
- Marquage des acides nucléiques avec les isotopes radioactifs
- Marquage non isotopique des acides nucléiques par des fluorophores
Chapitre IV : Les vecteurs
4.1. Généralités sur les vecteurs
Concept de vecteur etses propriétés

Principes généraux d’utilisation d’un vecteur
4.2. Les plasmides
L’utilisation d’un plasmide
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Préparation des plasmides
Les différents types de plasmides
- Les plasmides de première génération
- Les plasmides de seconde génération
- Les plasmides de troisième génération
Origine de réplication
4.3. Les phages
Utilisation des phages

Préparation d’un phage
Les différents phages utilisés en biologie moléculaire
- Les phages de première génération : Le phage λ
- Les phages de seconde génération
4.4. Les autres types de vecteurs
Les cosmides
Les chromosomes artificiels
- Le chromosome artificiel de levure (YAC)
- Le chromosome artificiel bactérien (BAC)
Les vecteurs « navette »
Les vecteurs viraux eucaryotes
Chapitre V : Le clonage et expression des protéines recombinantes
5.1. Le principe du clonage

Clonage basé sur la PCR (PCR Based Cloning)
- Dessin des amorces pour la PCR du clonage
- Choix des enzymes de restriction
- Étapes du clonage
5.2. Les banques d’ADN
- Les banque d’ADN génomique

- Les banques d’ADNc
5.3. Systèmes d’expression

- Choix du Système d’Expression
- Modifications post-traductionnelles
- Système d’expression procaryote
5.4. Cassette génétique d’expression de protéines recombinantes
5.5. Caractéristiques d’E. coli
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5.6. Récapitulatif de l’expression hétérologue d’une protéine chez E. coli
5.7. Expression des protéines recombinantes
Chapitre VI : Les organismes génétiquement modifiés (OGM)
6.1. La transgénèse végétale

La transgénèse végétale et les méthodes d’amélioration classiques
Les techniques de la transgenèse végétale
- Fabrication des PGM
- Les conditions du succès de la transgénèse végétale
Les techniques de transformation
- Le transfert direct
- Le transfert indirect
6.2. La transgénèse animale

Définition
Méthodes de transfert génique chez les animaux
- Transfert de gène dans les embryons au stade une cellule
- Transfert de gènes par l'intermédiaire de cellules embryonnaires
- Transfert de gènes dans les gamètes
- Utilisation des précurseurs des spermatozoïdes
- Transfert de gènes dans des cellules somatiques
- Transfert de gènes dans les mitochondries
- Autres techniques récentes de transfert de gènes
6.3. La construction d’un transgène

6.4. Autres techniques utilisées pour la création d’OGM
6.5. Les principales applications des OGM
6.6. Traçabilité et étiquetage des OGM
Chapitre VII : Les nouvelles techniques de génie génétique et leurs applications
7.1. Édition génomique

7.2. Nucléases programmables
7.3. L'interférence à ARN
7.4. Nucléases à doigts de zinc
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7.5. TALEN
7.6. CRISPR/Cas9

- Brown, T. A. (2006). Genomes (3rd ed.). New York: Garland Science Pub
- S. Primrose, R. Twyman, B. Old, and G. Bertola (2006), Principles of Gene Manipulation and
Genomics, Blackwell Publishing Limited; 7th Edition
- Green, M. R., & Sambrook, J. (2012). Molecular Cloning: a Laboratory Manual. Cold Spring
Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press.
- Selected papers from Scientific Journals, particularly Nature & Science.
- Technical Literature from Stratagene, Promega, Novagen, New England Biolab.
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PROGRAMME : Atelier de Génie Génétique
Semestre : 4
Matière : Atelier Génie Génétique
Crédits : 5
Coefficient : 3
Le génie génétique consiste à utiliser la technologie de l'ADN recombinant (ADNr) pour modifier la
constitution génétique d'un organisme. L'expression hétérologue offre la possibilité d'une
production enzymatique avec un rendement élevé et une sécrétion du produit dans le milieu de
culture (sécrétion extracellulaire), ce qui favorise grandement la production industrielle en
réduisant les coûts et le temps d'extraction.
Cet atelier qui est organisé sous forme de workshop bloqué, vise à fournir aux étudiants les
compétences en matière de clonage et d’expression dans une bactérie hôte du gène d’une
enzyme d’intérêt technologique d’origine bactérienne. Exemple de l’α-amylase de la souche
Bacillus sp. isolée.
Compétences visées :
- Production d’amplicons du gène α-amylase.

- Clonage du gène α-amylase dans un vecteur PUC19.
- Transformation dans la bactérie hôte E. coli DH5α.
- Analyse des résultats du clonage.
Techniques :
- Dessin des amorces de clonage et simulation in-silico du clonage du gène de l’α-amylase à

l’aide du logiciel SnapGene.
- Extraction de l’ADN génomique de la souche d’intérêt.
- PCR de clonage du gène d’intérêt à l’aide des amorces de clonage.
- Purification du produit de PCR à l’aide d’un kit PCR Clean-up.
- Digestion enzymatique de l’insert et du vecteur plasmidique (pET21/28 a+) avec le couple
d’enzymes de restriction approprié.
- Purification des produits de digestion à partir du gel d’agarose.
- Ligation du gène avec le vecteur plasmidique.
- Transformation de la bactérie hôte bibliothèque E. coli DH5α.
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- Extraction de la construction génétique et transformation de la souche hôte d’expression E.
coli BL21 (DE3).
- Criblage des clones transformés en présence d’antibiotique.
- Tests d’expression de l’enzyme recombinante (SDS-PAGE)
- Purification de l’enzyme recombinante par le biais d’une colonne de chromatographie
d'affinité, HisTrap.

Des connaissances préalables en microbiologie, en génétique, en génie génétique et en biologie
moléculaire
Séance 1 (05 heures) :
- Préparation des solutions et milieux de culture.

- Dessin des amorces de clonage.
- Extraction de l’ADN génomique de la souche bactérienne Bacillus sp à l’aide d’un kit.

- PCR de clonage du gène d’intérêt.
- Simulation in-silico du clonage du gène de l’α-amylase à l’aide du logiciel SnapGene.
- Tests qualitatifs et quantitatifs : électrophorèse sur gel d’agarose.
- Purification du produit de PCR et dosage de l’ADN.

- Digestion enzymatique de l’insert et du vecteur plasmidique (pET21/28 a+) avec le couple
d’enzymes de restriction approprié.
- Simulation du séquençage (vérification in-silico du produit de PCR séquencé)
- Electrophores des produits de digestion suivie de leur purification à partir du gel d’agarose.
- Préparation des cellules bactériennes compétentes (part 01).

- Ligation du gène avec le vecteur plasmidique.
- Préparation des cellules bactériennes compétentes (part 02).

- Transformation de la bactérie hôte bibliothèque E. coli DH5α.
- Criblage des clones transformés en présence d’antibiotique.

- Conférence sur les enzymes recombinantes
- Extraction de la construction génétique et transformation de la souche hôte d’expression E.
coli BL21 (DE3).
- Tests d’expression de l’enzyme recombinante (part 01) :
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- Préparation des différentes cultures avec les différentes conditions.
- Tests d’expression de l’enzyme recombinante (part 02) :

- SDS-PAGE.
- Purification de l’enzyme recombinante His-taguée par le biais d’une colonne de

chromatographie d'affinité, HisTrap.

- Brown, T. A. (2006). Genomes (3rd ed.). New York: Garland Science Pub
- Green, M. R., & Sambrook, J. (2012). Molecular Cloning: a Laboratory Manual. Cold
Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press.
- Lodge, J., Lund, P., & Minchin, S. (2006). Gene Cloning. Nelson Thornes.
- S. Primrose, R. Twyman, B. Old, and G. Bertola (2006), Principles of Gene Manipulation
and Genomics, Blackwell Publishing Limited; 7th Edition
- Selected papers from Scientific Journals, particularly Nature & Science.
- Technical Literature from Stratagene, Promega, Novagen, New England Biolab.
- Wong, D. W. S. (2018). The ABCs of gene cloning (3rd ed.). Springer International
Publishing.
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PROGRAMME : Atelier de Modélisation Moléculaire des Protéines
Semestre : 4
Matière : Atelier de Modélisation Moléculaire des Protéines
Crédits : 4
Coefficient : 2
L’objectif de cet atelier est de fournir un enseignement théorique et pratique de l’usage des outils
bioinformatiques et des bases de données dans le domaine de la modélisation et de la simulation
des protéines.

Des connaissances de base en informatique, biologie moléculaire et en Biochimie.
1- Theoretical introduction
- Protein modelling
- Protein structure prediction and virtual libraries
2-Homology Modelling for enzyme design
3- Molecular dynamics simulations of enzymes
4- Molecular Docking of Enzymes

- Kukol, A. (Ed.). (2008). Molecular modeling of proteins (Vol. 443). Totowa, NJ:: Humana
Press.
- Kolinski, A. (Ed.). (2011). Multiscale approaches to protein modeling. Springer Verlag.
- Petsko, G. A., Ringe, D., & Charmot, M. D. (2008). Structure et fonction des protéines. De
Boeck Supérieur.
- Kirby, A. J., & Hollfelder, F. (2009). From enzyme models to model enzymes. Royal Society
of Chemistry.
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PROGRAMME : Produits Biosourcés et Biomatériaux
Semestre : 4
Matière : Produits Biosourcés et Biomatériaux
Crédits : 2
Coefficient : 2
Les objectifs de cette matière sont :
- Comprendre l’importance des produits biosourcés.
- Identifier les différents types de produits biosourcés et leurs applications

En microbiologie, biologie végétale, biochimie…
Chapitre 1 : L’importance des produits biosourcés

1.1. Pourquoi développer une économie biosourcée
1.2. Les biotechnologies au service de l’économie
1.3. Matières premières – La biomasse, une source renouvelable pour les produits biosourcés
1.4. Avantages - Évaluation des effets de la production biosourcée.
Chapitre 2 : Types de produits biosourcés

2.1. Produits chimiques biosourcés
2.2. Matériaux biosourcés
2.3. Énergie biosourcée
Chapitre 3 : Applications des produits biosourcés

3.1. Chapitre 6 : Usage médical
- Échafaudage poreux pour l'ingénierie tissulaire
- Supports poreux pour l'administration de médicaments
- Matériaux de cicatrisation
3.2. Application microbiologique
- Encapsulation de micro-organismes dans l'industrie alimentaire
- Encapsulation de bactéries probiotiques
- Emballage alimentaire antimicrobien
3.3. Matériaux de construction et composite
3.4. Papier et emballage
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3.5. Compost et engrais
3.6. Peintures et revêtements
3.7. Lubrifiants et fluides fonctionnels
3.8. Bioplastique et emballage
- Bioplastiques et état actuel de la production de bioplastiques
- Biodégradabilité et recyclabilité des bioplastiques
- Emballages en bioplastiques

- Dahiya, S., Katakojwala, R., Ramakrishna, S., & Mohan, S. V. (2020). Biobased products
and life cycle assessment in the context of circular economy and sustainability.
Materials Circular Economy, 2(1), 1-28.
- Galanakis, C. M. (Ed.). (2020). Biobased Products and Industries. Elsevier.
- Shahinur, S., Ullah, A. S., & Hasan, M. (2020). Developing Successful Biobased
Product: Key Design and Manufacturing Challenges.
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PROGRAMME : English for Biologists – Intermediate
Semestre : 4
Matière : English for Biologists – Intermediate
Crédits : 1
Coefficient : 1

Unit 1: The World of work
- Grammar: Present perfect

- Vocabulary: Work and employment vocabulary.
- Reading: Dream jobs.
- Speaking: What is your dream job?
- Listening: Types of Biotech Companies.
- Writing: Writing application letters.
Unit 2: Microalgae: the green gold of the future?
- Grammar: Conditionals.
- Everyday English: making suggestions.
- Reading: High-added value products from microalgae.
- Speaking: If you have funding, what would you do?
- Listening: Biofuel from microalgae.
- Writing: If the microalgae...
Unit 3: Food Biotechnology
- Grammar: Reported speech.
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- Vocabulary: Vocabulary for biotechnology
- Reading: Applications of enzymes in the Food Industry
- Speaking: Is it safe to use enzymes in food?
- Listening: Enzymes in milk & cheese.
- Writing: Scientific text using reported speech.
Unit 4: Biofuel cell
- Grammar: Expressions of quantity.

- Vocabulary: Biofuel cells vocabulary.
- Reading: Biofuel Cells, enzymes and microbes for energy production.
- Speaking: Why don’t we have functional biofuel yet?
- Listening: The future of bioenergy.
- Writing: From excel to text, expressions of quantities.
Unit 5: Bioentrepreneurship
- Grammar: Relative clauses.

- Vocabulary: Entrepreneurship.
- Reading: The three pillars of bioentrepreneurship.
- Speaking: Biotechnology and economic development.
- Listening: Biotechnology is the future of manufacturing.
- Writing: scientific text using relative clauses.

- Cunningham, S., & Moor, P. (2005). New Cutting Edge. Upper Intermediate. (Students’
Book & Workbook).
- Oxenden, C., Latham-Koenig, C., & Barnes-Murphy, R. (2001). English file: Upper-
intermediate. Student's book. Oxford University Press.
- Bowler, B. (2001). New headway pronunciation course: pre-intermediate. Oxford University
Press.
- Soars, L., & Soars, J. (2003). New Headway-Intermediate. Oxford University.
- Bowler, B., & Cunningham, S. (2010). New Headway. Upper-intermediate.
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SEMESTRE 5
UEF1 (O/P)
Opérations unitaires 2
Génie enzymatique 4 : Avancées en Technologie Enzymatique
UEF2 (O/P)
Études de Cas et Innovation en Technologie Enzymatique
Design des Bioprocédés
UEM1 (O/P)
Atelier de Génie Enzymatique
UEM2 (O/P)
Atelier d’Entrepreneuriat
UE découverte
Visites Industrielles
Biosécurité et Bioéthique
UE transversale
English for Biologists – Advanced
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PROGRAMME : Opérations Unitaires 2
Semestre : 5
Matière : Opérations Unitaires 2
Crédits : 6
Coefficient : 3
A la fin de cetmatière, l'étudiant aura acquis des connaissances nécessaires à la compréhension
des phénomènes de transfert simultanés de matière et de chaleur et de dimensionner certains
équipements.

Thermodynamique, Equations différentielles, Phénomènes de transfert
Chapitre I : Introduction
Chapitre II : Cristallisation
1. Quelques aspects fondamentaux
2. Les différentes étapes de la cristallisation
3. Effet des impuretés sur la formation des cristaux
4. Les réacteurs de cristallisation (Batch et continu)
5. Adsorption d’un soluté en phase liquide dans une tour à lit fixe (percolation)
Chapitre III : Centrifugation

1. Forme de la surface libre du liquide
2. Pression centrifuge
3. Séparation de liquides immiscibles de masses volumiques différentes
4. Sédimentation dans un champ centrifuge
5. Filtration dans une centrifugeuse
6. Dimensionnement
7. Equipements de centrifugation
Chapitre IV : Sédimentation
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1. Sédimentation des particules fines
2. Sédimentation des grosses particules
3. Théorie de Kynch
4. Dimensionnement d’un décanteur
Chapitre V : Filtration
1. Théorie de la filtration
2. Filtration à débit constant, à pression constante
3. Loi de Ruth
4. Cas des gâteaux compressibles
Chapitre VI : Séchage
1. Généralités
2. Différents types de sécheurs
3. Choix de sécheurs
4. Mode de séchage (continu, discontinu, contre-courant, co-courant, par convection, conduction
etc…)
5. Mécanismes de séchage
6. Bilan matière et enthalpique au niveau d’un sécheur
7. Calcul de la vitesse et la durée de séchage

- A. S. MYERSON: Handbook of Industrial Crystallyzation (Butterworth-Heinemann, Boston,
2002)
- Asenjo, J. A. (2020). Separation processes in biotechnology. CRC Press.
- Belter, P. A., Cussler, E. L., & Hu, W. (1987). Bioseparations: downstream processing for
biotechnology.
- D. RONZE: Introduction au génie des procédés (Lavoisier, Paris, 2008)
- Dwyer, J. L. (1984). Scaling up bio-product separation with high performance liquid
chromatography. Bio/technology, 2(11), 957-964.
- Green, D. W., & Southard, M. Z. (2019). Perry's chemical engineers' handbook. McGraw-Hill
Education.
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- HETHERINGETON, P. (1971). Release of protein from bader's yeast (Saccharomyces
cerevisiae) by drisruption in an industrial homogenizer. Trans. Inst. Chem. Eng., 49, 142-
148.
- Hsu, H. W. (1981). Separations by centrifugal phenomena.
- J. W. MULLIN: Crystallization (Butterworth-Heinemann, Boston, 2001)
- J.M. COULSON, J.F. RICHARDSON: Chemical Engineering volume 2, 5th edition
(Butterworth Heinemann, Oxford, 2002)
- J.-P. NADEAU, J.-R. PUIGGALI: Séchage, des processus physiques aux procédés
industriels (Lavoisier, Paris, 1995)
- R.E. TREYBAL: Mass-transfer operations (McGraw-Hill, New-York, 1981)
- ULLMANN: Processes and Process Engineering - volumes 1 et 2 (Wiley-VCH, Allemagne,
2004)
- W.L. McCABE, J.C. SMITH: Unit operations of chemical engineering, 6th edition (McGraw-
Hill, New-York, 2001)
- Wandrey, C., & Kula, M. R. (2013). Ultrafiltration for the Separation of Biocatalysts.
Downstream Processing, 73.
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PROGRAMME : Génie enzymatique 4
Avancées en Technologie Enzymatique
Semestre : 5
Matière : Génie enzymatique 4 : Avancées en Technologie Enzymatique
Crédits : 4
Coefficient : 2
L'objectif de cet enseignement est de présenter de façon détaillée les nouveaux aspects de la
recherche en technologie enzymatique. Ainsi, seront présentés les nouveaux outils de la
biocatalyse, les méthodes de stabilisation, les enzymes à cofacteur et les réactions de synthèse.
L'enseignement porte aussi sur les nouveaux systèmes analytiques de mesure des substances
biologiques : Les biocapteurs.
Les étudiants devront analyser et exposer une publication récente en relation avec les sujets
traités.

Des connaissances préalables en enzymologie et en biochimie.
Introduction
Chapitre I : Les méthodes de stabilisation des catalyseurs biologiques
2.1. Recherche de nouvelles activités enzymatiques de l'extrême

2.2. Immobilisation des enzymes (rappel)
2.3. Modification chimique
- Glycosylation des enzymes
- Fixation de PEG
- Fixation d'une protéine inactive
2.4. Stabilisation par ajout d'additifs
Chapitre II : Les enzymes à cofacteur
3.1. Introduction
3.2. Régénération des cofacteurs
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- Méthodes chimiques
- Méthodes électrochimiques
- Méthodes microbiologiques
- Méthodes enzymatiques
- Méthodes enzymatiques à enzymes couplées
- Méthodes enzymatiques à substrats couplés
Chapitre III : Les biocapteurs
1. Introduction
2. Principe du biocapteur
3. Rappel des méthodes d'immobilisation des systèmes biologiques
4. Les capteurs électrochimiques
5. Les électrodes à enzymes
- Préparation enzymatique
- Exemples d'électrodes à enzymes
- Electrode à glucose
- Electrode à acides aminés
- Electrode à urée
- Electrode à pesticides
- Autres applications
6. Les capteurs microbiens
- Les divers types de capteurs microbiens
- Exemples de capteurs microbiens
7. Les capteurs immunologiques
8. Les systèmes commercialisés
Chapitre IV: La métagénomique à la recherche d'enzymes industrielles

1. Introduction à la métagénomique
2. Le microbiote
3. Stratégies en métagénomique
- La métagénomique globale
- La métagénomique ciblée
4. l’ARN 16S
5. Techniques et matériels
- Design expérimental et échantillonnage
- Préparation des échantillons et extraction des acides nucléiques
- PCR
- Le séquençage à haut débit
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- Les banques de clones d’ADN métagénomique
- La table des OTUs
4. Analyse des données
- Assemblage
- Assignation taxonomique
- Classification non supervisée
- Prédiction de parties codantes
- Analyse fonctionnelle
- Intégration des outils
5. Analyse du métagénome pour la découverte de nouvelles enzymes
- Stratégies d’échantillonnage
- Le criblage fonctionnel
- Champomier-Vergès, M. C., & Zagorec, M. (2015). La métagénomique: Développements et

futures applications. Quae.
- Plou, F. J., Iborra, J. L., & Halling, P. J. (1998). Stability and stabilization of biocatalysts.
Elsevier.
- Pons, M. N., & Vivier, H. (2000). Advances in biochemical engineering biotechnology:
Bioanalysis and biosensors for bioprocess monitoring. Part V: Biomass quantification by
image analysis.
- Setford, S. J., & Newman, J. D. (2005). Enzyme biosensors. In Microbial Enzymes and
Biotransformations (pp. 29-60). Humana Press.
- Yoo, Y. J., Feng, Y., Kim, Y. H., & Yagonia, C. F. J. (2017). Fundamentals of enzyme
engineering.
- Zhu, Y. C., Mei, L. P., Ruan, Y. F., Zhang, N., Zhao, W. W., Xu, J. J., & Chen, H. Y. (2019).
Enzyme-based biosensors and their applications. In Advances in Enzyme Technology (pp.
201-223). Elsevier.
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PROGRAMME : Études de Cas et Innovation enTechnologie Enzymatique
Semestre : 5
Matière : Études de Cas et Innovation en Technologie Enzymatique
Crédits : 4
Coefficient : 2
L’objectif de cette matière est d’expliquer à travers des études de cas, des chapitres de livres, des
articles de synthèse et des opinions, comment les enzymes sont utilisées ou peuvent être utilisées
à l’échelle industrielle. L’enseignement est organisé sous forme de séminaires.

Connaissances en Génie Enzymatique, Génie des Procédés
Case study 1: Protein engineering: Case studies of commercialized engineered products.
Case study 2: Case study: Using microbe molecular biology for gulf oil spill clean up.
Case study 3: Design, economic evaluation and optimization of enzymatic membrane reactors for
antibiotics degradation in wastewaters.
Case study 4: Energy sustainability of Microbial Fuel Cell (MFC): A case study.
Case study 5: Cost evaluation of cellulase enzyme for industrial-scale cellulosic ethanol
production based on rigorous Aspen Plus modeling.
Case study 6: Process of fruit peel waste biorefinery: a case study of citrus waste biorefinery, its
environmental impacts and recommendations.
Case study 7: A methodology for simultaneous process and product design in the formulated
consumer products industry: The case study of the detergent business.
Patent 1:Solid enzyme formulations and process for their preparation.
Patent 2:Lipases with high specificity towards short chain fatty acids and uses thereof.
Patent 3:Direct electron transfer using enzymes in bioanodes, biocathodes, and biofuel cells.
Patent 4:Alginate and alginate lyase compositions and methods of use.
Patent 5:Carrier for immobilizing enzymes.
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Patent 6:Process for making a low molecular weight gelatine hydrolysate and gelatine hydrolysate
compositions.

- Walsh, G. (2007). Protein engineering: Case studies of commercialized engineered
products. Biochemistry and Molecular Biology Education, 35(1), 2-8.
- Jones, D. R. (2011). Case study: Using microbe molecular biology for gulf oil spill clean
up. Biochemistry and Molecular Biology Education, 39(2), 157-164.
- Abejón, R., Belleville, M. P., & Sanchez-Marcano, J. (2015). Design, economic evaluation
and optimization of enzymatic membrane reactors for antibiotics degradation in
wastewaters. Separation and Purification Technology, 156, 183-199.
- Tommasi, T., & Lombardelli, G. (2017). Energy sustainability of Microbial Fuel Cell (MFC): A
case study. Journal of Power Sources, 356, 438-447.
- Liu, G., Zhang, J., & Bao, J. (2016). Cost evaluation of cellulase enzyme for industrial-scale
cellulosic ethanol production based on rigorous Aspen Plus modeling. Bioprocess and
biosystems engineering, 39(1), 133-140.
- Joglekar, S. N., Pathak, P. D., Mandavgane, S. A., & Kulkarni, B. D. (2019). Process of fruit
peel waste biorefinery: a case study of citrus waste biorefinery, its environmental
impacts and recommendations. Environmental Science and Pollution Research, 26(34),
34713-34722.
- Martín, M., & Martínez, A. (2013). A methodology for simultaneous process and product
design in the formulated consumer products industry: The case study of the detergent
business. Chemical Engineering Research and Design, 91(5), 795-809.
- Lohscheidt, M., Betz, R., Braun, J., & Pelletier, W. (2009). U.S. Patent Application No.
12/282,254.
- Van Der, J. M. L., Efimova, Y. M., Turk, K., Van Dijk, A. A., Schooneveld-Bergmans, M. E. F.,
Terdu, A. G., & Sein, A. (2014). U.S. Patent No. 8,637,101. Washington, DC: U.S. Patent and
Trademark Office.
- Minteer, S. D., Treu, B. L., & Duma, R. (2013). U.S. Patent No. 8,415,059. Washington, DC:
U.S. Patent and Trademark Office.
- Barnett, B. P., & Gailloud, P. (2015). U.S. Patent No. 9,220,761. Washington, DC: U.S. Patent
and Trademark Office.
- Amotz, S., Rugh, S., Markussen, E. K., & Thomsen, K. (1986). U.S. Patent No. 4,572,897.
Washington, DC: U.S. Patent and Trademark Office.
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- Dolphin, J. M., Keenan, T., Russell, J. D., & Babel, W. (2009). U.S. Patent No. 7,485,323.
Washington, DC: U.S. Patent and Trademark Office.
PROGRAMME : Design des Bioprocédés
Semestre : 5
Matière : Design des Bioprocédés
Crédits : 4
Coefficient : 2
Le cours vise à fournir les connaissances de base, les compétences et la compréhension
nécessaires pour permettre aux étudiants de concevoir un processus. Des connaissances pour
concevoir des bioprocédésindustriels qui maximisent l'efficacité énergétique et matérielle.
Les objectifs des séances de travaux pratiques sont :

- Se familiariser avec les concepts de modélisation et de simulation des procédés.
- Connaître les principaux logiciels de simulation en génie des procédés.
- Apprendre les bases de la conception d’équipements et de procédés à l’aide de logiciels.

Operations unitaires, Phénomènes de transfert, Réactions et Réacteurs, Bioréacteurs
Chapitre 1 :Introduction au design des procédés

1.1. Introduction
1.2. Nature de la conception
1.3. L'anatomie d'un bioprocédé industriel
1.4. L'organisation d'un projet de génie enzymatique
1.5. Documentation du projet
1.6. Codes et standards
1.7. Facteurs de conception (marges de conception)
1.8. Systèmes d'unités
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1.9. Optimisation
Chapitre 2 : Simulation des procédés

2.1. Introduction
2.2. Présentation du schéma de procédé
2.3. Programmes de simulation de bioprocédés
2.4. Spécification des composants et modèles de propriétés physiques
2.5. Simulation des opérations unitaires
2.6. Modèles usilisés
2.7. Schéma de recyclage standard
2.8. Optimisation du diagramme de flux
2.9. Simulation dynamique
Chapitre 4 : Coût et évaluation de projet

3.1. Introduction
3.2. Coûts, revenus et bénéfices
3.3. Estimation des coûts en capital
3.4. Estimation des coûts de production et des revenus
3.5. Impôts et amortissement
3.6. Financement de projets
3.7. Évaluation économique des projets
3.8. Analyse de sensibilité
3.9. Sélection du portefeuille de projets
Chapitre 5 : Informations et données de conception

4.1. Introduction
4.2. Sources d'information sur les procédés de fabrication
4.3. Sources générales de propriétés physiques
4.4. Précision requise des données techniques
4.5. Prédiction des propriétés physiques
4.6. Densité
4.7. Viscosité
4.8. Conductivité thermique
4.9. Capacité calorifique spécifique
4.10. Enthalpie de vaporisation (chaleur latente)
4.11. Pression de vapeur
4.12. Coefficients de diffusion (diffusivités)
4.13. Tension superficielle
4.14. Constantes critiques
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4.15. Enthalpie de réaction et enthalpie de formation
4.16. Données d'équilibre de phase
Chapitre 5 : Sécurité et prévention des pertes

5.1. Introduction
5.2. Risques liés aux matériaux
5.3. Risques liés au processus
5.4. Analyse de la sécurité des produits et des processus
5.5. Analyse de l'effet du mode de défaillance
5.6. Indices de sécurité
5.7. Études de danger et d'opérabilité
5.8. Analyse quantitative des risques
5.9. Listes de contrôle de sécurité
Chapitre 6 : Sélection, spécification et conception de l'équipement

6.1. Introduction
6.2. Canalisationet instrumentation
6.3. Matériaux de construction
6.4. Équipement de séparation et de purification
6.5. Équipement de transfert de chaleur
Chapitre 7 : Considérations générales sur le site

7.1. Introduction
7.2. Emplacement de l'usine et sélection du site
7.3. Aménagement du site
7.4. Aménagement de l'usine
7.5. Utilitaires
7.6. Considérations environnementales
Chapitre 8 : procédés et design de bioréacteurs pour la production industrielle d'enzymes

8.1. Choix des micro-organismes et paramètres de fermentation optimaux
8.2. Choix et conception des bioréacteurs
8.3. Outils informatiques dans la production d'enzymes
- Modèles et cinétiques de production d'enzymes
- Calcul évolutif et modèles intelligents
Programme des TP :
1 : Généralités :
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- Définition de la simulation.
- Modélisation mathématique.
- Les simulateurs commerciaux (ANSYS, HYSYS, Aspen, Prosim, etc.).
- Eléments constitutifs d’un simulateur de procédés, présentation du logiciel choisi.
2 : Débuter avec ANSYS :

- Création d’une simulation
- Sélection de la liste des composés
- Sélection du modèle thermodynamique
- Se familiariser avec la feuille de simulation
- Installation et spécification des courants de matière.
3 : Modèles thermodynamiques:
- Equations d’état
- Prédiction des propriétés physiques des corps purs et des mélanges
- Calcul des équilibres liquide-vapeur.
4 : Simulation de bioréacteurs
- Simulation d’unbioréacteur à réservoir agité en continu (Continuous Stirred Tank
Bioreactor)
- Simulation d’unbioréacteur à colonne à bulles (Bubble Column Bioreactor)
- Simulation d’unbioréacteur de transport aérien (Airlift Bioreactor)
- Simulation d’un bioréacteur à lit fluidisé (Fluidized Bed Bioreactor)
- Simulation d’unbioréacteur à lit emballé (Packed Bed Bioreactor)
5 : Exemples de simulation de bioprocédés

- Simulation de la fermentation bactérienne
- Simulation de la productionde bioéthanol

- Asenjo, J. A. (1994). Bioreactor system design. CRC Press.
- Babel, W., Endo, I., Enfors, S. O., Fiechter, A., Hoare, M., Hu, W. S., ... & Zhong, J. J. (2007).
Advances in biochemical engineering/biotechnology. Cell, 107.
ESSB-
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- Beg, S., Al Robaian, M., Rahman, M., Imam, S. S., Alruwaili, N., & Panda, S. K. (Eds.). (2020).
Pharmaceutical drug product development and process optimization: effective use of
quality by design. CRC Press.
- Helmus, F. P. (2008). Process plant design: project management from inquiry to
acceptance. John Wiley & Sons.
- Huitt, W. M. B. (2016). Bioprocessing Piping and Equipment Design: A Companion Guide
for the ASME BPE Standard. John Wiley & Sons.
- Liu, S. (2020). Bioprocess engineering: kinetics, sustainability, and reactor design.
Elsevier.
- Moran, S. (2016). Process plant layout. Butterworth-Heinemann.
- Moran, S. (2019). An applied guide to process and plant design. Elsevier.
- Petrides, D. (2000). Bioprocess design and economics. Bioseparations Science and
Engineering, 1-83.
- Tarafdar, A., Sirohi, R., Gaur, V. K., Kumar, S., Sharma, P., Varjani, S., ... & Sim, S. J. (2021).
Engineering interventions in enzyme production: Lab to industrial scale. Bioresource
technology, 124771.
- Towler, G., & Sinnott, R. (2021). Chemical engineering design: principles, practice and
economics of plant and process design. Butterworth-Heinemann.
- Ullmann, F. (2005). Ullmann's chemical engineering and plant design. Wiley-VCH.
- Michael E. Hanyark Jr., Chemical Process Simulation and the Aspen HYSYS Software,
CreateSpace Independent Publishing Platform, 2012.
- Hossein Ghanadzadeh Gilani, Katia Ghanadzadeh Samper, Reza Khodaparast Haghi,
Advanced Process Control and Simulation for Chemical Engineers, CRC Press, 2012.
- Alexandre Dimian, Integrated Design and Simulation of Chemical Processes, Elsevier,
2003.
- Amiya K. Jana, Chemical Process Modeling & Computer Simulation, PHI Learning Pvt. Ltd.,
2008.
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PROGRAMME : Atelier de Génie Enzymatique
Semestre : 5
Matière : Atelier de Génie Enzymatique
Crédits : 5
Coefficient : 3
Les étudiants doivent utiliser les connaissances préalablement acquises et les compétences
développées durant les semestres précédant pour réaliser des projets ayant comme grande
thématique : L’amélioration de la stabilité des enzymes industrielles.
Nous visons à ce que les étudiants prennent conscience, à la fois théoriquement et pratiquement,
d'une application majeure des enzymes dans l'industriequi est l’application dans les détergents et
aussi de la manière dont divers paramètres affectent l'action du produit industriel final. Par
conséquent, les étudiants apprennent qu'en plus de la température et du pH, d'autres facteurs, tels
que la force ionique, les tensioactifs et les agents oxydants, peuvent affecter la réaction
enzymatique, et comment chacun de ces paramètres physiques et chimiques doit être pris en
compte et optimisé pour qu'une réaction enzymatique soit précise et reproductible.
Dans ce sens, les étudiantsutiliseront la mutagénèse aléatoire pour améliorer la stabilité des
enzymes produites. Les discussions dirigées par les instructeurs, ainsi que les expériences
réalisées, aident à donner au problème un contexte et un cadre conceptuel.L'enseignement de
cette matière se fait sous forme d'un workshop de 10 jours (continus).
Des connaissances préalables en enzymologie et en génie enzymatique.
Jour 0 Ouverture et explication.

Jour 1 Préparation des solutions et des milieux de culture.
Production des enzymes (amylase, protéase, lipase) par une souche de Bacillus sp.
Jour 2 Extraction et caractérisation des enzymes :
Stabilité thermique, stabilité alcaline, effet des ions métalliques, effets des
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tensioactifs et des agents oxydants.
Jour 3-5 Mutagenèse aléatoire pour l’amélioration de la stabilité des enzymes.
Jour 6 Sélections des mutants hyper producteurs d’enzymes.
Jour 7 Comparaison entre les enzymes produites par la souche parentale et celles des
mutants.
Sélection du mutant ayant les caractéristiques désirées en termes de stabilité.
Production des enzymes.
Jour 8 Extraction et précipitation des enzymes.
Jour 9 Tests de détergence.
Jour 10 Débat et clôture.
- DiCosimo, R., McAuliffe, J., Poulose, A. J., and Bohlmann, G. (2013) Industrial use of
immobilized enzymes. Chemical Society reviews 42, 6437–74.
- U. Nair, N., A. Denard, C., and Zhao, H. (2010) Engineering of Enzymes for Selective
Catalysis. Current Organic Chemistry.
- Shaw, A., and Bott, R. (1996) Engineering enzymes for stability. Current Opinion in Structural
Biology.
- Davids, T., Schmidt, M., Böttcher, D., and Bornscheuer, U. T. (2013) Strategies for the
discovery and engineering of enzymes for biocatalysis. Current Opinion in Chemical
Biology.
-
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PROGRAMME : Atelier d’Entrepreneuriat
Semestre : 5
Matière : Atelier d’Entrepreneuriat
Crédits : 4
Coefficient : 2
Le but de cette unité d’enseignement est de doter les étudiants de compétences leur permettant
de se lancer dans la création d’entreprises à partir des projets développés dans les différents
ateliers. L’atelier est organisé sous forme d'un workshop de 8 jours et aura comme thème
« la création d’une entreprise de production/application d’enzymes ».
Aucune.
Jour 0 : Ouverture et explication
Jour 1 : Notions de bases en entrepreneuriat.
Jours 2-7 : Réalisation des projets
- Analyse SWOT
- Markéting
- Calcul des couts
- Management
Jour 8 : Evaluation des projets, débat et clôture.

- Adams, D. J., & Sparrow, J. C. (2008). Enterprise for Life Scientists: Developing Innovation
and Entrepreneurship in the Biosciences. Bloxham: Scion.
- Shimasaki, C. D. (2014). Biotechnology Entrepreneurship: Starting, Managing, and
Leading Biotech Companies. Amsterdam: Elsevier. Academic Press is an imprint of Elsevier.
ESSB-
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- Onetti, A., & Zucchella, A. Business Modeling for Life Science and Biotech Companies:
Creating Value and Competitive Advantage with the Milestone Bridge. Routledge.
- Jordan, J. F. (2014). Innovation, Commercialization, and Start-Ups in Life Sciences.
London: CRC Press.
- Desai, V. (2009). The Dynamics of Entrepreneurial Development and Management. New
Delhi: Himalaya Pub. House.
ESSB-
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PROGRAMME : Visites Industrielles
Semestre : 5
Matière : Visites Industrielles
Crédits : 1
Coefficient : 1
L'apprentissage intégré au travail (WiL) est reconnu comme un moyen précieux d'aider les
étudiants à adapter et à appliquer les compétences et les connaissances qu'ils ont acquises
pendant le cours à un lieu de travail hautement qualifié. Cette unité vise à préparer les étudiants à
intégrer le monde du travail en identifiant et en consolidant les compétences requises en milieu de
travail, y compris la compréhension de la chaine de production dans une usine, l'élaboration d'un
curriculum vitae professionnel, une demande d'emploi et des compétences en entretien.
Aucune.
1. Service du personnel : simulation d’entretien d’embauche

2. Description de l'entreprise
3. Organisation de l'entreprise
4. L’entreprise et son marché
5. Fonctionnement de la chaîne de production
6. La main d'œuvre de la chaîne de production
7. Rédaction du rapport de stage
8. Exposé oral.
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- Anderson, G., Boud, D., & Sampson, J. (2014). Learning contracts: a practical guide. City:
Routledge.
- Bolles, R. N (2013) What Colour is Your Parachute: 2014: A practical manual for job hunters
and career changers. Berkeley: Ten Speed Press
- Boud, D. and Walker, D. (1991). Experience and learning: reflection at work. Geelong, Vic:
Deakin University
- Bright, J. (2001) Job hunting for dummies. Warriewood: Hungry Minds
- Nierenberg, A.H. (2005). Winning the interview game: everything you need to know to land
the job. New York : American Management Association
- Parker, Y and Brown, B (2012). The Damn Good Resume Guide: A crash course in resume
writing (5th ed) Berkeley: Ten Speed Press
- Villiers, A.D. (2011). How to write and talk to selection criteria: improving your chances of
winning a job. Hawker, ACT: Mental Nutrition
- Yorke, M. and P. Knight (2006). Embedding employability into the curriculum. Place” Higher
Education Academy.
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PROGRAMME : Biosécurité et Bioéthique
Semestre : 5
Matière : Biosécurité et Bioéthique
Crédits : 1
Coefficient : 1
Les objectifs de ce cours sont :
• Comprendre qu’est-ce que la biosécurité et l'évaluation des risques des produits dérivés de la
biotechnologie et la réglementation de ces produits ;
• Se familiariser avec les enjeux éthiques de la recherche biologique. Ce cours se concentrera sur
les conséquences des technologies de recherche biotechnologique telles que le clonage
d'organismes entiers, les modifications génétiques, les tests ADN.
• Acquérir des connaissances sur la biosécurité et l'évaluation des risques des produits dérivés de
la recherche sur l'ADN recombinant et de la dissémination dans l'environnement d'organismes
génétiquement modifiés, les réglementations nationales et internationales ;
• Comprendre les aspects éthiques liés à la recherche biologique, biomédicale, sanitaire et
biotechnologique.

Aucune.
Partie 1 : Biosécurité
1. Introduction à la biosécurité
1.1. Aperçu de la biosécurité
1.2. L'évaluation des risques
1.3. Protocole de Cartagena sur la biosécurité
1.4. Renforcement des capacités
2. OGM : Préoccupations et défis

2.1. Introduction
2.2. Technologie transgénique
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2.3. Flux de gènes
2.4. Opportunités et défis futurs
3.Mécanisme national et international de réglementation des OGM

3.1. Introduction
3.2. Organismes de réglementation internationaux
3.3. Organismes de réglementation nationaux
3.4. Mesures réglementaires pour la biosécurité
3.5. Règles pour la fabrication et le stockage des micro-organismes dangereux et des OGM
3.6. Gestion de la biosécurité
4. Biosécurité des produits génétiquement modifiés

4.1. Produits génétiquement modifiés et Technologie de l'ADN Recombinant
4.2. Évaluation des risques des produits issus de la Technologie de l'ADN Recombinant
4.3. Régulation de la Technologie de l'ADN Recombinant
4.4. Permis de circulation et d'importation d'OGM
4.5. Exemples de produits développés à partir de la Technologie de l'ADN Recombinant et leurs
problèmes de biosécurité
- Insuline recombinante
- Hormone de croissance humaine
- Hormone de croissance bovine
- Tryptophane recombinante
4.6. Biosécurité en thérapie génique
4.7. Évaluation de la sécurité écologique des organismes recombinants
5. Allergénicité : évaluation des aliments génétiquement modifiés

5.1. Introduction
5.2. Allergie alimentaire
5.3. Allergènes et OGM
6. Analyse de risques
6.1.Introduction
6.2. Évaluation des risques
6.3. Gestion des risques
6.4. Communication des risques
6.5. Évaluation des risques pour les micro-organismes génétiquement modifiés
6.6. Évaluation des risques pour les cultures génétiquement modifiées
6.6.1. Événements empilés
6.6.2. Analyse des risques phytosanitaires pour les organismes de quarantaine
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6.7. Évaluation des risques pour les animaux transgéniques
6.7.1. Organisation mondiale de la santé animale
6.8. Évaluation de l'innocuité des aliments dérivés d'organismes génétiquement modifiés
6.8.1. Commission du Codex Alimentarius
6.8.2. Surveillance post-libération
6.9. Évaluation de l'innocuité dans les essais cliniques
6.10. Principe de précaution dans la réglementation des OGM
7. Biosécurité en laboratoire et bonnes pratiques de laboratoire

7.1.Introduction
7.2. Catégories de risque des micro-organismes
7.3. Niveaux de biosécurité
7.3.1. Confinement physique
7.3.2. Confinement biologique
7.4. Confinement physique et biologique pour la recherche impliquant des plantes
7.5. Confinement physique et biologique pour la recherche impliquant des animaux
7.6. Bonnes pratiques de laboratoire
8. Considérations de sécurité de l’ADN recombinant dans les applications à grande échelle et

bonnes pratiques de fabrication
8.1. Présentation
8.2. Considérations de sécurité pour les applications industrielles d'organismes dérivés des
Technologies de l'ADN Recombinant
8.3. Bonnes pratiques industrielles à grande échelle
8.4. Considérations de sécurité pour la dissémination sur le terrain/le marché des OGM et/ou de
leurs produits
8.4.1. Considérations de sécurité pour la dissémination sur le terrain de cultures
génétiquement modifiées (GM)
8.4.2. Considérations de sécurité pour la libération sur le terrain d'animaux génétiquement
modifiés
8.4.3. Considérations de sécurité pour la commercialisation des aliments issus
d'organismes génétiquement modifiés
8.4.4. Considérations de sécurité pour l'approbation du marché des produits
biopharmaceutiques
8.4.5. Considérations de sécurité pour l'approbation du marché des biosimilaires
8.5. Bonnes pratiques de fabrication
Partie 2 : Bioéthique
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1. Introduction à la bioéthique
1.1. Ethique et bioéthique
1.2. La bioéthique et sa portée
1.2. Différentes approches de l'éthique
1.3. « Valeurs », « Morale » et « Éthique »
1.4. Théories en éthique
1.5. Promouvoir une science éthiquement saine
1.6. Problèmes éthiques en biotechnologie
1.6.1 Éthique environnementale
1.6.2 Enjeux éthiques de la biotechnologie végétale
1.6.3 Droits des animaux et utilisation des animaux dans la recherche médicale
1.6.4 Problèmes éthiques dans les essais cliniques humains
1.7.De l'éthique médicale à l'éthique biomédicale
2. Gènes, Génomes et Génomique

2.1 Introduction
2.2 Le développement du concept de gène
2.3. Le projet du génome humain (HGP)
2.4. Implication éthique, juridique et sociale
2.5. Réductionnisme génétique
3. Clonage
3.1. Clonage d'animaux
3.4.1.Dolly
3.4.2. Progrès dans le clonage après Dolly
3.4.3 Problèmes éthiques liés au clonage d'animaux
3.4.4. Lois et politiques publiques sur le clonage reproductif chez les animaux
3.2. Clonage humain
4.2.1 Considérations éthiques
4.2.2 Lois et politiques publiques sur le clonage reproductif chez l'homme
4. Recherche sur les cellules souches

4.1. Introduction
4.2. Sources de cellules souches
4.2.1. Cellules souches embryonnaires
4.2.2. Transfert nucléaire - Cellules souches embryonnaires
4.2.3. Cellules souches fœtales
4.2.4. Cellules souches de sang de cordon ou cellules souches néonatales
4.2.5. Cellules souches adultes
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4.2.6. Cellules souches pluripotentes induites
4.2.7. Acquisition déclenchée par un stimulus de cellules pluripotentes (STAP)
4.3. Bénéfice pour la société
4.3.1 Comprendre la différenciation cellulaire
4.3.2 Étudier la progression de la maladie
4.3.3 Médecine régénérative
4.3.4 Génie tissulaire
4.3.5 Cultiver des organes pour la transplantation
4.3.6 Modifier les pratiques biomédicales actuelles pour le traitement du cancer
4.3.7 Identifier les cibles médicamenteuses et tester les thérapies potentielles
4.3.8 Tests de toxicité
4.4. Problèmes éthiques dans la recherche sur les cellules souches
4.4.1 Statut moral des embryons
4.4.2.Trafic d'organes des fœtus avortés
4.5.3. Exploitation des femmes dans la recherche sur les cellules souches
4.5. Problèmes éthiques liés à la traduction des cellules souches
4.5.1. Essais cliniques utilisant des cellules souches
4.5.2. Lignes directrices pour la traduction clinique des cellules souches
4.6. Politiques de recherche sur les cellules souches
5.7. Le rôle de la politique et de l'opinion publique dans l'élaboration de la politique sur les
cellules souches
5. Technologie de l’ADN recombinant et organismes génétiquement modifiés
5.1. Les OGM et la nouvelle industrie biotechnologique
5.1.1. Protéines recombinantes
5.1.2. Anticorps recombinants
5.1.3. Pharming
5.2. Cultures génétiquement modifiées (cultures GM)
5.2.1. Problèmes de santé et de sécurité
5.2.2. Préoccupations environnementales
5.2.3. Préoccupations éthiques et socio-économiques
5.4. Animaux transgéniques
5.4.1. Modèles de maladies
5.4.2. Augmenter la production alimentaire
5.4.3. Production de protéines pour l'industrie
5.4.4.Contrôle des vecteurs de maladies
5.4.5. Animaux de compagnie
5.4.6. Animaux hypoallergéniques
ESSB-
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5.5. Organismes synthétiques
5.6. Défis dans les applications de la technologie de l'ADNr et de la libération d'OGM
5.6.1. Effet sur l'environnement
5.6.2. Effet sur la biodiversité
5.6.3. Effet sur les normes socioculturelles
5.6.4. Effet sur le statut socio-économique des agriculteurs
5.7. Objections au génie génétique et aux OGM
5.8. OGM et « biopolitique »
6. Bioterrorisme et recherche à double usage préoccupant

6.1.Introduction
6.2. Bioterrorisme
6.2.1. Armer les microbes
6.2.2. Les armes biologiques dans l'histoire
6.3. La Convention de 1972 sur les armes biologiques
6.4. Mesures de biosécurité pour prévenir le bioterrorisme
6.5. Approche des États-Unis au bioterrorisme
6.6. Approche de l'Union européenne au bioterrorisme
6.7. Programmes de biodéfense
6.8. Recherche préoccupante à double usage
6.8.1. Responsabilités fondamentales des scientifiques de la vie en ce qui concerne la
recherche à double usage préoccupante
7. Test génétique, discrimination génétique et droits humains

7.1.Introduction
7.2. Tests génétiques
7.3.Exceptionnalisme génétique
7.4. Discrimination génétique
7.5. Implication éthique, légale et sociale (ELSI)
7.5.1. Le projet ELSI du génome humain
7.5.2. Programmes internationaux et nationaux sur ELSI
7.6. Mécanismes de prévention de la discrimination génétique
7.6.1. Plaidoyer basé sur les droits
7.6.2. Politique et outils basés sur les droits
7.6.3. Législation
8. Biodiversité et partage des ressources biologiques

8.1.Introduction
8.2. Concept de biodiversité
ESSB-
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8.2.1. Les fonctions de la biodiversité
8.2.2. Bioprospection
8.2.3. Préoccupations concernant la bioprospection
8.3. La Convention des Nations Unies sur la diversité biologique
8.3.1. Conférence des Parties
8.3.2. Lignes directrices de Bonn sur l'accès aux ressources génétiques et le partage juste
et équitable des avantages découlant de leur utilisation (Lignes directrices de Bonn sur l'APA,
2001)
8.3.3. Le Protocole de Nagoya sur l'accès et le partage des avantages
8.4. La Convention des Nations Unies sur le droit de la mer
8.5. Traité international de la FAO sur les ressources phytogénétiques pour l'alimentation et
l'agriculture
8.5.1. Obligations d'accès et de partage des avantages (APA)
8.5.2. Propriété intellectuelle et droits des agriculteurs
8.5.3. Centres de conservation ex situ
8.6. Importance régionale et nationale et cadres APA
8.6.1. Catégorie 1 : Pays sans lois nationales spécifiquement consacrées à l'APA
8.6.2. Catégorie 2 : Pays avec une loi sur la biodiversité ou l'environnement
Avec des dispositions sur l'APA
8.6.3. Catégorie 3 : Pays dotés de lois nationales spécifiquement consacrées à l'APA

- Goel, D., & Parashar, S. (2013). IPR, Biosafety and Bioethics. Pearson Education India.
- Hennoun, M. La protection des droits de propriété intellectuelle et son incidence sur le
développement en Algérie (Doctoral dissertation, Ecole Nationale Supérieure des Sciences
Politiques).
- http://e-services.inapi.org/SITE/?Rub=Page&ID=1
- Lakhlef, S. (2016). Guide sur le Brevet D'invention _Procedures de dépôt en Algérie et à
l'étranger.CENTRE DE RECHERCHE SUR L’INFORMATION SCIENTIFIQUE ET
TECHNIQUE - CERIST
- Nambisan, P. (2017). An introduction to ethical, safety and intellectual property rights
issues in biotechnology. Academic Press.
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PROGRAMME : English for Biologists – Advanced
Semestre : 5
Matière : English for Biologists – Advanced
Crédits : 1
Coefficient : 1
Unit 1: Basic rules of manuscript language.
- Overview of manuscript language.

- Tenses.
- Grammar.
- Sentences.
- Paragraphs.
Unit 2: Classic errors to avoid when writing manuscript.
Unit 3: Thesis defence.
- What is a thesis defence?

- How to start your presentation?
- Formulate the research problem and objectives
- Describe the methods.
- Describe and discuss the results.
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- Conclusion and perspectives.
- Work on the transitions.
- How to end your presentation.
Unit 4: Congratulations, you've graduated! now what?
- What do you want to do?

- Preparing job interview.
- Writing your curriculum.
- Writing a cover letter.
- Applying for a scholarship.

- Parija, S. C., & Kate, V. (Eds.). (2018). Thesis Writing for Master's and Ph. D. Program.
Springer.
- Griffies, S. M., Perrie, W. A., & Hull, G. (2013). Elements of style for writing scientific journal
articles. Publishing Connect, Elsevier, 20-50.
- Murray, R. (2015). EBOOK: How to Survive Your Viva: Defending a Thesis in an Oral
Examination. McGraw-Hill Education (UK).
- HASSAN, S., & SHIRATUDDIN, N. Surviving Your Viva.
ESSB-
ORAN
SEMESTRE 6
UEF1 (O/P)
Projet de fin d’études
ESSB-
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PROGRAMME : Projet de Fin d’Etudes
Semestre : 6
Crédits : 30
Coefficient : 17
Les objectifs du projet de fin d’études sont de préparer les étudiants à s'adapter à l'environnement
de la recherche et à comprendre comment les projets sont exécutés dans un laboratoire. Il
permettra également aux étudiants d'apprendre les aspects pratiques du génie enzymatique et de
former les étudiants à l'art de l'analyse et de la rédaction de thèses.
Résultats d'apprentissage des étudiants :
Les étudiants devraient être capables d'apprendre comment sélectionner et défendre un sujet de
leur recherche, comment planifier, exécuter, évaluer et discuter efficacement leurs expériences.
Les étudiants devraient être en mesure de démontrer une amélioration considérable dans les
domaines suivants :
• Connaissance approfondie du domaine de recherche choisi.

• Capacité à intégrer de manière critique et systématique les connaissances pour identifier les
problèmes qui doivent être traités dans le cadre d'une thèse spécifique.
• Compétence dans la conception et la planification de la recherche.
• Capacité à créer, analyser et évaluer de manière critique différentes solutions techniques.
• Capacité à mener des recherches de manière indépendante.
• Aptitude à appliquer des techniques analytiques/méthodes expérimentales.
• Compétences en gestion de projet.
• Compétences en rédaction de rapports.
• Des talents pour la résolution des problèmes.
• Compétences en communication et relations interpersonnelles.
b) Contenu de la matière
Planification et réalisation d'expériences
Sur la base de la proposition de projet soumise au semestre précédent, les étudiants devraient
être capables de planifier et de s'engager dans une enquête critique indépendante et soutenue et
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d'évaluer un sujet de recherche choisi pertinent pour le domaine du génie enzymatique et la
société. Ils devraient être en mesure d'identifier systématiquement la théorie et les concepts
pertinents, de les relier aux méthodologies et aux preuves appropriées, d'appliquer les techniques
appropriées et de tirer les conclusions appropriées. Les étudiants doivent être en mesure de
travailler de manière indépendante et soient capables de comprendre le but de chaque expérience
qu'ils réalisent. Ils devraient également être en mesure de comprendre les résultats possibles de
chaque expérience.
Rédaction du manuscrit
À la fin de leur projet, une thèse doit être écrite donnant tous les détails tels que l'objectif, la
méthodologie, les résultats, la discussion et les travaux futurs liés à leur projet. Les étudiants
peuvent viser à faire publier leurs résultats de recherche dans une revue à comité de lecture. Si les
résultats de la recherche ont des résultats orientés vers l'application, les étudiants peuvent
déposer une demande de brevet.
c) Mode d’évaluation :
Manuscrit : 50 % ; Soutenance : 50 %.
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ORAN

Offre de Formation Génie Enzymatique ESSBO - 13-05-2022

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REPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ET POPULAIRE

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR

OFFRE DE FORMATION INGENIORAT

Domaine : SCIENCES DE LA NATURE ET DE LA VIE

Spécialité : GENIE ENZYMATIQUE

‫الميدان‪:‬علوم الطبيعة والحياة‬

‫السنة الجامعية‪2022-2021 :‬‬

I- Fiche d’identité de l’ingéniorat 1

3. Contexte et objectifs de la formation

C. Profils et compétences métiers visés

1 Saidi Djamel Physiologie Pr. Cours/td/tp.

Hadja Nutrition Clinique et

3 Gabed Noujoud Biologie moléculaire MCA Cours/td/tp.

4 Felidj Menel Ecologie Végétale MCA Cours/td/tp.

11 Belhadj Hanane Sciences de l'Environnement MCB Cours/td/tp.

14 Chekroun Chahinez Physiologie Végétale MCB Cours/td/tp.

15 El-Kebir Aslya Chimie des Polymères MCB Cours/td/tp.

16 Fodil Mostefa Biologie moléculaire MCB Cours/td/tp.

18 Medjdoub Lahouaria Chimie des Polymères MCB Cours/td/tp.

19 Rahli Fouzia Microbiologie appliquée MCB Cours/td/tp.

20 Choubane Slimane Biotechnologie MCB Cours/td/tp.

23 Haddi Abir Physiologie Animale MCB Cours/td/tp.

24 Guendouz Malika Physiologie Animale MCB Cours/td/tp.

Chimie organique minérale et

30 Ilias Wassila Immunologie MCB Cours/td/tp.

32 Yakoubi Fatima Physiologie Végétale MAA Cours/td/tp.

35 Henni Ibrahim Informatique MAA Cours/td/tp.

38 Mimoun Asmaa Biologie Végétale MAA Cours/td/tp.

39 Nasser Soraya INFORMATIQUE MAA Cours/td/tp.

Production Animale et Contrôle

Abiayad S.M.E.A. Pr Aquabior COURS / TP/ENC.

Chef du laboratoire ABIAYAD SIDI MOHAMED EL AMINE

Date : agréé en 2011 code 071

Avis du directeur du laboratoire : Favorable

D. Projet(s) de recherche de soutien à l’ingéniorat :

Intitulé du projet de Date du début Date de fin du

E. Espaces de travaux personnels et TIC :

VHS V.H hebdomadaire Mode d'évaluation

ESSB-ORAN Intitulé de l’Ingéniorat : Génie Enzymatique Page 9

ESSB-ORAN Intitulé de l’Ingéniorat : Génie Enzymatique Page 10

VHS V.H hebdomadaire Mode d'évaluation

ESSB-ORAN Intitulé de l’Ingéniorat : Génie Enzymatique Page 11

ESSB-ORAN Intitulé de l’Ingéniorat : Génie Enzymatique Page 12

ESSB-ORAN Intitulé de l’Ingéniorat : Génie Enzymatique Page 13

Unité d’Enseignement VHS Coeff Crédits

Séminaire Stage en entreprise Trav/perso Autre Continu Examen soutenance

Matière 1 : Projet de fin d’études 750 75 225 450 - 17 30 50 % 50 %

Total Semestre 6 750 75 225 450 - 17 30

ESSB-ORAN Intitulé de l’Ingéniorat : Génie Enzymatique Page 14

‫‪ESSB-ORAN‬‬ ‫‪Intitulé de l’Ingéniorat : Génie Enzymatique‬‬ ‫‪Page 15‬‬

‫‪ESSB-ORAN‬‬ ‫‪Intitulé de l’Ingéniorat : Génie Enzymatique‬‬ ‫‪Page 16‬‬

‫‪ESSB-ORAN‬‬ ‫‪Intitulé de l’Ingéniorat : Génie Enzymatique‬‬ ‫‪Page 17‬‬

‫‪ESSB-ORAN‬‬ ‫‪Intitulé de l’Ingéniorat : Génie Enzymatique‬‬ ‫‪Page 18‬‬

‫‪ESSB-ORAN‬‬ ‫‪Intitulé de l’Ingéniorat : Génie Enzymatique‬‬ ‫‪Page 19‬‬

‫‪ESSB-ORAN‬‬ ‫‪Intitulé de l’Ingéniorat : Génie Enzymatique‬‬ ‫‪Page 20‬‬

‫نوع التقييم‬ ‫الحجم الساعي األسبوعي‬

‫إمتحان مناقشة‬ ‫الحجم الساعي‬

‫وحدة التعليم األساسية‬

‫‪ESSB-ORAN‬‬ ‫‪Intitulé de l’Ingéniorat : Génie Enzymatique‬‬ ‫‪Page 21‬‬

b) Connaissances préalables recommandées

Chapitre 1 : Définitions et principes

Chapitre 2 : Calculs des bilans

Chapitre 3 : Bilans énergétiques