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UNIVERSITE DE YAOUNDE I
DEPARTEMENT DE MICROBIOLOGIE
PARTIE
MYCOLOGIE:
MICROCHAMPIGNONS
MOISISSURES-LEVURES
Année
Académique 2020-2021
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DOCUMENT PROPOSE PAR Dr TCHIKOUA
SOMMAIRE
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1-Définition de la Microbiologie
Branche de la biologie qui étudie les organismes de petite taille qui sont visibles à l’œil nu. Il faut un
microscope.
2-Branche de la biologie
5-La diversité cellulaire et la présence d’un noyau (ou pas) a permis la création des branches de
la microbiologie avec pour objectif, l’étude de chaque organisme (ou élément) selon ca
spécificité
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III-MYCOLOGIE
La MYCOLOGIE: est la Science qui étudie les champignons ou
mycètes, organismes eucaryotes, uni ou pluricellulaire. Il existe 2 types de
mycètes :
-Les Macromycètes ou macrochampignons sont des champignons à pied et
à- chapeau qui ont leur appareil reproducteur visibles à l'œil nu.
TEST DE CONNAISSANCES :
-Différences et similitudes macroscopiques entre les Macromycètes et les micromycètes
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-Définir Mycologie
-Quelles est la différence entre le règne des micromycètes et celui des bactéries?
-Quel sont les deux types de Mycète connus?
-Quelle est la différence entre les Microchampignons et Macrochampignons?
(Corps de fructification visible)
-Pourquoi les Macrochampignons ne sont pas étudiés en microbiologie. Quelle
branche de la biologie doit les étudier ? Pourquoi ?
-Quel est le point commun entre les Microchampignons et Macrochampignons?
-Existe-t-il une différence entre le Mycélium des Macromycète et le mycélium des
Micromycètes?
-Schématisez et annotez une cellule fongique
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1-1-Caractéristiques du thalle
Thalle fongique est le corps végétatif généralement filamenteux et multicellulaires, mais pour
certains groupes, ils sont unicellulaires ou plasmodium. Diverses structures reproductives se
différencient à partir de ces thalles et sont utilisées comme critères de classification fongique. Le
thalle filamenteux des champignons est formé par des hyphes qui sont des filaments tubulaires
microscopiques, souvent ramifiées en différentes directions et se développant à la surface et/ou à
l’intérieur du substrat à partir duquel les champignons se nourrissent. Types de thalle :
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A-MASTIGOMYCOTINA
Les Mastigomycotina qui sont très rarement impliqués en pathologie humaine, se répartissent
en deux classes : les Chytridiomycètes et les Oomycètes. Ils sont caractérisés par la présence de spores
munies de flagelles (un pour les Chytridiomycètes, deux pour les Oomycètes). Cependant, aujourd’hui
la nomenclature ne retient dans le règne des champignons, que les Chytridiomycètes, en raison de la
présence de chitine dans leur paroi et de leur nutrition qui se fait par absorption.
*TEST DE CONNAISSANCES
-Pourquoi les Chytridiomycètes ont été retenu dans le règne des champignons et non les
Oomycètes ?
-Décrire le mode de reproduction asexué et sexué chez les Mastigomycètes
-Chez les Chytridiomycètes, la zoospore à combien de flagelles ?
-Définitions :
*Zoospore : Cellules nageuses pourvues de un ou deux flagelles, qui existent dans toutes les
classes à l'exception des Zygomycètes.
*Zoospore haploïde : Organisme ou un tissu dont les cellules sont à 1n chromosome.
*Gamétange : Organe des végétaux dans lequel sont produits les gamètes mâle ou femelle
*Gamétophyte : Individu produisant des gamètes
*Sporophyte: Organisme producteur de spores d'une espèce à reproduction sexuée.
*Sporange: Organe qui renferme ou produit les spores.
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B -ZYGOMYCOTINA
Ce sont des champignons microscopiques composés essentiellement d’hyphes plurinucléés.
Cette division qui est caractérisée par la production de spores sexuées appelées zygospores, comporte
de nombreux pathogènes.
*TEST DE CONNAISSANCES
-Décrire le mode de reproduction Asexué et sexué chez les Zygomycètes
-Chez les Zygomycètes, la zoospore à combien de flagelles ?
-Définitions :
*Zygospore : Spore sexuée caractérisant les Zygomycètes
*Columelle : Prolongement de l'axe du sporocystophore de forme globuleuse
*Sporocystophore : Filaments porteurs des organes de reproduction (sporocystes ou sporanges).
*Sporocystes : Cellule qui contient les spores asexuelles chez les champignons inférieurs
*Sporangiophores : Support des sporanges
*Stolon : hyphes aériennes grâce auxquelles le champignon se dissémine. Chez les plantes, c’est une
tige grêle partant de la base de la tige principale qui s'allonge à la surface du sol en donnant de temps en temps
une petite touffe de feuilles qui deviendront une nouvelle plante.
*Hyphe : (féminin ou masculin) filament tubulaire cloisonné ou non cloisonné (septé ou non septé)
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C - ASCOMYCOTINA
Ce sont des champignons macroscopique et microscopique. Dans ce groupe, on dénombre
aussi un grand nombre de pathogènes de l’homme (levures ascosporées, champignons filamenteux
tels que les Aspergillus, les dermatophytes, …). Les spores issues de la reproduction sexuée (appelées
ascospores) sont produites de manière endogène à l’intérieur d’un sac appelé asque.
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*TEST DE CONNAISSANCES
-Décrire le mode de reproduction asexué et sexué chez les Ascomycètes
-DEFINITIONS :
-Ascocarpe, désigne l'appareil fructifère chez les champignons Ascomycètes, un fruit
en forme d'outre.
-Ascogone : désigne le gamétocyste femelle
-Ascospore : Spore sexuée produite de manière endogène à l’intérieur d’un asque et
caractéristique des Ascomycètes.
-Asque : est une cellule reproductrice, caractéristique des champignons
ascomycètes, à l'intérieur de laquelle se forment en général huit spores (ascospores,
endospores).
-Caryogamie : C’est une fusion des noyaux. Il s'agit le plus souvent des noyaux de
deux gamètes de sexe opposé.
-Conidies : C’est une spore fongique asexuée de certains Ascomycètes dont les
parois ne sont pas épaissies. Cette spore fongique est formée par fragmentation d'une
hyphe. Elles participent donc à la reproduction asexuée. Aussi appelée conidiospore,
-Méiose : C’est un mode de division cellulaire conduisant à une réduction de moitié
du nombre de chromosomes de chaque cellule fille.
-Mycélium : C’est la totalité de tous les hyphes, les cellules filamenteuses d'un
champignon (lichen inclus). Les corps végétatifs de la plupart des champignons sont
constitués de filaments unicellulaires appelés hyphes
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D -BASIDIOMYCOTINA
Ils sont caractérisés par la production de spores sexuées (appelées basidiospores)
formées par bourgeonnement à l’apex de cellules allongées (les basides). Les Basidiomycètes
ont un thalle cloisonné avec présence de « boucles » au niveau des cloisons. Les cloisons des
filaments mycéliens (« clamp connexion ») comportent le plus souvent un pore central unique
de structure complexe appelé dolipore.
La plupart des Basidiomycètes sont des saprophytes de l’environnement ou parfois
des pathogènes de plantes, mais ils sont peu impliqués en pathologie humaine. Ceux qui
vivent en parasite chez l’homme sont le plus souvent des Cryptococcus. D’autres levures
appartenant aux genres Malassezia, Rhodotorula et Trichosporon dont les formes sexuées ne
sont pas connues, ont des caractères communs avec les Basidiomycètes.
Les Basidiomycètes comprennent deux groupes principaux : les Hétérobasidiomycètes
à basides divisées ou ramifiées et les Holobasidiomycètes à basides simples.
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TEST DE CONNAISSANCES
-Décrire le mode de reproduction Asexué et sexué chez les Basidiomycètes
-Quelles est la particularité des Deutéromycètes par rapport autre classe fongique
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2. Genre Penicillium
Ces champignons filamenteux, appartenant au phylum des Ascomycètes. Au point de vue
morphologique, les Penicillium se distinguent par leur organisation en pinceau. Le thalle, formé de
filaments mycéliens septés et hyalins, porte des conidiophores lisses ou granuleux, simples ou ramifiés
qui se terminent par un pénicille. Les phialides sont disposées en verticilles à l’extrémité des
conidiophores. Les phialides peuvent être insérées directement ou par l’intermédiaire d’une rangée de
métules, de deux rangées successives de métules, parfois de trois rangées de métules sur les
conidiophores.
Les phialides (cellules conidiogènes) donnent naissance à des conidies disposées en longues
chaînes.
Kératomycose otomycose
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3. Genre Fusarium
Le principal caractère morphologique des Fusarium est la présence des microconidies et
macroconidies fusiformes et cloisonnées. Les spores de ces moisissures sont en forme de fuseau. Les
conidiophores, parfois très ramifiés, forment sur le thalle des coussinets et portent des masses de
spores.
Les Fusarium sont, principalement, des phytopathogènes. Ces champignons contaminent les
céréales, les légumes, les arbres fruitiers provoquant des maladies nommées fusarioses. Le pouvoir
pathogène chez l’homme et les animaux est varié. Certaines espèces sont à l’origine des kératites et
endophtalmies, des ulcères cornéens, de péritonites et d’infections disséminées chez les patients
atteints d’hemopathie maligne.
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pauvres en eau comme les céréales au cours de stockage, les fruits secs, les produits dont l’activité
hydrique a été réduite (produits de salaison sèche, confitures,…). Par comparaison, les Fusarium ne
peuvent pas se développer que pour des Aw supérieurs à 0,9. Il s’agit donc d’espèces se développant
au champ, sur les plantes vivantes.
5.2. pH
Les micromycètes peuvent se développer dans une large gamme de pH ; elles se développent
normalement pour des pH compris entre 3 et 8, leur croissance étant normalement optimale entre 5 et
6. En raison de leur acidité (pH < 6) de nombreux aliments comme les légumes et les fruits sont
beaucoup plus exposés à une altération fongique que bactérienne.
5.4. Température
Les moisissures sont généralement mésophiles : la croissance des hyphes est optimale à 20-
25°C. En dehors de cet intervalle de température les hyphes se développent plus lentement. Les spores
de moisissures mésophiles ne peuvent pas germer à une température inférieure à 5°C, mais elles
peuvent résister longtemps aux basses températures allant jusqu’à -20°C.
Il existe aussi des espèces psychrophiles, comme, par exemple, Penicillium expansum, P.
verrucosum, P. viridicatum. Elles peuvent se développer, lentement, à des températures basses,
inférieures à 4°C. Ces espèces sont responsables des altérations d’aliments conservés au froid.
Les espèces thermophiles sont plus rares. C’est le cas de l’Aspergillus flavus. La température
optimale pour sa croissance est comprise entre 25 et 35°C, mais cette moisissure peut se développer
bien dans un intervalle plus large (15-45°C) et parfois jusqu'à 50°C.
5.5. Lumière
La lumière favorise la maturation des conidies et la germination des spores. Les moisissures
sont, généralement, indifférentes à l’action de lumière. Toutefois, certaines espèces ne supportent pas
la lumière et se développent dans des endroits obscurs (grottes);
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parfois certaines colonies peuvent avoir une apparence glabre (l’absence ou pauvreté du mycélium
aérien).
Le relief des colonies : il peut être plat ou plissé et la consistance des colonies peut être
variable (molle, friable, élastique ou dure).
La taille des colonies: Elle peut-être très variable en fonction des genres fongiques : petites
colonies (Cladosporium) ou au contraire, colonies étendues, envahissantes (Mucor, Rhizopus).
La couleur des colonies est un élément très important d’identification ; les couleurs les plus
fréquentes sont le blanc, le crème, le jaune, l’orange, le rouge allant jusqu’au violet ou le bleue, le vert,
le brun allant jusqu’au noir. Les pigments peuvent être localisés au niveau du mycélium (Aspergillus,
Penicillium) ou diffuser dans le milieu de culture (Fusarium).
Les structures de fructification : la présence ou l’absence, au centre de la colonie, des
structures de fructification sexuée (cléistothèces) ou asexuée (pycnides) est aussi un élément important
de diagnose.
6.1.2. Critères d’identification microscopique
Généralement, un examen à l’objectif 40 est suffisant pour mettre en évidence la plupart des
éléments importants de diagnose.
*Le thalle
Tous les champignons possèdent un appareil végétatif constitué de filaments (hyphes) qui,
ensemble, forment le thalle filamenteux ou le mycélium ; le thalle peut être siphoné ou septé :
- Le thalle siphoné, constitué d’éléments tubulaires peu ou pas ramifié, de diamètre large et
irrégulier (5-15 µm), non cloisonné est caractéristique des Zygomycètes ;
- Le thalle septé ou cloisonné, constitué de filaments de diamètre étroit (2-5 µm) et régulier,
divisé par des cloisons en articles uni ou pluricellulaires est caractéristique des Ascomycètes,
Basidiomycètes et Deutéromycètes.
*Les spores
Elles sont le produit de la reproduction asexuée peuvent être endogènes ou exogènes:
- Les spores endogènes (endospores) sont produites à l’intérieur d’un sac fermé (sporange),
porté par un filament spécialisé (sporangiophore). Ces spores, que l’on observe par exemple chez les
Mucorales, sont libérées par le déchirement de la paroi de sporange à maturité.
- Les spores exogènes (conidies), retrouvées chez les Ascomycètes, Basidiomycètes et
Deutéromycètes, sont formées par bourgeonnement à partir d’une cellule spécialisé (cellule
conidiogène).
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des méthodes outils d’identification reposant sur l’étude des acides nucléiques (ADN et ARN) et ne
nécessitant plus obligatoirement un examen morphologique.
Les méthodes les plus intéressantes sont basées sur l’amplification par PCR (polymerase chain
reaction) de certaines régions spécifiques comme le gène codant pour la sous-unité 28S ribosomale
(région D1-D2) et des régions ITS1 et ITS2.
L’identification moléculaire d’espèces fongiques est, à l’heure actuelle, surtout appliquée en
mycologie médicale pour différencier les espèces d’intérêt.
TEST DE CONNAISSANCE
-Donnez l’exemple de 02 champignons filamenteux appartenant aux Ascomycètes
-Définir mycotoxines et donner un exemple
-Quelles sont les maladies que peuvent causer les Aspergillus ?
-Apres avoir schématiser l’appareil végétatif et reproducteur d’Aspergillus, donnez les parties
-Définir : Conidies, Phialide, Vésicules, Métules et Condiophores
-Comment prévenir la contamination des aliments par les moisissures et les Aflatoxines ?
-Quelle peut être la conséquence d’être immunodéprimé après une contamination fongique ?
Expliquez
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2. Besoins physicochimiques
2.1. La température
Les températures d’incubation, sont généralement proches de celles qui permettent la
propagation des levures dans leurs environnements naturels et se situent entre 25°C et 30°C.
2.2. Le pH
Les levures présentent une tolérance élevée aux pH extrêmes. Elles tolèrent des
gammes très larges allant de 2.4 à 8.6. Entre ces valeurs, le pH intracellulaire est compris
entre 5.8 et 6.8.
2.3. L’aération
Les levures peuvent être classées selon leur mode de production énergétique, utilisant la
respiration ou la fermentation. En effet, toutes les levures sont capables de se développer en
présence d’oxygène , il n’y a pas de levures anaérobie strictes, certaines sont aérobies strictes et
d’autres sont aéro-anaérobies facultatives.
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3. Techniques d’identification
Les levures se distinguent des autres champignons par une taxonomie basée à la fois
sur des caractères culturaux, morphologiques, sexuels et physiologiques
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Les levures assimilent généralement l’ammonium, les peptones , les acides aminés et
parfois l’urée. Certains substrats azotés comme les nitrates, les nitrites, l ’éthylamine, la cadavérine,
l’urée, etc… ne sont utilisés que par certaines espèces ; propriété spécifique pour leur
identification.
a. Candidoses oropharyngées
-Forme pseudomembraneuse ou muguet
Ce sont des lésions blanches, jaunâtres qui sont confluentes en forme de placard, sorte
d’enduit crémeux blanchâtre qui est parfois pseudomembraneux que l’on a sur la langue, le palais, le
pharynx et la face interne des joues.
- Forme érythémateuse atrophique
C’est une muqueuse rouge, luisante avec une langue dépapillée très douloureuse. Cette
forme est majoritairement retrouvée chez les porteurs de prothèses dentaires.
- Forme hyperplasique
Il y a des lésions bourgeonnantes au niveau de la langue ou de la muqueuse jugale,
c’est plutôt retrouvé avec des cancers de l’oropharynx.
b-Candidoses digestives
-Candidose œsophagienne
Une endoscopie montre un muguet œsophagien avec une intense réaction inflammatoire
de la muqueuse qui va être plus ou moins ulcérée. Il y a fréquemment association avec la candidose
oropharyngée.
c-Candidose gastro-intestinale
Ça peut intéresser tout le tube digestif : de l’estomac jusqu’au colon. Ça va se traduire par des
diarrhées aqueuses avec des douleurs abdominales à la palpation et il y a des risques
d’hémorragies et de perforations.
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A B C D E F
Figure 15: Exemple en image de quelques maladies dues aux candidoses
A= Candidoses des muqueuses C= Erythémateuse atrophique E= Candidoses digestives
B= muguet D= Forme hyperplasique F= Candidose gastro-intestinale
d- Candidoses génitales
-Chez les femmes
On appelle ça une vulvo-vaginite à candida. C’est une infection gynécologique extrêmement
fréquente chez la femme qui est en période d’activité génitale. Les principaux symptômes qui amènent
la patiente à consulter sont des leucorrhées très abondantes (blanchâtres, aspect de lait caillé et un
prurit et brulures vulvaires intenses. La muqueuse est très érythémateuse et œdémateuse à
cause d’une importante réaction inflammatoire.
-Chez l’homme
Chez les homme, on parle de balanites ou des balanoposthites. Ça va se traduire par une
irritation intense de la muqueuse du gland : prurit, inflammation, douleurs de la verge. Présence
d’un enduit crémeux blanchâtre que l’on va retrouver dans les replis du sillon balano-préputial.
d-Candidoses urinaires
On a, comme pour une infection urinaire à bactérie, des urétrites, des cystites ou des
infections ascendantes.
4.1.2. Candidoses cutanées
Elles sont très souvent associées à une candidose des muqueuses, c’est rarement dû
à une contamination extérieure. Pour les candidoses, on va avoir des lésions des plis (un
intertrigo).L’intertrigo est un érythème suintant. Parfois on retrouve cet enduit crémeux blanchâtre au
fond du pli, qui est souvent crevassé, les bords de l’érythème sont mal délimités, souvent on va avoir
des lésions bilatérales eczématisées ou surinfectées, c’est assez prurigineux. L’intertrigo va toucher :
4.1.3. Candidoses unguéales
Le candida d’abord pénètre la sertissure péri-unguéale de l’ongle, ce qui donne un
bourrelet rouge douloureux qui entoure la base de l’ongle. Le périonyxis précède ou accompagne
toujours l’onyxis (l’atteinte de l’ongle). Les onyxis à candida s’observent essentiellement aux mains, et
notamment chez la femme. Probablement parce qu'elles sont plus exposées aux facteurs de risque
locaux : contact prolongé avec l’eau, les produits d’entretien, le port de gants de protection, les
microtraumatismes et les abus de soins de manucure.
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4.2. La Cryptococcose
C'est une mycose viscérale due à une levure: le cryptococcus néoformans. Sa particularité est
que c'est une levure qui est capsulée. C'est une mycose cosmopolite, opportuniste.
C'est une levure sphérique ou ovoïde qui fait 3 à 8 μm. Elle n'est pas filamenteuse, elle ne fera
pas du pseudomycellium et elle se multiplie par bourgeonnement. Le cryptocoque est un saprophyte du
milieu extérieur et on le trouve surtout dans les fientes d'oiseaux (pigeons, canaris, etc.), dans le guano
de chauve-souris et dans le bois en décomposition.
Il pénètre dans l'organisme par voie pulmonaire essentiellement, on va inhaler les spores mais
ça peut être aussi une inoculation traumatique donc cutanée.
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4.3. Malassezioses
Levures appartenant au genre Malassezia. Le problème c'est qu'elles sont un peu récidivantes.
Ce sont des levures commensales de la peau. Elles sont toutes lipo-dépendantes, il leur faut du gras.
Ces levures se présentent sous trois formes: ovale, arrondie (elles se mettent par 10 à 30 en forme de
grappes de raisins) et filamenteuse (pseudo-filamenteuse, filaments très courts en forme d'arc, sans
septa, sans ramifications).
La pathologie la plus fréquemment rencontrée avec les malassezia c'est le pytiriasis versicolor
qui est dû au malassezia furfur, c'est la manifestation clinique la plus fréquente et c'est caractérisée
par des macules bruns chamois confluentes à limites nettes recouvertes de squames gras qui se
détachent très facilement dès qu'on commence à gratter, c'est le signe du copeau. Elles sont
essentiellement localisées au niveau du tronc, du cou et des membres et les lésions s'étendent de façon
centrifuge.
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