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DIOP DE DAKAR
IDENTIFICATION DES MUTANTS DE NIEBE
(Vigna unguiculata (L.) Walp. var. Melakh)
TOLERANTS AUX NEMATODES
PHYTOPARASITES DU GENRE Meloidogyne
Par:
Nafy DIOP
Président :
M. Aboubacry KANE Maître de Conférences UCAD
Examinateurs :
M. François Abaye BADIANE Maître Assistant FASTEF/UCAD
M. Djibril DJIGAL Chargé de Recherches CDH/ISRA
M. Diaga DIOUF Professeur Titulaire UCAD
M. Nalla MBAYE Maître-Assistant UCAD
Je tiens tout d’abord à remercier Dieu le Tout Puissant et le Miséricordieux, qui m’a
donné la force et la patience d’accomplir ce modeste travail que je dédie :
A la mémoire de ma très chère mère Thiouba DIOP, qui a été toujours dans mon esprit
et dans mon cœur je vous dédie aujourd’hui ma réussite. Que Dieu le miséricordieux vous
accueille dans son paradis céleste.
A mon cher père Thierno DIOP, je vous remercie de votre soutien indéfectible moral et
financier dans mon parcours de combattante, que Dieu vous procure bonne santé et longue
vie.
A mes chères sœurs, pour leurs encouragements permanents et leur soutien moral
A mes chers frères, pour leur appui et leur encouragement, particulièrement à mon adorable
frère Abdou DIOP
A toute ma famille pour leur soutien, leur amour, leur tendresse et leurs prières tout au long de
mon parcours universitaire, particulierement à ma tante Astou SAMB
Que ce travail soit l’accomplissement de vos vœux tant allégués et le fruit de votre soutien
infaillible. Merci d’être là pour moi.
i
REMERCIEMENTS
Je tiens à remercier également toutes les personnes qui ont contribué au succès de mon stage
et qui m’ont aidée lors de la rédaction de ce mémoire :
Dr François Abaye BADIANE, Il a été d’un grand soutien dans l’élaboration de ce mémoire.
Pour avoir relu et corriger mon mémoire, ses conseils de rédaction ont été très précieux ;
Dr Aboubacry KANE, d’avoir accepté de présider le jury, malgré votre emploi du temps
chargé ;
Dr Nalla MBAYE, d’avoir accepté de faire partie des membres du jury, malgré vos multiples
occupations ;
Mes très chers parents qui ont toujours été là pour moi. Je remercie mes frères et sœurs, ma
tante pour leur soutien constant et leur encouragement ;
Ma reconnaissance à mes amis et collègues qui m’ont apporté leur soutien moral et
intellectuelle tout au long de ma démarche, particulièrement à Salimata THIAM et Geneviève
Inès BAEPAR ;
ii
Cheikh MBODJ de m’avoir beaucoup aidé lors de mes travaux au laboratoire de Nématologie
du centre pour le développement de l’Horticulture de l’lSRA ;
M. Maurice SAGNA et Abdou Khadre SANE pour leur gentillesse, leur encouragement et
leur conseil ;
Enfin je remercie mes camarades de promotion du Master de BIOVEM, pour leur soutien
inconditionnel et leur encouragement, leur amitié, complicité et sympathie particulièrement
Mame Diarra GUEYE et à Sara DIALLO pour leur aide durant l’élaboration de ce mémoire ;
iii
TABLE DES MATIERES
DEDICACES .......................................................................................................................................... i
REMERCIEMENTS ..............................................................................................................................ii
TABLE DES MATIERES .................................................................................................................... iv
LISTE DES ABREVIATIONS ET DES SIGLES ............................................................................. vii
LISTE DES FIGURES ........................................................................................................................ viii
LISTE DES PLANCHES ...................................................................................................................... ix
LISTE DES TABLEAUX ......................................................................................................................x
RESUME ................................................................................................................................................ xi
ABSTRACT .......................................................................................................................................... xii
INTRODUCTION ................................................................................................................................. 1
SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE .................................................................................................... 3
1. Généralités sur le Niébé (Vigna unguiculata) .............................................................................. 3
1.1. Origine, domestication et évolution ......................................................................................... 3
1.2. Taxonomie et description botanique ........................................................................................ 3
2. Importances ................................................................................................................................... 4
3. La production ................................................................................................................................ 5
4. Les contraintes ............................................................................................................................... 5
4.1. Les contraintes abiotiques ........................................................................................................ 5
4.2. Les contraintes biotiques : les nématodes ............................................................................... 6
4.2.1. Description des nématodes phytoparasites.......................................................................... 6
4.2.2. Taxonomie et diversité génétique des nématodes ............................................................... 7
a. Taxonomie ...................................................................................................................................... 7
b. Diversité génétique des nématodes............................................................................................... 7
4.2.3. Cycle de vie............................................................................................................................. 8
4.2.4. Symptômes et dégâts ............................................................................................................. 9
4.2.5. Les mécanismes de défenses de la plante contre les nématodes ........................................ 9
5. L’amélioration du niébé .............................................................................................................. 10
5.1. L’amélioration variétale du niébé au Sénégal....................................................................... 11
5.2. La mutagenèse ......................................................................................................................... 11
5.2.1. Mutagenèse spontanée ........................................................................................................ 11
iv
5.2.2. Mutagenèse induite.............................................................................................................. 12
MATERIEL ET METHODES ........................................................................................................... 14
1. Le matériel végétal ...................................................................................................................... 14
2. Méthodes ...................................................................................................................................... 14
2.1. Site d’étude............................................................................................................................... 14
2.2. Culture des mutants ................................................................................................................ 14
2.3. Mesures des paramètres agro-morphologiques .................................................................... 15
2.3.1. Les paramètres qualitatifs .................................................................................................. 15
2.3.2. Les paramètres quantitatifs ................................................................................................ 15
2.4. Extraction et identification des nématodes phytoparasites ................................................. 16
2.4.1. Prélèvement du sol et des racines ....................................................................................... 16
2.4.2. Extraction des nématodes du sol ........................................................................................ 16
2.4.3. Extraction des nématodes des racines ............................................................................... 18
2.4.4. Comptage et identification des nématodes du sol ............................................................. 18
2.4.5. Détermination de la sévérité d’infestation ........................................................................ 19
2.4.6. Détermination du taux de plantes sensibles aux nématodes Meloidogyne au champ ... 19
3. Analyses statistiques .................................................................................................................... 19
RESULTATS ....................................................................................................................................... 20
1. Etude des caractères qualitatifs des mutants ............................................................................ 20
2. Etude des paramètres quantitatifs ............................................................................................. 21
2.1. Taux de levée............................................................................................................................ 21
2.3. Paramètres de croissance ........................................................................................................ 22
2.3.1. Hauteur de la tige ................................................................................................................ 22
2.3.2. Nombre de feuilles ............................................................................................................... 23
2.4. Paramètres de rendement ....................................................................................................... 23
2.4.1. Longueur moyenne de la gousse ......................................................................................... 23
2.4.2. Nombre moyen de graines par gousse ............................................................................... 23
2.4.3. Nombre moyen de graines par plante ................................................................................ 24
2.4.4. Poids moyen de la graine .................................................................................................... 24
2.4.5. Poids moyen des 100 graines .............................................................................................. 24
2.4.6. Biomasse aérienne ............................................................................................................... 24
2.4.7. Poids total des graines par plante ...................................................................................... 26
3. Evolution des nématodes phytoparasites du sol et des racines ................................................ 26
3.1. Les nématodes phytoparasites dans le sol ............................................................................. 26
v
3.1.1. Densité totale des nématodes phytoparasites .................................................................... 27
3.1.2. Impacts des nématodes Meloidogyne sur les mutants ...................................................... 28
3.1.3. Densité des juvéniles J2 de Meloidogyne dans le sol ......................................................... 29
3.1.4. Densité des autres genres de nématodes phytoparasites .................................................. 30
3.2. Les nématodes phytoparasites dans les racines. ................................................................... 30
3.2.2. Indice de galles ..................................................................................................................... 31
4. Analyse statistique de l’impact des nématodes sur les paramètres agromorphologiques des
mutants ................................................................................................................................................. 32
DISCUSSION....................................................................................................................................... 36
CONCLUSION ET PERSPECTIVES .............................................................................................. 36
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES .......................................................................................... 40
ANNEXE .............................................................................................................................................. 40
vi
LISTE DES ABREVIATIONS ET DES SIGLES
Co60 : Cobalt 60
Gy : Gray
N : Nord
O : Ouest
vii
LISTE DES FIGURES
Figure 1 : Meloidogyne spp. mâle adulte (A) ; larve de deuxième stade (B) ; femelle adulte
(C) ; …………………………………………………………………………………………..7
Figure 6 : Variation de la date de floraison des plantes chez les 9 mutants de niébé et le
témoin………………………………………………………………………………..……….22
Figure 7 : Poids moyen total des graines par plante chez les 9 mutants de niébé et le témoin
Melakh………………………………………………………………………………………..26
Figure 9 : Nombre moyen de Meloidogyne par kg de sol des plantes de niébé chez les 9
mutants et le témoin Melakh…………………………………………………………………29
Figure 10 : Evolution des autres nématodes phytoparasites trouvé sur le sol selon la
plante..………………………………………………………………………………………..30
Figure 11 : Nombre moyen de Meloidogyne par gramme de racine des plantes de niébé chez
les 9 mutants et le témoin Melakh…………………………………………………………...30
Figure 12 : Indice de galle des plantes de niébé chez les 9 mutants et le témoin de la variété
Melakh………………………………………………………………………………………..31
viii
LISTE DES PLANCHES
Planche 9 : Galles sur les racines de niébé causé par les nématodes du genre Meloidogyne. A-
Indice 9 et B- Indice 7………………………………………………………………………...31
ix
LISTE DES TABLEAUX
x
RESUME
Le niébé (Vigna unguiculata L Walp.) est une légumineuse alimentaire et fourragère
d’une importance économique considérable dans les régions semi-arides de l’Afrique. Malgré
son importance, la production du niébé est limitée par plusieurs facteurs d’ordre abiotique et
biotique. Parmi les facteurs biotiques, les nématodes phytoparasites constituent une des
contraintes majeures de la production de niébé en Afrique, en particulier les nématodes
cécidogénes (Meloidogyne spp.). Ces derniers sont des endoparasites sédentaires ayant une
large gamme d'hôtes comprenant des espèces de cultures d'importance économique.
L’amélioration du niébé présente donc un intérêt majeur du fait de sa grande importance
agronomique et socio-économique. C’est dans ce contexte que cette étude a été réalisée dans
le but d’évaluer la sensibilité du niébé mutant aux nématodes phytoparasites.
xi
ABSTRACT
Seeds of 3 M6 mutant lines and 6 M7 mutant genotypes of the selected Melakh variety
were sown In the Trial farming of the Department of Plant Biology which is infested by
nematodes, using the single selection. Lifting rate, flowering date, growth and yield
parameters of all mutants and non-mutated control were evaluated. Similarly, nematode
density and gall index were determined.
Our results revealed the presence in the field, of 7 genera of phytoparasitic nematodes
that are: Meloidogyne, Xiphinema, Helicotylenchus, Tylenchus, Ditylenchus, Scutellonema
and Rotylenchulus. Moreover, the presence of galls in all the mutants, shows that they were
attacked by root-knot nematode (Meloidogyne). Our results suggested that among the M7
mutants, 39M8 and 8-1M8 are the most tolerant, and the other genera namely,
Helicotylenchus and Xiphinema are virtually dominant in the soil. It also appeared that the
germination rate and the date of appearance of the first flower and the gall index in the
mutants and in the control are not significantly different with respectively 91%, 56 days and 6
on average. However, all mutants showed the best response than the control, taking into
account the growth parameters such as stem height and number of leaves with respectively 21
cm and 47 leaves, as well as seed production with 275 seeds on average. These findings
confirm the interest of using mutagenesis for inducing better tolerance to plant parasitic root-
knot nematodes in cowpea.
xii
INTRODUCTION
INTRODUCTION
Selon la FAO, l’agriculture mondiale doit relever des défis de tailles tels que
l’augmentation de la production alimentaire de 70% pour nourrir 2,3 milliards de personnes
de plus d’ici 2050 (FAO, 2010). De ce fait, il est indispensable de considérer les possibilités
d’accroitre les rendements agricoles pour nourrir une population mondiale grandissante.
Aujourd’hui, les experts de presque tous les niveaux des pays en développement et des
pays plus développés reconnaissent le sérieux ou la gravité du problème alimentaire mondial.
Face à une telle situation, des recherches supplémentaires sont nécessaires, afin de parvenir à
une alimentation plus abondante et de meilleure qualité (Abd-Elgawad, 2014). C’est pour
cette raison que des efforts doivent être réalisés pour améliorer les cultures de grande
consommation comme les céréales et les légumineuses. Parmi, ces légumineuses, le Niébé
(Vigna unguiculata L Walp.) est l’une des principales cultures des régions tropicales et
subtropicales où elle joue un rôle très important dans l’alimentation humaine et animale, mais
aussi est utilisé comme culture de rente (Das et al., 2008). Il est cultivé et consommé
largement en Asie, en Amérique du sud et du centre, aux Caraïbes, aux Etats-Unis, au moyen
orient et en Europe australe (Cisse et hall, 2003). L’extension de sa culture a été préconisée
dans le nord du Sénégal. Cette plante de cycle court (60 jours) permet d’assurer une certaine
production vivrière en dépits des contraintes majeures que connait la production agricole du
Sénégal et du Burkina Faso (Sarr et al., 1989 ; Traoré et al., 2014). Ses graines sont riches en
protéines, en vitamines B et en microéléments essentiels (fer, calcium et zinc) (Timko et al.,
2008).
1
répandus (Coyne et al., 2010). Seulement 10% environ des nématodes parasitent les plantes
(http://mrec.ifas.ufl.edu/ lso / SCOUT / Nematodes.htm). Un nombre d'environ 3400 espèces
connues de nématodes phytoparasites (Hodda, 2011) est répandue et provoque des pertes
importantes à la production végétale (Sasser, 1988; Koenning et al., 1999; Nicol et al., 2011).
Il est globalement reconnu que les nématodes phytoparasites réduisent la production agricole
d’environ 11% (Agrios, 2005), soit une perte de récolte de plusieurs millions de tonnes
chaque année. Cependant, il est donc essentiel que le spectre complet des restrictions de la
production végétale soit pleinement et convenablement considéré, y compris les contraintes
liées aux nématodes phytoparasites (Nicol et al., 2011) afin de maximiser la production
agricole. Des études sur les relations entre le niébé et les nématodes phytoparasites ont montré
l’aptitude de plusieurs espèces identifiées dans la zone du Sénégal à se multiplier dans la
rhizosphère du niébé (Baujard, 1986).
Face à toutes ces contraintes, des recherches supplémentaires sont nécessaires pour
l’amélioration du niébé afin d’obtenir de nouvelles variétés tolérantes ou même résistantes
aux nématodes phytoparasites. L’application des biotechnologies végétales, comme la
mutagénèse induite, pourrait permettre d’augmenter l’efficacité des méthodes
conventionnelles couramment utilisées. La mutagénèse induite permet en même temps une
augmentation significative de la production agricole (Kharkwal et Shu, 2009) et une
possibilité d’obtention d’attributs désirés qui sont absents dans la nature ou perdus au cours de
l’évolution (Gnanamurthy et al., 2013). Elle s’avère être un outil puissant et pratique pour
induire une variabilité nouvelle et supplémentaire à la fois dans les caractères qualitatives et
quantitatives (Gnanamurthy et al., 2013). Ainsi, elle peut être utilisée pour créer une nouvelle
variabilité génétique dans le but d’amélioration des cultivars (Olasupo et al., 2016).
2
SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE
SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE
1. Généralités sur le Niébé (Vigna unguiculata)
1.1. Origine, domestication et évolution
Les spéculations antérieures sur l’origine et la domestication du niébé reposaient sur
des preuves botaniques et cytologiques, des informations sur sa répartition géographique, les
pratiques culturelles et historiques (Faris, 1965). L’origine précise du niébé cultivé a été une
question d’étude et de discussion pendant de nombreuses années.
Cependant, toutes les preuves actuelles suggèrent que le niébé est originaire de
l’Afrique australe, même s’il est par contre difficile de savoir où exactement il a été
domestiqué pour la première fois (Timko et al., 2008).
Selon Singh et al. (2000), le niébé a fait le tour de l’Europe en passant par l’Afrique du
nord et en Inde respectivement vers 300 et 200 ans avant J.C., il a poursuit son évolution vers
l’Asie du sud-est, puis l’Afrique tropicale. Il a été introduit par les espagnoles aux Antilles au
16ème siècle (Purseglove, 1968), puis en Amérique centrale lors de la traite des esclaves au
17ème siècle et en Amérique du sud au 18ème siècle (Singh et al 1997).
3
Vigna unguiculata est une légumineuse herbacée, autogame avec un cycle végétatif
compris entre 0 à 150 jours. Il contient 22 chromosomes (2n=2X=22). Sa croissance est
dressée, semi dressée, prostrée rampante ou grimpante. Il a un système racinaire développé et
des branches épaisses (Timko et al., 2007). La tige de section circulaire, est grêle parfois
cannelée et glabre. Les deux premières feuilles sont opposées, sessiles et entières et les
feuilles suivantes alternes, pétiolées et trifoliés. Les fleurs de couleur blanche, jaunâtre, bleu
pâle, rose ou violette, sont à l’extrémité d’un long pédoncule, formant des grappes axillaires.
Les gousses, indéhiscentes, de formes cylindriques plus ou moins comprimées, voire aplatie,
sont dressées par paire (Brice et al., 2016). La couleur des graines est soit blanc-crème, verte,
marronne, rouge, brune ou noire. (Timko et al., 2008).
2. Importances
Le niébé (Vigna unguiculata L Walp.) constitue un aliment de base en Afrique par le
fait que ses feuilles, ses gousses vertes et sèches sont susceptibles d’être consommer et
commercialiser. Il est cultivé et consommé largement en Asie, en Amérique du sud et du
centre, aux Caraïbes, aux Etats-Unis, au moyen orient et en Europe australe (Cissé et hall
2007). Les feuilles juvéniles et les gousses immatures sont consommées sous forme de
légume. Ses besoins en azote sont peu élevés; ses racines sont munies de nodosités peuplées
de bactéries (Rhizobiums) qui contribuent à la fixation de l’azote atmosphérique (Dugje et al.,
2009). Les racines du niébé sont consommées au Soudan et en Éthiopie et les graines brûlées
sont parfois utilisées comme substitut du café (Girija et Dhanavel, 2009 ; Gnanamurthy et al.,
2013). Les graines renferment 23-25% de protéines, 50-67% d’amidon, des vitamines B tel
que l’acide folique qui joue un rôle capital dans la malformation chez le nouveau-né est et des
microéléments essentiels (fer, calcium et zinc) (Timko et al., 2008). Elles représentent aussi
une précieuse source de revenus pour l’homme ainsi que du fourrage pour les animaux
(Traore et al., 2014), pendant la saison sèche dans plusieurs régions d’Afrique de l’ouest.
Le profil nutritionnel du niébé est comparable à celui des autres légumineuses avec une
faible teneur en graisse et une teneur en protéines deux à quatre fois beaucoup plus élevée
que celle des céréales et des tubercules. Ses protéines de stockages comparées à celles des
céréales et des animaux sont respectivement riches en acides aminés, lysine et tryptophane et
pauvres en méthionine et en cystéine (Timko et al 2008).
4
Du point de vue Agronomique le niébé est bien adapté aux conditions climatique,
édaphique, technologie et socioéconomique de l’Afrique subsaharienne. Ainsi, Il joue un rôle
capital en Afrique à cause de :
3. La production
La production mondiale du niébé est estimée à 5,5 millions de tonnes de graines
sèches sur une superficie totale cultivée est 10,5 millions ha (FAOSTAT, 2010). Le Nigeria
est le premier producteur mondial de niébé avec une production annuelle de 2 950 000 tonnes
en 2013 (FAO, 2013). Ce qui fait de l’Afrique de l’ouest le premier producteur et
consommateur de niébé dans le monde avec une superficie cultivée de 9,8 millions ha/an sur
12,5 millions d’ha/an (CGIAR, 2001). Le Sénégal fait partie des principaux pays producteurs
en Afrique de l’ouest avec une superficie totale en niébé estimée à 90 685 ha en 2001. Les
régions Nord de Louga et Saint-Louis représentent la plus importante zone de culture de niébé
avec environ 65% de la superficie totale, suivi du Centre-Nord de Diourbel et Thiès avec 29%
(Cissé et Hall 2003).
4. Les contraintes
Malgré son importance, la production du niébé dépend de plusieurs contraintes d’ordre
abiotiques et biotiques.
4.1. Les contraintes abiotiques
Le stress abiotique est généralement dû à plusieurs facteurs parmi lesquels la
température, la sécheresse et la salinité. Cependant, ces facteurs limitent considérablement la
production des cultures. Même si le niébé comparé à d’autres cultures est beaucoup plus
tolérant à la sécheresse, ce dernier facteur fait partie des contraintes abiotiques les plus
significatives à sa croissance et à son rendement. Cependant, des précipitations irrégulières
5
pendant la saison des pluies peuvent affectées la croissance des plantes et la floraison d’où
une réduction importante du rendement en grains et de la production totale de biomasse
(Timko et al., 2008). En plus de ces contraintes, il y a également les facteurs biotiques qui
impactent négativement la production du Niébé.
Figure 1 : Meloidogyne spp. mâle adulte (A) ; larve de deuxième stade (B) ; femelle
adulte (C) ; an : anus ; bm : bulbe médian de l'œsophage ; gl.oes : glande basale de
l'œsophage ; int : intestin ; oe : œuf ; ov : ovaire ; sp : spicules copulateurs ; st : stylet
; t : testicules ; v : vulve (De Guiran et Netscher., 1970)
6
4.2.2. Taxonomie et diversité génétique des nématodes
a. Taxonomie
La classification des nématodes était souvent remise en question et n’était basée que
récemment sur les principes de la systématique phylogénétique. Ainsi, les données
moléculaires et morphologiques ont été utilisées pour établir une nouvelle classification
globale avec uniquement des taxons monophylétiques. Depuis que la systématique
phylogénétique est devenue généralement acceptée et que l’informatique et les techniques
moléculaires d’analyse phylogénétique ont été développées, la systématique des nématodes a
connu une révolution conceptuelle et méthodologique (Coomans, 2002).
Elle est actuellement en pleine mutation avec les phylogénies moléculaires qui sont de
plus en plus pertinentes. Cependant, la systématique la plus récente et la plus utilisée est celle
proposée par De Ley et Blaxter (2002). Exemple de la classification de Meloidogyne :
7
viral) (Jones et al., 2013). Généralement de petite taille, ils présentent une grande variété
d’interactions avec leurs hôtes (Jones et al., 2013). Collectivement ils représentent une
contrainte importante pour la sécurité alimentaire. En effet, les dommages qu’ils causent, sont
estimés à 80 milliards de dollars américains par an (Nicol et al., 2011).
8
Figure 2 : Cycle de développement d’un nématode à galles. (Caporalino et al., 2009).
9
Cependant deux types de mécanismes de résistance (pré ou post-infectieux) chez les plantes.
La résistance avant l’infection, où les nématodes ne peuvent pas pénétrer dans les racines des
plantes. Celle-ci peut être due soit à la barrière mécanique de certains épidermes racinaire
selon Rohde (1965) ou à la synthèse par la plante d’exsudats racinaires non attractifs, répulsifs
ou même toxiques envers les nématodes (Mateille, 1994 ; Haynes et Jones, 1976; Bendezu et
Starr, 1999).
La résistance post-infection dans laquelle les nématodes sont capables de pénétrer dans
les racines mais ne se développent pas. Elle est souvent associée à une mort cellulaire précoce
provoquée par une réaction hypersensible (HR), au cours de laquelle une mort cellulaire
rapide est localisée dans le tissu racinaire autour du nématode empêchant la formation d'un
site d'alimentation développé. (Das et al., 2008).
5. L’amélioration du niébé
Les travaux d’amélioration génétique du niébé ont débuté dans les années 50 et 60 en
Afrique (Nigeria, Ouganda, Tanzanie et Sénégal). Au Sénégal, ces travaux portaient sur du
matériel provenant de prospections effectuées en Afrique de l’ouest plus précisément au Niger
et au Burkina. Ces travaux ont abouti à des variétés performantes et sont aujourd’hui
poursuivis par l’ISRA (Institut sénégalais de recherches agricoles) (Pasquet et Baudoin,
1997).
10
5.1. L’amélioration variétale du niébé au Sénégal
Les variétés ‘58-57’, ‘Ndiambour’, ‘Mougne’, ‘Bambey 21’, ‘CB5’, ‘Mouride’ et
‘Melakh’ ont été recommandées entre 1960 et 1999 au Nord et au Centre-Nord. Chacune
d’entre elle possède des caractéristiques spécifiques déterminant ainsi leur adaptation à des
zones particulières de culture (Cissé et Hall, 2003).
La variété Melakh, issue d’un croisement entre la lignée ISRA ‘IS86-292’ et IITA
‘IT83S-742-13’ a été officiellement vulgarisée au Sénégal en 1996 par l’ISRA. Elle a été
largement diffusé dans le Nord par Vision Mondiale et l’ONG Belge ‘Aquadev’ (Cissé et
Hall, 2003). Melakh est une variété de niébé très précoce dans les bonnes conditions
hydriques. La graine a un poids moyen d’environ 190 mg. Lors des essais multi-locaux faits
au Sénégal sur le rendement, Melakh a produit 30% de plus de graines et de fourrage que les
autres cultivars de niébé précoces comme Bambey 21 et CB5 (Hall et al., 2003).
5.2. La mutagenèse
La mutagenèse est le processus par lequel l’information génétique d’un organisme est
modifiée de manière stable (Shu et al., 2012). Elle peut être utilisée pour créer une nouvelle
variabilité génétique dans le but d’amélioration des cultivars (Olasupo et al., 2016). Le terme
mutation a été introduit pour la première fois par Hugo De Vries en 1900. Les mutations
peuvent être induites de manière spontanée ou artificielle par des moyens physiques,
chimiques et biologiques (Shu et al., 2012), à la fois dans les semences et les cultures
propagées végétatives.
11
un certain point, du fait que leur fréquence est bien trop faible pour répondre aux progrès
génétiques actuellement attendus des sélectionneurs de plantes. Cependant, l’emploi des
mutations pour faire évoluer les plantes cultivées implique la mise en œuvre d’une induction
artificielle (Micke et al., 1990).
12
MATERIEL ET METHODES
MATERIEL ET METHODES
1. Le matériel végétal
Le matériel végétal est constitué de la variété Melakh, elle a été développée en 1989
(Kouakou et al., 2007). Les graines de cette variété ont été irradiées par des rayons gamma
(60Co) à la dose 300 Gy par les services du laboratoire de Seibersdorf, de l’Agence
Internationale pour l’Energie Nucléaire (AIEA). Les graines M5 ont été semées en contre
saison en 2017 au champ école pour obtenir les semences M6, puis M7, qui seront l’objet de
notre étude.
2. Méthodes
2.1. Site d’étude
L’expérience a été réalisée dans le champ école (23°48’85.68’’ N ; 16°24’74’’46 O)
du Département de Biologie Végétale de la Faculté des Sciences et Techniques de
l’Université Cheikh Anta Diop de Dakar.
14
Figure 4: Représentation du dispositif expérimental
15
En outre, pour déterminer certains paramètres du rendement nous avons mesuré ou pesé :
les dimensions des graines (longueur et largeur) à l’aide du pied à coulisse
(Mutshito®) ;
la longueur des gousses à l’aide d’un ruban mètre (COW HEAD BRAND) ;
le poids d’une gousse, d’une graine et des 100 graines à l’aide d’une balance de
précision (Sartoruis®) ;
la biomasse aérienne, les plantes ont été d’abord coupé ensuite découpé puis
séché.
- L’élutriation : 250 g de sol de chaque échantillon ont été tamisés à l’aide d’un tamis de
1 mm de maille et introduits dans un erlenmeyer avec 2 L d’eau à l’aide du jet de
robinet et d’un entonnoir. L’erlenmeyer, surmonté d’un embout conique, est renversé
sur la colonne supérieure de l’élutriateur (Planche 1) préalablement remplie d'eau à la
base à travers un courant d'eau réglé par un débitmètre (250 ml/min). Ce courant d’eau
ascendant laisse sédimenter les particules lourdes (sable) au fond de l’élutriateur et
retient les particules légères (argiles, débris végétaux et nématodes). Ces dernières
sont recueillies pendant 20 min dans un récipient à travers un trop plein situé en haut
de la colonne de l’élutriateur.
16
Planche 1: Extraction des nématodes du sol par la méthode
d’élutriation de Seinhorst.
- Le tamisage : le contenu de chaque récipient est versé dans quatre tamis superposés de
50 µm. Le refus des tamis contenant les nématodes et les débris végétaux sont
recueillis dans des verres à pied à l’aide d’une pissette d’eau (Planche 2).
17
- Le passage actif : le contenu des verres à pieds est versé délicatement sur un tamis de
100 µm de maille, tapissé d’un tissu de cellulose (genre mouchoir Kleenex).
L’ensemble est déposé dans une boîte de Pétri remplie d'eau et laissé au repos pendant
48 heures (Planche 3). Au cours de cette période les nématodes qui sont actifs,
contrairement aux débris de végétaux, traversent le filtre de cellulose et se retrouvent
au fond de la boîte de Pétri. Les extraits contenus dans les boîtes de Pétri sont
récupérés et versés dans les tubes de comptage gradués de 50 ml à l’aide d’un
entonnoir.
Après mixage de la dilution avec un bulleur d’air, 5 ml ont été ensuite prélevés, puis
déposés dans une plaque de comptage et les nématodes sont identifiés au niveau genre et
dénombrés au microscope optique x100.
18
Après comptage les densités des nématodes /kg de sol ont été calculées selon la
méthode suivante :
Après le taux d’infestation a été calculé pour chaque mutant selon la formule suivante :
3. Analyses statistiques
Les données ont été analysées avec le logiciel statistique R. Une analyse non
paramétrique (test de Kruskal-Wallis) et une comparaison des moyennes grâce au test de
Tuckey ont été faites. Les données ont été corrélées en utilisant le test des coefficients de
corrélation de Pearson. Les tests ont été considérés comme significatifs quand la probabilité p
est inférieure au seuil de 5% (0,05).
19
RESULTATS
RESULTATS
Ainsi, la mutagénèse a affecté le type de port, la forme des feuilles et la couleur des
fleurs chez certains mutants.
Verte
Foncée/ Subovale/ Blanche/Blanche Absence/
Erigé/Rampant
Verte Lancéolée à contour violet Présence
claire
20
A B A B
Cependant, l’analyse statistique a montré que les différences obtenues ne sont pas
significatives avec un p-value égal à 0,43.
21
NB : Les barres de l’histogramme qui portent la même lettre ne sont pas significativement
différentes selon le test de Tuckey.
NB : Les barres de l’histogramme qui portent la même lettre ne sont pas significativement
différentes selon le test de Tuckey.
22
2.3.2. Nombre de feuilles
Le tableau 2 représente le nombre moyen de feuilles des différents mutants et du
témoin. Ce nombre est significativement plus élevé (P=0,03) chez les mutants M7 avec
environ 60 feuilles, comparé au témoin qui a 29 feuilles et aux mutants M8 dont le nombre de
feuilles varie entre 17 et 41 feuilles, exceptés les mutants 8_1M8 et 39M8 qui ont
respectivement 53 et 60 feuilles.
23
pouvant atteindre 13 graines, qui est significativement (P=0,013) plus important que le
nombre de graines par gousse de Melakh (3 graines/gousse).
24
Mutant Témoin
25
2.4.7. Poids total des graines par plante
Les résultats obtenus pour le poids total des graines sont representés dans la figure 7.
Nous constatons que le poids total de graines pouvantt atteindre 108g chez les mutants
particulierement chez le mutant 39M8, est significativement (P=0,011) plus élevé chez les
mutants que chez Melakh.
NB : Les lettres a, b et c désignent l’homogénéité entre les groupes dans la comparaison des
moyenne par colonne selon le test de Tuckey.
26
Meloidogyne Xiphinema
NB : Les lettres a, b et c désignent l’homogénéité entre les groupes dans la comparaison des
moyenne par colonne selon le test de Tuckey.
27
3.1.2. Impacts des nématodes Meloidogyne sur les mutants
Les résultats du taux de plantes sensibles aux nématodes sont représentés dans le
tableau 4 et illustrés par la planche 8. Ces résultats ont montré que sur l’ensemble des
populations les mutants 7M7, 25M8 et 39M8 n’ont manifesté aucun signe d’infestation
(jaunissement du feuillage, flétrissement de la plante,…) lié aux attaques des nématodes au
champ avant et après floraison. Par ailleurs, pour les mutants, 1M7, 14M8 et 33M8 un taux
d’infestation respectivement de 40, 50 et 40% a été noté seulement avant la floraison et pour
les mutants 8_1M8 et 8_3M8 ce taux est de 25% seulement après la floraison. Par contre, le
mutant 22M7 et le témoin ont atteint un taux d’infestation respectivement de 50 et 40% avant
la floraison et de 33 et 100% après la floraison.
1M7 40 0
M7 7M7 0 0
22M7 50 33
8_1M8 0 25
8_3M8 0 25
14M8 50 0
M8
25M8 0 0
33M8 40 0
39M8 0 0
28
Mutant Témoin
29
NB : Les lettres a, b et c désignent l’homogénéité entre les groupes dans la comparaison des
moyenne par colonne selon le test de Tuckey.
NB : Les lettres a, b et c désignent l’homogénéité entre les groupes dans la comparaison des
moyenne par colonne selon le test de Tuckey.
La densité de Meloidogyne dans les racines est présentée dans la figure 11. Le nombre
de Meloidogyne par gramme de racine qui varie entre 1-1600 Meloidogyne/g.sol, est
significativement beaucoup plus élevé (P=0,03) chez le témoin (1577 Meloidogyne/g.sol)
comparé aux mutants. Par ailleurs, les mutants M8 présentent globalement les densités de
nématodes les plus faibles.
30
NB : Les lettres a, b et c désignent l’homogénéité entre les groupes dans la comparaison des
moyenne par colonne selon le test de Tuckey.
Cependant, les différences obtenues entre les mutants et le témoin ne sont pas
significatives (p-value = 0,4).
31
NB : Les lettres a, b et c désignent l’homogénéité entre les groupes dans la comparaison des
moyenne par colonne selon le test de Tuckey.
A B
Planche 9: Galles sur les racines de niébé causé par les nématodes du
genre Meloidogyne. A- Indice 9 et B- Indice 7
Les résultats obtenus montrent que la hauteur moyenne de la tige, la longueur des
gousses, le poids moyen de la graine et des 100 graines sont fortement corrélés négativement
(R compris entre -0,77 et -0.93 ) avec la densité de Meloidogyne dans le sol. Par contre, le
nombre de feuilles, de graines par gousse, le nombre total des graines par plante, le poids total
des graines par plante et la biomasse aérienne sont fortement corrélés négativement ( R
compris entre -0,79 et -0,93) avec l’indice de galles.
Cependant on peut dire que plus les parametres de croissance et de rendement augmentent
plus la densité de Melodogyne dans le sol et l’indice de galles diminuent.
32
Tableau 5 : Corrélation entre les paramètres de croissance, de rendement, l’indice de galles,
la densité de Meloidogyne sur le sol et dans les racines et la densité totale des nématodes
phytoparasites dans le sol. R = coefficient de corrélation, p = p-value (seuil de 5%).
Indice de R -0.81 -0.79 -0.58 -0.93 -0.88 -0.73 -0.71 -0.92 -0.73
galles
p 0.00075 0.0012 0.036 2.9e-06 7.1e-05 0.0049 0.0066 9.5e- 0.0046
06
Densité de R 0.16 0.25 -0.14 -0,058 0.15 -0.11 -0.11 0.013 0.13
Meloidogyne
dans les p 0.6 0.41 0.65 0.85 0.62 0.73 0.55 0.97 0.68
racines
Densité de R -0.87 -0.62 -0.77 -0.8 -0.72 -0.93 -0.93 -0.8 -0.72
Meloidogyne
dans le sol p 1e-04 0.025 0.0021 0.0011 0.0059 3.5e-06 3.5e- 0.001 0.0057
06
Densité des R -0.66 -0.41 -0.73 -0.71 -0.53 -0.84 -0.87 -0.67 -0.56
phytoparasites
totaux dans le p 0.014 0.16 0.0046 0.006 0.065 0.00034 9.6e- 0.012 0.045
sol 05
33
DISCUSSION
DISCUSSION
L’objectif de ce travail était d’évaluer les paramètres de croissance et de rendement
des mutants de niébé de la variété Melakh dans un milieu infesté en nématodes
phytoparasites, afin de tester leur sensibilité aux nématodes, plus particulièrement aux espèces
du genre Meloidogyne.
Les résultats ont montré que le taux de levée des mutants n’est pas significativement
différents de celui du témoin Melakh. Ceci montre d’une part que la capacité à germer des
graines n’a pas été modifiée et d’autre part la présence nématodes dans le sol n’affecte pas la
levée des graines de Melakh et des mutants testés dans cette étude. Nos résultats sont aussi
conforme avec ceux réalisé par Melki et Marouani (2009) selon lequel il y’avait pas de
différence significative entre les pourcentages de levée.
Pour ce qui est de la date d’apparition de la de la première fleur, nos travaux ont
montré qu’elle est statistiquement la même chez Melakh et ses mutants. Elle est plus précoce
chez les mutants M8 en moyenne avec 50 jours après semis, sauf pour le mutant 33M8,
comparée à celles des mutants M7 (environ 60 jours en moyenne) et du témoin (environ 58
jours en moyenne). Cependant, ces dates sont beaucoup plus tardives que celles proposées par
Cissé et Hall (2003), qui stipulent que la variété Melakh est une variété très précoce
fleurissant dans les 35 jours après semis dans de bonnes conditions hydriques. Nous pouvons
en déduire que la présence de nématodes retarde la floraison de Melakh et pourrait également
affecter celle des mutants.
36
M8 (8_3M8) pour les deux premiers paramètres. Selon Cissé et Hall (2003), le poids moyen
d’une graine de la variété Melakh est d’environ 0,19 g et nos résultats ont montré un poids
moyen de la graine d’environ 0,05 g chez Melakh, alors que chez les mutants, elle est en
moyenne de 0,27g. Ce qui veut dire que le poids moyen de la graine est affecté par la
présence des nématodes chez Melakh, alors que chez les mutants la présence de nématodes
n’a pas d’incidence sur le poids de la graine. Nous pouvons en déduire que le caractère lié au
poids moyen de la graine aurait subi une mutation améliorant la tolérance aux nématodes. Par
ailleurs, nos résultats ont également montré que le poids total des graines par plante pour les
mutants M7 et M8, est beaucoup plus important que celui du témoin, surtout chez le mutant
39M8 avec 108 g, suivi des mutants 7M7 (88 g) et 8_1M8 (79g). Contrairement à nos
résultats, les études faites par Riekert et Henshaw (1998) sur le maïs, ont montré que la
présence de nématodes phytoparasites réduit considérablement le rendement de celui-ci de
4 782 à 1 898 kg/ha. En effet, la mutation amélioré le poids des graines des plantes en
présence de nématodes.
Les résultats de la présente étude ont également montré que la densité de nématodes
trouvée dans les racines était significativement beaucoup plus importante chez le témoin que
chez les mutants. Il est apparu que pour l’estimation des dommages, les plantes qui présentent
des attaques très fortes par les nématodes à galles peuvent avoir très peu de racines à observer
et peu de galles restantes. Dans ce cas l’indice de galles apparait minimal, mais les dommages
dus aux nématodes sont très élevés (Coyne et al., 2010). Selon Seinhorst (1967), si l’hôte
permet aux nématodes de se développer et qu’il n’y a pas de perte de rendement la plante est
décrite comme un hôte tolérant et dans le cas contraire il est dit sensible. Dans la présente
étude, il a été constaté que la présence des nématodes phytoparasites dans le sol et dans les
racines n’a pas affecté le rendement des mutants M7, du mutant 8_1M8 et du mutant 39M8,
contrairement au témoin. Les études d’Abdel-Hak et Kamel (1976) réalisées sur la tomate par
induction (rayons gamma), ont montré que les différences de réaction au sein des variétés
37
peuvent être dues à des différences génétiques qui permettent à certaines variétés d’acquérir
une résistance contrairement à d’autres. La mutagenèse a donc induit la tolérance aux
nématodes phytoparasites des mutants M7, du mutant 8_1M8 et du mutant 39M8.
Il est aussi apparu que le nématode à galles (Meloidogyne) est présent dans les racines
de l’ensemble des mutants et du témoin. Par ailleurs, des études faites par Acedo et al., (1984)
et Raja et Dasgupta (1986) respectivement sur le soja et le niébé, ont montré qu’il peut y avoir
une pénétration des nématodes dans les racines des plantes sensibles comme résistantes.
Toutefois, selon Hussain et al., (2016), les différentes étapes du cycle de vie du nématode
pourraient être affectées par les différences d’hôte. Cependant, dans une plante résistante soit
les juvéniles sont incapables de pénétrer dans les racines, soit après pénétration ils meurent ou
ne peuvent pas se développer, ou les femelles ne peuvent pas se reproduire. Les juvéniles
peuvent exprimer tout leur potentiel de développement sur un hôte sensible selon Nelson et
al.., (1990), mais leur développement peut être retardé ou limité chez les hôtes résistants. Les
études de Das et al.., (2008) ont aussi révélé que la présence du gène Rk (gène de résistance
aux nématodes) n’a pas empêché la pénétration du Juvénile dans les racines de niébé.
Cependant, les mutants M7, le mutant 39M8 et le mutant 8_1M8 sont considérés
comme étant les mutants les plus tolérants aux nématodes à galles (Meloidogyne).
38
CONCLUSION ET PERSPECTIVES
CONCLUSION ET PERSPECTIVES
Les résultats tirés de ces expériences montrent une variation significative des
paramètres de croissance et de rendement sur l’ensemble des mutants (M7 et M8) et du
témoin Melakh, sauf pour le taux de levée, la date floraison et l’indice de galles. Cependant,
les mutants M7 (1M7, 7M7, 22M7) et deux des mutants M8 (8_1M8 et 39M8) ont présenté la
meilleure réponse pour les paramètres de croissance (hauteur moyenne de la tige et nombre de
feuilles), ainsi que la production de graines. Nos résultats ont également révélé une présence
de 7 genres de nématodes phytoparasites que sont Meloidogyne, Xiphinema, Helicotylenchus,
Tylenchus, Ditylenchus, Scutellonema et Rotylenchulus dans le sol. Il est apparu que tous les
mutants sont attaqués par le nématode à galles (Meloidogyne) dans la présente étude d’après
nos analyses. Cependant, les mutants M7, le 39M8 et le 8_1M8 sont considérés comme étant
les mutants les plus tolérants aux nématodes phytoparasites surtout aux nématodes à galles
(Meloidogyne).
39
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ANNEXE
ANNEXE
Table d’indexation pour les nématodes à galles de John Bridge et Sam Page (1980
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