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UNIVERSITÉ DE KINSHASA
FACULTÉ DES SCIENCES
DEPARTEMENT DE BIOLOGIE

Microbiologie Générale

28/05/2011
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Introduction

Objet et domaine de la microbiologie

La microbiologie est la science qui étudie les microorganismes sous leurs aspects les plus
divers. Elle comprend plusieurs branches :

- La microbiologie générale : cette branche, objet de ce cours, étudie les propriétés

fondamentales des microorganismes : structure, physiologie, reproduction, etc.
- La bactériologie : elle étudie plus particulièrement les bactéries mais ce terme est
souvent utilisé comme synonyme de microbiologie
- La protozoologie : elle s’intéresse aux protozoaires ; la parasitologie, l’une de ses
branches étudie les protozoaires parasites de l’homme.
- La mycologie étudie les champignons.
- La phycologie ou algologie étudie les algues.
- La virologie étudie les virus.
- La microbiologie appliquée couvre de nombreux domaines spécialisés de la
microbiologie : microbiologie du sol, des eaux et de l’air ; microbiologie alimentaire,
microbiologie industrielle, etc.

Définition du terme microorganisme

Le terme microorganisme ou microbe n’a pas de signification taxonomique précise. Il désigne

des organismes microscopiques invisibles à l’œil nu mais visible au microscope optique et à
l’ultra microscope.

Sommaire

1. Découverte et origine des microorganismes, théorie germinale des maladies :

2. Classification des microorganismes :
3. La nutrition microbienne
4. La croissance microbienne
5. La lutte antimicrobienne
6. Les bactéries
7. Les Archéobactéries
8. Les virus
9. Les Mycètes
10. Génétique microbienne
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1. Découverte et origine des microorganismes, théorie germinale des maladies

1.1 Découverte des microorganismes

Vers 1665, Antony Van Leeuwenhoek (1632-1723), drapier hollandais de la ville de Delft
(Hollande), fabrique le premier microscope en superposant des lentilles dans le but d'observer
les textiles. Esprit curieux, il observe à l'aide de cet instrument des particules provenant de la
surface de sa peau, de sa bouche ou de ses dents et les dessine. Il découvre et décrit le monde
microbien : protozoaires, bactéries, levures, etc. Il a appelé ces organismes « animalcules ». Il
fut le premier à observer les spermatozoïdes et les globules rouges.

1.2 Origine des microorganismes

Quatre théories tentent de donner une explication à l’origine des microorganismes, à savoir :
la génération spontanée, la biogenèse, la panspermie et l’origine chimique de la vie.

1.2.1 La génération spontanée

La génération spontanée est la théorie selon laquelle la vie a émergé du monde inerte. Les
civilisations antiques croyaient, en effet, que les pucerons sortaient des bambous, et que la
boue pouvait engendrer des vers ou des grenouilles. Cette théorie de la génération spontanée,
due à Aristote, traversera le moyen âge et sera encore évoquée à la Renaissance.

Au XVII e siècle, un médecin flamand, Van Helmont, tente de prouver scientifiquement le

bien fondé de la génération spontanée. Helmont mélange des grains de blé avec une chemise
souillée de sueur humaine et après 21 jours d'incubation, obtient ... des souris ! Sorties du
néant, ces dernières prouvaient de manière irréfutable que le monde de l'inanimé pouvait
laisser place au monde du vivant. Dans cette expérience et dans celles qui suivront, la
croyance en une génération spontanée sera souvent due à une mauvaise interprétation
d'observations réelles.

La théorie de la génération spontanée sera remise en cause pour la première fois par
Francesco Redi, un médecin italien, qui prouve en 1668 que l'apparition d'asticots sur un
morceau de viande en putréfaction n'a pas lieu si l'on prend soin de recouvrir les bocaux d'une
fine mousseline.
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Sur le chemin de la découverte

• L’expérience de Francesco Redi

Viande en Viande en
bocal avec bocal sans
couverture = couverture
pas d’asticots = asticots

Figure 1 : expérience d F. Redi sur la réfutation de la théorie de la génération spontanée.

Après la découverte des micro-organismes par Antony Van Leeuwenhoek, la génération

spontanée réduit son domaine d'influence et tend à se restreindre au monde microscopique. De
nombreux savants de renom comme Buffon adhérent à l'idée que les animalcules qui
grouillent dans la moindre goutte d'eau se forment spontanément.

En 1745, l’anglais John Needham, un ami de Buffon, découvre que, s’il chauffe dans des
bouteilles couvertes des liquides nutritifs (bouillon de poulet ou de maïs), des
microorganismes se mettent à y pulluler peu de temps après que les liquides ont refroidi. Ces
derniers semblent capables d'apparaître n'importe où ! Pour Needham, les microbes surgissent
spontanément des liquides refroidis.

Le premier scientifique à réfuter, de façon scientifique, que les microorganismes

n’apparaissent pas spontanément dans les infusions fut le nationaliste et prêtre italien Lazzaro
Spallanzani (1729-1799) Ce dernier n'a eu qu'une confiance limitée dans le protocole
opératoire de Needham. Il suggère que des microorganismes présents dans l’air étaient
probablement entrés dans les solutions de Needham après qu’elles avaient bouilli. Ce dernier
n'a eu qu'une confiance limitée dans le protocole opératoire de Needham. Il reprend donc les
expériences de ce dernier, en augmentant les températures et le temps d'ébullition. Plus aucun
microorganisme ne s’est développé dans les fioles scellées ... Spallanzani conclut que les
microorganismes sont habituellement introduits dans les solutions par l’air, l’ébullition de
celles-ci ayant pour effet de tuer ces microorganismes.
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Malgré ces expériences frappantes de Spallanzani, la croyance a continué à l'emporter sur la

réalité, et la génération spontanée fut toujours considérée comme un fait scientifiquement
prouvé.

En 1810, François Appert mit des petits pois et de l’eau dans des vases de verre fermés
hermétiquement, puis les maintint pendant trois-quarts d’heures dans l’eau bouillante. Il
constata qu’aucun microorganisme ne s’était développé dans ces petits pois. Par cette
expérience, Appert ouvrit la voie à l’industrie des conserves.

Mais les défenseurs de la doctrine de la génération spontanée firent observé que si les
conserves ne s’altéraient pas, c’était parce qu’il n y avait plus d’oxygène dans le milieu et que
l’absence de ce gaz est par conséquent une condition nécessaire pour la conservation des
substances animales et végétales.

Pour résoudre ce problème, l’allemand Théodore Schwann, réalisa en 1836 une expérience
astucieuse : de l’air chauffé préalablement puis refroidi dans un tube fut introduit dans un
ballon soumis à ébullition. Après quelques jours d’incubation, il constata que l’infusion restait
limpide, donc sans développement de microorganismes.

Figure 2 : dispositif utilisé par Schwann au cours de ses expériences sur la génération
spontanée.

A la suite de cette expérience de Schwann, de nombreux scientifiques commencèrent à

réaliser qu’il y a une relation de cause à effet entre le développement microbien dans les
infusions et la présence des microorganismes dans l’air atmosphérique.

Il ne restait plus qu’à le démontrer de façon concluante. C’est ce que fera, quelques années
plus tard, le savant français Louis Pasteur (1822-1895)
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1.2.2 La théorie de la biogenèse

La question de la génération spontanée est toujours sans réponse en 1858, quand le

scientifique allemand Rudolf Virchow oppose à la théorie de la génération spontanée celle de
biogenèse, selon laquelle « une cellule vivante peut être engendrée seulement par une cellule
vivante préexistante ». La vie ne peut être engendrée que par la vie. Un microorganisme ne
peut provenir que d’un autre microorganisme préexistant.

Mais le débat sur la génération spontanée se poursuivra jusqu’en 1861, quand Louis Pasteur
tranche la question. Grâce à une série d’expériences ingénieuses Pasteur montre que les
microorganismes qui sont présents dans l’air peuvent contaminer des solutions stériles, mais
que l’air lui-même ne crée pas de microbes. Il donne enfin le coup de grâce à cette théorie en
montrant que le développement d'organismes dans un milieu préalablement stérilisé est
uniquement dû à une contamination par des microbes contenu dans l'air ambiant.

La première expérience dans ce sens consista à démontrer d’abord l’existence des germes
dans l’air.

Pour ce faire, Pasteur mit au point une méthode qui consistait à filtrer l’air, en particulier celui
de la rue, par aspiration à travers le coton-poudre (substance explosive obtenues par l’action
d’acide nitrique sur le coton) Ensuite la bourre était dissoute dans un mélange alcool-éther. I
recueillit ainsi les poussières qu’il examinait au microscope. Après examen, Pasteur montra
que l’on trouve dans l’air de nombreuses particules minérales et organiques mais aussi des
corpuscules organisées, des germes ou spores.

Figure 3 : dispositif utilisé par Pasteur pour filtrer l’air de ls rue
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Pour déterminer l’influence de l’air sur les milieux nutritifs, Pasteur prit un certain nombre de
ballons de verre, dans lesquels il mit un liquide fermentescible. Il étira à la lampe les cols des
récipients en recourbant de diverses manières le ballon à col de cygne), mais en laissant les
extrémités ouverte. Il fit ensuite bouillir le liquide pendant quelques minutes pour tous les
ballons, sauf pour ont été mis à part et ne subissaient d’ébullition. Puis il plaça tous les ballons
dans un lieu où l’air était parfaitement calme. Après 34 heures, le liquide des récipients
n’ayant subi aucune ébullition se troubla et présenta des champignons. Le liquide des autres
ballons était resté limpide et le resta pendant des mois, voire des années, bien que ceux-ci
communiquaient avec l’atmosphère. On doit en conclure que les coudes pratiquées dans les
cols ont empêché les poussières de pénétrer à l’intérieur des ballons et d’entrer de ce fait en
contact avec le liquide.

Figure 4 : Ballon à « col de cygne » de Pasteur (source : Wikipédia)

Ainsi les travaux de Pasteur ont contribué de façon décisive au progrès de la microbiologie. Il
a démontré que la vie microbienne peut être détruite par la chaleur et qu’on peut mettre au
point des méthodes pour protéger des milieux nutritifs contre les microorganismes aériens. En
d’autres termes, il a montré comment stériliser des milieux nutritifs et les garder stériles.

Ces découvertes sont à l’origine de l’asepsie, ensemble des méthodes qui peuvent permettre
de prévenir la contamination par les microorganismes indésirables.

En 1893, George Tyndall démontre que la poussière porte réellement les germes. S’il n'y
avait pas de poussière, le flacon de bouillon pouvait rester au contact de l'air tout en restant
stérile. Il montre également qu'il existe des formes d'endospores bactériennes résistantes à la
chaleur : Bacillus subtilis (bactérie du foin). Il constata aussi qu'un milieu contenant des
bactéries sporogènes peut être efficacement stérilisé s’il est porté à température modérée à
plusieurs reprises ce qui a pour conséquence de tuer les formes végétatives thermosensibles
elles (les formes en phase de reproduction). C'est le principe de stérilisation appelé
Tyndallisation encore utilisée de nos jours.

1.2.3 La théorie de la panspermie : origine extraterrestre des microorganismes

Selon cette théorie, la vie viendrait de l'espace, et les micrométéorites, météorites (fragments
d'astéroïdes tombant sur Terre) et comètes qui errent dans les immensités insondables de
l'espace interstellaire transporteraient des formes de vie primitives, prêtes à émerger de leur
long sommeil à tout instant.
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Hermann Richter (1865) a soutenu l’idée selon laquelle la vie pourrait venir de profondeurs
de l'espace, et la Terre aurait très bien pu être ensemencée par des particules célestes
grouillantes d'êtres vivants, les cosmozoaires. Enfouis au cœur des météorites, ces derniers
pourraient traverser l'atmosphère terrestre sans subir de dommages importants.

En 1903, Svante Arrhenius reprend l'idée de Richter en l'améliorant. Arrhenius est persuadé
que l'espace est peuplé de spores qui vagabondent dans les immensités interstellaires, poussés
par le rayonnement des étoiles. Il étudie en détail le problème du déplacement de ces spores,
ainsi que leur capacité de résistance aux températures excessivement basses du milieu
cosmique. Selon lui, le fait que des spores d'organismes terrestres soient encore viables après
avoir été plongées dans de l'azote liquide prouve que celles-ci peuvent parfaitement
s'accommoder du froid spatial. A l'époque, on ignorait cependant l'existence du vide, du
rayonnement ultraviolet et les rayons cosmiques.

Aussi séduisante soit-elle, la panspermie ne fait cependant que repousser le mystère des
origines de la vie, en le déplaçant de la Terre vers l'espace.

1.2.4 La théorie de l’origine chimique de la vie

Louis Pasteur a confirmé la théorie de la biogenèse en démontrant que toute apparition de vie
« spontanée » dans une solution non vivante peut être attribuée à une contamination par des
microorganismes déjà présents dans l’air ou dans le liquide lui-même.
Aujourd’hui, de nombreux scientifiques croient qu’une certaine forme de génération
spontanée a probablement eu lieu sur la Terre primitive à l’époque où la vie est apparue, mais
ils conviennent que cela ne se produit pas dans les conditions environnementales qui existent
maintenant.

En 1924, le biochimiste russe Aleksandr Oparin développe une théorie audacieuse sur
« l’origine de la vie ». Pour lui, l'évolution biologique aurait été précédée d'une évolution
chimique.

Oparin suppose que l'atmosphère terrestre primitive devait être bien différente de notre
atmosphère actuelle. Dépourvue d'oxygène, elle était réductrice et riche en hydrogène (H2),
méthane (CH4), dioxyde de carbone (CO2), monoxyde de carbone (CO), ammoniac (NH3),
azote (N2) et vapeur d’eau (H2O).
Dans cette atmosphère primitive, des molécules comme l'acide cyanhydrique ou le
formaldéhyde peuvent se former. Ces composés se dissolvent ensuite dans les océans, mers et
lacs, avant de se combiner pour donner naissance à des molécules d'intérêt biologique, comme
les acides aminés (composants des protéines), les sucres et les bases azotées (composants des
acides nucléiques). Ces briques du vivant, en s'assemblant entre elles grâce à l'action
catalytique de composés organiques ou de matrices argileuses minérales, finissent par former
les macromolécules (protéines et acides nucléiques) constitutives des cellules vivantes. Ces
substances organique se sont donc accumulées dans les eaux des océans et autres milieux
aquatiques et ont formé la soupe primordiale ou la soupe chaude.

Des structures colloïdales en forme de petites sphères creuses apparaissent simultanément.

Avec le temps, ces petites vésicules concentrent les macromolécules. Puisant dans le milieu
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extérieur les éléments nécessaires à leur croissance, capables de se reproduire et soumis à la

sélection chimique naturelle, ces systèmes chimiques ont fini par devenir vivant. Les
premières cellules étaient nées...

Quelques années plus tard, en 1927, et sans avoir eu connaissance des idées d'Oparin, un
biologiste anglais, John Burton Haldane, avance la même hypothèse. Pour ces deux
chercheurs, la vie serait donc apparue suite à la synthèse de molécules organiques dans
l'atmosphère, suivi de leur dissolution dans des lacs ou des océans. Dans ce milieu aqueux, la
matière se serait complexifiée pour donner naissance aux premières cellules (hétérotrophes,
puisque ces dernières se nourrissaient de matières organiques). Pour décrire les processus et
les molécules aboutissant à l'émergence du vivant, Oparin invente le terme prébiotique.

L'expérience de Stanley Miller

L'hypothèse d'Oparin/Haldane, bien que séduisante, devait être vérifiée par l'expérimentation
en laboratoire. L'environnement terrestre ayant profondément changé, il n'est effectivement
plus possible d'observer sur Terre cette évolution chimique. Les molécules qui se formeraient
aujourd'hui par des processus prébiotiques seraient immédiatement détruites par l'oxygène
atmosphérique ou consommées par des êtres vivants.

En 1953, Stanley Miller, tente de simuler la synthèse des molécules organiques dans un
environnement rappelant celui de la Terre primitive. Pour Oparin, l'atmosphère terrestre était
un milieu réducteur. Le jeune chimiste fabrique donc une atmosphère similaire à celle de la
Terre primitive en mélangeant dans un ballon de l'hydrogène, du méthane, de l'ammoniac et
de la vapeur d'eau. En guise de lacs, Miller verse au fond de son ballon une petite quantité
d'eau, qu'il chauffe avec beaucoup de soin (la Terre primitive étant considérée comme un
environnement chaud). Pour finir, Miller soumet son modèle de terre primitive à des
décharges électriques sensées simuler les éclairs orageux zébrant la basse troposphère
terrestre.

Après plusieurs jours, Miller constate qu'un matériau sombre et peu engageant s'est déposé sur
les parois du ballon. L'analyse du dépôt montre que celui-ci est constitué de nombreux
composés organiques, en particulier du formaldéhyde et de l'acide cyanhydrique (deux
molécules qui jouent des rôles clés dans la synthèse de molécules organiques d'intérêt
biologique), ainsi qu'une petite quantité d'acides aminés (4 en tout), en majorité de la glycine.
Grâce à une expérience très simple, Stanley Miller venait de prouver que la synthèse des
briques du vivant était possible à partir d'un mélange chimique très simple.
 [10]

Figure 5 : Dispositif de Miller pour simuler la synthèse des substances fondamentales de la
vie (Source : Wikipédia) : L'appareillage est rempli d'une atmosphère de méthane,
d'ammoniac et d'hydrogène. Un ballon rempli d'eau simule un océan primitif (l'eau est
chauffée par une résistance, ce qui contribue à enrichir l'atmosphère en vapeur d'eau). Deux
électrodes, qui servent à produire des éclairs, fournissent l'énergie au système. Après une
semaine de fonctionnement, différents composés organiques dont des acides aminés
précipitent au fond du ballon

1.3 La théorie germinale des maladies

Une des étapes qui a permis d’établir la relation entre les microorganismes et la maladie est
amorcée par un groupe des marchands français qui demandent à Pasteur de trouver ce qui fait
aigrir le vin et la bière. Ils espèrent mettre au point une méthode qui empêchera la
détérioration de ces boissons quand elles sont transportées sur de longues distances. A
l’époque beaucoup de scientifiques croient que l’air convertit le sucre présent dans ces
liquides en alcool. Pasteur découvrent que ce sont plutôt des microorganismes appelés
levures qui transforment le sucre en alcool en l’absence de l’air. Ce procédé appelé
fermentation sert à la fabrication du vin et de la bière. Toutefois pasteur découvre que ces
boissons aigrissent et se détériorent sous l’action des microorganismes différents appelés
bactéries.

En présence d’air, ces bactéries transforment l’alcool du vin et de la bière en vinaigre. L a

solution de Pasteur à ce problème est de chauffer la bière et le vin juste assez pour tuer la
plupart des bactéries qui le font aigrir. Ce procédé est appelé pasteurisation ; utilisé à
l’origine pour traiter les boissons alcoolisées, il est maintenant employé communément pour
 [11]

tuer des bactéries du lait qui font tourner ce dernier et dont certaines peuvent être nocives
pour la santé. La mise au jour du lien entre la détérioration des aliments et les
microorganismes représentent un grand pas vers l’établissement de la relation entre la maladie
et les microbes.

Or pendant longtemps les maladies ont été associées aux phénomènes surnaturels. Il a fallu
attendre jusqu'en 1546 pour qu'apparaissent quelques arguments en faveur du rôle des micro-
organismes dans les maux des hommes. Bassi (1835-1844) démontra qu'un micro-organisme
pouvait provoquer une maladie : il mit en évidence le fait que la maladie du ver à soie était
due à un champignon. Il postula alors que toutes les maladies sont causées par des bactéries.

Le chirurgien John Lister s'intéressa en 1867 à la prévention de l'infection des plaies. En se

basant sur les études de Pasteur qui laissaient supposer que les micro-organismes étaient les
agents des maladies humaines, il développa une méthode chirurgicale aseptique :

- Les instruments sont stérilisés par la chaleur ;

- Les pansements doivent être imbibés de phénols ;
- La vaporisation des phénols dans les pièces d'opération.

Il obtint ainsi de francs succès médicaux provoquant une transformation de la chirurgie.

Cependant Lister ne prouva pas que les bactéries étaient responsables des maladies.

Robert Koch (1843-1910) fut le premier à rapprocher la maladie du charbon à la bactérie

Bacillus anthracis. Il injecta à des souris saines des bactéries provenant d'animaux malades.
Ensuite, les souris étant tombées malades il leur préleva la rate et les analysa. Il y détecta la
présence de bacilles et de spores. Il constata alors que l'injection seule de bacilles ou de spores
suffit à déclencher la maladie.

Après ces travaux, il rédigea en 1884 les Postulats de KOCH permettant d'établir des
relations causales entre maladies et micro-organismes :

- Le micro-organisme doit être présent dans chaque cas de maladie mais pas dans les
organismes sains.
- Le micro-organisme doit pouvoir être isolé et cultivé en culture pure.
- La maladie doit se développer lorsque le micro-organisme est inoculé à un organisme
sain.
- Ce même micro-organisme injecté à un animal sain doit pouvoir être de nouveau isolé
à partir de l'autre malade.

Koch est célèbre pour son travail sur le bacille de la tuberculose, le Bacille de Koch,
Mycobacterium tuberculosis.

À la fin des années 1880, et grâce aux travaux de Louis Pasteur et de Robert Koch, la théorie
germinale des maladies infectieuses est établie : pour chaque maladie infectieuse on peut
trouver un micro-organisme spécifique. Celui-ci :

- est visible au microscope,

-  peut être cultivé sur un milieu nutritif approprié,
-  est retenu par le filtre en porcelaine.
 [12]

1.4 Microorganismes et vaccination

En 1796, avant que Koch n’établisse que la maladie du charbon est provoquée par un
microorganisme spécifique, Edward Jenner se lance dans une expérience pour trouver un
moyen de protéger la population humaine contre la variole. En effet, Au XVIe siècle, il y eut
en Europe six grandes épidémies de variole. Chaque année plus de cinq cent mille personnes
mouraient de cette maladie qui était parmi les plus contagieuses : il suffisait de toucher les
vêtements ou une partie du corps d'un malade pour être contaminé.

Toutefois, depuis les temps les plus reculés, on savait que lorsqu'une personne parvenait à
guérir, elle ne craignait plus la contagion : elle était immunisée. On pensa alors que si
certaines personnes guérissaient, c'était que la variole se manifestait parfois sous une forme
légère. Il fallait donc se faire contaminer par des varioleux qui n'étaient pas gravement
malades ; d'une part, on était sûr de guérir et, d'autre part, on était protégé contre cette terrible
maladie toute la vie. Mais cette méthode, qui avait tout d'abord soulevé un grand
enthousiasme, présenta bien vite des inconvénients. Sur trois cents personnes, il en mourait au
moins quatre, et les autres ne guérissaient jamais complètement. L'infection demeurait dans le
sang et, souvent, on tombait malade à nouveau et on mourait. Edward Jenner, médecin de
campagne anglais, entendit raconter par les paysans du lieu que beaucoup d'entre eux avaient
eu la variole et avaient été guéris au bout de quelques jours après avoir été contaminés par les
vaches atteintes par la vaccine, maladie beigne, semblable à la variole des hommes, et
caractérisée, elle aussi, par de petites pustules répandues sur tout le corps.

Après de longues observations, il constata que tous les paysans contaminés par les vaches
n'étaient que légèrement malades et que leurs pustules ne laissaient pas de cicatrice. Plus de
doute : il existait bien une "variole des vaches", sans conséquence mortelle pour l'homme.

Mais il suffisait de l'avoir contractée pour être immunisé contre la variole des hommes ?
Edward Jenner inocula dans le bras d'un petit paysan la substance contenue dans les pustules
d'une forme de vaccine, puis, au bout de quelques jours, il lui inocula des germes de la variole
mortelle des hommes. Non seulement le petit paysan ne fut pas touché par la vaccine, mais il
fut immunisé contre la variole. Jenner donna le nom de la « vaccination » au nouveau
procédé, puisqu'on se servait de la substance contenue dans les pustules des vaches atteintes
de la "vaccine".
 [13]

2. Classification des microorganismes

 
2.1 La taxonomie

La taxonomie (on dit aussi taxinomie) est la science qui en Biologie étudie la classification
des êtres vivants. On classe tous organismes vivants dans des divisions successives qui
forment la hiérarchie taxinomique. L’organisation des organismes en unités taxonomiques,
appelées taxons, permet de faire ressortir leur degré de similitudes et les relations
phylogénétiques qui existent entre eux.

La hiérarchie des taxons met en évidence les relations évolutives probables, ou

phylogénétiques, entre ces derniers.

La hiérarchie taxonomique se présente de la manière suivante (exemple : taxons

d’Escherichia coli :

 Espèce : Escherichia coli

 Genre : Escherichia

 Famille : Enterobacteriaceae

 Ordre : Enterobacteriales

 Classe : Gammaproteobacteria

 Embranchement(ou phylum, terme utilisé surtout en botanique) : Proteobacteria

 Règne (division non définie pour les bactéries),

 Domaine : Bacteria

2.2 Les règles de la classification

2.2.1 La nomenclature binominale

Le système de nomenclature des organismes utilisé aujourd’hui a été mis au point par Carl
von Linné en 1735. C’est la nomenclature binominale.

Tout nom scientifique doit être un mot latin (le terme désignant le genre peut toutefois être
emprunté au grec) ou un mot latinisé par l’ajout d’un suffixe approprié. Par exemple, dans le
domaine des bactéries, les suffixes employés pour les termes désignant un ordre et une famille
sont respectivement – ales et –aceae. Les noms scientifiques sont en latin car c’était la langue
utilisée traditionnellement par les savants.

Suivant la nomenclature scientifique, l’appellation de chaque organisme est formée de deux

mots : le premier désigne le genre et il porte toujours la majuscule ; le second est une épithète
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spécifique (qui désigne l’espèce) sans majuscule. Comme ce système désigne chaque
organisme au moyen de deux mots, on l’appelle « nomenclature binominale ».

Les deux mots de la nomenclature binominale sont écrits en italiques ou soulignés. On a

l’habitude après avoir mentionné un nom scientifique une fois, de l’abréger en écrivant la
lettre initiale du genre suivie de l’épithète spécifique.

Les noms scientifiques peuvent, entre autre, rendre hommage à un chercheur. Par exemple, le
nom du genre de la bactérie Escherichia coli a été donné en l’honneur du scientifique
Theodore Escherich, alors que son épithète spécifique, coli, indique qu’E. coli habite le côlon,
ou gros intestin.

2.2.2 Ouvrage de référence en matière de classification

Les scientifiques du monde entier emploient la nomenclature binominale, quelle que soit leur
langue maternelle, de manière à partager leurs connaissances de façon précise.

C’est le Comité international de bactériologie systématique qui fixe les règles de

nomenclature des bactéries. Le Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology est l’ouvrage de
référence en matière de classification des bactéries. Il propose un modèle d’identification
fondé sur des critères tels que la composition de la paroi cellulaire, la morphologie, la
coloration différentielle, les besoins en oxygène et les épreuves biochimiques.

2.2.3 La classification des organismes procaryotes

Une espèce procaryote n’est pas définie de la même façon qu’une espèce eucaryote, qui est un
ensemble d’organismes étroitement apparentés et interféconds. Contrairement à la
reproduction des eucaryotes, la division cellulaire des bactéries est asexuée. On peut donc
définir une espèce procaryote simplement comme une population des cellules bactériennes
ayant des caractéristiques semblables servant à la classification.

Toutefois dans certains cas, des cultures pures d’une même espèce ne sont pas tout à fait
identiques. On utilise alors le terme de souche pour désigner chaque groupe, une souche étant
un ensemble de cellules bactériennes descendant toutes d’une même cellule mère.

On distingue les souches d’une même espèce en faisant suivre l’épithète spécifique d’un
numéro, d’une lettre ou d’un nom. Par exemple, la souche E.coli O 157 :H7 est l’agent
responsable de la diarrhée associée à la maladie du hamburger.

2.2.4 Méthodes de classification et d’identification des microorganismes

Trois types de taxonomie sont actuellement utilisés pour la classification et l’identification

des microorganismes, à savoir la taxonomie phénotypique, la chimiotaxonomie et la
taxonomie moléculaire. Dans le cadre de ce cours de microbiologie générale, nous
examinerons uniquement la taxonomie phénotypique. La taxonomie moléculaire sera
examinée dans le cadre d’autres cours, notamment celui de microbiologie appliquée. Par
 [15]

contre les méthodes chimiotaxonomiques étant complexes elles ne seront pas vues car elles
sont réservées à des laboratoires spécialisées.

2.2.4.1 La taxonomie phénotypique

Elle utilise un nombre restreint des caractères importants tels que les caractères
morphologiques, les caractères tinctoriaux, les épreuves biochimiques, la nature d’acides gras,
les épreuves sérologiques et la lysotypie.

 Les caractères morphologiques

Ils sont utiles pour identifier des microorganismes, en particulier à l’aide de techniques de
microscopie qui permettent de mettre en évidence la forme, la taille et les structures
cellulaires. Cependant la morphologie cellulaire fournit peu d’informations à propos des
relations phylogénétiques des microorganismes. Les caractères morphologiques sont utiles
pour orienter le processus d’identification. Ils n’interviennent pas dans la classification (sauf
pour les cyanobactéries) des microorganismes.

 Les caractères tinctoriaux 

Les techniques de coloration différentielle sont utiles pour identifier des microorganismes à
partir de l’affinité tinctoriale de la paroi cellulaire pour certains colorants, par exemple, la
coloration différentielle de Gram. La majorité des bactéries sont soit à Gram positif soit à
gram négatif. D’autres colorations différentielles telles que la coloration acido-alcoolo-
résistante, peuvent servir à identifier des microorganismes appartenant à des groupes
restreints ; les colorations différentielles permettent d’établir des relations phylogénétiques.

 Les épreuves biochimiques

La présence de diverses enzymes et l’activité enzymatique servent souvent à différencier des

bactéries. Il est généralement possible de distinguer des bactéries étroitement apparentées et
de les regrouper en des espèces distinctes au moyen d’épreuves biochimiques. Les épreuves
biochimiques ont cependant une portée limitée. En effet, les mutations et l’acquisition d’un
plasmide peuvent donner naissance à des souches présentant des caractéristiques différentes.

 La nature d’acides gras

Les bactéries synthétisent une large gamme d’acides gras. La présence de ces acides gras
permet d’identifier des microorganismes et non la détermination de leurs relations
phylogénétiques.
 [16]

 Les épreuves sérologiques

Concepts de base

La sérologie est la science qui étudie le sérum sanguin et les réactions immunitaires, c'est-à-
dire les réactions entre les antigènes et les anticorps. Les microorganismes sont antigéniques,
c'est-à-dire que leur présence dans le corps d’un animal incite celui-ci à produire des
anticorps. Cette réaction de défense spécifique à une invasion par une substance ou un
organisme étranger est appelée immunité.

Les anticorps sont des protéines contenues dans le sérum sanguin (liquide surnageant obtenu
après la coagulation du sang dans un tube). Si l’on soumet le sérum à un courant électrique
(électrophorèse), les protéines sériques qu’il contient se déplacent à des vitesses différentes et
se séparent en formant des fractions ; Certaines de ces fractions sont constituées de protéines
globulaires appelées « globulines ou immunoglobulines: on les classe en globulines α
(alpha), β (bêta) et γ (gamma)

Un antigène est une substance chimique ou un microorganisme qui provoque la réaction de

défense du corps par la production d’anticorps spécifiques ou de lymphocytes T. L’antigène
se lie à l’anticorps pour former un complexe « antigène – anticorps ».

Figure 6 : schéma simplifié de la réaction anticorps (Ab) – antigène (Ag)

La conséquence de la formation de ce complexe est l’agglutination (formation d’agrégats,
des grumeaux)

On trouve sur le marché des trousses commerciales contenant des solutions d’anticorps
destinées à l’identification de divers microorganismes importants d’un point de vue médical.
Ce type de solution s’appelle antisérum ou immun sérum. Si on isole une bactérie inconnue
d’un patient, on peut souvent l’identifier rapidement à l’aide d’antisérums connus.

Test d’agglutination sur lame

 [17]

Le test d’agglutination sur lame avec l’antisérum est une procédure qui consiste à
incorporer des échantillons d’une bactérie inconnue dans des gouttes de solution saline (eau
physiologique) placées sur différentes lames. On ajoute ensuite un antisérum différent à
chaque échantillon. Les bactéries s‘agglutinent (ou forment des grumeaux) lorsqu’elles sont
mélangées aux anticorps spécifiquement produits en réaction à cette espèce ou souche des
bactéries ; l’agglutination indique que l’épreuve est positive.

Les épreuves sérologiques permettent de différencier non seulement des espèces de

microorganismes, mais aussi des souches d’une même espèce. Rebecca Lancefield (1933) a
réussi à classer des sérotypes de streptocoques grâce à l’étude de réactions sérologiques. Elle
a découvert que les antigènes présents sur la paroi cellulaire de divers sérotypes de
streptocoques stimulaient la production d’anticorps spécifiques.

Les méthodes immunoenzymatiques

Elles font intervenir les réactions des microorganismes avec des anticorps spécifiques ; elles
sont utiles pour déterminer l’identité des souches et des espèces bactériennes ou virales, de
même que les relations phylogénétiques entre les organismes. La méthode ELISA et la
technique de transfert de Western sont deux exemples d’épreuves sérologiques appelées
aussi méthodes immunoenzymatiques.

La technique ELISA sert à dépister la présence d'anticorps ou d'antigènes particuliers dans un

échantillon. Elle est très simple et permet d'analyser un grand nombre d'échantillons à la fois,
ce qui en fait une technique de diagnostic très importante.

La méthode ELISA tire avantage de la propriété naturelle des antigènes et des anticorps de se
lier ensemble.

Méthode Elisa directe

1. L’anticorps spécifique de l’antigène (spécimen de bactéries inconnues) qu’on veut

détecter est adsorbé sur la surface des puits de la plaque de micro titrage.
2. On ajoute à chaque puits un spécimen de bactéries inconnues (l’antigène à tester);
l’antigène réagit spécifiquement avec l’anticorps adsorbé sur le puits et est retenu
alors que les autres antigènes sont emportés lorsqu’on lave les puits ;
3. On ajoute alors un anticorps spécifique de l’antigène. Si les deux réagissent avec
l’antigène, ce dernier se trouve pris en sandwich. La réaction est révélée par une
enzyme, telle que la phosphatase alcaline, la peroxydase, conjuguée au second
anticorps. On lave les puits pour éliminer les anticorps conjugués à l’enzyme qui ne
sont pas liés à l’antigène.
4. Le substrat de l’enzyme est ajouté. Un changement de couleur s’opère qui permet de
visualiser l’activité enzymatique. On obtient un résultat positif si l’antigène a réagi
avec les anticorps adsorbés au cours de la première étape.
 [18]

Méthode ELISA indirecte

La méthode Elisa indirecte permet la détection des anticorps au moyen d’antigènes connus
(voir schéma).

On utilise par exemple une méthode ELISA pour effectuer les tests de détection des antigènes
de salmonellose et du choléra et pour les tests de détection des anticorps anti-VIH

La technique de transfert de Southern

Les transferts de Southern, de Northern et de Western sont utilisés afin de dépister

respectivement l'ADN, l'ARN messager (ARNm) et les protéines. Le transfert fait référence à
la technique actuelle selon laquelle les molécules ont été séparées sur un gel et transférées sur
un papier appelé nitrate de cellulose. M. Edward Southern a conçu la technique de transfert
d'ADN et y a donné son nom, et le nom des techniques de transfert Northern et Western en
ont découlé.

Avant de pouvoir procéder au transfert lui-même, l'ADN qui a été coupé avec des enzymes de
restriction est séparé par l'électrophorèse sur gel.

Pour l'étape du transfert, le gel est placé sur une éponge qui se trouve dans une solution
tampon. Le papier de nitrate de cellulose où l'ADN sera transféré est placé au-dessus du gel
puis recouvert de papier essuie-tout et d'un poids. Le transfert de l'ADN du gel au papier se
fait par capillarité, alors que la solution tampon imbibe les essuie-tout secs. Après plusieurs
heures, le transfert est complété et les fragments d'ADN présents sur le papier sont dans la
même position qu'ils étaient dans le gel.

La membrane est alors chauffée, dans le cas de nitrocellulose, ou exposée au rayonnement

ultraviolet si c'est du nylon, et ce, afin de fixer de manière permanente l'ADN sur la
membrane.

La membrane est ensuite mise en contact avec une sonde spécifique de la séquence d'ADN
recherchée. La sonde est marquée de sorte qu'elle puisse être détectée, par incorporation de
radioisotopes ou par "étiquetage" de la molécule avec un fluorophore ou un antigène. Dans
certains cas, la sonde peut être faite à partir d'ARN, plutôt que d'ADN.

Après hybridation, la sonde en excès est éliminée de la membrane par différents lavages, et
l'hybridation est visualisée sur un film autoradiographique, dans le cas d'une sonde radioactive
ou fluorescente.

On fait le transfert de Northern de la même façon que le transfert de Southern, mais on utilise
l'ARNm au lieu de l'ADN.

Le transfert de Western fait également appel à la même procédure que le transfert de

Southern, mais il sert plutôt à déceler les protéines et non l'ADN. Après le transfert des
protéines sur le papier, on utilise des anticorps afin d'en établir la présence. L'anticorps
principal se fixe à la protéine présente sur le papier et l'anticorps secondaire se fixe à
 [19]

l'anticorps principal. L'anticorps secondaire est soit étiqueté par une couleur soit lié à un
enzyme qui peut produire une couleur afin de cerner où il se trouve sur le papier.

 La lysotypie

Elle consiste à identifier les souches et les espèces bactériennes par la détermination de leur
sensibilité à divers phages.
La lysotypie sert, comme les épreuves sérologiques, à déterminer les similitudes entre
bactéries. Ces deux méthodes sont utiles pour trouver l’origine d’une maladie et suivre son
évolution. La lysotypie est une épreuve destinée à identifier les phages auxquels une bactérie
est sensible. Les bactériophages (ou phages) sont des virus qui infectent des bactéries, dont ils
provoquent généralement la lyse. La lysotypie se fonde sur le fait que les phages sont très
spécialisés, en ce sens qu’ils n’infectent le plus souvent que les membres d’une espèce
donnée, ou même de souches données d’une espèce. Une souche bactérienne peut être
sensible à deux phages distincts, tandis qu’une autre souche de la même espèce est sensible
aux deux mêmes phages, et aussi à un troisième.
 [20]

3. La nutrition microbienne

3.1 Besoins nutritionnels

Pour se développer, les microorganismes vivants, y compris les bactéries, doivent puiser dans
leur environnement les substances nutritives ou nutriments. Ils ont besoin en quantité
suffisante d’hydrogène (H), d’oxygène (O2), de carbone (C) et d’azote (N) qui sont des
éléments essentiels, ayant un caractère limitatif. Les autres éléments indispensables sont le
soufre (S), le phosphore(P), le potassium(K) le magnésium (Mg), le manganèse (Mn), le
calcium (Ca), le fer (Fe), le cobalt
Les éléments exigés en grande quantité sont appelés des macroéléments tandis que ceux qui
sont exigés en petites quantités sont appelés les oligoéléments : par exemple, le Cu, le Co, le
Zn et le Mo.
Certains microorganismes notamment les mutants nutritionnels ont également besoin de
petites quantités de vitamines et de facteurs de croissance qu’ils ne peuvent synthétiser eux-
mêmes à partir de nutriments principaux.
Les substances utilisées comme facteur de croissance sont notamment les acides aminés et les
bases pyrimidiques.

3.2 Les catégories nutritionnelles

Les organismes vivants peuvent être classés en catégories nutrionnelles ou types trophiques
en fonction de la nature de la source d’énergie, de la source de carbone et du donneur
d’électrons dans les réactions d’oxydoréduction.

 Source d’énergie

Si l’on considère la source d’énergie, on peut généralement regrouper les microorganismes en

phototrophes et en chimiotrophes.

Les bactéries phototrophes utilisent l'énergie lumineuse pour la photosynthèse. Selon que le
donneur d’électron est minéral (H2, H2S, H2O) ou organique (un alcool, par exemple), on a
des bactéries photolithotrophes ou des bactéries photoorganotrophes.

Les bactéries chimiotrophes puisent leur énergie à partir de composés minéraux ou

organiques. Selon que le donneur d’électron est minéral (H 2, NH3, NO2, dérivés de S) ou
organique, on trouve respectivement des bactéries chimiolithotrophes ou des bactéries
chimioorganotrophes.

 Source de carbone

La source de carbone permet la différenciation de deux types trophiques : l’autotrophie et

l’hétérotrophie.
 [21]

Les autotrophes

Les autotrophes utilisent comme principale source de carbone, le dioxyde de carbone et les
hétérotrophes ont besoin d’une source de carbone organique. Les autotrophes portent aussi le
nom de lithotrophes (mangeurs de roches) et les hétérotrophes, celui d’organotrophes.
Combinant les sources d’énergie, d’électrons et de carbone, on obtient les classes
nutritionnelles suivantes : photoautotrophes, photohétérotrophes, chimioautotrophes et
chimiohétérotrophes.

Les photoautotrophes (ou photolithotrophes)

Les photoautotrophes utilisent la lumière comme source d’énergie et le dioxyde de carbone

comme principale source de carbone. Ils comprennent les bactéries photosynthétiques :
bactéries vertes sulfureuses (Chlorobium) et pourpres sulfureuses (Chromatium), ainsi que les
cyanobactéries (Nostoc), les algues et les plantes vertes. Lors des réactions photosynthétiques
des Cyanobactéries, des algues et des plantes vertes, les atomes d’hydrogènes de l’eau servent
à réduire le dioxyde de carbone et il y a libération d’oxygène sous forme gazeuse. Ce
processus photosynthétique est oxygénique. Les bactéries vertes sulfureuses et les bactéries
pourpres sulfureuses ne peuvent pas utiliser H2O pour réduire le CO2 ; ils utilisent d’autres
composés tels que H2S. Leur processus photosynthétique est anoxygénique.

Photosynthèse oxygénique (les Cyanobactéries, par exemple) :

H2O + CO2 → (CH2O) + O2

Photosynthèse anoxygénique (par exemple les bactéries sulfureuses vertes)

2 H2 + CO2 → (CH2O) + H2O ou encore

2 H2S + CO2 → (CH2O) + 2 S

Les photohétérotrophes (ou photoorganotrophes)

Ils utilisent la lumière comme source d’énergie mais sont incapables de convertir le CO 2 en
sucre. A la place, ils emploient des composés organiques, tels que les alcools, les acides gras,
d’autres acides carboxyliques et des glucides comme sources de carbone. Ils sont
anoxygéniques. Les bactéries vertes non sulfureuses (Chloroflexus) et les bactéries pourpres
non sulfureuses (Rhodopseudomonas) sont phothétérotrophes.

9 C2H4O2 → 2 CO2 + 4 (C4H6O2) + 6 H2O

Il s’agit en fait d’une photoassimilation des substances organiques : par exemple,

l’assimilation photosynthétique de l’acide acétique pour former l’acide  hydroxybutyrique.
 [22]

Les chimioautotrophes (ou chimiolithotrophes)

Ils se servent de CO2 comme source principale de carbone et utilisent les électrons provenant
des composés inorganiques réduits comme source d’énergie. Les sources inorganiques
d’énergie chez ces organismes comprennent les sulfures d’hydrogène H2S pour Beggiatoa,
l’élément soufre (S) pour Thiobacillus thiooxydans, l’ammoniac (NH3) pour Nitrosomonas
l’ion nitrite (NO2-) pour Nitrobacter, le dihydrogène pour Hydrogenobacter et l’ion ferreux
(Fe 2+) pour Thiobacillus ferrooxydans.
L’énergie obtenue par l’oxydation de ces composés inorganiques est finalement stockée sous
forme d’ATP.

Les chimiohétérotrophes

Les chimiohétérotrophes utilisent comme source d’énergie les réactions d’oxydoréductions et

comme source de carbone un composé organique.
Parmi les chimiohétérotrophes, on peut signaler un groupe spécial, celui des méthanotrophes
et des méthylotrophes.
Les “ Méthanotrophes ” ( étymologiquement : “ se nourrissant de méthane ”) sont des
organismes capables de croître et se multiplier en utilisant le méthane comme seule source de
carbone et d'énergie. A la différence des bactéries méthanogènes (qui produisent du méthane),
elles doivent vivre en condition aérobie ou en contact avec une source d’oxygène car elles
doivent oxyder le méthane en utilisant de l’oxygène pour produire des formaldéhydes, qui
sont ensuite incorporés dans les composés organiques et/ou transformés.
Les bactéries méthanotrophes sont présentes dans les océans, les vases, les marais et
tourbières, le milieu souterrain et les sols, les rizières et les sites d'enfouissement contenant
des déchets organiques (source de méthane par fermentation anaérobie).
La « méthanotrophie » est un cas particulier de « méthylotrophie », qui utilise des
composés à un atome de carbone, moins oxydé que le dioxyde de carbone. La plupart des
méthylotrophes peuvent cependant aussi utiliser des composés plus complexes à plusieurs
atomes de carbone, ce qui les différencie des méthanotrophes qui sont habituellement des
utilisateurs plus performants du méthane.

 Nombre de source de carbone

Selon le nombre de source de carbone requis pour la croissance, on distingue les

microorganismes prototrophes et les microorganismes auxotrophes

Les microorganismes prototrophes n’ont besoin que d’une seule source de carbone. Elles
sont capables de se développer dans un milieu minimal, c'est-à-dire un milieu comprenant, en
plus de la source de carbone, le plus souvent le glucose, une source ammoniacale, les anions
phosphates et sulfates, les cations K+, Ca2+, Mg2+ ; Fe2+, Co2+, Zn2+. De nombreux
microorganismes sont prototrophes.
 [23]

Les microorganismes auxotrophes, ce sont surtout des mutants dépourvus d’une ou de

plusieurs chaînes enzymatiques permettant la synthèse de métabolites essentiels ; ils ne se
développent en milieu minimal que si l’on y ajoute des facteurs de croissance ou des
vitamines. Ce milieu est alors appelé milieu complet.

3.3 Les milieux de culture

 Définitions

Un milieu de culture est une préparation nutritive destinée à la croissance de

microorganismes en laboratoire.
Le prélèvement des microbes introduits dans un milieu de culture en vue de leur croissance
s’appelle inoculum. Les microbes qui se développent et se multiplient dans un ou sur un
milieu de culture constituent une culture. Il est essentiel que le milieu de culture soit
initialement stérile, c'est-à-dire qu’il ne contienne aucun microorganisme vivant, de manière
que la culture soit constituée uniquement des microbes ajoutés au milieu et de leurs
descendants. Enfin un milieu de culture doit être incubé à une température appropriée.

Les milieux liquides, appelés couramment bouillons de culture, sont fort utiles mais,
lorsqu’il est préférable de faire croître des bactéries sur milieu solide, on ajoute au bouillon de
culture un agent de solidification tel que l’agar-agar, ou agar, le milieu de culture s’appelle
alors gélose.
L’agar-agar est un polysaccharide extrait d’une algue marine, depuis longtemps utilisé comme
gélifiant dans la préparation d’aliments tels les gelées et les crèmes glacées.
A cause de ses propriétés, l’agar est très utile en microbiologie, et on n’a encore découvert
aucun produit de remplacement satisfaisant. Très peu de microorganismes sont capables de le
dégrader, de sorte que l’agar reste solide. L’agar forme avec l’eau un gel solide à une
température inférieur à environ 60 °C ; il se liquéfie à environ 100 °C (le point d’ébullition de
l’eau) et, au niveau de la mer, il se solidifie à peu près à 40 °C.

En laboratoire, on conserve la gélose préparée dans un bain-marie maintenu à 50 °C, car à

cette température on peut soit la verser dans une boîte de Pétri, soit la verser directement sur
des bactéries qui tolèrent bien la chaleur. Une fois qu’elle s’est solidifiée, il est possible
d’incuber la gélose à des températures atteignant près de 100 °C sans qu’elle se liquéfie de
nouveau. Cette propriété est particulièrement utile pour la culture de bactéries thermophiles.
En général, on place un milieu contenant de l’agar dans une éprouvette ou dans une boîte de
Pétri.
La gélose est dite inclinée si elle s’est solidifiée lorsque l’éprouvette était maintenue en
position inclinée de manière à agrandir la surface de croissance ; elle est dite profonde lorsque
l’éprouvette est maintenue en position verticale et que le contenu se solidifie.

Une boîte de Pétri (du nom de son inventeur) est un récipient transparent peu profond, muni
d’un couvercle qui s’emboite sur le fond de manière à empêcher toute contamination. Selon la
quantité d’agar ajoutée, les milieux peuvent être solides ou semi-solides (géloses molles).
 [24]

 Classification des milieux de culture

Les milieux synthétiques

On appelle milieu synthétique un milieu de culture dont on connaît exactement la composition

chimique, qualitativement et quantitativement. Les milieux synthétiques sont donc des
milieux préparés exclusivement avec des produits chimiques purs. Ils sont constitués d’un
ensemble de substances nutritives permettant la croissance plus ou moins rapides des
populations microbiennes ou leur isolement, sous réserve que les conditions physico-
chimiques tels que le pH, la température, etc. soient satisfaites aussi.

Tableau 1 : milieu synthétique destiné à la culture d’E. coli( Source : Tortora et al)

Constituant Quantité

Glucose 5,0 g

Dihydrogénophosphate d’ammonium (NH4H2PO4) 1,0 g

Chlorure de sodium (NaCl) 5,0 g

Sulfate de magnésium heptahydraté (MgSO4.7H2O) 0,2 g

Hydrogénophosphate de potassium (K2HPO4) 1,0 g

Eau 1L

Les milieux complexes

Les milieux complexes sont constitués de nutriments tels que des extraits de levures, de
viande ou de plantes, ou de macérations de protéines contenues dans ces extraits. Ils
contiennent donc des ingrédients dont la composition chimique exacte est indéterminée. Dans
un milieu complexe, ce sont surtout les protéines qui fournissent aux microorganismes
l’énergie, le carbone, l’azote et le soufre dont ils ont besoin pour leur croissance. Les
vitamines et d’autres facteurs organiques de croissance sont fournis par des extraits de viande
ou de levures.
A l’état liquide, un milieu complexe s’appelle bouillon nutritif ; si l’on y ajoute l’agar, il se
solidifie et porte le nom de gélose nutritive.

Les milieux sélectifs

 [25]

Les milieux sélectifs sont conçus pour inhiber la croissance des bactéries indésirables et
stimuler celle des microbes recherchés. Par exemple, une gélose au sulfite de bismuth
constitue un milieu approprié pour extraire de fèces (selles) la bactérie à Gram négatif
responsable de la typhoïde, Salmonella typhi. En effet, le sulfite de bismuth inhibe la
croissance des bactéries à Gram positif, de même que celle de la majorité des bactéries
intestinales à Gram négatif autres que S. typhi. On utilise une gélose Sabouraud dextrose,
milieu à pH 5,6 pour isoler les mycètes dont la croissance est supérieure à celle de la majorité
des bactéries à ce pH.

les milieux différentiels

Les milieux différentiels sont conçus pour faciliter la distinction entre les colonies des
microbes recherchés et les autres colonies qui se développent sur la même boîte de Petri. La
gélose de Mac Conkey est à la fois un milieu sélectif et un milieu différentiel. Elle contient
des sels biliaires et du violet cristal, qui inhibent le développement des bactéries à Gram
positif. Comme ce milieu contient en outre du lactose, il permet de distinguer les bactéries à
Gram négatif qui peuvent croître sur le lactose de celles qui en sont incapables. Les bactéries
qui fermentent le lactose forment des colonies rouges ou roses ; les bactéries qui ne le
fermentent pas forment des bactéries incolores.

Les milieux d’enrichissement

Un milieu d’enrichissement est d’ordinaire liquide. Il fournit des nutriments et des conditions
favorables à la croissance du microorganisme recherché, initialement présent en très petit
nombre, de manière qu’il forme des colonies observables sur une gélose.

Les milieux et méthodes de cultures des anaérobies

Etant donné que les anaérobies peuvent être tués par l’oxygène, on doit utiliser un milieu
réducteur. Les milieux de ce type contiennent des ingrédients tels que le thioglycolate de
sodium, qui réagissent avec les molécules de dioxygène dissoutes et éliminent ainsi celles-ci
du milieu de culture.

Tableau 2: Composition d’une gélose nutritive, milieu complexe destiné à la culture des
bactéries hétérotrophes ( Source : Tortora et al)

Constituant Quantité
 [26]

Peptone (protéine partiellement 5,0 g

dégradée)

Extrait de bœuf 3,0 g

Chlorure de sodium 8,0 g

Gélose 15,0 g

Eau 1L
 [27]

4. La croissance microbienne

4.1 Définition de la croissance

D’une façon générale, le terme croissance recouvre une notion quantitative qui se rapporte à
des changements de taille et de masse. Elle peut être exprimée par toutes sortes de mesures.
La notion de croissance microbienne se rapporte au nombre de cellules, et non à la taille de
celles-ci. Les microbes qui se développent augmentent en nombre et forment des colonies
composées de centaines de milliers, voire de milliards de cellules.

4.2 Facteurs physiques influençant la croissance microbienne

Les facteurs physiques essentiels à la croissance microbienne comprennent : la température, le

pH et la pression osmotique.

 La température

La température ambiante conditionne largement les réactions biochimiques que réalisent les
microorganismes dépourvus de mécanismes régulateurs. Les limites de températures
permettant le développement des microorganismes vont de -10°C à 75°C .On classe les
microorganismes en trois grands groupes selon l’échelle de température où leur croissance est
optimale : les psychrophiles, les mésophiles et les thermophiles.

- Les microorganismes psychrophiles peuvent vivre à des températures variant de -10

à 20°C, mais leur température optimale de croissance est d’environ 15°C.

- Les microorganismes mésophiles se développent dans la gamme des températures de

10 à 50°C, avec comme température optimale 25 à 37°C. Ils comprennent notamment
les bactéries saprophytiques et les bactéries pathogènes pour l’homme et les animaux
chauds.

- Les microorganismes thermophiles se développent à des températures relativement

très élevées, l’optimum très variable selon les espèces étant voisin de 50°C à 75°C. De
nombreux microorganismes peuvent survivre à des températures considérablement
supérieures à leurs températures maximales de croissance. Ce sont des
microorganismes thermorésistants. Les spores bactériennes et fongiques peuvent
survivre à des températures de l’ordre de 100°C et plus.

 Le pH

Les bactéries exigent généralement pour se développer des milieux de pH alcalis ou voisins
de la neutralité (pH 7 à 7,2). Au contraire, les champignons supportent des pH très acides.
 [28]

Cependant il existe des bactéries dites acidophiles : Lactobacillus tolère un pH 6. Escherichia

coli et Bacillus proteus peuvent se développer entre pH 4,5 à 9, 5.

Les bactéries que l’on fait croître en laboratoires produisent souvent des acides qui finissent
par faire obstacle à leur propre développement. Pour neutraliser ces acides et maintenir un pH
optimal, on ajoute des solutions tampon au milieu de culture. Les peptones et les acides
aminés présents dans certains milieux jouent le rôle de tampons.

 La pression osmotique

La pression osmotique est la pression nécessaire pour empêcher le mouvement de l’eau pure
dans une solution contenant des solutés lorsque l’eau pure est et la solution sont séparées par
une membrane semi-perméable.
Les microorganismes possèdent une concentration interne en solutés de loin plus élevés
(solution hypertonique) que celle du milieu dans lequel ils vivent (solution hypotonique). Ils
ont donc une pression osmotique plus élevée. Ces bactéries devraient normalement absorber
de l’eau jusqu’à l’éclatement. Tel n’est pas le cas. En effet, la présence d’une paroi
bactérienne rigide s’oppose à la pénétration de l’eau au de là d’une certaine limite, et rend
celles-ci relativement insensibles aux solutions hypotoniques.

Mais cette insensibilité relative des bactéries aux solutions hypotoniques ne s’applique pas à
bon nombre des bactéries marines. Souvent ces organismes halophiles, c’est à dire adaptés à
des concentrations en sels très élevés ne peuvent être cultivés dans des milieux en contenant
moins de 1%. Les plus sensibles peuvent subir une lyse osmotique rapide si elles sont mises
en suspension dans l’eau distillée.

4.3 Facteurs chimiques influençant la croissance microbienne

Plusieurs facteurs chimiques sont indispensables à la croissance microbienne et doivent être

présents en grande quantité. Ce sont l’eau (ou taux d’humidité), l’oxygène et les autres
macroéléments, les oligoéléments ainsi que des facteurs organiques de croissance.

 Le taux d’humidité

L’eau est la molécule la plus abondante dans la matière vivante. Elle constitue de ce fait un
nutriment essentiel pour tous les organismes vivants. Elle représente environ 90% du poids de
tissus frais des microorganismes. Sa teneur est cependant faible dans les spores. Les
microorganismes se développent mieux dans les intervalles d’humidités relatives de 63 à
99%. La dessiccation est encore utilisée aujourd’hui comme moyen de conservation des
aliments.
 [29]

 L’oxygène

La molécule de dioxygène est essentielle à la vie. Les microorganismes qui ont

obligatoirement besoin d’oxygène pour vivre sont dits aérobies stricts. En fait, la molécule
d’oxygène est l’accepteur obligatoire d’électrons dans la chaîne respiratoire.
Il existe toute une gamme d’intermédiaires entre les microorganismes strictement aérobies et
anaérobies strictes. Les uns sont sensibles à la moindre trace d’oxygène (anaérobies stricts),
d’autres, bien qu’étant anaérobies, supportent une faible tension d’oxygène (microaérophiles)
De nombreuses autres bactéries ont acquis ou conservé la capacité de se développer de façon
continue en absence d’oxygène ou en sa présence, en quantité variable. Ce sont des
anaérobies facultatifs.

Des bactéries telles que les Acetobacter, les Pseudomonas, les Agrobacterium, certains
Thiobacillus (T. denitrificans) sont des aérobies strictes. Sont considérées comme anaérobies
stricts les bactéries telles que les Clostridium, agents des gangrènes, Propionibacter qui sont
hétérotrophes, Desulfovibrio desulfuricans qui est chimiosynthétique, les Chlorobactéries, les
Thiorhodobactéries, qui sont photosynthétiques. Les champignons, les moisissures, les
levures, certaines bactéries telles que les Entérobactériacées manifestent la plus grande
capacité d’adaptation à la présence ou à l’absence d’oxygène. Ce sont des aérobies facultatifs.

4.4 La courbe de croissance d’une culture bactérienne

Le développement d'une culture microbienne est habituellement représenté à l'aide d'un

graphique donnant le nombre de bactéries ou mieux le logarithme de ce nombre en fonction
du temps. C'est la courbe de croissance. Celle-ci comprend 6 phases :

1. Phase de latence : le taux de croissance est nul. C'est le temps nécessaire à la bactérie pour
synthétiser les enzymes adaptées au nouveau substrat.

2. Phase d'accélération : la vitesse de croissance augmente.

3. Phase de Croissance exponentielle ou logarithmique: le taux de croissance atteint un

maximum.

4. Phase de ralentissement : la vitesse de croissance régresse. Il y a un épuisement du milieu

de culture et une accumulation des déchets.

5. Phase maximale stationnaire : le taux de croissance devient nul. Les bactéries qui se
multiplient compensent celles qui meurent.

6. Phase de décroissance : le taux de croissance est négatif. Toutes les ressources nutritives
sont épuisées. Il y a accumulation de métabolites toxiques. Il se produit une diminution
d'organismes viables et une lyse cellulaire sous l'action des enzymes protéolytiques
endogènes. Cependant, il persiste une croissance par libération de substances libérées lors de
la lyse.
 [30]

Figure 7 : exemple d’une courbe de croissance d’une culture bactérienne

4.5 Cinétique de la croissance microbienne

Pour une population microbienne homogène (c'est-à-dire où tous les individus sont
pratiquement identiques sur le plan génétique et physiologique) qui se développe en  milieu
liquide dans des conditions idéales (température, oxygène, teneur en CO 2, concentrations des
éléments nutritifs, pH, etc.), le nombre de cellules ainsi que la masse cellulaire double à
chaque génération.

La croissance d'une bactérie peut être définie par les paramètres suivants :

1) Le nombre de génération n

Dans une culture en phase exponentielle de croissance, la population double à chaque

génération. Si No est le nombre des bactéries de départ, le nombre N des bactéries constituant
la population sera, après n générations de :

N = N0 x 2n 

L’exposant de 2, le nombre de génération n, est par définition le log de base 2 (log) du

nombre n.
 [31]

Dans une culture croissant en phase exponentielle, le logarithme du nombre d’organismes

s’accroit linéairement en fonction du temps. Pour cette raison, la croissance exponentielle est
souvent appelée croissance logarithmique.

Temps en 0 20 40 60 80 100 120

minutes

Nombre 1=2 0 2= 21 4= 2 8=23 16=24 32=25 64=26

(N)

générations 0 1 2 3 4 5 6
Log 2 0 1 2 3 4 5 6
Log 10 0 0, 301 0, 602 0, 903 1, 204 1, 505 1, 808

Au temps t1, après 1 doublement   N1 = N0 x 21

Au temps t2, après 2 doublements  N2 = N0 x 22

Au temps tn, après n doublements N = N0 x 2n 

Si l'on pose k (constante de vitesse de croissance) = le nombre de dédoublement par unité de

temps, on a:

n = k (tn  - t0)

Si l'on pose t0 = 0, alors n = k t

L'équation (1) devient alors:

  N = N0 x 2kt

Si l’on considère le cas particulier des bactéries et compte tenu de leur scission binaire lors de
la division, le nombre total d’individus après n générations est de

N = N0 x 2n 

Le nombre de générations n est calculé en résolvant cette équation :

Log N= log No + nlog2

logN - logNo
N= log 2

Or log 2 = 0, 301
 [32]

1
N= 0, 301 (log N – log No) = 3, 32 (log N – log No)

N
N= 3, 32 log No

1) Le temps de génération G,

Le temps de génération est l'intervalle de temps entre deux divisions successives ou celui
nécessaire au doublement de la population. En partant d'une cellule bactérienne unique,
ce dernier se fait selon une progression géométrique. Dans une population bactérienne
toutes les cellules ne se développent pas au même rythme. Le temps de génération varie
avec l'espèce considérée et les conditions de culture.

Si pendant un temps global t , il y a n générations, le temps de génération est de :

t
G= n

3) Le taux de croissance r

Le taux de croissance est le nombre de générations par unité de temps. Il peut être
calculé en substituant n par sa valeur de l’équation :

logN - logNo
N= log 2

n 1 logN - logNo
r = t = t ( log 2 )

4.6 Méthodes et techniques de mesure de la croissance microbienne

Les méthodes et techniques utilisées couramment pour évaluer la croissance microbienne sont
notamment les suivantes.

 La détermination du poids sec du matériel cellulaire

On prélève un certain volume de suspension bactérienne et on laisse sécher à 110°C pendant

12h puis on pèse l'échantillon sec.
 [33]

 La numération des individus de la population

La numération des bactéries est effectuée à l’aide d’un microscope muni d’une cellule de
comptage (cellule de Thoma, hématimètre) ou en comptant le nombre des colonies sur milieu
gélosé.

 La turbidimétrie

La turbidimétrie est une méthode qui consiste à déterminer la dispersion lumineuse provoquée
par une suspension des cellules ; la capacité de disperser la lumière est proportionnelle, entre
certaines limites, à la concentration des microorganismes dans la suspension. La mesure peut
être effectuée au colorimètre ou au spectrophotomètre.
 [34]

5. La lutte antimicrobienne

5.1 Méthodes de lutte

Différentes méthodes sont utilisées pour lutter contre les microbes. Il s’agit des méthodes
suivantes.

 La stérilisation 

La stérilisation est la destruction de toutes les formes de vie de microbes, y compris les
endospores qui sont la forme la plus résistante.

 La désinfection 

La désinfection est une mesure qui vise à détruire, éliminer ou inhiber des microorganismes
potentiellement pathogènes et ou à inactiver des virus indésirables. La désinfection vise la
stérilité mais ne l’atteint pas. Elle ne s’applique qu’aux microorganismes présents et le
résultat n’est que temporaire. En pratique, la désinfection désigne le plus souvent l’emploi
d’une substance chimique, appelée désinfectant, pour traiter essentiellement les surfaces
d’objets inertes.

 L’antisepsie 

L’antisepsie consiste en une destruction ou élimination des agents pathogènes végétatifs

présents sur des tissus vivants. L’asepsie  est l’absence d’une contamination significative.
C’est également l’ensemble des mesures de contrôle antimicrobien destinées à empêcher tout
apport de microorganismes exogènes. La sepsie est l’infection par des bactéries ; le
qualificatif septique se rapporte à la contamination microbienne (exemple la fosse septique)
La septicémie désigne la présence des bactéries dans le sang.

5.2 Les agents physiques anti microbiens

De nombreux agents physiques sont utilisés comme agents stérilisants. La stérilisation est un
traitement permettant de tuer tous les organismes vivant que renferme un objet donné.
L’asepsie est l’ensemble des méthodes visant à protéger les objets stérilisés ou encore à
protéger l’organisme contre toute contamination microbienne.

Les principaux agents physiques stérilisants sont les suivants :

 La chaleur

On distingue deux modes de stérilisation par la chaleur : la stérilisation à la chaleur sèche et la

stérilisation par la chaleur humide.

La chaleur sèche
 [35]

Le flambage direct est l’une des méthodes les plus simples de stérilisation à la chaleur sèche.
Ce procédé est utilisé au laboratoire notamment pour stériliser des anses de repiquage.

La stérilisation par air chaud est une autre forme de stérilisation à la chaleur sèche. Dans ce
cas, on place les objets à stériliser dans un four où l’on maintient généralement une
température d’environ 170°C pendant près de 2 heures. La stérilisation à l’air chaud est
utilisée surtout pour la stérilisation des objets en verres et des petits objets métalliques.

La sensibilité des microorganismes à la stérilisation à la chaleur sèche est très variable. Les
spores sont plus résistantes à la chaleur sèche que les formes végétatives des
microorganismes. Après une heure de traitement thermique à la chaleur sèche, les
microorganismes sporogènes, les spores fongiques et les spores bactériennes sont tués
respectivement à la température de 100°C, 115°C et 160°C.

La chaleur humide

L’ébouillantage, qui est une forme de stérilisation à la chaleur humide, tue les bactéries
pathogènes végétatives, presque tous les virus, ainsi que les mycètes et leurs spores en 10
minutes environ, et souvent beaucoup plus rapidement. Cependant, cette technique n’est pas
toujours une méthode sûre de stérilisation car il faut ben plus que 10 minutes pour détruire
certaines endospores et certains virus.

Pour être plus fiable, la stérilisation par la chaleur sèche doit se faire à une température
supérieure au point d’ébullition de l’eau (100°C) Elle convient aux récipients mais aussi pour
les solutions et les milieux nutritifs non thermolabiles. On utilise à cet effet un autoclave qui
permet d'atteindre des températures de 120°C à une pression de plusieurs bars qui détruisent
les spores les plus résistantes. Elle est plus efficace comme agent stérilisant que la chaleur
sèche, l’expérience ayant montré que les microorganismes sont beaucoup plus résistants à
l’air chaud qu’à la vapeur.

Il existe d’autre types de traitement thermique, notamment la pasteurisation et la

tyndallisation.

La pasteurisation

La pasteurisation est un traitement thermique à basse température utilisé pour détruire les
microorganismes surtout psychrophiles et mésophiles pathogènes dans un matériel donné.
Elle réduit également le nombre total des microbes, ce qui prolonge la durée de conservation
de certains produits tels que le lait par réfrigération. La pasteurisation laisse intactes les
propriétés biochimiques, nutritives et organoleptiques (c'est-à-dire couleur, saveur, et odeur)
des aliments pasteurisés. La pasteurisation du lait est couramment réalisé par chauffage de ce
produit à 62°C pendant 30 minutes.

On a tendance aujourd’hui à employer des températures plus élevées, soit 72°C et plus, mais
pendant 15 secondes seulement. Ce traitement est appelé pasteurisation rapide à haute
température.
 [36]

On peut aussi stériliser le lait par un traitement à ultra-haute température (UHT), de

manière à obtenir une longue conservation et à pouvoir l’entreposer à la température fraîche
ambiante.

La tyndallisation

La tyndallisation est un traitement thermique fractionné. Elle consiste en un chauffage

intermittent d’une demi-heure par jour par de la vapeur à la pression atmosphérique, trois
jours successifs.

 Les basses températures

L’effet des basses températures sur les microorganismes dépend de la nature des microbes et
de l’intensité du traitement.

La réfrigération

Aux températures normales de réfrigération (entre 0 et 7°C), la vitesse du métabolisme de la

majorité des microbes est réduite au point qu’ils ne sont plus capables de se reproduire ou de
synthétiser des toxines. Autrement dit la réfrigération courante a un effet bactériostatique.
Toutefois, les microbes psychrophiles croissent quand même lentement aux températures de
réfrigération. Les bactéries pathogènes ne se développent généralement pas à ces
températures, sauf Listeria qui est une bactérie psychrophiles se développant à des
températures comprises entre 3 et 45°C, la température optimale étant de 37°C. Listeria
monocytogenes est l’agent causal de la listériose, maladie bactérienne qui affecte de
nombreuses espèces animales. La transmission de cette maladie se fait essentiellement par
l'alimentation. On retrouve pour la plupart des espèces des formes septicémiques, des formes
nerveuses et des formes génitales. La prévention repose sur un respect strict de l'hygiène.

La listériose se manifeste entre autres par une septicémie, une méningite (ou méningo-
encéphalite), une encéphalite, et des infections intra-utérines ou cervicales chez la femme
enceinte, ce qui peut entraîner un avortement spontané (au cours des second et troisième
trimestres.

La congélation

Les microorganismes peuvent se développer aux températures inférieures au point de

congélation. S’ils sont placés à de températures rapidement, les microbes ont tendance à
entrer en état de latence, mais ils ne meurent pas nécessairement. La congélation lente est
plus nuisible aux bactéries ; les cristaux de glace qui se forment détruisent leurs structures
cellulaires et moléculaires.

La surgélation

Elle consiste à à refroidir les objets rapidement jusqu’à une température comprise entre -50 et
– 95°C. Elle est utilisée pour la conservation des aliments, des médicaments et des milieux de
culture.
 [37]

La lyophilisation

Elle consiste à éliminer l’eau par la création d’un vide, à basse température. Elle est utilisée
pour la conservation des aliments, des médicaments et des milieux de culture.

 La dessiccation

En absence d’eau, les microorganismes en état de dessiccation ne peuvent ni croître ni se

développer mais ils sont encore viables.

 La filtration

La filtration est le passage d’une substance à travers une matière poreuse qui retient les
microorganismes en raison des dimensions de ses pores. Elle est utilisée pour stériliser au
laboratoire les solutions thermolabiles. Les matériaux filtrants comprennent la porcelaine,
l’amiante, les membranes en celluloses (micropores) et le verre fritté.

 Les radiations

On distingue deux types de radiations : les radiations ionisantes et les radiations non
ionisantes.

Les radiations ionisantes

Les radiations ionisantes X, et les faisceaux d’électrons à haute énergie sont capables
d’ioniser les atomes des molécules des composants cellulaires. Ces ions peuvent provoquer,
par exemple, la formation de peroxydes et autres composés toxiques pour la cellule. De ce
fait, une forte dose d’irradiation provoquera, à plus ou moins bref délai, la mort des cellules
exposées. De faibles doses peuvent être supportées sans dommage apparent mais sont
capables d’induire des mutations.

Les radiations non ionisantes

La lumière ultraviolette (UV) constitue le meilleur exemple de ce type de radiation. Elle

détériore l’ADN des cellules qui y sont exposées.

5.3 Les agents chimiques de lutte contre les microbes

On utilise les agents chimiques pour inhiber la croissance des microbes, tant sur les tissus
vivants que sur les objets inanimés. Il existe malheureusement peu d’agents chimiques qui
assurent la stérilisation.

Les agents antimicrobiens chimiques sont classés habituellement en deux groupes : les
désinfectants et les agents chimiothérapiques.

 Les désinfectants
 [38]

Les désinfectants ne manifestent aucune spécificité dans leur action en ce qu’ils sont toxiques
aussi bien pour les microorganismes que pour l’organisme hôte. De ce fait, ils sont utilisés
uniquement sur les surfaces des objets à désinfecter. Les principaux désinfectants sont :

- Les métaux lourds et leurs sels : le sulfate de cuivre (CuSO4), le chlorure

mercurique (HgCl2), etc.
- Les alcools : exemple l’alcool éthylique, CH3CH2OH et l’alcool isopropylique
(CH3)2CH2OH.
- Les oxydants : le peroxyde d’hydrogène (H2O2), l’iode (I2), le chlore gazeux (Cl2),
l’hypochlorite (HOCl), etc.
- Les phénols : par exemple, le dinitrophénol, les phénols halogénés (dettol).
- Les aldéhydes : exemple, le formaldéhyde (formol).
- Les colorants basiques : exemple, l’acriflavine et le violet de gentiane.
- Les détergents anioniques dont la longue chaine hydrocarbonée porte une charge
négative : les savons (palmitate de sodium (CH3-(CH2)14-COO-Na+), et leurs
dérivés, par exemple le sodium lauryl-sulfate :(CH3-(CH2)11-0-S-O-Na+).
- Les détergents cationiques : exemple le chlorure d’alkyl-diméthyl-benzyl-
ammonium ;
- Les métaux lourds et leurs sels : plusieurs métaux lourds dont l’argent, le
mercure, le zinc et le cuivre ont des propriétés désinfectantes ou antiseptiques.
- Les gaz stérilisants : ce sont des substances destinées à la stérilisation en
chambres fermée, par exemple, l’oxyde d’éthylène.

5.4 Les agents chimiothérapiques

La chimiothérapie est l’utilisation des composés chimiques systémiques. Les composés

systémiques sont des composés qui sont véhiculés dans le corps à travers tous les organes et
sont capables d’y inhiber le développement des microbes. Ce sont des médicaments.

Les agents chimiothérapiques (ou médicaments) se distinguent également des désinfectants

par leur action relativement sélective. Ils sont toxiques pour certains microorganismes et pas
pour d’autres, et sont relativement inoffensifs pour l’homme.

Les agents chimiothérapiques utilisés actuellement sont regroupés en trois catégories : les
antibiotiques, les agents antifongiques, les agents antiviraux, les agents antiprotozoaires et les
antihelminthiques.

(1) Les antibiotiques

Les antibiotiques sont des substances organiques produites par certains microorganismes. Ils
ont la propriété d’inhiber la croissance ou de provoquer la mort d’autre microorganisme. Ils
manifestent donc des effets aussi bien bactériostatiques que bactéricides. Ils sont souvent
classés en fonction de leur activité sur la synthèse des composants cellulaires.
- Les inhibiteurs de la synthèse de la paroi cellulaire : les pénicillines naturelles
(pénicillines G et V), les pénicillines semi-synthétiques (ampicilline) ;
Ethambutol (anti tuberculeux)
 [39]

- Les inhibiteurs de la synthèse protéique : Aminosides (Streptomycine),

Tétracyclines, Chloramphénicol ;

- Détérioration de la membrane plasmique : Polymyxine B ;

- Inhibiteurs de la synthèse des acides nucléiques : Rifampicine

(2) Agents antifongiques

- Griséofulvine

(3) Agents antiviraux

- Acyclovir (Herpèsvirus), indinavir (VIH), interférons (hépatite virale)

(4) Agents antiprotozoaires

- Chloroquine (paludisme)

(5) Agents antihelminthiques

- Niclosamide (vers plats)

 [40]

6. Les bactéries

6.1 Organisation cellulaire et taille

Les bactéries sont des procaryotes. Leur cellule sont très simple, sans noyau organisé ni
chloroplastes. L’énergie nécessaire à leur métabolisme est fournie par des réactions
d’oxydoréduction des substances organiques et inorganiques. Ce sont des organismes
microscopiques unicellulaires dont la taille est comprise entre 0, 5 à 10 microns.

6.2 Habitat

Les bactéries sont ubiquistes. On les trouve partout dans le sol, l’air et l’eau où elles
colonisent divers substrats.

6.3 Formes

On classifie les bactéries en trois grandes formes: forme sphérique, cylindrique (ou
bâtonnet) et forme spiralée.

La forme sphérique ou ovale

Les bactéries sphériques ou cocci (coccus, singulier ; cocci pluriel) ou coques peuvent se
regrouper de différentes façons. Les arrangements les plus fréquents sont:
• Les microcoques : cocci se présentant isolément, exemple,
Micrococcus tetragenus;
• les diplocoques : cocci associés par paire, exemple Diplococcus
pneumoniae ;
• les tétrades : cocci regroupés en quatre, exemple Pediococcus ;
• les sarcines : cocci regroupés en amas cubiques, exemple Sarcina ;
• les Staphylocoques : cocci regroupés en forme de grappe de raisins,
exemple, le Staphylococcus ;
• les Streptocoques : cocci disposés en chaînette, exemple, Streptococcus
• Forme ovalaire: coccobacilles.

La forme cylindrique ou bâtonnet

Les bâtonnets sont des formes allongées dans lesquelles l’axe longitudinal est nettement plus
grand que l’axe transversal.
On peut distinguer :
les bâtonnets droits (bacilles) : exemple Escherichia coli ;
les bâtonnets arrangés en palissade : exemple; Corynebacterium diphteriae 
les bâtonnets incurvés en forme de virgule (vibrions) : exemple Vibrio cholerae ;
 [41]

La forme spiralée

La forme spiralée caractérise les spirilles : exemple Spirillum

Les formes filamenteuses sont très rares. Certaines peuvent former une sorte de mycélium :
exemple Streptomyces.

6.4 Anatomie fonctionnelle des bactéries

Une bactérie âgée seulement de quelques heure comporte schématiquement des éléments
constants (enveloppe cellulaire, cytoplasme contenant des inclusions diverses, des ribosomes
et un appareil nucléaire) et des éléments inconstants n’existant que chez certaines bactéries
(capsule, flagelles, pili, spores)

Figure 8 : anatomie fonctionnelle d’une bactérie (source : )

6.4.1 Le glycocalyx

Le glycocalyx désigne les substances qui enveloppent les cellules. C’est un polymère
gélatineux et visqueux situé à l’extérieur de la paroi cellulaire et composé de polysaccharides,
de polypeptides ou de deux. S’il est organisé, le glycocalyx est nommé capsule. S’il est moins
bien organisé il est appelé couche visqueuse.

6.4.2 La capsule
 [42]

La capsule est une structure extérieure non constante. Elle permet à la bactérie d'adhérer plus
facilement aux autres êtres vivants tout en la protégeant de la phagocytose. Elle est
antigénique et c’est un facteur de virulence. Elle n'est pas colorable par les techniques
bactériologiques. Pour la mettre en évidence au microscope, on réalise une suspension des
bactéries dans de l'encre de chine et on observe la capsule sous forme d'un halo clair et
réfringent.

6.4.3 La paroi

La paroi est l’enveloppe la plus externe de la cellule bactérienne. Elle représente de 15 à 30%
du poids sec de la cellule. Son rôle est essentiellement un rôle de protection. Elle se
caractérise par une grande rigidité qui confère à la bactérie sa forme caractéristique. Cette
propriété de rigidité est due à la présence d’une substance complexe macromoléculaire de
nature glycopolypeptidique (mucopeptide ou peptidoglycane) appelée muréine.

Cette substance à structure lamellaire est faite de chaînes glucidiques reliées entre elles par
des peptides ; lui sont associés des acides téichoïques. La paroi est présente chez toutes les
espèces bactériennes à l'exception des mycoplasmes. Elle entoure la bactérie et constitue la
structure constante la plus externe.

On rencontre deux types de paroi, selon qu’elle provienne des bactéries à Gram positif ou des
bactéries à Gram négatif.

La paroi des bactéries à Gram positif

Elles sont épaisses, offrant un aspect relativement homogène. Elles sont composées presque
uniquement de peptidoglycane et de l’acide téichoïque.

La paroi des bactéries à Gram négatif

Elles ont une structure plus complexe constituée d'une fine couche de mucopeptide (à
structure plus lâche que celui des parois épaisses) recouverte à l'extérieur d'une membrane
externe ou pariétale. Cette paroi est séparée de la membrane cytoplasmique par un espace
appelé espace périplasmique.

La membrane externe a la structure de toutes les membranes cellulaires. Elle est faite de
lipides (phospholipides et lipopolysaccharides) organisés en deux couches hydrophiles
séparées par une couche hydrophobe. Elles sont donc plus riches en lipides que les parois des
bactéries à Gram positif.

Les différences de composition chimique entre les parois des bactéries à Gram+ et celles de
bactéries à Gram- peuvent être résumées de la façon suivante : 

Muréine Protéine Lipides Bactérie type

 [43]

+ - - GRAM +

+ + + GRAM -

La réaction à la coloration de Gram

La coloration de Gram constitue la technique la plus fréquemment utilisée pour identifier les
bactéries. C’est également l’un des critères de classification bactérienne. Les étapes de cette
coloration sont les suivantes.

Après fixation des bactéries sur une lame microscopique, on traite la préparation par un
premier colorant : le "violet de gentiane" puis on mordance par une solution de lugol. A ce
stade, toutes les bactéries apparaissent en violet. On lave la préparation avec de l'alcool qui
décolore les seules bactéries à paroi fine qui ne sont donc plus visibles. On sur colore par de la
fuchsine (colorant rouge) qui recolore les bactéries décolorées. Après coloration de Gram, les
bactéries à Gram+ sont colorées en violet ; les bactéries à Gram- sont colorées en rouge.

Figure 9 : coloration de Gram

6.4.4 Les spores

 [44]

Les spores sont formées dès que les conditions du milieu deviennent défavorables pour la
survie de quelques espèces de bactéries (bacilles Gram + : Bacillus et Clostridium) Les spores
résistent à la chaleur, à la sécheresse et à d'autres conditions défavorables, demeurant au repos
jusqu'à ce que leur environnement soit propice à leur développement ou à leur germination.

La formation des spores ou sporulation se fait de la manière suivante : le cytoplasme de la

forme végétative se contracte et se déshydrate ; il se forme un corpuscule rigide, très dense et
très réfringent, dont la forme et la localisation sont typiques pour chaque espèce : sphérique,
ovale ou cylindrique, et la position est centrale, subterminale ou terminale.

Figure 10 : cycle de développement d’une bactérie sporulée

6.4.5 Les flagelles

Les flagelles sont les organes de locomotion des bactéries. Leur nombre et leur position
constituent un critère de classification des bactéries à flagelles. Il existe deux types principaux
d’insertion de flagelle : polaire et péritriche. Dans la forme polaire, les flagelles sont attachés
exclusivement à l’une ou aux deux extrémités ou pôles de la cellule. Dans la forme péritriche,
les flagelles s’attachent en de nombreux points tout autour de la cellule.

Plusieurs dispositions sont possibles :

 un seul flagelle polaire = insertion monotriche,

 une touffe de flagelles polaires = insertion lophotriche

 [45]

 un flagelle à chaque pôle = insertion amphitriche

 des flagelles entourant la bactérie = insertion péritriche

 les spirochètes ont un flagelle interne dénommé filament axial.

Figure 11 : modes d’insertion des flagelles chez les bactéries

6.4.6 Les pili

Les pili (poils) ne sont pas des organes de locomotion. Ce sont des formations qu'on ne peut
observer qu'au microscope électronique. Il existe plusieurs types de pili : les pili communs et
les pili sexuels

Les pili communs ou fimbriae (franges) sont courts et cassants. Ils sont utiles pour l'adhésion
des bactéries aux interfaces et particulièrement aux muqueuses et sont donc des facteurs de
virulence. Ils sont constitués par une protéine: la piline.

Les pili sexuels, plus longs, relient deux bactéries et permettent les échanges de matériel
génétique entre les bactéries. Les bactéries capables de produire des pili sexuels sont
dénommées bactéries "mâles" à l'opposé des autres qui sont dites "femelles".

6.4.7 Les plasmides

 [46]

Les plasmides sont de petits éléments circulaires constituant du matériel génétique extra-
chromosomique. Ils sont constitués d'ADN et portent, comme le chromosome, des
informations génétiques. Ils sont autonomes et capables de se répliquer indépendamment du
chromosome. Ils codent pour la synthèse de différentes protéines enzymatiques conférant
ainsi à la bactérie qui les possède des caractères particuliers tels que le facteur de fertilité 
« F », la possibilité d'utiliser tel ou tel substrat ou la résistance aux antibiotiques. Ils sont
transmissibles à d'autres bactéries.

6.4.8 Le cytoplasme

Le cytoplasme des bactéries est dense. Il ne contient ni organites ni noyau cellulaire mais de
nombreux ribosomes qui assurent les synthèses protéiques en traduisant le m-RNA. Certaines
bactéries accumulent des produits de réserve tels que le glycogène, le -hydroxybutyrate ou
les polyphosphates.

6.4.9 L’appareil nucléaire

Les cellules procaryotes ne possèdent pas de noyau mais possèdent du matériel nucléaire sous
forme d'un chromosome unique, circulaire, d'une longueur voisine de 1 mm. Ce chromosome
est constitué d'un filament hélicoïdal d'acide désoxyribonucléique (ADN) bicaténaire (double
chaîne). L’appareil nucléaire des cellules bactériennes est diffus et n'est pas séparé du reste du
contenu cellulaire par une membrane.

6.4.10 La membrane plasmique

 Composition chimique

La membrane plasmique limite le cytoplasme de la bactérie. Elle est composée de lipides, de

protéines et de glycolipides.

Les principaux lipides membranaires comprennent les phospholipides et les glycolipides.

Les phospholipides sont des lipides complexes qui donnent par hydrolyse, outre des alcools
(glycérols) et des acides gras, un groupement phosphate (acide phosphorique). L’acide
phosphatidique est le phospholipide le plus simple. Il résulte de l’estérification par deux
acides gras [HOOC- (CH2) - CH3], au niveau des carbones 1 et 2, de deux fonctions alcools
de l’acide glycérophosphorique (ester du glycérol et de l’acide phosphorique) :

CH2OH CH- OCO - (CH2) - CH3

 [47]

CHOH + 2 HOOC - (CH2) - CH3 CH- OCO - (CH2) - CH3

CH2OPO3H2 CH2OPO3H2

Ac. Glycérophosphorique ac. Phosphatidique

L’estérification du groupe phosphate de l’acide glycérophosphorique par un amino-alcool

conduit à la formation des phosphoamino-lipides.

Les phospholipides qui jouent un rôle important dans des membranes cellulaires présentent
deux parties :

- Une tête polaire, hydrophile (soluble dans l’eau), constituée du groupe phosphate ;

- Deux queues constituées par les deux chaînes d’acides gras, hydrophobes mais
lipophile (soluble dans les lipides).

Une telle molécule, dont une extrémité est hydrophile et l'autre hydrophobe, est dite
amphipathique ou amphiphile.

En présence de l’eau, ces molécules ont tendance à s’associer en des dispositions bien
orientées :

A l’interface « air – eau », le phospholipide forme un film mono moléculaire, chaque

molécule plongeant sa tête polaire dans l’eau et ses deux queues hydrophobes dans l’air ;

OOOOOOOOO film mono moléculaire de phospholipide

eau

Figure 12 : film mono moléculaire de phospholipide à l’interface air - eau

Dans une suspension aqueuse de phopholipides, les groupes polaires entrent en contact avec
l’eau. Une seule couche de lipides peut s’organiser afin de former des micelles : leurs
groupes polaires sont au contact avec l’eau et les queues se dirigent vers le centre.

Les micelles sont des particules minuscules de substances solides en suspension dans un
liquide. Dispersées dans ce liquide, les micelles produisent une solution colloïdale.

Deux couches des phospholipides peuvent s’opposer par leurs pôles hydrophobes, tandis que
l’eau entoure les pôles hydrophiles : il a formation d’une bicouche qui présente une analogie
frappante avec la structure de la membrane plasmique.
 [48]

Figure 13 : micelle et bicouche phospholipidique

Figure 14 : molécules amphiphiles de phosphoamino-lipides leur permettent de s'organiser

spontanément en bicouche, avec les queues hydrophobes et la tête hydrophile.

Les glycolipides sont des lipides formés par un mélange d’acides gras, d’alcools et de
glucides (surtout de galactose).

Les protéines membranaires se classent schématiquement en protéines

transmembranaires et en protéines membranaires périphériques. Les premières
traversent la membrane. Les protéines membranaires périphériques sont soit extracellulaires,
soit intracellulaires.

 Structure de la membrane plasmique

 [49]

La structure de la membrane plasmique présente l’aspect typique des toutes les membranes
biologiques : deux feuillets denses limitant un feuillet interne transparent. Ce sont donc des
bicouches bi lipidiques avec les deux régions hydrophiles à l'extérieur de la membrane et les
deux régions hydrophobes au milieu de la membrane.

Singer et Nicholson ont proposé en 1972 le modèle de la "mosaïque fluide" pour décrire la
structure moléculaire de la membrane plasmique. Ce modèle stipule que la membrane est
constituée par une bicouche continue (mosaïque fluide) de phospholipides dont les surfaces
externe et interne sont hydrophiles, et dont l'intérieur est de nature hydrophobe, lipidique. De
nombreuses protéines sont enchâssées dans l'épaisseur de la membrane phospholipidique.
Certaines portent du côté externe de courtes antennes dressées constituées de glycoprotéines.

Figure 15 : structure moléculaire de la membrane plasmique selon le modèle de la "mosaïque

fluide" de Singer et Nicholson.

Les molécules de protéines peuvent être disposées de différentes manières dans la membrane.
Certaines, appelées périphériques, sont situées à la surface interne ou à la surface externe de
la membrane. Ces protéines périphériques peuvent agir comme des enzymes qui catalysent
des réactions chimiques, comme molécules structurales et comme médiateurs qui modifient
la forme de la membrane lors de mouvements de la cellule.

D’autres protéines appelées, protéines intrinsèques, s’enfoncent dans la bicouche

phospholipidique. Elles portent le nom des protéines transmembranaires. Ce sont des
protéines de transport qui permettent le passage de diverses molécules ou ions (Na, K, Cl,
sucres, aminoacides ou oligopeptides).

On peut grouper les protéines de transport en trois grandes classes : les transporteurs, les
pompes et les canaux (voir plus loin).

 Les fonctions de la membrane plasmique

La membrane plasmique joue un très grand rôle dans les échanges des substances entre la
cellule et le milieu extérieur. Elle constitue une frontière entre les milieux cellulaire et
 [50]

extracellulaire et agit comme un filtre de très grande sélectivité. Elle est dotée en effet d’une
perméabilité sélective. On dit aussi que les membranes plasmiques sont semi-perméables.

La membrane plasmique des bactéries jouent aussi un rôle important dans la respiration
cellulaire. Elles contiennent des enzymes capables de catalyser les réactions de la respiration.
Chez certaines bactéries photosynthétiques, les pigments et les enzymes qui participent au
processus de la photosynthèse se trouvent dans des invaginations de la membrane plasmique
qui s’enfoncent dans le cytoplasme. Ces structures membranaires portent le nom des
thylacoïdes ou chromatophores.

 Les mouvements des substances à travers la membrane plasmique

Les substances traversent la membrane plasmique des cellules grâce à deux types de
transport : le transport passif et le transport actif.

1) Les transports passifs

Dans les transports passifs les substances franchissent la membrane en se dirigeant d’une zone
où leur concentration est élevée vers une autre où leur concentration est basse. Le
déplacement s’effectue dans le sens du gradient des concentrations sans que la cellule dépense
de l’énergie d’origine métabolique (ATP)

Les processus passifs comprennent la diffusion simple, la diffusion facilitée et l’osmose.

La diffusion libre

La diffusion libre est le déplacement des molécules ou d’ions d’une région de forte
concentration vers une région de faible concentration. Ce type de diffusion est dit libre car
aucune protéine ne la facilite. Dans la diffusion libre, de petites molécules non polaires,
comme l’oxygène et le gaz carbonique et de petites molécules polaires non chargées, comme
l’eau, traversent directement la bicouche lipidique, en suivant leurs gradients de
concentration.

L’osmose est un cas particulier de la diffusion. C’est le déplacement net des molécules du
solvant à travers une membrane à perméabilité sélective. Dans le système vivant, le principal
solvant est l’eau. L’osmose est donc la diffusion de l’eau, à travers une membrane semi-
perméable, d’une région où la concentration des molécules d’eau est plus élevée vers une
région où elle est plus faible.

La diffusion facilitée

La diffusion est facilitée si la substance à transporter se combine spécifiquement à une

protéine de la membrane plasmique appelée transporteur, translocase ou perméase.

Les transporteurs sont des protéines assurant le transport membranaire. Une protéine
transporteuse interagit d'un côté de la membrane avec la molécule transportée, appelée le
 [51]

ligand. Les protéines de transport sont douées d'allostérie : elles s’unissent spécifiquement au
ligand à transporter et subissent une modification de leur conformation pour pouvoir
transporter le ligand à travers la membrane. Du fait de sa spécificité vis-à-vis du ligand, le
transporteur présente les propriétés d'une enzyme. C'est pourquoi le transporteur est appelé
une perméase.

Certaines protéines porteuses et toutes les protéines du canal sont des uniports. Ceux-ci ne
transportent qu’un soluté d’un côté à l’autre de la membrane. D’autres protéines porteuses
fonctionnent comme des systèmes de cotransport.

Les systèmes de cotransport comprennent :

- Les symports : le transfert d’un soluté dépend du transfert simultané ou

consécutif d’un second soluté dans le même sens ;
- Les antiports : ils transportent simultanément, en sens opposé, deux solutés,
l’un vers le cytoplasme et l’autre vers le milieu extra cellulaire.

La diffusion facilitée passe également par les protéines des canaux. Les protéines des
canaux forment des pores remplis d’eau qui traversent toute la membrane, et quand ils sont
ouverts, ils permettent le transit des solutés spécifiques (surtout des ions inorganiques comme
Na+, K+, Ca++, et Cl-). Les canaux ioniques ne sont pas constamment ouverts. Ils possèdent des
« portes » qui s’ouvrent brièvement, puis referment.

L'eau, molécule polaire, peut traverser librement dans les deux sens la membrane plasmique
en empruntant des canaux spécifiques transmembranaires: les aquaporines. La membrane
plasmique ne constitue donc pas une barrière à la diffusion de l'eau et des lipides: ces
molécules traversent la membrane par perméation, très lentement et sans autre source
d'énergie que la différence de concentration entre le cytoplasme et l'extérieur de la cellule.

2) Les transports actifs

Dans les transports actifs, la cellule doit utiliser de l’énergie d’origine métabolique pour
déplacer les substances d’une zone de faible concentration vers une zone de concentration
plus élevée en remontant le gradient de concentration. Comme dans le cas de la diffusion
facilitée, le transport actif dépend des protéines de transport (protéines transmembranaires).

L’accumulation active des molécules et des ions requiert un travail de pompage consommant
de l’énergie. Cette énergie est fournie par l’hydrolyse de l’ATP en ADP grâce à l’ATPase.

Le terme ATPase désigne exclusivement les enzymes qui hydrolysent l’ATP pour un
transport actif.

Ce complexe enzymatique, ou pompe ionique, assure le couplage entre le transport actif des
solutés et l’hydrolyse de l’ATP.

Trois types de transports actifs sont bien connus: la pompe Na+/K+, la pompe Ca++, et la
pompe H+ ou pompe à protons. Ce dernier type de pompe intervient notamment dans la
respiration mitochondriale (chaîne respiratoire, voir plus loin)

6.5 La reproduction bactérienne

 [52]

Le mode de reproduction des bactéries est normalement la fission binaire, par scissiparité.
Les principales caractéristiques de ce mode de reproduction sont :

- augmentation de la taille de la bactérie ;

- dédoublement du matériel génétique, puis séparation de ce matériel en deux
parties égales ;
- formation d'une paroi transversale avec l'aide du mésosome.
- séparation de la cellule mère en deux cellules filles.

Figure 16 : division par scissiparité d’une bactérie

Il existe d’autre mode de reproduction, peu courants. Quelques espèces de bactéries se

reproduisent par bourgeonnement : la bactérie produit d’abord une petite excroissance (un
bourgeon) qui grossit jusqu’à ce que sa taille atteigne presque celle de la cellule mère dont se
sépare alors.
Des bactéries filamenteuses (certains actinomycètes) se reproduisent en formant des chaînes
de conidies (spores). D’autres se divisent simplement en fragments, dont la croissance donne
naissance à de nouvelles cellules.

6.6 Le métabolisme bactérien

6.6.1 Définition du métabolisme

Le métabolisme est l’ensemble des réactions chimiques qui se déroulent dans un organisme
vivant et dont la cellule est le siège. Il comprend l’anabolisme, ensemble des réactions de
biosynthèse, et le catabolisme, ensemble des réactions de dégradation des molécules
organique. Les molécules engagées dans ces réactions sont appelées métabolites.
 [53]

Les réactions cataboliques fournissent l’énergie nécessaire aux réactions anaboliques. Ce

couplage de deux types de réactions est rendu possible par la molécule d’adénosine
triphosphate, ATP.

L’ATP emmagasine l’énergie dérivée de réactions cataboliques et la libère, le moment venu,

pour alimenter les réactions anaboliques et accomplir du travail cellulaire, selon l’équation
suivante :

ATP → ADP + Pi + énergie

Ensuite, l’énergie des réactions cataboliques est utilisée pour combiner ADP et Pi et
synthétiser une nouvelle molécule d’ATP :

ADP + Pi +énergie → ATP

6.6.2 Les enzymes

 Définition et rôle

Une enzyme (ou un enzyme) est un catalyseur biologique (ou biocatalyseur) qui agit à faible
concentration, se retrouve intact en fin de réaction, et abaisse l'énergie d'activation d'une
réaction (cfr graphique ci-dessous).

En effet, pour qu'une réaction chimique se fasse, il faut fournir une certaine énergie, l'énergie
d'activation (comme si les réactifs devaient franchir un col pour se transformer). Une enzyme
diminue l'énergie d'activation à fournir et la réaction se retrouve donc accélérée.
 [54]

Figure 17 : Energie d’activation dans une réaction non catalysée (ligne noire) et dans une
réaction catalysée (ligne rouge).

Dans une réaction classique, les réactifs se transforment en produits jusqu'à disparition totale
ou non d'un réactif, c'est l'état d'équilibre. En enzymologie, les réactifs sont les substrats de
l'enzyme.

http://fr.wikipedia.org/wiki/Fichier:Activation.jpgConstitution des enzymes

Avant 1982, on croyait que seules les protéines étaient capables d’activités enzymatiques.
Mais depuis lors on a découvert un type d’ARN unique en son genre appelé ribozyme.
Comme les enzymes protéiques, les ribozymes jouent un rôle de catalyseurs. Leur action
consiste à enlever spécifiquement des fragments de la molécule d’ARN et à épisser ceux qui
restent.

Il existe deux grandes catégories d'enzymes :

- les enzymes purement protéiques (qui ne sont constituées que d'acides aminés)
- les enzymes constituées de deux parties : une partie protéique appelée apoenzyme  et
une partie non protéique appelée cofacteur.

Les cofacteurs peuvent être, entre autres composants, des ions métalliques de fer, de zinc, de
magnésium, ou de calcium. Si le cofacteur est une molécule organique, il s’appelle coenzyme.
Les apoenzymes sont inactives par elles-mêmes ; elles doivent être activées par un cofacteur.
Ensemble, l’apoenzyme et le cofacteur forment une holoenzyme (enzyme entière) et active.
Si le cofacteur est supprimé, l’apoenzyme ne peut fonctionner.

Certaines coenzymes jouent le rôle de transporteurs d’électrons. Beaucoup de coenzymes sont

dérivées de vitamines. Les coenzymes les plus importantes dans le métabolisme cellulaire
sont : le nicotinamide adénine dinucléotide (NAD+), le nicotinamide adénine dinucléotide
phosphate (NADP), la flavine mononucléotide (FMN), la flavine adénine dinucléotide (FAD),
la coenzyme A (CoA)

 L’action d’une enzyme

La fonction des enzymes est liée à la présence dans leur structure d'un site particulier appelé
le site actif. Schématiquement, il a la forme d'une cavité ou d'un sillon dans lequel vont se
fixer les substrats grâce à plusieurs liaisons chimiques faibles. Une fois fixés, les substrats
vont réagir et se transformer en produit.

Le site actif est subdivisé en deux parties : le site de liaison qui reconnaît la complémentarité
de forme avec un substrat spécifique à l'enzyme et le site catalytique qui permet la réaction
transformant le substrat en produit.
 [55]

Figure 18 : formation du complexe enzyme-substrat

De nombreux facteurs peuvent modifier la vitesse de réaction enzymatique :

- les concentrations en enzyme et en substrat ;

- les concentrations en ions métalliques (inhibiteurs compétitifs);
- les caractéristiques physico-chimiques du milieu de réaction (température, pH, ...) ;
- la présence d'inhibiteurs de la réaction enzymatique.

 La vitesse de réaction enzymatique

La vitesse de réaction enzymatique est mesurée à partir de la quantité de produit formé ou de

réactif disparu par unité de temps, et ce jusqu’à une certaine limite. Lorsque l’on augmente la
concentration du substrat, la vitesse de réaction enzymatique augmente, puis on aboutit à une
vitesse maxima (V max) qui ne peut être dépassée, lorsque tous les sites de fixation sont
occupés. L’allure générale de la courbe est celle d’un arc d’hyperbole avec une asymptote
horizontale.

Une telle cinétique enzymatique correspond au modèle de Michaelis et Menten :

E + S ⇆ ES → P

Cette représentation montre que l’enzyme (E) forme d’abord avec son substrat (S) une union
provisoire, le complexe « enzyme-substrat (ES) ». La molécule du substrat est transformée
pour donner les produits (P) de la réaction.la réaction une fois terminée, l’enzyme se retrouve
intacte.

Grâce à cet ensemble de réactions, l’enzyme accélère la réaction chimique.

L'affinité de l'enzyme pour son substrat est donnée par son Km ou constante de Michaelis
dans le cas d'une enzyme simple, à un seul site de fixation. Km est défini comme la
concentration de substrat pour laquelle la vitesse de réaction enzymatique est la moitié de la
vitesse de réaction maximale.

De nombreux facteurs peuvent modifier la vitesse de réaction enzymatique :

- les concentrations en enzyme et en substrat ;

- les concentrations en ions métalliques (inhibiteurs compétitifs);
- les caractéristiques physico-chimiques du milieu de réaction (température, pH, ...) ;
- la présence d'inhibiteurs de la réaction enzymatique.
 [56]

 Nomenclature des enzymes

Les enzymes sont généralement nommées en additionnant le suffixe -ase au nom de leur
substrat. Par exemple :

- L’amylase est une enzyme capable d'hydrolyser l'amidon ;

- La glucose-oxydase est une enzyme qui catalyse l'oxydation du glucose.

Les enzymes sont classifiées par un système numérique standard en six principaux groupes,
en fonction du type de réaction qu'elles catalysent :

- oxydoréductases (E.C.1) : elles catalysent les réactions d’oxydoréductions ; exemple

cytochrome oxydase et lactate déshydrogénase.
- transférases (E.C.2) : catalyse le transfert de groupements fonctionnels tels que les
groupements amine, groupement acétyle ou groupement phosphate ; exemple acétate
kinase, alanine désaminase.
- hydrolases (E.C.3) : catalyse l’hydrolyse (addition d’eau) ; exemple lipase, sucrase.
- lyases (E.C.4) : élimination de groupements d’atomes sans hydrolyse ; exemple,
oxalate décarboxylase, isocitrate lyase.
- isomérases (E.C.5) : redistribution d’atomes dans une molécule ; exemple, glucose-
phosphate isomérase.
- ligases ou synthétases (E.C.6) : combinaison de deux molécules (à l’aide d’énergie
habituellement obtenue par dégradation d’ATP) ; exemple, Acétyl- CoA synthétase.

Les numéros sont attribués par l' « Enzyme Commission  » (EC)  :

 Classification des coenzymes

Coenzymes d'oxydoréduction :

- Nicotinamide adénine dinucléotide (NAD+/NADH, H+) ;

- Nicotinamide adénine dinucléotide phosphate (NADP+/NADPH, H+) ;
- Flavine mononucléotide (FMN/FMNH2) ;
- Flavine adénine dinucléotide (FAD/FADH2) ;
- Coenzyme Q (CoQ/CoQH2);
- Les cytochromes (Cyt [Fe3+]/Cyt [Fe2+]).

Coenzymes de transfert de groupements :

- Adénosine triphosphate (ATP/ADP/AMP) ;

- Cytidine triphosphate (CTP/CDP/CMP) ;
- Guanosine triphosphate (GTP/GDP/GMP) ;
- Thymidine triphosphate (TTP/TDP/TMP) ;
- Uridine triphosphate (UTP/UDP/UMP) ;
- Coenzyme A (CoA-SH) ;
- Thiamine pyrophosphate (TPP) ;

Coenzymes d'activation

Cette catégorie rassemble certains des coenzymes précédemment cités comme le Coenzyme A
 [57]

 Description de quelques coenzymes

Le NAD

Le nicotinamide adénine dinucléotide, ou NAD, est un coenzyme d'oxydoréduction présent

dans toutes les cellules vivantes. Le composé est un dinucléotide, puisqu'il est composé de
deux nucléotides liés par leurs groupes phosphate. Un des nucléotides contient une adénine
tandis que l'autre contient un nicotinamide. Dans le métabolisme, le NAD+ est impliqué dans
les réactions redox en transportant des électrons. Ce coenzyme est présent sous deux formes
dans la cellule. NAD+ est un agent d'oxydation et NADH est un agent de réduction. Le
transfert d'électron est la principale fonction du NADH.

Le NAD est dérivé de la vitamine B3 (ou vitamine PP) : le nicotinamide.

Le coenzyme fixe réversiblement un ion H+ et deux électrons sur le noyau nicotinamide en

présence d'une enzyme de la classe des oxydoréductases. Ainsi, le réducteur NADH, H+ est
une source d'hydrure H-.

Le NADP

Le nicotinamide adénine dinucléotide phosphate (NADP) est un coenzyme

d'oxydoréduction. Il est très proche du nicotinamide adénine dinucléotide (NAD), dont il
diffère par la présence d'un groupement phosphate sur le second carbone du β-D-
ribofurannose du résidu adénosine. Sa forme réduite est désignée par NADPH ou NADPH2
ou encore NADPH + H+.
 [58]

La FMN

La flavine mononucléotide (FMN), ou riboflavine-5′-phosphate, est une biomolécule

produite à partir de la riboflavine (vitamine B2) par l'enzyme riboflavine kinase et agit comme
groupement prosthétique de diverses oxydoréductases.
 [59]

La Coenzyme Q10 (figure 1, avec n=10), également connue sous le nom de CoQ 10 ou
Ubiquinone, est une substance similaire à une vitamine, qui est vitale pour le bon
fonctionnement du corps humain.

Les cytochromes

Les cytochromes sont des coenzymes intermédiaires de la chaîne respiratoire. Ils ont comme
caractéristique commune d'être constitués d'une porphyrine complexée avec un atome de fer
ou de cuivre. C'est ce dernier qui confère au coenzyme ses propriétés oxydoréductrices en
changeant de valence.
 [60]

Le couple oxydant/réducteur est le suivant :

Les noyaux porphyrine sont fixés par des liaisons covalentes à la partie protéique des
cytochromes. Les différents types de cytochromes sont : Cytochrome a, Cytochrome a3,
Cytochrome b, Cytochrome b5, Cytochrome c, Cytochrome c1, Cytochrome f, Cytochrome p450

L’ATP

L’adénosine triphosphate (ATP) est la molécule qui, dans la biochimie de tous les
organismes vivants connus, fournit, par hydrolyse, l'énergie nécessaire aux réactions
chimiques du métabolisme. C'est le précurseur d'un certain nombre de cofacteurs
enzymatiques essentiels, comme le NAD+ ou la coenzyme A, et c'est une coenzyme de transfert
de groupements phosphate associée de manière non covalente aux enzymes de la classe des
kinases.
 [61]

Le rôle principal de l'adénosine triphosphate est de fournir l’énergie nécessaire aux réactions
chimiques des cellules. C’est un nucléotide servant à stocker et transporter l’énergie.

La réaction d'hydrolyse de l'adénosine triphosphate en adénosine diphosphate et phosphate

inorganique HPO42- est une réaction exergonique dont la variation d'enthalpie libre standard
vaut -30,5 kJ⋅mol-1 :

ATP + 2 H2O → ADP + Pi + H3O+ : ΔG°' = -30,5 kJ⋅mol-1.

6.6.3 Les réactions d’oxydoréduction

Les réactions biochimiques dont la cellule est le siège sont pour la plus grande majorité des
réactions couplées d’oxydation et de réduction, catalysées par des enzymes.
Une réaction d'oxydoréduction est une réaction chimique au cours de laquelle se produit un
transfert d'électrons. L'espèce chimique qui capte les électrons est appelée « oxydant » ; celle
qui les cède, « réducteur ».
Une oxydation est une perte d'électrons. Une réduction est un gain d'électrons. L'oxydation
d'un corps s'accompagne toujours de la réduction d'un autre (les électrons ne peuvent pas
circuler seuls et sont nécessairement captés) Aussi parle-t-on d'une réaction d'oxydoréduction
ou réaction redox.
Le réducteur s'oxyde (réaction d'oxydation), l'oxydant se réduit (réaction de réduction).
L'oxydoréduction se compose donc de deux demi-réactions : une oxydation et une réduction.
Dans beaucoup d’oxydations cellulaires, il y a perte simultanée d’électrons et de protons ; cela
équivaut à la perte d’atomes d’hydrogène, parce que cet élément est constitué d’un proton et
d’un électron.
 [62]

Puisque la plupart des oxydations biologiques se traduisent par la perte d’atomes

d’hydrogène, elles portent aussi le nom de déshydrogénation.
Une molécule organique est oxydée par la perte de deux atomes d’hydrogène. Elle est réduite
par le gain de deux atomes d’hydrogène.
Les couples redox les plus utilisés sont notamment :

NAD+ / NADH, H+
NADP+ / NADPH
FAD+ / FADH2
Le caractère « oxydant » ou « réducteur » est relatif dans le cadre d'une réaction chimique. Un
élément réducteur dans une réaction peut être oxydant dans une autre. Mais il est possible de
construire une échelle de force oxydante (ou, dans l'autre sens, de force réductrice) : c'est le
potentiel d'oxydoréduction, qui se mesure en volt.
6.6.4 La production d’ATP
Les organismes vivants emploient trois mécanismes de phosphorylation ou production d’ATP
à partir d’ADP et de phosphate inorganique (Pi) ou phosphorylation : la phosphorylation au
niveau du substrat, la photophosphorylation et la phosphorylation oxydative.
 La phosphorylation au niveau du substrat
La phosphorylation au niveau du substrat produit de l’ATP quand un phosphate riche en
énergie est transféré directement d’un composé phosphorylé (un substrat) à une molécule
d’ADP.
C-C-C ~P + ADP → C-C-C + ATP

 La phosphorylation oxydative
La phosphorylation oxydative est la production d’ATP dans la chaîne des transporteurs
d’électrons par un mécanisme appelé chimiosmose (voir dans la partie respiration cellulaire)
 La photophosphorylation
La photophosphorylation n’a lieu que dans les cellules photosynthétiques. Comme dans le cas
de la photophosphorylation oxydative, ce mécanisme fait intervenir une chaîne de transport
d’électrons (voir dans la partie sur la photosynthèse)
6.6.5 La respiration

La respiration (cellulaire) est l’ensemble des réactions d’oxydoréduction biologiques

productrices d’énergie dans lesquelle le donneur d’électrons est un composé organique ou
minéral et l’accepteur final d’électrons est soit l’oxygène (respiration aérobie) soit un autre
composé minéral (respiration anaérobie)

6.6.5.1 La respiration aérobie des substances organiques : chimioorganotrophie aérobie

 [63]

Les organismes chimioorganotrophes aérobies tirent la plus grande partie de leur énergie à
partir de la combustion des substances organiques diverses : glucides, lipides, protides, etc.
L’oxygène moléculaire sert d’accepteur final d’électrons. La plupart des microorganismes ont
recours à l’oxydation des glucides comme principal moyen d’obtention de leur énergie
cellulaire. Le glucose est le glucide le plus souvent utilisé comme source d’énergie par les
cellules.

Pour produire de l’énergie à partir du glucose, les microorganismes font appel à deux grands
processus : la respiration cellulaire et la fermentation. Ces deux processus commencent
habituellement de la même façon, par la glycolyse, puis s’engagent par la suite dans des voies
différentes.

La dégradation complète du glucose libère une grande quantité d’énergie selon l’équation
globale :

C6H12O6 + 6 O2 + n ADP + n Pi → 6 CO2 + 6 H20 + n ATP

Mais en réalité, la respiration cellulaire du glucose s’effectue en trois grandes phases : la

glycolyse, le cycle de Krebs et la chaîne de transport des électrons.

 La glycolyse

Considérations générales

La glycolyse ou voie d’Embden-Meyerhof est l’oxydation, dans le cytoplasme, du glucose

en acide pyruvique (ou son sel le pyruvate). Ce dernier peut soit entrer dans le cycle de Krebs,
qui se déroule dans la mitochondrie des eucaryotes ou le cytoplasme des bactéries en
aérobiose, soit être métabolisé par fermentation en anaérobiose, pour produire par exemple du
lactate ou de l'éthanol.

La glycolyse est un mécanisme de régénération d'ATP qui ne nécessite pas d'oxygène. Au

cours de ce processus, on assiste à :

- des réactions d'oxydoréduction au cours desquelles un accepteur d'électrons

(coenzyme NAD+) est réduit :
- NAD+ + 2 H+ + 2 e− → NADH + H+.

- des synthèses d'ATP par phosphorylation au niveau du substrat (phosphorylation

d'ADP et formation de molécules d'ATP):
- 2 ADP + 2Pi + 2 H+ → 2 ATP + 2 H2O.

Le symbole Pi représente ici le phosphate inorganique HPO42- (Hydrogénophosphate)

L’équation globale de la glycolyse s’écrit de la manière suivante:

Glucose + 2 NAD+ → 2 CH3-CO-COO- + 2 (NADH + H+ ),

couplée à :
 [64]

2 ADP + 2 Pi + 2 H+ → 2 ATP + 2 H2O,

soit au total

glucose + 2 ADP + 2 Pi + 2 NAD+ → 2 pyruvate + 2 ATP + 2 ( NADH + H+ ) + 2 H2O.

Étapes de la glycolyse

La glycolyse est composée de 10 grandes étapes, faisant intervenir 10 enzymes :

(1) Phosphorylation du glucose en glucose-6-phosphate

(2) Isomérisation du glucose-6-phosphate en fructose-6-phosphate
(3) Phosphorylation du fructose-6-phosphate en fructose-1,6-diphosphate
(4) Clivage du fructose-1,6-diphosphate en deux molécules de glycéraldéhyde-3-
phosphate et dihydroxyacétone phosphate
(5) Isomérisation de la dihydroxyacétone phosphate en glycéraldéhyde-3-phosphate
(6) Phosphorylation du glycéraldéhyde-3-phosphate en 1,3-diphosphoglycérate
(7) Conversion du 1,3-diphosphoglycérate en 3-phosphoglycérate avec récupération
d'ATP
(8) Isomérisation du 3-phosphoglycérate en 2-phosphoglycérate
(9) Conversion du 2-phosphoglycérate en phosphoénolpyruvate
(10) Conversion du phosphoénolpyruvate en pyruvate avec récupération d'ATP
[65]
 [66]

Figure 19: la glycolyse (Source : Banque de schémas-SVT- Académie de Dijon)

 [67]

Bilan de la glycolyse

Au cours de la glycolyse, deux molécules de NAD + sont réduites en NADH, et 4 molécules

d’ATP sont formées par phosphorylation au niveau du substrat. Puisqu’il a fallu deux
molécules d’ATP pour amorcer le processus et que la glycolyse en produit 4, il y a un gain net
de 2 ATP pour chaque molécule de glucose oxydée.

 Les voies parallèles de la glycolyse

Beaucoup de bactéries utilisent d’autres voies pour oxyder le glucose, en plus de la glycolyse.
Les deux voies les plus répandues sont la voie des pentoses phosphates et la voie d’Entner-
Doudoroff.

La voie des pentoses phosphates fonctionne en même temps que la glycolyse et fournit un
moyen de dégrader les sucres à 5 carbones (pentoses) en plus du glucose.

La voie d’Entner-Doudoroff produit deux molécules de NADPH et une molécule d’ATP pour
chaque molécule de glucose.

 Le cycle de Krebs

Signification

Le cycle de Krebs, ou cycle des acides tricarboxyliques, ou encore cycle de l'acide citrique
(citrate), est une série de réactions biochimiques dont la finalité est de produire des
intermédiaires énergétiques qui serviront à la production d'ATP dans la chaîne respiratoire. Il
s'agit d'un cycle car le dernier métabolite, l'acide oxaloacétique, est aussi impliqué dans la
première réaction.

Le cycle de Krebs se déroule dans la matrice de la mitochondrie chez les eucaryotes, ou dans
le cytoplasme des bactéries, en conditions aérobies. Les enzymes catalysant cette suite de
réactions sont localisées dans la matrice mitochondriale (cytoplasme chez les bactéries) ou au
niveau de la membrane interne mitochondriale (membrane interne chez les bactéries).

Etape préparatoire : décarboxylation de l’acide pyruvique

L’acide pyruvique qui est le produit de la glycolyse ne peut pas entrer directement dans le
cycle Krebs. Au cours d’une étape préparatoire, l’acide pyruvique doit perdre une molécule de
dioxyde de carbone et se transformer en un composé à deux carbones, l’acétyl qui se lie au
coenzyme A. Le complexe obtenu est appelé acétyl coenzyme A. Durant cette réaction,
l’acide pyruvique est aussi oxydé et le NAD+ est réduit.

Le cycle Krebs est le point final et commun du catabolisme des glucides (glycolyse, voie des
pentoses phosphates ), lipides et acides aminés car tous ces catabolismes aboutissent à la
formation d'acétylcoenzyme. L'acétylcoenzyme A est une forme de transport des groupements
acétyl qui proviennent du pyruvate.
 [68]

Etapes du cycle de Krebs

La première étape du cycle consiste à transférer le groupement acétyl sur l'oxaloacétate pour
former du citrate. Le reste du cycle consiste en des transformations catalysées. La dernière
étape produit de l'oxaloacétate, qui peut ensuite réagir à nouveau dans la première étape avec
un acétyl et recommencer le cycle. Il existe toutefois des réactions d'échappement au cycle de
Krebs qui permettent d'utiliser certains intermédiaires pour d'autres fonctions cellulaires.

Les principales étapes du cycle de Krebs se présentent de la manière suivante :

1. Synthèse du citrate
2. Déshydratation du citrate
3. Hydratation du cis-aconitate
4. Oxydation de l’isocitrate
5. Décarboxylation de l'oxalosuccinate
6. Décarboxylation oxydative de l'α-cétoglutarate
7. Formation du succinate
8. Oxydation du succinate
9. Hydratation du fumarate
10. Oxydation du malate : fermeture du cycle.
 [69]

Figure 20: le cycle de Krebs (Source : Banque de schémas-SVT- Académie de Dijon)

 [70]

Bilan du cycle de Krebs

Si l’on considère l’ensemble du cycle de Krebs, on constate que, pour deux molécules
d’acétyls CoA (composé à 2 carbones) qui entrent dans le cycle, quatre (2x2) molécules de
CO2 sont libérés par décarboxylation, six molécules de NADH 2 (2x3) et deux molécules de
FADH2 (2x1) sont produites par des réactions d’oxydoréduction, et 2 (2x1) molécules d’ATP
sont crées par phosphorylation au niveau du substrat :

2 ATP + 6 NADH2 + 2FADH2 + 4 CO2

On constate que le cycle de Krebs ne produit qu'un seul équivalent ATP (1 GTP) par acétyl
CoA. L'essentiel de l'énergie chimique potentielle produite est sous forme de pouvoir
réducteur (NADH, H+ et FADH2). Ce pouvoir réducteur est ultérieurement utilisé dans la
chaîne respiratoire pour produire 11 autres ATP.

 La chaîne de transport des électrons ou chaîne respiratoire

La chaine respiratoire est un ensemble de quatre complexes protéiques inclus dans la

membrane interne des mitochondries ou  la membrane plasmique des bactéries aérobies,
auxquels sont associés deux cofacteurs (coenzyme Q et cytochrome C) qui assurent l'interface
entre les complexes. Ces complexes sont capables d’effectuer des réactions d’oxydoréduction.
Au fur et à mesure que les électrons se déplacent sur la chaîne, l’énergie qu’ils libèrent par
paliers sert à produire de l’ATP par chimiosmose. 

Les quatre complexes protéiques impliqués dans le transport des électrons par l’intermédiaire
de la chaîne respiratoire sont les suivants :

- le complexe I (NADH déshydrogénase),

- le complexe II (succinate-ubiquinone réductase),
- le complexe III (ubiquinol-cytochrome C réductase),
- le complexe IV (cytochrome oxydase comprenant notamment le cytochrome A3)

Chez les bactéries, les chaînes de transport des électrons ne sont pas toutes identiques.
Comme la chaîne de transport des électrons dans la mitochondrie des cellules eucaryotes a été
abondamment étudiée, c’est cette chaîne qui sera prise comme modèle pour illustrer cette
partie du cours.

Selon le type de substrat utilisé, on distingue deux variantes de la chaîne respiratoire : le

substrat de type XH2 et le substrat de types YH2.

Chaîne respiratoire utilisant le substrat de type XH2

Lorsque les électrons proviennent du substrat à NAD, appelé substrat de type XH2 (le malate,
par exemple), la première étape de la chaîne de transport des électrons consiste à transférer
des électrons riches en énergie du NADH à la FMN., premier transporteur de la chaine ; Le
transport comprend, en fait, le passage d’un atome d’hydrogène avec deux électrons à la
FMN, qui récupère alors un autre proton H + du milieu aqueux.Par suite du premier transfert,
le NADH est oxydé en NAD+ et le FMN est réduite en FMNH2.
 [71]

Au cours de la deuxième étape de la chaîne de transport des électrons, la FMNH 2 expédie 2

H+ de l’autre côté de la membrane mitochondriale et donne deux électrons à la coenzyme Q.
En retour, la FMN2 est oxydée en FMN. En même temps, la coenzyme Q, qui se déplace
librement dans la membrane, capte 2 H+ supplémentaires dans le milieu aqueux et les libère
de l’autre côté de la membrane.

Les étapes suivantes de la chaîne de transport mettent en jeu les cytochromes. Les électrons
passent successivement de Q au cyt b, au cyt c 1 et au cyt c, lequel se déplace pour relayer les
électrons, puis au cyt a et cyt a3

Chacun des cytochromes de la chaîne est réduit lorsqu’il capte des électrons et oxydé lorsqu’il
les cède. Le dernier cytochrome, le cyt a3, cède ses électrons à une molécule de dioxygène
(O2) qui devient chargée négativement (O-) et se lie à des protons (H+) du milieu pour former
H2O

Figure 21 : Transport des électrons et production d’ATP par chimiosmose Chaîne (source:
Tortora et al )
 [72]

Chaîne respiratoire utilisant le substrat de type YH2

Lorsque les électrons proviennent du substrat à FAD, appelé substrat de type YH2 (le
succinate, par exemple), ils sont transférés au FAD, puis directement à l’ubiquinone et de là
aux cytochromes et oxygène.

NADH FMN

Q b c1 c a a3 O2

Succinate FAD

 Les phosphorylations oxydatives par chimiosmose

La synthèse d’ATP à partir d’ADP et de phosphate inorganique (Pi), dans la chaîne

respiratoire, est appelée phosphorylation oxydative ou oxydation phosphorylante.

Elle a lieu au niveau des complexes I, III et IV. Pour les substrats de types XH 2 oxydés par le
NAD, 3ATP sont formés lors du transfert des 2 électrons à travers la chaîne des transporteurs
des électrons. Pour le substrat de type YH2 oxydés par la FAD, 2 ATP sont formés.

Peter Mitchel a développé en 1961 la théorie chimiosmotique pour expliquer la

phosphorylation par chimiosmose. Selon lui, la phosphorylation oxydative est le résultat de
deux couplages associés :

- Un couplage chimiosmotique entre oxydoréduction et transport actif des protons (H+) ;

- Un couplage osmochimique entre flux diffusif de protons et phosphorylation.

En effet, au niveau des 3 sites de phosphorylation, des protons sont expulsés de la matrice
vers l’espace intermembranaire. Il en résulte entre la matrice et l’espace intermembranaire une
accumulation active de protons se traduisant par un gradient de ceux-ci suffisant pour les
forcer à réintégrer le milieu matriciel. La membrane interne de la mitochondrie étant
imperméable aux protons, ceux-ci sont amenés à transiter par des ATP synthase, qui sous
l’effet du flux diffusif de protons synthétisent des ATP.
 [73]

Figure 22 : chaîne respiratoire et ATP synthase (Source : Wikipédia)

 [74]

 Bilan énergétique global de la dégradation d’une molécule de glucose

De la glycolyse au cycle de Krebs le bilan des ATP, des paires d’hydrogènes et des CO 2
s’établissent comme suit :

- glycolyse : 2 ATP + 2 NADH2

- décarboxylation oxydative de 2 ac. pyr. : 2 NADH2 + 2CO2

- oxidation de 2 acétyl-Co A (cycle de Krebs) : 2 ATP + 6 NADH2 + 2FADH2 + 4CO2

- chaîne respiratoire :

10 NADH2 : 10 x 3 ATP = 30 ATP

2 FADH2 : 2 x 2 ATP = 4 ATP

_______

38 ATP

Ainsi 38 ATP sont formés par molécule de glucose oxydée (énergie libre = 686.000 cal)

 Autres modes de transport des électrons

D’autres modes de transport d’électrons existent chez certaines bactéries.

1) Les bactéries luminescentes tel que Photobacterium utilisent un raccourci dans le système
de transport d’électrons. Ceux-ci sont transférés du NADH2 à la FMN (flavine
mononucléotide) et non pas à la FAD. Ensuite ils sont transférés à l’oxygène par une réaction
enzymatique spéciale productrice de lumière grâce à l’enzyme luciférase.

FAD → Cytochromes → Oxygène

Substrat→NADH2

FMN → Luciférase → Oxygène

2) Dans la respiration aérobie, l’oxydation du substrat est couplée à la réduction de l’oxygène

moléculaire en eau H2O grâce aux cytochromes. Certaines enzymes peuvent catalyser la
réduction de l’oxygène en eau oxygénée (H2O2) Ce composé est toxique. Pour l’éliminer, la
majorité des organismes aérobies possèdent une catalase qui décompose l’eau oxygénée en
eau et oxygène moléculaire (2H2O2 → 2 H2O + O2). D’autres microorganismes utilisent des
peroxydases pour décomposer l’eau oxygénée en eau (H2O + 2H→ 2 H2O).
 [75]

Les bactéries lactiques (microaérophyles) et les bactéries anaérobies strictes (ex. Clostridium)
ne possèdent ni catalase ni peroxydase. Acetobacter peroxydans et Shigella dysenteriae sont
les seules bactéries aérobies catalase-négatives.

3) La plupart des organismes qui oxydent des composés organiques au cours de la respiration
produisent du gaz carbonique (CO2) comme seul ou principal produit de déchet carboné. Ce
type d’oxydation est dite oxydation complète pour le distinguer de l’oxydation incomplète
au cours de laquelle des composés organiques partiellement oxydés apparaissent comme les
principaux produits du métabolisme.

Les bactéries les plus connues qui réalisent des oxydations incomplètes sont les bactéries
acétiques qui transforment en vinaigre les boissons alcoolisées, vin ou cidre selon la
réaction :

CH3- CH2OH + O2 → CH3- COOH + H2O

Alcool éthylique ac. acétique

6.6.5.2 La respiration aérobie des substances inorganiques : chimiolithotrophie aérobie

La respiration aérobie des substances inorganiques est l'utilisation, en l'absence de lumière, de

l'oxydation des substances minérales réduites comme source d'énergie pour les synthèses
cellulaires et la croissance. Les systèmes de transport des électrons de chimiolithotrophes sont
identiques à ceux des chimioorganotrophes.

Les principaux donneurs d’électrons sont l’hydrogène moléculaire (H 2), l’ammoniaque (NH3),
le nitrite (NO2), le soufre (S) et ses composés réduits (H 2S, S2O3), le fer ferreux (Fe++) et peut
être le cuivre cuivreux (Cu++) et l’antimoine.

Les bactéries chimiolithotrophes sont très diverses suivant le type de substrat métabolisé, leur
mode de nutrition carbonée, leur morphologie et leur habitat. Les groupes physiologiques des
bactéries chimiolithotrophes sont les suivants :

 Les bactéries nitrifiantes

L'oxydation biologique de l'ammoniaque en nitrite puis en nitrate appelée couramment

nitrification, est l'œuvre de deux groupes physiologiques de bactéries chimiolithotrophes.

Il y a 4 groupes physiologiques de chimiolithotrophes: Les 3 premiers sont classés dans les

protéobactéries.

- Les bactéries oxydant l’ammoniac (NH3) en nitrite (NO2) ou bactéries de la

nitrosation.

Les bactéries de la nitrosation sont caractérisées par leur morphologie et la

présence de membranes intra cytoplasmiques. Leur nom commence par le
préfixe Nitroso-.
 [76]

2 NH3 + 3 O2 → 2NO2 + 2H + 2H2O

Genres importants : Nitrosomonas, Nitrosococcus, Nitrosospira, Nitrosolobus,

Nitrosovibrio.

1) Les bactéries oxydant le nitrite (NO2) en nitrate (NO3 ou bactéries

de la nitratation

Les bactéries de la nitratation sont caractérisées par leur forme, leur taille et la disposition
des membranes intra cytoplasmiques. Leur nom commence par le préfixe Nitro-.

2 NO2 + O2 → 2NO3

Genres importants : Nitrobacter et Nitrococcus.

2) Les bactéries oxydant le soufre et ses dérivés (bactéries

sulfooxydantes ou sulfobactéries incolores)

Elles se caractérisent par leur capacité à oxyder les composés minéraux du soufre. Bien que
toutes soient des autotrophes, certaines peuvent se développer sur des substrats organiques et
quelques-unes peuvent coupler l'oxydation des composés soufrés avec la réduction du nitrate
et du nitrite (dénitrification). Certaines utilisent le fer ferreux comme source d'énergie;
quelques espèces peuvent même oxyder d'autres ions métalliques comme le cuivre cuivreux.

H2S + ½ O2 → S+H2O

2S + 2H2O +3O2 → 2 SO4 + 4H

S2O3 + H2O + 2O2→ 2 SO4 +2H+

Les bactéries de ce groupe comprennent les genres Thiobacillus, Beggiatoa et Thiothrix,

Thiobacterium

3) Les bactéries oxydant le fer (ferrobactéries)

Ce sont des bactéries capables de déposer les oxydes de fer visibles à l'œil nu. Ils sont
largement répandus dans la nature, dans tous les habitats qui contiennent du fer et du
manganèse: mares, marais, lacs et conduites d'eau, les sols et parfois le milieu marin. Ce sont
des espèces aérobies ou microaérophiles qui se développent à un pH neutre ou légèrement
alcalin.

4Fe + 4H + O2 → 4Fe + 2H2O

Genres importants : Siderocapsa Ferrobacillus, Gallionella.

4) Les bactéries oxydant l’hydrogène (H2)

2 H2 + O2 → 2H2O

Genre important : Hydrogenobacter

 [77]

6.6.5.3 La respiration anaérobie : Chimiolithotrophie anaérobie

La respiration anaérobie définit les oxydations biologiques productrices d’énergie dans

lesquelles une substance inorganique autre que l’oxygène (O2), à savoir un nitrate, un sulfate
ou un carbonate (ou le CO2) est utilisée comme accepteur d’électrons.

Les bactéries capables d’effectuer une respiration anaérobie appartiennent à trois groupes.

 Les bactéries dénitrifiantes :

La respiration anaérobie couplée à la réduction du nitrate est un processus facultatif. Les

bactéries qui utilisent le nitrate comme accepteur final d’électrons réalisent normalement une
respiration aérobie et n’utilisent le nitrate qu’en l’absence d’oxygène.

NO3 + 2e + 2H →NO2 + H2O

Cette réaction requiert la présence de l’enzyme nitrate-réductase. Mais NO 2 étant toxique,

seules les bactéries dénitrifiantes, possédant d’autres réductases réduisant le NO 2 sont
capables de croissance continue en anaérobiose aux dépens de NO3.

La dénitrification permet un transfert global de 6 électrons à chaque molécule de l’accepteur

terminal :

2NO3 + 12 e + 12 H → N2 + 6H2O

Ce processus de formation d’azote moléculaire à partir des nitrates, via le nitrite

(dénitrification) a un impact très négatif sur le plan agronomique (cfr cycle de l’azote).

Les bactéries dénitrifiantes appartiennent principalement aux genres : Pseudomonas (par

exemple P.aeruginosa) et Bacillus (par exemple Bacillus licheniformis).

 Les bactéries sulfatoréductrices

Dans ce type de respiration anaérobie, l’atome de souffre sert d’accepteur d’électrons pour
l’oxydation des substances organiques. Les sulfites (SO3) peuvent remplacer le sulfate comme
accepteur d’électrons.

L’oxydation anaérobie de l’acide lactique par Desulfovibrio peut s’écrire :

2CH3-CHOH-COOH +SO4 + 2CO2 + 2COH

L’oxydation de l’hydrogène moléculaire par le sulfate donne :

4H2 + SO4 – 2H2O + H2S + 2OH

 [78]

 Les bactéries méthanogènes : oxydation de H2 couplée à la réduction du CO2 en CH4

Les bactéries méthanogènes, strictement anaérobies, conduisent à la production de méthane à

partir d'un mélange de gaz carbonique et d'hydrogène. Ces bactéries réduisent le CO2 (ou
HCO3 -) en méthane. Cette voie est génératrice d'énergie et couplée à la synthèse d'ATP. Ce
métabolisme peut être considéré, de ce fait, comme un exemple d'autotrophie.

Le schéma le plus simple de production de méthane est le suivant :

CO2 + 4H2 → CH4 + 2H2O (∆G0' = - 135 kJ/mol)

Cette réaction est caractéristique de Methanomonas omelianskii.

L'énergie et le pouvoir réducteur proviennent d'une réaction chimique réalisée à partir de

substances minérales. On parle de chimiolithotrophie.

Le passage du CO2 au CH4 s'effectue par quatre réductions successives mais peut aussi partir
du méthanol ou de l'acide formique. Les électrons peuvent provenir de H 2 ou, plus rarement,
voire même du fer (FeO).

La production de méthane peut également se faire à partir de la réduction d'autres molécules

que le dioxyde de carbone. Les intermédiaires d'oxydation, comme le méthanol ou l'acide
formique, peuvent être utilisés. Dans le cas de la méthanogenèse acétoclastique, la réduction
se fait à partir de l'acide acétique :

CH3COOH → CH4 + CO2 (∆G0' = - 31 kJ/mol)

Les deux types de méthanogenèse sont liés à des bactéries du groupe des Archéobactéries.

Certaines bactéries peuvent oxyder le monoxyde de carbone. Il s’agit, par exemple, de

Methanobacterium formicium et Carboxydomonas  :

6 H2+ 2 CO CH4 + 2 H20

6.6.6 La fermentation

La fermentation est l’ensemble de réactions d’oxydations biologiques productrices d’énergie

où le donneur et l’accepteur final d’électrons sont des composés organiques. Il s’agit d’un
processus anaérobie caractéristique entre autres d’un certain nombre des bactéries
chimioorganotrophes pouvant dégrader par ce processus les sucres, les acides organiques, les
acides aminés, les purines et les pyrimidines.

Suivant la nature des produits issus de la réaction enzymatique, on distingue plusieurs types
de fermentation :

 La fermentation lactique
 [79]

Elle est caractéristique des bactéries lactiques (Lactobacillus, Streptococcus, Leuconostoc) et

peut se produire à partir du lactose (sucre formé par l’union de glucose et de galactose) ou du
glucose.

Suivant la nature du catabolisme du glucose on peut avoir  la fermentation lactique

homolactique soit la fermentation lactique hétérolactique.

La fermentation homolactique conduit uniquement à l’acide lactique. Elle débute d’abord

par la glycolyse. L’acide pyruvique issu de la glycolyse est ensuite réduit directement en acide
lactique.

Au cours de ce métabolisme homofermentaire, une molécule de glucose consomme 2 ATP et

en forme 4 (cfr glycolyse). Il ya donc au total, synthèse de 2 nouvelles molécules d’ATP.

La fermentation homolactique est réalisée par Streptococcus, Lactobacillus et certains

Bacillus. Cette fermentation du lait conduit à la formation des fromages et des yaourts. C'est
aussi la fermentation qui devrait se produire dans les ensilages.

La fermentation lactique hétérofermentaire, ou fermentation hétérolactique, conduit à l’acide

lactique et à d’autres produits (Leuconostoc)

1 glucose → 1 CO2 + 1 ac. lactique + 1 ac. Lactique ou un éthanol.

La fermentation hétérolactique est réalisée par des Lactobacillus. Elle conduit à la fabrication
de nombreux produits à côté de l'acide lactique, par exemple la fabrication du kéfir (boisson à
base de lait fermenté, légèrement alcoolisée, produite à la Moyen-Orient). Mais, plus souvent
cette fermentation conduit à des altérations du vin, de la bière, des jus de fruits, etc.

 La fermentation alcoolique

Dans la fermentation alcoolique caractéristique surtout des levures mais aussi de la bactérie
Zymomonas lindneri, l’acide pyruvique est décarboxylé en aldéhyde acétique et c’est ce
dernier qui est réduit pour former l’alcool éthylique  et le gaz carbonique:

CH3-CO-COOH → CH3-CHO + CO2

Acide pyruvique Acétaldehyde + gaz carbonique

CH3-COH + NADH2 → CH3-COH + NAD

La fermentation alcoolique réalisée par des levures dont la levure de boulanger

(Saccharomyces cerevisiae) est à la base de la production du vin, de la bière et du pain.
 [80]

 La fermentation acide mixte 

Elle est réalisée par certaines entérobactéries, par exemple Salmonella, Escherichia, Shigella.
Elle conduit à la formation de nombreux produits intermédiaires (acétone, glycérol, acétoïne,
etc.)

 La fermentation butylène-glycolique

Les produits de la fermentation butylène-glycolique sont identiques à ceux de la fermentation

acide mixte mais comprennent le 2-3 butylène glycol (CHOH-CHOH-CH 3). Les bactéries
responsables de cette fermentation sont : Aerobacter et Bacillus polymyxa).

 La fermentation butyrique-acétone-butanolique

Elle produit l’acide butyrique, l’acide acétique, l’hydrogène, le gaz carbonique, parfois le
butanol, l’éthanol, l’acétone et l’alcool isopropylique. Les bactéries responsables de cette
fermentation sont notamment Clostridium et Bacillus macerans.

 La fermentation propionique

Elle produit l’acide propionique, l’acide acétique et le gaz carbonique. Les bactéries
responsables sont Propionibacterium et les bactéries anaérobies apparentées.
 [81]

6.6.7 La photosynthèse bactérienne

 Définition

La photosynthèse est le processus par lequel les végétaux et les microorganismes

photosynthétiques synthétisent leur matière organique à partir de molécules simples (CO 2 +
H2O, ou H2S, H2) et de l'énergie lumineuse (soleil). Ces organismes sont des photoautotrophes
qui utilisent la lumière comme source d’énergie et le dioxyde de carbone comme principale
source de carbone.

Les microorganismes photoautotrophes comprennent : les bactéries vertes sulfureuses

(Chlorobium) et pourpres sulfureuses (Chromatium), ainsi que les cyanobactéries (Nostoc),
les algues et les plantes vertes. Lors des réactions photosynthétiques des Cyanobactéries, des
algues et des plantes vertes, les atomes d’hydrogènes de l’eau servent à réduire le dioxyde de
carbone et il y a libération d’oxygène sous forme gazeuse. Ce processus photosynthétique est
oxygénique. Les bactéries vertes sulfureuses et les bactéries pourpres sulfureuses ne peuvent
pas utiliser H2O pour réduire le CO2 ; ils utilisent d’autres composés tels que H2S. Leur
processus photosynthétique est anoxygénique.

 Equations générales de la photosynthèse

1) Photosynthèse oxygénique (les Cyanobactéries, par exemple) :

H2O + CO2 → (CH2O) + O2

2) Photosynthèse anoxygénique (par exemple les bactéries sulfureuses vertes)

2 H2 + CO2 → (CH2O) + H2O ou encore

2 H2S + CO2 → (CH2O) + 2 S

 Siège de la photosynthèse

Le siège de la photosynthèse est situé dans les chloroplastes des cellules végétales ou dans des
régions spécialisées de la membrane cellulaire des bactéries photosynthétiques. Le pigment
qui capte la lumière est la chlorophylle des cellules végétales ou la bactériochlorophylle des
bactéries photosynthétiques. Les molécules de chlorophylles sont intégrés aux thylacoïdes
sous forme de deux complexes appelés photosystèmes (PS). Deux types de photosystèmes, le
photosystème I (PS I) et le photosystème II (PS II), sont reliés par une chaîne des
transporteurs des électrons en forme de « Z ».

 Mécanismes de la photosynthèse oxygénique (cas des Cyanobactéries)

La photosynthèse se déroule en deux étapes distinctes : la phase lumineuse ou phase claire et

la phase obscure.
 [82]

1) la phase lumineuse

C’est au cours de cette phase qu’ont lieu les réactions photochimiques comprenant : la
photolyse de l’eau et la captation de la lumière par la chlorophylle ainsi que l’ionisation de
celle-ci.

La photolyse de l’eau

Grâce à l’absorption de 4 photons lumineux, deux molécules d’eau sont scindées en 4

électrons, 4 protons et de l’oxygène gazeux :

2 H2O + 4 photons → 4 e- + 4 H+ + O2.

Cette scission oxydative dépendant de la lumière est la photolyse. Le complexe enzymatique

de scission de la photolyse est situé à l’intérieur de la membrane thylacoïdale
(Cyanobactéries) La photolyse de l’eau contribue à la production d’un gradient de protons de
part et d’autre de la membrane du thylacoïde. Cela constitue le moyen de produire l’ATP dans
la photosynthèse.

Captation de la lumière et réactions photochimiques

La chlorophylle capte la lumière. Celle-ci excite certains électrons de la molécule de la

chlorophylle qui sont éjectés et portés à un très haut niveau énergétique. De là ils sont
acheminés le long des transporteurs d’électrons où ils vont participer à la
photophosphorylation. Celle-ci est soit cyclique soit non cyclique.

Au cours de la photophosphorylation non cyclique, les électrons cédés par la chlorophylle

sont acheminés le long de la chaîne de transport jusqu’à l’accepteur d’électrons NADP+ qui
se combine à des protons provenant de la photolyse de l’eau, pour former le NADPH. Le
courant d’électrons qui passe dans la chaîne de transport produit de l’ATP par chimiosmose.
Ce type de phosphorylation est appelée photophosphorylation. Les électrons éjectés de la
chlorophylle sont remplacés par les électrons provenant de la photolyse de l’eau.

Au cours de la phosphorylation cyclique, les électrons arrachés à la chlorophylle par la

lumière retournent à ce pigment après leur passage le long de la chaîne des transporteurs des
électrons, et ne réduisent donc pas NADP +. L’énergie du transfert des électrons est convertie
en ATP.

La réaction globale de la phase claire est :

H2O + ADP + Pi + NADP+ + h(énergie lumineuse) ---> O2 + ATP + NADPH + H+

 [83]

Figure 23 : chaîne de transporteurs d’électrons en forme de Z

 [84]

P700*

Fd

Cyt b6

PQ PSI

Fe-S

Cyt f h 680 nm

PC

P700

Figure 24: transport cyclique des électrons. Le photosystème PSI fonctionne

indépendamment de PSII et peut renvoyer des électrons de P700* vers P700 par
l’intermédiaire de la ferrédoxine (fd), du cyt b6, de la plastoquinone (PQ), du centre Fe-S de
la protéine de Rieske, du cytochrome f, et de la plastocyanine (PC). Ce transport cyclique ne
produit pas de NADH.

2) la phase sombre
 [85]

Au cours de cette phase, l’ATP et le NADPH 2 (réducteur) produits par les réactions de la
phase claire sont utilisées pour synthétiser des sucres dans le cycle de Calvin. Le fructose est
l'ose formé le plus abondant. Il s'associe au glucose pour former le saccharose.

La réaction globale de cette phase est :

CO2 + ATP + NADPH + H+ → (CH2O) + ADP + Pi + NADP+

Cette phase ne nécessite pas de lumière. C'est la raison pour laquelle on l'appelle la phase
sombre.

6.7 La classification des bactéries : les grands groupes bactériens

Le Domaine des « Bacteria », les bactéries, comprend, selon le Manuel de Bergey 22

embranchements. Il n’est pas nécessaire, dans le cadre de ce cours, de décrire tous ces
embranchements. On se limitera à présenter seulement quelques embranchements et leurs
représentants qui ont un intérêt particulier sur les plans physiologique (leur métabolisme, en
particulier), écologique, médical et économique.

 Embranchement des Cyanobacteria (les Cyanobactéries)

Les cyanobactéries dont le nom évoque la pigmentation caractéristique bleu-vert (ou cyan),
étaient autrefois appelées « algues bleues ». Bien qu’elles ressemblent aux algues eucaryotes,
l’appellation d’algue est inappropriée car ce sont des bactéries. Elles ont une organisation
cellulaire de type procaryote : pas de noyau bien individualisé, pas de chloroplastes mais leur
appareil photosynthétique est constitué de lamelles lipoprotéiques appelées « thylacoïdes ».

Elles sont toutes autotrophes avec une photosynthèse semblable à celles des plantes qui
s’accompagne d’un dégagement d’oxygène. Beaucoup de cyanobactéries sont capables de
fixer l’azote gazeux, d’où leur importance écologique et agronomique.

Les cyanobactéries peuvent être unicellulaires ou pluricellulaires, elles s’alignent en filaments

ou s’agglomèrent en paquets. Les filaments sont souvent terminés ou entrecoupés par une
cellule spécialisée, un hétérocyste. Les principaux genres de cet embranchement sont
Anabaena, Nostoc et Spirulina :

Les bactéries du genre Anabaena sont des cyanobactéries photosynthétiques et filamenteuses

que l'on trouve dans le plancton. Elles sont connues pour leur capacité à fixer l'azote dans les
hétérocystes. Elles forment une relation de symbiose avec certaines plantes, telles les fougères
aquatiques du genre Azolla. Certaines espèces d’Anabaena, notamment A. azollae sont
utilisées dans des rizières, prouvant qu'elles constituent un engrais naturel efficace.

Les cyanobactéries du genre Nostoc sont des organismes filamenteux réalisant la

photosynthèse et fixant l’azote en condition non symbiotiques. Elles peuvent vivre sur des
substrats terrestres en colonies importantes, et alors former des masses gélatineuses évoquant
certaines algues, notamment lorsque leurs structures se gonflent d'eau après la pluie ou en
période humide.

Les cyanobactéries du genre Spirulina sont des organismes filamenteux qui ont un grand
intérêt économique. En Afrique, certaines peuplades du Sahara récoltent depuis très
 [86]

longtemps, dans le lac Tchad, à partir de Spirulines, une substance qui est notamment
consommée par les femmes enceintes et durant les périodes de pénurie alimentaire. En raison
de sa richesse nutritive et du fait qu'elle peut être produite localement, la spiruline est
intéressante pour les pays où la malnutrition sévit. Des « fermes » de production ont été mises
sur pied notamment en Inde, au Pérou, au Togo, en Chine et au Vietnam.

 Embranchement des Chlorobi

Les Chlorobi sont des photoautotrophes qui utilisent le soufre, le sulfure d’hydrogène et
l’hydrogène pour effectuer la photosynthèse anoxygénique. Le genre Chlorobium est
représentatif des bactéries vertes sulfureuses anoxygénique :

2 H2S + CO2 → (CH2O) + H2O + S

 Embranchement des Chloroflexi

L’embranchement des Chloroflexi comprend des bactéries vertes non sulfureuses,

filamenteuses et photohétérotrophes. Elles utilisent comme donneurs d’électrons pour la
réduction du CO2 des composés organiques. Le genre représentatif est Chloroflexus.

 Embranchement des Spirochaetes

Les spirochètes ont une morphologie spiralée. Leur mode de mobilité dépend de deux ou
plusieurs filaments axiaux logés entre une enveloppe externe et le corps de la bactérie. C’est
pourquoi on parle aussi d’endoflagelle.

Les spirochètes comprennent un certain nombre des bactéries pathogènes importantes, dont
les mieux connues sont celles du genre Treponema qui inclut Treponema pallidum, l’agent
de la syphilis.

 Embranchement des Proteobacteria

Les protéobactéries (Proteobacteria) comprennent la majorité des bactéries à Gram-

chimiohétérotrophes. Elles forment aujourd’hui le groupe taxinomique des bactéries le plus
nombreux. Les classes de Protéobactéries sont désignées par les lettres grecques  (alpha), 
(bêta),  (gamma),  (delta) et  (epsilon)

La classe des Alphaprotéobactéries

La classe des Alphaprotéobactéries rassemble la majorité des protéobactéries capables de se

développer même si la quantité des nutriments est très faible. Certains de ces organismes ont
une morphologie particulière ; ils comportent, par exemple, des appendices faisant saillie à la
surface de la cellule, appelées prostecae (prosteca au singulier) ou prostèques. Ils
comprennent des agents pathogènes des plantes et des humains, de même que des bactéries
qui jouent un rôle important dans l’agriculture et dans l’industrie. Les ordres les plus
représentatifs sont les suivants.

Ordre des Rhodospirilalles

 [87]

Les genres importants de cet ordre sont :

Azospirillum 

Les espèces du genre Azospirillum (famille des Rhodospirillaceae)  sont des bactéries du sol
qui se développent en étroite association avec les racines de diverses plantes, notamment
celles des plantes tropicales telle que la canne à sucre. Elles utilisent les nutriments excrétées
par ces plantes et, à leur tour, fixent le diazote atmosphérique.

Acetobacter et Gluconobacter

Acetobacter et Gluconobacter sont des bactéries acétiques pouvant oxyder l’éthanol en acide
acétique. Ils sont utilisés dans la production de vinaigre.

Ordre des Sphingomonadales

Le genre représentatif de cet ordre est Zymomonas.

Les bactéries de l’espèce Zymomonas lindneri fermentent le glucose en alcool éthylique.

Ordre des Caulobacterales

Les bactéries du genre Caulobacter (famille des Caulobacteraceae) sont dotées de

prostèques, appendices qui leur permettent de se fixer à diverses surfaces. Certaines bactéries
se divisent par bourgeonnement. Elles résident dans les milieux aquatiques pauvres en
nutriments

Ordre des Rhizobiales

Les bactéries des genres Rhizobium et Sinorhizobium (famille des Rhizobiaceae),

Mesorhizobium (Famille des Phyllobacteriaceae), Bradyrhizobium (Famille des
Bradyrhizobiaceae) et Azorhizobium (Famille des Hyphomicrobiaceae) fixent l’azote
atmosphérique en symbiose avec les légumineuses.

Les bactéries du genre Hyphomicrobium (famille des Hyphomicrobiaceae) sont des

méthylotrophes, bactéries chimiohétérotrophes qui peuvent utiliser comme source de
carbone, les composés à un seul carbone : méthanol, méthylamine et formate (sauf le
méthane).

Agrobacterium (Famille des Rhizobiaceae) : A. tumefasciens, est l’agent causal des gales du
collet (crown gall) ou cancer des plantes.

Nitrobacter (Famille des Bradyrhizobiaceae) : les bactéries du genre Nitrobacter oxydent le

nitrite. Ce sont des bactéries nitrifiantes.

Methylocystis (Famille des Methylosystaceae) : les bactéries de ce genre sont des

méthanotrophes.

La classe des Bêtaprotéobactéries

 [88]

De nombreuses Bêtaprotéobactéries ont des traits communs avec les Alphaprotéobactéries,

notamment la nitrification. Elles comprennent aussi des agents pathogènes importants. Les
genres représentatifs sont les suivants.

Ordre des Hydrogenophilales

Thiobacillus (Famille des Hydrogenophilaceae) : ce sont des chimioautotrophes

sulfooxydantes ; elles oxydent les composés soufrés (S, H2S) réduits en ions sulfates.

Ordre des Neisseriales

Neisseria (Famille des Neisseriaceae) : les bactéries du genre Neisseria sont des cocci à
Gram- ; les espèces pathogènes comprennent le gonocoque Neisseria gonorrhoeaea, agent
causal de la blennorragie, et N.meningitidis, agent de la méningite méningococcique.

Ordre des Nitrosomonales

Nitrosomonas (Famille des Nitrosomonadaceae) : les bactéries du genre Nitrosomonas sont

des bactéries nitrifiantes qui transforment l’ammoniac en nitrite.

Ordre des Rhodocyclales

Propionibacter (Famille des Rhodocyclaceae) : Les bactéries propioniques fermentent les

hydrates de carbone avec production des acides propioniques, acétiques et parfois succiniques
et ainsi que du CO2. Elles peuvent également fermenter l’acide lactique bien que ne se
trouvant pas habituellement dans le lait. Les bactéries propioniques jouent un rôle important
dans la maturation des fromages (gruyères) Ce sont des habitants naturels du tractus intestinal
des ruminants.

Propiobacterium acnes : parasite commun de la surface du corps humain.

Ordre des Methylococcales

Famille des Methylococcaceae : les bactéries de cette famille sont des méthanotrophes : les
genres importants sont Methylobacter, Methylococcus, Methylomicrobium, Methylomonas.

La classe de Gammaprotéobactéries

Les Gammaprotéobactéries constituent la classe des bactéries les plus nombreuses.

Ordre des Thiotrichales

Beggiatoa (Famille des Thiotrichaceae) : bactérie autotrophe oxydant le soufre et ses dérivés.

Ordre des Pseudomonadales

Pseudomonas (Famille des Pseudomonadaceae) : certaines espèces de Pseudomonas utilisent

l’ion nitrate au lieu du dioxygène comme accepteur final d’électrons (respiration aérobie
conduisant à la dénitrification).
 [89]

Azotobacter (Famille des Pseudomonadaceae) : les bactéries du genre Azotobacter sont des
aérobies stricts, hétérotrophes et présentent la capacité de fixer l’azote atmosphérique en
conditions non symbiotiques. Elles peuvent être isolées du sol et de l’eau. Dans le sol, ces
bactéries sont présentes en quantité importante au niveau de la rhizosphère, à proximité des
racines des plantes.

Ordre des Vibrionales

Vibrio (Famille des Vibrionaceae) : l’espèce Vibrio cholerae est l’agent causal du choléra.

Ordre des Enterobacteriales

On trouve dans cet ordre, la famille des Enterobacteriaceae. Ce sont des bactéries qui sont
présentes dans le sol et le tractus intestinal. Beaucoup sont pathogènes. Les principaux genres
et espèces sont : 

Proteus et Serratia sont des entérobactéries saprophytes présentes dans les sols, les eaux, les
végétaux et dans tout type d'environnement humide en général. Elles participent à la
dégradation des matières organiques.

Serratia marcescens contamine la surface des aliments et produit un pigment rouge.

Erwinia carotovora est pathogène des plantes (carottes)

Escherichia coli : l’un des résidents les plus communs du tractus intestinal de l’homme ; sa
présence dans l’eau ou les aliments est un indice d’une contamination fécale. Escherichia
coli, entérotoxique, est responsable de la gastro-entérite infantile, voire des adultes (en
Allemagne récemment).

Klebsiella : K. pneumoniae est parfois responsable d'infections respiratoires.

Salmonella : les espèces du genre Salmonella sont pathogènes ; On les trouve dans le tractus
intestinal des nombreux animaux et de l’homme. S. typhi est l’agent causal de la fièvre
typhoïde. La salmonellose (gastroentérite à Salmonella) est une maladie gastro-intestinale
moins grave, due à d’autres salmonelles, par exemple S.enterica, sérotype Thyphimurium.

Shigella  : S. dysenteriae est l'agent responsable de la dysenterie bacillaire

Yersinia : Y. pestis est responsable de la peste bubonique.

Enterobacter : deux espèces du genre Enterobacter, soit E.cloacae et E. aerogenes causent

des infections des voies urinaires et des infections nosocomiales.

La classe des Deltaprotéobactéries

Les Deltaprotéobactéries comprennent notamment des bactéries qui jouent un rôle majeur
dans le cycle du soufre.

Ordre des Desulfovibrionales

 [90]

Desulfovibrio (Famille des Desulfobacteraceae) : les bactéries de ce genre sont des bactéries
sulfureuses, anaérobies stricts qui utilisent les formes oxydées de soufre – telles que l’ion
sulfate et le soufre élémentaire- plutôt que l’oxygène. Le soufre et l’ion sulfate sont ainsi
réduit en H2S.

La classe des Epsilonproteobactéries

Les Epsilonproteobacteria ou Protéobactéries ε sont des minces bacilles à Gram- de forme

hélicoïdale ou incurvée en virgule.

Ordre des Campilobacterales

Campilobacter (Famille des Campilobacteraceae) :A. jejuni est l’agent de l’entérite.

Helicobacter (Famille des Helicobacteraceae) : Helicobacter pylori est l’agent de la gastrite.

 Embranchement des Firmicutes

Les Firmicutes (Firmus cutis = peau dure) sont des bactéries Gram +.

Classe des Clostridia

Ordre des Clostridiales

Clostridium (Famille des Clostridiaceae) : ce genre regroupe les bactéries sporulées

anaérobies strictes présentes dans le sol et dans le tractus intestinal. Certaines espèces sont
pathogènes ; elles élaborent des exotoxines très puissantes. Cl. botulinum se développe dans
des produits alimentaires et y excrète une puissante exotoxine qui provoque une maladies très
grave, la botulisme. Cl. tetani infecte les plaies ; c’est l’agent causal du tétanos.

Classe des Mollicutes

Ordre des Mycoplasmatales

Mycoplasma : les Mycoplasmes sont des bactéries dépourvues de paroi ; elles n’ont pas de
morphologie définie, sont souples et peuvent donc passer à travers les filtres qui retiennent
normalement les bactéries. 

Classe des Bacilli

Ordre des Bacillales

Bacillus : les bactéries de ce genre sont toutes à Gram+, en forme de bâtonnet, sporulées
aérobies et mobiles pour la plupart. Leur habitat caractéristique est le sol. B. subtilis (espèce
utilisée aux TP de microbiologie pour la coloration des spores) ; B.anthracis est l’agent causal
de l’anthrax (charbon), maladie qui affecte les bœufs, les moutons et les chevaux, et qui est
 [91]

transmissible à l’homme. C’est l’un des agents qui pourrait être utilisé lors d’une guerre
bactériologique. Ce scénario catastrophe a déjà semé la panique aux USA lors des envois
postaux des lettres contaminées avec B.anthracis.

Staphylococcus (Famille des Staphylococcaceae) : les staphylocoques sont des cocci qui
s’assemblent en grappe. L’espèce la plus caractéristique est S. aureus dont la pigmentation
des colonies est jaune. Cette espèce produit une entérotoxine dont l’ingestion provoque des
vomissements ; c’est l’une des causes les plus fréquentes d’intoxication alimentaire.

Ordre des Lactobacillales

L’ordre des Lactobacillales comprend plusieurs genres importants de bacilles et de cocci, qui
se caractérisent par leur capacité de dégrader les sucres et de les transformer en acide lactique.

 Famille des Lactobacillaceae

Cette famille est constituée des bactéries lactiques sphériques ou en forme de bâtonnet,
microaérophiles à anaérobies ; elles fermentent les hydrates de carbone en acide acétique ;
elles sont catalase négative.

Lactobacillus : c’est le genre qui est représentatif des bactéries lactiques ; il est utile pour
l’industrie. Les lactobacilles sont des habitants de la bouche, des intestins, du conduit vaginal
(maintien du pH acide grâce au processus de la fermentation) et du lait.

L.delbruckii et L. bulgaricus sont les agents du surissement du lait.

Pediococcus : coque en tétrade

 Famille des Streptococcaceae

Streptococcus : bactéries lactiques sphériques ; S. lactis est l’agent normal du surissement du

lait. Le principal agent pathogène de ce genre est S. pyogenes responsable notamment de la
pharyngite, de l’otite, de la sinusite, et du rhumatisme articulaire.

S. faecalis : streptocoque fécal, habitant caractéristique du tractus intestinal de l’homme,

souvent appelé entérocoque, indicateur de la pollution fécale récente de l’eau.

 Famille des Leuconostocaceae

Leuconostoc : les bactéries de ce genre prolifèrent dans les milieux riches en sucre (lait, jus de
fruits, etc.) L. mesenteroïdes est présent dans les tissus végétaux servant de matériaux
fermentables (choucroute, ensilage et dans la mélasse ;

 Embranchement des Actinobacteria

Classe des Actinobacteria

 [92]

Ordre des Actinomycetales

L’ordre des Actinomycetales regroupe des bactéries filamenteuses, à Gram+, à forte teneur en
G + C (proportion de guanine et de cytosine dans les acides nucléiques) Il comprend les
genres importants suivants.

Streptomyces : les bactéries du genre Streptomyces fournissent la majorité des antibiotiques.

Actinomyces : le genre Actinomyces est constitué d’anaérobies facultatifs qu’on trouve dans la
bouche et la gorge des humains et des animaux.

Frankia : les bactéries du genre Frankia provoquent la formation de nodules de fixation de

diazote dans les racines du Filao (Casuarina).

Corynebacterium : C. diphteriae est l’agent de la diphtérie (infection des voies respiratoires

supérieures, maux de gorge, œdème du cou.

Propionibacterium : certaines bactéries de ce genre jouent un rôle important dans la

fabrication du fromage. P. acnes est l’agent causal de l’acné.

Mycobacterium : les mycobactéries comprennent les importants agents pathogènes ;

Mycobacterium tuberculosis est responsable de la tuberculose ; M. leprae responsable de la
lèpre ; M. ulcerans est l’agent causal de l’ulcère de Buruli, d’après une région de l’Ouganda :
c’est une maladie nécrosante émergente qui pourrait être apparentée au « Mbasu »
 [93]

7. Les Archéobactéries

7.1 Classification

Sur la base de critères uniquement métaboliques, les archéobactéries ont été divisées en 3
grands groupes : les archéobactéries méthanogènes, les archéobactéries halophiles et les
archéobactéries thermophiles.

7.1.1 Les Archéobactéries méthanogènes

Les archéobactéries méthanogènes (productrices de méthane) sont des anaérobies strictes

qu’on rencontre dans de nombreux habitats dépourvus d'oxygène, en particulier dans les
sédiments des eaux douces et des eaux marines, dans les rizières, dans les sources d'eaux
chaudes d'origine volcanique, dans le tube digestif de l'homme et des animaux mais aussi dans
les stations d'épuration et les décharges. Plus de 50 % du méthane issu de ces bactéries
provient des ruminants et des termites des régions tropicales. Une vache en produit de 100 à
500 litres par jour par éructation.

Les bactéries méthanogènes, strictement anaérobies, conduisent à la production de méthane à

partir d'un mélange de gaz carbonique et d'hydrogène. Ces bactéries réduisent le CO2 (ou
HCO3 -) en méthane. Cette voie est génératrice d'énergie et couplée à la synthèse d'ATP. Ce
métabolisme peut être considéré, de ce fait, comme un exemple d'autotrophie.

CO2 + 4H2 → CH4 + 2H2O (∆G0' = - 135 kJ/mol)

L'énergie et le pouvoir réducteur proviennent d'une réaction chimique réalisée à partir de

substances minérales. On parle de chimiolithotrophie.

Les principaux genres des bactéries méthanogenèse sont les suivants: Methanobacterium,
Methanosarcina, Methano-brevibacter, Methanoculleus, Methanogenium, Methanosaeta, et
Methanospirillum, Methanobacter, et Methanomicrobium.

7.1.2 Les Archéobactéries halophiles

Les Archéobactéries halophiles vivent dans des environnements salins, le littoral marin, les
marais salants, la Mer morte, avec des concentrations en sel jusqu'à 25%. Deux représentants
de ce groupe, Halobacterium et Halococcus vivent dans les milieux très riches en chlorure de
sodium et ils ont besoin d’une forte concentration en sels pour se développer.

7.1.3 Les Archéobactéries thermophiles

Les Archéobactéries thermophiles se développent mieux à des températures supérieures à

45 °C, dans des lieux tels que les sources d'eau chaude ; les archéobactéries
hyperthermophiles sont définies comme celles qui se développent au mieux à une température
supérieure à 80 °C: Pyrococcus, Thermococcus sont des exemples d’archéobactéries
hyperthermophiles. D’autres archéobactéries peuvent croître dans des conditions très acides
ou alcalines : par exemple, l'une des archéobactéries acidophiles les plus extrêmes est
Picrophilus torridus, qui croît à un pH de 0, ce qui équivaut à 1,2 mole d'acide sulfurique.
 [94]

8. Les virus

8.1 Caractéristiques générales des virus

Les virus sont de petites particules biologiques de 20 à 300 nm (1nm = 1 nano mètre = 10 -6 m)
de diamètre dont la structure résulte de l'assemblage de deux ou trois éléments : l’acide
nucléique, une capside, et parfois une enveloppe. Ce sont des agents infectieux, parasites
obligatoires, c’est à dire, qu’ils dépendent totalement de leur hôte pour se reproduire. Ils sont
capables de traverser les filtres, d’où l’ancienne appellation de « virus filtrants »

Le terme "virus" désigne l'agent infectieux à tous les stades du cycle viral, extracellulaire ou
intracellulaire. Le terme "virion" définit la particule virale infectieuse complète.

Un virion est constitué par un acide nucléique (ARN ou ADN) qui est protégé par une
capside de nature protéique. L’ensemble, appelé nucléocapside, définit les virus nus. La
capside est composée de sous unités appelées capsomères.

Certains virus possèdent une enveloppe supplémentaire, riche en glycoprotéines, qui entoure
leur capside. Cette enveloppe est le plus souvent issue de la membrane plasmique, ou
nucléaire, de la cellule hôte qui a formé le virus. Il existe donc des virus nus et des virus
enveloppés.

Les viroïdes se composent d'un acide nucléique seul, sans capside. Les prions sont des
protéines sans acide nucléique associé. Prion est un anagramme de proin : proteinaceous
infectious particle)

Les prions sont la cause d’encéphalopathies spongiformes :

- la maladie des vaches folles,

- la maladie de Creutzfeldt-Jakob chez l’homme.

Un bactériophage (ou phage) est un virus n'infectant que des bactéries.

8.2 Structure

Les virus peuvent être classés en plusieurs groupes selon leur structure : virus hélicoïdaux,
virus polyédrique, virus sphériques, virus enveloppés et virus complexes. Les virus
enveloppés peuvent être couvertes de spicules.
 [95]

A B

Figure 25 : Morphologie des quelques virus : A : virus hélicoïdal ; B : virus polyédrique ; C :
virus complexe, bactériophage T ; D : virus enveloppé sphérique
[96]
 [97]

8.3 La reproduction des virus

8.3.1 Considérations générales

Les virus sont des parasites obligatoires. Ils ne peuvent se reproduire que par l'intermédiaire
d'une cellule hôte. Le but de l’infection d’une cellule par un virus est la production d’autres
virus qui vont à leur tour infecter d’autres cellules pour produire encore des virus, de
génération en génération.

Un virus est démuni des outils permettant sa reproduction. Pour assurer sa "descendance" le
virus doit utiliser la "machinerie cellulaire" qui est composée de : nucléotides, enzymes (ARN
transcriptase), ribosomes, ARN de transfert et acides aminés, ainsi que des organites
nécessaires à la synthèse de toutes les substances dont une cellule peut avoir besoin.

La synthèse de nouveaux virus passe d’abord par l’adsorption et ensuite la pénétration de

l’acide nucléique dans la cellule. Une fois en place, l'acide nucléique viral va déclencher sa
réplication.

Si l’acide nucléique viral est de l'ADN, celui-ci va être répliqué d’abord en ARNm en utilisant
la machinerie de la cellule, notamment l’ADN transcriptase. C’est la phase de la
transcription. L’ARNm formé est ensuite « lu » ou « traduit » par les ribosomes de la cellule
infectée pour produire les protéines des capsides. C’est la phase de la traduction.

Si le matériel génétique est de l'ARN, plusieurs possibilités existent :

 soit l'ARN est directement exploitable

 soit l'ARN doit être transcrit en ARNm,
 soit l'ARN est transcrit en ADN, grâce à une enzyme apportée par le virus, la
transcriptase reverse. Cet ADN s'intègre alors au génome de la cellule hôte (on parle
alors de prophage ou de provirus, selon le cas) pour être par la suite transcrit
normalement en ARNm.

8.3.2 Le cycle de reproduction d’un phage virulent à ADN

Le cycle de reproduction d’un phage virulent à ADN comporte plusieurs étapes :

 Adsorption et pénétration

Le phage se fixe tout d’abord sur la paroi de la bactérie grâce à son appareil de fixation. Par
contraction de la gaine, il transperce la paroi bactérienne et injecte son ADN dans le
cytoplasme de la bactérie en laissant la capside à l’extérieur.

 Synthèse
 [98]

Une fois dans le cytoplasme, l’ADN s’y multiplie en utilisant la machinerie de la bactérie.
Tout le métabolisme bactérien est inhibé et détourné au profit de la reproduction des phages.
L’ADN viral sert de matrice pour la fabrication de l’ARN messager (transcription) qui dirige
la synthèse des protéines (traduction) nécessaire à l’assemblage des capsides virales.

 Maturation

L’ADN du bactériophage et et la capside (tête, queue et fibres) sont assemblés pour donner
des virions complets.

 Libération

Vingt minutes après l’infection, il se forme dans le cytoplasme bactérien 200 phages. La
bactérie éclate (lyse) et libère les phages qui peuvent à leur tour infecter chacun une nouvelle
bactérie et le cycle recommence.

8.3.3 Culture et dénombrement des bactériophages

Le cycle lytique permet la culture et le dénombrement des phages en milieux liquides et

solides. Lorsqu’on en semence une culture bactérienne liquide avec un inoculum de particules
virulentes d’un phage donné, un certain nombre de cellules bactériennes est infecté et ensuite
lysé. La lyse des cellules infectées libère un grand nombre de particules nouvelles qui
pourront à leur tour infecter d’autres cellules de la population. Ainsi la culture bactérienne
peut être entièrement détruite en quelques heures et produire à l’instar d’un milieu de culture,
un nombre considérable des phages.
Si l’on ensemence maintenant un lysat phagique purifié de la culture liquide avec une quantité
convenable de bactéries sensibles sur une boîte de Pétri contenant un milieu solide, les
particules virales présentes dans le lysat infectent des bactéries qui se trouvent à leur
voisinage immédiat et déclenchent une réaction en chaîne. Chaque particule donne naissance
à une plage de lyse sur la nappe continue des bactéries si l’étalement a été correctement
réalisé.

8.3.4 Le cycle lysogénique d’un phage tempéré à ADN

Dans le cycle lysogénique, l'ADN viral s'intègre à l'ADN de la bactérie hôte, on l'appelle alors
prophage. Celui-ci sera répliqué à chaque division bactérienne, permettant ainsi une
multiplication du virus sans provoquer la mort de la cellule hôte. Ce n'est que sous l'influence
de facteurs environnementaux que le prophage est réactivé, et entraîne la lyse de la bactérie.

8.3.5 Le cycle de reproduction d’un virus à ARN

 [99]

Les virus à ARN sont des virus dont le matériel génétique est formé d’une molécule d’ARN,
monocaténaire ou bicaténaire. L’ARN viral joue un double rôle : celui de porteur de
l’information génétique (à la place de l’ADN) et celui de messager.

La multiplication des virus à ARN de déroule essentiellement de la même façon que celle des
virus à ADN sauf que les mécanismes de formation de l’ARNm et de l’ARN viral diffèrent
selon les familles des virus à ARN.

Reproduction des ARN monocaténaire (+)

L’ARN monocaténaire de ces virus est désigné par le signe (+) ou ARN monocaténaire à
polarité positive ou brin sens car il peut jouer le rôle d’ARNm. Après que l’adsorption, la
pénétration et la décapsidation sont terminées, l’ARN viral (+) est traduit en deux protéines
majeures, dont l’une inhibe le processus de synthèse d’ARN et de protéines de la cellule hôte,
et l’autre forme une enzyme appelée ARN polymérase ARN-dépendante. Cette enzyme
synthétise la chaîne (-) ou à polarité négative ou encore antisens dont la séquence est
complémentaire au brin (+) original. La chaîne (-), à son tour, sert de matrice pour la synthèse
d’un grand nombre de chaîne (+) qui, servant de messagers, vont permettre la formation de
protéines virales et de nombreux virus.

Reproduction des virus à ARN monocaténaire (-)

Dans certains virus l’ARN est de type (-). Ces virus contiennent aussi l’ARN polymérase
ARN-dépendante, qui utilise ce brin (-) comme matrice directe pour la synthèse d’ARN (+).
Celui-ci joue le rôle à la fois d’ARNm pour la production des protéines virales et de matrice
pour la synthèse du nouvel ARN viral.

8.3.6 Le cycle de reproduction d’un rétrovirus

De nombreux virus infectent les vertébrés. Un genre de cette famille, Lentivirus, comprend
les sous-espèces du virus de l’immunodéficience humaine, les VIH 1 et :es VIH 2, qui causent
le SIDA.
Le rétrovirus est un virus enveloppé dont l’acide nucléique est composé de deux brins d’ARN
(+) identiques.
 [100]

Figure 26 : rétrovirus

Le cycle de reproduction d’un rétrovirus comprend les étapes suivantes.

 Adsorption et pénétration

Après l’adsorption du virus, la pénétration a lieu par fusion de la membrane de l’enveloppe

virale avec la membrane cytoplasmique de la cellule hôte. Ce type de virus transporte sa
propre polymérase, une ADN polymérase ARN-dépendante Cette enzyme est appelée
transcriptase inverse, parce qu’elle permet une réaction (ARN → ADN) qui est l’inverse du
processus de transcription habituel (ADN → ARN).

 Transcription inverse

Après la décapsidation, la transcriptase inverse utilise un brin d’ARN (+) du virus pour
synthétiser un brin d’ADN complémentaire qui, à son tour, se réplique pour former une
double chaîne d’ADN. Cette enzyme dégrade aussi l’ARN d’origine.

 Intégration

L’ADN formé dans le cytoplasme de la cellule hôte migre dans le noyau et est intégré dans
l’ADN du chromosome de la cellule hôte. A cette étape, l’ADN viral est appelé provirus.
Contrairement au prophage (lysogénation), le provirus ne s’excise jamais du chromosome.
C’est sa qualité de provirus qui confère au VIH une protection contre le système immunitaire
de l’hôte et contre les médicaments antiviraux.
 [101]

Le provirus peut rester latent et se répliquer en même temps que l’ADN de la cellule hôte.
Dans d’autres cas, il peut exprimer ses propres gènes, ce qui entraîne la formation des
particules virales complètes. C’est l’étape de la synthèse.

 Synthèse

La synthèse de nouveaux virus passe d’abord par la transcription d’un ARN qui lequel tiendra
lieu à la fois d’ARNm pour la synthèse des protéines et d’acide nucléique qui sera incorporé à
l’intérieur des nouveaux virions lors de la maturation. Cependant ces éléments ne sont pas
encore prêts pour l"’assemblage", ils doivent subir une étape de maturation.

 Maturation

Les protéines formées précédemment n’étant pas matures, elles doivent subir l’action d’une
enzyme avant "l’assemblage". Cette enzyme est la protéase qui est elle même formée dans
l’étape de synthèse. Elle permet d’ajuster la structure des protéines en "coupant" les morceaux
superflus. L’action de cette enzyme est indispensable pour la création de virus viables. Cette
enzyme est la cible des molécules de la famille des antiprotéases (Norvir®, Crixivan®,
Invirase®, Viracept®, Agenerase®). Les antiprotéases inhibent son action, en conséquence
les virus produits sont incapables d’infecter de nouvelles cellules.

Après la maturation, les nouveaux virus sont alors libérés et peuvent alors infecter les cellules
adjacentes.
 [102]

Figure 25 : Replication d’un rétrovirus

 [103]

8.4 Famille des virus infectant les humains

Les virus peuvent être classés en deux groupes selon la nature de leur matériel héréditaire : les
virus à ADN et les virus à ARN. Mais chacun de ces types possède plusieurs variantes d'où la
séparation des virus en 7 classes. Des familles sont ensuite déterminées selon la nature des
enveloppes qui composent le virus.

Acide nucléique Famille Genre Maladie chez

l’homme
ADN monocaténaire Parvovirideae Dependovirus gastroentérite
sans enveloppe
ADN bicaténaire Adenovirideae  ; Mastadenovirus Diverses affections
sans enveloppe respiratoires

Virus du papillome
Papovavirideae Papillomavirus humain (verrue)
ADN bicaténaire Poxvirideae Orthopoxvirus Virus de la vaccine et
enveloppé de la variole

Herpès (boutons de
Herpesvirideae Simplexvirus fièvre)
ARN monocaténaire Picornavirideae Enterovirus Poliomyélite
(+) sans enveloppe
Rhinovirus Rhume
ARN monocaténaire Togavirideae Togavirus Rubéole

(+) enveloppé
ARN monocaténaire Filovirideae Filovirus Ebola
(-)

2 brins d’ARN (-) Retrovirideae Lentivirus (-) VIH

 [104]

9. Les Mycètes

9.1. Caractéristiques généraux des champignons

Le règne des Mycota ou Mycètes appelé aussi Fungi, constitue un taxon regroupant les
organismes appelés plus communément champignons.

Les champignons sont des organismes eucaryotes, non photosynthétiques et immobiles. Ils
sont de ce fait hétérotrophes, saprophytes, parasites ou symbiotes. D’une façon générale, les
eucaryotes ont un noyau séparé du cytoplasme par une membrane bien définie : la membrane
nucléaire. L’ADN s’organise en chromosomes lors de divisions cellulaires qui se font par
mitose ou par méiose. Le cytoplasme contient des organites cellulaires de types plastes ; il est
animé de mouvement cytoplasmique.

Certains champignons, comme les levures, sont unicellulaires ; d’autres, les moisissures, sont
filamenteux. La paroi cellulaire est riche en cellulose ou en chitine selon les groupes. Elle
contient également en proportion variable des substances mucilagineuses, des
polysaccharides, de pectines, etc. Le cytoplasme contient des ribosomes, des mitochondries,
un ergastoplasme, des vacuoles et un ou plusieurs noyaux.

9.2. Appareil végétatif : le thalle

L’appareil végétatif des champignons est un thalle, structure ne présentant pas de

différenciation en tige, feuilles et racines. Chez les Mycètes filamenteux, le thalle est
constitué par des filaments appelés hyphes ; l’ensemble des hyphes entremêlés constitue le
mycélium.

Le thalle fongique montre souvent une organisation cellulaire dite cénocytique : masse
cytoplasmique contenant de nombreux noyaux, sans aucun système de membranes limitant
des unités cellulaires uninucléées comme dans les organismes pluricellulaires.

9.3. Organes de reproduction et de dissémination

La reproduction et la dissémination de champignons filamenteux s’effectuent grâce à deux

types de spores : les spores d’origine sexuelle et les spores d’origine végétative.

 Les spores d’origine sexuelle

Les spores d’origine sexuelle résultent d’une méiose après fécondation. Selon les groupes, il y
a :

- l’Oospore chez certains Chytridiomycètes : l’oospore est un zygote entouré

d’une paroi épaisse ; elle peut se dissocier du champignon et être disséminée.

- la Zygospore (chez certains Zygomycètes) : chez le Rhizopus, si deux hyphes de

polarité différente (+ et -) se rencontrent, chacun produit une courte chaîne latérale. Les deux
cellules en contact direct fusionnent pour former une grosse zygospore entourée d’une paroi
épaisse.
 [105]

- l’Ascospore (chez les Ascomycètes) : elle résulte d’une méiose parfois précédée
d’une fécondation.

- La Basidiospore (chez les Basidiomycètes). Elle résulte également d’une

méiose ; les basidiospores prennent naissance sur une cellule particulière : la baside.

 Les spores d’origine non sexuelle.

Chez les champignons imparfaits (sexualité non encore observée), il y a

plusieurs types de spores :

 les thallospores (formées aux dépens de thalle) ex : la chlamydospore, spore

volumineuse terminal ou intercalaire à paroi épaisse.

 les sporangiospores : spores contenues dans un sporange (chez le Chytridiomycètes)

 les conidiospores ou conidies : spores terminales formé à partir d’un filament appelé
conidiophores.

9.4. Classification des champignons

II existe quatre embranchements parmi les mycètes, différenciés selon leur mécanisme de
reproduction sexuée: les Chytridiomycota, les Zygomycota, les Ascomycota et les
Basidiomycota. Un cinquième groupe, les Deuteromycota, contient les mycètes dont on ne
connaît pas de reproduction sexuée mais chez qui on a observé une reproduction asexuée.

 Les Chytridiomycota ou Chytrides

Les Chytrides ou Chytridiomycètes sont des champignons essentiellement aquatiques. On les

distingue d’autres champignons principalement par leurs cellules mobiles caractéristiques
(zoospores et gamètes). Plusieurs espèces de Chytrides sont des pathogènes de plantes comme
Physoderma maydis qui provoque les taches brunes du maïs.

La reproduction asexuée chez les Chytridiomycètes se caractérise par la formation de

zoospores mobiles et uniflagellées à l'intérieur des sporanges. La reproduction sexuée donne
naissance des oospores.

 Les Zygomycota ou Zygomycètes

La plupart des Zygomycètes vivent sur la matière végétale et animale en décomposition dans
le sol, mais certains sont des parasites de plantes, d’insectes, ou de petits animaux du sol.
D’autres encore forment des associations symbiotiques – des endomycorhizes – avec des
plantes et quelques uns provoquent des infections graves chez l’homme et les animaux
domestiques.

Les principaux genres sont : Rhizopus (moisissure noire), Mucor (moisissure noire du pain),
Endogone et Glomus. Ces deux derniers genres forment des endomycorhizes.
 [106]

 L’embranchement des Ascomycota : les Ascomycètes 

Les Ascomycètes sont champignons dont les hyphes sont cénocytiques (non segmentés). Les
spores asexuées sont des sporangiospores. Les spores sexuées sont des zygospores. Deux
cellules qui se ressemblent sur le plan morphologique fusionnent leur paroi et forment un
tube de fécondation. Ce tube permet la rencontre de deux noyaux, qui est suivie de la
production de grosses spores limitées par une paroi épaisse à mycélium cloisonné, caractérisés
par la formation endogène des spores (ascospores) contenues dans l’asque. Ils se subdivisent
en hemiascomycètes dont les asques sont libres et qui correspondent essentiellement à des
levures, et en euascomycètes dont les asques sont groupés dans des réceptacles : apothécie,
périthèce. Les principaux genres sont :

- hemiascomycètes (levures ascomycètes) : Schizosaccharomyces (S. pombe)

levure de bière, de boulangerie,…)
- euascomycètes : Aspergillus, Penicillium, Neurospora (moisissure rose du
pain), Peziza.

 L’embranchement des Basidiomycota : les Basidiomycètes

Les Basidiomycètes sont des champignons à mycélium, caractérisés par la formation exogène

des spores (basidiospores) portées par la baside. Celle-ci fait partie de l’organe de
fructification se composant d’une tige et d’un chapeau (carpophore) dont la face inférieure est
constituée de lamelles porteuses de basides. La fructification (carpophore et tige) est
comestible chez le champignon non vénéneux. La portion végétative du champignon est
essentiellement cachée dans le sol et se compose d’un mycélium lâche.
Les principaux genres sont : Agaricus (comestible), Amanita (vénéneux), Polyporus (parasites
des arbres), Ustilago (parasite des graminées).
 [107]

Figure 27 : carpophore d’un basidiomycète : a : hyphes organisés en stipe (fausse
tige) ; b et c : basides et basidiospores ; g et f : zygote

 Les Deuteromycota ou Deutéromycètes

Les Deutéromycètes sont des champignons imparfaits ou à conidies dont la sexualité est
inconnue ou représentant des variétés asexuées d’ascomycètes (Aspergillus, Penicillium).

Les principaux genres sont : Aspergillus, Penicillium et Monilia dont les espèces sexuées sont
classées dans le groupe des ascomycètes, Botrytis, Trichoderma, Cladosporium,
Helmintosporium, Alternaria et Fusarium.

 Les levures

Les levures ne constituent pas un groupe (classe) distinct. Ce sont des champignons
unicellulaires appartenant aux trois groupes précédents :

- les levures ascomycètes (hemiascomycètes) ; Saccharomyces

- les levures basidiomycète ; Sporobolomyces
- les levures deutéromycètes ; Candida, Torulopsis, Rhodotorula (pigmenté)

L’espèce Saccharomyces cerevisiae est l’agent responsable de la fermentation alcoolique. S.

cerevisiae var ellipsoideus a été sélectionnée pour la production de la bière.
S. cerevisiae est également utilisée dans la fabrication du pain. Le pain traditionnel est préparé
à partir de farine, d’eau, de sucre, de sel, d’une matière grasse et de la levure. Quand on
mélange la farine et l’eau les amylases s’attaquent à l’amidon et en libère deux sucres : le
maltose et le glucose. La levure fermente les sucres et produit l’éthanol et le CO 2. La pâte lève
sous l’action des bulles de gaz qui restent emprisonnées dans la matrice collante. L’alcool qui
s’évapore à la cuisson, et le gaz carbonique forment les espaces qu’on voit par la suite dans le
pain.

 Les relations symbiotiques des champignons

La symbiose- vivre ensemble- est une association étroite et durable entre les organismes
d’espèces différentes. L’association est bénéfique pour les deux partenaires de l symbiose.
Les symbioses les plus caractéristiques et les mieux connues chez les champignons sont : les
mycorhizes et les lichens.

Les mycorhizes

Les mycorhizes sont des associations intimes et bénéfiques pour les deux partenaires qui sont
le champignon et les racines des plantes.
Les champignons sont bénéfiques pour les plantes en augmentant leur capacité d’absorption
d’eau et des d’éléments minéraux, spécialement le phosphore. Le partenaire fongique reçoit
de la plante hôte, des glucides et des vitamines essentielles à sa croissance.

On distingue 2 sortes de mycorhizes à savoir : les ectomycorhizes et les endomycorhizes.

 [108]

Une ectomycorhize est un type de mycorhize qui produit un manchon feutré d'hyphes, autour
d'une jeune racine; les hyphes ne pénètrent pas les cellules corticales. Les ectomycorhizes
sont des associations entre les racines des plantes, surtout des arbres, et des champignons
Ascomycètes, Basidiomycètes et des Zygomycètes.

Les endomycorhizes (aussi appelés champignons mycorhiziens à vésicules et arbuscules,

VAM), tirent leur nom de ce qu’ils forment des structures en forme d’arbustes ou de petits
sacs microscopiques à l’intérieur même de la cellule de la plante. Les hyphes du champignon
pénètrent dans les racines de la plante et traversent la paroi des cellules. La paroi des hyphes
est donc en contact avec la membrane plasmique de la cellule racinaire, sans la traverser. La
surface de contact peut être augmentée par la formation de ramification.

Les champignons donnant des mycorhizes à vésicules et arbuscules sont des Zygomycètes de
l’ordre des Mucorales et plus précisément de la famille des Endogonacées. Ne se développant
pas couramment en culture pure, leur cycle demeure inconnu. Ils sont classés selon les
caractères morphologiques des spores formés dans le sol en présence des plantes-hôtes. On
reconnait 5 genres : Acaulospora, Entrophospora, Gigaspora, Glomus et Sclerocystis dont la
culture pure des mycéliums n’est pas maîtrisée.

Les lichens

Un lichen est une association réciproque entre un partenaire fongique et une population
d’algues ou des cyanobactéries unicellulaires ou filamenteuses (Nostoc). Les lichens sont
capables de vivre dans les environnements les plus rigoureux de la surface terrestre et ils sont
par conséquent extrêmement répandus.

De nombreux lichens sont utilisés comme médicaments composés antitumoraux notamment),

composants de parfums ou sources mineures d’alimentation. Les lichens contenant une
cyanobactérie fixent l’azote atmosphérique.

Les lichens se reproduisent habituellement par simple fragmentation, par la production des
propagules particulières, les sorédies.
 [109]

10. Génétique microbienne

10.1 Définition et objectifs de la génétique

La génétique, mot créé par le biologiste anglais William Bateson (1902), désigne la branche
e la biologie qui étudie les mécanismes essentiels par lesquels les caractères se transmettent
des ascendants aux descendants.
L’objectif principal de la génétique est donc la compréhension des mécanismes qui président
à la transmission des gènes, unité auxquelles est lié le caractère héréditaire des individus.

10.2 Le caractère héréditaire

10.2.1 Notion de gène

En 1880, Gregor Mendel publie ses Essais sur les hybrides naturels, ouvrage dans lequel il
énonce les lois fondamentales de la génétique. Ses travaux ont eu le mérite de montrer pour la
première fois que les « facteurs héréditaires » contenus dans les cellules sexuelles sont
responsables de caractères des organismes vivants et sont transmis d’une génération à une
autre selon les proportions mathématiques précises.
Ces facteurs, rebaptisés gènes par le biologiste danois Wilhelm Johannsen existent sous
forme de couples ou allèles et sont capables de se séparer lors de la méiose.
Cependant, au début du 20e siècle, les scientifiques ne pouvaient démontrer la réalité
physique des gènes. Plusieurs questions étaient restées sans réponse. Les gènes sont-ils des
entités physiques ? Quelle est leur composition chimique ? Comment passent-ils d’une
génération à une autre ? Qu’est ce qui provoque des changements (mutation génétique) en
eux, et comment ces changements se traduisent-ils dans chaque organisme ? Il a fallu attendre
les expériences de Griffith sur la transformation bactérienne pour connaître la nature chimique
des gènes (voir plus loin).

10.2.2 Génotype, phénotype et génome

Le génotype d’un organisme est son bagage héréditaire, l’information codée qui détermine
tous ses traits particuliers. Le génotype représente les propriétés potentielles, non pas les
propriétés elles-mêmes. Sur le plan moléculaire, le génotype d’un organisme est la collection
des gènes qu’il possède, son ADN entier.
Le phénotype d’un organisme désigne les propriétés réelles, exprimées, telles que la capacité,
pour un organisme d’exécuter une réaction chimique particulière ; en conséquence le
phénotype est la manifestation du génotype.

Le génome correspond à l'ensemble des gènes d'un être vivant ou d'une espèce. Il est
synonyme de patrimoine génétique ou patrimoine héréditaire.

10.2.3 Chromosome et circulation de l’information héréditaire

 [110]

Le génome se matérialise au travers des chromosomes. Les chromosomes sont en effet

porteurs de l'information génétique, au niveau de l'ADN. Les chromosomes sont des
structures contenant l’ADN (acide désoxyribonucléique), qui constitue le support physique de
l’information héréditaire. Ils sont composés de gènes.

Un gène est un morceau de chromosome, ou plutôt, une partie d’ADN suffisante pour
autoriser la production d’une enzyme ou d’une protéine. Cependant chez certains virus les
gènes sont formés d’ARN. En règle générale, les bactéries possèdent un seul chromosome
circulaire qui consiste en une molécule unique d’ADN associée à des protéines.

La réplication de l’ADN rend possible la transmission de l’information génétique d’une

génération à la suivante. Dans une cellule, l’information génétique contenue dans l’ADN
circule aussi d’une autre façon : elle est transcrite en ARNm, puis traduite en protéines. Elle
circule également grâce à la recombinaison (voir plus loin).

10.3 Structure du matériel génétique

10.3.1 Les acides nucléiques

L’ADN et l’ARN sont des acides nucléiques. Le mot « nucléique » fait référence à
l’abondance de l’ADN et de l’ARN dans le noyau des cellules.

Les acides nucléiques sont des macromolécules formées par un enchaînement de

nucléotides. Les nucléotides sont le résultat de l'association de 3 molécules :

 une base azotée,

 un glucide et de
 un groupement phosphate (PO-4)

L'association d'une base azotée et d'un glucide est un nucléoside.

Parmi ces acides nucléiques on distingue l'ADN (Acide DésoxyriboNucléique) et l'ARN

(Acide RiboNucléique).

Les Bases azotées comprennent les purines et les pyrimidines. Les deux bases puriques sont
l’adénine (A) et la guanine (G) et les trois bases pyrimidiques la cytosine (C), l’uracile (U)
et la thymine (T):
 [111]

Schéma des bases azotées

Les Glucides intervenant dans la composition chimique des acides nucléiques sont le D-
ribose et le 2-désoxy-D-ribose. Ils sont sous forme de furanose (cycle à 5).

Schémas des deux glucides

Pour former un nucléoside, la base azotée et le glucide sont unis par une liaison N-osidique
résultant d'une élimination d'eau entre le groupement hydroxyle du carbone de l'ose (du ribose
ou du désoxyribose) et un groupement NH de la base azotée.
 [112]

Schéma des ribonucléosides
 [113]

Schéma des désoxyribonucléosides

Les nucléotides résultent d'une condensation, avec élimination d'une molécule d'eau, entre le
nucléoside et le groupement phosphate.

L’association des deux nucléotides s'effectue entre le groupement hydroxyle porté par le
carbone 3' d'un nucléotide et le groupement phosphate (porté par le carbone 5') de l'autre
nucléotide. Un troisième nucléotide peut venir s'associer de la même façon au dinucléotide et
ainsi de suite.

Une association de ribonucléotides forme un acide ribonucléique (ARN) et celle de

désoxyribonucléotides un acide désoxyribonucléique (ADN).
 [114]

Schémas de l’association de 2 ribonucléotides et de 2 désoxyribonucléotides

10.3.2 L’ADN

 Structure

La structure primaire de l’ADN est constituée par la succession ou séquence de ses

nucléotides représentés souvent par quatre sortes de bases : adénine, thymine, guanine et
cytosine.

L’union entre les nucléotides se fait par l’intermédiaire du phosphate. Elle est catalysée par
l’ADN polymérase qui intervient aussi dans la réparation et la réplication de l’ADN. Lors de
 [115]

la synthèse (allongement) de la molécule d’ADN, le radical phosphate estérifie le

désoxyribose de son nucléotide sur le carbone 5’ et forme un deuxième ester avec le carbone
3’ du nucléotide précédent. Chaque nucléotide, sauf le dernier, est donc estérifié par deux
phosphates. Une molécule simple brin possède donc un bout appelé 3’ et un bout 5’.

Selon le modèle proposé par Watson et Crick, la molécule d’ADN est constituée de deux
grands brins enroulés en double hélice. Cette dernière ressemble à une échelle tordue
composée d’un grand nombre de nucléotides.

Chacun des brins d’ADN de la double hélice comprend un squelette formé par une alternance
de désoxyribose et de groupements phosphates. Le désoxyribose d’un nucléotide est uni au
groupement phosphate du nucléotide suivant (cfr schémas ci-dessous)

Extrémité 5’

Extrémité 3’

Schéma du squelette d’ADN simple brin

Dans la double chaîne, deux d’ADN sont réunis par les bases azotées qui composent les
barreaux de l’échelle. Ces bases azotées qui constituent ces brins sont complémentaires. Une
base A (adénine) est toujours associée à une base T (thymine) et G (guanine) avec C
 [116]

(cytosine). Les bases sont jointes par des liaisons hydrogènes, deux entre A et T et trois entre
G et C. Cette double molécule se spiralise et forme une double hélice, constituant ainsi la
structure secondaire de l’ADN). Les deux brins sont antiparallèles : l’extrémité 3’ d’un brin
est appariée à l’extrémité 5’ de l’autre brin et inversement.

5′P 3′OH

ACGTATGCCCATACGCGCGCG
TGCATACGGGTATGCGCGCGC

3′OH 5′P

Schéma d’une portion de l’ADN avec les deux brins complémentaires et antiparallèles.

Dans les cellules eucaryotes, les hélices d’ADN sont enrobées de protéines et enroulées sur
elles-mêmes pour former des chromosomes.
 [117]

Structure secondaire de l’ADN, selon le modèle de Watson et Crick

10.3.3 La duplication de l’ADN

L’appariement des bases selon le modèle de Watson et Crick suggère que chaque brin de
l’ADN est capable de faire des copies de lui-même à partir des nucléotides libres. Ainsi, au
bout d’un cycle, une molécule d’ADN en fabrique deux : cette reproduction de l’ADN est
appelée réplication. Celle-ci se réalise selon un mode semi-conservatif qui implique la
séparation des deux brins de l’ADN et l’utilisation de chacun d’entre eux comme matrice
dirigeant la synthèse d’un brin complémentaire. Au cours de la réplication de l’ADN, l’un des
brins de la molécule initiale est conservé : la réplication est donc semi-conservatrice.

La duplication de l'ADN est sous le contrôle d'une enzyme, l'ADN polymérase. Cette enzyme
parcourt un brin à partir d'un endroit précis appelé point d'initiation. Deux ADN polymérase
parcourent l'ADN en sens opposé à partir de ce même point. A l'endroit où se trouve
l’enzyme, l'ADN a l'aspect d'un Y ; ce Y est appelé fourche de réplication. Quand les deux
réplicases ont fait le tour de l'ADN, les deux brins deviennent indépendants, la cellule est
prête à se diviser. Les choses sont toutefois loin d'être aussi simples. En effet, l’ADN
polymérase ne peut parcourir l'ADN que dans un seul sens, nommé 5' → 3'. Or les deux brins
sont disposés de façon antiparallèle.

L'un des brins est donc orienté dans le bon sens pour l'enzyme, mais l'autre l'est dans le
mauvais, elle ne peut donc pas le dupliquer directement. En réalité sa synthèse est le résultat
de plusieurs courtes synthèse qui s'initient successivement dans le même sens que l'autre brin
mais s'exécutent dans l'autre sens, correct pour l'ADN polymérase. En fin de synthèse, le
second brin est constitué de multiples fragments d'ADN. Chaque fragment d'ADN est appelé
fragment d'Okazaki. Les morceaux d’ADN sont soudés par l’ADN ligase.

10.3.4 L’ARN
 [118]

On distingue trois types principaux d’ARN : l’ARN messager (ARNm), l’ARN ribosomal
(ARNr) et l’ARN de transfert (ARNt).

L’ARNm est une molécule linéaire et monocaténaire, c'est-à-dire ne comportant qu’un seul
brin. Il copie l’information génétique codée par l’ADN et sert de matrice pour la synthèse des
protéines. La séquence des nucléotides est complémentaire de celle de la partie
correspondante d’ADN.

L’ARN ribosomal s’associe à une quantité équivalente de protéines particulières pour former
le ribosome.

L’ARN de transfert est une molécule relativement courte. Il peut être représenté par une
sorte de feuille de trèfle avec trois, parfois quatre bras et un pétiole formé par l’association de
deux extrémités de la molécule. Cette molécule est repliée sur elle-même et appariée de façon
spécifique par des liaisons entre bases éloignées. Une des extrémités de la molécule est
terminée par la séquence des trois bases ACC et n’est pas appariée.

Figure 28: ARN de transfert

10.4 Fonction du gène

 [119]

Les gènes ont été définis au départ comme étant des éléments distincts, indivisibles, et
disposés en chapelets dans le chromosome et dont l’activité est responsable des caractères
observables des organismes. Un gène est donc une unité de fonction, cette fonction étant la
réalisation d’une étape biochimique où intervient une enzyme.

Après avoir défini la nature chimique et la structure de l’ADN, il reste à examiner maintenant
comment l’ADN inscrit l’information génétique, c'est-à-dire les caractères d’un individu, et le
transmet d’une génération à une autre.

Il est actuellement établi que l’ADN détermine non pas ces caractères eux-mêmes, mais
l’élaboration des protéines spéciales, les enzymes. Toute synthèse, toute réaction biochimique
qui s’effectue au sein d’un être vivant ne peut avoir lieu que si une enzyme spécifique est
présente. On ne peut donc s’attendre à trouver sur la molécule d’ADN une structure chimique
particulière correspondant à graines rondes ou graines ridées. Par contre on trouvera sur tel
segment de l’ADN un code déterminant la synthèse des enzymes responsables d’une activité
biochimique donnée contribuant à l’expression d’un caractère donné.

Ainsi, le gène fut définit comme une unité de fonction qui détermine la structure d’une
protéine donnée. Le gène qui code pour la structure d’une protéine est appelée gène de
structure par opposition aux gènes de régulation qui contrôlent les activités des gènes de
structure.

10.5 La synthèse des protéines

La synthèse des protéines est l'acte par lequel une cellule assemble une chaîne protéique en
combinant des acides aminés isolés présents dans son cytoplasme, guidé par l'information
contenue dans l'ADN.

Elle se déroule en deux étapes au moins : la transcription de l'ADN en ARN messager et la

traduction de l'ARN messager en une protéine.

10.5.1 La transcription

La première étape de la synthèse des protéines est la transcription d'un gène de l'ADN en une
molécule d'ARN messager (ARNm). Cette étape se déroule à l'intérieur même du noyau d'une
cellule eucaryote et dans le cytoplasme des procaryotes. Elle fait intervenir l'ARN
polymérase.

Durant la transcription, un brin d’ARNm est synthétisé (transcrit) à partir d’un segment de
l’ADN qui sert de matrice et en respectant les règles d’appariement des bases  (A et U, C et
G).

L’ARN polymérase parait, au repos, séparée en deux constituants : une molécule protéinique,
appelée facteur  (sigma), ainsi qu’un noyau beaucoup plus important constitué, lui, de 5
molécules protéiniques environ et baptisé « core-enzyme ».

La transcription se fait de la manière suivante.

 [120]

La molécule d'ADN est tout d’abord déroulée (par la déroulase), puis les deux brins sont
séparés. Le facteur  approprié s’attache à une core-enzyme et la fixe au gène promoteur de
l’ADN. Une fois fixée sur le promoteur, le facteur  se décroche et repart à la recherche
d’une autre core-enzyme. Ainsi, lorsque le facteur  s’est décroché de la core-enzyme, cette
dernière commence-t-elle à se déplacer le long de l’un des brins de la double hélice d’ADN à
laquelle elle a été fixée (elle se déplace toujours le long du même brin) : les liaisons par ponts
hydrogènes reliant l’un a l’autre les deux brins se relâchent à son passage pour se reformer
derrière elle.

Entre temps, les nucléotides présents au voisinage de la core-enzyme se placent à la surface,

s’accrochent les uns aux autres et forment une chaîne d’ARNm. L’ordre dans lequel ces
nucléotides s’accrochent les uns aux autres à la surface de la core-enzyme est déterminé par la
séquence correspondante de l’ADN qu’est en train de transcrire, à chaque instant, la core-
enzyme. Ainsi à la séquence A-C-G-A-T de l’ADN, par exemple, correspond l’assemblage
des nucléotides U-G-C-U-A de l’ARNm par respect de la règle d’appariement des bases.

Le respect de cette règle assure la conservation de l’information génétique. L’ARN est donc
bien une copie des plans contenus dans l’ADN.

10.5.2 Traduction

La traduction est le processus par lequel les protéines sont synthétisées à partir de
l’information génétique contenue dans l’ADN, sous forme de code (le code génétique), et
copiée par l’ARNm.

 Le code génétique

Une fois que la transcription est terminée, l’ARNm se fixe à un ribosome, composé d'une
petite sous-unité (40s) et d'une grande sous-unité (60s), qui va assembler une séquence
d'acides aminés selon les "instructions" du code génétique.

L’information génétique est déterminée par la séquence des bases de la molécule de l’ADN.
Sachant que la structure d’une protéine correspond à une certaine séquence des bases sur
l’ARNm, il faut établir une correspondance permettant de passer de l’alphabet « ARNm » à
quatre lettres (les 4 bases A, C, G et U) à l’alphabet « protéine » à 20 lettres (les 20 acides
aminés différents). Cette correspondance a été établie. Elle s’appelle « code génétique ».

Selon ce code, chaque acide aminé de la protéine est codé par un groupe de trois bases (triples
ou codon), ce qui donne 64 possibilités (64 = 4 3) de coder les différents acides aminés. C’est
plus qu’il n’en faut. On parle, dans ce cas du « code dégénéré » : en effet, certains codes ont
la même signification (code redondant) ; d’autres ne correspondent à aucun acide aminé (code
non sens) ou code le début ou la fin du message.
 [121]

Tableau : Le code génétique

 Etapes de la traduction

1) Initiation

Une fois que la transcription est terminée, le brin d'ARNm se fixe à un ribosome, composé
d'une petite sous-unité (40s) et d'une grande sous-unité (60s), qui va assembler une séquence
d'acides aminés selon les "instructions" du code génétique : chaque codon correspond à un
acide aminé, sauf 3 codons, appelés codons-stop, qui provoquent l'arrêt de la traduction. Le
codon AUG, appelé codon-initiateur, va permettre de commencer la traduction, comme son
nom l'indique, en formant l'acide aminé méthionine, qui se détachera plus tard de la chaîne
polypeptidique.

2) Elongation

Le ribosome va parcourir le brin d'ARNm codon par codon (translocation) et va par

l'intermédiaire d'un ARN de transfert (ARNt) ajouter un acide aminé à la protéine en cours de
fabrication selon le codon lu.

Chaque ARNt contient un « anticodon », complémentaire d'un codon, et porte l'acide aminé
correspondant au codon. L'estérification spécifique de l'acide aminé correspondant à un ARNt
donné est réalisé par les aminoacyl-ARNt synthétases, une famille d'enzymes spécifique
chacune d'un acide aminé donné.
 [122]

Figure 29 A : traduction d’ARNm en protéine

Figure 29 B : traduction d’ARNm en protéine

3) Terminaison

Une fois le codon-stop atteint (UAA, UGA, UAG), la protéine est complète: le ribosome se
détache de la protéine et du brin d'ARNm. Le ribosome va se disloquer en ses deux sous-
unités (60s et 40s) et pourra faire une autre synthèse sur un autre ARNm.

Le même filament d'ARNm peut servir à la fabrication simultanée de plusieurs molécules de

protéines, lorsque plusieurs ribosomes s'en chargent. Avant d'être détruite, cette molécule
participe en effet à la synthèse de 10 à 20 protéines.

10.5.5 Colinéarité du gène et du polypeptide

Il est admis actuellement que chez les bactéries, il y a une colinéarité du gène et du
polypeptide correspondant. En effet, la séquence linéaire de l’ADN correspond directement à
celle de l’ARNm correspondant, qui à son tour correspond à celle des acides aminés (cfr
exemple ci-dessous).
 [123]

ARN messager A U A G C G U U C A G A A C U G A U A C G U A A

codons AUA - GCG - UUC - AGA - ACU - GAU - ACG - UAA

ARN de transfert UAU CGC AAG UCU UGA CUA UGC AUU

| | | | | | | |
Ile Ala Phe Arg Thr Asp Thr X (stop)

Le principe de la colinéarité ne semble pas s’appliquer aux cellules eucaryotes dont certains
gènes ont une structure dite en mosaïque. Un gène en mosaïque est composé des régions
codant l’ARNm d’un polypeptide donné, appelées « exons », entrecoupées par des régions
non codantes, les introns, qui sont apparemment vides de sens.

A titre d’exemple, le gène qui code pour l’albumine chez la poule, se compose de huit exons
séparés les uns des autres par sept introns. La transcription d’un gène en mosaïques en ARNm
continu se fait de la manière suivante. L’ARN polymérase fabrique d’abord un transcrit
primaire ou ARN pré-messager continu et colinéaire du gène complet, introns compris. Les
transcrits d’introns sont ensuite excisés de l’ARN pré-messager, et les transcrits d’exons
ligaturés pour former l’ARN messager définitif qui sera traduit en protéine. Ce mécanisme est
appelé « épissage ».

10.6 Régulation de la synthèse des protéines

10.6.1 L’induction enzymatique

L’ADN contient l’information génétique necessaire à la synthèse des nombreuses protéines

notamment les enzymes. Il va de soi que la cellule ne synthétise pas de façon ininterrompue et
désordonnée les enzymes nécessaires au métabolisme. Il existe dans la cellule des
mécanismes de régulation qui arrêtent certaines synthèses et en déclenchent d’autres au
moment opportun. L’induction enzymatique illustre parfaitement le phénomène de régulation
génique.

L’induction enzymatique, nom donné par Jacques Monod au phénomène d’adaptation

enzymatique, est la capacité que possèdent les microorganismes d’utiliser pour leur croissance
certains substrats, après une période d’exposition à ces composés.

Cette capacité correspond à la synthèse, de novo, d’un ou de plusieurs enzymes spécifiques.

Le système étudié a été l’adaptation d’E.coli à croître sur du lactose ou sur d’autres
galactosides inducteurs.

Lorsqu’E.coli est cultivé dans un milieu contenant du glucose comme seule source d’énergie
et de carbone, il ne produit aucun enzyme nécessaire à la dégradation du lactose. Mais cultivé
dans un milieu contenant ce disaccharide, il produit en quelques minutes trois enzymes :
 [124]

 La β-galactosidase (gène lac Z) qui hydrolyse la liaison β1-4 osidique des β-

galactosides.
 La lactose perméase (gène lac Y). Cette protéine membranaire permet l’entrée du
lactose dans la cellule.
 La thiogalactoside transacétylase (gène lac A) qui catalyse la synthèse
d’acétylthiogalactoside.

Modèle d’induction et de répression de Jacob et Monod (1961) : l’opéron lactose

Avec l’étude de l’opéron lactose, François Jacob, Jacques Monod et André Lwoff ont été les
premiers scientifiques à décrire un système de régulation de la transcription des gènes. Ils ont
proposé l’existence de deux classes de gènes qu’ils ont différenciés par leur fonction : les
gènes structuraux et les gènes régulateurs. C’est à partir de ces travaux qu’est né le concept
de la régulation génique. (Prix Nobel de physiologie et médecine en 1965).

Le modèle de Jacob et de Monod pour l’induction des enzymes nécessaires à la dégradation

du lactose par E. coli implique l’existence d’un groupe des gènes étroitement liés, comprenant
les gènes de structure qui codent pour la structure des protéines y compris les enzymes, le
gène régulateur, le gène promoteur et le gène opérateur.

L’ensemble de ces gènes forme une unité fonctionnelle concourant à une même tâche : la
dégradation du lactose. Cette unité est appelée « opéron lactose »

Un opéron est donc unité d’expression génétique qui comprend un ou plusieurs gènes et des
séquences régulatrices (promoteur et opérateur) qui régulent leur transcription.
 [125]

La division du travail au sein de l’opéron lactose se fait de la manière suivante :

 Le gène régulateur (i), est responsable du contrôle de la synthèse des protéines :

 Le gène promoteur (p), est le site d’initiation de la transcription ;
 Le gène opérateur (o), est le site d’inhibition de la transcription.

Figure 30: fonctionnement de l’opéron lactose : en absence de lactose, le gène régulateur Lac

I, produit une protéine appelée répresseur (tétramère) qui diffuse dans le cytoplasme et forme
une combinaison stéréospécifique avec l’opérateur (O) empêchant ainsi le passage de l’ARN
polymérase de la transcription des gènes de structure Z, Y, A. Il y a de ce fait inhibition de la
synthèse des enzymes responsables de la dégradation du lactose. Au contraire, si le lactose ou
un autre galactoside (par exemple l’allolactose : β-D-galactopyranosyl-(1-6)-β-D-
glucopyranose) est présent, il se lie au répresseur empêchant sa fixation à l’opérateur. La
transcription des ARNm des gènes de structure et ensuite leur traduction sont possibles. Les
enzymes sont donc synthétisées.

Lorsque les bactéries, par chance, disposent en même temps de glucose et de lactose, la
situation se complique !

Le répresseur de l’opéron lactose est inactivé par l’allolactose, le site opérateur de l’opéron est
donc libre et les gènes pourraient être transcrits. Or, tant que du glucose est présent, la
bactérie va le métaboliser préférentiellement : elle n'a donc pas besoin des enzymes
nécessaires au métabolisme du lactose. Ceci implique l'existence d'un autre mécanisme de
 [126]

régulation que l'on appelle la répression catabolique. Ce n'est que lorsque la concentration en
glucose diminue que le métabolisme du lactose devient nécessaire.

Un signal de carence alimentaire est alors déclenché sous forme d’une augmentation du taux
d’AMPc (AMPc : Adénosine 5’monophosphate cyclique).

Cet AMPc forme un complexe avec la protéine CAP (pour Catabolite gene Activator Protein).
Ce complexe se lie à l’ADN en amont du site de fixation de l’ARN polymérase. L’interaction
du complexe CAP-AMPc va agir comme un inducteur (molécule signal qui en se liant à une
protéine régulatrice induit une augmentation de l’expression d’un gène donné) et augmenter
l’affinité de l’ARN polymérase pour le promoteur de l’opéron. Cette régulation positive peut
permettre d'augmenter d’un facteur 50 la transcription de l'opéron lactose. On comprend alors
qu'en présence de glucose, il n'y a pas de complexes CAP-AMPc disponibles : le niveau de
transcription de l'opéron lactose est donc très faible.

10.7 Les mutations et leurs expressions

10.7.1 Définition des mutations

L’ADN, grâce à la séquence de ses bases codant l’information génétique, gouverne toutes les
propriétés de l’organisme vivant .Il détermine particulièrement la structure des enzymes qui
catalysent l’ensemble des activités chimiques de la cellule.

Si l’on admet que la séquence des paires de bases constitue l’information génétique de la
cellule, un gène fonctionnel doit alors représenter une longueur déterminée d’ADN,
comprennent peut être un millier de paires de bases. Toute perturbation de la séquence
comprise dans cette longueur doit constituer une mutation.

Une mutation se définira donc comme « un changement rare et discontinu d’un caractère
qui est d’emblée héréditaire et survient en l’absence de recombinaison. »

On explique ainsi l’apparition de nouvelles variétés, de nouvelles souches, etc. Lorsque une
mutation entraîne une différence phénotypique facile à identifier, le caractère phénotypique
exprimé est appelé « marqueur génétique »

Les marqueurs génétiques les plus fréquemment utilisés sont :

 La résistance aux antibiotiques ;

 La résistance à des bactériophages ;
 L’auxotrophie : perte d’une activité enzymatique nécessaire à la synthèse d’un
composant essentiel, par exemple, un acide aminé qui doit être fourni dans le milieu ;
 L’incapacité d’utiliser un sucre comme source d’énergie : perte de l’un des enzymes
necessaire au catabolisme du sucre.

10.7.2 Types de mutations

On peut distinguer deux grands types de mutations : les mutations chromosomiques et les
mutations géniques ou ponctuelles.
 [127]

 Les mutations chromosomiques

Ils affectent la structure du chromosome. Il s’agit de :

 La délétion qui consiste en la perte d’un fragment de chromosome ;
 La duplication qui consiste en la présence d’un fragment chromosomique
surnuméraire dans le lot chromosomique normal ;
 L’inversion qui consiste en une inversion dans l’ordre des gènes qui sont disposés
linéairement dans le chromosome ;
 L’insertion ou l’addition : une mutation par insertion résulte de l’introduction d’une
séquence nucléotidique nouvelle entre deux nucléotides adjacents.

 Les mutations géniques

Une mutation génique ou ponctuelle résulte du remplacement d’un nucléotide par un autre. Il
existe plusieurs types de mutations géniques, notamment :

 Les mutations par substitution

Cette mutation ponctuelle se traduit par le changement d'un nucléotide par un autre. Dans
certains cas, cette modification de nucléotide entraîne une modification de l'acide aminé codé.
Le changement d'un acide aminé peut avoir ou non une répercussion en termes de fonction de
la protéine produite par le gène, dans le cas d'un gène codant, ou d'une modification d'affinité
pour un facteur de transcription, dans le cas d'une zone promotrice de l'ADN.

On parle de mutation de transition lorsqu’il y a substitution d’une base purique par une autre
base purique (ou d’une base pyrimidique par une autre base pyrimidique). Au contraire une
mutation de transversion est une mutation causée par la substitution d’une base purique par
une base pyrimidique (ou d’une base pyrimidique par une base purique)

La réversion ou mutation réverse est une mutation se produisant dans un organisme mutant
qui ramène au phénotype sauvage pour le caractère considéré.

10.7.3 Les agents mutagènes

Les mutations sont provoquées par des agents physiques ou chimiques ou biologiques qui sont
qualifiés de mutagènes.

 Agents physiques mutagènes

Les rayons ultraviolets (UV)

Les rayons ultraviolets, à la longueur d'onde de 260 nm, provoquent la formation de dimères
(création de liaisons covalentes) entre deux bases pyrimidiques adjacentes (situées sur le
même brin d'ADN). Les dimères de thymine et de cytosine ainsi constitués provoquent une
distorsion locale de la structure en double hélice (ce qui bloque l'ADN polymérase III) et une
rupture des liaisons hydrogène avec les bases situées sur l'autre brin. De telles mutations sont
généralement létales.
 [128]

Les radiations ionisantes

Les radiations ionisantes (rayons X, alpha, bêta, gamma) sont responsables de cassures,
d'ouvertures des cycles des bases et d'oxydations (l'énergie de ces radiations dans un milieu
aqueux produit de l'eau oxygénée et des radicaux libres très actifs). Ces mutations sont
fréquemment létales.

Les mutagènes chimiques

Les analogues des bases comme la 5-bromo-uracile (analogue de la thymine) provoquent des
mutations par substitution. Elle est incorporée à la place de la thymine et elle s'associe avec la
guanine si bien que la paire originale TA est remplacée par la paire GC.

L'acide nitreux provoque une désamination de la cytosine et  de l'adénine. La paire AT est
remplacée par la paire GC et la paire GC par la paire AT. L'hydroxylamine modifie la
cytosine et la paire GC est remplacée par la paire AT.

Les agents alkylants monofonctionnels (par exemple l'éthylméthanesulfonate) méthylent la

guanine qui va alors s'associer à la thymine.

Les agents alkylants bifonctionnels (par exemple la N-nitro-N'-nitrosguanidine) sont

responsables de l'addition de groupement aliphatiques sur les bases et ils provoquent la
formation de liens entre les brins d'ADN. Ce sont de puissants mutagènes provoquant des
mutations ponctuelles et des délétions.

Les agents intercalants sont des composés aromatiques polycycliques (par exemple le
bromure d'éthidium) qui s'insèrent entre les paires de bases et provoquent des erreurs de
copie.

 Les agents biologiques

Les séquences d'insertion, les transposons, les phages tempérés et les épisomes s'insèrent
dans le génome et inactivent les gènes.

Tous les agents mutagènes ne sont pas décrits et de nombreuses mutations surviennent en
l'absence d'agents mutagènes identifiés.

10.7.4 Transmission des mutations

Si une mutation affecte les cellules germinales, elle est transmise aux descendants de
l'individu mutant. Dans certains cas, cette mutation peut procurer un avantage sélectif ou au
contraire être délétère, voire létale. C'est la base du processus de l'évolution. Il est cependant
admis que la plupart des mutations interviennent entre les gènes, dans les introns, ou à des
 [129]

endroits où leur effet est minime ; la plupart des mutations sont donc probablement neutres, et
ne sont conservées (ou éliminées) que par hasard.

En revanche, comme c'est le cas pour la plupart des mutations accidentelles (provoquées par
irradiation ou substances chimiques), si elle affecte les cellules somatiques, la mutation ne se
transmet pas et n'affectera donc que le sujet l'ayant subie directement. Si les cellules se
divisent activement, il y a possibilité de création d'une tumeur pouvant évoluer en cancer. A
l'opposé, s'il n'y a pas de division l'effet est négligeable.

10.7.5 Origine des mutations

Les mutations peuvent être classées d’après leur origine en mutations spontanées et en
mutations induites.

Les premières surviennent spontanément, en présence ou en absence de l’agent sélectionneur,

avec une fréquence très faible de l’ordre de 1 mutant pour 109 germes.

Pour révéler la présence d'une mutation spontanée, il est nécessaire d'utiliser une technique
sélective. Par exemple :

 un milieu contenant un antibiotique: pour identifier un mutant résistant à cet

antibiotique,
 un milieu contenant un facteur de croissance: pour mettre en évidence un mutant
auxotrophe pour ce facteur de croissance,
 un milieu contenant des bactériophages virulents: pour caractériser un mutant
résistant à la lyse, etc.

A titre d’exemple, l’identification d’un mutant résistant à un antibiotique se fait de la manière

suivante.

Une unique cellule bactérienne sensible à la streptomycine est cultivée dans un bouillon apte à
assurer sa croissance. Par définition, sa multiplication donnera naissance à un clone. En
ensemençant 108 ou 109 bactéries issues de ce clone sur un milieu contenant de la
streptomycine, on peut voir apparaître une ou quelques colonies qui sont donc constituées de
bactéries ayant acquis une propriété nouvelle : celle de résister à la streptomycine. Ces
bactéries sont des mutants capables de transmettre la résistance à la streptomycine à leur
descendance.

On peut cependant se poser la question suivante : les bactéries résistantes à la streptomycine

(agent non mutagène) sont-elles apparues au hasard (indépendamment de la streptomycine) ou
l'antibiotique est-il responsable de leur apparition ? En d'autres termes, la présence d'agents
tels qu'un antibiotique ou un facteur de croissance ou un bactériophage virulent induisent-ils
 [130]

l'apparition de souches antibiorésistantes ou auxotrophes ou résistantes au pouvoir lytique du

phage ? deux types de test sont utilisés pour préciser l’origine spontanée ou induite des
mutants: le test de fluctuation et le test de culture par répliques.

Le test de fluctuation

Le test de fluctuation est une méthode statistique conçue par Luria et Delbrück (1943) pour
prouver indirectement, par analyse statistique, la nature spontanée ou non des mutations
bactériennes.

Le test des cultures par répliques

La non-induction des mutations a été également établie formellement en 1952 par Lederberg
et Lederberg. Seul ce dernier test sera développé ci-dessous.

La technique développée par Joshua Lederberg et Esther M. Lederberg peut se résumer

comme suit :

Un morceau de velours stérile est tendu sur un cylindre de métal ou de bois dont le diamètre
est légèrement plus petit que celui d'une boîte de Pétri. En appuyant légèrement le cylindre sur
une culture effectuée sur un milieu gélosé, le velours prélève une fraction de chaque colonie
ou de la nappe de culture. En appliquant la surface du velours sur une autre gélose vierge, on
obtient, d'un seul coup, une réplique de la culture initiale.

Une culture en bouillon d'une souche d’Escherichia coli sensible à la streptomycine est
ensemencée sur un milieu gélosé dépourvu d'antibiotique. L'ensemencement est réalisé de
telle manière que l'on obtienne, après incubation, une culture en nappe. Une réplique de cette
culture est effectuée sur un milieu gélosé identique mais contenant de la streptomycine. Une
ou quelques colonies peuvent apparaître sur ce milieu. Cette ou ces colonies sont donc
constituées de bactéries résistantes à la streptomycine et provenant de la culture initiale.

Il est possible de repérer, sur le milieu d'origine, l'endroit correspondant à une colonie
résistante. La culture est alors prélevée et ensemencée dans un bouillon sans antibiotique.
Après incubation, on ensemence à nouveau une gélose sans antibiotique avec un inoculum
plus faible (par exemple, 106 bactéries) et, après culture, on effectue une réplique sur un
milieu avec streptomycine. Le nombre de colonies obtenu sur le milieu avec streptomycine est
plus important que précédemment.

En répétant ce processus plusieurs fois, on obtient des cultures de plus en plus riches en
bactéries résistantes à l'antibiotique. Finalement, en n'ensemençant que 100 cellules on
 [131]

obtient, sur le milieu sans antibiotique, des colonies isolées. Cette culture est alors repiquée
par la technique du tampon de velours sur une nouvelle boîte contenant de la streptomycine.
On repère sur la boîte sans antibiotique l'emplacement correspondant à une colonie résistante
et on prélève la colonie située à cet emplacement. La mise en culture de cette colonie donne
naissance à une population bactérienne dont toutes les cellules sont résistantes à la
streptomycine.

Il est important de noter que les milieux contenant de la streptomycine ne servent qu'à repérer
les mutants qu'ils ont sélectionnés. Le fait capital est qu'à chacune des étapes, sans aucun
contact direct avec l'antibiotique, le nombre de mutants augmente et on finit par obtenir une
population bactérienne dont toutes les cellules résistent à la streptomycine. Ce type
d'expérience démontre, sans aucune ambiguïté, que la mutation n'est pas induite par l'agent
sélecteur, en l'occurrence la streptomycine. La mutation s'est effectuée au hasard et la
streptomycine se contente de sélectionner les mutants résistants.

10.8 Etude des voies de biosynthèse par les mutants nutrionnels

Chez les organismes vivants, chaque réaction chimique est catalysée par une enzyme
particulière. L’absence de celle-ci entraîne le blocage de la réaction et l’inhibition des
réactions antérieures.

Les enzymes sont des protéines qui sont synthétisées grâce à l’information génétique
contenue dans l’ADN. Si une modification est provoquée dans la séquence des bases de
l’ADN, l’enzyme codée sera différente et non fonctionnelle. L’étape de la réaction catalysée
par cette enzyme sera bloquée.

Les mutants nutritionnelles ou auxotrophes sont dépourvus d’une ou de plusieurs enzymes

permettant la synthèse de métabolites essentiels. Il s ne peuvent donc pas croître sur un milieu
minimum que si l’on y ajoute les métabolites essentiels ou facteur de croissance.

L’auxotrophie survient donc à la suite d’une mutation. Les premières expériences sur les
mutants nutritionnels furent réalisées par Beadle et Tatum en 1941 à Caltech (Université
Technique de Californie, aux USA). Ces chercheurs ont irradié à l’aide des UV les conidies
de N. crassa, champignon capable de se développer sur un milieu minimum, et obtenu des
mutants incapables de synthétiser la vitamine B-6 et la vitamine B-1.

Utilisant la même technique, Srb et Horowitz (1944) de l’université de Stanford ont mis en
évidence trois groupes des mutants nutritionnels.

1. Les mutants ne se développant que si ‘on ajoute de l’arginine au milieu ;

2. Les mutants ne se développant que si l’on ajoute au milieu minimum soit de
l’arginine soit la citrulline.
3. Les mutants ne se développant que si l’on ajoute soit l’arginine, soit de
l’ornithine.
 [132]

Srb et Horowitz en conclurent que l’ornithine et la citrulline sont des précurseurs de l’arginine
et qu’il y a plusieurs étames dans la biosynthèse de cet aminé. Ces étapes sont schématisées
de la manière suivante :

3 2 1

Précurseur inconnu → ornithine → citrulline → arginine

Les trois groupes de mutants sont donc déficients respectivement en enzymes catalysant les
étapes 1, 2, 3.

Par la suite de nombreux autres mutants nutritionnels furent mis en évidence. Les
microorganismes non mutés, de type sauvage, sont appelés prototrophes et représentés par le
nom du métabolite abrégé et affecté du signe + (par exemple arg+, ou simplement « + »). Les
mutants nutritionnels ou auxotrophes déficients en un métabolite donné sont symbolisés par le
nom de ce métabolite abrégé et affecté du ‘un signe -, par exemple arg- est un mutant
auxotrophe déficient en arginine. Le mutant auxotrophe arg- peur subir une mutation réverse
le ramenant au type sauvage arg+. La sélection des mutants auxotrophes s’effectuent
habituellement par la méthode de culture par réplique.

Les études sur les mutants nutritionnels ont conduit Beadle et Tatum à formuler la
proposition : un gène- un enzyme et à définir le gène comme étant une unité de fonction.
Selon cette conception, chaque protéine est déterminée par un gène distinct ou encore la
fonction biochimique de tout gène est de déterminer une et une seule protéine.

10.9 Les recombinaisons génétiques

Bateson avait défini la recombinaison génétique comme étant une réassociation entre des
caractères héréditaires génétiquement liés.

Actuellement la recombinaison génétique désigne l’association de deux patrimoines

héréditaires, complet ou non, d’où résulte, au moins, un nouveau patrimoine complet.

Les recombinants, produits de la recombinaison génétique, peuvent être observés à la méiose

(recombinaison méiotique) ou lors de processus équivalents chez les bactéries
(transformation, conjugaison te transduction) ou les virus. Eventuellement lorsqu’on effectue
des expériences de recombinaisons « in vitro » (manipulations génétiques), on peut isoler les
molécules recombinantes.

10.9.1 Les recombinaisons méiotiques

Pour étudier les recombinaisons méiotiques chez les microorganismes, nous prendrons
comme modèle N. crassa.

 Cycle de reproduction de N. crassa

N. crassa est un champignon ascomycète fort utilisé pour les recherches génétiques à cause
de la facilité de sa culture, de son développement rapide et de l’existence d’un cycle de
reproduction à prédominance haploïde.
 [133]

Dans certaines conditions, une souche de type sexuel A (ou a) produit une structure
spécialisée de l'hyphe dont certaines cellules vont fusionner avec une conidie provenant du
type sexuel opposé (an anglais, type sexuel se dit mating type).
La caryogamie donne naissance à une cellule avec un seul noyau diploïde provenant de 2
noyaux de mating-type opposés. Ce noyau diploïde se trouve dans une cellule appelée asque.
La méiose a lieu dans l'asque et chacun des 4 produits de méiose subit une mitose (et une
seule) : on obtient finalement 8 ascospores haploïdes par asque qui sont libérées et peuvent
reproduire un mycélium haploïde.

Figure 31 : cycle biologique de N.crassa

 Ségrégation d'un couple d'allèles

Prenons un exemple et observons les asques formés à la suite d'un croisement entre deux
souches de Neurospora de signe conjuguant compatible.

Une des souches parentales est une souche sauvage (A), dont les spores sont pigmentées en
noir. L'autre parent est une souche mutante (a) dont les spores, dépourvues de pigment, sont
blanches.
Tout d'abord on observe, qu'au-delà des différences (voir ci-dessous), les asques formés
 [134]

présentent tous les points communs suivants :

 quel que soit leur ordonnancement, les asques contiennent tous quatre spores noires et
quatre spores blanches, il s'agit de la ségrégation de deux allèles d'un même gène;

 si on part d'une extrémité de l'asque, les spores prises deux à deux sont toujours
identiques, cela n'est pas étonnant puisque chaque paire provient par mitose d'une
cellule.

La seconde observation concerne l'ordre des spores dans les asques : sur ce critère il y a six
catégories d'asques que l'on peut regrouper en deux classes. Dans la classe I, les demi-asques
sont homogènes quant au phénotype des spores qu'ils contiennent. Dans la classe II, les demi-
asques sont hétérogènes.

Cette observation peut être expliquée en examinant ce qui se passe lors de la méiose chez
Sordaria, champignon ascomycète dont le cycle de développement est semblable à N. crassa.

Si l'on considère un gène présent sous deux formes alléliques différentes chez les souches
parentales. Appelons « m » l'allèle mutant et « m+ » l'allèle sauvage. Au moment de la
prophase de la première division de la méiose, les chromosomes homologues qui portent
chacun de ces allèles s'apparient. Ils sont dupliqués sur toute leur longueur, sauf au niveau du
centromère.
Par rapport au locus qui nous intéresse on distingue a priori deux cas alternatifs :

1) soit il n'y a pas de crossing-over entre le locus du gène et le centromère du chromosome

qui le porte ;
 [135]

Figure 32 : brassage chromosomique chez Sordaria

2) soit il y a un ou plusieurs crossing-over entre le locus du gène et le centromère du

chromosome qui le porte.

Figure 33 : crossings over chez Sordaria

En conclusion, la ségrégation d'un couple d'allèles à chaque méiose se fait dans les
proportions 1/2-1/2 (50%, 50%).

 Croisement entre mutants nutrionnels de N. crassa différant par un seul

 [136]

caractère

Lorsqu’on fusionne deux hyphes haploïdes de N. crassa, l’un prototrophe pour l’arginine
(arg+ ou A) et l’autre auxotrophe (arg- ou a), on obtient une cellule diploïde (arg + arg- ou Aa)
prototrophe pour l’arginine.

Ce croisement peut être représenté schématiquement comme suit :

Parents haploïdes : A x a

Cellules diploïdes : Aa 100%

Après la méiose, la cellule donne 4 ascospores dont 2 prototrophes diploides pour l’arginine
(A) et 2 auxotrophes (a).

Les hyphes diploides issus de la germination de ces ascospores peuvent fusionner entre eux,
au hasard, et produire des 1aa

Phénotypes : 3 prototrophes : 1 auxotrophe

Ces résultats sont conformes aux deux premières lois de Mendel sur l’uniformité de la
descendance F1 (100% Aa) et sur la ségrégation des caractères lors de la méiose (1-2-1)

 Croisement entre hyphes différant par deux caractères (dihybridisme)

Considérons maintenant une deuxième paire chromosomique portant l’allèle bio+ (ou B),
prototrophe pour la biotine et l’allèle bio- (ou b), auxotrophe pour la biotine et dont la cellule
diploide a le génotype Bb. Après la méiose, la descendance de cette cellule donnera les
génotypes 1BB. 2Bb : 1bb et les phénotypes : 3 prototrophes et 1 auxotrophe pour la biotine,.
Le croisement entre prototrophes pour l’arginine et la biotine (AB) et diauxotrophes (ab)
donne des cellules diploides prototrophes de génotype AaBb.

La descendance haploïde des cellules diploides AaBb (prototrophes pour l’arginine et la

biotine) comprend 4 types de cellules en nombre approximativement égal.

1. Arg+bio+ (ou AB) : prototrophes pour l’arginine et la biotine

2. Arg-bio+ ou ab : auxotrophes pour l’arginine mais prototrophe pour l biotine ;
3. Arg+bio- ou Ab : auxotrophes pour la biotine mais prototrophe pour
l’arginine ;
4. Arg-bio- ou ab : diauxotrophe pour l’arginine et la biotine.

Ce résultat s’explique par le fait que lors de la méiose, les allèles des paires différente ( A, a)
et (B, b) se répartissent , s’associent indépendamment : l’allèle A s’associe indifféremment
avec l’allèle b et il en est de mêle pour les autres allèles.

Les paires d’allèles n’ont donc aucun lien entre elles et seul le hasard conditionne
l’assortiment.

C’est là le sens de la 3e loi de Mendel : chaque paire ségrége de façon indépendante par
rapport à l’autre paire.
 [137]

 Linkage et crossing over

Le principe de l’assortiment indépendant des allèles, lors de la méiose, est d’application

générale, mais comporte, en fait, des exceptions. Il n’est valable que si les allèles
appartiennent à de paires chromosomiques différentes. Etant donné qu’il y a beaucoup plus
des gènes que des chromosomes dans une espèce donnée, il est clair que chaque
chromosome porte un grand nombre de gènes et, dans ce cas, l’assortiment indépendant n’est
plus possible. Il y a donc un lien entre les différentes paires d’allèles lesquelles restent
associées lors de la formation des gamètes. La mise en évidence de ce lien ou linkage revient
T.H Morgan (1910) diauxotrophes (ab).

Si les allèles A et B sont portés par le même chromosome, et a et b par son chromosome
homologue, les combinaisons Ab et aB appelés recombinants ne sont possibles que s’il y a eu
échange de segments entre A et B.

…………..A……………..B……………..

…………..a………………b……………..

L’apparition des combinaisons nouvelles ou recombinants s’explique de la manière suivante :

Au cours de la prophase I de la méiose, les chromosomes homologues s’apparient. Chacun

comprend deux chromatides reliées par le centromère ; l’ensemble de 4 chromatides forme
une tétrade. Les chromosomes qui ont tendance à s’écarter l’un de l’autre restent associés aux
points de contacts de leurs chromatides, formant ainsi des chiasmes : ce phénomène est appelé
crossing over ou enjambement. Lorsque finalement les chromosomes se séparent, on constate
qu’il y a eu échange de segments entre chromatides des chromosomes homologues. C’est la
recombinaison.

La position du chiasme par rapport aux gènes liés A et B a une grande influence sur leur
ségrégation.
 [138]

Figure 34: relation entre la position du chiasme et la ségrégation de 2 gènes liés A et B

 [139]

 Cartographie génétique

Les résultats obtenus avec les deux paires de gènes liés Aa et Bb peuvent être utilisés pour
l’établissement de la carte génétique. L’examen des descendants haploïdes (1Ab et aB) sur
l’ensemble de la progéniture (12 individus) sont des recombinants. La fraction 2/12 exprimée
en pourcentage, soit 16,67% donne par convention, la distance entre les gènes.

L’unité utilisée en génétique pour la mesure des distances est le centimorgan (symbolisé par
1cM)
Un centimorgan est la distance correspondant à 1% de recombinaison (ou encore la distance
sur laquelle se produit en moyenne un crossing over et un seul. Ainsi le pourcentage entre A
et B est de 16,67%, soit une distance de 16,67centimorgans. Si, d’autre part, on trouve un
troisième gène C à une distance de 12 centimorgans à parti de B et à 29 centimorgans à partir
de A, on peut en déduire que l’ordre de gènes est A, B, C.

A 16,67% B 12% C

………………………………………………… 29……………………………………………

En utilisant ce type de test appelé « test trois points (car 3 marqueurs sont considérés) », il est
possible de localiser progressivement tous les gènes d’un groupe de linkage et d’établir une
carte génétique qui représente les positions respectives de ces gènes, avec les distances qui les
séparent, distances basées sur le pourcentage de recombinaisons.

10.9.2 La transformation bactérienne

 Définition

La transformation bactérienne est l’intégration au génome d’une bactérie, d’un petit fragment
d’ADN exogène, issu d’une bactérie donatrice et introduit dans une bactérie réceptrice, sous
forme d’un ADN libre en solution. La découverte de la transformation revient à Griffith
(1928), bactériologiste anglais.

 Historique : les expériences de Griffith, puis Avery et Mac Leod

Les célèbres expériences qui menèrent le britannique Griffith puis les deux américains Avery
et Mc Leod (1944) ont conduit sur la piste de l'ADN comme support de l'information
génétique.

En 1932, Fred Griffith, qui recherchait un vaccin contre la pneumonie, démontra que des
pneumocoques tués par la chaleur pouvaient transmettre certains de leurs caractères,
notamment leur virulence, à des souches de pneumocoques vivants non virulents.

Pour ce faire, il injecta simultanément à une même souris deux vaccins standard : un de type I
(ou R) dans lequel les germes sans capsules mais encore vivantes sont incapables de propager
la maladie ; et un de type III (ou S), dans lequel les germes conservaient leur capsule intacte
 [140]

mais étaient eux-mêmes tués par la chaleur. Aucun de ces deux vaccins ne pouvait rendre une
souris malade. Ensemble, ils le firent : l’autopsie de la souris révéla une forte infection par des
pneumocoques vivants de types III, dont les enveloppes étaient intactes.

La seule explication- presque inconcevable- était que les bactéries mortes de types III avaient
imposé leur propre caractère héréditaire à celles de type I, privées de leur capsule, mais
Aucun de ces deux vaccins ne pouvaient rendre une souris s vivantes. En d’autres termes, les
bactéries mortes avaient « transformé » les bactéries vivantes. La transformation était
permanente : quand on injectait le nouveau type III à d’autres souris, elles tombaient malades
et on pouvait extraire de leur corps de grandes quantités de bactéries virulentes de type II.

Cette découverte était tellement incroyable à l’époque que Griffith attendit quatre ans avant de
publier ses résultats. Seul le transfert d'une substance chimique entre des bactéries mortes et
des bactéries vivantes pouvait expliquer cette transformation.
Les travaux de T. Avery et Goebel montrèrent par la suite que l’agent responsable de la
pneumonie (Diplococcus pneumoniae) se présente sous deux formes différentes :
Une forme virulente, dont les cellules possèdent une capsule donnant un aspect lisse aux
colonies, désignées par la lettre S (pour smooth : lisse) ;
Une forme non virulente, dont les cellules sont dépourvues de capsules, donnant des colonies
à aspect rugueux, désignées par la lettre R (rough : rugueux)
N 1944, T. Mac Leod et Mac Carthy apporteront une réponse à l’origine de la transformation
bactérienne en attaquant le problème par la méthode des éliminations.

Ils supprimèrent d’abord la capsule constituée de polysaccharide (antigène) de la souche

virulente S (vaccin type III). Ils trouvèrent que ce qui restait de la cellule était capable de
transformer les bactéries de type R en type S. Ensuite, ils éliminèrent toute la protéine de cette
cellule, ne laissant que l’ADN : celui-ci fut capable de transformer les bactéries du type R en
type S. Alors ils firent l’essai inverse en éliminant l’ADN d’une cellule qui, de ce fait, n’avait
plus que la protéine. Quand la protéine de la cellule de type S fut mélangée avec des cellules
de type R, rien ne se produisit. C’est donc que l’ADN est le principe transformant.
 [141]

Figure 35 : expériences d transformation (Source : http://www.oodoc.com/21942-bacteries-

transfert-genetique.php)

 Mécanismes de recombinaison

Lorsque le matériel génétique est transféré d’une bactérie donatrice à une bactérie réceptrice,
il se forme un zygote partiel appelé mérozygote. Dans ce zygote partiel ainsi formé,
l’équipement génétique de la cellule réceptrice est appelé «  l’endogénote » et le fragment
génétique transféré de la cellule donatrice est « l’exogénote ».

Habituellement l’exogénote et l’endogénote s’apparie et échangent des segments,

immédiatement après le transfert. Pendant les divisions nucléaires et cellulaires suivantes, le
chromosome recombinant qui s’est formé ségrége en une cellule haploïde unique. Cette
cellule peut être décelée expérimentalement en étalant les zygotes partiels sur un milieu
sélectif permettant la culture des seuls recombinants.

Le mécanisme général de la recombinaison bactérienne pourrait se faire de deux façons

différentes :

(1) la recombinaison par cassure chromosomique et échange réciproque des

segments ;
(2) la recombinaison par copie alternative : l’éxogénote et l’endogénote apparié
servent alternativement de matrice pour la réplication du chromosome
recombinant.
 [142]

Figures 36 A et 36 B : recombinaison par cassure chromosomique et échange réciproque des

segments (36 A) et recombinaison par copie alternative (36 B)
 [143]

10.9.3 La transduction

La transduction est un transfert d’un petit fragment de matériel génétique d’une bactérie
donatrice dans une bactérie réceptrice par l’intermédiaire d’un bactériophage. Elle se fait de la
manière suivante : lors de la multiplication du phage dans le cytoplasme d’une bactérie
donnée, l’ADN du phage peut incorporer un fragment chromosomique bactérien.

Lorsque la cellule hôte bactérienne se lyse, le phage libéré infecte une autre bactérie et lui
transmet non seulement son propre ADN, mais aussi le fragment provenant de l’hôte
antérieur. Le nouvel hôte devient par conséquent un zygote partiel semblable à celui obtenu
par la transformation.

10.9.4 La conjugaison bactérienne

 Définition

Les cellules procaryotes n'ont pas de sexualité dans le sens cellulaire du terme, c'est à dire la
création d'un nouveau génome par la réunion de deux demi génomes parentaux. Ils ont
toutefois un mécanisme qui lui ressemble de loin que certains microbiologiste ont assimilé à
une sexualité primitive : la conjugaison.

La conjugaison bactérienne est un ensemble des processus conduisant au transfert de matériel

génétique d’une bactérie donatrice dans une bactérie réceptrice. Elle implique un contact
physique entre deux partenaires et peut donc être considérée comme une forme primitive de
reproduction sexuelle.

Les bactéries possèdent un plasmide, petit élément circulaire d’ADN extranucléaire contenu
dans une cellule, capable d’autoreproduction. Il peut exister à l’état autonome ou à l’état
intégré dans le chromosome bactérien. Dans ce cas il est appelé « épisome ».

A l’état autonome, le plasmide se réplique indépendamment de l’ADN bactérien. A l’état

intégré, il occupe une position définie sur le chromosome bactérien et se réplique comme une
partie de celui-ci.

 Découverte et mise en évidence de la conjugaison bactérienne

La découverte en 1946 de la conjugaison bactérienne a été rendue possible grâce aux travaux
de Lederberg et Tatum.

En mélangeant deux souches de E.coli polyauxotrophes pour les trois acides aminés, les deux
chercheurs ont obtenu des recombinants prototrophes avec une fréquence de 10 6 à 107 (1
prototrophe pour 1 à 10 millions d’auxotrophes). Le croisement peut être schématisé de la
manière suivante/

Parents : a-b-c-d+e+f+ x a+b+c+ d-e-f-

Recombinants : a+b+c+ d+e+f+

 [144]

Il fut démontré que la formation des recombinants nécessite le contact physique des
conjuguants dont l’un se comporte comme uniquement comme donneur génétique ou mâle, et
l’autre comme receveur ou femelle.

Sur base de leur polarité, les souches d’E.coli sont classées en trois catégories pouvant
conduire à trois types de croisement : les femelles F-, les mâles F+ et les mâles HFR.

Les femelles F-

Ce sont des souches non fertiles. Le croisement F - x F-, c'est-à-dire le croisement entre deux
bactéries F- ne donne aucun recombinant.

Les mâles F+

Le caractère mâle est déterminé par la présence dans la cellule d’un plasmide appelé facteur
sexuel F (F pour fertilité).

A l’instar d’autres plasmides, le facteur F est constitué d’un ADN bicaténaire et circulaire,
environ 100 fois plus petit que celui du chromosome bactérien. Il se multiplie
indépendamment du chromosome bactérien, selon le mode de réplication semi-conservatif.

Lors de la conjugaison, les mâles qui hébergent le facteur F et qui sont appelés de ce fait des
mâles F+, transmettent ce facteur dans la cellule réceptrice F- qui devient F+.

Le mécanisme du transfert du plasmide de la cellule F+ à la cellule F- s’effectue selon les

étapes suivantes :

Pénétration du pilus de la bactérie male dans le cytoplasme de la cellule femelle F- ; ensuite le
pilus se contracte pour rapprocher la femelle ;

Replication selon le mode semi-conservatif de l’ADN du plasmide et transfert dans le

cytoplasme de la bactérie F- d’un seul brin de la copie de l’ADN du plasmide; une fois dans le
cytoplasme, ce brin synthétise un brin complémentaire, ce qui aboutit à la formation d’un
facteur sexuel F dans la bactérie réceptrice: transformation de la bactérie réceptrice F- en F+.

Le processus de conjugaison peut se poursuivre jusqu’à ce que toutes les bactéries F -

deviennent F+. Ainsi le croisement F+ x F -, le facteur sexuel est transféré avec un rendement
de l’ordre de 95% à 100%. Par contre, le transfert des marqueurs génétiques du chromosome
bactérien de la cellule donatrice à la cellule réceptrice est un événement rare avec une
fréquence d’environ 1 recombinant sur 106 à 107 cellules.
 [145]

Figure 37 : Transformation des femelles F- en F+

Les mâles HFR

Les mâles HFR (=haute fréquence de recombinaison) dérivent de mâles F+ par mutation. La
mutation F+ vers HFR correspond à une intégration du facteur F dans le chromosome
bactérien.

Conséquence de l’intégration du facteur sexuel sur le chromosome HFR

Lors des croisements HFR x F-, les recombinants sont généralement tous F-. C'est-à-dire
qu’ils ne reçoivent pas de facteur sexuel du donneur. Cette explication s’explique par le fait
que le facteur sexuel est attaché au chromosome sur l’extrémité opposée à celle qui pénètre la
première dans la bactérie réceptrice. La fixation du facteur sexuel au chromosome explique
pourquoi, au moment de la mutation F+ vers HFR, le facteur sexuel disparaît en tant que
particule autonome transmissible. Une autre conséquence de la fixation du facteur sexuel est
sa capacité de mobiliser les gènes du chromosome bactérien. En effet, ces gènes sont
transférés avec une fréquence très élevée, au moins 100 fois supérieure (103 à 104) à celle
observée dans le croisement F+ à F- (106 à 107)
 [146]

Figure 38 A et 38 B :

A : transformation du male F+ en mâle HFR par l’intégration du facteur F dans le

chromosome bactérien.

B : relation entre F, F+, et HFR : la cellule F+ devient F par perte de son plasmide ; elle
devient HFR par l’intégration du plasmide dans le chromosome bactérien.
 [147]

10.9.5 Les recombinaisons chez les bactériophages

 Mise en évidence

La technique pour mettre en évidence les recombinaisons chez les bactériophages consiste à
infecter une bactérie simultanément par deux phages portant des marqueurs génétiques
différents et faciles à identifier.

Les deux marqueurs génétiques les plus fréquemment utilisés sont :

 L’aspect des plages de lyse : le phage, sauvage, T2 d’E. coli forme de petites plages
de lyses (r+) tandis que la souche mutante forme de grandes plages (r) ;
 La spécificité d’hôtes : le phage, sauvage, T2 d’E.coli (h+) n’infecte qu’une seule
souche d’E.coli tandis que le mutant « h » peut infecter deux souches d’E. coli.

Lorsqu’une bactérie est infectée simultanément par le phage h+r+ et hr, on peut déceler dans
la progéniture quatre sortes de phages : h+r+ ; hr ; h+r; hr+

…………………….. h+……………………………..r+……………….: h+r+

…………………….. h………………………………..r………………: hr

…………………….. h+……… ……………………..r……… : h+r

…………………….. h……… …………………..r +………. : hr+

 Recombinaison à l’intérieur d’un gène: notion de cistron

Les gènes ont été définis au départ comme étant des éléments distincts, indivisibles, disposés
en chapelets dans le chromosome et dont l’activité est responsable des caractères observables
des organismes : un gène est donc une unité de fonction, cette fonction étant la réalisation
d’une étape biochimique où intervient une enzyme.

Le gène est identifiable lorsqu’il mute : le gène est aussi l’unité de mutation (muton).

Enfin, les allèles qui correspondent à des gènes différents peuvent être recombinés par
crossing over. Celui-ci recombine les gènes, mais ne les change pas, car les cassures se font
entre les gènes : le gène est une unité de recombinaison (recon).

Mais ces définitions ne correspondent pas toujours car le gène a une certaine longueur. Il peut
donc subir des mutations à des endroits divers et porter simultanément plusieurs
modifications. A titre d’exemple, chez le bactériophage T2, il existe plusieurs sites
mutationnels à l’intérieur d’un seul locus fonctionnel du gène « r ». Ainsi chez ces phages,
on observe des recombinaisons non seulement entre les gènes voisins (exemple entre r et h)
 [148]

mais aussi à l’intérieur d’un gène donné (au sein du locus r, par exemple) : r1,
r2….r7….r13…r47……….r104

Ces sites mutationnels sont des unités de fonctions différentes. Chacun code pour un
polypeptide donné. On les appelle des cistrons.

Le cistron est une unité de fonction biochimique qui code en général pour une et une seule
chaîne polypeptidique. Il constitue pour le moment la meilleure définition du gène.

 Nouvelle définition du gène

Le terme de cistron a été inventé par le biologiste et généticien Seymour Benzer (vers les
années 1950) lors de ses travaux sur la nature linéaire des gènes. Ce néologisme dérive des
termes cis et trans utilisés en génétique pour analyser les effets combinés de mutations. Deux
mutations sont localisées en cis si elles sont portées sur le même chromosome, elles sont
localisées en trans si elles sont chacune sur un chromosome différent (test cis trans ou test de
complémentation).

Dans la définition originale de Benzer, un cistron correspond donc à "l'ensemble des sites de
l'ADN qui peuvent donner lieu à des événements de complémentation en cis."

Le terme de cistron se retrouve dans la terminologie monocistronique et polycistronique

utilisée pour qualifier les ARN messagers. Un ARNm monocistronique ne code qu'une chaîne
protéique, un ARNm polycistronique en code plusieurs (exemple, l’opéron lactose chez les
bactéries). Pour un ARNm, un cistron correspond à un seul polypeptide.

Le cistron est donc la plus petite unité génétique, capable de déterminer la séquence des
acides aminés d'un polypeptide

10.9.6 Les recombinaisons in vitro entre molécules d’ADN

Les recombinaisons « in vitro » sont effectuées grâce à l’utilisation des outils et procédés de
la biotechnologie et du génie génétique.

La biotechnologie est l’application des sciences à l’utilisation des microorganismes, des

cellules ou des composantes cellulaires, sous leur forme naturelle ou modifiée pour fabriquer
un produit (antibiotiques, vitamines, hormones, etc.) La biotechnologie consiste donc à faire
travailler des microorganismes pour l’espèce humaine.

Le génie génétique est l’ensemble des techniques qui donnent lieu à la fabrication et à la
manipulation in vitro de matériel génétique.

Les manipulations génétiques sont des recombinaisons génétiques que l'on provoque grâce à
l’introduction artificielle d'un gène nouveau dans une cellule qui ne le possédait pas.
 [149]

 Les outils de la biotechnologie

La mutation

Les mutagènes causent des mutations qui peuvent engendrer le caractère recherché chez un
microorganisme. La mutagenèse dirigée permet de modifier un codon spécifique dans un
gène.

L’ADN du donneur

L’ADN du donneur ou ADN cible est extrait et purifié selon les méthodes classiques de la
biochimie. Il est ensuite découpé en petit fragments, appelés interposons, soit
mécaniquement soit par des enzymes de restriction à un site spécifique (palindrome)

Les enzymes de restriction

Une enzyme de restriction est une endonucléase qui reconnaît une séquence de nucléotide
particulière de l’ADN et la coupe en des sites spécifiques constitués de par une séquence de 6
à 8 paires de nucléotides, formant un palindrome (mot pouvant se lire dans les deux sens. Les
endonucléases de restriction coupent les deux brins de séquence en deux points symétriques
indiqués par l’astérisque :

5’………….G* A A T T C…………..3’

3’………….C T T A A* G…………..5’

Les vecteurs de clonage

Jusqu’à l’avènement de la génétique moléculaire, le terme « clonage » désignait la

propagation végétative d’individus identiques, à partir d’un seul individu. Actuellement, il est
possible de cloner les gènes selon la technique de recombinaison in vitro.

Un vecteur est une molécule d’ADN à laquelle on peut intégrer un fragment étranger d’ADN
dans le but de cloner cet ADN en grandes quantités. Il doit pouvoir se répliquer de façon
autonome, être d’une taille adéquate et pouvoir se conserver, c'est-à-dire ne pas être détruit
par la cellule hôte.

Les vecteurs de clonage utilisés sont essentiellement les virus (ou phages) et les plasmides.
Un plasmide contenant un nouveau gène peut insérer ce dernier dans une cellule bactérienne
par transformation. Un virus contenant un nouveau gène peut insérer ce dernier dans une
cellule cible par transduction.

L’interposon du donneur et le vecteur ouvert forment des bouts collants complémentaires et

anti-parallèles selon la règle d’appariement des bases d’acides nucléiques.

L’amplification en chaîne par polymérase.

La réaction de la polymérisation en chaîne par polymérase (Polymerase Chain Reaction,

PCR), appelée aussi l’Amplification en chaîne par polymérase (ACP) est une méthode de
biologie moléculaire, laquelle, couplée à l’utilisation d’une ADN polymérase
 [150]

thermorésistante, permet d’obtenir, sans clonage, une amplification considérable d’un

fragment donné d’ADN. Ce fragment d’ADN est copié in vitro en quantité assez élevée pour
permettre une analyse. Grâce à cette technique, un seul fragment d’ADN de la taille d’un gène
suffit pour générer littéralement des milliards de copies du fragment en l’espace de quelques
heures.

 Etapes de la recombinaison

Les étapes de la recombinaison d’ADN in vitro sont les suivantes :

 Extraction de l'ADN donneur ou ADN cible.

 Ouverture du plasmide par l’endonucléase de restriction 
 Insertion de l’interposon dans le plasmide, vecteur de clonage ; le vecteur peut être
préalablement marqué à l’aide d’un gène conférant la résistance à un antibiotique ou
un bactériophage.
 Soudure des bouts collants de l’interposon et du vecteur par l’ADN ligase.
 Introduction du plasmide recombinant dans une bactérie réceptrice, habituellement E.
coli.
 Sélection des bactéries qui hébergent le plasmide recombiné sur un milieu gélosé
contenant l’antibiotique ; seules les bactéries d’E. coli hébergeant le plasmide
recombiné sont capables de se multiplier en présence de l’antibiotique.

Le plasmide recombiné et introduit dans la bactérie peut suivre deux voies. :

(1) La reproduction en plusieurs copies de l’interposon pour former un clone ;

(2) La fabrication au sein de la cellule réceptrice de protéines codées par le gène de
l’interposon.
 [151]

Figure 39 : recombinaison in vitro entre un fragment d’ADN d’une cellule eucaryote et
l’ADN du plasmide d’E.coli.
 [152]

 Importance des manipulations génétiques

La possibilité de modifier à volonté le matériel génétique d’un organisme a donné naissance à

l’ingénierie génétique dont les applications sont d’un intérêt considérable dans les domaines
les plus divers.

Dans le domaine médical, par exemple, la thérapie génique s’efforce d’introduire des gènes
normaux dans les cellules anomales en vue d’y remplacer les gènes déficients. Ainsi, on
espère soigner, voire guérir, des maladies génétiques telles que la beta thalassémie, une forme
d’anémie grave, l’hémophilie, la mucoviscidose (dilatation des canaux pancréatiques et leur
bouchage), certains cancers, etc.

On peut espérer également produire des vaccins ainsi que certaines autres substances comme
l’interféron (protéine antivirales) et l’insuline dont la synthèse en laboratoire par les procédés
classiques est souvent couteuse.

Dans le secteur agro-alimentaire, on tente, par exemple, de transférer des gènes des
légumineuses telles que le soja sur le maïs ou le blé. Ainsi, à l’avenir on pourra cultiver des
maïs à haut rendement, riches non seulement en glucides mais aussi en protéines.

☺☻